Bioinformtica 2013

Bioinformtica 2013

Registro
http://goo.gl/6Ti0hd

Sistema Operativo
Sistema Operativo

Windows? Mac?


Por qu Linux?

Estable

Automatizable

Escalable

Seguridad

Libre

Sistema de desarrollo

Casi todos los programas usados en

bioinformtica son desarrollados en Linu!


Linux esta en todos lados

Ser"idores #correo$ %eb$ bases de

datos$ dns$ etc.&

Supercomputadores #'() Top(00$

*00) Top+0&

Celulares , Tablets #Android&

Embebidos #SmartT-$ est.reos$

microondas$ etc&

El poder de Linux

Antes de Linux

/ni! es creado #*'60&

C es creado #*'12&

/ni! es recreado en C
3en Thompson , 4ennis 5itchie


Minix

/ni! creado por Andre% S. Tanenbaum.

S6 educati"o publicado con el libro

7Operating Systems: Design and
Implementation8 #*'21&.

Proyecto GN

9niciado en *'20 por 5ichard Stallman

en :9T.

Todo debe ser libre , de fcil acceso.

Compartir el c;digo es "ital.

Naci!iento de Linux

<ello e"er,bod, out there using mini! =

9>m doing a #free& operating s,stem #?ust a hobb,$ %on>t be big and

professional li@e gnu& for 026#A26& AT clones. This has been bre%ing

since april$ and is starting to get read,. 9>d li@e an, feedbac@ on

things people li@e/disli@e in mini!$ as m, 6S resembles it some%hat

#same ph,sical la,out of the file=s,stem #due to practical reasons&

among other things&.

9>"e currentl, ported bash#*.02& and gcc#*.A0&$ and things seem to %or@.

This implies that 9>ll get something practical %ithin a fe% months$ and

9>d li@e to @no% %hat features most people %ould %ant. An, suggestions

are %elcome$ but 9 %on>t promise 9>ll implement them :=&

Linus #tor"aldsB@ruuna.helsin@i.fi&

"u es Linux?

CDcleo de sistema creado por

Linus Tor"alds en *''* #basado
en :ini!&.

Acoplado con las herramientas

EC/ adopta su filosofFa.

Libertad de uso #0&

Libertad de aprender #*&

Libertad de distribuir #+&

Libertad de modificar #0&

El pingGino se llama Tu!

Esta#ilidad

Pri!os cercanos


$u%l Linux de#o usar?

La Hue les acomode.

Irincipales distribuciones:

4ebian http://%%%.debian.org

/buntu http://%%%.ubuntu.com

:int http://%%%.linu!mint.com

5ed<at http://%%%.redhat.com

Cent6S http://%%%.centos.org

Jedora http://fedorapro?ect.org

Arch http://%%%.archlinu!.org

6penSuse http://%%%.opensuse.org

9ncluso e!tender :ac6S para usar EC/.

Kindo%s puede emular Linu! #pero es limitado&

&iloso'(as Linux

Ens.Lame el c;digo.

Si no te gusta$ cmbialo

Iara cada tarea$ una sola herramienta.

Libertad de escoger entre opciones.

Escritorios
Completos Ligeros E!perimentales

Sugar

56M

5atpoison

/4E

:ezzo

A%esome

Gno!e

)*E

nity

+&$E

,ugar

Me--o

Sesin prctica
Sesin prctica
Conocer Linux
Conocer Linux

Peculiaridades de Linux

+ tipos de usuarios

Administrador #root&

/suario #todos los dems&

Los ser"icios #correo$ interfaz$ %eb$ etc&

son parte de root , corren como
procesos independientes #demonios&

,iste!a de arc.i/os

No!#res de arc.i/os

Iueden tener hasta +(( caracteres$ no

restringe caracteres pero se considera
adecuado e"itar:

N O P Q R S T U V 7 # & W B X ) Y Z [ \ ] ^_

Algunos sitios particulares

/home es donde residen los usuarios

/etc donde se guarda la configuraci;n

/bin e?ecutables bsicos

/usr/bin ms e?ecutables

/tmp directorio temporal

Acceso

Todo usuario debe tener un nombre ,

contraseLa.

Se puede acceder al sistema en modo

grfico o por terminal.

Acceso remoto es por SS<

generalmente.

0.o!e

Es donde se puede crear/modificar

archi"os propios.

Es donde se guarda configuraciones

personales.

Cada usuario tiene un directorio$

especificado en /etc/passwd$ definido
en $HOME , ~

A#rir una ter!inal

`uscar el acceso directo en el modo

grfico.

CT5L Z ALT Z J*/J1 abre modo

terminal.

ComDnmente `AS< es el shell por

defecto pero e!isten otros #tcsh$ zsh&$
puede "er cual es con:

echo VS<ELL

1aria#les

env

:uestra las "ariables de entorno usadas.

-ariables comunes:

IAT< =Q directorios de e?ecutables

<6:E =Q directorio propio de usuario

IK4 =Q directorio actual de traba?o

S<ELL =Q terminal usada

-A5Y"alue

4efine una nue"a "ariable.

export -A5Y"alue

4efine , e!porta la "ariable a otras sesiones.

:uchas "ariables son definidas en /etc/bashrc ,

~/.bashrc

$o!andos #%sicos

comando parmetros

Estructura bsica

man comando

muestra la a,uda/documentaci;n para

comando

exit

exit

Cierra la sesi;n o terminal.

<CTR!"d hace lo mismo.

w.o

who

:uestra otros usuarios conectados

:uestra ms detalles.

who am i

:uestra la propia identidad

date 0 cal

date

:uestra la fecha actual

ca# dd mm yyyy

:uestra un calendario mensual

Sin parmetros muestra el mes actual.

Con parmetros muestra el mes

especificado entre los aLos *=''''

una!e

uname param

:uestra informaci;n sobre el sistema.

6pciones:

=a todos los campos

=m hard%are

=n nombre de nodo

=r actializaci;n del S6

=s nombre del sistema

=" "ersion del S6

passwd

passwd usuario

Cambia la contraseLa.

Si no se especifica usuario$ se considera a

si mismo.

'ile

$i#e archivo

:uestra el tipo de archi"o

En /ni! no e!isten las e!tensiones para

definir un archi"o.

ec.o

echo texto

9mprime a pantalla #ST46/T& el te!to

echo <ola mundo

echo 7holaUnmundo8

touc.

touch archivo

Crea un archi"o nue"o #"acFo&

touch test.t!t

! test.t!t

pwd 0 cd

pwd

4irectorio actual

cd directorio

Cambiarse a directorio

cd ..

Cambia al directorio superior

ls

#s directorio

listar archi"os/directorios

#s %#

lista todas las propiedades

#s %a

lista archi"os ocultos

c.own 0 c.grp

chown usuario archivo

Cambia de propietario al archivo

ch&rp grupo archivo

Cambia de grupo al archivo

c.!od

chmod modo archivo

Cambia los permisos de archi"o$ flags:

Todos #a&$ /suario #u&$ Erupo #g&$ 6tros #o&

Iermitir #Z&$ 4enegar #=&

Lectura #r&$ Escritura #%&$ E?ecuci;n #!&

chmod a+x File.txt

File.txt es e?ecutable por cualHuiera

chmod go!x File.txt

File.txt no es escribible ni e?ecutable por el grupo ,

otros.

tree

tree directorio

:uestra la estructura de archi"os de

directorio.

cat 0 !ore 0 less

cat archivo

:uestra el contenido de archivo #te!to&

more archivo

:uestra el contenido de archivo #te!to

paginado&

#ess archivo

:uestra el contenido de archivo #te!to

paginado , con retroceso&

r!

rm archivo

`orra el archi"o o directorio.

Co es recuperable$ no ha, 7papelera8.

rm %r$ directorio

`orrado recursi"o , forzado de directorio

!2dir 0 r!dir

m'dir directorio

Crea directorio

rmdir directorio

`orra directorio #debe estar "acFo&

Editores de texto

nano / pico / ed

Editores bsicos de te!to

vi / emacs

Editores a"anzados de te!to

E!isten di"ersos editores de te!to

grficos #gEdit$ ?edit$ g"im$ ...&

3area

5epasar los comandos "istos en el

libro: 79ntroduction to Linu! = A <ands on
Euide8.