Mayor cantidad de ADN

Mayor nmero de cromosomas

Separacin espacial transcripcin-traduccin
Procesamiento del ARNm
Estabilidad del ARN
Diferenciacin celular
UN GEN CODIFICA PARA UN RNA Y UN RNA CODIFICA
PARA UNA PROTENA
ADN COMO MATERIAL GENTICO
Transformacin (1928) Frederick Griffith
Diplococcus pneumoniae
EXPERIMENTO DE
HERSHEY - CHASE
El ADN introducido en la
bacteria contiene la
informacin necesaria
para general nuevos
virus; es decir, el ADN es
el portador de la
informacin gentica
Cumple el DNA las condiciones del material hereditario?
Condiciones Componente del DNA
Tiene informacin biolgica
para las protenas
Cdigo Gentico: 3 bases
codifican para 1 aminocido
(protena)
Replicarse fielmente y
transmitirse a la
descendencia
Las bases complementarias
son fieles; se encuentran en
las clulas germinales
Debe ser estable en un
organismo vivo
Uniones covalentes; puentes
de hidrgeno
Capaz de incorporar cambios
estables
Las bases pueden cambiar
por mecanismos conocidos
Estructura del DNA
Polmeros de nucletidos.
RNA
DNA
Molcula larga filamentosa, estable y con capacidad
de autoreplicacin.
Adenina se aparea con Timina
Guanina se aparea con Citosina
Uniones entre bases
Purinas: (A, G)
Formadas por dos anillos.
Pirimidinas: (T, C, U)
Formadas por un anillo
bsico que contiene dos
molculas de nitrgeno.
Se unen entre si mediante puentes de hidrgeno (su funcin?)
Slo una purina con una pirimidina, produciendo una doble hlice
simtrica.
Adenina = Timina (DNA)
Adenina = Uracilo (RNA)
Guanina = Citocina (DNA y RNA)
Otras propiedades del DNA
Las hlices son antiparalelas
5 3
35
Medidas:
- Distancia entre una base nitrogenada y otra = 3,4 A
- Dimetro de la hlice = 20 A
- Vuelta de espiral (10 bases nitrogenadas) = 34 A
COMPOSICIN DE BASES
Determinacin de las cantidades de las 4 bases en diversos organismos.
1. La composicin de bases del DNA vara con la especie.
2. El DNA aislado de diferentes tejidos de un mismo organismo tiene la
misma composicin de bases.
3. La composicin de bases de un DNA no cambia con el tiempo, nutricin o
medio ambiente.
4. En todos los DNA: La cantidad de A proporcional a la cantidad de T y la
cantidad de G proporcional a la cantidad de C.
1949
Erwin Chargaff
Otras propiedades del DNA
Regla de Apareamiento de Chargaff:
Las bases nitrogenadas se aparean de manera que el
nmero total de purinas es igual al nmero total de
pirimidinas. Sin embargo, la cantidad de A + T no es
necesariamente igual a la cantidad de C + G.
A+G / C+T = 1
(Purinas) (Pirimidinas)
Ej. 5 AAATTTCGGCGT3
3TTTAAAGCCGCA5
7+5 / 5+7 = 1
A+T = 14 C+G = 10
MODELO ESTRUCTURAL DEL ADN - LA DOBLE HLICE
Doble hlice dextrgira.
Cadenas antiparalelas.
Las bases forman estructuras planas perpendiculares al
eje, apiladas unas sobre otras, separadas 3,4A.
B. N. de cadenas opuestas apareadas por puentes de
hidrgeno (A-T y G-C) = Complementariedad.
Cada vuelta completa tiene una longitud de 34A (= 10
bases).
Cada segmento de la molcula con un surco mayor y uno
menor alternados a lo largo del eje.
La doble hlice mide 20A de dimetro.
Watson y Crick -1953
MODELO DE LA DOBLE HLICE
FORMAS DEL ADN
Condiciones acuosas de
baja concentracin salina
Importancia biolgica
Alta salinidad o
deshidratacin.
Regiones ricas en
G - C.
Forma B
-10.5 pb/ vuelta
-36 A / vuelta
-20 A dimetrto
Forma A
-Alta concentracin de
sal, solventes orgnicos
-11 pb/ vuelta 23 A/ vuelta
-26 A diametro
Forma Z
-Izquierda
-12 pb/vuelta
-46 nm /vuelta
- 18 A dimetro
FORMAS DEL ADN
ESTRUCTURA CROMOSMICA EN
PROCARIOTES
Sin histonas
Empacamiento por superenrollamiento
Niveles de condensacin del DNA
eucariota
Nucleosoma: unidades de nucleoprotenas formadas
cada una por un cilindro corto de histonas en forma de
disco envuelto en cido nucleico. Formado por 8
molculas de histonas conocidas como H2A, H2B, H3
y H4.
Son la unidad fundamental de la organizacin de la
cromatina:
Cromatina: filamento de DNA y protenas.
Solenoide: anillos circulares y continuos formados
cada uno por seis nucleosomas.
ESTRUCTURA CROMOSMICA EN EUCARIOTES
ESTRUCTURA DEL CROMOSOMA
EUCARITICO
NIVELES DE ORGANIZACIN
NUCLEOSOMA
Es la unidad bsica de la cromatina
ocho protenas histnicas + una fibra de ADN
Estructura Nucleosoma
Nucleo del Nucleosoma (Mdula)
146 pb ADN; 1 3/4 vueltas de ADN
ADN negativamente superenrollado
2 de cada una : H2A, H2B, H3, H4 (octmero)
Nucleosoma (der)
~200pb ADN; 2 vueltas de ADN ms espaciador
Incluye histona H1
Mdula + ligador (linker)
Cromosoma procede del griego y significa "cuerpo que se tie". La
palabra cromatina significa "sustancia que se tie
Cromosoma = Material gentico (ADN) organizado en clulas
procariotas y eucariotas.
En eucariotas el cromosoma nace fundamentalmente de la interaccin
entre el ADN, las histonas y las protenas no histnicas.
Algunos autores piensan que la cromatina es solo la interaccin entre el
ADN y las histonas. Otros consideran que en la estructura de la
cromatina tambin intervienen las protenas no histnicas, e incluso
algunos autores piensan que el ARN tambin juega un papel importante
en la estructura de la cromatina.
CROMOSOMA Y CROMATINA
CROMATINA
Estructura:
Est formada por DNA
Tambin contiene dos tipos de
protenas: las histonas que estn
asociadas al DNA y las no
histonas que intervienen en la
transcripcin y duplicacin del
DNA.
Funcin:
Durante la mitosis se
condensan formando los
cromosomas que contienen la
informacin gentica de la
clula.
Cromatina
Eucromatina
(menos condensada)
Heterocromatina
-ms condensada
-inactiva
Constitutiva (metilado en C)
incluye a los telmeros y
centrmeros del crs que no
expresan su ADN. Es
constante de clula a clula y
nunca se expesa
Facultativa
Incluye al ADN satlite y
al corpsculo de Barr.
ESTUDIO DE LA ESTRUCTURA EXTERNA DE LOS
CROMOSOMAS
En cualquier especie eucaritica se analiza la forma, tamao y
nmero de los cromosomas que posee.
Este estudio suele realizarse cuando los cromosomas han alcanzado
su mximo grado de contraccin y tienen sus bordes perfectamente
definidos = Metafase mittica.
El estudio de la estructura externa de los cromosomas culmina con la
obtencin del cariotipo.
PROCARIOTAS EUCARIOTAS
Un solo cromosoma circular.
Los cromosomas son condensados en
el nucleoide por superenrrollamiento y la
unin de varias protenas estructurales.
Transcripcin y traduccin ocurren
simultneamente.
La mayora contienen solo una copia de
cada gen.
Genes no esenciales se codifican
comnmente en plsmidos
extracromosmicos.
Los genomas son eficientes y
compactos, conteniendo poco DNA
repetitivo.
Mtiples cromosomas lineales.
Los cromosomas son condensados en
un ncleo rodeado por membrana va
histonas.
La transcripcin ocurre en el ncleo y la
traduccin en el citoplasma.
La mayora contienen dos copias de
cada gen (son diploides).
Algunos genomas estn organizados en
operones, pero la mayora no.
Comnmente no poseen plsmidos
extracromosmicos.
Contienen una gran cantidad de DNA no
codificante y repetitivo.
CROMOSOMAS PROCARIOTES Y EUCARIOTES
NIVELES DE REGULACIN DE LA
EXPRESIN PROTEICA
a. Compactacin diferencial de la cromatina:
Afecta la capacidad de unin de las enzimas y factores de transcripcin.
La heterocromatina no se puede transcribir, la expresin gnica se puede
reprimir por condensacin de eucromatina en heterocromatina.
Las acetilaciones y desacetilaciones de histonas son un tipo de
regulacin en la descompactacin de la cromatina.
Conformacin y estructura del ADN
La acetilacin reduce la carga
positiva de la histona y por lo tanto
su afinidad de unin al ADN
La desacetilacin induce el efecto
contrario (recompactacin)
b. Modificaciones covalentes del ADN
Metilaciones de residuos de desoxicitidina
en sitios promotores dificulta la transcripcin
(genes de la globina, ms metilados en clulas no productoras de Hb)
La metilacin inhibe la transcripcin
La metilacin se produce en secuencias especficamente reconocidas, gral/e en las islas CpG las cuales
hacen parte de la regin promotora de los genes. Se requiere de la ADN metiltransferasa, la cual se
encarga de establecer y mantener los patrones de metilacin y necesita de las protenas de unin metil-
CpG las cuales estn involucradas en hacer las marcas de metilacin. Un ejemplo de la importancia del
silenciamiento de un gen o grupo de genes es la inactivacin del cromosoma X y la impronta de genes.
Interfiere en la capacidad de
los factores de transcripcin
para reconocer los sitios de
unin al ADN
Altera las conformaciones del
ADN dificultando la unin de la
ARNpol.
Modificacin del nmero y de la estructura de los genes:
Eliminacin total o parcial de genes impide la formacin del
ARNm y de la protena
correspondiente
-Glbulos rojos pierden ncleo y se produce una clula incapaz de
sintetizar toda otra protena de novo = 90% hemoglobina.
-Recombinacin somtica de la lnea germinal de los linfocitos B = los
genes codificantes de cadenas pesadas y livianas de las Ig sufren un
rearreglo independiente de la presencia del Ag. Se producen diversos
fragmentos gnicos de manera irreversible dando lugar a las diferentes Ig.
-Genes en tndem = presencia de mltiples copias de un gen que
aumentan la capacidad de produccin de la protena requerida en grandes
cantidades = histonas.
CICLO CELULAR
Composicin de un cromosoma
Brazos del crs: ADN y poco
ARN y un % bajo de protenas.
En esta regin se localizan los
genes.
Centrmero: Estructura que
ayuda a los crs a fijarse al huso
acromtico durante la divisin
celular.
CLASIFICACIN DE ACUERDO A LA POSICIN DEL
CENTRMERO
M
I
T
O
S
I
S
MEIOSIS
La Replicacin es
Semiconservadora
Al permitir duplicar la poblacin celular en el
medio con
14
N se producan dos bandas, una
correspondiente al ADN hbrido y otra de ADN
ligero .
Clulas pesadas en medio con NH
4
Cl con
14
N.
Todo el ADN form una nica banda, intermedia
entre la posicin que hubiera ocupado el ADN
pesado y el ADN ligero .
Meselson y Stahl en 1957 incubaron clulas de E. coli
en un medio que contena NH
4
Cl con
15
N. Al cabo de
un tiempo todo el ADN microbiano era pesado (las
bases nitrogenadas estaban constituidas slo por
15
N).
Centrifugacin en gradiente de densidad
MESELSON Y STAHL
14
N/
14
N DNA ligero
14
N/
15
N DNA intermedio
15
N/
15
N DNA pesado
La unin de nucletidos catalizada por ADN polimerasas.
Sntesis en direccin 5 3: Las ADNpol. slo pueden agregar
nucletidos en el extremo 3 de una cadena polinucleotdica apareada a
la cadena que se est copiando.
El sustrato para la reaccin son Trifosfatos de nuclesido: Reacciones
fuertemente energticas.
Se requiere un templado (molde).
Se requiere un primer (5 nucletidos de RNA).
Replisoma de 20 o ms protenas en la sntesis de DNA.
La replicacin se lleva con alto grado de fidelidad. Una ADNpol.
comete un error cada 10
6
a 10
8
pares de bases aadidas.
Requisitos para la sntesis de ADN
Replicacin bidireccional
ORIGEN DE REPLICACIN = punto fijo a partir del cual se lleva
a cabo la replicacin, avanzando de forma secuencial con
estructuras en forma de HORQUILLA, hasta que el DNA est
completamente duplicado.
ADN mitocondrial, algunos
plsmidos y algunos genomas
de cadena simple de fagos
pequeos
En cromosoma circular (bacterias y virus) basta con un origen y dos
horquillas y los genomas son copiados completamente por un proceso
que comienza una sola vez en un sitio nico.
En un cromosoma lineal (Eucariotes, con longitud mayor que el
bacteriano) para que el proceso sea ms rpido, existen mltiples
orgenes a lo largo de cada crs. y las dos horquillas continan hasta
que encuentran las horquillas de una regin vecina.
El ADN de los eucariontes est fuertemente asociado a los octmeros
de histonas, en forma de nucleosomas, por lo que adems de
replicarse el ADN, deben duplicarse tambin las histonas. Al parecer,
tanto las nuevas histonas como las antiguas se reparten de manera
aleatoria entre las dos nuevas hebras hijas: en la retardada y en la
conductora.
En E. coli el movimiento de la horquilla de replicacin es de
1000pb/seg, y se tarda aprox. 42min en duplicar el genoma entero
(4.5x10
6
pb).
En DNA eucariota, la horquilla de replicacin se mueve 100pb/seg
probablemente por la asociacin del DNA con las histonas. En
humanos la replicacin del DNA (3x10
9
pb) requiere aprox 8 hrs,
mientras que en Drosophila toma de 3-4 min.
Origen de replicacin ADN (cada ~150 kb)
Burbuja de replicacin
Cromosomas hijos
Fusin de burbujas
Replicacin bidireccional
Orgenes de replicacin en cromosomas de mamferos
5
3
3
5
5
3
3
5
3
5
5
3
Replicacin semidiscontinua
Replicacin en sentido 5 3, pero las cadenas deben crecer
simultneamente a pesar de ser antiparalelas y una de las cadenas debe ser
sintetizada en direccin 3 5.
2 tipos de cadenas:
Cadena continua o lder: 5 3 a medida que la cadena parental se
desenrolla.
Cadena discontinua o retrasada: se expone un fragmento de la cadena
parental sencilla y se sintetiza un segmento en direccin reversa
(Fragmentos de Okazaki).
Principales protenas en la replicacin
Topoisomerasas: rompen una hebra y la tensin del
enrollamiento de la hlice se relaja
Helicasas: completan el desenrrollamiento
ADN polimerasas: complejos agregados de diferentes
protenas.
Primasas: sintetizan los iniciadores de ARN que se necesitan
para iniciar la replicacin
Ligasas: sellan las lagunas dejadas por las ribonucleasas
cuando remueven los primers, catalizan la unin fosfodiester
entre nucletidos adyacentes.
Proteinas de unin a la hebra sencilla del ADN: estabilizan la
horquilla de replicacin.
Principales protenas en la replicacin
DNA polimerasas
Caractersticas generales
1. Sustratos
DNA monocatenario
Desoxinucletidos trifosfatos (dNTPs)
Extremo 3-OH libre
2. Reaccin: Formacin de un enlace fosfodister
Polimerizacin en sentido 5 --- 3
3. Procesativas o progresivas:
Son capaces de catalizar mltiples ciclos.
No abandonan el sustrato (DNA
monocatenario).
Cataliza una serie de pasos sucesivos de
polimerizacin sin liberar el molde.
4. Poseen actividad autocorrectora:
La tasa de error por apareamiento entre bases es alta (1 error/1000 nucletidos)
La tasa de error de la DNA polimerasa de E. coli es de 10
-8
- 10
-10
Autocorreccin == Actividad Exonucleasa 3 - 5.
Algunas DNA polimerasas tambin tienen Actividad Exonucleasa 5 - 3
5. Necesitan un cebador para polimerizar: No son capaces de iniciar la sntesis
de DNA
ADN POLIMERASAS
ADN POLIMERASAS EUCARIOTAS
Enzimas con la capacidad de copiar exactamente una hebra
molde de ADN.
Alfa (): Inicia la sntesis de ambas cadenas, es inusual. Se
une al complejo de iniciacin en el origen y sintetiza una
cadena corta de 10 bases de RNA seguidos de 20-30 bases
de DNA.
Beta (): reparacin del ADN daado, excisin de reparacin
y sntesis de llenado.
Delta (): elonga la cadena continua. Es altamente procesiva.
Tiene actividad exonucleasa 3 5.
Gamma (): replicacin del ADN mitocondrial
Epsilon (): altamente procesiva y con actividad exonucleasa
3 5. Puede estar involucrada en la sntesis de la cadena
discontinua.
ADN polimerasas
DNA polimerasa
Tiene 3 dominios:
-Dedos
-Pulgar
-Palma (compuesta
de una lmina )
Mecanismo de la polimerasa:
PALMA:
Contiene el sitio activo. Consistente en dos iones
metlicos divalentes, que alteran el ambiente entre
dNTP apareado a la base y 3`OH del primer.
Mecanismo de la polimerasa:
DEDOS:
Contiene los residuos de arginina, lisina y tirosina, que
interactan con el dNTP.
Se asocia a la plantilla, y permite un giro de 90 del
enlace fosfodiester.
Mecanismo de la polimerasa:
PULGAR:
-Mantiene el primer: plantilla unido al sitio activo.
-Evita la disociacin entre la DNA polimerasa y su
sustrato.
Exonucleasa corrige el DNA sintetizado:
El mal apareamiento de una base disminuye su
afinidad por el domino de la palma, generando el
deslizamiento de este hasta el sitio activo de la
exonucleasa.
REPLICACION DEL ADN
1. El ADN es desenrollado por las
topoisomerasas
2. Luego se separan las 2 cadenas
por medio de la helicasa
Horquilla de replicacin
Solamente una hebra del ADN se sintetiza de manera continua
(hebra adelantada o conductora).
La otra hebra se forma a partir de pequeas piezas discontinuas de
ADN que se sintetizan al revs con respecto al movimiento de la
horquilla de replicacin (hebra rezagada o tarda).
A estas piezas se les conoce como: Fragmentos de Okasaki.
Proteinas SSB
HELICASA
Se separan las 2 cadenas por medio de la
helicasa
Se unen a cada cadena simple las protenas
SSB que estabilizan las cadenas y evitan el
enrollamiento
El primer paso es la colocacin de un
pequeo fragmento de ARN por la enzima
PRIMASA, este fragmento despus es
removido por una polimerasa con actividad
exonucleasa.
Fragmentos de Okasaki
La enzima primasa sintetiza segmentos de ARN 83-10 nucletidos,
llamados iniciadores, cebadores o primers (en eucariotas actan la
primasa y la ADN polimerasa a)
Estos iniciadores se extienden con la ADN polimerasa (III en
procariotas y ADN polimerasa d en eucariotas)
Los iniciadores de ARN deben eliminarse y ser reemplazados por
ADN
En E. coli acta una ARNasa H y la ADN polimerasa I
En eucariotas actan otras exonucleasas y la ADN polimerasa
Los fragmentos de Okasaki son unidos por ligasas
PROBLEMAS DE LA REPLICACIN
Cmo replicar ambas hebras?
Las dos hebras NO se replican igual:
REPLICACIN SEMIDISCONTINUA
PROBLEMAS DE LA REPLICACIN
PROBLEMAS DE LA REPLICACIN
TELMEROS
Sellan los extremos de los cromosomas.
Larga serie de secuencias cortas repetidas en tndem (100 -
1000 dependiendo del organismo)
C CCCAACCCC AACCCCAACC CCAACCCCAACC CCAA
GGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTT
C CCCAACCCC AACCCCAA-5
GGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTT
Dificultad en
extremos de
los
cromosomas
lineales
durante la
replicacin
(Molde de la cadena retrasada)
(Molde de la cadena lder)
Sntesis discontinua y
continua de DNA
Eliminacin de los cebadores de RNA,
formndose los huecos (a) y (b)
(--a--) (--b--)
El hueco (a) puede llenarse
El hueco (b) no puede llenarse
(--b--)
3
3
3
3
5
5
5
5
5
3
SNTESIS EN EXTREMOS
DE CROMOSOMAS
LINEALES
Enzima telomerasa aade varias copias
de la repeticin de 6 nucletidos (5-
TTGGGG-3)al extremo 3 de la cadena
retrasada.
Las repeticiones forman una horquilla
que se estabiliza por puentes de
hidrgeno atpicos entre residuos de
guanina opuestos, creando un extremo
3-OH libre tras la eliminacin del
cebador de RNA sirviendo como
sustrato para que la DNA polimerasa
llene el hueco.
Si luego se corta la horquilla se impide
la prdida potencial de DNA en cada
ciclo posterior de la replicacin.
RNA
CIDO RIBONUCLEICO
ARN
Macromolcula sintetizada por RNA
polimerasas en proceso = Transcripcin.
Formado por nucletidos unidos por enlaces
fosfodister. Presenta una composicin
similar a la del DNA: Nucletidos: A, U, G
y C.
Generalmente de cadena sencilla.
Estructura primaria = secuencia de
cido ribonucleico
ARN
Tipos de ARN
A diferencia del DNA el RNA engloba una familia muy heterognea.
RNA heterogneo nuclear (hnRNA)
RNA mensajero (mRNA)
RNA ribosmico (rRNA)
RNA de transferencia (tRNA)
RNA pequeo nuclear (snRNA) = U1, U2, U4, U5, U6
RNA citoplasmtico pequeo (scRNA) = 7SL RNA
RNA
RNA heterogneo nuclear (hnRNA)
Representa las molculas precursoras del mRNA que son transcritas
directamente del DNA y que codifican para una protena determinada.
La fragmentacin constituye la maduracin o procesamiento del RNA.
RNA mensajero (mRNA)
Molculas procesadas del hnRNA que codifican para una protena
determinada.
Su secuencia de nucletidos es traducida en una secuencia de
aminocidos en el proceso de traduccin para sintetizar una protena.
Formas muy heterogneas tanto en tamao como en secuencia existiendo,
en gral, una molcula de mRNA para cada gen o grupo de genes.
Es el menos abundante de todos los RNAs celulares.
Diferencias entre la expresin gnica de
procariotas y eucariotas
RNA
RNA ribosomal (rRNA)
Es el RNA ms abundante en la clula
Principal componente de los ribosomas.
Tiene funcin cataltica y estructural en la sntesis de protenas.
Existen diferentes tipos en funcin de sus coeficientes de sedimentacin,
asociados de forma especfica a la subunidad grande y a la subunidad
pequea de los ribosomas.
16S (subunidad ribosmica pequea)
23S (subunidad ribosmica grande)
5S (subunidad ribosmica grande)
Procariotas
18S (subunidad ribosmica pequea)
28S (subunidad ribosmica grande)
5,8S (subunidad ribosmica grande)
5S (subunidad ribosmica grande)
Eucariotas
rRNA
Ribosomas
Partcula de ribonucleoprotena con dos subunidades que trabajan
juntas como parte del ribosoma pero cada una con una funcin
especfica en la sntesis de protenas.
2/3 RNA y 1/3 Protenas
RNA
ARN de transferencia (tRNA).
Es el RNA ms pequeo. Entre 75 y 90 nucletidos
Su funcin es transportar los aminocidos en forma activada hasta el
ribosoma, durante el proceso de traduccin del mRNA
Existe al menos un tipo de tRNA para cada uno de los 20
aminocidos. Sin embargo, algunos aminocidos tienen varios tRNAs
como por ejemplo Leu y Arg, que pueden ser transferidos a la cadena
polipeptdica por 6 tRNAs diferentes cada uno.
Todos los tRNAs presentan en su extremo 3 la secuencia de
nucletidos CCA, independientemente del aminocido que transporten.
El extremo 3 constituye el extremo aceptor del aminocido.
tRNA
Cuatro brazos principales
Brazo aceptor
Une el aa activado
en el extremo
CCA3
Brazo del anticodn
Contiene la
secuencia
complementaria de
los codones del
mRNA
tRNA
Contiene diversas bases modificadas.
tRNA
RNA
RNA pequeo nuclear (snRNA)
Implicados en procesos de maduracin del hnRNA. El snRNA se
asocia a protenas formando ribonucleoprotenas pequeas nucleares
encargadas de eliminar los intrones.
Son pequeas secuencias de unos 150 nucletidos en promedio: U1,
U2, U3, U4, U5, U6
snRNPs + protenas = Spliceosoma
RNA citoplasmtico pequeo (scRNA)
En su estado natural = ribonucleoprotenas
RNA 4.5S forma parte de la partcula de reconocimiento de la
secuencia seal SRP (Signal Recognition Particle) que ejerce una
funcin especfica en el envo de protenas recin sintetizadas hacia
compatimientos intra o extracelulares.
RNA
GEN
Unidad elemental de la herencia.
Regin del genoma que contiene la informacin necesaria para sintetizar
un polipptido
Secuencia lineal de nucletidos en la molcula de ADN (o RNA en el
caso de algunos virus), que contiene la informacin necesaria para la
sntesis de una macromolcula con funcin celular especfica. Por
ejemplo: Protenas, mRNA, rRNA, tRNA y RNA pequeos.
Los genes se disponen, a lo largo de cada uno de los cromosomas.
Muchos estn constitudos por regiones codificantes = exones
interrumpidos por regiones no codificantes = intrones que son eliminados
en el procesamiento del ARN.
Tipos de secuencias en un gen
Estructural Reguladora
Promotores
Interaccionan factores de
transcripcin
Exones
Intrones
En procariotas no hay procesamiento porque sus genes carecen de
intrones. La secuencia de bases presente en el ARN determina la
secuencia de aminocidos de la protena por medio del cdigo
gentico.
Otros genes no son traducidos a protena, sino que cumplen su funcin
en forma de ARN.
Algunos genes han sufrido procesos de mutacin u otros fenmenos de
reorganizacin y han dejado de ser funcionales, pero persisten en los
genomas de los seres vivos = pseudogenes, pueden ser muy parecidos
a otros genes del mismo organismo que sean funcionales.
FAMILIAS DE GENES
Set de genes con homologa conocida, caracterizados dependiendo de
la secuencia de nucletidos protenas.
Evaluacin por tcnicas filogenticas.
GEN
Los genes se expresan con diferentes
eficiencias
TRANSCRIPCIN EN
EUCARIOTES
Plantas con flores
Mamferos
Reptiles
Peces
Equinodermos
Anfibios
Algas y Hongos
Insectos
Gusanos
Aves
Tamao del genoma haploide (pares de bases)
Homo= 1600 Mpb
Drosophila= 165 Mpb
E. coli= 4,2 Mpb
Virus y Bacterias
pb
GENOMAS
Y SUS TAMAOS
El ser humano tendra solo el
doble de genes que la mosca
del vinagre, un tercio ms que
el gusano comn y apenas
5.000 genes ms que la planta
Arabidopsis. El ADN humano
es al menos en un 98%
idntico al de los chimpancs y
otros primates.
VALOR C: contenido total de
ADN del genoma haploide de
un individuo.
PARADOJ A DEL
VALOR C: Falta de
correlacin entre la
cantidad de ADN y la
complejidad de un
organismo
GENERALIDADES
Primer proceso de expresin gentica:
DNA PROTENA
Intervienen s RNA como intermediarios
DNA RNAm
Ms complejo que procariotes
(Enzimas, No protenas y promotores)
La cadena molde (3` 5`)
RNA polimerasa
TRANSCRIPCIN Y TRADUCCIN EN
CLULAS
En una clula procariota la transcripcin y la traduccin estn emparejadas: la
traduccin comienza cuando el mRNA est siendo an sintetizado. En una
clula eucariota, la transcripcin se realiza en el ncleo mientras que la
traduccin se realiza en el citoplasma.
Procariotas Eucariotas
1 ARN pol 3 ARN pol
separada de la traduccin
ARNm policistrnicos monocistronicos
No maduracin de ARNm Maduracin del ARNm
DIFERENTES GENES PARA
DIFERENTES RNAS
Cada RNA es codificado por un tipo de gen:
mRNA - RNA mensajero: Codifica la
secuencia de aminocidos de un polipptido.
tRNA - RNA transferencia: Lleva los
aminocidos a los ribosomas durante la
traduccin.
rRNA - RNA ribosmico: Con protenas
ribosmicas, constituye los ribosomas,
encargados de la traduccin de mRNA.
snRNA - RNA pequeo nuclear: Est
implicado en el proceso de maduracin del
RNA en las clulas eucariotas.
.
1. UBF1: Polipptido que se une a una regin rica en G-C tanto en el
ncleo del promotor como en UCE (Elementos de control corriente
arriba).
2. SL1: Formada por 4 protenas entre las que se encuentra la TBP
(del ingls TATA binding protein).
requiere de
dos factores
auxiliares:
RNA POL I
TIPOS DE RNA POL
Reside dentro del ncleo en el nuclolo donde transcribe los genes
que codifican para los RNA ribosomales (RNAr). Esta enzima
sintetiza un nico transcrito, el RNAr 45S, precursor de los RNAr
18S, 28S y 5.8S
RNA POLIMERASA II
Se encuentra en el ncleo, especficamente en el
nucleoplasma, sintetizando molculas de RNAhn (RNA
heterogneo nuclear), el precursor del RNAm.
RNA POLIMERASA III
Se encuentra en el nucleoplasma del ncleo y es la encargada
de la sntesis de los RNA de transferencia (RNAt), el RNAr
5S y otros pequeos RNA (RNAsn, del ingls smoll nuclear).
ESTRUCTURA BSICA DE UN GEN
CODIFICADOR DE PROTENAS
Un gen codificador de protenas consiste en un promotor, seguido de la
secuencia de codificacin de la protena y de un terminador.
El promotor es una secuencia de pares de bases que especifica dnde debe
comenzar la transcripcin.
El terminador es una secuencia que especifica el final de la transcripcin en
mRNA.
Cmo es la estructura de un gen eucariota?
Regin
regula-
toria
ESQUEMATIZACION DEL GEN
Otra secuencia
regulatoria fuera de
la secuencia del gen
Otra secuencia
regulatoria fuera de
la secuencia del gen
ADN
Regin
regulatoria
Regin estructural
Regin estructural
Sitio de inicio de
la trascripcin
(nucleotido+1)
5
3
3
5
Nomenclatura ADN: nucletido +1,
corriente arriba (-) y corriente abajo (+)
Promotor Regin estructural
Sitio de inicio de la trascripcin: nucleotido +1
+1
Corriente abajo (+) Corriente arriba (-)
Por convencin..
Direccionalidad del ADN
Al esquematizar una sola de las hebras de ADN,
SIEMPRE se escribe su secuencia en sentido 53
5
3
CCATGGTCTATGACTGGTCCATGCTAGCTGAGCTCGT
TATA
INICIADOR
PROMOTOR
Secuencias que determinan el sitio de inicio de la transcripcin
(Regiones que contienen la caja TATA y/o el iniciador)
PROMOTOR
Secuencia en el ADN que define el sitio de iniciacin de la transcripcin del ARN.
Los promotores ms frecuentes son los de tipo TATA (secuencia consenso TATAAA)
y CCAAT (secuencia consenso GGCCAATCT), denominados motivos o cajas (box)
por su alta conservacin evolutiva. Mutaciones en estas secuencias afectan la
transcripcin a ARN.
La caja TATA est localizada 20-30pb corriente arriba del sitio de inicio de la
transcripcin (+1). LA caja CAAT se encuentra unas 80pb corriente arriba del sitio
de iniciacin de la transcripcin. Tambin existen las cajas GC (secuencia consenso
GGGCGG).
Numerosas PROTEINAS identificadas como TFIIA,B,C, etc. (factores regulatorios de
la ARN polimerasa II) interaccionan con la caja TATA. El promotor CCAAT reside
50-130pb corriente arriba del sitio de inicio transcripcional. La protena
denominada C/EBP (caja CCAAT/enhancer/binding/protein) se une a esta
secuencia. Otra secuencia regulatoria incluye a la caja GC.
Los promotores se localizan corriente arriba (5) del inicio de la transcripcin,
aunque algunos pueden ubicarse corriente abajo (3) o bien ser de tipo
intragnicos. El nmero y tipo de elementos regulatorios varan segn cada
ARNm. La naturaleza de los promotores y la combinacin de las protenas
interactuantes con ellos es uno de los principales mecanismos de regulacin en los
genes de tipo inducibles.
Detalle de la estructura de un gen eucariota
ESQUEMATIZACION DEL GEN
caat tata intron intron exon exon exon
5UTR
3UTR
Sitio de inicio de
la trascripcin
(nucleotido+1)
Promotor
Regin estructural
Regin codificante
Primeras tres bases (ATG) que
codificarn para el codn de
iniciacin
Ultimas tres bases TGA TAA TAG que
codificarn para uno de los 3 posibles
codones de terminacin o STOP.
Regin
regula-
toria
Regin estructural
EL PROCESO DE TRANSCRIPCIN
La RNA polimerasa cataliza una reaccin qumica que
resulta en la sntesis de RNA a partir de la cadena
molde de DNA.
La sntesis de RNA implica la separacin de las cadenas de DNA y la sntesis
de una molcula de RNA, mediante la enzima RNA polimerasa, utilizando
una cadena de DNAcomo patrn.
Transcripcin
ARN polimerasa.
En eucariotas
ARN Pol I ARNr
ARN Pol II ARNm
ARN Pol III ARNt y pequeos
ARN nucleares (snARN)
Reaccin de polimerizacin
irreversible.
Direccin del proceso 5 3.
1 error cada 10
4
nucletidos
copiados.
Polimerizacion
rNTP entrante
Cadena de ARN en
crecimiento 5 3
PREINICIACIN
Se requieren factores de transcripcin
unen
PROMOTORES
(5` Genes)
Secuencias de DNA
(TATA (-10-30))
TBP
Prot de unin
TF II A
Estabiliza complejo
TF II D - DNA
TF II D
+
TF II B
Despus
De TATA
Unin RNA pol
TF II E
sirve para unir luego
a TF II H
TF II F
Helicasa
depen.ATP
Clave en el
posiciona/to
de la RNApol
+
COMPLEJO DE PRE INICIACIN CERRADO
La unin de la ARNpol a los promotores permite un desenrollamiento local de
17 pares de bases de la molcula de ADN - patrn (llamada burbuja de
transcripcin)
ELONGACIN
a) Unin de la holoenzima a la regin promotora (complejo cerrado)
b) Separacin de la doble hebra (complejo abierto)
c) Elongacin en direccin 5' 3' , a los 12 nucletidos transcritos la
subunidad sigma se disocia.
TERMINACIN
SECUENCIA DE DNA RICAS EN GC (extremo de los genes) SEGUIDA DE
SECUENCIAS RICAS EN T (formando secuencias palindrmicas)
transcriben
ESTRUCTURA EN HORQUILLA QUE DESESTABILIZA EL COMPLEJO ARN-ADN
Separacin de la ARNpol, renaturalizacin de la burbuja de transcripcin
protenas reguladoras especficas de la
terminacin de la transcripcin como rho
TRANSCRIPCIN COMPLETA DE UNA
MOLCULA DE RNA
La transcripcin comienza en el promotor, por toda la regin de
codificacin, y se acaba en el terminador.
RNAm EN CLULAS EUCARIOTAS
La secuencia de un gen codificador de protenas en una clula eucariota no es
normalmente colineal con el mRNAtraducido; esto es, la transcripcin de un gen es una
molcula que debe ser procesada para eliminar las secuencias extra (intrones) antes de
traducido en un polipptido.
PROCESAMIENTO DEL PRE-RNAm
(SPLICING)
La mayor parte de los genes codificadores de protenas en las clulas eucariotas
contienen intrones, que dividen la secuencia codificadora de aminocidos en exones. La
transcripcin de estos genes es pre-mRNA (mRNA precursor) y es procesado en el
ncleo para eliminar los intrones y unir los exones en una cadena de mRNA traducible.
Este mRNA sale del ncleo y se traduce en el citoplasma.
Producto de la transcripcin de ADN a ARN
Extremo Amino
(N-terminal)
Extremo Carboxilo
(C-terminal)
Control transcripcional de la expresin gentica
Cis Trans
Promotores Factor transcripcin
TATA y CCAAT Generales Histoespecficos
Secuencias potenciadoras (Enhancers)
Secuencias silenciadoras o amortiguadoras
REGULACIN DE LA TRANSCRIPCIN
Figure 17-13 Copyright 2006 Pearson Prentice Hall, Inc.
Los activadores se unen a los potenciadores
(enhancers) y a los factores de transcripcin
Los activadores tienen un dominio de unin al ADN
Hlice-vuelta-hlice
Dedos de zinc
Cremalleras de leucina
Figure 17-14 Copyright 2006 Pearson Prentice Hall, Inc.
Hlice Vuelta - Hlice
Figure 17-15 Copyright 2006 Pearson Prentice Hall, Inc.
Dedos de Zinc
Figure 17-16 Copyright 2006 Pearson Prentice Hall, Inc.
Cremalleras de Leucina
Control postranscripcional
Poliadenilacin alternativa
Splicing alternativo
Transporte del ARN al citoplasma
Estabilidad del ARN mensajero
Ribointerferencia - RNAi
La ribointerferencia es un mecanismo de silenciamiento
post-transcripcional de genes especficos, ejercido por
molculas de RNA que, siendo complementarias a un
RNAm, conducen a la degradacin de ste.
RNAi es una molcula de RNA que suprime la expresin de
genes especficos.
El siRNA, RNA pequeo de interferencia, es tambin
conocido como RNA de silenciamiento y es uno de los tipos
de RNA interferente.
Es altamente especfico para la secuencia de nucletidos
de su RNAm diana, interfiriendo por ello con la expresin del
gen respectivo.
Estructura
Doble cadena de 21-23 pb.
Cada hebra de RNA tiene un grupo fosfato 5 y un grupo
hidroxilo (-OH) en 3.
Los siRNA no estn presentes en organismos unicelulares,
sino que son propios de clulas eucariotas. Esto sugiere
que se trata de una funcin biolgica bastante nueva, que
han adoptada las clulas ms avanzadas durante la
evolucin .
Aplicaciones y funciones
Mecanismo de control de la expresin gnica.
Permite estudiar la funcin de cada gen e identificar genes
esenciales en procesos celulares.
Regulacin del desarrollo y el mantenimiento del genoma.
Funcionan como un sistema de defensa contra virus,
control de transposones o elementos gnicos anmalos.
Estrategia teraputica potencial en enfermedades virales,
descubrimiento de frmacos diana y terapia del cncer.
Validar dianas teraputicas.
Suelen utilizarse precursores de RNAi, ya sea RNA doble
cadena del gen diana a reprimir o directamente RNA
monocatenario complementario al RNAm a silenciar.
Con cultivos celulares, generalmente el vehculo utilizado
son liposomas.
Va del RNAi
Va del RNAi
Dicer puede cortar dsRNA a siRNAs de: (A) secuencias propias, (B)
virus o (C) miRNAs.
Algunos virus generan dsRNA dentro de las clulas a las que infectan.
Las clulas infectadas detectan estos dsRNA y montan una respuesta
de defensa, que termina con la degradacin del RNA invasor
siRNAs
RNA interference (RNAi)
dsRNA
siRNA
Dicer
RISC
AAAA cap mRNA
AAAA cap mRNA
TRADUCCIN
La sntesis de protenas es la
etapa final de la expresin
gnica.
La traduccin del RNAm es el
inicio a la protena funcional.
La cadena polipeptdica debe
plegarse para adquirir su
conformacin
La sntesis de protena implica
interaccin entre RNAm, RNAt,
RNAr + protenas
RNA t
Unin covalente mediada
por Aminoacil RNAt sintetasa
C/U enz reconoce
un nico aa.
1. aa + AMP: aminoacil AMP
(intermediario)
2. Transferencia del aa al
CCA 3`RNAt
(libera el AMP)
1
2
3
Ribosomas
Requerimientos: mRNA
aa-tRNA
Ribosomas
Ribosoma: Plataforma donde se realiza la
sntesis proteica
Subunidad mayor: 3 rRNA y 49 protenas
Subunidad menor: 1 rRNA y 33 protenas
Ribosomas
E. coli: 20.000 ribosomas
Clula mamfero en divisn continua: 10 millones ribosomas
RNAr
Estructura 2
ria
Complementariedad
de las bases
Funcin
Formacin de enlaces
peptdicos
RNAm
Esquema general para iniciar la
traduccin
Participan al menos 10 factores de iniciacin (eIF).
Se forma el complejo 80S, puesto que los ribosomas son mayores.
El codn de inicio siempre es AUG y el primer aa es la Met. No est
modificado, aunque el tARN iniciador es diferente al resto.
Se usa el triplete AUG ms cercano a la caperuza 5.
La subunidad 40S se une y explora desplazndose por el mARN
hasta que encuentra el primer triplete AUG.
Traduccin en eucariotas
Esquema general traduccin
Cdigo gentico
Cmo se traduce la informacin contenida en el mRNA a protenas?
La relacin entre la secuencia de bases en el DNA o su transcrito
de RNA y la secuencia de aminocidos en las protenas
Naturaleza del cdigo gentico
El cdigo gentico es universal
Todos los organismos vivos usan el mismo cdigo gentico
El mRNA de un determinado organismo puede ser traducido correctamente
a protenas en otro organismo
Cdigo gentico
3 Nucletidos (una tripleta) codifican un aminocido
Secuencia de bases
Secuencia de
aminocidos
Es continuo. No existen signos de puntuacin
Cdigo gentico
Los tripletes no se leen de forma superpuesta
Pero puede leerse en tres marcos de
lectura diferentes. Slo uno es correcto
para dar lugar a una protena dada
No es ambiguo. Una tripleta siempre codifica para el mismo aa.
Es degenerado. Un aminocido puede ser codificado por varias
tripletas. Sinnimos
Cdigo gentico
64 tripletas
y
20 aminocidos
61 tripletas codifican para aminocidos
3 tripletas son seales de parada (UAA, UAG, UGA)
Solamente los aminocidos Trp y Met tienen una sola tripleta
El nmero de tripletas se relaciona con la frecuencia de uso de los
aminocidos
Qu ventaja biolgica tiene que el cdigo gentico sea degenerado?
Minimiza los efectos deletreos de las mutaciones
Menor probabilidad de mutaciones que originen la terminacin
de la cadena
Permite variaciones en la secuencia de DNA sin cambios en la
secuencia de aminocidos.
DNA con diferentes contenidos en G+C pueden codificar las mismas
protenas
Cdigo gentico
Cdigo gentico
INICIACIN
Se requieren diversas protenas eIF:
eIF-1
eIF-1A
eIF-3
+ Subunidad 40S
eIF-2
+
GTP
+
Metionil RNAt iniciador
1
2
3
Protena PABP en 3`
(cola poli A)
eIF-4A
eIF-4B
eIF-4E
eIF-4G
En 5`
+
4
Chequeo
Acoplamiento entre el RNAm a la subunidad 40S
(mediado por la interaccin entre eIF-4G y eIF-3)
5
Sub 40S + metionil RNAm + eIF
AUG
Eif-5
(provoca hidrolisis de GTP-eIF-2)
Liberacin de todos los eIF
Sub 60S +
sub 40S
Complejo de inicio
80S
6
7
ELONGACIN
3 Sitios: P:peptidil; Aaminoacil; E:liberacin
Los factores proteicos EF:
EF-TU
EF-TS
EF-G
EF-TU (EF-1 +GTP) dirige la entrada aminoacil-
RNAt al sitio A
Hidrolisis de GTP a GDP
Metionil RNAt iniciador al sitio P
1
2
3
EF-1 forma el enlace peptdico y posterior se libera
RNAt
4
Translocacin
5
EF-2
TERMINACIN
El recorrido termina cuando hay las secuencias
UUA, UAG,UGA
llegan RNAt
No
Pero si
Factores de liberacin
RF-1 + RF-3 (ayuda a RF-1)
Control traduccional
Velocidad y nmero de veces con que los
ARNm son traducidos
Ms del 90% de ribosomas se encuentran en
actividad
Cambio en el marco de la traduccin
Salto del codn de terminacin
REGULACIN TRADUCCIONAL
Control post-traduccional
Glicosilaciones Rompimiento Remocin
amino
Protena naciente
Acetilaciones Metilacin Sulfataciones
UAU
Tirosina
Tyr/Y
GAU
Acido asprtico
Asp/D
AAU
Asparagina
Asn/N
CAU
Histidina
His/H
UGU
Cisteina
Cys/C
UUU
Fenilalanina
Phe/F
UCU
Serina
Ser/Y
UAC
Tirosina
Tyr/Y
UAA
Terminar
UAG
Terminar
Amino cidos
Bsicos
Acdicos
Polares
Nopolares
(hidrofbicos
Consecuencias de una mutacin puntual en el codn de Tirosina
Primera
posicin
Segunda
posicin
Tercera
posicin
1 Silenteo sinnima
6 Sin sentido
no sinnimas
2 Terminacin
Transversin
Transicin
Enhancer
(elementos distantes de control)
Elementos proximales
de control
ADN
Upstream
Promotor
Exon Intron Exon Intron
Seal de
Poli-A
Exon
Regin de
Termination
Transcriccin
Downstream
Seal de Poli-A
Exon Intron Exon Intron Exon ARN transcrito
primario
(pre-ARNm)
5
Intrones ARN
Procesamiento del ARN:
Se agrega el Cap y la cola de Poli-A;
Se eliminan los intrones y se empalman los exones
Segmenteo codificante
P P P G ARNm
5 Cap
5 UTR
(no traducido)
Codon de
iniciacin
Codon de
terminacin
3 UTR
(no traducido)
Cola de
Poli-A
Regin 3 terminal
del transcrito
primario
Regiones proximales
Secuencias de Regulacin
Muchos genes eucariotas estn controlados por
secuencias de regulacin localizadas a grandes
distancias del sitio de inicio de la transcripcin
Llamadas estimuladores (enhancers) si estimulan
Silenciadores (silencers) si la inhiben
Aqu se unen factores transcripcionales que regulan a
la ARN polimerasa
Pueden estimular o
inhibir la transcripcin.
Se sitan corriente arriba
o corriente abajo del
promotor, y orientados
en cualquiera de los dos
sentidos
ENHANCER
Accin de factores unidos a enhancer y
promotor sobre la ARN polimerasa
Estimulador
Bucle
de ADN
Coactivadores
Complejo de
iniciacin
TATAA
Protenas de regulacin
transcripcional
Son protenas que reconocen secuencias
especficas del ADN, hay de 2 tipos:
Activadores de la transcripcin
Represores de la transcripcin
Factores de transcripcin
Factores de transcripcin que se unen
directamente a ADN:
FTIID
Accin de los represores
eucariticos
Activador
Represor
Represor compite con el
activador por unin al ADN
Dominio
represor
Dominio de
unin al ADN
Represor se une al ADN e inhibe la
transcripcin