Protein ASP Leg Amien To

PROTEINAS
Estructura
Estabilidad/Dinmica
Plegamiento
Estructura y estabilidad de protenas
Geometra de la cadena polipeptdica
Determinada por:
Energa potencial:
interacciones no covalentes
interacciones dipolares
potencial de torsin
Puentes de hidrgeno
Interacciones hidrofbicas
Interacciones inicas
Amino cidos ( ionizacin )
Enlace peptdico
Modificaciones amino cidos
Grupos prostticos
Caractersticas de los amino cidos
A pH7
PROTEINAS: AMINO ACIDOS
El C es asmtrico
Los amino cidos presentes en la naturaleza
son los enantimerosL
La isoleucinay la treoninatienen otro
carbono asimtrico
PROTEINAS
Titulacin de amino cidos
pK de los grupos ionizables
Equilibriode ionizacin
Solubilidad en agua
Depende de las caractersticas de la cadena:
Baja solubilidad: cadenas laterales no polares ( Ala, Val, Ile, Leu, Phe, Trp, Met )
Alta solubilidad: con cadenas laterales cargadas o polares ( Glu, Asp, Arg, Lys, Asn, Gln)
Ambigua: CysHis: tiene pK
a
prximo a 7, por lo que si esta ionizado, son polares
Tyr se comporta como aano polar
Glyy Pro tienen un comportamiento tpico
PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO
Se forma mediante la condensacin del grupo carboxilo de un
aminocido con el grupo amino del otro
Presenta resonancia entre dos formas
El giro es energticamente muy desfavorable: tiene carcter plano
Consecuencias del carcter parcial de doble enlace del enlace peptdico
Consecuencias del carcter parcial de doble enlace del enlace peptdico
Puede adoptar configuracin cis o trans
La prolinaes una excepcin: enlenteceel plegamiento de protenas
El enlace peptdico lleva asociado un dipolo
El ngulo de rotacin en torno a un enlace peptdico ( , omega ) slo puede tomar
dos valores ( para no romper la resonancia del enlace):
0
o
, cuando el enlace es cis
180
o
, cuando el enlace es trans
Un enlace peptdico es una sucesin de planos peptdicosengarzados en los C
Cada C forma parte de dos planos peptdicos
La orientacin de los dos planos est determinada por los ngulos (phi) y (psi)
Angulo de Torsin
A
D
B C
mide el giro en torno al enlace que une el carbono de un residuo i con el N del
mismo residuo
=0 cuando los atmos C carbonlicos de los residuos i-1 e i quedan eclipsados en
cis
mide el giro en torno al enlace que une el carbono de un residuo i con el C del
mismo residuo
=0 cuando los atmos N de los residuos i e i+1 quedan eclipsados en cis
Existen valores prohibidos de y
Valores de y ms favorables energticamente:
Diagrama de Ramachandran
Angulosexperimentales de los residuos de una protena
Ciertas interacciones pueden estabilizar conformaciones energticamente poco favorables
Estructura secundaria y diagrama de Ramachandran
PROTEINAS: CADENAS LATERALES
PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA
En ocasiones los amino cidos se encuentran modificados postranscripcionalmente:
Grupos fosfato introducidos por fosforilaciones en los grupos OHde las serinas
La carga negativa puede introducir distorsiones locales en la estructura
Carbohidratos unidos covalentemente
Comn en protenas de membrana
Los azcares son muy hidroflicos
La estructura de los carbohidratos es muy rgida en comparacincon la
de las protenas ( podran proteger contra la desnaturalizacin trmica)
Importantes en determinar propiedades inmunolgicas y procesos de
reconocimiento celular
Ejemplos de modificaciones covalentes
de amino cidos
PROTEINAS: GRUPOS PROSTTICOS
Hay protenas que tienen grupos prostticos de carcter no proteico
Metaloprotenas: requieren iones metlicos para su funcin
Ca
2+
( juega un papel estructural)
Metales de transicin ( Fe
2+
, Zn
2+
, Cu
2+
)
Otras protenas tienen el metal asociado otros ligandos: protenas con el grupo hemo
Nomenclatura
Protena con el grupo prosttico: holoprotena
Protena sin grupo prosttico : apoprotena
Ejemplos de sitios de unin de metales
a) Ca
2+
en termolisina
b) Zn
2+
en carboxipeptidasa
c) Protena con 4 hierros, 4
azufres y 4 cistenas
d) Mioglobina: complejo Fe
porfirina coordinado con la
protena a travs de una
histidina
Otros grupos prostticos
Entrecruzamientos en la cadena lineal
Puentes disulfuro
Ocurren por oxidacin de pares de cistenas
Adoptan una conformacin no plana e imponen restricciones a la
estructura proteica
Aportan gran estabilidad a las estructura
Pueden ser inter o intramoleculares
Puentes disulfuro
Entrecruzamientos en la cadena lineal
Menos frecuentes que los puentes disulfuro
Presentes en algunas protenas fibrilaresdel tejido conectivo
Aportan rigidez y/o elasticidad
Se originan en la aldolizacindel grupo -amino de la lisina por la enzima lisil
oxidasa
Puede entonces producirse una dimerizacincondensacin aldlicao
una reaccin con otra lisina
Pueden desencadenarse otras reacciones que combinen cadenas de varios amino
cidos
Entrecruzamientos en la cadena lineal a travs de las lisinas
Se puede determinar la secuencia de amino cidos con relativa facilidad
De forma automtica se pueden analizar fragmentos de hasta 50 amino cidos
Si se dispone del gen aislado, se secuencia el DNA y de ah, utilizando el
cdigo gentico, se obtiene las secuencia de aa
Que informacin se obtiene?
Se determina si existen zonas de entrecruzamiento: puentes disulfuro
entre cistenas, otros entrecruzamientos
Apoya la informacin estructural de baja resolucin obtenida por rayos-X
Permite interpretar los anlisis basados en modificaciones qumicas:
estudiando fragmentos se localiza el sitio modificado quimicamente
Prediccin de estructura secundaria y terciaria
Aporta informacin sobre posibles sitios activos
ESTABILIDAD DE PROTENAS
Geometra de la cadena polipeptdica
Determinada por:
Energa potencial:
potencial de torsin
Puentes de hidrgeno
Interacciones hidrofbicas
Interacciones inicas
N U
estado nativo estado desnaturalizado
unfolded
K = [U]/ [N]
Constante de equilibrio
G = - RT ln K
Energa libre de Gibbs: describe la estabilidad conformacional de las protenas
Por desnaturalizacin qumica se puede medir la estabilidad conformacional
G = H T S
H =energa para romper las interacciones del estado nativo
S =entropa conformacional del estado desplegado
Es muy importante considerar tambin las
interacciones del estado nativo y desplegado de la
protena con el agua y los cambio entrpicos
sufridos por el agua
H = rotura de interacciones internas +entalpa de hidratacin de
grupos polares y apolaresenterrados en la estructura nativa
S =entropa conformacional del estado desplegado +entropa de
hidratacin de grupos polares y apolaresenterrados en la
estructura nativa
Desnaturalizacin por temperatura
Las protenas tambin se
desnaturalizan por fro
Los componentes entrpicoy
entlpicose cancelan casi totalmente
dando valores bajos de G ( 20-60
kJ mol
1
)
El estado nativo es marginalmente estable con respecto al desplegado
La baja estabilidad puede estar acompaada de mayor flexibilidad
La baja estabilidad puede facilitar la degradacin
La baja estabilidad facilita que no se formen intermediarios de
plegamiento estables
En la energtica de la estructura de las protenas hay:
Contribuciones mayoritarias: aportan varios cientos de kJ
Contribuciones minoritarias: aportan decenas de kJ , pero importantes
porque su valor neto es comparable al G de desplegamiento
Es muy difcil calcular la estabilidad y/o estructura de una
protena debido a todas las contribuciones que participan
y a que existen muchas contribuciones que se cancelan
Contribuciones mayoritarias:
entropa conformacional S ( 25
o
C) -540 kJ mol
1
( fuertemente desestabilizante)
lo contrarestanefectos hidrofbicos( cientos de kJ mol
1
)
puentes de H ( 5-10 kJ mol
1
por puente y puede haber cerca de cien en una protena)
Contribuciones minoritarias:
potencial de torsin
Espectroscopade fuerzas
de molculasindividuales
ESTABILIDAD DE
PROTENAS
Energa total en funcin de y
Esta ecuacin es la base para calcular energas conformacionalesde
cadenas polipeptdicas
Interacciones no covalentes
Interacciones dipolares:
Potencial de torsin
Interacciones atractivas y repulsivas entre tomos cuya distancia de separacin es
funcin de y
Parmetros a
kl
y c
kl
son caractersticos del par de grupos ( CH
3
, por ej.) que interaccionan k y l
trmino atractivo ( London)
trmino repulsivo
c
kl
se obtiene de las polarizabilidadesde k y l y el nmero de electrones en la ltima capa
el trmino repulsivo no tiene justificacin terica y se obtiene experimentalmente
m tiene valor entre 9 y 12, a
kl
se obtiene ajustando la distancia de mnima energa al radio
atmico
Energa de interaccin entre grupos k y l en funcin de la
distancia de separacin
paralelo al enlace N-H
magnitud aproximada de 3.7 D
( comparado con 1.03 D del HCl,
2.93 D del HCN )
Se producen entre los dipolos de los grupos amida adyacentes
Se producen entre los dipolos de los grupos amida adyacentes
La orientacin de los dipolos adyacentes depende de
y
La energa entre dos dipolos separados una distancia r
La energa de interaccin es la energa potencial de
B
en el campo
elctrico generado por
A ,
-E
B
Energa de interaccin entre
dipolos
Energa de interaccin entre
dipolos
Tambin se puede estimar la energa entre los dipolos
asignando cargas parciales a los distintos tomos y sumando
las interacciones
Esta estrategia presenta la dificultad de elegir la constante dielctrica local
=80 para el agua En el interior de una protena se estima que =2-5
La energa cae fuertemente con la distancia por lo que solo la interaccin entre
dipolos adyacentes es importante
Potencial de torsin
Impedimentos a la rotacin impuestos por los enlaces
E
o
y E
o
es la altura de la barrera asociada con las

rotaciones en y ( baja, alrededor de 4 kJ mol
1
)
Energa total en funcin de y
Esta ecuacin es la base para calcular energas conformacionalesde
cadenas polipeptdicas
Potencial de torsin
Contorno de energa para la
glicina
Contorno de energa para la
alanina
El mnimo en la regin III se debe a
las interacciones dipolo-dipolo
http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS2/course/section7/os_molf.html
Anoverviewof molecular forcesin relationtoproteinstructure
Forma de abordar el estudio cuantitativo de las interacciones
Simulaciones computacionales
Mutagnesisdirigida:
sustitucin o deleccinde residuos especficos de amino cidos
Las protenas son
estructuras dinmicas
Sus movimientos abarcan un amplio espectro de tiempos y dimensiones
No existe necesariamente correlacin entre la amplitud y la velocidad de los movimientos
Movimientos de pequea y de mayor amplitud en la escala de milisegundos a
microsegundos son esenciales para la funcin de las protenas
Tcnicas para estudiar los movimientos de las protenas
PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
La informacin bsica para que una protena se pliegue est contenida en su secuencia de aa
Es un proceso termodinmicamente controlado : el estado nativo suele ser el de mnima
energa en condiciones fisiolgicas
El proceso de plegamiento tiene una gran complejidad y se realiza en escalas de
tiempo de milisegundos a segundos ( difcil estudiar formas intermedias) ( la cadena
polipeptdica se sintetiza en el ribosoma a una velocidad aproximada de 50 aapor
segundo)
Plegamiento de una protena
estado desplegado (U):
sin interacciones estables y flucta
entre diversas conformaciones
estado desnaturalizado (D):
algunas conformaciones son ms
frecuentes que otras debido a
interacciones transitorias no covalentes
estado nativo (N):
conformacin de baja energa
similar para todas las molculas
Durante la reaccin de plegamiento se pasa por estados de mayor energa (estados
de transicin)
La transicin con una energa ms elevada define la etapa limitante del proceso
Pueden formarse intermediarios de plegamientos
Intermediarios de plegamiento
Algunos han podido aislarse y se han denominado glbulos fundidos ( molten
globules)
presentan gran cantidad de estructura secundaria
ausencia de estructura terciaria
menor compacidad de la molcula ( 10%- 30% mayor que la nativa)
ausencia de regiones hidrfobas bien empaquetadas
El estado desnaturalizado, los intermediarios de plegamientos e incluso el
estado nativo no son conformaciones nicas, sino conjuntos ms omenos
amplio de conformaciones con un determinado grado de similitud estructural
Paradoja de Levinthal: una bsqueda completamente al azar de la
conformacin correcta llevara un tiempo superior a la edad del Universo
Se propone que existen rutas de plegamiento
Modelos de plegamiento:
Modelo del rompecabezas: diferentes molculas de una
misma protena se pliegan a travs de rutas diferentes que
convergen en el estado nativo
Modelo de nucleacin: se forma ncleo de estructura
secundaria apartir del cual se propaga la estructura nativa
Modelo de armazn (framework) mediante difusin-
colisin: elementos locales de estructura secundaria difunden
hasta formar la estructura terciaria
Modelo decolapsohidrofbico: la protena colapsa sobre
losresiduoshdrfobos
Tcnicas experimentales
F
f
= DDG
TS-D
/ DDG
N-D
F
f
= 0interaccin no formada en el
estado de transicin
F
f
= 1interaccin esta formada en el
estado de transicin
Mtodode losvalorespermiteestudiar interaccionesentrecadenaslateralesen el
estadode transicin
Tcnicas experimentales
Estudios tericos: se construyen modelos de polmeros y se estudia su plegamiento
mediante mtodos de mecnica estadstica
Estudios tericos proponen un modelos que no implica la existencia de rutas
bien definidas sino que describen el plegamiento en trminos de un paisaje
energtico
ESTRUCTURA SECUNDARIA
hlice
ngulos y aproximadamente -60
o
y -50
o
3.6 residuos por vuelta
puentes de hidrgenos entre C=O del residuo n y el NH del residuo n+4
todos los NH y C=O estn unidos por ptesH excepto los de los extremos
los extremos de la hlice son polares y se encuentran casi siempre en la superficie de
las protenas
hlice
Pueden tener una longitud variable: de 4- 5 aahasta ms de 40 residuos
la longitud promedio es de 10 aa(aprox1.5 nm, .15 entre cada residuo)
los L-aminocidos forman preferentemente hlices diestras
tienen un momento dipolar: todos los enlaces peptdicostiene la misma orientacin
se pueden unir covalentementegrupos fosfato en el extremo amino terminal
las cadena laterales se orientan hacia el exterior de la hlicey no interfieren con ella
ciertos aaforman preferentemente hlices: Ala, Glu, Leu, Met
ciertos aadifcilmente forman hlices: Pro, Gly, Tyr, Ser
Hoja plegada
En ellas participan distintas regiones de la
cadena polipeptdica
tiene en general de 5 a 10 residuos y estn
en conformacin extendida
las cadenas se alinean y los puentes de H se
forman entre C=O de una cadena y los NH
de la cadena adyacente
ngulos y pueden adoptar muchos valores
las cadenas se pueden alinear de forma
paralela o antiparalela
Hoja plegada
la alineacin paralela o antiparalelaafecta
el patrn de puentes de H
la hoja antiparalatiene los ptesH
alternando a dos distancias distintas
la hoja paralela tiene los ptesH
equidistantes
se pueden tambin combinar alineacin
paralela y antiparalela, pero es poco
frecuente ( 20% de las estructuras conocidas)
Hoja plegada
casi todas las hojas tienen un giro hacia la
derecha
Giros y bucles
tienen longitud y formas varias
se suelen encontrar en la superficie de la protena
no forman puentes de H entre ellas pueden pueden formarlos conlas molculas de agua
se consevanmenos evolutivamente
en algunos casos constituyen constituyen zonas funcionalmente importantes: sitios de
reconocimiento en anticuerpos
Hoja plegada
las hojas plegadas pueden adoptar distintas conformaciones de acuerdo al nmero y
orientacin de las cadenas
Algunos elementos de estructura secundaria estn organizados
en motivos sencillos
hlice-giro-hlice
Sitio de unin a DNA
Sitio de unin a Ca
Motivo bucle-
los bucles tiene entre 2-5 residuos
no tienen funcin asociada
Motivo greca
Cuatro cadenas antiparalelas
Motivo - -
los giros pueden tener distinta longitud
estanorientadas paralelamente
Motivos sencillos se pueden organizar de forma compleja
dos motivos bucle- se pueden organizar en 12 formas distintas

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