Vous êtes sur la page 1sur 13

1

BIO3570/BCH 3570 Automne 2012




Biologie Molculaire



Organisation du gnome I





- Structure gnrale et composition des chromosomes
- Structure des Nuclosomes
- Modifications des histones et de la chromatine












Marc Ekker
Dpartement de Biologie
Pav. Gendron, pice 280
Tel : 562-5800 poste 2605
Mekker@uottawa.ca




11 Septembre 2012

2

Objectifs dApprentissage

la fin de cette section, vous devriez tre en mesure de :

- Pouvoir dire, dune manire approximative, la composition du gnome humain
en squences codant pour des protines (exons), en introns et en squences
rptitives.

- Pouvoir dire, dune manire approximative, la taille moyenne dun exon et la
gamme de tailles que lon peut trouver pour les introns.

- Expliquer le concept de syntnie et celui de syntnie conserve.

- Faire la revue de lorganisation gnrale des chromosomes et dire le rle des
tlomres, centromres et origines de rplication, concepts avec lesquels vous
devriez dj tre familiers.

- Nommer, dans lordre, les quatre niveaux de condensation des chromosomes
et les dcrire brivement.

- Dcrire la structure du cur dhistones et les tapes menant son
assemblage.

- Dcrire brivement le rle des complexes de remodelage de la chromatine et
numrer quelques modifications que lon retrouve sur les queues dhistones.

- Expliquer en quoi les formes variantes des histones diffrent des formes
principales.

- Expliquer le rle de lhistone H1 et des queues dhistones dans la formation de
la structure de 30 nm.


3

LADN des diffrents organismes vivants est organis en longues molcules qui
doivent tre compactes afin doccuper un espace raisonnable au niveau de la cellule.
Chez les eucaryotes, lADN est organis en chromosomes dans le noyau et chaque
chromosome est fait dune molcule dADN linaire qui est associe des protines qui
plient et organisent cette molcule dADN en une structure compacte. LADN des
bactries est, quant lui, organis en une molcule, le plus souvent circulaire. On rfre
souvent au chromosome bactrien malgr le fait que les proprits de celui-ci diffrent de
celles des chromosomes eucaryotes.

Dans cette partie du cours, nous allons examiner les mcanismes par lesquels lADN,
particulirement celui des eucaryotes en organis en chromosomes. En utilisant nos
connaissances de la squence du gnome humain, nous commencerons par voir comment
le gnome humain est rparti en diffrents types de squences. Puis, nous examinerons
les divers niveaux dorganisation de la chromatine, en partant de lADN linaire jusque
dans sa forme la plus condense, le chromosome en phase mitotique.


1. Le gnome humain et sa composition :

Le tableau suivant nous donne quelques statistiques sur les diverses formes de
squences que lon retrouve dans le gnome humain.





















La premire chose qui saute aux yeux est quel point le pourcentage de la squence en
ADN qui code pour des protines est faible : 1.5 %. On remarque aussi la grande taille
des gnes (27,000 nuclotides en moyenne) et la forte proportion dADN rptitif (50%).

4

La reprsentation proportionnelle des diffrents types de squences est montre sur cette
figure :












Un aspect des plus surprenants de la squence du gnome est le niveau apparent de
dsorganisation. On retrouve une quantit norme dinformation qui semble superflue et
linformation cruciale ne semble pas montrer dorganisation logique vidente.



Structure et organisation gnrale des chromosomes

Les gnes sont organiss sur les chromosomes de manire linaire mais sans lien
logique vident, du moins chez les eucaryotes. La quantit dADN ne corrle pas
ncessairement avec la complexit du gnome et le nombre de chromosomes ne corrle
pas non plus avec la taille du gnome. Il y a 46 chromosomes dans une cellule diplode
humaine mais seulement 6 chez une espce de cerf. Deux espces trs proches peuvent
avoir un nombre de chromosomes trs diffrents. On sait que des vnements de fusion
ou de rarrangements de chromosomes sont produits frquemment au cours de
lvolution.

Maintenant quun nombre croissant de gnomes sont soit cartographis soit squencs,
on peut reconstruire lhistoire des divers chromosomes. En faisant la comparaison des
gnomes humain et de la souris, on saperoit que ces deux espces, malgr quelles aient
diverg dun anctre commun il y a environ 100 millions dannes, ont peu prs le
mme nombre de gnes et quelles partagent beaucoup de ces gnes. De plus, plusieurs
de ces gnes se retrouvent au sein de blocs sur des morceaux de chromosomes o leur
ordre est assez bien conserv. On dit de deux gnes qui sont sur le mme chromosome
quils sont syntniques. Quand deux gnes qui sont syntniques dans une espce le sont
galement dans une autre espce, on parle alors de syntnie conserve, comme lillustre
la figure suivante.

5





Figure : Chromosomes humains gauche et souris droite. Les rgions de syntnie
conserve entre la souris et lhumain sont indiques par des couleurs identiques. Les
rgions en noir sont composes principalement dADN rptitif.

Donc, en comparant les chromosomes despces voisines, on peut reconstruire leur
histoire.


Organisation gnrale des chromosomes :

A chaque division cellulaire, lADN de la cellule est rpliqu. Chaque chromosome se
comporte comme une unit structurale distincte. Chaque chromosome doit donc contenir
les lments ncessaires sa rplication et sa rpartition correcte entre les deux cellules-
filles. Pour ce faire, les chromosomes ont besoin de trois lments de squence :
1) les origines de rplication, que nous verrons en dtails plus tard dans le cours.
2) le centromre qui permet aux deux copies du chromosome obtenues lors de la
rplication de lADN dtre amenes dans les cellules filles au moment de la
division cellulaire.
3) Les tlomres, qui constituent les extrmits du chromosome qui ont plusieurs
fonctions, dont la protection des extrmits du chromosome.




6


















Condensation et organisation de lADN dans les chromosomes :

Si on prend comme exemple le chromosome 22 humain, dont la taille fait 48 million de
nuclotides, celui-ci, un fois tir, occuperait une longueur de 1.5 cm, donc beaucoup
plus grande que la taille dune cellule. Cependant, sous sa forme de chromosome
mitotique, il ne fait que 2 m, donc un facteur de compactage denviron 10,000 fois.
Nous allons maintenant examiner les divers niveaux de condensation de lADN dans
les chromosomes. Ce sont, dans lordre :
1) les nuclosome
2) les fibres de 30 nm
3) Un modle pour le chromosome au cours de linterphase.
4) Finalement, nous verrons quau cours de la phase M de la mitose, les
chromosomes se retrouvent dans un tat de condensation maximale.

1) Nuclosomes:
Les protines qui se fixent sur lADN pour former les chromosomes sont constitues de
deux grandes classes: les histones et le protines chromosomiques non-histone. On
appelle chromatine le complexe form par ces deux classes de protines avec lADN du
noyau.

7

Nuclosomes: Le premier niveau
dorganisation du chromosome, le
nuclosome, fait appel aux histones.
Lexamen de lADN, sous microscopie
lectronique et sous certaines conditions
exprimentales, permet de lobserver soit
comme un fil de 30 nm dpaisseur, soit
sous la forme de perles sur un fil.

Les perles sur un fil constituent le
premier niveau dempaquetage de lADN
chromosomique. Les perles sont les
coeurs de nuclosomes, chacun constitu
dun octamre de 8 protines, deux
molcules des histones H2A, H2B, H3 et
H4 autour desquelles senroule un double
brin dADN sur une distance de 147
paires de nuclotides. Lespacement entre
chaque perle, ou coeur de nuclosome,
peut varier entre quelques paires de bases
et 80 paires de bases. On dit
gnralement que lon retrouve un
nuclosome toutes les 200 paires de
bases (147 + 53).







Pour le gnome
humain qui fait 6.4 X
10
9
paires de bases
dans chaque cellule
diplode, ceci
reprsente 30
millions de
nuclosomes, en
supposant quon en
retrouve tout le long
de lADN, ou 60
millions de
molcules pour
chaque histone, ceci
dans une seule
8

cellule! En fait la masse en histone dans une cellule correspond peu prs la masse en
ADN.

Les quatre histones qui constituent le noyau (coeur) du nuclosome sont de petites
protines (102-135 AA) qui sont hyper-conserves chez tous les eucaryotes. Dun point
de vue structural, les 4 histones se ressemblent prenant la forme de 3 hlices alpha
connectes par deux boucles, le repli dhistone. Pour former le nuclosome, les histones
sassemblent dabord pour former des dimres H3-H4 et H2A-H2B. Puis, les dimres
H3-H4 sassemblent pour former un ttramre et lier lADN. Deux dimres H2A-H2B
sont ensuite ajouts pour former le coeur. Les ractions permettant cet assemblage sont
facilites par des chaperons dhistones dont certaines sont spcifiques pour H3-H4 et
dautres pour H2A-H2B.

Les histones sont des protines riches en acides amins lysine et arginine, ce qui leur
confre une charge nette positive. Cette charge neutralise la charge nette ngative sur le
squelette de lADN. Il se forme 142 liaisons hydrogne entre lADN et les histones dans
chaque nuclosome. En plus de son repli d`histone, chaque molcule dhistone possde
une queue N-terminale qui merge lextrieur du noyau ADN-histone. Cette queue
dhistone est le site de nombreuses modifications molculaires, jouant des rles
importants.


Remodelage de la chromatine: Nous savons maintenant que la structure de la
chromatine nest pas fixe et immuable lintrieur de la cellule mais que des complexes
de protines, les complexes de remodelage de la chromatine, peuvent la modifier, au
moins temporairement. Le remodelage de la chromatine permet dautres protines
cellulaires daccder plus facilement lADN du nuclosome. Ces autres protines
seront, entre autres, celles impliques dans le contrle de lexpression des gnes, la
rplication ou la rparation de lADN. La cellule possde plusieurs complexes de
remodelage de la chromatine qui auront des rles spcialiss pour chacun des processus
ci-dessus. Si le rle des complexes de remodelage est souvent de permettre laccs
lADN, certains complexes auront pour fonction de reformer les nuclosomes une fois
que laccs lADN nest plus ncessaire. Notons que durant la mitose, lorsque lADN
doit adopter une forme trs compacte, les
complexes de remodelage de la chromatine sont
souvent inactivs.










9



La figure suivante, illustre de manire schmatise comment les chaperons dhistones
participent avec les complexes de remodelage de la chromatine, la modification de la
chromatine. Dans la partie suprieure de la figure, un dimre H2A-H2B est chang pour
une forme variante de ce dimre (par ex : H2AZ-H2B, voir plus bas). Dans la partie
infrieure de la figure, un octamre dhistone est dabord enlev compltement et peut
tre ensuite remplac par une forme variante.

10

Formes Variantes des Histones:

En plus des 4 histones principales qui sont hyper-conserves et prsentes en normes
quantits dans la cellule, il existe des variantes de ces histones (sauf pour H4) qui sont
prsentes en moindre quantits et relativement moins bien conserves au cours de
lvolution. Ces variantes dhistones jouent des rles des moments particuliers de la vie
de la cellule. Elles sont insres dans les nuclosomes la place de lhistone principale
correspondante par les complexes de remodelage de la chromatine de concert avec les
chaperons dhistones (voir la figure de la page prcdente). La figure suivante illustre
certaines de ces formes variantes pour H3 et H2A ainsi que leur fonction. Une diffrence
de couleur dans la figure indique lendroit o la variante diffre de la forme principale.

















Modification des queues dhistones: Les modifications covalentes des queues des
molcules d`histones incluent l'actylation des lysines, la mthylation des lysines et la
phosphoryaltion des srines. Ces modifications ont plusieurs consquences importantes.

En voici quelques exemples :

Lactylation des lysines, particulirement les lysines 8 et 16 de lhistone H4, est
associe une dstabilisation de la chromatine permettant lexpression des gnes. En
tant actyles, les lysines peuvent attirer des protines supplmentaires sur un segment
dADN donn. Cette actylation est effectue par une histone actyl-transfrase (ou
histone actylase, HAT) de type A.

Une autre HAT, de type B, modifie dautres rsidus lysine sur H3 et H4. Cette
actylation se produit dans le cytoplasme avant lincorporation des histones dans le
11

nuclosome et permettrait de les positionner dans celui-ci. Cette actylation est ensuite
limine par une enzyme laction oppose: lhistone dsactylase (HDAC).

La mthylation de H3 au niveau de la lysine 9 cre une forme particulirement
compacte de la chromatine qui supprime lexpression des gnes. Notez, quune mme
lysine peut tre mthyle, une, deux, ou trois fois (trois positions possibles sur latome
dazote).

Finalement, notons quen plus des groupements simples (actyl-, mthyl, phosphates-),
les histones peuvent tre modifies par ubiquitination, cest dire lincorporation
dubiquitine, une protine de 76 acides amins, utilise dans plusieurs processus
cellulaires. On ne connat pas bien le rle de lubiquitination des histones.



















12

Figure : Modification de la queue N-terminale de lhistone H3 et rle de certaines de ces
modifications.

























Donc, la modification covalente des queues dhistones peut transmettre des signaux
la machinerie cellulaire, lui indiquant par exemple quune rgion du gnome vient dtre
rplique, quun gne est accessible la machinerie transcriptionnelle, ou bien que
lexpression ne doit pas tre effectue.
Finalement, mentionnons que les enzymes modifiant les histones agissent souvent de
concert avec les complexes de remodelage de la chromatine. Par exemple, certaines
modifications des histones attirent un type particulier de complexe de remodelage. De
plus, certains complexes de remodelage contiennent des composantes des enzymes de
modification des histones, ce qui lie directement les deux processus.



13

2) Fibre de 30 nm: Lorsque lon prpare dlicatement les noyaux pour lobservation
au microscope lectronique, on observe gnralement lADN sous forme dune fibre de
30 nm de diamtre. Cette fibre est forme de diverses variations de motifs en zigzag,
quoiquune forme solnodale ait aussi t propose. En fait, il faut toujours se rappeler
que la chromatine est une structure fluide et que dautres liaisons de protines avec
lADN, ou bien la prsence de squences ne favorisant pas le repli de lADN sur les
nuclosomes, nous donneront une fibre de 30 nm ponctue de rgions laspect
irrgulier.










La formation de la fibre de 30 nm fait appel divers mcanismes. Tout dabord, une
autre histone, lhistone H1 se fixe aux nuclosomes, la fois avec lADN et les protines,
et modifie la trajectoire de lADN sa sortie du nuclosome. Un deuxime mcanisme
fait appel aux queues dhistones (particulirement celle de H4) qui peuvent faciliter des
interactions physiques entre les nuclosomes.

Centres d'intérêt liés