Regulacin de la expresin gnica. En clases anteriores Teora cromosmica de la herencia
Los genes se encuentran en los cromosomas
Los cromosomas estn formados por molculas de ADN y protenas
Donde est la informacin gentica de los organismos eucariotas? Centrosomas NUCLEO Ribosomas Cromatina Nucleolo Envoltura nuclear
Vacuola central Retculo Endoplasmtico Rugoso Retculo Endoplasmtico Liso Membrana plasmtica Mitocondria Pared celular Peroxisoma Pared de la clula adyacente Aparato de Golgi Plasmodesmos CITOESQUELETO Cloroplastos Microfilamentos Filamentos intermedios Microtbulos ADN ARN PROTEINA Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000. Localizacin final de las protenas en la clula Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000. Cmo es la estructura de un gen eucariota? Regin regula- dora ESQUEMATIZACION DEL GEN Otra secuencia regulatoria fuera de la secuencia del gen Otra secuencia regulatoria fuera de la secuencia del gen ADN Regin reguladora Regin estructural Regin estructural Sitio de inicio de la trascripcin (nucleotido+1) 5 3 3 5 Detalle de la estructura de un gen eucariota ESQUEMATIZACION DEL GEN Sitio de inicio de la trascripcin (nucleotido+1) Primeras tres bases (ATG) que codificarn para el codn de iniciacin Ultimas tres bases TGA TAA TAG que codificarn para uno de los 3 posibles codones de terminacin o STOP. Regin regula- dora Regin estructural caat tata Promotor Regin estructural intrn intrn exn exn exon int 5UTR 3UTR Regin codificante int exn exn +1 Transcripcin y procesamiento del ARN Sitio de inicio de la trascripcin (nucleotido+1) exon exon exon exn exn exn exn AAAAAAA exn
C TRANSCRIPTO MADURO: Adicin de caperuza en extremo 5 Adicin de cola de adeninas (cola de poli A) Remocin de intrones Adicin de caperuza en extremo 5 Adicin de cola de adeninas (cola de poli A), en la secuencia 3UTR, existe una seal de poliadenilacin Remocin de intrones (splicing) caat tata intrn intrn exn exn exn int 5UTR 3UTR Promotor Regin estructural Regin codificante int exn exn +1 intrn intrn exn exn exn int 5UTR 3UTR Regin codificante int exn exn +1 3UTR 5UTR Gen de la Ovoalbumina Transcripto primario ARN mensajero maduro Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000. ARNm maduro primer codn AUG marca el Inicio de la traduccin
exn exn exn AAAAAAAAA C cola de poli A Caperuza 5UTR 3UTR ORF (open reading frame) Marco de lectura abierto AUG UGA UAA UAG exn exn 3 posibles codones stop (final de la traduccin) Traduccin del ARNm primer codn AUG marca el Inicio de la traduccin
exn exn exn AAAAAAAAA C cola de poli A Caperuza 5UTR 3UTR ORF (open reading frame) Marco de lectura abierto AUG UGA UAA UAG exn exn 3 posibles codones stop (final de la traduccin) Protena 1 AA: Metionina Extremo Amino (N-terminal) Extremo Carboxilo (C-terminal) Pptido Seal Se transcriben todos los genes en todo momento y en todas las clulas de un organismo? Regulacin de la expresin gnica Mltiples sitios de regulacin Regulacin de la transcripcin en Eucariotas Control transcripcional en eucariotas factores que actan en trans reconocen factores en cis elementos (secuencias) del gen (CIS),en general en el extremo 5 cercanos al inicio de la transcripcin ( TATA 30) proximales (CAT, otros) silenciadores y potenciadores ubicados a gran distancia tanto hacia el extremo 5 como al 3
protenas reguladores: FACTORES DE TRANSCRIPCION (TRANS)
Activadores: Protenas que se unen al ADN en los secuencias conocidas como enhancers . Los activadores ayudan a determinar cuales genes sern encendidos y la tasa de trascripcin que estos tendrn. Represores: Protenas que se unen al ADN en los sitios conocidos como silencers o silenciadores. Los silenciadores interfieren con el funcionamiento de los activadores haciendo mas lenta la trasncripcin. Factores basales de transcripcin son elementos esenciales para la transcripcin pero por s mismos no pueden incrementar o disminuir la tasa de transcripcin. Regulacin de la transcripcin en clulas eucariticas Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000. Efecto de mutaciones puntuales de elementos CIS en el nivel de transcripcin Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000. Elemento HRE (potenciador de respuesta a hormona estrgeno) del gen de la ovoalbmina TEMA 8: Organizacin del Genoma Eucariota El genoma Definiciones de genoma 1920s set cromosmico de una clula haploide Suma total de genes Suma total de secuencias codificantes y no codificantes El genoma es toda la informacin gentica contenida en las clulas de un organismo en particular EL GENOMA ES EL ADN CONTENIDO EN UNA CLULA HAPLOIDE Donde est la informacin gentica de los organismos eucariotas? Centrosomas NUCLEO Ribosomas Cromatina Nucleolo Envoltura nuclear
Vacuola central Retculo Endoplasmtico Rugoso Retculo Endoplasmtico Liso Membrana plasmtica Mitocondria Pared celular Peroxisoma Pared de la clula adyacente Aparato de Golgi Plasmodesmos CITOESQUELETO Cloroplastos Microfilamentos Filamentos intermedios Microtbulos El genoma Por lo general, cuando se habla de genoma en los organismos eucariotas se hace referencia al ADN contenido en el ncleo, organizado en cromosomas. O sea GENOMA NUCLEAR. En vegetales, tambin se encuentran 2 organelos que poseen su propio genoma: Cloroplastos: GENOMA CLOROPLASTICO Mitocondrias (tambin presente en animales): GENOMA MITOCONDRIAL Especie Tamao del genoma (Mb) Nmero de genes Saccharomyces cerevisiae 12 5770 Caenorhabditis elegans 97 20598 Drosophila melanogaster 180 13525 Arabidopsis thaliana 125 25498 Fugu rubripes 365 30000 Mus musculus 3300 30000 Homo sapiens 3200 30000 GENOMAS Y SUS TAMAOS GENOMAS Y SUS TAMAOS El ser humano tendra solo el doble de genes que la mosca del vinagre y apenas 5.000 genes ms que la planta Arabidopsis. El ADN humano es al menos en un 98% idntico al de los chimpancs y otros primates.
VALOR C: contenido total de ADN del genoma haploide de un individuo.
PARADOJ A DEL VALOR C: ausencia de correlacin entre la cantidad de ADN y la complejidad de un organismo Hongos Saccharomyces cerevisiae 12.1 Aspergillus nidulans 25.4 Protozoarios Tetrahymena pyriformis 190 Invertebrados Caenorhabditis elegans 97 Drosophila melanogaster 180 Bombyx mori 490 Locusta migratoria (langosta migratoria) 5000 Vertebrados Takifugu rubripes 400 Homo sapiens 3200 Mus musculus (ratn) 3300 Plantas Arabidopsis thaliana 125 Oryza sativa (arroz) 430 Zea mays (maz) 2500 Pisum sativum (arveja) 4800 Triticum aestivum (trigo) 16000 Fritillaria assyriaca 120000 ESPECIE TAMAO GENOMA (Mb) TIPO Y ORGANIZACIN DE LAS SECUENCIAS DE ADN ADN Eucaritico Genes de copia nica ADN presente en ms de una copia ADN espaciador Secuencias funcionales Secuencias sin funcin conocida Secuencias Transponibles Repeticiones en tndem Secuencias funcionales no codificantes Familias de genes (y pseudogenes relacionados) Repeticiones en heterocromatina centromrica Familias de genes dispersos Familias gnicas en tndem Secuencias funcionales A D N
M E D I A N A M E N T E
R E P E T I D O
ADN presente en ms de una copia Secuencias funcionales no codificantes Familias de genes (y pseudogenes relacionados) Familias de genes dispersos Familias gnicas en tndem Secuencias telomricas (repeticiones dispuestas en tndem) Ejemplos:
rDNA (ADN ribosomal) en humanos hasta 400 copias/genoma ADN MEDIANAMENTE REPETIDO ADN ALTAMENTE REPETIDO ADN presente en ms de una copia Secuencias sin funcin conocida Secuencias Transponibles Repeticiones en tndem Repeticiones en heterocromatina centromrica Minisatlites Microsatlites VNTRs (Variable Number of Tandem Repeats) 15-100 pb por repeticin 2-5 pb por repeticin Repetidas ms de 10 veces Secuencias sin funcin conocida Transposones Secuencias Transponibles Repeticiones en tndem Retrotransposones ADN presente en ms de una copia ADN MEDIANAMENTE REPETIDO Cmo se estudian los genomas? Genmica Estructural Genmica Funcional Objetivo de la Genmica es conocer el/los genoma/s de una especie en particular/diferentes especies.
Aplicaciones del estudio de los genomas Predecir genes, secuencias promotoras y reguladoras de la transcripcin.
Comparar genomas de diferentes individuos de la misma especie para detectar variaciones o polimorfismos a nivel poblacional. Estas variaciones pueden ser rearreglos cromosmicos (deleciones/inserciones, translocaciones)
Comparar genomas de diferentes especies. Esto permite hacer inferencias acerca de los procesos evolutivos de remodelacin de genomas.
Anlisis Estructural de los genomas Mapeo gentico Mapeo fsico Mapeo comparativo Secuenciacin completa del genoma El mapeo gentico El mapeo gentico est basado en la utilizacin de tcnicas genticas para construir mapas que muestran la posicin de marcadores genticos o de marcadores moleculares Las tcnicas genticas incluyen experimentos de recombinacin El mapeo fsico El mapeo fsico utiliza tcnicas de Biologa Molecular para examinar directamente las molculas de ADN para la construccin de mapas que muestran la posicin de fragmentos de ADN (en general de secuencia desconocida) en el genoma. Mapeo fsico de familias de ADN repetido en cromosomas de remolacha azucarera (tomado de Schimidt, T. and Heslop-Harrison, J.S., 1998. Genomes, genes and junk: the large-scale organization of plant chromosomes. Trends Plant Sci) Modelo de la organizacin de un cromosoma vegetal (tomado de Schimidt, T. and Heslop-Harrison, J.S., 1998. Genomes, genes and junk: the large-scale organization of plant chromosomes. Trends Plant Sci) Bibliotecas genmicas Como no es posible secuenciar un genoma en una sola reaccin de secuenciacin se lo divide en fragmentos, los cuales se almacenan en clones de bibliotecas genmicas. Una biblioteca genmica es un conjunto de clones, cada uno de los cuales contiene un fragmento de un genoma de un organismo dado. Las bibliotecas genmicas se consiguen clonando los fragmentos en vectores. Clon de ADN genmico Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000. Biblioteca Genmica Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000. En febrero de 2001, el Proyecto de Genoma Humano (Human Genome Research Institute ) y Celera Genomics publican, simultneamente, su secuenciacin del genoma humano (en Nature y Science, respectivamente). Secuenciacin de genomas Secuenciacin de genomas Nature, 2000 Secuenciacin del genoma de Arroz, Science, 2002 Regiones de segmentos duplicados en el genoma de Arabidopsis (2n=10) Cr.1 Cr. 2 Cr.3 Cr.4 Cr.5 Los cromosomas individuales son representados como barras grises (con el cromosoma 1 en la parte superior), los centrmeros estn marcados en color negro. Las bandas coloreadas conectan los segmentos duplicados correspondientes. La similitud entre las repeticiones de ADNr est excluda. Los segmentos duplicados en una orientacin inversa estn conectados con bandas coloreadas torsionadas. La escala es en megabases (tomado de: The Arabidopsis Genome Initiative, 2000). Anlisis funcional de los genomas Abordajes: Gentica convencional (un gen por estudio) Anlisis global del genoma (transcriptmica) No todos los genes se transcriben en todo momento y en todas las clulas de un organismo Biblioteca de ADNc Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000. Obtencin de ADNc a partir de ARNm Tomado de: An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT, et al. New York: W. H. Freeman 2000. Bibliotecas de ADNc Las bibliotecas de ADNc se pueden explorar con sondas de ADN y/o anticuerpos (al estimular la expresin de los insertos en las bacterias) Bibliografa Griffiths, A.J.; Miller, J.H.; Suzuki, D.T.; Lewontin, R.C.; Gelbart, W.M. Introduccin al anlisis Gentico (7 edicin en espaol)
Captulo 10: Repaso de transcripcin y traduccin. Flujo de informacin gentica Captulo 11: Regulacin de la expresin gnica en eucariotas Captulo 12: Tecnologa del ADN recombinante. Bibliotecas Captulo 13: Aplicaciones de la tecnologa del ADN recombinante. Ingeniera gentica Captulo 14: Genmica