DEPARTAMENTO DE BIOQUMCA E BIOLOGIA MOLECULAR

BQI 103 BIOQUMICA FUNDAMENTAL

Uma introduo a
Protenas
Profa Dra Marisa A. Nogueira Diaz
Estrutura Supersecundria
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A estrutura supersecundria refere-se a
aglomerados de estrutura secundria.

Combinaes entre diferentes arranjos de
estrutura secundria.

Formam domnios caractersticos de famlias
de protenas
Motivos padres comuns no enovelamento das
protenas.

Os motivos so encontrados em vrias protenas
de funo diversa.

Uma protena pode conter vrios motivos
estruturais diferentes.

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Estrutura Supersecundria
Motivos
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Estrutura Supersecundria
Motivos
A estrutura de cada protena totalmente
diferente ou h motivos comuns?

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Estrutura Supersecundria
Motivos
H padres comuns de enovelamento da cadeia
polipeptdica na maioria das protenas.

Exemplos: -hlice
folhas-
Estrutura Supersecundria
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Estrutura Supersecundria
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Hlice-ala-hlice
ala
ala
Hlice
Hlice
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C
Motivo
Meandro
Dedo de Zn
Estrutura Supersecundria
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Folha beta
Dobra
Estrutura Supersecundria
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Ala --
Estrutura Supersecundria
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Canto -
Estrutura Supersecundria
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Conexo orientada direita entre duas fitas
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Conexo orientada esqueda entre duas fitas
(muito rara)
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Conexo tpica de um motivo todo
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Conexo cruzada de um motivo todo
no observado
Estrutura Supersecundria
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Folha torcida
Estrutura Supersecundria
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Barril
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Motivo barril /
construdo a partir
de repeties do
motivo mais simples
Ala --
Ala --
Barril /
Estrutura Supersecundria
Toda
Toda
/
Regies e se intercalam
+
Regies e
esto de alguma
forma separadas
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Estrutura Supersecundria
Alpha beta ferradura
NADPH
domnio
pequeno
domnio
grande
Domnios
Estruturais
Quando polipeptdeos com mais
de uma centena de resduos se
enovelam em duas ou mais
unidades globulares estveis,
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ligadas entre si por segmentos
lineares da cadeia polipeptdica.
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Domnios Estruturais da Protena Trombina c
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Domnios Estruturais
da Protena:
Gliceraldedo-3-fosfato
Desidrogenase:
Domnio de
Ligao do
Gliceraldedo
3-fosfato
Domnio de
ligao do
NAD+
Estrutura Terciria
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a conformao espacial da protena, como um
todo.
Estabilizada por interaes no-covalentes entre
as cadeias laterais e ligaes dissufeto.

Ferritina:
armazenamento de ferro

o arranjo espacial de
alfa-hlices e folhas beta
Estrutura Terciria (dobramento sobre si mesma)
Dada pelo arranjo espacial de aminocidos
distantes entre si na seqncia polipeptdica.
a forma tridimensional como a protena se
"enrola".
Ocorre nas protenas globulares, mais
complexas estrutural e funcionalmente.
Cadeias polipeptdicas muito longas podem se
organizar em domnios, regies com estruturas
tercirias semi-independentes ligadas entre si
por segmentos lineares da cadeia polipeptdica.
Os domnios so considerados as unidades
funcionais e de estrutura tridimensional de uma
protena.
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Estrutura Terciria
Estrutura Terciria
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As protenas se enovelam em estruturas globulares e
excluem H
2
O de seu interior.


Em geral:
Aminocidos no-polares no interior
Val, Leu, Ile, Met, Phe

Aminocidos carregados na superfcie
Arg, Lys, His, Asp, Glu

Aminocidos polares no-carregados na
superfcie ou interior
Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr, Trp
Estrutura Terciria
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Interaes que estabilizam a estrutura terciria
Interaes inicas
Ligaes de hidrognio
Interaes hidrofbicas
Foras de Van der Waals
Ligaes covalentes (ligaes dissulfeto)

ligao
dissulfeto
ligao
inica
ligao de
hidrognio
esqueleto
polipeptdico
interaes de
van der Waals
e hidrofbicas
Estrutura Terciria
Estrutura Terciria
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Interaes que estabilizam a estrutura terciria
Pontes dissulfetoR-S-S-R
Estrutura Terciria
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Podemos prever a estrutura terciria de
uma protena a partir de seus aa?
Estrutura Terciria
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No momento, no possvel prever a estrutura
tridimensional de protenas baseado apenas na
sua sequncia de aa.
Estrutura Terciria
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Por qu precisamos saber a sequncia de aa de
uma protena?
Estrutura Terciria
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A partir da sequncia de aminocidos
pode-se, s vezes, deduzir informaes
quanto a:
alguns aspectos estruturais (estrutura secundria)
estrutura tridimensional por comparao com protenas
prximas e com estrutura j conhecida
localizao celular
funo
informaes sobre evoluo
Estrutura Terciria
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Dobramento final da cadeia polipeptdica por interaes
entre regies com estrutura regular (-hlice e folha
pregueada) e regies sem estrutura definida.
Lisozima
dobra
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Classificao das protenas
Protenas fibrosas cadeias em arranjo de
folhas ou feixes, consistem principalmente de
um nico tipo de estrutura secundria, fornecem
suporte, formas e proteo externa aos
vertebrados;
Protenas globulares possuem cadeias
enoveladas em formas esfricas ou globulares,
costuma conter diversos tipos de estruturas
secundrias, funes de enzimas e protenas
regulatrias.

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Protenas fibrosa
Protenas globulares
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Classificao das protenas
Protenas fibrosas Protenas globulares .

Protenas Fibrosas
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Duas cadeias
suprenoveladas
-hlice
Clulas
Filamento
intermedirio
Protofibrila
Protofilamento
Seco transversal de um
fio de cabelo
(Alfa-queratina)
- Queratina
dos Cabelos
Protenas Fibrosas
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Fibrona da Seda
Cadeia lateral
de Ala
Cadeia lateral
de Gly
Fiandeiras da aranha
Protena fibrosa con
estructura : Fibrona
Protenas Fibrosas
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A Estrutura do Colgeno
Gly-Pro-4Hyp
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Super entrelaamento
D
Hlice tripla (tropocolgeno)
Protenas Fibrosas
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A Estrutura das Fibras do Colgeno
Seco de uma molcula de colgeno
Estriaes cruzadas
Cabeas das molculas
de Colgeno
Fibrilas de colgeno
formadas pela associao
do tropocolgeno.
Fornecem as foras tensionais
Protenas Fibrosas
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MIOSINA
-uma protena hexamrica
(HL
1
L
2
)
2
Protenas Fibrosas
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Protenas Fibrosas
Domnio motor da miosina
-liga e hidrolisa ATP
-liga a actina
Cadeias leves
Cadeia
pesada
Sitio para ligar
ATP
Sitio para
ligar
actina
Fibringeno
Protena fibrosa
con alto contenido
en -hlice
Protenas Globulares
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A Estrutura Terciria da Mioglobina e
o Grupo HEME
Facilitar o transporte de oxignio no msculo
Protena globular
con estructura :
Concanavalina A
Protenas Globulares
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Citocromo c Lisozima Ribonuclease
Transfere eltrons entre o complexo coenzima Q
A lisozima destri o esqueleto glicosdico do peptidioglicano
Degrada RNA
Estrutura Quaternria
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Estrutura Quaternria
Refere-se ao modo pelo qual duas ou mais cadeias
polipeptdicas interagem.
mantida por ligaes inicas, ligaes de
hidrognio e por interaes do tipo hidrofbico
Estrutura Quaternria
Estrutura Quaternria
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o Surge apenas nas protenas oligomricas
o Dada pela distribuio espacial de mais de uma
cadeia polipeptdica no espao, as subunidades da
molcula.
o Estas subunidades se mantm unidas por foras
covalentes, como ligaes dissulfeto, e ligaes
no covalentes, como ligaes de hidrognio,
interaes hidrofbicas, etc.
o As subunidades podem atuar de forma
independente ou cooperativamente no
desempenho da funo bioqumica da protena
Estrutura Quaternria
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Razes para mltiplas subunidades:

1. cooperatividade
exemplo: Hb liga O
2
cooperativamente.

2. funo cataltica
exemplo: HMG-CoA reductase dmero

3. sntese
exemplo: groEL chaperonina tem 14 subunidades
(a protena muito grande para ser sintetizada
sozinha).
Estrutura Quaternria
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Hemoglobina
Transporte de oxignio pelo sistema circulatrio.
Estrutura Quaternria
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Hemoglobina
Estrutura Quaternria
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Estrutura Quaternria
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Estrutura Quaternria
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Estrutura quaternria da insulina
Estrutura Quaternria
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Desnaturao e
Renaturao
da
Ribonuclease
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Estado nativo;
cataliticamente ativo.
As interligaes de
dissulfeto dos quatro
resduos de cistena
foram reformados
adequadamente
Estado nativo;
Cataliticamente ativa
Estado desenovelado;
inativa.
As interligaes de
dissulfeto esto
reduzidas e
produziram resduos
de cistena
Adio de uria
e
mercaptoetanol
Remoo da
uria e do
mercaptoetanol
pH e Temperatura ou
reagentes desnaturantes
Desnaturao perde atividade
Renaturao volta a atividade
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Calor, pH, alguns solventes orgnicos miscveis
com gua, como lcool e acetona. Solutos como
uria e
Mercaptoetanol (HS-CH2-CH2-OH) rompe
ligaes de dissulfeto.
detergentes.
Em geral esses so tratamentos brandos, onde as
ligaes peptdicas so so rompidas.
Agentes Desnaturantes
O processo de enovelamento complicado. Existem
vrios modelos para explicar.
Nem todas as protenas se enovelam espontaneamente
quando so sintetizadas nas clulas.
Existem protenas que facilitam o enovelamento
molecular so chamadas chaperonas ou protenas de
ligao de cadeias polipeptdicas.
O enovelamento dos polipeptdios
um processo passo-a -passo
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Paradoxo de Levinthal
1 protena de 100 resduos
- Cada resduo experimentando 3 posies = 3100
- Tempo de teste para cada posio = 10-13 seg
Tempo total = 3100 x 1e
-13
seg = 5 e 37seg = 1,6 a 27 anos
In vitro
O enovelamento ocorre em menos de 1 segundo
In vivo
Ns estamos aqui!!!!
o tempo necessrio para uma protena de 100 aminocidos enovelar-
se testando todas as possibilidades conformacionais possveis, ou seja
randomicamente, seria maior do que o tempo do Universo
Enovelamento de protenas
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Enovelamento simulado
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Por que estudar a estrutura
das proteinas?

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Estrutura nos ajuda a compreender a funo

Muitas doenas so devido a estrutura
aberrante da protena
Pode-auxliar no projeto de teraputica

Rompimento da estrutura provoca
perturbaes da funo
Desnaturao
Proteinas nas Membranas
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Proteinas nas Membranas
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As protenas permitem a permeabilidade seletiva das
membranas pois formam canais e bombas para ons e
substratos,
e como
receptores
especficos
para
molculas
sinalizadoras
tais como
hormnios.
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Uma cadeia polipeptdica usualmente cruza a
bicamada como uma -hlice ou barril
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Famlias de Protenas
Protenas com semelhana significativa na
estrutura primria e/ou com estrutura e funo
semelhantes demonstrveis so ditas estar na
mesma famlia.
Exemplo a famlia da Globina, das Imunoglobulinas e
das Serino-proteases
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Famlia da Globina
Hemoglobina e Mioglobina
Mioglobina
uma protena transportadora de O
2
nos musculos

Possui apenas uma cadeia polipeptdica e um centro
de ligao para o O
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Grupo Heme
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Hemoglobina
uma protena presente em altas concentraes nos
glbulos vermelhos que se ligam ao oxignio dos pulmes
e os transportam no sangue at as clulas e tecidos.

Transportam tambm CO
2
e prtons dos tecidos para os
pulmes e NO.
Apresenta estrutura quartenria, consistindo de 4 cadeias
polipeptdicas sendo duas de cada tipo. Possuem seguncia
de aa diferentes.

A cadeia poli alfa tem 141 aa, enquanto a poli beta tem
146.
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Dessoxihemoglobina
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Coordenao octahedral
do Fe
2+

em mioglobina (Mb)
e hemoglobina (Hb)
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Famlia das Serino-proteases
Utilizam um nico resduo de serina ativada no stio
de ligao ao substrato para, catalticamente, hidrolisar
ligaes peptdicas.
Participam de processo fisiolgicos como coagulao
do sangue, fecundao e produo hormonal.
Hidrolisam ligaes peptdicas adjacentes a um aa
especfico.
Possuem homologia na seguncia de aa e estrutura
terciria semelhante.
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A tripsina especfica para hidrolise de ligaes
peptdicas contendo resduos com cadeia lateral com
carga eltrica positiva, em condies fisiolgicas, tais
como a arginina (Arg) e lisina (Lys).
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A quimiotripsina especfica para hidrolise de ligaes
peptdicas contendo resduos com cadeia lateral
hidrofbica, em condies fisiolgicas, tais como o
triptofano (Trp), fenilalanina (Phe), tirosina (x) e
leucina (Leu).
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A elastase especfica para hidrolise de ligaes
peptdicas contendo resduos com cadeia lateral
pequenas, em condies fisiolgicas, tais como a
alanina (Ala).
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Superfamlia das imunoglobulinas
As molculas de anticorpos so glicoprotenas com 4
cadeias polipeptdicas, dois tipos de cadeias no, com duas
cpias idnticas de cada.
Duas cadeias leves (light, L) de seguncia identicas,
combinan-se a duas cadeias pesadas (heavy H) de seguncias
identicas, formando-se assim a strutura (LH)
2
Tipos:
IgG
IgA
IgD
IgE
IgM
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