QUMICA BIOLGICA

Mecanismos de reaccin en
Julio Caramelo
Laboratorio de Biologa Estructural y Celular
Fundacin Instituto Leloir
jcaramelo@leloir.org.ar
Porqu vemos esta clase?
FSICA
QUMICA BIOLOGA
MATEMTICA
Si bien dividimos al conocimiento en reas, a la naturaleza no le importa.
Un fenmeno biolgico abarca diversas escalas temporales y espaciales,
operando en paralelo fenmenos que se estudian en disciplinas diversas.
FSICA
QUMICA BIOLOGA
MATEMTICA
Ya dentro de la Qumica y la Biologa tendemos a lo mismo:
QUMICA
INORGNICA
ORGANICA
FISICOQUMICA
BIOLGICA
ANALTICA
BIOLOGA
CELULAR
MOLECULAR
GENTICA
MICROBIOLOGA
FISIOLOGA
ZOOLOGA
BOTNICA
EVOLUCIN
Hay dos campos que estn ntimamente vinculados:
QUMICA ORGNICA
QUMICA BIOLGICA
El objetivo de esta clase es que integren los conocimientos de
qumica orgnica con las vas metablicas que va a ver en la materia
y con sus conocimientos de estrutura de protenas:
QUMICA ORGNICA
QUMICA BIOLGICA
BIOLOGA
ESTRUCTURAL
La idea es que cuando vean los ciclos metablicos cuenten con
herramientas para pensar en los mecanismos qumicos subyacentes,
y vean las cosas desde una perpectiva ms amplia y no como una
caja negra.
En una clula ocurren
cientos de reacciones
qumicas, sin embargo la
mayora siguen un nmero
limitado de mecanismos
Existen algunas diferencias: la qumica orgnica permite usar
condiciones experimentales que no son compatibles que la vida, y la
qumica biolgica utiliza cientos de enzimas que son incompatibles con
muchas de las condiciones experimentales empleadas en qumica orgnica.
QUMICA ORGNICA
QUMICA BIOLGICA
Muchos solventes posibles (DMF,
cloroformo, eter, ciclohexano, H
2
O, etc)
Muchos formas de activar molculas
(ej. organometales)
Amplio rango de T
Solvente acuoso
Enzimas
T fisiolgica

Todos los seres vivos estn sujetos a las leyes de la termodinmica,

en particular para cualquier proceso:
S
UNIVERSO
0 (2
da
ley termodinmica)
En este caso: S
UNIVERSO
= S
HOMERO
+ S
ENTORNO
0
Como S
HOMERO
< 0, necesariamente S
ENTORNO
> 0
Como medimos S
Universo
?
En un sistema a P y T constantes lo hacemos con G
Sistema
Resulta que: G
Sistema
= -T
Sistema
. S
Universo
En el fondo G
Sistema
es una forma de medir S
Universo
a travs de los
parmetros de mi sistema (P, T, composicin)
El criterio de espontaneidad de un proceso es que: G
Sistema
< 0
Recuerden que: G
Sistema
= H
Sistema
T.S
Sistema
Bueno, resulta que:
O sea, el calor que intercambia mi sistema con el entorno es usado por el
entorno para cambiar su entropa.
Con lo cual decir que G
Sistema
< 0 equivale a decir que S
Universo
> 0
El criterio de espontaneidad de cualquier proceso termodinmico es:
S
Universo
> 0 (2
da
ley Termodinmica)
-T
Sistema
.S
Entorno
Para generar orden necesitamos energa:
Sintetizar biomolculas (protenas, ADN, ARN, lpidos, etc)
Generar movimiento (muscular, movimiento de organelas, etc)
Generar gradientes qumicos: potenciales de accin, sistemas
de transporte facilitado, etc (el cerebro consume cerca de
de nuestra energa. Una neurona gasta cerca del 80 % de su
energa en mantener el gradiente Na
+
/K
+
)
Generar calor
Para todo esto necesitamos: ATP
ATP: adenosina trifosfato
Veamos algunos nmeros:
Tenemos unos 100 g de (ATP + ADP)
En condiciones sedentarias consumimos cerca de 40 kg de ATP en 24
hs. Si hacemos ejercicio podemos llegar a consumir unos 30 kg de ATP
por hora
O sea que una molcula de ATP se recicla por lo menos unas 400 veces
por da. Por lo cual es necesario disponer de mecanismos para reciclarlo.
BiosntesisDe cuanto estamos hablando?
Escherichia coli
Volumen: 1 m
3
Tiempo de duplicacin: 20 min
Genoma: 5.10
6
pares de bases
Superficie: 6 m
2
ENERGA
MATERIA
ORDEN
2 M
Un censo molecular de E. coli
Masa total: 1 pg
H
2
O: 70 % p/p
tARN: 2.10
5
Protenas: 15 % p/p
Largo promedio: 300 aa
Cantidad: 3.10
6
1/3 son de membrana
Ribosomas: Masa: 2.5 MDa
1/3 es protena, 2/3 es ARN
Cantidad: 20.000
10 % volumen celular
Lpidos: 2.10
7
Agua: 2.10
10
-
+
Iones: 6.10
7
ADN: 5.10
6
pb
mARN: 2.10
3
Cuanta glucosa necesita E. coli para duplicarse?
Costo energtico para sintetizar los componentes principales:
Materiales necesarios para esta sntesis: 2 x 10
9
glucosas
10
10
TOTAL
3.1 x 10
7
Glicgeno
1.7 x 10
8
Peptidoglicano
3.8 x 10
8
Lipopolisacrido
3.2 x 10
9
Fosfolpidos
1.6 x 10
9
ARN
3.5 x 10
8
ADN
4.5 x 10
9
Protenas
ATP condiciones
aerbicas
Clase
De donde salen estos nmeros?
Protenas:
Largo promedio: 300 aminocidos
Cantidad: 3 x 10
6
protenas/bacteria
Costo promedio de sintetizar 1 aminocido: 1.2 ATP (es muy variable)
Hay que tomar en cuenta la abundancia relativa de cada aminocido
Costo de hacer una unon peptdica: 4 ATP
En promedio cada aminocido en una protena gasta: 1.2 + 4 = 5.2 ATP
Costo total:
300 (aa/protena) x 3.10
6
protenas/bacteria x 5.2 (ATP/aa) = 4.5 10
9
ATP/bacteria
Noten que es ms costoso hacer la unin peptdica que sintetizar el aminocido.
Casi el 80 % de la energa se gasta en hacer la unin peptdica.
AND y ARN:
Costo promedio de sintetizar 1 nucleotido azucar: 10-20 ATP
Costo de hacer una unon fosfodiester: 1 ATP
Comparado con protenas, ac la polimerizacin es mucho ms barata que la
sntesis de los precursores. El 90 % de la energa se gasta en sintetizar los rNTPs
y dNTPs.
De donde obtenemos energa?
CO
2
+ H
2
O
Hidratos de carbono
cidos grasos
O
2
Cmo obtenemos esta energa?
CO
2
+ H
2
O
Hidratos de carbono
cidos grasos
O
2
ADP ATP
Cun eficiente es la extraccin de energa?
6 CO
2
+ 6 H
2
O
Glucosa: oxidacin por gluclisis y ciclo de Krebs
+ 6 O
2
G = -2879 kJ/mol
Por cada glucosa se generan unos 38 ATP
G = 30.5 kJ/mol
Eficiencia = (38 x 30.5 / 2879) . 100 = 40.3 %
Comparemos con un motor trmico operando entre 37 C y 25 C
Eficiencia = [1 (298/310)] . 100 = 3.9 %
Claramente el metabolismo de glucosa es MUY eficiente
El ATP es la moneda de cambio energtico en la clula:
G = -30.5 kJ/mol
G (clula) -50 kJ/mol
G = -45.6 kJ/mol
G (clula) -50 kJ/mol
ATP
ADP
AMP
Por qu la hidrlisis de ATP es tan favorable?
1) Estabilizacin por resonancia: el Pi tiene mayor estabilizacin por
resonancia que el ATP
2) Repulsin electrosttica: a pH 7 el ATP tiene 4 cargas negativas que se
repelen. Esta repulsin desaparece luego de la hidrlisis
3) Estabilizacin por hidratacin: el ADP y el Pi se pueden hidratar mejor
que el ATP
En algunos procesos se requieren otros nucleotidos trifosfato
(por ej. GTP). Los mismos se generan a partir de los nucletidos
mono- o difosfato y ATP:
NMP + ATP NDP + ADP
NDP + ATP NTP + ADP
Nucletido monofosfato
quinasa
Nucletido difosfato
quinasa
Reacciones acopladas VS reacciones conectadas:
Reaccon conectada: dos reacciones independientes que tienen algn
reactivo en comn:
G = -13.8 kJ/mol K = [Pi] . [Glc] / [Glc-6Pi] = 262
Si Glc-6P total = 1 mM, tenemos que en el equilibrio:
G = -30.5 kJ/mol K = [Pi] . [ADP] / [ATP] = 2.22 10
5
Si ATP total = 1 mM, tenemos que en el equilibrio:
[Glc-6Pi] / [Glc] = 3.8 10
-6
[ATP] / [ADP] = 1.5 10
-8
Si calculamos los dos equilibrios en simultneo,
cada uno con su constante:
K
1
= [Pi] . [Glc] / [Glc-6Pi] = 262
K
2
= [Pi] . [ADP] / [ATP] = 2.22 10
5
Balances de masa: partiendo de 1 mM ATP y 1 mM ADP tenemos:
[ATP]
total
= [ATP] + [ADP] = 1 mM
[Glc-6Pi]
total
= [Glc-6Pi] + [Glc] = 1 mM
[Pi]
total
= [Pi] + [ATP] + [Glc-6Pi] = 2 mM
Reemplazando las K en el BM de Pi:
[Pi]
total
= [Pi] . (1 + ([ATP]
total
/([Pi] + K
2
)) + ([Glc-6Pi]
total
/([Pi] + K
1
)))
Resolviendo numricamente la ecuacin cbica llegamos a:
[ATP]/[ADP] = 9 10
-8
[Glc-6Pi]/[Glc] = 7.6 10
-6
La hexoquinasa al acoplar las dos reacciones permite que la energa
libre que se libera por la hidrlisis del ATP en vez de disiparse en
forma de calor sea utilizada para generar Glc-6Pi
Hexoquinasa
G = -30.5 + 13.8 kJ/mol = -16.7 kJ/mol
K = [Glc-6Pi].[ADP] / [ATP].[Glc] = 846
Si Glc-6P total = 1 mM y ATP total = 1 mM, tenemos que en el equilibrio:
O sea que el cociente creci 3.8 10
6
, casi 7 rdenes de magnitud !!!
[Glc-6Pi] / [Glc] = 29
Reacciones acopladas: debe existir algn agente que haga que las reacciones
se vean mutuamente de forma directa. Si agregamos hexoquinasa:
Potenciales de transferencia de fosfato: el ATP est en el medio
Fosfoenol piruvato
1,3-bifosfoglicerato
Creatina fosfato
ATP
Glucosa 1-fosfato
Glucosa 6-fosfato
Glicerol 3-fosfato
Pirofosfato
-61.9 kJ/mol
-49.4 kJ/mol
-30.5 kJ/mol
-43.1 kJ/mol
-20.9 kJ/mol
-19.3 kJ/mol
-13.8 kJ/mol
-9.2 kJ/mol
La generacin de ATP es un proceso medio rebuscado.
CO
2
Gliclisis
Krebs
Glucosa
Pirvico
Acetil-CoA
2 ATP 2 NADH
NADH
CO
2
HS-CoA
3 NADH FADH
2
GTP
HS-CoA
1) Oxidando glucosa generamos poder reductor (NADH, FADH
2
) y un poco
de ATP:
2) Respiracin:
reoxidacin de NAD y FAD por reduccion de O
2
generacin de H
+
NADH NAD
FADH
2
FAD
O
2
H
2
O
e-
e-
H
+
H
+
2) Generacin de ATP utilizando el H+
ATP
ADP
El resultado es bastante diferente a una llama:
+ 6 O
2
6 CO
2
+ 6 H
2
O
+ luz
O
2
NADH
FADH
2
e-
e-
H
+
H
+
ADP + Pi
ATP
Ahora vamos a ver la qumica de todo esto
Un repaso de Qumica Orgnica
Electrfilos: sustancia que tiene un tomo con una polarizacin positiva,
pobre en electrones, que puede formar una unin qumica al aceptar en
un par de e- de un tomo rico en electrones. Si la reaccin involucra la
transferencia de H+ se denomina cido de Lewis
Nuclefilos: sustancia con un tomo con una polarizacin negativa, puede
formar una unin qumica al donarle un par de e- a una sustencia pobre
en electrones (un electrfilo). Si la transferencia involucra una
transferencia de H+ se denomina base de Lewis.
Nu: Nu: Nu:
+
Nu
+
H
Nu
+
CH
3
+
+
+
Mecanismo 1: adicin electroflica a
C C
O
H
H H
H
O
H
+
+
H
O
H
+
Carbocatin ms
estable
Este se ve en la biosntesis de esteroides y otros terpenoides
Mecanismo 2: sustitucin nucleoflica unimolecular
Br
-
H
3
O
+
Sn1: unimolecular
PPi
Geranil difosfato
Geraniol
H
3
O
+
Ejemplo:
Mecanismo 3: sustitucin nucleoflica bimolecular
Sn2: bimolecular
Ejemplo:
HO
Br
-
-
Norepinefrina
Epinefrina
(Adrenalina)
S-adenosil metionina
S-adenosil homocistena
Prefijo HOMO: usualmente tiene un
carbono extra del compuesto madre
Nu:
Mecanismo 4: adicin nucleoflica a carbonilo
Aldehdo
Cetona
cido Ester Amida
Tioester
Acilfosfato
No hay buenos grupos salientes (no
estabilizan carga -) unidos al carbono
carbonlico, entonces las reacciones de
sustitucin son difciles
Hay buenos grupos salientes
(estabilizan carga -) unidos al
carbono carbonlico, entonces las
reacciones de sustitucin son
posibles
Distingamos dos clases de compuestos:

+
Nuclefilo, reacciona con cidos y electrfilos
Electrfilo, reacciona con bases y nuclefilos
La doble vida
del carbonilo
+
-
:Nu
H
-
R
3
C
-
Alcxido tetrahdrico
Carbinolamina
Hemiacetal
Acetal
Imina
(base de Schiff)
RNH
2
ROH
sp
2
sp
3
Alcohol
Luego de la adicin hay varias posibilidades, dependiendo del nuclefilo:
Ej: reduccin de
carbonilos por NADH
(la vemos ms adelante)
ROH
Adicin de aminas a carbonilo:
Ejemplo: sntesis de Alanina a partir de piruvato:
Piruvato
Piridoxamina
fosfato
Imina
+ H
2
O
Adicin de alcoholes a carbonilo: formacin de acetales
+ H
2
O
H-A
H-A
H-A
A-
A-
A-
A-
H-A
Hemiacetal
Acetal
1
2
3
4
5
1) Protonacin del O polariza el C incrementando se electrofilicidad.
2) Adicin nucleoflica del alcohol seguida por desprotonacin da el hemiacetal.
3) Protonacin del OH lo transforma en un mejor grupo saliente, que se pierde
como agua y da un in oxonio.
4) Segunda adicin de alcolhol da el acetal protonado..
5) ..el cual se desprotona.
Oxonio
Esta reaccin es muy comn en los hidratos de carbono, para pasar de
la forma abierta (aldehdo o cetona) a la forma cerrada (piranosa o
furanosa):
Glucosa
(abierta)
-Glucosa
(-D-glucopiranosa)
-Glucosa
(-D-glucopiranosa)
Mecanismo 5: adicin conjugada (1,4) nucleoflica
Reaccin de Michael
Adicin (1,2)
Adicin conjugada (1,4)
:Nu
-
:Nu
-
H
+
H
+
-
In enolato
Noten que la adicin (1,4) da un resultado similar a una adicin
electroflica a un doble enlace (mecanismo 1), pero el mecanismo es muy
diferente.
Los alquenos aislados reaccionan con electrfilos y forman carbocationes
intermediarios.
Los carbonilos ,-insaturados reaccionan con nuclefilos y forman un in
enolato como intermediario.
La adicin conjugada (1,4) sucede porque el O del carbonilo se lleva
densidad electrnica del carbono , hacindolo ms electroflico que un
doble enlace de un alqueno:
electroflico
Cetona saturada:
Cetona ,-insaturada:
Ejemplo: ciclo de Krebs: conversin de fumarato a malato.
Es una hidratacin
O
H
H
:B
H-A
-
Fumarato
Malato
Fumarasa
( fumarato hidratasa)
Mecanismo 6: sustitucin nucleoflica de acilos
:Nu
-
:X
-
O-H
-
Cuando necesito poner energa para una reaccin?
ROH
ROH
RNH
2
CIL FOSFATO
AMIDA
ESTER
TIOESTER
> REACTIVIDAD
RSH
RSH
PO
4
3-
H
2
O
RNH
2
CIDO
REACCIN
ESPONTNEA
Un ejemplo ya visto: sntesis de protenas
cido RCOO
-
Amida
Aminocido
Unin peptdica
Un ejemplo ya visto: sntesis de protenas
A
ATP
PPi
Aminoacil-AMP
tRNA
Aminoacil tRNA
Acil fosfato
Ester
1
ra
etapa: carga del tRNA: aminoacil-tRNA sintetasa
Pregunta filosfica: Donde est la
especificidad del cdigo gentico? Quin es
el verdadero traductor de AND a protenas?
2
da
etapa: unin peptdica: ribosoma
Cadena naciente
Ester
Amida
Sustitucin nucleoflica
Veamos la lgica de este proceso:
cido RCOO
-
Acil fosfato
Ester
Amida
ATP
PPi
Aminocido
Aminoacil AMP
Aminoacil tRNA
Unin peptdica
Mecanismo 7: condensacin carbonlica
Aldlicas y Condensacin de Claisen
Muy tiles para generar uniones C-C
Aldlica: adicin nucleoflica a carbonilo
Claisen: sustitucin nucleoflica de acilos
:Base
:Base
Reaccin aldlica: adicin nucleoflica a C=O
Condensacin de Claisen: sustitucin nucleoflica de C=O
-hidroxialdehdo
-ceto ester
La reaccin ocurre porque el el hidrogeno a un carbonilo es ligeramente
cido, y puedo ser removido por una base para dar un in enolato. Los
enolatos, como otros aniones, son nuclefilos.
:Base
-
Nuclefilo
La acidez del carbono se debe a la estabilizacin por resonancia del in
enolato por el grupo carbonilo
cido carboxlico
1,3-dicetona
-ceto ester
1,3-diester
Aldehdo
Cetona
Tioester
Ester
Amida
4.7
9
10.6
12.9
17
19.3
21
25
30
pKa
Condensacin aldlica: mecanismo
:B
-
Generacin
del enolato
Adicin
nucleoflica a un
segundo aldehdo
Generacin de un
alcoxido
H-A
Protonacin del
alcoxido
-hidroxi cetona
Noten que la reaccin es reversible, un -hidroxialdehdo o cetona puede
fragmentarse para dar dos molculas de aldehdo o cetona (retroaldlica)
Condensacin de steres: es similar a la de aldehdos y cetonas,
la diferencia es que en vez de dar un producto de adicin da una
sustitucin.
:B
-
Generacin
del enolato
Adicin
nucleoflica a un
segundo ester
Generacin de un
alcoxido
Eliminacin de RO
-
-hidroxi cetona
Al igual que con la aldlica, la condensacin de Claisen es reversible
Existen muchos ejemplos de condensaciones aldlicas y de Claisen en
el metabolismo:
Gliceraldehdo 3-fosfato
Dihidroxiacetona fosfato
Fructosa 1,6-bisfosfato
En gliclisis:
En sntesis de esteroles:
Acetil-CoA
Acetil-CoA
Acetoacetil-CoA
HS-CoA
La primera reaccin del ciclo del cido ctrico es una aldlica:
Acetil-CoA
Oxalacetato
Citrato
HS-CoA
Mecanismo 8: eliminaciones
La eliminacin de H-X para dar un alqueno pueden ocurrir por tres mecanismos, que
difieren en el momento de la ruptura de las uniones C-H y C-X.
Reaccin E1:
Reaccin E2:
Reaccin E1cB (base conjugada):
B:
B:
B:
+ X
-
+ X
-
+ X
-
+
+
B-H
+
+
B-H
+
+
B-H
Existen ejemplos de los tres mecanismos en diversas rutas metablicas
El sustrato ms comn es un alcohol o un alcohol protonado (X = OH
2
+
)
El H eliminado usualmente est adyacente a un grupo carbonilo, lo que
aumenta su acidez y facilita su salida
Los productos de condensaciones aldlicas (-hidroxi carbonilos)
comunmente se convierten a carbonilos ,-insaturados por eliminacin.
Ejemplo: sntesis de cidos grasos
CO
2
CO
2
HSCoA
Ciclo del
cido ctrico
CO
2
Glucosa
Fructosa-1,6-bifosfato
Dihidroxiacetona fosfato
Gliceraldehido
fosfato
Piruvato
Acetil-CoA
Oxalacetato
1
Mecanismos:
En lnea puntuadas son los procesos
reversos de esta lista
1: sustitucin nucleoflica a acilo
2: adicin nucleoflica a CO
3: tautomerizacin ceto-enol
4: aldlica (inversa)
5: eliminacin
6: Sn2
2 3
2
1
4
2 2 1
1
1
1
5
1
1
6 2 2
3 2 1
5
5
2
5
3
3 2
1
1 1
5
5
2
Gliclisis
REACCIONES REDOX
CO
2
+ H
2
O
Hidratos de carbono
cidos grasos
Glucosa cido pirvico
Gliclisis
Es sto una redox?
REDOX: estados de oxidacin del C
-4 -2
0
+2 +4
-3 -2
-1
Glucosa
cido pirvico
Es sto una redox?
C
6
O
6
2 X C
3
O
3
2 X
No hay prdida de O !!!
Glucosa
cido pirvico
Es sto una redox?
-1
0
0
0
+1
-3
+3 +2
C
6
O
6
H
12
2 X C
3
O
3
H
4
2 X
Total: 0 Total: 2 x (+2)
(H
-
H
+
)
H H
(NAD)
(NADP)
(FAD)
En general la redox entre carbonilos y alcoholes est medida por NAD
o NADP, y la conversin entre alcanos y alquenos est mediada por FAD
NAD: nicotinamida adenina dinucletido
NADP
FAD: flavin adenina dinucletido
Nicotinamida
Flavina
Adenina
Adenina
ribitol
NAD
+
(NADP
+
)
NADH
(NADPH)
H
-
HIDRURO
B:
B-H
+
Reacciones mediadas por NAD: transferencia de hidruro por
adicin nucleoflica (reducciones) o por eliminacin (oxidaciones)
Veamos un ejemplo: lactato deshidrogenasa
NADH
B:
B-H
+
His195
His195
cido pirvico cido lctico
NAD
NAD
NADH
Lactato deshidrogenasa (pdb 1I0Z)
NAD
cido oxmico
(fjense que interesante como esta
extensin contacta a la otra subunidad)
His195
H
H
1
2
Lactato deshidrogenasa: mecanismo de catlisis
1) Protonacin: transferencia de H
+
de His195 al O:
2) Adicin nucleoflica: transferencia de H
-
de NADH a C:
cido oxmico
Cmo se hace esta reaccin en qumica orgnica?
-
+
+
-
+
H
2
O
H
2
O
LiOH
Adicin nucleoflica de H
-
La coordinacin del Li+ al O
aumenta la + del C, facilitando
el ataque del H
-
Borohidruro de litio
Redox de enlaces dobles: usualmente se usa FAD
FAD
FADH
2
FAD FADH
2
Acil-CoA deshidrogenasa
Uno de los pasos en la oxidacin de cidos grasos.
(H
2
)
FAD
FADH
2
Acil-CoA deshidrogenasa (pdb: 2UXW)
FAD
Anlogo de
Acil-CoA
B:
Ribitol
OH
1) Un puente hidrgeno del ribitol de la CoA al O aumenta la
acidez de carbono alfa al CO
2) Un protn del carbono alfa se transfiere a una base,
generando un enolato tioester
3) Se transfiere un H
-
del carbono beta al FAD, generndose un
doble enlace trans
FAD
-
(1)
(2)
Enolato tioester
(3)
Glu462
La base es el Glu462:
Puente H aumenta acidez del C
C
Que le pasa al FAD?
Un mecanismo propuesto: transferencia de H
-
con
protonacin de la flavina
-
H A
Veamos todo junto en algn proceso:
Degradacin de cidos grasos: -oxidacin
Paso 1: La oxidacin a un doble enlace C-C mediada por FAD
Paso 2: Adicin de H
2
O a un doble enlace vecino a un CO. Es el proceso
inverso a una eliminacin
Paso 3: Oxidacin del ROH mediada por NAD
+
Paso 4: Sustitucin nucleoflica a CO. El nuclefilo es HS-CoA
Acil-CoA trans-
2
-enoil-CoA 3-L-hidroxiacil-CoA
-cetoacil-CoA
Acil-CoA
(2 C menos)
Acetil-CoA
+
Acil-CoA deshidrogenasa
FAD
FADH
2 H
2
O
Enoil-CoA hidratasa
NAD
+
NADH
Hidroxiacil-CoA
deshidrogenasa
HS-CoA
-cetoacil-CoA
tiolasa
1
2
3
4
Acil-CoA trans-
2
-enoil-CoA
Acil-CoA deshidrogenasa
FAD
FADH
2
Acil-CoA deshidrogenasa mitocondrial de hgado de cerdo (pdb: 3MDE):
Paso 1:
Paso 1:
Acil-CoA
trans-
2
-enoil-CoA
FAD
FADH
2
Glu376
Octanoil-CoA
FAD
H
H
Transferencia
de H
-
Transferencia
de H
-
Abstraccin de H
+
por una base (Glu376)
Abstraccin de H
+
Paso 4:
-cetoacil-CoA
Acil-CoA
Acetil-CoA
+
HS-CoA
-cetoacil-CoA
tiolasa
Este paso es ms complicado de lo que parece, porque se forma un intermediario
covalente con la enzima. Primero hay una ruptura de Claisen (es la condensacin de
Claisen en sentido inverso), en donde se forma un tioester intermediario con la enzima,
seguida de una sustitucin nucleoflica del tioester:
Enz-S
-
H+
CoA-S
-
Acetil-CoA
1
er
ataque nucleoflico
por una Cys desprotonada
Eliminacin del enolato
2
do
ataque nucleoflico
por CoA-S
-
Enz-S
-
Eliminacin del
tiol de la Cys
Retro Claisen
Sustitucin nucleoflica
Fjense que la beta oxidacin de cidos grasos sigue una lgica idntica a
la conversin de succinato a oxalacetato en el ciclo de Krebs
Es una estrategia usual para oxidar alcanos a carbonilos
Succinano
(alcano)
Fumarato
(alqueno)
Malato
(alcohol)
Oxalacetato
(cetona)
Deshidrogenacin
(oxidacin)
Hidratacin
Oxidacin
FAD
NAD
Veamos la estructura: acetoacil-CoA tiolasa de
zooglea ramigera (pdb: 1QFL)
Tetrmero
Vean el detalle de la zona de interaccin, se forman dos
hojas beta con una hebra de cada subunidad
Sitio cataltico: cristal con Cis89 acetilada (intermediario de reaccin covalente)
Cys89 acetilada
His 348: desprotona el tiol de la
Cys89, lo pasa a tiolato y
aumenta su nucleofilicidad
HS-CoA
Cys378
Mecanismo de accin:
His348
Cys89
Cys378
H
+
Retro Claisen
Activacin del
nuclefilo
Activacin del
nuclefilo
Sustitucin
nucleoflica
O
2
NADH
FADH
2
e-
e-
H
+
H
+
ADP + Pi
ATP
Mecanismo principal de generacin de ATP
La oxidacin se acopla indirectamente a la sntesis de ATP
En algunos casos la oxidacin se acopla directamente a la sntesis de ATP:
Ejemplo: generacin de 1,3-bifosfoglicerato
ADP
ATP
1,3-bifosfoglicerato
3-fosfoglicerato
Alta energa
La energa para formar la unon de alta energa de acilfosfato viene
de la oxidacin de un aldehdo. Como se acoplan estas reacciones?
Fjense bien. Ac estn ocurriendo dos procesos:
1) Oxidacin de un aldehdo a cido: muy proceso favorable
2) Fosforilacin de un cido: proceso muy desfavorable
1,3-bifosfoglicerato Gliceraldehdo 3-fosfato
Gliceraldehdo 3-fosfato
deshidrogenasa
NAD
+
Pi
NADH
H
2
O
NAD
+
Pi
NADH
H
2
O
G = -50 kJ/mol
G = +50 kJ/mol
Redox
Hidrlisis
al revs
El acoplamiento de estas dos reacciones se da a travs de un
intermediario tio-ester:
G
Reaccin
G
Reaccin
Reaccin no catalizada
Aldehdo
cido
Acil
fosfato
Acil
fosfato
Aldehdo
Tioester
Reaccin catalizada
Veamos el mecanismo de esta reaccin:
+
+
+
+
Adicin nucleofilica
Intermediario
tioester
Hemitioacetal
Transferencia de H
-
Intermediario
tioester
Fosforlisis
(sustitucin
nucleoflica)
NAD
+
NADH
Estructura: gliceraldehdo 3-fosfato deshidrogenasa de
tripanosoma cruzi (pdb: 3IDS)
NAD
+
CIS166
HIS194
Sitio cataltico:
QUMICA ORGNICA
QUMICA BIOLGICA
Muchos solventes posibles
Muchos formas de activar molculas
Amplio rango de T
Solvente acuoso
Enzimas
T fisiolgica
Como vieron, existe una continuidad entre ambos campos. Y todo lo
que vieron en qumica orgnica sigue valiendo en esta materia: