V.

NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire

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LE MATERIEL GENETIQUE, STRUCTURE ET EXPRESSION LE MATERIEL GENETIQUE, STRUCTURE ET EXPRESSION LE MATERIEL GENETIQUE, STRUCTURE ET EXPRESSION LE MATERIEL GENETIQUE, STRUCTURE ET EXPRESSION
1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques
1.1 Les deux types d 1.1 Les deux types d 1.1 Les deux types d 1.1 Les deux types d acide nucleique : L acide nucleique : L acide nucleique : L acide nucleique : L ADN, L ADN, L ADN, L ADN, L ARN ARN ARN ARN
1.2 Les grandes fonctions du noyau 1.2 Les grandes fonctions du noyau 1.2 Les grandes fonctions du noyau 1.2 Les grandes fonctions du noyau
2. Ultrastructure du noyau interphasique. 2. Ultrastructure du noyau interphasique. 2. Ultrastructure du noyau interphasique. 2. Ultrastructure du noyau interphasique.
2.1 L 2.1 L 2.1 L 2.1 L enveloppe nucleaire et les lamines. enveloppe nucleaire et les lamines. enveloppe nucleaire et les lamines. enveloppe nucleaire et les lamines.
2.2 Les pores nucleaires. 2.2 Les pores nucleaires. 2.2 Les pores nucleaires. 2.2 Les pores nucleaires.
2.3 Les echanges entre le nucleoplasme et le cytoplasme 2.3 Les echanges entre le nucleoplasme et le cytoplasme 2.3 Les echanges entre le nucleoplasme et le cytoplasme 2.3 Les echanges entre le nucleoplasme et le cytoplasme
3. Le noyau et le cycle cellulaire. 3. Le noyau et le cycle cellulaire. 3. Le noyau et le cycle cellulaire. 3. Le noyau et le cycle cellulaire.
3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases. 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases. 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases. 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases.
3.2 Il existe des points de controle du 3.2 Il existe des points de controle du 3.2 Il existe des points de controle du 3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire. cycle cellulaire. cycle cellulaire. cycle cellulaire.
3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle
cellulaire. cellulaire. cellulaire. cellulaire.
3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l ADN, probleme d ADN, probleme d ADN, probleme d ADN, probleme d empaquetage empaquetage empaquetage empaquetage
4. ADN, chromatine et chromosomes. 4. ADN, chromatine et chromosomes. 4. ADN, chromatine et chromosomes. 4. ADN, chromatine et chromosomes.
4. 1 Nucleosome. 4. 1 Nucleosome. 4. 1 Nucleosome. 4. 1 Nucleosome.
4.2 Les histones participent a l 4.2 Les histones participent a l 4.2 Les histones participent a l 4.2 Les histones participent a l assemblage des nucleosomes. assemblage des nucleosomes. assemblage des nucleosomes. assemblage des nucleosomes.
4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles. 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles. 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles. 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles.
4.4 Condensation maximale a la metaphase. 4.4 Condensation maximale a la metaphase. 4.4 Condensation maximale a la metaphase. 4.4 Condensation maximale a la metaphase.
4.5 Resume : taux de condensation /compression successif de l 4.5 Resume : taux de condensation /compression successif de l 4.5 Resume : taux de condensation /compression successif de l 4.5 Resume : taux de condensation /compression successif de l ADN ADN ADN ADN
5. La transcription et maturation des ARN. 5. La transcription et maturation des ARN. 5. La transcription et maturation des ARN. 5. La transcription et maturation des ARN.
5.1 Notions sur l 5.1 Notions sur l 5.1 Notions sur l 5.1 Notions sur l organisation des genes organisation des genes organisation des genes organisation des genes
5.2 Les ARN p 5.2 Les ARN p 5.2 Les ARN p 5.2 Les ARN polymerases assurent la transcription de l olymerases assurent la transcription de l olymerases assurent la transcription de l olymerases assurent la transcription de l ADN en ARN. ADN en ARN. ADN en ARN. ADN en ARN.
5.3 Les differentes categories d 5.3 Les differentes categories d 5.3 Les differentes categories d 5.3 Les differentes categories d ARN ARN ARN ARN
a. Les ARN de transfert a. Les ARN de transfert a. Les ARN de transfert a. Les ARN de transfert
b. Les ARN ribosomiques b. Les ARN ribosomiques b. Les ARN ribosomiques b. Les ARN ribosomiques
c. Les ARN premessager c. Les ARN premessager c. Les ARN premessager c. Les ARN premessager
5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription
5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l initiation initiation initiation initiation
de la transcription de la transcription de la transcription de la transcription
5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes. 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes. 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes. 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes.
5.5.2 Maturation des ARN 5.5.2 Maturation des ARN 5.5.2 Maturation des ARN 5.5.2 Maturation des ARN
5.5.3 Maturation des ARN premessager en ARNm 5.5.3 Maturation des ARN premessager en ARNm 5.5.3 Maturation des ARN premessager en ARNm 5.5.3 Maturation des ARN premessager en ARNm
5.6 Les ARN preribosomiques (transcri 5.6 Les ARN preribosomiques (transcri 5.6 Les ARN preribosomiques (transcri 5.6 Les ARN preribosomiques (transcrits par la ARN.polymerase I). ts par la ARN.polymerase I). ts par la ARN.polymerase I). ts par la ARN.polymerase I).
5.6.1 Le nucleole. transcription, maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. transcription, maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. transcription, maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. transcription, maturation des ARNr et assemblage
des ribosomes. des ribosomes. des ribosomes. des ribosomes.
5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes
6 La traduction. 6 La traduction. 6 La traduction. 6 La traduction.
6.1 Le code genetique. 6.1 Le code genetique. 6.1 Le code genetique. 6.1 Le code genetique.
6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt
6.3 Mecanisme de la traduction 6.3 Mecanisme de la traduction 6.3 Mecanisme de la traduction 6.3 Mecanisme de la traduction
I
Les molecules constituant le materiel genetique doivent posseder plusieurs proprietes
fondamentales :
- Permettre le stockage dune information.
Dans ce contexte, les differents degres dorganisation du materiel genetique seront etudies
et nous
determinerons les relations qui existent entre les molecules dADN, les genes et les
chromosomes.
- Etre capable de se reproduire a lidentique.
Un gene porte linformation biologique sous une forme qui doit etre copiee et transmise
avec precision de
chaque cellule a toute sa descendance.
Le processus genetique fondamental qui assure la reproduction a lidentique de lADN est
la replication
- Assurer la realisation du programme genetique.
Le materiel genetique est forme de genes dont la fonction est pour leur majorite, de
controler la synthese de
proteines qui sont les constituants et les acteurs principaux de toutes les activites
cellulaires.
1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques
Les acides nucleiques sont des molecules, qui comme leur nom lindique, ont tout dabord
ete isolees a partir
du noyau. En fait, il existe des acides nucleiques non seulement dans le noyau, mais aussi
dans le cytoplasme
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
24
des cellules. Ce sont des molecules tres importantes dans la vie de la cellule, puisquelles
contiennent
linformation genetique et par consequent quelles determinent toutes les caracteristiques
de lorganisme.
Elles sont donc indispensables a lexistence meme de la vie, du moins telle que nous la
connaissons sur
Terre actuellement. Le transfert des caracteres hereditaires de tout organisme a la
generation suivante repose
sur les acides nucleiques qui sont de 2 types:
- Les acides desoxyribonucleiques: ADN (ADN)
- Les acides ribonucleiques: ARN (ARN)
- Les acides desoxyribonucleiques ou ADN qui sont des polymeres de
desoxyribonucleotides. Lose sera le
desoxyribose et les 4 bases seront: A, G, T et C.
- Les acides ribonucleiques ou ARN qui sont des polymeres de ribonucleotides. Lose sera
donc le ribose et
les 4 bases principales seront: A, G, U et C.
1.1 Les d 1.1 Les d 1.1 Les d 1.1 Les deux types d eux types d eux types d eux types d acide nucleique : L acide nucleique : L acide nucleique : L acide nucleique : L ADN, L ADN, L ADN, L ADN, L ARN ARN ARN ARN
L LL L ADN: ADN: ADN: ADN:
LADN etait un polymere lineaire de desoxyribonucleotides dont les 4 types de bases sont
A, T, G et C et
dont le sucre est le desoxyribose. Les nucleotides sont lies entre eux par une liaison
phosphodiester entre le
C3 dun nucleotide et le C5 du nucleotide suivant. Les ADN auront donc la structure
globale suivante (voir
Fig.1). Il faut bien comprendre que le squelette desoxyribose-phosphate est le meme tout
au long dune
molecule dADN et aussi dune molecule a lautre. Il nen est pas de meme pour les bases
dont la sequence, cest-a-dire lordre dans lequel elles se succedent est caracteristique de
chaque molecule dADN.
Ce sont ces sequences qui vont jouer un role biologique capital: des sequences en bases
differentes
donneront des messages differents. Par consequent, pour simplifier on represente une
chaine dacide
nucleique en ecrivant seulement les bases:
CGAAT
Lossature de la molecule est formee dune succession de desoxyriboses et de phosphates
lies entre eux par
des liaisons phosphodiester asymetriques 5-- 3, Par consequent, la molecule dADN est
dite polarisee.
On ecrira donc 5CGAAT 3
La direction des liaisons phosphodiester determine la polarite de la molecule. Donc, par
exemple, la
sequence nucleotidique 5- G - C - A - A - T - 3 est differente de la sequence 3- G - C -
A - A - T - 5 et ne
contiendra donc pas le meme message biologique. Par convention, les sequences dADN
sont ecrites dans le
sens ou elles sont transcrites in vivo, cest-a-dire de lextremite 5 a lextremite 3. Dans
lADN, le nombre de
residus dAdenine est toujours egal au nombre de residus de Thymine (donc = U). De
meme, le nombre de
residus de Guanine est toujours egal au nombre de residus de Cytosine. Ce qui signifie
quil y a autant de
bases puriques que de bases pyrimidiques, cest-a-dire A+G =C+T.
Les etudes de diffraction de rayons X de Wilkins et les donnees chimiques de Chargaff
ont amene Jim
Watson et Francis Crick, en 1953, a proposer le modele que vous connaissez tous, celui de
la double helice
dADN (Fig.3). Selon ce modele, lhelice est formee par la succession des desoxyriboses et
de phosphoryles
qui constituent lossature de la molecule. Les bases sont perpendiculaires a la chaine et se
trouvent a
linterieur de la double helice. Les 2 brins de la double helice sont en fait antiparalleles,
cest-a-dire que les
brins sont paralleles, mais dans des directions opposees. En face de chaque base dune
helice, se trouve une
autre base sur lautre helice. Les bases des brins opposes, echangent des liaisons
hydrogenes ce qui maintient
ensemble les deux chaines. La geometrie de la double helice exige quune purine soit
toujours appariee a une
pyrimidine. Dautre part, des contraintes steriques font que lAdenine ne peut sapparier
quavec la Thymine
et la Guanine quavec la Cytosine. On dit que A est complementaire de T et G est
complementaire de C
(regle dappariement). A forme 2 liaisons hydrogenes avec T, tandis que G en forme 3
avec C (Fig.2).
L LL L ARN ARN ARN ARN
LARN a une structure generale tres voisine de celle de lADN, puisquil sagit, la aussi,
dun polymere
lineaire de nucleotides puriques et pyrimidiques relies par des ponts 3-5-phosphodiester.
Comme lADN, la
molecule dARN est polarisee. On peut la representer de matiere schematique toujours de
5 en 3. Malgre sa
ressemblance avec lADN, il existe cependant 3 differences essentielles entre ces 2 types
dacides nucleiques:
1. Comme son nom lindique, dans lARN, lose des nucleotides est le ribose (Fig.4).
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
25
2. Sauf cas exceptionnel, la Thymine est absente des ARN. Elle est remplacee par lUracile
en tant que base.
Les ARN contiennent donc les nucleotides a Adenine, Guanine, Cytosine et Uracile.
(Fig.5)
3. LARN se presente sous forme dune molecule monocatenaire (une seule chaine), cest-
a-dire a un brin et
non pas sous forme dune double helice.
On trouve cependant, dans certains ARN, des zones helicoidales formees de bases
complementaires unies
par des liaisons hydrogenes. Mais ces zones appartiennent a differentes parties dune
meme molecule qui se
replie donc sur elle-meme pour former une epingle a cheveux. Lappariement des bases
est similaire a
celui de lADN. C sapparie avec G et A avec U. (Fig.6)
1. 1. 1. 1.2 Les grandes fonctions du noyau 2 Les grandes fonctions du noyau 2 Les grandes fonctions du noyau 2 Les grandes fonctions du noyau
(Voir Fig.7)
- Stockage de linformation genetique
La chromatine represente le site de stockage de la quasi totalite de lADN dune cellule
eucaryote. Des
organites, les mitochondries et chloroplastes contiennent aussi un materiel genetique.
- Replication et transmission de linformation genetique.
Le noyau est capable de conserver le materiel genetique malgre les divisions cellulaires.
Cest dans le noyau
que la Replication de lADN (Phase S) a lieu.
La replication permet la transmission de linformation genetique lors de la mitose et de
meiose.
- Expression et traitement de linformation genetique.
Le noyau est le siege de la synthese:
- des ARN messagers, de leur maturation et de leur transport dans le cytoplasme, ou ils
sont decryptes par les ribosomes.
- des ARN de transfert (vehicules des acides amines)
- des ARN ribosomaux (qui constituent la machine de traduction)
Les differents types cellulaires dun organisme (sauf les cellules germinales, gametes) ont
tous le meme
ADN.
Ceci fut demontre par des experiences de transplantation de noyaux provenant de cellules
differenciees dans
des oeufs de grenouille ainsi que par des experiences de clonage chez les plantes. (voir
Fig.8) Ces
experiences furent confortees par des observations montrant que toutes les cellules dun
organisme
possedent des chromosomes mitotiques identiques. En consequence, la differenciation
des cellules, cest a
dire la specialisation des differents types cellulaires dun organisme depend donc de
modifications de
lexpression des genes et non de leur perte. Un certain nombre de genes determinent donc
des voies de
differenciation cellulaire. Chaque cellule contient 10 a 20000 proteines differentes. Un
faible nombre de
genes, une centaine, suffirait pour produire de grandes differences morphologiques et de
comportements
cellulaire qui sont generes au cours du developpement embryonnaire des organismes.
Lexpression genique peut etre controlee a chaque niveau de lADN a lARN puis de la
proteine (regulation
transcriptioimelle, post-transcriptionnelle, traductionnelle, post-traductionnelle). Nous
verrons que le
controle de la transcription est preeminent parmi les differents niveaux possibles de
regulation des genes.
La regulation de linitiation de la transcription de certains genes a en effet, un role
preponderant dans les
mecanismes moleculaires impliques dans les processus de differentiation cellulaire. De
plus, les cellules sont
capables de modifier lexpression de leurs genes en reponse a des signaux extracellulaires
(hormones,
facteurs de croissance, ...).
2. Le noyau : ultra structure du noyau interphasique 2. Le noyau : ultra structure du noyau interphasique 2. Le noyau : ultra structure du noyau interphasique 2. Le noyau : ultra structure du noyau interphasique
Les organismes contenant des cellules a noyau sont les eucaryotes (les bacteries qui ne
possedent pas de
noyau sont des procaryotes, les virus appartiennent aux acaryotes).
- Le noyau contient la quasi totalite de linformation genetique dune cellule (ADN
nucleaire). Cette
information genetique, au cours de linterphase, est presente sous la forme de chromatine
(Fig.9). La
chromatine interphasique est une masse confuse qui occupe une grande partie du volume
nucleaire, qui
contraste avec lultra structure hautement organisee et reproductible des chromosomes
metaphasiques.
Du point de vue fonctionnel, on designe sous le nom de chromatine active ou
euchromatine les portions de
la chromatine qui sont transcrites par opposition a la chromatine condensee ou inactive
ou
heterochromatine qui nest jamais transcrite. Leuchromatine mise en evidence par des
experiences
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
26
dincorporation duridine tritiee (3H) (qui sincorpore dans lARN) represente 5 a 10 % de
la chromatine
nucleaire.
Le nucleole apparait comme une masse globulaire, de structure heterogene. Il est
considere combe un sous
compartiment organise du noyau, cest le lieu de synthese des ARN ribosomiques (ARNr)
(Fig.10).
2.1 L 2.1 L 2.1 L 2.1 L enveloppe nucleaire et les lamines enveloppe nucleaire et les lamines enveloppe nucleaire et les lamines enveloppe nucleaire et les lamines
- Le noyau contient un squelette compose de proteines appartenant a la famille des
filaments intermediaires
appelees lamines, qui sont presentes sur la face interne de la membrane interne de
lenveloppe nucleaire.
Elles forment une couche dense visible en microscopie electronique, la lamina densa
(Fig.11). Elles auraient
un role dans la disparition et la reconstitution de la membrane nucleaire lors de division
cellulaire. Lorsque la
cellule se divise par mitose, une phosphorylation de residus serine des lamines provoque
un desassemblage
de la lamina nucleaire, lenveloppe nucleaire est dissociee en vesicules de petite dimension
qui restent
combinees avec la lamine. Lors de la telophase les lamines sont dephosphorees. On pense
donc quelles
jouent un role dans la division cellulaire. Les fibres de chromatine se disposent sur la face
interne de la
lamina et interagissent avec les lamines.
2.2 Les pores nucleaires 2.2 Les pores nucleaires 2.2 Les pores nucleaires 2.2 Les pores nucleaires
Le noyau est un organite delimite par une double membrane (enveloppe nucleaire). La
membrane externe
du noyau est en continuite avec celle du reticulum endoplasmique (Fig.11 et 12). Les
membranes externe et
interne se trouvent connectees au niveau de pores de 80 nm de diametre. Un pore est
constitue par un
ensemble de structures constituant le complexe pore (compose d une centaine de
proteines) qui delimite un
canal aqueux de 9-10 nm dans lequel transitent toutes molecules hydrosolubles dont le
poids moleculaire est
inferieur a 10 000 Da. Au dessus de cette masse moleculaire, les molecules plus grosses
comme le (RNIP)
des granules peri et interchromatiniens, passent dans le cytoplasme par des mecanismes de
transport actif
(qui necessitent de lenergie).
Ces pores interviennent dans la regulation des echanges entre le noyau et le cytoplasme,
leur nombre est
proportionnel a lactivite de synthese de la cellule. Les pores sont donc des structures
dynamiques qui
peuvent reapparaitre quand les echanges entre le noyau et le cytoplasme augmentent. Leur
distribution ne
depend pas du hasard et elle semble dependre de la distribution des chromosomes
interphasiques dans le
noyau. Laugmentation ou la diminution du nombre des pores serait un des elements de
regulation du
transfert des informations.
3. Le noyau et le cycle cellulaire 3. Le noyau et le cycle cellulaire 3. Le noyau et le cycle cellulaire 3. Le noyau et le cycle cellulaire
Le cycle cellulaire est lensemble des modifications quune cellule subit entre sa formation
par division de la
cellule mere et le moment ou cette cellule a fini de se diviser en deux cellules. Toutes les
cellules, a
lexception des hematies, des cellules nerveuses differenciees et des fibres musculaires
squelettiques, sont
susceptibles de se diviser. Un etre humain fabrique des milliers de nouvelles cellules par
seconde. (Si la
division des cellules est bloquee par exemple par une exposition a des radiations
puissantes, cela entraine la
mort). La duree dun cycle cellulaire est tres variable, elle est de 8 minutes pour un
embryon de drosophile.
Les cellules du foie dun mammifere se divisent une a deux fois par an, les cellules
intestinales une a deux
fois par jour. Il est de 12-24 heures en general pour les cellules de mammiferes.
3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases
(Fig.13 et14)
Phase M: Mitose Phase M: Mitose Phase M: Mitose Phase M: Mitose : (division cellulaire) environ 1 heure. La division cellulaire necessite
la replication des
molecules dADN, la condensation et la segregation des chromosomes, mais aussi la
duplication de tous les
organites cytoplasmiques. Linterphase, cest en generale la periode la plus longue, elle
correspond au temps
entre deux mitoses.
Linterphase se decompose en trois phases G1, S et G2.
Phase G1: Phase G1: Phase G1: Phase G1: La phase G1 correspond a la periode entre la fin de la mitose et la phase de
synthese de lADN
(phase S). Cette phase a une duree variable en fonction du type cellulaire etudie (8 a 60
minutes). Au cours
de la phase G1, il ny a pas de synthese dADN, la quantite dADN (2N chromosomes)
reste constante. Les
chromosomes apparaissent sous la forme de filaments sinueux, la chromatine. La phase
G1 est caracterisee
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
27
par la synthese de proteines. Cette synthese depend de lactivite des genes. La synthese
dARNm assure la
production des proteines necessaires a la croissance de la cellule.
La cellule peut abandonner le pool de cellules en proliferation pour se differencier, la
phase G1 sera alors
une phase de croissance et de differenciation cellulaire, la cellule controle son
environnement et sa propre
taille.
Les cellules en G1 peuvent sarreter dans leur progression du cycle et entrer dans un etat
de repos (phase
G0) et peuvent rester hors du cycle pendant des jours et meme des annees avant de
reprendre leur
proliferation.
Des quune cellule est sortie de la phase G1, elle est prete pour terminer les phase S, G2 et
M quelles que
soient les conditions de lenvironnement. Il existe cependant des points de controle du
cycle cellulaire.
La phase S: La phase S: La phase S: La phase S: La duree de la phase S (synthese) est constante (6 a 8 heures). Elle est
caracterisee par la
replication de la totalite de lADN nucleaire. La quantite dADN double donc pendant
cette phase.
La phase G2: La phase G2: La phase G2: La phase G2: (entre fin de S et debut de la mitose).
Cest une phase courte, dune duree de 4 a 5 heures. Elle debute des que la replication est
achevee. Les
syntheses dARN persistent tandis que la quantite dADN est double.
Les phases G1 et G2 sont des periodes de croissance pour la cellule.
La succession G1, S, G2, M correspond a un cycle standard. La duree de la phase G1 est
la plus variable.
3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire 3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire 3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire 3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire
Le cycle cellulaire peut etre controle a differents niveaux
A lentree de la phase M, ou a la sortie de la phase M, ou a lentree de la phase S.
Ces systemes darret sont importants car ils permettent la regulation du cycle cellulaire par
des signaux de
lenvironnement.
II y a deux points de controle majeurs:
- En G1 avant lentree en phase S, cest en general en ce point que les cellules sarretent.
- en G2 avant lentree en mitose.
3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle
cellulaire cellulaire cellulaire cellulaire
(Voir figure 13)
Au cours du cycle cellulaire les chromosomes (ADN) passent par differents degres de
condensation. Au
cours de la mitose : les chromosomes sont fortement condenses et inactifs sur le plan
transcriptionnel.
Durant linterphase certaines portions des chromosomes (chromatine active ou
euchromatine) sont
decondensees et assurent la synthese dARN. Dautres regions restent condensees et
inactives, elle forme
lheterochromatine. Il faut avoir une vision dynamique de la chromatine car a un moment
donne, certains
domaines des chromosomes peuvent etre dans un etat hypercondense et, plus tard se
derouler, se
decondenser pour devenir actifs. La chromatine est concue comme une succession de
domaines condenses
et de domaines plus diffus, avec des passages reversibles dun etat dans lautre suivant la
phase du cycle
cellulaire.
3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l ADN ADN ADN ADN
Le genome de eucaryotes et des procaryotes est constitue dADN.
L ADN est une macromolecule formee de 2 brins complementaires antiparalleles dont les
sequences
nucleotidiques sont complementaires. Ces deux brins sont apparies dans une double
helice droite contenant
environ 10 paires de bases par tour d helice qui comporte un grand et un petit sillon. Les
genomes des
eucaryotes ont des tailles variables et il nexiste pas de relation entre la taille dun genome
et la complexite
dun organisme.
4. ADN, chroma 4. ADN, chroma 4. ADN, chroma 4. ADN, chromatine et chromosomes. tine et chromosomes. tine et chromosomes. tine et chromosomes.
4.1 Nucleosome 4.1 Nucleosome 4.1 Nucleosome 4.1 Nucleosome
LADN double brin (complementaires et antiparalleles) est associe a des proteines. On
distingue deux types
de proteines : les histones et les PCNH (Proteines non histones).
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
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Les PCNH sont tres nombreuses et sont difficiles a classer car elles entrent en jeux dans
larchitecture des
chromosomes, la replication et la transcription, la regulation des genes,..). Les ARN
polymerase (qui
synthetise les ARNs) peuvent etre considerees comme des proteines non histone.
Certaines des proteines
non histone sont des facteurs de transcription.
Les histones sont des proteines basiques (riches en arginine et lysine qui sont charges
positivement) qui
interagissent avec les phosphates de lADN (Fig.15). Les histones sont des proteines tres
conservees au
cours de levolution. On distingue deux types dhistones :
- histones nucleosomiques : H2A, H2B, H3, H4.
- histones non nucleosomiques : H1
Les histones H3 et H4 sont les plus conservees au cours de levolution, ce qui suggere
quils ont une
fonction identique chez tous les eucaryotes. Lassociation des histones avec lADN
conduit a la formation
des nucleosomes, particules unitaires de la chromatine (Fig.16). Chaque nucleosome
contient environ 200
paires de bases, ils sont formes de deux parties: (Fig.17 et 19)
- Le coeur (ou noyau nucleosomique): forme de 4 paires dhistones 2(H2A)+ 2(H2B) +
2(H3) + 2(H4) qui
forment un octamere entourees par deux tours dhelice dADN (140 Pb).
- LADN internucleosomique dont la longueur peut varier de 0 a 114 nucleotides.
Lassemblage en nucleosome forme un filament cylindrique de 110 A de diametre appele
nucleofilament ou
fibrille chromatinienne (Fig. 15, 16 et 17). La formation des nucleosomes constitue le
premier niveau
dorganisation aboutissant a un degre de condensation voisin de 7 cest a dire une
molecule dADN
assemblee en nucleosomes sera 7 fois moins courte quune molecule dADN nue. Les
nucleosomes sont un
composant invariant (toujours presents) de leuchromatine et de lheterochromatine dans
le noyau
interphasique ou dans les chromosomes mitotiques.
4.2 Les histones H1 participent a l 4.2 Les histones H1 participent a l 4.2 Les histones H1 participent a l 4.2 Les histones H1 participent a l assemblage des nucleosomes assemblage des nucleosomes assemblage des nucleosomes assemblage des nucleosomes
Les nucleosomes sassemblent pour donner des structures dordre superieures, les fibres
de chromatine de
30 nm de diametre. La figure 18 montre un modele dorganisation des nucleosomes dans
la fibre de
chromatine. La fibre de chromatine resulte de lempilement des nucleosomes qui
sorganisent en une helice
reguliere contenant environ 6 nucleosomes par tour et formant ainsi un solenoide. La
presence des
molecules dhistone H1 est necessaire a lempilement des nucleosomes et a la formation
de la fibre de 30
nm. Lhistone H1 se fixe dans les regions reliant les nucleosomes, impose une spiralisation
plus importante
du nucleofilament, et conduit a la formation de la fibre de chromatine de 30 nm de
diametre. On considere
que la fibre de 30 nm induit un degre de condensation de lADN de 40 a 50 X.
4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles
Le niveau de condensation de la molecule dADN saccentue pendant la periode qui
precede la division
cellulaire (une condensation de lordre de 10000 fois). Les proteines non histones, qui
forment en particulier
le squelette axial des chromosomes metaphasiques sont responsables des niveaux
superieurs dorganisation
de la fibre chromatinienne de 30 nm. La fibre de 30 nm forme des boucles qui auraient
une longueur de
20000 a 150000 paires de base. Ces boucles se fixeraient a leur base sur des proteines qui
organisent le
squelette axial du chromosome (Fig.20). Des regions dADN sont associees a la matrice
nucleaire (SAR,
Scaffold Associated Region). Un chromosome humain qui a une longueur moyenne de
4,5 cm dADN
contiendrait 1500 a 1600 boucles. Le nombre de boucles, par genome haploide serait du
meme ordre de
grandeur que le nombre de genes estime pour lespece, soit entre 25 et 30000 genes pour
lhomme. Ces
boucles de la fibre de 30 nm sont enroulees en spirale sur le squelette axial du
chromosome, il y aurait en
moyenne 18 boucles par tour soit environ 106 paires de bases, ce qui correspondrait a une
mini-bande dun
chromosome metaphasique (Fig.21).
4.4 Les chromosomes metaphasiques 4.4 Les chromosomes metaphasiques 4.4 Les chromosomes metaphasiques 4.4 Les chromosomes metaphasiques
Chaque chromosome se structure progressivement au cours de la phase G2 et surtout au
debut de la mitose
par une condensation de plus en plus accentuee du nucleofilament dedouble au cours de
la phase S. Cette
condensation atteint un maximum a la metaphase. Cette condensation rend possible la
separation des
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
29
chromosomes dans deux cellules filles. A la metaphase, chaque chromosome est constitue
de deux
chromatides, reunies au niveau dun centromere ou se trouve le kinetochore (Fig.22).
La position du centromere permet de distinguer plusieurs types de chromosomes:(Fig.23)
metacentrique metacentrique metacentrique metacentrique (bras egaux), submetacentrique submetacentrique submetacentrique submetacentrique (bras inegaux), acrocentrique acrocentrique acrocentrique acrocentrique
(un bras tres court),
telocentrique telocentrique telocentrique telocentrique (centromere a lextremite de lunique bras).
En plus du centromere, on distingue dautres etranglements le long des chromatides que
lon appelle
constrictions secondaires.
Chaque chromatide apres lutilisation de techniques de coloration particulieres apparait
divisee en bandes
transversales (voir fig. 22). Par exemple, la coloration par le Giemsa donne des bandes G.
La distribution
des bandes sur chaque chromosome est unique ce qui permet didentifier et de numeroter
les chromosomes.
La disposition des bandes permet entre autre de detecter des anomalies ou remaniement
chromosomiques
(translocation) responsables de certaines maladies genetiques. Chaque bande contient
environ 107 paires de
bases et peut contenir, en theorie, plusieurs dizaines de genes. Le tableau complet de tous
les chromosomes
est appele caryotype. caryotype. caryotype. caryotype. La distribution de ces bandes sur les chromosomes
metaphasiques est restee
inchangee pendant de longues periodes au cours de levolution. Ex : homme, chimpanze,
gorille, orangoutang.
Remarque : il y a 46 Chromosomes pour lhomme (Fig.24) alors quil y en a 48 pour les
singes : il y a
eu fusion de deux chromosomes chez lhomme.
Des comparaisons entre les cartes physiques des chromosomes de differentes especes ont
permis de
montrer que les memes genes se retrouvent parfois dans le meme ordre sur les
chromosomes de deux
especes differentes (on parle de relations de synthenie).
La forme condensee de la chromatine ressemble a lheterochromatine, les chromosomes
mitotique sont
inactifs du point de vue de leur transcription, la condensation empeche lARN polymerase
de se fixer a
lADN. Le nucleofilament dirige par ailleurs le fonctionnement de la cellule car cest a des
genes que sont
elaborees par transcription les differentes categories dARN, qui participent ensuite a la
synthese des
proteines. Il apparait que les zones de chromatine, ou se produit une transcription, sont
des portions de
fibrille chromatinienne de 300 A qui sont decondensees en nucleofilament. LADN est
alors accessible aux
enzymes de la transcription. Le degre de condensation de leuchromatine est denviron
1000, le degre de
condensation de lheterochromatine est voisin de celui des chromosomes mitotiques
(10000).
L heterochromatine est par nature inerte, reste condensee lors de 1interphase, elle nest
pas transcrite, se
replique tardivement dans la phase S.
Lorsque un gene est transfere en position adjacente a lheterochromatine soit a la suite d
une translocation,
soit par transfection et integration chromosomique, le gene peut devenir inactif (effet de
position,).
Il existe de lheterochromatine constitutive (toujours inactivee,) qui se trouve en general, a
proximite des
centromeres et des telomeres.
5. La transcription et la maturation des ARN 5. La transcription et la maturation des ARN 5. La transcription et la maturation des ARN 5. La transcription et la maturation des ARN
5.1 L 5.1 L 5.1 L 5.1 L organisation des g organisation des g organisation des g organisation des genes enes enes enes
La majorite de lADN chromosomique ne code pas pour des proteines ou des ARNs, Les
genomes des
organismes superieurs semblent contenir un exces dADN. On estime que 30%
environ de lADN dun
genome est constituee de sequences repetees de nombreuses fois (ADN satellite).
La taille du genome humain haploide est 3 109 paires de bases. On pense que seulement
10% de lADN a
une importance vitale chez les vertebres. Laccumulation des donnees de sequences chez
differents
organismes, a permis de realiser des comparaisons de sequences entre differentes especes.
Les observations
(en particulier les comparaisons des sequences entre lhomme et la souris) montrent que
certaines regions
sont tres fortement conservees au cours de levolution. Ces regions correspondent a des
regions codantes
pour des proteines qui jouent un role fondamental ou a des regions regulatrices tres
importantes.
Les genes eucaryotes peuvent contenir jusqua 2 millions de paires de bases et des genes
dune longueur
superieure a 100000 pb sont courants. En fait, environ 1000 paires bases seulement sont
necessaires pour
coder pour une proteine de taille moyenne (300 a 400 acides amines). La plus grande
partie de lADN
supplementaire est constituee de longs segments dADN non codant qui
interrompent des segments
relativement court dADN codants.
Les molecules de ADN de chaque chromosome sont tres longues jusqua plusieurs
centaines de millions
de paires de nucleotides et contiennent plusieurs milliers de genes.
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
30
Les genes sont separes par de grands fragments dADN non codant.
Chaque gene comprend des exons qui sont des sequences codantes c'est-a-dire qui
seront transcrites et
traduites en proteines mais aussi des sequences transcrites et non traduites appeles les
introns. Les introns
separent les exons. Un gene peut ne contenir quun seul exon et pas dintron, mais il y a
des genes qui
possedent plus de cent exons.
Apres la transcription le ARN produit de la ARN polymerase ou transcrit primaire
contient encore les
introns et les exons.
Apres lexcision des introns et lepissage des exons, le messager ne contient plus que les
exons reunis en
une seule sequence codante.
On estime que lhomme possede entre 25 et 30000 genes.
5.2 L 5.2 L 5.2 L 5.2 Les ARN polymerases assurent la transcription de l es ARN polymerases assurent la transcription de l es ARN polymerases assurent la transcription de l es ARN polymerases assurent la transcription de l ADN en ARN ADN en ARN ADN en ARN ADN en ARN
La transcription est le mecanisme de synthese des differentes categories dARN (ARNt,
ARNm et ARNr)
qui participent ensuite a la synthese des proteines dans le cytoplasme. Elle aboutit a la
formation dune
molecule dARN a partir dun des deux brins dADN. La synthese de lARN necessite :
- une matrice dADN.
- des rNTP (ribonucleotides triphosphates, rUTP, rCTP, rGTP, rATP). Tous les
ribonucleotides
triphosphates sont des molecules riches en energies. Cest lhydrolyse des liaisons
phosphoanhydrides de ces
nucleotides qui permet laccrochage des nucleotides entre eux le long de la chaine.
- Une enzyme : ARN polymerase.
Toutes les ARN polymerases synthetisent les ARN dans le sens 5-3, antiparallelement au
brin dADN
matrice (Fig.27). La croissance de la chaine neoformee seffectue a sont extremite 3OH.
Elles utilisent des
precurseurs triphosphates pour associer deux nucleotides par une liaison phosphodiester
3-5. Le premier
nucleotide conserve son groupement triphosphate ce qui permet didentifier lextremite 5
dun ARN.
- Il existe trois ARN polymerases chez les eucaryotes, ce sont des complexes de grande
taille comprenant
plusieurs sous unites. (PM> 500000), elles nont pas la capacite dinitier seule la
transcription comme la
ARN polymerase des procaryotes.
- La polymerase I assure la transcription des ARNr (sauf lARNr 5S), elle est localisee
exclusivement
dans le nucleole.
- La polymerase II assure la transcription des ARNm
- La polymerase III assure la transcription des ARNt, de lARNr 5S et des snARN (small
nuclear
ARN = petits ARN nucleaires).
Chez les procaryotes la meme ARN polymerase peut transcrire les differentes categories
dARN.
5.3 Abondance relative des differentes categories 5.3 Abondance relative des differentes categories 5.3 Abondance relative des differentes categories 5.3 Abondance relative des differentes categories d dd d ARN. ARN. ARN. ARN.
Dans une cellule eucaryote il y a 10000 a 20000 especes differentes dARNm, la plupart
sont presents en
faible quantite 5 a 15 molecules par cellule. (Fig.25 et 26):
LARNm represente 3 a 5% de lARN total (ARNr 75% et ARNt.. 10%..). Ce sont les
ARNm qui dirigent la
synthese des proteines dune cellule.
On distingue trois familles dARNm
- ARNm tres abondant : present en grand nombre de copies. Ils correspondent a la
transcription dun
nombre limite de genes. Certains genes sont plus abondamment transcrit que dautres, ils
codent en general
pour des proteines dont les cellules ont besoins en grande quantite, ce sont des enzymes
du metabolisme de
base ou des proteines de structure ubiquiste (ex : proteine du cytosquelette). On appelle
ces genes les
housekeeping gene ou gene de menage.
- ARNm dabondance intermediaire
- ARNm rares : les ARNm de cette classe sont les plus diversifies (11000 differents).
5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
31
La transcription est la premiere etape de lexpression des genes. La transcription se fait en
trois etapes :
linitiation, lelongation et la terminaison. Chez les eucaryotes et les procaryotes, linitiation
de la
transcription constitue le niveau de regulation le plus important.
L LL L initiation initiation initiation initiation de la transcription est du a une reconnaissance de sequences
specifiques: les promoteurs, qui se
trouvent au debut du gene. LARN polymerase se deplace le long de la matrice en
synthetisant lARN
jusqua ce quelle atteigne une sequence de terminaison. Une unite de transcription setend
du promoteur au
terminateur.
Remarque: Chez les procaryotes, une unite de transcription peut comporter plusieurs
genes. Ces genes sont
donc sous la dependance des memes sequences regulatrices et forme un operon un operon un operon un operon. En
general, chez les
eucaryotes une unite de transcription ne contient quun seul gene.
La premiere base transcrite en ARN est notee par convention +1 (+1 de transcription).
Les sequences qui
precede le +1 sont dites en amont celles qui le suivent sont en aval. Par convention, les
sequences sont
ecrites de sorte que la transcription se deroule de la gauche vers la droite (Fig.27et 28).
Une unite de transcription contient un brin codant identique a lARN et un brin transcrit
qui sert de matrice
a lADN polymerase. On passe du brin codant (appele brin sens ou brin +) a lARN en
changeant les T en
U. Le brin transcrit est appele brin matrice ou brin ou brin antisens. Le produit
immediat de la
transcription sappelle le transcrit primaire.
L LL L elongation. elongation. elongation. elongation.
Le double brin dADN est separe de facon transitoire en deux simples brins dont lun est
utilise comme
matrice pour la synthese dARN. La synthese dARN a lieu dans une bulle de
transcription: LARN
polymerase deroule lADN. Lenzyme se deplace le long de lADN et allonge la chaine
dARN en ajoutant
des nucleotides a lextremite 3OH. b) Plusieurs polymerases transcrivent simultanement
la meme unite de
transcription, en sorte que la taille des fibrilles en elongation indique le sens de
progression des polymerases.
(Fig.28a a 28e). Un hybride ARN/ADN se forme transitoirement dans la bulle de
transcription. (Fig.28d).
La vitesse de polymerisation est voisine de 40 nucleotides par seconde a 37C pour lARN
polymerase
bacterienne, cest une vitesse proche de la vitesse de traduction (15 Acides Amines par
seconde) (mais
inferieur a la vitesse de replication de lADN 80 paires de bases par seconde). Chez les
procaryotes la
transcription et la traduction sont couplees.
La terminaison La terminaison La terminaison La terminaison
Cest la reconnaissance de lendroit a partir duquel aucune base supplementaire ne doit
etre ajoute a la
chaine dARN. Cest la region ou le complexe de transcription doit se detacher. Dans
cette region, lhybride
ADN/ARN se dissocie et lenzyme est liberee. Les sequences dADN necessaires au
declenchement de ces
reactions sappellent un terminateur.
5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l initiation initiation initiation initiation
de la transcription de la transcription de la transcription de la transcription
Le brin a copier varie le long dune meme molecule dADN, lorientation est determinee
par le promoteur
de chaque gene. Le promoteur est une sequence orientee qui envoie lARN polymerase
dans une direction
ou dans une autre, cette direction determine quel brin dADN sera copie.
Les promoteurs procaryotes Les promoteurs procaryotes Les promoteurs procaryotes Les promoteurs procaryotes
Chez les procaryotes, la comparaison de differents promoteurs a permis didentifier des
sequences
conservees. Ces sequences que lon trouve avec la plus grande frequence a une position
donnee sont dites
consensus consensus consensus consensus.
Il y a quatre elements conserves (voir fig.29)
- Le +1 de transcription
- La sequence en - 10, TATA box toujours presente sur le brin complementaire de
celui a transcrire (cest
a dire celui sur lequel on trouve lATG).
- La sequence en - 35
- La distance entre les sequences - 10 et - 35.
Des mutations dans les promoteurs affectent le niveau dexpression du ou des genes quils
controlent. Le
promoteur le plus efficace est celui qui possede exactement les sequences consensus.
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
32
5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes
Chez les eucaryotes, les mecanismes dinitiation sont beaucoup plus complexes. Les ARN
polymerases sont
incapables a elles seules dinitier la transcription, elles ne se fixent pas directement sur les
promoteurs, ceux
ci doivent auparavant se lier a des proteines auxiliaires specifiques : les facteurs de
transcription generaux.
(Notes respectivement TF I, TF II, TF III respectivement pour la polymerase I, II et III).
Ces facteurs
agissent au niveau de tous les promoteurs, ils sassocient a lARN polymerase et
determinent le site
dinitiation de la transcription.
Pour la polymerase II le promoteur contient toujours sur le brin complementaire de celui
a transcrire une
sequence 5TATAAAT3 situee a 25 nucleotides environ en amont du +1 de transcription
(Fig.29 ).
5.5.2 Maturation des transcrits 5.5.2 Maturation des transcrits 5.5.2 Maturation des transcrits 5.5.2 Maturation des transcrits
Au cours de la transcription les ARN sassocient a des proteines et forment des
ribonucleoproteines (RNP)
qui seront transporte dans le cytoplasme. Ces RNPs sont les precurseurs des ARNm
(premessager qui
correspondent vraisemblablement aux granules perichromatiniens), ARNt, ARNr
(pretransfert et
preribosomique). Ces trois categories de precurseurs subissent des modifications post-
transcriptionnelles
(Maturation). Les roles des proteines associees aux ARN est encore mal connu: elles
interviendraient a la
fois dans des modifications post-transcriptionnelles (epissage), dans la stabilite des ARN
et dans leur
transport dans le cytoplasme.
5.5.3 Maturation des transcrits synthetises par la ARN polymerase II 5.5.3 Maturation des transcrits synthetises par la ARN polymerase II 5.5.3 Maturation des transcrits synthetises par la ARN polymerase II 5.5.3 Maturation des transcrits synthetises par la ARN polymerase II
a) Coiffe (Capping) et polyadenylation (voir figures 28, 29, 30 et a) Coiffe (Capping) et polyadenylation (voir figures 28, 29, 30 et a) Coiffe (Capping) et polyadenylation (voir figures 28, 29, 30 et a) Coiffe (Capping) et polyadenylation (voir figures 28, 29, 30 et
31) 31) 31) 31)
- En 5 un nucleoside (methylguanosine) est ajoute au cours de la synthese dARN. Cette
coiffe possede un
role dans la stabilite des transcrits et dans la traduction. Ceci correspond au processus de
capping (coiffe).
Cette coiffe precede une sequence guide et tous deux sont indispensables a lassociation
des ARNm aux
ribosomes.
- En 3, lextremite 3 non traduite (3UTR) est coupee a environ 10 a 30 nucleotides en
aval de la sequence
de clivage AAUAAA. Lajout de 100 a 200 residus dacide adenylique (polyA) a lextremite
3 de la chaine se
fait par la PolyA polymerase. (Fig.30 bis). La queue poly A possede un role dans
lexportation des ARNm
matures a partir du noyau, dans la stabilisation des transcrits dans le cytoplasme. Seuls les
transcrits
synthetises par lARN polymerase II ont des coiffes en 5 et des queues polyA en 3.
b) Epissage des produits primaires de transcription b) Epissage des produits primaires de transcription b) Epissage des produits primaires de transcription b) Epissage des produits primaires de transcription
Chez les eucaryotes, chaque gene comprend des regions qui contiennent les sequences
codees qui seront (en
general) traduites, les exons ; et des regions non traduites appelees introns qui separent les
exons (voir
figures 30 et 31). Un gene peut ne contenir quun seul exon et pas dintron, mais il y a des
genes de plus de
cent exons. Les exons sont les parties dun gene qui sont transcrites et conservees dans
lARNm mature, ils
sont en general codants. Il code le plus souvent pour un domaine fonctionnel de la
proteine ou une partie
dun tel domaine. Les introns sont des sequences transcrites de lADN, elles sont donc
presentes dans
lARN premessager mais absente de lARNm mature. Apres la transcription, les ARN
premessagers
(transcrits primaires) produit par la ARN polymerase II contiennent encore les introns et
les exons (Fig.30a,
30b et 30c). Les ARN premessagers subissent donc dimportantes modifications qui
consistent dans
lexcision des introns, les segments restants ou exons etant reassocies entre eux par
epissage pour former les
ARNm matures (Fig.31 et 32) LARN messager nest donc plus une copie conforme du
gene originel. Chez
les procaryotes il ny a pas dintrons. La sequence nucleotidique et la taille (tres variable)
des introns
semblent en general sans importance. Les introns accumulent les mutations au cours de
levolution sans que
la fonction des genes ne soit affectee. Les seules sequences tres conservees dans les
introns sont situees a
lextremite ou proche de lextremite des introns. Ces sequences sont necessaire a leur
excision et sont tres
similaires dans toutes les sequences introniques connues (Fig.32). Elles ne peuvent etre
modifiees sans que le
processus depissage soit affecte.
Site d Site d Site d Site d epissage 5 epissage 5 epissage 5 epissage 5 (site donneur): GU
Site d Site d Site d Site d epissage 3 epissage 3 epissage 3 epissage 3 (site accepteur): AG
Ces deux sites depissage ont des sequences differentes et ils definissent donc les
extremites de lintron de
facon directionnelle. La GT-AG sapplique aux sites depissage de tous les eucaryotes.
Ceci implique
lexistence dun mecanisme commun a lexcision des introns.
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
33
Site de branchement Site de branchement Site de branchement Site de branchement. Chez la levure, le site de branchement est hautement conserve
et possede la
sequence UACUAAC. Chez les eucaryotes superieurs, le site de branchement nest pas
bien conserve mais
un nucleotide A (dit nucleotide cible) est conserve. Le site de branchement est situe 18 a
40 nucleotides en
amont du site accepteur. (Fig.32)
Des processus depissage alternatifs permettent dobtenir plusieurs transcrits matures a
partir de la meme
unite de transcription. Ceci permet dobtenir plusieurs proteines (isoformes) a partir dun
meme gene
(Fig.33).
5.6 Le 5.6 Le 5.6 Le 5.6 Les ARNpreribosomiques (transcrits par la ARN polymerase I) s ARNpreribosomiques (transcrits par la ARN polymerase I) s ARNpreribosomiques (transcrits par la ARN polymerase I) s ARNpreribosomiques (transcrits par la ARN polymerase I)
5.6.1 Le nucleole. Transcription, Maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. Transcription, Maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. Transcription, Maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. Transcription, Maturation des ARNr et assemblage
des ribosomes des ribosomes des ribosomes des ribosomes
Le nucleole est le site ou seffectue la maturation des molecules dARNr, a partir dun gros
ARN precurseur,
et leur assemblage avec les proteines ribosomales pour former les ribosomes. La taille du
nucleole est en
rapport avec la quantite de proteines synthetisee dans une cellule.
Pendant linterphase, la transcription continue de copies multiples de genes assure une
provision adequate
molecules dARNr qui sont immediatement condenses avec les proteines ribosomiques
pour former les
ribosomes. Le nucleole contient des grandes boucles dADN qui proviennent de plusieurs
chromosomes,
chacune delle contenant un groupe de genes dARNr. On appelle chaque groupe de gene
de ce type un
organisateur nucleolaire (Fig.34 et 35). Lapparence du nucleole change considerablement
au cours du cycle
cellulaire. Il disparait au cours de la division cellulaire et reapparait des la telophase quand
la transcription
des ARNr redemarre. Une cellule eucaryote doit synthetiser 10 millions de ribosomes a
chaque generation
cellulaire. Les ARN ribosomaux representent environ 80% de lARN cellulaire total
(Fig.25). Les ARN
ribosomaux sont produits grace aux multiples copies des genes ribosomaux. (Chez
lhomme 200 copies par
genome haploide, dispersees en petit groupe sur cinq chromosomes). Ces genes sont
disposes en tandem,
separes des voisins par un region non transcrite. Un de ces genes peut etre transcrit par
environ 100 ARN
polymerases I a la fois. Chaque gene produit le meme transcrit primaire (ARN 45S)
denviron 13000
nucleotides (Fig.35). Avant de quitter le noyau, lARN 45S est coupe pour donner ARN
28S, 1 8S et 5,8S qui
constitueront le ribosome final. La plupart des genes existent en une seule copie par
genome haploide.
Labondance des proteines dans des types cellulaires particuliers est du au fait que
chacune des molecules
dARNm peut etre traduite en plus de dix proteines par minute, un ARN peut produire
10000 proteines par
cycle cellulaire. (Remarque il ny a pas detape damplification pour les ARN structuraux).
Les zones
fibrillaires denses du nucleole sont le site dune synthese dARN45S, les zones granulaires
contiennent les
particules de precurseurs des preribosomes (80S). La maturation de LARNr et la
production des sous unites
ribosomiques ne se font pas de maniere independante et se deroulent dans le nucleole.
Dans le nucleole
lARN 45S sassocie a des proteines ribosomales et des proteines de maturation pour
former de grosses
particules ribonucleoproteiques ou Preribosome (80S), cest a linterieur de celle ci que se
produit la
maturation de lARN 45S, puis la production des deux sous unites ribosomiques .
5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes (Fig.36)
Les ribosomes sont le plus souvent decrits, dapres leur vitesse de sedimentation (mesuree
en Svedbergs).
Les ribosomes bacteriens sedimentent a 70S et le ribosomes du cytoplasme des eucaryotes
superieurs
sedimentent en general vers 80S. Les ribosomes sont formes de deux sous unites :
- La grosse sous unite du ribosome 60S contient environ 40 proteines et les ARNr 5,8,
28S et 5S
- La petite sous unite 40S contient environ 30 proteines et IARNr 18S .
Il ny a pas de ribosomes fonctionnels dans le noyau, les dernieres etapes de maturation
des ribosomes nont
lieu que lorsque ses sous unites sont transferees dans le cytoplasme. Chaque sous unite a
un role specifique
dans la synthese proteique. Il existe un autre groupe de genes dispose en tandem avec des
intercalaires non
transcrits qui code pour les ARNr5S (120 nucleotides environ) de la grande sous unite
ribosomale (cest le
seul ARNr transcrit en dehors du nucleole,), et comme d autres genes qui codent pour
des ARN stables
(ARNt) il sont transcrit par la polymerase III. Chez 1homme on trouve un seul groupe de
genes codant
pour lARN 5S qui sont repetes environ deux mille fois.
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
34
6. La traduction 6. La traduction 6. La traduction 6. La traduction
6.1 Le code genetique 6.1 Le code genetique 6.1 Le code genetique 6.1 Le code genetique
LADN, les ARN et les proteines sont de longs polymeres non ramifies. Les mecanismes
de codage de
linformation genetique cest a dire la correspondance entre les nucleotides de lARNm et
les acides amines
sont bases sur lutilisation de structures lineaire. Le codage de linformation genetique
correspond au passage
dun alphabet de quatre lettres (celui des acides nucleiques) a un alphabet a 20 lettres
acides amines (celui
des proteines). Le code genetique est un systeme de correspondance formelle existant
entre les deux
categories de sequences (voir Figure 37). La sequence des nucleotides de la molecule
dARNm qui sert
dintermediaire est lue par groupe de trois nucleotides, chaque triplet de nucleotides,
appele codon
determine un acide amine. LARN etant un polymere de 4 nucleotides differents il y a 43
= 64 codons
possibles (Fig. 37). Trois de ces 64 codons ne codent pas pour des acides amines mais
determinent la
terminaison dune chaine polypeptidique (codons stop). On ne trouve que 20 acides
amines differents dans
les proteines (pour 61 codons), ainsi plusieurs codons peuvent coder pour le meme acide
amine, le code
genetique est degenere ou redondant. Il est universel malgre quelques exceptions. Les
mutations sur la
troisieme base des codons sont pour la plupart muettes. Dautre part, on peut passer dun
acide amine a un
autre qui presente des caracteristiques similaires en modifiant quune seule base. Par
exemple on peut passer
de la valine a isoleucine et a la leucine en changeant une seule base. Il en est de meme
pour le passage
Glu/Asp (acides amines acides) ; Lys/Arg (acides amines basiques), Thr/Ser (acides
amines polaire).
6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt
Ils representent 10 a 15% des ARN cellulaire (voir figure 25). Leur longueur nexcede pas
80 a 90
nucleotides, en raison de leur faible masse moleculaire, le nombre absolu de molecules par
cellule est
considerable.
La structure secondaire plane, en feuille de trefle est formee dune succession de tiges
doubles brins et de
boucles denviron 10 nucleotides (Fig.38). Cette forme plane sorganise dans lespace pour
donner une
structure tertiaire compacte en forme de L majuscule (Fig. 38). Les deux parties
fonctionnellement
importantes, lanticodon et le site daccrochage de lacide amine en 3OH sont situees aux
deux extremites
opposees. Ils ont un role capital dans la synthese proteique, ils permettent la lecture
precise de linformation
genetique contenue dans les ARNm et participent a la synthese ordonnee des chaines
polypeptidiques. Leur
principale propriete est de pouvoir etre lies specifiquement a un acide amine precis, choisi
parmi les 20
trouves dans les proteines pour former un aminoacylARNt.
6.3 Mecanis 6.3 Mecanis 6.3 Mecanis 6.3 Mecanisme moleculaire de la traduction me moleculaire de la traduction me moleculaire de la traduction me moleculaire de la traduction (Fig.39a et 39b)
On peut diviser la traduction, ou synthese dun polypeptide en trois etapes: linitiation initiation initiation initiation,
lelongation elongation elongation elongation et la
terminaison terminaison terminaison terminaison de la chaine. Ces trois etapes necessitent la presence de facteurs proteiques
(surtout des
enzymes) qui assistent lARNm, lARNt et les ribosomes au cours du processus de
traduction. Pour que
linitiation et lelongation de la chaine aient lieu, il faut aussi de lenergie fournie par la
GTP (Guanosine
TriPhosphate).
Initiation Initiation Initiation Initiation : Letape dinitiation de la traduction met en jeu lARNm, un ARNt portant
le premier acide
amine du polypeptide ainsi que les deux sous-unites dun ribosome. En premier lieu, la
petite sous-unite
ribosomique se lie a la fois a un ARNm et a un ARNt dinitiation specifique. La petite
sous-unite
ribosomique sattache a une sequence de nucleotides precise a lextremite 5 de lARNm,
Le codon
dinitiation AUG se trouve immediatement a droite de ce site de chargement, a lendroit
ou la traduction
commence vraiment. LARNt dinitiation, qui porte la methionine, se lie au codon
dinitiation.
Lunion de lARNm, de lARNt dinitiation et de la petite sous-unite ribosomique est
suivie de la liaison
dune grosse sous-unite ribosomique, qui complete le ribosome fonctionnel. Des
proteines appelees facteurs
dinitiation jouent un role essentiel dans lagencement de tous ces elements. La cellule
depense aussi de
lenergie apportee par la GTP afin de former le complexe dinitiation. A la fin du
mecanisme dinitiation,
lARNt dinitiation a pris place au site P du ribosome, et le site A vacant est pret a recevoir
la prochaine
molecule dARNt.
Elongation Elongation Elongation Elongation : Dans lelongation de la traduction, les acides amines sont ajoutes un a un a
la suite du premier.
Chaque addition, a laquelle participent plusieurs proteines nommees facteurs delongation,
se deroule selon
un cycle comptant trois phases:
V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire
35
- Reconnaissance du codon Reconnaissance du codon Reconnaissance du codon Reconnaissance du codon : Au premier stade de lelongation, le codon de lARNm
qui se trouve au site
A du ribosome forme des liaisons hydrogene avec lanticodon dune molecule dARNt
entrante qui porte
lacide amine approprie. Un facteur delongation achemine lARNt jusquau site A. Cette
phase necessite
aussi lhydrolyse dune liaison phosphate de la GTP.
- Formation de la liaison peptidique Formation de la liaison peptidique Formation de la liaison peptidique Formation de la liaison peptidique : Ensuite, une enzyme qui fait partie
integrante de la grosse sousunite
ribosomique catalyse la formation dune liaison peptidique entre le polypeptide qui
depasse du site P et
lacide amine nouvellement arrive au site A. Cette enzyme, appelee peptidyl transferase, se
compose dun
ensemble de proteines ribosomiques associees a un ARNr. A ce stade, le polypeptide se
separe de lARNt
auquel il etait lie et est transfere sur lacide amine porte par IARNt qui se trouve au site
A.
- -- - Translocation Translocation Translocation Translocation: LARNt localise au site P se dissocie du ribosome. LARNt du site A,
maintenant lie au
polypeptide en formation, se deplace (subit une translocation) vers le site P. Au cours de
ce deplacement, les
liaisons hydrogene entre lanticodon de lARNt et le codon de lARNm se maintiennent,
ce qui permet aux
deux molecules de se deplacer ensemble. A la suite de ce mouvement, le prochain codon a
traduire se
retrouve au site A. Letape de la translocation necessite un apport denergie fourni par
lhydrolyse dune
molecule de GTP LARNm ne peut se deplacer a travers le ribosome que dans le sens 5-
3 et codon par
codon.
Le cycle delongation ne dure que 60 minutes environ et se repete pour chaque addition
dun acide amine a
la chaine, jusqua la terminaison de la synthese du polypeptide.
Terminaison Terminaison Terminaison Terminaison : La derniere etape de la traduction est la terminaison Lelongation se
poursuit jusqua ce
quun codon darret arrive au site A du ribosome. Ces triplets de bases specifiques (UAA,
UAG et UGA) ne
codent pas pour des acides amines, mais servent de signal darret de la traduction. Une
proteine appelee
facteur de terminaison se lie directement au codon darret du site A. Sous leffet du facteur
de terminaison,
la peptidyl transferase ajoute une molecule deau au lieu dun acide amine a lextremite de
la chaine
polypeptidique. Cette reaction hydrolyse la liaison entre la chaine polypeptidique
completee et lARNt qui se
trouve au site P, et detache ainsi le polypeptide du ribosome. Ce dernier se dissocie alors
en petite et grosse
sous- unites.