23 LE MATERIEL GENETIQUE, STRUCTURE ET EXPRESSION LE MATERIEL GENETIQUE, STRUCTURE ET EXPRESSION LE MATERIEL GENETIQUE, STRUCTURE ET EXPRESSION LE MATERIEL GENETIQUE, STRUCTURE ET EXPRESSION 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques 1.1 Les deux types d 1.1 Les deux types d 1.1 Les deux types d 1.1 Les deux types d acide nucleique : L acide nucleique : L acide nucleique : L acide nucleique : L ADN, L ADN, L ADN, L ADN, L ARN ARN ARN ARN 1.2 Les grandes fonctions du noyau 1.2 Les grandes fonctions du noyau 1.2 Les grandes fonctions du noyau 1.2 Les grandes fonctions du noyau 2. Ultrastructure du noyau interphasique. 2. Ultrastructure du noyau interphasique. 2. Ultrastructure du noyau interphasique. 2. Ultrastructure du noyau interphasique. 2.1 L 2.1 L 2.1 L 2.1 L enveloppe nucleaire et les lamines. enveloppe nucleaire et les lamines. enveloppe nucleaire et les lamines. enveloppe nucleaire et les lamines. 2.2 Les pores nucleaires. 2.2 Les pores nucleaires. 2.2 Les pores nucleaires. 2.2 Les pores nucleaires. 2.3 Les echanges entre le nucleoplasme et le cytoplasme 2.3 Les echanges entre le nucleoplasme et le cytoplasme 2.3 Les echanges entre le nucleoplasme et le cytoplasme 2.3 Les echanges entre le nucleoplasme et le cytoplasme 3. Le noyau et le cycle cellulaire. 3. Le noyau et le cycle cellulaire. 3. Le noyau et le cycle cellulaire. 3. Le noyau et le cycle cellulaire. 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases. 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases. 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases. 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases. 3.2 Il existe des points de controle du 3.2 Il existe des points de controle du 3.2 Il existe des points de controle du 3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire. cycle cellulaire. cycle cellulaire. cycle cellulaire. 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle cellulaire. cellulaire. cellulaire. cellulaire. 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l ADN, probleme d ADN, probleme d ADN, probleme d ADN, probleme d empaquetage empaquetage empaquetage empaquetage 4. ADN, chromatine et chromosomes. 4. ADN, chromatine et chromosomes. 4. ADN, chromatine et chromosomes. 4. ADN, chromatine et chromosomes. 4. 1 Nucleosome. 4. 1 Nucleosome. 4. 1 Nucleosome. 4. 1 Nucleosome. 4.2 Les histones participent a l 4.2 Les histones participent a l 4.2 Les histones participent a l 4.2 Les histones participent a l assemblage des nucleosomes. assemblage des nucleosomes. assemblage des nucleosomes. assemblage des nucleosomes. 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles. 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles. 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles. 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles. 4.4 Condensation maximale a la metaphase. 4.4 Condensation maximale a la metaphase. 4.4 Condensation maximale a la metaphase. 4.4 Condensation maximale a la metaphase. 4.5 Resume : taux de condensation /compression successif de l 4.5 Resume : taux de condensation /compression successif de l 4.5 Resume : taux de condensation /compression successif de l 4.5 Resume : taux de condensation /compression successif de l ADN ADN ADN ADN 5. La transcription et maturation des ARN. 5. La transcription et maturation des ARN. 5. La transcription et maturation des ARN. 5. La transcription et maturation des ARN. 5.1 Notions sur l 5.1 Notions sur l 5.1 Notions sur l 5.1 Notions sur l organisation des genes organisation des genes organisation des genes organisation des genes 5.2 Les ARN p 5.2 Les ARN p 5.2 Les ARN p 5.2 Les ARN polymerases assurent la transcription de l olymerases assurent la transcription de l olymerases assurent la transcription de l olymerases assurent la transcription de l ADN en ARN. ADN en ARN. ADN en ARN. ADN en ARN. 5.3 Les differentes categories d 5.3 Les differentes categories d 5.3 Les differentes categories d 5.3 Les differentes categories d ARN ARN ARN ARN a. Les ARN de transfert a. Les ARN de transfert a. Les ARN de transfert a. Les ARN de transfert b. Les ARN ribosomiques b. Les ARN ribosomiques b. Les ARN ribosomiques b. Les ARN ribosomiques c. Les ARN premessager c. Les ARN premessager c. Les ARN premessager c. Les ARN premessager 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l initiation initiation initiation initiation de la transcription de la transcription de la transcription de la transcription 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes. 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes. 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes. 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes. 5.5.2 Maturation des ARN 5.5.2 Maturation des ARN 5.5.2 Maturation des ARN 5.5.2 Maturation des ARN 5.5.3 Maturation des ARN premessager en ARNm 5.5.3 Maturation des ARN premessager en ARNm 5.5.3 Maturation des ARN premessager en ARNm 5.5.3 Maturation des ARN premessager en ARNm 5.6 Les ARN preribosomiques (transcri 5.6 Les ARN preribosomiques (transcri 5.6 Les ARN preribosomiques (transcri 5.6 Les ARN preribosomiques (transcrits par la ARN.polymerase I). ts par la ARN.polymerase I). ts par la ARN.polymerase I). ts par la ARN.polymerase I). 5.6.1 Le nucleole. transcription, maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. transcription, maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. transcription, maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. transcription, maturation des ARNr et assemblage des ribosomes. des ribosomes. des ribosomes. des ribosomes. 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes 6 La traduction. 6 La traduction. 6 La traduction. 6 La traduction. 6.1 Le code genetique. 6.1 Le code genetique. 6.1 Le code genetique. 6.1 Le code genetique. 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt 6.3 Mecanisme de la traduction 6.3 Mecanisme de la traduction 6.3 Mecanisme de la traduction 6.3 Mecanisme de la traduction I Les molecules constituant le materiel genetique doivent posseder plusieurs proprietes fondamentales : - Permettre le stockage dune information. Dans ce contexte, les differents degres dorganisation du materiel genetique seront etudies et nous determinerons les relations qui existent entre les molecules dADN, les genes et les chromosomes. - Etre capable de se reproduire a lidentique. Un gene porte linformation biologique sous une forme qui doit etre copiee et transmise avec precision de chaque cellule a toute sa descendance. Le processus genetique fondamental qui assure la reproduction a lidentique de lADN est la replication - Assurer la realisation du programme genetique. Le materiel genetique est forme de genes dont la fonction est pour leur majorite, de controler la synthese de proteines qui sont les constituants et les acteurs principaux de toutes les activites cellulaires. 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques 1. Rappel: Les acides nucleiques Les acides nucleiques sont des molecules, qui comme leur nom lindique, ont tout dabord ete isolees a partir du noyau. En fait, il existe des acides nucleiques non seulement dans le noyau, mais aussi dans le cytoplasme V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 24 des cellules. Ce sont des molecules tres importantes dans la vie de la cellule, puisquelles contiennent linformation genetique et par consequent quelles determinent toutes les caracteristiques de lorganisme. Elles sont donc indispensables a lexistence meme de la vie, du moins telle que nous la connaissons sur Terre actuellement. Le transfert des caracteres hereditaires de tout organisme a la generation suivante repose sur les acides nucleiques qui sont de 2 types: - Les acides desoxyribonucleiques: ADN (ADN) - Les acides ribonucleiques: ARN (ARN) - Les acides desoxyribonucleiques ou ADN qui sont des polymeres de desoxyribonucleotides. Lose sera le desoxyribose et les 4 bases seront: A, G, T et C. - Les acides ribonucleiques ou ARN qui sont des polymeres de ribonucleotides. Lose sera donc le ribose et les 4 bases principales seront: A, G, U et C. 1.1 Les d 1.1 Les d 1.1 Les d 1.1 Les deux types d eux types d eux types d eux types d acide nucleique : L acide nucleique : L acide nucleique : L acide nucleique : L ADN, L ADN, L ADN, L ADN, L ARN ARN ARN ARN L LL L ADN: ADN: ADN: ADN: LADN etait un polymere lineaire de desoxyribonucleotides dont les 4 types de bases sont A, T, G et C et dont le sucre est le desoxyribose. Les nucleotides sont lies entre eux par une liaison phosphodiester entre le C3 dun nucleotide et le C5 du nucleotide suivant. Les ADN auront donc la structure globale suivante (voir Fig.1). Il faut bien comprendre que le squelette desoxyribose-phosphate est le meme tout au long dune molecule dADN et aussi dune molecule a lautre. Il nen est pas de meme pour les bases dont la sequence, cest-a-dire lordre dans lequel elles se succedent est caracteristique de chaque molecule dADN. Ce sont ces sequences qui vont jouer un role biologique capital: des sequences en bases differentes donneront des messages differents. Par consequent, pour simplifier on represente une chaine dacide nucleique en ecrivant seulement les bases: CGAAT Lossature de la molecule est formee dune succession de desoxyriboses et de phosphates lies entre eux par des liaisons phosphodiester asymetriques 5-- 3, Par consequent, la molecule dADN est dite polarisee. On ecrira donc 5CGAAT 3 La direction des liaisons phosphodiester determine la polarite de la molecule. Donc, par exemple, la sequence nucleotidique 5- G - C - A - A - T - 3 est differente de la sequence 3- G - C - A - A - T - 5 et ne contiendra donc pas le meme message biologique. Par convention, les sequences dADN sont ecrites dans le sens ou elles sont transcrites in vivo, cest-a-dire de lextremite 5 a lextremite 3. Dans lADN, le nombre de residus dAdenine est toujours egal au nombre de residus de Thymine (donc = U). De meme, le nombre de residus de Guanine est toujours egal au nombre de residus de Cytosine. Ce qui signifie quil y a autant de bases puriques que de bases pyrimidiques, cest-a-dire A+G =C+T. Les etudes de diffraction de rayons X de Wilkins et les donnees chimiques de Chargaff ont amene Jim Watson et Francis Crick, en 1953, a proposer le modele que vous connaissez tous, celui de la double helice dADN (Fig.3). Selon ce modele, lhelice est formee par la succession des desoxyriboses et de phosphoryles qui constituent lossature de la molecule. Les bases sont perpendiculaires a la chaine et se trouvent a linterieur de la double helice. Les 2 brins de la double helice sont en fait antiparalleles, cest-a-dire que les brins sont paralleles, mais dans des directions opposees. En face de chaque base dune helice, se trouve une autre base sur lautre helice. Les bases des brins opposes, echangent des liaisons hydrogenes ce qui maintient ensemble les deux chaines. La geometrie de la double helice exige quune purine soit toujours appariee a une pyrimidine. Dautre part, des contraintes steriques font que lAdenine ne peut sapparier quavec la Thymine et la Guanine quavec la Cytosine. On dit que A est complementaire de T et G est complementaire de C (regle dappariement). A forme 2 liaisons hydrogenes avec T, tandis que G en forme 3 avec C (Fig.2). L LL L ARN ARN ARN ARN LARN a une structure generale tres voisine de celle de lADN, puisquil sagit, la aussi, dun polymere lineaire de nucleotides puriques et pyrimidiques relies par des ponts 3-5-phosphodiester. Comme lADN, la molecule dARN est polarisee. On peut la representer de matiere schematique toujours de 5 en 3. Malgre sa ressemblance avec lADN, il existe cependant 3 differences essentielles entre ces 2 types dacides nucleiques: 1. Comme son nom lindique, dans lARN, lose des nucleotides est le ribose (Fig.4). V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 25 2. Sauf cas exceptionnel, la Thymine est absente des ARN. Elle est remplacee par lUracile en tant que base. Les ARN contiennent donc les nucleotides a Adenine, Guanine, Cytosine et Uracile. (Fig.5) 3. LARN se presente sous forme dune molecule monocatenaire (une seule chaine), cest- a-dire a un brin et non pas sous forme dune double helice. On trouve cependant, dans certains ARN, des zones helicoidales formees de bases complementaires unies par des liaisons hydrogenes. Mais ces zones appartiennent a differentes parties dune meme molecule qui se replie donc sur elle-meme pour former une epingle a cheveux. Lappariement des bases est similaire a celui de lADN. C sapparie avec G et A avec U. (Fig.6) 1. 1. 1. 1.2 Les grandes fonctions du noyau 2 Les grandes fonctions du noyau 2 Les grandes fonctions du noyau 2 Les grandes fonctions du noyau (Voir Fig.7) - Stockage de linformation genetique La chromatine represente le site de stockage de la quasi totalite de lADN dune cellule eucaryote. Des organites, les mitochondries et chloroplastes contiennent aussi un materiel genetique. - Replication et transmission de linformation genetique. Le noyau est capable de conserver le materiel genetique malgre les divisions cellulaires. Cest dans le noyau que la Replication de lADN (Phase S) a lieu. La replication permet la transmission de linformation genetique lors de la mitose et de meiose. - Expression et traitement de linformation genetique. Le noyau est le siege de la synthese: - des ARN messagers, de leur maturation et de leur transport dans le cytoplasme, ou ils sont decryptes par les ribosomes. - des ARN de transfert (vehicules des acides amines) - des ARN ribosomaux (qui constituent la machine de traduction) Les differents types cellulaires dun organisme (sauf les cellules germinales, gametes) ont tous le meme ADN. Ceci fut demontre par des experiences de transplantation de noyaux provenant de cellules differenciees dans des oeufs de grenouille ainsi que par des experiences de clonage chez les plantes. (voir Fig.8) Ces experiences furent confortees par des observations montrant que toutes les cellules dun organisme possedent des chromosomes mitotiques identiques. En consequence, la differenciation des cellules, cest a dire la specialisation des differents types cellulaires dun organisme depend donc de modifications de lexpression des genes et non de leur perte. Un certain nombre de genes determinent donc des voies de differenciation cellulaire. Chaque cellule contient 10 a 20000 proteines differentes. Un faible nombre de genes, une centaine, suffirait pour produire de grandes differences morphologiques et de comportements cellulaire qui sont generes au cours du developpement embryonnaire des organismes. Lexpression genique peut etre controlee a chaque niveau de lADN a lARN puis de la proteine (regulation transcriptioimelle, post-transcriptionnelle, traductionnelle, post-traductionnelle). Nous verrons que le controle de la transcription est preeminent parmi les differents niveaux possibles de regulation des genes. La regulation de linitiation de la transcription de certains genes a en effet, un role preponderant dans les mecanismes moleculaires impliques dans les processus de differentiation cellulaire. De plus, les cellules sont capables de modifier lexpression de leurs genes en reponse a des signaux extracellulaires (hormones, facteurs de croissance, ...). 2. Le noyau : ultra structure du noyau interphasique 2. Le noyau : ultra structure du noyau interphasique 2. Le noyau : ultra structure du noyau interphasique 2. Le noyau : ultra structure du noyau interphasique Les organismes contenant des cellules a noyau sont les eucaryotes (les bacteries qui ne possedent pas de noyau sont des procaryotes, les virus appartiennent aux acaryotes). - Le noyau contient la quasi totalite de linformation genetique dune cellule (ADN nucleaire). Cette information genetique, au cours de linterphase, est presente sous la forme de chromatine (Fig.9). La chromatine interphasique est une masse confuse qui occupe une grande partie du volume nucleaire, qui contraste avec lultra structure hautement organisee et reproductible des chromosomes metaphasiques. Du point de vue fonctionnel, on designe sous le nom de chromatine active ou euchromatine les portions de la chromatine qui sont transcrites par opposition a la chromatine condensee ou inactive ou heterochromatine qui nest jamais transcrite. Leuchromatine mise en evidence par des experiences V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 26 dincorporation duridine tritiee (3H) (qui sincorpore dans lARN) represente 5 a 10 % de la chromatine nucleaire. Le nucleole apparait comme une masse globulaire, de structure heterogene. Il est considere combe un sous compartiment organise du noyau, cest le lieu de synthese des ARN ribosomiques (ARNr) (Fig.10). 2.1 L 2.1 L 2.1 L 2.1 L enveloppe nucleaire et les lamines enveloppe nucleaire et les lamines enveloppe nucleaire et les lamines enveloppe nucleaire et les lamines - Le noyau contient un squelette compose de proteines appartenant a la famille des filaments intermediaires appelees lamines, qui sont presentes sur la face interne de la membrane interne de lenveloppe nucleaire. Elles forment une couche dense visible en microscopie electronique, la lamina densa (Fig.11). Elles auraient un role dans la disparition et la reconstitution de la membrane nucleaire lors de division cellulaire. Lorsque la cellule se divise par mitose, une phosphorylation de residus serine des lamines provoque un desassemblage de la lamina nucleaire, lenveloppe nucleaire est dissociee en vesicules de petite dimension qui restent combinees avec la lamine. Lors de la telophase les lamines sont dephosphorees. On pense donc quelles jouent un role dans la division cellulaire. Les fibres de chromatine se disposent sur la face interne de la lamina et interagissent avec les lamines. 2.2 Les pores nucleaires 2.2 Les pores nucleaires 2.2 Les pores nucleaires 2.2 Les pores nucleaires Le noyau est un organite delimite par une double membrane (enveloppe nucleaire). La membrane externe du noyau est en continuite avec celle du reticulum endoplasmique (Fig.11 et 12). Les membranes externe et interne se trouvent connectees au niveau de pores de 80 nm de diametre. Un pore est constitue par un ensemble de structures constituant le complexe pore (compose d une centaine de proteines) qui delimite un canal aqueux de 9-10 nm dans lequel transitent toutes molecules hydrosolubles dont le poids moleculaire est inferieur a 10 000 Da. Au dessus de cette masse moleculaire, les molecules plus grosses comme le (RNIP) des granules peri et interchromatiniens, passent dans le cytoplasme par des mecanismes de transport actif (qui necessitent de lenergie). Ces pores interviennent dans la regulation des echanges entre le noyau et le cytoplasme, leur nombre est proportionnel a lactivite de synthese de la cellule. Les pores sont donc des structures dynamiques qui peuvent reapparaitre quand les echanges entre le noyau et le cytoplasme augmentent. Leur distribution ne depend pas du hasard et elle semble dependre de la distribution des chromosomes interphasiques dans le noyau. Laugmentation ou la diminution du nombre des pores serait un des elements de regulation du transfert des informations. 3. Le noyau et le cycle cellulaire 3. Le noyau et le cycle cellulaire 3. Le noyau et le cycle cellulaire 3. Le noyau et le cycle cellulaire Le cycle cellulaire est lensemble des modifications quune cellule subit entre sa formation par division de la cellule mere et le moment ou cette cellule a fini de se diviser en deux cellules. Toutes les cellules, a lexception des hematies, des cellules nerveuses differenciees et des fibres musculaires squelettiques, sont susceptibles de se diviser. Un etre humain fabrique des milliers de nouvelles cellules par seconde. (Si la division des cellules est bloquee par exemple par une exposition a des radiations puissantes, cela entraine la mort). La duree dun cycle cellulaire est tres variable, elle est de 8 minutes pour un embryon de drosophile. Les cellules du foie dun mammifere se divisent une a deux fois par an, les cellules intestinales une a deux fois par jour. Il est de 12-24 heures en general pour les cellules de mammiferes. 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases 3.1 Le cycle cellulaire est divise en plusieurs phases (Fig.13 et14) Phase M: Mitose Phase M: Mitose Phase M: Mitose Phase M: Mitose : (division cellulaire) environ 1 heure. La division cellulaire necessite la replication des molecules dADN, la condensation et la segregation des chromosomes, mais aussi la duplication de tous les organites cytoplasmiques. Linterphase, cest en generale la periode la plus longue, elle correspond au temps entre deux mitoses. Linterphase se decompose en trois phases G1, S et G2. Phase G1: Phase G1: Phase G1: Phase G1: La phase G1 correspond a la periode entre la fin de la mitose et la phase de synthese de lADN (phase S). Cette phase a une duree variable en fonction du type cellulaire etudie (8 a 60 minutes). Au cours de la phase G1, il ny a pas de synthese dADN, la quantite dADN (2N chromosomes) reste constante. Les chromosomes apparaissent sous la forme de filaments sinueux, la chromatine. La phase G1 est caracterisee V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 27 par la synthese de proteines. Cette synthese depend de lactivite des genes. La synthese dARNm assure la production des proteines necessaires a la croissance de la cellule. La cellule peut abandonner le pool de cellules en proliferation pour se differencier, la phase G1 sera alors une phase de croissance et de differenciation cellulaire, la cellule controle son environnement et sa propre taille. Les cellules en G1 peuvent sarreter dans leur progression du cycle et entrer dans un etat de repos (phase G0) et peuvent rester hors du cycle pendant des jours et meme des annees avant de reprendre leur proliferation. Des quune cellule est sortie de la phase G1, elle est prete pour terminer les phase S, G2 et M quelles que soient les conditions de lenvironnement. Il existe cependant des points de controle du cycle cellulaire. La phase S: La phase S: La phase S: La phase S: La duree de la phase S (synthese) est constante (6 a 8 heures). Elle est caracterisee par la replication de la totalite de lADN nucleaire. La quantite dADN double donc pendant cette phase. La phase G2: La phase G2: La phase G2: La phase G2: (entre fin de S et debut de la mitose). Cest une phase courte, dune duree de 4 a 5 heures. Elle debute des que la replication est achevee. Les syntheses dARN persistent tandis que la quantite dADN est double. Les phases G1 et G2 sont des periodes de croissance pour la cellule. La succession G1, S, G2, M correspond a un cycle standard. La duree de la phase G1 est la plus variable. 3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire 3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire 3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire 3.2 Il existe des points de controle du cycle cellulaire Le cycle cellulaire peut etre controle a differents niveaux A lentree de la phase M, ou a la sortie de la phase M, ou a lentree de la phase S. Ces systemes darret sont importants car ils permettent la regulation du cycle cellulaire par des signaux de lenvironnement. II y a deux points de controle majeurs: - En G1 avant lentree en phase S, cest en general en ce point que les cellules sarretent. - en G2 avant lentree en mitose. 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle 3.3 Cycle de spiralisation des chromosomes au cours du cycle cellulaire cellulaire cellulaire cellulaire (Voir figure 13) Au cours du cycle cellulaire les chromosomes (ADN) passent par differents degres de condensation. Au cours de la mitose : les chromosomes sont fortement condenses et inactifs sur le plan transcriptionnel. Durant linterphase certaines portions des chromosomes (chromatine active ou euchromatine) sont decondensees et assurent la synthese dARN. Dautres regions restent condensees et inactives, elle forme lheterochromatine. Il faut avoir une vision dynamique de la chromatine car a un moment donne, certains domaines des chromosomes peuvent etre dans un etat hypercondense et, plus tard se derouler, se decondenser pour devenir actifs. La chromatine est concue comme une succession de domaines condenses et de domaines plus diffus, avec des passages reversibles dun etat dans lautre suivant la phase du cycle cellulaire. 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l 3.4 Condensation de l ADN ADN ADN ADN Le genome de eucaryotes et des procaryotes est constitue dADN. L ADN est une macromolecule formee de 2 brins complementaires antiparalleles dont les sequences nucleotidiques sont complementaires. Ces deux brins sont apparies dans une double helice droite contenant environ 10 paires de bases par tour d helice qui comporte un grand et un petit sillon. Les genomes des eucaryotes ont des tailles variables et il nexiste pas de relation entre la taille dun genome et la complexite dun organisme. 4. ADN, chroma 4. ADN, chroma 4. ADN, chroma 4. ADN, chromatine et chromosomes. tine et chromosomes. tine et chromosomes. tine et chromosomes. 4.1 Nucleosome 4.1 Nucleosome 4.1 Nucleosome 4.1 Nucleosome LADN double brin (complementaires et antiparalleles) est associe a des proteines. On distingue deux types de proteines : les histones et les PCNH (Proteines non histones). V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 28 Les PCNH sont tres nombreuses et sont difficiles a classer car elles entrent en jeux dans larchitecture des chromosomes, la replication et la transcription, la regulation des genes,..). Les ARN polymerase (qui synthetise les ARNs) peuvent etre considerees comme des proteines non histone. Certaines des proteines non histone sont des facteurs de transcription. Les histones sont des proteines basiques (riches en arginine et lysine qui sont charges positivement) qui interagissent avec les phosphates de lADN (Fig.15). Les histones sont des proteines tres conservees au cours de levolution. On distingue deux types dhistones : - histones nucleosomiques : H2A, H2B, H3, H4. - histones non nucleosomiques : H1 Les histones H3 et H4 sont les plus conservees au cours de levolution, ce qui suggere quils ont une fonction identique chez tous les eucaryotes. Lassociation des histones avec lADN conduit a la formation des nucleosomes, particules unitaires de la chromatine (Fig.16). Chaque nucleosome contient environ 200 paires de bases, ils sont formes de deux parties: (Fig.17 et 19) - Le coeur (ou noyau nucleosomique): forme de 4 paires dhistones 2(H2A)+ 2(H2B) + 2(H3) + 2(H4) qui forment un octamere entourees par deux tours dhelice dADN (140 Pb). - LADN internucleosomique dont la longueur peut varier de 0 a 114 nucleotides. Lassemblage en nucleosome forme un filament cylindrique de 110 A de diametre appele nucleofilament ou fibrille chromatinienne (Fig. 15, 16 et 17). La formation des nucleosomes constitue le premier niveau dorganisation aboutissant a un degre de condensation voisin de 7 cest a dire une molecule dADN assemblee en nucleosomes sera 7 fois moins courte quune molecule dADN nue. Les nucleosomes sont un composant invariant (toujours presents) de leuchromatine et de lheterochromatine dans le noyau interphasique ou dans les chromosomes mitotiques. 4.2 Les histones H1 participent a l 4.2 Les histones H1 participent a l 4.2 Les histones H1 participent a l 4.2 Les histones H1 participent a l assemblage des nucleosomes assemblage des nucleosomes assemblage des nucleosomes assemblage des nucleosomes Les nucleosomes sassemblent pour donner des structures dordre superieures, les fibres de chromatine de 30 nm de diametre. La figure 18 montre un modele dorganisation des nucleosomes dans la fibre de chromatine. La fibre de chromatine resulte de lempilement des nucleosomes qui sorganisent en une helice reguliere contenant environ 6 nucleosomes par tour et formant ainsi un solenoide. La presence des molecules dhistone H1 est necessaire a lempilement des nucleosomes et a la formation de la fibre de 30 nm. Lhistone H1 se fixe dans les regions reliant les nucleosomes, impose une spiralisation plus importante du nucleofilament, et conduit a la formation de la fibre de chromatine de 30 nm de diametre. On considere que la fibre de 30 nm induit un degre de condensation de lADN de 40 a 50 X. 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles 4.3 Troisieme niveau de condensation: les boucles Le niveau de condensation de la molecule dADN saccentue pendant la periode qui precede la division cellulaire (une condensation de lordre de 10000 fois). Les proteines non histones, qui forment en particulier le squelette axial des chromosomes metaphasiques sont responsables des niveaux superieurs dorganisation de la fibre chromatinienne de 30 nm. La fibre de 30 nm forme des boucles qui auraient une longueur de 20000 a 150000 paires de base. Ces boucles se fixeraient a leur base sur des proteines qui organisent le squelette axial du chromosome (Fig.20). Des regions dADN sont associees a la matrice nucleaire (SAR, Scaffold Associated Region). Un chromosome humain qui a une longueur moyenne de 4,5 cm dADN contiendrait 1500 a 1600 boucles. Le nombre de boucles, par genome haploide serait du meme ordre de grandeur que le nombre de genes estime pour lespece, soit entre 25 et 30000 genes pour lhomme. Ces boucles de la fibre de 30 nm sont enroulees en spirale sur le squelette axial du chromosome, il y aurait en moyenne 18 boucles par tour soit environ 106 paires de bases, ce qui correspondrait a une mini-bande dun chromosome metaphasique (Fig.21). 4.4 Les chromosomes metaphasiques 4.4 Les chromosomes metaphasiques 4.4 Les chromosomes metaphasiques 4.4 Les chromosomes metaphasiques Chaque chromosome se structure progressivement au cours de la phase G2 et surtout au debut de la mitose par une condensation de plus en plus accentuee du nucleofilament dedouble au cours de la phase S. Cette condensation atteint un maximum a la metaphase. Cette condensation rend possible la separation des V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 29 chromosomes dans deux cellules filles. A la metaphase, chaque chromosome est constitue de deux chromatides, reunies au niveau dun centromere ou se trouve le kinetochore (Fig.22). La position du centromere permet de distinguer plusieurs types de chromosomes:(Fig.23) metacentrique metacentrique metacentrique metacentrique (bras egaux), submetacentrique submetacentrique submetacentrique submetacentrique (bras inegaux), acrocentrique acrocentrique acrocentrique acrocentrique (un bras tres court), telocentrique telocentrique telocentrique telocentrique (centromere a lextremite de lunique bras). En plus du centromere, on distingue dautres etranglements le long des chromatides que lon appelle constrictions secondaires. Chaque chromatide apres lutilisation de techniques de coloration particulieres apparait divisee en bandes transversales (voir fig. 22). Par exemple, la coloration par le Giemsa donne des bandes G. La distribution des bandes sur chaque chromosome est unique ce qui permet didentifier et de numeroter les chromosomes. La disposition des bandes permet entre autre de detecter des anomalies ou remaniement chromosomiques (translocation) responsables de certaines maladies genetiques. Chaque bande contient environ 107 paires de bases et peut contenir, en theorie, plusieurs dizaines de genes. Le tableau complet de tous les chromosomes est appele caryotype. caryotype. caryotype. caryotype. La distribution de ces bandes sur les chromosomes metaphasiques est restee inchangee pendant de longues periodes au cours de levolution. Ex : homme, chimpanze, gorille, orangoutang. Remarque : il y a 46 Chromosomes pour lhomme (Fig.24) alors quil y en a 48 pour les singes : il y a eu fusion de deux chromosomes chez lhomme. Des comparaisons entre les cartes physiques des chromosomes de differentes especes ont permis de montrer que les memes genes se retrouvent parfois dans le meme ordre sur les chromosomes de deux especes differentes (on parle de relations de synthenie). La forme condensee de la chromatine ressemble a lheterochromatine, les chromosomes mitotique sont inactifs du point de vue de leur transcription, la condensation empeche lARN polymerase de se fixer a lADN. Le nucleofilament dirige par ailleurs le fonctionnement de la cellule car cest a des genes que sont elaborees par transcription les differentes categories dARN, qui participent ensuite a la synthese des proteines. Il apparait que les zones de chromatine, ou se produit une transcription, sont des portions de fibrille chromatinienne de 300 A qui sont decondensees en nucleofilament. LADN est alors accessible aux enzymes de la transcription. Le degre de condensation de leuchromatine est denviron 1000, le degre de condensation de lheterochromatine est voisin de celui des chromosomes mitotiques (10000). L heterochromatine est par nature inerte, reste condensee lors de 1interphase, elle nest pas transcrite, se replique tardivement dans la phase S. Lorsque un gene est transfere en position adjacente a lheterochromatine soit a la suite d une translocation, soit par transfection et integration chromosomique, le gene peut devenir inactif (effet de position,). Il existe de lheterochromatine constitutive (toujours inactivee,) qui se trouve en general, a proximite des centromeres et des telomeres. 5. La transcription et la maturation des ARN 5. La transcription et la maturation des ARN 5. La transcription et la maturation des ARN 5. La transcription et la maturation des ARN 5.1 L 5.1 L 5.1 L 5.1 L organisation des g organisation des g organisation des g organisation des genes enes enes enes La majorite de lADN chromosomique ne code pas pour des proteines ou des ARNs, Les genomes des organismes superieurs semblent contenir un exces dADN. On estime que 30% environ de lADN dun genome est constituee de sequences repetees de nombreuses fois (ADN satellite). La taille du genome humain haploide est 3 109 paires de bases. On pense que seulement 10% de lADN a une importance vitale chez les vertebres. Laccumulation des donnees de sequences chez differents organismes, a permis de realiser des comparaisons de sequences entre differentes especes. Les observations (en particulier les comparaisons des sequences entre lhomme et la souris) montrent que certaines regions sont tres fortement conservees au cours de levolution. Ces regions correspondent a des regions codantes pour des proteines qui jouent un role fondamental ou a des regions regulatrices tres importantes. Les genes eucaryotes peuvent contenir jusqua 2 millions de paires de bases et des genes dune longueur superieure a 100000 pb sont courants. En fait, environ 1000 paires bases seulement sont necessaires pour coder pour une proteine de taille moyenne (300 a 400 acides amines). La plus grande partie de lADN supplementaire est constituee de longs segments dADN non codant qui interrompent des segments relativement court dADN codants. Les molecules de ADN de chaque chromosome sont tres longues jusqua plusieurs centaines de millions de paires de nucleotides et contiennent plusieurs milliers de genes. V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 30 Les genes sont separes par de grands fragments dADN non codant. Chaque gene comprend des exons qui sont des sequences codantes c'est-a-dire qui seront transcrites et traduites en proteines mais aussi des sequences transcrites et non traduites appeles les introns. Les introns separent les exons. Un gene peut ne contenir quun seul exon et pas dintron, mais il y a des genes qui possedent plus de cent exons. Apres la transcription le ARN produit de la ARN polymerase ou transcrit primaire contient encore les introns et les exons. Apres lexcision des introns et lepissage des exons, le messager ne contient plus que les exons reunis en une seule sequence codante. On estime que lhomme possede entre 25 et 30000 genes. 5.2 L 5.2 L 5.2 L 5.2 Les ARN polymerases assurent la transcription de l es ARN polymerases assurent la transcription de l es ARN polymerases assurent la transcription de l es ARN polymerases assurent la transcription de l ADN en ARN ADN en ARN ADN en ARN ADN en ARN La transcription est le mecanisme de synthese des differentes categories dARN (ARNt, ARNm et ARNr) qui participent ensuite a la synthese des proteines dans le cytoplasme. Elle aboutit a la formation dune molecule dARN a partir dun des deux brins dADN. La synthese de lARN necessite : - une matrice dADN. - des rNTP (ribonucleotides triphosphates, rUTP, rCTP, rGTP, rATP). Tous les ribonucleotides triphosphates sont des molecules riches en energies. Cest lhydrolyse des liaisons phosphoanhydrides de ces nucleotides qui permet laccrochage des nucleotides entre eux le long de la chaine. - Une enzyme : ARN polymerase. Toutes les ARN polymerases synthetisent les ARN dans le sens 5-3, antiparallelement au brin dADN matrice (Fig.27). La croissance de la chaine neoformee seffectue a sont extremite 3OH. Elles utilisent des precurseurs triphosphates pour associer deux nucleotides par une liaison phosphodiester 3-5. Le premier nucleotide conserve son groupement triphosphate ce qui permet didentifier lextremite 5 dun ARN. - Il existe trois ARN polymerases chez les eucaryotes, ce sont des complexes de grande taille comprenant plusieurs sous unites. (PM> 500000), elles nont pas la capacite dinitier seule la transcription comme la ARN polymerase des procaryotes. - La polymerase I assure la transcription des ARNr (sauf lARNr 5S), elle est localisee exclusivement dans le nucleole. - La polymerase II assure la transcription des ARNm - La polymerase III assure la transcription des ARNt, de lARNr 5S et des snARN (small nuclear ARN = petits ARN nucleaires). Chez les procaryotes la meme ARN polymerase peut transcrire les differentes categories dARN. 5.3 Abondance relative des differentes categories 5.3 Abondance relative des differentes categories 5.3 Abondance relative des differentes categories 5.3 Abondance relative des differentes categories d dd d ARN. ARN. ARN. ARN. Dans une cellule eucaryote il y a 10000 a 20000 especes differentes dARNm, la plupart sont presents en faible quantite 5 a 15 molecules par cellule. (Fig.25 et 26): LARNm represente 3 a 5% de lARN total (ARNr 75% et ARNt.. 10%..). Ce sont les ARNm qui dirigent la synthese des proteines dune cellule. On distingue trois familles dARNm - ARNm tres abondant : present en grand nombre de copies. Ils correspondent a la transcription dun nombre limite de genes. Certains genes sont plus abondamment transcrit que dautres, ils codent en general pour des proteines dont les cellules ont besoins en grande quantite, ce sont des enzymes du metabolisme de base ou des proteines de structure ubiquiste (ex : proteine du cytosquelette). On appelle ces genes les housekeeping gene ou gene de menage. - ARNm dabondance intermediaire - ARNm rares : les ARNm de cette classe sont les plus diversifies (11000 differents). 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription 5.4 Mecanisme moleculaire de la transcription V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 31 La transcription est la premiere etape de lexpression des genes. La transcription se fait en trois etapes : linitiation, lelongation et la terminaison. Chez les eucaryotes et les procaryotes, linitiation de la transcription constitue le niveau de regulation le plus important. L LL L initiation initiation initiation initiation de la transcription est du a une reconnaissance de sequences specifiques: les promoteurs, qui se trouvent au debut du gene. LARN polymerase se deplace le long de la matrice en synthetisant lARN jusqua ce quelle atteigne une sequence de terminaison. Une unite de transcription setend du promoteur au terminateur. Remarque: Chez les procaryotes, une unite de transcription peut comporter plusieurs genes. Ces genes sont donc sous la dependance des memes sequences regulatrices et forme un operon un operon un operon un operon. En general, chez les eucaryotes une unite de transcription ne contient quun seul gene. La premiere base transcrite en ARN est notee par convention +1 (+1 de transcription). Les sequences qui precede le +1 sont dites en amont celles qui le suivent sont en aval. Par convention, les sequences sont ecrites de sorte que la transcription se deroule de la gauche vers la droite (Fig.27et 28). Une unite de transcription contient un brin codant identique a lARN et un brin transcrit qui sert de matrice a lADN polymerase. On passe du brin codant (appele brin sens ou brin +) a lARN en changeant les T en U. Le brin transcrit est appele brin matrice ou brin ou brin antisens. Le produit immediat de la transcription sappelle le transcrit primaire. L LL L elongation. elongation. elongation. elongation. Le double brin dADN est separe de facon transitoire en deux simples brins dont lun est utilise comme matrice pour la synthese dARN. La synthese dARN a lieu dans une bulle de transcription: LARN polymerase deroule lADN. Lenzyme se deplace le long de lADN et allonge la chaine dARN en ajoutant des nucleotides a lextremite 3OH. b) Plusieurs polymerases transcrivent simultanement la meme unite de transcription, en sorte que la taille des fibrilles en elongation indique le sens de progression des polymerases. (Fig.28a a 28e). Un hybride ARN/ADN se forme transitoirement dans la bulle de transcription. (Fig.28d). La vitesse de polymerisation est voisine de 40 nucleotides par seconde a 37C pour lARN polymerase bacterienne, cest une vitesse proche de la vitesse de traduction (15 Acides Amines par seconde) (mais inferieur a la vitesse de replication de lADN 80 paires de bases par seconde). Chez les procaryotes la transcription et la traduction sont couplees. La terminaison La terminaison La terminaison La terminaison Cest la reconnaissance de lendroit a partir duquel aucune base supplementaire ne doit etre ajoute a la chaine dARN. Cest la region ou le complexe de transcription doit se detacher. Dans cette region, lhybride ADN/ARN se dissocie et lenzyme est liberee. Les sequences dADN necessaires au declenchement de ces reactions sappellent un terminateur. 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l 5.5 Les promoteurs et autres signaux de regulation de l initiation initiation initiation initiation de la transcription de la transcription de la transcription de la transcription Le brin a copier varie le long dune meme molecule dADN, lorientation est determinee par le promoteur de chaque gene. Le promoteur est une sequence orientee qui envoie lARN polymerase dans une direction ou dans une autre, cette direction determine quel brin dADN sera copie. Les promoteurs procaryotes Les promoteurs procaryotes Les promoteurs procaryotes Les promoteurs procaryotes Chez les procaryotes, la comparaison de differents promoteurs a permis didentifier des sequences conservees. Ces sequences que lon trouve avec la plus grande frequence a une position donnee sont dites consensus consensus consensus consensus. Il y a quatre elements conserves (voir fig.29) - Le +1 de transcription - La sequence en - 10, TATA box toujours presente sur le brin complementaire de celui a transcrire (cest a dire celui sur lequel on trouve lATG). - La sequence en - 35 - La distance entre les sequences - 10 et - 35. Des mutations dans les promoteurs affectent le niveau dexpression du ou des genes quils controlent. Le promoteur le plus efficace est celui qui possede exactement les sequences consensus. V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 32 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes 5.5.1 Les promoteurs de la polymerase II chez les eucaryotes Chez les eucaryotes, les mecanismes dinitiation sont beaucoup plus complexes. Les ARN polymerases sont incapables a elles seules dinitier la transcription, elles ne se fixent pas directement sur les promoteurs, ceux ci doivent auparavant se lier a des proteines auxiliaires specifiques : les facteurs de transcription generaux. (Notes respectivement TF I, TF II, TF III respectivement pour la polymerase I, II et III). Ces facteurs agissent au niveau de tous les promoteurs, ils sassocient a lARN polymerase et determinent le site dinitiation de la transcription. Pour la polymerase II le promoteur contient toujours sur le brin complementaire de celui a transcrire une sequence 5TATAAAT3 situee a 25 nucleotides environ en amont du +1 de transcription (Fig.29 ). 5.5.2 Maturation des transcrits 5.5.2 Maturation des transcrits 5.5.2 Maturation des transcrits 5.5.2 Maturation des transcrits Au cours de la transcription les ARN sassocient a des proteines et forment des ribonucleoproteines (RNP) qui seront transporte dans le cytoplasme. Ces RNPs sont les precurseurs des ARNm (premessager qui correspondent vraisemblablement aux granules perichromatiniens), ARNt, ARNr (pretransfert et preribosomique). Ces trois categories de precurseurs subissent des modifications post- transcriptionnelles (Maturation). Les roles des proteines associees aux ARN est encore mal connu: elles interviendraient a la fois dans des modifications post-transcriptionnelles (epissage), dans la stabilite des ARN et dans leur transport dans le cytoplasme. 5.5.3 Maturation des transcrits synthetises par la ARN polymerase II 5.5.3 Maturation des transcrits synthetises par la ARN polymerase II 5.5.3 Maturation des transcrits synthetises par la ARN polymerase II 5.5.3 Maturation des transcrits synthetises par la ARN polymerase II a) Coiffe (Capping) et polyadenylation (voir figures 28, 29, 30 et a) Coiffe (Capping) et polyadenylation (voir figures 28, 29, 30 et a) Coiffe (Capping) et polyadenylation (voir figures 28, 29, 30 et a) Coiffe (Capping) et polyadenylation (voir figures 28, 29, 30 et 31) 31) 31) 31) - En 5 un nucleoside (methylguanosine) est ajoute au cours de la synthese dARN. Cette coiffe possede un role dans la stabilite des transcrits et dans la traduction. Ceci correspond au processus de capping (coiffe). Cette coiffe precede une sequence guide et tous deux sont indispensables a lassociation des ARNm aux ribosomes. - En 3, lextremite 3 non traduite (3UTR) est coupee a environ 10 a 30 nucleotides en aval de la sequence de clivage AAUAAA. Lajout de 100 a 200 residus dacide adenylique (polyA) a lextremite 3 de la chaine se fait par la PolyA polymerase. (Fig.30 bis). La queue poly A possede un role dans lexportation des ARNm matures a partir du noyau, dans la stabilisation des transcrits dans le cytoplasme. Seuls les transcrits synthetises par lARN polymerase II ont des coiffes en 5 et des queues polyA en 3. b) Epissage des produits primaires de transcription b) Epissage des produits primaires de transcription b) Epissage des produits primaires de transcription b) Epissage des produits primaires de transcription Chez les eucaryotes, chaque gene comprend des regions qui contiennent les sequences codees qui seront (en general) traduites, les exons ; et des regions non traduites appelees introns qui separent les exons (voir figures 30 et 31). Un gene peut ne contenir quun seul exon et pas dintron, mais il y a des genes de plus de cent exons. Les exons sont les parties dun gene qui sont transcrites et conservees dans lARNm mature, ils sont en general codants. Il code le plus souvent pour un domaine fonctionnel de la proteine ou une partie dun tel domaine. Les introns sont des sequences transcrites de lADN, elles sont donc presentes dans lARN premessager mais absente de lARNm mature. Apres la transcription, les ARN premessagers (transcrits primaires) produit par la ARN polymerase II contiennent encore les introns et les exons (Fig.30a, 30b et 30c). Les ARN premessagers subissent donc dimportantes modifications qui consistent dans lexcision des introns, les segments restants ou exons etant reassocies entre eux par epissage pour former les ARNm matures (Fig.31 et 32) LARN messager nest donc plus une copie conforme du gene originel. Chez les procaryotes il ny a pas dintrons. La sequence nucleotidique et la taille (tres variable) des introns semblent en general sans importance. Les introns accumulent les mutations au cours de levolution sans que la fonction des genes ne soit affectee. Les seules sequences tres conservees dans les introns sont situees a lextremite ou proche de lextremite des introns. Ces sequences sont necessaire a leur excision et sont tres similaires dans toutes les sequences introniques connues (Fig.32). Elles ne peuvent etre modifiees sans que le processus depissage soit affecte. Site d Site d Site d Site d epissage 5 epissage 5 epissage 5 epissage 5 (site donneur): GU Site d Site d Site d Site d epissage 3 epissage 3 epissage 3 epissage 3 (site accepteur): AG Ces deux sites depissage ont des sequences differentes et ils definissent donc les extremites de lintron de facon directionnelle. La GT-AG sapplique aux sites depissage de tous les eucaryotes. Ceci implique lexistence dun mecanisme commun a lexcision des introns. V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 33 Site de branchement Site de branchement Site de branchement Site de branchement. Chez la levure, le site de branchement est hautement conserve et possede la sequence UACUAAC. Chez les eucaryotes superieurs, le site de branchement nest pas bien conserve mais un nucleotide A (dit nucleotide cible) est conserve. Le site de branchement est situe 18 a 40 nucleotides en amont du site accepteur. (Fig.32) Des processus depissage alternatifs permettent dobtenir plusieurs transcrits matures a partir de la meme unite de transcription. Ceci permet dobtenir plusieurs proteines (isoformes) a partir dun meme gene (Fig.33). 5.6 Le 5.6 Le 5.6 Le 5.6 Les ARNpreribosomiques (transcrits par la ARN polymerase I) s ARNpreribosomiques (transcrits par la ARN polymerase I) s ARNpreribosomiques (transcrits par la ARN polymerase I) s ARNpreribosomiques (transcrits par la ARN polymerase I) 5.6.1 Le nucleole. Transcription, Maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. Transcription, Maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. Transcription, Maturation des ARNr et assemblage 5.6.1 Le nucleole. Transcription, Maturation des ARNr et assemblage des ribosomes des ribosomes des ribosomes des ribosomes Le nucleole est le site ou seffectue la maturation des molecules dARNr, a partir dun gros ARN precurseur, et leur assemblage avec les proteines ribosomales pour former les ribosomes. La taille du nucleole est en rapport avec la quantite de proteines synthetisee dans une cellule. Pendant linterphase, la transcription continue de copies multiples de genes assure une provision adequate molecules dARNr qui sont immediatement condenses avec les proteines ribosomiques pour former les ribosomes. Le nucleole contient des grandes boucles dADN qui proviennent de plusieurs chromosomes, chacune delle contenant un groupe de genes dARNr. On appelle chaque groupe de gene de ce type un organisateur nucleolaire (Fig.34 et 35). Lapparence du nucleole change considerablement au cours du cycle cellulaire. Il disparait au cours de la division cellulaire et reapparait des la telophase quand la transcription des ARNr redemarre. Une cellule eucaryote doit synthetiser 10 millions de ribosomes a chaque generation cellulaire. Les ARN ribosomaux representent environ 80% de lARN cellulaire total (Fig.25). Les ARN ribosomaux sont produits grace aux multiples copies des genes ribosomaux. (Chez lhomme 200 copies par genome haploide, dispersees en petit groupe sur cinq chromosomes). Ces genes sont disposes en tandem, separes des voisins par un region non transcrite. Un de ces genes peut etre transcrit par environ 100 ARN polymerases I a la fois. Chaque gene produit le meme transcrit primaire (ARN 45S) denviron 13000 nucleotides (Fig.35). Avant de quitter le noyau, lARN 45S est coupe pour donner ARN 28S, 1 8S et 5,8S qui constitueront le ribosome final. La plupart des genes existent en une seule copie par genome haploide. Labondance des proteines dans des types cellulaires particuliers est du au fait que chacune des molecules dARNm peut etre traduite en plus de dix proteines par minute, un ARN peut produire 10000 proteines par cycle cellulaire. (Remarque il ny a pas detape damplification pour les ARN structuraux). Les zones fibrillaires denses du nucleole sont le site dune synthese dARN45S, les zones granulaires contiennent les particules de precurseurs des preribosomes (80S). La maturation de LARNr et la production des sous unites ribosomiques ne se font pas de maniere independante et se deroulent dans le nucleole. Dans le nucleole lARN 45S sassocie a des proteines ribosomales et des proteines de maturation pour former de grosses particules ribonucleoproteiques ou Preribosome (80S), cest a linterieur de celle ci que se produit la maturation de lARN 45S, puis la production des deux sous unites ribosomiques . 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes 5.6.2 Les ribosomes (Fig.36) Les ribosomes sont le plus souvent decrits, dapres leur vitesse de sedimentation (mesuree en Svedbergs). Les ribosomes bacteriens sedimentent a 70S et le ribosomes du cytoplasme des eucaryotes superieurs sedimentent en general vers 80S. Les ribosomes sont formes de deux sous unites : - La grosse sous unite du ribosome 60S contient environ 40 proteines et les ARNr 5,8, 28S et 5S - La petite sous unite 40S contient environ 30 proteines et IARNr 18S . Il ny a pas de ribosomes fonctionnels dans le noyau, les dernieres etapes de maturation des ribosomes nont lieu que lorsque ses sous unites sont transferees dans le cytoplasme. Chaque sous unite a un role specifique dans la synthese proteique. Il existe un autre groupe de genes dispose en tandem avec des intercalaires non transcrits qui code pour les ARNr5S (120 nucleotides environ) de la grande sous unite ribosomale (cest le seul ARNr transcrit en dehors du nucleole,), et comme d autres genes qui codent pour des ARN stables (ARNt) il sont transcrit par la polymerase III. Chez 1homme on trouve un seul groupe de genes codant pour lARN 5S qui sont repetes environ deux mille fois. V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 34 6. La traduction 6. La traduction 6. La traduction 6. La traduction 6.1 Le code genetique 6.1 Le code genetique 6.1 Le code genetique 6.1 Le code genetique LADN, les ARN et les proteines sont de longs polymeres non ramifies. Les mecanismes de codage de linformation genetique cest a dire la correspondance entre les nucleotides de lARNm et les acides amines sont bases sur lutilisation de structures lineaire. Le codage de linformation genetique correspond au passage dun alphabet de quatre lettres (celui des acides nucleiques) a un alphabet a 20 lettres acides amines (celui des proteines). Le code genetique est un systeme de correspondance formelle existant entre les deux categories de sequences (voir Figure 37). La sequence des nucleotides de la molecule dARNm qui sert dintermediaire est lue par groupe de trois nucleotides, chaque triplet de nucleotides, appele codon determine un acide amine. LARN etant un polymere de 4 nucleotides differents il y a 43 = 64 codons possibles (Fig. 37). Trois de ces 64 codons ne codent pas pour des acides amines mais determinent la terminaison dune chaine polypeptidique (codons stop). On ne trouve que 20 acides amines differents dans les proteines (pour 61 codons), ainsi plusieurs codons peuvent coder pour le meme acide amine, le code genetique est degenere ou redondant. Il est universel malgre quelques exceptions. Les mutations sur la troisieme base des codons sont pour la plupart muettes. Dautre part, on peut passer dun acide amine a un autre qui presente des caracteristiques similaires en modifiant quune seule base. Par exemple on peut passer de la valine a isoleucine et a la leucine en changeant une seule base. Il en est de meme pour le passage Glu/Asp (acides amines acides) ; Lys/Arg (acides amines basiques), Thr/Ser (acides amines polaire). 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt 6.2 Proprietes des ARNt Ils representent 10 a 15% des ARN cellulaire (voir figure 25). Leur longueur nexcede pas 80 a 90 nucleotides, en raison de leur faible masse moleculaire, le nombre absolu de molecules par cellule est considerable. La structure secondaire plane, en feuille de trefle est formee dune succession de tiges doubles brins et de boucles denviron 10 nucleotides (Fig.38). Cette forme plane sorganise dans lespace pour donner une structure tertiaire compacte en forme de L majuscule (Fig. 38). Les deux parties fonctionnellement importantes, lanticodon et le site daccrochage de lacide amine en 3OH sont situees aux deux extremites opposees. Ils ont un role capital dans la synthese proteique, ils permettent la lecture precise de linformation genetique contenue dans les ARNm et participent a la synthese ordonnee des chaines polypeptidiques. Leur principale propriete est de pouvoir etre lies specifiquement a un acide amine precis, choisi parmi les 20 trouves dans les proteines pour former un aminoacylARNt. 6.3 Mecanis 6.3 Mecanis 6.3 Mecanis 6.3 Mecanisme moleculaire de la traduction me moleculaire de la traduction me moleculaire de la traduction me moleculaire de la traduction (Fig.39a et 39b) On peut diviser la traduction, ou synthese dun polypeptide en trois etapes: linitiation initiation initiation initiation, lelongation elongation elongation elongation et la terminaison terminaison terminaison terminaison de la chaine. Ces trois etapes necessitent la presence de facteurs proteiques (surtout des enzymes) qui assistent lARNm, lARNt et les ribosomes au cours du processus de traduction. Pour que linitiation et lelongation de la chaine aient lieu, il faut aussi de lenergie fournie par la GTP (Guanosine TriPhosphate). Initiation Initiation Initiation Initiation : Letape dinitiation de la traduction met en jeu lARNm, un ARNt portant le premier acide amine du polypeptide ainsi que les deux sous-unites dun ribosome. En premier lieu, la petite sous-unite ribosomique se lie a la fois a un ARNm et a un ARNt dinitiation specifique. La petite sous-unite ribosomique sattache a une sequence de nucleotides precise a lextremite 5 de lARNm, Le codon dinitiation AUG se trouve immediatement a droite de ce site de chargement, a lendroit ou la traduction commence vraiment. LARNt dinitiation, qui porte la methionine, se lie au codon dinitiation. Lunion de lARNm, de lARNt dinitiation et de la petite sous-unite ribosomique est suivie de la liaison dune grosse sous-unite ribosomique, qui complete le ribosome fonctionnel. Des proteines appelees facteurs dinitiation jouent un role essentiel dans lagencement de tous ces elements. La cellule depense aussi de lenergie apportee par la GTP afin de former le complexe dinitiation. A la fin du mecanisme dinitiation, lARNt dinitiation a pris place au site P du ribosome, et le site A vacant est pret a recevoir la prochaine molecule dARNt. Elongation Elongation Elongation Elongation : Dans lelongation de la traduction, les acides amines sont ajoutes un a un a la suite du premier. Chaque addition, a laquelle participent plusieurs proteines nommees facteurs delongation, se deroule selon un cycle comptant trois phases: V. NOYAU BIO12 : Biologie Cellulaire 35 - Reconnaissance du codon Reconnaissance du codon Reconnaissance du codon Reconnaissance du codon : Au premier stade de lelongation, le codon de lARNm qui se trouve au site A du ribosome forme des liaisons hydrogene avec lanticodon dune molecule dARNt entrante qui porte lacide amine approprie. Un facteur delongation achemine lARNt jusquau site A. Cette phase necessite aussi lhydrolyse dune liaison phosphate de la GTP. - Formation de la liaison peptidique Formation de la liaison peptidique Formation de la liaison peptidique Formation de la liaison peptidique : Ensuite, une enzyme qui fait partie integrante de la grosse sousunite ribosomique catalyse la formation dune liaison peptidique entre le polypeptide qui depasse du site P et lacide amine nouvellement arrive au site A. Cette enzyme, appelee peptidyl transferase, se compose dun ensemble de proteines ribosomiques associees a un ARNr. A ce stade, le polypeptide se separe de lARNt auquel il etait lie et est transfere sur lacide amine porte par IARNt qui se trouve au site A. - -- - Translocation Translocation Translocation Translocation: LARNt localise au site P se dissocie du ribosome. LARNt du site A, maintenant lie au polypeptide en formation, se deplace (subit une translocation) vers le site P. Au cours de ce deplacement, les liaisons hydrogene entre lanticodon de lARNt et le codon de lARNm se maintiennent, ce qui permet aux deux molecules de se deplacer ensemble. A la suite de ce mouvement, le prochain codon a traduire se retrouve au site A. Letape de la translocation necessite un apport denergie fourni par lhydrolyse dune molecule de GTP LARNm ne peut se deplacer a travers le ribosome que dans le sens 5- 3 et codon par codon. Le cycle delongation ne dure que 60 minutes environ et se repete pour chaque addition dun acide amine a la chaine, jusqua la terminaison de la synthese du polypeptide. Terminaison Terminaison Terminaison Terminaison : La derniere etape de la traduction est la terminaison Lelongation se poursuit jusqua ce quun codon darret arrive au site A du ribosome. Ces triplets de bases specifiques (UAA, UAG et UGA) ne codent pas pour des acides amines, mais servent de signal darret de la traduction. Une proteine appelee facteur de terminaison se lie directement au codon darret du site A. Sous leffet du facteur de terminaison, la peptidyl transferase ajoute une molecule deau au lieu dun acide amine a lextremite de la chaine polypeptidique. Cette reaction hydrolyse la liaison entre la chaine polypeptidique completee et lARNt qui se trouve au site P, et detache ainsi le polypeptide du ribosome. Ce dernier se dissocie alors en petite et grosse sous- unites.