1 Proteines 2007-08

ht t p: / / www. chusa. upmc.
f r/ di sc/ bi o_cel l
1. Protines
CAHIER D'EXERCICES
de BIOCHIMIE
2007-2008
EDITE PAR LE DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1 Protine / 2
Facult de Mdecine Pierre & Marie Curie
CAHIER D'EXERCICES POUR PCEM1
BIOCHIMIE
I . PROT EI NES
S O M M A I R E
Page
1. Techniques d'tude des protines . . . . . . . . 3
2. Structure des protines . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
3. Fonction des protines . . . . . . . . . . . . . . 10
4. Enzymologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
4.1 Gnralits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
4.2 Enzyme Michalien . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
4.3 Enzyme Allostrique . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4.4 Problme de rvision . . . . . . . . . . . . . 15
5. Annales du concours : QCM et QROQ . 17
Image de couverture :
Structure d'un cristal de BRCA2, une protine dficiente dans des formes hrditaires de
cancer du sein (Science-13sep2002 : www.sciencemag.org)
1. TECHNIQUES DETUDE DES PROTEINES
1.1 Le volume ncessaire llution (V
el
) dune protine sur une colonne de gel filtration est
fonction inverse du poids molculaire (M
r
). La courbe dtalonnage ci-dessous est trace
partir des rsultats reports dans le tableau :
Protine Mr Vel (ml))
bleu de dextran* 10
6
85
lysosyme 14 000 200
chymotrypsinogne 25 000 190
ovalbumine 45 000 170
srum albumine 65 000 150
aldolase 150 000 125
urase 500 000 90
X ? 130
* le bleu dextran est un polymre de haut PM
a. Expliquer lordre dlution des protines.
b. Evaluer le PM de la protine inconnue X.
1.2 Une protine tudie par gel filtration dans un tampon aqueux pH7 prsente un poids
molculaire apparent de 160.000 daltons. Si cette protine est soumise une
lectrophorse sur gel en prsence de SDS la rvlation montre 2 bandes
correspondant des poids molculaires apparents de 50000 et 30000.
Expliquer ces rsultats.
1.3 a. Dans le but de collecter les protines du cytosol, un homognat cellulaire de cerveau de
souris est soumis des centrifugations de vitesse croissante :
- 1
ere
centrifugation : 1000g pendant 10 minutes.
- 2
me
centrifugation : 20000g pendant 20 minutes.
- 3
me
centrifugation : 80000g pendant 1 heure.
- 4
me
centrifugation de 150000g pendant 3 heures.
Parmi les diffrents culots et surnageants obtenus, indiquer celui qui ne contient que
les protines du cytosol ?
b.Les protines sont extraites de cette fraction cytosolique et soumises une
chromatographie daffinit qui permet de purifier une protine.
- Une chromatographie de filtration sur gel de la protine purifie indique la prsence dune
protine majoritaire dune masse molculaire denviron 100 000 daltons.
- La protine purifie est ensuite analyse par lectrophorse SDS-PAGE. On dtecte deux
bandes majoritaires de 75 000 et 25 000 daltons.
- La mme analyse est ralise sur un deuxime chantillon de la fraction purifie
pralablement traite par le -mercaptothanol. On dtecte alors deux bandes de 50 000 et
25 000 daltons.
Que peut-on dduire de ces donnes quant la structure de la protine purifie ?
1.4 Expliquer et commenter ces affirmations.
a. Les protines sont trs peu solubles leur point isolectrique (pH
i
).
b. Pour une valeur de pH suprieure son pH
i
une protine est charge ngativement et
pour une valeur de pH infrieure son pH
i
une protine est charge positivement.
1.5 Une solution contenant de lalbumine (pH
i
= 4,6), de la -lactoglobuline (pH
i
= 5,2) et du
chymotrypsinogne (pH
i
= 9,5) est charge sur une colonne de DEAE cellulose pH 5,4. (Le
DEAE est une molcule charge positivement)
La colonne est lue par un gradient de NaCl de concentration croissante.
Proposer un ordre dlution de la colonne pour ces protines.
1. 6 Soit une protine oligomrique dun poids molculaire (PM) de 240 000 Daltons. Sa
structure quaternaire est tudie par la dtermination des poids molculaires lissue de
divers traitements :
a. Traitement par le mercaptothanol 0,1M : donne uniquement des structures
protiques dun PM de 120 000 D.
b. Traitement par lure 4M : donne uniquement des structures protiques dun PM de
80 000 D.
c. Traitement par le mercaptothanol 0,1M et lure 4M : donne uniquement des
structures protiques dun PM de 40 000 D.
Quels sont les effets des diffrents traitements ?
Quelle est la structure quaternaire de cette protine ?
1.7 On se propose de purifier, partir de srum humain, une protine liant avec une forte
affinit une hormone strode, la testostrone : la TEBG ou testosterone estradiol binding
globulin . Comme elle lie galement lestradiol, hormone strode oestrognique, cette
protine est appele aussi SBP ( sex steroid binding protein ).
Ces proprits sont utilises pour suivre les diffrentes tapes de la purification de la
protine. Aprs incubation du srum avec de la testostrone radioactive qui joue le rle de
traceur, on suit le complexe protine srique-testostrone radioactive.
Ces tapes sont rsumes ci-dessous :
a. Prcipitation au sulfate dammonium 50% de saturation.
b. Solubilisation du prcipit suivie de dialyse contre un tampon phosphate 20 mM, pH 6,
NaCl 50 mM.
c. Chromatographie sur rsine changeuse danions; diverses protines, dont le complexe
TEBG-testostrone radioactive, sont lues par diminution progressive du pH jusqu 5.
d. La fraction radioactive est dpose sur une colonne de chromatographie par filtration sur
gel de Sephadex G100 et lue par un tampon phosphate 20 mM, pH 7, NaCl 150 mM.
Nous rapportons le profil dlution sur le schma ci-dessous (D.O = densit optique 280
nm ; R.A. = radioactivit; dps = dsintgration par seconde ou becquerel). La colonne de
Sephadex G100 a t pralablement calibre avec 4 protines de masses molculaires
connues dont les volumes dlution respectifs sont indiqus par les flches.
e. La puret de la fraction radioactive
est vrifie par une lectrophorse en gel
de polyacrylamide aprs coloration par le
bleu de Coomassie (figure A); le gel est
ensuite dcoup afin de pouvoir quantifier
la radioactivit correspondant la bande
colore (figure B).
1.7.1- Donner le principe de chaque
tape de purification.
1.7.2- Daprs les rsultats obtenus au cours des tapes c et d , que pouvez-vous
dduire sur le pHi et la masse molculaire de la protine (utiliser la feuille semi-
logarithmique ci-aprs)?
1.7.3- Interprtez les rsultats
obtenus en e .
1.7.4- Citer une technique de
purification de la TEBG, en
tenant compte de ses proprits
biologiques de liaison.
f. La protine purifie est ensuite
caractrise par filtration sur gel
selon le protocole suivant et aprs
talonnage par des protines de
masse molculaire connue :
1- dpt simple (fig.4A)
2- traitement par lure 8M (fig.4B)
3- traitement par lure 8M et
mercaptothanol (fig.4B)
1.7.5- Que pouvez-vous dduire sur
la structure quaternaire de
cette protine ?
1.8 Influence du pH sur la conformation dun peptide.
Le squelette peptidique est flexible. Il se replie de manire adquate pour associer les rsidus
chargs par des liaisons ioniques (dans cet exemple).
Ce peptide possde des conformations variables en fonction du pH.
A laide des valeurs moyennes
du pKa des rsidus acides
amins polaires ionisables,
attribuer aux pH suivants : pH
2, pH 13, pH 5.5 et pH 11, une
des conformations proposes
pour le peptide tudi :
N-terminal : -NH2
C-terminal : -COOH.
E :ac glutamique
R :arginine
H : histidine
K : lysine
1.9 Electrophorse bidimensionnelle
On veut sparer 5 protines de 390 acides amins ( Wt, A, B, C, D ) :
soit une protine sauvage (Wt) et 4 protines mutantes qui diffrent entre elles par une
permutation d'un acide amin pour les 3 premires et la perte des 50 acides amins C-
terminaux pour la dernire. Les modifications sont les suivantes :
Protine Wt Mutation
Mutant A aa charg ngativement
(rsidu acide)
aa apolaire
(rsidu sans charge)
Mutant B aa charg ngativement
(rsidu acide)
aa charg positivement
(rsidu basique)
Mutant C aa apolaire
(rsidu sans charge)
aa apolaire avec deux rsidus CH3 de plus
Mutant D suppression des 50aa C-terminaux
Expliquer les modifications (ou non) de migration de ces protines sur une
lectrophorse bidimensionnelle.
Quels sont les mutants que vous pouvez positionner sur un schma dlectrophorse
bidimensionnelle, donner leurs positions respectives ?
Si une ou plusieurs protines ne sont pas spares par cette technique, comment
peut-on les sparer?
Ac. amins pKa
Ac. Aspartique 3.9
Ac. Glutamique 4.1
C-terminal 4.2
Histidine 6.0
Lysine IO.5
N-terminal 10.6
Arginine 11.5
2. STRUCTURE DES PROTEINES
2.1 En se rfrant leur structure, donnez un exemple dacide amin correspondant chacune
des proprits suivantes :
a. ne possde pas une structure dacide amin car il est le seul avoir un groupement
amin substitu.
b. possde un rsidu [R] non polaire pouvant interagir avec les cycles aromatiques
dautres acides amins.
c. est petit, ne contient pas datome de soufre, son groupement [R] peut par ailleurs
contracter des liaisons hydrogne.
d. joue un rle important dans le maintien de la structure des protines par la capacit de
sa chane latrale tablir des liaisons covalentes.
e. sont capables de former des liaisons H par lintermdiaire de leur chane latrale.
f. sont capables de former des liaisons ioniques par lintermdiaire de leur chane
latrale.
g. possde des chanes latrales phosphorylables.
h. a un carbone portant 3 groupements autres que des atomes dhydrogne.
i. possde pH neutre (7) des groupements totalement chargs (+).
2.2 Caractristiques des acides amins
Quelle partie de la molcule d'un acide amin permet de le classer dans les acides amins
polaires ou apolaires ?
Dfinir les sries D et L pour les acides amins.
. A quelle srie appartiennent les acides amins constitutifs des protines ?
2.3 La liaison peptidique :
Donner une dfinition et dcrire son mode de formation.
Citer les trois principales caractristiques structurales d'une liaison peptidique.
La mesure de la longueur de la liaison C-N entre deux acides amins est de 0,132 nm,
donc intermdiaire entre une liaison simple C-N (0,149 nm) et une double liaison C=N
(0,127 nm).
Quelles indications ce rsultat donne-t-il sur certaines proprits de la liaison
peptidique et sur les possibilits de rotation autour de cette liaison ?
2.4 Soit les peptides suivants :
- Val - Leu- Met - Tyr - Phe- Gl y- Leu- Tr p- Gl y
- Val - Al a- Gl u- Leu- Asp- I l e- Val - Gl u- Ser
a. La squence de ces 2 peptides est elle compatible avec une structure en hlice ?
b. Quelle est leur position dans une protine globulaire ? Pourquoi ?
c. Pourquoi les protines transmembranaires ont une proportion importante de structure
en hlice ?
2.5 Expliquer brivement pourquoi la prsence dune proline est incompatible avec la structure
secondaire dune protine en hlice alpha.
2.6 Dans une protine globulaire hydrosoluble, quels acides amins dans la liste suivante :
mthionine, histidine, arginine, phnylalanine, valine, glutamine, acide glutamique, pensez
vous trouver :
a. la surface de la protine ?
b. lintrieur de la protine ?
2.7 Dcrire les liaisons labiles impliques dans la formation de l'hlice du type le plus souvent
rencontr dans la structure secondaire des protines.
Quels sont les traitements qui permettent la rupture de ces interactions?
Quel est leffet de ces traitements sur les feuillets ?
Quelles peuvent tre les consquences de ces traitements sur les protines.
2.8 Le droulement d'une hlice s'accompagne d'une
diminution de son pouvoir rotatoire. L'acide
polyglutamique (Glu)
n
est en conformation d'hlice
pH3. Quand le pH augmente, le pouvoir rotatoire
diminue. De la mme faon la polylysine (Lys)
n
est
hlicodale pH 10, mais son pouvoir rotatoire dcrot
pH acide.
Expliquez l'effet du pH sur la conformation de (Lys)
n
et (Glu)
n
.
2.9 - 1. Le traitement par un ractif rducteur (-mercaptothanol) d'une protine modifie son
diagramme lectrophortique. A partir d'une bande unique, on obtient aprs rduction
deux bandes diffrentes.
a. Quel est le phnomne chimique en cause ?
b. Aprs roxydation, on obtient trois bandes dont une seule est identique la protine
initiale. Expliquer.
- 2. Les molcules d'-kratine du cheveu sont associes initialement par 3 au sein d'un
protofibrille par l'intermdiaire de ponts disulfures interchanes.
Lors de la ralisation dun permanente, quelle est la squence applique pour modifier de
faon stable, la configuration du cheveu ; sachant que les lments sont : les bigoudis, la
chaleur, les agents rducteurs, les agents oxydants.
2.10 Dnaturation rversible de la ribonuclase.
La ribonuclase, petite protine de 100 acides amins contient 8 cystines associes par
4 ponts disulfures intra-catnaires.
a. Dcrire les modalits de rduction rversible dun pont disulfure par thiol exogne.
b. La rduction de cette protine ltat natif par le 2 mercaptothanol est impossible.
On applique la protine les traitements suivants ( en labsence de tout traitement la
ribonuclase ne possde aucun thiol libre et son activit enzymatique est ++):
Effet du traitement
Protine utilise Traitement suivi Nombre de
thiols libres
Activit
enzymatique
Cas 1 protine native 8M ure +
2-Mercaptothanol
8 0
Cas 2 protine dnature et
rduite
dialyse contre tampon
sans ure et
sans 2-Mercaptothanol
0 + +
Cas 3 protine dnature et
rduite
dialyse contre 8M ure 0 ~ 1%
Cas 4 protine obtenue par le
traitement en 3
dialyse sans ure +
traces 2-Mercaptothanol
0 + +
Interprter les rsultats observs pour lactivit enzymatique.
2.11 Les mutations pathologiques de la protine 1-antitrypsine par les mthodes de la
protomique.
La protine 1-antitrypsine est importante pour la rgulation par inhibition de lactivit de
plusieurs srine-protases . En particulier lorsque l1-anti-trypsine est dficiente, la
limitation dans le poumon de lactivit de lenzyme lastase nest pas assure et le
dveloppement dun emphysme pulmonaire est acclr. La dtection de lanomalie
molculaire devient alors ncessaire.
2.11.1- Le tableau ci-dessous montre la squence primaire des 394 acides amins de "lanti-
enzyme" 1-antitrypsine de type sauvage (Wt).
On peut isoler chez des patients emphysmateux des protines anti-enzymes anormales
prsentant des mutations faux-sens (substitution dun aminoacide par un autre).
On isole en particulier :
- 1 mutant S : E(Glu)264V(Val)
- 1 mutant Z : E(Glu)342K(Lys)
- 1 mutant DRCW:
V(Val)213A(Ala)
- On dispose galement dun
mutant Sarrebruck o une
partie de la squence est
tronque (suppression des 19
aminoacides C-terminaux).
Quelle(s) technique(s) de
sparation de protines peut
tre applique sur le srum
du patient pour mettre en
vidence la mutation?
Indiquer pour chacune des 4
mutations le principe de la sparation utilise.
2.11.2- Chacune des taches obtenues par cette technique ( spot ) correspondant la
protine 1-antitrypsine type sauvage ou aux diffrents mutants est soumise une
digestion par une enzyme protolytique, la trypsine.
Indiquez le principe de cette manipulation et son objectif.
2.11.3- Le fragment de la squence entre les aminoacides 192 et 217 rsultant de
lhydrolyse trypsique est analys par spectromtrie de masse MALDI-TOF (dsorption
et ionisation assiste par un clair laser et sparation des peptides ioniss par leur temps
de vol ; plus la masse du peptide est lev et moins il vole vite).
Lhydrolyse par la trypsine est
mnage, donc seules les
coupures ractives se produisent.
On obtient le spectre de masse A
pour le peptide trypsique driv du
type sauvage et le spectre de
masse B pour le peptide trypsique
driv du mutant DRCW.
Expliquez la diffrence de masse
enregistre.
Expliquez pour ce peptide le
clivage obtenu par laction de la
trypsine.
Peut-on squencer ce peptide en
spectrometrie de masse ?
Si oui comment.
2.11.4
Le pepti de 192-217 e s t - i l
phosphorylable ? sur quel acide
amin.
En lectrophorse bidimen-sionnelle
o mi grera l e pepti de
phosphor yl par rapport au
peptide non phosphoryl
3. FONCTIONS DES PROTEINES
3.1 Transport d'O
2
Lorsque vous courrez, votre organisme ragit pour bien oxygner vos muscles.
a. Quelles protines sont mises en jeu et dans quel compartiment de lorganisme ?
b. Comment expliquez le transfert dO
2
des poumons vers les muscles ?
c. Selon les diffrentes classifications des protines, comment ces protines seront-elles
dfinies ?
d. Les acides amins de ces protines sont-ils mis directement en jeu pour fixer lO
2
?
Justifier
e. Du CO dgag par un pole mal rgl peut vous asphyxier en privant toutes vos cellules de
lapport dO
2
Pourquoi ?
3.2 Mcanisme de fixation de O
2
a. A saturation, la myoglobine fixe 1 molcule dO
2
alors que lhmoglobine (Hb) fixe 4
molcules dO
2
.
En quoi ces 2 protines ont-elles une structure diffrente ? Dcrivez-les.
b. La constante daffinit de lHb pour la 1
re
molcule d'O
2
est plus faible que la constante
daffinit pour la seconde molcule dO
2,
elle mme plus faible pour la 3
me
etc....
Comment nomme-t-on ce phnomne ?
Comment lexplique-t-on au niveau molculaire ?
c. En altitude il y a adaptation de lorganisme par diminution de laffinit de Hb pour le
dioxygne en quelques jours
Pourquoi ?
3.3 Hmoglobine
a. Pourquoi les chanes et de lhmoglobine sont-elles capables de sassocier alors que les
chanes de myoglobine ne le font pas ?
b. A haute altitude, la concentration en DPG (2,3-diphospho glycrate) augmente de 50%
(aprs 2 jours 4000 m). Pourquoi ?
c. Par quel mcanisme loxyhmoglobine est elle capable de librer plus de dioxygne dans les
tissus mtabolisme rapide ?
3.4 Comparaison de lhmoglobine ftale et maternelle.
a. Soient les courbes ci-contre de saturation en O
2
de
lhmoglobine ftale et maternelle.
Dans les conditions physiologiques, quelle est
lhmoglobine qui a la plus forte affinit pour O
2
?
b. Quelle est la signification physiologique de ces
diffrences daffinit pour lO
2
?
c . Quand on suppri me tout l e 2, 3
diphosphoglycrate (DPG) li, les courbes se
dplacent vers la gauche, supprimant la diffrence
entre les 2 hmoglobines.
Quel est leffet du DPG sur laffinit des Hb
pour lO
2
?
Comment expliquer leffet plus important sur lHbA ?
3.5 La migration d'un anticorps monoclonal (issu du mme clone de plasmocytes) en
lectrophorse sur gel de polyacrylamide conduit une seule bande. Aprs traitement par le
-mercaptothanol, 2 bandes apparaissent
Quelle caractristique structurale de ces anticorps est ainsi mise en vidence?
Ces anticorps sont digrs par la papane et gnrent 2 types de fragments.
Quelles sont les fonctions respectives de ces 2 types de fragments?
Faire un schma de la structure complte d'une immunoglobuline.
3.6 Contraction musculaire
a. Dans une fibre musculaire lors de la
contraction, identifier sur le schma ci-
contre les protines qui participent ce
mcanisme.
prciser la nature de ces interactions
entre ces protines.
classer ces protines en protines
structurales et en protines de
rgulation.
Justifier votre rponse en dcrivant
brivement le rle de ces protines.
3.7 Rgulation de la contraction musculaire.
Aprs un accident de ski, un patient suit une rducation comprenant des sances de
stimulation musculaire lectrique externe : des lectrodes parcourues par des pulsions rgulires
de courant trs faible sont places sur un muscle, ce qui conduit des contractions musculaires
successives.
a. Sur le schma suivant, qui reprsente un . , remplir les cases
blanches :
b. Proposer une hypothse trs simple pour expliquer leffet de cette stimulation
musculaire lectrique externe sur la contraction musculaire.
c. Quelles protines interagissent directement lors du raccourcissement du sarcomre ?
Quel est le rle de lATP dans ce phnomne ?
d. La myasthnie est une maladie neuromusculaire chronique lie un dfaut de
transmission entre le nerf et le muscle. La faiblesse musculaire augmente l'effort et peut
aboutir une paralysie partielle du muscle concern. Le repos amliore la force
musculaire.
- La myasthnie est-elle une maladie auto-immune ? Pourquoi ?
- Quelles sont les consquences de cette pathologie sur la stimulation rptitive dun
nerf moteur ?
- Quels anticorps faut-il rechercher pour en faire le diagnostic ?
4. ENZYMOLOGIE
4.1 Gnralits
4.1.1 Caractristiques des enzymes.
Quelle est la fonction dun enzyme ?
Quelle partie d'un enzyme est responsable de son activit ? de sa spcificit ? de son
action de catalyseur? Expliquer.
Dcrire les effets de la temprature ; de lure ; du -mercaptothanol ; des pH
extrmes sur lactivit dun enzyme.
4.1.2 La lactate dshydrognase du muscle catalyse la raction suivante :
Pyruvate + NADH + H
+
Lactate + NAD
+
L'absorption de la lumire (D.O : densit optique) diffrentes longueurs d'ondes est
mesure pour la mme concentration de NAD, de NADH :
(nm) D.O (NAD
+
) D.O (NADH)
220 0,150 0,160
260 0,840 0,850
300 0,160 0,150
340 0,00 0,860
380 0,00 0,140
Proposer une mthode de suivi de la raction de transformation du pyruvate en
lactate?
4.1.3 Interprtez les diffrents effets immdiats du pH sur lactivit des 3 enzymes suivantes :
papane, pepsine et trypsine :
4 6 8
A
c
t
i
v
i
t

e
n
z
y
m
a
t
i
q
u
e
100 %
PAPANE
2 4 6
100 %
PEPSINE
6 8 10
100 %
TRYPSINE
pH pH pH
4.1.4 Qu'appelle-t-on protolyse mnage ?
Donner un exemple en donnant les substrats et produits de la raction :
a. d'un enzyme pancratique,
b. d'une hormone peptidique
4.2 Enzyme Michalien
4.2.1 Dcrire et prciser la fonction des tapes essentielles d'une raction enzymatique
michalienne.
4.2.2 On veut dterminer la vitesse initiale dune raction enzymatique. On utilise une mesure
potentiomtrique pour suivre le droulement de la raction en mesurant la quantit de
substrat transform en fonction du temps. On a les donnes suivantes:
Temps
(minutes)
Quantit de substrat transform
(nmoles)
0 0
1 29,6
2 59,2
3 88,8
5 111
10 170
Quel est le temps le plus long
o il est possible de
dterminer la vitesse initiale?
Quelle en sera la valeur?
20 226
4.2.3 On tudie la variation de la vitesse d'une raction en fonction
de la concentration x d'enzyme.
Tracer sur le mme graphique :
a. La courbe obtenue en prsence d'une concentration 2x
d'enzyme.
b. La courbe obtenue en prsence d'une mme concentration
x d'un enzyme qui aurait plus d'affinit pour le substrat.
c. La courbe obtenue lorsque la raction est effectue pH 1
chaud (70C).
4.2.4 La constante de Michaelis de lhexokinase pour le glucose est
de 0,15 mM tandis quelle est de 1,5 mM pour le fructose avec
des vitesse maximales pratiquement gales.
a. Calculer pour chacun des deux oses les vitesses de ractions , exprimes en
pourcentage de la vitesse maximale Vm, pour des concentrations initiales (c.a.d au
temps 0) de substrats gales 0,15mM et 1,5mM.
b. Lequel de ces deux oses prsente laffinit la plus grande pour lhexokinase?
c. Dessiner (en choisissant arbitrairement la vitesse maximale) les droites de Lineweaver-
Burke correspondant chacun des deux oses.
4.2.5 L'addition d'un compos X dans une raction enzymatique entrane des modifications
cintiques responsables d'un dplacement de la courbe Vi = f(S ) selon le profil ci-dessous
(la flche indique l'effet obtenu sous l'action de concentrations croissantes du compos X) .
Quelle est parmi les courbes prsentes ci-dessous
(reprsentation de Lineweaver-Burk) celle qui
correspond cette situation?
Justifier votre rponse.
S
4.2.6 Supposons que la concentration en 1 composant X soit d'environ 10
-4
M.
Supposons que soient prsents un enzyme A qui a pour ce compos un K
m
= 10
-3
M et un
enzyme B qui a pour ce mme compos un Km cent fois plus petit (10
-5
M).
a. Dans ces conditions par quel enzyme doit-on s'attendre ce que le compos X soit
modifi essentiellement ?
b. Une multiplication par 10 de la concentration en compos X acclrerait-elle de
faon apprciable son attaque par l'enzyme B ?
c. Justifiez vos rponses par une brve explication.
4.2.7 En prsence de son substrat spcifique, une prparation de succino-deshydrognase a
fourni les rsultats cintiques suivants :
(S)
mole/l
S transform
( mmole/mn)
1 x 10
-3
3,3
2 x 10
-3
5,0
4 x 10
-3
6,6
8 x 10
-3
8,0
a. Dterminer par une reprsentation graphique approprie la Km de lenzyme pour le
substrat
b. On ajoute au milieu, au cours de deux expriences spares, d'une part de l'acide
malonique COOH-CH
2
- COOH, d'autre part un autre compos. On obtient les deux
rsultats suivants.
(S)
mole/l
S transform ( mmole/mn)
a b
1 x 10
-3
1,75 2,0
2 x 10
-3
3,00 3,0
4 x 10
-3
4,50 4,0
8 x 10
-3
6,30 4,5
Quel est celui qui correspond l'addition d'acide malonique ?
Expliquer pourquoi.
4. 2. 8 Soit le diagramme (incomplet) d'une cintique
enzymatique :
a. Complter la figure en indiquant les units et les
principaux paramtres des cintiques I et II. (choisir
une ordre de grandeur possible pour les units)
b. On passe de I la cintique II en ajoutant 4
picomoles (10
-12
mole) de produit X la solution
enzymatique.
De quel type d'inhibition s'agit-il ?
4.3 Enzyme Allostrique
4.3.1 La phosphofructokinase (PFK) catalyse la raction :
Fructose 6P + ATP Fructose 1-6 diP + ADP
L'activit de la PFK varie en fonction de la concentration en fructose 6P et en ATP de la
manire suivante :
Quelle est la rgulation par le fructose-6P
pour une concentration donne d'ATP?
Quel paramtre permet de caractriser la
variation d'activit en fonction de la
concentration en ATP?
Quelles sont les 2 rles de l'ATP pour la PFK,
et pourquoi peuvent-ils coexister?
4.3.2 Un chercheur tudie une enzyme qui possde 4 sous-units et se comporte de faon
michalienne vis--vis de son substrat. Il fait lhypothse quil pourrait sagir dune enzyme
allostrique appartenant au systme V.
a. Quelle sera lallure de la courbe de saturation de cette enzyme :
par un activateur allostrique ?
par un inhibiteur allostrique ?
b. Quelle sera lallure de la courbe de saturation par le substrat :
en prsence dactivateur ?
en prsence d inhibiteur ?
4.3.3 Soient trois enzymes diffrents E1, E2 et E3 , qui sont activables dans certaines
conditions :
a. lactivation de E1 saccompagne dun changement de configuration quaternaire, sans
changement de poids molculaire ;
b. lactivation de E2 saccompagne dune diminution de poids molculaire de lenzyme;
c. lactivation de E3 est contrarie par laddition dune phosphatase .
Indiquer les modles dactivation rendant compte de chacune de ces trois
situations.
Donner un exemple de chacun des modles.
4.4 Problme de rvision
1. On sintresse une enzyme E, ubiquitaire. dont on souhaite prciser les principales
caractristiques biochimiques. On utilise comme source biologique du tissu musculaire obtenu
par biopsie. Dans un premier temps lchantillon est broy et lon obtient un lysat cellulaire.
1.1. Ce lysat est centrifug basse vitesse (1000xg). Le surnageant de cette premire
centrifugation est nouveau centrifug 20000xg.
Que contient le culot de cette seconde centrifugation ?
1.2. On veut savoir si au moins lun des organites ci-dessus contient lenzyme E. Pour cela, on
dispose dune mthode de mesure de lactivit enzymatique dans laquelle la fraction
rsultant de la centrifugation moyenne vitesse est mlange avec un substrat. Les
rsultats des mesures sont reprsents dans les 3 graphiques ci-dessous :
Quelle est linformation apporte par chaque graphique ?
1.3. Compte tenu de lensemble de vos connaissances et des donnes exprimentales, quel est,
votre avis, lorganite qui contient lenzyme E ?
1.4. Comment sappelle la mthode utilise pour la mesure de lactivit enzymatique ?
2. On ralise la mme exprience que celle ralise dans le graphique B ci-dessus en changeant
quelques conditions :
2.1. on diminue de moiti la quantit denzyme E.
2.2. on ralise lincubation aprs avoir chauff le lysat cellulaire 100C pendant 30 minutes.
2.3. on ralise lincubation en prsence dun inhibiteur comptitif.
Reprsenter les rsultats obtenus dans les 3 conditions sur les graphiques suivants :
condition 2.1 condition 2.2 condition 2.3
NB : la courbe obtenue dans le graphique B a t reproduite
pour servir de comparaison.
3. On veut isoler la protine responsable de cette activit
enzymatique. Dans ce but on ralise une analyse
biochimique de la fraction rsultant de la centrifugation
moyenne vitesse. Le rsultat est prsent dans la figure
ci-contre :
3.1. Comment sappelle cette analyse ?
3.2. Sur quel critre sont spares les protines dans le
sens horizontal ?
3.3. Sur quel critre sont spares les protines dans le
sens vertical ?
20
Concentration du substrat
(M)
5 10 15 25 30 35
(M)
5 10 15 20 25 30 35
(M)
20 5 10 15 25 30 35
Quantit de lysat
(ml)
1 2 3 4 5 6 7
1
2
3
4
5
6
7
(M)
5 10 15 20 25 30 35
pH
2 3 4 5 6 7 8
B
C
A
actin
pH3
pH10
a
b c
d
e
f
g
a
b
c
e
d
f
g
3.4. On dcoupe les spots nots de a
g et lon mesure lactivit enzymatique
spcifique de ces spots. Les rsultats sont
prsents sur le graphique suivant :
Daprs ces rsultats, quel est le spot qui
contient lenzyme E ?
Comment expliquer les rsultats
observs pour les spots a et d ?
4. Pour vrifier lhypothse formule ci-dessus
pour le spot d , on ralise une exprience
dans laquelle, la protine contenue dans le
spot d est soumise plusieurs traitements
dans des conditions standard de mesure de
lactivit enzymatique :
Traitement Rsultat
mesure de lactivit pH 8 baisse dactivit
incubation pralable avec une enzyme protolytique forte augmentation dactivit
incubation pralable avec de laspirine aucun effet
Quelles conclusions pouvez-vous en tirer ?
5. ANNALES DU CONCOURS
QCM 2005
1. Parmi les propositions suivantes concernant
les liaisons hydrogne, indiquer celle(s) qui
est (sont) exacte(s):
a. Ce sont des liaisons covalentes de faible nergie
b. Interviennent dans les interactions entre
molcules deau
c. Interviennent dans les interactions entre sous-
units au sein dune protine oligomrique
d. Interviennent dans la stabilisation des hlices a
aussi bien que des feuillets
e. Interviennent dans les interactions entre
antigne et anticorps
2. Parmi les propositions suivantes concernant la
fixation de loxygne sur lhmoglobine,
indiquer celle(s) qui est (sont) exacte(s) :
a. Se fait sur la chane latrale dun rsidu dhistidine
b. Induit le dplacement de latome de fer par rapport
au plan de lhme
c. Se fait avec une plus grande affinit sur ltat
relch (R) que sur ltat tendu (T)
d. Est facilite par la prsence de 2,3 diphospho-
glycrate
e. Est trs fortement diminue par la prsence de
monoxyde de carbone la mme pression partielle
que loxygne
les mcanismes molculaires de la
contraction musculaire, indiquer celle(s) qui
est (sont) exacte(s):
a. La contraction est slectivement dclenche par
une diminution de la concentration intracellulaire
en ions calcium
b. En l'absence de calcium, la troponine et la
tropomyosine empchent la fixation de la myosine
sur lactine
c. Le site de liaison de lactine est localis sur la
queue de la myosine
d. Cest lhydrolyse de lATP au niveau de la tte
de la myosine qui permet la fixation de la myosine
sur lactine
e. Lhydrolyse de lATP entrane un changement
conformationnel au niveau de la tte de la myosine
la squence peptidique
gly-val-cys-gly-ser-lys-lys-arg-pro-cys-thr-gly
a. Les prdictions bioinforma-tiques suggrent une
forte probabilit dhlice
b. Elle est basique
c. Elle peut contenir un pont disulfure
d. Elle absorbe fortement dans lultra-violet parce
qu'elle contient des rsidus dacides amins
aromatiques
e. Elle contient des squences rptitives .
Activit enzymatique
Activit enzymatique mesure en
prsence dun inhibiteur spcifique
a b c d e f g
liaison peptidique indiquer celle(s) qui est
(sont) exacte(s) :
a. Est une liaison ester particulire
b. A son niveau, les lectrons sont distribus sur une
orbitale molculaire p recouvrant les atomes O, C ,
N
c. Prsente des configurations variables en fonction
des chanes latrales des acides amins impliqus
d. Les configurations CIS et TRANS sont
dtermines par langle de torsion autour de la
liaison C-N
e. Ce sont les valeurs des angles et qui
dterminent la conformation spatiale de la chane
polypeptidique
les feuillets indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Ils sont stabiliss par des liaisons hydrogne
b. Ils sont associs des valeurs particulires des
angles et
c Ils participent la constitution des motifs
immunoglobuliniques
d. Leur prsence dans la structure dune protine est
incompatible avec la prsence dhlices
e. Les feuillets parallles sont plus stables que les
feuillets anti-parallles
proline indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Sa chane latrale contient une fonction alcool
b. Sa chane latrale est lie la fois au carbone
et lazote
c. Cest un acide amin apolaire chane
aromatique
d. Cest un rsidu lorigine de coudes dans la
structure des protines
e. Elle est implique dans les squences rptitives
de la myosine
8. Parmi les affirmations suivantes concernant
toute protine enzymatique, indiquer celle(s)
qui est (sont) exacte(s) :
a. Elle agit faible concentration
b. Son action ncessite la prsence dun cofacteur
c. Elle est inchange la fin de la raction quelle
catalyse
d. Elle naffecte pas lquilibre dune raction
rversible
e. Elle naffecte pas la vitesse laquelle cet quilibre
est atteint
9. Parmi les proprits suivantes indiquer celle(s)
qui est (sont) attribuables laspirine (acide
actylsalicylique) :
a. Est un inhibiteur enzymatique irrversible
b. Est un inhibiteur enzymatique rversible
c. A des proprits anti-infectieuses
d. Est un inhibiteur des cyclo-oxygnases (COX)
e. Est un inhibiteur des phosphodiest-rases
10. Parmi les proprits suivantes indiquer celle(s)
qui est (sont) attribuables un anti-
inflammatoire non-strodien (AINS) autre que
laspirine :
e. Est un inhibiteur des phosphodiestrases
11. Parmi les proprits suivantes indiquer
celle(s) qui nest (sont) attribuables aucun
des AINS, aspirine comprise :
e. Est un inhibiteur des phosphodiest-rases
QCM 2006
1. Parmi les propositions suivantes concernant les
molcules deau, indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Elles sont apolaires
b. Elles forment des liaisons hydrogne entre elles
c. Les deux atomes dhydrogne constituent la
rgion lectrongative
d. Elles ne sont pas ionisables, mme en prsence
dun acide fort
e. Elles peuvent interagir avec les protines par
des liaisons hydrogne.
molcule de myoglobine, indiquer celle(s) qui
est (sont) exacte(s) :
a. Elle contient des hlices alpha
b. Elle prsente une structure fibrillaire
c. Elle contient 4 atomes de fer
d. Cest une protine monomrique
e. Le domaine qui contient lhme est constitu de
feuillets bta.
lhme de la myoglobine, indiquer celle(s) qui
a. Il est form de cinq noyaux pyrrole
b. Chaque noyau pyrrole contient un atome dazote
c. Lion ferreux dispose de six liaisons de
coordination
d. Lorsque latome de fer est sous forme ferreuse il
peut fixer un ion Ca
++
e. Lhme est une structure plane.
fixation de loxygne sur la myoglobine,
a. Met directement en jeu deux rsidus dhistidine
b. Induit la rupture des liaisons entre le fer et les
noyaux pyrrole
c. Saccompagne dun mouvement de latome de
fer par rapport au plan de lhme
d. Est comptitive avec le monoxyde de carbone
e. Prsente des taux de saturation peu diffrents
dans les tissus priphriques et dans le poumon.
molcule dhmoglobine, indiquer celle(s) qui
a. Contient 4 atomes de fer
b. Est constitue de 4 sous-units : 2 sous-units
alpah, 1 sous-unit bta et 1 sous-unit gamma
c. Les sous-units alpha et bta sont lies par des
ponts disulfure
d.Ffixe 4 molcules de DPG
e. Fixe le DPG uniquement dans ltat tendu T.
conditions qui facilitent la fixation de loxygne
sur la molcule dhmoglobine, indiquer celle(s)
a. Laugmentation de la pression partielle en O2
b. Laugmentation de la pression partielle en CO2
c. Laugmentation de la pression partielle en CO
d. Laugmentation du pH
e. Laugmentation de la concentration en DPG.
drpanocytose, indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Elle est caractrise par lexistence dune
mutation ponctuelle dans la squence de la chane
bta de lhmoglobine
b. Elle est caractrise par labsence de sous-unit
alpha
c. La fixation de loxygne sur lhmoglobine
anormale HbS est fortement altre
e. La conformation de la dsoxyhmoglobine S est
anormale
d. Les hmaties falciformes contiennent des
polymres de dsoxyhmoglobine S.
8. Parmi les propositions suivantes concernant le
site de liaison de lantigne dans une molcule
dImmunoglobuline G, indiquer celle(s) qui est
(sont) exacte(s) :
a. Il est constitu par lassociation de 3 boucles
hypervariables
b. Il est constitu par lassociation de 6 boucles
hypervariables appartenant aux domaines variables
des chanes lourdes
c. Il est port par le fragment Fc
d. Il y a 2 sites de liaison par molcule dIgG
e. Il est dtruit par laction de la papane.
lactine, indiquer celle(s) qui est (sont) exacte(s) :
a. Les filaments dactine constituent les filaments fins
du sarcomre
b. Lactine G est une protine fibrillaire
c. Au moment de la contraction, la zone de filaments
fins se raccourcit
d. Lactine G possde une activit ATPasique
indispensable la contraction musculaire
e. Possde un site de liaison pour la tropomyosine
fragment S1 (tte de la myosine), indiquer celle(s)
a. Il est obtenu par dissociation de la molcule de
myosine en sous-units laide de SDS
b. Il est obtenu par clivage protolytique de la
myosine par la trypsine et la papane
c. Il est constitu par lassociation des deux chanes
lgres de la myosine alors que les chanes lourdes
forment la queue de la myosine
d. Il possde un site de liaison qui peut fixer de faon
comptitive lactine et lATP
e. Laddition dion Ca
++
induit un changement
conformationnel du fragment S1 isol.
rgulation par les ions Ca
++
de la contraction
musculaire, indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Laugmentation en Ca
++
cytoplasmique qui
dclenche la contraction musculaire est du une
entre massive de Ca
++
dans la cellule

partir du
milieu extracellulaire
b. Les ions Ca
++
se fixe sur la troponine
c. La fixation de Ca
++
sur la troponine provoque la
dissociation du complexe actine-tropomyosine
d.

Les ions Ca
++
activent directement lactivit
ATPasique de la myosine et dclenchent ainsi la
contraction musculaire
e. Aprs le dclenchement de la contraction, la
concentration cytoplasmique en Ca
++
diminue du
fait de lactivit de la calcium-ATPase du reticulum
sarcoplasmique.
rcepteur nicotinique de lacetylcholine,
a. Cest une protine intgrale de la membrane
b. Certaines rgions de sa surface ont un caractre
hydrophobe
c. Cest un canal ionique dont louverture est
rgul e par l es vari ati ons du potenti el
membranaire
d. Il contient 20 hlices transmembranaires qui
constituent le pore
e. La slectivit ionique est en partie lie
lexistence de charges positives portes par des
rsidus dacides amins formant la paroi interne du
pore.
lhlice alpha, indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Les chanes latrales sont lextrieur de
lhlice
b. Elle est stabilise par des liaisons hydrogne
c. Elle est caractrise par des valeurs prcises
des angles phi et psi
d. La proline est lun des acides amins les plus
frquents dans les hlices alpha
e. C'est la structure secondaire de base des
domaines constants des immunoglobulines G.
lysine, indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Sa chane latrale porte une fonction acide
b. Prsente en solution aqueuse une charge
globale positive pH 7
c. Prsente en solution aqueuse une charge
globale nulle pH 1
d. Contient deux fonctions NH3
+
en solution
aqueuse pH 7
e. Lorsquelle est insre dans un peptide, la lysine
a une chane latrale neutre pH7.
glycine, indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a. Possde un carbone asymtrique
b. A une chane latrale constitue dun mthyle
CH3
c. A une charge globale nulle en solution aqueuse
pH7
d. Est lacide amin le plus frquent dans les
coudes bta
e. Sa prsence en quantit importante dans une
squence peptidique permet de prdire une forte
probabilit dhlice alpha.
16. Parmi les propositions suivantes, indiquez
celle(s) qui peut (peuvent) sappliquer un
cofacteur enzymatique :
a. Transporte un substrat de la raction enzymatique
b. Complmente un substrat de la raction
enzymatique
c. Accepte un produit de la raction enzymatique
d. Participe la structure dun enzyme
e. Rgule lactivit dun enzyme
17. Parmi les propositions suivantes, indiquez
celle(s) qui est (sont) vraie(s) :
a. La constante de Michaelis (Km) est gale la
concentration de substrat laquelle la vitesse dune
raction enzymatique est gale la moiti de la
vitesse maximale (Vmax)
b. Km est un index de laffinit dun enzyme pour son
substrat
c. La Vmax dune raction enzymatique est une
constante caractristique dun enzyme donn
d. Dans la reprsentation de Lineweaver et Burk
(graphe en double inverse), lordonne lorigine est
gale la Vmax
e. Dans le cas dun enzyme allostrique, quelles que
soient les conditions exprimentales, lexpression de
la vitesse de la raction en fonction de la
concentration de substrat est reprsente par une
courbe sigmode
QCM 2007
1. Dans une colonne de chromatographie par
change dions dont la phase fixe est compose
de billes charges ngativement, indiquer les
protines qui sortent dans les toutes premires
fractions :
a. Celles qui ont le pI le plus faible
b. Celles qui ont le pI le plus lev
c. Celles dont le pI est gal ou suprieur au pH de la
solution dlution
c. Celles dont la masse molculaire est la plus
leve
d. Celles dont la masse molculaire est la plus faible
2. On purifie une protine que lon analyse en
lectrophorse PAGE. Sans traitement par le b-
mercaptothanol on obtient une seule bande de
120 kDa et aprs traitement par le b-
mercaptothanol on obtient une seule bande de
60 kDa. Sachant que la protine native a une
masse molculaire totale de 240 kDa, indiquer
parmi les propositions suivantes concernant la
composition en sous-units, celle(s) qui est
(sont) exacte(s) :
a.Deux sous-units de 120 kDa associes par des
ponts disulfure
b.Deux sous-units de 60 kDa associes par des
ponts disulfure et une de 120 kDa non associe par
des ponts disulfure
c.Quatre sous-units de 60 kDa
d.Une sous-unit de 120 kDa associe par des ponts
disulfure une sous-unit de 60 kDa et une
deuxime sous-unit de 60 kDa non associe par
des ponts disulfure
e.Trois sous-units, une de 120 kDa et deux de 60
kDa.
liaisons hydrogne, indiquer celle(s) qui est
(sont) exacte(s):
a.Elles sont responsables des proprits cohsives
de leau
b.Dans les protines il nen existe quun seul type,
entre lhydrogne de la fonction carboxyle et
lazote de la fonction amine
c.Elles sont dtruites lors de la dnaturation des
protines
d.Elles sont responsables de la stabilisation des
hlices a mais non des feuillets b
e.Elles interviennent dans les interactions entre
sous-units au sein dune protine oligomrique.
l'histidine, indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s):
a. Cest un acide amin chane latrale
aromatique
b.A une chane latrale charge positivement pH
7,0 (pK=6,0)
c. Sa chane latrale est dirige vers lextrieur de
lhlice
d. Intervient indirectement dans la fixation de la
molcule doxygne sur la myoglobine
e.Contient un cycle dans sa chane latrale
tyrosine, indiquer celle(s) qui est (sont)
exacte(s):
a. Cest un acide amin chane latrale
aromatique
b. Contient un noyau indol dans sa chane latrale
c. Est neutre en solution aqueuse pH7
d. Absorbe la lumire ultra-violette
e. La tyrosine est un rsidu qui intervient dans la
rgulation de lactivit de nombreuses protines
6. Les protine-kinases catalysent les ractions de
phosphorylation c'est--dire la fixation dun
rsidu phosphate. Indiquer sur quel(s) rsidu(s)
dacide amin cette fixation peut se faire :
a Mthionine
b Tyrosine
c Tryptophane
d Thronine
e Srine
7. Indiquer, parmi les propositions suivantes
concernant les feuillets b, celle(s) qui est (sont)
exacte(s)
a Les valeurs des angles W dans un feuillet
diffrent de celles des angles W dans une hlice
b Les feuillets antiparallles sont plus stables

que les feuillets parallles
c Les feuillets sont stabiliss par des liaisons
hydrophobes
d. Le moti f i mmunogl obul i nmi que est
majoritairement constitu de feuillets b
e. Les feuillets antiparallles sont caractriss
par des valeurs spcifiques des angles et
8. Indiquer parmi les propositions suivantes
concernant la myoglobine celle(s) qui est (sont)
exacte(s) :
a Elle contient un pourcentage important dhlices
b Cest un mauvais transporteur parce que son
affinit pour lO2 est trop faible
c Elle possde comme lhmoglobine un site de
liaison pour le 2,3diphospho-glycrate
d La fixation de la molcule dO2 met en jeu un rsidu
de tryptophane
e La fixation de la molcule dO2 ne peut se faire que
sur le fer sous sa forme ferrique (Fe
3+
)
concernant limmunoglobuline G, celle(s) qui est
(sont) exacte(s) :
a. Cest un ttramre
b. Lanalyse en lectrophorse PAGE aprs
rduction par le -mercaptothanol rvle 2 bandes
protiques de 25 et 50 kDa
c. Chaque chane lgre est associe une autre
chane lgre par des ponts disulfure intercatnaires
d. Est dissocie en chanes lgres et en chanes
lourdes par la papane
e. Le fragment Fc reprsente le domaine de
reconnaissance de lantigne
concernant lactine G monomrique, celle(s) qui
a. Cest une protine fibrillaire
b. Cest le constituant majoritaire des filaments pais
au sein dun sarcomre
c. Cest une protine essentiellement constitue de
feuillets
d. Interagit spcifiquement et directement avec la
tte de la myosine
e. Interagit spcifiquement et directement avec la
tropomyosine
concernant la contraction musculaire, celle(s) qui
a. Elle dclenche par laugmentation de la
concentration en ion Ca
++
cytoplasmique dans le
myocyte
b. Le calcium dclenche la contraction en se fixant
sur un site spcifique sur la molcule dactine
c. Le calcium en se fixant sur la tte de la myosine
induit un changement de conformation de la
molcule de myosine
d. Laugmentation de la concentration en ion Ca
++
cytoplasmique dclenche le clivage dune molcule
dATP au niveau de la tropomyosine
e. Le calcium qui dclenche la contraction provient
du rticulum endoplasmique.
12.Indiquer, parmi les propositions suivantes
concernant le rcepteur nicotinique, celle(s) qui
a. Cest un pentamre
b. Cest une protine intgrale de la membrane
c. Une analyse par lectrophorse PAGE aprs
rduction par le mercaptothanol rvle un
ensemble de bandes protiques denviron 10 kDa
correspondant aux hlices intra-membranaires
d. La fixation de lactylcholine induit la fermeture
du pore
e. La fixation de lactylcholine induit une rotation
des hlices M2
les protines enzymatiques, indiquer celle(s)
a. elles agissent forte concentration
b. elles sont dtruites au cours de la raction
quelles catalysent
c. elles naffectent pas lquilibre dune raction
rversible
d. elles augmentent la vitesse dune raction
e. elles catalysent une raction chimique donne
partir dun ou plusieurs substrats dfinis
les protines enzymatiques michaeliennes,
a. un inhibiteur comptitif provoque une diminution
de laffinit apparente dun enzyme pour son
substrat
b. la formation dun complexe ternaire entre un
enzyme, son substrat et un inhibiteur (complexe
ESI) se traduit par une diminution de la vitesse
maximale (Vmax) de la raction
c. un inhibiteur comptitif se fixe uniquement sur la
forme libre (E) dun enzyme
d. la fixation dun substrat dans le site actif dun
enzyme est assure par des liaisons covalentes
e. la constante de Michaelis (Km) est gale la
concentration denzyme laquelle la vitesse dune
raction est gale la moiti de la vitesse
maximale (Vmax)
QROC 2005
On se propose d'tudier deux protines A et B dont l'importance biologique a t souligne dans le cours de biochimie
des protines. On a produit une protine A particulire capable d'interagir avec la protine B. Pour tudier ces deux
protines on utilise une approche classique qui consiste soit digrer chacune des protines d'intrt par une ou
plusieurs enzymes dont les spcificits de clivage sont connues, soit appliquer des traitements physiques ou
chimiques.
1. Etude de la protine A
- La protine A est tout d'abord traite par
du -mercaptothanol (-ME) puis soumise
une lectrophorse monodimensionnelle
en prsence de Sodium Dodecyl Sulfate
(SDS). Le rsultat de l'lectrophorse est
schmatis sur la figure 1A.
- La protine A est galement traite (de
manire indpendante l'exprience
prcdente) par une enzyme E1. Le produit
de la digestion enzymatique est galement
analys par lectrophorse monodimen-
sionnelle en SDS. Cette analyse est
effectue dans deux conditions : soit le
produit de la digestion enzymatique est
analys directement, soit ce produit est
trait par du -ME avant d'tre analys. Les
rsultats de cette exprience sont
schmatiss sur la figure 1B.
ATTENTION : (1) la prsence d'une bande
un poids molculaire donn signifie qu'au moins un polypeptide de cette masse est prsent. (2) la masse totale de la
protine est gale la somme des masses de ses constituants.
Q1.1. A quoi sert le -ME ?
Q 1.2. Quel est l'acide amin susceptible de gnrer une liaison
chimique sensible au -ME ?
Q 1.3. Comment s'appelle la molcule rsultant de la formation de
cette liaison chimique sensible au -ME ?
Q 1.4. Interprtez brivement le rsultat de la figure 1A
Q 1.5. Interprtez brivement le rsultat de la figure 1B.
Q 1.6. En fonction de ces rsultats et de vos connaissances de
cours, donnez le nom de la famille laquelle appartient la protine
A.
2. Etude de la protine B.
La protine B est une protine multimrique. On ne considre ici que
l'une des sous units de grande taille. Ce monomre est trait par
deux enzymes E1 (la mme que celle utilise pour l'tude de la
protine A) et E2. Plusieurs protocoles exprimentaux sont raliss
dans lesquels soit E1, soit E2 soit les 2 enzymes E1 et E2 sont
utiliss (d'abord E2 puis E1). Le produit de la ou des digestion(s)
enzymatique(s) est analys par lectrophorse monodimensionnelle
en SDS. Les rsultats sont schmatiss sur la figure 2 (page
suivante).
Q 2.1. Expliquer brivement le rsultat obtenu sur la piste 1
Q 2.4. Expliquer brivement le rsultat obtenu
sur la piste 4
Q 2.5. En fonction de ces rsultats et de vos
connaissances de cours donnez le nom
de la protine B.
Q 2.6. Quel est le nom de l'enzyme E1 ?
Q 2.7. Quel est le nom de l'enzyme E2 ?
3. Etude fonctionnelle des protines A et B.
La bande de 50 kDa correspondant la
protine A digre par l'enzyme 1 (figure 1B,
piste 2) est excise du gel et les fragments
protiques contenus dans cette bande sont
purifis et analyss. On obtient deux
fragments identiques qu'on nomme "a et b" et
un troisime fragment diffrent qu'on appelle
"c". On ralise alors trois colonnes de chromatographie d'affinit contenant des billes sur lesquelles on fixe soit le
fragment a (colonne n1) soit le fragment b (colonne n2) soit le fragment c (colonne n3). Ces trois colonnes sont
ensuite utilises pour analyser les fragments obtenus par la double digestion enzymatique de la protine B (figure 2,
piste 4). Les rsultats obtenus sont schmatiss sur les graphiques de la figure 3 dans lesquels l'axe des ordonnes
reprsente la quantit de protine lue par un tampon spcifique.
Q 3.1. Que conclure de l'exprience de la figure 3 sur la fonction des fragments a et b de la protine A ?
Les protines contenues dans les pics 1, 2, 1', 2' et 1'' sont ensuite tudies dans un essai enzymatique dans lequel on
mesure la capacit de ces protines raliser la transformation suivante : ATP (marqu au
32
P) ADP +
32
P (libre).
Pour mesurer cette transformation il est possible de quantifier la radioactivit (coups par minute ou "cpm") associe avec
le
32
P libre. La mme quantit de protine est ajoute dans chaque essai. Les rsultats sont reprsents dans le tableau
suivant :
Protine provenant du pic cpm de dpart cpm dans
le
32
P libre
Pas de protine (contrle) 10 000 100
1 10 000 103
2 10 000 7954
1' 10 000 101
2' 10 000 7958
Q 3.2. Que conclure sur la fonction des
protines contenues dans les pics 2, et 2'
de la protine B ?
Q 3.3. Compte tenu de ces rsultats et
de vos connaissances quel est le nom
donn aux fragments a, b, c de la
protine A ?
1'' 10 000 99
Q 3.4. Compte tenu de ces rsultats et de vos connaissances comment s'appelle la molcule isole dans les pics 2
et 2' ?
QROC 2007
Des globules rouges (hmaties) sont isols partir de sang de lapin et la fixation de loxygne lhmoglobine est
mesure pH 7,2 en fonction de la pression partielle en oxygne. On obtient une courbe de saturation et on mesure
une valeur de P50 gale 26 mmHg. Les hmaties sont ensuite homognises et la protine hmoglobine est
isole et purifie par diffrentes chromatographies. On tudie la fixation de loxygne sur la protine purifie et on
observe une modification de la forme de la courbe de saturation sur les hmaties intactes.
1. Dcrire cette modification
2. Quelle en est la cause ?
3. La P50 est elle modifie et si oui dans quel sens ?
4. Les hmaties intactes sont incubes pH 7,6 et on mesure dans cette condition la courbe de saturation pour
loxygne. Pour une pression partielle en oxygne de 26 mmHg, le taux de saturation est-t-il suprieur ou infrieur
50% ?
5. A pH 7,2, on ajoute aux hmaties du monoxyde de carbone de manire obtenir une pression partielle en CO de
2,6 mmHg. Quel est dans ces conditions le taux de saturation en oxygne pour une pression partielle en oxygne
de 26mmHg.

1 Proteines 2007-08

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b Les feuillets antiparallles sont plus stables

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