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Microbioma
Alexander Alvarez Holly
Manuel B. Coquet Davila
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Introduccin
En el siglo XIX se concibi la aparentemente absurda idea
de que las enfermedades no eran causadas por falta de
higiene o contaminantes como se pensaba, si no ms bien
por organismos demasiado pequeos que no podemos ver.
De ah surgi la Teora Microbiana de la Enfermedad
En el siglo XXI, ha surgido una idea an mas absurda, los
humanos y otros macroorganismos no son entidades
individuales, ahora se cree que son ecosistemas completos
dependientes en billones de microbios.
Rpidamente se ha consolidado una nueva generacin de
cientficos que creen en la Teora Microbimica de la Vida
con esta nueva idea ecosistemas
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Qu es el Microbioma?
La comunidad ecolgica de microorganismos comensales,
simbiticos y patognicos que comparten el espacio de
nuestro cuerpo
El cuerpo humano es hogar para un ecosistema complejo
compuesto de billones de bacterias, virus, hongos y otros
microbios que juegan un papel importante en nuestra salud
y procesos fisiolgicos como la digestin, dieta e inclusive se
cree que esta relacionado con nuestro comportamiento
social
Este ecosistema es cambiante y sensible y se ha
comprobado que su diversidad y composicin esta
relacionada con distintas enfermedades por lo que su
importancia es enorme
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Por qu surge?
Antes la inmunologa (mediados de los 90s) deca que
tenamos que evitar la microbiota intestinal ya que es
demasiado compleja, no nos afecta, no podemos cultivar
esas especies, ni siquiera caracterizarlas
Sin embargo los avances tecnolgicos y la disminucin de
sus precios han permitido su estudio por medio de la
secuenciacin del ADN, la bioinformtica y otras tecnologas
que se siguen desarrollando
Su potencial en solucionar nuestros problemas sociales y
econmicos a nivel mundial en el sector de salud y alimentos
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Principales Retos
90% de las especies no son cultivables
No conocemos la mayora de los organismos
Casi todos los organismos son anaerobios (apoptosis)
Tcnicas de extraccin agresivas pueden daar las muestras y si son
muy suaves no son capaces de separar cepas durables de hongos o
esporas de bacterias
Secuenciar ADN ignora los virus que contienen ARN
No tenemos una definicin para el trmino especies ni metodologas
definidas para el anlisis o generacin de datos
No basta con identificar el organismo X que forma parte de los
procesos Y, W y Z o que estn relacionados con alguna enfermedad. Hay
que definir las molculas que controlan estas relaciones para generar
estrategias de intervencin o medicinas que nos permitan simular un
microbioma saludable o controlar el dao y las seales de un
microbioma no saludable.
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Cmo se estudian estos sistemas?
Consiste en muestrear el ecosistema, secuenciando lo ms
posible del ADN y ARN y despus se analiza para determinar
los organismos que lo componen y si es posible sus
funciones ecolgicas
La cantidad de informacin es demasiada por lo que siempre
se empieza con un diseo experimental donde primero se
deciden las preguntas que se quieren contestar y como se
quieren estructurar las respuestas
Toma de muestras
Clasificacin de organismos
Taxonmico nichos y caractersticas
Relaciones Evolutivas rboles filognicos
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Cmo se estudian estos sistemas?
Secuenciacin parte ms importante y menos establecida
Secuenciar ARN de ribosomas consiste en utilizar iniciadores
diseados para amplificar solamente los genes del 16s ARN
ribosomal que es una molcula que ha cambiado muy poco
durante la evolucin. Por este mtodo es muy fcil identificar el
nmero de especies y se tienen bibliotecas de esta molcula
para muchos microorganismos y es muy fcil separar informacin
que no es muy til
Secuenciar segmentos aleatorios de genomas completos
secuenciacin shotgun o metagenmica secuenciaciones cortas
de pedazos aleatorios de genomas que hay que ir armando como
rompecabezas. Te da ms informacin especialmente sobre las
funciones y relaciones pero es mucho ms complicado y
complejo
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Cmo se estudian estos sistemas?
Anlisis de la informacin La informacin obtenida no es
simple ni directa. Como es un rea nueva, la mayor parte del
software y metodologas para anlisis viene de los propios
investigadores
Como distingues una especie si cada parte del organismo
microbial forma parte de los procesos cruciales del
ecosistema global
Operational Taxonomical Units concepto anlogo a
especie pero en trminos de secuenciacin de genes
Mtodos no estn probados ni regulados por lo que hay
problemas de resultados reproducibles
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Importancia
Se han encontrado relaciones entre cambios en el microbioma y
muchas de las enfermedades ms importantes del ser humano HIV,
problemas cardiacos, diabetes, cncer y otras enfermedades complejas
del cerebro como Alzheimer y autismo
Estos cambios en diversidad del microbioma son consecuencia de la
enfermedad, o quiz son cambios que participan en el desarrollo de la
enfermedad?
Trasplantes fecales y bacterioterapia en tratamientos de infeccin de
bacterias
Se cree que avances en higiene, sanitacin, refrigeracin, vacunas, uso
excesivo de antibiticos y los alimentos procesados han modificado el
balance entre los microbios y el husped (humanos)
El microbioma va ms all del intestino, se encuentra en cada superficie
el cuerpo ya sea en la piel o hasta en los pulmones
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El Microbioma Humano puede
estar viendo por si mismo
Nuestros microbios y nosotros nos beneficiamos mutuamente,
pero hay una idea proveniente de la ciencia ficcin pero que
cada vez cobra ms fuerza y sustento
Los germenes nos controlan !!
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Que funcin tienen?
Degradar nuestra comida por medio
de enzimas
Combatir infecciones y ayudar a nuestro
sistema inmune
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Qu tan posible es esta teora de
control?
Hay microorganismos que controlan a sus huspedes. Nuestro
microbioma tiene el potencial bioqumico de hacer lo mismo.
Existen molculas similares a las que utilizan nuestras neuronas
para comunicarse
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Ratones que han sido criados libres de bacterias, se
comportan diferente. Son mas ansiosos y su memoria es
distinta a ratones normales
Agregando algunos tipos de
bacterias, el nivel de estrs de los
ratones disminuye
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Influencia en la alimentacin
En ratones sin bacterias, los receptores de sabores dulces en
el intestino estn mas desarrollados
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Comportamiento Social
Ratones sin microbios, tienden a
alejarse de otros ratones. Los
ratones con microbios son mas
sociales
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Casos Reales
Muchos parsitos incluso pueden tener control total sobre el
husped. La conducta del husped es solo un fenotipo
extendido del parasito
Hongo Ophiocordyceps
Larva Diplostomumspathaceum
Larva Leuchochloridiumparadoxum
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Los hongos y las hormigas
zombies
El hongo infecta a la hormiga y comienza a tener control sobre
ella
El comportamiento de la hormiga comienza a ser diferente.
Comienzan a caminar solas como si estuvieran borrachas
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Despus las hormigas, alrededor de la una o dos de la tarde
comenzaban a morder hojas y quedarse fijas (hojas a no mas
de 3m de altura). Se cree que puede ser por la humedad y la
cantidad de sol durante esos momentos
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Las hormigas mueren y despus de 2-3 das comienza a crecer
el hongo y formar el micelio que brota de las membranas de
la hormiga
Aun muertas, las hormigas siguen aferradas a la hoja, esto se debe a
que el hongo provoca que las mandbulas de la hormiga queden
trabadas
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El hongo libera las esporas desde lo alto, y estas caen sobre las dems
hormigas que pasan por debajo, iniciando el ciclo nuevamente
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Bacterifagos en las membranas
mucosas
Predadores de bacterias son ms que las bacterias
Acarreadores de genes de toxinas, antibioticos y procesos
fisiolgicos
Vitales en la composicin del microbioma y en la
patogeneidad del sistema de organismos
Membranas son blancos comunes para patgenos, por esto
vemos muchas infecciones de garanta, intestino y pulmones
Se encontraron concentraciones altas de bacterifagos en el
moco secretado por membranas de tejido suave ya sean en la
piel de peces, anemonas de mar o bocas de humanos
Sistema conjunto en el que las bacterias son la presa
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Bacterifagos en las membranas
mucosas
Bacterifagos trabajan con el husped
para controlar el nivel de organismos
patognicos en las membranas
mucosas
Protena hipervariable Hoc
(inmunoglobina) distinguir y
neutralizar patgenos invasivos.
Hoc se adhiere las molculas de
azucar encontradas en estas
membranas
Bacterias se acumulan en el moco y
los bacterifagos controlan las
concentraciones de patgenos.
Back up de un Sistema
inmunolgico que opera de manera
similar
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Referencias
Ecologa y epidemiologa de las infecciones parasitarias.
Cristina Wisnivesky pg 51-54
Behavioral mechanisms and morphological symptoms of zombie
ants dying fromfungal infection; David P Hughes, Sandra B
Andersen, Nigel L Hywel-Jones, Winanda Himaman, Johan Billen
and Jacobus J Boomsma. 9 May 2011
Our microbiome may be looking out for itself; Carl Zimmer; The
New York Times. 14 August 2014
Microbiomics: A virus shield; The Economist. 25 May 2013
Microbiomics: The Next Big Thing; Lisa J. Bain. University of
Pennsylvania.16 July 2014
Life Science Technologies: Microbiomics: The GermTheory of
Everything; Alan Dove. Science Magazine. 10 May 2013