MINISTERE DE LEDUCATION

ECOLE NATIONALE SUPERIEURE DAGRICULTURE (ENSA)

DEPARTEMENT DES PRODUCTIONS VEGETALES
--------------------------------



Mmoire de fin dtudes sur le sujet :

Contribution ltude de l'introgression du caractre "inhibition de
la synthse du gossypol uniquement dans la graine" chez le cotonnier
cultiv, par la caractrisation de la descendance BC2S1 et BC2S3 de lhybride
trispcifique (HRS) Gossypium hirsutum x G. raimondii x G. sturtianum
Prsent et soutenu publiquement par :
M
lle
Fatimata Bintou Hassedine DIOUF
Pour lobtention du diplme dIngnieur Agronome
Spcialisation : Productions Vgtales
Devant le jury :
Pr Papa Ibra SAMB,
Dr Abdoulaye DRAME,
Dr Saliou NDIAYE,
Dr Khadidiatou NDOYE NDIR,
Dr Ahmet Tidiane DIALLO
M
me
Maritou Diawara NDIAYE
M. Moustapha GUEYE
Directeur de LENSA,
Directeur Des Etudes de LENSA,
Chef Dpartement P.V., ENSA,
Enseignante LENSA
Directeur de lENCR Bambey
Ingnieur Agronome, SODEFITEX
Chercheur ISRA Kolda.
Prsident
Examinateur
Examinateur
Rapporteur (matre de stage)
Examinateur
Examinatrice
Examinateur

FEVRIER 2006
.

DEDICACES
A ma mre,
Femme vertueuse, femme courageuse,
A toi ma mre, je te ddie ce travail
Qui nest rien dautre que le fruit mr
De tout ce que Toi, tu fis pour moi

Toi qui me portas sur le dos,
Toi qui m'allaitas, toi qui gouvernas mes premiers pas,
Toi qui, la premire, m'ouvris les yeux aux prodiges de la terre,

Toi qui essuyais mes larmes,
Toi qui me rjouissais le cur,
Toi qui, patiemment, supportais mes caprices,
Toi qui, de par ton exemple illuminait notre route,
Je te donne aujourdhui ce qui juste titre te revient de droit,

Femme digne, femme dducation,
Merci de mavoir donn une grande sur extraordinaire,
dont je suis trs fire, je nai jamais eu besoin de regarder ailleurs,
Car, jamais chemin trac, na tait aussi claire que son exemple,
Merci de mavoir donn des petits frres courageux,
Je les exhorte continuer ils sont sur la bonne voie,

Femme vertueuse, femme ouverte,
Merci de mavoir apprit le sens du discernement,
Pour mentourer de personnes ;
Spciales, Coumba, Assatou, Diatta,Togo
Extraordinaires, Nabou, Halima, Fatou
Formidables, ma petite jumelle Nolla,
Si loin si prs de moi, Carole,
Merveilleuses, qui mont inond leur ineffable Amour,

A toi ma mre, merci pour tout ce que tu fis moi,
Merci pour ce que tu continues de faire pour moi,
ma pense toujours se tourne vers toi...
La tienne chaque pas m'accompagne,

Ta petite chrie qui taime et qui ne cessera de taimer.


.
I
Remerciements
Je remercie dabord Allah (SWT) de nous avoir prt la vie, de nous avoir accord la sant et les capacits de
pouvoir mener bien ce travail. A son Prophte Mohamed (PSL), que la paix et la bndiction du Seigneur soit
sur lui et sur toute sa famille.
Jexprime mes vifs remerciements A :
Mr. Papa Ibra SAMB, Directeur de lENSA pour son abngation et son sens du travail bien fait;
Mr. Abdoulaye DRAME, Directeur des tudes pour son soutien sans faille et pour toute lattention accord pas
pas notre formation, pour sa gentillesse et sa disponibilit ;
Mr. Saliou NDIAYE, Chef de dpartement Productions Vgtales, pour la confiance, accorde ma personne, sa
courtoisie, sa disponibilit son efficacit et son pragmatisme dans la conduite de cette tude, un grand merci pour
toutes les astuces dont il nous a gratifies
Ma profonde gratitude Mme. Khadidiatou Ndoye Ndir mon matre de stage, qui na mnag aucun effort pour
la russite de ce travail elle a toujours t prsente pour nous maintenir sur le chemin, et nous gratifier de ses
prcieux conseils, pour cela, et sa confiance je lui suis trs reconnaissante ;
Mes remerciements et mon profond respect Mr Ahmet Tidiane DIALLO davoir accept de siger dans ce jury
Merci Mme Maritou D. Ndiaye pour lintrt quelle a port ce travail en acceptant de siger dans ce jury ;
A Mr Moustapha Gueye, merci pour toute lattention porte ce document, et sa disponibilit lendroit de ses
cadets ;
A Mr. Guy MERGEAI de la FUSAGx; promoteur du projet Pic_coton, merci pour ses indications et travers
lui, Mme Benbouza de la FUSAGx, que jai connu travers Internet et qui prenait de son temps pour me
chercher et menvoyer les informations dont javais besoin ;
Jexprime galement ma gratitude Mr DIEDHIOU pour sa prsence perptuelle, son encadrement et ses
conseils ; Mr Thiam DIOP, Mr Omar et Macoumba DIOUF du CERAAS pour leur soutien et leur amiti;
Je men voudrais de ne pas remercier Djibril SARR pour mavoir mis sur la route du coton, davoir mis ma
disposition tous les moyens dont il dispose, en plus de son expertise, ses encouragements, son indfectible
sollicitude, du fond du cur, merci pour tout.
Mes remerciements mes surs et amis Roughy, Eva et Adja Sy pour leur perptuel prsence, Marme Niang
et Belko pour les ficelles et le soutien ; mes petites surs Rama, Diodio, Awa (s), Ach,
Toute ma reconnaissance aux personnes qui ont apport leur contribution ce travail : pour leurs courtoisie et
leur soutien, Tandian, Mr HANE, Alassane, Hyacinthe SENE, Franois ; Mountagua ;
Je remercie profondment mes tatas de lENSA : Ta Absa, Ta Fatou SY, TA Elisabeth SAGNA, Ta maritou ;
A lensemble des tudiants de ma classe que le Tout Puissant ouvre toutes les portes
A mon collge et compagnon de guerre Nginda Akani Christian merci dtre toi;
Mention spciale tous mes promotionnaires, mon frre Smou ton soutien pour tout a t capital merci toi
Yoro Idrissa THIOYE, Badou si loin et si prsent, Assatou SARR, Ndjew,
A tous les tudiants particulirement mon poulo Ka, merci Saturnin et l ;
A mes maris, Bamba Tour pour sa disponibilit et son soutien, Tapha Ndiaye, et Mr Ngingue ;
A toi mon cher Diarra, je ne pourrais jamais te remercier assez, jespre que le Tout Puissant fera le meilleur ;
A toute ma famille, je porte une pense toute spciale pour la perptuelle sollicitude, je dis un grand merci, tout
particulirement, papa, Ta nafi, tonton racine, mes mamans Ta Fat Sne Ta Amy, Ta Mame Binta, Ta
Adji, tonton Diop, tonton Mame B, tonton Assane, toute la famille B, Diouf, Kane et Ly vos penses ne
mont jamais quitt et tout ce que vous avez fait et que vous continuez de faire restera jamais grav au fond de
mon cur.
.
II
RESUME
Cette tude a t mene en vue de procder lvaluation phnotypique de la descendance de
lhybride tri spcifique HRS Gossypium. hirsutum x G. raimondii x G. sturtianum par rapport
au cotonnier cultive G. hirsutum.
Pour ce faire, des mesures de paramtres agromorphologiques et des analyses molculaires
ont t ralises sur la descendance BC2S1, BC2S3/09(6)2 et S
1
BC
1
BC
2
S
2
(8)3(14) de
lhybride trispcifique HRS prsentant le caractre inhibition de la synthse du gossypol
uniquement dans la graine obtenu partir de lespce sauvage australienne G. sturtianum.
Un suivi dcadaire a permis de caractriser qualitativement et quantitativement le matriel
vgtal tudi. Un taux de mortalit trs lev a t observ du fait principalement des
facteurs de ltalit intrinsques aux hybrides, malgr lirradiation 15 KRad, dont le but tait
de la prvenir. La forte pluviomtrie enregistre lors de lexprimentation pourrait aussi avoir
contribu la mortalit de lespce G. sturtianum.
Lvaluation des phases phnologiques a permis de montrer que les hybrides accomplissent
une partie des phnophases, de la leve la prfloraison, dans les mmes dlais que le parent
cultiv. Les hybrides ont prsent un niveau de fertilit faible, ce qui a ncessit un traitement
hormonal et par consquent un retard dans la production de capsules.
En ce qui concerne la morphologie, les hybrides ont prsent un phnotype quasi identique
G. hirsutum StamF lexception du nombre de branches. Lvaluation des paramtres de
croissance a mis en exergue la similitude entre les hybrides et le parent cultiv surtout pour la
hauteur et le diamtre au collet. Cependant pour lvolution du nombre de branches
monopodiales et sympodiales, il y a eu une diffrence significative entre le parent cultiv et
les hybrides. Parmi les hybrides, la BC2S3/09(6)2 sest rvle plus proche du cotonnier
cultiv que la BC2S1 car ayant moins de branches vgtatives. Pour les autres paramtres de
croissance les hybrides, quelque soit la gnration ou le taux de gossypol, ont montr les
mmes tendances.
Par ailleurs lanalyse molculaire effectue sur les feuilles par amplification des marqueurs
microsatellites montre que les amorces BNL3590, BNL226, BNL3989, ont amplifi les
chromosomes 2 et 3, tandis que la BNL3436 a amplifi le chromosome 25 avec beaucoup de
pertes dallles de G. hirsutum. Cependant la population tant trs rduite, les informations
obtenues ne nous permettent pas dvaluer au niveau molculaire le degr dintrogression du
caractre.

Mots cls : hybrides trispcifiques, cotonnier, gossypol, phnologie, introgression, marqueurs
molculaires.





.
III
ABSTRACT
This study was carried out to test the morphologic similarity of the tri specific hybrids
obtained from the crossing of Gossypium. hirsutum x G. raimondii x G. sturtianum (HRS) to
the cultivated cotton plant, G. hirsutum.
Agromorphologic parameters and moleculars analysis of the trispecific HRS hybrid descents,
BC2S1, BC2S3/09(6)2 and S1BC1BC2S2 (8)3(14) presenting the character low gossypol
seed and high gossypol plant have been assessed and compared to those of G. hirsutum. A
decadal follow-up made it possible to characterize the studied vegetable material.
A high death rate was observed after seedling emergence in relation with intrinsic lethal
factors of the hybrids, despite seed irradiation at 15 KRad, a treatment aimed to prevent from
lethality. The heavy rainfall registered just after seedling emergence increased the death rate
of plantlets from the G. sturtianum species.
The results obtained showed that the hybrids plants took the same time length to complete the
successive phenological stages until flower induction. Beyond that stage, a delay was
observed in capsule formation probably because of the production of a low amount of pollen.
The analysis of hybrid morphology revealed a similarity with G. hirsutum StamF for all
growth parameters except for the number of branches. However the number of monopodial
and sympodial branches was significantly higher for the hybrids than for the cultivated cotton
species G. hirsutum.
In addition the molecular analysis carried out on the sheets by amplification of the markers
microsatellites shows that primers BNL3590, BNL226, BNL3989, amplified chromosomes 2
and 3, while the BNL3436 amplified chromosome 25 with many losses of alleles of G
hirsutum.
However because of the small population information obtained with molecular markers does
not enable us to evaluate the level of introgression of the character.

Key words: trispecific hybrids, cotton, gossypol, introgression, molecular markers,
phenology.





.
IV
LISTE DES FIGURES
Figure 1 : Schma de cration dun hybride trispcifique par exploitation des espces
diplodes par la mthode paraphyltique dintrogression. ....................................................... 16
Figure 2: Schma de cration dun hybride trispcifique par exploitation des espces diplodes
par la mthode pseudophyltique dintrogression.................................................................... 17
Figure 3 : Schma de cration dun hybride bispcifique par la mthode aphyltique
dintrogression.......................................................................................................................... 17
Figure 4: Schma de cration dun hybride trispcifique partir de deux hybrides
bispcifiques............................................................................................................................. 18
Figure 5 : Schma de cration de lhybride HRS par la mthode pseudophyltique (Benbouza,
2004)......................................................................................................................................... 21
Figure 6: schma gnalogique de la descendance de lhybride trispcifique HRS................ 22
Figure 7 : Rpartition dcadaire de la pluviomtrie au cours du cycle cultural....................... 27
Figure 8: Evolution de la croissance en hauteur de G. hirsutum et des hybrides..................... 38
Figure 9: Evolution de la croissance en hauteur des hybrides ................................................. 38
Figure 10: Evolution des diamtres de G. hirsutum et des hybrides........................................ 39
Figure 11 : Evolution des diamtres des hybrides.................................................................... 39
Figure 12: Evolution du nombre de branches monopodiales chez G. hirsutum et les hybrides
.................................................................................................................................................. 40
Figure 13: Evolution du nombre de branches monopodiales chez les hybrides ...................... 40
Figure 14 : Evolution du nombre de branches sympodiales G. hirsutum et les hybrides ........ 41
Figure 15 : Evolution du nombre de branches sympodiales chez les hybrides........................ 41
Figure 16: Evolution du nombre de boutons floraux chez G. hirsutum et les hybrides........... 42
Figure 17: Evolution du nombre de boutons floraux chez les hybrides................................... 42
Figure 18: Evolution du nombre de capsules chez G. hirsutum et les hybrides ...................... 43
Figure 19: Evolution du nombre de capsules chez les hybrides .............................................. 43
Figure 20 : Amplification des SSR BNL3436 (c25) sur les parents et la descendance de
lhybride HRS. ......................................................................................................................... 46







.
V
LISTE DES TABLEAUX
Tableau 1 : Principaux caractres susceptibles damliorer le cotonnier cultiv partir des
espces du genre Gossypium.................................................................................................... 14
Tableau 2 : Les chromosomes lis lexpression du caractre glandless-seed et glanded
plant ....................................................................................................................................... 27
Tableau 3 : Equation de calcul du pourcentage en gossypol.................................................... 29
Tableau 4 : Liste des amorces utilises et leur localisation chromosomique........................... 31
Tableau 5: Taux de germination, de leve et de survie des graines slectionnes................... 35
Tableau 6 : Les diffrentes phnophases observes de la leve au 138
me
jas. ........................ 36
Tableau 7: Description morphologique des plantes slectionnes........................................... 37
Tableau 8 : Rsultats de lanalyse de la variance sur le nombre de branches monopodiales .. 39
Tableau 9: Rsultats de lanalyse de la variance sur le nombre de branches sympodiales...... 41
Tableau 10 : Rsultats de lanalyse de la variance sur le nombre de boutons floraux............. 42
Tableau 11 : Rsultats de lanalyse de la variance sur le nombre de capsules ........................ 43
Tableau 12: Rsultats des amplifications des marqueurs SSR sur la descendance des plantes
S
1
BC
1
BC
2
S
2
(8)3(14), BC2S1, BC2S3/09(6)2 ........................................................................ 44








LISTE DES PHOTOS
Photo 1: BC2S3/09(6)2 G22 .................................................................................................... 37
Photo 2 : BC2S1 G49............................................................................................................... 37








.
VI
LISTE DES ACRONYMES
ADN : acide dsoxyribonuclique
AFLPs : Amplified fragment-length polymorphism
CIRAD: Centre de Coopration Internationale de Recherche Agronomique pour le
Dveloppement
CNUCED:Confrence des Nations unies sur le commerce et le dveloppement
FAO : Food and Agriculture Organisation : Organisation Des Nations Unies Pour
LAlimentation Et Lagriculture
JAS : Jour Aprs Semis
PCR : Polymerase Chain Reaction
QTL: Quantitative trait loci
RAPDs : Random Amplification of Polymorphic DNA
RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism
SNK : Student Newman-Keuls
SSRs : Simple Sequence Repeats
Taq : Thermus aquaticus










.
VII
GLOSSAIRE
Allle : Une des formes alternatives d'un gne. Dans une cellule diplode, il y a deux allles
pour chaque gne (un allle transmis par chaque parent, bien qu'ils peuvent tre identiques).
Allosyndse : appariement entre chromosomes homologues.
Amplification d'un gne : Production slective de plusieurs copies d'un seul gne, sans
augmenter proportionnellement le nombre des autres.
Co-dominance : Lorsque les deux allles sont exprims l'tat htrozygote de faon ce
que le phnotype reflte une contribution des deux allles.
Homologues : Se dit des chromosomes issus d'un progniteur commun, mais qui grce
l'volution ne sont plus compltement homologues. Les chromosomes homologues ont un
contenu gnique similaire, mais sont structurellement modifis afin d'empcher et quelques
fois de prvenir compltement leur appariement la miose.
Hybride : Descendance de deux parents gntiquement diffrents.
Introgression : Introduction de nouveaux allles ou gne(s) dans une population partir
d'une source exotique, gnralement une espce diffrente. Ceci est ralis par rtro
croisement rpt de l'hybride initial afin d'liminer tous les changements gntiques,
l'exception du (des) nouveau(x) gne(s) dsir(s).
Pliotropie : Effet simultan d'un gne donn sur plus d'un caractre qui, apparemment, ne lui
est pas li.
Slection assiste par marqueurs Utilisation de marqueurs d'ADN pour augmenter la vitesse
et l'efficacit de l'introgression d'un nouveau(x) allle(s) ou gne(s) dans une population
gntique. Les marqueurs seront troitement lis au(x) gne(s) en question.










.
VIII
TABLE DES MATIERES
DEDICACES ................................................................................................................................ I
Remerciements ...............................................................................................................................II
RESUME.................................................................................................................................. III
ABSTRACT............................................................................................................................. IV
LISTE DES FIGURES.............................................................................................................. V
LISTE DES TABLEAUX........................................................................................................ VI
LISTE DES PHOTOS.............................................................................................................. VI
LISTE DES ACRONYMES ...................................................................................................VII
GLOSSAIRE......................................................................................................................... VIII
INTRODUCTION...................................................................................................................... 1
CHAPITRE 1 : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE ....................................................................... 3
1.1 PRESENTATION DU GENRE GOSSYPIUM............................................................... 3
1.1.1 Systmatique et nomenclature................................................................................... 3
1.1.2 Phylognie du genre Gossypium............................................................................... 3
1.1.3 Domestication et espces cultives du genre Gossypium.......................................... 4
1.1.4 Phytogographie des espces du genre Gossypium................................................... 4
1.1.5 Caractres botaniques................................................................................................ 5
1.1.5.1 Morphologie des cotonniers cultivs.................................................................. 5
1.1.5.2 Phnologie.......................................................................................................... 6
1.1.5.3 Ltat vgtatif ................................................................................................... 6
1.1.5.4 Ltat reproducteur............................................................................................. 7
1.2 LE COTONNIER ET SES SOUS-PRODUITS............................................................... 7
1.2.1 Les sous-produits de la graine de cotonnier .............................................................. 7
1.2.2 Intrt et utilisation en alimentation humaine et animale des sous-produits de la
graine de cotonnier ............................................................................................................. 8
1.2.3 Les glandes gossypol chez le cotonnier.................................................................. 9
1.2.3.1 Le gossypol chez lhomme............................................................................... 10
1.2.3.2 Le gossypol chez les animaux.......................................................................... 10
1.3 AMELIORATION GENETIQUE DU COTONNIER CULTIVE................................. 11
1.3.1 Amlioration par hybridation interspcifique ......................................................... 11
1.3.1.1 Barrires disolement entre espces ................................................................. 11
1.3.1.2 Contournement des obstacles lobtention dhybrides interspcifiques ......... 11
1.3.2 Les diffrents pools gniques.................................................................................. 12
1.3.2.1 Le pool gnique primaire ................................................................................. 12
1.3.2.2 Le pool gnique secondaire.............................................................................. 12
1.3.2.3 Le pool gnique tertiaire .................................................................................. 12
1.3.3 Intrt de lhybridation interspcifique chez le cotonnier....................................... 13
1.3.4 Les relations cytogntiques entre gnomes du genre Gossypium ......................... 15
1.3.5 Les mthodes damlioration par hybridation interspcifique................................ 15
1.3.5.1 Cration et exploitation dun hybride trispcifique.......................................... 15
1.3.5.2 La mthode paraphyltique dintrogression..................................................... 16
1.3.5.3 La mthode pseudophyltique dintrogression ................................................ 16
1.3.5.4 Cration et exploitation dun hybride bispcifique : La mthode aphyltique
dintrogression.............................................................................................................. 17
1.3.5.5 Cration et exploitation dun hybride ttraspcifique...................................... 18
1.3.6 Cration et exploitation de lhybride prsentant le caractre inhibition de la
synthse de gossypol dans les graines.............................................................................. 18
1.3.6.1 Bilan de la recherche sur le cotonnier prsentant le caractre glanded-plant
and glandless-seed ..................................................................................................... 18
.
IX
1.3. 6. 2 Caractres dintrt agronomique prsents chez lespce G. sturtianum....... 20
1.3.6.3 Schma suivi pour la cration et lexploitation de lhybride HRS................... 21
1.3.7 Slection assiste par marqueurs............................................................................. 22
1.3. 7. 1 Dfinition ....................................................................................................... 22
1.3.7.2 Les diffrents types de marqueurs en amlioration gntique ......................... 23
1.3.7.3 Les marqueurs morphologiques ....................................................................... 23
1.3.7.4 Les marqueurs biochimiques............................................................................ 24
1.3.7.5 Les marqueurs molculaires de lADN............................................................ 24
1.3.7.6 Utilisation des marqueurs molculaires en amlioration gntique................. 25
1.3.7.7 Utilisation des microsatellites .......................................................................... 25
1.3.7.8 Les marqueurs et la mise en vidence de QTL (Quantitative Trait Loci) ........ 26
CHAPITRE 2 : MATERIEL ET METHODES ......................................................................... 3
2.1 RAPPEL DES OBJECTIFS........................................................................................... 26
2.2 CARACTRISTIQUES DU SITE DEXPRIMENTATION...................................... 26
2.3 CONDITIONS EXPRIMENTALES........................................................................... 26
2.3.1 La pluviomtrie ....................................................................................................... 26
2.3.2 Le substrat de culture .............................................................................................. 27
2.3.2.1 Prparation du compost .................................................................................... 27
2.3.2.2 Strilisation du compost ................................................................................... 27
2.3.2.3 Fertilisation et test du substrat.......................................................................... 27
2.3.3.4 Le rempotage.................................................................................................... 28
2.4 MATRIEL VGTAL ET SCHMA DE CROISEMENTS...................................... 28
2.4.1 Le matriel vgtal .................................................................................................. 28
2.4.2 Quantification de la teneur en gossypol .................................................................. 28
2.5 CONDUITE DE LTUDE ........................................................................................... 29
2.6 OBSERVATIONS ET MESURES................................................................................ 30
2.7 ANALYSE DE LA DESCENDANCE DES HYBRIDES HRS PAR LES
MARQUEURS MICROSATELLITES ............................................................................... 30
2.7.1 Extraction de lADN............................................................................................... 30
2.7.2 Quantification de lADN......................................................................................... 31
2.7.3 Choix des marqueurs microsatellites SSRs............................................................. 31
2.7.4 Amplification des microsatellites SSRs par PCR ................................................... 31
2.7.5 Gels de squences.................................................................................................... 32
2.8 TRAITEMENT DES DONNES.................................................................................. 32
Chapitre 3 : RESULTATS ET DISCUSSIONS....................................................................... 26
3.1 CARACTRISATION DU MATRIEL VGTAL................................................... 35
3.1.1 La phnologie.......................................................................................................... 35
3.1.2 La morphologie ....................................................................................................... 36
3.1.3 La croissance des plantes ........................................................................................ 38
3.1.3.1 Evolution des hauteurs ..................................................................................... 38
3.1.3.2 Evolution des diamtres ................................................................................... 38
3.1.3.3 Evolution du nombre de branches monopodiales ............................................ 39
3.1.3.4 Evolution du nombre de branches sympodiales............................................... 40
3.1.3.5 Evolution du nombre de boutons floraux......................................................... 42
3.1.4 Evolution du nombre de capsules............................................................................ 43
3.2 CARACTRISATION MOLCULAIRE DES HYBRIDES ....................................... 44
3.3 DISCUSSION............................................................................................................ 46
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS........................................................................ 50
BIBLIOGRAPHIE................................................................................................................. 53
.
X
INTRODUCTION
Le cotonnier, principalement cultiv pour sa fibre, le coton (ou lint), est la premire plante
textile. Il appartient au genre Gossypium qui comprend 49 espces dont quatre sont cultives.
Parmi celles-ci, G. hirsutum est lespce la plus importante conomiquement. Elle fournit
elle seule prs de 95% de la production mondiale.
Aujourdhui 85 pays dans le monde cultivent le cotonnier, avec une production de 20 millions
de tonnes par an pour 2,2% de la superficie arable mondiale soit 30 millions d'hectares en
2003 (FAO, 2004).
En Afrique de lOuest et principalement dans la zone soudano-sahlienne, le cotonnier
constitue une des plus importantes cultures de rente. La production et de la transformation
cotonnire occupent environ 10 millions de personnes travers le monde (FAO, 2004). Au
Sngal, le cotonnier joue un rle conomique trs important avec une production de 35 50
milles tonnes par an, ce qui lui confre une grande importance dans la mise en uvre de
programmes de lutte contre la pauvret. En outre, le cotonnier fournit de prcieux apports tant
dans l'alimentation humaine, qu'animale, par le biais de ses graines.
La graine de cotonnier contient approximativement 38% de lipides et 39% de protines (Vroh
Bi et al., 1998), ce qui lui donne la position de deuxime plante protagineuse et de cinquime
plante olagineuse (Texier, 1993 cit par Ahoton 2002). Cependant lutilisation de cette
ressource est hypothque par la prsence chez presque toutes les espces du genre
Gossypium, de petites glandes lysignes produisant une substance phnolique appele
gossypol. Cette substance est prsente dans les parties ariennes, et dans lamande des
graines.
Les glandes gossypol agissent comme moyen de dfense naturelle contre certains insectes,
mais prsentent une toxicit pour lhomme et les animaux monogastriques. Sa prsence dans
la graine diminue fortement la valeur alimentaire des sous-produits (tourteau et huile), et
limite leur emploi dans lalimentation.
En effet lhuile et les tourteaux produits par pression des graines contiennent des quantits
importantes de gossypol dont llimination exige le recours des procds qui dnaturent la
qualit du contenu protique des tourteaux et diminue sa valeur alimentaire (Mergeai, 1992b).
Il existe cependant des varits qui sont compltement dpourvues de Gossypol dites
glandless , mais cette particularit endommage le systme de dfense naturelle de la plante,
ce qui entrane une augmentation du cot de production. La ncessit de crer des varits
.
1
alliant la fois une inhibition de la synthse de gossypol uniquement dans les graines tout en
prservant la capacit de dfense naturelle au niveau des autres organes de la plante oblige
recourir l'important stock de variabilit gntique du genre Gossypium.
Dans le grand groupe du genre Gossypium, certaines espces diplodes sauvages dAustralie
prsentent un caractre susceptible damliorer quantitativement et qualitativement la
production du cotonnier. En effet il existe des espces qui ont la particularit de prsenter des
glandes gossypol dans tous leurs organes sauf au niveau des graines (Brubaker, 1996). Ce
caractre tant intressant pour lutilisation ultrieure des sous produits de la graine de coton,
son introgression chez la principale espce cultive a t envisage. Cela a permis, en utilisant
le cotonnier sauvage australien G. sturtianum Willis, daboutir la cration de lhybride
trispcifique HRS (G. hirsutu x G. raimondii x G. sturtianum), avec comme espce pont
Gossypium raimondii Ulb.
Le prsent travail s'inscrit dans le cadre du Projet Interuniversitaire Cibl (PIC_Coton) en
matire dOrganisation de Coopration et de Dveloppement Economiques (OCDE). Il vise
contribuer llaboration dune varit de cotonnier prsentant une inhibition de la synthse
du gossypol uniquement dans la graine tout en prservant le systme de dfense naturelle que
constitue la prsence de ces glandes dans les parties ariennes de la plante.
La ralisation de cet objectif se fera en exploitant la descendance de l'hybride trispcifique G.
hirsutum x G. raimondii x G. sturtianum dans un programme de slection assiste par
marqueurs molculaires. Notre travail ambitionne de faire lvaluation de la conformit de la
descendance de ce croisement par rapport au cotonnier cultiv G. hirsutum dune part, et
dautre part de caractriser le niveau dintrogression par le biais des marqueurs molculaires.
Cette tude va sarticuler autour de quatre parties. Une synthse bibliographique nous
permettra dabord de prsenter le genre Gossypium et les diffrentes mthodes de slection
appliques au cotonnier. La deuxime partie aborde la dmarche globale suivie et dfinit les
mthodes exprimentales qui ont t utilises pour atteindre les objectifs fixs. Dans la
troisime partie, les rsultats obtenus seront prsents, analyss et interprts. Enfin, une
conclusion gnrale sera tire afin de dgager des perspectives de recherche.



.
2






















CHAPITRE 1 : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE

















1.1 PRESENTATION DU GENRE GOSSYPIUM
1.1.1 Systmatique et nomenclature
Le cotonnier est une dicotyldone, dialyptale appartenant au rgne des Viridiplantae,
lordre des Malvales, la famille des Malvaceae, la tribu des Hibiscae et au genre
Gossypium.
Le nombre chromosomique de base du genre est de 13. Les travaux de Skovsted (1933, 1937)
(Cits par Ahoton., 2002) ont permis de distinguer selon le nombre chromosomique, deux
grandes catgories englobant 49 espces : les diplodes (2n = 2x = 26) au nombre de 44, et les
ttraplodes (2n = 4x = 52) au nombre de cinq. On trouve au niveau du genre 45 espces
sauvages impropres tout usage textile, cependant elles constituent un important rservoir
gntique pour les perspectives damlioration cotonnire.
La classification actuelle permet de distinguer 8 groupes gnomiques A, B, C, D, E, F, G, K.
La lettre A est attribue au gnome des deux espces diplodes cultives (Ahoton, 2002), les
autres gnomes sont classs selon leur affinit avec le gnome A. Le niveau dcroissant de
cette affinit avec le gnome A est valu par le taux dappariement allosyndtique chez les
hybrides de ces gnomes. Il suit lordre B, F, C, G, D, E ; laffinit avec le gnome K ntant
pas encore value.
De tous les groupes seuls les gnomes A et AD produisent une fibre filable. Au sein dun
mme gnome, les diffrenciations gnomiques et cytologiques se rvlent par ladjonction
dun ou de deux signes placs en indice la suite de la lettre majuscule qui caractrise le
gnome prsentant des distinctions gntiques et cytologiques importantes. Ainsi au niveau
dun mme gnome une diffrence gntique et cytologique se distingue par lajout en indice
dun premier chiffre ou lettre (A
1,
A
2,
etc.). Sil sagit dune diffrence seulement gntique et
non cytologique, un second chiffre ou lettre est ajout (D
2-1
et D
2-2
ou D
3-d
et D
3-k
)
(Kammacher, 1956).
1.1.2 Phylognie du genre Gossypium
Le centre dorigine du cotonnier reste encore une nigme. Lhypothse selon laquelle le genre
Gossypium descendrait dun phylum ancestral aujourdhui disparu qui tait prsent en Afrique
centrale a t mise. Ce phylum se serait scind en gnomes, consquence dun isolement
gographique prolong (Parry, 1982). Dautres tudes bases sur des reconstitutions

3
palontologiques et lanalyse des squences dADN chloroplastique (Wendel, 1989; Wendel
et al., 1992), suggrent que lorigine du genre Gossypium serait lAustralie ou lAfrique.
Les espces diplodes seraient issues du mme Phylum ancestral qui a donn naissance tous
les cotonniers.
Les ttraplodes seraient apparues par hybridation spontane de 2 espces diplodes. Une
Africaine ou Asiatique (gnome A) qui serait probablement un anctre de G. herbaceum, avec
une espce diplode amricaine de gnome D qui serait apparente G. raimondii ou G.
gossypioides (Endrizzi et al., 1985 Wendel et al.,.1989; Wendel et Cronn, 2003).
1.1.3 Domestication et espces cultives du genre Gossypium
Le cotonnier avant dtre la principale culture textile de par le monde a t utilis par de
grandes civilisations. Lutilisation de la fibre de Gossypium par lhomme remonte la
prhistoire. Le fragment le plus ancien connu a une origine que lon situe 3000 ans avant J.C
et fut dcouvert dans les excavations de Mohenjo-daro dans la valle de lIndus, partie ouest
du Pakistan (Parry, 1982).
La domestication des espces diplodes de lancien Monde a commenc en Asie, le cotonnier
cultiv se serait dvelopp dabord en Iran et dans les pays voisins de lArabie la valle de
lIndus, avant dtre dispers vers lAsie centrale, la Chine et lInde (Hau et al., 1997).
Pour ce qui est des ttraplodes du nouveau monde, la domestication sest produite au Prou
pour G. barbadense et au Yucatan (Mexique) pour G. hirsutum (Ano et al., 1982 ; Wendel et
al.,1992 ; Brubaker et al., 1994).
Quatre espces du genre constituent le groupe des cotonniers cultivs, caractriss par la
prsence sur les graines de poils cellulosiques filables utiliss par lindustrie textile. Les
espces G. herbaceum et G. arboreum donnent le coton dit indien fibre paisse et courte. G.
barbadense produit les fibres longues et fines du coton dit gyptien, tandis que G. hirsutum
donne des fibres de qualit intermdiaire et fournit prs de 95% de la production mondiale
(Parry, 1982).
1.1.4 Phytogographie des espces du genre Gossypium
La classification des espces du genre Gossypium telle quelle est dfinie actuellement,
concorde avec la rpartition gographique des diffrents groupes de gnomes, et chacun des
diffrents gnomes correspond une rpartition gographique.
-Gnome A : 2 espces diplodes sauvages et cultives en Afrique et en Asie

4
-Gnome B : 4 espces sauvages africaines
-Gnome C : 2 espces sauvages australiennes
-Gnome D : 13 espces sauvages amricaines
-Gnome E : 7 espces sauvages est africaine et du Moyen Orient
-Gnome F : 1 une seule espce diplode sauvage est africaine ;
-Gnome G : 3 espces sauvages diplodes australiennes
-Gnome K : 12 espces sauvages du nord de lAustralie (en cours de classement)
-Gnome AD : 5 espces cultives et sauvages dAmrique du nord
1.1.5 Caractres botaniques
Le cotonnier est une plante vivace qui doit sadapter aux conditions dune culture annuelle.
Cest un arbrisseau dont la vgtation, la floraison et la fructification se succdent par tage.
Les diffrentes espces cultives du genre Gossypium prsentent un polymorphisme trs
prononc. Ce polymorphisme peut se rencontrer au sein dune mme espce sous linfluence
dun ou de plusieurs facteurs environnementaux.
1.1.5.1 Morphologie des cotonniers cultivs
Le cotonnier est un arbrisseau pouvant atteindre le plus souvent 1m 1,5 m de haut (Sment,
1986). Il comprend une racine pivotante de longueur variable selon les sols, gnralement de
0,60 m, mais elle peut atteindre 1,2 3 m avec des ramifications latrales (Demol, 1992).
Selon les cultivars slectionns, le port de la plante change, mais en gnral il peut tre
rapport un modle, le port dit pyramidal. La partie arienne est compose dune tige
principale rige, sur laquelle se dveloppent, articules en spirale, des branches latrales qui
prennent naissance aux nuds de cette dernire. Les branches monopodiales ou vgtatives ne
portent pas de fleurs, leur croissance est continue, alors que les branches sympodiales ou
fructifres, croissance discontinue sont situes sur les branches vgtatives et portent
directement les fleurs puis les capsules (Demol, 1992).
Les feuilles, palmatilobes chez le cotonnier adulte, se dveloppent sur les nuds de la tige et
des branches. Sur sa face ventrale au niveau des nervures principales, elles portent des
glandes externes dites nectarifres qui secrtent un suc attirant les insectes. A laisselle de la
feuille, il existe deux bourgeons axillaires, dont lun se dveloppe en une branche, lautre
restant en rserve au cas o le premier avorterait. On rencontre galement des cas o les deux

5
bourgeons se dveloppent. Les branches, sans quune rgle connue puisse le prdterminer,
sont soit vgtatives, soit fructifres. Les fleurs fcondes chez G. hirsutum, virent au rouge
vineux dans les 24h qui suivent leur closion avant de se faner, la corolle tombera alors
laissant un jeune fruit labri des bractes.
Le fruit du cotonnier est une capsule dhiscence intercarpellaire maturit (Kb, 1999),
comprenant un pricarpe constituant la paroi de lovaire. A lintrieur de lovaire supre
constitu de 3 5 carpelles ou loges, se dveloppent 6 12 graines par loge sur lesquelles
croissent les fibres.
1.1.5.2 Phnologie
Le dveloppement du cotonnier peut se diviser de manire classique en deux tats : ltat
vgtatif et ltat reproducteur. Ces deux tats se subdivisent en cinq phnophases que sont :
la phase leve, plantule, prfloraison, la floraison et enfin la maturation.
Le cotonnier a un cycle assez variable qui dpend des cultivars et des conditions
pdoclimatiques (Parry, 1982). Il est en moyenne de 140 jours pour G. hirsutum mais peut
atteindre 210 jours si les conditions deviennent dfavorables (Bruinsma, 1987).
1.1.5.3 Ltat vgtatif
Cest la priode qui va du semis linitiation florale. Elle peut tre scinde en trois phases : de
la germination la leve, de la formation des organes vgtatifs la phase plantule, enfin la
phase de prfloraison :
- la phase de la leve : elle va du semis ltalement des cotyldons. Celle-ci survient
environ 4 10 jours habituellement aprs semis, mais peut atteindre 30 jours en
conditions dfavorables ;
- la phase plantule : sa dure est de 20 25 jours, elle dbute de ltalement des
cotyldons et va jusqu lapparition de la 4
me
feuille.
- la phase de prfloraison : sa dure est de 30 jours en moyenne, elle va du stade 4
me

feuille jusqu louverture de la premire fleur (Sment, 1986). Cest une priode
assez critique, car une bonne floraison et une bonne fructification dpendent de la
disponibilit en eau, en minraux et de lensoleillement. Ce dernier est indispensable
cette plante hliophile. Un manque au niveau de la disponibilit dun de ces lments
se traduit par la chute des bourgeons floraux et donc par un amoindrissement de la
production (Parry, 1982 ; Demol, 1992).

6
1.1.5.4 Ltat reproducteur
Ltat reproducteur comprend deux phases : la floraison et la maturation.
- la phase de floraison dbute en moyenne 60 jours aprs la leve et peut durer de 50
70 jours. La croissance vgtative et la floraison coexistent avec la formation des
capsules.;
- la phase de maturation des capsules va durer de 50 80 jours, la maturation aprs
dhiscence quant elle durera entre 15 et 20 jours.
Il faut en moyenne 175 jours au cotonnier pour boucler son cycle complet du semis la
rcolte (Parry, 1982 ; Demol, 1992).
1.2 LE COTONNIER ET SES SOUS-PRODUITS
Le but principal de la culture cotonnire est la production de fibres dans les meilleures
conditions de rentabilit ; cest la premire plante textile mondiale, avec une production de 20
millions de tonnes par an. Cependant les produits drivs et les sous-produits concourent
cette rentabilit.
1.2.1 Les sous-produits de la graine de cotonnier
La rcolte du cotonnier donne en moyenne 60% de graines et 40% de fibres. La graine est
constitue pour 50% de son poids damande, 40 45% de coque et pour le reste par le duvet
ou fuzz (ensemble des poils de quelques millimtres de longueur recouvrant la graine).
Lamande renferme 30 40% dhuile, 30 40% de protines, de la cellulose. Lhuile du
cotonnier est trs riche en acides gras (linolique, palmitique et olique), dont 75% en acides
gras insaturs qui lui confrent une excellente qualit alimentaire.
Lextraction de lhuile partir de lamande donne deux autres sous-produits : les tourteaux et
la farine de coton. Les tourteaux sont caractriss par leur grande richesse en matire
protique, celle-ci prsentant un spectre quilibr en acides amins, notamment en
mthionine, lysine et tryptophane. Cela justifie leur utilisation comme supplment protique
de haute valeur nutritionnelle chez les animaux domestiques. Le principal frein un tel
emploi est la prsence du gossypol, pigment toxique pour lhomme et les animaux
monogastriques.
La haute valeur nutritionnelle de la graine est lie la qualit des protines, la composition
des lipides et labsence de composs toxiques comme le gossypol.

7
1.2.2 Intrt et utilisation en alimentation humaine et animale des sous-produits
de la graine de cotonnier
Toutes les composantes de la graine sont utilisables des fins varies. Le plus important est
lhuile et subsidiairement les tourteaux et la farine ; le duvet et la coque de la graine ne sont
cependant pas ngliger bien quils aient une moindre importance sur le plan conomique
(Parry, 1882).
Lhuile de coton sans gossypol prsente aprs raffinage un got agrable et une composition
en acides gras essentiels satisfaisante sur le plan nutritionnel. Elle est riche en acide
linolique, substance pouvant agir contre lhypercholestrolmie, les accidents
cardiovasculaires. Cette huile permet en outre un bon dveloppement du systme nerveux
central chez le ftus (Ketekou, 1985). Sa richesse en vitamine E, qui est un antioxydant
naturel, lui confre une bonne stabilit haute temprature.
Les farines de coton, correctement dshuiles et dgossypoles, ont de nombreux usages en
alimentation humaine et animale. Elles peuvent tre galement mlanges des farines de
crales pour faire du pain, des biscuits, ou entrer dans la composition de sauces ou de
bouillies ou servir daliment de sevrage (Parry, 1982). Une tude sur les aliments riches en
protines a t ralise par lO.R.A.N.A (Organisme de Recherche sur lAlimentation et la
Nutrition Africaine) et le service de pdiatrie de lhpital le Dantec Dakar. Elle a permis de
conclure que la farine de coton constitue un aliment hyperprotin comparable aux produits
commerciaux actuels. En particulier lassociation farine de coton, farine de mil, complte par
10% de lait en poudre, permet dobtenir un produit de trs faible prix de revient, de bonne
acceptabilit, de bonne teneur en protine, utilisable tant pour la thrapie du Kwashiorkor
(malnutrition protique grave affectant un grand nombre denfants des pays pauvres) que pour
le sevrage courant (Parry, 1982).
La graine de coton est galement trs intressante cause de sa teneur en arginine qui est
trois fois plus importante que celle du lait maternel. En effet larginine est importante dans la
rgulation de la pression sanguine, elle permet de prvenir lvolution de certains cancers
(Benbouza, 2004).
La neutralisation du gossypol se heurte une difficult qui est due au fait que celui-ci se lie
aux acides amins comme la lysine et larginine durant le chauffage des tourteaux. L'absence
de ce compos toxique dans certaines graines de cotonnier (produites par des varits
qualifies de glandless ), rend possible tous les dbouchs alimentaires, en loccurrence,

8
lutilisation des farines pour quilibrer les rgimes alimentaires de base qui, en Afrique, sont
souvent riches en glucides et dficitaires en protines.
Les graines et les farines de cotonnier sans gossypol prsentent non seulement l'avantage de
possder une excellente valeur nutritionnelle et un got agrable, mais elles constituent aussi
les matires premires " oloprotagineuses " les moins chres dans le monde. Il est donc tout
fait souhaitable de voir se dvelopper une nouvelle industrie de transformation de ces
produits. Les dveloppements industriels pourraient porter sur la prparation d'aliments pour
les animaux et sur l'laboration de produits alimentaires pour les Hommes (laits materniss,
biscuits, pains, lait vgtal etc.)(Marqui et al., 1995).
1.2.3 Les glandes gossypol chez le cotonnier
Les glandes internes sont prsentes sur toute la plante, ainsi que dans lamande des graines,
sauf sur les racines. Elles sont situes en plus ou moins grande profondeur dans les tissus mais
toujours en dehors du bois. Ce sont des sacs ovodes, de 0,1 0,4 mm de diamtre, bords de
cellules, qui librent lintrieur des composs rougetres (partie expose la lumire) ou
jauntres. Le gossypol, qui en constitue llment essentiel, confre la plante une rsistance
naturelle aux insectes. Cest un pigment polyphnolique se trouvant en concentration variable
selon la partie de la plante. Il existe sous deux formes : libre et lie. La forme libre est toxique
tandis que celle lie, complexe aux acides amins de certaines protines, est considre
comme non-toxique mais dgrade la qualit protique de la matire premire.
Les glandes pigments contiennent un mlange daldhydes terpniques, comprenant le
gossypol, lhmigossypolone et les hliocides H
1
, H
2
, H
3
, H
4
. Le gossypol et ses autres
composs confrent la plante une rsistance naturelle aux insectes tels que Heliothis
virescens (Hedin et al., 1992), et des proprits antimicrobiennes. Le dsoxyhmigossypol
(dHG) et lhmigossypol (HG), composs trs toxiques, sont synthtiss par la plante en
rponse linvasion des champignons pathognes tels que Verticillium dahliae et Fusarium
oxysporum f. sp vasinfectum (Liu et al., 1999).
Ces composs sont lorigine de laction des composs phnoliques sur les ravageurs ; ils
agissent en se liant des groupements protiques de la salive et des glycoprotines de la
bouche, pour produire un got repoussant qui est lorigine de leur effet rpulsif (Benbouza,
2004).
Le gossypol pose des problmes particuliers lorsque le rle alimentaire de la plante est
considrer, chez les animaux monogastriques, la volaille et lHomme.

9
1.2.3.1 Le gossypol chez lhomme
Des tudes ont montr que le gossypol a des proprits antivirales, antifongiques,
antiparasitaires, et antitumorales chez ltre humain (Dao, 2002). Il est aussi utilis comme
contraceptif pour limiter la fertilit, comme agent anticancrigne, et pour le traitement des
bronchites (Percy et al., 1996 ; Vander Jagt et al.,, 2000).
1.2.3.2 Le gossypol chez les animaux
Le gossypol se fixe au groupement NH
2
libre dacides amins protiques ; diminuant ainsi la
qualit des protines par modification chimique, grce aux fonctions aldhydiques qui lui
confrent son effet toxique. Cette toxicit dpend de lespce animale, de la source du
gossypol, de la quantit ingre, de la priode de consommation, de lge de lanimal, et des
conditions de stress (Gamboa et al., 2001).
Chez certains animaux leffet toxique du Gossypol nest pas trs vident surtout sil est
apport en tant que contraceptif (rats, singes, Hommes). Par contre chez dautres animaux
comme les chiens, les souris, les lapins, les cochons, la toxicit du Gossypol peut sobserver
avant quil nagisse sur la fcondit (Yu, 1987 ; cit par Gamboa et al., 2001).
Les signes cliniques de toxicit du gossypol chez les animaux monogastriques sont : une
dpression chronique, lanorexie, des problmes cardiaques, qui aboutissent frquemment la
mort (Gamboa et al., 2001).
Chez le poulet de chair, le gossypol entrane une diminution de la vitesse de croissance, une
diminution de lindice de consommation et une mortalit plus ou moins importante. Au
niveau des pondeuses il peut tre la cause dune diminution de la ponte, du taux dclosion, et
une coloration en vert olivtre du jaune duf, dautant plus intense que la dure de
conservation est importante (Dethier, 1987).
Le gossypol peut jouer le rle dun inhibiteur denzymes, il semble quune partie du gossypol
ingr se combine des protines pour donner naissance des composs stables qui ne sont
pas absorbs au niveau du rumen (Cheftel et al., 1986).
Les ruminants nobservent quexceptionnellement des signes dintoxication. En outre les
protines solubles du rumen leur confrent une rsistance partielle contre les effets du
gossypol, toutefois une diminution du gain de poids et de la production laitire peut en
dcouler (Tran, 1994). Toutefois, ingr en grandes quantits, le gossypol a une action
laxative. Les veaux nourris au lait de vaches recevant des graines fortes teneurs en gossypol,

10
montrent des retards de croissance en raison du dveloppement incomplet du rumen (Rivire,
1977).
1.3 AMELIORATION GENETIQUE DU COTONNIER CULTIVE
Lamlioration gntique du cotonnier vise crer des varits susceptibles dapporter des
caractres rpondant aux exigences des utilisateurs Cette amlioration na pendant longtemps
concern que lhybridation intraspcifique, qui exploite la variabilit gntique existant
lintrieur dune espce.
Cependant, dans un souci denrichir les espces cultives, lexploitation de la variabilit
gntique quoffrent les espces sauvages en gnes trangers, portant des caractres dintrt,
sobtient par la ralisation dhybrides interspcifiques partir des nombreuses espces
diplodes du genre Gossypium.
1.3.1 Amlioration par hybridation interspcifique
Le transfert de caractres en provenance despces sauvages vers le cotonnier cultiv est une
opration dlicate compte tenu des barrires dincompatibilit interspcifique quil est
ncessaire de surmonter.
1.3.1.1 Barrires disolement entre espces
Les barrires disolement entre espces peuvent se manifester par une absence de germination
du pollen ou de pntration du tube pollinique travers le stigmate, un blocage de la
croissance du tube pollinique en divers endroits du style de lovaire ou de lovule, une
difficult dans laccomplissement de la double fcondation, un arrt prcoce du
dveloppement de lembryon et/ou de lalbumen, llimination de tout ou dune partie des
chromosomes dun des parents, une chute prcoce des fruits, lchec la germination des
graines, une dure de dormance inhabituelle, une forte ltalit des jeune plantules, un manque
de vigueur ou une incapacit de floraison de lhybride F1, une strilit de la F1 (Cauderon,
1981). Toutefois il existe plusieurs mthodes qui permettent de contourner ces obstacles.
1.3.1.2 Contournement des obstacles lobtention dhybrides interspcifiques
Afin de surmonter les difficults de lhybridation interspcifique, diffrents procds ont t
mis au point. La pollinisation des stades de dveloppement plus ou moins avances,
lapplication de substances chimiques (immuno-suppresseurs, hormones de croissance,
cytokinines) avant ou aprs la fcondation, le raccourcissement du style ou la suppression du
stigmate, le greffage de lembryon du parent femelle sur lalbumen du parent mle, la

11
ralisation du croisement dans les deux sens si la recherche dun cytoplasme prcis nest pas
lobjectif de slection, lutilisation des mlanges de pollen (effet de synergie, aide au
dveloppement normal du fruit). La mise au point de mthodes de fcondations in vitro, de
mme que la culture in vitro dembryons immatures, le ddoublement du nombre de
chromosomes dun parent ou des deux, lutilisation dune espce-pont, quand le croisement
direct est impossible, lexploitation de la variabilit gntique des parents pour les systmes
gntiques daptitudes au croisement et la cohabitation des gnotypes parentaux chez
lhybride, la mise au point de mthodes dhybridation parasexuelle par fusion somatique et de
rgnration des plantes participent la ralisation de cet objectif (Cauderon, 1981).
1.3.2 Les diffrents pools gniques
Pour obtenir des cultivars amliors, la fois productifs et stables, une grande diversit
gntique est ncessaire afin de servir de rservoir de gnes. Selon Harlan et de Wet (1971)
cit par Baudoin (2001), les ressources gntiques dune espce cultive se distinguent,
suivant la difficult croissante surmonter les barrires dincompatibilit, en pools gniques,
primaire, secondaire, tertiaire.
1.3.2.1 Le pool gnique primaire
Le rservoir gnique primaire est constitu de toutes les formes cultives, subspontanes et
sauvages et tous les cotonniers ttraplodes du genre Gossypium (Stewart, 1995). Les
croisements avec les formes cultives aboutissent des recombinaisons directes. La cration
dhybrides par voie sexue ne ncessite aucune technique particulire.
1.3.2.2 Le pool gnique secondaire
Ce pool gnique comprend les espces partir desquelles lobtention dhybrides fertiles avec
G. hirsutum ncessite des manipulations techniques (Ahoton, 2002). Il regroupe les espces
diplodes de gnome A, D, B ou F (Stewart, 1995), dont lhybride est, quelque rares
exceptions, un triplode strile qui ncessite un doublement de son stock chromosomique pour
tre fertile.
1.3.2.3 Le pool gnique tertiaire
Le rservoir gnique tertiaire regroupe les espces de cotonnier dont les chromosomes ont une
homologie envers ceux des deux sous-gnomes constitutifs de lespce cultive G. hirsutum.
Ce sont les espces diplodes australiennes des gnomes C, G, K et le gnome E qui est le
plus loign de lespce cultive (Ahoton, 2002). Ce sont les espces dont lutilisation pose le

12
plus de difficults en raison des obstacles surmonter pour crer lhybride et de la faiblesse
du taux de recombinaison (Stewart, 1995).
1.3.3 Intrt de lhybridation interspcifique chez le cotonnier
Les expriences damlioration cotonnire ralises au cours des annes 1950 ont montr
quil tait devenu de plus en plus difficile dobtenir par les techniques classiques
damlioration, des cultivars performants la fois au point de vue qualitatif et quantitatif de
leur production partir des seules varits agronomiques modernes de G. hirsutum.
En effet, lamlioration intraspcifique du cotonnier est juge insuffisante en ce qui concerne
certains caractres technologiques, agronomiques ou de rsistances aux maladies et aux
insectes et notamment la valeur nutritive de la graine. Redoutant quelle ne devienne difficile
en raison de slections opres continuellement partir dun noyau initial trop restreint,
certains auteurs ont suggr le recours lhybridation interspcifique (Richmond, 1950;
Kammacher, 1956, cit par Andr et al., 1984). Aujourdhui, la variabilit qui peut tre
obtenue dans un cadre intraspcifique est de moins en moins suffisante pour russir des
amliorations notables de certaines qualits ou pour induire des caractres nouveaux. Il faut
donc recourir des mthodes susceptibles de permettre lexploitation du patrimoine gntique
de lensemble du genre Gossypium qui constitue un rservoir de variabilit gntique
considrable.
La connaissance des affinits intergnomiques permet lamliorateur dexplorer les
potentialits gntiques quoffre le genre Gossypium. Il faut prendre en compte les barrires
disolement entre espces qui peuvent entraver le transfert de matriel gnique. Pour y
remdier, la mise au point de nouvelles techniques telles que lembryoculture in vitro, le gnie
gntique et la fusion des protoplastes est un bon moyen. Le tableau 1 reprend les principaux
caractres introgresss ou susceptibles de ltre chez G. hirsutum.









13
Tableau 1 : Principaux caractres susceptibles damliorer le cotonnier cultiv partir des
espces du genre Gossypium
Gnome Espces Caractres intressants Rfrences
G. herbaceum
(A
1
)
- Rsistance la bactriose (Xanthomonas malvacearum Smith) Knight, (1946) A
G. arboreum (A
2
) - Pilosit : facteur de rsistance aux jassides (Empoasca facialis Jac)
- Strilit mle cytoplasmique
Knight, (1946)
Meyer (1965,1969)
G. anomalum (B
1
) - Rsistance la bactriose (Xanthomonas sp.)
- Rsistance la rouille (Puccinia cacabata Arth. et Holw.)
- Longueur et finesse de la fibre
- Rendement lgrenage lev, amlioration de lallongement la
rupture
Knight, (1946)
Fryxell (1976)
Louant (1971)
Demol et al., (1976)
B
G. triphyllum - Rsistance ou tolrance au puceron vert et au ttranyque
- Rsistance la scheresse
Dariev et Kultiasova
(1981)
C G. sturtianum
(C
1
)
- Retard la morphogense des glandes gossypol de la graine
- Rsistance au froid
- Augmentation de la rsistance de la fibre
- Augmentation du rendement en fibre
- Rsistance ou tolrance au puceron vert (Aphis gossipii Glov.), la
mineuse des feuilles (Buccalatrix thuberiella Busck, la pourriture des
racines (Phymatotrichum omnivorum (Shear) Dugger), la verticilliose
(Verticillium Dahliae Kleb) et la rouille.
- Insensibilit au photopriodisme
- Courte priode de capsulation

Muramoto et al.,(1971)



Ndungo et al., (1988)
G. australe (G
2
) - Retard la morphogense des glandes gossypol
- Rsistance ou tolrance au puceron vert (Aphis gossypii Glov) au
ttranyque (Tetranycus urticae Koch)
- Rsistance la scheresse
- Amlioration du rendement et de la maturit de la fibre
Ndungo et al., (1988) G
G. bickii (G
1
) - Retard la morphogense des glandes gossypol
- Rsistance la scheresse
- Amlioration du rendement et de la maturit de la fibre
Ndungo et al., (1988)
G. thurberi (D
1
) - Haute teneur en Gossypol

- Bracte troite et atrophie
- Amlioration de la tenacit de la fibre
Rhyne et Smith (1969)
Dilday (1980)
Angelini et al., (1972),
Louant (1973)
G. raimondii (D
5
) - Haute teneur en Gossypol
- Amlioration de la tenacit de la fibre
Lee (1966)
Kammatcher (1966)
G.armourianium
(D
2-1
)
- Bracte troite
- Feuille lisse smouthness
Knight, (1950)
Meyer (1957)
G. harknessii (D
2-
1)
- Strilit mle cytoplasmique
- Restaurateur de fertilit
- Amlioration de la rsistance mcanique de la fibre
- Bractes caduques
Meyer (1975)
Weaver (1979)
Demol et al., (1976,
1978) et Louant (1971)
D












D
G. davidsonii (D
3
) - Avortement embryonnaire Lee (1981)
G. stocksii (E
1
) - Rsistance la scheresse Richmond (1951) E
G. areysianum
(E
3
)
- Augmentation de la rsistance et de lallongement de la fibre Demol et al., (1974)
F G. longicalyx (F
1
) - Finesse et rsistance mcanique de la fibre
- Rsistance aux nmatodes
Demol et al., (1974)
K G. nobile - Bracte troite et capsule pendante Craven et al., (1995)
G. barbadense
(AD
2
)
-Haute teneur en Gossypol
- Qualits technologiques de la fibre
Rhyne et Smith(1965)
Fryxell (1969)
AD
G. tomentosum
(AD
3
)
- Absence de nectaires sur les feuilles caractre nectariless Meyer et al., (1981)
Hau (1981), Ahoton, (2002) et Benbouza (2004).

14
1.3.4 Les relations cytogntiques entre gnomes du genre Gossypium
La fertilit des hybrides despces appartenant des gnomes diffrents varie en fonction du
degr daffinit cytologique. Il a t dmontr quil y a une forte relation entre la strilit des
hybrides et lloignement phyltique des parents (Ahoton, 2002). Les croisements raliss
entre diffrents gnomes donnent des rsultats trs alatoires en ce qui concerne : la fertilit
des hybrides, la russite des croisements, la viabilit des graines, la vigueur de la plante
hybride, etc. (Ahoton, 2002 ; Benbouza, 2004).
Il existe des diffrences marques entre les gnomes de Gossypium concernant en particulier
la taille des chromosomes (Stephens, 1947 ; Katterman et al., 1970). Ltablissement des
niveaux de divergence entre gnomes et les relations caryologiques sont bass sur la
frquence des chromosomes non apparis (univalents) ou apparis (multivalents). Cette
frquence dappariement des chromosomes dpend de la diffrence structurelle des
chromosomes.
Lobtention dhybrides fertiles partir de croisement despces gnomes diplodes et de
cotonniers gnomes ttraplodes est variable et dpend essentiellement des cytotypes en
prsence. Il ne peut y avoir introgression que sil existe un degr suffisant dappariements
htrogntiques (Ndungo et al., 1998). Le niveau daffinit des chromosomes des gnomes
diplodes vis--vis des gnomes ttraplodes (AD) va en diminuant selon lordre A, D, F, B,
C, G et E (Mergeai, 1992a ; Ndungo et al., 1998 ; Benbouza, 2004).
1.3.5 Les mthodes damlioration par hybridation interspcifique
Il existe au moins quatre grands schmas de croisement permettant le transfert de caractres
des espces sauvages vers le cotonnier cultiv. Compte tenu des nombreuses barrires
dincompatibilit pr ou post-zygotiques quil est ncessaire de surmonter, le transfert de
caractres en provenance dune espce diplode vers le cotonnier cultiv est une opration
dlicate. Cependant, certaines techniques permettent la ralisation de schmas de croisement.
Il sagit de la colchidiplodisation, de lapplication de rgulateurs de croissance au moment de
la fcondation, et ventuellement du recours lembryoculture.
1.3.5.1 Cration et exploitation dun hybride trispcifique
La cration dun hybride triple fait intervenir deux voies diffrentes. La premire voie
emprunte la mthode dite paraphyltique qui ncessite le passage par un allottraplode
intermdiaire. Lautre voie utilise la synthse dun allohexaplode transitoire et constitue la
mthode pseudophyltique. (Wouters, 1958 cit par Ahoton, 2002 ; Mergeai, 1992a).

15
1.3.5.2 La mthode paraphyltique dintrogression
La mthode paraphyltique suit une voie qui aboutit la cration damphidiplodes naturels.
Les espces du gnome D peuvent tre utilises avec les espces du gnome A, B ou F.
Lhybride ainsi obtenu est un diplode strile. Cette strilit est restaure par un doublement
du nombre de chromosomes la colchicine. Le ttraplode synthtis est par la suite crois
avec le cotonnier ttraplode naturel pour donner un hybride trispcifique.
Aprs obtention de lhybride trispcifique, des rtrocroisements avec une varit commerciale
de G. hirsutum, sont indispensables pour parvenir restaurer une fertilit convenable de
lhybride (figure 1).
2Z 2D ZD diplode (2x)
colchicine
2(ZD) (4x) 2AD

Hybride trispcifique (ZADD) ttraplode (4x)
2 AD Backcross recurrent
2 AD
Z = A, B ou F
Figure 1 : Schma de cration dun hybride trispcifique par exploitation des espces
diplodes par la mthode paraphyltique dintrogression.

1.3.5.3 La mthode pseudophyltique dintrogression
Lobjectif de cette mthode est aussi, le transfert de gnes trangers au cotonnier cultiv par la
cration dun hybride trispcifique. Une espce diplode ayant une homologie avec le sous
gnome A
h
ou D
h
est croise avec lamphidiplode naturel, ce qui savre plus facile pour le
transfert de gnes. Lhexaplode fertile obtenu aprs colchiplodisation est ensuite crois avec
une autre espce diplode du gnome D, pour lobtention dun ttraplode synthtique.
Comme pour la prcdente mthode une srie de croisements avec lespce cultive est
effectue pour restaurer une bonne fertilit (figure 2).






16
2Z 2AD ZAD triplode (3x)
colchicine
Hexaplode 2(ZAD) (6x) 2D

Hybride trispcifique (ZADD) : ttraplode (4x)
2 AD Backcross recurrent
2 AD
Z = A, B ou F
Figure 2: Schma de cration dun hybride trispcifique par exploitation des espces
diplodes par la mthode pseudophyltique dintrogression.
1.3.5.4 Cration et exploitation dun hybride bispcifique : La mthode aphyltique
dintrogression
Cette mthode se base sur le croisement direct du cotonnier cultiv avec lespce donneuse
diplode. Le triplode strile issu de ce croisement est doubl la colchicine pour donner un
hexaplode fertile. Lhexaplode est crois avec le parent cultiv pour donner un pentaplode
dont la fertilit est variable selon lespce utilise. Le pentaplode est rtrocrois avec
lamphidiplode ou autofcond pour lobtention deuplodes. Ce processus dintrogression
permet lutilisation de nimporte quelle espce pourvu quil y ait un minimum dhomologie
entre le gnome de lespce diplode et les subgnomes de lamphidiplode cultiv (figure 3).

2Z 2AD ZAD triplode (3x)
Colchicine
Hexaplode 2(ZAD) (6x) 2AD

2(AD) Z (5x)
Srie aneuplode 2 AD Backcross recurrent

2 AD
Z = Toutes espces diplodes
Figure 3 : Schma de cration dun hybride bispcifique par la mthode aphyltique
dintrogression.


17
1.3.5.5 Cration et exploitation dun hybride ttraspcifique
Stewart (1995), propose un schma de cration dun hybride trispcifique, destin
particulirement lexploitation des possibilits de recombinaisons leves entre le gnome A
et les espces du pool gntique tertiaire appartenant aux gnomes C,G et K. Comme parent
une espce du gnome D est utilise. Les allottraplodes obtenus aprs doublement la
colchicine, sont croiss entre eux pour donner un hybride trispcifique. Par allosyndse, cet
hybride devrait dvelopper un niveau dintrogression lev (figure 4).
2Z 2AD ZD AD 2A 2D
colchicine

2ZD (4x) 2AD

(ZADD) hydride trispcifique (4x)
2 AD Backcross recurrent
2 AD
Z = C, G ou K
Figure 4: Schma de cration dun hybride trispcifique partir de deux hybrides
bispcifiques.
1.3.6 Cration et exploitation de lhybride prsentant le caractre inhibition de la
synthse de gossypol dans les graines
Le caractre glanded-plant and glandless-seed ou morphogense retarde des glandes
gossypol dans la graine a t dcouvert chez le sous-genre Sturtia. Les tentatives
dintrogression de ce caractre chez la principale espce cultive G. hirsutum ont t ralises
avec G. sturtianum (gnome C), G. bickii (gnome G
1
) et G. australe (gnome G
2
), en
utilisant des croisements visant produire des hybrides bi ou trispcifiques (Benbouza, 2004).
1.3.6.1 Bilan de la recherche sur le cotonnier prsentant le caractre glanded-plant and
glandless-seed .
En vue d'introgresser le retard la morphogense des glandes gossypol de la graine dtenue
par lespce G. sturtianum Will chez la principale espce cultive G. hirsutum, plusieurs
essais ont t raliss.
Dabord par exploitation dun hybride bispcifique, lidentification dun hexaplode obtenu
partir dun croisement G. hirsutum x G. sturtianum, est le point de dpart dune longue srie
de recherches (Dilday, 1986). Les pentaplodes obtenus prsentent une rduction de la teneur

18
en Gossypol dans la graine. Par contre, ce caractre ne se manifeste dans la descendance que
chez les plantes sur lesquelles on a plusieurs chromosomes surnumraires (Benbouza, 2004).
Le caractre recherch est situ sur plusieurs gnes ports par diffrents chromosomes des
espces du gnome C. Pour son expression dans le matriel daddition, il faut au moins la
prsence de quatre chromosomes dune espce australienne, ce qui rend les rsultats
improbables. En consquence, ce schma bispcifique mne probablement une impasse,
pour ce qui concerne le caractre inhibition de la synthse de Gossypol dans les graines,
dautant plus quil faut toujours surmonter les barrires de strilit existant chez le
pentaplode. Pour surmonter ces difficults lexploitation des hybrides trispcifiques est un
moyen assez prometteur car permettant la substitution simultane de matriels gntiques en
provenance de plusieurs chromosomes du gnome C (Benbouza, 2004).
Les tentatives dintrogression par exploitation dun hybride trispcifique ont permis de crer,
dans le but de retarder la morphogense du gossypol dans la graine, deux hybrides
trispcifiques en utilisant comme espces-pont G. raimondii Ulb. (2n = 2x = 26, gnome D
5
)
et G. thurberi Tor. (2n = 2x = 26, gnome D
1
). Les deux hybrides trispcifiques sont croiss
avec deux varits de G. hirsutum (C
2
et NC
8
). L'observation des graines trispcifiques met en
vidence l'expression incomplte du mcanisme rpresseur de la formation des glandes
gossypol de G. sturtianum quand ses chromosomes sont confronts au gnome D. Plusieurs
graines provenant du rtrocroisement des hybrides trispcifiques sont totalement dpourvues
de glandes gossypol : 6 sur 41 (Mergeai et al., 1997). Les observations cytogntiques
ralises sur les hybrides trispcifiques et leur descendance introgresss ont confirm le bien-
fond de la stratgie d'introgression propose. Toutes ces structures taient euplodes (2n = 4x
= 52) et montraient des frquences leves de multivalents et de chiasmas en mtaphase 1,
indices d'importants changes de matriel gntique (Vroh Bi et al., 1998). Toutes les plantes
issues de graines totalement ou presque totalement dmunies de glandes ont t utilises dans
un programme de rtrocroisements avec G. hirsutum pour produire des varits commerciales
de cotonnier "upland" exprimant le retard la morphogense des glandes gossypol de la
graine.
Le caractre inhibition de la synthse du gossypol dans la graine hrit de G. sturtianum
peut sexprimer partiellement ou totalement dans la descendance de lhybride HRS malgr la
prsence des allles dominants GL
2
et

GL
3
provenant de G. hirsutum qui contribuent
majoritairement la formation de glandes gossypol (Benbouza, 2004). Lobservation des
symptmes de ncroses et/ou la non-germination des graines prsentant une densit de

19
glandes variables, indiquerait la prsence de facteur (s) de ltalit. Ces facteurs ne sont
apparemment pas seulement lis au caractre glandless-seed , puisque les mmes
symptmes daprs Benbouza, (2004), ont t observs sur des graines dont les embryons
montraient une forte densit de glandes gossypol. Chez le cotonnier G. hirsutum les deux
gnes majeurs responsables du caractre glandulaire sont lis aux loci Le
1
et Le
2
responsables
de la ltalit hybride (Lee, 1982). Il est connu que des gnrations dautofcondation
successives augmentent les possibilits de crossing-over, et donc il est possible de briser les
mauvaises liaisons avec les facteurs de ltalit en multipliant les gnrations
dautofcondations (De Vienne, 1998).
Il serait possible quil y ait un gne de ltalit rcessif associ aux gnes qui contrlent
linhibition de la synthse du gossypol uniquement dans les graines, avec sans doute la
prsence dans le gnome de lespce donneuse (G. sturtianum) de gnes du caractre
modificateur qui empchent lexpression de celui-ci(Benbouza, 2004).
1.3. 6. 2 Caractres dintrt agronomique prsents chez lespce G. sturtianum
Les espces des groupes gnomiques C et G constituent des sources importantes de variabilit
gntique susceptibles damliorer le cotonnier cultiv upland en lui apportant un certain
nombre de caractres agronomiques, alimentaires et technologiques intressants. G.
sturtianum prsente ce titre un rservoir inestimable de caractres dintrt dont les plus
importants sont :
- linhibition de la biosynthse du Gossypol au niveau de la graine qui est un caractre trs
intressant sur le plan nutritionnel (Mergeai et al., 1997);
- la tolrance voir la rsistance au puceron vert, la mineuse des feuilles, la pourriture des
racines, la verticilliose, la rouille et au ttranyque (Wouters, 1958 ; cit par Ahoton 2002) ;
- la rsistance au froid et linsensibilit au photopriodisme de mme que la rsistance la
scheresse (Akhmedov et al., 1977) ;
- la rsistance, la maturit de mme que laugmentation du rendement en fibre (Demol et al.,
1978);
- un raccourcissement de la priode de capsulaison (Muramoto, 1969).



20
1.3.6.3 Schma suivi pour la cration et lexploitation de lhybride HRS
Pour introgresser le caractre glanded-plant and glandless-seed , la mthode
pseudophyltique a t adopte. Lespce cultive G. hirsutum a t dabord croise avec G.
raimondii qui sert de pont, aprs traitement la colchicine, lallottraplode intermdiaire
obtenu a t croise avec lespce donneuse G. sturtianum pour aboutir lhybride
trispcifique HRS G. hirsutum x G. raimondii x G. sturtianum (figure 5). Le cultivar G.
hirsutum C2 slectionn en Rpublique Dmocratique du Congo ex Zare, a servi la cration
de lhybride trispcifique HRS, alors que le cultivar StamF slectionn au Togo a t utilis
comme parent mle lors des travaux de rtrocroisements (Benbouza, 2004). La gnalogie de
la descendance de lhybride trispcifique HRS retenue pour notre tude est prsente sur la
figure 6.
G.hirsutum (C2) G. raimondii
2 (A
h
D
h
) 2D
5
Hybride triplode
A
h
D
h
2D
5
2 (colchicine)
Allohexaplode intermdiaire G. sturtianum
(A
h
D
h
2D
5
) 2C
1
Hybride trispcifique
A
h
C
1
D
h
D
5
Figure 5 : Schma de cration de lhybride HRS par la mthode pseudophyltique
(Benbouza, 2004).


21



HRS (AD)
1
D
5
C
1
2(AD)
1























G. h: G. hirsutum; G. r: G. raimondii; G. s: G. sturtianum, *: growth regulators.
BC1 G.h
BC2 G.h
X
1998
BC3
BC2S1
BC3S1 1999 BC2S2
2000
X
BC2S3
G.h
2001 BC2S4 BC1/BC3S2
X BC3S2
BC3S3
G.h x G.r x G.s G.h X
BC2S5 2002
1997
1996
1992
2003 BC2S6
BC1/BC2S2
S1/BC1/BC2S2
G.h
X
*
*
*
*
*

Figure 6: schma gnalogique de la descendance de lhybride trispcifique HRS
1.3.7 Slection assiste par marqueurs
La slection assiste par marqueurs molculaires est base sur la liaison de gnes dintrt
agronomique des marqueurs molculaires. Elle vise amliorer lefficacit de la slection
par ; un gain de temps, un meilleur contrle des recombinaisons et une plus grande prcision
dans la prdiction de la valeur gnotypique dindividus candidats la slection (De Vienne,
1998).
1.3. 7. 1 Dfinition
Les marqueurs molculaires sont un ensemble de techniques qui permettent didentifier des
gnotypes en les associant au comportement particulier de certaines squences dADN. Cela
est rendu possible par des manipulations directes du matriel gnique au moyen doutils de la
biologie molculaire (Demol et al., 2002). Les marqueurs molculaires ont ouvert de
nouvelles perspectives dans deux domaines que sont lidentification gnotypique et
llaboration des cartes de liaisons gntiques.

22
Lutilisation en slection de marqueurs molculaires lis aux facteurs gntiques contrlant
lexpression de caractres dintrt agronomique a pour but de limiter les inconvnients de la
slection base sur lanalyse exclusive du phnotype.
Tout lapport du marquage molculaire du gnome nuclaire la slection est fond sur la
possibilit de disposer de marqueurs lis des gnes impliqus dans la variation des
caractres slectionns (De Vienne, 1998). Ainsi, la slection assiste par marqueurs
correspond toute forme de slection utilisant des marqueurs en vue de :
- diriger les recombinaisons pour accumuler dans un mme gnotype les gnes ou
segments chromosomiques favorables ;
- lire, au moins partiellement, la valeur gnotypique au travers du gnotype aux
diffrents loci marqueurs.
1.3.7.2 Les diffrents types de marqueurs en amlioration gntique
Un marqueur gntique ou locus marqueur est un caractre mendlien polymorphe qui
renseigne sur le gnotype de lindividu qui le porte et/ou sur le gnotype des loci voisins
(Santoni et al., 2000).
Le choix dun marqueur dpend de plusieurs facteurs tels que les objectifs dun programme
de slection, de la population dont on dispose, de la diversit gnomique des espces et du
cot des analyses.
Un marqueur idal doit tre polymorphe, multialllique, codominant, non pistatique ; ces
deux derniers critres peuvent tre respectivement dfinis comme labsence dinteractions
intra et interloci. Il doit tre aussi slectivement neutre, insensible au milieu (le gnotype peut
tre infr partir du phnotype quelque soit le milieu) (De Vienne, 1998).
Les diffrents marqueurs gntiques sont : les marqueurs morphologiques, les marqueurs
biochimiques (isozymes), et les marqueurs molculaires de lADN.
1.3.7.3 Les marqueurs morphologiques
Les marqueurs morphologiques sont des caractres mendliens qui renseignent sur le
gnotype, ce sont les premiers marqueurs gntiques tre utiliss. Ils ont une facilit
dutilisation (pas de technicit particulire), daccs (observables lil nu), et un faible cot
dapplication. Cependant, ils rpondent mal aux critres de choix dun bon marqueur, car
gnralement dominants, ils sont peu polymorphes, interfrent avec dautres caractres et
peuvent tre influencs par le milieu.

23
1.3.7.4 Les marqueurs biochimiques
Les marqueurs biochimiques ou isoenzymatiques correspondent des variants de mobilit
lectrophortique de protines enzymatiques ayant la mme fonction (isoenzyme). Ils ont
connu leur pic dutilisation entre les annes 1960 et 1980. Ces marqueurs permettent de
rvler le polymorphisme des squences codantes de lADN, ncessitent un faible cot et peu
de technicit. Nanmoins ils ont un polymorphisme rduit, une spcificit dexpression des
enzymes suivant lorgane et/ou le stade de dveloppement et sont en nombre limit (seules les
enzymes dont on sait facilement dtecter lactivit in vitro sont utilisables) (De Vienne, 1998).
1.3.7.5 Les marqueurs molculaires de lADN
Les marqueurs molculaires de lADN sont des squences particulires dADN,
spcifiquement reprables, codantes ou non et prsentant du polymorphisme. Ils font partie
aujourdhui des plus utiliss en amlioration des plantes, car permettant la ralisation de
cartes gntiques. On distingue les marqueurs bass sur lhybridation molculaire par la
technique RFLP et les marqueurs bass sur la PCR (lensemble des autres marqueurs : RAPD,
AFLP, SSR, DAF, etc.) (De Vienne, 1998 ; Santoni et al., 2000).
1.3.7.5.1 La RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism
Cette technique rvle un polymorphisme de longueur de fragments de restriction, gnrs par
hydrolyse de lADN par une endonuclase de restriction. Le polymorphisme est rvl aprs
hybridation dune sonde marque sur les fragments spars par lectrophorse sur gel et
transfrs sur une membrane (De Vienne, 1998).
1.3.7.5.2 La PCR : Polymerase Chain Reaction
Dcrite par Mullis et al., (1985), la raction de polymrisation en chane consiste en une
multiplication in vitro dune squence cible dacides nucliques laide dune polymrase.
Depuis quil a t possible en 1988 dutiliser une ADN polymrase la Taq , stable haute
temprature (Etienne et al., 2001), la PCR a connu un grand essor. Elle permet damplifier de
manire exponentielle, la quantit dADN dont on dispose initialement, partir dune paire
damorces oligonuclotidiques spcifiques. Cette technique impose donc de connatre la
squence des rgions qui dlimitent le segment de lADN amplifier.
Lamplification rsulte de la rptition dun cycle comprenant une dnaturation par la chaleur
92-95 C afin de sparer les deux brins de lADN, suivie dune hybridation avec les deux
amorces spcifiques, rendue possible grce labaissement de la temprature 50-55 C.

24
Enfin on a une extension des amorces avec une ADN polymrase 70-72 C (Etienne et al.,
2001). A la fin de chaque cycle un brin dADN est multipli par deux. Environ 30 40 cycles
sont ncessaires pour amplifier la squence dADN souhaite.
1.3.7.6 Utilisation des marqueurs molculaires en amlioration gntique
Les marqueurs molculaires sont trs utiliss de nos jours en slection vgtale. Deux grands
types dapplication peuvent tre identifis. Tout dabord les marqueurs sont susceptibles de
fournir une nouvelle image de la structuration de la diversit au sein dune espce ou dun
complexe despces. Dun autre ct, il devient possible de raliser des cartes gntiques
denses permettant de positionner des loci ayant un effet quantitatif (QTL), ainsi que destimer
les effets de ces loci (De Vienne, 1998)
Chez le cotonnier les marqueurs molculaires ont permis de faire ressortir la diversit
gntique, et de slectionner les gnotypes exprimant un caractre dintrt. Les plus utiliss
chez le cotonnier sont les RFLPs, AFLPs, RAPDs et SSRs (Ulloa & Meredith, 2000).
Lutilisation des marqueurs SSRs prend de lampleur dans la slection chez le cotonnier.
1.3.7.7 Utilisation des microsatellites
Les microsatellites ou SSR (Simple Sequence Repeats) sont constitus par la rptition en
tandem de squences nuclotidiques. Les motifs peuvent tre mono-, di-, tri-, ou
ttranuclotidiques. Les plus courants sont (A)n, (TC)n, (TAT)n, (GATA)n, n pouvant
atteindre plusieurs dizaines. De tels motifs sont trs abondants et trs polymorphes dans le
gnome des eucaryotes.
La source de polymorphisme recherche est la variation du nombre de rptitions du motif de
base du microsatellite (De Vienne, 1998).
Lintrt en gntique des microsatellites rside dans le fait quils sont des marqueurs co-
dominants et multiallliques.
Ils sont caractriss par un taux de mutation lev ; une extrme variabilit du nombre de
rptitions des motifs microsatellites, une rpartition uniforme dans le gnome, et leur facilit
de transfert (Sarr, 2003b).
Toutefois, lutilisation des microsatellites comporte des limites que sont :
la lourdeur de ltape de dveloppement qui ncessite en gnral le squenage de
cinq clones positifs pour obtenir une paire damorces utilisable,

25
lhomoplasie de taille, consquence des mutations chez les allles microsatellites; il
sagit dune diffrence du nombre de rptitions au niveau de deux squences
amplifies de mme taille.
Dautres limites sont la production dun groupe de bandes la place dune seule bande lors de
lamplification des loci microsatellites, ce qui peut compliquer lanalyse des profils, et leffet
de la taille du gnome sur la qualit de lamplification (De Vienne, 1998).
Les microsatellites ont un rle fonctionnel comme squences codantes dhomopolymres
dacides amins et un rle dlments rgulateurs comme promoteurs de la transcription pour
accrotre lexpression des squences codantes ou comme sites de fixation de facteurs de
transcription (Kashi et al., 1997).
1.3.7.8 Les marqueurs et la mise en vidence de QTL (Quantitative Trait Loci)
La plupart des caractres dimportance sont dtermins par laction et linteraction, dun
grand nombre de gnes, dont il savre difficile disoler des gnes majeurs. Ces caractres
quantitatifs sont contrls par des loci appels QTL (Quantitative Trait Loci).
La dtection de QTL consiste dterminer la position chromosomique des gnes contrlant le
caractre quantitatif ainsi que limportance et le suivi de ses effets.
La cartographie de QTL est fonde sur la recherche de dsquilibres de liaison entre locus
marqueurs et locus contrlant les caractres quantitatifs (De Vienne, 1998).
La combinaison de techniques de gntique quantitative et de marquage molculaire permet la
localisation et lintrogression de loci contrlant la variation des caractres quantitatifs (QTL).
Les marqueurs molculaires permettent dviter les inconvnients de la slection base
uniquement sur le phnotype. Lanalyse simple marqueur est la mthode la plus simple et qui
est faisable en labsence de carte gntique, pour localiser des QTL. Dans la recherche de
QTL responsables du caractre inhibition de la synthse de Gossypol uniquement dans les
graines , lanalyse simple marqueur a permis la dtection de six chromosomes (Tableau 2)
lis significativement lexpression du caractre (Benbouza, 2004).








26
Tableau 2 : Les chromosomes lis lexpression du caractre glandless-seed et glanded plant
Chromosomes Locus
marqueur
Niveaux de
signification
R
2
(%)
c2

c3



c6
c9
c12
c25
BNL3590
BNL3971
BNL2443
BNL226
BNL3989
CIR228
BNL3353
BNL3031
BNL3261
BNL3436
BNL1153
****
***
***
***
****
-
-
-
***
-
-
13,7
11,8
10,4
8,1
12,8
5,0
6,7
0,2
8,9
0,00
0,76
Cit par (Benbouza, 2004)
R
2
= pourcentage de la variation phnotypique expliqu :
* = Seuils de signification : *P<0,1, ** P<0,01, *** P<0,001, ****P<0,0001.















27






















CHAPITRE 2 : MATERIEL ET METHODES




















2.1 RAPPEL DES OBJECTIFS
Cette tude est effectue dans le but de fixer et de dvelopper des varits de cotonnier qui
prsentent une inhibition de la synthse du gossypol uniquement dans la graine tout en
prservant le systme de dfense naturelle que constitue la prsence de ces glandes dans les
parties ariennes de la plante. Elle vise valuer le niveau de similitude phnotypique entre la
descendance de lhybride HRS par rapport la principale espce de cotonnier cultive.
Elle fait suite aux travaux de Vroh Bi (1999) et de Benbouza (2004), qui ont respectivement
russi obtenir des plantes prsentant le caractre recherch, et montrer la polygnie de son
dterminisme gntique par la cartographie des QTL ainsi que le facteur de ltalit li
lexpression du caractre retard la morphogense des glandes gossypol .
2.2 CARACTRISTIQUES DU SITE DEXPRIMENTATION
Lexprimentation a t mene au Centre dApplication des Techniques dAgriculture
(CATA) de lEcole Nationale Suprieure dAgriculture (ENSA) de This (1446N et
1657O) situe 4 km de This sur la route de Khombole.
Le climat de la rgion de This est de type sahlien avec deux saisons bien diffrencies : une
saison pluvieuse de juin octobre avec un maximum des pluies entre aot et septembre et une
saison sche de novembre mai. La saison humide se caractrise par une faiblesse des
prcipitations (427 mm) et des tempratures qui restent leves toute lanne. Les
tempratures moyennes oscillent entre 19C en saison frache 40C en saison sche chaude
(B, 2005).
Au cours de lhivernage 2005, les donnes pluviomtriques ont t recueillies laide dun
pluviomtre lecture directe. Un cumul de 674,2 mm de pluies a t observ en 32 jours.

2.3 CONDITIONS EXPRIMENTALES
Cette exprimentation sest droule en plein air, dans des seaux, avec des conditions
particulires, qui ont t dtermines par la pluviomtrie et le substrat de culture.
2.3.1 La pluviomtrie
En 21 jours, un cumul pluviomtrique de 449,5 mm a t observ durant le cycle cultural. La
figure 7 illustre les rpartitions dcadaires des pluies enregistres au cours du cycle cultural. Il
ressort du graphique que les trois premires dcades du cycle ont t les plus pluvieuses. Ce
qui correspond la phase de germination des cotonniers.


26
0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
200
1re 2me 3me 4me 5me 6me 7me 8me
Dcade aprs semi s
P (mm)

Figure 7 : Rpartition dcadaire de la pluviomtrie au cours du cycle cultural
2.3.2 Le substrat de culture
Pour obtenir le substrat utilis, qui est constitu de 5,5% dargile et 68% de sable avec un pH
de 6,8, plusieurs oprations ont t effectues.
2.3.2.1 Prparation du compost
Pour la prparation du compost, de la bouse de vache mlange du sable a t utilise. Cette
prparation a t arrose puis recouverte dune bche durant 2 semaines, ce qui a permis de
maintenir leve la temprature, afin de favoriser lactivit microbiologique. Le compost ainsi
obtenu a dabord t strilis, enrichi au NPK (9-23-30), et enfin test.
2.3.2.2 Strilisation du compost
La strilisation du compost sest faite de manire manuelle. Un grand baril a t dcoup en
deux parties, pour faire une passoire. Le compost a t fum la vapeur 100C pendant
1heure dans la passoire hermtiquement ferme, deux reprises. Le but du second passage
la vapeur a t dliminer les agents rsistants la chaleur par une variation de la
temprature.
2.3.2.3 Fertilisation et test du substrat
Le substrat ainsi strilis a t fertilis avec du 9-23-30 en raison de 2g / L. Dans le but de
tester la qualit du substrat, on a procd un test de toxicit en y faisant germer des graines.
Pour cela 100 graines de coton G. hirsutum Stamf ont t semes de dans le substrat. Les
observations ont port sur le taux de leve et de survie.

27
2.3.3.4 Le rempotage
Des seaux de 10 L ont t utiliss pour lexprimentation. Dans lobjectif de faciliter le
drainage, les seaux ont t trous et le fond tapiss de deux couches de billes dargile. Les
seaux ont t ensuite remplis de substrat et arross.
2.4 MATRIEL VGTAL ET SCHMA DE CROISEMENTS
2.4.1 Le matriel vgtal
Lexprience a t mene sur la descendance BC2S1 ; BC3/09 ; BC2S3/09(6)2, et
S
1
BC
1
BC
2
S
2
(8)3(14) de lhybride trispcifique de cotonnier Gossypium hirsutum x G.
raimondii x G. sturtianum (G376 ou HRS). Des travaux de rtrocroisements de lhybride se
poursuivent depuis 1990 lUnit de Phytotechnie Tropicale et dHorticulture de la Facult
Universitaire des Sciences Agronomiques de Gembloux (Benbouza, 2004). Les graines
utilises proviennent de cette collection, elles ont t choisies selon la teneur en gossypol.
Aprs lvaluation de 680 graines, 58 qui avaient un pourcentage infrieur 0,3% en gossypol
ont t retenues mais seule 31 graines ont pu tre semes. La teneur en Gossypol a t
quantifie selon la mthode visuelle labore par Benbouza et al., (2002).
Les graines tudies comporteraient un facteur de ltalit li lexpression du caractre. Pour
tenter dliminer ce facteur, les graines ont t irradies 15 kRad au rayon linstitut des
radios-lments de Fleurus. Lirradiation a t utilise pour favoriser des recombinaisons
gntiques qui auraient pour effet, la rupture des liaisons entre le facteur de ltalit et les
QTL.
Lexprience a aussi t mene sur le cotonnier cultiv, Gossypium hirsutum StamF (1998).
Nanmoins, les espces Gossypium raimondii qui a servi de pont et Gossypium sturtianum G
320 (2000) qui est le dtenteur du caractre recherch ont t semes. Pour chaque espce 12
graines ont t semes, en vue dobtenir 10 plantes.
2.4.2 Quantification de la teneur en gossypol
Lestimation de la teneur en Gossypol du matriel vgtal tudi a t faite selon la technique
de quantification dite visuelle mise au point par Benbouza et al., (2002). Pour ce faire :
- un comptage du nombre de glandes gossypol sur les sections des graines a t effectu en
premier lieu ;
- ensuite la surface de la section de chaque graine tudie a t calcule au moyen dun
analyseur dimage ;

28
- la teneur moyenne en gossypol sobtient selon la formule :

%G = b (N/S)
b = constante dpend du gnotype tudi (Tableau 3).
N = nombre total de glandes sur la section de la graine
S =surface de la section de la graine (mm
2
).
%G = pourcentage en gossypol

Tableau 3 : Equation de calcul du pourcentage en gossypol.
Gnotypes parentaux Equation de calcul du % G
G. hirsutum 0,18322 (N/S)
G. raimondii 0,24451 (N/S)
BC
2
/0/01-S
1
/09 0,12170 (N/S)
BC
3
/01/01/09 0,17010 (N/S)
Benbouza (2004).
2.5 CONDUITE DE LTUDE
Lessai a dbut en condition pluviale. Les plantes ont t arroses la capacit au champ, en
raison de deux fois par jour durant la phase floraison et une fois par jour durant la phase
juvnile et celle de la fructification-maturation. Le substrat a t prpar suivant la mthode
prcite. Les graines slectionnes ont t scarifies et pr-germes dans des botes de Ptri au
minimum 2 jours et au maximum 5 jours. Aprs la sortie de la radicule, les graines ont t
transfres en raison dune graine par seau. Les graines endommages ou nayant pas leves
nont pas pu tre remplaces cause de linsuffisance du matriel vgtal hybride.
Des attaques de larves de mouches, survenues juste aprs le semis ont t matrises par un
traitement au carbofuran (Furadan), au cypermthrine (Cypercal, insecticide acaricide)
5ml/L et lutilisation de voiles tisss avec lesquels les seaux taient recouverts. La mouche
mineuse rapidement matrise avec lAbamectin (Vertimec) 0,5ml/L est intervenue ds la
sortie des premires feuilles.
Au dbut de la floraison les attaques de chenilles roses sur les fleurs et les capsules ont t
observes, de mme que les mouches blanches sur les feuilles qui ont t prsentes tout au
long de lexprimentation. Ces attaques ont pu tre matrises par un traitement hebdomadaire
avec du Fenithrotion 1ml/L. Les jassidesont t limins aprs le premier traitement au
Fenithrotion.

29
Le 18-6-26+2 a t utilis comme fertilisant durant cette exprimentation. Chez les hybrides
HRS un desschement et une chute de toute la "square" faisaient suite l'panouissement de
la fleur. Pour pallier cette situation, une solution dhormones de croissance mise au point par
Altman et al., (1988) a t utilise. Elle se compose dacide gibbrellique (50mg/L) et dacide
naphtoxy-actique (100mg/L).
2.6 OBSERVATIONS ET MESURES
Les observations ont dbut 8 jours aprs semis pour les hybrides et 58 jours aprs semis pour
G. hirsutum. Elles ont port sur la morphologie des diffrents organes et sur la phnologie.
Ces observations ont port sur :
le port de la plante, la forme et la couleur des feuilles ;
les diffrentes phnophases qui ont concern les dates de leve, de prfloraison, de
floraison et de maturation. Ces phases sont considres comme atteintes lorsque plus de
50% des plantes sont ce stade.
les paramtres de croissance : hauteur, diamtre des tiges, nombre de branches
monopodiales, et nombre de branches sympodiales ;
le nombre de capsules.
Des analyses molculaires ont aussi t effectues partir dADN provenant de jeunes
feuilles.
Les mesures ont t effectues tous les dix jours au cours du cycle cultural. Elles ont concern
les paramtres de croissance.
Ces mesures ont port sur la descendance BC2S1 (G49), BC2S3/09(6)2 (G22 et G27) de
lhybride trispcifique et sur G. hirsutum StamF.
2.7 ANALYSE DE LA DESCENDANCE DES HYBRIDES HRS PAR LES MARQUEURS
MICROSATELLITES
2.7.1 Extraction de lADN
Le protocole dextraction utilis est la mthode CTAB (cthylmthyl dammonium de
bromure), amliore par Benbouza et al., (2004), donn en annexe1. De jeunes feuilles ont
t rcoltes sur la descendance BC2S1 (G49), BC2S3/09(6)2 (G22 et G27) pour lextraction
de lADN et l'analyse avec les marqueurs microsatellites.
Cette opration comporte trois phases : une extraction de lADN des compartiments
cellulaires, sa sparation des autres constituants cellulaires et sa prcipitation.

30
Les jeunes feuilles rcoltes ont t broyes dans de lazote liquide et places dans un tampon
dextraction compos de 2% (p/v) CTAB, 2% (p/v) (polyvinylpyrrolidone), 2,0 M NaCl, 20
mM EDTA, 100 mM Tris-HCl (pH 8,0) et 5% (v/v) -mercaptothanol (ajout juste avant
lutilisation sous hotte). LADN libr des cellules est spar des dbris cellulaires et des
autres composs solubles (protines, polysaccharides etc.) par solubilisation dans du
chloroforme isoamylique.
- LADN est ensuite prcipit avec de lalcool propylique froid pour pouvoir tre rcupr.
2.7.2 Quantification de lADN
LADN extrait est quantifi par une estimation visuelle sous rayons ultraviolets aprs
migration. Cette dernire se fait sur un mini gel dagarose 0,8 %, le marqueur de poids
molculaire utilis est le Smart Ladder de 200 10 000 pb.
2.7.3 Choix des marqueurs microsatellites SSRs
Les squences des couples damorces SSR, dveloppes au Brookheaven National Laboratory
BNL et au CIRAD CIR , ont t obtenues respectivement partir de la base de donnes
"cotton DB" et via le CIRAD. Les chromosomes c2, c3 et c25 ont t cibls sur la base dun
screening recherchant la prsence de polymorphisme, cest sur leurs zones dimplantation du
caractre introgress quon observe la plus forte rduction de glandes gossypol (tableau 3). l
(Benbouza, 2004),
Tableau 4 : Liste des amorces utilises et leur localisation chromosomique
Amorces utilises chromosomes
BNL3590
BNL3971
BNL2443b
BNL226
BNL3989
CIR058
BNL3436
C2
C2
C3
C3
C3
C3
C25
2.7.4 Amplification des microsatellites SSRs par PCR
Lamplification des amorces SSR a t ralise suivant le protocole dcrit par Liu et al.
(2000). Dans une raction de volume total de 10 l, contenant : 10 ng dADN, 1 l 10x PCR
Buffer [100 mM Tris-HCL, pH 9 et 500 mM KCl, 15 mM MgCl
2
], 2,5-3,5 mM MgCl
2

(suivant lamorce utilise), 0,2 mM dNTP, 0,15 M de chaque amorce, (sens-antisens) 0,4
Units de Taq DNA Polymrase. Les diffrents cycles de tempratures pour les ractions PCR
ont t raliss sur un Thermocycleur PTC-200. Lamplification des squences consiste en

31
une priode de dnaturation initiale de lADN et lactivation de la Taq polymrase 95C
entre 4 et 5 minutes de 40 cycles damplification. Chaque cycle comprend une dnaturation
(tape 1) 93C pendant 15 s, une hybridation (tape 2) 55C pendant 30 s et une
longation (tape 3) de 1 min 72C. Le temps dquilibre la temprature ( ramp time )
tait de 42 s la premire tape, 36 s la deuxime tape et 40 s la troisime tape. Aprs
les 40 cycles une longation finale 72C a t applique durant 6 min. 10 l de solution stop
(10 mM NaOH, 95% Formamide et 0,05 % de Bleu de Bromophnol) sont rajouts aux
produits damplification avant une incubation de 2 min 92C afin de dnaturer les produits
damplification.
2.7.5 Gels de squences
Les produits amplifis sont visualiss par lectrophorse sur gel de polyacrylamide, et rvls
par une coloration au nitrate dargent..
2.8 TRAITEMENT DES DONNES
L'analyse statistique des rsultats a t effectue au moyen des logiciels SAS/STAT et SPSS.
LANOVA a t effectue pour les paramtres de croissance, en considrant un facteur qui
regroupe le cotonnier cultiv G. hirsutum StamF et la descendance BC2S1(G49) et
BC2S3/09(6)2 (G22 et G27), pour la priode du 58
me
jas au 138jas. Le test de Student
Newman-Keuls (SNK) au seuil de 5%.a t effectu pour voir les groupes homognes. Les
courbes de comparaison entre G. hirsutum et les hybrides ont t obtenues aprs avoir calcul
les moyennes pour chacun avec Excel.
La comparaison de la descendance BC2S1 (G49) et BC2S3/09(6)2 (G22 et G27) sest faite
par linterprtation des figures obtenues avec Excel reprsentant les paramtres de croissance
entre le 8
me
et le 138
me
jas.














32























Chapitre 3 : RESULTATS ET DISCUSSIONS
















3.1 CARACTRISATION DU MATRIEL VGTAL
Les observations et les mesures qui ont portes sur les paramtres de dveloppement de
croissance de la plante et sur le nombre de capsules par plante ont donn les rsultats
suivants :
3.1.1 La phnologie
Les rsultats obtenus sur la phnologie ont montr que la germination commence partir du
2
me
jour dincubation en boite de ptri pour Gossypium hirsutum. Cependant elle est
intervenue 2 5 jours chez la descendance BC2S1 (G49) et BC2S3/09(6)2 (G22 et G27) de
lhybride trispcifique. Il est important de signaler que seule une partie des hybrides qui ont
subi une pr-germination de 48 h au mme titre que G. hirsutum a donn des plantes viables.
Le taux de germination est de 100 % pour Gossypium hirsutum et 53,45 % pour les hybrides
HRS.
Quant la leve, elle a t effective au 3
me
jour aprs transfert en pot pour lensemble des
plantes. Les graines non leves nont pas pu tre ressemes chez les hybrides HRS, chaque
graine tant unique de par sa teneur en gossypol, de plus le matriel slectionn tait
insuffisant. Le tableau 5 montre les taux de germination, de leve et de survie des graines
slectionnes.
Tableau 5: Taux de germination, de leve et de survie des graines slectionnes
Espces G. hirsutum G. raimondii G. sturtianum HRS
Taux de
germination
100 % 100 % 100 % 53.45 %
Taux de leve 3
JAS
83,33 % 66,67 % 25 % 45,16 %
Taux de survie
48 JAS
83,33 % 41,67 % 0 % 9,68 %
JAS : Jours Aprs Semis
Daprs le tableau, G. hirsutum a eu le plus important taux de leve avec 83,33 % et na pas
enregistr de mortalit aprs cette leve, alors que les hybrides qui ont un taux de leve de
45,16% ont eu un taux de survie de 9,68%. En dautres termes, chez les hybrides, sur 58
graines slectionnes31 ont pu tre semes et il ne restait que 3 survivants.

35
Les pertes se sont manifestes sous trois formes : (i) absence de germination de la graine, (ii)
la graine germe mais la plantule meurt aprs mergence, (iii) la plantule meurt aprs
lmergence.
Le test de germination effectu sur le substrat a donn sur 100 graines de G. hirsutum StamF
semes un taux de leve de 100% et 80% de survie.
Le tableau 6 rsume le suivi du cycle phnologique qui a t effectu jusqu'au 138
me
jas. Il
est important de noter que la phnologie a vari entre G. hirsutum et les hybrides.
Tableau 6 : Les diffrentes phnophases observes de la leve au 138
me
jas.
Date dapparition (Jour aprs semis)
Leve plantule Boutons
floraux
Fleurs
panouies
Premires
capsules
Maturit
capsules
G. hirsutum
G. raimondii
G. sturtianum
HRS
3
3
3
3
24
28
-
28
58
118
-
58
68
148
-
98
70
0
-
102
118
0
-
0

Une mme tendance dvolution des phnophases (leve, plantule, pr-floraison) a t note
entre G. hirsutum et les hybrides HRS. Cependant il y a eu dcalage de cette tendance au
moment de la floraison o les hybrides HRS accusent un retard de 30 jours, allongeant ainsi la
priode de prfloraison. Chez les hybrides, on remarque une chute des squares qui
intervient aprs floraison. Une observation plus rapproche de la fleur montre une faible
production de pollen. Le stigmate est situ largement au dessus des anthres.
3.1.2 La morphologie
Les hybrides ont prsent un phnotype approximativement identique G. hirsutum StamF.
Lobservation phnotypique a montr chez la BC2S3/09(6)2, (Photo 1) un port de la plante
rig. Ce qui rappelle le port de G. hirsutum la seule diffrence que les hybrides portent un
nombre trs important de branches vgtatives. Celles-ci sont insres en boucles,
profondment inclines par rapport laxe principal. Ces branches ont chacune eu
pratiquement un mme dveloppement sur toute la plante. Chez la BC2S1, (Photo 2), les
mmes observations ont t faites, mais certaines branches vgtatives sont inclines vers le
bas, et cette dformation a t observe sur une plante de G. hirsutum StamF. Chez tous les

36
hybrides limportant dveloppement des branches vgtatives saccompagne dune forte
densit du feuillage. Les feuilles de couleur vert-moyen sont lgrement gaufres. La fleur,
identique celle de G. hirsutum est plus petite et parfois ne spanouit pas Elle produit en
plus trs peu ou pas de pollen. Il est important de signaler que la BC2S3/09(6)2 a une
production de pollen beaucoup plus importante que la BC2S1. Les observations sur les
caractres qualitatifs sont rsumes au niveau du tableau 6.
Tableau 7: Description morphologique des plantes slectionnes
Gnotypes FF CF CP PS FC
BC2S1 G49
BC2S3/09(6)2 G22
BC2S3/09(6)2 G27
G. hirsutum StamF
1-2
1-2
1-2
2
Vert moyen
Vert moyen
Vert moyen
Vert moyen
Jaune
Jaune
Jaune
Jaune
Au-dessus
Au-dessus
Au-dessus
Au-dessus
Globulaire
Globulaire
Globulaire
Globulaire

FF: Forme des feuilles : 1= entire, 2 = trilobe,
CF : Couleur des feuilles, 1 CP : Couleur des ptales
PS : Position du stigmate rapport aux anthres
FC : Forme des capsules




Photo 1: BC2S3/09(6)2 G22 Photo 2 : BC2S1 G49


37
3.1.3 La croissance des plantes
3.1.3.1 Evolution des hauteurs
Lanalyse de la variance na pas montr de diffrence significative entre G. hirsutum et les
hybrides pour la hauteur.
Les figures 8 et 9 montrent lvolution de la croissance en hauteur de G. hirsutum et des
hybrides.


-10
10
30
50
70
90
110
130
150
58 68 78 88 98 108 118 128 138
Jours aprs semis
H
a
u
t
e
u
r

(
c
m
)
GH HRS
0,0
50,0
100,0
150,0
8 18 28 38 48 58 68 78 88 98 108 118 128 138
Jours aprs semis
H
a
u
t
e
u
r

(
c
m
)
G22 G27 G49


Figure 8: Evolution de la croissance en
hauteur de G. hirsutum et des hybrides
Figure 9: Evolution de la croissance en
hauteur des hybrides

Lvolution de la hauteur des plantes est la mme chez G. hirsutum et les hybrides. Cependant
les hybrides on eu en moyenne une hauteur de 119 cm au 138
me
jas pour une moyenne de
107cm chez G. hirsutum (figure8).
La figure 9 montre que lvolution de la croissance en hauteur des hybrides prsente une
mme tendance pour toutes les plantes quelque soit la gnration et la teneur en gossypol. La
G49 a enregistr la plus faible hauteur avec 113cm au 138
me
jas, alors que la G22 et la G27
ont eu une croissance en hauteur plus importante avec respectivement 127 et 117 cm au
138
me
jas.
3.1.3.2 Evolution des diamtres
Lanalyse de la variance na pas montr une diffrence significative entre G. hirsutum et les
hybrides pour la croissance en diamtre au collet. Lvolution est donc la mme pou
G.hirsutum et les hybrides.
Les figures 10 et 11 prsentent lvolution des diamtres chez G. hirsutum et les hybrides.

38
0,0
0,2
0,4
0,6
0,8
1,0
1,2
58 68 78 88 98 108 118 128 138
Jour apres semi
D
i
a
m
e
t
r
e

(

c
m
)
GH HRS

0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
1,2
8 18 28 38 48 58 68 78 88 98 108 118 128 138
Jour apres semis
d
i
a
m
e
t
r
e

(
c
m
)
G22 G27 G49

Figure 10: Evolution des diamtres de G.
hirsutum et des hybrides
Figure 11 : Evolution des diamtres des
hybrides

Les croissances en diamtres suivent la mme tendance pour toutes les plantes. Elles
deviennent stationnaires pour atteindre1cm partir du 98
me
jas pour les hybrides (figure11) et
au 128
me
jas pour G. hirsutum (figure 10).
3.1.3.3 Evolution du nombre de branches monopodiales
Lanalyse de la variance (tableau 8) montre quil ya une diffrence hautement significative
entre G. hirsutum et les hybrides pour lvolution du nombre de branches monopodiales des
plantes. Le test de SNK a montr que les hybrides ont enregistr le nombre de branches
monopodiales le plus lev suivi de G. hirsutum.
Tableau 8 : Rsultats de lanalyse de la variance sur le nombre de branches monopodiales
JAS Pr TS
58
68
78
88
98
108
118
128
138
0.0663
0.0335
0.0457
0.0311
0.0311
0.0001
0.0001
0.0001
0.0001
ns
*
*
*
**
***
***
***
***
Pr : probabilit, TS : test de significativit ; * : significatif ** : hautement significatif ; *** : trs hautement significatif


39
Les figures 12 et 13 reprsentent lvolution du nombre de branches monopodiales chez G.
hirsutum et chez les hybrides.
0,0
2,0
4,0
6,0
8,0
10,0
58 68 78 88 98 108 118 128 138
Jour apres semis
N
o
m
b
r
e

d
e

b
r
a
n
c
h
e
s
m
o
n
o
p
o
d
i
a
l
e
s
GH HRS

0
2
4
6
8
10
12
14
4
8
5
8
6
8
7
8
8
8
9
8
1
0
8
1
1
8
1
2
8
1
3
8
Jour apres semis
N
o
m
b
r
e

d
e

b
r
a
n
c
h
e
s
m
o
n
o
p
o
d
i
a
l
e
s
G22 G27 G49

Figure 12: Evolution du nombre de branches
monopodiales chez G. hirsutum et les hybrides
Figure 13: Evolution du nombre de branches
monopodiales chez les hybrides

Le nombre de branches monopodiales est stationnaire au dbut pour toutes les plantes
jusquau 88
me
jas avec respectivement une branche pour G. hirsutum et 2 pour les hybrides.
Cependant au 98
me
jas lvolution du nombre de branches monopodiales croit rapidement et
devient stationnaire au 108
me
jas avec une moyenne de 2 branches pour G. hirsutum et une
moyenne de 8 branches pour les hybrides au 138
me
jas (figure12).
En ce qui concerne les hybrides (figure 13), partir du 108
me
jas lvolution du nombre de
branches monopodiales qui tait stationnaire prsente deux tendances, la BC2SI G49 a
enregistr le nombre le plus lev tandis que les deux autres pieds, la G22 et la G27 de la
BC2S3 ont peu prs le mme nombre avec respectivement 7 et 6 branches.
3.1.3.4 Evolution du nombre de branches sympodiales
Lanalyse de la variance (tableau 9) na pas montr de diffrence significative entre G.
hirsutum et les hybrides pour lvolution du nombre de branches sympodiales, jusquau 78
me

jas. A partir de cette priode jusquau 138
me
jas il y a eu une diffrence significative, les
hybrides ont enregistr les plus grands nombres.






40
Tableau 9: Rsultats de lanalyse de la variance sur le nombre de branches sympodiales
JAS Pr TS
58
68
78
88
98
108
118
128
138
0.3349
0.2511
0.3867
0.0132
0.0305
0.0179
0.0130
0.0086
0.0096
ns
ns
ns
*
*
*
*
**
**
Pr : probabilit, TS : test de significativit ; * : significatif ** : hautement significatif ; *** : trs hautement significatif

Les figures 14 et 15 reprsentant lvolution du nombre de branches sympodiales.
0,0
10,0
20,0
30,0
40,0
50,0
60,0
70,0
58 68 78 88 98 108 118 128 138
Jour apres semis
N
o
m
b
r
e

d
e

b
r
a
n
c
h
e
s

s
y
m
p
o
d
i
a
l
e
GH HRS

0
20
40
60
80
100
58 68 78 88 98 108 118 128 138
Jour apres semis
N
o
m
b
r
e

d
e

b
r
a
n
c
h
e
s
s
y
m
p
o
d
i
a
l
e
s
G22 G27 G49

Figure 14 : Evolution du nombre de branches
sympodiales G. hirsutum et les hybrides
Figure 15 : Evolution du nombre de
branches sympodiales chez les hybrides
La figure 14 montre que le nombre de branches sympodiales augmente du 58
me
au 88
me
jas
pour les hybrides, avec un nombre de branches plus lev chez G. hirsutum qui est en
moyenne de 18,3 branches sympodiales. Toutefois les hybrides ont eu la mme volution que
G. hirsutum jusquau 88
me
jas o le nombre de branches augmente rapidement pour atteindre
une moyenne de 60 au 138
me
jas.
La figure 15 nous montre quil ny a pas eu de grandes variations entre la G22 et la G27 avec
respectivement 52 et 50 branches sympodiales au 138
me
jas. Alors que la G49 qui avait
presque le mme nombre de branches que les autres jusquau 88
me
jas, se dcale et a
enregistr avec 79 branches le nombre le plus lev.

41
3.1.3.5 Evolution du nombre de boutons floraux
Lanalyse de la variance du tableau 10 a montr une diffrence significative entre G. hirsutum
et les hybrides pour le nombre de boutons floraux partir du 98
me
jas. Le test de SNK donne
deux groupes homognes.
Tableau 10 : Rsultats de lanalyse de la variance sur le nombre de boutons floraux
JAS Pr TS
58
68
78
88
98
108
118
128
138
1.0000
0.8740
0.2192
0.4913
0.0204
0.0336
0.0097
0.0051
0.0420
ns
ns
ns
ns
*
*
**
**
*
Pr : probabilit, TS : test de significativit ; * : significatif ** : hautement significatif ; *** : trs hautement significatif

Les figures 16 et 17 indiquent lvolution du nombre de boutons chez G.hirsutum et les
hybrides.

0,0
5,0
10,0
15,0
20,0
25,0
30,0
35,0
40,0
45,0
58 68 78 88 98 108 118 128 138
Jour apres semis
N
o
m
b
r
e

d
e

b
o
u
t
o
n
s

f
l
o
r
a
u
x
GH HRS

0
10
20
30
40
50
60
70
58 68 78 88 98 108 118 128 138
Jour aprs semis
N
o
m
b
r
e

d
e

b
o
u
t
o
n
s

f
l
o
r
a
u
x
G22 G27 G49

Figure 16: Evolution du nombre de boutons
floraux chez G. hirsutum et les hybrides
Figure 17: Evolution du nombre de boutons
floraux chez les hybrides

La production de boutons floraux a augment daprs la figure 16 pour les hybrides qui ont
enregistr le plus grand nombre avec un pic de 41,3 au 118
me
jas. Cette production chute
brusquement pour arriver 7 au 138
me
jas. Alors que pour G.hirsutum le pic de la production
de boutons est atteint au 88
me
jas avec un nombre de17,7 en moyenne.

42
La figure17 montre que la G49 a donn le plus grand nombre avec un maximum de 58 au
108
me
jas suivi de la G22 qui a eu son pic de production au 118
me
jas avec 45 boutons
floraux puis la G27 avec un maximum de 29 boutons floraux au 108
me
jas. Au 138
me
jas on
observe toujours la mme tendance mais avec une plus faible variation.
3.1.4 Evolution du nombre de capsules
Lanalyse statistique a montr une diffrence significative entre G. hirsutum et les hybrides
pour le nombre de capsules sauf pour le 108
me
jas (tableau 11). Le test de Student Newman-
Keuls montre que les hybrides ont donn le plus grand nombre.
Tableau 11 : Rsultats de lanalyse de la variance sur le nombre de capsules
JAS Pr TS
98
108
118
128
138
0.0235
0.0951
0.0001
0.0256
0.0047
*
ns
***
*
**
Pr : probabilit, TS : test de significativit ; * : significatif ** : hautement significatif ; *** : trs hautement significatif

Les figures 18 et 19 reprsentent lvolution du nombre de capsules chez G. hirsutum et les
hybrides.
0,0
5,0
10,0
15,0
20,0
25,0
88 98 108 118 128 138
Jour apres semis
N
o
m
b
r
e

d
e

c
a
p
s
u
l
e
GH HRS

0
10
20
30
40
98 108 118 128 138
Jour apres semis
N
o
m
b
r
e

d
e

c
a
p
s
u
l
e
s
G22 G27 G49

Figure 18: Evolution du nombre de capsules
chez G. hirsutum et les hybrides
Figure 19: Evolution du nombre de capsules
chez les hybrides

La production de capsules a commenc pour G. hirsutum au 88
me
jas avec une moyenne
maximale de 9,3 au 98
me
jas. Les hybrides ont commenc produire des capsules partir du
118
me
jas avec une moyenne de 19,3 au 138
me
jas.

43
3.2 CARACTRISATION MOLCULAIRE DES HYBRIDES
Lamplification des microsatellites a permis dobserver lapparition dallles introgresses de
G. sturtianum et de G. raimondii, chez la descendance autofconde, des plantes BC2S1,
BC2S3/09(6)2 et S
1
BC
1
BC
2
S
2
(8)3(14). Le tableau 11 prsente une synthse des rsultats de
lamplification. Sept marqueurs microsatellites ont t utiliss sur la descendance des
hybrides HRS tudis.
Tableau 12: Rsultats des amplifications des marqueurs SSR sur la descendance des plantes
S
1
BC
1
BC
2
S
2
(8)3(14), BC2S1, BC2S3/09(6)2
Marqueurs SSR
chr. C2 Marqueurs SSR Chr. C3 Marq. SSR Chr. C25
Gnotypes %G** BNL3590 BNL3971 BNL2443b BNL226 BNL3989 CIR058 BNL3436
G52 0,44 + - + + + + +
G50 0,54 +

+ + + + +
G43 0,52 + - + + + + +
G2 IR 0,31 + - + * + + +
G2 IR 0,31 + - + * + + +
G42 IR 0,26 + - + + + * + (perte 2 allles H)
G21 0,49 - - - - + - + (perte 1 allle H)
G38 0,59 HST - HST + - HST? + (perte 2 allles H)
G40 0,62 + - HST + + HST? + (perte 1 allle H)
G49 0,53 + - + + + HST? + (perte 2 allles H)
G72 0,16 + - HST + + * + (perte 2 allles H)
G54 0,29 - - + + + + + (perte 2 allles H)
G45 0,18 + - + + + * + (perte 2 allles H)
G46 0,65 - - * * + * +
G65 0,33 + - + + + HST? + (perte 2 allles H)
G12 (perdue) 0,12 + - HST + + HST? *
G15 IR 0,11 + - + + + HST? + (perte 1 allle H)
G15 IR 0,11 + - + + + HST? + (perte 1 allle H)
G66 IR 0,32 + - - + + HST? + (perte 1 allle H)
BC2S1/1/49 IR 0,20 + - * + + * *
BC2S3/1/22 IR 0,28 + - * + + + *
G35 IR* 0,57
HST+ NV
allle - * + + HST? + (perte 1 allle H)
G34 IR 0,41 HST - + + + HST? + (perte 1 allle H)
BC2S3/1/27 IR 0,25 + - + + + + *
*Les lettres IR places aprs lidentification dune plante signifie que celle-ci provient dune graine irradie.
** %G = teneur en gossypol en % value selon la technique de quantification visuelle de Benbouza et al (2002)

+ = Prsence allle G. sturtianum
- = absence allle G. sturtianum
* = donne manquante
HST = homozygote G. sturtianum
NV = nouveau allle
IR = graine irradie
Il ressort du tableau 13 :

44
une amplification du marqueur SSRs gnr par lamorce BNL3590 au niveau du
chromosome 2 chez toutes les plantes analyses lexception de la G21 et la G54 qui
appartiennent au S
1
BC
1
BC
2
S
2
(8)3(14). Sur la G38, la G34 et la G35, on note
lapparition dallle homozygote de G. sturtianum. Pour la G35 on a en plus
lapparition dun nouvel allle ;
aucune amplification na t obtenue avec lamorce BNL3971 sur le chromosome 2
chez toutes les plantes ;
une amplification sur le chromosome 3 a t obtenue chez les plantes S
1
BC
1
BC
2
S
2

(8)3(14) avec lamorce BNL2443b. Cette amorce na cependant permis aucune
amplification chez la G21 et la G66.
Quatre plantes de cette gnration ont prsent lapparition dallles homozygotes de
G. sturtianum. La G49 et la G35 ainsi que BC2S1/1/49 BC2S3/1/22, ont prsent des
donnes manquantes.
Lamorce BNL226 amplifie sur le chromosome 3 chez toutes les plantes pour les G2
et G46 de la S
1
BC
1
BC
2
S
2
(8)3(14) o on a des donnes manquantes ;
Lamorce BNL3989 amplifie au niveau du chromosome 3 chez toutes les plantes sauf
la G38 de la S
1
BC
1
BC
2
S
2
(8)3(14) ;
Lamorce CIR058 gnre sur le chromosome 3 cinq bandes chez G. sturtianum. Deux
ont t introgresses chez les premires gnrations mais pour les premiers individus
tests de la descendance S1BC1BC2S2 (8)3G14, une seule bande monomorphique
avec G. raimondii est amplifie. Le marqueur est cartographi sur le c3 on peut alors
considrer que c'est un allle de G. sturtianum.
Lamorce BNL3436 amplifie sur chromosome 25 chez toutes les plantes de la
S1BC1BC2S2 (8)3G14, avec des pertes dun ou de deux allles de G. hirsutum, sauf
la G12 qui a t perdue. Pour les plantes de la BC2S1 BC2S3, on a eu des donnes
manquantes.
La figure 18 montre un exemple de profil damplification de lamorce BNL3436 sur le
matriel vgtal utilis indiquant des loci cartographis sur le chromosome 25.


45

Figure 20 : Amplification des SSR BNL3436 (c25) sur les parents et la descendance de
lhybride HRS.
1 et 2 : G. sturtianum
3: G. hirsutum var.C2
4: G; raimondii
5: S2BC1BC2S2(8)14G52
6: S2BC1BC2S2(8)14G50
7: S2BC1BC2S2(8)14G43
8: S2BC1BC2S2(8)14G2
9: BC2S3/1/27
10: S2BC1BC2S2(8)14G42
11: G. hirsutum var.STAM F
12: G. hirsutum var.C2
13: S2BC1BC2S2(8)14G21
14: S2BC1BC2S2(8)14G38
15: S2BC1BC2S2(8)14G40
16: S2BC1BC2S2(8)14G49
17: S2BC1BC2S2(8)14G72
18: S2BC1BC2S2(8)14G54
19: S2BC1BC2S2(8)14G45
20: S2BC1BC2S2(8)14G46

Les profils de cette figure montrent une absence damplification pour les microsatellites
recherchs au niveau des chantillons de G. hirsutum et G. raimondii. Lamplification a
cependant t possible chez les hybrides avec le plus souvent une perte dallles.
3.3 DISCUSSION
La comparaison entre les hybrides et le cotonnier cultiv a rvl des diffrences de
comportement un stade prcoce, ds la germination. En effet des taux de germination et de
survie faibles ont t constats chez les hybrides. Cet tat de fait pourrait tre li plusieurs
facteurs dont les plus dterminants sont sans doute les conditions exprimentales dune part et
dautre part la valeur intrinsque des graines.
Le matriel vgtal de dpart tait constitu de graines gnralement chtives et mal formes,
qui avaient une trs faible capacit germinative. Des observations similaires ont dj t faites
par Benbouza (2004), qui a relev que la majorit des graines glandless ou presque
glandless taient chtives et/ou mal formes avec des proportions dpassant parfois 50%.
Le taux de germination de 53,45% chez les hybrides et 100% chez G. hirsutum dans les
mmes conditions, montre que les pertes observes pourraient tre lies des facteurs
intrinsques aux graines des hybrides.
Nos observations sont en conformit avec les rsultats de Vroh Bi, (1999) et Benbouza,
(2004). Ils ont observ de mme que nous chez le gnotype en culture que certaines graines ne
germent pas du tout et dautres arrtent de crotre parce que les cotyldons ne souvrent pas
et/ou la radicule ne pousse pas. Ces symptmes ont taient signals lors de la mise en culture
in vitro des hybrides HRS. Par ailleurs, la mise en culture des graines bien conformes

46
glandless ou presque, saccompagne souvent de ncroses. Des observations similaires ont
t rapportes par Benbouza, (2004).
Cette forte mortalit observe chez les hybrides serait en partie lie au facteur de ltalit. Ceci
est dautant plus plausible quun taux de survie de 83,33% a t obtenu pour G. hirsutum alors
que les hybrides ont eu un taux de survie de 9,68% dans les mmes conditions. En effet, les
travaux de Lee, (1982) rapportent que les graines comportent deux loci Le
1
et Le
2

responsables de la ltalit hybride chez le cotonnier G. hirsutum. Ces loci sont lis aux deux
gnes majeurs responsables du caractre glandulaire. Par consquent, il semblerait que le
recours lirradiation, dont les graines ont fait lobjet pour favoriser les recombinaisons
gntiques en vue de llimination du facteur de ltalit, na pas apport leffet escompt.
En outre la priode dexprimentation a t marque par une forte pluviomtrie qui a sans
doute jou un rle dterminant dans la forte mortalit aprs semis qui a t observe au niveau
de la station dessai. Les fortes averses enregistres pendant les trois premires dcades du
cycle, avec un cumul de 403,2 mm, semblent avoir affect linstallation des plantes
(hydromorphie temporaire, etc.). Par consquent, elles pourraient avoir contribu la forte
mortalit qui sen est suivie. En effet les inondations des seaux ont provoqu des pourritures
au niveau des radicules des graines germes, observation dj releve par Parry, (1982) et
Demol, (1992). Selon ces auteurs, les besoins en eau du cotonnier varient en fonction de son
stade de dveloppement et des conditions climatiques. Au semis, pour obtenir une bonne
germination et une leve rapide du cotonnier, le sol doit tre la capacit au champ. Un sol
qui est sa capacit maximale dhumidification, c'est--dire satur est impropre la
vgtation du cotonnier. Mme si la mortalit des hybrides est en grande partie cause par un
facteur jug intrinsque, celle des G. sturtianum pourrait avoir dcoul des consquences de la
pluviomtrie. G. sturtianum est une espce particulirement adapte aux climats chauds et
secs mais peut survivre dans des climats humides condition quil y ait du soleil et un sol
bien drain.
Dautre part, le substrat dont le pH est compris entre 6,5 et 6,8 correspond la gamme
dtermine comme celle permettant dassurer une bonne croissance du cotonnier. Le substrat
ayant une bonne composition granulomtrique (5,5% dargile et 68% de sable) et le test de
toxicit de bons rsultats, il serait difficile dmettre des hypothses sur le rle quaurait jou
ce substrat dans la forte mortalit observe, dautant plus que G. hirsutum a donn des
rsultats satisfaisants.

47
Pour la morphologie, les hybrides expriment dans un fond gntique de G. hirsutum des
particularits comme le nombre important de branches vgtatives, ce qui correspond
certains types de cotonniers introgresss obtenus par Ahoton, (2002). Laspect rabougri des
feuilles a t observ chez le mutant (Li) de G. hirsutum, ce qui concorde avec nos
observations. En ce qui concerne la fertilit pollinique, lvaluation nayant pas t faite il est
difficile de quantifier son importance. Cependant de visu il apparat quun taux trs faible de
pollen a t produit par les plantes des deux gnrations BC2S1 (G49), BC2S3/09(6)2 (G22 et
G27). Ce faible taux de pollen serait selon Cauderon, (1981) une des consquences de
lhybridation interspcifique.
Seules les graines qui ont subi le mme temps de pr germination que G. hirsutum ont
survcu. Ces rsultats nous montrent que la germination et la leve des hybrides HRS viables
ont les mmes caractristiques que G. hirsutum. La mme tendance a t observe durant les
phnophases (leve, plantule et prfloraison) entre les hybrides et G. hirsutum. Lallongement
de la phase de pr floraison observ chez les hybrides serait une incapacit la floraison
probablement due aux consquences de lhybridation interspcifique. Ce qui est en accord
avec les travaux de Cauderon, (1981).
Pour les paramtres de croissance il ny a pas eu de diffrences significatives particulirement
pour la hauteur et le diamtre au collet entre les hybrides et la principale espce de cotonnier
cultiv. Mais les courbes dvolution montrent une croissance plus importante chez les
hybrides par rapport G. hirsutum. Ce qui est en accord avec Benbouza, (2004), qui montre
que la croissance des hybrides est suprieur celle du cotonnier cultiv.
Pour ce qui est du nombre de branches monopodiales et sympodiales, il y a eu une diffrence
significative entre les hybrides et les parents. Les hybrides ont enregistr les nombres les plus
importants par rapport au cotonnier cultiv. La corrlation entre le nombre de branches
monopodiales, sympodiales, le nombre de fleurs et le nombre de capsules, sest traduite par
une diffrence significative entre les hybrides et le cotonnier cultiv pour ces paramtres. Les
hybrides ont enregistr un nombre de boutons floraux et de capsules plus lev parce quils
ont eu une croissance vgtative plus importante. Ce qui est une caractristique des hybrides
interspcifiques daprs Ahoton, (2002). La correction apporte laide dune hormone
rgulatrice aux chutes des squares a permis dobtenir des capsules. Ces chutes, srement
causes par un manque de fcondation de la fleur, surviennent aprs floraison. Ce mme
rsultat a t obtenu par Vroh Bi, (1999) et Benbouza, (2004). En ce qui concerne la maturit
des capsules chez les hybrides HRS, les prvisions montrent quils peuvent boucler leur cycle

48
dans les mmes dlais que G. hirsutum. En effet, la formation des capsules tant arrive au
102
me
jas et sil faut compter 50 80 jours pour leur maturit chez le cotonnier daprs Parry,
(1982), il pourrait tre possible que cette maturit intervienne vers le 182
me
jas. Ceci placerait
le cycle des hybrides tests dans la dure standard du cycle du cotonnier cultiv puisque dans
les conditions optimales G. hirsutum boucle son cycle en 175 jours en moyenne, mais cette
dure peut sallonger jusqu 210 jours.
Daprs Benbouza, les tudes prcdentes, la BC2S3/09(6)2 est plus stable que la BC2S1, le
fait quelle produise moins de branches vgtatives la rapproche donc plus du cotonnier
cultiv, ce qui est en conformit avec nos rsultats.
Par ailleurs, le polymorphisme interspcifique rvl laide des marqueurs SSRs devrait
permettre danalyser le degr dintrogression de segments de chromosomes des deux espces
sauvages G. sturtianum et G. raimondii chez la descendance de lhybrides HRS.
Chez les hybrides qui ont fait lobjet de notre tude, les amorces BNL3590, BNL2443b,
BNL226, BNL3989 ont amplifi les marqueurs microsatellites indiquant une forte probabilit
de lintrogression dallles provenant de G. sturtianum. En effet, ces marqueurs sont localiss
sur les chromosomes 2 et 3, chez qui sont cartographis respectivement peu de marqueurs, et
o, au moins un segment chromosomique de lespce donneuse G. sturtianum a t identifi.
Lamorce BNL3971 na pas amplifi sur le chromosome 2. Ce manque damplification par
rapport aux rsultats attendus, vu quun criblage a dj t effectu, peut tre lis entre autre
la PCR, la qualit de lADN, des problmes lis la rvlation ou tout simplement des
erreurs de manipulation. Les tudes prcdentes, (Benbouza, 2004) annoncent que pour cette
amorce, un niveau hautement significatif de lexpression du caractre glandless seed et
glanded plant , , ce qui poserait un problme dchantillonnage en supposant que lallle
existe peut-tre chez la population mais pas chez les gnotypes observs.
Les pertes dallles de G. hirsutum observes avec lamorce BNL3436 par rapport au profil
amplifi par lamorce chez les varits utilises pour la cration de lhybride HRS, ont dj
fait lobjet dobservation.
Lidentification dindividus homozygotes G. sturtianum et lapparition de nouveaux allles
qui nexistaient pas forcment chez lespce donneuse et qui peuvent tre issus des
recombinaisons chromosomiques ,a t aussi observ chez Benbouza, (2004).


49
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
Cette exprimentation avait pour objectif de caractriser la descendance BC2S1,
BC2S3/09(6)2 de lhybride trispcifique HRS prsentant une inhibition de la synthse de
gossypol uniquement dans les graines, en vue dvaluer le niveau dintrogression du caractre
au point de vue phnotypique.
Pour tudier le comportement phnologique et agro-morphologique des hybrides par rapport
au cotonnier cultiv, le suivi a port sur des paramtres caractristiques des phnophases du
cycle (germination, leve, prfloraison, floraison, formation des capsules) de la croissance
(hauteur, diamtre au collet, nombre de branches monopodiales, nombre de branches
sympodiales) et de la productivit (nombre de capsules). Au terme de cette tude on peut dire
que :
la forte mortalit observe chez les hybrides est plus due au facteur de ltalit et aux
effets de lhybridation interspcifique qui confreraient aux graines des hybrides une
conformation morphologique diffrente des graines de G. hirsutum. Cette mal formation se
traduit par un faible taux de germination;
lirradiation effectue en vue de contourner le facteur de ltalit au niveau des
hybrides na pas donn les effets recherchs ;
le comportement phnologique des hybrides a t similaire au cotonnier cultiv
jusqu la prfloraison, et les prvisions montrent quils peuvent ventuellement boucler leur
cycle dans la mme gamme de temps que G. hirsutum dans certaines conditions. Cependant il
ny a pas de prcocit en ce qui concerne lapparition des premires feuilles ou des capsules
chez les hybrides ;
le port rig des hybrides rappelle celui du cotonnier cultiv lexception du nombre
trs important de branches ;
la croissance en hauteur et en diamtre des hybrides est quasi identique au cotonnier
cultiv, avec une lgre dominance des hybrides ;
les nombres de branches monopodiales, sympodiales, de boutons floraux et de
capsules ont t plus importants chez les hybrides ;
la BC2S3/09(6)2 pour les paramtres observs semble tre plus proche du cotonnier
cultiv que la BC2S1 ; cependant vu la population trs rduite des hybrides il est difficile de
tirer des conclusions statistiquement fiables avec ces rsultats.

50
Le caractre introgress nest pas compltement fix, et pourrait tre lorigine du
faible taux de fertilit. Do lapplication dhormones de rgulation pour obtenir des capsules.

En dfinitive, il est possible de dire que les hybrides ont dvelopp un phnotype similaire
celui du cotonnier cultiv G. hirsutum, jusqu' la prfloraison pour les paramtres observs, et
quil est possible quils achvent leur cycle dans le mme intervalle que celui-ci. Loriginalit
de cette tude rside dans le fait que la caractrisation de la descendance de lhybride
trispcifique na jamais fait lobjet dtude spcifique. Lhybridation interspcifique qui met
en interaction des gnes de deux espces, aboutit non seulement lextriorisation de
nouveaux caractres mais aussi de profondes perturbations des mcanismes de rgulation
cellulaire importantes du point de vue de la fcondit de lorganisme. En outre si on parvient
matriser le problme de ltalit et de fcondit des hybrides, les graines de cotonnier trs
riches en lipides et en protines pourraient servir sans risque de toxicit lalimentation des
animaux monogastriques et des hommes.
Les rsultats obtenus avec lamplification des marqueurs microsatellites ne nous permettent
pas dmettre une conclusion, cause de la population trs rduite tudie.
En effet, ces analyses sont complter pour non seulement cribler une plus grande zone de
chromosomes impliqus dans lintrogression du caractre mais aussi augmenter le nombre
dhybrides qui prsentent un faible taux de gossypol des graines dans des gnotypes de G.
hirsutum.
Ce travail nest quune tape dans le programme damlioration du cotonnier par hybridation
interspcifique entam depuis longtemps pour lobtention dun hybride prsentant, une
inhibition de la synthse du gossypol uniquement dans la graine. Au regard de limportance
de limpact que cela devrait avoir sur les populations surtout des pays sous dvelopps, il est
important que soit entrepris pour ce programme qui ambitionne de dvelopper lutilisation des
sous produits de la graine de cotonnier :
une tude supplmentaire avec une population plus importante pour ventuellement
confirmer nos rsultats. Ltude devra se faire jusqu lvaluation des graines pour pouvoir
apprcier le degr dintrogression tous les niveaux ;
Une analyse dun plus grand nombre damorces SSRs afin de saturer la carte
chromosomique du cotonnier pour mieux localiser les gnes dintrt.
Il serait aussi ncessaire de :

51
Continuer les autofcondations qui pourraient aboutir la stabilisation et la fixation
du caractre ;
Essayer dautres mthodes pour contourner le facteur de ltalit puisque lirradiation
na pas march.
Amnager une serre en vu doptimiser les conditions de rponse du matriel vgtal
par rapport leffet recherch.

52
BIBLIOGRAPHIE
Ahoton, L., (2002). Utilisation des espces sauvages australiennes Gossypium sturtianum F.H
Willis et G.austral F. Muell. pour lamlioration du cotonnier cultiv G. hirsutum L. Thse de
Doctorat. Facult des Sciences Agronomiques, Gembloux, Belgique, p175.
Akhmedov, M.B. et Semenikhina L.V. (1977). Microsporogenesis in The Interspecific
Triploid Hybrid G. hirsutum L. cv. Tashkent-3 x G. sturtii F. Muell. and its Amphidiploid.
Uzb. Biol. Zh. 21: 76-86
Altman, D.W., Stelly, D.M., et Kohel., R.J. (1987). Introgression of the Glanded-Plant and
Glandless-Seed Trait from Gossypium sturtianum Willis into Cultivated Upland Cotton Using
Ovule Culture. Crop. Sci. 27 : 880-884.
Andr B., et Verschraege, L. (1984). Amlioration du cotonnier G. hirsutum L. par
hybridation interspcifique : utilisation de lespce G. areysianum (Delf) Hutch. Bull Rech
Agron Gembloux 18 : 151-164.
Ano G. Schendiman J., Fersing J. et Lacape M. (1982). Les cotonniers primitifs G.
hirsutum race Yucatanense de la pointe des Chteaux en Guadeloupe et lorigine possible des
cotonniers ttraplodes et du nouveau monde. Coton Fibres Trop. 37 : 327-332.
B, H. (2004). Itinraire technique du dsherbage du mas (Zea mays l.) En zone sahelo-
soudaneene : alternative a latrazine. Mmoire dingnieur Agronome, ENSA This.p78.
Baudoin, J. P. (2001). Contribution des ressources phytogntiques la slction varitale de
lgumineuses alimentaires tropicales. Biotechnol. Agron. Soc. 5 : 221-230.
Benbouza, H., Baudoin, J.P. et Mergeai, G. (2004, en prparation). Amlioraton de la
mthode dextraction dADN au CTAB applique aux feuilles de cotonnier. p10.
Benbouza, H., Lognay, G., Palm, R., Baudoin, J.P. et Mergeai, G. (2002). Development of
Visual Method to Quantify the Gossypol Content in Cotton Seeds. Crop Sci 42, p. 1937-1942.
Benbouza. H. (2004). Introgression chez Gossypium hirsutum L. et cartographie au moyen de
marqueurs microsatellites des gnes responsables du caractre low-gossypol seed and high-
gossypol plant . Thse de Doctorat Facult des Sciences Agronomiques, Gembloux,
Belgique, p266.
Brown, M.S. (1961). Chromosome differentiation in Gossypium. Amer. J. Bot. 48: 532-542.

53
Brubaker, C. L. et Wendel, J.F. (1994). Re-evaluating the origin of domesticated cotton
(G.hirsutum) using nuclear restriction fragment length polymorphism. Am J Bot 81 :1309-
1326.
Brubaker, C. L., Benson, C. G., Miller C. et Leach N. D. (1996). Occurence of terpenoid
aldehydes and lysigenous cavities in the glandless seeds of Australian Gossypium species.
Australian J Bot 44 : 601-612.
Bruinsma, W. (1987). Entomologie applique. Chapitre 11 : Le cotonnier. CILSS / CENTRE
AGRHYMET / PAYS BAS. Dpartement de formation en protection des vgtaux (d.). p97.
Cauderon, Y. (1981). Hybridation interspcifique et amlioration des plantes. I volution
des voies dtude des relations entre espces. C.R. Acad. Agric. Fr., 67: 1001-1012.
Cheftel, J. C., Chefteel, H. et Besanon P. (1986). Introduction la biochimie et la
technologie des aliments. Vol 2, p145.
Dao, V. T. (2002). Le Gossypol et ses nouveaux drivs : synthses et tudes dactivits
biologiques. Thse de Doctorat., Paris : Universit Paris XI, Orsay. p201.
De Vienne, D., (1998). Les marqueurs molculaires en gntique et biotechnologies
vgtales. 2
e
d. INRA Paris. p200.
Demol, J. (1992). La connaissance de la plante In Le cotonnier au Zare. Bruxelles : (d)
Administration Gnrale de la Coopration au Dveloppement. Publication agricole n29
p247.
Demol, J., Baudoin, J P., Louant, B. P., Marchal, R., Mergeai, G. et Otoul, E. (2002).
Amlioration des plantes. Application aux principales espces cultives en rgions tropicales.
(d) Les presses agronomiques de Gembloux. p581.
Demol., J., Verschaege L. et Marchal, R. (1978). Utilisation des espces sauvages en
amlioration cotonnire. Observation sur les caractristiques technologiques des nouvelles
formes allohexaplodes. Coton Fib Trop 33 : 327-333.
Dethier, P. (1987). Etude de la valeur alimentaire des produits et sous produits disponibles au
Sngal pour lalimentation des volailles. Mmoire dingnieur Agronome. FUSAGX. p78.
Dilday, R. H. (1986). Development of a cotton plant with glandless seeds, and glanded
foliage and fruiting forms. Crop Sci 26 : 639-641.

54
Endrizzi, J. E., Turcotte, E. L. et Kohel R. J. (1985). Genetics, cytology, and evolution of
Gossypium. Adv Genet 23 : 271-375.
Etienne, J. et Clauser E. (2001). Biochimie, Gntique, Biologie Molculaire. Coll. Abrgs
Cours + Exos. Masson. 431p.
Fao, (2004). Secrtariat CNUCED d'aprs le "Coton : statistiques mondiales - Bulletin du
Comit consultatif international du coton (CCIC)".
Gamboa, D. A., Calhoum, M. C., Kuhlmann, S. W., Haq, A. U. et Bailey C A, (2001). Use
of expander cottonseed Meal in Broiler Diets Formulated on a Digestible Amino Acid Basis.
Poultry Science 80 : 789-794.
GENAGRO. (1992). Le cotonnier, morphologie et phnologie. Maisonneuve et Larose /
Servedit, Paris, France. Cassette Audio Visuelle.23 min.
Hau, B. (1981). Lignes daddition sur lespce Gossypium hirsutum L. I. Utilisation de
lhybridation inter spcifique et de la mthode des lignes daddition pour lamlioration du
cotonnier. Cot. Fib. Trop. 26 : 247-258.
Hau, B., Lanon, J. et Dessauw, D. (1997). Les cotonniers. In ORSTOM, d. Lamlioration
des plantes tropicales.p 241-265.
Hedin, P. A., Parrot, W. L. et Jenkins J N (1992). Relationship of glands, cotton square
terpenoid aldehydes and other allelochemicals to larvae growth of Heliothis virescens
ouveu(Lepidoptera:Noctui). J Econ Entomol, 85: 359-364.
Kammacher, P. (1956). Les possibilits actuelles dapplication de lhybridation
interspcifique pour lamlioration du cotonnier en milieu africain. Coton Fibres Trop, 11 :
101-136.
Kashi, Y. et Soller M. (1997). Functional roles of microsatellites and minisatellites. In
Goldstein D. B., Schltterer C. eds. Microsatellites: Evolution and Applications. Oxford, UK:
Oxford University Press, 10-23.
Katterman, F.R.H. et Ergle D. R. (1970). A study of nucleic acids in Gossypium.
Phytochemistry 9 : 2007-2010.
Kb, B. (1999). Mise en place dun systme dalerte et davertissement Agricole sur le
coton ; analyse dun suivi phytosanitaire. Mmoire dingnieur Agronome, ENSA This.60 p.

55
Ketekou, S. F. (1985). Intrt biologique de lhuile de graine de coton In Le cotonnier sans
gossypol, une nouvelle ressource alimentaire. Abidjan, Cte-dIvoire: IDESSA, 58-62.
Lee J.A. (1982). Linkage relationship betweet Le and Gl allele in cotton. Crop Sci 22, p.
1211-1213.
Liu, J., Benedict C. R., Stipanovic R. D., Bell A. A. (1999). Purification and
characterization of S-Adenosyl-L-Methionine: Desoxyhemigossypol-6-0-Methytransferase
from Cotton Plants. An Enzyme Capable of Methylating the defense Terpenoids of Cotton.
Plant Physiology, 121: 1017-1024.
Liu, J., Saha, S., Stelly, D., Burr, B. et Cantrell R.G. (2000). Chromosomal assignment of
microsatellites loci in cotton. Amer. Genet. Assoc. 91 : 326-332.
Marqui, C., Eric, Hequet., (1995). Le coton glandless. Une scurit alimentaire en priode
de soudure. Bulletin du Rseau TPA 11. Cirad-CA, laboratoire de technologie cotonnire.
(Internet)
Mergeai, G. (1992a). Utilisation du cotonnier sauvage Gossypium areysianum (Defl) Hutch.
Pour lamlioration de lespce cultive Gossypium hirsutum L. Thse de Doctorat. Facult
des Sciences Agronomiques. Gembloux, Belgique, 168 p.
Mergeai, G. (1992b). Nouvelles perspectives concernant la mthodologie suivre pour
lintrogression chez le cotonnier cultiv (G. hirsutum L.) du caractre retard la
morphogense des glandes Gossypol. Coton fibre trop. 47 : 113-116.
Mergeai, G., Baudoin, J. P. et Vroh, Bi I. (1997). Exploitation of trispecific hybrids to
introgress the glandless seed and glanded plant trait of Gossypium sturtianum Willis into G.
hirsutum L. Biotech. Agron. Soc. Environ. 1 : 272-277.
Mullis, K.B, et al., (1985) prix Nobel de chimie 1993 The Polymerase Chain Reaction. P512.
Muramato, H. (1969). Hexaploid Cotton. Some Plant and Fiber Properties. Crop.Sci. 9 : 27-
29.
Ndungo, V., Demol, J. et Marchal R. (1998). Lamlioration du cotonnier Gossypium
hirsutum L. par hybridation interspcifique. 2. Mthodologie pour lexploitation de la
diversit gntique du genre Gossypium. Bull Rech Agron Gembloux. 23 : 27-49
Parry. G., (1982). Le cotonnier et ses produits. Techniques Agricoles et Productions
Tropicales. (d) Maisonneuve et Larose, Paris, France, p502.

56
Percy, R.G., Calhoum, M.C. et Kim H. L. (1996). Seed gossypol within Gossypium
barbadense L. cotton. Crop Sci 36 : 193-197.
Rivire, R. (1977). Manuel dalimentation des ruminants domestiques en milieu tropical. (d)
Institiut dlevage et de Mdecine Vtrinaire des pays Tropicaux. p521.
Santoni, S., Faivre-Rampant, P., Prado, P. et Prat, D. (2000). Marqueurs molculaires
pour lanalyse des ressources gntiques : et lamlioration des plantes. Cah Agric 9 : 311-
327.
Sarr, D. (2003a). valuation des potentialits des lignes monosomiques daddition des
espces diplodes australiennes sur Gossypium hirsutum L. pour lamlioration de la
principale espce cultive. Mmoire de fin dtude DEA en Sciences Agronomiques et
ingnieurie biologique, FUSAGX p 64.
Sarr, D. (2003b). Rle des marqueurs microsatellites cartographis dans lexploitation des
lignes monosomiques daddition. Rapport DEA en Sciences Agronomiques et ingnierie
biologique, FUSAGX p24.
Sment, G. (1986). Le cotonnier en Afrique Tropicale. Le technicien dagriculture tropicale.
(d) Maisonneuve et Larose, Paris, France.p133.
Stephens, S.G. (1947). Cytogenetics of Gossypium and the problem of the origin of new
world cottons. Adv Genet 1: 431-442.
Stewart, J. M. (1995). Potentiel for crop improvement with exotic germplasm and genetic
engineering. In Constable G A F.N., ed. Word Cotton Research Conference 1: 313-327.
Brisbane, Australian, CSIRO.
Tran, G. (1994). Le coton et ses co-produits en alimentation animale, la revue de
lalimentation animal, 482: 1-3.
Ulloa, M. et Meredith, W. R. (2000). Genetic linkage map and QTL analysis of agronomic
and fiber quality trait in an intraspecific population. J Cot Sci 4: 161-170.
Vander Jagt D.L., Deck L.M., Royer R.E. (2000). Gossypol: Prototype in inhibitors
targeted to dinucleitid folds. Cur Med Chem 7 : 479-798.
Vroh Bi, I. (1999). Etude de l'introgression du retard la morphogense des glandes
gossypol de la graine chez le cotonnier cultiv Gossypium hirsutum L. partir de l'espce

57
diplode australienne G. sturtianum Willis. Thse de Doctorat. Facult des Sciences
Agronomiques, Gembloux, Belgique, p 179.
Vroh Bi, I., Baudoin, J. P. et Mergeai, G. (1998). Cytogenetics of the glandless-seed and
glanded-plant trait from Gossypium sturtianum Willis introgressed into upland cotton
(Gossypium hirsutum L.). Plant Breeding 117: 235-241.
Wendel, J. F. (1989). New world tetraplod cotton contain old world cytoplasm. Evolution
88: 4132-4136.
Wendel, J.F. et Albert V.A. (1992). Phylogenetics of the cotton genus (Gossypium):
character-state weighted parsimony analysis of chloroplast-DNA restriction site data and its
systematic and biogeographic implications. Systm Bot 17: 115-143.
Wendel, J.F. et Cronn, R.C. (2003). Polyploid and the evolutionary history of cotton. Adv
Agron 78 : 139-186.
Wouters, W. (1958). Rapport annuel de lINEAC. Station de Gandajika, Groupe gntique.




















58

ANNEXE
Protocole dextraction
Le protocole dextraction dADN est dcrit ci- dessous :
(1) Prchauffer le tampon dextraction dans un bain-marie 60C;
(2) Broyer les chantillons de jeunes feuilles dans de lazote liquide;
(3) Ajouter au broyat 7,5 mL de CTAB/g de jeunes feuilles broyes;
(4) Ajouter 10-15 mg/g du charbon actif et 375 l/g mercaptothanol sous hotte et bien
vortexer;
(5) Incuber pendant 1 heure 65C avec agitation;
(6) Ajouter 7 ,5 mL/g de feuilles broyes dans une solution de chloroforme : alcool
isoamylique (24:1) temprature ambiante et agiter manuellement (par inversement des
tubes) pendant 5 min;
(7) Centrifuger pendant 10-min 16300g 4C pour acclrer la phase de sparation, si
ncessaire cette tape est rpte sur le surnageant pour clarifier la phase aqueuse;
(8) Rcuprer le surnageant et ajouter 2/3 du volume prlev disopropanol conserv 4C,
inverser les tubes doucement puis laisser prcipiter au moins 30 min 20 C;
(9) Centrifuger pendant 5 min 13000g 4C;
(10) Eliminer le surnageant;
(11) Ajouter 10 mL de tampon de lavage par g de feuilles broyes et placer en agitateur
(Gerhardt) pendant 30 min;
(12) Centrifuger pendant 5 min 13000g 4 C;
(13) Eliminer le surnageant et scher lADN lair libre pendant 20 min;
(14) Suspendre le culot dADN dans 100 300 l de TE 1x;
(15) Incuber lADN pendant 10 min 60C ;
(16) Traiter la solution avec 8 l de RNase /100 l dADN et incuber pendant 30-min 37C.
LADN extrait peut tre stock 4C la nuit et centrifuger pendant 2 min 650g, cette
dernire tape est facultative.
.