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Epidmiologie animale et
analyse de risques appliques
aux sciences vtrinaires
2DOC
Claude SAEGERMAN
Dpartement des maladies infectieuses et parasitaires,
Service dpidmiologie et analyse de risques
appliques aux sciences vtrinaires
Claude.Saegerman@ulg.ac.be
29/03/2006 ClaudeSaegerman 2
Prrequis et objectif principal
Prrequis
O Cours dpidmiologie
applique aux sciences
vtrinaires de 3
me
candidature
Objectif principal
O Aborder des problmes
de sant au niveau des
populations
O Ce cours est une
initiation cette
approche en procurant
des outils de
raisonnement
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O I. Notions de base :
I V : rvision
VI. standardisation des taux
O II. Le dpistage des maladies infectieuses
animales
I et II A, B, C : rvision
II D, E : La valeur des tests de dpistage
III A, B : lemploi des tests de dpistage
O III. Les enqutes en pidmiologie
descriptive
I IV A, B : rvision
IV C: Lchantillonnage, dtermination de
la taille des chantillons
V : Le questionnaire denqute
VIII : Les erreurs alatoires et les biais
Notes de cours
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OIV. Lpidmiosurveillance
OVII. Les armes disponibles
OVIII. Conception et organisation de
la lutte collective
OX. Lanalyse du risque
Notes de cours
Chapitre 1
Rappel des notions de base
en pidmiologie
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Dfinition de lpidmiologie
E Epi : sur demos : population logos : science
E Science qui tudie la distribution des maladies et des indicateurs de
sant dans les populations ainsi que les influences qui dterminent
cette distribution (OMS, 1968).
E Etude des maladies et des facteurs de sant dans une population
(Toma et al., 1996)
facteur de sant : ensemble des facteurs individuels et
denvironnement qui peuvent avoir une influence positive ou
ngative (facteurs de risque) sur la sant
population :
- ensemble des individus qui constituent une catgorie
particulire : par lespce, la race, le lieu de vie, loccupation,
lactivit, la production
- cest loriginalit de lpidmiologie qui la distingue des
sciences mdicales
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Population
Environnement
Agent
Pathogne
Interactions entre un agent pathogne, une population et lenvironnement
(= les 3 partenaires indissociables)
. Espces rcepti ves ?
. Nombre de sujets ?
. Race ?
. Sexe ?
. Age ?
. Spectre zoologique dhte(s) ?
. Pouvoir pathogne (virulence) ?
. Rsistance
(exemple : antibiotiques)
. Tropisme dorgane...
. Mode dlevage
. Alimentation
. Conditions bioclimatiques ?
Prsence de vecteurs ?

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Les principaux secteurs de
lpidmiologie
Opidmiologie descriptive
Opidmiologie analytique
Opidmiologie oprationnelle
Opidmiologie valuative
Opidmiologie thorique
Obeaucoup dautres dclinaisons sont possibles
(pidmiologie exprimentale, molculaire, )
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Epidmiologie descriptive
O dcrire, dans lespace et dans le temps, les
caractristiques lies la sant dans une population
O histoire naturelle des maladies ou troubles de la sant
O on rpond diffrentes questions :
Qui ? : caractrisation de la population
Quand et comment ? : rpartition et volution dans le temps
O et comment ? : rpartition et volution dans lespace
Combien ? : cot pour cette population
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Epidmiologie analytique
Oanalyser les mcanismes de dveloppement
dune maladie pour en comprendre le
fonctionnement et pouvoir les expliquer
(pidmiologie explicative ou tiologique)
Otudier la relation de cause effet
Oon rpond la question : pourquoi ?
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Oconception et application de plans de lutte
Otudier des problmes concrets concernant
une maladie et prendre des dcisions en vue
daboutir un rsultat optimal du plan de lutte
Epidmiologie oprationnelle
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O fournit les informations ncessaires au
pilotage des actions en cours, la modification
des programmes de lutte en fonction de
lvolution
O exemple : dterminer la frquence et la voie
dadministration dun vaccin
Epidmiologie valuative
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O modlisation des maladies et troubles de la
sant pour mieux les comprendre
O prdictions des maladies et troubles de la
sant pour mieux les anticiper
Epidmiologie thorique
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Otude dun facteur causal
exemple : Yersinia enterocolitica O:9 peut-il induire
une pathologie chez lhomme qui consomme de la
viande contamine ?
Oselon les mthodes de lpidmiologie
Odans une situation exprimentale
Odans la population tudie
Epidmiologie exprimentale
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O Marqueurs molculaires
O Aide au tracing back/on
O Exemple : tuberculose bovine
Epidmiologie molculaire
Outbreak*
(2000/06/26 ; 4260)
A
#
Outbreak (trader)
(2000/09/14 ; 4577)
A
Outbreak
(2002/02/22 ; 4287)
A
Outbreak
(2002/05/17 ; 9140)
A
Outbreak
(2000/06/16 ; 9968)
A #
mme souche de Mycobacterium bovis
Dtection par lsions
post-mortem labattoir
Allix et al., 2006
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Relations entre les diffrents secteurs
de lpidmiologie et la prophylaxie
Prophylaxie
Epidmiologie
descriptive
Epidmiologie
thorique
Epidmiologie
oprationnelle
Epidmiologie
analytique
Epidmiologie
valuative
1
2 3
4
Les principaux indicateurs
pidmiologiques
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Savoir raison garder
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Plan
1) Indicateurs pidmiologiques ?
2) Construction dun indicateur ?
3) Quantifier est-il ncessaire ?
4) Rapports en pidmiologie ?
5) Indicateurs de frquence ?
6) Comment standardiser des taux ?
7) Exercices dirigs
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1. Indicateurs pidmiologiques ?
O=descripteurs, quantitatifs ou qualitatifs,
refltant des aspects spcifiques et partiels
dun systme (maladie)
OFinalit : choisir des indicateurs pertinents
OObjectifs :
Connatre la frquence des maladies (dcrire)
Identifier des indicateurs de risque (analyser)
Suivre lvolution dun plan de lutte (valuer)
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Classifications
Oindicateurs bruts (population)
Oindicateurs spcifiques (sous-population)
Oindicateurs dun tat (prvalence)
Oindicateur dun changement dtat (incidence)
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Oindicateur ou marqueur de risque :
caractristique non modifiable dun individu ou
dun groupe dindividus associe
statistiquement la maladie (ex. : prsence de
la protine PrP
res
chez le bovin atteint dESB)
Oindicateur de sant : variable refltant lun
des aspects de ltat de sant dune population
(ex. : montant des frais VT par vache prsente
et par an)
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!
2. Construction dun indicateur ?
3 paramtres importants
pour transformer des
observationsen informations !!!
O Dfinir prcisment la maladie
=numrateur (n)
O Dfinir prcisment la population tudie
=dnominateur (N)
O Choisir une unit pidmiologique pertinente
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Dfinir la maladie (numrateur)
OClinique (signes cliniques)
Signes dappel vidents (diarrhe, toux)
Tableau clinique (quantification indispensable : t,
liste, score)
OInfra-clinique (recours aux examens de labo.)
Laboratoires accrdits
Techniques rfrences
Critres de positivit tablis
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Dfinir la population (dnominateur)
O La nature 3 exemples
rceptivit (paratuberculose)
exposition au risque (ESB)
mtabolisation (dioxines)
O Lespace 3 exemples
Race (myopathie dyspne)
microbisme ambiant (RSFP, babsiose bovine)
Temprature (Theilriose bovine)
O Le temps 3 exemples
ESB, botulisme, fulguration
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Choisir une unit pidmiologique pertinente
OAnimaux
OTroupeaux
OProvinces
ORgions
OPays
OContinent
OAnimal temps risque
Tendance
actuelle
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Animal temps risque
O=tenir compte de la dure dexposition des
animaux au risque
Oun cas nest plus expos au risque
OExemple : 1 troupeau bovin
60 bovins taient prsents toute lanne
20 autres de [janvier mai]
5 autres en dcembre
Combien y avait-il danimaux-anne ?
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O=(60 x 12) +(20 x 5) +(5 x 1)
O=825 bovins - mois
O=69 animaux - anne
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3. Quantifier est-il ncessaire ?
OQuantification en termes absolus :
nombre de cas, de foyers, de ragissants,
exemple : 10 foyers nautorise pas la
comparaison
OQuantification en termes relatifs (=indicateur) :
rapport = numrateur =nombre dvnements =n
dnominateur population tudi N
exemple : 10 foyers/50 troupeaux ou 10
foyers/50.000 troupeaux Les frquences en
termes relatifs sont plus indiques en pidmio.
car elles autorisent des comparaisons
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4. Les rapports en pidmiologie
OProportion ?
OPourcentage ?
ORatio ?
OTaux ?
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Proportion ?
O exemple : une IDC des bovins du troupeau de
Monsieur Dupont est ralise par un vtrinaire
dexploitation. Sur 100 bovins tuberculins, 20 sont
positifs. Quelle est la proportion de bovins positifs ?
0,20
O =rapport entre 2 grandeurs, dont le numrateur est
inclus dans le dnominateur
O =a/(a+b)
O valeur comprise entre 0 et 1
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Pourcentage ?
Oexemple : une IDC des bovins du troupeau de
Monsieur Dupont est ralise par un
vtrinaire dexploitation. Sur 100 bovins
tuberculins, 20 sont positifs. Quel est le
pourcentage de ragissants ? 20 %
O=proportion exprime en %
O=proportion multiplie par cent
Ovaleur comprise entre 0 % et 100 %
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Ratio ?
Oexemple : une IDC des bovins du troupeau de
Monsieur Dupont est ralise par un
vtrinaire dexploitation. Sur 100 bovins
tuberculins, 20 sont positifs. Quelle est le ratio
entre les bovins positifs et les bovins ngatifs ?
20/80 =0,25
O=rapport entre les valeurs de 2 variables =a/b
Ovaleurs comprises entre 0 et
Oautorise la comparaison de populations de
nature diffrente (poussins/m
2
et nombre
dU.G.B./Ha)
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Taux ?
Osuite de lexemple prcdent : une IDC est
ralise 6 semaines plus tard et sur 100 bovins
tests, 30 ragissent cette fois (dont les 20
premiers)
Otaux dinfection ? Remarquons que le taux
dinfection taux de ragissants lIDC.
Osupposons un test parfait (Se et Sp =100%),
dans ce cas le taux dinfection =10 bovins/6
semaines ou 10 bovins/80 bovins susceptibles
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Osoit 1,66 bovin/sem. ou 0,125/bovin
susceptible
O=nombre dvnements observs par unit
de temps, rapports la population soumise
au risque
O=mesure de changement de la valeur dune
variable par unit de changement dune autre
variable dont dpend la premire (sens
anglo-saxon)
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Les taux spcifiques en pidmiologie ?
dclinaison trs vaste (liste non exhaustive)
OTaux dinfection
OTaux de morbidit
OTaux de mortalit
OTaux de ltalit
OTaux dattaque
OTaux datteinte
OTaux reproductif de base (R
0
)
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Taux dinfection
O = nombre de sujets infects
population soumise au risque
Ole numrateur : il sagit danimaux infects et
non ragissants
Ole dnominateur : il sagit de la population
soumise au risque donc pas toujours toute la
population
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Taux de morbidit
O= nbre de malades pdt temps ou t
0
nombre de sujets de la population
Oexemple : un levage de poules pondeuses;
100 poules ont t malades en une semaine
sur un effectif de dpart de 5000 poules. Quel
est le taux de morbidit ? =100/5000 =0,02 ou
2% de poule par semaine
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Taux de mortalit
O= nbre de morts pdt temps
nombre de sujets de la population
O exemple : entre 15/8/2002 et le 31/8/2002, sur
100 bovins, 10 sont morts de botulisme. Quel
est le taux de mortalit ? 0,10 ou 10%
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Taux de ltalit
O= nbre morts pdt temps
nbre de malades de la population
Oexemple : sur 30 veaux malades, 15 sont
morts. Quel est le taux de ltalit : 0,5 ou 50%
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Taux dattaque
O =taux dincidence du dbut dun vnement
O exemple de taux dattaque primaire : nombre de foyers
primaires dclars les premiers jours dune pizootie
de F.A.
O exemple de taux dattaque secondaire : nombre de
foyers 2
aires
dclars pendant la priode dincubation
de la maladie
O le taux dattaque secondaire traduit le degr de
transmission de la maladie partir des foyers 1
aires
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Taux datteinte
O =nbre cas (foyers) identifis pdt temps
nbre sujets (cheptels) exposs t
0
O =probabilit pour un sujet ou un cheptel dtre atteint
pendant le droulement du phnomne morbide
Certains auteurs ne font pas de distinction entre
taux dattaque et taux datteinte
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Taux reproductif de base (R
0
)
O =nombre de nouveaux cas infectieux quun individu
peut produire quand il est introduit dans une espce
susceptible
O la magnitude de ce taux dtermine la prennit de la
maladie :
O R
0
<1 : la maladie disparatra
O R
0
=1 : la maladie atteindra un tat dquilibre avec,
terme, une proportion constante de la population
infecte
O R
0
>1 : la maladie aura un caractre pizootique
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5. Indicateurs de frquence
OPrvalence
OIncidence
OFormes pidmiologiques des maladies
!
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Prvalence
O=indicateur pidmiologique dun tat
O=nombre total de cas ou de foyers dune
maladie, dans une population dtermine, un
instant donn ou au cours dune priode
donne
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Prvalence instantane
O =nombre de cas ou de foyers un moment donn
(photographie, notion statique)
O =indicateur pidmiologique dtat
O prvalence est exprime en nombre absolu
O indicateur de prvalence est exprim en nombre relatif
(pourcentage, taux)
Remarque : prfrer cette notion la sui vante
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Prvalence pendant un
priode donne
O=somme entre la prvalence instantane au
moment t
0
et lincidence pendant la priode
considre
O=indicateur mixte dtat et de changement
dtat
Oelle est dcline : annuelle, semestrielle,
trimestrielle, mensuelle, hebdomadaire,
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Prvalence apparente (P.A.)
O=valeur de la prvalence dont le calcul rsulte
de lutilisation des moyens didentification de la
maladie
O= des rsultats positifs =V.P. +F.P.
O=(Se x P.R.) +(1-Sp) (1-P.R.)
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Prvalence relle (P.R.)
O= vrais positifs + faux ngatifs
O=P.A. +(Sp-1)
Se +Sp 1
OP.A. dpend des moyens didentification
OP.R. est la prvalence infection (pas toujours
facile tablir)
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Exemple
OCalculez la prvalence relle dune infection
sachant quun test de Se =0,85 et de Sp =
0,90 a rvl une prvalence apparente de
25%.
OPR =[PA+Sp-1]/[Se+Sp-1]
=[0,25+0,90-1]/[0,85+0,90-1]
=0,20 ou 20 %
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Comment voluent P.A. et P.R. ?
O P.R. et P.A. ont en commun les V.P.
O P.R. et P.A. diffrent par les erreurs (F.N. et F.P.)
O Si Se Sp et P = 50 % P.A. P.R.
O Si Se Sp et P 0 F.P. >>> F.N. P.A. >> P.R.
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29/03/2006 ClaudeSaegerman 52
Incidence
O =nombre de cas ou de foyers nouveaux dune
maladie, dans une population dtermine, au cours
dune priode donne (notion dynamique !!!)
O =indicateur pidmiologique de changement dtat (li
un risque)
O incidence est exprime en nombre absolu
O indicateur dincidence est exprim en nombre relatif
(pourcentage, taux) se rfrer leffectif de la
population considre pendant t
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Incidence cumule (IC)
O=sommation de lincidence de priodes
successives
OIC permet de quantifier la probabilit qu une
animal, en dbut de priode, dtre atteint par
la maladie en cours de priode
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0
5
10
15
20
25
30
35
40
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Temps
I
n
c
i
d
e
n
c
e
Incidence Incidence cumule
E 19
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Incidence instantane
nombre de cas de maladie
survenant dans une population
durant une priode particulire
I.I. =
________________________________________________________________
somme pour tous les individus
de la longueur du temps risque
pour dvelopper la maladie
Exprime en animal temps risque
Ce taux est frquemment utilis dans les modles mathmatiques
29/03/2006 ClaudeSaegerman 56
Modliser pour comprendre
Pr
In
E
D
C
B
A
7 6 5 4 3 2 1
29/03/2006 ClaudeSaegerman 57
Relation entre incidence et prvalence ?
Temps
1
er
janvier 31 dcembre
+

Incidence annuelle
(20 foyers)
Assainissement
(15 foyers)
Prvalence instantane
Prvalence instantane
20 foyers 25 foyers
Prvalence annuelle
40 foyers
E 20
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29/03/2006 ClaudeSaegerman 58
Formes pidmiologiques des maladies ?
OPandmie ou panzootie
OEpidmie ou pizootie
OEndmie ou enzootie
OCas sporadiques
OAnadmie ou anazootie
29/03/2006 ClaudeSaegerman 59
Pandmie (= panzootie) ?
O =maladie qui se propage sur de grandes distances,
travers plusieurs continents et qui affecte une
importante partie de la population humaine (pandmie)
ou animale (panzootie)
O exemple de pandmie : grippe humaine, SIDA
O exemple de panzootie : maladie de Newcastle,
parvovirose canine
29/03/2006 ClaudeSaegerman 60
Epidmie (= pizootie) ?
O =maladie affectant brutalement un grand nombre
danimaux la fois dans une rgion donne
O =FA, stomatite vsiculeuse, maladie
vsiculeuse du porc, peste bovine, peste des
petits ruminants, peste quine, PPC, PPA,
peste aviaire (influenza aviaire hautement
pathogne), PPCB, dermatose nodulaire
contagieuse, clavele et variole caprine, fivre
de la valle de Rift, fivre catarrhale du
mouton, maladie de Newcastle
E 21
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29/03/2006 ClaudeSaegerman 61
Endmie (= enzootie) ?
O =maladie, exprime cliniquement ou non, svissant
rgulirement chez lanimal dans une rgion donne
O En fonction du fait que lincidence de la maladie et/ou
la rsistance de lhte suffisent ou ne suffisent pas
pour limiter la morbidit et/ou la mortalit :
endmique stable
endmicit instable
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OExemples dendmies : paludisme en zone
tropicale, brucellose en Mongolie
OExemples denzooties : brucellose dans les
pays mditranens, rage en Belgique dans
les annes 1980
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Maladie sporadique ?
O=maladie survenant de faon irrgulire (dans
le temps et dans lespace) et en gnral peu
frquemment
OExemple : hydrocphalie acquise chez les
ruminants
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Anadmie (= anazootie) ?
O=maladie contagieuse ou non, dallure
pidmique, sporadique ou endmique dont
les cas ont une seule et mme origine
commune
OExemples : encphalopathie spongiforme
bovine, T.I.A.C., pisode de trichinellose en
France (viande chevaline importe de pays
tiers)
29/03/2006 ClaudeSaegerman 65
Distribution de frquence selon la
forme pidmiologique
Enzootie
Epizootie

Sporadique
?
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Description des formes pidmio.
dans le temps et dans lespace
Illimit Limit Enzootie
Limit Limit Epizootie
Limit Illimit Panzootie
Temps Espace Forme
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29/03/2006 ClaudeSaegerman 67
Des maladies pluriformes ?
OLa forme dune maladie peut voluer au cours
du temps
OExemple : brucellose bovine ou rage en
Belgique (enzootique sporadique)
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6. Comment standardiser des taux ?
OUne population est souvent htrogne
O=ensemble de sous-populations
OComment rassembler des observations de
plusieurs sous-populations afin dobtenir des
informations comparables entre-elles ?
O=standardisation des taux
OExemple de mthode (standardisation directe)
29/03/2006 ClaudeSaegerman 69
Standardisation directe (4 tapes)
C = dtermination des taux spcifiques

REGION A REGION B

Elevages Laitiers Allaitants Total Elevages Laitiers Allaitants Total
Nombre
levages
4.000 1.000 5.000 Nombre
levages
1.000 4.000 5.000
Nombre
foyers
20 30 50 Nombre
foyers
20 120 140
Taux
datteinte
0,5 % 3 % 1 % Taux
datteinte
2 % 3 % 2,8 %

E 24
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C = tablissement de la population de rfrence
(= population standard)

Elevages Laitiers Allaitants
Rgion A 4.000 + 1.000 +
Rgion B 1.000 4.000
Total 5.000 5.000

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C = calcul des effectifs standardiss



Elevages Laitiers Allaitants Total Elevages Laitiers Allaitants Total
Nombre
levages
5.000 5.000 10.000 Nombre
levages
5.000 5.000 10.000
Taux
datteinte
0,5 % 3 % Taux
datteinte
2 % 3 %
Nombre
foyers
standardiss
25 150
175
Nombre
foyers
standardiss
100 150
250

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C = dtermination des taux standardiss

REGION A : 175/10.000 = 1,75 % REGION B : 250/10.000 = 2,5 %

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Quelques dfinitions
pour donner lenvie den savoir plus
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Dfinitions extraites du glossaire
dpidmiologie animale
O Agent pathogne : agent mcanique, physique, chimique,
biologique, comportemental ou social dont la prsence, lexcs ou
linsuffisance joue un rle dans lapparition dune maladie
O Dose infectante : quantit de germes capables de provoquer une
infection chez des organismes dune catgorie dfinie, dans des
conditions prcises
O Incubation : dlai sparant la rencontre entre lagent pathogne et
lorganisme, de lapparition des symptmes de la maladie
O Infection : pntration et reproduction dans un organisme rceptif
dune entit trangre capable de sy multiplier et de reproduire
des entits identiques
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Dfinitions extraites du glossaire
dpidmiologie animale
O Maladie : perturbation non compense dune ou de plusieurs
fonctions dun organisme vivant. Entit morbide due un agent
pathogne svissant dans une population sensible
O Maladie contagieuse : maladie transmise par contact direct ou
indirect avec un organisme source de lagent pathogne
O Maladie infectieuse : maladie due un microbe qui se multiplie
dans lorganisme atteint
O Maladie transmissible : maladie dont lagent peut tre transmis
ou retransmis des organismes
O Porteur de germes : organisme hbergeant un agent pathogne
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Dfinitions extraites du glossaire
dpidmiologie animale
O Rceptivit : aptitude hberger un agent pathogne, en
permettre le dveloppement ou la multiplication sans forcment en
souffrir
O Rcidive : rapparition des symptmes dune maladie, plus ou
moins longtemps aprs sa gurison et la suite dune nouvelle
infection ou infestation
O Rcurrence : rapparition des symptmes dune maladie chez un
sujet apparemment guri, sans nouveau contact avec lagent
pathogne
O Rservoir : espce(s), milieu(x) ou mcanisme(s) permettant la
survie dun agent pathogne considr en tant quespce