I.

Replicacin y reparacin del DNA

OBJETIVOS DEL BLOQUE I:
a) Estudio de los mecanismos moleculares subyacentes a los procesos de:
transmisin de la informacin gentica (Replicacin) y
su mantenimiento de forma ntegra (Reparacin) su mantenimiento de forma ntegra (Reparacin)
c) Fomentar la capacidad de anlisis, interpretacin y discusin de
lt d b dif t t d l d li i resultados sobre diferentes aspectos del proceso de replicacin y
reparacin del DNA.
Mantenimiento de la informacin gentica Mantenimiento de la informacin gentica
1 Sntesis del material gentico: Replicacin 1. Sntesis del material gentico: Replicacin
2. Evitar acumulacin de errores: Reparacin
DNA DNA DNA DNA
DNA DNA
Molcula original parental
Molcula original parental
Molculas hijas
Molculas hijas
Organizacin general actividades Bloque I Organizacin general actividades Bloque I
8 Clases magistrales:
1 Introduccin Conceptos generales DNA: estructura y organizacin 1. Introduccin. Conceptos generales DNA: estructura y organizacin
2. Replicacin DNAI. Conceptos bsicos
3. Replicacin DNA II. Maquinaria y mecanismos bsicos en procariotes
4 Replicacin DNA III Idem 4. Replicacin DNA III. Idem
5. Replicacin DNA IV. Origen y terminacin de replicacin en procariotes
6. Replicacin DNA V. Replicacin en eucariotes
7 R i d DNA I P i d i DNA 7. Reparacin de DNA I. Procesos y mecanismos de reparacin DNA
8. Reparacin de DNA II. Mecanismos de reparacin y patologias
3 Sesiones de Supuestos prcticos:
9. Resolucin y discusin de Supuestos 1 y 2 (2 grupos)
10. Resolucin y discusin de Supuestos 3 y 4 (2 grupos) y p y ( g p )
11. Resolucin y discusin de Supuestos 5 y 6 (2 grupos)
1 tutora 1 tutora
1 sesin evaluacin continua
Organizacin docente (2014-2015):
Bloque I: Replicacin y repacin del DNA
L L 8 M t 9 Mi l 10 J 11 Vi 12 Lugar y
fecha
Lunes 8
(Septiembre)
Martes 9
(Septiembre)
Mircoles 10
(Septiembre)
Jueves 11
(Septiembre)
Viernes 12
(Septiembre)
11.00-12.00
Seminario VIII
Introduccin
(M. Fernndez
&A Cano)
Replicacin en
procariotes I
(A Cano)
Replicacin en
procariotes II
(A Cano)
Replicacin en
procariotes III
(A Cano)
Origen de
replicacin en
procariotesI
Lugar y
fecha
Lunes 15
(Septiembre)
Martes 16
(Septiembre)
Mircoles 17
(Septiembre)
Jueves 18
(Septiembre)
Viernes 19
(Septiembre)
& A. Cano) (A. Cano) (A. Cano) (A. Cano) procariotes I
(A. Cano)
( p ) ( p ) ( p ) ( p ) ( p )
10.00-11.00
Seminario VIII
Replicacin en
Eucariotes
(A. Cano)
SCP 1
Replicacin 1
(2311) (A. Cano)
SCP2
Replicacin 2
(2311) (A. Cano)
11.00-12.00
Seminario VIII
SCP 1
Replicacin 1
(2312) (A. Cano)
Eval SCP1
Reparacin I
(A. Cano)
Reparacin II
(A. Cano)
SCP2
Replicacin 2
(2312) (A. Cano)
Lugar y
fecha
Lunes 22
(Septiembre)
Martes 23
(Septiembre)
Mircoles 24
(Septiembre)
Jueves 25
(Septiembre)
Viernes 26
(Septiembre)
9.00-10.00
Seminario
SCP3
Replicacin 3
Eval SCP2
Tutora
Evaluacin SCP3
Evaluacin
VIII (2311) (A. Cano) Continuada 1
(2311) Sem. VIII
(2312) Sem. VI
11.00-12.00
S i i
SCP3
R li i 3 Seminario
VIII
Replicacin 3
(2312) (A. Cano)
Estructura y Replicacin del DNA Estructura y Replicacin del DNA::
Visin general del proceso Visin general del proceso Visin general del proceso Visin general del proceso
1. Estructura del DNA: Conceptos bsicos
C t i Componentes qumicos
Enlaces: glicosdico (azcar base nitrogenada) Enlaces: -glicosdico (azcar-base nitrogenada)
fosfo-ster (azcar-fosfato)
fosfo-dister (entre nucletidos) fosfo dister (entre nucletidos)
Caractersticas extremos 5 y 3
Estructura DNA
Componentes qumicos del DNA Componentes qumicos del DNA
Deoxiribonucletidos Deoxiribonucletidos
Pirimidinas Purinas
Base:
(A:adenina) (G:guanina) (T:timina)
(C:citosina)
Nucletido:
Nuclesido:
dA dG dT dC
Nucletido:
Nuclesido +
Fosfato
(dGMP) (dTMP) (dCMP) (dAMP)
Nuclesido:
Base+
Azcar (2deoxiribosa)
dA:Deoxiadenosina dG:Deoxiguanosina dT:Deoxitimidina dC:Deoxicitidina
Deoxirobonucletidos: enlaces Deoxirobonucletidos: enlaces
N-glicosdico
(C1-N1/N9)
H
2 deoxiribosa (2 H)
(RNA: ribosa (2 OH)
Ester: fosfato-5OH-azcar
H
3OH libre
Estructura de los cidos nucleicos: enlace fosfodister Estructura de los cidos nucleicos: enlace fosfodister
Enlace fosfodister:
3
(OH)
-5
(-P)
Direccin: 5-3
Complementareidad de bases en el DNA: Complementareidad de bases en el DNA:
Enlaces de puentes de H Enlaces de puentes de H
Lehninger
2 cadenas antiparalelas,
con bases complementarias: A=T, C G
La estructura de doble hlice del DNA La estructura de doble hlice del DNA
Distancia
entre
bases bases
(3,4)
Alberts
Doble hlice hacia la derecha
L t t h li id l La estructura helicoidal
se repite cada 35,4
35 4
10,4 pares
de bases/
35,4
vuelta
de hlice
Interacciones protena-DNA
STRYER
Fig. 27.8. Major and minor
grooves in B-form DNA
2 nm
DNA: polinucletido de doble cadena: DNA: polinucletido de doble cadena:
Estructura tri Estructura tri Den doble hlice Den doble hlice
Visin 3Dde la doble hlice del DNA Visin 3Dde la doble hlice del DNA
Estructura tri Estructura tri--D en doble hlice D en doble hlice
Visin 3D de la doble hlice del DNA Visin 3D de la doble hlice del DNA
4.01. Alberts
Tipos de almacenamiento de la
Informacin gentica.
DNA DNA
Mayoritario:
-DNA de doble cadena (dsDNA)
(doble hlice) (doble hlice)
Algunos virus:
DNA d ill ( DNA) -DNA cadena sencilla (ss DNA)
RNA (virus RNA)
- RNA cadena sencilla (ssRNA)
- RNA cadena doble (ds RNA),
Retrovirus
Lewin, VII
Empaquetamiento del DNA
mm
Lewin, Genes VII ,
Empaquetamiento del DNA
cleoid
Cromosomas Procariotes:
Normalmente, DNA en una nica
molcula de DNA circular
E. coli: 4.300 Kbp (4,3 Mbp)
de doble cadena (ds DNA circular)
Nucleoide Nucleoide: DNA superenrrollado : DNA superenrrollado
50-100 lazos
superenrrollados
(dominios) (dominios)
Protenas de empaquetamiento: Protenas de empaquetamiento:
Unin inespecfica al DNA
HU, protena pequea, dimrica bsica
H-NS, protena monomrica, neutra
Empaquetamiento del DNA en eucariotes Empaquetamiento del DNA en eucariotes
Eucariotes tienen ms DNA que procariotes:
Los seres humanos tienen 3 000 millones de Los seres humanos tienen 3.000 millones de
pares de bases (3x10
9
) en 23 cromosomas (haploide).
Distancia entre bases es 3,4 Angstrom g
Implica que para humanos la longitud de su DNA
haploide sera de 3 4x3x10
9
Angstroms =1 02 m haploide sera de 3,4x3x10 Angstroms 1.02 m,
2.04 m por clula (genoma diploide)
El tamao de un ncleo celular es 5-10 m
de dimetro:
NO CABE si no se EMPAQUETA
Ncleo de una clula eucaritica en interfase Ncleo de una clula eucaritica en interfase
DNA empaquetado en
Cromatina:
Complejo nucleoproteco p j p
50% DNA
50% protenas
Histonas
No histonas
(bsicas)
Niveles de organizacin de la cromatina: Niveles de organizacin de la cromatina:
Cadena 11 nm
collar de perlas
Nucleosomas
Interacciones
Protenas
no-histonas: Interacciones
con H1
no histonas:
acodamientos
en el DNA
Interfase
cromatina c o at a
Fibras de cromatina de clulas eucariticas al m.e. Fibras de cromatina de clulas eucariticas al m.e.
30 nm
11 nm 11 nm
Alberts
Niveles de organizacin de la cromatina: Niveles de organizacin de la cromatina:
1. Nucleosomas: Unidad bsica organizacin
Digestin DNA con
l i i (MN) nucleasa microccica (MN)
bp
- 600
- 800
- 400
600
Fibras de 11 nm:
Cuentas en cadena/collar
- 200
Repeticin de 200 bp DNA
Nucleosoma Nucleosoma: DNA + histonas (octmero) : DNA + histonas (octmero)
Histona Masa %Lys %Arg
Histonas: protenas bsicas, pequeas, ricas en Lys/Arg
Histona Masa
(Da)
% Lys % Arg
H1 23.000 29 1
H2A 14 000 11 9 H2A 14.000 11 9
H2B 13.800 16 6
H3 15.300 10 13
H4 11.300 11 13
Altamente conservadas: 1 nico cambio de aa
en H3 de erizo y bovino
Estructura del nucleosoma Estructura del nucleosoma
DNA DNA
(146 bp)
Core (ncleo):
Octmero de histonas:
(H3, H4, H2A, H2B)x2
DNA: da 1,8 vueltas en direccin a la izquierda
alrededor del core de histonas:
1 superenrrollamiento negativo
Unidad bsica de repeticin del DNA Unidad bsica de repeticin del DNA
en cromatina: 200 pares bases en cromatina: 200 pares bases
Nucleosoma
pp
Cromatosoma
Core: (H3, H4, H2A, H2B)x2
H1
Linker DNA
(34 bp)
DNA
(146 bp)
DNA
(166 bp)
11 nm
DNA: Dos vueltas completas alrededor
del core histonas en el cromatosoma
Nucleosoma: 146 bp
Cromatosoma: 166 bpp
Unidad de repeticin: 200 bp
Organizacin estructural de las histonas Organizacin estructural de las histonas Organizacin estructural de las histonas Organizacin estructural de las histonas
H2A
H2A/
H2B
N-terminal:
Plegamiento histona:
Alt t t t d
- No estructurados
- Ricos en aa bsicos,
Lys (K) y Arg (R)
- Altamente estructurados
(-hlice/lazo-)
Alberts
y ( ) y g ( )
Modelo 3D nucleosoma Modelo 3D nucleosoma: difraccin rayos X : difraccin rayos X
Vista cenital Vista lateral Vista cenital Vista lateral
H3
H2A
H4
H2B
N-terminal
dsDNA
2 subunidades de cada tipo de histona, altamente estructuradas en el
interior del DNA. Extremos N-terminales sobresalen al exterior.
Modelo 3D de Modelo 3D de relleno relleno del nucleosoma del nucleosoma
H2A H2A
H2B H2B
H4 H4
H3 H3
Alberts
lehninger
Niveles de organizacin de la cromatina: Niveles de organizacin de la cromatina:
2. Fibras de 30 nm
Solenoide
11 nm 11 nm
30 nm
Clasificacin operacional de la cromatina: Clasificacin operacional de la cromatina:
Eucromatina: Transcripcionalmente activa
Fibras de 11 nm y 30 nm, incluso DNA desnudo
(G t t l ib i l d t ) (Genes estructurales, ribosmicos, sec. reguladoras, etc.)
Heterocromatina: Transcripcionalmente inactiva
Fibras de 30 nm densamente empaquetadas.
(Centrmeros, telmeros, regiones unin memb. nuclear)
Remodelacin de cromatina Remodelacin de cromatina::
Requerida para la dinmica de la cromatina, importante en transcripcin Requerida para la dinmica de la cromatina, importante en transcripcin
Implica dos procesos fundamentales:
M difi i d hi t - Modificacin de histonas
- Remodelacin de nucleosomas dependiente de ATP
Principales modificaciones de histonas Principales modificaciones de histonas
Ac: Acetilacin
P: Fosforilacin
Me: Metilacin
U: Ubiquitinacin
K
Me
Me: Metilacin
K
4
Alberts
(modificado)
Tipos de modificacin de histonas Tipos de modificacin de histonas
Acetilacin: asociada con activacin gnica
Deacetilacin: asociada con represin gnica
Metilacin: activacin y represin (mono/di/trimetilacin)
Fosforilacin: condensacin de cromatina
Ubiqquitinacin: condensacin de cromatina
Lugar de modificaciones: colas de histonas
Cdigo de histonas:
Modificaciones (mono- di- tri acetilacin/ mono- di- tri- Modificaciones (mono-,di-,tri acetilacin/ mono-,di-,tri-
metilacin) en residuos especficos (K) N-terminal:
Prediccin de actividad gnica Prediccin de actividad gnica.