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Cdigo gentico e sntese de protenas

Profa Dra. Valesca Veiga Cardoso Casali


Disciplina : Biologia Molecular
IPA-Centro Universitrio Metodista IPA
Cdigo gentico e sntese de protenas
A relao entre a seqncia de bases no DNA e a seqncia de
aminocidos na protena, chamada de CDIGO GENTICO. O
cdigo gentico encontra-se na forma de triplets ( trinucleotdeos )
que so chamados de cdons. Um cdon uma seqncia de trs
nucleotdeos que correspondem um determinado aminocido.
Os estudos que determinaram que o cdon constitudo de 3
nucleotdeos e como cada um deles especifica um determinado
aminocido levou muitos anos de estudo. A dvida que restou era
de como a seqncia de nucleotdeos, presentes no DNA e
transmitida pelo RNAm era decodificada no citoplasma sob a forma
de aminocido.
Cdigo gentico Cdon triplets = (3 nucleotdeos) que corresponde
a um aminocido.
Mais tarde descobriu-se que a seqncia de nucleotdeos do DNA
determina a seqncia de aminocidos de uma protena, de acordo
com um cdigo gentico universal entre os organismos vivos.
Descobriu-se tambm que uma molcula adaptadora proposta por
Crick que era o tRNA e que esse mediava a traduo do cdigo
em seqncia de aminocidos.
Os fatos de que o DNA possui 4 bases diferentes e de que
existem (20) vinte diferentes aminocidos indicavam que um
grupo de nucleotdeos seria necessrio para especificar um
determinado aminocido.
Dessa maneira, deduziu-se que trs nucleotdeos deveriam
constituir um cdon, visto que a utilizao de apenas dois
nucleotdeos produz apenas 16 combinaes diferentes, enquanto
que a de trs nucleotdeos resulta em 64 combinaes. A
descoberta de todo o cdigo gentico ocorreu em 1966.
Caractersticas do cdigo gentico
No processo de traduo, o mRNA lido a cada 3
nucleotdeos, cdon por cdon.
E a mediao entre os cdons no mRNA e os aminocidos que
devem ser incorporados na protena que esta sendo
sintetizada feita pelo tRNA, j ligado a um determinado
aminocido, atravs de um anticdon.
O anticdon uma seqncia de 3 nucleotdeos presente no
tRNA e complementar ao cdon e que, no momento da sntese
protica, interage com o cdon por um pareamento de bases.
Alguns tRNAs com diferentes anticdon so ligados
(ativados) a um mesmo aminocido e, conseqentemente,
diferentes cdons podem codificar um mesmo
aminocido.
Isso possvel porque o cdigo em forma de um
triplets , sendo o nmero de cdons (64) maior do que o
de aminocidos.
Esse fenmeno define uma caracterstica do cdigo :
A DEGENERAO, ou seja um mesmo
aminocido pode ser codificado por vrios
cdons diferentes .
Cdons que representam um mesmo aminocido so chamados de
sinnimos.
Excetuando-se metionina e triptofano, todos os outros
aminocidos so representados por mais de um cdon.
Na maioria dos casos, vrios cdons que especificam um
determinado aminocido diferem na sua terceira base .
A degenerao do cdigo pode implicar, tambm, no apenas a
existncia de mais de um determinado tRNA para cada
aminocido, mas que um determinado tRNA pode parear com mais
de um cdon . Na realidade, ambas as situaes ocorrem.
O pareamento da terceira base do cdon menos
rgido, devido prpria conformao da molcula de
tRNA.
Para cdons em que ocorra degenerao total na
terceira posio, so necessrio, pelo menos 2 tRNAs
diferentes para cada aminocido.
A serina por exemplo, codificada por 6 cdons, mas
existe apenas 3 diferentes tRNAs para cada
aminocido.
No-ambigidade,
Uma outra caracterstica do cdigo a sua no-
ambigidade, isto, cada cdon corresponde somente
h um aminocido
Universalidade
O cdigo parece ter surgido muito cedo e permanecido altamente
conservado durante a evoluo. Essa afirmativa baseada na
universalidade do Cdigo Gentico, isto , com raras excees,
ele o mesmo nos mais diversos organismos, desde as bactrias
at o homem.
Cdons de iniciao e terminao
Dentro da universalidade do cdigo, h, ainda, um aspecto
mais restrito que se refere aos Cdons de iniciao e
terminao.
Cdons de iniciao e terminao.
O cdon AUG um dos sinais que determina o incio da sntese
da protena, sendo portanto a metionina o primeiro aminocido a
ser incorporado em todas as protenas de procariotos e
eucariotos.
61 Cdons codificam aminocidos, dos 64 , os trs restantes
UAA, UGA, UAG, no so reconhecidos por nenhuma tRNA,
determinando, dessa maneira uma parada no processo de
incorporao de aminocidos e consequentemente, o termino da
sntese de protena. Por isso so chamados de Cdons de
terminao.
Cdigo alternativo
O cdigo o mesmo em todas os organismos . Mas algumas excees so
encontradas em protozorios ciliados e em mitocndrias. O cdigo utilizado em
mitocndrias diferente, mesmo quando se compara vrios espcies. Por
exemplo, em mitocndrias de fungos e humanos, UGA lido como triptofano,
enquanto, que em mitocndrias de vegetais, continua sendo cdon de
terminao.
Utilizao de Cdons
A existncia de mais de um cdon especificando um mesmo aminocido no
significa que esses cdons ocorrem na mesma freqncia nos genes de todos os
organismos. Em organismos que possuem DNA rico em GC, por exemplo,
esperado que a maioria dos cdons contenham G e C na terceira posio. De
fato, o que se observa que a ocorrncia de determinados cdons, nos
diferentes organismos, no ao acaso, mas h uma utilizao preferencial
(codon usage) dos cdons, que tpico de cada espcie.
Em geral, os cdons mais utilizados so aqueles que so reconhecidos pelos
tRNAs mais abundantes na clula. Os diferentes tRNAs que se ligam a um
mesmo aminocido so chamados de isoaceptores.
Evoluo do cdigo.
H a teoria de que o cdigo, na sua foram primitiva seria constitudo por um
pequeno nmero de cdons, os quais representariam poucos aminocidos,
possivelmente com um cdon representando um determinado tipo de aminocido.
O cdigo gentico, teria evoludo de maneira a minimizar os efeitos deletrios
das mutaes .
Outro aspecto interessante do cdigo que cdons contendo A ( purina) como
base central codificam aminocidos mais hidroflicos, enquanto cdons contendo
U (pirimidina) codificam os mais hidrofbicos. Alm disso cdons com C
(pirimidina) no centro codificam aminocido mais hidrofbicos que do que os
com G (purina) nesta posio. Isso mais uma indicao que, no inicio o cdigo
deveria estar especificando apenas o carter do aminocido (hidroflicos ou
hidrofbicos) e de que a maior preciso teria surgido posteriormente. Apesar
dessas discusses, h um ponto que no h discrdia. Baseado na universalidade
do cdigo, aceita-se que ele deve ter-se estabelecido muito cedo no processo
evolutivo, antes mesmo do surgimento da clulas. O resto do sistema deve ter
se tornado, posteriormente, to sofisticado que qualquer alterao do cdigo j
estabelecido seria letal aos organismos, pois resultaria num grande numero de
protenas inativas.
Sntese de protenas
Estruturas dos tRNAs codificada na seqncia de DNA
como cdon, contendo uma seqncia de trs nucleotdeos.
Devem existir, portanto molculas adaptadoras que
transfiram a informao contida no genoma uma seqncia
de aminocidos nas protenas, como j foi citado essas
molculas so as molculas de RNA transportador,
compreendendo pequenas seqncias de nucleotdeos de 75-
85 bases, devendo existir pelo menos um tRNA para cada
aminocido presente na clula.
Vrias molculas de tRNAs foram isoladas a partir de uma
variedade de organismos, apresentando uma estrutura
secundria semelhante, denominada folha de trevo.
A forma desta estrutura apresenta 4 braos contendo
regies pareadas (hastes) e regies de fita simples (alas),
caracterizados como:
-brao aceptor, que consiste de uma regio pareada entre
as extremidades 3 e 5 do tRNA, contendo na regio 3 uma
seqncia fita simples conservada CCA
- brao TC, que contem, em geral cinco pareamentos
formando a haste, e, na ala, apresenta a base no usual
pseudoridina();
- brao D, cuja denominao tambm ocorre em funo da presena de uma
base modificada, (diidrouridina-D);
- brao do anticdon, que contm o triplet do anticdon no centro da
seqncia , correspondendo ala desse brao;
- brao varivel, que como o nome diz, o brao que apresenta maiores
variaes entre os tRNA.
A presena de bases no usuais, uma caracterstica
nica dos tRNA, essas base so definidas como bases no
usuais qualquer anel purico ou pirimidico que no apresenta
as 4 bases tradicionais A, C, G e U. Portanto, essas bases
so geradas atravs de modificaes em qualquer uma das 4
bases j incorporadas no RNA.
Essas modificaes conferem ao tRNA mais versatilidade
em estrutura e podem estar relacionadas a diferentes
funes .
Os tRNAs so denominados em funo do aminocido que
representa, por exemplo: o tRNA contendo o anticdon da
metionina chamado de tRNA
Met
. Um tRNA que esta
ligado a seu aminocido denomina-se aminoacil-tRNA( por
exemplo, Met-tRNA)
Propriedades dos tRNA.
So capazes de representar somente um aminocido, ligando-se
covalentemente a ele; e
Contm uma seqncia de trinucleotdeos, o anticdon, que
complementar ao cdon do mRNA e que representa o aminocido.
Os tRNAs funcionais apresentam uma estrutura terciria em forma
de L. Nessa estrutura permanecem os pareamentos entre as bases,
caractersticos da estrutura secundria, surgindo uma estrutura
tridimensional com 2 duplas-hlices em ngulo especifico. A haste
da regio aceptora e a haste TC representam uma dupla hlice
continua e as hastes do anticodon e D formam a segunda dupla-hlice.
A regio entre essas duas duplas-hlices a que forma a volta L,
contendo as alas D e TC, posicionando a regio 3, onde se liga ao
aminocido a regio do anticodon nas duas extremidades do L. Essa
estrutura terciria dos tRNAs mantida atravs de pontes de
hidrognio entre as bases no pareadas, na estrutura secundria.
Aminoacil-tRNA sintetase
O processo de ligao com o tRNA realizado por um grupo de enzimas
denominadas aminoacil-sinteses. Devem existir pelo menos 20
diferentes sintetases, cada uma reconhecendo um simples aminocido e
os tRNAs que devem ser ligados. O mecanismo de ao das sintetases
pode ser dividido por 2 etapas:
1) a ativao do aminocido, na qual o aminocido reage com ATP,
formando aminoacil-adenilato, e libera pirofosfato; e
2) a formao do aminoacil-tRNA, na qual ocorre a transferncia do
aminocido ativado para tRNA com liberao de AMP.
Essas duas etapas so representadas, na forma qumica , como:
aa + ATP aa-AMP PPi
aa-AMP + tRNA aa-tRNA + AMP
A formao dos aminoacil tRNa deve ocorrer livre
de erro, relacionando a seqncia do anticodon com o
aminocido especifico. As enzimas aminoacil-tRNA
sintetases utilizam um mecanismo denominado de
correo de erro para evitar a incorporao de um
aminocido incorreto a um tRNA.
Estruturas dos ribossomos
Estruturas dos ribossomos
Cada subunidades dos ribossomos possui vrios stios ativos,
sendo os stios A e P os inicialmente relacionados com a
sntese de protenas .
O stio A liga preferencialmente aminoacil-tRNA e localiza-
se na subunidade 50S, enquanto que o stio P liga tanto
fMet-tRNA como peptidil-tRNA e est localizado na
subunidade 30S.
O stio de sada das novas protenas sintetizadas no
ribossomo denominado stio E localiza-se distante dos
stios A e P. Alm deste stios devem existir regies de
ligao com RNAm, com fatores envolvidos na sntese de
protenas ( IF, EF-Tu, EF-G) e com peptidiltranferase.
Pareamento entre rRNA e mRNA
Em procariotos, para o incio da sntese da protenas, necessrio que ocorra
uma ligao entre o mRNA e o ribossomo., O tamanho dessas seqncias do
mRNA que so recobertas pelos ribossomos, denominada de stio de ligao dos
ribossomos (RBS). Os RBS apresentam 2 caractersticas principais:
1. O cdon de iniciao AUG(raramente GUG ou UUG) est sempre
contido na sua seqncia; e
2. Possui uma seqncia de nucleotdeos parcialmente complementar a
uma regio 3 do rRNA 16S. Essa seqncia denominada tambm de
RBS ou de seqncia de Shine-Dalgarno
5 ... AGGAGG ... 3 RBS DO RNAm
3 ... UCCUCC ... 5 RBS DO RNAr
Cdon de iniciao e tRNA iniciador
O inicio da sntese de protenas em procariotos definido, basicamente pela
regio de ligao do ribosssomo, que contm o RBS e o cdon iniciador,
normalmente o cdon iniciador AUG, mas, em bactrias podem ser utilizados
GUG e mais raramente UUG.
Em bactrias e mitocndrias, o tRNA iniciador (tRNAi) est ligado a uma
metionina, contendo um grupo formil ligado ao seu radical amino, formando a
molcula N-formil metionil-tRNA (tRNA
fMet
). Esse tRNA utilizado somente
como iniciador reconhecendo os cdons AUG, GUG e raramente UUG.
O tRNA
Met
reconhece cdons AUG internos, no carregando nunca uma
metionina formilada. Portanto, a leitura dos cdons AUG e GUG depende de sua
localizao no mRNA. Quando o AUG est colocado no inicio lido como
formil-metionina; quando est dentro da regio codificadoras lido
como metionina.
Etapas na sntese de
protenas
Durante a sntese de protenas os ribossomos deslocam-se ao longo do
mRNA, possibilitando um pareamento entre esses e os tRNA que carregam
os diferentes aminocidos que iro compor a protena. Os ribossomos
deslocam-se ao longo do mRNA, em direo 53, sintetizando a protena
no sentido amino-terminal para carboxil-terminal . Uma vez que a molcula
de mRNA traduzida simultaneamente por diferentes ribossomos
Os stios A e P dos ribossomos so ocupados por diferentes tRNAs
durante o processo de traduo. O ribossomo realiza um movimento ao
longo do mRNA, expondo novos triplets nos stios A e P. O stio A expe o
triplet correspondente ao aminocido que dever ser adicionado, a seguir,
na protena, e somente dever ser ocupado pelo aminoacil-tRNA contendo
o aminocido e o anticdon correspondentes. No sitio P est localizado o
tRNA correspondente ao cdon anterior, e ficar ocupado pelo tRNA,
carregando a cadeia polipeptidica em formao peptidil-tRNA). O processo
de sntese de protenas pode ser dividido 3 etapas , relacionadas a seguir:
O processo de sntese de protenas pode ser dividido 3 etapas ,
relacionadas a seguir:
1. Inicio 2. Alongamento e trasnlocao e 3. Termino
1. Incio
O incio da sntese ocorre com a adio do primeiro AA da protena, sendo
necessrio a formao do complexo de iniciao entre o ribossomo, o
mRNA e o primeiro aminoacil-tRNA. A formao deste complexo
dependente das subunidades separadas 30S e 50S, no sendo formadas
por ribossomos intactos(70S) . Essa reao ocorre em 2 etapas:
Ligao da subunidade menor 30S no sitio RBS do mRNA, formando o
complexo de iniciao;
formao do ribossomo completo pela adio da subunidade maior.
A ligao da subunidade 30S com o mRNA e o tRNA iniciador
necessita de protenas auxiliares denominadas fatores de iniciao
(IF).
Esses fatores esto envolvidos somente no complexo de iniciao
depois so dissociados durante a formao do ribossomo completo.
Em bactrias existem 3 fatores o IF3 que uma protena de
23KDa e apresenta 2 funes bsicas uma necessria a para a
ligao de 30S com o mRNA e outra importante para impedir a
ligao de 30S e 50S , mantendo as subunidades dissociadas .
O fator IF2 liga-se especificamente ao tRNA iniciador (tRNA
fMet
)
e auxilia na apresentao desse tRNA ao complexo de iniciao. A
funo da pequena protena IF1 ainda no est estabelecida
podendo estar envolvido na estabilizao do complexo de iniciao.
O processo de inicio de traduo em eucariotos, apesar das
diferenas pode ser bastante relacionado com o da bactria E. coli.
Existem no entanto um numero maior de fatores (eIF)
relacionados com o complexo de iniciao.
1. Alongamento e translocao
O alongamento da cadeia polipeptdica inclui todos os processos,
desde a ligao dos primeiros AA at a adio do ltimo AA do
peptdeo.
Aps a fase do ribossomo completo(70S) no cdon de iniciao, o
processo dever ocorrer de forma cclica, sendo os aminoacil-
tRNAs adicionados no sitio A e o peptdeo localizado no sitio P. No
crescimento da cadeia polipeptidicos, qualquer aminoacil-tRNA
pode ser adicionado, com exceo do formil-metionil-tRNA.
A apresentao dos aminoacil-tRNA no stio A depende de um
fator de alongamento EF-Tu, que possui afinidade por todos os
tRNAs ativados, mas no capaz de se ligar ao tRNA iniciador. A
ligao do EF-Tu nos aminoacil-tRNA depende de energia fornecida
pelo GTP. Formando EF-Tu-GDP. Um outro fator EF-Ts liga-se em
EF-Tu-GDP, originado a forma ativa .
Durante o processo da sntese da cadeia polipeptdica, o ribossomo
permanece parado, permitindo que o peptdeo j formado, ligado ao tRNA e
localizado no stio P, seja transferido para aminoacil-tRNA no sitio A.
Aps a formao da ligao peptdica, o tRNA sem aminocido permanece
ligado no stio P do ribossomo e o peptidil-tRNA, no stio A .
O ribossomo realiza, ento um movimento de translocao, avanando 3
nucleotdeos no mRNA. Com a translocao ocorre trs efeitos
coordenados :
* . O tRNA no carregado liberado do stio A;
*. O peptildil-tRNA move-se do stio A para o stio P;
*. Um novo triplet exposto no stio A .
Dessa forma, o stio a est preparado para receber o aminoacil-tRNA
contendo o anticdon correspondente, dando continuidade sntese
da cadeia polipeptdica.
TERMINAO
A terminao da sntese de protenas ocorre pelo aparecimento, no stio A,
de triplets especficos de terminao. No cdigo gentico, 61 cdons
codificam aminocidos, enquanto os cdons UAG, UAA e UGA so cdons de
terminao .
O cdon de reconhecimento desses cdons realizado por protenas e no
por molculas tRNA, diferentemente do que ocorre nos outros cdons. Em E
.coli existe pelo menos 2 fatores de terminao denominados RF1 e RF2,
enquanto em organismos eucariotos somente um fator, eRF, foi descrito.
Esse fatores se ligam ao seu stio A dos ribossomos e necessitam da
presena do peptil-tRNA no stio P. O termino da sntese ocorre com
a localizao de um RF no sitio, a liberao do pepetdeo do tRNA , a
eliminao do tRNA do ribossomo e a dissociao das subunidades
30S e 50S.