Anagene2.pdf

Remerciements
Cette publication emprunte aux documentations prcdentes des logiciels SEQAIDII et Anagne, ainsi quaux
multiples dossiers constitus par les quipes denseignants associs lINRP, sur les sites Internet Biogo et
Biotic consultables aux adresses suivantes :
http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo
http://www.inrp.fr/Acces/biotic
Y ont contribu, notamment, par les contacts avec les spcialistes, la synthse des informations scientifiques, la
slection des squences molculaires, la conception, lexprimentation et la suggestion de dmarches
pdagogiques :
Jacques Barrre, Lyce Paul-Louis Courrier, TOURS
Jean-Yves Dupont, IA-IPR ORLEANS-TOURS
Monique Dupuis, IA-IPR NANTES
Jean-Claude Herv, IA-IPR VERSAILLES
Anne Florimond, Lyce Richelieu, RUEIL-MALMAISON
Franoise Jauzein, INRP
Alain Pothet, Lyce Marie Curie, SCEAUX
Nadia Ouahioun, Lyce Montesquieu, LE-PLESSIS-ROBINSON
Bernard Therri, Lyce Parc des Loges, EVRY
Vincent Thizeau, Lyce Louis Bascan, RAMBOUILLET
Collection Analyse de donnes, simulation
ANAGNE
Analyse de squences nucliques et protiques
Version 2006 du logiciel et de la banque de donnes
Slection en sciences de la vie et de la Terre

consulter dans les logithques des CRDP et CDDP
et dcouvrir dans la librairie sur le site du SCRN-CNDP
http://www.cndp.fr
COLLECTION TEXTES DE RFRENCE

SVT Programmes, accompagnement et autres ressources
COLLECTION ANALYSE DE DONNES, SIMULATION

Anagne
En Jeu Ma Plante
Gnie gntique II
Gocan : vol. 1, 2, 3
Lman
Magma
Nut
Rhor
Rouge-gorge

Dcouverte ludique des enjeux de lenvironnement
Simulation dune manipulation gntique
Godynamique ocanique, subduction et expansion
Un cosystme en chiffres
Simulation de la cristallisation magmatique
quilibre de la ration alimentaire
Rgulation de la scrtion des hormones sexuelles
tude exprimentale dun comportement
COLLECTION IMAGERIE SCIENTIFIQUE

Explorer le corps Surfaces dchange
Explorer le corps Communication nerveuse
Explorer la Terre La tldtection
COLLECTION DCOUVERTE DE LA NATURE

Les Oiseaux dEurope Encyclopdie multimdia interactive
permettant de grer ses observations
Dcouvrir la plante Terre Notre environnement en 7 thmes : la plante, leau,
lair, la Terre, la vie, les Hommes, les dfis
COLLECTION PROGRS
La Fort
La Friche
Ltang
Infogne
Communication et systmes nerveux
Mitose-Miose
Un peuplement de feuillus
Un milieu riche
Dcouvrir un cosystme
Ressources pour ltude de linformation gntique
Explorer, identifier, analyser des documents
Conservation et brassage de linformation gntique
HORS COLLECTIONS
Alas et Enjeux duquer pour prvenir les risques majeurs
ANAGNE
Version 2006 du logiciel et de la banque de donnes
Centre national de documentation pdagogique

Institut national de recherche pdagogique
Ldition de logiciels et multimdias

est coordonne par le CNDP
Service national des productions imprimes et numriques
Tlport 1 @4 BP 80158
86961 Futuroscope cedex
Chef de service :
Jean-Franois Timmel
Chefs de projet
Dveloppement
Secrtariat de rdaction
Micro-dition
Graphisme
Fabrication
Maurice Bouyssou (coordination)

Catherine Bouyssou
Daniel Buret
Caroline dAtabekian
Marie-Line Prillat-Mercerot
Robert Lagoutte
Yves Lvine
Pascale Langlois
Fabien Biglione
Sylvie Morel
Ghislaine Rochette
Jacques Auclerc-Galland
Thierry Lacorne
ISBN 2-240-02523-9 (3e dition, CNDP-INRP, 2006)

ISBN 2-240-00530-0 (2e dition, CNDP-INRP, 2003)
ISBN 2-240-00479-7 (1re dition, CNDP-INRP, 1997)
ISSN : 1284-1285

ANAGNE
Discipline Biologie
Niveau Lyce, enseignement suprieur
Sujet Universalit et variabilit de linformation gntique ; Parent et
diversit des organismes ; Des phnotypes diffrents niveaux
dorganisation du vivant ; Parent entre tres vivants actuels et
fossiles Phylogense volution ; Stabilit et variabilit des
gnomes et volution ; Procration ; Immunologie ; Des dbuts de la
gntique aux enjeux actuels des biotechnologies.
Conception CNDP, Service national des productions imprimes et numriques,
MAURICE BOUYSSOU,
professeur de sciences naturelles.
INRP, quipe de recherche technologique ducation ACCES,
NAOUM SALAM,
ingnieur de recherche.
Documentation scientifique JEAN-CLAUDE HERV,
et pdagogique IA-IPR de sciences de la vie et de la Terre.
MONIQUE DUPUIS,
IA-IPR de sciences de la vie et de la Terre.
Adaptation CNDP, Service national des productions imprimes et numriques,
et dveloppement informatique RIK BOUCHER DE CRVECOEUR, ingnieur en informatique et biologie,
MONIQUE BLAVIN, JEAN-JACQUES QUOY, BERTRAND GUYONNET.
Aide en ligne MAT DEFAYSSE, YVAN VINCENT,
bio-informaticiens.
Adaptation de laide et de la JEAN-CLAUDE LE HIR,
documentation la version 1.8 professeur de sciences naturelles et formateur acadmique
Tests et calculs de matrices ALEXANDRE SKIADA,
lve stagiaire au CNDP.
Conduite du projet
MAURICE BOUYSSOU,
professeur de sciences naturelles et doption informatique,
coordinateur des collections hors ligne au CNDP/SnPIN.
Configuration minimale
Compatible PC Pentium, 32 Mo de RAM, carte vido milliers de couleurs,
Windows 98 et suivants, 40 Mo requis pour linstallation complte.
SOMMAIRE
PRSENTATION................................................................................................................................................................9
PRISE EN MAIN...............................................................................................................................................................11
Lenvironnement dAnagne.................................................................................................................................................. 11
Linterface dAnagne ............................................................................................................................................................ 12
Les donnes fournies avec Anagne....................................................................................................................................... 14
Les donnes personnelles de lutilisateur............................................................................................................................... 17
Ldition et les traitements de squences............................................................................................................................... 21
Le classeur dAnagne............................................................................................................................................................ 28
GUIDE DE RFRENCE ................................................................................................................................................29
Les commandes des menus .................................................................................................................................................... 29
Les icnes de la barre d'outils................................................................................................................................................. 30
Les raccourcis clavier ............................................................................................................................................................. 31
Le visionneur d'animations..................................................................................................................................................... 32
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE DE SECONDE..................................................................................33
Introduction : la banque de donnes et les notions du programme ............................................................................................... 33
Parent et diversit des organismes - Universalit et variabilit de linformation gntique............................................... 35
Universalit de linformation gntique................................................................................................ 35
Variabilit de linformation gntique .................................................................................................. 36
Origine de la variabilit de linformation gntique............................................................................. 40
Unit du vivant ...................................................................................................................................... 44
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE DE PREMIRE SRIES S, L ET ES ............................................49
Introduction : la banque de donnes et les notions du programme ............................................................................................... 49
Gnotype, phnotype, environnement.................................................................................................................................... 51
Les phnotypes drpanocytaires............................................................................................................ 51
Les phnotypes phnylctonuriques ...................................................................................................... 58
Les phnotypes groupes sanguins.......................................................................................................... 69
Les phnotypes albinos.......................................................................................................................... 76
Les phnotypes de lalphaantitrypsine .................................................................................................. 83
Xeroderma ............................................................................................................................................. 87
Prdisposition gntique au cancer du sein .......................................................................................... 96
Morphogense vgtale et tablissement du phnotype ...................................................................................................... 103
Polymorphisme des gibbrellines........................................................................................................ 103
Gnotype, environnement et fonctionnement du systme nerveux..................................................................................... 108
Les phnotypes mutants crbelleux .............................................................................................. 108
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE TERMINALE SRIE S.................................................................113

Introduction : la banque de donnes et les notions du programme ............................................................................................. 113
Parent entre tres vivants actuels et fossiles Phylogense, volution.......................................................................... 115
Relations de parent au sein du vivant
Gne CDC2................................................................. 115
Gnes homotiques ..................................................... 121
Relations de parent au sein des Vertbrs
Globines alpha et bta ......................................... 124
Relations de parent au sein des Primates
Gne de lopsine S ................................................ 129
Relations de parent au sein des Hominids

ADN mitochondrial ............................................ 132
Stabilit et variation des gnomes et volution.................................................................................................................... 136
Innovations gntiques
Mutations ponctuelles et filiations entre allles
Allles du gne de lalphaantitrypsine ......... 136
Allles du gne de la G6PD ......................... 138
Allles de la chane bta de lhmoglobine... 142
Allles du gne IT15 .................................... 143
Duplications et familles multigniques
Gnes des globines .................................................... 149
Gnes des opsines...................................................... 153
Gnes des hormones hypophysaires et placentaires ... 156

Maintien des innovations gntiques
Gnes homotiques.................................................................. 162
Exemple des globines............................................................................................................... 166
Exemple des estrases Rsistance des Moustiques aux insecticides..................................... 169
Exemple de la G6PD Paludisme, slection naturelle ........................................................... 179
Procration Analyse de cas cliniques ......................................................................................................................... 182

Dterminisme du sexe......................................................................................................................... 182
Immunologie .................................................................................................................................................................. 202
La spcificit des immunoglobulines et des rcepteurs T................................................................... 202
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE TERMINALE SRIE S, SPCIALIT.......................................211
Des dbuts de la gntique aux enjeux actuels des biotechnologies : Diagnosctic gntique..................................... 211
Albinisme............................................................................................................................................ 211
BIBLIOGRAPHIE ..........................................................................................................................................................219
INSTALLATION ET DSINSTALLATION ...............................................................................................................221
Installation dAnagne .......................................................................................................................................................... 221
Installation directe partir du cdrom .................................................................................................... 221
Installation partir dune ressource en rseau ......................................................................................... 222
Lancement dAnagne .......................................................................................................................................................... 222
Dsinstallation....................................................................................................................................................................... 223
PRSENTATION
Anagne est un logiciel danalyse de squences nucliques et protiques qui propose quelques-uns des
traitements prsents dans les logiciels :
Seqaid II (D.D. Rhoads et D.J. Rouffa, universit du Kansas, 1987, 1989, 1992 pour MS-DOS) qui
comporte une gamme de traitements simples pour ldition et lanalyse de squences nucliques et
protiques ;
Clustalw (D. Higgins, European Molecular Biology Laboratory [EMBL], version 1.8, 1998, pour MSDOS), qui est spcialis dans lalignement multiple de squences.
Antheprot (G. Delage, Institut de biologie et de chimie des protines Lyon, 1995-2002), qui contient
une fonction de comparaison de deux squences entre elles produisant un graphique de ressemblance
(DotPlot).
Cette version 2 dAnagne, diffuse sur cdrom, a t totalement rcrite pour sadapter tous les
environnements Windows et apporter des amliorations dordres fonctionnel et ergonomique, notamment en
ce qui concerne laccs aux thmes dtude, la puissance des outils de traitement, la navigation dans les
squences et le reprage des positions des lments, la gestion des nouveaux formats de mdias dont ceux
accessibles en ligne.
Dautre part, cette nouvelle version est enrichie dune banque de squences constitue en fonction des
programmes en vigueur et totalement intgre au logiciel. Cette banque regroupe toutes les squences
ncessaires pour raliser les propositions dactivits actuellement accessibles en ligne sur le site Biotic de
lINRP. On notera en particulier la prsence de plusieurs thmes dtude destins la classe de seconde, de
multiples exemples adapts ltude des relations entre gnotype, phnotype et environnement en classe de
premire et aux diffrents chapitres de terminale S qui concernent lvolution, limmunologie et la
procration.
Il convient galement de relever que nombre de ces thmes dtude sont susceptibles de sappuyer sur la
visualisation des molcules en trois dimensions. On trouvera donc, en relation avec ces thmes, les fichiers
.PDB ncessaires qui peuvent tre visualiss avec les logiciels Rasmol ou RasTop, tous les deux tlchargeables
gratuitement.
Certains thmes peuvent galement se prter des prolongements en termes dtablissement des relations de
parent entre les organismes impliqus. Les donnes molculaires ncessaires sont disponibles par ailleurs
avec le logiciel Phylogne qui est galement tlchargeable gratuitement.
Rappelons enfin que les prochaines mises jour du logiciel et de sa documentation seront tlchargeables
partir du site du CNDP :
http://www.cndp.fr/svt/anagene/
qui donne galement ladresse des mises jour des banques de donnes sur le site du lINRP :
http://www.inrp.fr/Acces/biotic/
La prsente documentation emprunte deux publications de lINRP Analyse de squences nucliques et
protiques avec le logiciel Seqaid II (1993) et Thmes dtude en gntique humaine (1995) ainsi quaux dossiers
scientifiques et pdagogiques consultables en ligne sur le site Biotic de lINRP.
PRISE EN MAIN
LENVIRONNEMENT DANAGNE
Anagne fonctionne dans lenvironnement Windows. Les dimensions de la fentre dexcution du programme
sadaptent automatiquement aux paramtres daffichage dfinis dans la configuration. Nanmoins, pour
amliorer le confort visuel, il est prfrable de travailler avec une rsolution de 800 x 600 pixels au minimum.
On se rfrera au manuel dutilisation de Windows ou celui de la carte graphique pour effectuer les
adaptations ncessaires.
Sous Windows 95 et versions suivantes, lors de linstallation, Anagne est ajout la liste des programmes
accessibles par le menu Dmarrer.
Aprs un temps de chargement dautant plus rapide que le micro-ordinateur est de type rcent et une phase
dinitialisation ncessaire, linterface dAnagne apparat.
11
ANAGNE
LINTERFACE DANAGNE
Anagne est constitu dune fentre-mre prsentant, sous la barre de titre, une barre de menus et une barre
doutils.
Les modes de dplacement et de slection pilots laide de la Souris ou du clavier obissent aux rgles
adoptes par Windows.
Par ailleurs, lorsque le pointeur de la Souris est maintenu quelques instants en place sur lun des objets de
lcran, tel par exemple, un bouton de la barre doutils, une bulle daide apparat et rappelle la fonction qui lui
est associe (si cette option na pas t dcoche).
Ainsi les fonctions dAnagne sont accessibles soit travers les diffrentes commandes de la barre des menus,
soit directement pour la plupart par lintermdiaire des boutons de la barre doutils. Certaines commandes
des menus sont aussi directement applicables par lutilisation de raccourcis clavier ; le dtail en est prcis
dans le Guide de rfrence (page 29 et suivantes) et accompagne les commandes dans les menus droulants
du logiciel.
12
PRISE EN MAIN
Menu Fichier
On y trouve les options classiques de gestion de fichiers, savoir laccs aux banques de donnes du logiciel
(squences, thmes dtude, programmes et documents), la cration, louverture, limportation,
lenregistrement, limpression de fichiers de squences, et la possibilit de quitter le logiciel.
Menu dition
Il permet daccder aux commandes prsentes dans la plupart des logiciels ddition ou de traitement de texte,
savoir les commandes lies au presse-papiers de Windows (Couper, Copier, Coller), les commandes
deffacement, de slection, de recherche, dinversion et de tri de squences. Certaines de ces commandes ne
sont applicables aux squences que si la commande Protger les donnes du menu Options nest plus coche.
En effet, au lancement du logiciel, les squences charges dans la fentre ddition sont par dfaut ainsi
protges.
Menu Traiter
Il contient les commandes assurant les quatre grands types de traitements quil est possible deffectuer sur les
squences, savoir :
les conversions de squences nucliques en squences peptidiques et inversement, pour les squences
peptidiques, laffichage des diffrents codons possibles ;
les comparaisons de squences, quelles soient simples ou par alignement mettant en vidence les
discontinuits ;
laction denzymes de restriction sur des squences dADN ;
le graphique de ressemblance (ou dotplot), reprsentation graphique en forme de matrice de points

permettant de comparer deux squences pour dtecter les rgions forte similarit.
Menu Options
Il permet de dprotger les squences et den autoriser la modification, de dfinir le type de curseur (simple
ou grand curseur) et de rgle gradue (en caractres ou en triplets) utiliss, de dfinir le chemin du dossier de
sauvegarde (qui devra disposer de droits en lecture et criture) et dafficher ou non les bulles daide.
Menu Fentre
On y retrouve de classiques options propres Windows, savoir les commandes dorganisation des fentres et
des icnes. La liste des fentres-filles prsentes dans la fentre-mre dAnagne y est aussi accessible.
Menu Aide
Il contient la commande A propos dAnagne qui renseigne sur la version du logiciel et sur son dition. Laide
en ligne accessible avec la touche de fonction F1 est aussi disponible dans ce menu. Si Anagne fonctionne sur
un micro-ordinateur connect Internet, des informations et donnes complmentaires disponibles sur les
sites Internet du CNDP et de lINRP peuvent tre consultes dans un navigateur et tlcharges. Un lien mne
galement vers un site ddi Anagne. Laccs ces sites est ralis partir de la commande @ Complment
en ligne.
13
ANAGNE
LES DONNES FOURNIES AVEC ANAGNE

Les thmes dtude
Cest lentre normale pour les lves.
Dans la nouvelle banque de thmes dtude (Thmes fournis - 2006), ceux-ci sont organiss par niveau. Les
thmes de la prcdente version dAnagne (Thmes fournis - 1997) ont t maintenus aprs la nouvelle banque.
Les thmes sont regroups par grandes sections correspondant diffrents contenus dapprentissage en
relation avec les programmes. Dans chaque section, on trouve les problmatiques introduites par chaque
groupe de squences et si ncessaire un dcoupage plus fin en thmes dtude.
Les squences sont regroupes et classes en dossiers thmatiques, eux-mmes ordonns de manire
arborescente. Pour les atteindre, il convient de dployer plus ou moins cette arborescence et de slectionner le
dossier dsir ; il nest possible de slectionner quun seul thme dtude la fois. Dans la partie droite de la
bote de dialogue saffiche alors la liste des groupes de squences disponibles dans ce dossier. Le bouton
Annuler de la bote de dialogue provoque sa fermeture et le thme qui a pu tre slectionn nest pas charg.
La validation de la slection dun ou de plusieurs groupes de squences dun mme dossier thmatique
sobtient, ici encore, en cliquant sur le bouton OK ou en appuyant sur la touche Entre. Cette validation
provoque la fermeture de la bote de dialogue et le chargement de lensemble des squences que le thme
dtude peut contenir. La fentre dAffichage des squences apparat alors lcran.
NB : il est conseill de ne pas maximiser les dimensions de la fentre ddition de squences si lon souhaite ouvrir
galement des documents du thme car cette proprit sera hrite par la fentre daffichage des documents, ce qui peut
entraner des distorsions.
La rptition de cette procdure permet de charger dautres thmes dtude. Un message signalant le
changement de thme dtude demande alors sil nest pas souhaitable de fermer les autres fentres ouvertes
lors de ltude du thme prcdent de faon vider totalement lespace de travail avant de charger un
nouveau thme dtude.
14
PRISE EN MAIN
Les programmes et documents

chaque thme dtude, une srie de documents peut tre associe (images fixes, tableaux, schmas,
squences animes). Il appartient lenseignant de les exploiter dans lordre qui lui convient.
Lexploration de larborescence des Programmes et documents disponibles est semblable celle des autres
banques. Le libell des titres slectionns apparat toujours en inversion vido et les boutons OK et Annuler
exercent les fonctions dj rencontres dans les paragraphes prcdents.
Dans la nouvelle banque de documents fournis, ceux-ci sont organiss par niveau et par thme dtude. Les
documents de la prcdente version dAnagne ont t maintenus aprs la nouvelle banque.
Les fentres des documents chargs sempilent dans lespace de travail dAnagne mais, comme toutes les
fentres dAnagne, elles disposent dun bouton de rduction en icne et de la possibilit de modifier leurs
dimensions tout en respectant les proportions du document.
Il est aussi possible de charger des documents textuels, iconographiques (images aux formats BMP, WMF,
RLE, DIB, GIF ou JPG et animations de type AVI, MOV, MPG, MP2, MPEG, ou ASF) et mme des
programmes excutables propres lutilisateur qui pourront enrichir les possibilits dAnagne. Cette fonction
est assure par la commande Ouvrir du menu Fichier qui assure aussi louverture de fichiers de squences, de
rsultats de traitements, de thmes dtude enregistrs en dautres lieux sur diffrents supports informatiques
(disquette, disque dur, etc.) et galement de fichiers HTML. Il est noter que la lecture des animations et
vidos numriques nest possible que si les pilotes correspondants sont correctement installs.
Quant aux programmes externes (extension de type .exe ou .com) ainsi associs Anagne, il est possible de les
excuter la condition que la mmoire vive du micro-ordinateur soit suffisante. Si des paramtres, voire des
fichiers sont passer au programme externe, il est ncessaire de les dclarer dans la ligne de commande
accessible par le menu dition. Cette ligne ddition napparat que lorsque la barre de titre du programme
externe rvle par sa couleur que la fentre est active. Le lancement dun programme externe, par exemple la
calculatrice de Windows prsente dans la copie dcran page 17, sobtient par un clic de la souris pointe sur
le bouton intitul Excuter le programme externe. Le retour dans Anagne sobtient en quittant le programme
externe selon la procdure qui lui est propre. Plusieurs programmes peuvent ainsi tre associs Anagne et
ils peuvent tre galement rpertoris dans la banque de programmes et documents propres lutilisateur.
15
ANAGNE
La banque de squences
Destine en priorit lenseignant, cette banque comporte toutes les squences utilises pour la constitution
de thmes dtude. chaque squence est associ un pictogramme spcifique en relation avec sa nature
(squence nuclique de type ADN, ARN ou squence protique). Dans la nouvelle banque de squences
fournies, celles-ci sont organises par niveaux et par thmes dtude. Les squences de la prcdente version
dAnagne, organise par type de molcules, ont t maintenues aprs la nouvelle banque.
Pour charger une ou plusieurs squences de la banque, il faut ouvrir la bote de dialogue intitule Banque de
squences. Elle est accessible par le menu Fichier ou en cliquant sur le premier bouton de la barre doutils.
Les squences sont classes par dossiers, eux-mmes ordonns de manire arborescente. Pour les atteindre, il
convient de dployer plus ou moins cette arborescence (cliquer sur les cases + ou -) et de slectionner le
dossier dsir. Dans la partie droite de la bote de dialogue saffiche alors la liste des squences disponibles
dans ce dossier. Une ou plusieurs squences peuvent tre slectionnes (maintenir la touche Ctrl presse),
elles apparaissent alors en inversion vido. Un clic port sur le bouton Infos renseigne sur la nature de la
dernire squence pointe qui apparat alors encadre. Un clic port sur une squence dj slectionne ou la
fermeture de la branche correspondante de larborescence la dslectionne.
La validation de la slection dune ou plusieurs squences est obtenue en cliquant sur le bouton OK ou en
appuyant sur la touche Entre. Elle provoque la fermeture de la bote de dialogue et le chargement des
squences slectionnes dans la fentre dAffichage des squences qui apparat alors lcran. La rptition
de cette procdure permet dajouter de nouvelles squences dans cette fentre. Le bouton Annuler provoque
la fermeture de la bote de dialogue et les squences qui ont pu tre slectionnes ne sont pas charges.
Lenseignant peut ainsi constituer des regroupements de squences pour constituer des thmes dtude
personnaliss.
16
PRISE EN MAIN
LES DONNES PERSONNELLES DE LUTILISATEUR

Anagne est un logiciel ouvert qui permet dintgrer, par le biais de menus personnaliss, les squences cres ou
charges par lutilisateur, les documents textuels ou iconographiques dont il dispose ainsi que les nouveaux thmes
dtude quil peut souhaiter concevoir pour le public auquel il sadresse. Anagne constitue ainsi un outil de travail
dautant plus performant que des programmes complmentaires peuvent lui tre associs.
La mthode consiste choisir dans lespace de travail les lments qui viendront enrichir les banques de
donnes personnelles. Ces lments peuvent tre de diffrents types : squences isoles, fentre de squences,
rsultat dun traitement, fentres avec les rsultats de plusieurs traitements, documents textuels, images fixes,
animations, programmes, ensemble des fentres prsentes dans lespace de travail.
Pour sauvegarder lun ou lautre de ces lments, il suffit dutiliser la commande Enregistrer accessible dans
le menu Fichier ou plus simplement de cliquer sur le bouton disquette de la barre doutils.
La bote de dialogue Enregistrer apparat alors. Aprs avoir slectionn ce qui doit tre enregistr, il faut
choisir la destination des donnes. Ce choix dpend de la nature des donnes et des objectifs.
Aprs dfinition du choix de lune des trois banques de donnes un thme dtude par exemple et
confirmation obtenue aprs validation, la fentre du menu correspondant est ouverte.
17
ANAGNE
Il faut commencer par ajouter un dossier et lui donner un nom. Ensuite, on pourra ajouter un thme dtude
qui recevra aussi un intitul.
Sur la copie dcran suivante, on voit que deux noms de dossiers ont dj t enregistrs. la classe de
premire S1, on sapprte ajouter un thme.
Les libells des thmes et des dossiers sont modifiables. La suppression dun dossier nest possible que sil ne
contient aucun thme. La suppression dun thme sobtient en effaant son nom dans la ligne ddition.
18
PRISE EN MAIN
Lajout de squences
Les squences que lon souhaite ajouter au menu des squences personnelles peuvent avoir trois origines
diffrentes.
Les squences fournies

Ces squences, peuvent tre charges partir de la banque de squences ou des thmes dtude fournis. Pour
mettre ces squences dans le dossier dun utilisateur, il convient de les slectionner dans la fentre
daffichage/dition dAnagne et den demander lenregistrement dans la banque de squences personnelles.
Les squences cres avec lditeur dAnagne

La commande Crer du menu Fichier fait passer la fentre daffichage de squences en mode dition. Au
moment de la cration, choisir lun des quatre types possibles : ADN, ARN, Peptidique ou Texte sachant que
lon peut modifier le nom propos par dfaut.
La validation en cliquant sur le bouton OK ou en appuyant sur la touche Entre dclenche louverture de la
fentre dition des squences.
Selon les cas, lalphabet disponible est limit aux caractres autoriss :
A, T, G, C, N pour les squences dADN, la lettre N dsignant les bases non dfinies ;
A, U, G, C, N pour les squences dARN, la lettre N dsignant les bases non dfinies ;
le code 3 lettres ou 1 lettre adopt au lancement dAnagne pour dsigner les acides amins des squences
peptidiques, les lettres Xxx ou X dsignant les acides amins non dfinis ;
les caractres alphabtiques, numriques et les signes de ponctuation pour les lignes de texte servant de
commentaire.
En cas derreur de saisie lors de la cration de squences nucliques ou peptidiques, lappui sur le bouton situ
lextrmit droite de lalphabet efface la dernire phase de saisie. Il est donc recommand, lors de la saisie de longues
squences, de cliquer priodiquement hors de la ligne dcriture pour protger les donnes dj saisies.
Les squences importes

La commande Ouvrir du menu Fichier permet de charger les squences sauvegardes sur disque, disquette
ou autre support informatique. Ces squences peuvent avoir t cres avec un diteur ou un traitement de
texte et sauvegardes au format texte avec pour extension ADN, COD, ARN, PRO. Si Anagne na pas pu
dterminer la nature dun fichier de squence, il propose lutilisateur de lidentifier et mme de le modifier
sil le souhaite. Il reconnat en particulier les squences au format du logiciel Seqaid.
La suppression dune squence ajoute par lutilisateur dans la banque de squences personnelles seffectue en six tapes :
afficher une squence,
demander son enregistrement grce la commande Enregistrer du menu Fichier,
slectionner son nom,
demander Renommer la squence en cliquant sur le bouton droit de la Souris,
effacer le libell de la squence et valider.
accepter la suppression en cliquant sur le bouton OK.

La suppression dun dossier ne se fait que si la liste des squences personnelles de ce dossier est vide.
19
ANAGNE
Lajout de thmes dtude

Malgr la varit des thmes dtude fournis, il est possible den crer de nouveaux adapts une stratgie
pdagogique personnelle ou un public dtermin.
Un thme dtude est constitu par lenregistrement de lune ou de toutes les fentres prsentes dans lespace de travail
dAnagne, mme si elles sont rduites en icnes.
Ces fentres peuvent contenir des chargements effectus partir des banques de squences, des thmes
dtudes ou des programmes et documents fournis ou personnels, des complments en ligne tlchargs. Ces
fentres peuvent aussi rsulter des traitements effectus sur les squences. Enfin, elles peuvent tre importes
grce la commande Ouvrir du menu Fichier qui propose les types de fichiers suivants :
squences nucliques et protiques qui seront charges dans la fentre daffichage de squences
dAnagne ;
traitements effectus et fentres de rsultats des conversions, des comparaisons, des actions enzymatiques
et des graphiques de ressemblance et sauvegardes lors de prcdentes sessions de travail avec Anagne ;
textes, fichiers crs avec des diteurs ou des traitements de texte et enregistrs au format texte (extension
TXT) ;
fichiers de pages au format HTM ou HTML tlchargs sur le rseau Internet ;
images, provenant en particulier de banques de la collection Imagerie scientifique dite par le CNDP
ou issues dautres sources ; les formats reconnus sont : BMP, WMF, RLE, DIB, GIF ou JPG ;
vidos, au format AVI, MOV, MPG, MP2, MPEG ou ASF, quelles soient dorigine infographique ou
obtenues par numrisation de vidogrammes ;
programmes, quil sagisse des fichiers de commandes BAT ou PIF ou de programmes excutables au
format EXE ou COM ;
thmes dtude, crs au cours dautres sessions avec Anagne et enregistrs sur disque dur, disquette ou
autre support informatique.
La premire tape de la cration dun nouveau thme dtude personnel consiste donc ne conserver dans lespace de
travail dAnagne que les fentres souhaites et en liminant de la fentre daffichage/dition les squences inutiles. La
seconde tape a pour but denregistrer le thme dtude.
La suppression dun thme dtude cr par lutilisateur se fait de la mme manire que la suppression dune
squence.
Lajout de programmes et de documents

Toute fentre prsente dans lespace de travail dAnagne, quel que soit son contenu (programme excutable,
document iconographique ou textuel, squences ou rsultat de traitement de squences), peut tre ajoute
dans la liste des programmes et documents personnels. Il est noter que cest la fentre active, cest--dire
celle dont la barre de titre est en inversion vido, qui constituera, selon sa nature, le programme ou le
document enregistrer. On utilisera cet effet la commande Enregistrer du menu Fichier.
Ici encore, ce programme ou ce document aura pour origine lune des banques fournies avec le logiciel ou
pourra tre import grce la commande Ouvrir du menu Fichier.
La suppression dun programme ou dun document ajout par lutilisateur seffectue de la mme manire que
la suppression dune squence.
20
PRISE EN MAIN
LDITION ET LES TRAITEMENTS DE SQUENCES

Ldition de squences
Il convient de bien noter au pralable que :
les banques de squences et de thmes fournies ne sont pas modifiables par lutilisateur enseignant ou
lve avec le logiciel Anagne lui-mme ;
au dbut dune session de travail, les squences sont protges contre une ventuelle altration, et il
convient donc de les dprotger dans le menu Options si lon veut utiliser des traitements qui modifient
ces squences ;
la modification de squences ne peut avoir lieu que dans la fentre ddition des squences ; le seul fait de
dcocher Protger les donnes transforme la fentre Affichage des squences en dition des squences
et rciproquement ;
les commandes ddition sont regroupes dans le menu dition et directement accessibles pour certaines
partir de leurs icnes ; noter la prsence dans ce groupe de la commande dinversion de squences ;
il est recommand de dupliquer toute squence avant de la modifier par lusage du presse-papiers
(Copier et Coller) ; les modifications tant limites par l alphabet propre chaque type de squence,
lespace ntant autoris que dans les lignes de commentaires ;
lordre vertical dans lequel se trouvent les squences dans la fentre Affichage des squences ou dition
des squences peut tre modifi :
en triant (commande Trier les squences du menu dition) les squences slectionnes par
ordre alphabtique croissant, inverse, ou par succession de types de squences (ADN-ARNPeptidique ou Peptidique-ARN-ADN) ;
- en cliquant sur les flches situes en haut et en bas des boutons de slection de la liste des
squences, la ligne pointe et slectionne pourra monter ou descendre dans cette liste de
squences ;
le dcalage dune squence est possible en cliquant sur les boutons de dcalage.
-
21
ANAGNE
Les traitements de squences
Les commandes des traitements se trouvent dans le menu Traiter et sont regroupes en quatre catgories :
conversion de squences, comparaison de squences, action enzymatique et graphique de ressemblance.
Un traitement nest applicable que si un nombre suffisant de squences dj slectionnes est atteint et si
ces squences sont de mme nature ; pour slectionner une squence, il faut cliquer sur son bouton de
slection, ce qui provoque un affichage en inversion vido de son libell.
Aprs traitement, les squences sont dslectionnes et il convient deffectuer une nouvelle slection pour
appliquer de nouveau un traitement ; chaque traitement donne lieu un choix doptions valider dans
une bote de dialogue spcifique ; ces options restent mmorises au cours dune session de travail.
Les rsultats dun traitement sont par dfaut placs dans la ou les fentres spcifiques du traitement ;
lorsquun traitement engendre de nouvelles squences qui peuvent leur tour tre lobjet dun traitement,
celles-ci peuvent tre diriges vers la fentre dAffichage des squences ou ddition des squences la
suite des squences dj prsentes, la condition que soit coche la case accompagne du message
Placer le rsultat dans la fentre Affichage/dition . Exemple : convertir des squences nucliques en
squences peptidiques et comparer ces dernires entre elles.
La conversion de squences
Cette fonction peut tre applique sur les squences nucliques ou peptidiques et simultanment sur plusieurs
squences si elles sont de mme nature.
Si les squences slectionnes appartiennent de lADN ou de lARN, une bote de dialogue spcifique
propose de cocher les conversions souhaites et la fentre de destination.
Pour une conversion en squence peptidique la traduction simple est propose par dfaut, mais on peut faire
un autre choix.
Il est important de noter quil ne sagit pas de traduction biologique dans la mesure o cette conversion seffectue du
premier triplet jusquau premier codon Stop rencontr en respectant le code gntique mais sans tenir compte de la
prsence dun codon dinitiation. Pour que la traduction commence effectivement au codon initiation, choisir alors
Traduction au premier ATG.
Loption Traduction des phases ouvertes assure les conversions correspondantes dune squence du premier
codon dinitiation rencontr jusquau premier codon de terminaison, en commenant respectivement par la
premire base, la seconde et la troisime (les trois cadres de lecture).
Loption Position des phases ouvertes de lecture permet de reprer les codons spcifiques de linitiation
(symboliss par >>>) et de la terminaison (symboliss par ~~~).
On peut aussi, avec les commandes du menu dition, Copier une slection effectue dans une squence et la
Coller dans la fentre ddition en tant que nouvelle squence traiter.
Il faut garder lesprit que le logiciel Anagne est un outil qui assure des traitements dfinis linitiative de lutilisateur
et que linterprtation des rsultats lui incombe.
22
PRISE EN MAIN
Si les squences slectionnes sont de nature peptidique, la seule option de conversion autorise consiste
dterminer en ADN ou en ARN les codons possibles pour chaque acide amin.
La comparaison de squences
Pour tre appliqu, ce traitement ncessite que deux squences au moins, toutes les deux de nature nuclique ou
peptidique, soient au pralable slectionnes dans la fentre daffichage/dition.
Deux types de comparaison sont possibles :
Comparaison simple partir de la premire position dans chacune des squences ; ce mode est plus
particulirement indiqu pour comparer, par exemple, des allles dun mme gne comportant le mme
nombre de bases.
Remarque : si un dcalage des squences a t introduit avant la comparaison, il peut tre ignor en
cochant la case Ignorer le dcalage courant dans la bote de dialogue Options de comparaison.
Alignement avec discontinuit : lalgorithme de comparaison utilis par les chercheurs en biologie
molculaire fait intervenir plusieurs paramtres dfinis par dfaut ; le principe consiste arranger les
squences de manire obtenir le plus grand nombre didentits ; ce mode est indiqu lorsque les
squences ne sont pas de mme longueur ;
Alignement avec discontinuits par paires acclr : lalgorithme de comparaison utilis avec cette option
est plus ancien, plus rapide, mais moins prcis.
Le rsultat du traitement saffiche dans une fentre spcifique qui se place, comme pour les autres traitements
appliqus, en dessous de la fentre daffichage des squences.
23
ANAGNE
La premire des squences sert de rfrence pour la comparaison. Linformation accessible par le bouton
correspondant de la barre doutils reconnaissable son Point i fournit, propos de la ligne pointe, le
degr de similitude entre les squences et la signification des symboles utiliss.
Dans le cas dune comparaison simple, il est possible, dans la fentre de rsultat, de provoquer le dcalage
dune squence en cliquant sur les boutons de dcalage et dobtenir immdiatement les modifications du
rsultat de la comparaison la squence de rfrence.
Lalignement avec discontinuits ncessite des temps de calcul dautant plus importants que les squences
sont nombreuses, longues et diffrentes.
Il convient dexplorer les squences avec la barre de dfilement horizontal pour dcouvrir les rgions plus ou
moins semblables.
Remarque : si lon souhaite, pour une comparaison, changer de squence de rfrence, il suffit, avec les flches
situes en haut et en bas des boutons de slection de la fentre daffichage des squences, de remonter ou de
descendre la squence pointe et slectionne. On a intrt bien choisir lordre des squences en fonction du
degr de ressemblance entre elles. Si la comparaison porte sur trois squences et que deux dentre elles sont
semblables, leur ressemblance sera plus vidente si lune des deux sert de rfrence.
24
PRISE EN MAIN
Laction enzymatique
Lanalyse avec des enzymes de restriction sapplique aux squences dADN slectionnes au pralable dans la
fentre daffichage/dition. Le choix des enzymes seffectue dans la bote de dialogue suivante.
Cette bote de dialogue se prsente comme une srie de slections prtablies denzymes de restriction utiles
au traitement de certaines squences dans le cadre dtudes de prvisions en gntique humaine et dune
banque denzymes organise en dossiers dans lesquels les enzymes se trouvent classes en fonction de la
longueur du site de coupure quelles reconnaissent. Quand un dossier est ouvert, les enzymes sont
slectionner dans la liste qui saffiche au milieu et Ajouter dans la fentre de droite.
Dans cette fentre, droite, avec Slection denzymes, il est possible :
dajouter de nouvelles enzymes prsentes dans dautres dossiers ;
de dcocher chacune delles en cliquant sur la coche ;
de retirer lenzyme slectionne en cliquant sur le bouton Retirer ;
de retirer la totalit des enzymes de cette liste en cliquant sur le bouton Effacer la liste.
De plus, cette slection peut tre mmorise en cliquant sur le bouton droit de la Souris au niveau de Lots
personnels (situ tout en bas de larborescence), puis en cliquant sur Ajouter un lot personnel et en lui
donnant un nom. Ainsi ces fichiers denzymes pourront tre ouverts lors dune nouvelle session de travail en
cliquant sur le bouton Fichier.
Pour supprimer un fichier denzymes qui a t import dans les lots personnels (par la fonction Importer) ou
bien cr partir des enzymes disponibles, il faut, aprs y avoir accd par la commande Action enzymatique
du menu Traiter, utiliser la fonction Renommer le lot du menu contextuel. Cette fonction apparat quand on
clique du bouton droit alors que le pointeur de la Souris est sur le nom du lot denzymes. Il faut alors effacer
totalement le nom pour faire apparatre la bote de dialogue Supprimer et confirmer la suppression. Il peut
arriver que cette mthode ne fonctionne pas toujours souhait. Dans ce cas, il faut supprimer le ou les fichiers
denzymes qui se trouvent dans le dossier Sauve. Lors du lancement dAnagne, ces enzymes ne sont plus
alors rfrencs dans les lots personnels.
25
ANAGNE
Deux modes de reprsentation de laction enzymatique sont prvus : la visualisation sous la forme dun
tableau ou dun graphique, les deux modes pouvant tre retenus simultanment.
Aprs validation de la liste des enzymes slectionnes, les fentres de rsultat se superposent en dessous de la
fentre daffichage/dition des squences.
On peut voir les deux fentres avec les commandes du menu Fentre dAnagne qui permettent divers
affichages dont le mode Mosaque. Il est noter quen prsence de fentres contenant des documents
iconographiques, ce mode ne peut tre parfait, les proportions des images tant toujours respectes.
La fentre Action enzymatique prsente le mode daffichage Tableau et montre le nombre de sites reconnus
par chaque enzyme de la slection active (enzymes coches dans la liste Slection denzymes) agissant sur
chaque squence nuclique slectionne.
La fentre Carte de restriction prsente le mode daffichage Graphique et illustre laction dune enzyme de
restriction sur une des squences traites. On peut faire varier soit la squence choisie, soit lenzyme. Il faut
explorer la carte de restriction en dplaant la loupe le long de la squence pour y dcouvrir les sites de
coupure.
La valeur du % didentits permet de rechercher des sites plus ou moins strictement identiques celui que
chaque enzyme dtecte.
Bien dautres donnes associes ces tableaux de rsultats et accessibles par le bouton Informations sur la
ligne pointe sont disponibles tant sur les sites daction que sur les fragments de squences dADN
obtenus. Comme pour les autres fentres dinformation, il est possible den imprimer le contenu ou de le
copier dans le presse-papiers de Windows.
26
PRISE EN MAIN
Le graphique de ressemblance
Le graphique de ressemblance (appel aussi dotplot dans le domaine de la bio-informatique) est une
reprsentation visuelle en forme de matrice de points permettant de comparer deux squences pour dtecter
les rgions ayant une forte similarit. Les deux squences sont places le long des axes du graphique. On peut
aussi comparer une squence avec elle-mme (sa copie), ce qui donne les rptitions internes la squence.
Cration du graphique
Des deux squences slectionnes, celle situe au-dessus de lautre dans la fentre Affichage des squences dterminera les valeurs de
laxe des abscisses (squence en X), et lautre, les valeurs de laxe des ordonnes (squence en Y).
Pour gnrer ce graphique, il est ncessaire de slectionner deux squences et pas davantage, dans la fentre
affichage des squences. Les deux squences doivent tre de mme type, soit nucliques, soit protiques.
Cliquer ensuite sur le bouton DotPlot de la barre dicnes ou sur la commande Graphique de ressemblance
du menu Traiter : la fentre du graphique de ressemblance saffiche alors.
Chaque point de couleur dans le graphique de ressemblance signifie qu lintersection de la ligne et de la
colonne qui dterminent les coordonnes de ce point, une identit de nuclotide ou dacide amin existe dans
les deux squences.
Une suite de points disposs en diagonale indique les rgions de similarit entre les deux squences.
Au-dessus du graphique, une portion colore des deux squences est affiche. Cette portion est dtermine
par la position courante du rticule.
La couleur rouge est affecte aux symboles superposs identiques dune squence lautre, la couleur noire
aux lments diffrents et la couleur bleue la position courante du rticule (les lments peuvent y tre
identiques ou diffrents).
La longueur du trait horizontal situ sous les squences correspond la taille de la fentre de calcul.
Dans le cas de squences protiques, cest le code 1 lettre qui est utilis pour dsigner les diffrents acides amins.
Il est possible de modifier la position du rticule :
en cliquant directement dans la matrice ;
en utilisant les flches de direction du clavier ;
en cliquant sur les boutons de dplacement.
27
ANAGNE
Il est possible de dplacer la matrice dans la fentre de visualisation :
en utilisant les barres de dplacement situes droite et au-dessous de la fentre de visualisation ;
en cliquant sur les boutons de dplacement aprs avoir cliqu sur le bouton central (il saffiche maintenant en noir).
Il est possible de faire varier la portion de matrice affiche dans la fentre de visualisation en modifiant
lchelle par dplacement du curseur.
Optimiser la recherche des similarits
Diverses actions de filtration permettent de modifier notablement laffichage du graphique pour renforcer la
mise en valeur des similarits en diminuant le bruit de fond.
En modifiant la taille de la fentre de calcul, la valeur du seuil et le nombre de pas colors afficher, il est
possible dappliquer un nouveau filtre daffichage aux squences.
Sur une portion des deux squences de longueur gale la taille de la fentre de calcul, un score est calcul ; il
vaut la somme du nombre de couples prsentant une identit de symboles (nuclotides ou acides amins)
crits en couleur rouge augmente ventuellement de un si le couple de couleur bleue prsente une identit.
Si ce score est gal ou suprieur la valeur seuil, un point rouge sera plac dans le graphique de
ressemblance. Si le nombre de pas colors est suprieur un, les scores calculs, immdiatement infrieurs la
valeur seuil, produiront laffichage sur le graphique de ressemblance dun point de couleur bleue, verte ou
jaune. Dans le seul cas dune comparaison de squences protiques, il est possible, la place de la matrice
unit, dappliquer la matrice de substitution de Dayhoff qui reprsente assez bien les probabilits de
substitution dun acide amin par un autre lors de lvolution des protines.
LE CLASSEUR DANAGNE
Il sagit dun utilitaire qui permet llve de sauvegarder simplement et temporairement les squences qui,
trop nombreuses, viennent encombrer la fentre daffichage des squences ou les rsultats des traitements
effectus.
Sa simplicit tient au fait quil ny a pas parcourir larborescence du disque dur pour y enregistrer des
fichiers. Aprs avoir slectionn les squences de la fentre daffichage ou la fentre de rsultat sauvegarder,
il suffit de cliquer sur le bouton correspondant de la barre doutils pour louvrir. Les donnes pourront alors
tre intgres au classeur par lajout de leur libell et de lheure correspondante.
En fin de session, ce classeur est vid aprs affichage dun message davertissement invitant en visiter le
contenu pour rcuprer si besoin des donnes. Ainsi, le disque dur nest pas surcharg avec des fichiers
inutiles.
En cas de coupure inopine de llectricit ou de rinitialisation du micro-ordinateur, le contenu du classeur
est rcuprable ds le lancement dAnagne.
28
GUIDE DE RFRENCE
LES COMMANDES DES MENUS
Menu Fichier
Banque de squences affiche sous forme arborescente la liste des squences disponibles.
Thmes dtude affiche sous forme arborescente la liste des thmes dtude prdfinis.
Programmes et documents affiche sous forme arborescente la liste correspondante.
Crer permet de crer une squence nuclique, protique ou une ligne de texte.
Ouvrir permet de choisir un fichier dans larborescence des rpertoires et de louvrir dans lespace de la
fentre-mre dAnagne.
Importer permet dentrer les donnes charges directement dans la banque.
Enregistrer assure la sauvegarde de squences, dune fentre ou de lensemble.
Imprimer imprime les squences choisies et les rsultats de traitements appliqus.
Quitter permet, aprs confirmation, de quitter dfinitivement le logiciel Anagne.
NB : Il est toujours propos denregistrer une fentre dont le contenu a chang avant de la fermer.
Menu dition
Couper permet de mmoriser une slection dans le presse-papiers ; de plus, il efface la slection.
Copier permet simplement de mmoriser une slection dans le presse-papiers.
Coller permet de recopier lemplacement du curseur, la slection mmorise dans le presse-papiers.
Effacer permet de supprimer dfinitivement une slection.
Slectionner tout assure la slection de lensemble des squences dune fentre.
Dslectionner tout annule les slections effectues dans une fentre.
Rechercher permet de rechercher, dans la squence o se situe le curseur, les occurrences dune chane de
caractres.
Minuscules convertit en minuscules la slection effectue dans la fentre ddition des squences.
Majuscules convertit en majuscules la slection effectue dans la fentre ddition des squences.
Inverser la squence provoque linversion de la squence pointe dans la fentre ddition des squences.
Trier les squences organise dans lordre choisi les squences de la fentre daffichage/dition des
squences.
Menu Traiter
Convertir les squences affiche ADN brin non transcrit, ADN brin transcrit, ARNm, squence peptidique,
codons possibles pour un polypeptide.
Comparer les squences compare des squences une squence de rfrence partir de la premire
position et ralise lalignement avec discontinuits.
Action enzymatique rvle les sites daction denzymes de restriction sur des squences dADN.
Graphique de ressemblance compare deux squences en produisant une matrice rectangulaire.
Menu Options
Protger les donnes empche toute modification de squence dans la fentre daffichage.
Grand curseur allonge le curseur sur la hauteur de lensemble des squences jusqu lchelle et sur la
largeur de la slection en cours.
Rgle en triplets affiche la rgle gradue en triplets plutt quen caractres.

Dossier par dfaut permet de dfinir le chemin du dossier pour les sauvegardes temporaires.
Bulles daide affiche les bulles daide associes aux objets de linterface.
29
ANAGNE
Menu Fentre
Mosaque place les fentres cte cte tout en respectant les proportions des documents
iconographiques.
Cascade organise les fentres en les superposant lgrement dcales.
Rorganiser les icnes aligne les fentres rduites en icnes grce au bouton de rduction situ droite de
la barre de titre.
Les titres des fentres permettent daccder directement aux fentres dsires.
Menu Aide
propos dAnagne affiche les informations relatives ldition du logiciel.
Rechercher de laide assure la recherche sur les mots cls indexs de laide.
Sommaire de laide permet daccder au sommaire de laide en ligne.
@ Complment en ligne affiche une page HTML si un navigateur rcent est fonctionnel sur le microordinateur. Cette page comporte des liens vers les sites du CNDP et de lINRP ainsi quun lien vers un
site ddi Anagne. En labsence de navigateur rcent, le micro-ordinateur affiche une page comportant
les adresses de ces sites.
LES ICNES DE LA BARRE DOUTILS

Premire srie : banques de donnes
1- Afficher larborescence de la banque de squences.
2- Afficher larborescence de la liste des thmes dtude.
3- Afficher larborescence de la liste des programmes et documents.
Deuxime srie : outils de sauvegarde

1- Voir le classeur.
2- Enregistrer les squences slectionnes, la fentre active ou lensemble des fentres.
3- Imprimer les squences choisies et les rsultats des traitements appliqus.
Troisime srie : outils ddition

1- Couper une slection et la mmoriser dans le presse-papiers.
2- Copier une slection et la mmoriser dans le presse-papiers.
3- Coller, lemplacement du curseur, la slection mmorise dans le presse-papiers.
4- Effacer dfinitivement une slection.
Quatrime srie : outils de traitement

1- Convertir les squences : affiche ADN brin non transcrit, ADN brin transcrit, ARNm, squence
peptidique, codons possibles pour un polypeptide.
2- Comparer les squences une squence de rfrence partir de la premire position et raliser
lalignement avec discontinuits.
3- Rvler les sites daction denzymes de restriction sur des squences dADN.
4- Afficher le graphique de ressemblance des deux squences slectionnes.
30
GUIDE DE RFRENCE
Cinquime srie : accs aux informations

1- Renseigner sur la squence pointe ou sur le rsultat dun traitement point.
2- Afficher le tableau interactif du code gntique en ARN.
Avant-dernire icne : gestion du curseur

Allonger le curseur sur la hauteur de lensemble des squences et de la rgle, et sur la largeur de la
slection en cours, ou rtablir le curseur par dfaut.
Dernire icne
Aprs confirmation, fermer toutes les fentres.
LES RACCOURCIS CLAVIER

Alt F4 permet, aprs confirmation, de fermer toutes les fentres puis de quitter Anagne.
Ctrl F4 provoque la fermeture de la fentre active.
Ctrl C permet de copier une slection et de la mmoriser dans le presse-papiers.
Ctrl X permet de couper une slection et de la mmoriser dans le presse-papiers.
Ctrl V permet de coller lemplacement du curseur, la slection mmorise dans le presse-papiers.
Ctrl A permet de slectionner toutes les squences de la fentre active.
Ctrl B supprime ou rtablit les bulles daide.
Ctrl R permet de rechercher dans la squence une suite de caractres pralablement slectionne ou saisie
au clavier.
Ctrl I permet dimprimer les squences choisies et les rsultats de traitements appliqus.
F1 affiche laide en ligne du logiciel.
F3 permet datteindre loccurrence suivante dans une recherche sur une suite de caractres.
F4 permet dactiver le graphique de ressemblance.
F5 modifie laspect du curseur.
F6 modifie laspect de la rgle gradue.
F7 assure les traitements de conversion de squences.
F8 assure les traitements de comparaison de squences.
F9 assure les traitements enzymatiques sur les squences dADN.
F12 permet denregistrer les squences slectionnes, la fentre active ou lensemble des fentres.
Maj F4 organise les fentres en cascade.
Maj F5 organise les fentres en mosaque tout en respectant les proportions des documents
iconographiques.
Suppr efface dfinitivement une slection.
Entre provoque le mme effet quun clic sur le bouton OK ou sur tout autre bouton de validation de
choix.
Echap provoque le mme effet quun clic sur le bouton Annuler pour abandonner un choix.
Alt Lettre souligne quivaut un clic sur la commande correspondante dun menu droulant.
31
ANAGNE
LE VISIONNEUR DANIMATIONS
Le visionneur danimations permet dagir sur le droulement de lanimation ou de la vido charge.
Lancement de la lecture de lanimation ou de la vido.
Pause dans la lecture de lanimation ou de la vido.
Arrt de la lecture et repositionnement au dbut de lanimation ou de la vido.

Positionnement par dplacement du curseur de la lecture un moment prcis.
Activation ou dsactivation du son qui accompagne lanimation ou la vido.
Rglage du volume sonore par dplacement du curseur le long de la barre.
32
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE DE SECONDE

INTRODUCTION : LA BANQUE DE DONNES ET LES NOTIONS DU PROGRAMME
Les exemples supports
Lobjectif de cette partie du programme est de conforter la notion dvolution et de sensibiliser celles
danctre commun et dorigine commune de tous les tres vivants (ces notions, abordes au collge, peuvent
tre renforces en seconde : ainsi, ltude des plans dorganisation renforcera-t-elle par exemple la notion
danctre commun).
En classe de seconde, la recherche de ce qui est commun aux Vertbrs et lensemble des tres vivants amne
prciser les notions de cellule et dinformation gntique, en dcouvrant notamment la structure et le rle de
lADN. Les notions de gnes et dallles sont ainsi renforces.
La notion dinformation gntique porte par les chromosomes a t introduite au collge. Ltude, en classe
de seconde, dune ou plusieurs expriences de transgense permet de conclure quant au fait que cest lADN
qui est le support de linformation gntique, ce qui motive ltude de sa structure et de ses caractristiques.
La dcouverte de la structure de lADN amne mettre lhypothse quune squence de nuclotides peut
tre porteuse de linformation gntique. Les caractristiques de lADN peuvent tre dcouvertes par un
travail sur la visualisation 3D de diverses molcules dADN (utilisation du logiciel RasTop), complt par la
comparaison des squences nucliques correspondantes.
partir de l, on peut tester lhypothse mise prcdemment (linformation gntique rside dans la
squence de nuclotides de lADN) en constatant quil existe une relation entre la variabilit phnotypique et
la variabilit de lADN.
Cette tude de la variabilit gntique est loccasion de renforcer la notion de gne et dallles. La
comparaison de deux gnes diffrents (par exemple cdc2 et ade2) peut alors tre intressante pour faire
prendre conscience de ce qui fait la diffrence entre deux gnes et deux allles dun mme gne. Il sagit de
leur localisation chromosomique, dune part, et du taux de similitude entre les squences trs lev pour
deux allles, beaucoup plus faible pour deux gnes dautre part.
Pour chacun des exemples proposs, la dmarche peut tre la mme :
dcouvrir la variabilit phnotypique ;
faire lhypothse dune dtermination de cette variabilit phnotypique par une variabilit de lADN ;
comparer les squences allliques disponibles de faon tester lhypothse mise.

Deux des exemples retenus permettent une approche exprimentale pour dcouvrir la variabilit
phnotypique :
gne ade2 (dont lallle normal sexprime par une colonie blanche de Levures, et lallle mut retenu ici
par une colonie rouge) ;
gne cdc2 (lallle normal dtermine une division cellulaire normale, un des allles muts retenus ici est
responsable de la division prcoce de la cellule et lautre allle mut retenu est responsable dune division
cellulaire dpendane de la temprature).
Le troisime exemple, celui de la drpanocytose, ne permet pas une approche exprimentale, mais il a t
retenu car il permet de relier une diffrence phnotypique une diffrence entre les allles du gne en jeu
chez un organisme pluricellulaire. De plus, cet exemple sera rinvesti et complt en classe de premire lors
de ltude des relations gnotype/phnotype/environnement.
En classe de seconde, le niveau du phnotype molculaire, cest--dire polypeptidique, nest pas au
programme.
Une fois dcouverte la variabilit de linformation gntique, se pose le problme de lorigine de cette
variabilit. Il sagit alors dintroduire la notion de mutation, et de distinguer ensuite mutations somatiques et
mutations germinales.
La distinction entre mutations somatiques et mutations germinales peut tre introduite partir de lexemple
des cancers. Un exemple est propos : limplication des mutations du gne p53 dans certains cancers (certains
33
ANAGNE
cancers semblent impliquer une mutation germinale du gne p53, comme cest le cas pour le syndrome de LiFraumeni ; dautres cancers semblent impliquer une mutation somatique du gne p53). Il convient bien sr
dtre trs prudent lorsque cet exemple concernant les cancers est utilis, et de bien prciser le caractre
plurifactoriel de ces cancers. Louverture possible vers lintrt dun dpistage des mutations germinales,
quand il sera possible, peut amener voquer la mdecine prdictive et prventive, mme si cela nest pas au
programme de cette classe.
Pour terminer, afin de dgager lunit du vivant, on fera prendre conscience llve que des gnes
importants pour les organismes sont partags par un grand nombre dtres vivants, ce qui tmoigne dune
origine commune :
gne cdc2, prsent chez toutes les cellules eucaryotes, qui intervient dans le contrle du cycle cellulaire ;
gnes homotiques, prsents chez de nombreux animaux, qui contrlent la mise en place du plan
dorganisation.
Utilisation dAnagne
Lutilisation du logiciel Anagne en classe de seconde dans les dmarches proposes peut paratre limite.
Cependant, cette utilisation, pour des squences courtes incluses dans une sance de TP pouvant se rpter
dans plusieurs sances conscutives ou non, prsente lintrt de permettre aux lves de prendre en main cet
outil et de se familiariser avec certaines de ses fonctionnalits.
Cette initiation favorisera grandement lutilisation de ce logiciel dans la suite de la scolarit (premire S, L ou
ES, terminale S), quand il savrera un outil essentiel utilisable pour traiter nombre de thmes (relations
gnotype/phnotype/environnement, immunologie, volution, etc.).
Enfin, il faut souligner la complmentarit des logiciels Anagne (traitement de donnes molculaires) et
RasTop (visualisation 3D de molcules) dans les dmarches proposes, complmentarit qui est aborde ici,
notamment dans le cadre de ltude de luniversalit de la molcule dADN. Cette complmentarit se
retrouvera dans nombre de dmarches proposes en classe de premire et en classe terminale.
34
PARENT ET DIVERSIT DES ORGANISMES UNIVERSALIT ET VARIABILIT

DE LINFORMATION GNTIQUE
Universalit de linformation gntique
Structure de lADN
Squences et documents
Fichiers des squences
Dans la banque de thmes dtude, le dveloppement de larborescence Universalit de linformation gntique
permet datteindre Structure de lADN qui charge le fichier adn.edi affichant six squences nucliques diffrentes,
courtes, provenant de divers tres vivants : le Rat (ADNrat), lHomme (ADNhumain1 et ADNhumain2), la Levure
(ADNLevure), la bactrie Escherichia Coli (ADNbacterieEC), le virus de lherps (ADNvirusherpes).
Fichiers des molcules en 3D
Dans le dossier 3D sous Anagene2, le rpertoire StructureADN contient les fichiers .pdb suivants : ADNrat.pdb,
ADNhumain1.pdb et ADNhumain2.pdb, ADNLevure.pdb, ADNbacterieEC.pdb, ADNvirusherpes.pdb.
Pistes dexploitation pdagogique des squences

Anagne nest pas bien sr loutil premier pour dcouvrir la structure de lADN. Celle-ci peut-tre tablie avec
le logiciel RasTop.
La visualisation 3D avec ce logiciel de diffrents fragments dADN dorigine diverse permet de dgager
quelques caractristiques de la molcule dADN (il est important de prciser aux lves quil ne sagit ici que
de fragments, de longueurs diffrentes, de molcules dADN beaucoup plus longues en ralit) et
luniversalit de sa structure (puisque lon dispose de fragments dADN appartenant des espces varies).
La banque dAnagne fournit pour chaque fragment visualisable avec RasTop la squence dun des deux brins.
Cela permet daborder avec les lves la faon dont lADN est reprsent dans Anagne, ce qui est essentiel
pour lutilisation ultrieure des banques de squences. Pour bien faire saisir en quoi la reprsentation dun
seul brin dADN est suffisante, on peut demander aux lves de schmatiser le fragment dADN complet
partir de la squence fournie par Anagne. Bien entendu, puisque lexpression des gnes nest pas au
programme, et que les fragments fournis dans RasTop ne sont peut-tre pas codants, on ne peut pas parler de
brin transcrit et non transcrit en seconde.
Ces fragments dADN ne sont pas homologues. On peut rechercher ce quils ont en commun et en quoi ils
diffrent. Une comparaison simple permet de discuter de ce qui peut tre le support de linformation
gntique : proportion des diffrents nuclotides et ordre de leur agencement (ce que lon appelle la
squence). Classiquement, on ne retient que le second point mais, ce stade, les deux hypothses peuvent tre
retenues.
La comparaison simple de deux fragments de mme longueur (ADN-humain2 et ADN-virusHerpes puiss
dans le fichier adn.edi), dont la composition en bases nest pas trs loigne, aboutit une similitude de
22,8 %. Cela est proche de la valeur que lon sattend trouver si deux molcules sont composes au hasard et
nont aucune relation de parent. Cette remarque est importante pour bien faire saisir ultrieurement, au
niveau molculaire, les notions dallle et de gnes homologues (similitude trs nettement suprieure 25 %).
35
ANAGNE
Variabilit de linformation gntique

Il sagit ici de relier la variabilit phnotypique et la variabilit de lADN, de faon conforter lide que
linformation gntique rside dans la squence de nuclotides du gne.
Couleur des colonies de la Levure Saccharomyces cerevisiae et variabilit du gne ade2

Informations scientifiques
Des informations prcises concernant le phnotype couleur des colonies de Levures sont disponibles sur le
site de Didier Pol : http://www.didier-pol.net/4MUT-LEV.html.
La couleur des colonies
Chez cette Levure, on connat des souches qui diffrent par la couleur des colonies quelles forment sur milieu
solide, colonies blanc-crme pour la souche sauvage, colonies rose-rouge pour une souche mutante.
Cette diffrence phnotypique a pu au pralable tre mise en vidence exprimentalement : cest un excellent
support pour introduire la notion dhrdit cellulaire.
Cette diffrence macroscopique entre les deux souches de Levures est due une diffrence biochimique en
rapport avec la capacit synthtiser ou non de ladnine partir de prcurseurs prsents dans le milieu. La
chane de biosynthse de ladnine est trs complexe et comprend de trs nombreuses tapes. Chez la souche
mutante colonies rouges, elle est interrompue une tape o le produit intermdiaire form (AIR) est de
teinte rose (en milieu arobie). Cest son accumulation dans une cellule de Levure qui confre celle-ci une
couleur lgrement rose (la couleur rouge de la colonie est due un effet de masse).
NB : Ladnine (constituant fondamental de lATP, des ARN et de lADN) est indispensable pour la croissance des
Levures, et donc la formation de colonies. Si le milieu est trs riche en adnine, la chane de biosynthse est rprime.
Dans ce cas, les Levures mutantes ont le mme phnotype que les Levures sauvages, donc blanc-crme. Si le milieu
contient de ladnine en quantit modre (cest le cas dans la plupart des milieux standard de culture des Levures), la
formation de colonies de Levures mutantes est possible sans que la chane de biosynthse de ladnine soit rprime. En
consquence, les Levures mutantes croissent, se multiplient tout en accumulant le produit intermdiaire, do la couleur
rouge.
Cette observation pourrait ventuellement tre utilise en classe de premire comme support pour dgager lide que le
phnotype dpend de linteraction du gnotype et de lenvironnement.
Les allles du gne ADE2
Le gne ADE2 code pour une enzyme qui transforme le produit intermdiaire color (AIR) en un compos
CAIR non color. Le blocage de cette tape est d une mutation dans le gne ADE2. Les squences de lallle
sauvage et dallles muts du gne ADE2 ont t tablies. La banque de squences dAnagne fournit pour
ADE2 uniquement deux squences : celle de lallle sauvage (ADE2Allele1.adn) et celle dun allle mut
(ADE2Allele2.adn). La squence codante de lallle mut diffre de lallle sauvage au nuclotide 103 (G103T)
ce qui transforme le triplet GAA de lallle sauvage en TAA dans lallle mut (GAA35TAA).
Dans la banque de thmes dtude, le dveloppement de larborescence Variabilit de linformation gntique
permet datteindre Phnotypes couleur des Levures (Gne ADE2) qui charge le fichier ade2.edi affichant deux
squences : Ade2Allele1 et Ade2Allele2.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le dveloppement de larborescence Variabilit de linformation gntique permet
datteindre Phnotypes couleur des Levures (Gne ADE2) pour charger les fichiers colonie-rouge.jpg et colonieblanc-creme.jpg.
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Pistes dexploitation pdagogique des donnes et documents fournis

Les documents fournis (colonie-rouge.jpg et colonie-blanc-creme.jpg) permettent de mettre en vidence les
diffrences phnotypiques au niveau de la colonie et, par l, au niveau cellulaire. Il sagit alors de mettre ces
diffrences en relation avec les deux allles dterminant ces phnotypes.
La comparaison avec Anagne (comparaison simple) donne le rsultat suivant :
Rappel : attention, avec Anagne un seul brin est pris en compte (le brin non transcrit).
Dans ce cas, on constate quun seul changement dun nuclotide modifie linformation code par le gne. La
composition des deux allles en nuclotides tant quasiment la mme, cela conforte lide que linformation
gntique rside dans la squence des nuclotides du gne.
Taille des Levures Schizosaccharomyces pombe et variabilit du gne cdc2

Des informations concernant la Levure Schizosaccharomyces pombe, ses caractristiques, ses conditions de
culture, sont disponibles sur le site de Didier Pol : http://www.didier-pol.net/4pombe.htm .
Des documents et donnes complmentaires sur le gne CDC2 se
trouvent dans le dossier CDC2 de terminale.
La Levure Schizosaccharomyces pombe
La Levure S. pombe se caractrise par ses cellules allonges et

cylindriques. Son gnome a t entirement squenc, et il comprend
4 824 gnes.
Cette Levure, aussi appele Levure fissipare, ne se multiplie pas par
bourgeonnement, mais par fission transversale.
Le gne cdc2
Plusieurs gnes contrlent le cycle cellulaire, notamment le gne

cdc2 (homologue des gnes cdk1 des autres espces). Ce gne code
pour une protine kinase cycline dpendante (cdk) qui intervient diffrents moments du cycle cellulaire ;
chez S. pombe, elle est implique dans le dclenchement du dmarrage du cycle en G1 ainsi que dans la
transition G2-M.
La fonction gnrale des protines cdk consiste utiliser lATP pour modifier par phosphorylation lactivit
de protines cibles indispensables au bon droulement du cycle. Ces kinases sont elles-mmes rgules de
faon comparable par phosphorylation et dphosphorylation assures par dautres kinases et phosphatases
selon des voies rgulatrices complexes.
Des mutations qui affectent le gne cdc2 et qui ont pour effet des anomalies de la division cellulaire
Les mutations du gne cdc2 peuvent perturber le droulement du cycle cellulaire, et donc se traduire
phnotypiquement, par exemple par une diffrence de taille des cellules, ce qui permet didentifier les
mutants :
mutation cdc2-33 : elle a pour effet de bloquer un signal ncessaire la transition G2-M, et perturbe donc
la division cellulaire sans affecter la croissance de la cellule. Elle se traduit par des cellules de taille
beaucoup plus importante que la normale. Dautre part, cette mutation est conditionnelle et ne sexprime
qu une temprature suprieure 35 C. On parle alors de mutation thermosensible (des mutations
ltales peuvent tre ainsi conserves tout en laissant la possibilit dtudier leurs effets phnotypiques) ;
37
ANAGNE
mutation cdc2-3w (ou wee) : elle a pour effet la production prcoce dun signal dentre en mitose. Il y a
donc division prmature et les cellules sont beaucoup plus petites que la normale (wee signifie petit en
cossais).
permet datteindre Phnotypes taille des Levures (Gne CDC2) qui charge le fichier alleles-cdc2-seconde.edi
affichant trois squences : cdc2sac-S.adn, cdc2sac-TS.adn et cdc2sac-DP.adn.
Documents fournis
datteindre Phnotypes taille des Levures (Gne CDC2) pour charger les fichiers SP-division-souche-sauvage.bmp
et SP-tailles-3souches.bmp.

Les documents fournis permettent de mettre en vidence les diffrences phnotypiques en ce qui concerne la
taille des trois souches A, B et C : la souche A est une souche sauvage, la souche B est thermosensible et ne se
divise pas 35, la souche C se divise prmaturment une taille de 7 microns. Le document SP-divisionsouche-sauvage.bmp est un document de rfrence relatif la souche A, qui indique que la taille des Levures
est lie la division cellulaire et varie entre 7 et 14 microns.
Il sagit alors de mettre en relation les diffrences phnotypiques de taille entre ces trois souches avec les
diffrences entre les allles du gne CDC2 qui contrle lentre en division cellulaire.
La comparaison avec Anagne (comparaison simple) des squences des trois allles fournis (alleles-cdc2seconde.edi) permet de mettre en vidence les diffrences suivantes :
Comme pour le gne ADE2, on constate quun seul changement dun nuclotide modifie linformation code
par le gne ; de plus, le site o a lieu le changement en conditionne leffet puisque les deux allles entranent
des phnotypes opposs.
La composition des trois allles en nuclotides tant quasiment la mme, cela conforte lide que linformation
gntique rside dans la squence des nuclotides du gne.
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Phnotypes
lhmoglobine
drpanocytaire
ou
non
drpanocytaire
et
variabilit
du
gne
de
(Des donnes concernant la drpanocytose sont fournies dans le dossier Relations gnotype/phnotype pour
la classe de premire page 51.)
Les allles du gne HBB
Au niveau dune classe de seconde o lon nenvisage pas le phnotype au niveau protique, on peut, en
premire approximation, considrer le gne HBB qui code pour la chane bta de globine humaine, comme un
gne qui dirige la synthse de lhmoglobine. La banque fournie comprend les squences de trois allles dont
deux codent pour une chane bta fonctionnelle et le troisime pour une chane bta drpanocytaire.
permet datteindre Phnotypes drpanocytaires chez lHomme (Gne HBB) qui charge le fichier alleles-HB-Beta.edi
affichant trois squences : Hbb nuclique, Hbb nuclique bis et HbS nuclique.
Documents fournis
datteindre Phnotypes drpanocytaires chez lHomme (Gne HBB) pour charger les fichiers hematies.bmp et
phenodrep.bmp.

Les documents fournis permettent de comparer les deux phnotypes au niveau clinique et cellulaire, et de
relier ces deux niveaux de formulation du phnotype.
Ltude de cet exemple permet de voir si chez un organisme pluricellulaire, une diffrence clinique
macroscopique peut tre relie une diffrence dans la squence de nuclotides du gne qui intervient dans la
ralisation du caractre. En reliant le phnotype macroscopique au phnotype cellulaire, il illustre le fait quun
gne nintervient quau niveau des cellules. Il nest pas ncessaire dentrer dans la structure molculaire des
chanes des globines. Pour un lve de seconde, ce que rgit le gne, cest la production dune hmoglobine
qui reste soluble dans les hmaties ou dune hmoglobine qui forme des fibres.
La comparaison avec Anagne (comparaison simple) des squences de nuclotides des allles normal et
drpanocytaire du gne de la bta globine donne le rsultat suivant :
Cet exemple conforte lide que, chez tous les organismes, une diffrence phnotypique est toujours associe
une diffrence des nuclotides de la squence du gne. En plus, il rvle que linverse nest pas vrai, cest-dire quune diffrence dans la squence nentrane pas obligatoirement une diffrence phnotypique. Cette
remarque sera importante quand on abordera lide que des gnes prsents chez des espces diffrentes,
peuvent tre considrs comme tant le mme gne (gnes homologues) malgr des diffrences relativement
nombreuses dans leurs squences.
39
ANAGNE
Origine de la variabilit de linformation gntique

Il sagit dexpliquer la diversit alllique mise en vidence prcdemment et darriver lide quun allle
provient dun autre allle la suite dun vnement appel mutation.
Lapproche exprimentale partir dorganismes unicellulaires comme les Levures (apparition de colonies
blanc-crme partir dune souche de Levures rouges soumise un rayonnement UV. Voir site de Didier Pol)
est sans doute le meilleur moyen dintroduire la notion de mutation. Elle prsente lavantage de faire saisir
llve que la mutation est fondamentalement un phnomne cellulaire qui modifie la squence des
nuclotides dun gne.
Ensuite, chez des organismes pluricellulaires, il sagit de montrer que la mutation, toujours un phnomme
cellulaire, peut affecter soit des cellules somatiques, soit des cellules de la ligne cellulaire conduisant la
production des gamtes et que seules les mutations germinales peuvent se transmettre la gnration
suivante.
Pour cela, lexemple des mutations affectant le gne P53, gne dit suppresseur de tumeurs, est un support
adapt.
tude de cancers impliquant des mutations somatiques

Dans la banque de thmes dtude, le dveloppement de larborescence Origine de la variabilit de linformation
gntique permet datteindre Rfrences cancer sophage pour charger le fichier ref-cancer-sophage.edi qui
affiche des squences strictement codantes des allles du gne de la p53 prsents dans une cellule normale (cn) et
dans une cellule cancreuse (cc) chez un individu atteint dun cancer de lsophage.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le dveloppement de larborescence Origine de la variabilit de linformation
gntique permet datteindre Mutations somatiques et mutations germinales pour charger les fichiers
infocance.bmp (texte de prsentation des phnotypes cancreux au niveau cellulaire et clinique) et mutations.bmp
(texte prcisant la diffrence entre mutation germinale et mutation somatique).
Pistes dexploitation pdagogique des donnes fournies

Le document infocancer.bmp fournit des renseignements sur le comportement des cellules cancreuses et sur
limplication du gne p53 dans ce comportement. partir de l, il sagit dexploiter les donnes fournies par
les squences pour construire la notion de mutation somatique.
Le document ci-dessous prsente le rsultat de la comparaison effectue dans le cas du cancer de lsophage :
les cellules cancreuses (ccOeso) possdent deux
allles diffrents du gne p53 : un allle normal
(allle 1) et un allle mut (allle 2) ; les deux
allles diffrent par une substitution dun
nuclotide en position 833 ;
les cellules normales du mme individu
possdent deux allles normaux du gne p53.
Il y a donc une diffrence de gnotype entre les cellules cancreuses et les cellules normales. Cette diffrence
explique la diffrence de phnotype cellulaire : cellule cancreuse qui se divise de faon anarchique et cellule
normale dont la division est contrle et limite.
Llve devrait conclure que cest dans la cellule initiale lorigine de la tumeur qua eu lieu la mutation
transformant un allle P53 normal en un allle mut. Et laide du document mutations.bmp conclure quil
sagit ici dune mutation somatique.
La mme dmarche et les mmes conclusions peuvent tre obtenues partir de lexemple du cancer du foie.
On observe alors une mutation par substitution en position 747 : G remplac par T, uniquement dans les
cellules cancreuses.
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tude dun cancer impliquant une mutation germinale (syndrome de Li-Fraumeni, qui se
traduit par des cancers multiples et prcoces)
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Origine de la variabilit de linformation gntique/Mutations
somatiques et mutations germinales permet datteindre :
- Rfrence cancer LiFraumeni qui charge le fichier ref-cancer-LiFrau.edi affichant des squences strictement
codantes des allles du gne p53 prsents dans une cellule normale (cn) et dans une cellule cancreuse (cc) chez un
individu atteint du syndrome de Li-Fraumeni ;
- Famille1 P53 qui charge le fichier Famille1-P53.edi affichant les squences strictement codantes des allles du gne
p53 prsents dans les cellules de chacun des membres de la famille 1. Si lindividu est atteint dun cancer, les
squences sont fournies pour les cellules normales et pour les cellules cancreuses. Le nom de squence I1 cn
allle 1 signifie quil sagit de lallle 1 du gne p53 prsent dans une cellule normale de lindividu I1.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Origine de la variabilit de linformation gntique/Mutations
somatiques et mutations germinales permet datteindre Famille1 qui charge le fichier Famille1-P53.bmp affichant
larbre gnalogique de la famille 1 dans laquelle deux individus sont atteints du syndrome de Li-Fraumeni. Il sagit
dans cette famille dune mutation germinale apparue de novo chez lindividu II2.

Pour aborder cette tude, il faut partir de larbre gnalogique qui montre deux personnes, II2 et III2,
troitement apparentes qui ont un cancer un ge prcoce. En outre, larbre suggre une transmission
hrditaire. Ces caractristiques observation dun sarcome chez un sujet atteint de moins de 45 ans,
apparent au premier degr une personne ayant eu un cancer de nimporte quel type avant 45 ans, ou au
deuxime degr une personne ayant eu un cancer ou un sarcome moins de 45 ans dfinissent le
syndrome de Li-Fraumeni.
La comparaison des allles du gne p53 prsents dans les cellules cancreuses et dans les cellules normales des
personnes atteintes de cancer (II2 et III2) ( LiFrau.edi ) avec lallle P53 de rfrence, montre que toutes les
cellules possdent deux allles diffrents : un allle normal et un allle mut. Llve doit en conclure que la
cellule-uf lorigine de lorganisme possdait galement un allle normal et un allle mut.
41
ANAGNE
Remarque : le fait que des cellules normales possdent un allle mut de P53 peut tre utilis pour faire saisir
que le phnotype cellule cancreuse ne dpend pas du seul gne P53. La possession dun allle mut de P53
prdispose la cellule devenir cancreuse.
Il faut sinterroger sur lorigine de lallle mut prsent dans toutes les cellules de lorganisme des individus
II2 et III2. La premire conclusion est que III2 la hrit de II2. Pour saisir lorigine de lallle mut chez
lindividu II2, il faut tudier les gnotypes de I1 et I2. La comparaison avec lallle de rfrence de P53 indique
que ces deux personnes possdent uniquement lallle de rfrence (normal). partir de l, et en saidant
ventuellement du document (mutations.bmp), llve doit conclure que la prsence de lallle mut chez II2
rsulte dune mutation germinale survenue chez un des deux parents. En toute rigueur, on ne peut exclure
totalement une mutation survenue au stade uf.
Si lon veut pousser lanalyse plus loin, on constate que la personne III1 possde un allle mut quelle a hrit
de sa mre, mais na pas de cancer.
Ainsi, il faut prendre soin de reprciser que le cancer est une maladie plurifactorielle et que les descendants de
personnes atteintes dun cancer d une mutation germinale ne seront pas forcment atteints aux aussi par
un cancer ; simplement, leur risque est plus important, do lintrt dexercer une vigilance accrue.
42
Dtermination du type de mutation (germinale ou somatique) implique dans une famille

touche par le cancer : mutations et environnement
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Origine de la variabilit de linformation gntique/Mutations
somatiques et mutations germinales permet datteindre :
- Rfrences cancer foie pour charger le fichier ref-cancer-Foie.edi qui affiche des squences strictement codantes des
allles du gne p53 prsents dans une cellule normale (cn) et dans une cellule cancreuse (cc) chez un individu atteint
dun cancer du foie ;
- Famille2 P53 pour charger le fichier Famille2-P53.edi qui affiche les squences strictement codantes des allles du
gne p53 prsents dans les cellules de chacun des membres de la famille 2. Si lindividu est atteint dun cancer, les
squences sont fournies pour les cellules normales et pour les cellules cancreuses.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le dveloppement de larborescence Origine de la variabilit de linformation
gntique permet datteindre Mutations somatiques et mutations germinales pour charger les fichiers :
- famille2.bmp : dans larbre gnalogique, trois individus sont atteints dun cancer du foie. Il sagit ici dune
mutation somatique. Sa frquence leve sexplique par linfluence dun facteur de lenvironnement, laflatoxine ;
- aflatoxine.bmp : texte mettant en relation un facteur de lenvironnement, laflatoxine, avec le phnotype cancer du
foie .

La comparaison des allles prsents dans la cellule normale et de ceux prsents dans la cellule cancreuse
permet de dterminer lorigine du cancer. On arrive ainsi aux rsultats et conclusions suivantes :
Dans cette famille 2, un individu est touch chaque gnration (I1, II1, III1). Seules les cellules
cancreuses de ces personnes possdent un allle mut et un allle normal ; leurs cellules normales
possdent deux allles normaux. On a donc affaire des mutations somatiques ;
on peut alors sinterroger sur la frquence leve de ce cancer du foie dans cette famille, alors quil nest pas
hrditaire. Une information supplmentaire est apporte par larbre : ce type darbre est frquent dans
certaines populations. On peut alors supposer linfluence dun facteur de lenvironnement. Un document
(aflatoxine.bmp) apporte alors des informations complmentaires : cest une toxine, laflatoxine, libre par un
champignon souvent prsent dans la nourriture de ces populations, qui est responsable de ces cancers.
On peut ainsi illustrer lide quun facteur de lenvironnement peut influencer un phnotype.
43
ANAGNE
Unit du vivant
Division cellulaire chez les tres vivants et gne cdc2
Les caractristiques communes tous les tres vivants prcdemment tudis (gnralit de la structure cellulaire,
information gntique code dans des molcules dADN de mme structure), permettent dvoquer leur origine
commune. La recherche de gnes partags par les organismes peut renforcer cette ide. Dans cette optique, le gne
CDC2 envisag prcdemment est intressant car des gnes homologues sont prsents chez tous les Eucaryotes.
Dans la banque des thmes dtude, le dveloppement de larborescence Unit du vivant permet datteindre
Division cellulaire chez plusieurs Eucaryotes (Gne CDC2) pour charger le fichier evol-cdc2-adn.edi affichant des
allles du gne CDC2 chez plusieurs tres vivants.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le dveloppement de larborescence Unit du vivant permet datteindre Division
cellulaire chez plusieurs Eucaryotes (Gne CDC2) pour charger deux fichiers : transgeneseSP.jpg (exprience de
transgense) et Division-SP.bmp (Levure SP en division).
Pistes dexploitation pdagogique

Ltude du document Exprience de transgense (ventuellement associ au document Levure SP en
division) montre que linsertion du CDC2 humain dans une cellule de Levure fissipare dont le gne CDC2 a
t ls, rtablit la capacit de la cellule se diviser (figure en bas droite du document). Ceci indique une
similitude fonctionnelle entre les gnes CDC2 humain et de Levure, traduisant lunit du monde vivant.
Levures de souche sauvage dont le gne CDC2 a t ls,

cultives 25 C
Levures douze heures plus tard
Levures de souche sauvage dont le gne CDC2 a t ls, et

dans lesquelles on a transfr le gne CDC2 humain.
Culture 25 C
Levures douze heures plus tard
Exprience de transgense (schmatise et adapte daprs M.G. Lee et P. Nurse, Nature, 1987, 327, 31-35)
Cette perception de lunit du vivant peut tre renforce par la comparaison des gnes CDC2 de diffrentes
espces. Pour obtenir le nombre didentits et de similitudes entre des squences compares, il faut demander
lalignement avec discontinuits, cliquer sur licne avec un I qui donne linformation.
Homme
Rat
Xnope
Drosophile
Arabidopsis
Levure
Homme
0
Rat
84,6
0
Xnope
73,9
73,6
0
Drosophile
62,4
62,9
63,4
0
Identits en % obtenues avec lalignement multiple dAnagne
44
Arabidopsis
63,7
62,2
60,9
59,6
0
Levure
60,7
57,9
59,5
57,3
60,5
0
La similitude entre les gnes CDC2 est suprieure 60 %. Associe lexprience de transgense, elle conduit
lide que tous ces organismes possdent en commun ce gne, hritage dun gne CDC2 possd par
lanctre commun toutes ces espces.
Remarques : Pour un lve, des similitudes de lordre de 60 % peuvent paratre non significatives. Il faut donc
rappeler ce qui a t vu au moment de ltude de lADN, savoir que si deux squences nont aucun lien entre
elles, la similitude est de lordre de 25 %.
En outre, il peut paratre bizarre pour les lves que des diffrences nombreuses entre les gnes nentranent
pas de consquences fonctionnelles, alors quune diffrence rduite entre deux allles avait dans les exemples
prcdents des consquences phnotypiques importantes.
Il y a donc ncessit de rappeler que si une diffrence fonctionnelle est toujours lie une diffrence dans la
squence, la rciproque nest pas vraie (exemple vu propos dun allle de HBB).
Plans dorganisation des animaux et gnes homotiques

Ces informations concernent les thmes susceptibles dtre traits en seconde et terminale. En revanche, les
suggestions pdagogiques qui figurent dans ce chapitre sont propres la classe de seconde.
propos des gnes homotiques
Les mutants homotiques
Les phnotypes homotiques ont t dcrits pour la premire fois en 1894 par William Bateson, qui utilisa le terme
homeosis pour dsigner le phnomne de transformation dun organe en un autre. Cest ltude de ces mutants
prsentant des anomalies de disposition de certains organes (mutants homotiques) qui a t lorigine de la
dcouverte des gnes homotiques. Un gne homotique est alors dfini comme un gne dont la mutation produit
une homose, cest--dire lapparition dun organe bien form mais un mauvais emplacement dans le corps. Les
documents ci-dessous prsentent quelques exemples de phnotypes mutants homotiques chez la Drosophile :
Mutant Drosophile antennapedia
Prsence de pattes la place des antennes
Mutant Drosophile bithorax (bx, dcouvert en 1941)
Transformation du 3e segment thoracique en 2e

segment thoracique prsence de deux paires dailes
Mutant Drosophile bithoraxode (bxd, dcouvert en 1927)
Transformation du premier segment abdominal en 3e

segment thoracique prsence de quatre paires de
pattes
Mutant Drosophile ultrabithorax (ubx)
Transformation du 3e segment thoracique et du 1er
segment abdominal en 2e segment thoracique (ltal
ltat larvaire)
45
ANAGNE
Les gnes homotiques
Certains gnes vont intervenir au cours du dveloppement embryonnaire, notamment pour diriger
lexpression dautres gnes et permettre ainsi la mise en place des diffrents organes ; on les qualifie de gnes
matres ou gnes architectes . Il en est ainsi chez les Vertbrs des gnes Pax, qui dterminent la
disposition des organes selon laxe dorso-ventral, et des gnes homotiques qui dterminent la disposition des
organes le long de laxe antro-postrieur.
Les gnes homotiques sont des gnes rgulateurs (activation ou inhibition) de lexpression dautres gnes.
Ce sont des gnes homobote (ou homeobox), cest--dire quils codent pour une protine dont un domaine
est trs conserv au cours de lvolution. Ce domaine protique, appel homodomaine, a t dcouvert en
1983 ; il comporte soixante acides amins et sa structure secondaire comporte trois hlices formant le motif
HLH (Helix Loop Helix). Ce domaine se fixe lADN, ce qui contribue ouvrir localement lADN pour
permettre la transcription.
Complexe Homodomaine/ADN (cette figure a t obtenue avec le logiciel RasTop)
Les gnes homotiques sont organiss en complexes homotiques chez les animaux.
Les complexes homotiques
La disposition et lorganisation des gnes homotiques sont bien connues chez deux organismes : la
Drosophile et la Souris.
Chez la Drosophile, les gnes homotiques forment le complexe Hom-C port par le chromosome 3 ; ce
complexe est compos de deux groupes de gnes : le groupe Antennapedia et le groupe Bithorax, chacun de
ces groupes comprenant plusieurs gnes :
Antennapedia : gnes lab (labial), proboscipedia (pb), Deformed (dfd), Sex comb reduced (Scr),
Antennapedia (antp) ;
Bithorax : gnes ultrabithorax (ubx), abdominal A (AbdA) et abdominal B (AbdB).

Chez la Souris, les gnes homotiques forment quatre complexes Hox rpartis sur quatre chromosomes :
complexe des gnes Hox A sur le chromosome 6 ;
complexe des gnes Hox B sur le chromosome 11 ;
complexe des gnes Hox C sur le chromosome 15 ;
complexe des gnes Hox D sur le chromosome 2.

Il y a colinarit entre la disposition des gnes homotiques sur les chromosomes et les rgions du corps dans
lesquelles ils sexpriment : en parcourant lADN de 3 vers 5, on trouve des gnes dont les lieux daction
schelonnent de lavant vers larrire de lanimal.
Lors de lembryogense, la combinaison des produits de plusieurs gnes Hox donne une identit relative aux
cellules embryonnaires le long de laxe antro-postrieur. Chaque cellule embryonnaire est affecte dune
valeur positionnelle, qui rsulte dune combinatoire de plusieurs gnes Hox.
46
Les gnes homotiques des Arthropodes et des Vertbrs forment une famille multignique
Au sein dun mme organisme, par exemple la Souris, tous les gnes homotiques prsentent une similitude
importante de squence au niveau de lhomobote : ce sont donc des gnes homologues, cette homologie
tmoignant de leur origine commune. De plus, lordre des gnes sur chaque chromosome (donc au sein dun
mme complexe) est similaire dun complexe lautre. On peut donc dire que lon a des gnes paralogues
(exemple : HoxA4, HoxB4, HoxC4 et HoxD4 sont paralogues).
Si lon effectue maintenant des comparaisons entre les gnes homotiques des Vertbrs et des Arthropodes :
les gnes des complexes Hox de Souris et Hom-C de Drosophile prsentent des similitudes dans leur
ordre de disposition sur les chromosomes et, dans les deux cas, ils sont impliqus dans le positionnement
et lidentit cellulaire le long de laxe antro-postrieur ;
des expriences de transgense interspcifique ont t ralises avec succs :

o la substitution du gne lab mut chez la Drosophile (mutation qui entrane la formation dune
tte trs petite) par le gne Hox B1 de Poulet restaure la morphogense normale de la tte de
Mouche ;
o linsertion du gne Hox B9 de Souris chez la Drosophile entrane la transformation des antennes
en pattes thoraciques ;
o dune manire gnrale, un gne homotique de Vertbr possde son homologue chez les
Insectes ; insr par transgense interspcifique dans le gnome de la Drosophile, le gne
homotique de la Souris ou de lHomme induit des transformations homotiques semblables
celles produites par son homologue.
Dans la banque de thmes dtude, le dveloppement de larborescence Unit du vivant permet datteindre Un gne
homotique (Antennapedia - HOXB6) chez des animaux pluricellulaires pour charger le fichier B6-ANTP.edi qui
affiche des squences nucliques des homobotes du gne Hoxb6 dHomme, de Souris, et du gne Antp de
Drosophile.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le dveloppement de larborescence Unit du vivant permet datteindre Un gne
homotique (Antennapedia HOXB6) chez des animaux pluricellulaires pour charger trois fichiers :
- chromosomeshomeo.jpg : schma comparatif de la disposition chromosomique des gnes homotiques chez la
Drosophile et chez la Souris, et des territoires corporels dexpression des diffrents gnes ;
- phenotypeshomeo.jpg : photos reprsentant trois mutants homotiques de Drosophile (antennapedia, bithorax et bithoraxode) ;
- transgenese.jpg : texte de prsentation de trois expriences de transgense russies entre Vertbrs et Drosophile.
47
ANAGNE
Pistes dexploitation pdagogique en classe de seconde

Lexploitation des donnes sur les homobotes des gnes homotiques permet daborder la notion dunit du
vivant. On se limite volontairement lexploitation des donnes concernant un seul gne homotique : Hox B6
chez les Vertbrs, et son homologue Antp chez la Drosophile (ne sont fournies ici que les squences des
homobotes). En relation avec les dissections ralises et la dcouverte de la notion de plan dorganisation,
lexploitation des documents fournis permettra de prciser le dterminisme de la mise en place de ces plans
dorganisation et de mettre en vidence des ressemblances entre diffrents groupes (donc une unit du vivant) :
la description des phnotypes de mutants homotiques (phenotypeshomeo.jpg) permet de comprendre

laction des gnes homotiques. Ces mutations entranent la formation dun organe parfaitement
constitu, mais pas au bon endroit. Les gnes homotiques sont donc des gnes qui vont intervenir au
cours du dveloppement embryonnaire pour permettre la mise en place des diffrents organes. Ils sont
responsables de ldification du plan dorganisation de lorganisme ;
la disposition des gnes sur les chromosomes (chromosomeshomeo.jpg) permet de faire plusieurs constats :
o la disposition des gnes sur les chromosomes correspond la disposition des rgions
dexpression de ces gnes dans lorganisme ;
o il y a une correspondance qui a pu tre tablie entre les gnes de la Drosophile et les gnes de la
Souris (ces correspondances sont indiques par les couleurs) ;
les expriences de transgense russies (transgenese.bmp) sont un argument supplmentaire en faveur de

lhomologie des gnes homotiques de Vertbrs et dArthropodes, et donc de lunit du vivant.
La comparaison des squences nucliques fournies renforcera lide dunit du vivant et de parents plus ou moins
grandes entre les tres vivants. Cette comparaison donne les rsultats suivants (matrice des identits, valeurs en %) :
Homme
Souris
Drosophile
Homme
Souris
Drosophile
92,2
83,3
81,7
0
Toute la difficult consiste faire prendre conscience llve que les diffrences, qui peuvent paratre
importantes premire vue, sont finalement trs faibles, trop faibles pour envisager laction du hasard. Ce fort
taux didentits ne peut alors sinterprter que par une origine commune de ces gnes, donc des animaux qui
les possdent.
Si lon veut aller un peu plus loin, on peut discuter sur les variations de ce taux didentits entre les trois espces :
trs peu de diffrences entre les gnes dHomme et de Souris tmoignent dune parent plus grande entre eux.
48
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE DE PREMIRE

SRIES S, L ET ES
Le programme de biologie de la classe de premire est centr sur la faon dont le gnotype en interaction avec
lenvironnement, dtermine le phnotype dun organisme. Cela suppose la reconnaissance des divers niveaux
de dfinition du phnotype.
Dans un premier temps, il sagit dtablir les mcanismes de base par lesquels des diffrences entre allles
dun gne entranent des diffrences au niveau du phnotype molculaire lorigine des diffrences des
phnotypes aux chelles cellulaire et macroscopique. Ceci implique la connaissance des principes de la
synthse des protines, du code gntique ainsi que celle du rle des protines notamment des enzymes
dans la vie cellulaire.
Plusieurs des exemples fournis dans la banque de donnes permettent dune part dintroduire les niveaux
de dfinition du phnotype et le fait quun allle en sexprimant rgit la synthse dun polypeptide ayant
une squence dacides amins dtermine, ce qui motive ltude de la synthse protique. La connaissance
des principes de la synthse protique permet ensuite de rechercher et dexpliquer comment une
diffrence alllique engendre une diffrence phnotypique.
Dans un deuxime temps, il sagit daller au-del dun dterminisme gntique strict pour envisager la
complexit des relations gnotypephnotypeenvironnement. Ceci fait appel aux notions de
dominance/rcessivit, au fait que des allles diffrents dun gne peuvent avoir des consquences
phnotypiques variables, que plusieurs allles interviennent directement ou indirectement dans la
ralisation dun phnotype, et que les facteurs denvironnement, en agissant diffrents niveaux du
phnotype, peuvent le modifier.
Les exemples de la banque retenus pour tablir les notions de base peuvent servir aussi pour faire saisir la
complexit du phnotype macroscopique dun organisme. Dans le tableau suivant sont spcifies les
diffrentes notions pouvant tre construites partir de chaque exemple. Dans la mesure du possible, ces
exemples ont t construits suivant le mme schma pour faciliter la conception des dmarches
dexploitation.
Rle de la protine
(phnotype molculaire)
Exemples
Drpanocytose
Divers
niveaux du
phnotype
Consquences
allliques
Notion de
dominance
Intervention de
deux gnes ou plus
Action de
lenvironnement
Hb bta et Hb Ftale
Oxygnation
Alimentation
Phnylctonurie
Gne de la PAH et
gne DHPR
Groupes sanguins
ABO
Gnes A, B, O et
FUT1
Albinisme
Gne de la tyrosinase
et Gne P
Temprature
Enphysme
pulmonaire
Fume de tabac
Xroderma
Rayonnement UV
Cancer du sein
Activit physique
Noter que certains de ces exemples seront repris et enrichis en classe de terminale pour envisager dautres
thmatiques telles que : innovations gntiques, filiation entre allles, diagnostic gntique.
49
ANAGNE
Noter galement que les deux tapes de cette tude sont prsentes successivement pour chaque thme dans
cette documentation. Les squences et les documents sy rapportant seront prendre dans deux entres
distinctes de larborescence des thmes :
relations gnotypephnotype diffrents niveaux dorganisation du vivant ;
Complexit des relations gnotypephnotypeenvironnement ;

ceci afin de ne pas multiplier les squences et les documents charger pour chaque phase du travail.
Le programme prvoit galement denvisager la morphogense vgtale sous langle des interactions
gnotypephnotypeenvironnement. Le dterminisme du phnotype alternatif nain et taille normale
de nombreuses plantes constitue un bon support. La croissance de la plante dpend de la synthse de
gibbrellines, hormones vgtales. La chane de synthse des gibbrellines et la squence dun gne impliqu
dans la gense du phnotype nain sont connues. En outre, chez les plantes en rosette comme lpinard, cest
un facteur de lenvironnement, la longueur de la photopriode, qui dclenche lexpression des gnes de cette
chane de biosynthse. Cet exemple enrichit ainsi la perception de la complexit des relations gnotype
phnotypeenvironnement puisquil sensibilise lide que les facteurs denvironnement peuvent agir
directement sur lexpression des gnes.
Lorientation majeure de ltude de la physiologie nerveuse en premire S est la plasticit crbrale, cest-dire la perception de la modulation de lorganisation crbrale par les facteurs de lenvironnement.
Nanmoins, ceux-ci agissent sur un cerveau dont la construction est rgie par des milliers de gnes. Ce
dterminisme gntique peut tre abord partir des mutants crbelleux.
Sur tous ces exemples, des informations complmentaires sont disponibles sur le site Biotic de lINRP :
http://www.inrp.fr/Acces/biotic/gpe/accueil.htm
50
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE DE PREMIRE, SRIES S, L, ET ES
GNOTYPE, PHNOTYPE, ENVIRONNEMENT

Les phnotypes drpanocytaires
Le phnotype clinique
La maladie se traduit par une anmie et une fatigue permanente, et par la survenue de crises drpanocytaires
plus ou moins graves. Ces crises sont dues des ischmies locales pouvant tre trs graves ; les crises vasoocclusives peuvent tre particulirement douloureuses dans les muscles et les risques de complications
organiques graves (notamment au niveau du squelette, de la rate, du tube digestif, du cerveau).
Plusieurs facteurs favorisent la crise drpanocytaire :
la dshydratation, frquente chez le drpanocytaire car il est atteint de polyurie ;
le ralentissement de la circulation sanguine, qui favorise une stase. Il faut donc viter le port de vtements
trop serrs, une mauvaise position, le froid, la fivre (formation de protines inflammatoires), les
infections (les globules blancs en excs limitent la circulation des hmaties) ;
toute consommation doxygne supplmentaire : les efforts avec essoufflement, les efforts musculaires
concentrs sur un muscle ;
tout ce qui dsature lhmoglobine en oxygne : la vie en altitude (viter les altitudes suprieures
2 000 m, et mme parfois 1 500 m), les voyages en avion, les carts de temprature entre lair et leau
(piscine, mer), lalcool, le tabac.
Autrefois, 80 % des individus homozygotes mourraient avant lge de la reproduction. Aujourdhui, grce au
dpistage prcoce, la prvention des infections (vaccination, antibiothrapie systmatique), la prvention
de la dshydratation et de toute autre cause pouvant provoquer des troubles chez le malade, la maladie reste
srieuse et invalidante, mais lesprance de vie sest considrablement accrue.
Le phnotype cellulaire
Les hmaties dun individu drpanocytaire ont tendance prendre une forme en faucille (do lautre nom de
la drpanocytose : anmie falciforme).
Cette falciformation est due la prsence de fibres dhmoglobine S dans lhmatie. Les hmaties dformes
ralentissent la circulation sanguine dans les capillaires et peuvent mme les obstruer.
Le phnotype molculaire
Lhmoglobine S (HbS) est une protine ttramrique constitue de deux chanes de globine bta S et de deux
chanes de globine alpha. La globine bta S diffre de la globine normale par un seul acide amin : de la valine
remplace un acide glutamique en position 6. Ce changement ne modifie pas la structure spatiale de la globine
bta, et naffecte pas la poche de lhme.
La valine est un rsidu hydrophobe, qui remplace donc un rsidu hydrophile. Les globines tant entoures
par un film deau, la prsence dun site hydrophobe cre un point de collage entre deux molcules
51
ANAGNE
dhmoglobines voisines ; ce collage stablit entre la leucine 88 et la phnylalanine 85 dune chane alpha
bta et la valine 6 de la chane btaS. Il se forme alors une structure cristalline en fibres.
La visualisation 3D (obtenue avec le logiciel RasTop, fichier hbshbs.pdb ) ci-dessous met en vidence ce
point de collage :
Dimre HBS/HBS
Les dimres HbS/HbS sassemblent pour former des brins ; les brins sassocient en fibres, responsables de la
dformation des hmaties.
Cette falciformation est due la formation de fibres dhmoglobine S (de 1 15 m de longueur), phnomne
favoris par la dsoxygnation. En effet, la dsoxyhmoglobine S prsente une proprit naturelle de
polymrisation si elle est en solution concentre (ce qui est le cas dans les hmaties) ; le retour de lHbS ltat
oxygn provoque la dissociation des polymres.
Le dterminisme gntique de la drpanocytose
La drpanocytose est une maladie autosomale rcessive due une mutation unique du gne de la bta globine
situ sur le chromosome 11. Il sagit dune mutation par substitution : le nuclotide A est remplac par un
nuclotide T en position 17, le 6e codon GAG devient alors GTG.
Le gne bta tant trs polymorphe, on connat plusieurs gnotypes drpanocytaires, dont trois prdominent :
HbS//HbS (70 %) ; HbS//HbC (25 %), HbS//Hb thalassmie (5 %). Si dans le gnotype dun individu
52
drpanocytaire, on trouve toujours un allle HbS, celui-ci peut tre associ soit un autre allle HbS (gnotype
HbS//HbS), soit lallle HbC, soit un allle Hb thalassmique. Lallle HbC diffre de lallle HbA par une
mutation au 6e codon, qui a pour consquence la substitution de lacide glutamique par la lysine.
Gnralement le gnotype HbS//HbC se traduit au niveau clinique par un phnotype drpanocytaire
nettement moins accus que celui entran par le gnotype HbS//HbS. Un allle Hb thalassmique entrane
un arrt anticip de la chane bta au cours de la traduction et donc la synthse dune chane bta raccourcie,
non fonctionnelle.
La variabilit des phnotypes drpanocytaires
Parmi une population dindividus de gnotype HbS//HbS, on a identifi deux catgories de patients :
certains dveloppent des crises drpanocytaires graves et frquentes ; dautres ne dveloppent
quexceptionnellement des crises qui restent bnignes.
Les patients qui souffrent de crises caractristiques de la drpanocytose ont un taux dhmoglobine F infrieur
10 ; ceux qui ne dveloppent que de rares crises ont un taux dhmoglobine F qui atteint 2 7 %.
Lhmoglobine F (Hb ftale) est dtectable partir de la 5e semaine et cest le principal constituant
hmoglobinique de la vie ftale. Cette HbF est constitue de deux chanes (codes par le gne alpha) et de
deux chanes (codes par le gne gamma). Normalement, chez ladulte, lHbF ne subsiste qu ltat de traces
infrieures 1 %, et reste limite une population cellulaire restreinte, les cellules F ; ces dernires
reprsentent environ 1 7 % des rythrocytes.
Chez un individu produisant de lHBS, mais qui continue aussi produire beaucoup dHBF, les crises
drpanocytaires sont rares et peu importantes car lHBF ne sintgre pas dans le polymre poly HBS , ce qui
limite la formation de fibres dHBS et donc la dformation des hmaties.
Ainsi, mme si le phnotype drpanocytaire est monognique, il est influenc par lactivit de plusieurs autres
gnes, dont le gne gamma.
53
ANAGNE

Ltude du phnotype drpanocytaire avec les donnes fournies permet daborder les notions suivantes :
le phnotype peut se dfinir diffrentes chelles ;
le gnotype dtermine le phnotype molculaire, lui-mme responsable du phnotype cellulaire et clinique ;
la complexit des relations gnotype/phnotype : influence de lenvironnement, influence dautres gnes ;
un mme phnotype peut correspondre plusieurs gnotypes.

Il est particulirement intressant ici de coupler lutilisation du logiciel RasTop avec celle du logiciel Anagne.
Le phnotype peut se dfinir plusieurs chelles
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Relations gnotype-phnotype diffrents niveaux dorganisation
du vivant/Le phnotype drpanocytaire/Drpanocytose aboutit :
- Allles Globine Bta qui charge le fichier alleles-Glob-beta.edi contenant les squences strictement codantes des
allles bta A et bta S du gne de la globine bta ;
- Protines Bta qui charge le fichier prot-glob-beta.edi contenant les squences protiques des globines bta A et bta S.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Relations gnotype phnotype diffrents niveaux dorganisation du
vivant/Le phnotype drpanocytaire permet daccder aux fichiers :
- phenodrep.bmp : texte de prsentation du phnotype drpanocytaire au niveau clinique, cellulaire et molculaire ;
- hematies.bmp : photos dhmaties normales et dhmaties drpanocytaires ;
- brin.bmp : schmas illustrant la formation de brins et de fibres dHBS partir de dimres HBS/HBS ;
- dimereHBS.bmp : visusalisation 3D obtenue avec le logiciel RasTop (fichier hbshbs.pdb) dun dimre HBS/HBS
avec mise en vidence de la valine 6 ;
- comparglobines.bmp : visusalisation 3D obtenue avec le logiciel RasTop (fichiers globdrep.pdb et globnorm.pdb)
dune globine btaA (normale) et dune globine btaS (drpanocytaire).
Dans le dossier 3D sous Anagene2, le rpertoire Drepanocytose contient les fichiers .pdb suivants : betanorm.pdb,
betadrep.pdb, hbnorm.pdb et hbshbs.pdb.
Phnotype
macroscopique
Phnotype cellulaire
Phnotype molculaire
Individu sain
Pas de troubles particuliers
Hmaties non dformes
Hmoglobine constitue
principalement de deux chanes
alpha et deux chanes btaA
Individu
drpanocytaire
Anmie, fatigue, crises

drpanocytaires
Hmaties en faucille,
dformes par des fibres
dHbS
Hmoglobine constitue
principalement de deux chanes
alpha et deux chanes btaS
Le gnotype dtermine le phnotype molculaire, lui-mme responsable du phnotype cellulaire et clinique :

la mise en parallle des comparaisons effectues entre les deux allles btaA et btaS et les protines
correspondantes met en vidence une seule diffrence : une substitution (A T au 20e nuclotide) qui modifie
le 7e codon, provoquant ainsi le remplacement de lacide glutamique par la valine.
54
Cette diffrence dun seul acide amin ne modifie pas la forme de la globine, comme le montre le document cidessous, obtenu avec le logiciel RasTop :
Globine bta S
Globine Bta A
Attention, dans les squences fournies pour Anagne, le codon dinitiation et donc la mthionine initiale, sont
prsents ; par contre, dans la molcule accessible en visualisation 3D, cette mthionine initiale nest pas
prsente, puisquelle a t excise lors de maturation de la protine. Cela explique la diffrence de
numrotation entre Anagne et RasTop : dans le premier cas, cest lacide amin n 7 qui est modifi, alors que
dans de deuxime, cest le n 6.
Le remplacement de lacide glutamique par la valine modifie les proprits de la globine bta : la valine forme
un point de collage qui favorise la formation de dimres HBS/HBS, et donc la formation de brins et de fibres
dhmoglobine qui vont dformer les hmaties ; la circulation capillaire se fait alors plus difficilement, et
explique les troubles observs chez les malades.
La complexit des relations gnotype/phnotype
Influence de lenvironnement
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotype-environnement/Les
phnotypes drpanocytaires/Influence de lenvironnement permet daccder aux fichiers :
- prevention-drepanocytose.bmp : texte prcisant quelques mesures de prvention que doivent respecter les individus drpanocytaires ;
- baisseoxygene.bmp : texte prcisant la relation entre une baisse du taux doxygne sanguin et lapparition dune crise drpanocytaire.
Le phnotype dun individu de gnotype HbS//HbS est influenc par lenvironnement : des mesures de
prvention permettent de limiter les crises drpanocytaires en vitant les baisses doxygnation du sang.
Influence dautres gnes
Dans la banque des thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotype-environnement/Les
phnotypes drpanocytaires/Drpanocytoses aboutit :
- Rfrences gne bta globine pour accder Allles gne globine bta qui charge le fichier allref-glob-beta.edi
affichant quelques allles du gne de la bta globine prsents dans les diffrentes familles tudies squences
strictement codantes des allles bta S (S), bta A (A) bta Tha2 (Tha2) et bta C (C) ;
- Dominance et rcessivit (Famille 1) pour accder Allles famille1 qui charge le fichier allFam1drep.edi affichant
des squences strictement codantes des allles du gne de la bta globine chez les individus de la famille 1 [I1, I2 et
II1 : (A//S) ; II2 : (S//S)] ;
- Influence de lhmoglobine ftale (Famille 2) pour accder Allles famille2 qui charge le fichier
allFam2drep.edi affichant des squences strictement codantes des allles du gne de la bta globine chez les
individus de la famille 2 [I1 et I2 : (A//S) ; II1 : (S//S) ; II2 : (A//A)]
55
ANAGNE
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Relations gnotype-phnotype diffrents niveaux dorganisation du
vivant/Le phnotype drpanocytaire permet daccder aux fichiers :
- autresalleles.bmp : texte prsentant le polymorphisme du gne de la bta globine, et prsentant notamment les
allles HBC et THA2 ;
- hbfoetale.bmp : texte prsentant des rsultats de mesures de taux dhmoglobine ftale chez des patients
drpanocytaires, et permettant de mettre en vidence une attnuation trs nette des symptmes drpanocytaires chez
les malades produisant beaucoup dhmoglobine ftale.
phnotypes drpanocytaires permet daccder :
- Dominance et rcessivit (Famille 1) pour charger le fichier arbrefamille1-Drep.bmp qui prsente larbre
gnalogique de la famille 1 ;
- Influence de lhmoglobine ftale (Famille 2) pour charger le fichier arbrefamille2-Drep.bmp qui prsente larbre
gnalogique de la famille 2.
La comparaison des allles du gne bta de chaque membre de la famille avec les allles de rfrence permet
de dterminer le gnotype de chacun :
I1 et I2 : (HbS//HbA)
II1 : (HbS//HbA)
II2 : (HbS//HbS)
I1 et I2 : (HbS//HbA)
II1 : (HbS//HbS)
II2 : (HbA//HbA)
Les indications fournies sur les arbres mentionnent que les individus malades des deux familles vivent dans
les mmes conditions et respectent les mmes mesures de prvention.
La prise en compte des informations apportes par le document concernant lhmoglobine ftale permet de
conclure linfluence de lexpression dautres gnes sur le phnotype drpanocytaire. Les individus de
gnotype HbS//HbS capables de produire encore beaucoup dhmoglobine ftale sont beaucoup moins
malades que les autres.
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Plusieurs gnotypes pour un mme phnotype

Dans la banque de thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotype-environnement/Les
phnotypes drpanocytaires/Drpanocytoses aboutit :
- Rfrences gne bta globine pour accder Allles gne globine bta qui charge le fichier allref-glob-beta.edi
affichant les allles de rfrence ;
- Dominance et rcessivit (Famille 1) pour accder Allles famille1 qui charge le fichier allFam1drep.edi affichant
des squences strictement codantes des allles du gne de la bta globine chez les individus de la famille 1 ;
- Plusieurs gnotypes pour un mme phnotype (Famille 3) pour accder Allles famille3 qui charge le fichier
individus de la famille 3 ;
- Plusieurs gnotypes pour un mme phnotype (Famille 4) pour accder Allles famille4 qui charge le fichier
individus de la famille 4.
Documents fournis
vivant/Le phnotype drpanocytaire permet daccder au fichier autresalleles.bmp qui affiche un texte prsentant le
polymorphisme du gne de la bta globine, et notamment les allles HBC et THA2.
phnotypes drpanocytaires aboutit :
- Dominance et rcessivit (Famille 1) pour charger le fichier arbrefamille1-Drep.bmp qui prsente larbre
gnalogique de la famille 1 ;
- Plusieurs gnotypes pour un mme phnotype (Famille 3) pour charger le fichier arbrefamille3-Drep.bmp qui
prsente larbre gnalogique de la famille 3 ;
- Plusieurs gnotypes pour un mme phnotype (Famille 4) pour charger le fichier arbrefamille4-Drep.bmp qui
prsente larbre gnalogique de la famille 4.
La comparaison des allles du gne bta de chaque membre de la famille avec les allles de rfrence permet
de dterminer le gnotype de chacun des membres de chaque famille :
I1 : (HbA//HbS)
I2 : (HbA//HbC)
II1 et II2 : (HbS//HbC)
I1 : (A//Tha2)
I2 : (A//S)
II1 et II2 : (S//Tha2)
Les individus II2 de la famille 1, II 1 et 2 des familles 3 et 4 ont le mme phnotype clinique : ils sont tous
atteints de drpanocytose. Pourtant, leurs gnotypes diffrent.
57
ANAGNE
Les phnotypes phnylctonuriques

Les caractristiques dun phnotype phnylctonurique Phnotypes clinique et biochimique
La phnylctonurie est toujours caractrise par une augmentation de la concentration plasmatique en
phnylalanine (hyperphnylalaninmie).
Le test de Guthrie permet de dpister une hyperphnylalaninmie la naissance. Ce test consiste dposer un
papier-filtre imbib dune goutte de sang du nourrisson sur une culture de Bacillus dont la croissance est
inhibe par manque de phnylalanine ; selon lintensit de la croissance bactrienne, on estimera sil y a
hyperphnylalaninmie, qui sera alors confirme par dosage sanguin.
La phnylalanine est un acide amin indispensable apport par lalimentation, et les besoins quotidiens sont
de 200 500 mg. Sa concentration physiologique moyenne est de lordre de 60 moles/l de plasma. Avec une
alimentation courante, environ un quart de la phnylalanine est incorpore dans les protines et le reste est
mtabolis par les cellules hpatiques : sous laction dune enzyme hpatique, la PAH (phnylalanine
hydroxylase), il est mtabolis en tyrosine, adrnaline et mlanine.
Lexcs de phnylalanine tant toxique, son accumulation dans le plasma et dans le milieu intracrbral
entrane une arriration psychique et des troubles caractriels, le retard mental tant trs svre si le malade
nest pas pris en charge ds la naissance. Le poids du cerveau des individus phnylctonuriques est audessous de la normale et la mylinisation des fibres nerveuses est dfectueuse. Lesprance de vie des malades
non traits est considrablement raccourcie : mortalit de 50 % avant 20 ans et de 75 % avant 30 ans.
Le mtabolisme de la phnylalanine
On parle dhyperphnylalaninmie lorsque la concentration plasmatique en phnylalanine est suprieure

120 moles/l de plasma, mais les hyperphnylalaninmies entranant un phnotype phnylctonurique sont
suprieures 1 000 moles/l de plasma.
En cas dhyperphnylalaninmie suprieure 1 000 moles/l de plasma, une voie parallle dlimination
urinaire se cre : la phnylalanine est alors dcarboxyle et limine sous forme dacide phnylpyruvique.
Les phnotypes molculaires : lenzyme PAH
La PAH comprend une partie protique code par le gne de la PAH et un cofacteur indispensable la
raction dhydroxylation : la ttrahydrobioptrine (ou BH4).
La partie protique de la PAH
La PAH est une protine ttramrique.

Le site catalytique met en jeu un atome de fer, trois molcules deau et trois rsidus : Glu 330, His290 et
His285. Ce site catalytique peut tre repr par des modles montrant lenzyme associe au cofacteur BH4.
58
Le document ci-dessous prsente un monomre de la PAH et un dimre dans lequel les deux monomres sont
associs par lintermdiaire des hlices du bout terminal.
Monomre de la PAH
Dimre de la PAH
Le cofacteur BH4
Le BH4 est synthtis de novo partir de guanosine triphosphate (GTP) au cours de quatre ractions
enzymatiques catalyses par trois enzymes diffrentes : GTPCK, PTPS et SR. Il est galement recycl et sa
rgnration se fait en deux tapes catalyses par les enzymes PCD et DHPR.
Schma de la synthse du BH4
59
ANAGNE
Dterminisme gntique des phnylctonuries

Les phnotypes phnylctonuriques peuvent tre dus des mutations dans diffrents gnes et donc avoir des origines varies.
Implication du gne de la PAH
Le gne codant pour lenzyme PAH est trs polymorphe. Bien que lon connaisse plusieurs allles codant pour
une PAH fonctionnelle, la plupart des allles codent pour une enzyme dont lactivit est plus ou moins
rduite, voire nulle. Tous ces allles codant pour une PAH de moindre activit sont rcessifs, et la
phnylctonurie ne peut donc apparatre que chez des individus homozygotes.
La comparaison des allles muts, de la localisation des mutations et des effets au niveau clinique (voir
tableau dans la partie pdagogique) permet de tirer les conclusions suivantes :
toutes les mutations touchant des acides amins du site actif entranent gnralement une
hyperphnylalaninmie forte ;
les mutations faux-sens touchant des domaines autres que le site actif ont des consquences
phnotypiques variables selon la position de lacide amin modifi ; les mutations touchant les acides
amins de la surface de lenzyme sont les moins svres ;
il est possible destimer lactivit de la PAH selon les allles prsents chez les individus homozygotes et
htrozygotes. Dun point de vue clinique, lorsque lactivit est infrieure ou gale 5 % la
phnylctonurie est svre ; au-del de 15 %, la maladie est trs attnue.
ALLLE 1
ALLLE 2
PheMut243
PheMut280
PheMut158
PheMut261
PheMut414
PheMut243
1,5
15
25
PheMut280
1,5
6,5
16,5
26,5
PheMut158
6,5
10
20
30
PheMut261
15
16,5
20
30
40
PheMut414
25
26,5
30
40
50
% dactivit de la PAH en fonction du gnotype

Implication dautres gnes
Gnes codant pour des enzymes impliques dans les ractions de synthse/recyclage du BH4
Le BH4 tant en quantit limite dans la cellule, il doit tre sans cesse produit et rgnr. Une mutation dans
lun des gnes codant pour une enzyme indispensable lune des ractions ncessaires peut donc aussi
entraner un phnotype phnylctonurique.
On connat ainsi plusieurs allles du gne de la DHPR impliqus dans un phnotype phnylctonurique :
Squence nuclique
Noms
des allles
Polypeptide
Type de mutation Nuclotides changs Codons changs Acides amins changs
DHPRRef
Hyperphnylalaninmie
de lhomozygote
rfrence
rfrence
rfrence
Non
DHPRMut97
dltion
non dcalante
CC290
TCC97TAA
Ser97Stop
Forte
DHPRMut108
mutation
faux-sens
T322G
TGG108GGG
Trp108Gly
Forte
DHPRMut124
insertion
non dcalante
ACT366-367-368
124Thr
Forte
Autres gnes
Des observations cliniques ont prouv que des personnes pouvaient avoir des phnotypes
phnylctonuriques nettement diffrents alors quils avaient le mme gnotype pour le gne de la PAH et
pour les gnes en relation avec le mtabolisme du BH4.
Parmi les gnes en cause encore non identifis se trouvent probablement ceux qui codent pour des protines
assurant le transport des acides amins travers la paroi des capillaires sanguins. Des donnes rcentes
montrent que pour une mme concentration plasmatique en phnylalanine, il peut y avoir des concentrations
trs variables au sein du tissu crbral.
60
Diagnose diffrentielle des hyperphnylalaninmies

Un test permet de dterminer lorigine dune hyperphnylalaninmie. Ce test consiste faire ingrer des
tablettes de phnylalanine raison de 100 mg/kg, et trois heures plus tard de la BH4 dissoute dans un jus
dorange ou de leau. Des analyses sanguines sont ralises avant lingestion de phnylalanine, puis au bout
de trois heures, sept heures et onze heures.
Lhyperphnylalaninmie est nette au bout de trois heures ; lhyperphnylalaninmie modre au dpart
sexplique par le fait que les patients suivaient un rgime alimentaire depuis leur naissance, le test de Guthrie
ayant permis de dpister prcocement leur maladie.
En cas de PAH non fonctionnelle, la prise de BH4 na aucun effet. En cas de BH4 non recycl, la prise de BH4
est suivie dun retour une phnylalaninmie physiologique normale.
On peut ainsi dterminer si lhyperphnylalaninmie est due une mutation touchant le gne de la PAH ou
une mutation touchant lun des gnes impliqus dans la synthse ou le recyclage du BH4.
PKU : cas dun individu pour lequel le

phnotype phnylctonurique est d
une anomalie de fonctionnement de la
PAH ;
DHPR et GTPCH/PTPS : cas dindividus
pour
lesquels
le
phnotype
phnylctonurique est d une anomalie
de recyclage (pour le DHPR) ou de
synthse (pour le GTPCH/PTPS) du BH4
(voir le schma de la synthse).
Des informations complmentaires et des animations grce au logiciel Chime sont disponibles sur le site de
lINRP ladresse http://www.inrp.fr/Acces/biotic/ et sur le site du BH4.
Interactions avec lenvironnement
Si une hyperphnylctonurie est dtecte (concentration en phnylalanine suprieure 20 mg/dl), un rgime
alimentaire trs strict est mis en place. Ce rgime permettra de maintenir le taux de phnylalanine dans le
sang une valeur infrieure au seuil de toxicit.
Rgime alimentaire prconis pour les individus phnylctonuriques :
interdiction de consommer : viandes, laitages, poissons, ufs, crales ;
possibilit de consommer des fruits et lgumes, mais de faon contrle ;
consommation libre dhydrates de carbones (sucre et amidon), dhuiles et de margarines sans protines ;
utilisation de produits dittiques spciaux pour quilibrer le rgime, notamment de produits apportant
un mlange dacides amins essentiels.
Ce rgime devra tre poursuivi toute la vie, toute interruption ayant des effets dltres sur les performances
intellectuelles des patients.
Les contrles sanguins du taux de phnylalanine doivent tre frquents de manire adapter le rgime en
fonction de changements ventuels.
61
ANAGNE

Lanalyse des phnotypes phnylctonuriques laide des donnes fournies prsente plusieurs intrts
pdagogiques :
le gne de la PAH est trs polymorphe et les enzymes codes par les diffrents allles ont des activits
diffrentes, rendant ainsi compte de la diversit des phnotypes phnylctonuriques, et permettant de
discuter des consquences des mutations sur le phnotype diffrents niveaux (molculaires,
biochimique, clinique) ;
lenzyme PAH na une activit catalytique quen prsence dun cofacteur (BH4) dont la synthse et le
recyclage ncessitent lintervention de plusieurs autres enzymes, codes chacune par un gne. On illustre
donc bien ici la complexit des relations gnotype/phnotype, plusieurs gnes intervenant dans la
ralisation dun mme phnotype ;
les troubles de la maladie peuvent tre supprims par un rgime alimentaire strict et prcoce. L encore la
complexit des relations gnotype/phnotype est illustre, un facteur de lenvironnement pouvant
modifier le phnotype clinique.
La diversit des phnotypes et les relations gnotype/phnotype (chez les homozygotes)
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Relations gnotype-phnotype diffrents niveaux dorganisation du
vivant/Le phnotype phnylctonurique permet grce au dveloppement de larborescence Phnylctonurie daccder :
- Allles PAH qui charge le fichier choixAdnPAH.edi affichant des squences nucliques strictement codantes des
allles PheNorm, PheMut39, PheMut55, PheMut95, PheMut111, PheMut222 et PheMut245 ;
- Protines PAH qui charge le fichier choixProtPAH.edi affichant les squences protiques des enzymes PAH Norm
(activit normale), PheMut39, PheMut55, PheMut95, PheMut111, PheMut222 et PheMut245 (activit rduite) ;
Le chemin Complexit des relations gnotype-phnotype-environnement/Les phnotypes phnylctonuriques
permet grce au dveloppement de larborescence Phnylctonuries PAHDHPR daccder :
- Rfrences gne PAH/Nucliques et protiques/Rfrences PAH ADN pour charger le fichier RefPAH-ADN.edi
affichant des squences strictement codantes de trois allles de la PAH (allle PheNorm codant pour une enzyme
PAH fonctionnelle ; allles Mut95 et Mut111 codant pour des enzymes PAH non fonctionnelles). Ces allles ont t
choisis car ce sont ceux qui sont prsents dans les familles tudies ;
- Polymorphisme PAH/Allles PAH pour charger le fichier PolyPAH.edi affichant les squences strictement codantes
de 31 allles du gne PAH ; lallle PheNorm code pour une enzyme PAH fonctionnelle ; tous les autres allles codent
pour une enzyme PAH non fonctionnelle, et le numro prsent dans leur nom indique la position du codon mut.
Documents fournis
Dans la banque des documents, le chemin Relations gnotype-phnotype diffrents niveaux dorganisation du
vivant/Le phnotype phnylctonurique permet daccder aux fichiers :
- reactionPAH.jpg : raction de transformation de la phnylalanine en tyrosine catalyse par la PAH ;
- phenylcetonurie.bmp : texte de prsentation du phnotype phnylctonurique diffrentes chelles ;
- monomerePAH.jpg : image obtenue laide du logiciel RasTop, prsentant un monomre de la PAH et localisant le
site actif la position du cofacteur BH4 ;
- effetMutPAH.bmp : tableau prsentant le phnotype clinique des individus mutants homozygotes.
Dans le dossier 3D sous Anagene2, le rpertoire Phenylcetonurie contient les fichiers .pdb suivants :
Dimere4PAH.pdb et Monomere2PAH.pdb.
Les documents phenylcetonurie.bmp, reactionPAH.jpg et monomerePAH.jpg prsentent le phnotype

phnylctonurique et permettent de le dfinir diffrentes chelles :
phnotype clinique : symptmes de la maladie ;
phnotype biochimique : concentration plasmatique en phnylalanine ;
phnotype molculaire : enzyme PAH.

La comparaison des squences (protPAH.edi) des diffrentes protines PAH rencontres chez des individus
atteints (enzymes non fonctionnelles) avec la protine enzymatique de rfrence PheNorm (enzyme
fonctionnelle) et la mise en relation avec les phnotypes cliniques correspondants (effetmutPAH.bmp)
62
permettent de discuter des relations entre phnotype molculaire et phnotype clinique. Les diffrences
peuvent tre releves dans un tableau, o lon prcisera aussi le type de mutation (substitution, dltion,
addition) et le phnotype clinique correspondant.
Le tableau ci-dessous donne les caractristiques des allles prsents dans la banque de donnes fournie, des
protines correspondantes et prcise les phnotypes cliniques des homozygotes :
Squence nuclique
Polypeptide
Noms des allles
Nuclotides changs
Nature - position
Codons changs
Nature - position
Type
de mutation
Rfrence
Acides amins
changs
Nature - position
Rfrence
PHENORM
Rfrence
PHEmut39
T115C
TTC39CTC
Phe39Leu
Modre
PHEmut55
-T165
TTT55 TAA 60
codon stop 60
Substitution
faux-sens
Dltion dcalante
PHEmut95
-ATC283,284,285
-95ATC
-95Ile
Lgre
PHEmut104
C311A
GCC104GAC
Ala104Asp
PHEmut111
C331T
CGA111TGA
Arg111-
PHEmut158
G473A
CGG158CAG
Arg158Gln
PHEmut174
T520C
ATC174ACC
Ile174Thr
PHEmut176
C526T
CGA176TGA
codon stop 176
PHEmut187
G561A
TGG187TGA
codon stop 187
PHEmut194
T581C
CTG194CCG
Leu194Pro
PHEmut222
-GA663,664
GAT222TAA
Asp222-
Dltion
non dcalante
Substitution
faux-sens
Substitution
non-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
non-sens
Substitution
non-sens
Substitution
faux-sens
Dltion dcalante
PHEmut232
A696G
CAA232CAG
Gln232Gln
Substitution neutre
Non
Phemut241
G722A
CGC241CAC
Lgre
PHEmut243
C727T
CGA243TGA
Arg243-
PHEmut245
G735A
GTG245GTA
Val245Val
Substitution
faux-sens
Substitution
non-sens
Substitution neutre
PHEmut261
G782A
CGA261CAA
Arg261Gln
Lgre
PHEmut272
G814T
GGA272TGA
Gly272-
PHEmut277
T829G
TAT277GAT
Tyr277Asp
PHEmut280
G838A
GAA280AAA
Glu280Lys
PHEmut281
C842T
CCT281CTT
Pro281Leu
PHEmut282
G844A et C846A
GAC282AAA
Asp282Lys
PHEmut285
C853T
CAT285TAT
His285Tyr
PHEmut299
T896G
TTT299TGT
Phe299Cys
PHEmut331
T991C
TTT331CTT
Phe331Leu
PHEmut346
-G1038
PHEmut349
T1045C
GGG346GGC
etc...
TCA349CCA
Leu347Ser
etc...
Ser349Pro
Substitution
faux-sens
Substitution
non-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
2 substitutions
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Dltion dcalante
Forte
PHEmut365
-CTC1093,1094,1095
-365CTC
-365Leu
PHEmut408a
G1223A
CGG408CAG
Arg408Gln
PHEmut408b
C1222T
CGG408TGG
Arg408Trp
PHEmut414
A1241G
TAC414TGC
Tyr414Cys
Substitution
faux-sens
Dltion
non dcalante
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Rfrence
Hyperphnylalaninmie
de lhomozygote
Non
Forte
Lgre
Forte
Modre
Forte
Forte
Forte
Forte
Forte
Forte
Non
Forte
Lgre
Forte
Forte
Forte
Forte
Forte
Forte
Forte
Forte
Lgre
Forte
Lgre
63
ANAGNE
Les connaissances sur les protines enzymatiques seront mobilises pour expliquer les observations.
La localisation des mutations sur un monomre de PAH laide du logiciel RasTop complte trs bien cette
activit ; on peut en effet alors distinguer les mutations touchant le site actif des autres mutations et discuter
de leffet de la position des mutations.
On montrera ainsi que les phnotypes alternatifs sont dus des diffrences dans les protines concernes, et
quil existe plusieurs gnotypes possibles pour un mme phnotype clinique.
La mise en relation des diffrences observes au niveau des quelques allles slectionns ici (Allles PAH et
Protines PAH) avec les diffrences observes au niveau protique permet de discuter de leffet des
mutations.
Remarque pratique : bien que les dltions et additions soient plus facilement reprables en utilisant un
alignement avec discontinuits, la mise en relation des diffrences observes entre les allles avec celles
observes entre les polypeptides est facilite si lon demande des comparaisons simples dans les deux cas.
Ainsi, dans le document ci-dessous, on met facilement en relation pour lallle PheMut55 la prsence dun
codon stop prcoce avec une chane polypeptidique plus courte, en relation avec la dltion du nuclotide T
en position 165 :
Ces sept squences ont t retenues car elles illustrent la diversit des mutations et de leurs consquences
(voir tableau prcdent), mais il est tout fait possible de faire travailler les lves sur les autres allles : il
suffit alors de slectionner les allles parmi tous ceux qui sont proposs (polyPAH.edi) et den demander la
traduction.
Conclusion
Des mutations varies sont lorigine du polymorphisme du gne de la PAH. Les consquences de ces
mutations sur le phnotype molculaire sont variables :
apparition prcoce dun codon stop (mutation non-sens ou mutation dcalante), donc chane
polypeptidique plus courte et non fonctionnelle PheMut55, 111, 176, 187, 222, 243, 272, 346 ;
modification importante de la squence dacides amins (dltion dun ou plusieurs nuclotides)

PheMut95 et 365 ;
modification ponctuelle de la squence dacides amins (mutation faux-sens) PheMut39, 158, 194, 241,
261, 277, 280, 281, 282, 285, 299, 331 ;
aucune modification de la squence dacides amins (mutation neutre) PheMut232.

Les consquences des modifications de la squence dacides amins sont variables selon la position des acides
amins modifis (on ne peut aboutir cette conclusion que si lon a complt ltude sur les squences par la
localisation des mutations sur la molcule en 3D laide dun logiciel de visualisation molculaire comme
RasTop ou Chime). Si les acides amins modifis sont au niveau du site actif de lenzyme ou participent sa
structure tertiaire, lenzyme sera inactive ou trs peu active. Si le polypeptide est beaucoup plus court que la
normale, lenzyme ne pourra pas prendre sa conformation spatiale et sera inactive.
64
Complexit des relations entre gnes, phnotype et environnement

La mise en vidence de la complexit des relations gnotype/phnotype peut tre aborde partir de
lexemple des trois familles proposes. Pour chaque famille, sont mises disposition les donnes suivantes :
un arbre qui nest l que pour prciser le phnotype des membres dune famille donne (et non pour
initier un raisonnement en fonction des lois de lhrdit) ;
les squences des deux allles de la PAH que possdent tous ou certains membres de la famille ;
les squences des allles PAH de rfrence (allle PheNorm et les deux allles muts prsents dans lune
ou lautre des familles : PheMut95 et PheMut111).
tude de la famille 1
phnotypes phnylctonuriques permet grce au dveloppement de larborescence Phnylctonuries PAH-DHPR
daccder :
- Rfrences PAH ADN qui charge le fichier RefPAH-ADN.edi affichant des squences strictement codantes de trois
allles de la PAH (allle PheNorm codant pour une enzyme PAH fonctionnelle ; allles Mut95 et Mut111 codant pour
des enzymes PAH non fonctionnelles). Ces allles ont t choisis car ce sont ceux qui sont prsents dans les familles
tudies ;
- Famille1/Gnotypes famille1 PAH qui charge le fichier allfam1PAH.edi affichant les squences strictement
codantes des allles du gne de la PAH de chacun des membres de la famille 1 ; le gnotype de Didier, dAnnie et de
Marc est PheNorm//PheMut95, celui de Stphane est PheMut95//PheMut95, et celui de Sylvie est
PheNorm//PheNorm.
Documents fournis
phnotypes phnylctonuriques permet daccder par Dominance et rcessivit (Famille 1) au fichier
fam1phenyl.bmp prsentant larbre gnalogique de la famille 1, avec indication des phnotypes. Dans cette famille,
le phnotype phnylctonurique des individus malades est d lallle PheMut95 du gne de la PAH.
Ltude de cette famille permet de se familiariser avec la mthode de dtermination des gnotypes et de
discuter des relations de dominance/rcessivit.
La comparaison des allles de chaque individu avec les allles de rfrence de la PAH fournis permet de
dterminer le gnotype de chacun des membres de la famille : le gnotype de Didier, dAnnie et de Marc est
PheNorm//PheMut95, celui de Stphane est PheMut95//PheMut95, et celui de Sylvie est
PheNorm//PheNorm.
La mise en relation du gnotype et du phnotype pour les individus htrozygotes permet ensuite de discuter
des relations de dominance/rcessivit (ces relations ne peuvent se dfinir qu lchelle du phnotype
clinique et non lchelle molculaire ; en effet, les deux allles sexpriment dans la cellule).
65
ANAGNE
daccder :
tudies ;
- Gnotypes famille2 PAH qui charge le fichier AllFam2PAH.edi affichant les squences strictement codantes des
allles du gne de la PAH de chacun des membres de la famille 2. Le gnotype de Raymond, Alain et Georgette est
PheMut95//PheMut95 ; celui de Suzette, Aline et Pierre est PheNorm//PheMut95 ;
- Gnotypes famille2 DHPR qui charge le fichier AllFam2DHPR.edi affichant les squences strictement codantes des
allles du gne de la DHPR de chacun des membres de la famille 2. Le gnotype de Raymond, Aline, Georgette et
Pierre est DHPRNorm//DHPRMut1 ; celui dAlain et de Suzette est DHPRMut1//DHPRMut1 ;
- Allles DHPR qui charge le fichier PolyDHPR.edi affichant les squences strictement codantes de quatre allles du
gne de la DHPR ; lallle DHPNorm code pour une enzyme DHPR fonctionnelle ; les allles DHPRMut1,
DHPRMut2 et DHPRMut3 codent pour des enzymes DHPR non fonctionnelles ;
- Rfrences DHPR Pro qui charge le fichier protDHPR.edi affichant les squences protiques des enzymes DHPR
Norm (fonctionnelles), DHPRMut1, DHPRMut2 et DHPRMut3 (non fonctionnelles).
Documents fournis
phnotypes phnylctonuriques permet daccder par Plusieurs gnotypes pour un mme phnotype (Famille 2)
aux fichiers :
- Fam2Phenyl.bmp qui prsente larbre gnalogique de la famille 2, avec indication des phnotypes. Dans cette
famille, le phnotype phnylctonurique des individus malades est d lallle DHPRMut2 du gne de la DHPR ;
tous les individus de cette famille possdent un phnotype PheNorm//Phenorm ou PheNorm//PheMut95.
- BH4.bmp qui affiche un texte de prsentation du BH4 et de son importance et ractions de recyclage et de synthse.
Ltude de cette famille permet de dcouvrir un aspect de la complexit des relations gnotype/phnotype :
un phnotype peut dpendre de lexpression de plusieurs gnes. Il sagit de mettre llve en situation de
dcouverte du problme.
La comparaison des allles du gne PAH de chaque individu avec les allles de rfrence de la PAH permet
de dterminer le gnotype de chacun : le gnotype de Raymond, Alain et Georgette est
PheMut95//PheMut95 ; celui de Suzette, Aline et Pierre est PheNorm//PheMut95.
Si lon sen tenait au fait que le phnotype phnylctonurique ne dpende que du seul gne de la PAH, et que
lallle PheMut95 est rcessif par rapport PheNorm, il y a une incohrence pour Suzette ; possdant un allle
66
PheNorm, elle ne devrait pas tre malade. Il faut donc imaginer que le phnotype phnylctonurique ne
dpend pas que du gne de la PAH.
Des renseignements complmentaires sont alors fournis concernant le fonctionnement de la PAH (BH4.bmp) :
ncessit dun cofacteur, le BH4, qui doit tre en permanence recycl et synthtis. Cette synthse/recyclage
du BH4 ncessite plusieurs ractions chimiques catalyses chacune par une enzyme diffrente, code chacune
par un gne diffrent. Il peut donc y avoir plusieurs origines la non-transformation de la phnylalanine en
tyrosine : inactivit de lenzyme PAH, mais aussi manque de cofacteur BH4 par dficience dune des enzymes
ncessaires sa synthse.
Un travail peut tre effectu sur les allles du gne DHPR et les protines correspondantes pour discuter,
comme il a t fait pour la PAH, des relations entre gnotype/phnotype molculaire/phnotype clinique.
Les mutations prsentes dans les allles entranent des modifications de la squence dacides amins de la
protine DHPR, responsables de linactivit de lenzyme et dun phnotype phnylctonurique.
Rsultats de comparaisons simples entre les allles de la DHPR dune part et entre les protines DHPR correspondantes dautre part
Rsultat dun alignement avec discontinuit entre les allles DHPRNorm et DHPRMut 3
Lallle DHPRMut1 diffre de lallle DHPRNorm par une dltion dun nuclotide C en position 291, ce qui se
traduit par lapparition dun codon stop prcoce et une protine plus courte, non fonctionnelle.
Lallle DHPRMut2 diffre de lallle DHPRNorm par une substitution dun seul nuclotide en position 322
(T G). Cela se traduit par le changement dun acide amin dans la squence de lenzyme, ce qui suffit la rendre
non fonctionnelle.
Lallle DHPRMut3 diffre de lallle DHPRNorm par laddition dun triplet TAC, ce qui se traduit par
laddition dun acide amin dans la squence de lenzyme, ce qui suffit la rendre non fonctionnelle.
La comparaison des allles du gne DHPR des membres de la famille 2 avec les allles de rfrence de ce gne
( allfam2DHPR.edi - refDHPR.edi ) permet de dterminer le gnotype de chacun pour ce gne : le
gnotype de Raymond, Aline, Georgette et Pierre est DHPRNorm//DHPRMut1 ; celui dAlain et de Suzette
est DHPRMut1//DHPRMut1.
Une discussion sur le phnotype dAline par exemple permet de dterminer les relations de
dominance/rcessivit entre ces deux allles. Ltude du gnotype de Suzette permet dexpliquer
lincohrence constate auparavant : Suzette prsente un phnotype phnylctonurique alors quelle possde
un allle PAH normal, car elle est homozygote DHPRMut1//DHPRMut1, et ne peut donc synthtiser une
enzyme DHPR fonctionnelle. Le recyclage du BH4 ne peut donc se faire et, par consquent, la cellule manque
trs rapidement de BH4, donc lenzyme PAH ne peut remplir son rle correctement.
67
ANAGNE
daccder :
tudies ;
- Gnotypes famille3 PAH qui charge le fichier AllFam3PAH.edi affichant les squences strictement codantes des
allles du gne de la PAH des individus 7, 8 et 10 de la famille 3. Le gnotype de chacun de ces individus est
PheMut111/PheMut111.
Documents fournis
phnotypes phnylctonuriques permet daccder par Influence de lenvironnement (Famille 3) aux fichiers :
- Fam3Phenyl.bmp qui prsente larbre gnalogique de la famille 1, avec indication des phnotypes. Dans cette
famille, trois individus malades ont le mme gnotype PheMut111//PheMut111, mais lun dentre eux nest pas
malade car il suit un rgime alimentaire particulier depuis sa naissance ;
- regime.bmp qui affiche un texte prsentant le traitement de la phnylctonurie par un rgime alimentaire strict.
Ltude de cette famille permet de dcouvrir un autre aspect de la complexit des relations
gnotype/phnotype : lintervention dun facteur de lenvironnement sur le phnotype.
La comparaison des allles du gne PAH des individus 7, 8 et 10 avec les allles de rfrence permet de
dterminer le gnotype de ces individus : ils sont tous PheMut111//PheMut111.
Un problme se pose alors car ces trois individus nont pas le mme phnotype : deux dentre eux sont
malades, mais pas le troisime.
Larbre gnalogique fournit une information complmentaire concernant leur rgime alimentaire.
Lhypothse de linfluence de ce rgime sur le phnotype peut tre confirme par des renseignements
complmentaires concernant ce rgime (cf. fichier regime.bmp).
68
Les phnotypes groupes sanguins

La dcouverte des groupes sanguins
Cest Richard Lower, mdecin britannique, qui effectua le premier, en 1665, des transfusions sanguines
danimal animal. Mais le premier transfuser avec succs du sang danimal, un agneau, un jeune garon
anmique de 16 ans, deux ans plus tard, fut Jean-Baptiste Denis.
Cependant, les incidents se multiplirent, et, si la transfusion russissait parfois, elle ne faisait souvent que
prcipiter le dcs (lagglutination des hmaties du donneur suivie dune lyse de ces hmaties entranait des
troubles mtaboliques importants, la destruction des reins). Bientt, les transfusions sanguines furent
interdites et nallaient tre reprises que vers la fin du sicle dernier.
Lorsque Karl Landsteiner (1868-1943) commena ses recherches comme assistant lUniversit viennoise de
lhygine, il se proposa de surmonter ces difficults. Il avait constat que, lorsque lon mlangeait du sang de
plusieurs personnes, on observait parfois une agglutination des hmaties et parfois non. Il rassembla alors des
chantillons de sang de ses collgues et les mlangea deux par deux. Cest ainsi quil dcouvrit lexistence des
groupes sanguins, quil nomma A, B et O, et il fit connatre les rsultats de ses recherches en 1900. Le
quatrime groupe sanguin (AB) ne fut dcouvert que lanne suivante. Cette dcouverte permit dtablir une
mthode de transfusion sanguine sre.
En reconnaissance pour ses travaux, Landsteiner fut nomm professeur de pathologie lUniversit de
Vienne, mais il ne sy plut pas, et partit pour les Pays-Bas puis pour lInstitut Rockfeller de New York. Il
dcouvrit plus tard les groupes sanguins M et N, ainsi que le facteur rhsus, en collaboration avec Philip
Levine. Lansdsteiner reut le prix Nobel de mdecine en 1930.
Les marqueurs des groupes sanguins principaux
Les marqueurs des groupes sanguins principaux sont des glycolipides prsents dans la membrane des
hmaties. Il existe deux types de marqueurs : des marqueurs de type A et des marqueurs de type B.
Ces marqueurs dterminent les groupes sanguins principaux :
prsence de marqueurs A seulement : groupe sanguin A ;
prsence de marqueurs B seulement : groupe sanguin B ;
prsence de marqueurs A et de marqueurs B : groupe sanguin AB ;
absence de marqueurs A et B : groupe sanguin O.
69
ANAGNE
Les deux dernires tapes de la chane de biosynthse des marqueurs A et B
Le gne Fut1 code pour la synthse de lenzyme H (EH). Le gne des groupes sanguins principaux code pour
la synthse des enzymes A et B (EA, EB).
Les phnotypes sanguins A, B et O
Ils sont dfinis respectivement par la possession des antignes membranaires A, B et H. Cependant, il est
possible de retrouver les divers niveaux dexpression du phnotype vus avec les hmoglobinopathies :
phnotype macroscopique : il ne se rvle pas spontanment mais il se manifeste si lon met les globules
rouges dun individu en contact avec des srums tests anti A et anti B et aussi en cas de transfusions
incompatibles ;
phnotype cellulaire : cest la panoplie des marqueurs relatifs ce systme de groupes sanguins prsents
dans la membrane des hmaties mais aussi la surface des autres cellules de lorganisme ;
phnotype molculaire : les marqueurs membranaires rsultent de laction de lenzyme produit de

lexpression du gne ; cette enzyme est en somme le phnotype molculaire primaire.
70
Pistes dexploitation pdagogiques des donnes fournies

Lanalyse des donnes fournies concernant le phnotype groupes sanguins permet daborder les notions
suivantes :
le phnotype peut se dfinir diffrents niveaux, et le phnotype molculaire dtermine le phnotype

cellulaire et macroscopique ;
le phnotype molculaire sexplique par le gnotype ;
un mme phnotype peut correspondre plusieurs gnotypes ;
plusieurs gnes peuvent tre impliqus dans la ralisation dun phnotype.

Dans la banque de thmes dtude, le chemin Relations gnotype-phnotype diffrents niveaux dorganisation
du vivant/Le phnotype groupes sanguins permet, par le dveloppement de larborescence, daccder :
- Allles ABO qui charge le fichier RefABO-ADN.edi affichant les squences nucliques strictement codantes des
allles A101, B101 et O01 ;
- Protines ABO qui charge le fichier refABO-prot.edi affichant les squences protiques des enzymes A 101, B101 et
O 01 ;
phnotypes groupes sanguins permet, par le dveloppement de larborescence, daccder Allles ABO qui charge
le fichier polyABO.edi affichant les squences nucliques strictement codantes de dix allles du gne ABO (allles A
101, A 102, A 103, A 201, B 101, B 102, B 103, O 01, O 04, O 06) ; tous les allles A et B fournis codent pour des
enzymes A et B fonctionnelles.
Documents fournis
vivant/Le phnotype groupes sanguins permet dafficher les fichiers :
- marqueursABO.bmp : reprsentation schmatique des marqueurs membranaires A, B et H ;
- biosyntheseA-B.bmp : reprsentation schmatique des deux dernires tapes de la synthse des marqueurs
membranaires des groupes sanguins ;
- phenotypeGS.bmp : texte prsentant le phnotype groupes sanguins diffrentes chelles.
Les documents prsentent le phnotype groupes sanguins et permettent de le dfinir diffrentes chelles :
phnotype clinique mis en vidence par les accidents de transfusion ;
phnotype cellulaire : marqueurs membranaires ;
phnotype molculaire : enzyme code par le gne ABO (enzyme sous la forme A, B ou inactive O).
Remarques :
il est important pour la suite de la dmarche que llve ait bien compris que le groupe O est li
labsence de marqueurs A et B ;
il est important que llve comprenne galement que le phnotype molculaire ne peut tre le marqueur
membranaire (qui nest pas une protine) mais lenzyme permettant sa synthse.
La comparaison des squences des diffrentes protines ABO et la mise en relation avec les phnotypes
cliniques correspondants permettent de discuter des relations entre phnotypes molculaire, cellulaire et
clinique. Les connaissances sur les protines enzymatiques seront mobilises pour expliquer les observations.
On montrera ainsi que les phnotypes alternatifs sont dus des diffrences dans les protines concernes.
Bilan
Les enzymes EA et EB diffrent par quatre acides amins, en position 174, 233, 264 et 266. Ces diffrences sont
mettre en relation avec les diffrences dactivit de ces enzymes (elles ne catalysent pas la mme raction) :
certains des acides amins diffrents doivent se situer au niveau du site actif de lenzyme.
Lenzyme O est beaucoup plus courte que les deux autres (115 a.a. seulement). Cette molcule protique ne
doit donc pas pouvoir prendre une forme spatiale correcte, ce qui explique son inactivit.
71
ANAGNE
La mise en relation des diffrences observes au niveau des quelques allles slectionns ici avec les
diffrences observes au niveau protique permet de discuter de leffet des mutations.
Remarque pratique : la mise en relation des diffrences observes entre les allles avec celles observes entre
les polypeptides est facilite si lon demande des comparaisons simples dans les deux cas.
Bilan
Lallle O diffre de lallle A par une dltion dun nuclotide en position 261, ce qui entrane un dcalage du
cadre de lecture et donc une modification importante de la squence dacides amins. Cela entrane aussi
lapparition prcoce dun codon stop, donc une chane polypeptidique plus courte (116 acides amins au lieu
de 353).
Lallle B diffre de lallle A par sept nuclotides ; il sagit chaque fois de mutations par substitution. Trois
de ces mutations sont des mutations muettes (positions 297, 657 et 930) ; les quatre autres sont des mutations
faux-sens (positions : 526, 703, 796 et 803).
Le gne ABO est en fait trs polymorphe. Le fichier polyABO.edi fournit les squences de plusieurs autres
allles de ce gne. Un travail similaire celui qui prcde peut tre fait partir de ces allles, les squences
protiques correspondantes tant obtenues en utilisant la fonctionnalit Traduire du logiciel.
La complexit des relations gnes/phnotype
lexemple des deux familles proposes.
Pour chaque famille, sont mises disposition les donnes suivantes :
les squences des deux allles du gne ABO que possdent tous les membres de la famille ;
les squences des allles ABO considrs comme rfrence.
phnotypes groupes sanguins permet, par le dveloppement de larborescence, daccder :
- Nucliques qui charge le fichier RefABO-ADN.edi affichant les squences nucliques strictement codantes des
- Gnotypes famille1 ABO qui charge le fichier Fam1ABO.edi affichant les squences nucliques strictement
codantes des allles du gne ABO de chacun des membres de la famille 1 (gnotype de Paul : A//O, de Lisette :
B//O, de Martine : O//O, de Luc : A//B, de Marion : A//O).
Documents fournis
phnotypes groupes sanguins permet daccder Dominance et rcessivit (Famille 1) qui charge le fichier
famille1.bmp affichant larbre gnalogique de la famille 1 avec indication des phnotypes groupes sanguins.
72
Ltude de cette famille permet de se familiariser avec la mthode de dtermination des gnotypes et de
discuter des relations de dominance/rcessivit.
O, A, B : groupes sanguins dtermins laide

de srums tests rvlateurs des marqueurs A
et B.
La comparaison des allles de chaque individu avec les allles de rfrence du gne ABO fournis permet de
dterminer le gnotype de chacun des membres de la famille : le gnotype de Paul est A//O, celui de Lisette
est B//O, celui de Martine est O//O, celui de Luc est A//B et celui de Marion est A//O.
La mise en relation du gnotype et du phnotype pour les individus htrozygotes permet ensuite de discuter
des relations de dominance/rcessivit (ces relations ne peuvent se dfinir qu lchelle du phnotype
clinique, et non lchelle molculaire ; en effet, les deux allles sexpriment dans la cellule).
73
ANAGNE
phnotypes groupes sanguins permet, par le dveloppement de larborescence, daccder :
- Nucliques qui charge le fichier RefABO-ADN.edi affichant les squences nucliques strictement codantes des
- Allles FUT1 qui charge le fichier RefFut1.edi affichant les squences strictement codantes des allles de rfrence
du gne Fut 1 (lallle Fut1H code pour une enzyme H fonctionnelle ; lallle Fut1h1 code pour une enzyme h non
fonctionnelle) ;
- Poly FUT1 qui charge le fichier polyFut1.edi affichant les squences nucliques strictement codantes de six allles
du gne Fut1 (allles fut1H, codant pour une enzyme H fonctionnelle, allles Fut1h1 Fut1h5, codant pour des
enzymes h non fonctionnelles) ;
- Protines FUT1 qui charge le fichier ProtFut1.edi affichant les squences protiques des enzymes H (fonctionnelle)
et h1 (non fonctionnelle) ;
- Gnotypes famille2 ABO qui charge le fichier Fam2ABO.edi affichant les squences nucliques strictement
codantes des allles du gne ABO de chacun des membres de la famille 2 (gnotype de Paul : A//B, de Pascale :
O//O, de Roland : B//O, de Magali : A//O, de Brnice : B//O) ;
- Gnotypes famille2 FUT1 qui charge le fichier Fam2Fut1.edi affichant les squences nucliques strictement
codantes des allles du gne Fut1 de chacun des membres de la famille 2 (gnotype de Paul : h//h, de Pascale :
H//h, de Roland : h//h, de Magali : H//h, de Brnice : H//h).
Documents fournis
phnotypes groupes sanguins permet daccder Plusieurs gnotypes pour un mme phnotype (Famille 2) qui
charge le fichier Famille2ABO.bmp affichant larbre gnalogique de la famille 2 avec indication des phnotypes
groupes sanguins.
Le chemin Relations gnotype-phnotype diffrents niveaux dorganisation du vivant/Le phnotype groupes
sanguins permet de charger le fichier biosyntheseA-B.bmp affichant la chane de biosynthse des marqueurs A et B.
Ltude de cette famille permet de dcouvrir un aspect de la complexit des relations gnotype/phnotype :
un phnotype peut dpendre de lexpression de plusieurs gnes. Il sagit de mettre llve en situation de
dcouverte du problme.
O, A, B : groupes sanguins dtermins laide de

srums tests rvlateurs des marqueurs A et B.
La comparaison des allles du gne ABO de chaque individu avec les allles de rfrence de ce gne permet
de dterminer le gnotype de chacun : le gnotype de Paul est A//B et celui de Magali est A//O, celui de
Pascale est O//O, et celui de Roland et de Brnice est B//O.
Si lon sen tenait au fait que le phnotype groupes sanguins ne dpende que du seul gne ABO, et que lallle
O est rcessif par rapport A et B, il y a une incohrence pour Paul et Roland ; possdant un allle A ou B, ils
74
ne devraient pas tre de groupe O. Il faut donc imaginer que le phnotype groupes sanguins ne dpend pas
que du gne ABO.
Des renseignements complmentaires sont alors fournis concernant la synthse des marqueurs A et B : la
synthse des marqueurs A et B ne rsulte pas dune seule raction, mais dune chane de biosynthse. Cette
chane ncessite plusieurs ractions chimiques catalyses chacune par une enzyme diffrente, code chacune
par un gne diffrent. Il peut donc y avoir plusieurs origines au groupe sanguin O : inactivit de lenzyme O,
mais aussi inactivit de lenzyme H (code par le gne Fut1), donc non-synthse du marqueur H.
Remarque
Un travail peut tre effectu sur les allles du gne Fut1 et les protines correspondantes pour discuter,
comme il a t fait pour le gne ABO, des relations entre gnotype/phnotype molculaire/phnotype
clinique. Les mutations prsentes dans les allles du gne Fut1 entranent des modifications de la squence
dacides amins de lenzyme h, responsables de linactivit de lenzyme et dun phnotype groupe sanguin O.
Rsultats de comparaisons simples entre les allles du gne Fut1 dune part, et entre les enzymes H
correspondantes dautre part :
Allle Fut1h1 : diffre de lallle Fut1cod (allle normal, de rfrence) par une substitution en position
695 le remplacement dun nuclotide G par un A transforme le codon TGG en codon stop TAG. Le
polypeptide synthtis est donc plus court (230 acides amins au lieu de 399) et donc non fonctionnel ;
Allle Fut1h2 : diffre de lallle Fut1cod par une dltion dun nuclotide en position 990 ; il sensuit un
dcalage du cadre de lecture et lapparition prcoce dun codon stop. Le polypeptide synthtis est donc
plus court (334 acides amins au lieu de 399) et non fonctionnel ;
Allle Fut1h3 : diffre de lallle Fut1cod par une substitution en position 721 (T
C). Il sagit dune
mutation faux-sens qui entrane le changement dun acide amin dans la squence du polypeptide. Cette
diffrence suffit rendre lenzyme non fonctionnelle ;
Allle Fut1h4 : diffre de lallle Fut1cod par une substitution en position 442 (G
T). Il sagit dune
mutation faux-sens qui entrane le changement dun acide amin dans la squence du polypeptide. Cette
diffrence suffit rendre lenzyme non fonctionnelle ;
Allle Fut1h5 : diffre de lallle Fut1cod par deux substitutions en position 460 (T
C) et 1042 (G
A).
Il sagit de mutations faux-sens qui entranent le changement de deux acides amins dans la squence du
polypeptide. Ces diffrences suffisent rendre lenzyme non fonctionnelle.
La comparaison des allles du gne Fut 1 des membres de la famille 2 avec les allles Fut1 de rfrence
(RefFut1.edi et Fam2Fut1.edi) permet de dterminer leur gnotype : Pascale, Magali et Brnice sont de
gnotype H//h ; Paul et Roland sont de gnotype h//h. Ainsi, lincohrence constate auparavant pour Paul
et Roland trouve ici une explication : bien que possdant un allle A ou B, ils sont de groupe O car la synthse
du prcurseur H ne peut avoir lieu, lenzyme h1 tant inactive.
On montre ainsi quun phnotype peut dpendre de plusieurs gnes, et quun mme phnotype clinique peut
correspondre plusieurs gnotypes.
75
ANAGNE
Les phnotypes albinos

Les mcanismes assurant la pigmentation de la peau
La pigmentation est un processus complexe qui rsulte de la synthse de pigments spcifiques, les mlanines,
notamment au sein des mlanocytes (cellules pidermiques). Cette synthse seffectue dans les mlanocytes au
sein dorganites appels mlanosomes, qui migrent dans la cellule, puis sont transfrs aux kratinocytes. Les
kratinocytes ne font donc que stocker les mlanines et les liminer lors de leur desquamation.
La coloration de la peau rsulte donc dune succession dtapes : synthse de mlanine dans les mlanosomes,
transport des mlanosomes vers la priphrie des mlanocytes, passage dans les kratinocytes.
La synthse de mlanine
Elle ncessite toute une chane de biosynthse dont la matire premire initiale est la tyrosine :
Biosynthse de la mlanine
La tyrosinase est une enzyme cruciale de la chane de biosynthse de la mlanine car elle catalyse quatre
ractions : lhydroxylation de la tyrosine en DOPA, loxydation de la DOPA en dopaquinone et les deux
ractions aboutissant aux quinones.
La quantit de cette enzyme est sensiblement identique chez tous les humains, quelle que soit leur couleur de
peau, mais son activit catalytique varie beaucoup dun individu lautre (elle est faible chez les individus
peau claire). Cette activit dpend de lacidit dans le mlanosome ; une diminution de lacidit du milieu
dans lequel sont cultives des cellules de peau claire entrane une augmentation de lactivit catalytique de la
tyrosinase.
76
Certaines protines sont impliques dans la modulation de lacidit dans les mlanosomes. Ainsi la protine P,
code par le gne OCA2, est une protine transmembranaire qui transporte les protons hors du mlanosome,
ce qui y entrane une baisse de lacidit.
Le transport des mlanosomes dans les mlanocytes se fait de la zone prinuclaire o il se forme vers la
priphrie de la cellule, do il va la quitter pour passer dans les kratinocytes. Ce dplacement est assur par
les microtubules, qui forment une sorte de tapis roulant. De nombreuses molcules sont indispensables ce
dplacement, tant au niveau des microtubules que de la membrane du mlanosome.
Le transfert des mlanosomes aux kratinocytes fait intervenir des rcepteurs membranaires ; il est possible
dactiver ces rcepteurs dans des cultures cellulaires, et lon obtient alors un assombrissement des
kratinocytes car le transfert des mlanosomes est accru.
Les albinismes
Lalbinisme humain est la plus frquente des anomalies hrditaires de pigmentation. Le phnotype
macroscopique visible (hypopigmentation de la peau, des poils, des cils, des yeux) fut pendant longtemps le
seul critre retenu pour dtecter cette anomalie due une rduction (ou mme une absence) de synthse de
mlanine. Si cette hypopigmentation est gnrale, on parle dalbinisme oculo-cutan (OCA). Si elle est
localise aux yeux, on la nomme albinisme oculaire (OA). Lalbinisme OCA est le plus courant.
Le seul critre de pigmentation est insuffisant pour diagnostiquer lalbinisme. Des changements dans les yeux
et le systme visuel ont t trouvs dans tous les cas dalbinisme OCA et dalbinisme OA. Liris et la rtine
tant dpigments, les pupilles apparaissent rouges du fait de la rflexion de la lumire sur la chorode trs
riche en vaisseaux sanguins. Dautre part, le dveloppement des voies optiques est altr chez les individus
albinos, et la plupart dentre eux sont photophobes et prsentent un nystagmus ; ils ont de plus une
diminution de lacuit stroscopique et un strabisme alternant. Chez une personne qui pourrait avoir une
pigmentation presque normale, lexamen ophtalmologique complet permet donc de dpister un albinisme. On
ne sintressera ici qu lalbinisme OCA.
On distingue deux types dalbinismes OCA, selon lorigine de lanomalie :
albinisme OCA1 : il met en cause une anomalie de fonctionnement de la tyrosinase (mutation dans le gne
de la tyrosinase). On connat plusieurs types dalbinisme OCA1 :
o lalbinisme OCA1 1A ou tyrosinase ngative : ce phnotype a t trouv dans tous les groupes
ethniques travers le monde. Il est li une activit nulle de la tyrosinase. Les enfants naissent
avec des cheveux blancs, la peau blanche, les yeux bleus et ces caractristiques persistent tout au
long de leur vie. La peau ne bronze pas et reste trs sensible au soleil tout au long de la vie ;
o lalbinisme OCA1 1B ou type jaune : il est reconnu dans beaucoup de populations, et a t
dcouvert dans la population Amish (tat de lIndiana, USA). Les enfants naissent avec les
cheveux blancs et la peau blanche, mais les cheveux se colorent en blond au cours des premires
annes, et peuvent devenir blond fonc chez ladulte. La peau devient crme et peut bronzer au
soleil. Liris, bleu-gris, peut aussi se pigmenter davantage ;
o lalbinisme OCA1 TS ou type thermosensible : nes avec une peau blanche, des poils blancs et
des yeux bleus, certaines personnes, au moment de la pubert, dveloppent une pigmentation sur
les zones les plus froides de leur corps comme les bras et les jambes. Selon la temprature de
lendroit du corps considr, on aura une pigmentation plus ou moins dveloppe ;
Albinisme OCA2 : la tyrosinase a une activit normale, et lanomalie de pigmentation est donc due une
autre origine (mutation dans un autre gne que celui de la tyrosinase ; exemple : mutation dans le gne
OCA2 codant pour la protine P). Ce type dalbinisme est le plus courant et le plus variable. Il est moins
svre que lalbinisme OCA1, et lhypopigmentation cutane peut varier selon lorigine ethnique et
lhtrozygotie de lindividu. Les individus atteints de cet albinisme ont les cheveux lgrement
pigments la naissance, une peau blanche, des yeux bleus, et une pigmentation de la peau qui augmente
avec lge.
Les deux types dalbinisme peuvent tre distingus par le test du bulbe pileux : ce test consiste incuber
des bulbes pileux prlevs chez un individu albinos dans une solution de tyrosine, pendant vingtquatre heures 37 C. Si la pigmentation redevient normale (synthse de mlanine), on conclut un albinisme
de type OCA1, sinon il sagit dun albinisme de type OCA2.
77
ANAGNE
Les allles du gne de la tyrosinase

La tyrosinase rsulte de lexpression dun gne situ sur le chromosome 11.
Le squenage du gne a montr que ce gne est trs polymorphe.
Le tableau ci-dessous prsente quelques-unes des mutations lorigine de ces allles :
Squence nuclique
Allle
Nature et position
des nuclotides qui
varient
Polypeptide
Nature et position
des codons qui varient
Tyrcod1
Nature et position
des acides amins
changs
Type de mutation
Allle de rfrence
Tyrcod2
C en 575
TAT
TCT en 192
Tyr
Ser en 192
Substitution
faux-sens neutre
TyralbA1
A en 1147
GAT
AAT en 383
Asp
Asn en 383
Substitution
faux-sens
C en 575
TAT
TCT en 192
Tyr
Ser en 192
Substitution
faux-sens neutre
TGT
TGA en 244
TyralbA2
Dltion de deux
nucleotides TG en
732-733
La protine na
que 243 acides
amins
Ser en 192
Substitution
faux-sens neutre
C en 575
TAT
TCT en 192
A en 533
TGG
TAG en 178
TyralbA4
T en 242
CCT
CTT en 81
Pro
Leu en 81
Substitution
faux-sens
TyralbA5
C
A
T en 242
C en 575
CCT
TAT
CTT en 81
TCT en 192
Pro Leu en 81
Y Ser en 192
Substitutions
faux-sens
C en 575
TAT
TCT en 192
Tyr
Ser en 192
Substitution
faux-sens neutre
T en 1217
CCT
CTT en 406
Pro
Leu en 406
Substitution
faux-sens
A en 1265
CGG
CAG en 422
Arg
Gln en 422
Substitution
faux-sens
TyralbA3
Tyr
Dltion
La protine na
que 177 acides
amins
TyralbB1
TyralbTS
Substitution
non-sens
Caractristiques des enzymes tyrosinase codes par ces allles
Les allles tyralbA1, tyralbA2, tyralbA3, tyralbA4 et tyralbA5 codent pour des enzymes totalement inactives et
sont donc lorigine dun albinisme de type OCA-1A.
Lallle tyralbB1 code pour une enzyme prsentant une activit rsiduelle, et la dopaquinone forme, qui
possde une forte affinit pour les groupements sulfhydril (prsents dans la cystine) est transforme en
phomlanine (pigment jauntre). La voie mtabolique vers la phomlanine est donc privilgie aux dpens
de celle de leumlanine. Cet allle est donc lorigine dun albinisme de type OCA-1B.
Lallle tyralbTS code pour une tyrosinase inactive au-dessus de 35 C (cette mutation serait semblable celle
qui existe chez le Chat siamois). Cet allle est donc lorigine dun albinisme de type OCA1-TS.
78

Lanalyse des donnes fournies concernant les phnotypes albinos permet daborder les notions suivantes :
le phnotype peut se dfinir diffrents niveaux, et le phnotype molculaire dtermine le phnotype

cellulaire et macroscopique ;
le phnotype molculaire sexplique par le gnotype ;
un mme phnotype peut correspondre plusieurs gnotypes ;
plusieurs gnes peuvent tre impliqus dans la ralisation dun phnotype.

Laccent est particulirement mis ici sur les deux derniers points qui illustrent la complexit des relations
gnotype/phnotype.
phnotypes albinos permet, par le dveloppement de larborescence, daccder :
- Allles tyrosinase qui charge le fichier Alleles-tyrosinase.edi affichant les squences strictement codantes de
quelques allles du gne de la tyrosinase (allles tyrcod1 et tyrcod2 codant pour une enzyme activit normale ;
tyralb A1 tyralb A5 codant pour une enzyme non fonctionnelle ; tyralb B1 codant pour une enzyme activit
rduite ; tyralb TS codant pour une enzyme thermosensible) ;
- Enzymes tyrosinase qui charge le fichier Protyr.edi affichant les squences protiques des tyrosinases
correspondant aux allles fournis.
Documents fournis
vivant/Le phnotype albinos qui permet daccder aux fichiers :
- OCA1.bmp affichant un texte de prsentation des phnotypes cliniques de lalbinisme oculo-cutan de type 1 ;
- pigmentation.bmp affichant un texte prsentant lorigine de la pigmentation de la peau ;
- biosynthMelanine.bmp prsentant la chane de biosynthse de la mlanine (seule la voie menant la synthse
deumlanine est ici propose), avec reprage des ractions catalyses par la tyrosinase.
Les documents fournis permettent de construire un tableau des diffrents niveaux de phnotypes :
Phnotype clinique
Phnotype cellulaire
Phnotype molculaire
Individu sain
Peau, cheveux, poils et

iris normalement colors
Synthse normale
de mlanine
dans les mlanocytes
Enzyme tyrosinase
fonctionnelle
Individu albinos
Peau trs claire, cheveux

et poils blancs,
iris non color
Trs peu de synthse

de mlanine
dans les mlanocytes
Enzyme tyrosinase
non fonctionnelle
ou activit trs rduite
Lorsque la tyrosinase est non fonctionnelle, la synthse de mlanine na pas lieu dans les mlanocytes, et la
peau reste donc trs claire. La mise en relation de la comparaison des allles du gne de la tyrosinase avec
celles des protines correspondantes permet de discuter des relations gnotype/phnotype :
certaines mutations, bien quentranant une modification de la squence dacides amins de la protine, ne
modifient pas son activit (tyrcod1 et tyrcod2 codent pour des protines fonctionnelles) ;
certaines mutations entranant une modification de la squence dacides amins de la protine ont pour
consquence une diminution de lactivit enzymatique (tyralb B1) ou une suppression de lactivit
enzymatique (tyralb A1, tyralb A4, tyralb A5) ou encore une activit dpendante de la temprature
(tyralb S) ;
dautres mutations entranent lapparition dun codon stop prcoce, responsable de la synthse dune
chane protique plus courte et donc dune enzyme non fonctionnelle (tyralb A2 et tyralb A3).
79
ANAGNE
De la mme faon, la mise en relation de la comparaison des allles du gne OCA2 avec celles des protines
correspondantes permet daboutir aux rsultats suivants :
certaines mutations nentranent aucun changement de la squence dacides amins de la protine cause
de la redondance du code gntique (allle OCA2 m4, qui diffre de lallle normal par un nuclotide
substitu en position 963 : G A) ;
certaines mutations rendent la protine inactive (la protine P nest pas une enzyme, mais un transporteur
membranaire de petites molcules comme la tyrosine) :
o en entranant la synthse dune protine plus courte (allle m1 la dltion du nuclotide G en
1960 entrane un dcalage du cadre de lecture et lapparition prcoce dun codon stop la
protine P m1 a une longueur de 668 acides amins au lieu de 838) ;
o en modifiant la squence dacides amins de la protine : allles m2 et m3 dont la mutation dun
nuclotide par substitution (respectivement : C G en 258, et T G en 1418) se traduit par le
changement dun acide amin (respectivement : Ser Arg en 86, et Ile Ser en 473).
lexemple des quatre familles proposes. Pour chaque famille, sont mises disposition les donnes suivantes :
les squences des deux allles du gne de la tyrosinase que possdent tous les membres de la famille ;
les squences des allles de la tyrosinase prsents dans la famille ;
pour la famille 2 sont aussi fournies les squences des deux allles du gne OCA2 de chaque membre de la
famille et les squences des allles OCA2 normal et OCA2 m1 prsents dans cette famille.
Familles 1, 3 et 4
- Allles famille1 tyrosinase qui charge le fichier AllelesTyrFamille1.edi affichant les squences strictement codantes des allles
du gne de la tyrosinase des membres de la famille 1, avec les allles du gne de la tyrosinase prsents dans cette famille. Les
gnotypes des individus sont les suivants : I1 et II2 sont (tyralb A2//tyrcod2) I2, II 1 et III 1 sont (tyrcod2//tyrcod2) I 3 et II 4
sont (tyrcod1//tyralb A1) I 4 est (tyrcod2//tyrcod1) II 3 est (tyrcod2//tyralb A1) III 2 et III 3 sont (tyralb A1//tyralb A2) ;
- Allles famille3 tyrosinase qui charge le fichier AllelesTyrFamille3.edi affichant les squences strictement codantes
des allles du gne de la tyrosinase des membres de la famille 2, avec les allles du gne de la tyrosinase prsents
dans cette famille. Les gnotypes des individus sont les suivants : I 1et III 5 sont (tyrcod1//tyrcod2) I 2, I 3 et I 4
sont (tyrcod1//tyralb A4) II 1 est (tyrcod1//tyralb B1) II2 est (tyrcod2//tyralb A4) II 3 est (tyralb A4//tyralb
A4) III 1, III 2, III 3 sont (tyralbB1//tyralb A4) III 4 est (tyrcod2//tyralb B1) ;
- Allles famille4 tyrosinase qui charge le fichier allelestyrfamille4.edi affichant les squences strictement codantes
dans cette famille. Les gnotypes des individus sont les suivants : I1 est (tyrcod2//tyralb TS) I 2 est
(tyrcod1//tyralb A4) II 1 est (tyrcod1//tyrcod2) II2, II5 et II6 sont (tyralb A4//tyralb TS) II 3 est
(tyrcod1//tyralb TS) II 4 est (tyrcod1//tyrcod1) II 7 est (tyrcod1//tyralb A5) III 1 est (tyralb A4//tyralb A5).
Documents fournis
Dans la banque des documents, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotype-environnement/Les
phnotypes albinos permet daccder :
- Polyalllisme, environnement et diversit des phnotypes (Famille 1) pour charger le fichier arbreTyr1.bmp :
arbre gnalogique de la famille 1 avec indications du phnotype clinique prcis des individus albinos. Dans cette
famille, ce sont les allles tyralb A1 et tyralb A2 qui sont responsables de lalbinisme ;
- Polyalllisme, environnement et diversit des phnotypes (Famille 3) pour charger arbreTyr3.bmp : arbre
gnalogique de la famille 2 avec indications du phnotype clinique prcis des individus albinos. Dans cette famille,
ce sont les allles tyralb A4 et tyralb B1 qui sont responsables de lalbinisme ;
- Polyalllisme, environnement et diversit des phnotypes (Famille 4) pour charger arbreTyr4.bmp : arbre
gnalogique de la famille 4 avec indications du phnotype clinique prcis des individus albinos. Dans cette famille,
ce sont les allles tyralb A4, tyralb A5 et tyralb TS qui sont responsables de lalbinisme.
80
Le travail peut tre fait de la mme faon pour chacune de ces familles, et le travail rparti entre les groupes
dlves :
dtermination du gnotype des membres de la famille, par comparaison des allles quils possdent avec
les allles de rfrence fournis ;
mise en relation gnotype/phnotype, qui permet daboutir aux relations de dominance/rcessivit entre
les allles (il y a rcessivit des allles muts au niveau du phnotype clinique) ;
comparaison des gnotypes des individus albinos pour arriver lide que plusieurs gnotypes peuvent
correspondre au mme phnotype.
I1 et II2 sont (tyralb A2//tyrcod2) I2, II1 et III1 sont

(tyrcod2//tyrcod2) I3 et II4 sont (tyrcod1//tyralb
A1) I 4 est (tyrcod2//tyrcod1) II3 est
(tyrcod2//tyralb A1) III2 et III3 sont
(tyralb A1//tyralb A2)
Famille 2
- Allles famille2 tyrosinase qui charge le fichier AllelesTyrFamille2.edi affichant les squences strictement codantes
dans cette famille. Les gnotypes des individus sont les suivants : I 1, III 1 et III 3 sont (tyrcod2//tyralb A4) I 2 et II
1 sont (tyrcod2//tyralb A3) I 3 et II 4 sont (tyrcod1//tyrcod1) I 4, II 3 et II 5 sont (tyrcod1//tyrcod2) II 2 est
(tyralb A4//tyralb A3) III 2 est (tyrcod1//tyralb A3) ;
- Allles OCA2 qui charge le fichier OCA2.edi affichant les quatre allles du gne OCA2 et les protines P
correspondantes. Lallle OCA2 normal code pour une protine P fonctionnelle ; les allles OCA2 m1, OCA2 m2 et
OCA2 m3 codent pour une protine P non fonctionnelle ;
- Allles famille2 OCA2 qui charge le fichier AllelesOCA2Famille2.edi affichant les allles du gne OCA2 que
possdent les individus de la famille 2 et les deux allles de rfrence prsents dans cette famille (OCA2 normal et
OCA2 m1). Les gnotypes des individus sont les suivants : I 1, I 2, II 1, II 2 et II 5 sont (OCA2 norm//OCA2 norm) I
3, I 4, II 3, II 4, III 1, III 2, III 3 sont (OCA2 norm//OCA2 m1) II 3 est (OCA2 m1//OCA2 m1).
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotype-environnement/Les phnotypes
albinos permet daccder Plusieurs gnotypes pour un mme phnotype (Famille 2) pour charger les fichiers :
- arbreTyr2.bmp qui prsente larbre gnalogique de la famille 2 avec indications du phnotype clinique prcis des
individus albinos. Dans cette famille, ce sont les allles tyralb A3 et tyralb A4 qui sont responsables de lalbinisme ;
- OCA1_2.bmp qui affiche un texte de prsentation du phnotype clinique des albinismes oculo-cutan de type 1 et
2 ; de plus est prsente la description du test du bulbe pileux ;
- proteine-P.bmp qui affiche un texte introduisant le rle de la protine P (implique dans lalbinisme OCA2) ;
- pigmentation.bmp qui affiche un texte dcrivant lorigine de la pigmentation de la peau.
81
ANAGNE
Ltude de la famille 2 permet de mettre en vidence le fait que plusieurs gnes peuvent tre impliqus dans la
ralisation dun phnotype. Les tapes de la dmarche suivie peuvent tre les suivantes :
dtermination du gnotype des membres de cette famille pour le gne de la tyrosinase ;
mise en relation gnotype/phnotype qui doit aboutir une incohrence pour lindividu II3 si lon tient
compte du fait que tous les allles muts du gne de la tyrosinase sont rcessifs sur lallle normal. En
effet, cet individu est de gnotype (tyrcod1//tyrcod2) et est malade ;
formulation dhypothses pour expliquer le cas de lindividu II3 (implication dun autre gne) ;
prise en compte dinformations nouvelles : des renseignements sur le rle de la protine P, qui amnent
prciser les hypothses prcdentes (lindividu II3 serait porteur de mutations dans le gne OCA2) ;
dtermination du gnotype de lindividu II3 (et des autres membres de la famille) pour le gne OCA2.
Conclusion
Lindividu II3 est albinos car il est porteur dune mutation du gne OCA2 ; il ne peut donc produire une
protine P fonctionnelle, ce qui explique que la tyrosinase, bien que parfaitement normale, ne puisse tre
active et quil ny ait donc pas de pigmentation de la peau.
Pour le gne de la tyrosinase :

I1, III1 et III3 sont (tyrcod2//tyralb A4)
I2 et II1 sont (tyrcod2//tyralb A3) I3 et
II4 sont (tyrcod1//tyrcod1) I4, II3 et II5
sont (tyrcod1//tyrcod2) II2 est (tyralb
A4//tyralb A3) III2 est (tyrcod1//tyralb
A3)
Pour le gne OCA2 :

I1,
I2,
II1,
II2
et
II5
sont
(OCA2 norm//OCA2 norm) I3, I4, II3,
II4,
III1,
III2,
III3
sont
(OCA2 norm//OCA2 m1) II3 est (OCA2
m1//OCA2 m1)
82
Les phnotypes de lalpha-antitrypsine

Phnotype molculaire et phnotype clinique
Lalpha AT est une protine plasmatique constitue dune chane protique de 394 acides amins et de trois
chanes latrales glucidiques. Ces chanes latrales se branchent sur la chane peptidique au niveau de trois
rsidus asparagine (asn 46, 83 et 247). Cest une glycoprotine globulaire dune masse de 52 kdaltons. Si lon
ralise une lectrophorse des protines plasmatiques, elle fait partie du pic des alpha1 globulines, do le
dbut de son nom.
La concentration plasmatique dalpha AT est gnralement comprise entre 1,5 et 3,5 g/l. Elle diffuse dans le
liquide interstitiel o sa concentration est toutefois beaucoup plus faible (environ 1/10e de celle du plasma).
La demi-vie de lalpha AT est de quatre cinq jours.
Lalpha AT est produite et scrte par les cellules hpatiques. Elle est synthtise au niveau du REG sous
forme dun prcurseur de 418 acides amins ; le peptide signal, de 24 acides amins, est limin durant le
passage dans les cavits du reticulum ; cest aussi lors de ce passage que la protine prend sa conformation
spatiale et que les trois chanes glucidiques sont ajoutes. La protine ainsi glycosyle est transfre dans les
saccules golgiens, puis scrte par exocytose. On estime 34 mg par kilogramme de masse corporelle la
production journalire dalpha AT.
Lalpha AT est un inhibiteur des protases srine, protases dont le site actif comprend la triade dacides
amins catalytiques : acide aspartique, histidine, srine. La trypsine, la chymotrypsine et llastase produite
par les granulocytes sont des protases de ce type. Laction inhibitrice de lalpha AT sur ces protases srine
a t mise en vidence pour la premire fois sur la trypsine, do son nom. In vivo, le seul substrat rel pour
lalpha AT est llastase, une endopeptidase puissante capable de cliver la plupart des protines de la matrice
extracellulaire, notamment llastine et les divers collagnes. Cette lastase est libre par les granulocytes
leur mort. Au niveau du conjonctif des alvoles pulmonaires, cette lastase est libre en permanence des
taux trs bas.
Lalpha AT protge donc la matrice extracellulaire de divers organes, et notamment au niveau pulmonaire.
Les tudes pidmiologiques montrent que les concentrations plasmatiques dalpha AT infrieures 0,8 g/l
sont associes un risque demphysme pulmonaire. En effet, ces concentrations, linhibition de llastase
par lalpha AT est insuffisante. Llastase dtruit donc peu peu le tissu conjonctif, en particulier au niveau
des alvoles pulmonaires, ce qui perturbe les changes gazeux et entrane lemphysme.
Lalpha AT exerce son action protectrice en se liant fortement, de faon quasi irrversible, au site actif de
llastase. Le site de liaison de lalpha AT est localis au niveau des rsidus Met382 et Ser383. La mthionine
peut tre facilement oxyde, ce qui rduit fortement laffinit de lalpha AT pour llastase. Il semble que la
fume de cigarette entrane loxydation de la mthionine, ce qui expliquerait, au moins en partie, laggravation
des symptmes chez le fumeur en cas de dficience en alpha AT.
Le dterminisme gntique de lalpha AT
Lalpha AT est code par un gne situ sur le chromosome 14, et pour lequel on connat de trs nombreux
allles dans lespce humaine (75 allles dont plusieurs avec une frquence suprieure 1 %). Ce gne est
compos de sept exons et six introns et comprend 12 200 paires de bases ; la rgion strictement codante se
trouve au niveau des quatre derniers exons. Les squences fournies ici sont des squences nucliques
strictement codantes, incluant la rgion correspondante au peptide signal (24 acides amins), qui sera excise
dans la protine mature.
Les allles peuvent tre regroups en trois catgories :
les variants normaux (M1, M1, M2, M3) : ils codent pour des molcules dalpha AT fonctionnelles. Les
mutations apparues dans les allles M1, M2 et M3 entranent donc des modifications de squences
dacides amins sans consquences pour les proprits de la molcule dalpha AT (mutations neutres). Il
existe de nombreux autres allles variants normaux , mais leur frquence est plus faible (lallle M4
ayant toutefois une frquence de 1 5 % dans les populations europennes) ;
83
ANAGNE
les variants dficients (S et Z) :

o Lallle S code pour une molcule dalpha AT fonctionnelle, mais scrte en plus faible quantit
que les molcules codes par les variants normaux. La mutation (codon 288) entrane un
changement dacide amin qui semble entraner une relative instabilit de la molcule dalpha
AT, cause dune destruction prcoce lintrieur mme des cellules hpatiques. Ce phnomne
serait lorigine de la dficience de scrtion, la molcule dalpha AT ayant une dure de vie
normale une fois scrte ;
o Lallle Z code pour une molcule dalpha AT ayant une activit rduite, et scrte en plus faible
quantit. Chez les homozygotes Z//Z, les niveaux dARNm sont normaux, ainsi que la
traduction, mais aprs leur mise en forme dans le REG, les molcules dalpha AT sagrgent ce
qui limite leur transfert vers lappareil de Golgi et donc leur scrtion. La structure
tridimensionnelle de lalpha AT est affecte par cette substitution ;
les variants Null : ces allles sont toujours rares, avec une frquence infrieure 0,1 %. Les mutations
apparues dans ces allles font apparatre un codon stop prcoce. Les protines codes par ces allles sont
raccourcies, trs instables et rapidement dtruites.
Lvolution du gne de lapha AT

Bien que lallle M1 soit le plus frquent aujourdhui, les gnticiens estiment que lallle M1 est lallle
prsent dans les premires populations humaines. Ils sappuient pour cela sur la squence codante du gne
connue chez le chimpanz : cette squence est identique celle de M1, sauf un site.
Si M1 est lallle initial, tous les autres en drivent par mutations. En admettant que si deux allles possdent
la mme mutation, ils ont une parent plus grande, on peut tablir une filiation entre les allles de ce gne.
Filiation des allles de lalpha AT
84

Les relations gnotype/phnotype/environnement
phnotypes de lalpha-antitrypsine permet, par le dveloppement de larborescence, daccder :
- Allles du gne AT qui charge le fichier allAT.edi affichant les squences nucliques strictement codantes de
quelques allles du gne de lalpha AT allles M1, M1, M2, M3, Z, S, NULL 1 et NULL 2 ;
- Gnotypes famille1 qui charge le fichier allATfamille1.edi affichant les squences des allles du gne de lalphaantitrypsine des membres dune famille dans laquelle existent des cas demphysme pulmonaire. Les allles prsents
dans cette famille sont M1, M1, NULL 1 et Z. Un frre et une sur de cette famille ont la mme concentration
plasmatique en alpha AT, mais seul le frre est atteint demphysme pulmonaire ; il est prcis sur larbre que cet
Homme est fumeur.
Documents fournis
phnotypes de lalpha-antitrypsine permet daccder aux fichiers :
- InfoAlphaAT.bmp pour afficher des informations scientifiques, sous forme dun petit texte, concernant lalpha ATet
la relation entre le dficit en alpha AT fonctionnelle et lemphysme pulmonaire ;
- familleAlphaAT.bmp qui prsente larbre gnalogique dune famille prsentant des cas demphysme pulmonaire.
Les phnotypes cliniques et biochimiques (concentrations plasmatiques en alpha AT) sont indiqus pour chaque
individu. Les individus fumeurs sont indiqus ;
- AllellesAlphaAT.bmp qui prsente, sous la forme dun tableau, la frquence estime de chaque allle dans la
population blanche des tats-unis dAmrique, et pour chacun de ces allles indique la concentration dalpha AT
dans le sang et le risque de maladie chez lhomozygote ;
- GenoPhenoAlphaAT.bmp qui affiche un tableau indiquant les phnotypes biochimiques (concentration en
alpha AT) et cliniques en fonction des diffrents gnotypes ;
- repartitionSZ.bmp qui affiche les cartes de distribution de frquence de lallle S et de lallle Z en Europe.
Rsultats obtenus par lexploitation des squences nucliques fournies
Diffrence par rapport lallle de rfrence (M1)

Allle
Nuclotide
Codon
Diffrence entre la
protine code par M1
et la protine code par
cet allle
M1
710 : C
Codon 237 : GCG
GTG
M2
374 : G
710 : C
1200 : A
A
T
C
Codon 125 : CGT

Codon 237 : GCG
Codon 400 : GAA
CAT
GTG
GAC
R
A
E
H
V
D
M3
710 : C
1200 : A
T
C
Codon 237 : GCG

Codon 400 : GAA
GTG
GAC
A
E
V
D
710 : C
863 : A
T
T
Codon 237 : GCG

Codon 288 : GAA
GTG
GTA
A
E
V
V
1096 : G
Codon 366 : GAG
AAG
Codon 184 : TAC
TAG
183 acides amins au

lieu de 418
Codon 237 : GCG

Codon 241 : AAG
GTG
TAG
A V
240 acides amins au
lieu de 418
Null 1
Null 2
552 : dltion de C
710 : C
721 : A
T
T
Tableau de comparaison des allles de lalpha AT et des protines correspondantes
La comparaison des allles des membres de cette famille aux diffrents allles du gne de lalpha AT permet
de dterminer le gnotype de chaque individu de la famille. Larbre gnalogique fourni prcisant les taux
85
ANAGNE
dalpha AT plasmatique des diffrents membres de la famille ainsi que leur phnotype clinique, on pourra
ainsi discuter de la relation gnotype/phnotype.
Gnotypes des individus de la famille
Individu
Gnotype
I1
M1// Null 1
I2
M1// Null 1
II 1
Z// Z
II 2
M1// Null 1
II 3
M1// Null 1
II 4
M1// M1
II 5
Null 1// Null 1
II 6
M1// M1
III 1
M1// Z
III 2
M1// Null 1
III 3
M1// Null 1
Les deux allles prsents chez un individu sexpriment indpendamment lun de lautre. On trouve donc dans
le sang, en cas dhtrozygotie, les deux types dalpha AT. On peut donc parler de codominance ce niveau.
Cependant, au niveau clinique, on peut parler de phnotype normal dominant sur les phnotypes S, Z, Null 1
et Null 2. Ainsi :
les personnes qui possdent deux allles Null prsentent les symptmes demphysme avant lge de
30 ans et vivent rarement au-del de 40 ans ;
les individus de gnotype Z//Z, donc qui possdent des concentrations plasmatiques variant entre 0,15 et
0,5 g/l dalpha AT souffrent aussi demphysme, mais plus tardivement et leur esprance de vie peut
atteindre 60 ans ;
pour les individus ayant une concentration en alpha AT la limite du risque demphysme (0,9 1,2 g/l),
le risque peut tre fortement aggrav par des facteurs de lenvironnement comme la fume du tabac.
La possession dun seul allle normal suffit pour avoir une concentration suffisante dalpha AT protectrice vis-vis de llastase.
86
Xeroderma
Le phnotype xrodermique ou Xeroderma pigmentosum
Au niveau clinique : les symptmes de la maladie
Le Xerodema pigmentosum se traduit par des anomalies de pigmentation de la peau. Les premiers signes
apparaissent trs prcocement, ds lge d1 ou 2 ans. On observe dabord une hypersensibilit aux rayons UV
solaires (provoquant des rythmes intenses), puis des altrations de la peau expose (scheresse cutane,
taches hyperpigmentes, kratose). Cest donc une affection radio-induite.
Des inflammations de la corne et de la conjonctive apparaissent ds lge de 4 ans. Des tumeurs cutanes et
ophtalmiques sont frquentes ds lge de 8 ans, et la frquence des cancers cutans est multiplie par presque
5 000 chez les sujets de moins de 20 ans, par rapport un groupe tmoin. Environ 20 % des malades
dveloppent aussi des anomalies neurologiques, avec une perte progressive des neurones du cortex crbral.
Lesprance de vie des malades est rduite de 30 ans en moyenne par rapport un groupe tmoin.
Au niveau cellulaire : les caractristiques des cellules des malades
Les troubles observs rsultent de latteinte de lADN des cellules (surtout des cellules cutanes) par les
rayons UV (UVB surtout).
Une exprience permet de mettre en vidence les mcanismes dficients dans les cellules dun individu
xrodermique. La technique prsente ci-dessous est utilise pour le diagnostic antnatal du Xeroderma
pigmentosum (elle se fait alors sur des cellules prleves par biopsie du trophoblaste la 9e semaine ou sur des
cellules prleves lors dune amniocentse la 16e semaine) :
protocole : des cellules pralablement irradies aux UV sont mises en prsence de thymidine tritie ; la
mesure est effectue par autoradiographie en comptant le nombre de grains dargent par noyau. Cette
mthode de diagnostic est appele mthode UDS (Unscheduled DNA Synthesis) ;
rsultats : on constate une incorporation de thymidine tritie beaucoup plus importante dans les cellules issues
dindividus sains que dans les cellules des malades atteints de Xeroderma, comme lindique le document ;
Le diagnostic antnatal de Xeroderma pigmentosum : rsultats par la mthode de lUDS
interprtation : lirradiation aux UV a entran lapparition de nombreuses mutations dans lADN des
cellules, notamment la formation dune liaison covalente entre deux pyrimidines adjacentes sur un mme
brin ; il y a donc formation de dimres TT, CC, CT, TC. La formation de ces dimres a pour consquence
une distorsion de la double hlice (forte courbure de 7 44), avec des rpercussions sur la transcription,
la rplication. Le document suivant prsente une molcule dADN ainsi altre (image obtenue laide du
logiciel RasTop fichier ADNlese.pdb).
87
ANAGNE
Dans les cellules normales, ces mutations sont dtectes et rpares selon le mcanisme prsent plus loin ; il y
a donc incorporation de thymidine tritie pour la synthse de lADN reconstruit. Dans les celllules de
lindividu atteint de Xeroderma, cette incorportation na pas lieu, ce qui laisse penser que la rparation de
lADN ne se fait pas correctement.
Habituellement, 80 % de lADN est rpar en quinze minutes ; chez les individus atteints de Xeroderma, le taux
de rparation nest que de 10 %.
Le phnotype cellulaire Xeroderma consiste donc en une hypersensibilit aux rayons UV due un dfaut dans
le processus de rparation des lsions de lADN provoqus par les rayons UV de la lumire solaire.
Le schma suivant prsente de faon simplifie les mcanismes rparateurs de lADN ls, et limage droite
(obtenue avec le logiciel RasTop, fichier ADN-Prot-1vas.pdb) prsente une protine rparatrice fixe sur la
molcule dADN.
88
Dterminisme gntique du phnotype molculaire

Chez lHomme, une trentaine de protines sont impliques. Seules quelques-unes dentre elles seront tudies
ici :
Recherche et reconnaissance
de la lsion
Ouverture de la double
hlice
Incision de part et dautre

de la lsion et excision
Resynthse puis ligation
Protines impliques
XpC permet la fixation de la protine xpA
sur lADN.
xpA est une protine de 273 acides amins
quatre doigts de zinc impliqus dans la
liaison lADN ; elle participe au
recrutement des autres protines
Gne impliqu
Le gne xpC est localis sur le
chromosome 3
Le gne xpA est situ sur le
chromosome 9
3xpD (ou ERCC2) et xpB (ou ERCC3),

protines ayant respectivement 760 et 782
acides amins.
Elles participent louverture de la double
hlice sur environ 25 pb
xpG (ou ERCC5) et xpF (ou ERCC4),
protines ayant respectivement 1186 et 916
acides amins.
Ce sont des endonuclases qui coupent
respectivement en 3 et 5 de la lsion,
incisant ainsi un fragment de 27 29
nuclotides. Elles clivent spcifiquement la
molcule dADN au niveau o les deux
brins se dsolidarisent.
Plusieurs protines sont impliques, et
interviennent notamment dans le
recrutement des ADN polymrases qui vont
combler la brche .
Le gne xpD est situ sur le

chromosome 19
Le gne xpB est situ sur le
chromosome 2
Le gne xpG est situ sur le
chromosome 13
Le gne xpF est situ sur le
chromosome 16
Chez les individus atteints de Xeroderma pigmentosum, une des premires tapes de cette rparation est
dficiente. Au moins huit gnes seraient impliqus dans cette maladie.
Relation gnotype, phnotype, environnement
La seule solution thrapeutique reste la prvention : il sagit de maintenir le malade labri de toute lumire
solaire. Les sujets atteints qui sortent dehors le jour doivent porter des vtements manches longues, des
pantalons longs, un chapeau larges bords et des lunettes de soleil ; le visage et les mains doivent tre
protgs par une crme spciale, base doxyde de zinc ou doxyde de titane ; les textiles utiliss ne doivent
pas laisser passer la lumire. lintrieur, durant la journe, ils doivent se tenir loin des fentres, et la lumire
artificielle doit tre mise par des lampes munies de filtres.
Les tumeurs sont enleves au fur et mesure de leur apparition, et on utilise des composs rtinodes pour
empcher leur progression. Des autogreffes de peau prleve dans les parties non exposes au soleil sont
galement ralises.
89
ANAGNE

Lexploitation des donnes fournies permet daborder les notions suivantes :
le phnotype peut se dfinir plusieurs niveaux ;
le gnotype dtermine le phnotype molculaire, lui-mme responsable du phnotype cellulaire et clinique ;
plusieurs gnotypes peuvent correspondre au mme phnotype ;
il existe des relations de dominance/rcessivit entre les allles dun gne ;
des facteurs de lenvironnement peuvent avoir une influence sur le phnotype.

Des donnes complmentaires sont disponibles sur le site Biotic de lINRP (notamment en ce qui concerne la
thrapie gnique). Dautre part, il est noter que les donnes fournies ici peuvent aussi tre utilises dans le
cadre de ltude du polymorphisme gnique.
La diversit des phnotypes et les relations gnotype/phnotype
Documents fournis
vivant/Le phnotype xeroderma permet daccder aux fichiers :
- phenoxeroderma.bmp qui affiche un texte de prsentation du phnotype xrodermique et des gnes mis en cause ;
- ADNanormal.bmp qui prsente une visualisation 3D obtenue avec le logiciel RasTop (fichier ADNlese.pdb) dun
fragment dADN altr par des UV (formation dun dimre entre deux bases pyrimidiques adjacentes, ce qui
provoque une dformation de lADN) ;
- protreparADN.bmp qui prsente une visualisation 3D obtenue avec le logiciel RasTop (ADN-Prot-1vas.pdb)
montrant une endonuclase positionne sur lADN rparer ;
- repar.bmp qui affiche un schma prsentant de faon simplifie les tapes dun des mcanismes cellulaire de
rparation de lADN.
Dans le dossier 3D sous Anagene2, le rpertoire Xeroderma contient les fichiers .pdb suivants : ADNlese.pdb et
ADN-Prot-1vas.pdb.
Ltude de ces documents permet de dfinir le phnotype diffrents niveaux
Phnotype clinique
Individu sain
Individu atteint de Xeroderma
Phnotype cellulaire
Phnotype molculaire
Rparation rapide et efficace des
Protines du systme de rparation de lADN
altrations de lADN
fonctionnelles (protines xpa, xpb)
Rparation trs rduite des altrations
Certaines protines du systme de
de lADN qui saccumulent donc
rparation de lADN ne sont pas
dans les cellules
fonctionnelles
Le gnotype dtermine le phnotype molculaire, lui-mme responsable du phnotype cellulaire et clinique

Dans la banque de thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotypeenvironnement/Xeroderma permet, par dveloppement de larborescence, datteindre Polymorphisme xpa pour
accder Allles xpa qui charge le fichier xpa_adn.edi affichant les squences strictement codantes de 10 allles du
gne xpa (allles xpa_Norm et xpa_1 xpa_9).
90
Les rsultats et conclusions des comparaisons entre les allles dun gne dune part et les protines
correspondantes dautre part sont fournies ci-dessous.
Diffrences au niveau nuclique
Nuclotide modifi
Xpa Norm
Codon modifi
Allle de rfrence
Xpa_1
En 216 G
Codon 72 AGG
Xpa_2
Xpa_3
En 149 G
En 381 G
T
C
Xpa_4
En 457 C
Codon 50 TGT TTT

Codon 127 CAG CAC
Codon 153 CGA TGA
(codon stop)
Codon 186 CAT CGT
Codon 47 TGC GGC
Codon 50 TGT AGT
Codon 68 TGT GGT
Codon 71 TGC AGC
Xpa_5
Xpa_6
Xpa_7
Diffrences au niveau
protique
En 557 A G
En 139 T G
En 148 T A
En 202 T G
En 211 T A
Dltion des nuclotides
59 78
AGA
Dcalage du cadre de lecture
Aucun changement de la
squence
C F
Q H
Chane plus courte : 152
acides amins au lieu de 215
H R
C G
C S
C G
C S
Chane plus courte : 35 acides
amins au lieu de 215
Xpa_8
Dltion du nuclotide C
200

Apparition dun codon stop
prcoce

Xpa_9
Dltion des nuclotides

172 176

Les protines xpaNorm et xpa 1 sont fonctionnelles. Les autres protines ont une activit nulle ou rduite.
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotypeenvironnement/Xeroderma permet, par dveloppement de larborescence, datteindre Polymorphisme xpb pour
accder Allles xpb qui charge le fichier xpb_adn.edi affichant les squences strictement codantes de 3 allles du
gne xpb (allles xpb_Norm et xpb_1 et xpb_2).
Xpb Norm
Xpb_1
Xpb_2

Nuclotide modifi
Codon modifi
Allle de rfrence
En 296 T C
Codon 99 TTC TCC
En 355 A
C
Codon 119 ACT CCT
protique
F
S
T
La protine xpbNorm est fonctionnelle. Les autres protines ont une activit nulle ou rduite.
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotypeenvironnement/Xeroderma permet, par dveloppement de larborescence, datteindre Polymorphisme xpc pour
accder Allles xpc qui charge le fichier xpc_adn.edi affichant les squences strictement codantes de quatre allles
du gne xpc (allles xpc_Norm et xpc_1 xpc_3).
Xpc Norm
Xpc_1
Xpc_2
Xpc_3

Nuclotide modifi
Codon modifi
Allle de rfrence
En 2452 A C
Codon 818 AAA CAA
Addition dun triplet GTG
Codon 582 en plus
en 1744, 1745, 1746
Dltion de deux
nuclotides en 1137 et 1138
Dcalage du cadre de
lecture
protique
K Q
Un acide amin en plus en 582 ;
chane de 941 acides amins au
lieu de 940
Chane plus courte ; 401
La protine xpcNorm est fonctionnelle. Les autres protines ont une activit nulle ou rduite.
91
ANAGNE

Dans la banque de thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotypeenvironnement/Xeroderma permet, par dveloppement de larborescence, datteindre Polymorphisme xpd pour
accder Allles xpd qui charge le fichier xpd_adn.edi affichant les squences strictement codantes de six allles du
gne xpd (allles xpd_Norm et xpd_1 xpd_5).
Xpd Norm
Xpd_1
Xpd_2
Xpd_3
Xpd_4
Xpd_5

Nuclotide modifi
Codon modifi
Allle de rfrence
En 1975 C T
Codon 659 CGG TGG
En 1553 A G
Codon 518 TAC TGC
En 1976 G A
Codon 659 CGG CAG
En 2104 C T
Codon 702 CAG TAG
(codon stop)
En 1309 C G
Codon 437 CTG GTG
Dltion partir du
Manque tous les codons
nuclotide 2078
partir du 693
protique
R W
Y C
R Q
L V
La protine xpdNorm est fonctionnelle. Les autres protines ont une activit nulle ou rduite.
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotypeenvironnement/Xeroderma permet, par dveloppement de larborescence, datteindre Polymorphisme xpf pour
accder Allles xpf qui charge le fichier xpf_adn.edi affichant les squences strictement codantes de sept allles du
gne xpf (allles xpf_Norm et xpf_1 xpf_6).
Xpf Norm
Xpf_1
Xpf_2
Xpf_3
Xpf_4
Xpf_5
Xpf_6

Nuclotide modifi
Codon modifi
Allle de rfrence
En 2362 C T
Codon 788 CGG TGG
1471 G A
Codon 491 GAA AAA
1553 T C
516 ATT ACT
En 1666 G A
Codon 556 ACA GCA
Dltion du nuclotide
1937
En 1332, 1333 addition
de deux nuclotides
En 642 A G
Codon 214 ATA AGA
En 1504 G A
Codon 582 GCA AGA
En 1436 G A
Codon 479 CGG CAG
En 1790 T C
Codon 597 CTT CCT
protique
R W
E K
T I
T A
Chane plus courte ; 672 acides
I M
G R
R Q
L P
La protine xpfNorm est fonctionnelle. Les autres protines ont une activit nulle ou rduite.
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotypeenvironnement/Xeroderma permet, par dveloppement de larborescence, datteindre Polymorphisme xpg pour
accder Allles xpg qui charge le fichier le xpg_adn.edi affichant les squences strictement codantes de trois allles
du gne xpg (allles xpg_Norm et xpg_1 et xpg_2).
Xpg Norm
Xpg_1
Xpg_2

Nuclotide modifi
Codon modifi
Allle de rfrence
En 2375 C T
Codon 792 GCG GTG
En 3076 G T
Codon 1026 GAG TAG
(codon stop)
protique
A V
Chane plus courte ; 1025
La protine xpgNorm est fonctionnelle. Les autres protines ont une activit nulle ou rduite.
Bilan
Des mutations nombreuses et varies pour chacun des gnes impliqus, donc un polymorphisme important.
92
Type de mutation
Substitution muette
Substitution faux-sens
Substitution non-sens
Dltions
Addition
Allles
Xpa1
xpa2, xpa3, xpa5, xpa6, xpc1, xpd1, xpd2, xpd3, xpf1, xpf2, xpf5, xpf6, xpg1
xpa4, xpd4, xpg2
xpa7, xpa8, xpa9, xpc3, xpd5, xpf3
xpc2, xpf4
Des mutations aux effets varis sur le phnotype molculaire :
aucune variation de la squence dacides amins (mutation muette) ;
changement de la squence dacides amins (mutations faux-sens ; additions) ;
protine plus courte (dltions, mutations non-sens) ;
des consquences sur le phnotype cellulaire et clinique :

o une protine plus courte sera non fonctionnelle ; donc le systme de rparation des altrations de
lADN sera dfaillant et les cellules vont devenir facilement cancreuses ;
o une protine dont la squence change beaucoup sera aussi non fonctionnelle (le rle dune protine dpend de sa
structure spatiale, elle-mme dtermine par sa squence), avec les mmes consquences que prcdemment ;
o le changement dun seul acide amin aura des consquences variables : elles seront importantes si
cet acide amin fait partie du site actif ou est important pour la structure spatiale de la protine.
93
ANAGNE

La commande Xeroderma de la banque de thmes dtude permet, par dveloppement de larborescence, daccder
:
- Gnotypes famille1 qui charge le fichier allfam1xero.edi affichant les squences strictement codantes des allles du
gne xpc des individus de la famille 1, et les squences des allles du gne xpc prsents dans cette famille. Le
gnotype dAdrien, Betty et Jrme est xpcNorm//xpc1 ; celui de Priscille est xpcNorm//xpcNorm ; celui de Nicolas
est xpc1//xpc1 ;
gne xpc des individus de la famille 1 et les squences des allles du gne xpc prsents dans cette famille. Le
gnotype de Grgoire, Marie, Jean et Anne est xpcNorm//xpc2 ; celui de Mlanie est xpc2//xpc2 ;
gne xpc des individus de la famille 1 et les squences des allles du gne xpc prsents dans cette famille. Michel et
Sylvie ont pour gnotype : xpcNorm//xpc3 ; Agns et Tristan ont pour gnotype : xpc3//xpc3 ; Elodie a pour
gnotype xcpNorm//xpcNorm.
Documents fournis
La commande Xeroderma de la banque de documents permet daccder aux fichiers :
- XeroarbreFamille1.bmp qui prsente larbre gnalogique de la famille 1 dont lun des enfants est atteint de
xeroderma ;
- XeroarbreFamille2.bmp qui prsente larbre gnalogique de la famille 2 dont lun des enfants est atteint de
xeroderma ;
- XeroarbreFamille3.bmp qui prsente larbre gnalogique de la famille 3 dont deux des enfants sont atteints de
xeroderma.
Lexploitation des donnes concernant les familles proposes permet de dterminer les relations de
dominance/rcessivit des allles en cause, mais aussi de montrer quun phnotype xrodermique peut tre
d des mutations diffrentes.
Pour chaque famille, est fourni : larbre gnalogique avec indication du phnotype clinique, les squences des
allles de chaque individu pour le gne concern, les allles de rfrence du gne concern.
La comparaison des allles de chaque individu permet de dterminer son gnotype. Les rsultats figurent cidessous :
Famille
Gnotypes
Adrien, Betty et Jrme : xpcNorm//xpc1

Priscille : xpcNorm//xpcNorm ;
Nicolas : xpc1//xpc1
94
Grgoire, Marie, Jean, Anne : xpcNorm//xpc2

Mlanie : xpc2//xpc2.
Michel et Sylvie : xpcNorm//xpc3

Agns et Tristan : xpc3//xpc3
Elodie : xpcNorm// xpcNorm
La comparaison du gnotype dun individu htrozygote avec son phnotype sain permet de dire que les
allles muts sont rcessifs par rapport lallle normal. Ces relations de dominance/rcessivit ne se
conoivent quau niveau du phnotype cellulaire et clinique, car tous les allles sexpriment.
Des facteurs de lenvironnement peuvent avoir une influence sur le phnotype
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotypeenvironnement/Xeroderma permet daccder au fichier protect.bmp qui affiche un texte prcisant les prcautions
que doivent prendre les individus xrodermiques pour viter les UV.
Linfluence de facteurs de lenvironnement comme les UV peut tre mise en vidence en comparant le
phnotype de deux individus, ayant des gnotypes identiques (par exemple xpc2//xpc2), mais qui vivent
dans des conditions diffrentes. En effet, si lun de ces individus est expos aux rayons UV, il dveloppera trs
rapidement des cancers cutans ; par contre, lindividu qui prendra toutes les mesures de protection
ncessaires vis--vis des UV ne dveloppera pas de cancers cutans.
Les possibilits ddition de squences offertes par le logiciel Anagne permettent chaque enseignant de crer
ses propres exemples.
95
ANAGNE
Prdisposition gntique au cancer du sein

(daprs un article de la Socit franaise de gntique humaine, crit par les docteurs D. Stoppa-Lyonnet, Institut Curie,
C. Bonati-Pellie, INSERM, et le professeur Yves-Jean Bignon, unit doncogntique centre J.-Perrin).
Le cancer du sein touche environ, dans nos populations, une femme sur douze vivant jusqu lge de 80 ans.
Avec environ 26 000 nouveaux cas et 11 000 dcs chaque anne, cest la premire cause de mortalit par
cancer chez la femme.
Il existe plusieurs prdispositions au cancer du sein. Seule lune dentre elle sera tudie ici.
Certaines familles sont trs touches par le cancer du sein ; dans ces familles, le risque dtre touch par ce
cancer peut tre multipli par 8 10 par rapport celui de la population gnrale.
Environ 10 15 % de ces cancers du sein sont lis la transmission selon un mode autosomique dominant
dun allle mut du gne BRAC1 ou du gne BRCA2 (la certitude quil sagit dune forme monognique nest
obtenue que lorsquune mutation est identifie).
Ce mode de transmission peut tre voqu lorsque lon constate lassociation des critres suivants :
nombre de cas lev dans une mme famille ;
prcocit des atteintes cancreuses (moins de 40 ans) ;
atteinte mammaire bilatrale ;
association frquente avec un cancer de lovaire ;
observation de cancer du sein chez lHomme (rare).

Chez les femmes ayant hrit dune mutation dominante de ce gne, le risque tumoral mammaire est lev :
environ 38 % 50 ans ; la pntrance est donc leve, mais pas totale.
Les gnes BRCA1 et BRCA2 ont t identifis en 1994 et 1995, et sont localiss respectivement sur les
chromosomes 17 (17q21) et 13 (13q14). Ces gnes sont de grande taille : 5 592 nuclotides rpartis en 22 exons
pour la squence codante du gne BRCA1 ; 10 254 nuclotides rpartis en 26 exons pour le gne BRCA2 ; les
exons 11 de chacun de ces gnes sont de trs grande taille.
Les gnes BRCA1 et BRCA2 font partie des gnes suppresseurs de tumeur : les protines codes par ces gnes
sont localises dans le noyau et sont impliques dans la rparation de lADN, mais leur rle prcis nest pas
encore bien connu.
Les gnes BRCA1 et BRCA2 ne sont pas impliqus dans les formes de cancer non hrditaires.
On connat de trs nombreuses mutations de ces gnes BRCA1 et BRCA2 (plus de 900 mutations diffrentes
connues au dbut de lanne 2000) ; la plupart de ces mutations sont de type inactivateur , cest--dire
quelles entranent la synthse dune protine non fonctionnelle. On arrive identifier la mutation en cause
dans une famille (sil y a implication du gne BRAC1 ou du gne BRCA2) dans environ 70 % des cas, en
utilisant les techniques classiques (SSCP, DGGE, HA). Dautre part, on constate que la plupart des cellules
tumorales ont perdu lallle normal.
On estime la frquence des sujets porteurs de mutations BRCA1 entre 1/500 et 1/2000, et celle des sujets
porteurs de mutations BRCA2 entre 1/2150 et 1/700.
Chez les sujets atteints, un test gntique peut tre ralis pour tenter didentifier la mutation en cause ; cette
recherche est trs longue (plusieurs mois) car elle ncessite le criblage de lensemble des deux gnes. Si une
mutation a t identifie, un diagnostic prsymptomatique peut tre ralis chez les personnes apparentes ; il
sagit dun test simple, ralisable en quelques jours puisque la mutation a t identifie. Si le rsultat est
ngatif, la surveillance sera celle propose habituellement la population ; si le rsultat est positif, une prise
en charge adapte est propose avec une surveillance accrue (mammographie annuelle ds lge de 30 ans,
chographie annuelle pour dpister un cancer de lovaire partir de 35 ans).
Des facteurs environnementaux peuvent favoriser la survenue des cancers du sein chez les individus porteurs
dun allle mut : on a estim que le risque tumoral mammaire chez une femme porteuse dune mutation
BRCA1 est prs de trois fois plus important si elle est ne aprs 1930 quavant. Il peut sagir de facteurs
alimentaires, qui influencent lhorloge hormonale.
96

Les squences et documents fournis ici permettent daborder, en premire S, la notion de prdisposition
familiale et de gnes de susceptibilit dans le cas dun cancer : le cancer du sein. Cette tude sera loccasion de
mettre laccent sur lintrt du dpistage et de la surveillance accrue des personnes risque.
Phnotype clinique et molculaire en relation avec le gnotype
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotype-environnement/Cancer
du sein permet, par dveloppement de larborescence, daccder :
- Allles BRCA1 qui charge le fichier BCRA1.edi affichant les squences strictement codantes de lallle de rfrence
(allle rfrence BRCA1) et de trois allles muts (allle m1 BRCA1 allle m2 BRCA2 allle m3 BRCA3) du gne
BRCA1, et des protines correspondantes. Tous les allles muts fournis ici codent pour des protines non
fonctionnelles ;
- Allles BRCA2 qui charge le fichier BRCA2.edi affichant les squences strictement codantes de lallle de rfrence
(allle rfrence BRCA1) et dun allle mut (allle m1 BRCA2) du gne BRCA2, et les protines correspondantes.
Lallle mut fourni ici code pour une protine non fonctionnelle ;
- Famille1 et allles qui charge le fichier BRCA1-famille1.edi affichant les allles du gne BRCA1 des membres de la
famille 1 dont larbre gnalogique (fichier Famille1BRCA.bmp) est charg simultanment. Les gnotypes des
membres de la famille sont les suivants :
(allle ref. BRCA1//allle ref. BRCA1) : I2, II1, II6 ; III1
(allele ref. BRCA1//allele mut2 BRCA1) : I1 ; II2 ; II3 ; II4 ; II5 ; III2 ; III3
Documents fournis
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotypeenvironnement/Cancer du sein permet datteindre Gnes de susceptibilit pour charger les fichiers :
- genes.bmp qui affiche un texte de prsentation des gnes BRCA1 et BRCA2 ;
- courbe.bmp qui affiche la courbe indiquant la frquence dapparition dun cancer du sein en fonction de lge chez
des femmes porteuses dun allle mut du gne BRCA1 ou du gne BRCA2 (daprs un article de Science, vol. 302,
24 octobre 2003) ;
- arbreFamille1Cancer.bmp qui prsente larbre gnalogique de la famille 1. Dans cette famille, plusieurs cas de
cancers du sein ont t observs, touchant plusieurs gnrations. Ils sont lis la prsence dun allle mut du gne
BRCA1 (lallle mut2), qui provient lorigine du pre I1.
97
ANAGNE
Le constat fait sur larbre gnalogique (nombre lev de femmes atteintes dun cancer du sein dans cette
famille, ge prcoce dapparition du cancer) suggre limplication dun facteur hrditaire. Le texte de
prsentation des gnes BRCA et la courbe confirment que des mutations de certains gnes, comme BRCA1 et
BRCA2 peuvent tre mises en relation avec les phnotypes cancreux tudis, la prsence dun allle mut
augmentant beaucoup le risque dapparition dun cancer du sein.
Risque dapparition dun cancer du sein chez les femmes porteuses dun allle mut du gne BRCA1 ou BRCA2
(daprs un article de Science, vol. 302, 24 octobre 2003)
Le travail ralis partir des squences fournies permet de relier gnotype/phnotype molculaire et
phnotype clinique.
Comparaison simple des allles du gne BRCA1 et mise en relation avec la comparaison simple des protines
BRCA1 correspondantes (les squences nucliques tant trs longues, lalignement avec discontinuit est
dconseill avec des machines peu performantes)
Comparaison Ref et m1
98
99
ANAGNE
Comparaison simple des allles du gne BRCA2 et mise en relation avec la comparaison simple des protines BRCA2
correspondantes :
Conclusions
Les mutations prsentes dans les allles muts fournis ici entranent toutes la synthse dune protine non
fonctionnelle, le plus souvent tronque cause de lapparition prcoce dun codon stop. Ces protines ne
peuvent donc remplir leur rle rparateur de lADN dans la cellule, ce qui favorise lapparition du cancer du
sein.
100
Notion de prdisposition familiale

Larbre gnalogique suggre une prdisposition des femmes de cette famille au cancer du sein. Une des
faons dintroduire le problme est de se demander si la femme III3 a un risque particulier davoir un cancer
du sein, tant donn que beaucoup de femmes de sa famille en ont t atteintes.
La comparaison des allles des membres de la famille avec les allles du gne BRCA1 permet :
didentifier la mutation en cause dans cette famille : mutation m2 ;
de montrer que lallle m2 a t apport dans cette famille par le pre I1 ;
de dterminer le gnotype de chacun des individus :

o (allle ref. BRCA1//allle ref. BRCA1) : I2, II1, II6, III1 ;
o (allle ref. BRCA1//allele mut2 BRCA1) : I1, II2, II3, II4, II5, III2, III3 ;
de mettre en vidence le fait que les femmes malades sont htrozygotes, donc quun seul allle suffit
pour augmenter le risque de la maladie ;
de constater que la femme II3, bien quhtrozygote, na pas dvelopp de cancer du sein, ce qui permet
de dire que le fait de possder un allle mut du gne BRCA1 nimplique pas forcment la maladie ;
de dire que la femme III3 est htrozygote et quelle a donc un risque suprieur la normale de
dvelopper un cancer du sein.
On peut donc conclure que la possession dun allle mut du gne BRCA1 prdispose lapparition dun
cancer et que cette prvalence nest pas totale.
Dautre part, il faut bien que llve comprenne lintrt dun dpistage de la prsence dun allle mut du
gne BRCA1 (ou 2) : il sagit de pouvoir dire une femme si elle a un risque particulier et de lui proposer alors
une surveillance accrue de faon pouvoir intervenir prcocement et limiter les consquences de la maladie.
101
ANAGNE
Influence dautres facteurs

Documents
Dans la banque de documents, le chemin Complexit des relations gnotype-phnotype-environnement/Cancer du
sein permet datteindre Influence de lenvironnement pour charger les fichiers :
- preventionCancer.bmp qui affiche un texte prsentant les mesures de prvention en faveur des personnes risque
particulier pour le cancer du sein ;
- age.bmp qui affiche une courbe indiquant la frquence dapparition dun cancer du sein (en fonction de lge) selon
lanne de naissance, chez des femmes porteuses dun allle mut du gne BRCA1 ou du gne BRCA2 (daprs un
article de Science, vol. 302, 24 octobre 2003) ;
- activite.bmp qui affiche une courbe indiquant la frquence dapparition dun cancer du sein (en fonction de lge)
selon la pratique dune activit physique chez des femmes porteuses dun allle mut du gne BRCA1 ou du gne
BRCA2 (daprs un article de Science, vol. 302, 24 octobre 2003).
Ces documents permettent de mettre en vidence linfluence dautres facteurs sur le phnotype cancer du
sein .
Ainsi, le fait que les femmes porteuses dun allle mut BRCA1 aient un risque diffrent de dvelopper un
cancer du sein selon quelles sont nes avant ou aprs 1940 suggre linfluence dun facteur de
lenvironnement, probablement li lalimentation.
Enfin, le fait que les femmes porteuses dun allle mut BRCA1 aient un risque diffrent de dvelopper un
cancer du sein selon quelles sont actives physiquement ou non met aussi en vidence linfluence de
lenvironnement.
Cette pluralit des facteurs de prdisposition lapparition dun cancer est importante dgager.
102
MORPHOGENSE VGTALE ET TABLISSEMENT DU PHNOTYPE

Polymorphisme des gibbrellines
Le phnotype nain chez quelques vgtaux
Chez lpinard de lespce Spinacia oleracea, la plante se prsente en rosette en priodes de jours courts, mais
lors du passage en jours longs, on observe une croissance importante de la tige. Cette croissance, due
essentiellement une longation des entrenuds, est sous linfluence de la photopriode et ncessite des
hormones de croissance, les gibbrellines.
Chez le Pois de lespce Pisum sativum, on connat des mutants qui prsentent un phnotype en rosette, d
une croissance quasi nulle des entrenuds. Plusieurs gnes sont mis en cause, codant notamment pour des
enzymes intervenant dans la chane de biosynthse des gibbrellines.
Le phnotype nain , qui se traduit par un port en rosette, semble donc d une croissance trs limite des
entrenuds. Des hormones comme les gibbrellines, mais aussi un facteur de lenvironnement (la
photopriode) semblent contrler cette croissance.
Les gibbrellines
Les gibbrellines sont produites dans les parties terminales des jeunes plantes (sauf dans les mristmes), les
ptioles, les jeunes feuilles.
Elles agissent notamment sur les cellules des entrenuds en stimulant llongation cellulaire. Elles stimulent
aussi la multiplication cellulaire au niveau des mristmes intercalaires.
On connat plus de cent gibbrellines diffrentes, qui sont toutes des diterpnes. Mais toutes nont pas la
mme activit et la mme efficacit.
Le document ci-dessous prsente les chanes de biosynthse des gibbrellines (chaque raction est catalyse
par une enzyme) :
Seule la gibbrelline GA1 est active. Les gibbrellines GA8, GA29 et GA34 rsultent de la dgradation de leurs
prcurseurs.
103
ANAGNE
On peut valuer par une technique de chromatographie aprs marquage la quantit de quelques-unes des
gibbrellines dans une plante. On peut ainsi comparer les gibbrellines prsentes chez une plante de
phnotype normal (a) et chez une plante de phnotype nain (b). Les rsultats de ces chromatographies sont
prsents ci-dessous :
Chez le Pois, le phnotype nain est donc d labsence de transformation de la gibbrelline GA20 en
gibbrelline GA1.
Les mutations affectant la synthse de gibbrellines
On ne sintressera ici qu la raction de synthse de la GA1 partir de la GA20, catalyse par une enzyme
3 bta-hydoxylase . Cette enzyme est code par un gne appel Le chez le Pois. Ce gne sexprime
surtout dans la tige, la racine et les cotyldons du pois en croissance.
Chez le Pois, on connat plusieurs allles de ce gne, dont les deux allles Le (codant pour une enzyme
fonctionnelle) et le (codant pour une enzyme non fonctionnelle).
Les homozygotes le//le prsentent un phnotype nain en rosette ; ce nanisme est plus ou moins accentu
selon les allles ; il est trs important lorsque lenzyme synthtise est plus courte que la normale, la mutation
ayant fait apparatre un codon stop anticip.
On connat une varit de Pois ultra-nain dont la taille ne dpasse pas 1 cm ; le gne mut dans ce cas nest
pas le gne Le , mais le gne Na , codant pour une enzyme intervenant plus en amont dans la chane de
biosynthse.
Linfluence de lenvironnement
Des mesures ralises chez lpinard ont permis de montrer linfluence de la photopriode sur la croissance
des entrenuds.
Le tableau ci-dessous donne les concentrations de quelques gibbrellines lors du passage jours courts/jours
longs chez lpinard (les valeurs sont donnes en ng/g de masse sche) :
Gibbrellines
0 jour long
4 jours longs
8 jours longs
12 jours longs
G453
GA44
GA19
GA20
GA1
5,9
2,2
15
1,4
1,0
6,6
8,8
27,5
6,9
3,5
7,9
15,2
54,2
18,1
3,7
7,1
17,4
45,0
23,1
5,1
On constate donc que le passage en jours longs stimule toute la chane de biosynthse de la gibbrelline GA8
partir de la GA53.
104
On peut donc envisager linfluence dun facteur de lenvironnement sur le gnome : il y aurait stimulation des
gnes codant pour des enzymes impliques dans cette chane de biosynthse.
Des expriences ralises chez lpinard ont permis de situer le niveau daction de substances qui sont des
inhibiteurs de croissance, comme le BX-112 par exemple. Lune de ces expriences consiste appliquer cet
inhibiteur de croissance un plant dpinard de jours longs, puis appliquer des doses croissantes de GA20
et de GA1 ; les mesures sont effectues aprs 22 jours longs .
Le graphique ci-dessous prsente les rsultats obtenus :
Linhibiteur de croissance BX-112 empche donc la raction de transformation de la GA20 en GA1. Il semble
agir au niveau du gnome, en limitant lexpression du gne codant pour la 3 bta-hydroxylase.
105
ANAGNE

Les donnes proposes permettent daborder les notions suivantes :
le gnotype dtermine le phnotype molculaire, lui-mme responsable du phnotype cellulaire et

macroscopique ;
le phnotype dpend du gnotype, mais aussi de facteurs de lenvironnement.

Les rsultats et conclusions que lon peut obtenir laide de ces donnes sont prsents ci-aprs.
Le phnotype nain chez les vgtaux peut tre dfini plusieurs niveaux
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Morphogense vgtale et tablissement du phnotype/Phnotype
vgtal, gnotype et environnement/Polymorphisme des gibbrellines : Polymorphisme gne LE permet
datteindre la commande Allles gne LE qui charge le fichier alleles-LE.edi affichant les squences strictement
codantes de cinq allles du gne de la 3 beta-hydroxylase ; lallle Le est lallle normal ; les allles le1 , le2 ,
le3 , le4 sont des allles muts codant pour des enzymes non fonctionnelles.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Morphogense vgtale et tablissement du phnotype/Phnotype
vgtal, gnotype et environnement permet datteindre Phnotype nain et synthse des gibbrellines pour charger
les fichiers :
- phenotypenain.bmp qui affiche un texte prsentant les caractristiques macroscopiques et cellulaires du phnotype
nain chez les vgtaux ; ce texte signale aussi limportance des gibrellines pour une croissance normale de la plante ;
- biosynth-gibb.bmp par la commande biosynthse gibbrellines affichant un schma prsentant diffrentes voies
de la biosynthse des gibbrellines ;
- chromato.bmp prsentant les rsultats dune chromatographie comparative entre un Pois normal et un Pois nain.
Cette chromatographie rvle les quantits relatives de quelques gibbrellines et permet de relier ainsi le phnotype
macroscopique au phnotype biochimique.
106
Phnotype
macroscopique
Phnotype
cellulaire
Phnotype
biochimique
Phnotype
molculaire
Plante normale
Dveloppement
normal
entrenuds
dvelopps
longation
cellulaire normale
Multiplication
cellulaire normale
Prsence de GA1
en grande quantit
Enzyme 3 btahydroxylase
fonctionnelle
Plante naine
Plante en rosette
entrenuds trs
courts
longation
cellulaire trs
rduite et
multiplication
cellulaire limite
Quantits de GA1
trs rduites
Enzyme 3 btahydroxylase
inactive
La mise en relation de la comparaison des allles du gne pour la 3 bta-hydroxylase avec la comparaison des
protines correspondantes permet daboutir aux rsultats et conclusions suivants :
Allle
Changements
dans la squence
nuclique
Changements
dans la squence
protique
Allle Le
Type
de mutation
Consquences
rfrence
Modification
partir de lacide
amin 126, et
polypeptide plus
court (172 acides
amins au lieu de
374)
Allle le1
Del du G en 376
Allle le2
G A en 685
(GCC ACC en
position 229)
T en 229
Faux-sens
Allle le3
C T en 826
(CAT TAT en
276)
Y en 276
Faux-sens
Allle le4
A T en 267
(TTA TTT en
89)
C T en 826
(CAT TAT en
276)
F en 89
Y en 276
Dcalante
Enzyme non
fonctionnelle,
donc pas synthse
de GA1, donc
entrenuds plus
courts et port en
rosette
Faux-sens
Faux-sens
Le phnotype dpend aussi de facteurs de lenvironnement

Documents
Dans la banque de documents, le chemin Morphogense vgtale et tablissement du phnotype/Phnotype
vgtal, gnotype et environnement permet datteindre Influence de lenvironnement pour charger les fichiers :
- expenvironnement.bmp qui affiche les rsultats de mesures mettant en vidence linfluence de la photopriode sur
la chane de biosynthse des gibbrellines ;
- inhibcroissance.bmp qui prsente les rsultats dune exprience mene chez lpinard et mettant en vidence
linfluence dune molcule chimique (un inhibiteur de croissance : le BX 112) sur la chane de biosynthse des
gibbrellines.
Lanalyse des documents fournis met en vidence linfluence de facteur de lenvironnement sur le gnotype :
lallongement de la photopriode stimule lexpression de certains gnes, favorisant ainsi la chane de

biosynthse de la GA1 ;
des substances chimiques comme linhibiteur de croissance BX112 inhibe lexpression de certains gnes, ce
qui rduit la production de GA1 ; la plante possde alors un phnotype nain, alors quaucune mutation
particulire naffecte les gnes en cause.
107
ANAGNE
GNOTYPE, ENVIRONNEMENT ET FONCTIONNEMENT DU SYSTME NERVEUX

Les phnotypes mutants crbelleux
Lorganisation du cortex crbelleux
Le cortex crbelleux est une petite structure relativement simple qui ne contient que cinq types cellulaires
organiss en trois couches :
la couche externe ou molculaire, qui contient les arborisations dendritiques des cellules de Purkinje, les
axones des cellules olivaires ou fibres grimpantes, les axones des cellules granulaires ou fibres parallles,
ainsi que des interneurones (cellules toiles et cellules en corbeille) ;
la couche moyenne ou couche des cellules de Purkinje qui contient le corps des cellules de Purkinje
rpartis en une seule assise ;
la couche interne ou granulaire dont les lments dominants sont des corps cellulaires trs nombreux et
de petite taille, les grains ou cellules granulaires. Les axones de ces cellules remontent dans la couche
molculaire et se divisent en T en formant de longues branches, les fibres parallles. Cette couche
interne contient aussi des cellules de Golgi, localises au voisinage du soma des cellules de Purkinje.
Le cortex crbelleux est une structure hautement rptitive, constitue au niveau microscopique par la
rptition un trs grand nombre de fois du mme circuit lmentaire. Ce circuit est organis autour de la
cellule de Purkinje.
Il existe essentiellement deux systmes excitateurs : les fibres grimpantes et les fibres moussues ; il existe
galement des interneurones inhibiteurs : les cellules de Golgi, les cellules en panier et les cellules toiles.
La cellule de Purkinje est llment central du rseau synaptique cortical crbelleux : les interneurones de la
couche molculaire, cellules toiles et en corbeille, ainsi que les cellules des grains de la couche granulaire
interne se projettent majoritairement sur les cellules de Purkinje. Cette cellule de Purkinje a une forme
spcifique, avec notamment un rseau dendritique trs dvelopp. Laxone, qui merge de la rgion basale du
corps cellulaire, traverse la couche granulaire interne, rejoint la substance blanche et se termine dans les
noyaux profonds ou mme en dehors du cervelet, au niveau des noyaux vestibulaires.
Des cellules gliales existent aussi dans le cervelet : les cellules macrogliales (astrocytes et oligodendrocytes),
qui contribuent la croissance et la survie des neurones, et les cellules microgliales, qui constituent la
principale population de macrophages crbraux.
108
Les fonctions du cervelet

Le cervelet reoit des affrences du cortex moteur, des rcepteurs cutans proprioceptifs, visuels, tactiles et
auditifs, et des rcepteurs viscraux.
Larchocervelet (lobe floculo-nodulaire) contrle les mcanismes de la station rige ; il intervient sur les
mcanismes rflexes du redressement et de lquilibration.
Le palocervelet (vermis) contrle la motilit axiale et la motilit dattitude.
Le nocervelet (lobes latraux) intervient dans la rgulation du geste.
Les phnotypes mutants crbelleux chez la Souris
On connat plusieurs phnotypes mutants crbelleux chez la Souris.
Les mutants staggerer (sg)
Ces mutants prsentent un syndrome ataxique grave et survivent difficilement aprs le sevrage. Ds le 8e jour,
le souriceau staggerer est trs hsitant dans sa dmarche, avec une tendance tituber et traner les pattes. Il
prsente un cervelet atrophi, avec des cellules de Purkinje en nombre trs rduit (60 90 % des cellules
manquent un mois), et avec un arbre dendritique rduit.
On observe chez ces mutants des anomalies biochimiques au cours du dveloppement du cervelet, lies un
dficit de lactivit dune neuramidase dans le cervelet, ainsi quune rduction de la concentration en
thymidine kinase. Ces mutants prsentent aussi une susceptibilit exagre lathrosclrose, probablement
lie une baisse du HDL.
Cette mutation autosomale rcessive dun gne situ sur le chromosome 9 sexprime directement dans les
cellules de Purkinje. Le gne a t rcemment clon, et il code pour le facteur de transcription ROR-alpha, qui
est un rcepteur nuclaire appartenant la mme famille que les rcepteurs lacide 9-cis-rtinoque
(rcepteurs des hormones thyrodiennes et strodiennes). La protine ROR-alpha est fortement exprime
dans les cellules de Purkinje durant le dveloppement postnatal du cervelet.
La mutation staggerer correspond une dltion se produisant dans la partie du gne codant pour le site de
liaison sur lADN. Labsence de fonctionnalit de la protine ROR-alpha pourrait modifier les interactions
avec dautres protines, notamment les rcepteurs nuclaires des hormones thyrodiennes, qui jouent un rle
aussi bien dans le dveloppement du systme nerveux que dans la diffrenciation des cellules de Purkinje.
Compte tenu du rle central de cette cellule dans le rseau synaptique cortical du cortex crbelleux, on
comprend que son absence ou latrophie de son arbre dendritique puisse tre lorigine dun dveloppement
anormal du cervelet, do le comportement ataxique observ.
Chez lhtrozygote, le dveloppement du cervelet est quasi normal, mais on observe tout au long de la vie
une perte progressive et partielle des cellules de Purkinje et une rduction de leur arbre dendritique.
109
ANAGNE
Les mutants reeler (rl)
Ces mutants prsentent un syndrome ataxique grave : ils titubent, chancellent. Les mouvements natteignent
pas leur but, bien que leur force soit normale. Lanimal est tremblant et a un comportement dvitement pour
raliser certaines tches.
Ce phnotype est li une mutation dun gne situ sur le chromosome 5 ; cette mutation, autosomale
rcessive, affecte le dveloppement embryonnaire du cerveau, et atteint surtout les structures lamines
comme le cervelet, le cortex crbral et lhippocampe.
Chez lembryon de Souris mutante, la migration des neurones se droule normalement jusquau moment o
ces neurones arrivent destination. Lorganisation normale en couches ne se fait alors pas correctement ; la
disposition des cellules de Purkinje et lorientation des neurones pyramidaux deviennent alatoires, et le
cervelet apparat dsorganis et constitu de lembotement de deux couches (un cortex crbelleux
darchitecture normale, mais atrophi, et lintrieur une masse cellulaire comportant la plupart des cellules
de Purkinje mlanges aux cellules des noyaux profonds). Ds les premires semaines, on observe une perte
de 50 % des cellules de Purkinje.
Le gne en cause a rcemment t clon ; il sexprime trs tt au cours du dveloppement et code pour une
protine reelin qui est une grosse protine (400 kDa) de la matrice extacellulaire. Une des mutations
consiste en une dltion dun exon, ce qui aboutit probablement une protine tronque dans sa partie Cterminale ; la protine est alors retenue dans le RER o elle saccumule.
Le dveloppement du cervelet est normal chez lhtrozygote.
Ces mutants constituent de bons modles pour tudier limplication du gnotype dans la mise en place des
rseaux neuroniques et donc du fonctionnement du systme nerveux.
110

Les donnes proposes sur les phnotypes mutants crbelleux chez la Souris permettent daborder les
notions suivantes :
le gnotype dtermine le phnotype molculaire, lui-mme responsable du phnotype clinique ;
un mme phnotype clinique peut correspondre plusieurs gnotypes.

Cet exemple peut tre utilis pour btir un exercice permettant aux lves de mobiliser les connaissances et
mthodes de travail acquises propos de ltude dautres exemples de phnotypes alternatifs.
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Gnotype, environnement et fonctionnement du systme
nerveux/Les phnotypes mutants crebelleux staggerer et reeler permet datteindre :
- Polymorphisme gne Rora/mutation staggerer qui charge le fichier mutationStaggerer.edi affichant les squences
nucliques strictement codantes de lallle normal (allleRORa Norm) et de lallle mut staggerer (allleRORa
staggerer) du gne codant pour la protine ROR alpha ; squences protiques correspondantes (ProtRORa Norm et
ProtRORa staggerer) ;
- Polymorphisme gne Reelin/mutation reeler qui charge le fichier mutationReeler.edi affichant les squences
nucliques strictement codantes de lallle normale (allle reelin normal) et de lallle mut reeler (allle reeler) ;
squences protiques correspondantes.
Documents fournis
Le dveloppement de larborescence de Gnotype, environnement et fonctionnement du systme nerveux de la
banque de documents permet datteindre Les phnotypes mutants crebelleux staggerer et reeler pour charger les
fichiers :
- cervelet.jpg qui prsente la dissection dun Souris normale montrant les centres nerveux et permettant de localiser le
cervelet ; la photo lgende est accompagne dun petit texte prcisant le rle du cervelet ;
- coupecervelet.jpg qui prsente la coupe de cervelet (coloration la thionine phnique) permettant de voir son
organisation et schma de lorganisation tissulaire du cortex crbelleux ; la photo et le schma sont accompagns
dun petit texte insistant sur les points importants de lorganisation du cortex crbelleux ;
- staggerercervelet.bmp qui montre la comparaison des cervelets de Souris normale et de Souris mutante staggerer en
vue externe et en coupe parasaggitale (coloration la thionine phnique) ;
- reelercervelet.bmp qui montre la comparaison des cervelets de Souris normale et de Souris mutante reeler en vue
externe et en coupe parasaggitale (coloration la thionine phnique) ;
- phenotypestaggerer.bmp qui affiche un texte de description du phnotype des mutants staggerer ;
- phenotypereeler.bmp qui affiche un texte de description du phnotype des mutants reeler ;
- geneStaggerer.bmp qui affiche un texte prsentant le gne mis en cause chez les mutants staggerer ;
- geneReeler.bmp qui affiche un texte prsentant le gne mis en cause chez les mutants reeler.
NB : Pour comparer les allles dont la diffrence de taille est importante, il est prfrable dutiliser le mode de
comparaison alignement avec discontinuits .
Les phnotypes peuvent tre dfinis plusieurs niveaux
Phnotype mutant staggerer
Phnotype mutant reeler
Phnotype clinique
Ataxie grave cervelet de taille Ataxie grave cervelet de taille

nettement infrieure la
nettement infrieure la
normale
moyenne
Phnotype cellulaire
Nombre trs rduit de cellules

de Purkinje, celles qui sont
prsentes ayant un arbre
dendritique trs rduit.
Dsorganisation du cervelet.
Perte de 50 % des cellules de

Purkinje ds le premier mois.
Dsorganisation du cervelet.
Phnotype molculaire
Protine ROR alpha (facteur de

transcription) anormale
Protine Reelin anormale
111
ANAGNE
Dterminisme gntique chez le mutant staggerer
Lallle RORa staggerer diffre beaucoup de lallle RORa Norm : il ne possde que 1 452 nuclotides au lieu
de 1 572 chez lallle RORa Norm. La mutation consiste donc en une grosse dltion de toute une squence de
120 nuclotides. Cet allle mut code donc pour une protine RORa tronque donc non fonctionnelle. Cette
protine tant indispensable la mise en place et lorganisation du cortex crebelleux, et surtout au bon
dveloppement des cellules de Purkinje (cellules jouant un rle fondamental dans le cervelet), le cervelet de
ces mutants sera dsorganis. Cet organe ayant un rle important dans le maintien de la posture et le contrle
des mouvements, les Souris mutantes staggerer auront donc des mouvements dsordonns, et prsenteront
une ataxie importante.
Dterminisme gntique chez le mutant reeler
Lallle reeler diffre beaucoup de lallle reelin normal : il est beaucoup plus court. Cet allle code donc pour
une protine reelin tronque donc non fonctionnelle. Cette protine tant indispensable la bonne disposition
des cellules lors du dveloppement du cervelet, le cervelet de ces mutants sera dsorganis. Cet organe ayant
un rle important dans le maintien de la posture et le contrle des mouvements, les Souris mutantes staggerer
auront donc des mouvements dsordonns, et prsenteront une ataxie importante.
Un mme phnotype clinique peut correspondre plusieurs gnotypes
Les Souris mutantes staggerer et reeler prsentent pratiquement les mmes symptmes (ataxie svre) et ont
toutes deux un cervelet de taille rduite et mal organis. Pourtant, leur gnotype est diffrent, puisque ce ne
sont pas les mmes gnes qui sont en cause dans les deux cas (gne RORa pour les mutants staggerer et gne
Reelin pour les mutants reeler).
Ces donnes apportent aussi des arguments en faveur dune influence du gnotype sur la mise en place des
rseaux de neurones et le fonctionnement du systme nerveux, et peuvent donc tre aussi utilises dans la
partie du programme intitule La part du gnotype et la part de lexprience individuelle dans le
fonctionnement du systme nerveux .
112
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE TERMINALE

SRIE S
Les squences et documents runis peuvent tre utiliss pour construire les notions des diverses parties du
programme de biologie de terminale S. Certaines de ces squences sont galement fournies dans le logiciel
Phylogne et sont susceptibles dtre traites laide de fonctions propres ce logiciel, comme celle de
construction darbre par exemple. Les deux logiciels sont donc complmentaires.
1 - Pour la partie Parent entre tres vivants actuels et fossiles , le choix des molcules permet de
rechercher les relations de parent au sein densembles plus ou moins tendus. Ainsi, le gne CDC2 qui code
pour un polypeptide jouant un rle majeur dans la ralisation du cycle cellulaire peut tre utilis pour les
relations de parent au sein des eucaryotes. Les gnes homotiques permettent de rechercher les parents
chez les mtazoaires bilatraliens. Les gnes codant pour les globines alpha et bta se prtent
ltablissement de phylognies chez les Vertbrs et le gne codant pour le pigment visuel de courte
longueur donde (opsine S ou bleue ) peut tre utilis pour prciser les relations de parent chez les
Primates. Enfin, la banque contient des squences de lADN mitochondrial de Primates actuels et de
lHomme de Neandertal. Ces squences peuvent servir pour prciser les relations de parent chez les
Primates mais surtout avec lexploitation de lADN fossile des neandertaliens permettent de discuter des
relations entre lHomme de Neandertal et Homo sapiens.
2 - En ce qui concerne la partie Stabilit et variabilit des gnomes et volution , les squences et
documents fournis permettent denvisager les diffrents types dinnovations gntiques et les mcanismes
susceptibles dassurer leur maintien dans les populations.
Lexemple des globines, classique mais trs document, est le plus riche et peut tre utilis pour tablir les
principales notions. En effet, lanalyse des divers allles du gne bta conduit faire le point sur les
diffrents types de mutations ponctuelles et celle des gnes codant pour les diffrentes chanes de globine
permet dtablir la notion de famille multignique et donc celle de production de nouveaux gnes par
duplication. La comparaison des squences du gne alpha ou bta chez diffrentes espces ou celle des
diffrents gnes de la famille multignique dans lespce humaine mettent en vidence des sites conservs
et des sites forte variabilit. Linterprtation de ces sites laide des documents fournis conduit aux ides
de conservation de mutations neutres (par drive gnique) et dlimination des mutations affectant la
fonction des globines. Enfin, lexemple classique de lavantage procur par la possession de lallle HbS
chez les htrozygotes en rgion paludenne, permet de comprendre la permanence et lextension dun
allle par slection naturelle dans certaines conditions denvironnement.
Les exemples des gnes codant pour lalpha-antitrypsine et la G6PD permettent aussi dtablir les
diffrents types de mutations ponctuelles et surtout dtablir des filiations entre allles et donc de
reconstruire au moins en partie lhistoire dun gne au sein des populations humaines.
En outre, grce la riche documentation associe, lexemple de la G6PD renforce celui de lhmoglobine S
pour faire saisir comment dans certaines conditions denvironnement, certains allles se rpandent par
slection positive dans certaines populations.
Limportance du processus de duplication suivi de mutations ponctuelles des gnes dupliqus peut tre
apprhende partir de divers exemples de familles multigniques : celle des opsines chez les Primates (
lorigine de la possibilit de vision des couleurs), celle des hormones hypophysaires LH, FSH, TSH et
placentaire HCG, celle des hormones hypophysaires Gh (hormone de croissance), HPRL (prolactine) et
HLP (hormone lactogne placentaire).
Enfin, un des exemples les plus remarquables associant innovations gntiques et slection naturelle est
celui de lacquisition de la rsistance aux insecticides par les Moustiques. Sans traiter compltement le
problme, on y voit comment des duplications de gnes codant pour les estrases, enzymes capables de
dgrader les insecticides organophosphors, arrivent se rpandre dans les rgions o lpandage de ces
insecticides a t important de sorte quune grande partie de la population de Moustiques est devenue
rsistante.
113
ANAGNE
3 - Pour la partie Procration , les documents fournis sont relatifs des cas cliniques dinfertilit due des
allles muts de gnes intervenant soit dans la diffrenciation sexuelle au cours de la vie embryonnaire ou
ftale, soit dans la commande hormonale de lappareil gnital la pubert. Les donnes morphologiques,
anatomiques et les tests biologiques doivent permettre de faire des hypothses sur le gne en cause dans les
diffrents cas cliniques. Les squences des allles des diffrents gnes prsents chez lindividu compares
celles dallles fonctionnels de rfrence permettent de tester les hypothses mises.
4 - Pour la partie Immunologie , les squences fournies sont celles des chanes lourdes et lgres
dimmunoglobulines anti VIH. La comparaison des squences de ces chanes permet de dgager la notion de
partie constante et de partie variable de chaque type de chane et donc de faire lhypothse que la spcificit
des anticorps est lie aux rgions variables (et plus prcisment aux zones hypervariables). Cela peut tre test
laide du logiciel Rasmol ou RasTop qui permet de localiser sur la structure spatiale dune immunoglobuline
les sites de fixation antignique et de constater quils correspondent aux rgions hypervariables des chanes
dimmunoglobulines. Un travail du mme type peut tre conduit partir des squences des rcepteurs des
lymphocytes T.
5 - En ce qui concerne lEnseignement de spcialit, la banque de donnes fournit des squences relatives
une famille o des individus sont albinos. Lexemple est relativement complexe dans la mesure o lalbinisme
dans larbre gnalogique fourni a pour origine deux gnes diffrents, mais il est possible davoir une
dmarche trs progressive. Surtout, les donnes fournies permettent de saisir comment agissent les enzymes
de restriction et comment les fragments dADN obtenus par laction de ces enzymes peuvent tre spars par
lectrophorse.
114
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE TERMINALE, SRIE S
PARENT ENTRE TRES VIVANTS ACTUELS ET FOSSILES PHYLOGENSE, VOLUTION

Gne CDC2
Des informations complmentaires sont disponibles sur le site bmedia :
http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/cyclecellBM/index.htm
Le cycle cellulaire
Un cycle cellulaire constitu dune interphase et dune mitose est observable chez tous les eucaryotes.
Linterphase comprend elle-mme trois phases : la phase G1 (ou Gap 1), la phase S (rplication de lADN) et la
phase G2 (ou Gap 2). La dure totale dun cycle cellulaire varie beaucoup dune cellule lautre. La dure de
chacune des phases du cycle cellulaire peut tre calcule si lon connat le pourcentage de cellules en phases S
(incorporation de BrdU), G1 et G2 (estimation de la quantit moyenne dADN par noyau) et la dure moyenne
du cycle cellulaire (elle peut tre calcule par une exprience dincorporation de thymidine tritie suivie dune
autoradiographie : la dure du cycle cellulaire tant gale au temps ncessaire pour obtenir tous les noyaux
marqus). Des mesures effectues chez diffrents organismes montrent que, dune faon gnrale, la phase G1
a la dure la plus variable du cycle cellulaire, et cette variabilit est responsable des diffrences de dure des
cycles cellulaires observs.
La mise en vidence dun contrle du cycle cellulaire
Cette mise en vidence sest faite tout dabord chez les Levures (Saccharomyces cerevisiae, Levure
bourgeonnante, et Schizosaccharomyces pombe, Levure fissipare). Ltude des mutants prsentant des
perturbations du cycle cellulaire a permis la dcouverte de gnes codant pour des protines impliques dans
le contrle du cycle cellulaire. Ces protines tant trs conserves au cours de lvolution, on les a ensuite
recherches dans les cellules de Mammifres et dautres Vertbrs, ce qui a permis didentifier les gnes
impliqus dans le contrle du cycle cellulaire chez lHomme, la Souris, le Xnope, etc.
Les mutations tudies chez les Levures
S. cerevisiae et S. pombe ont des cycles cellulaires similaires. Leur reproduction possible ltat haplode a
facilit ltude des mutations. Dautre part, pour maintenir une taille moyenne constante, la dure du cycle
cellulaire doit galer la dure de croissance ncessaire au doublement de la taille de la cellule. Or, la croissance
cellulaire dpend beaucoup des nutriments disponibles dans lenvironnement ; il existe donc un contrle du
cycle cellulaire en fonction de la taille cellulaire chez les Levures : la cellule ne pourra se diviser que si elle a
acquis une taille suffisante. Des mutations dans les gnes responsables de ce contrle entranent lexistence de
cellules de taille anormale, trop grandes ou trop petites.
Les mutations de deux types de gnes ont t tudies :
celles des gnes cdc (Cell division cycle) qui codent pour des protines kinases qui, en association avec des
cyclines spcifiques, dclenchent le passage dun stade du cycle cellulaire au suivant (par exemple, le
passage du stade G2 au stade M pour la protine kinase code par le gne cdc2). Les mutations de ces
gnes qui ont t le plus utiles pour dcrypter le cycle cellulaire sont des mutations conduisant des
Levures dont le phnotype est conditionnel : la protine mutante est fonctionnelle uniquement dans
des conditions spcifiques. La plupart des mutants sont thermosensibles : la protine mutante nest pas
fonctionnelle temprature leve mais permet le droulement du cycle cellulaire basse temprature.
Une souche cellulaire de mutant cdc2 thermosensible peut donc pousser uniquement basse temprature,
condition permissive ;
celles des gnes qui codent pour des protines qui agissent sur les protines codes par les gnes cdc soit
en les inhibant, soit en les activant (par phosphorylation ou dphosphorylation). Lexpression de ces gnes
dpend de facteurs divers, notamment de la taille de la cellule. Par exemple, le gne wee code pour une
protine qui inhibe la protine kinase code par le gne cdc2. Tant que cette protine inhibitrice est
produite, le passage du stade G2 au stade M ne peut avoir lieu. Lorsque la taille de la Levure est
suffisante, le gne wee cesse de sexprimer et lentre en mitose peut avoir lieu. Un mutant wee dficient
ne bloque pas la protine kinase code par cdc2 de sorte que la levure entre en mitose de faon
prmature (Levures fissipares de petite taille ; voir le thme de seconde).
115
ANAGNE
Cest chez la Levure fissipare (S. pombe) que le gne cdc2 a t dcouvert. Une mutation de ce gne empche la
mitose : il provoque un arrt du cycle en empchant lentre en phase G1 ou le passage G2/M (lactivit mme
du gne cdc2 est rgule par les produits de lexpression dautres gnes, notamment les gnes wee1, cdc25 et
cdc1). Chez la Levure bourgeonnante, le gne cdc28 est quivalent au gne cdc2 de la Levure fissipare (on
regroupe maintenant les deux protines produites par chacun de ces gnes cdc2 et cdc28 sous le terme
p34cdc2).
Les points de contrle du cycle cellulaire
Il existe trois points de contrle principaux :
au dbut de la phase G1 : les facteurs de croissance et les nutriments doivent tre prsents, la taille de la
cellule doit tre suffisante, pour que le cycle se poursuive ;
au niveau du passage S/G2 : les cellules stoppent leur cycle cellulaire si lADN est incompltement
rpliqu ou endommag et le reprenne aprs rparation ;
au cours de la mitose, la fin de la mtaphase : les cellules vrifient que les chromosomes sont
correctement attachs aux fibres du fuseau avant que ne dmarre la sparation des chromatides.
(Si des dommages dans lADN ou les chromosomes sont constats et quils ne sont pas rparables, la cellule
sengage sur la voie de lapoptose ou mort cellulaire programme.)
Ces points de contrle agissent sur la poursuite ou non du cycle cellulaire par lintermdiaire de protines
kinases cyclines dpendantes. Celles-ci rsultent de lassociation de protines kinases (cdc ou cdk) avec des
cyclines. Il existe de trs nombreuses cyclines, et leur taux varie beaucoup au cours du cycle comme leur nom
lindique ; ce taux rsulte du bilan entre leur synthse et leur dgradation. Le taux de protines kinases cdk
(ou cdc) est au contraire relativement constant.
La succession des vnements qui aboutit la division cellulaire est donc en grande partie dtermine par
lexpression squentielle des cyclines ; elles agissent pour initier les phases du cycle cellulaire et aussi pour
terminer ces phases.
Lactivit des protines kinases cyclines dpendantes est ainsi rgle par le niveau dexpression des cyclines,
mais aussi par laction de protines les dphosphorylant ou les phosphorylant et par des protines
inhibitrices, les CKI.
Remarques
Les cyclines sont dgrades la fin de la phase dans laquelle elles interviennent, ce qui vite la cellule de
reprendre la mme phase et impose une progression du cycle cellulaire.
Une carence en nutriments rduit la synthse des cyclines cln par rapport leur taux de dgradation, ce qui
rduit leur concentration qui devient alors infrieure au seuil ncessaire pour entraner lactivit de la protine
kinase cdc2 (ou p34cdc2). Cest ainsi que lenvironnement peut intervenir sur la dure du cycle cellulaire chez
la Levure S. cerevisiae.
116
Les cdk sont donc des enzymes qui catalysent la phosphorylation de protines cibles jouant un rle dans les
vnements du cycle cellulaire : fragmentation de lenveloppe nuclaire, compaction des chromosomes, etc.
De cette phosphorylation rsulte un changement de conformation de ces protines cibles qui entrane des
proprits nouvelles.
Chez les Levures
Les tudes ralises chez la Levure bourgeonnante (S. cerevisiae) montrent que selon les phases du cycle, ce
nest pas la mme cycline qui sert dactivateur de la protine kinase cdc2 (ou cdk1) :
cyclines cln 1, cln 2 cln 3 pour pouvoir dmarrer la phase G1 (complexe cdc2/cln1, cdc2/cln2, cdc2/cln3) ;
cyclines clb 1, clb 2, clb 3, clb 4 pour finir la mitose (complexe cdc2/clb1, cdc2/clb2, cdc2/clb3,
cdc2/clb4) ;
Chez la Levure S. pombe, elle est implique dans le dmarrage du cycle en G1 et dans la transition G2-M.
Chez la Drosophile, le Xnope et les Mammifres
Plusieurs associations cycline/protine kinase contrlent le cycle cellulaire :
cdk4/cycline D et cdk2/cycline E pour pouvoir dmarrer la phase G1 ;
cdk2/cycline A pour entrer en phase S ;
cdk1/cycline B pour entrer en mitose. Lactivit du complexe cdk1/cycline B permet la condensation de

lADN, le dsassemblage de lenveloppe nuclaire et le rarrangement du cytosquelette. En fin de mitose,
linactivation de ce complexe par dautres protines kinases (wee1, myt 1) permet la fin de la mitose.
Le gne cdc2 (ou cdk1)

Le gne cdc2 (cell division cycle), chez la Levure, ou cdk1 (cyclin dependant kinase), chez les Vertbrs, code pour
une protine kinase cycline dpendante, cest--dire qui a besoin, pour tre active, de se lier une cycline.
Il est prsent chez tous les Eucaryotes et il a t isol et squenc chez de nombreux organismes unicellulaires
ou pluricellulaires. Lhomologie est trs importante entre tous ces gnes.
Dautre part, des expriences de transgense ont montr que le gne cdc2 dune espce, transfr dans une
cellule dune autre espce, peut y rgir le cycle cellulaire : ainsi, des Levures thermosensibles de la souche
Schizosaccharomyces Pombe dans lesquelles on a transfr le gne cdc2 humain deviennent capables de se
diviser des tempratures leves.
Ces observations et expriences sont en faveur dune origine commune et ancienne des mcanismes de
contrle du cycle cellulaire et mettent en vidence la grande unit du monde vivant.
Les travaux sur le gne CDC2 et sur les autres gnes rgulateurs du cycle cellulaire ont valu P. Nurse,
L. Harwell et T. Hunt le prix Nobel de mdecine 2001.
117
ANAGNE

Les donnes molculaires peuvent tre utilises pour tablir des relations de parent entre les tres vivants.
Ces donnes savrent bien utiles, notamment quand les autres types de donnes (anatomiques,
morphologiques ou embryologiques) ne sont pas utilisables ; cest le cas notamment lorsque lon veut prciser
des relations de parent entre des organismes trs diffrents.
Le gne CDC2 est prsent chez tous les organismes eucaryotes, et lutilisation de donnes relatives cet
exemple sensibilise lide que les mcanismes fondamentaux de la vie cellulaire sont partags par tous les
organismes eucaryotes.
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Parent entre tres vivants actuels et fossiles Phylogense,
volution/Relations de parent au sein du vivant/Gne CDC2 permet datteindre :
- Gne CDC2 chez diffrentes espces qui charge le fichier genescdc2.edi affichant les squences nucliques
strictement codantes du gne CDC2 chez quelques tres vivants : Levure, Arabette, Chou, Bl, Mas, Drosophile,
Homme, Xnope, Rat, Souris, Poisson rouge, Grenouille, Poulet, toile de mer, Oursin ;
- Protine CDC2 chez diffrentes espces qui charge le fichier protCDC2.edi affichant les squences protiques du
CDC2 correspondant aux squences nucliques.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Parent entre tres vivants actuels et fossiles Phylogense,
volution/Relations de parent au sein du vivant permet datteindre Gne CDC2 pour charger le fichier cdc2.bmp
affichant un texte prsentant limportance du gne CDC2 et prcisant son rle. Ce document apporte un argument
supplmentaire lunit du vivant en voquant des expriences de transgense russies.
La prsence du gne CDC2 chez tous ces tres vivants traduit une origine commune. La comparaison deux
deux des squences nucliques dune part et protiques dautre part permet dtablir le tableau prsent la
page suivante.
118
Arabette
100
Bl
82,7
100
Chou
96,3
82
100
Drosophile
62
60,9
63
100
toile
de mer
63,3
62,7
63,3
69
100
Grenouille
58,3
57
57,9
62,9
65,2
100
Homme
65,7
63,6
66
71,7
74,1
78,8
100
Levure
62,6
62,6
63
60,6
63
58,9
63,6
100
Mas
81,6
92,9
81
61,6
63,3
59,5
64,6
63,3
100
Oursin
60,5
60,1
61,1
68,4
75,1
64,1
72,1
59,8
60,1
100
Poisson
rouge
63,9
63,6
64,6
69,2
74,8
77,2
82,8
61,9
63,9
70,2
100
Poulet
65,3
62
64,4
69
71,6
77,9
91,4
62
62,4
70
82,8
100
Rat
65,3
64
65,7
71,7
73,7
79,1
97,6
64
63,6
72,7
83,8
91,6
100
Xnope
65,2
62,9
64,6
68,9
71,5
87,7
86,8
61,9
63,6
71,2
84,8
87,4
85,4
Xnope
Rat
Poulet
Poisson
rouge
Oursin
Mas
Levure
Homme
Grenouille
toile de mer
Drosophile
Chou
Bl
Arabette
100
Matrice des identits (en %) entre les protines cdc2 fournies (obtenue partir dun alignement avec discontinuit)
NB : Ces rsultats ont t obtenus en choisissant une squence de rfrence (la premire) et en maintenant
toutes les autres dans lordre alphabtique des noms. Du fait de lalgorithme de comparaison, ces rsultats
peuvent tre lgrement diffrents de ceux obtenus par comparaison des squences deux deux.
Remarques
Dun point de vue pratique :

pour obtenir le degr didentit entre les squences compares, il faut cliquer dans la premire case de la
ligne traitement, de faon y faire apparatre la petite flche rouge. Il faut ensuite cliquer sur licne avec
un I qui donne linformation sur la ligne pointe. Le degr didentit est exprim en pourcentage.
Dun point de vue conceptuel :

pour tablir une phylognie partir de donnes molculaires, on commence toujours par relier les
lments qui sont le plus proches, qui prsentent le moins de diffrences, car ce sont eux qui ont lanctre
commun le plus rcent.
La prise en compte du degr didentit permet ensuite de prciser les parents entre ces molcules, donc entre
les organismes qui les possdent. On applique alors une mthode phntique, base sur le seul nombre
didentits, sans tenir compte dune quelconque polarit des tats. Le raisonnement est le suivant : les
diffrences constates sont dues des mutations ; or ces mutations saccumulent au cours du temps et on peut
donc considrer que plus il y a de diffrences, et plus de temps sest coul depuis le dernier anctre commun,
119
ANAGNE
et inversement ; donc, on peut finalement dire que plus le degr didentit est important et plus la parent est
grande.
partir de ces matrices, on peut construire un arbre phylogntique semblable au suivant obtenu avec le
logiciel Phylogne (reprsentation par la mthode UPGMA) :
La construction manuelle dun tel arbre serait longue et fastidieuse. On peut se limiter un choix despces en
fonction de problmes rsoudre :
- rechercher qui des Insectes ou des chinodermes sont les plus proches parents des Vertbrs ;
- tablir les relations de parent entre les quatre plantes fleurs et voir si elles confortent le
rangement de ces plantes dans deux groupes, les Crucifres et les Poaces (Gramines), groupes
tablis partir des caractristiques des Fleurs notamment ;
- rechercher si la classification des Vertbrs partir de ces donnes molculaires est conforme
celle obtenue partir de donnes morphologiques et anatomiques.
120
Gnes homotiques
Cf. page 45 (classe de seconde)

Lexploitation des donnes sur les homobotes et les homodomaines des gnes homotiques permet daborder
la notion dunit du vivant et dtablir des relations de parent entre certains organismes. Ainsi, des parents
pourront tre tablies entre des organismes trs diffrents tels un Vertbr, un Arthropode, un Crustac ou un
Ver parasite, alors que les donnes anatomiques et morphologiques taient difficilement utilisables.
volution/Relations de parent au sein du vivant/Gnes homotiques pour accder :
- Homobox (nuclique) afin de charger les divers fichiers Bx-box.edi affichant les squences nucliques des
homobotes de quelques gnes homotiques de Drosophile (Antp, Dfd, Lab, Scr, Pb, Ubx, AbdA, AbdB), dHomme
(Hox B4, B6, B7, B9, C6), de Souris (Hox B4, B6, B7, B9, C6), de Xnope (Hox B4, B7) ;
- Homodomaine (protique) afin de charger les divers fichiers Bx-domaines.edi affichant les squences des
domaines protiques de quelques gnes homotiques de Drosophile (gnes AbdA, AbdB, Antp, Lab, Scr, Dfd, Pb et
Ubx), de Souris (Hox B4, B6, C6, B7, B9), dHomme (Hox B4, B6, C6, B7, B9), de Xnope (Hox B4, B7, B9), de Sacculine
(AbdB, Antp) et de Dicyemie (Antp).
La Souris et lHomme sont des Vertbrs mammifres, le Xnope est un Vertbr amphibien, la Drosophile est un
Arthropode Insecte, la Sacculine est un Arthropode crustac, le Dicyemie est un animal parasite des Calmars et des
Pieuvres, trs spcialis, Mtazoaire du groupe des Lophotrochozoaires (ce groupe inclut les Annlides, les
Brachiopodes, les Mollusques et les Bryozoaires).
Documents fournis
volution/Relations de parent au sein du vivant/Gnes homotiques permet datteindre :
- Mutants homotiques de Drosophile qui charge le fichier phenotypeshomeo.jpg prsentant la description des
phnotypes de mutants homotiques permet de comprendre laction des gnes homotiques. Ces mutations
entranent la formation dun organe parfaitement constitu, mais pas au bon endroit. Les gnes homotiques sont
donc des gnes qui vont intervenir au cours du dveloppement embryonnaire pour permettre la mise en place des
diffrents organes. Ils sont responsables de ldification du plan dorganisation de lorganisme ;
- Localisation chromosomique qui charge le fichier chromosomeshomeo.jpg affichant la disposition des gnes sur les
chromosomes et permettant de faire plusieurs constats : les gnes sont organiss en complexes (un complexe de
gnes disposs en deux groupes appels parfois complexes antennapedia et bithorax, situs sur le mme
chromosome chez la Drosophile, et quatre complexes situs sur des chromosomes diffrents chez la Souris), la
disposition des gnes sur les chromosomes correspond la disposition des rgions dexpression de ces gnes dans
lorganisme, il y a une correspondance qui a pu tre tablie entre les gnes de la Drosophile et les gnes de la Souris
(ces correspondances sont indiques par les couleurs) ;
- Exprience de transgense qui charge le fichier transgenese.bmp : ces expriences de transgense russies sont un
argument supplmentaire en faveur de lhomologie des gnes homotiques de Vertbrs et dArthropodes, et donc
de lunit du vivant ;
- Complexe Homeodomaine/ADN qui charge le fichier complexeADNHomeo.jpg illustrant le mode daction des
gnes homotiques. La figure permet de comprendre comment agissent les gnes homotiques : ils codent pour une
protine dont une partie, appele homodomaine, est capable de se fixer sur lADN, permettant ainsi la rgulation de
lexpression de certains gnes.
On se limite ici aux squences nucliques des homobotes et des squences protiques des homodomaines car
leur similitude est trs grande dun gne homotique lautre, alors que cette homologie est impossible mettre en
vidence si lon compare les squences codantes entires de ces gnes (ou les protines entires). En fait, les gnes
homotiques ne se ressemblent quau niveau des homobotes codant pour les homodomaines protiques. Dune
faon gnrale, les conclusions obtenues seront les mmes, que lon travaille sur la comparaison des squences
protiques des homodomaines ou sur la comparaison des squences nucliques des homobotes.
Cette similitude de squences suggre une origine commune, cest--dire une squence ancestrale commune,
donc une origine commune pour les tres vivants qui les possdent, cest--dire lHomme, la Souris, le
Xnope, la Drosophile, la Sacculine et le Dicyemie.
121
ANAGNE
Au-del de lide dorigine commune des animaux, cette similitude permet dimaginer une apparition trs
prcoce des gnes gouvernant la mise en place du plan dorganisation.
On compare les gnes qui sont quivalents chez la Drosophile et les Vertbrs. Ces quivalences
peuvent tre repres sur le document prsentant la disposition des gnes homotiques chez la Drosophile et
chez la Souris. Ainsi, on pourra comparer le gne Dfd de la Drosophile avec les gnes hoxA4, B4, C4 et D4 des
Vertbrs, le gne Ubx de la Drosophile avec les gnes A7 et B7 le gne Antp avec les gnes A6, B6 et C6.
Comparaison des domaines protiques

Rsultat des comparaisons des domaines protiques cods par les gnes Dfd de Drosophile et Hox-B4 de trois
Vertbrs : on obtient 86,7 % didentit globale.
Le tableau ci-dessous prcise les identits entre les squences prises deux deux :
DP-B4 Homme
DP-B4 Homme
100 %
DP-B4 Souris
DP-B4 Xnope
DP-B4 Souris
100 %
100 %
DP-B4 Xnope
95 %
95 %
100 %
DP-Dfd Drosophile
88,3 %
88,3 %
88,3 %
DP-Dfd
Drosophile
100 %
Rsultat des comparaisons des domaines protiques cods par les gnes Ubx de Drosophile et Hox-B7 de trois
DP-B7 Homme
DP-B7 Homme
DP-B7 Souris
DP-B7 Xnope
DP-Ubx
Drosophile
100 %
DP-B7 Souris
98,3 %
100 %
DP-B7 Xnope
96,7 %
96,7 %
100 %
DP-Ubx Drosophile
90 %
88,3 %
88,3 %
100 %
Rsultat des comparaisons des domaines protiques cods par les gnes AbdB de Drosophile et Hox-B9 de trois
DP-B9 Homme
122
DP-B9 Homme
100 %
DP- B9 Souris
100 %
DP-B9 Souris
DP-B9 Xnope
DP-AbdB
Drosophile
100 %
DP-B9 Xnope
95 %
95 %
100 %
DP-AbdB Drosophile
70 %
70 %
70 %
100 %
Si lon applique la mthode phntique au traitement de ces donnes, on peut prciser les parents entre les
tres vivants concerns : la plus grande parent tant entre Souris et Homme, puis avec le Xnope, et enfin
avec la Drosophile. On peut alors tablir la phylognie suivante :
La comparaison des squences des homodomaines des gnes Hox B6 de lHomme et de la Souris avec les
gnes Antp de la Drosophile, de la Sacculine et du Dicyemie permet quant elles dtablir des parents entre
des animaux appartenant des groupes trs loigns.
Rsultat des comparaisons des domaines protiques cods par les gnes Hox B6 de lHomme et de la Souris
avec ceux cods par les gnes Antp de la Drosophile, de la Sacculine et du Dicyemie : on obtient 71,7 % didentit
globale.
DP-B6 Homme
DP-B6 Souris
DP-Antp
Drosophile
DP-Antp
Sacculine
DP-B6 Homme
100 %
DP-B6 Souris
100 %
100 %
93,3 %
93,3 %
100 %
93,3 %
73,3,3 %
100 %
100 %
73,3 %
73,3 %
75 %
75 %
DP-Antp
Drosophile
DP-Antp
Sacculine
DP-Antp
Dicyemie
DP-Antp
Dicyemie
100 %
Lexploitation des valeurs de ce tableau permet dtablir la phylognie suivante :
123
ANAGNE
Relations de parent au sein des Vertbrs
Globines alpha et bta
Prsentation des globines humaines et des gnes qui les codent
Les globines humaines reprsentent dune part les globines qui constituent lhmoglobine et dautre part la
myoglobine prsente dans les cellules musculaires.
Les globines qui constituent les hmoglobines
Toutes les hmoglobines humaines sont constitues de quatre chanes polypeptidiques de globines identiques
deux deux.
Chaque molcule dhmoglobine est un ttramre form par lassociation de quatre chanes polypeptidiques
identiques deux deux. Chaque chane adopte une conformation spatiale lui donnant une forme globuleuse et
mnageant une poche superficielle dans laquelle se trouve log le groupement hme (non protique).
Chaque globine prsente sept ou huit secteurs en forme dhlice droite relis par des segments comportant
parfois des coudes :
Modlisation de la globine bta humaine
124
Ltre humain, au cours de sa vie, produit plusieurs globines diffrentes :
Bien que nayant pas la mme longueur (141 acides amins pour les globines alpha 1 et alpha 2, thta et zta,
146 acides amins pour les globines bta, gamma, delta, epsilon, gamma A et gamma G), toutes ces globines
sont fonctionnelles et ont un rle semblable (fixation et transport du dioxygne grce au groupement hme).
Avant la naissance, les hmaties du ftus contiennent de lhmoglobine ftale constitue de deux chanes de
globine alpha et de deux chanes de globine gamma. Aprs la naissance, les hmaties contiennent de
lhmoglobine adulte A, trs largement majoritaire (97 %), de lhmoglobine D (2 %) et de lhmoglobine F
(environ 1 %). Lhmoglobine A est constitue de deux chanes de globine alpha et de deux chanes de globine
bta. Lhmoglobine D est constitue de deux chanes de globine alpha et de deux chanes de globine delta.
Chaque globine est code par un gne. Les gnes des globines sont rpartis sur deux chromosomes diffrents :
les gnes de type alpha sont regroups sur un chromosome (le chromosome numro 16) ;
les gnes de type bta sur un autre (le chromosome numro 11).
La disposition des gnes de la globine humaine le long des chromosomes correspond lordre dans lequel ils
sont exprims au cours du dveloppement.
Cartes de la famille des gnes codant les chanes de type alpha et bta de lhmoglobine humaine
Les gnes embryonnaires sont reprsents en bleu, les gnes foetaux en vert, les gnes
adultes en jaune et les pseudognes en rouge :
Sur le chromosome 16 on trouve de gauche droite les gnes zta en bleu, fz et fa1
en rouge et alpha1 puis alpha2 et thta en jaune ;
Sur le chromosome 11, on trouve de gauche droite les gnes epsilon en bleu,
Gamma G et gamma A en vert, fb en rouge, delta et bta en jaune.
Les pseudognes ne codent pas pour des protines fonctionnelles ; la maturation de lARNm ou sa
traduction sont bloques.
Tous les Vertbrs lexception des Lamproies et Myxines possdent au moins deux gnes de globine : le gne
bta et le gne alpha. Les protines dalpha globine et de bta globine constituant les molcules dhmoglobine
ont la mme fonction chez tous : la fixation et le transport de dioxygne. Toutes les molcules de bta globine
des Vertbrs sont homologues ; il en est de mme des molcules dalpha globine.
125
ANAGNE

En classe terminale, les parents entre les Vertbrs peuvent tre tablies partir des squences nucliques
et/ou protiques.
Les donnes fournies permettent de prciser les parents entre quelques Vertbrs appartenant diffrents
groupes partir de donnes molculaires. Ces activits de construction de relations de parent partir de
donnes molculaires viennent en complment des activits de construction darbres phylogntiques partir
de donnes anatomiques et/ou morphologiques. Lexploitation des donnes molculaires permet :
de confirmer les relations de parent entre les Vertbrs tablies partir des autres donnes ;
de prciser des relations de parent lorsquil y a discussion (par exemple en ce qui concerne les parents
entre Oiseaux et Reptiles).
volution/Relations de parent au sein des Vertbrs/Globines alpha et bta permet datteindre :
- Globine alpha Vertbrs qui charge le fichier globines-alpha-vertebres.edi affichant les squences protiques des
alpha globines de douze Vertbrs Homme, Bonobo, Gorille, Chien, Poule, Canard, Alligator, Caman, Crocodile,
Triton, Thon, Raie ;
- Globine bta Vertbrs qui charge le fichier globines-beta-vertebres.edi affichant les squences protiques des bta
globines de douze Vertbrs Homme, Bonobo, Gorille, Chien, Poule, Canard, Alligator, Caman, Crocodile, Triton,
Thon, Raie.
Documents fournis
volution/Relations de parent au sein des Vertbrs/Globines alpha et bta permet datteindre Globines en 3D
qui charge le fichier presentationhb.jpg prsentant les molcules de globine alpha et bta.
La comparaison des squences fournies par alignement avec discontinuit permet de remplir une matrice des
similitudes. Les rsultats et conclusions obtenues partir des donnes fournies sont prsents ci-dessous.
partir de la comparaison des alpha globines de quelques Vertbrs
(fichier globines-alpha-vertebres.edi)
Homme Bonobo Gorille
Chien
Homme
100,0
Bonobo
100,0
100,0
Gorille
99,3
99,3
100,0
Chien
83,7
83,7
84,4
100,0
Poule
70,2
70,2
69,5
66,7
Poule
Canard Alligator Caman Crocodile
Triton
Thon
100,0
Canard
71,6
71,6
70,9
70,2
Alligator
66,7
66,7
66,0
63,8
71,6
74,5
100,0
Caman
67,4
67,4
66,7
62,4
73,0
72,3
85,8
Crocodile
68,8
68,8
68,1
66,0
75,9
78,0
87,9
85,1
100,0
Triton
57,4
57,4
57,4
53,2
56,0
55,3
53,9
54,6
56,0
100,0
Thon
54,5
54,5
54,5
52,4
49,7
51,0
53,1
51,7
51,7
45,5
100,0
Raie
45,4
45,4
45,4
45,4
41,1
41,1
44,0
44,0
42,6
37,6
37,6
87,2
100,0
100,0
Matrice des identits (en pourcentage)
126
Raie
100,0
Arbre de parent que lon peut obtenir partir de lexploitation de cette matrice
On constate que cet arbre phylogntique est conforme celui obtenu partir de donnes morphologiques et
anatomiques. Aux nuds successifs de cet arbre, on trouve les anctres communs aux Gnathostomes,
Ostichtyens, Ttrapodes, Amniotes, Mammifres et Archosauriens.
partir de la comparaison des bta globines de quelques Vertbrs
(fichier globines-beta-vertebres.edi)
Homme Bonobo Gorille
Chien
Poule
Canard Alligator Caman Crocodile
Homme
100,0
Bonobo
100,0
100,0
Gorille
99,3
99,3
100,0
Chien
89,7
89,7
90,4
100,0
Poule
69,2
69,2
68,5
71,2
Canard
69,2
69,2
68,5
71,2
97,9
Alligator
48,6
48,6
49,3
50,7
61,6
62,3
100,0
Caman
49,3
49,3
50,0
52,7
57,5
58,2
79,5
Triton
Thon
Raie
100,0
100,0
100,0
Crocodile
54,8
54,8
55,5
55,5
63,7
64,4
80,8
72,6
Triton
46,9
46,9
47,6
46,9
46,9
47,6
44,1
42,8
42,8
100,0
Thon
47,9
47,9
47,3
50,0
54,8
54,8
41,8
41,1
41,1
41,1
100,0
Raie
38,7
38,7
38,7
40,1
42,3
40,8
33,8
33,1
34,5
30,3
38,0
100,0
100,0
Matrice des identits (en pourcentage)
127
ANAGNE
Arbre de parent que lon peut obtenir partir de lexploitation de cette matrice
Larbre obtenu partir des chanes de globine bta des mmes Vertbrs montre certaines des parents
rvles par larbre prcdent (tous les Mammifres groups ensemble, Canard et Poule dans le mme groupe
par exemple). Mais il indique aussi deux diffrences importantes :
le Thon est plus troitement apparent aux Amniotes que le Triton ;
les Oiseaux sont plus troitement apparents aux Mammifres quaux Crocodiliens.
Non seulement larbre obtenu partir des globines bta est diffrent de celui des globines alpha, mais de plus, il nest pas
conforme aux donnes morphologiques et anatomiques. Certaines des informations quil traduit sont considres comme
errones. Cela permet de souligner la limite des informations phylogntiques extraites des donnes molculaires surtout
avec la technique danalyse utilise au lyce qui est phntique, cest--dire base sur le nombre de diffrences ou de
ressemblances entre les molcules. Pour que les informations soient totalement fiables, il faudrait que la vitesse dvolution
des molcules homologues (mutations et fixation des mutations) dans les diffrentes lignes soit exactement la mme. Ce
nest jamais le cas. Lorsque les divergences des lignes sont loignes dans le temps, il est possible quune vitesse plus
grande dans une ligne conduise des rsultats inattendus.
COMPLMENTS
Dautres fichiers comportant un plus grand nombre de squences sont fournis. Ils peuvent tre utiliss pour
crer des sous-ensembles et pour discuter des informations quils fournissent par comparaison une
phylognie reconnue construite patir de donnes morphologiques et anatomiques. Cela peut tre utile aussi
pour faire travailler des groupes dlves sur des exemples diffrents.
volution/Relations de parent au sein des Vertbrs/Globines alpha et bta permet datteindre :
- Globines alpha 10 Vertbrs qui charge le fichier globinesalphareptiles.edi affichant les squences protiques des alpha globines de
dix Vertbrs, dont sept Reptiles (Cobra, Vipre, Iguane, Tortue, Crocodile, Alligator, Caman), deux Oiseaux (Poule, Canard) et un
Batracien (Triton) ;
- Divers alpha globines qui charge le fichier alphaglobinetotal.edi affichant les squences protiques de lalpha globine chez de nombreux
Vertbrs appartenant des classes diffrentes : Mammifres (Homme, Bonobo, Gorille, Panda, Dauphin, Rorqual, Chien, Otarie, Buf,
Yack, Lama, Souris), Oiseaux (Manchot, Poule, Canard), Reptiles Chloniens (Tortue gante), Lpidosauriens (Cobra, Vipre, Liophis,
Iguane), Crocodiliens (Crocodile, Alligator, Caman), Poissons Ostichtyens (Poisson zbre, Thon), Poissons Chondrichtyens (Raie) ;
- Divers bta globines qui charge le fichier betaglobinetotal.edi affichant les squences protiques de la bta globine chez de nombreux
Vertbrs appartenant des classes diffrentes : Mammifres (Homme, Chimpanz, Gorille, Lemur, Rorqual, Dauphin, Chien, Panda),
Oiseaux (Poule, Canard, Cormoran), Reptiles Lpidosauriens (Liophis, Varan), Crocodiliens (Crocodile, Alligator, Caman), Chlonien
(Tortue carette), Amphibiens (Triton, Crapaud, Xnope), Poissons Ostichtyens (Poisson rouge, Thon), Poissons Chondrichtyens (Raie).
128
Relations de parent au sein des Primates
Gne de lopsine S
La rtine humaine est un tissu nerveux qui renferme notamment des cellules photorceptrices de deux types :
les cnes et les btonnets. Les cnes sont responsables de la vision des couleurs ; les btonnets ne permettent
pas la vision des couleurs, mais sont trs sensibles la lumire et permettent une vision en trs faible
clairement.
La vision des couleurs est lie lexistence dans la rtine de trois types cellulaires (les cnes) qui sont des
photorcepteurs synthtisant trois pigments diffrents, des opsines, qui prsentent des niveaux dabsorption
diffrents dans le rouge (opsine rouge ou L), le vert (opsine verte ou M) ou le bleu (opsine bleue ou S). Avec
un seul des pigments, on ne voit pas les couleurs ; la prsence des trois pigments permet une vision
trichromatique.
Les pigments des cellules photorceptrices
Toutes ces cellules contiennent un pigment, de nature essentiellement protique, excitable par des photons. Ce
pigment varie selon le type de cellules photorceptrices :
les btonnets synthtisent un pigment appel rhodopsine (constitue dune opsine et dun groupement
prosthtique, le 11-cis-rtinal li la lysine 216 de la protine, dont le prcurseur est le all-trans-rtinol ou
vitamine A. Un dficit alimentaire en vitamine A conduit ainsi lhmralopie ou ccit nocturne). La
rhodopsine prsente une bande dabsorption large dans la rgion visible du spectre avec un pic 500 nm.
les cnes synthtisent un pigment appel opsine ; il existe trois types de cnes en fonction du pigment
quils synthtisent : les cnes opsine S (Short ou bleue), M (Mdium ou verte) et L (Long ou rouge), ces
diffrentes opsines diffrant par leur spectre dabsorption.
Les spectres dabsorption des trois opsines photorceptrices ont t mesurs en clairant des cnes avec un faisceau de lumire de 1 mm
seulement. Les rponses des diffrents cnes montrent trois groupes : certaines sont excites au maximum par la lumire bleue, dautres
sont excites au maximum par la lumire verte et les dernires par la lumire orange-rouge.
Les cnes S contiennent une opsine ayant un maximum dabsorption dans les courtes longueurs donde du
visible ( opsine S ou bleue ), les cnes M contiennent une opsine ayant un maximum dabsorption dans les
longueurs donde moyennes du visible ( opsine M ou verte ), les cnes L contiennent une opsine ayant un
maximum dabsorption dans les grandes longueurs donde du visible ( opsine L ou rouge ). Bien entendu,
tous les photorcepteurs possdent les mmes gnes codant pour les opsines, mais un seul de ces gnes
sexprime dans un photorcepteur donn.
129
ANAGNE
Les protines photorceptrices des cellules en cne sont, comme lopsine de la rhodopsine, des rcepteurs
sept hlices, et elles contiennent elles aussi le 11-cis-rtinal.
Localisation chromosomique des gnes codant pour les opsines humaines :
Les gnes codant pour les opsines M ou verte et L ou rouge sont situs sur le chromosome X. Le gne codant
pour lopsine S ou bleue est port par le chromosome 7.
Les opsines chez les Primates

Chez les Primates, la vision trichromatique nest possible que dans certains groupes :
les Singes de lAncien Monde (Afrique, Asie et Europe), ou catarhiniens, possdent, comme lHomme :
o le gne de lopsine S (bleue) port par un autosome, codant pour une opsine prsentant un pic
dabsorption 435 nm ;
o le gne de lopsine M (verte) port par le chromosome X, codant pour une opsine prsentant un
pic dabsorption 535 nm ;
o le gne de lopsine L (rouge) port par le chromosome X, codant pour une opsine prsentant un
pic dabsorption 565 nm.
Ces Singes sont donc tous trichromates ;
les Singes du Nouveau Monde (Amrique), ou platyrhiniens, possdent :

o le gne de lopsine S (bleue), situ sur un autosome et codant pour une opsine ayant un pic
dabsorption 430 nm environ ;
o un seul autre gne codant pour une opsine S/M, port par le chromosome X, codant pour une
opsine ayant un pic dabsorption de 530 560 nm. Or il existe trois allles diffrents possibles
pour cette opsine, codant pour des pigments dont les pics dabsorption se situent vers 536 nm,
556 nm, 563 nm.
Chez ces Singes, comme le Samiri par exemple (Singe cureuil), on a ainsi plusieurs phnotypes
possibles pour la vision des couleurs (Singes dichromates ou Singes trichromates), notamment en
fonction du sexe :
o les mles sont tous dichromates : ils possdent le gne de lopsine S, et un seul gne pour une
opsine M/L car ils nont quun seul chromosome X ;
o les femelles, qui possdent deux chromosomes X, peuvent tre dichromates ou trichromates : elles
ont toutes un gne de lopsine S, et possdent un seul allle du gne de lopsine M/L si elles sont
homozygotes, mais en possdent deux si elles sont htrozygotes. Si les deux allles quelles
possdent sont diffrents, elles produiront donc trois opsines diffrentes, ce qui permettra une
vision trichromatique.
On a dautre part rcemment dcouvert que les Singes hurleurs (Alouata seniculus) taient trichromates,
aussi bien les mles que les femelles. Ils synthtisent trois pigments visuels prsentant des pics
dabsorption 430 nm, 532 nm et 562 nm. Cest actuellement le seul Singe du Nouveau Monde pour
lequel on ait dcouvert cette trichromatie.
les Lmuriens : ceux qui vivent la nuit ont une vision en noir et blanc ; ceux qui vivent le jour ont tous une
vision dichromatique. Ils possdent le gne de lopsine S (bleue) sur un autosome, et le gne dune opsine
M/L sur le chromosome X.
130

Il est possible dtablir des relations de parent entre les Primates laide des donnes molculaires
concernant les opsines, et notamment lopsine S (ou opsine bleue). Tous les Primates possdent ce gne, port
par un autosome, et il code pour une opsine ayant toujours un pic dabsorption voisin de 430 nm.
volution/Relations de parent au sein des Primates/Gne de lopsine S (Shortwave - Bleu) permet datteindre
Opsine S bleu Primates qui charge le fichier OpsPrimates.edi affichant les squences protiques des opsines bleues
(ou opsines S) de quelques Primates appartenant des groupes diffrents :
- platyrhiniens : Cebus (Capucin), Samiri (Singe cureuil), Alouate (Singe hurleur) ;
- catarhiniens : Homme, Macaque, Bonobo, Chimpanz, Gorille.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Parent entre tres vivants actuels et fossiles Phylogense, volution/Relations
de parent au sein des Primates/Gne de lopsine S (Shortwave Bleu) permet datteindre Opsine S pour afficher le
fichier Opsine S.bmp prsentant la nature et le rle de lopsine S ainsi que la localisation du gne qui la code.
Les informations tires de la comparaison des squences par alignement avec discontinuits permettent de
construire la matrice des identits suivante (les valeurs sont en pourcentage) :
Homme
Homme
100
Bonobo
100
Bonobo
Chimpanz
Gorille
Macaque
Alouate
Samiri
Cebus
100
Chimpanz
100
100
100
Gorille
99,7
99,7
99,7
100
Macaque
96
96
96
95,7
100
Alouate
92,3
92,3
92,3
92
92,3
100
Samiri
91,7
91,7
91,7
91,4
92,2
97,1
100
Cebus
92,5
92,5
92,5
92,2
92,5
97,7
96
100
partir de cette matrice, on peut tablir la phylognie suivante :
131
ANAGNE
Relations de parent au sein des Hominids -
ADN mitochondrial
Dautres informations sur ce thme peuvent tre trouves sur le site Vie Jussieu dont ladresse est :
http://www.snv.jussieu.fr/vie/documents/adnancient/adnmt.htm
ADN fossile et histoire des Hominins
Un arbre phylogntique des Hominins bas sur lutilisation de caractres morphologiques et anatomiques
peut tre construit avec le logiciel Phylogne.
Les donnes molculaires commencent tre utilises pour aborder certains problmes de lhistoire volutive des
Hominins. Sous ce terme, on dsigne ici les espces appartenant la ligne humaine qui partagent avec Homo Sapiens
un anctre commun qui nest pas celui des Chimpanzs. Lespce humaine est la seule espce dHominins qui existe
aujourdhui. Pour exploiter les donnes molculaires relatives dautres espces, il faut se procurer de lADN de ces
espces, donc recourir de lADN fossile. La premire tude date de 1997 et elle est relative lHomme de Neandertal.
Aprs la mort dun organisme, lADN se dgrade rapidement, surtout si la temprature de la rgion est assez
leve. LADN que lon peut extraire dun fossile se trouve sous forme de courts fragments de quelques
dizaines une ou deux centaines de nuclotides. Au-del de 100 000 ans, il est illusoire de vouloir rcuprer
de lADN utilisable pour dchiffrer une squence. Cela rduit lutilisation de lADN fossile aux priodes les
plus rcentes de lhistoire de la ligne humaine, donc aux espces qui sont contemporaines des premiers
Sapiens. Pour linstant, on na utilis que de lADN de neandertaliens. A priori, il pourrait tre possible
dexploiter lADN de lHomme de Flores qui a vcu jusqu -12 000 ans, bien que les conditions climatiques de
lIndonsie ne soient pas favorables la prservation de lADN. Si cela savrait ralisable, les informations
obtenues pourraient clairer la place controverse de cet Hominin dans lhistoire de la ligne humaine.
Intrt de lADN mitochondrial
Les tudes sur lADN fossile des Hominins ont port sur lADN mitochondrial et non sur lADN nuclaire.
Cela sexplique pour diverses raisons :
presque tout lADN disparat au cours de la fossilisation. Il nen reste que des courts fragments. Le premier
travail consiste amplifier par la technique de la PCR (polymerase chain reaction) un ou plusieurs fragments
qui ont t prservs. Il faut choisir davance ceux que lon recherche dans lextrait fossile. Il y a
gnralement plusieurs centaines de mitochondries par cellule et chacune contient une molcule circulaire
dADN de plus de 16 000 paires de bases. Les squences dADN mitochondrial sont donc au nombre de
plusieurs centaines dans une cellule alors que celles de lADN nuclaire sont au nombre de deux sauf pour
les squences rptes. Il est donc plus probable de trouver dans lADN fossile des fragments dADN
mitochondrial susceptibles dtre amplifis que des fragments dADN nuclaire ;
un autre point important est que lADN mitochondrial volue plus rapidement que lADN nuclaire : les
mutations sy fixent plus rapidement. Pour des priodes relativement courtes imposes par la
prservation de lADN fossile, lADN mitochondrial est donc plus informatif que lADN nuclaire. En
outre, le gnome mitochondrial ne se transmet que de la mre lenfant (les mitochondries du
spermatozode ne contribuent pas au stock initial de mitochondries du zygote). Il ny a donc pas de
recombinaison. Les diffrences entre molcules dADN mitochondrial rsultent uniquement de
mutations ;
le squenage de lADN mitochondrial dun trs grand nombre dHommes actuels a rvl que deux rgions
appartenant la zone de contrle de la rplication de cet ADN prsentent une grande variabilit : ce sont les rgions
hypervariables 1 et 2. Ce sont des fragments de ces rgions hypervariables qui ont t recherchs chez les
neandertaliens.
Objectifs de ltude de lADN mitochondrial fossile

Les recherches sur lADN mitochondrial des neandertaliens ont pour principal objectif de dterminer si ces
Hominins ont pu contribuer au pool gntique des populations de Homo sapiens.
Cette question sinsre dans le problme plus gnral de lorigine des Hommes modernes. Au cours des annes 1980,
deux hypothses extrmes se sont opposes. Selon lhypothse multirgionale, dite encore du candlabre, des
populations dHomo erectus dorigine africaine se sont rpandues travers le monde et ont graduellement et
indpendamment volu pour donner dabord des Homo Sapiens archaques, puis des Hommes modernes. Selon cette
hypothse les Hommes de Neandertal seraient issus dHomo Sapiens archaques europens (les prneandertaliens) et
132
seraient lorigine des Homo sapiens europens et du Proche-Orient. Selon la seconde hypothse, dite de larche de
No, tous les Homos sapiens actuels auraient pour origine une population initiale du proche orient ou dthiopie qui
aurait migr ensuite dans tout le monde. Cette population rsulterait dun processus de spciation, il y a 150 000 ans
environ. Elle se serait ensuite rpandue dans toutes les rgions du monde sans se mtisser avec les populations
dHomo sapiens archaques dj prsentes. Ces Homo sapiens sapiens auraient contribu par des mcanismes mal
lucids la disparition des Homo sapiens archaques, des neandertaliens en Europe.
Aujourdhui, il y a un accord assez gnral pour dire que la premire hypothse, celle du candlabre ne
sapplique pas lEurope. En effet, on ne connat pas de fossiles dHomo permettant dasseoir lhypothse
dune transformation graduelle de lHomme de Neandertal en Homo sapiens. Toutefois, au Proche-Orient, les
populations de neandertaliens ont cohabit pendant plus de 50 000 ans avec celles des premier Homo sapiens ;
en Europe, la cohabitation a dur plus de 10 000 ans (de -40 000 ans -29 000 ans environ, date de disparition
des derniers neandertaliens). Au cours de cette priode de cohabitation, on ne peut exclure des possibilits de
mtissage entre les Hommes de Cro-Magnon et les Hommes de Neandertal. Si tel est le cas, lHomme de
Neandertal appartiendrait la mme espce que lHomme actuel et devrait sappeler Homo sapiens
neandertalensis. En revanche, sil ny a pas eu hybridation, lHomme de Neandertal serait une espce diffrente
de celle de Homo sapiens et mriterait le nom de Homo neandertalensis. Dans ce cas, les neandertaliens
reprsenteraient un cul-de-sac volutif puisque disparus sans laisser de descendance.
Cest la rsolution de cette question, mtissage ou non entre neandertaliens et premiers Hommes modernes,
que visent les tudes sur lADN mitochondrial.
Apports des squences dADN mitochondrial
Cest en 1997 qua t dtermine la premire squence dADN mitochondrial dun neandertalien. Il sagit de
la squence, longue de 379 paires de nuclotides, de la rgion hypervariable 1 de la zone o se trouve lorigine
de la rplication de lADN. Elle a t tablie partir dun extrait dADN du spcimen type de lHomme de
Neandertal, celui de Feldhofer (valle de Neander, Allemagne) dcouvert en 1856. Elle a t compare 994
squences homologues dHommes actuels appartenant diffrentes rgions du monde dont celles de 510
Europens. Le nombre moyen de diffrences entre les squences des Hommes actuels est de huit. Le nombre
moyen de diffrences entre la squence de lHomme de Feldhofer et celles des Hommes modernes est de 27,
soit plus de trois fois plus importante. La plus petite diffrence entre la squence neandertalienne et celle dun
Homme actuel est de 22 et la plus grande de 36. La squence neandertalienne se place donc nettement au-del
de la variabilit constate entre Hommes actuels. Le nombre de diffrences entre la squence neandertalienne
et celles des Asiatiques et des Africains est similaire. En particulier, aucune squence dEuropen ne sest
avre plus proche de celle de lHomme de Feldhofer. Ces donnes napportent aucun argument en faveur de
lhypothse suivant laquelle les neandertaliens auraient contribu au pool gntique des Europens par suite
de mtissage avec les Hommes de Cro-Magnon, en ralit le mtissage entre femmes neandertaliennes et
Hommes de Cro-Magnon, puisque lADN mitochondrial se transmet uniquement par les femmes.
Trois autres squences de la rgion hypervariable 1 ont par la suite t dtermines partir de fossiles
neandertaliens dges diffrents et appartenant des rgions de lEurope trs loignes les unes des autres :
Allemagne, Caucase, Croatie. Elles ont entirement confirm les indications fournies par la premire
squence. De plus, quand on tablit un arbre phylogntique partir de ces squences et de celles des
Hommes actuels, on constate que les squences des neandertaliens se groupent entre elles ; les neandertaliens
paraissent avoir un anctre commun qui nest pas celui des Hommes modernes. Le nombre moyen de
diffrences entre ces squences neandertaliennes appartenant des individus ayant vcu dans des rgions
europennes loignes et des moments diffrents (-40 000 29 000 ans) est du mme ordre que celles
constates entre les squences des Hommes actuels.
Si tout cela ne plaide pas en faveur du mtissage entre neandertaliens et Hommes de Cro-Magnon, on ne peut
pas carter lhypothse quil a eu lieu mais que lon nen retrouve pas de signe dans les populations europennes
actuelles. En effet, les descendants de ces mtissages ont pu appartenir des populations qui nont pas survcu
au cours du paroxysme de la dernire priode glaciaire. On pouvait donc penser que lon avait plus de chance de
reprer ce mtissage dans lADN fossile des Hommes de Cro-Magnon qui ont cohabit avec les neandertaliens.
En mai 2003, lquipe de Caramelli a publi la squence de la rgion hypervariable 1 de deux Hommes de Cro-Magnon
ayant vcu en Italie, il y a 24 000 ans. Leurs squences sont comparables celles des Hommes actuels ; dans un arbre
phylogntique, ces Hommes de Cro-Magnon se retrouvent parmi les Hommes actuels et non avec les neandertaliens.
En 2004, lquipe de David Serre et dAndr Langaney a publi les rsultats dune tude sur lADN fossile de
neandertaliens (La Chapelle-aux-Saints, Engis) et dHommes de Cro-Magnon (cinq spcimens, notamment des sites
133
ANAGNE
de La Madeleine et de Cro-Magnon). Disposant des informations sur les squences de neandertaliens prcdentes, ils
ont essay dobtenir sur les diffrents chantillons dADN fossile lamplification de fragments de la rgion
hypervariable 1 par la technique PCR en utilisant des amorces typiques des squences neandertaliennes. Ils ont
obtenu des produits damplification pour tous les extraits de neandertaliens mais aucun partir des extraits de CroMagnon.
Ainsi, jusquici, aucune trace neandertalienne na t mise en vidence chez les Hommes de Cro-Magnon. Il
semble que lHomme de Neandertal na lgu aucun tribut gntique lHomme moderne.

volution/Relations de parent au sein des Hominids/ADN mitochondrial permet datteindre :
- Primates qui charge le fichier Primates.edi affichant la squence consensus humaine de rfrence et de divers
Primates ;
- Actuels et fossiles qui charge le fichier 7mod+3neand+2cromagnon-2pan.edi affichant les squences de
sept Hommes actuels appartenant divers continents, trois neandertaliens (deux de Feldhofer, lautre de Croatie),
deux Hommes de Cro-Magnon (ceux dItalie) et deux Chimpanzs ;
- ADN mitochondrial partiel qui charge le fichier ADN-Mito-partiel.edi portant sur une portion de cette squence de
345 nuclotides, et qui a t labor partir des squences dun fragment damplification de neandertaliens obtenus
par lquipe de David Serre et dAndr Langaney, les affichant pour lHomme moderne, Cro-Magnon, neandertalien.
Les squences fournies sont celles de la rgion hypervariable 1 de lADN mitochondrial de divers Primates et
dHominins. Afin de pouvoir faire des comparaisons, on a slectionn des squences homologues de 345
nuclotides partir des squences fournies par la banque internationale sur la rgion hypervariable 1.
Bien entendu, lexploitation de ces fichiers ncessite un minimum dinformations pralables sur lADN
mitochondrial et lADN fossile. Lexploitation des donnes fournies est de mme nature que celle des
squences utilises prcdemment pour tablir des phylognies.
Le fichier sur les Primates permet de discuter la pertinence dutiliser lADN mitochondrial pour tablir des
relations de parent. Le principe est de comparer les squences deux deux laide de la fonction de
comparaison dAnagne afin de construire la matrice des ressemblances entre les rgions hypervariables 1 des
divers Primates. partir de l, on peut construire un arbre phylogntique des Primates similaire celuici obtenu avec Phylogne.
NB : Pan corespond au Chimpanz.
134
Cet arbre est conforme celui construit en utilisant dautres molcules : lADN mitochondrial peut donc tre
utilis pour reconstruire des phylognies. De plus, on constate que par rapport aux squences dADN
nuclaire utilises, le nombre de diffrences entre les squences dADN mitochondrial de lHomme et des
autres Hominids (Chimpanz, Bonobo, Gorille) est relativement important, ce qui indique une volution
rapide de cette rgion de lADN mitochondrial. Elle peut donc tre utilise pour rsoudre des problmes de
parent au sein des Hominins.
Le second fichier (Homme moderne, Cro-Magnon, neandertalien, Chimpanz) peut tre utilis pour traiter la
question de la place de lHomme de Neandertal par rapport Homo sapiens et donc discuter la possibilit ou
non dun mtissage entre ces deux Homo. L aussi, il sagit de comparer les squences deux deux afin de
construire une matrice des ressemblances et finalement un arbre phylogntique tel que celui reprsent ciaprs.
On y voit que les neandertaliens partagent avec Homo sapiens un anctre commun qui nest pas celui du
Chimpanz, que les neandertaliens forment un groupe monophyltique part de celui des Hommes actuels,
que les Hommes de Cro-Magnon ne sont pas situs au sein des neandertaliens mais parmi les Homo sapiens
actuels. Cet ensemble dinformations forme un faisceau darguments en faveur de labsence dhybridation
entre ces deux types dHomo et donc de leur appartenance deux espces.
Le troisime fichier des squences partielles prsente lintrt de fournir des donnes sur toutes les
squences de neandertaliens ayant t dtermines. Il permet de rechercher si, dans cette courte portion de la
rgion hypervariable 1, les squences de neandertaliens prsentent certains sites des caractres communs
diffrents de ceux que lon trouve chez les Homo sapiens passs et actuels.
Si on ne veut pas utiliser le deuxime fichier, on peut trs bien fournir larbre phylogntique et demander de
rechercher en quoi les donnes du troisime fichier sont en accord avec cet arbre. Il suffit de faire une
comparaison avec discontinuit de toutes les squences partielles.
135
ANAGNE
STABILIT ET VARIATION DES GNOMES ET VOLUTION

Innovations gntiques Mutations ponctuelles et filiations entre allles
Allles du gne de lalpha-antitrypsine

Cf. page 83 (classe de premire)

Lexploitation des donnes fournies (squences et documents) dans le thme dtude sur lalphaAT permet de
btir les notions relatives lapparition de nouveaux allles par mutations, le gne de lalpha AT tant trs
polymorphe. Les mutations lorigine de ces allles sont des substitutions et des dltions dun nuclotide.
Une filiation entre les allles peut tre tablie, permettant ainsi de reconstituer une partie de lhistoire
volutive de ce gne. Des documents complmentaires permettent galement de discuter de lorigine dune
mutation et de sa diffusion dans les zones gographiques voisines.
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Stabilit et variation des gnomes et volution/Innovations
gntiques Mutations ponctuelles et filiations entre allles/Allles du gne de lalpha-antitrypsine permet
datteindre Allles AT qui charge le fichier alleles-AT.edi affichant les squences nucliques strictement codantes de
quelques allles du gne de lalpha AT allles M1, M1, M2, M3, Z, S, NULL 1 et NULL 2
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Stabilit et variation des gnomes et volution/Innovations
gntiques/Mutations ponctuelles et filiations entre allles/Allles du gne de lalpha-antitrypsine permet de
charger les fichiers :
- InfoAlphaAT.bmp permettant de dfinir le phnotype diffrents niveaux (clinique, molculaire et biochimique).
Il prcise galement linfluence de la fume de cigarette. Il peut donc tre utilis en introduction ou en complment
de lanalyse de la filiation des gnes ;
- AllellesAT.bmp affichant les informations fournies dans ce tableau qui permettent de relier le phnotype
biochimique (concentration plasmatique en alpha AT) et le phnotype clinique pour les diffrents allles de lalpha
AT. Les donnes sur la frquence des diffrents allles permettent galement de prciser la notion de
polymorphisme ;
- GenoPhenoAlphaAT.bmp affichant un document pouvant servir de base une discussion sur la notion de
dominance/rcessivit des allles ;
- filiationAT.bmp prsentant une activit pdagogique envisageable consistant proposer cette filiation aux lves,
en leur demandant de la justifier partir de lexploitation des squences fournies (ils doivent identifier et placer sur
chaque branche la mutation permettant de la justifier) ;
- repartitionSZ.bmp affichant les cartes de rpartition qui permettent de discuter de lorigine des allles S et Z. On
constate que la frquence de lallle S est trs nettement plus leve en Espagne, et plus particulirement en Galice ;
de plus, cette frquence dcrot quand on sloigne de ces rgions. On peut donc supposer que cet allle est apparu
dans cette rgion. La frquence la plus leve de lallle Z se trouve dans les populations du nord-ouest de
lEurope. On peut supposer que la mutation lorigine de cet allle est intervenue dans la ligne germinale dun
individu dune de ces populations. Ensuite, non seulement lallle Z a diffus dans la population nordique, mais a
aussi russi se rpandre dans les populations du sud-est europen.
Lallle M1 est considr comme allle de rfrence. La comparaison des autres allles cet allle de rfrence
permet daborder les notions relatives aux mutations et au polymorphisme gnique. La traduction de ces
squences et la comparaison des squences protiques obtenues peuvent permettre de discuter des effets des
mutations sur le phnotype molculaire, biochimique et clinique.
La comparaison des autres allles avec lallle M1 permet de dfinir un certain nombre de mutations,
substitutions faux-sens, substitutions non-sens, dltions. Cette srie dallles permet dintroduire la notion de
filiation entre allles : un allle b apparat par mutation dun allle existant a dans la ligne germinale
dun individu. Il se rpand par la suite plus ou moins dans la population. En mutant chez un autre individu, il
136
est lorigine dun nouvel allle c . Bien entendu, les lves doivent saisir que les allles a et b
persistent dans la population.
Les allles b et c ont en commun la premire mutation qui les diffrencie de lallle a . Lallle c
possde en plus la mutation qui lui est propre. Cela fournit la base de raisonnement que traduit le document
sur la filiation entre les allles de lalpha-antitrypsine.
La filiation propose suppose quil ny avait quun seul allle de ce gne dans les premires populations humaines.
Si cela est semble-t-il exact pour le gne de lalpha-antitrypsine, ce nest pas vrai pour tous les gnes. Ainsi, il est
certain que les premires populations humaines taient polymorphes pour les gnes du systme HLA.
Rsultats obtenus par lexploitation des squences nucliques fournies
Diffrence par rapport lallle de rfrence (M1)
Allle
M1
M2
M3
S
Z
Null 1
Null 2
Nuclotide
710 : C
374 : G
710 : C
Codon
Codon 237 : GCG
GTG
Codon 125 : CGT
Codon 237 : GCG
1200 : A
Codon 400 : GAA
Diffrence entre la protine

code par M1 et la protine
code par cet allle
A
CAT
GTG
GAC
710 : C
Codon 237 : GCG
GTG
1200 : A
Codon 400 : GAA
GAC
710 : C
Codon 237 : GCG
GTG
863 : A
Codon 288 : GAA
GTA
1096 : G
Codon 366 : GAG
AAG
552 : dltion de C
Codon 184 : TAC
TAG
710 : C
Codon 237 : GCG
GTG
721 : A
Codon 241 : AAG
TAG
183 acides amins au lieu

de 418
A
240 acides amins au lieu

de 418
Tableau de comparaison des allles de lalpha AT et des protines correspondantes
Filiation des allles de lalpha AT

Les numros des mutations se rapportent aux codons et non aux nuclotides
137
ANAGNE
Allles du gne de la G6PD

Rle de lenzyme G6PD (glucose-6-phosphate dshydrognase)
Cest une enzyme cytoplasmique prsente dans toutes les cellules. Elle catalyse la premire raction de la voie
des pentoses phosphates. Cette autre voie du catabolisme glucidique produit du ribose 5 phosphate (qui
servira ultrieurement la synthse des nuclotides) et du NADPH, coenzyme qui est le principal donneur
dhydrogne dans de nombreuses ractions de biosynthse. NADPH est aussi indispensable pour que se
ralise la destruction du peroxyde dhydrogne hautement toxique pour la cellule. La chane de raction est la
suivante :
G6PD
+
glucose-6-phosphate + NADP 6-phosphogluconate + NADPH, H+
Glutathion rductase
NADPH, H+ + glutathion oxyd glutathion rduit + NADP+

Glutathion peroxydase
Glutathion rduit + H2O2 glutathion oxyd + H2O

La catalase catalyse la raction : H2O2 H2O + 1/2 O2
Ces quelques ractions nous montrent que pour la destruction du peroxyde dhydrogne (H2O2), la catalase et
le glutathion sont indispensables. Avec une G6PD inactive ou trs peu active, il y a un arrt de production de
NADPH par la voie des pentoses phosphates. Cela empche la rduction du glutathion et, par l, la
destruction de H2O2. On sait dautre part que le NADPH stabilise la catalase. Donc, sans NADPH, H2O2 ne
sera pas dtruit et la cellule sera tue. Dans les globules rouges, cette situation est dautant plus dramatique
que dautres enzymes permettant la production de NADPH manquent.
138
Le polymorphisme du gne G6PD

Le gne codant pour la G6PD est situ dans la partie tlomrique du bras long du chromosome X ; il est form
par treize exons et mesure 18 kilo paires de bases environ. Toutefois, sa rgion codante ne comprend que 1 545
paires de bases, ce qui correspond une protine enzymatique forme par 515 acides amins. On connat de
trs nombreux allles (plus dune centaine), dont certains ont une frquence suprieure 1 %.
Allles
Frquence
Activit enzymatique
(% par rapport au
normal)
Manifestations cliniques
Afrique
Europe
Mditerrane
G6pdb
65 %
99,7 %
90-99 %
100
Aucune
G6pda
20 %
<1%
85
Aucune
G6pda-1
12
Jaunisse no-natale ; anmie

hmolytique aigu (mdicaments,
infection)
G6pda-2
15 %
< 12 %
12

infection)
G6pda-3
12

infection)
G6pdm
< 0,1 %
1-8%

ingestion de fves, infection)
G6pdseat
25
Rares
Frquence de quelques allles de la G6PD contenus dans la banque
La dficience en G6PD
La dficience en G6PD est lenzymopathie la plus rpandue : elle affecterait 400 millions de personnes dans le
monde. Les rgions les plus touches sont lAfrique tropicale, le Moyen-Orient, lAsie tropicale et
subtropicale. Un certain nombre dallles codent pour une enzyme G6PD dficiente. La dficience nest jamais
totale : labsence denzyme G6PD est sans doute incompatible avec la vie. Les manifestations cliniques sont la
jaunisse nonatale, une anmie hmolytique et, dans des cas svres, des squelles neurologiques. Des crises
aigus danmie hmolytique peuvent tre dclenches par des infections, des ingestions de fves et divers
mdicaments (comme la primaquine). Heureusement, seule une faible proportion des malades dficients en
G6PD prsentent une anmie hmolytique chronique et, pour les autres, en dehors des crises hmolytiques, il
ny a aucun symptme particulier. Laction favorisante de lingestion de fves sur le dclenchement des crises
hmolytiques est surtout nette chez les personnes possdant lallle G6pdm.
Le phnotype des femmes htrozygotes possdant un allle normal et un allle dficient
Il est classique de considrer comme rcessif le phnotype G6PD dficient. En ralit, la situation est plus
complexe et le phnotype des femmes htrozygotes variable, certaines pouvant manifester des signes
cliniques de dficience. Cela est en relation avec linactivation au hasard dun des chromosomes X dans
chacune des cellules de lorganisme, inactivation qui peut atteindre lun ou lautre des chromosomes X. La
femme htrozygote possde deux populations dhmaties, lune G6PD dficiente, lautre avec une enzyme
G6PD efficace. Limportance relative de ces deux populations varie dune femme lautre.
139
ANAGNE
Pistes dexploitation pdagogique du gne de la G6PD

gntiques Mutations ponctuelles et filiations entre allles/Allles du gne de la G6PD permet datteindre
Allles G6PD qui charge le fichier alleles-G6PD-HS.edi affichant les squences nucliques strictement codantes de
quelques allles du gne de la G6PD.
Documents fournis
gntiques/Mutations ponctuelles et filiations entre allles/Allles du gne de la G6PD permet de charger les
fichiers :
- roleG6PD.bmp affichant les informations suffisantes sur les consquences de la dficience de lenzyme ;
- frequenceG6PD.bmp indiquant que les allles G6PDA et G6PDA- ont une frquence leve en Afrique ; vrai dire,
on les trouve aussi dans les Amriques et dans les rgions o il y a des populations dorigine africaine. Lallle
G6PDM est ainsi nomm car il est polymorphique dans les pays du bassin mditerranen, y compris lAfrique du
Nord ;
- filiationG6PD.bmp prsentant une activit pdagogique envisageable qui propose cette filiation aux lves, en leur
demandant de la justifier partir de lexploitation des squences fournies (ils doivent identifier et placer sur chaque
branche la mutation permettant de la justifier).
La comparaison des divers allles avec lallle G6PDB pris comme rfrence ainsi que ltude des
consquences des diffrences sur le polypeptide permet dtablir le tableau suivant.
Squence nuclique
Polypeptide
Noms des
allles
Nuclotides changs
Nature Position
Codons changs
Nature Position
A.A. changs
Nature Position
G6PDB
(Rfrence)
(Rfrence)
(Rfrence)
G6PDA
A376 G
AAT126 GAT
Asn126Asp
G6 PDA -1
A376 G
AAT126 GAT
Asn126Asp
G202 A
GTG68 ATG
Val68Met
A376 G
AAT GAT
Asn126Asp
G680 T
CGC227 CTC
Arg227Leu
A376 G
AAT126 GAT
Asn126Asp
G6 PDA -2
G6 PDA -3
T968 C
G6PDM
G6PDSEAT
C563 T
G844 C
CTG323 CCG
TCC188 TTC
GAT282 CAT
Leu323Pro
Ser188Phe
Asp282His
Type de
mutation
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux-sens
Substitution
faux sens
Substitution
faux-sens
Caractristiques de quelques allles du gne de la G6PD
Les allles de ce gne peuvent donc servir de support pour tudier la notion de polymorphisme gnique.
Certes, les allles diffrent uniquement par des substitutions faux-sens et ne permettent pas dillustrer les
diverses modalits des diffrences allliques (les allles rsultant de mutations non-sens, dinsertions et
dltions dcalantes codant pour des protines tronques totalement non fonctionnelles sont sans doute
rapidement limins par la slection naturelle).
140
Ce systme alllique est aussi un outil pour faire saisir la filiation entre allles dun gne.
Lallle G6PDB, le plus frquent dans toutes les populations, est sans doute lallle ancestral (cest aussi le plus
proche de celui squenc chez le Chimpanz). Lallle G6PDA, rpandu en Afrique, rsulte dune substitution
au nuclotide 376 de la rgion codante (A376G) dans lallle G6PDB. Les trois allles G6PDA- prsentent cette
mme diffrence avec G6PDB plus une autre : tous les trois rsultent de mutations survenues au cours de la
gamtogense dindividus G6PDA et sont donc apparus postrieurement cet allle. Par contre, lallle
G6PDM diffre de G6PDB par une substitution autre que celle trouve dans G6PDA : il provient dune
mutation intervenue chez un individu G6PDB b mais on ne peut situer chronologiquement sa formation par
rapport G6PDA.
Filiation possible entre les allles de G6PD. Les pointills indiquent seulement que le moment et lordre dapparition des allles
par mutation au cours de lhistoire de lhumanit sont inconnus
141
ANAGNE
Allles de la chane bta de lhmoglobine

Les informations sur la structure de la globine, lallle HbC et le phnotype drpanocytaire ont t fournis prcdemment.
On trouvera ici quelques complments sur le phnotype thalassmique et les allles (tous rcessifs) qui en sont lorigine.
Les phnotypes thalassmiques
Il existe en ralit de nombreux phnotypes thalassmiques. Ceux envisags dans cette banque de donnes sont
en relation avec labsence de synthse dune chane bta fonctionnelle de lhmoglobine. Il sagit de
thalassmies bta majeures dont les manifestations cliniques dbutent ds lenfance. Les signes hmatologiques
sont marqus par une anmie hmolytique grave, une morphologie des hmaties trs irrgulire et par un retard
staturo-pondral et des modifications du squelette en rapport avec lhmolyse chronique. Lvolution spontane
est constamment mortelle en quelques annes. Les malades arrivent survivre quelques annes car labsence
dhmoglobine A1 fonctionnelle (hmoglobine forme de deux chanes alpha et de deux chanes bta) est
partiellement compense par une synthse accrue dhmoglobine A2 (deux chanes alpha et deux chanes delta)
et la persistance de synthse dhmoglobine ftale (deux chanes alpha et deux chanes gamma).
Il nexiste pas de traitement curatif des thalassmies. Les traitements proposs sont bass sur la transfusion
mensuelle dhmaties qui, outre quelles offrent lintrt daugmenter le taux dhmoglobine, diminuent
lhyperplasie de la moelle osseuse compensatrice et, par l, prviennent un peu les anomalies du squelette.
Ces transfusions frquentes ont cependant pour complication une surcharge inluctable en fer dommageable.

Dans la banque de thmes dtude, le chemin Stabilit et variation des gnomes et volution/Innovations gntiques
Mutations ponctuelles et filiations entre allles/Allles du gne de la globine bta permet datteindre :
- Squences nucliques qui charge le fichier GlobineBetaADN.edi affichant les squences des allles du gne bta
globine correspondant trois allles codant pour une chane bta fonctionnelle (lallle HbA tant le plus frquent),
lallle HbS lorigine du phnotype drpanocytaire et celles de huit allles entranant le phnotype thalassamique ;
- Squences protiques qui charge le fichier GlobineBetaPRO.edi affichant les squences protiques correspondantes.
Le fichier contenant lensemble de ces squences est sans doute le plus appropri pour envisager les divers
types de mutations ponctuelles et leurs consquences sur le phnotype molculaire. Le principe de la
dmarche est de :
comparer les squences nucliques des diffrents allles du gne de la bta globine par rapport lallle
HbA (allle considr comme rfrence) de faon identifier les diffrents types de mutations ponctuelles ;
comparer les squences polypeptidiques codes par les divers allles la squence de rfrence code par
la squence HbA ;
mettre les diffrences au niveau polypeptidique en relation avec celles du niveau nuclique pour faire le
point sur les consquences des mutations sur le phnotype molculaire.
On aboutit ainsi aux conclusions suivantes :
certaines mutations (substitution) sont muettes (variant 1) car elles nont aucune consquence sur la
squence du polypeptide du fait de la redondance du code gntique ;
dautres substitutions sont neutres car entranant un changement de la squence du polypeptide sans en
modifier les proprits (variant 2) ;
dautres substitutions sont non-sens car entranant la synthse dun polypeptide non fonctionnel cause
de lapparition anticip dun codon stop ;
dautres mutations sont des dltions ou des insertions dun ou de plusieurs nuclotides entranant un
dcalage du cadre de lecture, lapparition dun codon stop anticip et donc la synthse dun polypeptide
raccourci et non fonctionnel.
142
Allles du gne IT15 (chore de Huntington)

La chore de Huntington
Cette maladie se traduit par des mouvements involontaires et dsordonns, des perturbations du psychisme,
des pertes de mmoire, des troubles du langage, et finalement de la dmence. Ces troubles sont lis une
destruction progressive des neurones crbraux, notamment de ceux des corps stris, impliqus dans la
motricit.
Le gne de la huntingtine (IT 15)
Le gne IT15 est situ sur le bras court du chromosome 14. Il a t isol et squenc en 1995 et code pour une
protine, la huntingtine, dont le rle est actuellement inconnu. Il sexprime dans de nombreux tissus,
notamment les neurones crbraux des corps stris. Ce gne comprend 67 exons, et sa rgion codante est
caractrise par la prsence dun triplet CAG (brin non transcrit), prs de lextrmit 5 (qui correspond
lextrmit NH2 de la huntingtine), rpt plusieurs fois partir de la position 52.
Dans toutes les populations humaines, il existe de nombreux allles qui diffrent par le nombre de rptitions
de ce triplet CAG.
On peut regrouper les allles en deux catgories, en fonction du nombre de rptitions du triplet CAG et du
phnotype clinique associ.
Les variants normaux
Ces allles ont un nombre de rptitions du triplet CAG compris entre 9 et 39 ; les allles les plus frquents
sont ceux qui ont un nombre de rptitions du triplet CAG compris entre 17 et 21. La frquence de la majorit
de ces allles est suprieure 1 % : le gne IT15 est donc trs polymorphe.
Le tableau ci-dessous indique les frquences de ces allles dans une population allemande (daprs Hum. Mol.
Gen., 1993, vol. 2, n 12, p. 2 063-2 067).
Nombre de rptitions du triplet CAG de lallle
Frquence de lallle (en %)
11
0,98
12
13
0,98
14
0,98
15
1,96
16
2,94
17
20,01
18
13,73
19
8,33
20
10,78
21
14,71
22
6,86
23
5,39
24
2,94
25
3,92
26
27
1,47
28
29
0,49
30
0,98
31
0,98
33
0,49
143
ANAGNE
Les variants morbides
Ils sont lorigine de la chore de Huntington, et possdent un triplet CAG rpt entre 36 et 121 fois, avec
une frquence maximale comprise entre 42 et 46 rptitions.
La trs grande majorit des personnes atteintes de chore de Huntington ont un allle o le triplet CAG est
rpt plus de quarante fois. Il reste une indtermination pour un triplet rpt entre trente-six et trente-neuf
fois car selon les cas la possession dun tel allle est associe aux signes de la maladie et dans dautres cas non.
La prsence dune expansion anormalement importante de lacide amin glutamine dans la huntingtine
conduit la mort neuronale par lactivation de la machinerie apoptotique : cest une mort par apoptose
(activation dun programme intrinsque de mort cellulaire).
Le tableau ci-dessous prsente la frquence des allles morbides dans une population de personnes atteintes
de chore de Huntington. Toutes les personnes atteintes taient htrozygotes (daprs Hum. Mol. Gen., 1993,
vol. 2, n 12, p. 2 063-2 067)
Nombre de rptitions du triplet CAG de lallle
Frquence de lallle (en %)
40
6,69
41
11,15
42
11,46
43
10,83
44
12,42
45
12,10
46
8,91
47
48
5,10
49
2,23
50
1,91
51
1,59
52
2,87
53
0,96
54
0,64
55
1,27
56
57
0,64
58
0,96
61
0,32
63
0,32
73
0,32
75
0,32
On a constat lapparition de cas de chore de Huntington dans des familles o la maladie navait pas t
identifie prcdemment. tant donn la dominance du phnotype morbide, ces cas semblent dus des
nomutations. Lanalyse au niveau molculaire du gne IT15 chez de tels malades et leurs parents a rvl
quun des parents, trs gnralement le pre, possdait un allle avec une rptition du triplet CAG comprise
entre 30 et 38. Cet allle paternel avait subi une mutation par expansion au cours de la spermatogense
conduisant un allle o le triplet CAG tait rpt plus de quarante fois. En outre, dans les familles o le
pre est atteint, on a constat une apparition plus prcoce de la maladie chez les enfants atteints, lie la
possession dun allle morbide ayant plus de triplets CAG que lallle paternel. Il semble donc quau-del de
trente rptitions, le gne IT15 ait tendance muter avec expansion du triplet au cours de la spermatogense.
Cette instabilit na pas t retrouve pour les allles dont le nombre de rptitions est infrieur trente. Ainsi,
les tudes au niveau molculaire de ce gne semblent, pour un certain type dallles, rvler une frquence de
mutations assez leve.
144
Les relations gnotype/phnotype

Chez un individu htrozygote les deux allles sexpriment et on trouve donc les deux types de huntingtine dans
les cellules. Le phnotype morbide et, donc, par extension, lallle morbide, est dominant. Lexplication de cette
dominance reste trs hypothtique, dautant plus que le rle physiologique de la huntingtine nest pas encore
lucid. On pense que la huntingtine avec expansion de la glutamine agit dans le noyau pour induire lapoptose.
Lge dapparition des premiers signes de la maladie varie en fonction de la nature de lallle morbide. En
rgle gnrale, il est dautant plus prcoce que le nombre de rptitions du triplet CAG est lev. En revanche,
il y a peu de corrlations avec la gravit des symptmes prsents par le patient une fois la maladie exprime.
En x, nombre de rptitions du
triplet CAG dans lallle de la
personne malade. En y, ge
dapparition des premiers signes
de la maladie.

Le gne IT15, dont certains allles sont responsables de la chore de Huntington, est particulirement polyalllique
et polymorphe. Bien que le rle de la protine code par ce gne, la huntingtine, soit encore inconnu, les donnes
fournies permettent daborder les notions de polymorphisme gnique, de mutations par expansion dun motif
(triplet) et de nomutations, et les relations gnotype/phnotype (relations de dominance/rcessivit).
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Stabilit et variation des gnomes et volution/Innovations gntiques
Mutations ponctuelles et filiations entre allles/Allles du gne IT15 (Chore de Huntington) permet datteindre :
- Allles IT15 qui charge le fichier alleles-IT15.edi affichant les squences strictement codantes de quinze allles du
gne IT15, neuf variants normaux et six variants morbides . Le gne IT15 tant long (9 435 nuclotides en
moyenne), on sest limit, pour chaque allle, une portion de la squence codante, commenant au triplet
dinitiation ATG et encadrant la partie rpte (le triplet rpt commence la position 52) ;
- Famille (Chore de Huntington) qui charge le fichier allelesFamillechoree.edi affichant les squences strictement
codantes des allles du gne IT 15 possds par les membres de la famille dont larbre gnalogique est fourni. Le gne
IT15 tant long (9 435 nuclotides en moyenne), on sest limit, pour chaque allle, une portion de la squence codante,
commenant au triplet dinitiation ATG et encadrant la partie rpte (le triplet rpt commence la position 52).
Documents fournis
gntiques/Mutations ponctuelles et filiations entre allles/Allles du gne IT15 (chore de Huntington) permet
datteindre :
- Informations sur la chore de Huntington qui charge le fichier choree.bmp prsentant des symptmes de la chore de
Huntington et du gne IT15. En introduction, ce document permet de motiver ltude du polymorphisme de ce gne ;
- Frquence de quelques allles du gne IT15 qui charge le fichier frequenceallelesIT15.bmp affichant les tableaux
de frquence de quelques allles du gne IT15 dans une population de personnes non malades et dans une
population de personnes atteintes de la chore de Huntington ;
- Arbre avec sujets atteints de chore de Huntington qui charge le fichier arbrechoree.jpg prsentant larbre
gnalogique dune famille touche par la chore de Huntington. Lge dapparition des premiers symptmes de la
maladie des membres atteints de la chore est indiqu ;
- Rptition du triplet CAG en fonction de lge qui charge le fichier courbeIT15.jpg
145
ANAGNE
Caractristiques des allles du gne IT15

On peut considrer un seul allle, le C18, par exemple, le traduire et constater quil est remarquable par la
rptition dun triplet CAG partir du codon 18 qui se traduit au niveau protique par la rptition de lacide
amin glutamine. Cela facilitera lanalyse des rsultats des comparaisons entre allles. Il faut toutefois noter
que cette rptition de la glutamine est aussi suivie dune rptition de onze prolines codes par diffrents
triplets, alors que la rptition de la glutamine est assure par le mme triplet CAG.
Recherche des diffrences entre les allles
Allles IT15
Aprs avoir repr les diffrences de longueur entre les allles, il est conseill de comparer dabord deux
allles (par exemple les deux premiers) de faon reprer la rptition dun triplet CAG partir de la position
52 et de comprendre que la diffrence entre les deux allles consiste en une variation dans le nombre de
triplets CAG rpts (un alignement avec discontinuits simpose, les deux squences nayant pas la mme
longueur).
Cette illustration montre que lalgorithme dalignement ne rvle pas que lexpansion de C13 par rapport
C11 commence par le triplet CAG. Cela est d la prsence dun C dans le premier triplet qui suit la
rptition CAG. Il est utile dutiliser la rgle en triplet pour bien visualiser que la diffrence dbute par un
triplet CAG.
NB : Le nom de lallle indique le nombre de rptitions du triplet CAG quil possde.
Une comparaison de plusieurs allles peut ensuite tre ralise pour confirmer le fait que les allles diffrent
uniquement par le nombre de rptitions du triplet CAG. On aboutit donc lide que les diffrences entre les
allles de ce gne rsident dans le nombre de rptitions dun triplet CAG.
Le document Frquence de quelques allles du gne IT15
Il permet alors dintroduire la notion de polymorphisme de ce gne li cette rptition de triplets. Il permet
galement de constater que la chore de Huntington est lie des allles o le nombre de rptitions du triplet
CAG est suprieur quarante.
Conseils pratiques
Il est vraiment conseill dutiliser le curseur pour dlimiter le triplet, sinon il est difficile reprer.
Pour compter le nombre de triplets, positionner le grand curseur sur le premier triplet CAG (dbut au
nuclotide 52, ou codon 18), et ensuite cliquer sur la flche droite de la barre de dfilement ; le dfilement se
fait alors codon par codon et il suffit de compter le nombre de clics effectus pour connatre le nombre de
rptitions du triplet CAG.
Pour dnombrer le nombre de rptitions de triplets, on peut aussi comparer la longueur des diffrents allles
et diviser la diffrence par trois.
On peut souhaiter changer le nom des allles pour viter que leur nom ne donne la rponse aux lves sans
quils aient compter eux-mmes le nombre de rptitions. Procder alors de la faon suivante : partir de la
fentre Affichage de squences, cliquer dans la barre de menus sur Options, puis sur Protger les donnes,
ce qui dprotge les donnes (attention de ne pas indiquer cette procdure aux lves, sinon, ils peuvent
modifier les donnes dorigine !) ; changer alors le nom de chaque allle, puis slectionner les donnes et les
146
enregistrer dans la banque de squences ou dans les thmes dtude personnels. Penser reprotger les
donnes avant de poursuivre ! (Il suffit de retourner dans Options et de cliquer sur Protger les donnes.)
Ne pas lancer dalignement avec discontinuit pour un grand nombre de squences en mme temps si la
capacit de votre ordinateur est limite !
Mise en vidence de nomutations (origine de nouveaux allles)
La lecture de larbre gnalogique de la famille confront avec le document Rptition du triplet CAG en
fonction de lge (fichier courbeITt15.jpg) conduit suspecter lapparition de nouveaux allles au sein de cette
famille. La dtermination des gnotypes permet de tester lide.
La comparaison (alignement avec discontinuit) entre les allles (fichier allelesFamillechoree.edi) dun
individu des gnrations I, II et III, et lallle C21 permet de dterminer le gnotype des individus. Pour
lindividu IV, 1, il faut utiliser comme rfrences soit lallle 21 soit lallle 50.
NB : Le choix de ces allles de rfrence na aucune signification biologique. Compte tenu de lalgorithme dalignement,
les allles C21 et C50 sont ceux qui visualisent le mieux lexpansion de chacun des allles des individus de la famille.
Allles des individus
Nombre de rptitions du triplet

CAG
Allle du gne IT15
I1 allle 1
22
C22
I1 allle 2
33
C33
I2 allle 1
21
C21
I2 allle 2
16
C16
II1 allle 1
22
C22
II1 allle 2
16
C16
II2 allle 1
21
C21
II2 allle 2
22
C22
II3 allle 1
21
C21
II3 allle 2
43
C43
II4 allle 1
13
C13
II4 allle 2
20
C20
III1 allle 1
23
C23
III1 allle 2
17
C17
III2 allle 1
20
C20
III2 allle 2
48
C48
III3 allle 1
21
C21
III3 allle 2
20
C20
III4 allle 1
13
C13
III4 allle 2
43
C43
IV1 allle 1
17
C17
IV1 allle 2
75
C75
147
ANAGNE
Arbre gnalogique dune famille avec individus atteints de chore
Les gnotypes des individus atteints de chore indiquent que les allles lorigine de cette maladie sont
dominants. En consquence, il y a une contradiction entre les phnotypes des individus de la premire
gnration et le gnotype de lindividu II3. Celui-ci possde lallle C21 de sa mre, mais aucun allle de son
pre. Cela conduit lide que lallle C43 de II3 provient dune mutation subie par un des allles du pre lors
de la spermatogense (sans doute lallle C33). Cette ide de nomutation permet galement linterprtation
du gnotype de lindividu IV1.
148
Innovations gntiques Duplications et familles multigniques
Gnes des globines

Cf. page 124 (classe terminale)
Lexploitation des donnes fournies permet de btir les notions relatives lapparition de nouveaux gnes par
duplication gnique suivie de mutations. Les gnes de la famille des globines codent pour des protines ayant
conserv globalement la mme fonction (fixation de dioxygne grce au groupement hme). La disposition
des diffrents gnes de cette famille sur deux chromosomes diffrents permet daborder le phnomne de
transposition (ou translocation) gnique. Quelques donnes palontologiques sont utilisables pour dater
approximativement certaines duplications gniques.
Pistes dutilisation pdagogique

Les gnes des globines forment une famille multignique
gntiques Duplications et familles multigniques/Gnes des globines permet datteindre :
- Nucliques qui charge le fichier genes-glob-humaines.edi affichant les squences nucliques reprsentant la partie
strictement codante (du codon dinitiation au codon stop) des gnes de globines humaines (alpha 1, alpha 2, bta,
gamma A, gamma G, zta, delta, epsilon, thta, myoglobine) ;
- Protiques qui charge le fichier pro-glob-humaines.edi affichant les squences protiques des globines humaines
(alpha 1, alpha 2, bta, gamma A, gamma G, zta, delta, epsilon, thta, myoglobine).
Documents fournis
gntiques/Duplications et familles multigniques/Gnes des globines permet datteindre :
- Prsentation des globines humaines qui charge le fichier globineshumaines.bmp affichant un petit texte prcisant
lexistence de plusieurs globines humaines, accompagn dun graphique exprimant, en pourcentage, la synthse de
ces diffrentes globines en fonction de lge. Peut servir poser le problme de lexistence de plusieurs globines
humaines ayant le mme rle, et qui sont produites diffrents moments de la vie de ltre humain ;
- Localisation chromosomique qui charge le fichier chrombetaglob.jpg affichant un schma de localisation des gnes
de globines humaines, y compris les pseudognes sur les chromosomes 11 (gnes du groupe bta) et 16 (gnes du
groupe alpha). Ce document peut tre important pour bien faire comprendre quil sagit de gnes diffrents et non
dallles dun mme gne. Lexistence de deux familles de gnes localises sur deux chromosomes diffrents peut
aussi suggrer une parent plus grande entre les gnes du groupe bta ou entre les gnes du groupe alpha quentre
les gnes de deux groupes diffrents. Utilis aprs avoir pos la notion de duplication gnique, ce document est utile
pour introduire la notion de transposition dun gne ;
- Comparaison des globines en 3D qui charge le fichier comp3Dglobines.jpg affichant les reprsentations en
squelette carbon et en rubans de quatre globines humaines : les globines alpha, bta, gamma et zta. Ces structures
ont t obtenues avec le logiciel RasTop. La similitude de structure des globines prsentes peut suggrer lide dune
parent entre ces molcules, donc entre les gnes qui les codent ;
- Filiation globines qui charge le fichier arbreglobines.jpg rvlant la phylognie qui traduit les relations de parent
entre lensemble des diffrents gnes de globines humaine (myoglobine, famille alpha, famille bta). Des indications
de dates sont portes sur cette figure ; elles situent approximativement dans le temps les principales duplications
gniques ; elles ont t obtenues en combinant deux sortes dinformation : les diffrentes globines prsentes chez
diffrents taxons et les dates dapparition de ces taxons ;
- Datation des duplications qui charge le fichier datadupli.jpg rappelant sous forme dun tableau les dates
dapparition des principales classes de Vertbrs, ainsi que des indications permettant de dater les duplications
alpha/bta et bta/delta.
Dans le dossier 3D sous Anagene2, le rpertoire FamilleGlobines contient les fichiers .pdb suivants : alphahom.pdb,
betahom.pdb, gammahom.pdb et zetahom.pdb.
149
ANAGNE
Des similitudes de structure et de fonction pour les globines humaines
Toutes les globines humaines, globines alpha, bta, zta, gamma G, gamma A, epsilon prsentent des
structures qui se ressemblent : de telles similitudes confortent lide dune origine commune.
Des similitudes de squences protiques et nucliques
Les squences nucliques ou les squences peptidiques des globines humaines prsentent un degr de similitude qui ne
peut tre d au hasard. Les globines sont donc des protines homologues qui drivent donc dun mme gne ancestral
(de la mme faon, on observe des similitudes dans lorganisation de ces diffrents gnes : ils possdent tous trois exons
et deux introns et ont des longueurs proches). Les gnes des globines forment donc une famille multignique.
Afin dtablir larbre de filiation des gnes de cette famille de globines humaines, on relve les simulitudes
entre les squences nucliques de ces gnes, ce qui permet de construire une matrice :
Alpha1
Alpha2
Bta
GammaA
GammaG
Delta
Epsilon
Thta
Zta
Alpha1
100
Alpha2
99,5
100
Bta
57
56,8
100
GammaA
54,5
54,1
75,9
100
GammaG
54,5
54,1
76,1
99,8
100
Delta
56,3
55,9
92,6
76,1
76,4
100
Epsilon
54,5
54,3
78,8
83,6
83,8
78,6
100
Thta
73,2
73
52,7
53,8
53,8
52,4
53,1
100
Zta
68,8
68,5
55
55,9
55,9
54,5
56,9
64,8
100
Myoglobine
40,9
40,6
40,2
42,2
41,9
40,2
41,9
41,1
40,9
Myoglobine
100
Matrice des identits (en %) entre les globines humaines obtenue

partir dun alignement avec discontinuit des squences codantes des gnes pour ces protines
150
NB : Ces rsultats ont t obtenus en choisissant une squence de rfrence (la premire) et en maintenant toutes les
autres dans lordre alphabtique des noms. Du fait de lalgorithme de comparaison, ces rsultats peuvent tre lgrement
diffrents de ceux obtenus par comparaison des squences deux deux.
On dduit de cette matrice larbre dvolution probable des gnes des globines humaines :
Arbre de filiation des globines humaines obtenu avec le logiciel Phylogne

Les mcanismes lorigine de cette famille multignique
Chaque nud de larbre obtenu prcdemment correspond une duplication gnique ; sur chaque branche,
des mutations diffrentes ont t fixes (les mutations apparaissant au hasard), responsables dune volution
indpendante des deux duplicatas.
Un phnomne de translocation est faire intervenir pour expliquer la localisation des gnes sur des
chromosomes diffrents. Cette translocation (ou transposition) a d accompagner la duplication lorigine
des deux familles de gnes (famille alpha et famille bta).
Tous les Vertbrs, lexception des Agnathes, ayant deux gnes de globine (alpha et bta) et les plus anciens
poissons tant dats denviron 450 mA alors que les premiers Vertbrs sont apparus il y a environ 550 mA,
on en dduit que la premire duplication a d avoir lieu entre ces deux dates.
151
ANAGNE
La famille des globines est donc issue de duplications suivies de mutations qui amnent une diversification
des gnes.
Il est possible de proposer divers exercices utilisant les documents sur larbre dvolution des gnes de globine
et sur les dates dapparition des principales classes de Vertbrs. Par exemple, larbre indique une date de
200 millions dannes pour la duplication gammabta, bien antrieure lapparition des diffrents ordres de
Mammifres. On peut demander aux lves de tester cette donne laide des squences des globines bta et
gamma humaines et de la globine bta du Chien. La comparaison de ces squences montre que les similitudes
entre la globine bta humaine et la globine bta du Chien sont plus importantes quentre les globines bta et
gamma humaines. Cela signifie que la divergence Primates/Carnivores est postrieure la duplication btagamma. Lanctre commun lHomme et au Chien possdait dj deux gnes bta et gamma. Cest un
caractre ancestral, la duplication ayant eu lieu bien avant, au tout dbut de lhistoire des Mammifres
placentaires.
152
Gnes des opsines


Lexploitation des donnes fournies permet daborder la notion dapparition de nouveaux gnes par
duplication gnique suivie de mutations diffrentes. Les nouveaux gnes codent ici pour des protines qui,
tout en ayant conserv la mme fonction globale (absorption de radiations lumineuses) prsentent des
proprits lgrement diffrentes (les longueurs dondes absorbes par les diffrents pigments ne sont pas les
mmes).
Plusieurs arguments suggrent lide dune origine commune pour les gnes des opsines :
les opsines prsentent de nombreuses similitudes : leurs proprits et leurs structures se ressemblent. Elles
sont toutes impliques dans la conversion de la lumire en mouvement ionique puis en signal nerveux.
Chaque molcule photosensible contient sept hlices alpha transmembranaires ;
les squences dacides amins des opsines absorbant le vert et des opsines absorbant le rouge sont
particulirement semblables. Trois rsidus localiss prs du rtinal dterminent la diffrence spectrale
entre les rcepteurs pour le vert et pour le rouge. Le remplacement dun rsidu polaire par un rsidu non
polaire (par exemple, la srine par lalanine) chacune de ces positions dplace max vers le rouge
denviron 10 nm. Trois acides amins expliquent la majeure partie de la diffrence de 30 nm entre les
maxima dabsorption ;
les squences nuclotidiques ou les squences peptidiques des opsines humaines prsentent des
similitudes importantes.
La famille multignique des opsines

gntiques Duplications et familles multigniques/Gnes des opsines permet datteindre :
- Nucliques qui charge le fichier genes-Opsines.edi affichant les squences nucliques strictement codantes des
gnes des opsines humaines rouge, verte et bleue ;
- Protiques qui charge le fichier pro-opsines.edi affichant les squences protiques des opsines rouge, verte et bleue
humaines.
Documents fournis
gntiques/Duplications et familles multigniques/Gnes des opsines permet datteindre :
- Informations opsines qui charge le fichier presopsines.jpg affichant un texte de prsentation des opsines humaines
(incluant le spectre dabsorption) et prcisions sur les opsines prsentes chez les autres Primates. Ce document peut
tre utilis pour poser le problme (existence, chez un mme organisme, de plusieurs molcules aux rles trs
voisins). Il est aussi utilisable pour dater la dernire duplication gnique partir des informations concernant les
opsines prsentes chez les autres Primates ;
- Spectres dabsorption des opsines qui charge le fichier spectropsines.jpg prsentant le spectre dabsorption des
opsines humaines ;
- Comparaison structure 3D opsines qui charge le fichier comparopsines.jpg rvlant la comparaison des structures
3D (reprsentation en rubans) des trois ospines humaines (document obtenu avec le logiciel RasTop). Les similitudes
constates sont un argument en faveur dune origine commune de ces protines, donc des gnes qui les codent ;
- Localisation chromosomique qui charge le fichier chromopsines.jpg montrant la localisation chromosomique des
gnes des opsines humaines. Une fois vue leur origine commune et les mcanismes lorigine de leur apparition, ce
document permet de discuter de la plasticit importante du gnome, en abordant notamment le phnomne de
transposition de gnes ;
- Phylognie des opsines qui charge le fichier phyloopsines.jpg montrant la phylognie des gnes des opsines
humaines (sans lgende). Ce document peut tre complt de faon y placer les mcanismes intervenant dans
lhistoire de ces gnes (duplications et fixations de mutations indpendamment dans les deux branches).
153
ANAGNE
La comparaison de squences protiques et/ou nucliques permet de dgager la notion de molcules

homologues (protines homologues ou gnes homologues) grce limportance des similitudes constates. Le
relev des diffrences permet de prciser le degr de parent entre les protines et/ou les gnes, et donc
dtablir une phylognie pour ces gnes.
Gne de lopsine rouge
(L)
Gne de lopsine verte

(M)
Gne de lopsine rouge
100 %
Gne de lopsine verte
97,7 %
100 %
Gne de lopsine bleue
57,1 %
57,6 %
Gne de lopsine bleue

(S)
100 %
Matrice des identits cre partir dun alignement avec discontinuit des gnes des opsines
Opsine rouge (L)
Opsine verte (M)
Opsine rouge
100 %
Opsine verte
95,9 %
100 %
Opsine bleue
42 %
43,1 %
Opsine bleue (S)
100 %
Matrice des identits cre partir dun alignement avec discontinuit des opsines (squences protiques)
Arbre phylogntique obtenu partir de lexploitation des matrices des identits
La phylognie obtenue permet de discuter des mcanismes lorigine de lapparition de gnes diffrents
partir dun seul.
Datation des duplications
La prise en compte dobservations ralises chez dautres Primates permet de dater approximativement la
dernire duplication gnique : seuls les Singes de lAncien Monde possdent trois gnes dopsine et
notamment un gne dopsine rouge et un gne dopsine verte. Les Singes du Nouveau Monde ne possdant
que deux gnes, on peut dire que la duplication lorigine des gnes des opsines verte et rouge partir dun
mme gne ancestral a d avoir lieu dans la ligne menant aux Singes de lAncien Monde, et a donc d se
produire aprs la sparation de cette ligne de celle des Singes du Nouveau Monde, soit il y a environ 40
23 Ma.
Translocation de gnes
Les gnes des opsines provenant tous dun mme gne ancestral, mais tant situs sur deux chromosomes
diffrents, il faut imaginer un phnomne de translocation dun des deux exemplaires de gnes lors de la
duplication du gne ancestral.
154
Lhistoire volutive de la famille des opsines
On peut donc demander aux lves de complter larbre phylogntique laide des informations
fournies par la comparaison des gnes des opsines comme ci-dessous :
Reconstitution de lhistoire de la famille des opsines
155
ANAGNE
Gnes des hormones hypophysaires et placentaires

Les hormones anthypophysaires et placentaires forment deux familles multigniques : la famille des gnes
LH, FSH, TSH et HCG et la famille des gnes GH, HPRL et HLP.
La famille des gnes LH, FSH, TSH et HCG
Les hormones anthypophysaires LH, FSH et TSH et lhormone HCG sont des glycoprotines formes par
lassemblage de deux chanes polypeptidiques, les chanes alpha et bta. Ces quatre hormones diffrent
uniquement par leur chane bta qui est la chane responsable de la spcificit fonctionnelle de ces hormones.
Ces hormones jouent des rles diffrents dans lorganisme : les hormones LH et FSH participent au contrle
hormonal du fonctionnement de lappareil reproducteur chez lhomme et chez la femme, lhormone TSH
stimule le fonctionnement thyrodien et lhormone HCG stimule le corps jaune lors dun dbut de grossesse.
Ces chanes bta sont codes par des gnes qui sont situs sur les chromosomes diffrents (chromosome 1
pour le gne de TSH bta, chromosome 11 pour le gne de FSH bta et chromosome 19 pour les gnes de LH
bta et de HCG bta).
Plusieurs arguments permettent de dire que ces gnes forment une famille multignique :
ces quatre gnes prsentent la mme structure globale (trois exons et deux introns) ;
ces quatre gnes et les protines pour lesquelles ils codent prsentent des similitudes de squences assez
importantes ;
au niveau protique, on peut constater la prsence de douze rsidus cystine des sites identiques pour
les quatre hormones. Or, ces rsidus, en permettant la formation des ponts disulfures, jouent un rle
essentiel dans la stabilisation de la structure tridimensionnelle de ces chanes et donc de leurs proprits.
On peut donc considrer que les similitudes constates au niveau protique et nuclique traduisent une
origine commune pour toutes ces hormones et les gnes qui les codent. Ces gnes sont issus dun mme gne
ancestral, et ils sont apparus par duplications gniques suivies de mutations indpendantes. La duplication la
plus rcente est celle qui est lorigine des gnes LH bta et HCG bta. Ce quil est important de noter ici, cest
que la divergence des copies dupliques a conduit des gnes codant pour des polypeptides ayant des
fonctions diffrentes.
Tous les Vertbrs possdent le gne de LH bta, mais seuls les Mammifres placentaires (notamment les
Primates et les quids) possdent le gne de HCG bta. On peut donc penser que le gne HCG bta provient
dun gne LH bta ancestral, la duplication tant postrieure lapparition des Mammifres placentaires.
La comparaison des protines LH bta et HCG bta montre que ces deux protines nont pas la mme
longueur : 165 acides amins pour HCG bta et 141 acides amins pour LH bta (mthionine comprise). Or, la
comparaison des squences nucliques des gnes de ces deux hormones montre une dltion dun nuclotide
(en position 402) ; cette dltion entrane un dcalage du cadre de lecture lors de la traduction, dcalage qui
fait disparatre le codon stop prsent dans le gne de LH (codon n 142). Cest cette mutation par dltion qui
est donc responsable de lallongement de la protine HCG bta par rapport la protine LH bta.
Remarque
La duplication du gne ne concerne pas uniquement la squence strictement codante mais aussi celle qui se
trouve en amont et en aval de celle-ci. Pour faciliter la comprhension de lallongement de la squence
codante de HCG (et donc de sa protine) par rapport LH, nous avons fourni une squence appele
LHADNC constitue par la squence codante de LH, suivie dune squence de nuclotides homologue de la
fin de celle de HCG mais non transcrite dans LH. La comparaison de LHADNC et de HCG permet
dexpliquer que la protine HCG a 24 acides amins de plus que LH : par suite de la dltion, le gne HCG
incorpore dans sa squence codante la rgion en aval de LH non transcrite.
156
On peut conduire les lves la reprsentation suivante :
a - Situation initiale il y a plus de 60 Ma dans une espce ancestrale des Primates.

b Duplication gnique de LH bta.
c - Situation actuelle : la dltion dans le duplicata, en entranant un dcalage du cadre de lecture, a fait disparatre le codon
stop. La rgion codante du gne incorpore une partie de lADN non codant situ en aval, jusqu un nouveau codon stop.
En toute rigueur, pour bien comprendre tout cela, il faut savoir que lARNm comporte une rgion normalement non codante
aprs le codon stop UAA. Si ce codon stop disparat, lARNm est traduit jusqu la rencontre dun nouveau codon stop.
La famille des gnes GH, HPRL et HLP

Les hormones GH (hormone de croissance produite par lanthypophyse), HPRL (hormone prolactine,
produite par lanthypophyse) et HLP (hormone lactogne placentaire produite par le placenta) ont des
actions diffrentes mais apparentes. La HLP agit sur la glande mammaire en stimulant la synthse protique,
comme la HPRL (toutefois plus efficace), et la GH stimule galement la synthse protique dans de nombreux
tissus.
Ces hormones sont codes par des gnes situs sur des chromosomes diffrents : chromosome 6 pour le gne
de la HLP, chromosome 17 pour les gnes de la GH et la HPRL.
Les similitudes de squences nucliques et protiques constates permettent de dire que ces gnes forment
une famille multignique :
Ces trois gnes ont donc une origine commune et sont issus dun mme gne ancestral par duplications
gniques suivies de mutations diffrentes.
La duplication la plus rcente est celle qui est lorigine des gnes GH et HLP.
Tous les Vertbrs ttrapodes possdent les gnes GH et HPRL, mais seuls les Mammifres placentaires
possdent le gne HLP.
On peut donc considrer quune premire duplication ( lorigine des gnes GH et HPRL) a eu lieu chez les
premiers ttrapodes, avant que napparaissent les Amphibiens, et quune deuxime duplication a eu lieu
beaucoup plus rcemment, il y a environ 100 Ma.
157
ANAGNE

Lexploitation des donnes fournies sur les hormones anthypophysaires et placentaires permet de dgager
les notions lies aux mcanismes dvolution du gnome, et notamment lapparition de nouveaux gnes par
duplication gnique suivie de mutations indpendantes.
Ici, les mutations qui sont apparues ont amen des fonctionnalits nouvelles pour les protines codes
puisque toutes ces hormones ont des rles diffrents. Enfin, les gnes codant pour ces hormones tant situs
sur des chromosomes diffrents, on illustre bien avec ltude de cet exemple la souplesse du gnome au cours
de lvolution.
Les gnes des hormones tudies ici constituent deux familles multigniques : la famille des gnes LH, FSH,
TSH et HCG, et la famille des gnes de la GH, HPRL et HLP.
La comparaison des squences protiques et nucliques au sein de chacun des groupes proposs (famille des
gnes LH, FSH, TSH, HCG et famille des gnes GH, HPRL et HLP) permet de mettre en vidence des
similitudes molculaires et de dgager la notion de familles multigniques. La notion de duplication gnique
suivie de mutations indpendantes permet alors dexpliquer lapparition de nouveaux gnes partir dun
mme gne ancestral.
La prise en compte du taux didentits permet de prciser les relations de parent au sein de chacune de ces
familles. Les donnes palontologiques fournies permettent quant elles de comprendre comment on peut
dater approximativement certaines duplications gniques.
Enfin, les donnes fournies peuvent servir de support une rflexion sur les effets des mutations et sur leur
conservation :
ltude des gnes et protines LH et HCG permet de montrer comment une mutation peut, en supprimant
un codon stop, entraner un allongement de la protine synthtise, ce qui a contribu, avec lapparition
dautres mutations, lobtention dune protine aux fonctionnalits nouvelles ;
lalignement multiple des squences protiques des hormones LH, FSH, HCG et TSH permet de reprer
lexistence de sites identiques remarquables, en particulier les cystines. Or, ces rsidus, en permettant la
formation de ponts disulfures, jouent un rle essentiel dans la stabilisation de la structure
tridimensionnelle de la protine et donc dans ses proprits. On peut alors discuter du fait que ces sites
soient trs conservs dune hormone lautre : une mutation leur niveau doit arriver (aussi
frquemment quailleurs dans la molcule), mais ne se fixe pas car elle entrane une non-fonctionnalit de
la protine, donc nuit la survie de lindividu porteur qui ne peut alors pas la transmettre.
gntiques Duplications et familles multigniques permet datteindre :
- Gnes GH, HPRL et HLP pour accder :
- Nucliques qui charge le fichier genes-familleGH.edi affichant les squences nucliques strictement codantes
(du codon dinitiation au codon stop) des gnes de GH (hormone de croissance produite par lanthypophyse),
HPRL (hormone prolactine produite par lanthypophyse), HLP (hormone lactogne placentaire produite par le
placenta) ;
- Protiques qui charge le fichier hormones-familleGH.edi affichant les squences protiques des hormones
GH (hormone de croissance produite par lanthypophyse), HPRL (hormone prolactine produite par
lanthypophyse), HLP (hormone lactogne placentaire produite par le placenta).
- Gnes des hormones FSH, LH, TSH et HCG pour accder :
- Nucliques qui charge le fichier genes-familleLH.edi affichant les squences nucliques strictement codantes
(du codon dinitiation au codon stop) des gnes de LH (hormone lutinique produite par lanthypophyse), FSH
(Folliculate Stimulating Hormon produite par lanthypophyse), TSH (Thyrod Stimulating Hormon, produite par
lanthypophyse) et HCG (hormone gonadotrophine chorionique, produite par les villosits choriales) ;
- Protiques qui charge le fichier hormones-familleLH.edi affichant les squences protiques des hormones LH
(hormone lutinique produite par lanthypophyse), FSH (Folliculate Stimulating Hormon produite par
lanthypophyse), TSH (Thyrod Stimulating Hormon, produite par lanthypophyse) et HCG (hormone
gonadotrophine chorionique, produite par les villosits choriales).
158
Documents fournis
gntiques/Duplications et familles multigniques permet datteindre Gnes des hormones FSH, LH, TSH et
HCG et Gnes GH, HPRL et HLP pour accder :
- Information hormones qui charge le fichier infoshormones.bmp prsentant, pour chacune des hormones
considres ici, la localisation chromosomique du gne, le rle, les cellules productrices et les groupes de Vertbrs
qui la synthtisent. Ce document peut tre utilis pour discuter des phnomnes de transposition de gne lors de la
duplication, de lacquisition de nouvelles fonctionnalits pour les protines codes par les nouveaux gnes produits
et de la datation approximative de certaines duplications gniques ;
- Duplication LH HCG qui charge le fichier dupliLH_HCG.jpg et Duplication GH HLP qui charge le fichier
dupliGH_HLP.jpg : ces documents peuvent servir de base de discussion pour poser la notion de duplication
gnique ; ils peuvent tre complter par les lves ou justifier partir des analyses de squences effectues ;
- Phylognie famille GH qui charge le fichier phylofamilleGH.jpg rsumant lhistoire volutive de la famille des gnes
GH/HPRL/HLP et qui peut tre complt par les lves ou justifier partir des analyses de squences effectues. Une autre
utilisation possible de ces documents consisterait les considrer comme des modles de rfrence de lhistoire dune famille
multignique donne, et demander aux lves en quoi ils sont conforts par lanalyse des squences leur disposition.
Comparaisons obtenues pour la famille des gnes LH, FSH, TSH et HCG
LH bta
HCG bta
FSH bta
LH bta
100 %
HCG bta
79,1 %
100 %
FSH bta
54,4 %
54,4 %
100 %
TSH bta
45,5 %
46,5 %
45,8 %
TSH bta
100 %
Matrice des identits obtenue partir dun alignement avec discontinuit des gnes de ces hormones
LH bta
LH bta
100 %
HCG bta
71,5 %
HCG bta
FSH bta
TSH bta
100 %
FSH bta
34,1 % %
33,3 %
100 %
TSH bta
39,1 % %
34,8 %
35,5 %
100 %
Matrice des identits obtenue partir dun alignement avec discontinuit des squences protiques de ces hormones
Le plus fort taux didentit est entre les gnes LH bta et HCG bta (ou entre les hormones elles-mmes). On en
dduit que ces deux gnes drivent dun gne ancestral rcent, par un phnomne de duplication gnique ; les
diffrences quils prsentent aujourdhui sexpliquent par la fixation de mutations diffrentes dans les deux cas :
159
ANAGNE
La LH bta tant prsente chez tous les Vertbrs alors que la HCG bta ntant prsente que chez quelques
ordres de Mammifres placentaires (Primates, quids), on peut dater approximativement la duplication
lorigine des gnes de ces deux hormones : elle est postrieure lapparition des Mammifres placentaires. Les
quids ntant pas les Mammifres les plus troitement apparents aux Primates, on peut supposer que
lapparition de HCG rsulte dune volution convergente dans les lignes des Primates et des quids.
Dautre part, cela permet de dire que le gne ancestral devait coder pour une molcule de type LH bta.
La mise en relation des mutations dans les gnes LH bta et HCG bta avec les diffrences observes au
niveau protique permet de discuter de leffet de certaines mutations : ici, une mutation par dltion en
position 402 apparue dans le gne HCG bta provoque la disparition dun codon stop et donc lallongement
de la protine synthtise (la HCG bta possde 165 acides amins, la LH bta nen possde que 141).
Les taux didentit entre les gnes FSH bta, TSH bta et LH bta/HCG bta sont suffisants pour dire que ces
gnes sont homologues (et que ces protines sont homologues), mais les diffrences ne sont pas assez
significatives pour pouvoir raliser une phylognie pertinente (entre 54,4 % et 45,5 %, la diffrence nest pas
assez nette pour pouvoir vraiment distinguer sur une phylognie les duplications lorigine de ces gnes,
dun point de vue chronologique). Comme on obtient quatre gnes partir dun gne ancestral unique, on
peut dire quil y a eu trois duplications dans cette famille de gnes.
Les gnes des hormones FSH et TSH ntant pas sur le mme chromosome que les gnes LH et HCG, il faut galement faire
intervenir un phnomne de transposition (ou translocation) de gnes lors de chacune des deux duplications les plus
anciennes. Les quatre hormones nayant pas les mmes rles, on peut discuter de leffet des mutations apparues et fixes
diffremment selon les branches ; ces mutations sont lorigine des fonctionnalits nouvelles acquises par ces hormones.
Comparaisons obtenues pour la famille des gnes GH, HPRL et HLP
GH
HPRL
GH
100 %
HPRL
44,3 %
100 %
HLP
92,7 %
47,1 %
HLP
100 %
Matrice des identits obtenue partir dun alignement avec discontinuit des gnes de ces hormones
GH
HPRL
GH
100 %
HPRL
22,9 %
100 %
HLP
85,3 %
24,4 %
HLP
100 %
Matrice des identits obtenue partir dun alignement avec discontinuit des squences protiques de ces hormones
Le plus fort taux didentit est entre les gnes GH et HLP (ou entre les hormones elles-mmes). On en dduit que
ces deux gnes drivent dun gne ancestral rcent, par un phnomne de duplication gnique ; les diffrences
quils prsentent aujourdhui sexpliquent par la fixation de mutations diffrentes dans les deux cas :
160
La GH tant prsente chez tous les Vertbrs alors que la HLP nest prsente que chez les Mammifres
placentaires, on peut dater approximativement la duplication lorigine des gnes de ces deux hormones chez
lHomme : elle a eu lieu chez une espce lorigine de tous les placentaires actuels, soit environ entre 85 et
100 Ma. Dautre part, cela permet de dire que le gne ancestral devait coder pour une molcule de type GH.
Les taux didentit entre les gnes HLP et GH/HPRL sont beaucoup plus faibles, mais suffisants pour dire
que ces gnes sont homologues (et que ces protines sont homologues), surtout si lon considre la
conservation de plusieurs acides amins des positions prcises dans les protines codes et la structure
globale identique de ces gnes. Comme on obtient trois gnes partir dun gne ancestral unique, on peut dire
quil y a eu deux duplications dans cette famille de gnes.
Les gnes des hormones GH et HLP ntant pas sur le mme chromosome que le gne HPRL, il faut galement
faire intervenir un phnomne de transposition (ou translocation) de gnes lors de la duplication la plus
ancienne (tous les Vertbrs possdant les gnes GH et HPRL, on peut dire que la duplication lorigine de
ces deux gnes est plus ancienne que lapparition du groupe des Amphibiens, soit il y a environ 400 Ma).
Les trois hormones nayant pas les mmes rles, on peut discuter de leffet des mutations apparues et fixes
diffremment selon les branches ; ces mutations sont lorigine des fonctionnalits nouvelles acquises par ces
hormones.
161
ANAGNE
Gnes homotiques
Cf. page 45 (classe de seconde)
Les gnes homotiques interviennent au cours du dveloppement embryonnaire, notamment pour diriger
lexpression dautres gnes et permettre ainsi la mise en place des diffrents organes ; on les qualifie de gnes
matres ou gnes architectes . Ils dterminent la disposition des organes le long de laxe antropostrieur.
Les gnes homotiques sont des gnes rgulateurs (activation ou inhibition) de lexpression dautres gnes.
Ce sont des gnes homobote (ou homeobox), cest--dire quils codent pour une protine dont un domaine
est trs conserv au cours de lvolution. Ce domaine protique, appel homodomaine, a t dcouvert en
1983 ; il comporte soixante acides amins et sa structure secondaire comporte trois hlices formant le motif
HLH (Helix Loop Helix). Ce domaine se fixe lADN, ce qui contribue ouvrir localement lADN pour
permettre la transcription.
La figure ci-dessous a t obtenue avec le logiciel RasTop.
Les gnes homotiques sont organiss en complexes homotiques chez les animaux.
Les complexes homotiques

La disposition et lorganisation des gnes homotiques sont bien connues chez deux organismes : la
Drosophile et la Souris.
Chez la Drosophile, les gnes homotiques forment le complexe Hom-C port par le chromosome 3 ; ce
complexe est compos de deux groupes de gnes : le groupe Antennapedia et le groupe Bithorax, chacun de
ces groupes comprenant plusieurs gnes :
Antennapedia : gnes lab (labial), Antennapedia (antp), Sex comb reduced (Scr), Deformed (dfd),
proboscipedia (pb) ;
Bithorax : gnes ultrabithorax (ubx), abdominal A (AbdA) et abdominal B (AbdB).

Chez la Souris, les gnes homotiques forment quatre complexes Hox rpartis sur quatre chromosomes :
Complexe des gnes Hox A sur le chromosome 6 ;
Complexe des gnes Hox B sur le chromosome 11 ;
Complexe des gnes Hox C sur le chromosome 15 ;
Complexe des gnes Hox D sur le chromosome 2.
162
Il y a colinarit entre la disposition des gnes homotiques sur les chromosomes et les rgions du corps dans
lesquelles ils sexpriment : en parcourant lADN de 3 vers 5, on trouve des gnes dont les lieux daction
schelonnent de lavant vers larrire de lanimal.
Lors de lembryogense, la combinaison des produits de plusieurs gnes Hox donne une identit relative aux
cellules embryonnaires le long de laxe antro-postrieur. Chaque cellule embryonnaire est affecte dune
valeur positionnelle, qui rsulte dune combinatoire de plusieurs gnes Hox.
163
ANAGNE

gntiques Duplications et familles multigniques/Gnes homotiques permet datteindre :
- Nucliques qui charge le fichier BoxFamillesHomme.edi affichant les squences de gnes chez lHomme et la
Drosophile ;
- Protiques qui charge le fichier DomFamillesHomme.edi affichant les squences protiques correspondantes.
Les gnes homotiques des Arthropodes et des Vertbrs forment une famille multignique
Au sein dun mme organisme, par exemple la Souris, tous les gnes homotiques prsentent une similitude
importante de squence au niveau de lhomobote : ce sont donc des gnes homologues, cette homologie
tmoignant de leur origine commune. De plus, lordre des gnes sur chaque chromosome (donc au sein dun
mme complexe) est similaire dun complexe lautre. On peut donc dire que lon a des gnes paralogues
(exemple : HoxA4, HoxB4, HoxC4 et HoxD4 sont paralogues).
Comparaisons entre les gnes homotiques des Vertbrs et des Arthropodes :
les gnes des complexes Hox de Souris et Hom-C de Drosophile prsentent des similitudes dans leur
ordre de disposition sur les chromosomes et, dans les deux cas, ils sont impliqus dans le positionnement
et lidentit cellulaire le long de laxe antro-postrieur ;
des expriences de transgense interspcifique ont t ralises avec succs :

o la substitution du gne lab mut chez la Drosophile (mutation qui entrane la formation dune
tte trs petite) par le gne Hox B1 de Poulet restaure la morphogense normale de la tte de
Mouche ;
o linsertion du gne Hox B6 de Souris chez la Drosophile entrane la transformation des antennes
en pattes thoraciques ;
o dune manire gnrale, un gne homotique de Vertbr possde son homologue chez les
Insectes ; insr par transgense interspcifique dans le gnome de la Drosophile, le gne
homotique de la Souris ou de lHomme induit des transformations homotiques semblables
celles produites par son homologue ;
la comparaison de tous les gnes homotiques prsents chez les Arthropodes et les Vertbrs met en
vidence une grande similitude au niveau de lhomobote. Cette similitude de squence permet de dire
que tous ces gnes sont homologues, cest--dire quils ont une origine commune ; ils forment donc une
famille multignique. Tous ces gnes se sont forms partir dun mme gne ancestral par duplications
gniques suivies de mutations.
Domaine-B4
Homme
Domaine-B7
Homme
Domaine-Dfd
Drosophile
Domaine-B4 Homme
100
Domaine-B7 Homme
83,3
100
Domaine-Dfd Drosophile
88,3
83,3
100
Domaine-Ubx Drosophile
75
90
73,3
Domaine-Ubx
Drosophile
100
Tableaux des identits (en %) entre plusieurs homodomaines de gnes homotiques de Vertbrs et dArthropodes (valeurs
obtenues laide dun alignement ralis avec le logiciel Anagne)
Le fait quil y ait plus de similitudes entre les gnes Hoxb4 de lHomme et Dfd de la Drosophile quentre les
gnes HoxB4 et HoxB7 indique que la duplication lorigine de B4 et B7 est antrieure la sparation des
lignes des Insectes et des Vertbrs. Autrement dit, lanctre commun lHomme et la Drosophile avait un
gne lorigine du Dfd de la Drosophile et du B4 de lHomme. En outre, il possdait un gne lorigine du
gne HoxB7 et du gne Ubx (plus forte similitude entre Ubx et B7 quentre HoxB4 et HoxB7). Le mme
raisonnement peut tre tenu pour les gnes HoxB1, HoxB9, AbdB et Lab.
164
Des comparaisons du mme type entre les gnes homotiques des Vertbrs et de la Drosophile ont conduit
proposer le schma volutif suivant :
Ce schma indique que lanctre commun aux Vertbrs et aux Insectes possdait un complexe homotique
form de six gnes, eux-mmes rsultant de duplications antrieures. Ces six gnes sont lorigine des
complexes Hom de la Drosophile et Hox des Vertbrs. LAmphioxus est un Cord qui ne possde quun seul
complexe Hox. Les deux duplications lorigine des quatre complexes existant chez tous les Vertbrs ont
donc eu lieu dans la ligne des Cords aboutissant lanctre commun tous les Vertbrs.
Il est possible de faire travailler les lves sur le schma volutif ci-dessus, les amener extraire les
informations essentielles puis tester la validit de ce schma partir des squences des gnes homotiques
de la Drosophile et de la Souris.
165
ANAGNE
Exemple des globines

Les squences de globines ont dj t utilises pour tablir des relations de parent entre les Vertbrs. Les
lves savent donc que tous les gnes bta des globines (de mme que les gnes alpha) proviennent dun gne
possd par lanctre commun tous ces Vertbrs. Les diffrences entre les gnes des espces actuelles
rsultent de mutations intervenues au cours de lhistoire des diverses lignes, mutations qui ont russi se
propager et se fixer dans les populations successives. La comparaison des squences des gnes (ou des
protines) permet de rechercher si ces mutations sont rparties de faon quelconque ou non et, partir des
informations obtenues, de rflchir sur le devenir des mutations.
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Stabilit et variation des gnomes et volution/Maintien des
innovations gntiques/Exemple des globines permet datteindre Gnes des globines qui charge le fichier 6globines-beta-Vertebres.edi affichant des squences nucliques de gnes de globines.
La comparaison de ces squences permet de mettre en vidence des sites trs variables et des sites conservs.
Sites trs variables
Reprage de quelques sites trs variables dans les globines bta des Vertbrs. certaines positions, on observe une grande
variabilit des acides amins selon les globines : cest le cas en position 57 par exemple, ou encore en position 130
Localisation de ces sites sur une molcule 3D de bta globine (en rouge, les sites particulirement variables)
166
Sites conservs
Rsultat dune comparaison simple de globines bta de quelques Vertbrs
On peut donc noter des sites trs conservs , cest--dire nayant fix aucune mutation : 32 40 ; 42 ; 62
64 ; 66 68 ; 88 89 ; 91 et 92 ; 94 100 ; 102 103 ; 106 107 ; 122 123 ; 140 141 ; 144 146.
Mise en vidence de ces sites conservs sur une molcule de globine bta (en jaune : les sites conservs)
167
ANAGNE
Les mutations apparaissent au hasard, avec a priori la mme frquence tout au long de la molcule. On
constate cependant que certains sites sont particulirement variables dun taxon lautre, alors que dautres
sites sont trs identiques.
La localisation sur la molcule 3D montre que les sites conservs sont en rgle gnrale situs autour de
lhme. On peut donc supposer quun changement dans la squence des acides amins dans ces secteurs doit
avoir des rpercussions sur la fixation de lhme ou la structure spatiale de la molcule dans cette rgion, et
donc altrer la fonction de la globine. Ainsi, les individus porteurs de ces mutations doivent tre
dsavantags , donc ces mutations se transmettent beaucoup moins ou pas du tout et finissent par tre
limines.
En revanche, des changements dacides amins qui ne sont pas importants pour le maintien de la structure
spatiale de la globine ou la fixation de lhme nont pas deffet sur la survie ou la reproduction des individus
qui les portent. Ils ne confrent donc aucun avantage slectif. Et pourtant, leur prsence dans les populations
des espces actuelles indique que ces mutations apparues diffrents moments de lhistoire des lignes se
sont rpandues dans les populations et transmises aux espces successives des lignes. La conservation de ces
mutations dites neutres est alatoire (mcanisme de la drive gnique, hors programme).
168

des Moustiques aux insecticides
Exemple des estrases Rsistance
partir des annes 1960, des insecticides organophosphors (OP) ont t utiliss pour lutter contre les
Moustiques, notamment dans la rgion de Montpellier. Paralllement cette utilisation, on a constat
lapparition dans les rgions traites, et avec une frquence croissante au cours du temps, de Moustiques
(Culex pipiens) rsistants ces insecticides.
Des innovations gntiques sont lorigine de cette rsistance ; ces innovations sont apparues au hasard, mais
une slection positive des individus qui en taient porteurs a d avoir lieu, expliquant laugmentation de
frquence des phnotypes rsistants qui a t constate au cours du temps.
Le mode daction des insecticides organophosphors OP
Les insecticides OP et les carbamates ont pour cible lenzyme actylcholine estrase (ACE, prsente au niveau
des synapses cholinergiques et ayant pour rle lhydrolyse du neuromdiateur actylcholine) quils inhibent.
Les anomalies de fonctionnement du systme nerveux qui en rsultent entranent la mort de lInsecte sensible.
Cependant, pour quun insecticide soit efficace il faut quil puisse atteindre sa cible, cest--dire ici lespace
synaptique. Il doit donc pntrer dans lorganisme de lInsecte et circuler dans son milieu intrieur.
Les Moustiques non rsistants peuvent lutter naturellement contre de faibles doses dinsecticides OP
La rsistance aux insecticides OP et aux carbamates peut sexpliquer par des mcanismes qui empchent ces
insecticides datteindre leur cible, ou par une sensibilit moindre de la cible (ACE).
Les estrases, enzymes produites naturellement par les Moustiques, hydrolysent les liaisons ester, notamment
celles des molcules des insecticides OP et des carbamates (comme le propoxur). Il existe chez le Moustique
deux sortes destrases appeles A et B, qui hydrolysent toutes les deux des liaisons ester, mais avec une
spcificit relative la position des liaisons. Les gnes codant pour les estrases ne sexpriment pas dans tous
les tissus de lInsecte ; cette expression a surtout lieu dans la paroi du tube digestif, la zone cellulaire cutane
sous-hypodermique et les ganglions crbraux et thoraciques, les deux premiers tissus constituant les
principales voies de pntration de linsecticide dans lorganisme, les derniers contenant la cible des
insecticides. Les estrases permettent donc dempcher linsecticide de pntrer et de circuler dans
lorganisme de lInsecte, donc datteindre sa cible. Il sagit ici dun mcanisme de dtoxication par
mtabolisation de linsecticide. Le rle physiologique des estrases est inconnu actuellement
Dterminisme gntique de la production destrases chez les Moustiques non rsistants aux
insecticides OP
Ces estrases sont codes par deux gnes (Est 3 codant pour lestrase A et Est 2 codant pour lestrase B) dont
les loci sont situs sur le mme chromosome et espacs de 2 6 kb. Il existe un polymorphisme important pour
chacun de ces gnes. Ce polymorphisme est neutre, cest--dire sans consquences sur lactivit enzymatique.
Dans un souci de simplification, ces gnes seront dsigns par les lettres A et B dans la banque de donnes fournies, et les allles
de chacun de ces gnes sont dsigns par des numros (A1, A2 B2, B4)
La rsistance des Moustiques aux insecticides OP

La production destrases par les Moustiques sensibles est trs faible, insuffisante pour empcher linsecticide
dagir. Chez certaines souches rsistantes, la production destrases en beaucoup plus grande quantit est le
mcanisme lorigine de la rsistance. Il ne sagit donc pas dun changement qualitatif (efficacit des
estrases) mais dun changement quantitatif (laugmentation de la quantit destrases produites peut tre
considrable, jusqu reprsenter 6 10 % des protines totales de lInsecte). Un test au papier-filtre permet
dvaluer la quantit destrases produites par un Moustique.
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ANAGNE
Le gnome des Moustiques rsistants par production accrue destrases

Les Moustiques dont la rsistance est due une production accrue destrases ont un gnome caractris par
une amplification des gnes Est3 (ou gne A) et Est2 (ou gne B) : chacun de ces gnes est prsent en de
nombreux exemplaires. Linnovation gntique consiste donc en duplications gniques. Tous les gnes
rsultant de ces duplications sont identiques et sexpriment, ce qui explique la production accrue destrases.
On dsigne par ester le supergne rsultant de lamplification (ester B pour le rsultat de lamplification
du gne B, ester A-B pour le rsultat de lamplification de lensemble des deux gnes A et B).
Selon lallle du gne qui est amplifi, on distingue plusieurs supergnes ester : ester B1 (plusieurs copies
de lallle B1), ester A2-B2 (plusieurs copies de lensemble des deux allles A2-B2)
Lexistence de plusieurs supergnes ester diffrents (ester B2, ester B4, ester A2-B2, ester A4-B4) indique
que plusieurs innovations gntiques lorigine de la rsistance sont intervenues de faon indpendante
dans les populations de Moustiques (duplications partir de lallle B2, duplication partir de lallle B4).
Cependant, le polymorphisme des gnes A et B est trs nettement suprieur celui des supergnes ester ;
cela indique donc que les mutations lorigine des supergnes ester sont relativement rares. Dautre part,
on a pu constater que des allles ester apparus en premier dans une rgion se retrouvaient ensuite dans une
autre rgion assez loigne ; cela sinterprte comme le rsultat de migrations des Moustiques (par transport
arien ou maritime par exemple) et non comme le rsultat de deux mutations identiques indpendantes. Le
niveau damplification varie selon les allles ester : il peut atteindre cent copies du gne ou plus pour ester B1,
tandis quil ne dpasse pas quelques copies pour ester A4-B4. De plus, pour un mme allle (par exemple,
ester B1) le niveau damplification peut tre variable selon les individus au sein dune population sauvage ou
entre des populations diffrentes.
Enfin, il existe un allle ester A1 pour lequel la production accrue destrases nest pas due lamplification du gne
A1, mais un changement dans la rgulation de lexpression de ce gne. Comme les processus de rgulation
gnique ne sont pas au programme de terminale S, nous navons pas retenu cet allle dans la banque de donnes.
Les observations de terrain et les donnes exprimentales relatives laction de lenvironnement sur
la frquence des phnotypes rsistants
Des chercheurs ont dtermin le pourcentage de Moustiques rsistants aux insecticides OP dans la rgion de
Montpellier, dans une zone o il y a eu pandage dinsecticides depuis les annes 1970, et dans une zone non
soumise aux insecticides.
Les sites dobservation et de mesures.

La ligne pointille indique la sparation entre la zone non traite par les insecticides OP (au nord) et la zone traite (prs des ctes)
170
Pour ce faire, ils prlvent des larves quils placent dans des solutions dinsecticides de concentration
croissante. Ils dterminent le nombre de larves mortes au bout de vingt-quatre heures, ce qui leur permet
dtablir une courbe de mortalit.
Courbes de mortalit exprimentale des larves en fonction des doses dinsecticides

S : souche sensible, R : souche rsistante Les rsultats sont prsents sous forme de graphique, les doses utilises ncessitant
lutilisation dune chelle logarithmique en abscisse
En oprant ainsi dans la rgion de Montpellier, ils ont obtenu les rsultats indiqus dans le tableau et le
graphe ci-dessous :
Les larves, chantillonnes le long du cline (nom de la commune indique, ainsi que la distance la mer), ont t soumises une dose
dinsecticide qui tuait tous les Moustiques avant les annes 1968. Les larves mortes et vivantes ont t comptes au bout de 24 heures
171
ANAGNE
On constate que la frquence des phnotypes rsistants est trs forte dans la rgion soumise aux insecticides et
quelle diminue au fur et mesure que lon sloigne de cette zone.
Des chercheurs ont dtermin le gnotype des Moustiques recueillis dans la rgion de Montpellier en ce qui
concerne les gnes des estrases. partir des donnes obtenues, ils ont calcul la frquence des allles de
rsistance ester en fonction de la distance au bord de mer.
On peut alors constater que la frquence des allles de rsistance est nettement suprieure dans la zone traite
et quelle diminue rgulirement lorsque lon sloigne de cette zone. La recherche dune explication ces
observations conduit naturellement faire intervenir la slection positive des Moustiques porteurs dallles de
rsistance dans la zone traite
Une tude exprimentale a t mene pendant quatre ans en laboratoire afin de tester linfluence de facteurs
du milieu de vie sur les variations de frquence allliques et phnotypiques.
La souche Edit (R92 sur le graphe) est une souche de Moustiques rsistants obtenue par les chercheurs en
1992 la suite de nombreux croisements. La rsistance de la souche est due lallle EsterB1 qui entrane une
production considrablement amplifie de lestrase B1. La souche est initialement homozygote pour lallle
B1 : tous les Moustiques ont deux allles B1 avec le mme nombre de rptitions de B1.
Les chercheurs ont divis cette population de Moustiques de ligne pure pour EsterB1 en deux. La premire
fraction a t leve pendant quatre ans dans un milieu sans insecticide (R96a). La seconde fraction a t
soumise, chaque gnration, au dernier stade larvaire, laction dun insecticide OP une concentration
entranant une mortalit dau moins 80 % des larves (souche Sedit R96i). Lexprimentation permet donc
de suivre lvolution du phnotype des Moustiques initialement de mme gnotype, en fonction de
lenvironnement.
On met alors en vidence deux phnotypes macroscopiques au sein des populations de Moustiques : le
phnotype sensible aux insecticides OP et le phnotype rsistant aux insecticides OP .
Les scientifiques utilisent la DL50 pour traduire la rsistance des Moustiques. Cette valeur correspond la
concentration dinsecticides pour laquelle on obtient 50 % de mortalit des larves.
En 1996, on a dtermin les courbes de mortalit des deux populations Edit96 (R96a) et SEdit (R96i) et on les a
compares celle de Edit92 (R92).
172
Graphique prsentant les rsultats dune exprimentation mene sur quatre ans pour tudier linfluence
dun facteur de lenvironnement (les insecticides OP) sur la frquence des phnotypes des Moustiques
La courbe de mortalit de Sedit (R96i) est dcale vers la droite par rapport celle de Edit92 (R92). Cela
indique que globalement, la population Sedit (R92i) est plus rsistante que la population Edit (R92)
dont elle est issue. La dose DL50 pour la souche Edit92 (R92) est environ 5.10-2 et pour SEdit96 (R96i)
elle est environ de 2,5.10-1, ce qui donne un rapport de 5 environ.
La courbe de Edit96 (R96a) est dcale vers la gauche par rapport Edit92 (R92) : globalement, la
population Edit96 (R96a) est moins rsistante que celle de Edit92 (R92). La DL50 de Edit96 (R96a)
est de 2.10-2, ce qui donne un rapport vis--vis de Edit92 (R92) de 0,4.
On constate donc une slection positive des Moustiques rsistants dans la population soumise au fil des
gnrations linsecticide, mais aussi une slection en faveur dorganismes moins rsistants dans la
population leve en absence dinsecticide. Cela semble indiquer un dsavantage des Moustiques rsistants
dans le milieu sans insecticide. Une premire explication de ce cot de la rsistance, certes sans support
exprimental, consiste dire quen labsence dinsecticide, la quantit considrable destrase produite lest
pour rien. Il est possible que la production dune telle quantit de protines, comparativement aux
Moustiques sensibles, affecte dune certaine faon la valeur slective. On a galement montr que les souches
produisant beaucoup destrases taient beaucoup plus sensibles aux bactries Wolbachia, ces dernires ayant
une action nfaste sur la reproduction des Moustiques.
Les recherches ont t poursuivies sur les souches Edit (R92) et Sedit (R96i) en comparant lvolution
du gnotype des deux populations. Chez quelques individus de chaque population, on a dtermin le nombre
de rptitions de B1 dans lallle EsterB1 quils possdaient. Le niveau damplification dans les deux
populations Edit96 (R96a) et SEdit96 (R96i) tait bien diffrent : une moyenne de 23 +/- 7 copies chez
Sedit (R96i), et de 11+/- 2 chez Edit (R92). Cela indique que dans lhistoire volutive des deux
populations de nouvelles mutations conduisent un polymorphisme gnique avec une slection positive des
individus porteurs dun grand nombre de rptitions en milieu avec insecticide et de ceux dont le niveau
damplification est faible dans le milieu sans insecticide. Ainsi, il y a une interaction permanente entre
innovations gntiques et environnement.
NB : Le plus difficile est bien sr de faire saisir que le milieu noriente pas la nature des mutations, mais que celles-ci sont
slectionnes en fonction des caractristiques de celui-ci.
Dans un article de Mdecine Sciences de dcembre 2003, Michel Raymond et al. crivent : Il est important de
comprendre que le Moustique ne mute pas pour rsister aux insecticides ! De trs nombreuses mutations
prexistent dans les immenses populations de Moustiques. Lorsque des insecticides sont prsents dans
lenvironnement, les Moustiques qui ont des mutations favorables leur survie se reproduisent alors que les
Moustiques sensibles aux toxiques meurent ! Les mutations confrant aux Moustiques la capacit de rsister
aux OP ne sont pas engendres mais slectionnes par le milieu.
173
ANAGNE

Les donnes fournies dans les thmes dtude sont utiles pour btir des squences pdagogiques permettant
daborder les mcanismes de lvolution, tant en ce qui concerne les innovations gntiques (duplication
gnique, suivie ou non de mutations alatoires), que linfluence de certains facteurs du milieu de vie sur le
maintien de ces innovations gntiques au sein dune population.
Il sagit de donnes exprimentales, dobservations sur le terrain et de squences nucliques, fournies par
Michel Raymond et son quipe (Institut des sciences de lvolution de luniversit de Montpellier I).
Innovations gntiques : apparition de nouveaux allles par mutations
innovations gntiques/Exemple des estrases Rsistance des Moustiques aux insecticides/Innovations
gntiques permet datteindre Duplication qui charge le fichier duplic-esterases.edi affichant en tte de liste les
squences :
- AllleB1complet : squence nuclique de la partie strictement codante du gne B allle B1 (du codon dinitiation au
codon stop) le gne B, ou Est2, code pour une estrase B ;
- AllleB2complet : squence nuclique de la partie strictement codante du gne B allle B2 (du codon dinitiation au
codon stop) le gne B, ou Est2, code pour une estrase B.
Comparaison des allles B1 et B2
De nouveaux allles dun mme gne apparaissent par mutations. Les allles B1 et B2 diffrent par cinq
mutations dont une seule apparat dans la squence protique - 39 (C/T) - 59 (A/G) - 63 (A/G) - 66 (G/T) - 67
(TC) ; seule la 59 a des consquences : AAC/AGC donc Asn (N) au lieu de Ser (S). Les estrases codes par ces
allles sont fonctionnelles.
Les rsultats de ces comparaisons sont donc utilisables pour aborder les notions de mutations neutres et de
mutations muettes.
Innovations gntiques : phnomne de duplication gnique
gntiques permet datteindre Duplication qui charge le fichier duplic-esterases.edi affichant entre autres les
squences :
- GneBallle1 : squence simplifie du gne B allle B1 afin de faciliter les traitements des squences, on a limit
cette squence aux soixante-neuf premiers nuclotides du gne + codon stop ;
- B1R : squence simplifie du locus B dun Moustique rsistant de la souche B1R (appele aussi EsterB1) afin de
faciliter les traitements des squences, on a limit la squence de chaque gne aux soixante-neuf premiers nuclotides +
codon stop ; les gnes sont spars par 12N, correspondant des squences non codantes cette squence B1R reprsente
donc huit gnes B, allle B1, disposs la suite les uns des autres, et spars par des squences non codantes reprsentes
par 12N ;
- A2B2 : squence simplifie du locus AB afin de faciliter les traitements des squences, on a limit la squence
de chaque gne aux soixante-neuf premiers nuclotides + codon stop ; les gnes sont spars par 12N, correspondant
des squences non codantes cette squence A2B2 reprsente donc un gne A, allle A2, simplifi, suivi de 12N
(squence non codante) puis dun gne B allle B2, simplifi. ;
- A2B2R : squence simplifie du locus AB dun Moustique rsistant de la souche A2B2R (appele aussi Ester
A2B2) afin de faciliter les traitements des squences, on a limit la squence de chaque gne aux soixante-neuf
premiers nuclotides + codon stop ; les gnes sont spars par 12N, correspondant des squences non codantes
cette squence A2B2R reprsente donc quatre ensembles A2B2, disposs la suite les uns des autres, et spars par
des squences non codantes reprsentes par 12N (une squence de 12N sparant galement les gnes A2 et B2 dans
chaque ensemble A2B2).
Comparaison des squences B1 et B1R, prsentes respectivement chez les Moustiques sensibles et rsistants
Chez le Moustique rsistant (gnome B1R), on constate lexistence de plusieurs exemplaires (huit dans les
squences fournies) du gne B1 disposs en tandem , tous identiques entre eux, ce qui peut sinterprter par
un phnomne de duplication gnique du gne B1 (non encore suivi de mutation).
174
Comparaison des squences A2B2 et A2B2R, prsentes respectivement chez les Moustiques sensibles et rsistants
Chez le Moustique rsistant (gnome A2B2R), on constate lexistence de plusieurs exemplaires (quatre dans
les squences fournies) de lensemble A2B2 , tous identiques entre eux, ce qui peut sinterprter par un
phnomne de duplication gnique de lensemble A2B2.
Remarques
Il existe deux faons de comparer les squences proposes avec le logiciel Anagne :
utilisation de la fonctionnalit Comparaison simple de squences :

Pour comparer des squences de longueur diffrente et mettre en vidence la rptition du gne
lidentique, il faut pouvoir dcaler la squence la plus courte de faon la comparer diffrentes zones de
la squence la plus longue ; on peut procder de la faon suivante :
o demander une comparaison simple en slectionnant en premier le gnome le plus court ;
o reprer dans le gnome form de plusieurs gnes la squence de NNNN qui spare deux gnes et
noter la position laquelle se finit cette squence non codante (exemple : 84) ;
o inscrire en face du nom de la premire squence, la place du 0, le numro relev prcdemment
(84) et valider.
utilisation de la fonctionnalit DotPlot :

o slectionner les deux squences comparer et demander le Dot Plot ;
o laffichage permet de constater que la squence B allle 1 se retrouve lidentique huit fois dans
B1R.
175
ANAGNE
Innovations gntiques : phnomne de duplication gnique suivie de mutations

gntiques permet datteindre Duplication qui charge le fichier duplic-esterases.edi affichant entre autres les
squences :
- AllleA2complet : squence nuclique de la partie strictement codante du gne A allle A2 (du codon dinitiation au
codon stop) le gne A, ou Est3, code pour une estrase A ;
- GneAallle2 : squence simplifie du gne A allle A2 afin de faciliter les traitements des squences, on a limit
- GneBallle2 : squence simplifie du gne B allle B2 afin de faciliter les traitements des squences, on a limit
cette squence aux soixante-neuf premiers nuclotides du gne + codon stop.
Comparaison des gnes A (allle A2) et B (allle B2)
Les similitudes importantes suggrent une origine commune des deux gnes (on peut alors voquer une
duplication gnique), mais cette duplication a d tre suivie de mutations, ce qui a abouti deux gnes
aujourdhui diffrents (qui codent tous deux pour des estrases, mais aux proprits lgrement diffrentes).
Influence dun facteur du milieu de vie sur le maintien des innovations gntiques
Squences
innovations gntiques/Exemple des estrases Rsistance des Moustiques aux insecticides/Slection naturelle
permet datteindre Slection qui charge le fichier select-moustiques.edi affichant les squences :
- gne B allle 1 : squence simplifie du gne B allle B1 afin de faciliter les traitements des squences, on a limit
- R92 : squence simplifie du locus B dun Moustique rsistant de la souche R92 utilise par les chercheurs pour
lexprimentation afin de faciliter les traitements des squences, on a limit la squence de chaque gne aux
soixante-neuf premiers nuclotides + codon stop ; les gnes sont spars par 12N, correspondant des squences non
codantes cette squence R92 reprsente donc quatorze gnes B, allle B1, disposs la suite les uns des autres, et
spars par des squences non codantes reprsentes par 12N ;
- R96a-1 : squence simplifie du locus B dun Moustique rsistant de la souche R96a (ou Edit96), obtenue partir
de la souche R92 leve dans un environnement sans insecticides OP pendant quatre ans afin de faciliter les
traitements des squences, on a limit la squence de chaque gne aux soixante-neuf premiers nuclotides + codon
stop ; les gnes sont spars par 12N, correspondant des squences non codantes cette squence R92 reprsente
donc sept gnes B, allle B1, disposs la suite les uns des autres, et spars par des squences non codantes
reprsentes par 12N ;
donc dix gnes B, allle B1, disposs la suite les uns des autres, et spars par des squences non codantes
donc treize gnes B, allle B1, disposs la suite les uns des autres, et spars par des squences non codantes
- R96i-1 : squence simplifie du locus B dun Moustique rsistant de la souche R96i (ou SEdit96), obtenue partir
de la souche R92 soumise aux insecticides OP pendant quatre ans afin de faciliter les traitements des squences, on
a limit la squence de chaque gne aux soixante-neuf premiers nuclotides + codon stop ; les gnes sont spars par
12N, correspondant des squences non codantes cette squence R92 reprsente donc dix-huit gnes B, allle B1,
disposs la suite les uns des autres, et spars par des squences non codantes reprsentes par 12N ;
176
- R96i-2 : squence simplifie du locus B dun Moustique rsistant de la souche R96i (ou SEdit96), obtenue partir
a limit la squence de chaque gne aux soixante-neuf premiers nuclotides + codon stop ; les gnes sont spars par
12N, correspondant des squences non codantes cette squence R92 reprsente donc vingt-deux gnes B, allle B1,
disposs la suite les uns des autres, et spars par des squences non codantes reprsentes par 12N ;
- R96i-3 : squence simplifie du locus B dun Moustique rsistant de la souche R96i (ou Sedit96), obtenue partir
a limit la squence de chaque gne aux 69 premiers nuclotides + codon stop ; les gnes sont spars par 12N,
correspondant des squences non codantes cette squence R92 reprsente donc vingt-trois gnes B, allle B1,
disposs la suite les uns des autres, et spars par des squences non codantes reprsentes par 12N.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Stabilit et variation des gnomes et volution/Maintien des innovations
gntiques : exemple de la rsistance des Moustiques/Un modle : la rsistance aux insecticides chez les
Moustiques/Innovations gntiques et/Slection naturelle permettent datteindre :
- Courbe de mortalit qui charge le fichier MortaliteSR.jpg : graphique de rsultats exprimentaux (chelle
logarithmique). On soumet des larves de Moustiques (au dernier stade larvaire) des doses croissantes dinsecticides
et on value le pourcentage de mortalit en fonction des concentrations utilises ;
- Production destrases qui charge le fichier quantiteesterase.jpg : prsentation de rsultats exprimentaux dun test
au papier-filtre permettant dvaluer les quantits destrase produites par des Moustiques ;
- Rpartition des phnotypes qui charge le fichier repphenomoustiques.jpg : graphique de rpartition des
phnotypes de Moustiques en fonction de la distance la cte, dans la rgion de Montpellier. Ce graphique a t
tabli partir de mesures ralises en 1992 ;
- Frquence des gnotypes qui charge le fichier frequencegenotypes-esterases.jpg : graphique prsentant la
frquence de quelques gnotypes pour le gne des estrases chez les Moustiques, en fonction de la distance la cte.
- Frquence allles rsistants qui charge le fichier resistance.jpg : graphique prsentant la frquence allles
rsistants pour le gne des estrases chez les Moustiques, en fonction de la distance la cte ;
- tude exprimentale qui charge le fichier etude-experimentale-moustiques.jpg : graphique prsentant les rsultats
dune exprimentation mene sur quatre ans pour tudier linfluence dun facteur de lenvironnement (les
insecticides OP) sur la frquence des phnotypes des Moustiques.
Comparaison du gnome de la souche R92 (ou Edit 92) avec lallle B1
Le gnome de la souche R92 comprend quatorze exemplaires du gne B1, tous ces exemplaires tant issus
dun allle B1 par duplications successives.
Comparaison des gnomes des souches R96a-1, R96a-2, R96a-3, R96i-1, R96i-2, R96i-3 avec lallle B1 (ou encore
avec le gnome de la souche R92)
Les souches places pendant quatre ans dans un environnement riche en insecticides OP prsentent un
gnome o le nombre dexemplaires du gne B1 est suprieur celui de la souche dorigine ; les souches
places pendant quatre ans dans un environnement sans insecticides OP prsentent un gnome o le nombre
dexemplaires du gne B1 est infrieur celui de la souche dorigine. Ce constat permet de poser le problme
de linfluence dun facteur de lenvironnement (les insecticides OP) sur le maintien des innovations gntiques
(il faut bien sr partir du principe que les innovations gntiques se font au hasard !).
177
ANAGNE
Documents complmentaires
valuation de la quantit destrases produite par diffrentes souches de Moustiques
Il est possible dvaluer exprimentalement la quantit destrases produites par un Moustique.

Protocole exprimental
On crase des Moustiques recueillis sur un papier-filtre, puis on ajoute les ractifs suivants :
- un mlange de deux substrats sur lesquels lestrase agit en les coupant ;
- un ractif qui colore en rouge lun des produits obtenus.
Le substrat chromogne est un mlange de alpha-naphthyl actate (alpha NA) et de bta-naphthyl actate
(bta NA). la rigueur, un seul des deux peut tre utilis, mais habituellement, cest un mlange des deux,
dans un rapport 1/1, les estrases A utilisent prfrentiellement alpha NA, et les estrases B agissent
prfrentiellement sur bta NA. Lestrase coupe ces deux substrats, en librant du alpha (ou bta) naphthol,
qui se colore en prsence de Fast Garnet GBC (poudre rajouter dans le tampon de coloration). Le produit
plus Fast Garnet donne un prcipit rouge, qui donne la coloration sur le papier-filtre ;
- une fois le Moustique cras sur le papier, la rvlation se fait entre cinq et quinze minutes, si tous les ractifs
sont prts, chaque tche correspondant un Moustique cras, lintensit de la coloration obtenue tant
proportionnelle la quantit destrase produite par ce Moustique.
valuation de la quantit destrases produite par diffrentes souches de Moustiques :

rsultats exprimentaux dun test au papier-filtre
Ce protocole exprimental a t appliqu une population de Moustiques de la rgion de Montpellier. On

observe alors une varit phnotypique au sein de cette population de Moustiques, certains produisant
beaucoup destrases, dautres trs peu.
Ces rsultats sont mettre en relation avec le document prsentant la variabilit des populations de
Moustiques au niveau du phnotype macroscopique (rsistance ou sensibilit aux insecticides).
178

slection naturelle
Exemple de la G6PD Paludisme,
Pistes dexploitation pdagogiques

Les donnes sur les allles de la G6PD ont permis dtablir que ceux-ci rsultent de mutations partir dun
gne ancestral G6PDB et de rflchir ainsi la filiation entre ces allles. Ces allles ont aussi une frquence trs
variable suivant les populations. La recherche dexplications ces diffrences permet de renforcer la notion de
slection naturelle positive.
Frquence des allles dun gne et slection naturelle
innovations gntiques/Exemple de la G6PD Paludisme, slection naturelle permet datteindre Allles de la
G6PD Slection qui charge le fichier G6PD-HS.edi affichant les squences nucliques strictement codantes de
quelques allles du gne de la G6PD.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Stabilit et variation des gnomes et volution/Maintien des innovations
gntiques : paludisme, G6PD, slection naturelle permet datteindre :
- Rle G6PD qui charge le fichier roleG6PD.bmp fournissant des informations scientifiques, sous forme dun petit
texte, concernant la G6PD et les consquences dune rduction de lefficacit de lenzyme de la G6PD ;
- Frquence allles G6PD qui charge le fichier FRQG6PD.bmp affichant la frquence de quelques allle de la G6PD ;
- Carte rpartition G6PD dficiente qui charge le fichier reparti-G6PD.bmp affichant la carte de la dficience en
G6PD lchelle mondiale : elle permet de reprer les rgions du monde o les dficiences en G6PD sont
relativement frquentes, et de souligner la frquence leve en Afrique tropicale ;
- Carte-paludisme-2002 qui charge le fichier palu-2002.bmp montrant la rpartition du paludisme dans le monde en
2002, permet dtablir une premire corrlation entre la rpartition du paludisme et les zones o la G6PD dficience
est rpandue ;
- Carte paludisme pass qui charge le fichier palu-passe.bmp montrant la rpartition du paludisme dans le monde
par le pass, rvle que lradication du paludisme dans le bassin mditerranen est rcente et permet donc daffiner
la corrlation paludisme/dficience . Les discordances dans les Amriques sexpliquent par lhistoire des
populations africaines ;
- Localisation Vanuatu qui charge le fichier local-vanuatu.bmp rvlant la localisation gographique de larchipel de
Vanuatu ;
- Frquence allles G6PD-Vanuatu qui charge le fichier G6PD-Vanuatu.bmp affichant la frquence des allles de la
G6PD dans les les de larchipel et permettant de retrouver la corrlation paludisme/dficience lchelle locale ;
- Donnes pidmiologiques Gambie-Kenya qui charge le fichier gambie-kenya.bmp affichant la frquence des
allles G6PDA- dans deux populations denfants paludens et non paludens et qui montre que dans une mme
population la frquence des allles G6PDA- est statistiquement plus faible chez les enfants paludens que chez les
enfants non paludens ;
- Frquence hmaties parasites qui charge le fichier freq-hematies.bmp affichant la frquence des hmaties
parasites par le plasmodium chez les filles paludennes et htrozygotes G6PDA-/G6PDB ou G6PDA-/G6PDA.
Elle montre le moindre dveloppement du parasite dans les hmaties G6PD dficientes que dans les hmaties G6PD
fonctionnelles ;
- tude exprimentale G6PD qui charge le fichier experG6PD.bmp prsentant ltude in vitro de linfection par le
Plasmodium dhmaties G6PD dficientes et dhmaties G6PD fonctionnelles qui rvle le moindre dveloppement du
Plasmodium dans les hmaties G6PD dficientes.
La carte des rgions du monde o la frquence des allles G6PD dficients est suprieure 1 % recouvre
globalement celle o le paludisme svit de faon endmique. Les principales discordances sexpliquent
aisment : le paludisme a t radiqu depuis une centaine dannes seulement dans le bassin mditerranen ;
il ny a pas de paludisme en Amrique du Nord mais les personnes G6PD dficientes sont dorigine africaine.
Cette corrlation laisse penser que lextension des allles G6PD dficients, dans les rgions o le paludisme
179
ANAGNE
est endmique, est due lavantage slectif qui rsulte de la possession dallle G6PD dficient vis--vis du
paludisme. Cela est confirm lchelle locale par les donnes relatives larchipel du Vanuatu : alors que le
peuplement des les a la mme origine, la frquence de la dficience en G6PD est beaucoup plus grande dans
celle o le paludisme est rpandu. Le maintien dune frquence relativement forte dallles lorigine dune
G6PD dficiente dans des zones dendmie palustre rsulte dun quilibre entre lavantage contre le
Plasmodium assur par ces allles et le dsavantage d la dficience enzymatique.
Les donnes pidmiologiques confirment lavantage slectif des porteurs dallles G6PD dficients dans les
rgions impaludes.
En effet, dans une population denfants paludens dAfrique de lOuest et de lEst, la frquence des
garons et filles porteurs de lallle G6PDA-, est significativement infrieure celle denfants non
paludens, en particulier chez les enfants victimes dun paludisme svre. Tout se passe comme si la
possession confrait une rsistance vis--vis du Plasmodium.
lchelle cellulaire, cela est confirm par les donnes relatives aux femmes htrozygotes parasites par
le Plasmodium : chez ces femmes, la frquence des hmaties G6PD dficientes parasites est, suivant les
individus, 2 80 fois plus faible que celle des hmaties parasites possdant lenzyme G6PD efficace (par
suite du phnomne de lyonisation, les allles des gnes ports par un chromosome X sexpriment dans
certaines cellules, les allles de lautre chromosome X dans dautres cellules, do la prsence de deux
populations dhmaties chez les femmes htrozygotes pour le gne G6PD).
180
Les donnes exprimentales fournissent un dbut dexplication la rsistance vis--vis du Plasmodium que
confre la possession dun allle G6PD dficient. Dune part, on constate quin vitro les hmaties G6PD
dficientes sont moins parasites que les hmaties non dficientes ; dautre part, lorsquelles sont parasites,
elles sont plus phagocytes un stade o le parasite na pas encore ralis sa multiplication. Il en rsulte une
moins grande production de Plasmodium et donc un paludisme moins svre.
tude exprimentale : comparaison in vitro du pourcentage dhmaties parasites

chez une population dficiente en G6PD et une population non dficiente
181
ANAGNE
PROCRATION ANALYSE DE CAS CLINIQUES

Dterminisme du sexe
Chez lembryon de six semaines, les gonades sont encore indiffrencies et des voies gnitales mles (canaux
de Wolf) et fminines (canaux de Mller) sont prsentes. Cest le caryotype de lembryon qui dtermine la
diffrenciation des gonades, prlude la diffrenciation des voies gnitales.
Si lembryon possde un chromosome Y, le gne SRY (Sex Determining Region of Y Chromosom) sexprime et il y
a alors production de protine TDF (Testicule Determining Factor). Cette protine contrle lexpression de
nombreux autres gnes codant pour des protines induisant la diffrenciation des gonades en testicules ds la
8e semaine. Les testicules produisent alors de la testostrone, responsable du dveloppement des voies
gnitales mles et de la masculinisation des organes gnitaux externes ; ils produisent galement de lAMH
(Anti Mullerian Hormon) responsable de la dgnrescence des canaux de Mller.
Si lembryon ne possde pas de chromosome Y, les gonades se diffrencient en ovaires (vers la 10e semaine).
Labsence de testostrone entrane la rgression des canaux de Wolf et labsence dAMH entrane le
dveloppement des canaux de Mller, lorigine des voies gnitales fminines.
Le caryotype ne dtermine donc que la diffrenciation des gonades. La diffrenciation des voies gnitales se
fait ensuite de faon indpendante du caryotype, en fonction des hormones scrtes ou non (testostrone et
AMH).
Lachvement des phnotypes sexuels se droule la pubert. Les gonades deviennent alors fonctionnelles et
produisent des gamtes, mais aussi des hormones gonadiques agissant sur les caractres sexuels secondaires.
Les gonatrophines hypophysaires (LH et FSH) contrlent le fonctionnement de ces gonades ; leur scrtion est
elle-mme sous linfluence de la GnRH hypothalamique et sous linfluence du rtrocontrle exerc par les
hormones gonadiques.
Toute altration dans la structure dune des hormones impliques (AMH, TDF, gonadotrophines, hormones
gonadiques) ou de leurs rcepteurs peut donc perturber la mise en place du phnotype sexuel.
182

Les donnes fournies peuvent tre utilises en cours dtude du thme sur le dterminisme du sexe, comme
support pour tablir certaines notions du programme ; elles peuvent aussi servir de support un travail de
rflexion et de recherche en fin dtude de ce thme, les lves ayant alors mobiliser les connaissances
nouvellement acquises. Neuf cas cliniques ont t retenus.
Cas
Phnotype et caryotype
Cause physiologique
Cas n 1 Hypogonadisme
hypophysaire
Masculin absence de pubert

46, XY
LH dficiente
Cas n 2 Pseudo-hermaphrodisme
Fminin - absence de pubert

46, XY
gonadique
Fminin absence de pubert
hypophysaire
Masculin pubert normale strile

46, XY
hypophysaire
hypogonadotrope
Masculin absence de pubert

et cryptorchidie 46, XY
Cas n 7 Syndrome de Swyer
46, XX
46, XX

46, XY
Rcepteur LH dficient
Rcepteur LH dficient
FSH dficiente
FSH dficiente
Rcepteur GnRH dficient
TDF (protine SRY) dficient
Cas n 8 PMDS (Homme utrus)
Masculin prsence dun utrus

46, XY
AMH dficiente
Cas n 9 Testicule fminisant
Fminin absence de pubert 46,

XY
Rcepteur la testostrone dficient
Pour chaque cas, sont disponibles :
des donnes prsentes en un seul document : phnotype clinique, caryotype, donnes histologiques,
dosages hormonaux, rsultats de traitements et tests ;
des donnes molculaires : squences des hormones FSH, LH, AMH, SRY, rcepteur LH, rcepteur
FSH, rcepteur AMH, rcepteur la GnRH, rcepteur la testostrone ;
les donnes fournies sur les dosages hormonaux dans les diffrents cas cliniques sont comparer avec les
valeurs considres comme physiologiquement normales.
Femme
Homme
LH
en mUI par ml
1 mUI de LH par ml correspond
1 ng par ml environ.
Folliculaire : 1.5 10
Pic ovulatoire : 18 90
Lutale : 1 16
Mnopause : 15 90
2 10
FSH
en mUI par ml
1 mUI de FSH par ml correspond
1 ng par ml environ.
Folliculaire : 2 17
Pic ovulatoire : 9 26
Lutale : 2 8
Mnopause : 20 150
1 12
Testostrone
en nmol par l
en ng par dl (100 ml)
0.8 2.6
23 75
10 38
300 1 200
strogne (stradiol)
en pg par ml
en pmol par l
Folliculaire : 30 90
Pic provulatoire : 90 400
Lutale : 50 20
Mnopause : infrieur 20
Au cours du cycle : de 90 1 470
Progestrone
en ng par ml
Folliculaire : 0.1 0.5

Lutale : 3 20
Mnopause : infrieur 2
AMH
en pmol/l
- Indcelable jusqu la pubert

- Trs faible chez ladulte
- Taux croissant pendant la priode ftale

- Stable jusqu la pubert : de 300 400
- Trs faible lge adulte
183
ANAGNE
Cas n 1 (hypogonadisme hypophysaire)

Dans la banque de thmes dtude, le dveloppement de larborescence Procration - Analyse de cas cliniques
permet datteindre :
- Cas normal : squences de rfrence puis Hormones dterminisme du sexe qui charge le fichier sequencesrefcascliniq.edi affichant les squences strictement codantes de rfrence (codant pour des protines fonctionnelles) des
allles normaux des gnes AMH, FSH, LH, RAMH (rcepteur lAMH), SRY, RFSH (rcepteur la FSH), RLH
(rcepteur la LH), RGNRH(rcepteur la GnRH), Rtesto (rcepteur la testostrone) ;
- Cas 1 : Homme non pubre puis Hormones dterminisme du sexe qui charge le fichier sequences-cas1.edi
affichant les squences strictement codantes des allles des gnes prcdents pour le cas 1.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le dveloppement de larborescence Procration - Analyse de cas cliniques permet
datteindre :
- Cas normal : dosages de rfrence puis Normes pour les dosages qui charge le fichier normes.bmp affichant les
normes humaines des taux de quelques hormones impliques dans la fonction de reproduction (LH, FSH, AMH,
strognes, progestrone, testostrone) ;
- Cas 1 : Homme non pubre puis Dosages cas 1 qui charge le fichier cas1.bmp prsentant des donnes concernant le
cas n 1 donnes phnotypiques, caryotype, dosages hormonaux, rponses aux tests de stimulation.
Donnes phnotypiques
Homme de phnotype masculin normal, mais ayant un pnis infantile et des testicules de petite taille ; cet
Homme a consult pour la premire fois 17 ans cause dun retard pubertaire.
Traitements : dbut 17,5 ans prise de testostrone raison de 300 mg toutes les deux semaines. Ce
traitement a eu pour effet de dvelopper les poils pubiens, la barbe, de faire muer la voix, de faire crotre le
pnis et se dvelopper les testicules, de permettre les jaculations.
Arrt du traitement 19,5 ans. Larrt du traitement a supprim la capacit djaculer et a fait ralentir la
croissance de la barbe.
Caryotype
46, XY
Donnes histologiques
La biopsie testiculaire a rvl que les cellules de Leydig dans le tissu interstitiel sont peu apparentes et peu dveloppes.
Dosages hormonaux
(Dosages immunologiques, les dosages par fixation au rcepteur spcifique donnent une valeur nulle).
Dosages raliss de 20 25 ans, aprs arrt du traitement hormonal :
LH : 18 34 UI/l
FSH : 8 10 UI/l
Testostrone : 30 80 ng/100 ml
Test de stimulation la LH
(injection unique dune certaine dose de LH)

N du test
Dose de LH injecte en UI
Taux de testostrone en ng/ml

T 0 h = 70
Test 1
Le 24 mars 1973
250
T 6 h = 210
T 1 j = 430
T 2 j = 310
Test 2
Le 7 avril 1973
Test 3
Le 21 avril 1973
Test 4
Le 19 mai 1973
184
T 0 h = 50
500
T 1 j = 510
T 2 j = 320
T 0 h = 30
2 000
T 1 j = 390
T 2 j = 460
T 0 h = 50
4 000
T 1 j = 380
T 2 j = 650
Test de stimulation par la GnRH
Les mesures suivantes donnent le taux de LH au cours des deux heures qui suivent une injection unique de
100 microgrammes de GnRH par voie intraveineuse.
t=0 : 18 UI/l
t=15 min : 40 UI/l
t=30 min: 60 UI/l
t=2 h : 20 UI/l
Exploitation des donnes
Le phnotype est conforme au gnotype ; il y a donc eu scrtion et action normale des hormones impliques
dans la diffrenciation sexuelle au cours du dveloppement ftal (testostrone et AMH).
Les organes cibles rpondent bien la testostrone puisquun traitement par injection de cette hormone a
permis le dveloppement pubertaire.
Les dosages hormonaux montrent un dficit de scrtion de testostrone, et indiquent une concentration de
LH suprieure la normale. La GnRH nest donc pas en cause, ni les rcepteurs hypophysaires cette GnRH.
Le fait que le dosage de la LH par fixation ses rcepteurs indique des valeurs quasiment nulles alors que la
LH est prsente en concentration normale permet denvisager un problme au niveau de la LH.
Le test par la LH exogne permet de vrifier que le rcepteur la LH est fonctionnel.
La comparaison avec Anagne des squences des diffrentes hormones et rcepteurs de lindividu du cas n 1
avec les squences de rfrence ne montre de diffrences que pour la LH :
Mutation
par
substitution
du
nuclotide A en nuclotide G,
modifie le 74e codon (CAG CGG).
Ainsi, la glutamine 74 est remplace
par larginine.
Lacide amin 74 tant impliqu dans
la fixation de lhormone son
rcepteur (sur les cellules de Leydig),
la mutation empche cette fixation.
Remarques
Cet exemple montre que la LH nest pas ncessaire la diffrenciation de lappareil gnital masculin au cours
de la vie ftale. Cependant, les cellules de Leydig ftales doivent tre stimules pour produire la testostrone
indispensable cette diffrenciation. Cest lHCG placentaire qui passe dans la circulation ftale qui joue ce
rle.
La thrapeutique envisageable est base dinjections rgulires de testostrone ou dHCG (hormone ayant les
mmes cibles que la LH, mais prsentant un effet plus prolong grce une demi-vie plus longue).
185
ANAGNE
Cas n 2 (hypogonadisme chez deux filles)

Dans la banque de thmes dtude, le dveloppement de larborescence Procration Analyse de cas cliniques
permet datteindre :
(rcepteur la LH), RGNRH (rcepteur la GnRH), Rtesto (rcepteur la testostrone) ;
- Cas 2 : Femme non pubre puis Hormones dterminisme du sexe qui charge le fichier sequences-cas2.edi affichant
les squences strictement codantes des allles des gnes prcdents pour le cas 2.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le dveloppement de larborescence Procration Analyse de cas cliniques permet
datteindre :
- Cas 2 : Femme non pubre puis Dosages cas 2 qui charge le fichier cas2.bmp prsentant des donnes concernant le
Donnes phnotypiques
Deux surs de 37 et 42 ans non pubres : organes gnitaux externes fminins, pas de dveloppement des
seins, absence de menstruation, absence dorganes gnitaux internes fminins (ovaires, trompes, utrus)
lexception dun vagin court et ferm ; prsence de deux testicules en position interne (abdominales)
accompagns de deux pididymes et de deux canaux dfrents atrophis.
Caryotype
46, XY
Les testicules ont t enlevs (risque de cancer) et prsentent des tubes sminifres sans signes de
spermatogense. Leur tissu interstitiel ne contient que des cellules de Leydig immatures.
Dosages hormonaux
Testostrone (nmol/l)
LH (UI/l)
Individu 1 : 0,69
Individu 2 : 0,53
Individu 1 : 23,3
Individu 2 : 19
Test de stimulation de la fonction gonadique par lHCG (quivalent LH)
Linjection intramusculaire de 6 000 UI de HCG ne provoque aucune lvation du taux de testostrone

plasmatique.
Test de stimulation de la fonction hypophysaire par la GnRH
Linjection de 100 microgrammes de GnRH provoque une augmentation importante de la scrtion de LH et

llvation normale du taux de FSH.
186
Le phnotype sexuel externe nest pas conforme au gnotype ; il y a donc eu un problme lors de la
diffrenciation sexuelle au cours du dveloppement ftal. La prsence de testicules indique que le gne SRY
sest exprim normalement. Labsence de voies gnitales fonctionnelles indique que lAMH a t secrte
normalement.
Le test de stimulation gonadique par la HCG (quivalent LH) montre quil ny a pas de rponse hormonale
des gonades.
avec les squences de rfrence, ne montre de diffrences que pour le rcepteur la LH :
Mutation
par
substitution
du
nuclotide 1777, ce qui modifie le
codon 593 : GCC CCC.
Au niveau du rcepteur, lacide
amin 593 est donc modifi (alanine
proline).
Remarques
En fait, le rcepteur la LH est capable de fixer lhormone, mais cette fixation est incapable de dclencher une
rponse biologique dans la cellule cible (pas daugmentation du taux dAMPc).
Au cours du dveloppement sous laction du gne SRY, les gonades se sont diffrencies en testicules ; ces
testicules ont scrt de lAMH qui a provoqu la rgression des canaux de Mller. Cependant, cause de la
dficience des rcepteurs la LH, lhormone HCG na pas pu entraner la production de testostrone et les
organes gnitaux externes nont pas pu tre masculiniss.
Les donnes histologiques montrent labsence de cellules de Leydig, ce qui contribue la faiblesse du taux de
testostrone et met en vidence le rle important jou par la LH dans la diffrenciation de ces cellules.
187
ANAGNE
Cas n 3 (hypogonadisme chez une jeune fille)

permet datteindre :
Documents fournis
datteindre :
Donnes phnotypiques
Jeune femme de 18 ans, de phnotype fminin normal. Prsence de signes pubertaires : dveloppement
normal des seins et des poils pubiens et axillaires, mais absence de menstruations. Lchographie rvle deux
ovaires de taille normale.
Caryotype
46, XX
Absence de corps jaunes et de follicules mrs dans les ovaires.

Dosages hormonaux
(Gamme des valeurs obtenues par des dosages journaliers pendant un mois)
Les taux mesurs ne prsentent aucune variation cyclique quelle que soit lhormone tudie.
Aucun changement des concentrations des hormones de FSH ou de LH.
LH
FSH
strognes
Progestrone
188
14 38 UI/l
(moyenne 26)
8 11 UI/l
(moyenne 9)
6 53 pg/ml
(moyenne 37)
0,26 0,48 ng/ml
(moyenne 0,37)
Les taux dhormones hypophysaires sont peu prs normaux, mais sans variation cyclique ; par contre, les
taux dhormones ovariennes sont trs faibles.
Les follicules se dveloppent, mais lovulation na pas lieu, et aucun corps jaune ne se forme donc, expliquant
le taux trs faible de progestrone. La FSH doit donc agir normalement, par contre il y a dfaillance au niveau
de laction de la LH
Deux hypothses sont alors possibles : structure anormale de la LH ou structure anormale de son rcepteur.
avec les squences de rfrence, ne montre de diffrences que pour le rcepteur la LH :
Mutation par substitution du nuclotide

1060, ce qui modifie le codon 354 : GAA
AAA.
Au niveau du rcepteur, lacide amin 354
est donc modifi (acide glutamique
lysine).
Remarques
Le taux lev de LH sexplique par labsence de rtrocontrle de la part des strognes (taux trop faible) et de
la progestrone (taux quasiment nul) sur laxe hypothalamo-hypophysaire
189
ANAGNE
Cas n 4 (hypogonadisme chez un jeune Homme)

permet datteindre :
- Cas 4 : Homme strile puis Hormones dterminisme du sexe qui charge le fichier sequences-cas4.edi affichant les
squences strictement codantes des allles des gnes prcdents pour le cas 4.
Documents fournis
datteindre :
normes humaines des taux de quelques hormones impliques dans la fonction de reproduction (LH, FSH,
AMH,strognes, progestrone, testostrone) ;
- Cas 4 : Homme strile puis Dosages cas 4 qui charge le fichier cas4.bmp prsentant des donnes concernant le cas
n 4 donnes phnotypiques, caryotype, dosages hormonaux, rponses aux tests de stimulation.
Donnes phnotypiques
Homme de 28 ans, de phnotype masculin pubre, qui prsente une libido et des capacits sexuelles normales.
Les organes gnitaux externes sont normaux, mais les deux testicules sont petits et mous. Cet Homme na pas
eu denfants de deux mariages successifs.
Caryotype
46, XY
Lanalyse du sperme met en vidence une azoospermie.

Une biopsie a montr la prsence de cellules de Leydig normales.
Dosages hormonaux
LH
12 UI/l
FSH
Indtectable
(par deux mthodes diffrentes)
Testostrone
11 nmol/l
Test de stimulation de la fonction hypophysaire par injection de 100 microgrammes de GnRH
190
LH
41 UI/l
FSH
Indtectable
(par deux mthodes diffrentes)
On constate un taux peu prs normal de LH et de testostrone, mais une absence de scrtion de FSH. Ce
manque de FSH explique le non-droulement de la spermatogense.
Labsence de FSH malgr une stimulation par la GnRH permet de penser que le problme se situe au niveau
de la FSH elle-mme (les rcepteurs de la GnRH au niveau des cellules hypophysaires ne sont pas en cause car
la stimulation des cellules scrtrices de LH se fait normalement).
La comparaison avec Anagne (alignement avec discontinuits) des squences des diffrentes hormones et
rcepteurs de lindividu du cas n 4 avec les squences de rfrence, ne montre de diffrences que pour la
FSH :
La dltion de deux nuclotides dans la

squence codante du gne de la FSH
entrane un changement important de la
squence dacides amins partir du n 79.
Cela entrane lapparition prcoce dun
codon stop (codon n 105) et donc la
synthse dune protine plus courte de 104
acides amins au lieu de 129.
Remarques
Le taux de testostrone se situe dans la norme basse, ce qui laisse penser que la FSH aurait aussi un rle sur
les cellules de Leydig.
Le taux lev de LH sexplique par la faiblesse du rtrocontrle ngatif de la testostrone assez basse.
191
ANAGNE
Cas n 5 (hypogonadisme chez une jeune fille)

permet datteindre :
Documents fournis
datteindre :
Oestrognes, progestrone, testostrone) ;
Donnes phnotypiques
Jeune fille de 16 ans, de phnotype fminin normal, qui prsente des signes pubertaires comme le
dveloppement des poils pubiens, mais pas de dveloppement des seins et une absence de menstruations.
Cette jeune fille prsente un ge osseux de 14 ans. Lchographie rvle deux ovaires de taille normale.
Le dveloppement des seins a t induit par un traitement strognique.
Caryotype
46, XX
Une biopsie des ovaires montre labsence de follicules cavitaires dvelopps.

Dosages hormonaux
(Sur une priode dun mois, les concentrations mesures ne prsentent aucune variation cyclique, quelle que
soit lhormone tudie.)
LH
21 UI/l
FSH
< 0,5 UI/l
strognes (stradiol)
25 pg/ml
Test de stimulation de la fonction hypophysaire par injection de 100 microgrammes de GnRH
192
Hormones doses
Taux initial
Taux au bout
de 30 minutes
Taux au bout
de 60 minutes
LH (UI/l)
33
170
130
FSH (UI/l)
0,6
0,6
0,8
On constate un taux trs faible de FSH, et un taux dstrognes correspondant pratiquement celui de la
mnopause ; cela est mettre en relation avec un cycle ovarien incomplet.
La stimulation par la GnRH reste sans effet sur le taux de FSH.
Il semble donc que la LH soit active, et scrte en rponse la stimulation par la GnRH, contrairement la
FSH. On peut donc envisager un problme au niveau de la FSH.
avec les squences de rfrence, ne montre de diffrences que pour la FSH :
Une mutation par substitution

modifie le codon n 84 (TGT
CGT) ce qui entrane la
modification dun acide amin
(cystine arginine)
Remarques
Le taux lev de LH sexplique par la faiblesse du rtrocontrle ngatif des hormones ovariennes (absence de
progestrone et taux trs faible dstrognes).
La comparaison des cas 3 et 5 montre une similitude des effets dune inactivit de la LH et de la FSH en ce qui
concerne la production dstrognes. Les deux gonadotrophines sont donc indispensables cette production,
leurs actions se compltent (la FSH permet la croissance du follicule dont les cellules doivent tre stimules
par la LH pour produire des strognes. Sous laction de la LH, il y a production dandrognes par les
cellules de la thque qui sont convertis en strognes par les cellules de la granulosa sous laction de la FSH).
193
ANAGNE
Cas n 6 (hypogonadisme chez un jeune Homme)

permet datteindre :
- Cas 6 : Homme non pubre puis Hormones dterminisme du sexe qui charge le fichier sequences-cas6.edi
affichant les squences strictement codantes des allles des gnes prcdents pour le cas 6.
Documents fournis
datteindre :
- Cas 6 : Homme non pubre puis Dosages cas 6 qui charge le fichier cas6.bmp prsentant des donnes concernant le
Donnes phnotypiques
Garon de 19 ans sans pilosit faciale et thoracique et sans autres signes pubertaires. Ses deux testicules sont
en position abdominale et de petite taille.
Un scanner de la rgion hypothalamo-hypophysaire na permis de dceler aucune anomalie.
Caryotype
46, XY
Les testicules ne prsentent pas de spermatogense complte (absence notamment de spermatozodes).

Dosages hormonaux
LH
< 0,9 UI/l
FSH
< 0,4 UI/l
Testostrone
< 0,7 nmol/ml
Test de stimulation de la fonction hypophysaire par la GnRH
Administration de GnRH de faon pulsatile ; une pulse toutes les deux heures, pendant 2 mois.
Dose de GnRH 60 ng/kg
toutes les 2 heures
Dose de GnRH 60 ng/kg

toutes les 2 heures
LH (UI/l)
< 0,5 UI/l
< 0,5 UI/l
FSH (UI/l)
< 0,2 UI/l
< 0,2 UI/l
Testostrone
3,7 nmom/l
2,7 nmom/l
Traitement par une association de hMG (75 UI) HCG (500 UI) trois fois par semaine
Aprs quatorze mois de traitement, la biopsie testiculaire montre une spermatogense complte (formation de
spermatozodes).
194
Dure du traitement
Deux mois
Dix mois
Vingt-quatre mois
Testostrone
16,8 nmol/l
27,1 nmol/l
24 nmol/l
Volume des testicules (en ml)
Gauche : 10
Droit : 10
Gauche : 12
Droit : 10
Gauche : 15
Droit : 14
On observe un taux trs faible des hormones FSH, LH et testostrone, et ce mme en cas de stimulation par la
GnRH. Ces taux trs faibles expliquent labsence de spermatogense complte.
Le traitement par la HMG-HCG (quivalent LH) est par contre efficace ; les rcepteurs ces hormones sont
donc fonctionnels. On peut alors envisager un problme au niveau de la GnRH ou de ses rcepteurs.
avec les squences de rfrence ne montre de diffrences que pour les rcepteurs la GnRH :
Une substitution a eu lieu en

position 504 : A
T. Cela entrane
le changement du codon 168 : AGT
TGT, et donc le remplacement
de lacide amin srine par une
arginine.
Remarques
Il ny a pas eu danomalie lors de la diffrenciation des testicules durant la vie ftale car lHCG placentaire
produite (de faon indpendante du complexe hypothalamo-hypophysaire) a permis une diffrenciation des
organes gnitaux dans le sens mle.
195
ANAGNE
Cas n 7 (inversion sexuelle chez deux filles)

permet datteindre :
- Cas 7 : Femme non pubre (Syndrome de Swyer) puis Hormones dterminisme du sexe qui charge le fichier
sequences-cas7.edi affichant les squences strictement codantes des allles des gnes prcdents pour le cas 7.
Documents fournis
datteindre :
- Cas 7 : Femme non pubre (Syndrome de Swyer) puis Dosages cas 7 qui charge le fichier cas7.bmp prsentant des
donnes concernant le cas n 7 donnes phnotypiques, caryotype, dosages hormonaux, rponses aux tests de
stimulation.
Donnes phnotypiques
Deux femmes de 20 et 25 ans, ayant des organes gnitaux externes fminins normaux. Absence de
menstruation, seins peu dvelopps. Les gonades apparaissent la clioscopie comme une bandelette nacre
fibreuse. Les trompes et lutrus sont de morphologie normale, mais de petite taille.
Caryotype
46, XY
Les biopsies ralises ont montr labsence de diffrenciation, chez les deux surs, des gonades gauche et
droite.
Dosages hormonaux
LH
6 UI/l
FSH
35 UI/l
strognes (stradiol)
20 pg/ml
Tests : aprs stimulation hormonale par des injections pulsatiles de GnRH, les concentrations de LH et FSH ont
t remesures
(valeurs mesures 60 minutes aprs injection de GnRH).
196
LH
56 UI/l
FSH
68 UI/l
Il y a contradiction entre le sexe phnotypique externe (fminin) et le caryotype (masculin).

Labsence de diffrenciation des gonades permet denvisager un problme au niveau du gne SRY (codant
pour le facteur tdf responsable de la diffrenciation des gonades en testicules)
avec les squences de rfrence, ne montre de diffrences que pour le gne SRY :
Une mutation par substitution au
niveau du codon 74 (remplacement
C
A) entrane le changement de
ce codon (CAG
TAG). On a donc
apparition
dun
codon
stop
prcoce. La protine synthtise est
alors beaucoup plus courte :
73 acides amins au lieu de 205.
Remarques
Il ny a pas eu de scrtion dAMH ni de testostrone pendant le dveloppement ftal, donc pas de

diffrenciation des gonades en testicules ; il ny a pas eu non plus diffrenciation en ovaires, par manque dun
deuxime chromosome X.
Les concentrations en hormones gonadiques sont donc trs faibles, et celles en gonadotrophines
comparativement leves, par manque de rtrocontrle ngatif.
197
ANAGNE
Cas n 8 (Homme utrus)

permet datteindre :
- Cas 8 : Homme utrus puis Hormones dterminisme du sexe qui charge le fichier sequences-cas8.edi affichant les
squences strictement codantes des allles des gnes prcdents pour le cas 8.
Documents fournis
datteindre :
- Cas 8 : Homme utrus puis Dosages cas 8 qui charge le fichier cas8.bmp prsentant des donnes concernant le cas
n 8 donnes phnotypiques, caryotype, dosages hormonaux, rponses aux tests de stimulation.
Donnes phnotypiques
Garon de 10 ans, de taille normale, prsentant des organes gnitaux externes normaux mais des testicules
non palpables au niveau des bourses.
Lobservation de la cavit abdominale a rvl la prsence de deux testicules, dans la rgion pelvienne,
entours chacun dune trompe de Fallope. Les testicules ont t descendus manuellement ; de taille normale,
ils sont connects des canaux dfrents.
On a galement constat, dans la partie mdiane de labdomen, la prsence dun utrus de petite taille.
Au cours de son suivi mdical, le patient a prsent des signes pubertaires normaux pour son ge.
Caryotype
46, XY
Une biopsie testiculaire montre un aspect normal des tubes sminifres.

Dosages hormonaux
Le taux de testostrone, bas et fluctuant chez lenfant, a t mesur aprs stimulation par lHCG (analogue
LH) raison de 1 500 UI deux fois par semaine pendant trois semaines.
198
Testostrone aprs stimulation
30 nmol/l
AMH
350 pmol/l
Il y a eu diffrenciation normale des gonades en testicules, mais pas rgression des voies gnitales fminines.
On peut donc envisager un problme au niveau de lAMH ou des rcepteurs lAMH.
La concentration en AMH tant normale pour un enfant de 10 ans laisse penser quelle a t scrte durant
la vie ftale mais quelle na pas agi. Deux explications sont possibles : soit elle est anormale, soit les
rcepteurs ne sont pas fonctionnels.
avec les squences de rfrence, ne montre de diffrences que pour le gne des rcepteurs lAMH :
Une mutation par substitution dans le
codon 172 a entran la modification de
ce codon (CGA
TGA) et donc
lapparition prcoce dun codon stop.
La protine synthtise est donc
beaucoup plus courte que la protine
normale (171 acides amins au lieu de
573).
Remarques
La dficience des rcepteurs AMH explique que, malgr une production dAMH normale, ce garon
prsente un utrus et une trompe dus labsence de rgression des canaux de Mller durant le
dveloppement ftal.
199
ANAGNE
Cas n 9 (testicule fminisant)

permet datteindre :
Documents fournis
datteindre :
Donnes phnotypiques
Femme de 29 ans ayant des organes gnitaux externes fminins. Le dveloppement des seins est quasi normal,
mais elle prsente une pilosit axillaire et pubienne peu dveloppe et une absence de menstruations.
Un examen du petit bassin met en vidence la prsence dun vagin court (4 cm) et labsence dutrus et de
trompes. Deux masses fermes de 3 cm de diamtre (testicules) sont palpables au niveau inguinal.
Chez cette patiente, lge de 14 ans, les seins ont commenc se dvelopper, mais aucun autre signe
pubertaire nest apparu.
Caryotype
46, XY
Lanalyse des masses dtectes dans la rgion inguinale indique quil sagit de testicules renfermant des
cellules de Leydig, des cellules de Sertoli et des spermatogonies, mais aucun stade cellulaire plus avanc de la
spermatogense (testicule cryptorchide).
Dosages hormonaux
200
LH
38 UI/l
FSH
52 UI/l
Testostrone
1 350 ng/dl
Il y a contradiction entre le caryotype et le phnotype sexuel externe, mais pas entre le caryotype et le type de
gonades que possde lindividu. Le tractus gnital na donc pas t masculinis, bien quil y ait eu
diffrenciation des gonades en testicules.
Les taux de gonadotrophines sont trs levs, ainsi que celui de testostrone.
Le tractus gnital nayant pas t diffrenci et la spermatogense ntant pas complte, on peut envisager un
problme au niveau des rcepteurs la testostrone.
avec les squences de rfrence ne montre de diffrences que pour le gne des rcepteurs la testostrone :
Une mutation par substitution au niveau du

codon 774 a entran le changement de ce
codon (CGC TGC), ce qui a entran le
changement de lacide amin correspondant :
arginine cystine
(cette mutation se situe dans un domaine du
rcepteur impliqu dans sa liaison landrogne).
Remarques
Les testicules ont pu se diffrencier pendant la vie ftale sous linfluence du facteur tdf (cod par le gne
SRY) ; ils prsentent des cellules de Leydig actives produisant la testostrone, mais celle-ci ne peut agir car les
rcepteurs la testostrone ne sont pas fonctionnels. Les cellules germinales ne peuvent donc pas tre
stimules et assurer la spermatogense ; le rtrocontrle ngatif ne peut avoir lieu non plus, ce qui explique le
taux lev de gonadotrophines.
201
ANAGNE
IMMUNOLOGIE
La spcificit des immunoglobulines et des rcepteurs T
Linfection par le VIH entrane des ractions immunitaires de lorganisme qui se traduisent par la production
danticorps (IgG dirigs contre des peptides de lenveloppe virale ou de lenveloppe protique protgeant le
matriel gntique du virus) et la production de LT cytotoxiques (capables de se fixer slectivement sur des
peptides viraux prsents par les cellules infectes, entranant la lyse de ces cellules).
Les immunoglobulines et les rcepteurs T sont des molcules protiques capables de se lier spcifiquement
un dterminant antignique. Cependant, si les immunoglobulines sont capables de reconnatre
directement lantigne, les rcepteurs T ne peuvent le reconnatre que sil est prsent par les molcules
HLA de lorganisme (double spcificit).
Les immunoglobulines
La molcule dimmunoglobuline est trs volumineuse (1 336 acides amins) ; cest un dimre dont chaque
monomre est constitu dune chane lourde (H), de 440 450 acides amins environ, et dune chane lgre
(L), de 200 220 acides amins environ. Ces chanes sont organises en domaines, constitus chacun de 110
120 acides amins. Chaque chane lourde comporte quatre domaines globulaires runis par des petits
segments de liaison : trois domaines constants (CH) pour toutes les immunoglobulines et un domaine variable
(VH) dune immunoglobuline lautre. Chaque chane lgre est constitue dun domaine constant (CL) et
dun domaine variable (VL).
Des ponts disulfures solidarisent lensemble de la molcule.
La molcule dimmunoglobuline a t cristallise en deux morceaux : les deux fragments Fab (Fragment
Antigen Binding) dune part, le fragment Fc (Fragment Cristallisable) dautre part. Elle possde une certaine
flexibilit entre les fragments Fab et Fc ce qui permet lcartement entre les deux sites de fixation antignique
en fonction de lencombrement de lantigne.
Chaque molcule dimmunoglobuline possde deux sites de fixation antignique identiques, aux extrmits
des deux fragments Fab.
Le document ci-dessous prsente lorganisation dune molcule dIgG :
202
Les immunoglobulines interviennent dans la reconnaissance de lantigne deux niveaux :
cellulaire : les lymphocytes B possdent des rcepteurs membranaires constitus par des IgM
monomriques ; les IgM comportent un type de chane lourde () qui possde, par rapport la chane
lourde des IgG, un domaine CH4 supplmentaire prolong par une queue polypeptidique qui permet
un ancrage dans la membrane ;
plasmatique : les lymphocytes B, transforms en plasmocytes, librent des IgG dans le plasma.
Les rcepteurs T des lymphocytes T

Un rcepteur T est un dimre constitu dune chane alpha et dune chane bta. Chacune de ces chanes est
constitue dun domaine constant dun rcepteur T lautre, et dun domaine qui varie selon les rcepteurs T
et qui est donc responsable de la spcificit.
203
ANAGNE

Lutilisation combine du logiciel RasTop (fichiers 1F58.pdb, ACY.pdb, 1E6J.pdb, 1NLD.pdb et 1BD2b.pdb) permet
de visualiser les molcules tudies avec Anagne et de mener une dmarche pdagogique plus complte.
Bases molculaires de la spcificit spatiale des immunoglobulines
Dans la banque de thmes dtude, le chemin Immunologie/IgG/IgG anti VIH permet datteindre 4 IgG anti ViH
qui charge le fichier iggvih.edi affichant les squences protiques des quatre chanes lourdes et lgres des fragments
FAB de 4 IgG diffrentes contre des antignes du VIH. Ces anticorps sont des immunoglobulines de Souris obtenues
la suite dune immunisation avec des antignes VIH. On ne peut pas les comparer avec les squences des autres
fichiers qui sont celles dimmunoglobulines humaines. En revanche, avec le logiciel RasTop par exemple, on peut
visualiser la structure tridimensionnelle de ces immunoglobulines.
- ACY = IgG contre un pitope de lantigne gp120 (protine de lenveloppe virale qui se lie au rcepteur CD4 des
cellules cibles du VIH ; cette protine est code par le gne env du virus) ;
- 1F58 = IgG contre un autre pitope de lantigne gp120 ;
- 1E6J = IgG contre un pitope de lantigne p24 (protine formant la couche protique interne du core du virus VIH ;
cette protine est code par le gne gag du virus) ;
- 1NLD = IgG contre un pitope de lantigne gp41 (protine de lenveloppe virale associe la protine gp120 et ncessaire
la fusion de cette enveloppe avec la membrane des cellules parasites ; cette protine est code par le gne env du
virus).
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Immunologie/IgG/IgG anti VIH permet de charger les fichiers :
- IgG.bmp qui prsente la visualisation 3D obtenue avec le logiciel RasTop permettant de localiser les sites de fixation
antignique et de rappeler ce quest le fragment FAB ;
- igg.jpg qui rvle la structure tridimensionnelle dune immunoglobuline ;
- vih.bmp qui affiche un schma du VIH permettant de situer quelques protines du virus qui constituent des
antignes contre lesquels sont produits des anticorps spcifiques (protines P24, GP120, GP41 par exemple).
Dans le dossier 3D sous Anagene2, le rpertoire IgG contient les fichiers .pdb suivants : 1ACY_gp120.pdb, 1E6J.pdb,
1F58.pdb, 1NLD.pdb, IGGTOTAL.PDB et LYS.PDB.
Lexploitation des donnes fournies permet dexpliquer la notion de spcificit des molcules dIgG
(anticorps). Les donnes fournies ici concernent des IgG diriges contre des antignes du VIH.
Prrequis
Structure de la molcule dIgG et localisation des sites de fixation antignique.
Mise en vidence de la spcificit des IgG.

Le document IgG.bmp permet de rappeler la structure dune molcule dIgG, la localisation des sites de fixations
antigniques et de situer les fragments FAB (ceux pour lesquels les squences seront ensuite utilises).
204
Le document vih.bmp rappelle lorganisation du VIH et permet de situer les antignes contre lesquels sont
dirigs les IgG utiliss pour la dmarche prsente.
La comparaison des chanes lourdes et lgres de quatre IgG diffrentes va permettre de mettre en vidence
les diffrences qui existent entre les chanes lgres dune part et les chanes lourdes dautre part.
Rsultat obtenu par alignement avec discontinuit de quatre chanes lgres (fragments FAB seulement)
de quatre IgG diffrentes
On peut ainsi constater de nombreuses variations dun IgG lautre au dbut des squences (acides amins 1
112), mais aucune variation dans le reste de la squence. On dgage alors la notion de partie constante et de
partie variable des chanes lgres.
Un travail similaire effectu pour les chanes lourdes permet darriver au constat de lexistence dune partie
variable dun IgG lautre (acides amins 1 117) et dune partie constante (malgr quelques petites
variations tout de mme).
On peut alors faire lhypothse que la spcificit des IgG est lie lexistence de ces zones variables des
chanes lourdes et lgres. Sil en est ainsi, ces zones variables (et plus prcisment hypervariables) doivent
tre impliques dans le site antignique.
La localisation sur lune de ces molcules dIgG (ACY par exemple) des parties variables et constantes (avec le
logiciel RasTop) permet de constater que les parties variables des IgG sont au niveau du site de fixation antignique.
Le document igg.bmp montre le rsultat que lon peut obtenir avec le logiciel RasTop :
205
ANAGNE
Utilisation de la fonction DotPlot dAnagne
La comparaison des molcules dIgG deux deux peut aussi se faire avec la fonctionnalit DotPlot du logiciel.
Cette fonctionnalit fournit un rsultat plus visuel de la comparaison effectue (qui quivaut un
alignement avec discontinuits) :
Lutilisation de cette fonctionnalit permet aussi de mieux reprer les sites hypervariables, au sein de la partie
variable des IgG.
206
Bilan
On aboutit ainsi, en combinant lexploitation des donnes fournies (pour Anagne et pour RasTop) une
reprsentation fonctionnelle de la molcule dIgG :
Cette reprsentation est obtenue partir dun travail sur une IgG entire (IgG de Souris - fichier IgGtotal.pdb) :
slection et reprsentation en sphres des zones variables dans les quatre chanes.
Il y a t ajout les antignes correspondant cette IgG (lysozymes de blanc duf fichier lys.pdb).
207
ANAGNE
Exploitation de donnes complmentaires

Dans la banque de thmes dtude, le chemin Immunologie/IgG/Structure dune IgG permet datteindre :
- Chane eu qui charge le fichier igg-4chaines-eu.edi ;
- Chane complte qui charge le fichier 2igg-completes.edi ;
- Chanes lgres rgions variables qui charge le fichier igg-variables-chaines-legeres.edi ;
- Chanes lourdes rgions variables qui charge le fichier igg-variables-chaine-lourde.edi.
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Immunologie/IgG permet datteindre Structure dune IgG pour charger
les fichiers IgG.bmp, igg.jpg et vih.bmp.
Les squences prcdemment utilises sont limites aux fragments fab.

On peut souhaiter dbuter par une analyse de la molcule complte dimmunoglobuline. On dispose cette
fin dautres donnes qui sont en rapport avec des anticorps humains autres que des immunoglobulines anti
VIH.
Lanalyse du document igg.jpg rvle que la molcule danticorps est forme de quatre chanes, deux longues
(lourdes), et deux plus courtes (lgres).
Le fichier igg-4chaines-eu-edi fournit les squences des deux chanes lgres et des deux chanes lourdes d'une
IgG humaine dirige contre un dterminant antignique d'un virus de la grippe. La comparaison des
squences des 4 chanes de cette immunoglobuline rvle qu'elles sont identiques deux deux, ce qui permet
une schmatisation plus prcise de la molcules, sans toutefois fournir de rponse au problme de l'origine de
la spcificit.
Le fichier 2igg-completes.edi fournit les squences des chanes lourdes et des chanes lgres de deux
immunoglobulines humaines diriges contre des dterminants antigniques diffrents (l'un contre un
dterminant antignique d'un virus de l'hpatite, l'autre contre un dterminant antignique d'un virus de la
grippe). La comparaison des chanes lourdes de ces deux IgG montre qu'elles prsentent une rgion quasi
identique (acides amins 123 458), et une rgion comportant de nombreuses diffrences entre les deux
molcules (acides amins 1 122). De la mme faon, la comparaison des chanes lgres de ces deux IgG
montre l'existence d'une rgion quasi identique (acides amins 100 215) et d'une rgion prsentant de
nombreuses diffrences dans la squence d'acides amins (acides amins 1 99). On peut ainsi dgager la
notion de rgion constante et de rgion variable d'un anticorps, et donc prciser encore le schma de la
molcule d'IgG. Cette conclusion peut tre renforce par la comparaison des chanes lgres et des chanes
lourdes de 4 molcules d'IgG anti-VIH (ici on compare donc 4 IgG dirigs contre 4 dterminants antigniques
diffrents d'un mme virus).
Les fichiers igg-variables-chaines-legeres.edi et igg-variables-chaines-lourdes.edi contiennent les squences
des parties variables des chanes lgres et des chanes lourdes de plusieurs molcules d'IgG humaines,
diriges contre des antignes diffrents. Lutilisation du fichier igg-variables-chaines-legeres.edi permet une
analyse plus fine des rgions variables des chanes lgres et la reconnaissance de zones peu variables et
dautres trs variables (hypervariables). Il en est de mme de la comparaison des chanes lourdes (fichier iggvariables-chaine-lourde.edi). Cela conduit affiner encore plus la schmatisation de la molcule danticorps
en y localisant les zones hypervariables. Cette schmatisation permet de rflchir sur lorigine de la spcificit
des anticorps et dmettre lhypothse quelle est dpendante des zones hypervariables. Ces zones
hypervariables peuvent aussi tre mises en vidence avec les anticorps anti VIH de Souris.
208
Bases molculaires de la spcificit spatiale des rcepteurs T

Dans la banque de thmes dtude, le chemin Immunologie/Rcepteur des lymphocytes T permet datteindre
Structure TCR pour charger le fichier tcr-seq.edi affichant les squences protiques des chanes alpha et bta de 3
rcepteurs T diffrents (1A07, 1BD2, 1J8H), reconnaissant des peptides viraux diffrents (pas forcment du VIH).
Documents fournis
Dans la banque de documents, le dveloppement de larborescence Immunologie permet datteindre Rcepteur des
lymphocytes T pour charger le fichier recepteurT.bmp affichant la visualisation 3D dun rcepteur T complex avec
un peptide antignique viral.
Dans le dossier 3D sous Anagene2, le rpertoire TCR contient les fichiers .pdb suivants : 1a07.pdb, 1a07b.pdb,
1BD2.PDB, 1bd2b.pdb, 1J8H.PDB, 1j8hb.pdb, 1QSF.PDB et 1qsfb.pdb.
Pr requis
Spcificit des lymphocytes T grce leurs rcepteurs T
Le document recepteurT.bmp permet de prsenter la structure dun rcepteur T et de constater que le contact
avec le peptide viral ne se fait qu une extrmit de ce rcepteur :
La comparaison des chanes alpha entre elles et des chanes bta entre elles des trois rcepteurs T diffrents
permet de mettre en vidence une partie constante dun rcepteur T lautre et une partie variable :
209
ANAGNE
L aussi, lhypothse de limplication de ces zones variables dans la spcificit des rcepteurs peut tre faite et
teste. Avec RasTop, il est possible de localiser sur la structure dun rcepteur T les zones variables et voir si,
au moins en partie, elles sont impliques dans le site de reconnaissance antignique.
Remarque
La comparaison des rcepteurs T deux deux peut aussi seffectuer avec la fonctionnalit Dot Plot du logiciel
Anagne (comme pour les IgG).
210
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE TERMINALE

SRIE S, SPCIALIT
DES DBUTS DE LA GNTIQUE AUX ENJEUX ACTUELS DES
BIOTECHNOLOGIES : DIAGNOSTIC GNTIQUE
Albinisme

Dans la banque de thmes dtude, le chemin Des dbuts de la gntique aux enjeux actuels des
biotechnologies/Diagnostic gntique/Albinisme permet datteindre :
- Polymorphisme tyrosinase et OCA2 pour accder :
Allles tyrosinase qui charge le fichier all-tyrosinase.edi affichant les squences strictement
codantes de quelques allles du gne de la tyrosinase ;
Allles OCA2 qui charge le fichier all-OCA2.edi affichant les squences strictement codantes de
quelques allles du gne OCA2 ;
- Famille5 albinos l pour accder :
Gnotype tyrosinase qui charge le fichier AllelesTyrFamille5.edi affichant les squences strictement
codantes des allles du gne de la tyrosinase de chacun des membres de la famille 5 et allles de rfrence
prsents dans la famille (Tyrcod1, Tyrcod2, TyrAlbA3, TyrAlbA4). Les gnotypes des individus sont les
suivants : I 1, I 2, III 1 et III 2 sont (tyrcod1//tyrAlbA3) I 3, I 4, II 1, II 3 et II 4 sont (tyrcod1//tyrcod1) II 2
est (tyrAlbA3//tyrAlbA3) ;
Gnotype OCA2 qui charge le fichier AllelesOCA2Famille5.edi affichant les squences strictement
codantes des allles du gne OCA2 de chacun des membres de la famille 5, et allles de rfrence prsents
dans la famille (OCA2Norm et OCA2m3). Les gnotypes des individus sont les suivants : I 1, I 2, II 1, II 2
sont (OCA2 norm//OCA2 norm) I 3, I 4, II 4, III 1, III 2 sont (OCA2 norm//OCA2 m3) II 3 est (OCA2
m3//OCA2 m3).
Documents fournis
Dans la banque de documents, le chemin Des dbuts de la gntique aux enjeux actuels des
biotechnologies/Diagnostic gntique permet datteindre Albinisme pour charger les fichiers :
- arbre5.bmp qui prsente larbre gnalogique de la famille 5 ;
- electrophoreseSau3a.bmp qui montre la comparaison des lectrophorses pour lallle OCA2m3 et les
autres allles du gne OCA2, aprs action de lenzyme de restriction Sau3a ;
- electrophoreseXbaI.bmp qui montre la comparaison des lectrophorses pour lallle tyralbA3 et des autres
allles du gne de la tyrosinase, aprs action de lenzyme de restriction XbaI ;
- sau3aFamille5.bmp qui affiche llectrophorse de lADN des membres de la famille 5 aprs action de
lenzyme de restriction Sau3a ;
- Xba1Famille5.bmp qui affiche llectrophorse de lADN des membres de la famille 5 aprs action de
lenzyme de restriction XbaI.
211
ANAGNE
Exercice prliminaire : principe de laction des enzymes de restriction

Dans cet exercice prliminaire, il sagit damener les lves sapproprier la technique didentification
dun allle grce aux enzymes de restriction afin quils puissent par la suite utiliser librement le
logiciel pour dterminer le gnotype dun individu. Pour cela :
charger les squences Tyrcod1 et Tyrcod2
comparer ces squences et reprer lexistence dune seule diffrence au niveau de la base 575 : A
dans Tyrcod1 devient C dans Tyrcod2 ;
introduire la notion denzyme de restriction et utiliser la banque des enzymes de restriction :

reprer dans la liste des enzymes une enzyme susceptible de diffrencier les deux allles Tyrcod1
et Tyrcod2. Llve doit arriver la conclusion que XhoII (GGATCT) coupe Tyrcod2 dans la
rgion 575 mais pas Tyrcod1 ;
Enzymes du fichier des enzymes de restriction de la tyrosinase

Nom
Motif(s) reconnu(s)
Msp I
CCGG
Mnl I
CCTC
Hae III
GGCC
EINV2
CAATC
Xho II
GGATCT
Xba I
TCTAGA
EINV4
AGTGTG
vrifier cette conclusion en faisant agir cette enzyme et dautres appartenant au fichier des
enzymes de restriction de la tyrosinase sur Tyrcod1 et Tyrcod2.
Action enzymatique
212
SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE TERMINALE, SRIE S, SPCIALIT
Visualisation de laction enzymatique sous la forme dun graphique. XhoII coupe deux fois Tyrcod1 (en 1135 et 1418) et 3
fois Tyrcod2 (en 571, 1135 et 1418). Le rsultat obtenu signifie aussi quil y a plusieurs motifs GGATCT dans les squences
Pour les autres enzymes, il nexiste aucune diffrence dans le nombre de coupures entre les deux squences.
Visualisation de laction enzymatique sous la forme dun tableau
Un exercice du mme genre peut tre conduit pour distinguer les allles Tyrcod1 et TyrAlbTS
laide de lenzyme de restriction Msp1.
Lexemple ci-dessus prsente laction de lenzyme de restriction MspI sur les allles Tyrcod1 et TyrAlbTS
Lenzyme de restriction MspI reconnat le site CCGG et coupe de faon dissymtrique au sein de ce site.
Lallle Tyrcod1 comporte deux sites de coupure de lenzyme (on obtient ainsi trois fragments de
restriction de longueurs respectives : 0,228 kb, 0,035 kb et 327 kb) mais la mutation lorigine de
213
ANAGNE
lallle TyrAlbTS a fait disparatre le premier site de coupure (on nobtient alors que deux fragments
de restriction de longueurs respectives : 0,228 kb et 1,362 kb).
Pour identifier les enzymes de restriction qui vont permettre de reconnatre chacun des allles du gne
de la tyrosinase, il suffit de faire agir lensemble des enzymes de restriction sur les allles de la
tyrosinase et de demander un affichage des rsultats sous forme de tableau.
Cet exercice prliminaire permet ainsi de faire apprhender comment une enzyme de restriction spcifique
permet de diffrencier deux allles partir du nombre de fragments obtenus la suite de cette action.
On peut prolonger en indiquant que

concrtement ces fragments peuvent
tre spars par lectrophorse et
visualiss laide dun rvlateur de
lADN. Le document peut tre utilis
pour faire la liaison entre les donnes
issues de lutilisation de lADN et
llectrophorgramme.
214
lectrophorgramme rsultant de laction de lenzyme de restriction XHO2

sur les allles Tyrcod1 et Tyrcod2
qui codent tous les deux pour des enzymes fonctionnelles
Analyse gntique dune famille

La dtermination des gnotypes des membres de la famille 5 peut se faire de faon classique par
comparaison des squences des allles du gne de la tyrosinase de chacun avec les allles de rfrence
fournis, mais les donnes permettent galement llve davoir une dmarche se rapprochant de
celle rellement suivie lors dun dpistage gntique rel. Cest cette deuxime situation qui sera
dveloppe ci-dessous.
Llve dispose :
de larbre gnalogique, qui lui permet de faire des hypothses quant au dterminisme de la
maladie et des prvisions pour les descendants ;
des squences des allles du gne de la tyrosinase de chaque membre de la famille et des
squences de rfrence des allles du gne de la tyrosinase prsents dans la famille ;
des rsultats dlectrophorse pour chaque individu de la famille (et dlectrophorses de

rfrence).
Ltude de larbre gnalogique de la famille 5 permet de faire lhypothse que deux gnes doivent
intervenir dans le dterminisme de lalbinisme (si lon considre que les allles muts responsables du
phnotype albinos sont rcessifs) :
Lexploitation des rsultats obtenus aprs action des enzymes de restriction (tableau et
lectrophorses) permet de confirmer cette hypothse et de prciser les allles en cause.
Lexploitation des rsultats fournis par lutilisation des enzymes de restriction permet de dterminer
les gnotypes des membres de la famille 5 (on peut aussi, pour simplifier le travail, se limiter la
dtermination du gnotype des individus II2, II3, III1 et III2).
215
ANAGNE
Dtermination des gnotypes pour le gne de la tyrosinase

Les allles en jeu dans cette famille tant les allles tyrcod1 et tyrAlbA3 (ce qui sera prcis aux lves),
on peut se limiter lutilisation dune enzyme de restriction permettant de distinguer ces allles : Xba1
par exemple. Les rsultats du tableau sont mettre en relation avec les lectrophorses correspondantes.
Les lectrophorses seront interprtes en comparaison avec les lectrophorses de rfrence pour lenzyme de restriction considre
Les gnotypes sont donc les suivants : pour lindividu II2 (tyrAlbA3//tyrAlbA3) pour les individus
I1, I2, III1 et III2 (tyrcod1//tyrAlbA3) pour les individus I3, I4, II1, II3 et II4 (tyrcod1//tyrcod1).
216
Dtermination des gnotypes pour le gne OCA2

Lallle en cause dans la famille 5 est lallle OCA2m3. Cet allle diffre de lallle OCA2 par une
substitution T G en position 1418, ce qui supprime un site de reconnaissance de lenzyme Sau3a (elle
coupe en amont dun site GATC). Cette enzyme de restriction Sau3a figure dans la banque denzymes
dAnagne (sites quatre bases).
Lutilisation de cette enzyme de restriction permet donc de distinguer les allles OCA2normal et
OCA2m3 :
217
ANAGNE
Lexploitation des rsultats obtenus par action de cette enzyme Sau3a sur les allles du gne OCA2
des membres de la famille 5 et les lectrophorses correspondantes permettent de dterminer leur
gnotype pour ce gne.
Les lectrophorses seront interprtes en comparaison avec les lectrophorses de rfrence pour lenzyme de restriction considre
Les gnotypes sont donc les suivants : pour lindividu II3 (OCA2m3//OCA2m3) pour les individus
I1, I2, II1 et II2 (OCA2norm//OCA2norm) pour les individus I3, I4, II4, III1 et III2
(OCA2m3//OCA2norm).
218
BIBLIOGRAPHIE
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ALBERTS B. et al, Biologie molculaire de la cellule, Flammarion, coll. Mdecine Sciences , 2004.
ALBIN R., TAGLE D., Genetics and Molecular Biology of Huntingtons Disease. Trends in Neurosciences,
vol. 18, n 1, 1995, p. 11-14.
BEAUDET A. L., SCRIVENER C. R., The Metabolic and Molecular Basis of Inherited Disease, McGraw-Hill,
New York, 2000, 8e dition.
CASTEX F., DIDES J.-J., Enseigner limmunologie en terminale S, CRDP du Languedoc-Roussillon, 2003.
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THOMPSON J.D., HIGGINS D.G., GIBSON T.J., CLUSTAL W. : improving the sensitivity of
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Documents disponibles au CNDP
Enqute sur lapparition de la vie, HAUBERTIN F., LE VOT B., CRDP de Bretagne, 1995. VHS.
Rfrence : 350C2920.
Infogne, ressources pour ltude de linformation gntique, CNDP, 2002. Cdrom. Rfrence : 755
A0300.
La Drpanocytose, une maladie hrditaire, CNDP, 1992, VHS 27 min. VHS. Rfrence : 002 P6254.
La Terre, le Temps, le Vivant : histoire de la vie et volution, CORGNAC F., DELETTRE A., FOUCHER R.,
REBOUT D., CNDP, 2005. DVD vido. Rfrence : 755B0670.
Visualiser les molcules en 3D avec le logiciel Rasmol, DUCAMP P., TAILLARD J., CRDP dAquitaine,
2001. Guide dutilisation du logiciel et recueil dexercices. Cdrom. Rfrence : 3309M006.
219
INSTALLATION ET DSINSTALLATION
Le logiciel Anagne ne peut fonctionner quaprs installation sur le disque dur dun micro-ordinateur
de type PC Pentium quip du systme dexploitation Windows 98 ou dune version postrieure.
INSTALLATION DANAGNE
Lors de linstallation, cette nouvelle version 2 dAnagne ne supprime pas automatiquement lancienne
version 1 qui peut coexister sur le mme micro-ordinateur ; pour dsinstaller lancienne version 1, il
faut excuter le programme Desinst.exe prsent sur la disquette 1.
En revanche, la version 1.8 dAnagne, si elle prexiste, est remplace par cette version 2 sans quil soit
absolument ncessaire de la dsinstaller auparavant bien que cela soit nanmoins prfrable.
Linstallation sur un poste peut seffectuer directement partir du cdrom en local ou bien partir
dune ressource en rseau (cdrom, disque dur dun serveur de rseau ou dune station, etc.).
Installation directe partir du cdrom

Quelques instants aprs linsertion du cdrom Anagne dans le lecteur, le programme dinstallation
sexcute automatiquement (sous Windows 98 et versions suivantes). Si le dmarrage automatique na
pas lieu, il faut pour lancer ce programme, aprs avoir cliqu sur Dmarrer puis Excuter, entrer le
chemin D :\Anagene\Setup.exe si D est la lettre dsignant le lecteur de cdrom.
Aprs affichage de la fentre de bienvenue du programme dinstallation dAnagne 2, il suffit
dappliquer les consignes saffichant successivement lcran. Deux types dinstallation sont
proposs :
221
ANAGNE
La seconde option, si elle est slectionne, assure linstallation dAnagne et copie de plus, sur le disque
dur, la documentation daccompagnement au format PDF. Elle ncessite, pour tre lue lcran ou
imprime tout ou partie, la prsence dAcrobat reader fonctionnel dans sa version 4 ou postrieure. Une
version de ce logiciel est disponible dans le dossier Acrobat du cdrom pour une ventuelle
installation.
Lactualit des dveloppements dAnagne et des applications pdagogiques est lobjet des
complments en ligne accessibles sur les sites du CNDP et de lINRP :
http://www.cndp.fr/svt/anagene/
http://www.inrp.fr/Acces/biotic/
Le fichier Lisez-moi situ la racine du cdrom contient les informations dassistance ditoriale sur
ce produit.
Le cdrom Anagne nest pas ncessaire lors dune session de travail ; il sera rang en lieu sr pour
une ventuelle nouvelle installation conformment aux clauses et conditions prcises dans la licence
dexploitation qui a t acquise.
Installation partir dune ressource en rseau

Linstallation partir du cdrom dAnagne est galement possible distance en rseau si le lecteur
dune station, dun serveur ou dune tour de CD est au pralable partag en lecture. Chaque station
doit alors se connecter au lecteur de cdrom partag et lancer lexcution du programme Setup.exe
situ dans le dossier Anagene du cdrom.
Une autre mthode dinstallation consiste copier au pralable lintgralit dossier Anagene du
cdrom sur une ressource en rseau, disque dur dun serveur de rseau ou dune station, etc. Ce
dossier est partager en lecture pour quil soit accessible en rseau chacune des stations quiper.
Pour linstallation dAnagne, chaque station doit se connecter la ressource partage et lancer
lexcution du programme Setup.exe situ la racine du dossier. Aprs quelques instants, la fentre
dinstallation dAnagne saffiche au centre de lcran de la station, indiquant les consignes
appliquer.
LANCEMENT DANAGNE
Anagne ne sexcute pas partir du cdrom, la prsence du disque dans le lecteur nest pas
ncessaire. Pour amliorer le confort visuel, et si la carte graphique le permet, il est prfrable de
travailler avec une rsolution dau moins 800 x 600 pixels. On se rfrera au manuel dutilisation de
Windows ou celui de la carte graphique pour effectuer les adaptations ncessaires.
Le lancement dAnagne seffectue en cliquant sur Dmarrer puis Programmes puis sur lune des deux
icnes de lancement dAnagne contenues dans le dossier Anagne 2 :
Anagne qui lance la version dAnagne utilisant le code classique dsignant par trois lettres
chaque acide amin dune squence peptidique ;
Anagne (code 1 lettre) qui lance lautre version dAnagne utilisant le code international bas sur
une lettre pour dsigner les acides amins dune squence peptidique.
Une troisime icne intitule Documentation est prsente si lors de linstallation, loption
correspondante avait t choisie.
222
INSTALLATION ET DSINSTALLATION
DSINSTALLATION
Pour dsinstaller Anagne 2, deux solutions sont possibles :
- utiliser le cdrom dAnagne qui proposera, aprs lancement du programme dinstallation, le choix
entre trois options :
Modifier les fonctions du programme ;
Rparer les erreurs dans le programme ;
Supprimer Anagne de votre ordinateur ;
- afficher le Panneau de configuration de Windows et cliquer sur licne Ajout/Suppression de
programmes, slectionner Anagene 2, et cliquer sur Supprimer.
Attention, tout autre moyen de dsinstallation (destruction de rpertoires, effacement de fichiers...) est
prjudiciable.
223

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COLLECTION DCOUVERTE DE LA NATURE

Collection Analyse de donnes, simulation

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Ldition de logiciels et multimdias

Maurice Bouyssou (coordination)

ISBN 2-240-02523-9 (3e dition, CNDP-INRP, 2006)

Collection Analyse de donnes, simulation

SUGGESTIONS PDAGOGIQUES : CLASSE TERMINALE SRIE S.................................................................113

Gne CDC2................................................................. 115

Relations de parent au sein du vivant

Gnes homotiques ..................................................... 121

Relations de parent au sein des Vertbrs

Globines alpha et bta ......................................... 124

Relations de parent au sein des Primates

Gne de lopsine S ................................................ 129

Relations de parent au sein des Hominids

Allles du gne de lalphaantitrypsine ......... 136

Mutations ponctuelles et filiations entre allles

Allles du gne de la G6PD ......................... 138

Mutations ponctuelles et filiations entre allles

Allles de la chane bta de lhmoglobine... 142

Mutations ponctuelles et filiations entre allles

Allles du gne IT15 .................................... 143

Duplications et familles multigniques

Gnes des globines .................................................... 149

Duplications et familles multigniques

Gnes des opsines...................................................... 153

Duplications et familles multigniques

Gnes des hormones hypophysaires et placentaires ... 156

Duplications et familles multigniques

Gnes homotiques.................................................................. 162

Exemple des globines............................................................................................................... 166

Exemple des estrases Rsistance des Moustiques aux insecticides..................................... 169

Exemple de la G6PD Paludisme, slection naturelle ........................................................... 179

Procration Analyse de cas cliniques ......................................................................................................................... 182

laction denzymes de restriction sur des squences dADN ;

le graphique de ressemblance (ou dotplot), reprsentation graphique en forme de matrice de points

LES DONNES FOURNIES AVEC ANAGNE

Les programmes et documents

LES DONNES PERSONNELLES DE LUTILISATEUR

Les squences fournies

Les squences cres avec lditeur dAnagne

Les squences importes

afficher une squence,

demander son enregistrement grce la commande Enregistrer du menu Fichier,

slectionner son nom,

demander Renommer la squence en cliquant sur le bouton droit de la Souris,

effacer le libell de la squence et valider.

accepter la suppression en cliquant sur le bouton OK.

Lajout de thmes dtude

fichiers de pages au format HTM ou HTML tlchargs sur le rseau Internet ;