Instituto de Electrnica Aplicada

Facultad de Ingeniera - UMSA

Sistema de Archivos EDF/EDF+

utilizando MATLAB
lvarez Surci Amrico
aalvarez6@umsa.bo
Instituto de Electrnica Aplicada Facultad de Ingeniera
Resumen Se analiza el sistema de datos
Europeo de intercambio de informacin
fisiolgica humana (EEG, EMG, MEG, etc.)
adems se realiza una herramienta en Matlab
que nos pueda permitir utilizar las bases de
datos de institutos de investigacin internacional
como el MIT, para poder desarrollar
investigacin local en temas de potenciales
elctricos biolgicos.
Palabras Clave EDF, EDF+, anlisis,
herramienta, MatLab,

I. INTRODUCCIN

En este trabajo se presenta en primera

parte el estudio del formato EDF/EDF+,
seguidamente se analiza la estructura de
este protocolo, se continuara con el
desarrollo de una herramienta que nos
permita trabajar con este tipo de archivos
extrayendo toda la informacin til en el
WorkSpace de MatLab y para terminar se
utilizara la base de datos del CHB-MIT [3]
para verificar el correcto funcionamiento
de la herramienta desarrollada.

EL FORMATO DE DATOS EUROPEOS (EDF EUROPEAN DATA FORMAT) ES UNO DE LOS

II. FORMATO EDF

MS UTILIZADOS EN EQUIPOS DE REGISTRO

POTENCIALES ELCTRICOS BIOLGICOS.

El formato EDF inicialmente fue diseado
para intercambiar registros electroencefalograficos (EEG) de sueo [1] entre
diferentes institutos y centros de
investigacin.
Desde 1992 con la aparicin del formato
EDF, equipos EEG-digitales presentan en
sus caractersticas este formato para
almacenar registros EEG.
En 2003 con la mejora a EDF+ [2] se
puede soportar registro de seales (EDF),
anotaciones,
estmulos
realizados,
acontecimientos, anlisis de resultados.
Con estos agregados los archivos EDF+
pueden almacenar cualquier grabacin
mdica como EMG, ECG, EOG1.
Registros EEG de: sueo, patologas, o
algn otro registro EEG es compartido por
instituciones medicas o institutos de
investigacin de todo el mundo en formato
EDF/EDF+ para que pueda apoyar en
estudios y desarrollo de nuevas tecnologas
con BCI.
DE

Electromiografa (EMG), Electrocardiograma

(ECG), Electro-oculograma (EOG)

El formato EDF fue considerado por

primera vez en Copenhague en el 5th
International Congress of Sleep Research
en 1987, la motivacin principal de un
grupo de ingenieros biomdicos en dicho
congreso fue la de tener un formato abierto
para almacenar e intercambiar registros
EEG de larga duracin
El desarrollo del formato EDF fue entre
1989-1992 en el programa Methodology
for the Analysis of the Sleep-Wakefulness
Continuum financiado por la Comunidad
Europea a travs de su Comit dAction
Concertee (COMAC-BME). La finalidad
era que laboratorios e institutos de
investigacin
puedan
aplicar
sus
algoritmos de anlisis de sueo y poder
comparar resultados obtenidos con sus
similares geogrficamente distantes, en
Leiden (Marzo de 1990) se acord un
formato simple para intercambiar registros
EEG de sueo, este formato se hizo
conocido como el Formato de Datos
Europeo EDF, en agosto de 1990 todos
los laboratorios participantes ya haban
aportado una grabacin de sueo EDF al
proyecto.

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El formato EDF se publico en 1992 [1]

desde entonces se convierte en el estndar
para grabaciones de EEG y PSG2 en
equipos comerciales y proyectos de
investigacin.
Puesto que se utiliza ampliamente el
formato EDF para registros de EEG y
grabaciones de sueo, este formato no
ofreca cabida a otras seales utilizadas en
laboratorios de Neurofisiologa Clnica,
teniendo este objetivo pendiente. Esta fue
la razn para crear el formato EDF+
El formato EDF+ fue desarrollado en
2002, y publicado en 2003 en Elsiever.
Teniendo grandes mejoras a comparacin
del formato EDF, pudiendo soportar
registros biolgicos elctricos y otros
varios obtenidos por transductores. Las
seales guardadas en EDF+ generalmente
son: EEG, ECG, EOG, ERG, EMG, NC,
MEG, MCG, EP, temperatura, Luz,
Sonido.
EDF+ tambin puede almacenar eventos
y anotaciones nicamente sin ninguna
seal. Esta flexibilidad permite al usuario
poder registrar varios acontecimientos y
anotaciones en un nico archivo EDF+,
esta es la razn de la diferencia entre
archivos EDF y EDF+. El protocolo EDF+
permite el almacenamiento de varias
grabaciones No Contiguas en un solo
archivo mientras que un archivo EDF
almacena
solo
grabaciones
ininterrumpidas.
Debido a que EDF+ y EDF son muy
similares, el software para EDF+ que se
pudiera utilizar en lectura, escritura y
edicin puede ser desarrollado con relativa
facilidad basado en software EDF.
Software y utilidades para EDF y EDF+
estn disponibles libremente y sin costo
alguno en Internet, por ser un formato de
codificacin
de
informacin
para
intercambi y transporte.

III. ESTRUCTURA EDF

El fichero EDF puede contener un
registro
poligrfico
ininterrumpido
multicanal. Los ficheros en la primera
parte poseen un registro cabecera de
longitud variable que identifica al paciente
y las caractersticas tcnicas de las seales
registradas, en segunda parte estn los
registros de las seales EEG captadas por
el equipo mdico [4] [5].
1) Cabecera
La cabecera esta en formato ASCII y
proporciona informacin general sobre la
configuracin de la adquisicin y el
registro de los datos (Figura 1). La
informacin proporcionada por esta
cabecera es la identificacin del paciente,
fecha y hora de comienzo, el nmero y
duracin de los datos registrados, el
nmero de seales y la etiqueta individual
de cada canal.
El tamao de la cabecera es de 256 bytes
seguido de otro bloque o encabezado
variable de 256 bytes para cada canal del
registro (Figura 2). En cada cabecera de
bloque de cada canal se especifican
atributos como el tipo de seal,
calibracin, y el nmero de nuestras por
registro. Por lo tanto el tamao final del
(
encabezado
es
de
)
.
La informacin de las cadenas de
caracteres ASCII empieza a la izquierda y
es rellenado con espacios si no hubiera
carga til. Se recomienda adems que la
duracin de cada registro de datos no
exceda 61440 segundos (17.1 horas), de
esta manera ser correcta la visualizacin
de la cabecera.
En la cabecera podemos observar dos
tipos de informacin:
i. Encabezado global: Presenta toda la
informacin referente al equipo y
paciente atendido.
Nombre

Versin

Polisomnografia (PSG)

Funcin
Versin del formato de datos

Tamao
(bytes)
8

Pauta
0

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Nombre
Grabacin
Fecha
Hora
Encabezado
Reservado
Muestras
Duracin
No. Canales

ii.

Nombre del paciente al cual

pertenece el EEG
Cdigo o nombre de
identificacin de la grabacin
Presenta la fecha de la
grabacin
Presenta la hora de inicio de
grabacin
Numero de bytes en registro de
Cabecera
Espacio reservado
El numero de datos o muestras
tomadas (-1 si no se conoce)
Muestra la duracin y/o escala
de tiempo
Nmero de canales guardados
(ns)

80
80
8

dd.mm.aa

hh.mm.ss

8
44
8
8

2) Datos
Los registros poligrficos que muestran
la actividad elctrica del encfalo se
almacena en este segmento, tiene la
caracterstica de que cada registro de cada
canal se almacena en forma intercalada,
teniendo
una
longitud
variable
dependiendo del nmero de canales que
almacena el archivo EDF.

Cabecera de la(s) seal(es): Presenta

la informacin referente a cada seal
adquirida con el equipo poligrfico.

Nombre
Canales

Electrodos

Escala
Amplitud
Mnima
Medicin
Mxima
Medicin
Mnima
Escala
Mxima
Escala
Pre
Filtrado
Muestreo

Reservado

Funcin
Presenta la
identificacin
(nombre) de todos
los canales
Presenta el tipo del
transductor
utilizado en cada
canal
Escala de datos de
cada seal.
Mnima Medicin
fsica posible
Mxima Medicin
fsica posible
Amplitud Mnima
Digital de
Medicin
Amplitud Mxima
Digital de
Medicin
Si se utilizo un
filtrado al tomar la
Medicin
Presenta la
Frecuencia de
Muestreo
Espacio reservado

Tamao
(bytes)
16*ns

80*ns

Ejemplo
Fpz-Cz, temperatura

electrodos AgCl,
electrodo Au

8*ns
8*ns

-1200, -500, 37

8*ns

1200, 500, 40

8*ns

-5500, -2500, 0

8*ns

5500, 2500,100

80*n

HP=0,1 Hz ; LP=75
Hz

8*ns

FIGURA 2: ESTRUCTURA DEL ENCABEZADO Y DATOS DEL

FORMATO EDF

Para realizar la correcta lectura del

registro poligrfico almacenado, se debe de
considerar el factor de escala aplicado
considerando la mnima y
mxima
amplificacin fsica o digital, para realizar
un correcto escalado se debe de acudir a
datos del encabezado como las medidas
mxima y mnima adems de la
amplificacin digital. Adems se considera
el Offset incluido, siguiendo para estos
puntos las siguientes formulas:

32*ns

Considerando el factor de escala y el

nivel DC aadido a cada medicin, los
datos resultantes sern adaptados siguiendo
esta frmula:

FIGURA 1: DATOS PRESENTADOS EN LA CABECERA

IV. PROGRAMA EN MATLAB

Se presenta el cdigo que puede extraer

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la carga til de los archivos EDF, es una

rutina necesaria cuando se desea trabajar
con bases de datos de grabaciones EEG [3]
de centros de investigacin disponibles en
Internet.
El programa realizado muestra el
encabezado (Figura 1) con la informacin
necesaria del paciente y de las seales
almacenadas en el archivo EDF, adems se
obtiene la matriz que contiene todas las
muestras almacenadas en el archivo EDF,
siendo las dimensiones de la matriz:
[

)]

V. PRUEBAS Y MEDICIONES EN
MATLAB
Se trabaja con el archivo chb24_01.edf
[3] para la realizar todas las pruebas
presentadas en esta seccin.

FIGURA 3: CABECERA Y DATOS, OBTENIDOS DEL ARCHIVO

CHB24_01.EDF

Como se aprecia en la Figura 3, se

pueden trabajar con canales individuales o
con la matriz que contiene todos los
canales, teniendo estos datos en el
WorkSpace de MatLab se puede realizar

todo el anlisis matemtico que se desee.

VI. CONCLUSIONES Y MEJORAS
Como se observa tan solo se trabajo en
archivos EDF, una mejora al programa
sera el de poder observar las anotaciones
incluidas en archivos EDF+.
Aunque los archivos EDF son un
estndar actual en diferentes registros de
bio-seales, el archivo presentado se lo
probo tan solo en archivos EEG y no as en
otra gama de seales, un siguiente paso
sera mejorar el programa y que pueda dar
lectura a diferentes archivos poligrficos
sea cualquiera sus datos almacenados.
REFERENCIAS
[1] Bob Kemp, Alpo Varri, Agostinho C. Rosa,
Kim D. Nielsen, y John Gade, "A simple
format for exchange of digitized polygraphic
recordings", Elsevier - Electroencephalography
and Clinical Neurophysiology, no. 82, pp. 391393, 1992.
[2] Bob Kemp y Jesus Olivan, "European data
format 'plus' (EDF+), an EDF alike standard
format for the exchange of physiological
data", Elsevier - Clinical Neurophysiology, no.
114, pp. 1755-1761, 2003.
[3] Children's Hospital Boston (CHB) and the
Massachusetts Institute of Technology (MIT).
PhysioNet. [Online].
http://www.physionet.org/physiobank/database/
[4] Bob Kemp. (2003) Eurpean Data Format.
[Online]. http://www.edfplus.info
[5] Jesus Olivan Palacios. (2003, Enero) Some
introductory notes to EDF+. [Online].
http://www.neurotraces.com