Bioedit

Sequence alignment editor and sequence analysis tool

http://www. mbio.ncsu.edu/BioEdit/BioEdit.html

Chuphong  Thongnak
Clinical Pathology, Ramathibodi Hospital

Introduction

3 Sequence alignment editor and sequence analysis 
stand‐alone freeware
3 Written by Tom Hall in 1997 using C++
3 Version 7.0.9 last update 27/6/2007 
 Key features
• Several modes of hand alignment
• Automated ClustalW alignment
• Automated Blast searches (local and WWW)
• Plasmid drawing and annotation
• Accessory application configuration
• Restriction mapping
• RNA comparative analysis tools
• Graphical matrix data viewing tools
• Shaded alignment figures
• Translation‐based nucleic acid alignment
• ABI trace viewing, editing and printing
• Other features...

Installation
 Requirement

3 PC with Windows 95, 98, NT, 2000 and XP OS 
system (Compatible with Windows Vista)

3 A pentium with at least 32 Mb of RAM
3 At least 30Mb free disk space
3 Zip files extraction tools (ex. winzip, winrar, 7zip) 
3 PDF file viewer (ex. Adobe reader, Foxit reader) 
 Duoble click “setup.exe”to start 
installation

In “c:\BioEdit” there is “tree32.zip”for TreeView 
installation
Duoble click “setup.exe”to start 
TreeView installation

BioEdit Alignment view
 Main Interface

1. Menu bar 3. Sequence names
2. Tool Bar / Speed Button 4. Sequence detail

3 4
Select / Slide mode:  Select residues by boxing 
them with the mouse
Edit mode:  You may place the cursor 
anywhere in the document
(except the titles) and type with 
processor: insert and overwrite
Grab & Drag mode:  Grab and drag a single residue 
dynamically on the screen. Use
the shift key to move the entire 
sequence downstream of the 
residue

Lock and unlock all gaps in the entire alignment

Locked state of above button
When down, allows you to insert single gaps 
by right‐clicking the mouse
Delete gaps by right‐clicking the mouse
Insert gaps in all sequences except the one 
clicked on with the right mouse button
Delete gaps in all sequences except the one 
clicked on with the right mouse button
Reverses the default functions of the left and 
right mouse buttons
Toggle “Grab & Drag” mode

When this button is down, when sliding residues 
is to crunch or expand downstream gaps
When this button is down, when sliding residues is 
to move the entire sequence downstream of the 
selection
Normal view mode residues are colored according to
the current color table
Inverse color view mode, Background boxes are 
shaded
“Strength of Alignment” ‐‐ Residues are shaded in 
grayscale according to the information content at 
each column
Residue backgrounds are shaded according to the 
information content at each column

Shade residues by identity and similarity
Draw features with sequences superimposed 
over them

Draw features only. Do not show sequences

View sequences in color

View sequences in monochrome

Show identities to a reference sequence 
(default = top)
Show or hide the mutual information examiner 
(for RNA analysis only)
Brings up the color table edit dialog

Toggles “ignore anchor points” mode

Add or remove a positional marker flag

Add or remove a column anchoring point

Scroll speed controller

Assign first number on ruler

Double click  sequence name to use sequence edit 
mode and select “Overwrite” or “Insert”
 Example 1
Pairwise alignment for 
checking Primer

Go to “File > Open...” to open template and 
primer files
For Forward primer select template and primer 
then go to “Sequence>Pairwise Alignment>Align 
two sequence(allow ends to slide)

F‐Primer anneal with template at position 
109 ‐ 126 

For Reverse primer select it and go to “Nucleic 
acid>Reverse Complement” first

TGCTTGCTTGCTGACTAT
Reverse Complement

ATAGTCAGCAAGCAAGCA
 Then go to “Sequence>Pairwise Alignment>Align 
two sequence(allow ends to slide)

R‐Primer anneal with template at position 
270 ‐ 287 

Go to “File > Print Alignment as Text” then you can 
copy the alignment to other software ex. MS Word
 Example 2
Multiple alignment And
Creating Consensus sequence

Open first file by Go to “File > Open...”

Then you can open all other file by Go to “File 
> Import > Sequence Alignment file”

Go to “Accessory Application > ClustalW 
Multiple alignment”
 Go to “Alignment > Create Consensus Sequence”

Example 3
Create Phylogenetic Guide Tree
Open referent, out group and unknown files then 
select all and do Multiple Alignment 

Go to “Accessory Application > DNAmlk DNA 
maximum Likehood program with molecular clock 
Result show that Unknown is a member of Dengue type 4

Example 4
Restriction Enzyme Analysis
Open file and then Go to “Sequence > 
Nucleic Acid > Restrictionmap”

Now you can save result to text file
 Example 5
DNA Contigs Assembly

Open file and then Go to “Accessory Application 
> CAP contig assembly program”
 Example 6
DNA Translation

Open file and then Go to “Sequence> Nucleic 
Acid> Sorted Six‐Frame Translation”
 Select Start Codon

Result show that most possibility frame is frame 1

Go to “Sequence> Nucleic Acid> Translate > Frame1”
 Example 7
Amino acid Composition

Open file and then Go to “Sequence > Protein > 
Amino Acid Composition”
 Example 8
ABI File Analysis

Direct open .ABI file be Go to “File > Open...”
then edit the sequence and save as fasta or 
text file
THANK YOU