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Mycomtre 2.

xx / documentation de base
Maj 21/09/2014

Nota bene :
Mycomtre est un logiciel professionnel ralis partir d'une ide originale de G. Fannechre 1996-2006.
Il pourra tre ncessaire de mettre jour cette notice avec les futures mises jour.
Cette documentation est la compilation incrmentale des mises lour successives de Mycomtre. La reorganisation de cette
documentation est en projet. Voir l'index des diffrentes possibilits du logiciel.

Les derniers complments de cette documentation sont imprims en couleur dans le texte.
Les rubriques notes **, qui ne sont pas indispensables aux nouveaux utilisateurs, sont dveloppes dans
la documentation complmentaire DocPlus, accessible depuis le menu daide.
Cette aide vous permettra de dmarrer et utiliser facilement Mycomtre.
Une aide plus complte sera livre ultrieurement, accessible par le menu.
Aprs 10 ans de bons services, Mycomtre V1.xx cde la place la version 2xx.
Mycomtre V1.xx tait une version de faisabilit qui a permis de constater que son concept original de
mesure sur image numrise apportait certains avantages.
Cependant, l'architecture provisoire (mais qui a dur un certain temps..) de la version 1 rendait difficile
l'implantation de nouvelles fonctionnalits.
La refonte la base de Mycomtre permet enfin une ergonomie mieux adapte au travail du mycologue et
certaines fonctionnalits nouvelles ont dj t implantes.
Actuellement, l'utilisateur dispose de l'essentiel des moyens pour mener facilement bien les mesures de
distances.
Dans les mises jour prvues, les autres fonctions de Mycomtre 1 seront introduites, avec
galement des fonctionnalits supplmentaires prvues depuis longtemps, mais diffres jusque l.
Contrairement ce qui avait t crit dans la documentation de la version 1, la version 2 se verra dote de
dispositifs de traitement statistiques originaux. En effet, la version 1 (et encore la version actuelle) permet
l'exportation des rsultats pour effectuer le traitement par un logiciel extrieur (tableur par exemple).
Mais, en dehors de logiciels onreux et rservs aux spcialistes en statistiques, l'exprience a montr que
les moyens bureautiques disponibles sur le march (Excel, Open Office ) sont mal adapts aux
chantillons habituellement traits par les mycologues. Ils sont soit insuffisants, soit incapables de raliser
certaines oprations, soit mme faux quant aux rsultats, puisqu'ils sont conus pour traiter des
chantillons de grande taille.

Installation
Lancer le programme dinstallation Mycm2.Installe.exe .
Choisir la langue dinstallation (il est possible dinstaller plusieurs langues successivement)
Par dfaut Mycomtre sinstalle dans Programfiles\Mycometre 2
On peut dplacer ce rpertoire sans aucun inconvnient ni re-installation
Sessions multiples :
1

on peut lancer en mme temps autant de sessions de Mycomtre (pour comparaisons, par exemple) que la
machine peut en supporter.

premiers pas
lancer Mycm.
En fond d'image, l'icne de Mycomtre apparat trs agrandie. Une fentre d'accueil apparat : des
rudiments d'aide sont fournis.

Premiers test
Avant de se lancer dans la mesure proprement dite, il est conseill de tester l'interface. Cela peut se faire
sur l'image de fond.
L'interface de commande est constitue de divers lments :
A l'cran : la barre de menu et sous menus, les boutons divers
Au clavier : certaines touches dclenchent certaines actions
La souris : pointage, validation, commande des menus flottants
Clic gauche sur l'image : une croix s'affiche / Clic gauche sur un autre point : un segment relie les 2
points.
Au-dessus de la vignette on peut lire
Cal =1,000 (par dfaut, la mesure se fait en nombre de pixels )
Z= 0,705 ( zoom par dfaut au chargement)
Puis la longueur du segment selon la valeur de l'talonnage.
En dessous de la vignette, la mini-grille donne le rsultat des 3 dernires sries de mesures.
Lors du premier lancement, Mycomtre mesure 2 donnes par ligne : fonction spore 2D (une ligne est
compose de 1 5 segments -ou plus).
Dans la premire case, la longueur (de la spore) mesure est affiche
Pointez un second segment : le rsultat s'inscrit dans la seconde case de la premire ligne etc
Pressez la barre d'espace : La grille complte des rsultats s'affiche.
Pressez la barre d'espace : La grille complte s'estompe.
Presser le bouton = "<=" (effacement arrire) : le dernier segment s'efface.
Au fur et mesure que les donnes s'enregistrent, certaines cases de la grille ( presser espace) se colorent
en jaune ou en vert : ce sont les valeurs mini et maxi du caractre tudi ( sauf si le mode "statistiques "
est dsactiv).

les modes de pointage


l'interface de pointage
Presser le bouton gauche ou droit de la souris et tirez le en glissant jusqu'au point final : la validation se
fait au lch du bouton (automatiquement si bouton gauche, avec validation si bouton droit).
2

Vous pouvez galement effectuer un clic sur l'origine et un clic sur l'extrmit (comme sur la version 1) :
Mycomtre reconnat automatiquement la mthode de pointage que vous prfrez.

La loupe : dans le coin gauche de l'cran la zone pointe est agrandie pour une meilleure
prcision.

La double loupe : presser la touche "<>" : le grossissement est doubl (bistable)


Le mode pantographe est une innovation Mycomtre 2 : Pressez et maintenez la touche Maj ( audessus de CTRL) l du clavier : de grands dplacements de la souris correspondent de petits
dplacements sur l'cran.
Les modes "loupe" et "pantographe" peuvent tre utiliss simultanment ou sparment.
Sortie du mode pointage : si vous avez commenc le pointage d'un segment, vous pouvez sortir de ce
mode en pressant ESC. En mode pointage, le carr des boutons de zoom s'efface.
Mycomtre comporte un dispositif programm et paramtr qui permet de sparer les deux modes de
pointage : gliss-lch ou double clic.
L'intrt est que l'utilisateur n'est pas contraint de dclarer au pralable son mode de validation.
Il semblerait que la mthode du double clic serait plus aise (avec la loupe et le pantographe, l'utilisateur
est trs l'aise pour valider sa mesure).
Certaines personnes prouvent des difficults pour valider l'aide du bouton de souris. Le dispositif de
Mycomtre est paramtrable (voir options) et rgl 3 (tolrant) par dfaut. Utile pour le pad de machines
portables.

Les procds de pointage :


Mode "bipoint"
Mthode classique : on mesure la longueur d'une spore (origine, extrmit) puis la largeur (idem).

Mode "palmer"
Autre innovation Mycomtre 2.
Le nom "palmer" est celui de l'instrument des mcaniciens dont le procd s'inspire.
Cocher la case palmer.
Sur une spore ( ou une cystide etc ) reprer l'apicule pour dfinir la dimension que nous dsignerons par
"longueur" .
Pointer le premier segment normalement, puis
Placer le premier point du second segment (la largeur), puis amener le curseur vers l'autre face : un trait
perpendiculaire l'axe principal est trac et un second trait aide placer l'extrmit au point de tangence.
Outre la facilit de mesure, on est assur qu'il n'y aura pas d'erreur de parallaxe.

On peut passer d'un mode l'autre n'importe quel moment.

interface de mesure de lignes polygonales


Elle permet dapprocher les mesures dlments non linaires (cystides, hyphes, spores allantodes etc )
par une suite de mesures de segments conscutifs.
Cette option (qui existait sur ma version personnelle 1.05) a t ajoute la demande de G. Consiglio.
Elle sapplique toutes les fonctions de mesure de distance. Elle est compatible aves les modes bipoint
et palmer ( en fait seule la mesure principale 1re colonne de la grille- est concerne)
Mode opratoire :
Cocher loption Poly ( au dessus des options palmer/bipoint)
Clic gauche sur le premier point (double clic ou tir-lach, au choix), puis clic gauche pour tracer les
segments conscutifs.
Clic droit pour terminer le dernier segment et valider la mesure.
Le nombre de segments est illimit.
La longueur totale saffiche en permanence pendant la mesure
Annulation de la mesure : clic droit et presser <=

Pour les mesures autres que mesure segment seule la premire colonne est
concerne. On effectue les autres mesures comme dhabitude.
On peut passer tout instant du mode Poly au mode simple en mlangeant les types de pointages.

Dcocher la case Poly pour terminer.

Affichage lcran : le trac polygonal reste trac tant que lon ne modifie ni le zoom, ni la position.
Ensuite, afin dallger les traces, restent tracs : le point dorigine du polygone ( par ex la base de la
cystide) et un segment partant de la base vers lextrmit de la cystide, de longueur gale la somme des
longueurs de segments juxtaposs.

Outre les mesures d'hyphes et autres lments courbes vous pouvez mesurer par exemple un primtre
quelconque.
Prcision de la mesure

Le nombre de segments du polygone d'approximation est infini, en thorie. Vous n'tes limit que par la
rsolution de votre cran (on ne peut pas cliquer entre deux pixels !). L'erreur sur la mesure de l'lment
courbe peut donc tre tout fait ngligeable : il suffit de prendre un nobre suffisant de segments

Dplacer l'image
La vignette comporte un cadre permettant chaque instant la visualisation de la zone en cours de mesure.
Un clic sur la vignette dcale la zone de mesure (inspir des logiciels de cartographie)
Autres mthodes :
* Presser la touche 'Ctrl' et dplacer limage tout en maintenant le bouton gauche de la souris.
* Presser la touche 'C' du clavier et pointer un dtail de l'image (pas de la vignette, car compte tenu de sa
petite taille, la prcision serait nulle) : l'image se centre exactement sur le dtail dsir.
* la poigne : presser le bouton <> le curseur change et on peut dplacer l'image avec la souris (bistable)
*zoom centr : voir plus loin

Zoom
Plusieurs mthodes
La plus simple : dans le carr des zooms, choisir Z+ ou Z- : l'image s'agrandit partir de l'origine. On peut
agrandir jusqu'au pixel en plein cran sans aucune dgradation de l'image (il est donc normal que l'on
finisse par voir des pixels).
En cas de panique, presser Z1 : l'image se recentre sa position d'origine.
Dans le carr des zooms, le bouton >> sert modifier le pas du zoom.
Autre mthode : presser la touche "Z" et pointer le dtail dsir : l'image se centre exactement sur le dtail.
Poursuivre jusqu' obtenir la taille dsire.
Bouton gauche : agrandir, bouton droit : diminuer

Boutons Couleur des traces


Selon la couleur dominante de l'image, il est quelque fois difficile de distinguer les tracs. Comme sur la
version 1, on peut changer la couleur des tracs.
Cependant le rglage de la couleur du trac par menu de la version 1 a t abandonn parce que mal
commode.
Deux boutons "couleur" sont disponibles qui concernent :
en haut la couleur du trac, en bas, la couleur du cadre de vignette, de la couleur du palmer et du
comptage.
16 couleurs sont disponibles, en pressant le bouton de couleur ( permutation circulaire). Il peut tre
ncessaire de presser "retrace" pour visualiser la nouvelle couleur.

Bouton Etalonner
Il faut disposer d'une image figurant un objet de dimension connue (on verra plus loin comment talonner
ses appareils avec Mycomtre)

En mode macrophoto : un double dcimtre, en microphoto : une mire oculaire talonne ou une mire
objectif.
Cas le plus courant : mire oculaire, l'ensemble objectif mire tant suppos correctement talonn.
L'exprience de Mycomtre version 1 a montr qu'un talonnage de dpart suffit, si les conditions de
prises de vue restent les mmes : il faudra donc un talonnage pour chacun de vos objectifs.
( Nb si vous ne disposez pas de micromtre oculaire, vous pouvez tester Mycomtre avec une image
quelconque sur laquelle figure un double dcimtre. Des solutions et des mthodes pour l'talonnage
seront donnes ultrieurement. Lire aussi l'aide de la version 1)
A partir de la dimension d'un talon de longueur donne (ce peut tre l'image d'un objet, d'une mire
objectif ou d'une mire oculaire )
Presser le bouton "Etalonner"
Pointer les extrmits de l'talon (ou deux divisions extrmes de la mire)
Entrer la longueur correspondant dans la fentre de dialogue.
Etalonnage laide dun micromtre oculaire : tenir compte du grossissement de lobjectif.
Etalonnage laide dun micromtre objet : la longueur entrer est la longueur vraie mesure sur la mire,
quel que soit le grossissement de lobjectif.
Par exemple, si vous mesurez 52 divisions sur une mire objet de 100 div / cm (1 division = 10 um)
il faut entrer la longueur 520 (en microns), quel que soit lobjectif.
Voir aussi, plus loin, loption priorit dimension / rsolution ** 1

Sauver/charger l' Etalonnage


Une fois le Etalonnage effectu, on peut sauver cet Etalonnage dans le fichier de sauvegarde, assorti d'un
commentaire (par exemple : Zeiss X40)
Cet Etalonnage est rcuprable aisment ensuite.
Attention : le fichier de calibrage "mspore.cal" de la version 1 est nomm "mycm.cal" dans la version 2
(les mthodes d' talonnage tant diffrentes).
A partir de la version 2.06 on peut utiliser diffrents fichiers de calibrage (Correction et dition facile) :
voir note dapplication.
Se reporter galement la rubrique Complments / calibrage la fin du document

Bouton grille
Les 3 dernires mesures enregistres apparaissent dans la mini-grille, sous la vignette. En gnral, il n'est
pas utile d'observer en permanence la grille principale, et ce dispositif permet de gagner de la place pour
l'image active (il est possible aussi de dplacer la grille, voir plus loin).
Par dfaut la grille contient 63 lignes de mesures ( prcision : la valeur 63 n'est pas un hasard : cela fait
partie des moyens pour optimiser les performances du logiciel ; peu de chose, mais ces nombreux dtails
cumuls finissent par avoir leur importance).
Possible : jusqu 511
1

** dsigne une notion avance qui peut tre ignore dans un premier temps
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Tout comme cela se fait depuis plus de 10 ans sur la version 1, la grille fait apparatre les mesures
effectues, les rsultats de certains calculs auxiliaires, plus le numro de l'image concerne par la mesure
(voir plus loin) ainsi que des commentaires optionnels.
La grille infrieure donne quelques rsultats statistiques de base : moyenne, cart-type vrai, mini, maxi,
dissymtrie, kurtosis (d'autres moyens et tests statistiques seront donns dans les versions venir).
En haut de la grille, les boutons
Raz tout : efface la grille et le chargeur d'images (voir plus loin)
Raz grille : efface la grille
Effacer Ligne : Poser le curseur de la souris sur une ligne quelconque et presser le bouton effacer ( pour
une seule mesure, voir "<=" effacement arrire). Les lignes et les statistiques sont recalcules.
Chercher : voir plus loin
Dplacer la grille : presser "G" (4 positions aux coins de l'image) ou dplacer en maintenant le curseur de
la souris dans le haut de la grille.
Fentres mobiles
(Version 2.05) Les petites fentres (grilles, aperu etc..) sont mobiles (cliquer avec la souris dans une
zone vierge et tirer lendroit souhait).
Commentaires : Possibilit d'inscrire un commentaire sur chaque ligne (cliquer et relcher sur la zone
commentaires) qui seront exports avec les rsultats.
Rfrence de limage : Pour retrouver la rfrence de limage correspondant une ligne de la grille:
Pointer la ligne et tenir le bouton gauche de la souris appuye. Presser une touche pour faire apparatre le
nom du fichier image correspondant (chemin complet).

Bouton Chercher
Encore une autre innovation de mycomtre 2 :
Recherche d'un lment, quel que soit l'lment mesur et quelle que soit l'image.
Si par exemple on dsire revoir la spore qui a donn la longueur maximum (signale par le surlignage
jaune ), marquer la ligne correspondante et presser "chercher". L'image utile est charge et centre
automatiquement sur la spore, avec la valeur du zoom en cours. Les segments sont retracs. On peut alors
continuer et complter les mesures partir de cette image.

Rpertoires
Les rpertoires d'images et de donnes peuvent tre reconnus par dfaut au chargement.
Mthode :
Ouvrir une image dans le rpertoire de son choix puis faire fichier / sauver les paramtres .
Pour les donnes : exporter la session (mme vide), puis faire fichier / sauver les paramtres .
Par dfaut le rpertoire est celui de l'application.
La trame (voir plus loin) est sauve dans le rpertoire des donnes. Ne pas essayer de modifier ce fichier !
7

Menu Export Grille


Tout comme la version 1, les rsultats des mesures sont exports au format CSV par dfaut (mode texte
particulier, compatible Excel, Open Office voir options).
Le contenu des donnes est plus important, puisque maintenant est exporte entre autres, la liste des
images traites.
Commentaire gnral ou par ligne, dans le fichier export.
Dans le cas o le fichier export existerait dj, un message dalerte est retourn.
Rpertoire de sauvegarde par dfaut du fichier CSV
(version > 2.05) Le rpertoire de sauvegarde propos pour le fichier CSV est le rpertoire de l'image
active.
Outre le cas lmentaire o une seule image est charge, si plusieurs images sont prsentes dans le
chargeur, le rpertoire propos est celui de l'image en cours de traitement.

Menu Chargeur d'images :


50 images peuvent y tre rfrences.
Au fur et mesure que les images sont charges, les rfrences sont ajoutes au chargeur.
Le contenu du chargeur est export avec les mesures.
Pour plus de dtails sur les images charges, presser le bouton "voir options".
Chargement d'images en bloc : **
Menu Fichier / Chargeur / Ajouter
Un fentre s'ouvre et affiche le nom des images du rpertoire image en cours
Marquer les images dsires et presser le bouton "ajout".
Le bouton "rpertoire" permet de choisir un autre rpertoire image.
On peut choisir et ajouter des images de rpertoires ou de disques diffrents
Presser "Fermer" pour retourner l'cran habituel.
Note importante :
La mthode de chargement "classique" n'est pas abandonne afin de ne perturber les dbutants.
Cette nouvelle facilit est trs rapide pour charger d'un bloc toutes les images utiles une srie de mesure,
particulirement pour le mode MC pour lequel le chargement l'unit tait fastidieux..
Cependant, il faut prendre garde au fait qu'ainsi, toutes les images charges seront affectes du coefficient
de calibrage prcdent (c'est gnralement souhaitable, en particulier pour le mode MC). Le re-talonnage
dune image reste possible.
Il est donc conseill de procder ainsi:
- Charger d'abord 1 image du bloc (par la mthode classique ou par l'ajout au chargeur)
- Etalonner cette premire image
- Charger en bloc toutes les autres images supposes avoir le mme coefficient.
De toutes faons, il sera toujours possible d'effectuer un re-talonnage d'une image particulire
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Si une image est prsente dans le chargeur, elle ne sera pas ajoute.
Bouton Image
Presser sur le bouton images pour faire apparatre la liste des images charges.
Un clic sur une rfrence d'image appelle immdiatement l'image dsire pour y faire d'autres mesures si
ncessaire.
Supprimer une image du chargeur **
A tout moment en cours de mesure, il est possible de dlester le chargeur des images inutiles.
Pour cela, faire
Menu Fichier / Chargeur / Supprimer
Une fentre apparat dans laquelle s'affiche le nom des images inutilises. Si l'on dsire effacer une image
prsente dans la grille, il faut au pralable effacer les lignes correspondantes.
Marque la ou les images supprimer et presser le bouton de suppression (utiliser MAJ ou CTRL pour les
choix multiples)

Menu Trame
version 2.xx
Il est possible de sauvegarder la session en cours et de la reprendre ensuite.
Faire fichier/sauver la trame pour sauvegarder
Et fichier/charger la trame pour la rcuprer.
Attention : si une session est en cours elle sera interrompue (mais on peut encore la sauver). Il y a un
message d'alerte.
Toutes les donnes sont re-affiches, les images sont recharges si ncessaire, les vecteurs sont redessins:
tout se passe comme si on n'avait pas quitt la session.
NB : voir aussi le paragraphe "Sauvegarde Automatique":

La trame permet galement de mmoriser la session ainsi que le transfert de la session sur une autre
machine.
Gestion de la trame : **
Si l'on travaille sur un poste unique, sur des images ranges dans des rpertoires dfinitifs, la sauvegarde
et la rcupration de la trame ne pose pas de problme.

Archivage et transfert de la session


Un problme se pose si l'on change les rpertoires d'images ou si l'on dsire poursuivre son travail sur une
autre machine.

Une mthode simple et rustique serait de modifier les chemins de recherche des images dans le fichier
TRM (Ascii ditable avec Notepad).
Le plus simple est plutt de procder ainsi pour, par exemple, transfrer son travail sur une autre machine:
A l'aide d'une cl (ou par rseau) le fichier TRM et toutes les images concernes puis les coller
dans le nouveau rpertoire ( on peut sparer le rpertoire des images).
Lancer Mycomtre, et dfinir comme rpertoire image le nouveau rpertoire des images.
Lancer le chargement de la trame. Si les chemins d'accs des images sont incorrects, Mycomtre ira
automatiquement les chercher dans le rpertoire que vous avez dfini (vrification avec le bouton "voir
option").
Si la rsolution de l'cran de la nouvelle machine est diffrente de la prcdente, elle est
automatiquement prise en compte (un message apparat).

Autres

Menu Fonctions
Mesure spores, cystides mais aussi tout autre lment : hyphes, ou autre, car une fentre permet de
noter les commentaires qui seront exports avec les rsultats
Nouveau par rapport la version1.xx ...

Segments
Mesure 1 seule dimension

Spores 2D
Fonction par dfaut : en principe longueur / largeur
Si la mesure de la longueur ne prsente pas de difficult, on veillera ce que la spore soit bien positionne
pour mesurer la largeur.
Si la spore nest pas symtrique, on utilisera la fonction de mesure 3D

Spores 3D
Possibilit de mesurer et stocker sparment la longueur et la largeur des spores.
Mesure longueur/largeur : comme pour la spore 2D.
Mesure longueur/paisseur :
Mesure de l'axe principal comme pour la spore 2D.
Puis :
-Soit valider la mesure de la seconde valeur en terminant par un clic sur le bouton droit (conseil :
effectuer cette seconde mesure avec le bouton droit demble) : un menu flottant permet de choisir largeur
ou paisseur.
-Soit (plus rapide) : presser la touche E et valider avec le bouton gauche de la souris, comme pour
la mesure 2D.
Les rapports Q= longueur / largeur et L= Longueur / paisseur sont calculs et affichs dans la
grille.Les statistiques sont calcules en consquence.

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Cystides
Jusqu' 5 mesures pour l'instant

Fonctions comptage et densit


Comptage
Clic gauche pour compter, clic droit pour valider

Comptage simple.
Exemple : nombre de lames l'insersion , angles externes des entolomes.
Comptage double .
En particulier : comptage des bosses de inocybe
On comptera d'abord les bosses externes (A : couleur 1), puis les bosses intrieures ( B : couleur 2).
Mycomtre retourne les deux valeurs A et B ainsi que A+2B (nombre total thorique)
NB :
-

lors d'un "retraage", seul le premier point marqu est re-affich et numrot afin de ne pas encombrer la figure.
les oprations ur la grille sont oprationnelles (effacement, recherche de spore, etc ..)

Densit
2 oprations : dlimitation d'une zone et comptage manuel des lments dans cette zone.
Option de la forme de la zone :
- elliptique (cercle compris)
- rectangulaire
Mycomtre retourne la surface de la zone, le nombre de points et le nombre de points par unit de surface.
Application : densit des pores des polypores
NB :
-

penser talonner l'image au pralable !


lors d'un "retraage", seul un point est
numrot et re-affich afin de ne pas
encombrer la figure.
les oprations sur la grille sont
oprationnelles ( effacement, recherche de
spore, etc ..)

Mesure dangles et de surfaces


Fonction Surface
Pour les raisons voques ci-dessus, la mesure dune surface quelconque seffectue par approximation
polygonale . La mesure automatique est en projet.
Sous menus
*Triangle
Placer le sommet du triangle puis les 2 autres extrmits.
Mycomtre retourne la surface, le primtre et langle au sommet
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*polygone auto
Placer un point au centre de la forme dou lon peut voir tous les points du pourtour ( si un tel
point nexiste pas, la surface sera dite non-observable)
Parcourir le primtre de la surface mesurer (le pourtour de la spore par exemple) par des
points dautant plus rapprochs que le rayon de courbure est petit.
Fermer le polygone dapproximation en cliquant sur le bouton droit.
Mycomtre retourne : la surface, le primtre, le rayon moyen (cf Hadwiger), lindice de forme F
*polygone ouvert
On opre comme le polygone auto, mais, si ncessaire, il faut fermer le polygone en marquant
nouveau le premier point.

Indice de forme F
La question de la caractrisation des formes par des transformations de Fourier 2D ou par Ondelettes est
prvu et annonc depuis trs longtemps ( voir par ex
http://mycolim.free.fr/DOC_SML/mycm202/fonctionnalites_de_Mycometre_2.04.htm).
Si lanalyse dune forme propre dessine en noir sur fond blanc ne pose pas de grosse difficult, il
nen est pas de mme pour une image microscopique affecte, en raison de la transparence, de nombreux
dfauts indsirables.
Dbut 2010, nous avons dfini et calcul un nouvel indice de forme qui constitue un petit pas en avant
vers la caractrisation numrique des spores (par exemple).
En rsum : jusqu prsent, les seules caractrisations de la forme des spores sont les rapports Q= L/l et
L= L/e (voir fonction mesure 2D et 3D).
Lindice F est indpendant de ces indices et apportent un complment dinformation sur la forme de la
spore.
Par exemple si on considre une ellipse et son rectangle circonscrit : ces deux formes ont la mme valeur
de rapport Q.
Cependant on peut les distinguer par leur indice F qui est diffrent.
Deux spores pourront tre spares numriquement par les indices Q ou F (ou les deux ). Lintrt est de
permettre un tri numrique facile dans une base de donnes.
Lindice F est indpendant de la taille de la spore : deux spores homothtiques ont la mme valeur de F
Calcul de lindice F : il est ncessaire de parcourir le pourtour de la spore pour calculer F. Pour simplifier
linterface, lindice F est calcul via la fonction surface/polygone auto
Nb : un article sera publi sur ce sujet

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Modes dEtalonnage
Comme sur la version 1, il est possible de sauver et retrouver les talonnages habituels, les calibres l'aide
du grossissement rel des objectifs etc
Attention, dans la version 2, la squence est modifie : appel, mesures, fentre commente
Il nest pas ncessaire de refaire l'talonnage pour chacune des images.
Pour les habitus de Mycomtre... **
Il y a une option qui est relative au mode d'talonnage (Laisser, a priori, cette option dans l'tat)
Pour plus de prcisions :
Si toutes vos prises de vue sont faites avec la mme rsolution et que vous effectuez vos mesures
sur des sous images extraites : choissez priorit rsolution
Si vos prises de vue sont faites avec des rsolutions diverses et que vous effectuez vos mesures sur des images entires
: choissez priorit dimension (cest ainsi que travaille Marino Zugna sur des prises de vues en mode image relle -cf.
documentation mycomtre V1-. A titre dexemple, faites une recherche dimages sur le Web avec les mots cl Marino Zugna
)

Voir aussi le paragraphe Re-talonnage :

Bouton Mode MC
(non disponible dans la version allge)
Introduction
La mesure sur image numrise, telle quelle fut introduite par la version V1xx peut prsenter un inconvnient quon ne peut
ignorer en ce qui concerne les images microscopiques.
Une prparation microscopique, aussi soigne soit-elle, a ncessairement une certaine paisseur, en principe suprieure
lpaisseur des lments quelle contient, afin que les lments quelle contient ne soient ni comprims ni dforms.
Dautre part, la profondeur de champ de limage numrique enregistre est gnralement trs limite et infrieure lpaisseur
des lments mesurs (on verra plus loin que, sagissant dune image transparente, une grande profondeur de champ apporte
plus dinconvnients que davantages).
Le mode MC (= Multi-Couche) est bas sur une ide simple : mettre profit la faible profondeur de champ desimages
microscopiques qui est pourtant souvent considre comme un inconvnient.
Alors que la mesure directe (de visu) au microscope permet une mise au point spare sur chacun des lments, une image
traite en diffr est ncessairement fige.
La faible profondeur de champ de limage va permettre d'effectuer une srie d'images en coupe qui nous amnera un examen
diffr semblable un examen direct, mais avec les avantages du traitement par logiciel.
Le procd est similaire au procd de tomographie (du grec "tomos" = tranche) dont il s'inspire et que Mycomtre va exploiter.
L'avantage est vident : de par la faible profondeur de champ, les dlimitations peuvent tre pointes avec prcision en
choisissant parmi les images disponibles la coupe la mieux adapte llment mesur (balayage des images en profondeur).
Plus la "couche" sera fine (moindre profondeur de champ), plus il sera facile de sparer les lments dans le sens de la
profondeur.
Le mode MC est plus contraignant que la mesure sur une image simple, mais la quantit et la qualit des informations qu'elle
permet d'obtenir justifie pleinement son utilisation.
Actuellement Mycomtre traite les dimensions sur chaque plan sparment. D'autres applications bases sur le mode MC sont
en projet.
La mesure MC s'effectue en 2 parties :
- Matrielle : prises de vue
- Logicielle : utilisation de Mycomtre

1/ les prises de vues :


L'APN doit tre fix fermement au microscope (pas de prises de vues " la vole") et il peut tre avantageux de disposer d'une
tlcommande ou d'une commande par logiciel (par exemple G2Remote sur Canon G2 ).
13

Supposons que la profondeur de champ soit de 2 microns : il faut 6 images pour balayer 10 microns.
On effectue la mise au point sur la partie la plus haute (ou la plus basse) de la prparation, et on capture 6 images en dplaant
dlicatement la vis micromtrique de 2 microns.
Les vis micromtriques sont souvent gradues et on peut alors noter la valeur de la position en profondeur, qui pourra tre
reporte dans la zone commentaires de la grille de Mycomtre (il est possible de motoriser et dasservir le mouvement en
profondeur, mais ce n'est pas le sujet du propos).
NB : on pourrait penser exploiter diffremment la suite de prises de vues ainsi obtenue. En effet, si le sujet est clair non pas
par transparence, mais par rflexion (microscope confocal ), il est possible d'obtenir une image grande profondeur de champ.
En utilisant les proprit des transformes de Fourier, des ondelettes de Gabor et Morlet, et un traitement par FFT ( Fast
Fourier Transform) on peut recomposer une image forme des parties les plus nettes de chaque image lmentaire. Des
logiciels existent pour ce travail, et les machines modernes ont permis de ramener les temps de calcul de quelques heures
(exprience personnelle d'il y a une dizaine d'annes) quelques dizaines de secondes (traitements d'images rcents avec la
dernire version de CombineZ ou Helicon).
Cependant cette technique prsente trs peu dintrt dans le cas d'une image transparente. En effet si on superpose sur une
seule image les lments apparaissant nets dans chacune des couches dlimites par la faible profondeur de champ, l'image
recompose devient absolument illisible.

2/ le traitement des images par Mycomtre


Nous avons imagin le principe de la mthode MC vers les annes 2000, mais il a fallu attendre l'architecture de la version2
pour le mettre en application.

a/ cas lmentaire :
-nous supposons disposer, par exemple, dun groupe de 6 images prises dans les mmes conditions de cadrage et de rsolution.
-Lancer mycomtre (Le mode MC n'est disponible que pour les utilisateurs enregistrs)
-Cocher la case "mode MC" (sinon, Mycomtre fonction dans sa version normale . On peut passer du mode MC au mode
normal chaque instant sans aucun inconvnient)
-Vrifier que la case "imgMC" est coche
-Charger la premire image et calibrer si ncessaire.
-Charger les autres images du disque (inutile de recalibrer)
Effectuer quelques mesures sur la premire image ( presser le bouton "images" pour choisir l'image)
Charger la seconde image du chargeur. Sur l'image apparaissent des segments de diffrentes couleurs.
Dans la premire couleur (rouge par exemple) sont affichs les segments des mesures sur l'image en cours.
Dans la seconde couleur (vert par exemple) sont affichs les segments des mesures des autres images.
On peut alors effectuer d'autres mesures sur la dernire image sans risquer de mesurer plusieurs fois le mme lment (sinon
les rsultats statistiques seraient compltement errons). Etc
On choisira, en cliquant dans la liste des images disponibles (rduite aux seules images du groupe MC, dans ce cas), les images
les mieux adaptes l'lment mesurer, comme on le ferait dans le cas dune mesure directe.

b/ Charger un autre groupe dimages


-Presser groupe MC : la liste des images du groupe dj charg apparat dans la colonne de droite.
-Vider lette liste en pressant <<
-Valider
-Charger les images du nouveau groupe depuis le disque et oprer comme prcdemment.
Les mesures des diffrents groupes sont toutes charges et traites dans la grille en cours.

c/ Charger un groupe partir dune liste existante


Supposons quun ensemble dimages ait t charg en mode Normal.
Si lon valide le mode MC, la liste dimages apparat vide (c'est la liste du groupe MC)
Pour charger le groupe dimages MC, presser groupe MC
Choisir les images insrer dans le groupe MC
> ajouter limage marque gauche (choix multiple possible avec les touches CTRL et MAJuscule)
< supprimer limage marque droite
>> ajouter toutes les images de gauche
<< supprimer toutes les images de droite
La liste des images du groupe MC dj charg apparat dans la colonne de droite.
Si le mode MC est actif, toute image nouvelle est charge dans le groupe MC.

14

d/ A titre d'exemple :
- Chargez le fichier d'images MCimgTest.zip.
(Il s'agit d'une image reproduite en couleurs diffrentes simulant les diffrentes images de coupe)
- validez le mode MC
- Charger la premire image et talonner mycomtre.
- Effectuez quelques mesures sur les diffrentes images. Vrifiez le comportement de Mycomtre pour les diffrentes fonctions
associes au mode MC ( boutons image , image MC , groupe MC etc)

Bouton APERCU
Le bouton Aperu permet de disposer chaque instant de diverses informations relatives lensemble
des mesures en cours. On peut copier ou diter le contenu de cette fentre.

Bouton Notation Eclair


Le bouton de notation flash ( droite de aperu) enregistre directement dans le presse papier le rsultat des
donnes selon la notation par dfaut choisie.
Attention : si le nombre de mesures est insuffisant pour calculer D1 et D9 (moins de 12 mesures), cest la notation
m+/-sigma qui est prise par dfaut.

Bouton COMPTER
Indpendant du systme de mesurage. Comptage divers ( bosses , artes etc )
Presser le bouton compter : le compteur est remis zro.
Pointer les lments compter dont le nombre saffiche dans la fentre.
Peut tre utilis sans arrter la squence de mesures.
Pour sauver le nombre de mesure, on pourra linscrire dans les commentaires (par ligne ou commentaire
gnral)

Comptages particuliers
En attendant la mise en place des fonctions prvues pour certaines espces ( entolomes, inocybes,
mesure des ornementations etc. ), le bouton sous le bouton Comptage permet de stocker le contenu de
la fentre de comptage dans la colonne "commentaires" de la grille (Segment et Spores 2D
provisoirement). Cette colonne peut tre traite par Mycostats (colonne 6 pour spore 2D).
Le comptage reste indpendant. Le bouton est actif lorsque la ligne de mesure est termine.
Application : comptage des artes, bosses, mesure des chapeaux avec comptage des lames etc
Exemple :
Entolomes : en gnral (cf. Nordeloos) on compte les angles du polynme apparent
Inocybes : pour obtenir une estimation du nombre total de bosses, on comptera ainsi :
cliquer 2 fois sur les bosses vues l'intrieur
cliquer 1 fois sur les bosses de priphrie

Statistiques en cours de mesure


Voir aussi "MYCOSTAT"

15

Divers paramtres statistiques sont calculs aprs chaque mesure et affichs dans la grille infrieurs
(versions >2.05) :
Dans l'ordre et pour chaque valeur numrique :
Moyenne, maximum, Minimum, Sigma, Dissymtrie, Kurtosis
Le rapport moyenne / cart-type
Le nombre de mesures prises en compte (qui peut diffrer du nombre total, par exemple dans le mode
spore 3D)
Le premier dcile, la mdiane, le neuvime dcile.
Un rsultat nul n'est pas pris en compte dans les algorithmes.
Le calcul de la mdiane n'est valid qu' partir de N=3, celui des dciles partir de N= 11 .
La recherche des Dominantes (Modes), qui exige plus de calculs, est effectue sur demande (Aperu ou
via Mycostats)
Comme tout rsultat statistique, ces donnes sont utiliser avec beaucoup de circonspection.
Lors de l'export des donnes, ces calculs sont systmatiquement effectus et les rsultats exports.
Les rsultats sont galement exports sous une forme synthtique selon le format choisi dans le menu
options : 2

Notations
Liste des options de notation par dfaut ( menu options )
D1,9
D1,5,9
m sigma
m 1.96 sigma
D1, Dominante, D9
D1, moyenne , D9

(lorsque le nombre de mesures est insuffisant il est utilis m sigma)


(dconseill si on ne connat pas la loi de distribution)
(dconseill si on ne connat pas la loi de distribution)
(conseill) (version > 2.05)
(notation peu cohrente puisque des notions de nature diffrente sont mlanges)

Les donnes prsentes par ces notations autres que moyenne et cart-type sont des donnes observables
reprsentant une ralit physique (les autres ne correspondent avec l'observable que dans des cas trs particuliers,
comme l'a confirm l'exprience).
Outre l'intrt de reprsenter un caractre observable, la mthode d'obtention de ces paramtres est reproductible
par n'importe quel oprateur.

Il est prfrable dutiliser une des notations suivantes


a/

N = 30 ; D1,9 ; (min) D1D9 (max)

Cette notation apporte de nombreux avantages sur les notations habituellement rencontres et rarement explicites.
Parmi ceux-ci :
Elle est mathmatiquement correcte quelle que soit la distribution rencontre.
La mdiane, 1er et 9me dciles sont indpendants de la valeur des extrema (ce qui n'est pas le cas des
paramtres calculs algbriquement).
L'intervalle [D1D9 ] reprsente exactement 80% des mesures obtenues ( 10% sont carts de part et
d'autre) et correspond aux intervalles que les auteurs ont nagure nots intuitivement.
Si par ailleurs, on vrifie que la distribution est normale (attendre une version ultrieure), cet intervalle
correspond 2,56 fois l'cart-type.

Cf bulletin SMF 2005 121-3-4 statistiques et notation des dimensions des spores
16

b/

notation dMd

La notation D1, Dominante, D9 = ( dcile 1, Mode, dcile9 , en abrg : dMd est la plus cohrente,

ces trois donnes non paramtriques tant les plus importantes pour caractriser une dimension de spore...
A noter dailleurs que la notation propose l'aide des dciles commence apparatre dans les
publications ... merci aux auteurs !)
Exemple
Lxl: N= 12 ; dMd; (9,80)10,12-12,21-13,49(13,68) x (9,57)10,11-13,71-15,98(16,49)
C'est dsormais la notation par dfaut.
Il est videmment toujours utiliser les autres notations (voir Options, choix : D1,9 / D1,5,9 / M+/- sigma /
M+/- 2 sigma et enfin ' dcile, Dominante'). La notation par dfaut peut tre sauve en mme temps que
les paramtres.

Calcul et affichage rapide des rsultats sous forme synthtique :


Les rsultats sous forme synthtiques sont visibles rapidement en pressant le bouton 'Aperu' .
Dans la fentre texte qui s'ouvre, on a alors la possibilit de copier dans le presse-papier la partie de
l'aperu qui vous intresse ( Ctrl C) ou le contenu du texte en entier (bouton 'copier' ).
Dautres paramtres statistiques sont aussi calculs ( voir Nuage de points )

Menu Options
Fonction de dmarrage
Au premier lancement, spores2D (indice 2). Choisir un autre indice et "sauver paramtres"
Fonction export
Mode texte ou csv ( par dfaut).
Les fichiers csv sont compatibles avec de nombreux logiciels, dont les tableurs (Excel, Open Office ...)
Il sont lisibles avec un diteur ordinaire (Notepad, Word ...)
Tolrance Clic
Un coefficient paramtrable permet d'viter les clics intempestifs
Augmenter la valeur par dfaut (3) si vous avez des difficults matriser le pointage (essayez auparavant
la mthode loupe + et pantographe).
Efficace pour les utilisateurs de "pad"sur machine portable.
Dcimales
Nombre de dcimales l'affichage et l'export 0,1,2 ou auto
En position auto, le nombre de dcimales est optimis selon plusieurs paramtres (innovation)

17

Langue
Choix de la langue : le texte des boutons, menus, messages, sont traduits dans la langue de votre choix.
Le module mycm2_xx.lng doit tre prsent dans le rpertoire de lapplication.
xx est le code de votre langue : Fr= franais, it = italien , es = espagnol ..Bs = Basque..
Pour que la langue soit prise en compte au lancement, faire fichier / sauver les paramtres .
Stats par dfaut
Permet de dfinir la fonction par dfaut du module Mycostats
Sauvegarde Automatique :
Par dfaut, la trame est sauvegarde automatiquement toutes les 10 lignes de mesures.
Ce paramtre est modifiable : Options /sauvegarde Auto .
Pensez sauver les paramtres pour garder votre prfrence.
Le fichier de sauvegarde est "TrameSav.trm". En cas d'incident, vous pourrez rcuprer votre travail en
chargeant ce fichier ( voir le chapitre "TRAME").
Notation Eclair
Choix du format de notation par dfaut pour la notation flash et laperu
Copie dcran
Choix cran complet ou zone de travail seulement
Format image export
Choix du format dexportation des images
Machine rapide
Valid par dfaut. A dcocher pour les machine lentes (certains processus sont mis en veille pour ne pas
surcharger le travail de la machine. Utile pour les machines anciennes ou les machines tournant sous
mulateur (Linux, Mac ...)

options daffichage et de pointage


Option Insre dimension
-Loption "insre dim." permet d'insrer la longueur du segment mesur la place du numro de ligne.
On peut ainsi afficher les mesures sur un seul lment parmi d'autres. (Utile avant une copie d'cran pour insister sur une spore
particulire par exemple)
On peut changer l'option en cours de mesure. Une opration de retraage (dplacement, zoom etc...) opre sur tous les lments.
Oprationnel pour toutes les fonctions de mesure de longueur (y compris primtres ouverts ou auto), en mode bipoint ou
Palmer, option Poly" comprise.
Par exemple : par dfaut les numros de mesure sont affichs sur chaque segment. Cochez "insre dim." puis pressez "Retrace"
: pour chaque segment la longueur s'affiche.
- dcimales : par dfaut le nombre de dcimales est optimis automatiquement. Il est possible de le modifier : voir Options
18

Option Palmer /Bipoint


Voir Mode "palmer3

Option Poly
Voir interface de mesure de lignes polygonales

Bouton Voir Options


Une fentre permet de voir les options actives, les images charges, les rpertoires par dfaut etc ...
(commande bistable)

Bouton Aide
Le fichier daide avec complments technique (cf. aide de Mycomtre V1) sera disponible ultrieurement.
On obtient directement depuis le menu d'aide :
- Un mmento de lusage des touches, accessible dans le menu aide ou via le bouton pas pas
- Cette documentation de base
Documentation traduite : il est ncessaire que le fichier mycm2_xx.pfd soit prsent dans le rpertoire de
l'application.
NB . Il peut tre utile de se rapporter au fichier daide en Franais qui est le premier tre mis jour.

MAC ET LINUX
Des essais concluants ont t effectus sur Mac
Matriel utilis :
Mac G4, 450 MH, dual processor; OS X 10.4.6 ; Emulation Virtual PC 6, version 6.0.0.3140
Mycomtre fonctionne videmment sur les Mac quips d'un processeur Intel
En thorie, rien nempche galement Mycomtre de fonctionner sur une machine tournant sous
Linux, via un mulateur adapt.

VERSION 2.xx
Mesure MC **
La nouvelle architecture V2.xx a permis la mise en place dune nouveau mode de mesure. Ce nouveau
concept, bas sur une ide lmentaire (mesure en profondeur ), est aussi novateur que fut la toute
premire version de Mycomtre avec le concept original de mesure sur image numrise,. Cette technique
est plus aboutie que la mesure classique et apporte une amlioration considrable de la qualit des
rsultats de la mesure, en microscopie principalement.
Le principe et la technique de cette mthode sont dtaills dans laide complmentaire Doc Plus ( voir
Mthode MC )
Parmi les nouveauts de la version V2.01 on notera lapparition dun menu outils

19

Copie dcran :
Remplace avantageusement le bouton de copie dcran de Windows, puisque cette fonction donne la
possibilit de sauver directement limage copie dans le fichier de son choix.
Les images de lcran sont sauves, par dfaut, dans le rpertoire des donnes, sous le nom
ecran_ nom de limage en cours
Bouton daccs rapide :
Icne appareil photo dans la fentre principale et dans la fentre histogramme.

Rfrence graphique **
voir Illustrer

MAJ Grille :
mise jour de la grille : voir complments talonnage
REMARQUES DIVERSES
Le bouton Pas Pas a t supprim
---------------------------

VERSION 2.02
Ajouts principaux :

Sous menu "Illustrer"


Module Mycostat
Bouton "anti-panique" pour les dbutants
Menu Fichiers / Chargeur / Ajout
Et Fichiers / Chargeur / Suppression
Menu Fichier / Rpertoire images

Outils
Sous menus :

Copie d'cran
Illustrer **
Permet d'illustrer l'image pour publication ou archivage
* Rfrence : insertion d'un segment de rfrence de l'talonnage.
Pointer le point d'insertion du segment de rfrence
Entrer la dimension (valeur dcimale accepte) et l'unit souhaits dans la fentre de
dialogue qui souvre.
Une seconde fentre apparat dans laquelle vous entrerez le commentaire (par dfaut
"microns")
-Insertion possible du symbole micron dans la rfrence
Cocher le symbole dans la fentre d'dition qui apparait
20

- Le segment de rfrence n'est pas mmoris.

* Texte
Pointer le point d'insertion
Entrer le texte souhait
* Police
: choix possible dans le sous-menu illustrer
NB : il est possible aussi de placer une illustration texte sur plusieurs lignes en une seule fois :
par exemple : pour insrer sur l'image le compte rendu de Mycostats
Aprs avoir effectu ses mesures,
- lancer mycostats
- au-dessus de la fentre des rsultats, faire "copier" et sortir
- dans le menu de mycomtre, faire outil/ illustrer/texte, faire "CTRL V" pour coller tous les rsultats dans la fentre
(si la fentre parait vide, c'est que la dernire ligne copie est vide).
On peut videmment ne copier qu'une partie de la fentre, un extrait du compte rendu, comme par exemple
Long. : N =28 ; D1,9 ; (3,75)4,279 - 7,544(7,96)
Larg. : N =28 ; D1,9 ; (1,32)3,01 - 6,929(7,29)
Q : N =28 ; D1,9 ; (0,82)0,838 - 2,346(5,80)
V : N =28 ; D1,9 ; (7,02)22,33 - 158,62(189,95)
ou encore un texte pris dans un autre document !
Ne pas oublier de choisir la couleur pralablement (sur couleur 1 ... sondage : une option couleur 1/2 est elle souhaitable ?) et
de faire une copie d'cran !
NB : il est aussi possible de placer plusieurs illustrations texte en divers endroits, commentaires ou annotations ... Illustrations
graphiques prvues...

* rfrences obliques auto-ajustables


Par exemple, pour illustrer la longueur d'un lment :
Faire Outil/Illustrer/Rfrence oriente
Presser le bouton gauche au dbut du segment de rfrence et le maintenir jusqu' l'extrmit de l'lment.
Vrifier la longueur ( gauche, du bouton d'talonnage, la longueur en cours de mesure apparait
dsormais en rouge)
Relcher le bouton, une fentre de dialogue souvre : valider la longueur ou modifier la valeur affiche
(Dans ce dernier cas, le segment de rfrence aura la direction choisie et la longueur demande)
Dans la fentre suivante on pourra valider l'unit (micron par dfaut), la modifier, ou choisir le symbole
"micron".
Une rfrence strictement verticale, de longueur quelconque, sobtient en choisissant
Outil/Illustrer/Rfrence oriente et en pressant simplement le bouton droit au point dinsertion choisi.
Longueur ad lib.

21

Groupe MC **
Voir Mode MC

MaJ grille **
Commenter la grille
Ouvre la fentre ddition du commentaire pour la ligne active.
Autre possibilit : cliquer dans la zone commentaire de la ligne active

Boutons sauve cran et Rappel cran


( gauche de mode MC)
Ces boutons facilitent la confection dcrans illustrs :
A chaque ajout dillustration, presser Sauve cran
En cas derreur, Rappel cran rcuprera lcran prcdent.
Attention : lcran rcupr nest pas un cran de mesure, mais seulement un cran ddition.
Pour reprendre les mesures il est ncessaire de rafraichir lcran de travail.
Pour cela presser retrace , ou cliquer dans la vignette de centrage ou presser Z1, Z+ ou Z-.
NB : cette fonction na pas t longtemps teste. Me signaler tout conflit ventuel.

Bouton MYCOSTATS
Si le calcul statistique peut tre quelquefois contestable, il prsente un avantage vident sur
lvaluation heuristique : il est absolument reproductible (donc fidle) quel que soit lutilisateur.

Les menus disponibles : (documentation non mise jour)


1/ Nuage de points/histogramme
2/ Diagramme
3/ Tests d'hypothses
Tests de la moyenne
Tests de Mls
Tests de Shapiro-Wilk
4/ Tables statistiques
loi normale
loi de student
5/ Outils
Sauver trame extraite
Sauver CSV extrait
exemple
6/Options
22

Remarque importante
L'utilisation des menus 3 et 4 ncessite quelques notions lmentaires de calcul des probabilits et
statistiques.
Par contre, l'utilisation du menu "diagramme" ne demande aucune connaissance du calcul
statistique !
Par dfaut, Mycostat s'ouvre sur le menu "Diagramme". Il est possible de modifier le menu par
dfaut : dans Mycomtre/options, choisir dans "stats par dfaut" et sauver les paramtres.

1/ Histogramme / nuage de points


Nuage de points ou histogrammes cf. aide de la version 1

Nuage de points
Affichage dans un repre XY dun couple de valeurs mesures ou extraites au choix ( par ex Longueur x
Largeur, Longueur x Epaisseur (en mode 3D), Longueur x Rapport Q etc
- Affichage de la covariance et du coefficient de corrlation des deux listes de donnes affiches. Par
exemple on peut chercher la corrlation entre la valeur de L et de Q pour un ensemble de mesures de
spores.
-Trac (en option) de la droite de rgression. (case cocher droite). Les points sont dautant mieux
rpartis autour de la droite de rgression que est voisin de 1 en valeur absolue.
-Option daffichage, pour chaque point, du numro de ligne correspondant dans la grille

Histogramme
La fonction Histogramme de la version 1.xx est conserve. Cependant pour les chantillons de petite taille
( <100 et aussi les chantillons de toute taille) il est prfrable dutiliser la fonction Diagramme (voir ce
mot).
2/ Diagramme

Entre des donnes


On peut traiter les donnes prsentes dans la grille de Mycomtre, mais aussi les donnes obtenues
par dautres moyens (par exemple : mesures manuelles ou mesures obtenues par la premire version de
Mycomtre, importation de donnes de tableur)
Le choix du type d'entre est automatique ou forc :
Si la grille des mesures est vide : entre "Texte", sinon entre "Mesures"

Donnes de Mesures :
On choisira la colonne des donnes dsires. L'entte de la colonne est affiche (longueur,
largeur,Q , etc )

23

Dans le cas des donnes de mesures, les calculs sont excuts automatiquement (au lancement ou
chaque changement de colonne)
Fichier : (non implant)
Les donnes doivent tre disponibles dans un fichier de type .CSV
Syntaxe : commentaires prcds par rem et donnes spares par ;
(commentaires et donnes ad lib.)
Exemple :

Rem commentaires facultatifs


10,4 ; 11,8 ; 9,89 ; 12 ; 11,2..

en cas derreur de syntaxe, la ligne de donnes sera ignore

Donnes Texte
Dans le cas des donnes de Texte, les calculs sont excuts lorsque l'on presse le bouton "calcul".
Entre :
* Directement au clavier ou laide dun coup/coll dans la ligne d'dition (en haut de la fentre)
Exemple : 10,4 ; 11,8 ; 9,89 ; 12 ; 11,2..
NB :
Le ; final est ignor
Le sparateur dcimal ( . ou , ) des divers claviers ou tableurs sont accept et interprt.
Les donnes comportant des caractres non numriques sont acceptes, mais un message derreur est retourn
(correction possible dans la fentre ddition sans re-importer).
* A partir dun diteur de texte
- prparer comme ci-dessus les lignes de texte dans l'diteur (ce peut tre aussi directement une ligne d'un fichier .CSV).
marquer la ligne et faire "copier " ( CTRL C)
- dans la fentre "Entre" de Mycostat, presser "Coller"
* partir d'un tableur (Excel, Open office ) :
- marquer la ligne ou la colonne et faire "copier" ( Mycostat reconnat la syntaxe du tableur)
- dans la fentre "Entre" de Mycostat, presser "Coller"

Importation de donnes externes pour traitement statistique


*En principe il sagit des donnes mesures par Mycomtre, mais il est possible dimporter des listes de
donnes externes : soit des lignes copies dans un tableau OpenOffice ou Excel, soit une liste au format
CSV ( liste de valeurs spares par ; ).
Choisir lentre texte puis presser coller ( le format des lignes de tableur est reconnu
automatiquement)
*Noter que pour Mycomtre le sparateur dcimal reconnu est soit la virgule, soit le point, ce qui
simplifie notablement limportation de telles listes.
Exemple : 8,95; 8,88; 9,26; 10,18; 8,35; 8,84; 9,91; 9,12; 9,07; 8,59
ou 8.95; 8.88; 9.26; 10.18; 8.35; 8.84; 9.91; 9.12; 9.07; 8.59
Donnes extraites dun tableur
(Possibilit dentrer jusqu 6 lignes ou colonnes dun tableur (Excel ou OpenOffice))
Pr-requis :
On dispose dune table de donnes de mesure (cf xls ) par ex
24,11 22,63 19,86 23,71 20,63 22,53 22
21,9 7,15
10,76 10,11 10,56 11,57 10,27 9,95 10,35 9,23 4,14

24

a) On souhaite traiter avec Mycostats les mesures prsentes en lignes.


Ouvrir Mycostats
Dans le tableur copier les colonnes (ou lignes) de mesures souhaites ( de 1 6 colonnes/lignes de 255
mesures maximum)
Dans Mycostats, choisir lentre texte puis presser le bouton table
(V)=> grille .
Si les mesures du tableur sont prsentes en lignes, Presser table (H) => grille

Les mesures peuvent alors tre traites avec Mycostats.


b) Poursuite de la mesure de lensemble import (dconseill, experts seulement )
Dans le menu principal de Mycomtre, on choisira au pralable une fonction qui demande le mme
nombre de mesures que les mesures importes :
1 : segment
2 : spores 2D
3 : cystides 3
4 : cystides 4
5 : cystides 5
Ouvrir Mycostats et importer les lignes de mesures dsires (voir ci-dessus)
Fermer la fentre Mycostats
On peut alors charger des images et poursuivre les mesures. Les calculs statistiques prendront en compte les anciennes mesures
et les mesures ajoutes. Lexport de trame est possible, mais ne sera pas correct (des informations relatives aux coordonnes
des valeurs importes sont manquantes)
Traitement des donnes fichier : (non implant)
-Soit dun bloc ( la dernire ligne affiche reste lcran)
-Soit ligne ligne.

Sauvegarde des rsultats


- Copie de lensemble des rsultats dans un fichier
- Copie dans le presse-papier ( pour recopie immdiate dans un traitement de texte)
- Copie de limage de lcran (pour publication du diagramme, par exemple) : une fentre demande sous
quel nom doit tre sauve limage.
- Export des rsultats : presser le bouton "copier" pour transfrer le contenu de la fentre des rsultats dans
le presse-papier.
Cette fentre est ditable : on peut y insrer ses commentaires personnels. Elle comporte la rfrence
de la date et l'heure et les paramtres statistiques essentiels

Les diagrammes
Lhistogramme prsent dans la version 1 ntait pas satisfaisant, car lenveloppe de
lhistogramme est variable selon le nombre de classes choisi (cest pourquoi ce type dhistogramme est
absolument inadapt ltude des petits chantillons et donc dconseill. La documentation de lancienne
version prvenait lutilisateur sur ce point).

25

Du fait du faible effectif des donnes de type continu utilises par le mycologue, lutilisation de la
rpartition en classes pour un usage statistique, mme approximatif, est exclu.
Sur la version nouvelle de Mycomtre, en plus de la reprsentation des nuages de points et de
l'histogramme qui ont t conservs pour les grand effectifs (menu "nuage de points"), deux nouveaux
types de diagrammes sont disponibles sur le mme graphique :
Donnes simples : diagramme de distribution
Chaque donne est repre par un petit segment vertical.
Les donnes voisines sont reprsentes par des segments contigus. Les donnes identiques sont
reprsentes par des segments bout bout.
Linterprtation demande une certaine habitude pour un novice.
Donnes cumules : diagramme de rpartition
A chaque apparition dune nouvelle donne, lordonne est incrment de une unit. La courbe
obtenue est une courbe en escalier croissant de 0 jusqu leffectif des donnes tudies.
Ce type de diagramme est trs facile interprter.
En particulier, il sera facile de reprer la mdiane (valeur de la donne correspondant 50% de
leffectif total ) ainsi que les dciles D1 et D9 (10% et 90%) qui sont des paramtres caractristiques trs
intressants de la distribution (ils reprsentent approximativement les valeurs Min et Max que choisirait
un mycologue expriment travaillant de visu ).

Options
chelle des axes
Lchelle verticale est diffrente pour les donnes de type simple et cumul .
Par dfaut, les chelles sont calcules automatiquement.
Cependant, si lon dsire comparer visuellement plusieurs distributions, il est souhaitable davoir des
chelles fixes pour le diagramme simple. On cochera loption dsire.
Mode "chelle fixe" :
La valeur du facteur dchelle est modifiable par curseur.
Changement dorigine : par curseur ou au clavier. Par dfaut lorigine vaut 0 . Il est conseill de rentrer au
clavier soit la valeur trouve du PDM (voir plus loin), soit une valeur situe dans lintervalle des donnes.
La modification dun facteur dchelle ou de la valeur de lorigine modifie immdiatement le diagramme.
En cas de panique, dcocher les deux options et recommencer.
Le bouton "Echelle Y" agit dsormais sur les diagrammes de rpartition (cumul) et de distribution
(donnes simples)

Ajustement des diagrammes


Par dfaut, les diagrammes sont grossirement adapts la fentre.
Pour adapter les diagrammes ses besoins on pourra procder ainsi :
Cocher la case "X fixe"
Entrer au clavier une valeur d'origine un peu infrieure au minimum des donnes
Affiner avec le curseur horizontal
Modifier l'chelle horizontale selon ses besoins.
26

Rsolution
Par dfaut la rsolution du diagramme est de 1 pixel.
Il est possible de modifier cette rsolution (ce qui revient, en fait, un regroupement en classes).
Nous mettons lutilisateur en garde sur le fait que choisir une rsolution suprieure 1 pixel peut amener
des erreurs dinterprtation. Cette possibilit est donc rserve aux experts en statistiques.

Le point de densit maximale (PDM =mode)


Si la variable mesure tait une variable discrte (discontinue), le PDM ( point de densit
maximale) reprsenterait le mode (ou dominante ).
Comme la variable rsultat numrique de la mesure est une variable de type continu (elle peut
prendre nimporte quelle valeur dcimale), la partition de lensemble des donnes obtenues en classes
na aucune valeur statistique correcte (la documentation de Mycomtre 1 est explicite sur ce sujet),
puisque le rsultat dpend notablement des intervalles de classe choisis.
Sur des chantillons de trs grande taille, on considre que lerreur est ngligeable.
Sur les petits chantillons traits habituellement par le mycologue, les techniques classiques de calcul du
mode partir dune telle partition nont donc aucun sens (cest pourquoi la version prcdente ne
fournissait pas ce paramtre). Nous navons pu obtenir de documentation sur les algorithmes utiliss par
les tableurs (Excel ou Open office), mais nous avons constat quils sont trs souvent toutes faons
gnralement inefficaces en ce qui concerne le calcul du mode (dans le cas de petits chantillons -moins
de 50 valeurs- nous avons frquemment obtenu soit un rsultat manifestement incorrect, soit une absence
totale de rsultats).
Le point de densit maximale est un paramtre nouveau pour dsigner un estimateur de ce que serait le
mode si le nombre de donnes mesures tait infini .
Il correspond la valeur unique que choisirait un oprateur expriment effectuant ses mesures
de visu et qu'il estimerait tre la dimension de la spore la plus reprsentative.
Il est obtenu en recherchant, entre autres, le point de plus grande pente sur la courbe de rpartition,
qui correspond au maximum sur sa courbe drive.
Il reprsente en pratique une valeur centrale des donnes les plus frquentes. Plus simplement : le
PDM est simplement l'quivalent du mode dans le cas des variables discrtes.
L'intrt est vident, car contrairement la moyenne qui ne donne de rsultat cohrent que si la
distribution est uni-modale et symtrique, le PDM est compltement indpendant de la distribution.
Le PDM est, notre avis, avec le premier et dernier dcile, la valeur la plus reprsentative dune
dimension de spore

27

Les PDMS
Dans le cas dune distribution multimodale (plusieurs types de spores mlanges), on peut
dterminer galement les PDMS (Densit locale maximum secondaire) pour sparer les valeurs
caractristiques modales des diffrents types de spores.
Cette sparation peut se faire actuellement de manire semi-automatique. Un algorithme de recherche
entirement automatique est en cours de test, mais est excessivement complexe pour tre efficace quelle
que soit la suite de donnes traiter. La sparation est particulirement difficile si les modes sont trs
rapprochs ou si les donnes sont trs bruites localement.
La mthode et lalgorithme utiliss dans le module MycoStat sont originaux et particulirement adapts
ltude des petits chantillons. Aucun autre algorithme permettant de traiter ce type de donnes nexiste
notre connaissance. Lors de nos diffrents tests sur des listes de donnes qui nous ont t confies,
lalgorithme na jamais t mis en dfaut.
On peut videmment traiter des donnes de type continu ou discontinu, puisque dans le cas d'chantillons
de grande taille, le PDM obtenue concide avec le mode des distributions discrtes ou continues quasiinfinies.

Recherche du PDM et des PDMS


Nb version 2.05 amlioration du calcul du PDM
Lalgorithme est inchang, mais les calculs se font dsormais en double prcision.
Des messages dans la barre d'tat infrieure vous guident dsormais lors du calcul des PDMS .

La recherche du PDM principal est effectue systmatiquement lors du calcul des paramtres, et le rsultat
est affich dans le texte prt exporter.
Les PDMS ne sont recherches que sur demande :
- Charger les donnes souhaites et lancer le calcul des paramtres et laffichage du diagramme (bouton
"calcul")
Dans le cadre PDMS ,
- Presser le bouton PDMS (bistable avec changement de couleur).
- Pointer successivement et approximativement, avec la souris, les extrmits d'un intervalle dans
lequel on cherche le PDMS secondaire, qui sont simplement les zones du diagramme de
distribution dans lesquelles les points affichs sont trs clairsems (ils correspondent, dans le cas
d'une distribution infinie un creux de la courbe).
- Les bornes sont affiches. Il est possible de les pointer autant de fois que dsir si ncessaire.
- Presser calcul : la valeur du PDMS est affiche dans la barre suprieure du cadre.
- Presser OK pour valider le rsultat : la valeur est insre dans le texte prt exporter.
- Si ncessaire, presser Raz pour effacer les valeurs mises successivement en mmoire. 5 valeurs
de PDMS peuvent tre stockes.
- Affichage des donnes slectionnes : aprs avoir press le bouton calcul , le bouton Xi
copie cette sous-liste dans la fentre ddition. Si aucune donne na t slectionne, cest la liste
de dpart qui est insre.
28

La session de recherche sachve


Si on presse le bouton PDMS (nb : on peut encore sauver les rsultats)
Si on charge une autre suite de donnes.

(En cours de test, non disponible) Calcul optimal : pour les donnes mesures de visu , compte tenu de
ce que, du fait de larrondi la fraction de micron, les valeurs obtenues sont semi-discrtes, on pourra
activer loption DLM optimal . Un algorithme spcial effectue une correction optimale en fonction des
donnes observes autour de la valeur typique de le PDM (la diffrence avec le PDM simple est
gnralement assez faible, mais significative).
On pourra galement activer loption doptimisation dans le cas o leffectif des donnes mesures est
relativement faible.
Sur le diagramme de rpartition, on peut galement avoir une ide de la valeur de le PDM et des DLMS
qui correspondent aux valeurs de la donne pour lesquelles la pente moyenne locale de cette courbe est
maximum.
Les boutons Xi. et /Xi permettent la slection de sous ensembles de donnes. Le bouton /Xi a le rle
oppos du bouton Xi.
Xi conserve les donnes slectionnes
/Xi limine les donnes slectionnes
Option de re-affichage ( ct de Xi )
Non coch : toutes les donnes de dpart sont re-affiches
Coch : les donnes choisies sont cartes.

Recherche automatique des Pdms par ordre dcroissant d'importance


Charger la liste des donnes (via Mycomtre ou en mode texte)
*A partir de Mycomtre , le chargement et les calculs sont automatiques.
* En mode texte, presser texte / calcul
=> affichage des principales donnes statistiques (copier et sauver si souhait)
A louverture du module statistique le diagramme saffiche et les paramtres statistiques sont calculs, dont le mode
principal (PDM). Le PDM calcul est marqu en Violet sur le diagramme

Recherche des modes secondaires :

-Activer le mode Pdm ( le bouton PDMS1 s'affiche en vert)


Toutes les commandes se font dsormais dans le cadre PDMS
Marquer 2 points sur le diagramme encadrant le mode principal (repr par un index rouge)
le bouton Calcul passe au vert (il est encore possible de choisir dautre valeurs)
Presser Calcul : les donnes slectionnes saffichent
=> OK passe au vert et Annule passe au rose
Bouton OK pour terminer la recherche du mode secondaire ou Annule pour reprendre un autre encadrement.
Dautres possibilits sont disponibles (mode expert, non explicit ici)
NB : un article est prvu au sujet de lusage et la dtermination des modes ainsi que de lalgorithme original que nous avons
conu.

Etc

29

Les donnes de la fentre texte affichent


Les paramtres statistiques du dernier extrait, y compris le PDM Local.
La suite des PDM par ordre dcroissant d'importance.
Dans la fentre texte est affiche la suite des PDM par ordre d'importance dcroissante
PDM1 ( = PDM) = xx
PDM2 = xx
PDM3 = xx
NB : cette technique est trs facile mettre en uvre et le choix des bornes de l'intervalle n'est pas
critique, mais un certain 'savoir-faire' est cependant ncessaire pour bien savoir apprcier les donnes
slectionner.

Classes de donnes :
Il peut tre quelques fois intressant de classer les donnes pour en observer "l'enveloppe".
Un "ascenseur" ( au-dessus du bouton "copier" du cadre texte ) permet de grouper Graphiquement les
donnes
Par dfaut, les donnes sont affiches la position correspondant leur valeur. Les donnes gales ou
dont la distance est infrieure ou gale 1 pixel sont superposes. C'est la seule reprsentation qui
reprsente fidlement l'ensemble des donnes.
On peut grouper les donnes selon des classes en progression gomtrique de raison "racine de 10".
Attention : les calculs sont toujours effectus sur les valeurs relles des donnes (et non sur les classes)
pour les raisons voques par ailleurs dans cette documentation. Il est donc fortement dconseill (mais le
choix reste possible) d'effectuer les pointages sur des donnes groupes (message d'avertissement).
*En bas du cadre PDMS, un texte affiche, aprs le calcul :
le nombre de donnes slectionnes
le rapport nombre de donnes / distance ( Mini-Maxi) de la slection
Ces grandeurs n'ont seulement qu'une valeur indicative. Elles sont indpendantes de l'algorithme de
recherche du PDM. Grossirement, plus le rapport est lev, plus la densit locale (donc la dominante) est
importante.

3/ Tests Statistiques
Test de la Moyenne
Il est possible de comparer trs simplement les moyennes de deux distributions ou bien de
comparer une suite de donnes une distribution type.
Les risques de 1re et 2me espce sont calcules. A notre connaissance, il nexiste pas de logiciel
proposant le calcul de ces deux types derreurs, sachant, de plus, que lerreur de 2me espce est la plus
importante (et la plus ennuyeuse calculer).
30

Il faut noter cependant que la grande facilit des calculs laide de Mycomtre ne saurait
cacher le fait que la connaissance et la comprhension pralables des tests dhypothse sont
fortement conseilles pour une interprtation correcte des rsultats !
En mode indpendant, entrer manuellement :
Le nombre de donnes N
Le risque alpha choisi (%)
La moyenne de lchantillon ou son estimateur
La moyenne du type
Soit la moyenne calcule de lchantillon, soit la moyenne estime de la moyenne de lchantillon.
En cours de mesure avec Mycomtre, entrer seulement
Colonne : N de colonne de la grille de mesure de Mycomtre
Le risque alpha choisi (%)
La moyenne du type.
Le changement dune valeur du risque alpha dclenche automatiquement le calcul.
On peut forcer le calcul l'aide du bouton "calcul"
Le test est unilatral (nb : le test unilatral est nettement suprieur au test bilatral et cest le seul
intresse vraiment le mycologue). Le sens du test est dtermin automatiquement par le logiciel.
La puissance du test est considre comme insuffisante en dessous de 80% et trop insuffisante en dessous
de 60% .
Les tests ci dessous oprent sur les donnes prsentes dans la zone texte de la fentre principale (voir
entre des donnes)
Test de Mls
Permet de tester l homogneit dun distribution.
Aucun paramtre nest donner. On peut choisir la colonne de donnes tester

Rsultats du test :
Soit les donnes sont dclares htrognes au risque 1% ou 5% de se tromper, et une valeur de coupure
des propose,
Soit le test est non significatif et la population tudie est peut tre homogne
Attention : le non rejet de lhomognit ne signifie pas lacceptation de cette hypothse ( voir ref ci
dessous)

Test de Shapiro-Wilk
Test de Normalit :
31

On peut choisir le niveau de risque (par dfaut 5%)


Soit lhypothse de Normalit est rejete ( par ex au risque 5% de se tromper),
Soit le test est non-significatif , ce qui ne signifie pas du tout que la popolation peut tre considre
comme Normale (voir remarque ci-dessus)
Il est possible de tester aussi lhypothse dune distribution Log-Normale (cocher loption)

Bibliographie
Fannechre , bulletin FMBDS 198 (2010 Le test de la moyenne
Athanasios Papoulis, Probability, Random Variables And Stochastic Processes - [3rd Edition]
E.Parmasto, I.Parmasto, T.Mls. Variation of Basidiospores in the Hymenomycetes and Its Significance to
Their Taxonomy. Bibliotheca Mycologica, Lubrecht & Cramer Ltd, 1987
Alan j. Miller, Selection of Subsets of Regression Variables J. R. Statist. Soc. A (1984), 147,Part 3, pp.
389-425

-Autres tests en attente dimplantation


divers tests non paramtriques de comparaison d'chantillons.

4/ Tables de lois de distribution statistiques.


Sont disponibles
table directe et inverse de la loi Normale cumule
table directe et inverse cumule de la loi de Student

5/ Outils
Pour certains menus de Mycostat, il est fourni un exemple pdagogique d'application.
Voir aussi : Note dapplication / Extraction de sous ensembles de donnes

32

MYCOCHROME
Introduction
Mycochrome bnficie de lexprience acquise avec lutilisation de la fonction de mesure de couleur de Mycomtre V1.05.
Outre linterface plus agrable utiliser, cette nouvelle fonction de Mycomtre V2 apporte au moins deux avantages essentiels :
- talonnage en couleur des scanners (profil) et correction automatique des donnes (abandon de la mthode de correction par
balance des blancs : lexprience faite avec la version 1.05 a montr que cette correction est illusoire compte tenu de la non
linarit de la rponse des capteurs)
- utilisation de nouveaux espaces colorimtriques mieux adapts aux calculs des carts et aux besoins du naturaliste.
Le mode dajustement automatique a t particulirement amlior puisquil prend en compte dsormais ces divers espaces
colorimtriques et quil permet les recherches laide de divers algorithmes de calculs dcarts colorimtriques normaliss.
Lintrt des mesures calibres est que
- il y aura possibilit dchange entre Mycologues de nuanciers virtuels (ex Codes Romagnesi, Dagron etc. ... certains tant
devenus introuvables)
- de mmoriser des valeurs colorimtriques indpendantes du scanner (vieillissement ou changement)
- il sera possible de comparer des couleurs de spores, par exemple, mesures laide de scanners diffrents.
En effet, bien quil soit possible deffectuer de simples corrections de balance des blancs (comme le font dj Mycomtre
V1.05 et la plupart des logiciels de traitement dimage), il est trs peu probable que votre systme de numrisation (Scanner ou
APN) ait une rponse parfaitement linaire (cette non linarit provient du couple capteur/optique-associe et surtout de la
qualit de la lumire incidente). Il est donc impratif dappliquer aux donnes fournies par votre Scanner une correction
personnalise.

Linterface Mycochrome

Mesures en mode non calibr


Il sagit de la fonction de mesure qui tait disponible sur la version 1.05.
Dcocher longlet calibr .
Depuis le menu principal de Mycomtre, ouvrir la fonction Mychochrome.
33

Charger limage mesurer.


Dans cette fonction, le curseur apparat sous forme dun carr de taille ajustable (choisir dans options Mycochrome ). Il est
souhaitable de prendre le carr le plus grand possible. En effet la mesure de couleur obtenue est la moyenne des mesures
effectues sur chaque pixel du carr.
On peut, videmment, effectuer des mesures en diffrents endroits. Il est possible, mais dconseill, de changer la taille des
carrs de mesure dans une mme grille.
Si la taille des carrs de mesure est identique, la moyenne affiche dans la partie statistique est la valeur moyenne des mesures
de chaque pixel.
(nb : il est prvu, pour une mise jour future, de pondrer les valeurs de diffrentes lignes, ce qui permettra le mlange des
tailles des carrs de mesure).
Les rsultats des mesures sont affichs dans la grille de mesure comme pour les autres fonctions de Mycomtre. Si la grille
comporte plusieurs lignes, Mycostats permettra danalyser les rsultats.
Ds quune mesure est effectue, la procdure ( bouton Ajustement ) donne accs aux procdures de comparaison
automatique de vos rsultats avec un nuancier de rfrence colorimtrique.

Correction de lcran de lordinateur


Pour le confort de la visualisation de images il est conseill de disposer dun dispositif de rglage des couleurs de lcran. Un
tel dispositif cote entre 150 et 4000 (selon la technologie qui nest pas la mme, voir plus loin la remarque au sujet des
spectrophotomtres).
Lutilisation de Mycochrome ne ncessite absolument pas davoir un cran calibr. Les mesures et les ajustements par
Mycochrome se font sur un cran quelconque y compris noir et blanc.
Mycochrome est loutil idal pour les mycologues daltoniens.

Ajustement automatique dune couleur


Le but est de comparer une donne colorimtrique mesure avec un nuancier de rfrence.
La notion de distance en colorimtrie nest pas un concept lmentaire. Mycochrome permet les mesures de distance selon
diffrents critres normaliss (volution prvue).
La comparaison est automatique. Mycochrome donne la valeur du nuancier de rfrence la plus proche de la valeur mesure.
On peut obtenir galement les valeurs voisines, ranges par ordre croissant dcart.
Lajustement est oprationnel en mode calibr ou non calibr.
Pour plus de dtails, voir le paragraphe Ajustement en mode calibr (les fonctionnalits sont les mmes)

Mesures en mode calibr


Cocher longlet calibr .
Pr requis : vous devez disposer dune charte dtalonnage (nuancier calibr et fichier de donnes associ)

Espaces colorimtriques
Selon les interface de capture et les applications, diffrents espaces colorimtriques peuvent tre utiliss, chacun ayant ses
avantages et ses inconvnients. Mycochrome actuellement utilise 2 espaces colorimtriques.

34

Lespace RVB
(Ou RGB pour les anglo-saxons)
Cest lespace colorimtrique utilis par votre scanner ou votre APN. Les composantes quil fournies dpendent directement
des mesures du capteur.

Lespace Cie Lab*


Espace utilis en industrie graphique en particulier.
Les autres espaces ne seront pas abords dans ce document.

Les espaces RVB et CieLab ne recouvrent pas les mmes tendues colorimtriques

Intrt de lespace colorimtrique Cie Lab


Les coefficients RVB dpendent de la couleur de lobjet mais aussi de la lumire illuminante et de tous lments de la chane
de numrisation.
Contrairement lespace RVB, lespace Lab est indpendant du matriel utilis.

Principe du calibrage de lappareil de numrisation


Une Charte dtalonnage Couleur sur papier et son fichier associ sont ncessaires pour effectuer des mesures calibres
(cration dun profil )

35

Il vous appartient deffectuer au dpart la numrisation de la Charte dtalonnage Couleur.

Les mesures ainsi obtenues permettent Mycochrome de prendre en compte et corriger tous les dfauts introduits par la chane
de numrisation.

Diffrence entre un Nuancier et une Charte :


Un nuancier papier consiste en une feuille imprime de pastilles de couleurs de rfrence qui permet deffectuer des
comparaisons de visu.
Une Charte est constitue dun nuancier ET dun protocole associ.
La Charte dtalonnage que nous allons utiliser consiste en un nuancier papier adress par voie postale et dun fichier de
donnes associ.
Les mesures du nuancier de la charte ont t
effectues laide dun Spectrophotomtre 3
professionnel.
A la rigueur, une fois votre scanner
talonn, vous tes thoriquement en mesure de
crer une charte personnelle (il suffit de mesurer en
mode calibr) . Mais il est clair que la prcision de
cette nouvelle charte souffrira des approximations
cumules.

Elments de la chane de numrisation des


couleurs

Voir plus loin les diffrences fondamentales entre les divers appareils de mesure
36

Balance des blancs


La version 1.05 permettait de procder la correction de la balance des blancs. Lexprience ayant montr que, la rponse des
capteurs ntant pas linaire, cette correction est trs insuffisante et a t remplace par ltalonnage du scanner.

Etalonnage du scanner
Pr requis :
Vous devez disposer dune charte dtalonnage savoir un nuancier sur papier, adress par voie postale, et le fichier des
donnes associ (par ex : Etaloncouleur.Etl)
Le nuancier est constitu dun rectangle de pastilles de couleur rfrenc. Le fichier de donnes associ doit porter la mme
rfrence.

Premier talonnage du Scanner


0) Copier le fichier Etaloncouleur.Etl dans le rpertoire du programme (celui qui contient Mycm.exe)
1) avec votre scanner effectuer une numrisation couleur de la charte dtalonnage et la sauver dans le fichier de votre choix
(par ex Etaloncouleur.jpg ). Noter soigneusement les diffrents rglages du scanner.
2) charger limage obtenue dans Mycomtre et choisir la fonction Mycochrome
3) a/ mode automatique (non encore oprationnel)
.
b/ mode manuel (oprationnel et rapide)
Effectuer la mesure couleur de chaque lment de la charte dtalonnage.
On fera en sorte de choisir la taille de lchantillon de couleur la plus grande possible et on fera 1 seule mesure par pastille,
partir la pastille la plus sombre, sans dborder. (Voir menu Mycochrome/ Zone chantillon couleur)
Squence imprative :
Coin marqu (coupe en biseau) en haut, gauche.
Mesurer les pastilles successivement
- de gauche droite (la ligne suprieure la premire)
- de haut en bas (les autres lignes successivement)
4) dans le menu Mycochrome faire Valider le calibrage Scanner
Il vous sera demand de choisir un nom de fichier associ votre scanner, par ex scanner_1 (il est possible davoir plusieurs
scanners diffrents)
5) dans le menu fichier , faire sauver les paramtres
Si toutes les oprations ont t bien conduites, Mycochrome oprera dsormais par dfaut en mode talonn et fournira
dsormais des mesures de couleur corriges.

Etalonnage complmentaire
Dans le cas particulier o vous disposez de plusieurs scanners (voir aussi la remarque au sujet des APN) ou si vous souhaitez
effectuer un nouvel talonnage, on procdera ainsi :
Nous sommes alors dans le cas o Mycochrome a dj t talonn. La case talonn est coche et toutes les mesures sont
automatiquement corriges.
37

Dcocher la case Calibr et effectuer ltalonnage comme dcrit ci-dessus

Choix du fichier scanner


Un fois le fichier talon charg, on choisira charger un fichier scanner dans le menu Mycochrome.
Si on dispose de plusieurs scanners, chacun sera talonn sparment.

Ajustement dune couleur


Mycochrome na pas pour but deffectuer de simples mesures de couleur que chacun peut effectuer avec la plupart des logiciels
de dessin disponibles.
Outre les possibilits de correction des donnes mesures en fonction de votre appareil de numrisation (prise en compte du
profil ), Mycochrome permet de comparer la couleur mesure avec les diffrentes couleurs proposes par un nuancier
(Codes Romagnesi, Dagron etc... ou autres nuanciers utiles au mycologue ou au naturaliste en gnral). La pratique de
lajustement avec la version 1.05 a montr quil est trs facile de sparer des couleurs de spores quasiment identiques de visu.

En pratique :
Les options Mycocharte du menu principal
Ces options apparaissent aprs le choix de la fonction Mycochrome
Charger nuancier (Le nuancier peut tre sauv avec les paramtres et charg par dfaut)
Sauver Nuancier
Pour sauver un nouveau nuancier ( en mode calibr, en principe)
Zone chantillon couleur
Taille de la zone de mesure de la couleur. Disponible aussi avec les flches sur la barre doutils de la fonction
Mycochrome
Charger un talon
Couleur
Si
nouveau , sauv avec les
paramtres
Charger un fichier
Scanner
Si
nouveau , sauv avec les
paramtres
Valider le calibrage
scanner
Sauvegarde de
ltalonnage de votre
scanner (
effectu en NON
calibr)
On
disposez
*.Nua ,

suppose que vous


dun nuancier virtuel (
voir ci-dessus)

Effectuez
de couleur
par
Pressez le
une

une ou plusieurs mesures


dune spore dpose,
exemple.
bouton Ajustement :
nouvelle fentre souvre.

38

Par dfaut lajustement se fait en calculant lcart delta CIE Lab .


Le meilleur ajustement de couleur est affiche dans la fentre de rsultats (7) Vous pouvez chercher les couleurs voisines en
augmentant le nombre de rsultats (4). Chaque cart est affich.
Deux espaces colorimtriques (1) et plusieurs normes dcarts (2) sont proposs. Chaque norme dcart est adapte un type
dusage particulier. Actuellement aucune norme nest prvue pour les mesures en mycologie et de spores en particulier (et
pour cause !). Vous choisirez donc le Delta qui semblera vous convenir le mieux (lauteur apprcierait de connatre votre
conclusion sur ce sujet). Dautres deltas pourront tre ajouts ultrieurement.
Si vous avez effectu plusieurs mesures, il vous est possible de calculer lcart
- par rapport la moyenne des mesures (par dfaut) (3)
- par rapport la dernire mesure
- par rapport une mesure particulire (prciser le numro de ligne)
En cochant la case mode expert vous pouvez galement entrer indpendamment les donnes colorimtriques au clavier.
Il est intressant de remarquer que pour un rsultat multiple les rsultats peuvent diffrer selon la norme de delta utilis. Notre
exprience actuelle a cependant montr que le premier rsultat (la couleur la plus proche) est pratiquement toujours le mme.
NB : on ne pourra comparer les valeurs des carts que dans un mme choix de norme dcart.

Comparaison entre spores :


Il est prvu dimplanter cette possibilit de comparaison qui existait dj sur la version 1.05.
Il est toujours possible, provisoirement, deffectuer cette comparaison avec loutil dajustement.

39

On pourra procder ainsi :


Faire une seule mesure par chantillon (on choisira la plus grande surface possible, lexprience a montr que cest suffisant)
Dans la fentre dajustement, on pourra choisir la ligne de mesure dsire (choisir (3) N de grille)
Copie des rsultats
Le bouton copier copie la fentre des rsultats dans le presse papier.
Rciproquement, il est possible de coller le contenu du presse papier dans la fentre en cours.
Dtails nuancier
Affichage des renseignements sauvs avec le fichier nuancier (6)

Cration dun Nuancier virtuel


Les nuanciers sont traditionnellement des nuanciers imprims sur papier (ex code des couleurs de Romagnesi, de Dagron,
code Munsell etc.).
Mycochrome permet de travailler en local, cest dire avec vos nuanciers personnels.
Mycochrome utilise aussi (et cest une des raisons de la mise en uvre de cette mise jour) des nuanciers virtuels labors
partir des nuanciers papier. Il suffit que lun des possesseurs dun nuancier papier diffuse ce fichier dans sa forme virtuelle. Il
aura, videmment, talonn son scanner auparavant.
Pr requis : il est souhaitable que votre scanner ait t calibr en couleurs (la case calibr est coche) sinon vos nuanciers ne
seront pas changeables.
En effet, bien quil soit possible de travailler sur des nuanciers personnels (ce qui suppose que vous avez calibr vous mme
votre nuancier papier et que vous faites vos mesures avec le mme scanner qui a mesur le nuancier), il est souhaitable de
pouvoir schanger les nuanciers virtuels (cas des nuanciers devenus introuvables dans le commerce).
La sauvegarde et lutilisation des nuanciers en mode non calibr (cest ainsi que fonctionnait la version 1.05 de Mycomtre)
restent donc possible, mais dconseilles.
Vrification du fichier couleur actifs
Dans le menu principal de Mycomtre, presser voir Options
Utilisation dun nuancier existant :
Menu Mycochrome/charger nuancier .
Les ajustements de couleurs seront effectus par comparaison avec le nuancier choisi.
Le nuancier peut tre charg automatiquement au dmarrage si, aprs chargement, on activ fichier/sauver les paramtre

Cration dun nouveau nuancier :


1) vrifier que vous tes en mode calibr (voir ci-dessus)
2) charger limage du nuancier dans Mycomtre et choisir la fonction Mycochrome
3) effectuer la mesure couleur de chaque lment du nuancier.

On fera en sorte de choisir la taille de lchantillon de couleur (voir menu Mycochrome/ Zone chantillon couleur) la plus
grande possible et on fera 1 seule mesure par pastille, en squence, de prfrence partir de la pastille la plus claire, sans
dborder.
Il est dconseill de changer la taille de la zone couleur en cours de mesure.
Commentaires

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Il est possible dentrer des commentaires pour chaque ligne de la grille ? Ce sont ces commentaires qui seront affichs lors des
ajustements automatiques de couleurs (ex : II a, II b, rouge cerise etc...).
Faire menu/options/commenter la grille
Le changement de numro de ligne valide automatiquement le contenu de la ligne prcdente. (Ne pas oublier de
sauver le nuancier !)
Nb : en cas doubli, il sera encore possible de le faire ensuite avec un diteur de texte)
Dans le menu Mycochrome faire Sauver le nuancier .
Il vous sera demand de choisir un nom de fichier associ au nuancier, par ex. Nuancier_XYZ
Sauver la trame ventuellement.
Modification ou ajout de commentaires en diffr
Si vous avez pris la prcaution de sauver la trame, il vous suffit de recharger la trame.
Sinon, il est possible dajouter les commentaires avec un diteur de texte
- Renommer le fichier xx.nua en xx.txt :
- Louvrir dans Word ( ou notepad)
- entrer les commentaires aprs la dernire donne numrique
Ex : 1; 253.68; 252.62; 251.88; 99.24; 0.64; -0.5; 16; 1; Leucospores a-sp.blanche;
Sauver et renommer le fichier en xx.nua

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Rsum
En mode non calibr, vous pouvez calibrer et crer vos propres nuanciers avec les nuanciers couleur sur papier dont vous
disposez.
Mais les nuanciers que vous avez ainsi crs vous sont dpendants de votre scanner et ne sont ni changeables, ni utilisables
avec un autre scanner (sauf, videmment si vous prenez le risque davoir de grosses erreurs dajustement)
Vous navez pas besoin dtalonner votre scanner et donc vous navez besoin ni de charte dtalonnage ni de fichier *.etl .
En mode calibr,
Vous devez disposer dune charte dtalonnage sur papier et du fichier de mesure *.etl associ.
Il faut talonner, une fois seulement, votre scanner.
Aprs avoir sauv les paramtres, vous oprerez comme en mode non calibr.
Ltalonnage du fichier scanner ( *.scn ) doit deffectuer en mode non-calibr .
La cration dun nouveau nuancier doit se faire en mode calibr . Les nuanciers ainsi crs seront changeables et utilisables
avec un autre scanner.
Il peut tre utile de vrifier votre fichier scanner de temps en temps (vieillissement de la lampe).
Au chargement dun nouveau nuancier, Mycomtre reconnat sil a t sauv en mode calibr ou non.
Il est possible de forcer le mode calibr en cochant la case mode expert . Cependant les rsultats des mesures obtenues
seront imprvisibles.
Les fichiers Etl, Scn et Nua doivent tre stocks dans le rpertoire de lexcutable.

Prparation des spores


Nous procdons de la manire suivante :
Les spores issues de sporulation naturelle sont dposes
sur une lame puis recouverte, sec, dun couvre lame.
au papier adhsif sur le bord. Ajout dune tiquette
les rfrences utiles.

en tas
Blocage
portant

Dans une feuille de papier nous dcoupons une fentre


lgrement plus petite que la lame. Nous y posons la
spore vers le bas. Le but est dviter le risque de rayer la
scanner avec la lame.

lame, la
vitre du

Dposer sur le scanner et recouvrir dune feuille de papier de teinte neutre genre Canson (Blanc ou noir de prfrence ; pour
vrifier que le noir na pas de teinte non neutre : scanner la feuille et vrifier que les coefficients RVB corrigs sont
sensiblement gaux ).
La mesure en mode relatif
Dans lespace RVB deux modes de mesures sont disponibles : Absolu Ou Relatif
Dans le mode absolu, on compare simplement les trois valeurs RVB de lchantillon et du nuancier de rfrence.
Nous avons test frquemment loption Relatif avec la version 1.05. Nous avons vrifi quelle permet des ajustements presque
quasi-indpendants de la rpartition de la spore.
Le principe est le suivant : aprs avoir calcul la valeur de la Luminance de lchantillon mesur nous comparons ses trois
chrominance relatives aux chrominance relatives du nuancier de rfrence. Cette option a t galement efficace, en mesurant
sur fond noir, pour ajuster des spores trs claires, ce qui limite linfluence relative de la couleur du verre.

42

Cration dun nuancier


Important : si vous souhaitez crer un nuancier virtuel devant tre chang, vous devez pralablement avoir talonn votre
scanner.
Faire une image du nuancier, en veillant que les paramtre du scanner soient les mmes que pour le nuancier talon.
Charger limage et mesurer les diffrentes plages du nuancier. On choisira une surface de mesure la plus grande possible (1
mesure par pastille).
Ajour de Commentaires : ouvrir la grille et cliquer dans la zone de commentaire.
La fentre qui souvre permet lentre au clavier ou le copier/coller.
On peut alors passer dune ligne une autre par les flches dincrmentation.
Presser valider pour terminer.
Sauvegarde du nuancier :
Menu Mycochrome/sauver Nuancier.
Entrer les commentaires utiles dans la fentre pr remplie et valider.
Entrer le nom choisi pour le nuancier.
Le suffixe Nua est ajout automatiquement.

Aspect technique des interfaces de mesure


Le matriel de mesure :
Plusieurs choix taient possibles : Spectrophotomtre, colorimtre, APN, Scanner
Tout dabord le ct technologique :
Spectrophotomtre :
De loin la meilleure et de trs loin la plus chres des solutions.
En gnral chaque couleur est analyse travers un rseau de diffraction (par exemple tous les 10 nm sur 38 mesures qui
recouvrent largement le spectre du visible) ce qui apporte une grande prcision.
Nb : Les nuanciers dtalonnage sont mesurs laide dun spectrophotomtre professionnel de marque Xrite
Colorimtre :
Trois couleurs primaires (RVB) sont analyses travers des filtres colors.
Cest en gnral ce qui quipe le sondes dcran et les colorimtre de table grand public.
La qualit du rsultat dpend du choix du couple capteur/filtres et est toujours infrieur celui du spectrophotomtre.

APN et scanner :
La technologie est semblable celle du colorimtre
Le choix de la version 2.04
Pour diverses raisons la premire version de Mycochrome utilise une mesure par scanner :
* Spectrophotomtre :
Techniquement la meilleure solution, mais trop chre pour un amateur
* Colorimtre :
Avantages : fournit a priori des rsultats corrigs et na pas tre talonn (en principe seulement). Le prix est abordable
Inconvnient : lutilisation est relativement complexe dans lenvironnement Mycomtre.
En effet il est ncessaire de dvelopper une procdure spcifique pour chaque marque de colorimtre.
43

* APN :
A priori un APN pourrait trs bien tre utilis (aprs talonnage) en guise de colorimtre pour effectuer des mesures de
couleur. Il y a cependant un inconvnient majeur difficilement contournable : celui de lclairage de lchantillon mesurer.
Les rsultats dpendent de la qualit de la lumire, de la position relative de la source de lumire (une sphre dintgration est
pratiquement obligatoire), de lAPN et de lchantillon.
Si lon souhaite vraiment utiliser un APN, il est impratif denregistrer, chaque fois et exactement dans les mmes
conditions, une image de lchantillon ET dun nuancier dtalonnage.
* Scanner :
Inconvnient : difficilement portable, rsultats dpendants de la qualit du scanner, ncessit dtalonner (une seule fois).
Avantages :
Les conditions dclairement de lchantillon sont constantes (aprs attente de mise en chauffe des lampes, pour les scanners
anciens).
Interfaage standard avec Mycomtre (possibilit daccs direct en mode twain)
Les valeurs quil fournit sont en gnral, selon le modle, dune prcision suffisante pour le mycologue et sont
reproductibles.

Applications
- Mesures de couleur de spore
Rsultat en mode RGB ou CieLab* (il y a dautres repres chromatiques en projet)
Permet de noter avec prcision une couleur sur une fiche de rcolte.
Le fait de disposer dun scanner talonn permettra de comparer les rsultats dans le futur, mme si changement de
scanner.
-Comparaison de deux spores
-Comparaison dune couleur de spore avec un nuancier
Un nuancier de rfrence tant donn (ex : code Romagnesi, Dagron, Seguy etc..), -Mycochrome trouve
automatiquement la valeur du nuancier la plus proche. Les valeurs voisines sont aussi fournies. Plusieurs normes sont
disponibles pour effectuer les calculs de distance chromatique.
-Chromatogrammes
Une application aux chromatogrammes est en cours dtude
Mesures de couleur en mode macrographique.
En projet

Remarques diverses
Stockage
- la charte dtalonnage sera conserve dans lobscurit dans un endroit sec. On pourra la sectionner entre deux feuilles si
ncessaire, mais on vitera de la plier.
- Interface de numrisation
Nous envisageons de tester une mini mire qui serait photographie en mme temps que le sujet : ainsi on pourra esprer une
prise en compte minimum des conditions dclairement.
- Pour obtenir des mesures reproductibles, il sera utile dattendre que la lumire du scanner soit bien stabilise (voir notice de
lappareil)
- les fichiers
Aprs talonnage, on doit trouver dans le rpertoire du programme :
le fichier talon xxx.Etl
le fichier scanner yyy.Scn
les nuanciers
zzz.Nua

44

Ces fichiers sont dans un format texte. On vitera de les modifier


Les fichiers SCN et Nua sont labors automatiquement laide de Mycomtre, mais peuvent cependant tre composs
laide dun diteur de texte. Le fichier ETL, dont les donnes ncessitent lusage dun spectrophotomtre sera livr par lauteur.
Il est prvu de disposer de plusieurs fichiers de calibrage : talon classique pour scanner et mini talons pour les prises de
vues APN (en prvision).
- les espaces colorimtriques de Mycochrome
Mycochrome gre plusieurs espaces colorimtriques. Certains sont utiliss dans les diverses procdures de calcul et sont
invisibles pour lutilisateur.
Seuls sont disponibles actuellement les espaces RVB (donnes fournies par le scanner) et lespace CieLab (mieux adapt aux
calculs de distance colorimtriques et aux procdures dajustement).
Le nuancier de base a t mesur avec les valeurs dilluminant/observateur : D65/10
- crer votre propre nuancier de calibrage
Si vous disposez dun spectrophotomtre ou si vous estimez que votre scanner, aprs correction, est correctement talonn,
vous pouvez imprimer et talonner vous mme une charte dtalonnage (cest dire nuancier + fichier de mesures
correspondant)

Le nuancier aura une forme rectangulaire 4 et sera constitu de pastilles galement rectangulaires
juxtaposes, de dimensions identiques (au plus 255 pastilles dans la version
2.03). La lecture seffectuera de gauche droite et de haut en bas (comme le nuancier dtalonnage fourni par lauteur).
Une dcoupe en biseau en haut et gauche permet de reprer la premire pastille.
(Ou ventuellement un point de couleur contraste).

Format du fichier dtalonnage


Le fichier dtalonnage est un fichier texte et doit avoir le format suivant :
* commentaires divers, date
Image de rfrence charge : xxx
SCANNER=
RESOLUTION=
LUMINANCE=
CONTRASTE=
NOTES=
FINNOTES
REM= les lignes suivantes ne doivent pas tre modifies !
N;R;V;B;L;a;b;S;comment;
NBMESURES =xxx
LISTE=
Liste des mesures au format CSV ( ;)
1;57;57;59;23.92;0.7;-1.84
2;122;131;137;54.21;-1.65;-4.99
Etc.. ( numro, R,V,B,L,a,b, )
(On pourra aussi utiliser les fichiers de dmonstration pour copier la syntaxe)

Le format propos est impratif compte tenu de applications qui sont actuellement en projet.
scanners)
45

- Vrifier les drives de votre scanner


Charger limage du nuancier d talonnage
Effectuer la mesure dune pastille quelconque
Dcocher loption calibr
Effectuer la mesure de la mme pastille
Comparez dans la grille la diffrence entre les rsultats.
Recommencer pour dautres couleurs.
Les diffrences peuvent varier selon les couleurs car les capteurs du scanner nont pas une rponse
uniforme dans la bande de frquences. Ceci ninflue pas sur le rsultat des mesures en mode calibr.
Il est conseill de re-talonner le Scanner de temps autre, principalement sil est clairage tube fluo (anciens

Mycochrome : rsum express


prrequis :
-vous disposez du nuancier papier talon (obtenu par voie postale)
-le fichier d'talonnage ("http://mycolim.free.fr/DOC_SML/mycm202/Mycochrome/etalon_dec_09_d65-10.etl") est tlcharg
et plac dans le rpertoire Program files/Mycometre))
-facultatif : vous avez charg un nuancier virtuel (ex :
http://mycolim.free.fr/DOC_SML/mycm202/Mycochrome/Dagron_russules.nua )

1/ Etalonnage pralable du scanner (une fois pour toutes)


-Fonction / mycochrome
-Scanner le nuancier talon : directement par Mycomtre ( fichier/twain ) ou bien faire un scan classique et le charger
(conseill, pour archiver)
-cliquer successivement sur les 24 pastilles du nuancier (de gauche droite et de haut en bas, dpart sur la pastille noire)
-options mycocharte / sauver le calibrage scanner
2/ premire utilisation (1 fois pour toutes)
- options mycocharte / Charger talon couleur ( le fichier .ETL tlcharg)
- options mycocharte / Charger un fichier scanner (le fichier sauv au 1/)
- options mycocharte / Charger nuancier ( ex dagron)
- fichier/sauver les paramtres ( pour ne pas le refaire ensuite...)
3/ dsormais : utilisations en 2 clics
-Scanner la spore dpose (faire un scan classique et charger ou bien directement par Mycomtre : fichier/twain)
-cliquer sur la zone de spore dpose (optimiser la zone de mesure avec l'outil "dim ech", en dessous de " propos")
-presser "ajuster" et lire le meilleur rsultat dans la fentre
augmenter le nombre de rsultats en modifiant "nb de rsultats voisins"

COMPLEMENTS (Documentation avance**)


Rpertoires
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Mycomtre permet de mmoriser sparment le nom des les rpertoires spcifiques de stockage des
images et des donnes.
Rpertoire des donnes
Lors de l'exportation des donnes ("sauver sous" ) ou la sauvegarde de la trame, vous tes amen choisir
le "Rpertoire des donnes courant". L'exportation simple des donnes se fait dans le Rpertoire des
donnes courant.
Rpertoire image :
De la mme manire, le chargement d'une image dfinit le "Rpertoire d'image courant".
On peut galement dfinir le Rpertoire d'image
- directement par le menu "Fichier / Rpertoire Image "
- lors d'un ajout d'images au chargeur **.
Ne pas oublier de faire Fichier / sauver les paramtres pour que ces rpertoires soient repris par dfaut lors
de la prochaine session.
Comment connatre le rpertoire courant : presser "voir options"

Etalonnage
Comme sur Mycomtre V1.xx, chaque image a son propre coefficient d'talonnage (une image un
calibre). Si l'talonnage n'est pas effectu au chargement d'une nouvelle image, c'est le calibre en cours qui
est pris en compte (cest le cas le plus frquent) : il n'est donc pas ncessaire de refaire l'talonnage a
priori.
Cependant chaque image peut tre aussi talonne sparment (selon objectif , selon recadrage, selon
rsolution ).
Il se peut aussi que vous ayez oubli d'effectuer l'talonnage ou bien que vous dsiriez re-calibrer une
image dj mesure.
Il suffit alors d'effectuer un nouvel talonnage qui est pris en compte pour l'image en cours. A ce stade, la
grille est encore inchange (la mise jour de la grille nest pas faite systmatiquement afin de ne pas
surcharger le travail de la machine). On forcera la mise jour de la grille par "outils / maj grille" (version
complte) : Toutes les valeurs de la grille sont alors recalcules avec le nouvel talonnage. Nb : certaines
valeurs recalcules peuvent diffrer trs lgrement des valeurs mesures prcdemment l'cran. En
effet si la mesure est effectue sur une image trs agrandie l'cran (prcision dune fraction de pixel,
donc suprieure la rsolution de limage originale, ce qui permet une grande facilit de pointage), les
nouveaux calculs sont alors effectus avec la prcision permise par la rsolution de l'image originale
(erreur maximum = 1 pixel image). L'ensemble des valeurs finales n'est pas statistiquement affect.
Passage du calibre d'une image sur une autre image **
-Si l'image n'a pas encore t mesure (juste charge), c'est le calibre de la dernire image courante qui est
pris en compte : charger l'image dont on dsire prendre le calibre comme rfrence, puis charger la
nouvelle image.
Etalonnage et choix dimension / rsolution : avantages et inconvnients **
Ces notions ne concernent que les fichiers TRM qui sont en principes transparents pour lutilisateur
puisque, par conception du produit, ces fichiers ne sont conserver quexceptionnellement.
47

Par ailleurs, il est conseill de toujours travailler dans le mme mode, mme si Mycomtre sait reconnatre
quun changement de mode a t effectu.
Indpendance Rsolution (IR) **
Cest le mode de fonctionnement de base de larchitecture V2.xx
Si lutilisateur travaille avec des rsolutions dimage variables il nest pas utile de re-calibrer a priori les
images prises avec le mme objectif microspique.
Par contre en cas dextrait partiel dune image, il est ncessaire de refaire un talonnage spcifique.
Indpendance Dimension (ID) **
si lutilisateur travaille toujours avec la mme rsolution dimage (cas de lauteur qui effectue toutes ses
prises de vues en rsolution maximale), il est possible den extraire une partie pour se limiter la partie
utile puis de les traiter avec Mycomtre sans avoir re-calibrer sparment les extraits.
Il est mathmatiquement impossible de concilier ces deux concepts antagonistes.
Rsolution cran **
Les fichiers TRM contiennent une information qui les rend compatibles quelle que soit la rsolution
dcran. Si ncessaire, une conversion des calibres est effectue automatiquement lors du chargement.
NB : dans tous les cas, les rsultats et les fichiers exports CSV sont indpendants de ces choix
En rsum, quand doit-on effectuer un talonnage ?
-nouvel objectif micro
-nouvelles conditions de prise de vue
-si le calibre na pas t sauvegard (voir calibrage)
mthode avance **:
-si lon est en mode ind.rsolution ( bouton voir options , Ind.rsolution vraie)
chargement dune image retaille
-si lon est en mode ind.dimension ( bouton voir options , Ind.rsolution fausse)
chargement dune image de rsolution diffrente

Re-talonnage ** :

Comment corriger a posteriori une erreur d'talonnage ?


voir Correction du calibrage
Supposons plusieurs images successives ont t charges, dont certaines n'ont pas t talonnes, ou mal talonnes.

Questions/rponses
Diverses rponses aux questions poses par les utilisateurs.
- Pourquoi un rsolution de mesure suprieure la rsolution de limage dorigine ?
Il est clair quil serait stupide de valider des mesures avec une prcision suprieure celle permise par limage dorigine.
Cependant, Mycomtre permet un agrandissement qui peut aller jusqu faire apparatre les pixels de limage sous forme de
carrs (notez que certains logiciels inventent de nouveaux pixels pour rendre limage agrandie plus agrable lil
48

lors des trs forts agrandissements : cette technique est absolument interdite dans le cas dun logiciel de mesure, puisque dans
ce cas, les mesures seraient effectus sur une image nayant plus grandchose voir avec limage dorigine).
Lagrandissement "conforme" (sans dformation ni ajout de pixels fictifs tendant lisser limage) de Mycomtre permet daller
jusqu faire apparatre les pixels, ce qui permet deffectuer les pointages avec plus de confort. Lors de la sauvegarde de la
trame, ce sont les pointages sur les pixels de limage dorigine qui sont sauvegards.
-coexistence des versions 1.xx et 2.xx
Certains utilisateurs continuent dutiliser la version 1.05 en attendant que toutes les anciennes fonctions (dont les mesures
dangles, de couleurs, etc..) aient migr dans la version 2.xx.
Il est souhaitable dinstaller les deux versions dans des rpertoires spars.
Notez aussi que les rpertoires de Mycomtre peuvent tre dplacs comme vous le dsirez, voire mme effacs puis reinstalls sans avoir relancer la procdure de dbridage, ou mme installs plusieurs fois (mais quel intrt y aurait il, sinon
pour tester une nouvelle version ?)
Notez galement que lon peut lancer en parallle autant de sessions de Mycomtre quil peut tre ncessaire.
Par contre un changement de machine implique un nouveau code personnel.
-plein cran
cliquer sur le carr en haut droite de l'cran.
( NB : pour ceux qui se poseraient la question, la taille par dfaut de la fentre de Mycomtre a t choisie afin de permettre le
fonctionnement sur n'importe quelle machine, mme un peu ancienne, dont mon PC portable personnel )
-les segments ne sont pas toujours retracs
(selon fonction et configuration) : pour retracer les segments, presser retrace
-Droites dajustement
et ellipses de confiance. Bien que mathmatiquement lmentaires, ces complments nont pas encore t implants
volontairement. En effet, ces notions nont de sens statistique que si la loi de distribution statistique des donnes mesures est
connue, ce qui ne peut pas tre le cas. Toute information de ce type serait fallacieuse et pourrait amener un non-statisticien
des conclusions errones. Dautres tests et calculs statistiques sont prvus qui permettront alors, sous condition, cette
reprsentation
-Roulette de souris
lutilisation de ce dispositif a t implante exprimentalement. Cette interface ncessitait une augmentation notable de la taille
de lexcutable et pnalisait les petites machines. Il tait inutilisable sur la plupart des ordinateurs portables. Le gain de
dergonomie tant par ailleurs ngligeable, ce dispositif a t abandonn pour linstant.
- Mesures des ornementations des spores
Il est possible dinsrer dans la grille les mesures des ornements divers.
Provisoirement (de nombreuses fonctions auxiliaires sont prvues, et seront implantes ds que possible)
Choisir par exemple la fonction " cystides / 3 mesures"
Mesurer longueur et largeur dans les deux premiers champs, puis mesurer lornement qui vous parat le plus significatif
(compte tenu des faibles variations, la dispersion est minime) dans le troisime champ.
Inconvnient (provisoire) : le rapport L/l et le volume Q ne sont plus calculs immdiatement.
Il sera cependant possible de calculer ultrieurement ces donnes laide du fichier CSV export.
-Calculs Statistiques et test d'hypothses
Depuis la version V1.00, les donnes exportes par Mycomtre permettent un statisticien confirm deffectuer un
certain nombre de tests statistiques, dont, par exemple, la comparaison dun ensemble de mesure une distribution type.
Cependant, il serait malhonnte de laisser croire que les mthodes statistiques qui permettent deffectuer
rigoureusement ces comparaisons sont quasi-lmentaires et quelles peuvent se faire par le simple calcul dun intervalle de
confiance sur une moyenne. Cest pourquoi lauteur sest refus jusqu' maintenant (malgr des demandes pressantes lors du
dveloppement de la version V1.xx) dimplanter des calculs dont les rsultats, utiliss par un novice en statistiques, pourraient
amener des conclusions illusoires.
En particulier, le calcul du risque de premire espce, qui est lmentaire calculer (il sagit dune simple "rgle de 3") ne
permet de tirer aucune conclusion utile sil nest pas complt par le calcul du risque de seconde espce (bien plus dlicat
calculer !).
49

Par exemple, lerreur commise frquemment par la plupart des novices en statistiques est de conclure htivement, ce
qui est mathmatiquement et logiquement faux pour diverses raisons, que si la moyenne dun chantillon mesur se situe dans
lintervalle de confiance de la moyenne dun modle connu, alors, il y aurait x % de chance pour que les espces aient la mme
distribution statistique (sous entendu : sont les mmes avec x % de chances).
Pour plus de prcisions, on pourra lire ce sujet les notes sur la notion de test dhypothses, disponibles dans les
archives du forum Mycomtre.
Diffrents tests statistiques sont prvus et seront implants ds que possible, la principale difficult rsidant dans la mise en
place des prcautions demploi et dinterprtation pour les novices en calcul statistique.

Mode MC
Q: Comment extraire des portions rectangulaires superposables d'une srie d'images pour le mode MC ?
R : Ce n'est pas indispensable, mais si on le souhaite, on peut procder ainsi trs facilement avec IRFANVIEW :
-Ouvrir une des images de la srie.
-Marquer avec le curseur la zone extraire / Noter les donnes affiches dans la barre suprieure : ( X0, Y0) ( largeur, hauteur)
du rectangle slectionn
-Menu : File / Batch conversion
-Choisir les images originales/ choisir le rpertoire de sauvegarde et faire Add
- "Set advanced options" / Crop / entrer les donnes du rectangle extraire / OK
-Start
Nb : Les paramtres sont conservs par dfaut.
Si on souhaite refaire un nouvel essai, penser cocher " overwrite existing files"
----------------Navigation dans le chargeur d'images :
pour choisir la meilleure coupe :
aprs avoir charg la suite d'images (groupe MC / >> / OK) : presser le bouton "images".
Une petite fentre s'ouvre ou la liste est affiche. Cliquer sur un nom d'image pour l'afficher.
On peut alors naviguer avec la souris ou plus simplement avec les touche Haut/bas
----------------Q : les vecteurs des images en attente ne sont pas affichs
R : penser cocher l'option MC; choisir une couleur adquate.
-------------------

Import de donnes de Mycomtre 2.xx sauves au format CSV


En principe, il est souhaitable de garder une trace de la trame des diffrentes sries mesures, car ce fichier contient toutes les
information ncessaires pour reprendre ltude, ce qui nest pas le cas du fichier CSV prvu seulement pour ldition..
Il a t ajout un fonction de dpannage permettant dimporter directement les dimensions calcules dans la grille de mesure :
ceci permet de reprendre facilement le traitement statistique via Mycostats.
Dans le menu principal de Mycomtre faire edition/ fich.CSV=> mes.
Les donnes essentielles du fichier CSV sont importes dans la grille.
On peut alors lancer Mycostats et effectuer toutes les oprations statistiques habituelles.
Attention : compte tenu des informations rduites du fichier CSV, il nest pas conseill de poursuivre ces mesures ( bien que
cette possibilit ait t laisse, voir le 1,b ci-dessus). Le fichier TRM a t conu cette fin.
De mme sil est possible dextraire des sous-ensembles de lignes, calculer et visualiser leurs paramtres statistiques, il nest
pas possible de sauvegarder corrrectement le fichier trame de lextrait. Il contient seulement les numros de lignes extraites
(liste rcuprable sous notepad et il est toujours possible deffacer dans la grille certaines donnes liminer ). Faire plutt
outil/ export CSV extrait
50

Problmes rencontrs au moins une fois :


1/ Installation :
La dll vbfr.dll est absente .
Voir dans windows/system32/ si vb6fr.dll est prsente.
Si oui, elle est peut tre altre. : leffacer et ou re-installer Mycomtre
Dans tous les cas : envoyer un rapport le mieux circonstanci possible. Prciser le numro dalerte ou le message retourn par le
systme.
2/ si certaines fonctions vous semblent manquer c'est soit
*un oubli (cas frquent ...)
*parce que la fonctionnalit pourrait amener un utilisateur non averti des conclusion errones
*parce que l'implantation amne trop de complication dans la programmation, en raison des diverses interactions, pour une
utilisation non indispensable et trs occasionnelle.
Si une fonction vous parait oublie ou indispensable, il est demand de d'avertir l'auteur.
3/ Certaines fonctions ou certains paramtrages peuvent paratre compliqus au premier abord.
Il est conseill aux dbutants d'ignorer ces fonctions dans un premier temps, puisque les paramtres par dfaut conviennent
dans la plupart des situations. Ils comprendront , l'usage, que ces fonctions ou paramtres particuliers sont ncessaires pour
obtenir des rsultats parfaits dans toutes les configurations.
4/ Des erreurs de calculs lors du chargement de la trame peut apparatre sur certaines machines, selon l'option d'interprtation
du sparateur dcimal. Ce bug inhrent aux diffrentes versions de Windows a t dcel et contourn sur la version de
dcembre 2006.Le transfert correct d'une trame entre deux postes configurs diffremment a t vrifi.

Documentation des DERNIERES MISES A JOUR


barre de rfrence oriente
Dcembre 09 :
Trac dune barre de rfrence oblique .
Menu outils/illustrer/rfrence oriente
Cliquer le bouton droit sur point dinsertion et tirer dans la direction souhaite sans relcher.
Au relchement le menu s'ouvre comme pour la barre horizontale.
Barre de rfrence verticale :
Menu outils/illustrer/rfrence oriente
Cliquer le bouton droit sur point dinsertion et relcher aussitt
Insertion automatique du symbole m : cliquer sur le bouton

option Twain
Dcembre 09 :
51

Loption Twain de la version 1.xx a t re-active pour faciliter lusage du scanner.


Elle est aussi utilisable pour lacquisition directe avec une camera USB par exemple.
menu : fichiers/twain/selection source ... selon les dispositifs installs sur votre machine ( NB si votre scanner ou votre camera
n'apparat pas dans la liste c'est que l'installation a t incorrecte)
capture : fichiers/twain/acquisition twain. Mycomtre donne alors la main votre logiciel de gestion de l'appareil.
selon le type d'appareil :
soit l'image est immdiatement transfre dans Mycomtre (scanner),
soit il vous est demand de capturer l'image et de la transfrer (camera)
L'image est stocke provisoirement sous le nom de ImageTwain.bmp et accessible dans la liste d'images du chargeur.
Deux autres choix de Mycomtre (fichiers/twain) vous permettent de sauvegarder soit l'image twain entire, soit seulement le
cadre choisi.

Autre nouveauts de la version 2.04 :


Trac de barre de rfrences verticales ou obliques
Appel dans outils/illustrer
Clic gauche et relcher pour une barre verticale
Clic gauche et tirer dans la direction choisie pour la barre oblique
La fentre de dialogue propose le texte m (bouton.)
Dplacement des fentres de dialogue
clic gauche dans la fentre et tirer.

Comparaison visuelle des rsultats :


En mode RVB, 2 chantillons sont affichs dans la fentre dajustement.
Le premier affiche la couleur ajuster (moyenne ou autre), la seconde affiche la dernire couleur trouve dans le nuancier.
Notez que lcran nest pas toujours en mesure dafficher correctement les couleurs partir des composantes (cest dire
quune couleur pourra paratre identique alors quelle est classe au 3 ou 4me rang des carts)

Mises jour
La date de la mise jour est affiches dans la fentre " propos"

Raccourcis clavier.
Raccourcis clavier disponibles pour certaines commandes :
Certaines commandes sont monostables et notes [M] (temir appuy, effet immdiat), d'autres bistables et notes [B] (chaque
pression change l'tat de la commande, par exemple marche/arrt).
ESC
annuler [M]
Espace afficher la grille [B]
G
dplacer grille [M]
C
centre image [M] ;
C & clic gauche
Z
zoom centr [M] ;
Z & clic gauche = Z+, Z & clic droit = ZMaj
pantographe [M] ;
peut tre associ <>
<>
loupe x2 [B]
52

dplacer image [B]


Ctrl
Eff.Arr. efface dernier segment [M]
E
mode 3D, paisseur [M]

53

Entte des menus principaux


Fichiers

Options (suite)
Ouvrir
Twain
Chargeur
Ajout
Suppression
Sauver les paramtres
Sauver la trame
Charger la trame
Rpertoire Image
Quitter

Langue
Fr
It
Es
De
En
Stats par dfaut
Nuage points
Histogramme
Diagramme
Tests
Sauvegarde Auto
Non
10..20
Notation clair
Copie d cran options
Format image export

Edition
Export Grille
Export Grille sous
Etalonnage / rsolution
Retrace
Fic CSV => grille
Fonction
Mesure Segment
Spores 2D
Spores 3D
Cystide
3 mesures
4 mesures
5 mesures
Mycochrome

Options Mycocharte (si Mycochrome)


Charger nuancier
Sauver Nuancier
Zone chantillon couleur
Charger talon couleur
Charger fichier scanner
Valider calibrage Scanner
Outils

Options
Fonction de dmarrage
Mesure Segment
Spores 2D
Spores 3D
Cystide 3
Cystide 4
Cystide 5
Format export
CSV
TXT
Taille Grille
63
127
255
Tolrance Clic
1..4
Dcimales
Auto
0..2

Copie cran
Illustrer
Rfrence simple
Rfrence oriente
Texte
Groupage MC
MAJ grille
Mycostats
Aide
Liste cls
Documentation
Doc plus
Pas pas

54

Historique partiel des amliorations


maj 14-03-2006 : complments : multilangue et calcul dciles
maj juin 06 : version 2.01/ MC / charger le fichier de mise jour ET le fichier de langues
maj 5 octobre 2006 : Mycostat / fichiers de langue complts/
maj 7 dec 06 : Ajout d'images en bloc dans le chargeur, amlioration de la gestion des images du chargeur,
Sauvegarde automatique, amlioration du chargement des trames sur des machines diffrentes.
Avril 07 : fonctions comptage et densit
Novembre 09 : import donnes et extraction de sous ensembles
Dcembre 09 : option Twain
Dcembre 09 : barre de rfrence oriente
Nouveau : depuis janv 2010 :

_interface de mesure de lignes polygonales


_en mode statistiques, nuage de points
_ Import de donnes extraites dun tableur : jusqu 6 lignes ou colonnes
_entre de donnes externes pour traitement statistique
_Tests statistiques supplmentaires
_Indice de forme F
_Extraction dun sous-ensemble de mesures et export de la trame
_Options daffichage et de pointage
_possibilit de choisir une valeur de rfrence dcimale
_option d'insertion du symbole micron dans la rfrence
_rfrences obliques auto-ajustables
- Boutons sauve cran et Rappel cran
_amlioration du calcul du PDM
-amlioration de limportation des tables
_calcul de la dominante en mode "aperu" et en mode "notation flash"
_nouvelle notation par dfaut
_Notation Flash
_rpertoire de sauvegarde par dfaut du fichier CSV
_Fentres mobiles
_Fonctions nouvelles : Mesure dangles et de surfaces
_Divers gadgets
_Boutons sauve cran et Rappel cran ( gauche de mode MC)
_sauvegarde des images dans des formats divers (en attete)
_Rfrencer et illustrer limage dorigine
Maj 25 mars 2011 - Version 2.05

27/06/2011
Affichage du type de spores leiospore
Affichage en bleu de la spore la plus proche de moy ou mediane
Stockage des paramtres essentiels dans une base de donne .mstat
Format csv ditable en texte ou excel
Possibilit dajouter des donnes externes
Recherche automatique dans cette base des espces dont les paramtres seraient compatibles avec lespce en cours de
mesure
10/4/2013
Fond dcran personnel (charger une image puis faire fichiers/ image en cours => fond dcran)
Sauver image en cours (fichiers/ Sauver image en cours)
Autoriser rduction totale ( lcran revient dans son tat initial)
13/6/2013
- Dsormais, au lieu dutiliser Notepad (qui peut poser des problmes sous w7 selon la configuration), lditeur est intgr
dans Mycomtre.
Edition possible de Mycm..dat (initialisation) et mycm.cal (calibrage) par le menu Expert !
( attention : utiliser avec prcautions)
55

- optimisation de la largeur des champs de la grille en mode Surface (les grandes valeurs taient tronques laffichage
mais exactes !)
12/12/2013 Importation de donnes excel
14/6/2013
Spore optimale
Archives stats
28/12/2013 Astuce talonnage
20/09/2014 Camera Oculaire (rappel)
20/09/2014 Gestion des fichiers de calibrage complt

56

--- NOTES DAPPLICATION --Bouton Bistable


On dsigne par Bistable un bouton qui a commande deux tats :
Premire pression : laction est active
Deuxime pression : laction est dactive
Exemple : les bouton Grille, Image, Mode MC etc
A loppos un bouton monostable doit tre press 1 fois ou maintenu press pour commander laction
Exemple : Touche Z de commande du Zoom, Bouton Panique
-----------------Boutons Icones :
Appareil photo Copie de la zone graphique dans un fichier (illustrations comprises ventuellment)
Carnet de notes Copie de la zone graphique dans le presse-papier (selon option)
Eclair
Copie du texte de la notation rapide dans le presse papier
Point dexclamation
Remise des paramtres aux valeurs par dfaut (pour dbutants)
Stylo
copie du texte dans le presse papier
Microscope :
Importation immdiate de limage du presse papier dans limages traiter (sans perte)
------------------

Etalonnage/Rsolution
Fentre calibrage :
Version >2.05:
Menu/Expert/diter le fichier de calibrage
Permet de corriger facilement le texte associ aux coefficients mmoriss ou d'effacer les lignes de
coefficients inutiles.
Attention :
- ne pas modifier la partie numrique de chaque ligne( aprs le signe "=")
- penser ventuellement sauvegarder le fichier "mycm.cal" sous un autre nom ( sauver sous dans la
fentre d'dition) avant d'effectuer des modifications.

Correction calibrage
Ouvrir la fentre de dialogue via le bouton "correction calibrage et entrer le coefficient souhait.

57

La nouvelle valeur peut tre sauvegarde comme un calibrage habituel.


Gestion des fichiers de calibrage
Dans les versions jusqu 2.05 le fichier unique Mycm.cal contenait toutes les donnes de calibrage.
La version 2.06 a t amliore pour les utilisateurs de plusieurs appareils dobservation ou plusieurs cameras numriques.
Dans le menu Edition, sous Etalonnage-rsolution un nouveau menu choix fichier .cal a t ajout
Par dfaut le fichier Mycm.cal est cr lors de la premire sauvegarde de calibrage (rien ne change pour les anciens
utilisateurs).
Le nouveau menu permet
La cration, la suppression, le renommage , ldition de divers fichiers de calibrage.
Ainsi on pourra crer par exemple des fichiers Leitz.cal, Zeiss.cal, Bino.cal , Cam1.cal, APN1 ,etc sachant quen gnral on
ne fait les mesures que sur un seul appareil en mme temps.
Pour les nostalgiques, rien nempche de travailler encore avec un seul fichier .Cal. ou de regrouper les calibrages dorigines
diffrentes.
Les donnes de votre ancien fichier de calibrage peuvent tre ventiles (par coup-coll) sur les nouveaux fichiers crs (faites
une sauvegarde pralable par prcaution !).
La fentre de gestion des fichiers de calibrage est aussi accessible depuis la fentre Etalonnage-rsolution
Sauvegarde du fichier dtalonnage :
Les fichiers dtalonnage sont stocks dans le rpertoire de lapplication (rpertoire de Mycm.exe).
Le nom du fichier dtalonnage en cours est affich dans la fentre options et est sauv ventuellement avec les paramtres.
Le nom du fichier dtalonnage en cours est galement enregistr avec la trame en cours, donc recharg automatiquement avec
cette trame.
NB :
-Vous pouvez ignorer totalement ces ajouts (fonctionnement comme sur les versions prcdentes).
-Loption calibrage sur une portion dimage a t juge inutile et a t supprime.
-Sur Win7 et suivants, si Mycomtre est install dans le rpertoire par dfaut, les fichiers .cal, .dat du rpertoire programmes
X86 ne sont ditable que par les fonctions de Mycomtre. Pas de problme si Mycomtre est install par exemple sur le second
disque D. Lditeur de Mycomtre est compatible avec les diteurs courants ( couper-coller etc ).
------------------

Correction du calibrage
Il se peut quun groupe dimages comporte des images mal calibres ( par ex. suite un changement dobjectif)
Pour corriger une erreur de calibrage
a/ - charger le calibrage correct ou effectuez un nouveau calibrage
b/ - mettre dans un groupe MC toutes les images devant avoir le mme calibrage (Groupe MC)
puis presser Mode MC
- faire outil / calibr => groupeMC
- faire outil / Maj grille
- vrifier la cohrence des grandeurs et sauver la nouvelle trame
58

c/ Si on ne dispose pas dimage comportant une mire **


Charger une image dj correctement calibre
Presser Etalonnage
Tracer un long segment quelconque sur limage : une longueur est propose.
Valider simplement cette longueur
Continuer en b/
** Il est conseill deffectuer une prise de vue dune mire objet pour chaque objectif et de conserver sparment ces images
pour un re-calibrage ventuel.

---------------Comptage :
Clic gauche pour compter, clic droit pour valider
Comptage simple.
Exemple : nombre de lames l'insersion , angles externes des
entolomes.
Comptage double .
En particulier : comptage des bosses de inocybe
On comptera d'abord les bosses externes (A : couleur 1), puis les
intrieures ( B : couleur 2).
Mycomtre retourne les deux valeurs A et B ainsi que A+2B (nombre total thorique)
NB :
-

bosses

lors d'un "retraage", seul le premier point marqu est re-affich et numrot afin de ne pas encombrer la figure.
les oprations ur la grille sont oprationnelles ( effacement, recherche de spore, etc ..)

Densit :
2 oprations : dlimition d'une zone et comptage manuel des lments dans cette zone.
Option de la forme de la zone :
- elliptique (cercle compris)
- rectangulaire
Mycomtre retourne la surface de la zone, le nombre de points et le nombre de points par unit de surface.
-------------------

Densit des pores des polypores


NB :
-

penser talonner l'image au pralable !


lors d'un "retraage", seul un point est numrot et re-affich afin de ne pas encombrer la
figure.
les oprations sur la grille sont oprationnelles ( effacement, recherche de spore, etc ..)

En prvision :
Mesures diverses sur lamelles ( fonctions utilise depuis 6 ans sur une version 1.05 personnelle).
Mesure automatique de la surface moyenne et du diamtre moyen des pores.
59

Nb. Actuellement on n'obtient que le nombre de pores par unit. On dipsposera alors de 2 paramtres pour les pores : la densit
et le diamtre moyen (diamtre quivalent si pores non ronds) .
------------------------------

Extraction de sous ensembles de donnes


Introduction :
Si une population apparat tre le mlange de deux sous ensembles (par ex si les spores sont issues
de basides de type diffrent), il est possible de les sparer pour les traiter sparment (la diffrence peut
tre vrifie par le test de Mls).
Rcemment, lexamen du diagramme a montr quun ensemble de mesures de spore dalpova
(effectues par Pierre Arthur Moreau) comportait manifestement des spores de nature diffrentes. La
fonction dcrite ci-dessous ( prvue au cahier des charges) a donc t implante en priorit.
Mycomtre permet :
- Disoler certains points (reprs ventuellement par leur
numero dans la grille)
- De sauver les donnes relatives ces points au format CSV
(pour dition ou traitement avec un tableur)
- De sauver la trame des seuls points choisis (rsultats de
mesure avec Mycomtre).
Il est alors possible de recharger cette nouvelle trame
dans une session spare de Mycomtre (on peut ouvrir plusieurs sessions paralllement).
Les donnes dorigine restent intactes.
Nb lencerclement en rectangle permet lextraction selon un seul axe
Exemple pratique :
Diagramme des longueurs de spores dAlpova sylvestris

Sil est lmentaire, grce la fonction de recherche des PDMS de sparer ces blocs pour chaque
variable prise sparment, les tudier une une, il serait faux den dduire que la population globale se
spare de la mme faon.
A linverse, une population dont le nuage de points L x l ne montre aucun point
daccumulation , mais au contraire des points rpartis doit faire penser un mlange de plusieurs
populations.
Visionnons le couple longueur/largeur en mode Nuage de points :

60

Dans cet exemple pratique deux blocs apparaissent nettement spars


Le problme est alors le suivant : rcuprer les lignes de mesures correspondant chacun des deux
blocs sparment, pouvoir reprsenter et marquer les spores correspondantes sur les images de travail et
effectuer les calculs statistiques utiles sur chaque bloc sparment. Bien videmment, compte tenu du
nombre important de mesures (120 ici) il est difficile de trier les lignes la main
La procdure dextraction :
Depuis la page daccueil de Mycomtre :
Ouvrir Mycostats, et choisir Nuage de Points.

1/ Presser extraire .
Par dfaut la zone dextraction est
circulaire. ( on verra plus loin lusage
du choix rectangle , le choix
ellipse sera disponible trs
bientt)
2/ Placer le curseur au centre approximatif de la zone de
points extraire puis Cliquer Gauche
Dplacer la souris pour encercler les points souhaits.
En cas derreur, cliquer gauche sur un autre centre.
3/ Valider le choix par un Clic Droit : les points choisis saffichent en rouge.
(nb : il peut arriver que, pour des raison darrondi de calcul, des points voisins du bord du trac ne soit pas pris en compte)

La liste des lignes de mesure correspondantes saffiche en bas de la


fentre

61

4/ on peut ds maintenant sauver la trame des donnes extraites :


Dans la barre doutils, faire outils / sauver la trame extraite
Un menu souvre qui vous donne le choix du nom de fichier exporter.
Par dfaut, il est propos le nom du fichier trame ou de limage en cours auquel est ajout le suffixe
_EX
5/ vrification des donnes extraites
Dans la barre doutils de Mycostats, choisir Diagramme
On peut alors choisir de et visualiser le diagramme et visualiser les donnes
statistiques soit de la population entire, soit de lextrait (cocher Extrait ou
Mesures )
La premire colonne est affiche. On peut
videmment afficher les rsultats pour chacune des colonnes du sousensemble (curseur).
La zone de rsultat (Editable et copiable dans le presse papier) donne tous
les rsultats statistiques pour les donnes
slectionnes
(voir
documentation gnrale de Mycostats pour plus de dtails).
La liste des lignes extraites reste valide tant que lon reste dans
lenvironnement Mycomtre. On peut donc revenir laffichage des
donnes du sous-ensemble fin de comparaison.
Dans cet exemple, nous avons effectu le choix du
sous-ensemble extrait partir du couple longueurlargeur

Il peut tre intressant deffectuer ce choix par tir


dun autre couple de donnes. Il suffit de les choisir
dans le menu daffectation de la fentre Nuages de
Points , par exemple selon le couple L-Q, qui donne
la figure ci contre.
Les autres couples de listes de mesures (L-Q, L-V etc
..) se sparent galement en deux blocs.
Visualisation
sparment

du

sous-ensemble

extrait

La trame extraite ayant t sauve, il suffit de la recharger partir du menu fichier de Mycomtre
pour afficher les images et la grille correspondantes aux seules spores du sous-ensemble extrait (On peut
aussi ouvrir une session parallle de Mycomtre).

62

On peut alors sattendre, dans ce cas, trouver ventuellement une population dont la distribution
statistique sapproche dune loi Normale, ce qui nest absolument pas le cas de la population complte.
Bien videmment, il est possible de poursuivre les mesures ou une nouvelle extraction partir de cette
nouvelle trame.
Autres possibilits
a/ Marquage des numros de lignes :
Cocher loption marquer num ligne : chaque spore du nuage de points
est repre par son numro de ligne correspondant dans la grille.
Dans le cas dune extraction, cocher loption avant doprer le choix du sous-ensemble.
b/ Exportation des donnes extraites au format CSV
dans le menu outils de Mycostats, choisir export CSV extrait .
Le fichier CSV ainsi export peut son tour tre import dans la grille fin de traitement statistique (voir
import de donnes de Mycomtre sauves au format CSV

c/ Extraction par zone rectangle


Comme pour le cercle, pointer dabord le centre de la zone. La zone rectangle permet dextraire et
sauver toutes les lignes dont une des coordonne choisies se trouve entre 2 bornes. Lutilisateur dispose
ainsi de divers outils pour effectuer un tri dans ses rsultats
NB : diverses amliorations sont prvues, dont la recherche automatique, dans le nuage, du point de
densit maximale.

--------------------

Spore optimale
Le but est de trouver dans la suite des spores mesures la spore la mieux reprsentative de lchantillon.
Une procdure statistique permet de chercher dans la liste en cours de mesure la spore qui reprsente le mieux lchantillon.
Toutes les donnes de mesure sont prises en compte pour cette recherche (pas seulement une seule mesure, les donnes tant
pondres selon les champs)
Intrt : on dtermine ainsi la spore quil est souhaitable de choisir titre dexemple reprsentatif
On prend comme rfrence, au choix : la moyenne, la mdiane ou la dominante (conseill)
Pour chacun des 3 paramtres ci-dessus, il y a 3 possibilits
-Premier choix : il recherch la spore dont lcart quadratique moyen par rapport au paramtre est minimal.
-Pour les choix 2 et 3, le calcul ci-dessus est pondr en tenant compte des distributions statistiques des donnes des 2 mesures
(L et l).
Par ailleurs, pour la Longueur et la Largeur seules, on cherche la spore dont la mesure est la plus proche de la dominante
(c'est--dire la plus proche de la spore la plus frquemment trouve)

63

Dans la grille, la ligne correspondant la spore trouve est prcde alors dun onglet bleu. Il suffit alors de pointer cette ligne
et presser chercher : la spore (repre par son numro) saffiche au centre de la fentre avec la valeur du zoom en cours
(agrandir au pralable pour obtenir la spore en plein cran).
6 algorithmes de recherche sont actuellement en cours dessai.
Menu/ plus/ Spore optimale
Par rapport la Moyenne : a1 ,a2, a3
( 3 algorithmes diffrents valuer)
Par rapport Mediane :
a1,a2 ,a3
( 3 algorithmes diffrents valuer)
MAJ Spore optimale :
Permet de re-activer le calcul ( le calcul tant relativement long, il nest pas effectu en continu)
------------------------

Fichier darchives statistiques : cration et utilisation


But : crer dune base de donnes statistiques et fournir des outils de recherche dans cette base.
Cf Menu PLUS
Depuis quelques annes Mycomtre permet larchivage des donnes statistiques des mesures effectues, ainsi que la recherche
statistique dans ces archives. La version 2.06 amliore ces possibilits en tendant la recherche aux donnes des
documentations diverses, et en particulier celles des diagnoses.
Hypothse : les mthodes de recherche supposent que lon a affaire des distributions quasi-Normales, ce qui nest
malheureusement pas toujours le cas
Actuellement Mycomtre traite le cas des mesures 2D (longueur + largeur). Dautres types de recherche sont prvus.
Il y a deux types de donnes utilisables.
Type I : donnes statistiques souhaitables : nombre de mesures de lchantillon, moyenne, cart-type estim
Type II : donnes minimales : moyenne de lchantillon.
Les donnes des mesures effectues sont toujours de type I
Les donnes des dimensions de la littrature sont assez variables. Il est mme assez rare davoir des donnes compltes (encore
que, depuis peu dannes, certains auteurs commencent tenir compte des propositions de notation exposes dans larticle
FANNECHRE, G. Statistiques et notation des dimensions des spores, bulletin SMF Tome 121 fascicule 3-4 2005)
Gnralement les documentations donnent
-soit une seule valeur par dimension (quils appellent quelques fois la moyenne alors que, en fait, il sagirait plutt de la
valeur la plus courante, donc la dominante)
-soit un encadrement sans prcision : il pourrait alors correspondre lintervalle D1-D9 (cf. article BSMF ci-dessus).
-soit un encadrement m-s / m+s: il est facile den dduire la moyenne et lcart-type, mais il manque le nombre de mesures.
NB. Actuellement la procdure fonctionne en mode Spore 2D (extension prvue).
Cration de la base
Les donnes statistiques des mesures effectues sont entres automatiquement (menu/Plus ). Un dialogue permet de
complter les champs MSREF (rfrence de la rcolte), MSDATE, COORD (format : lieudit/longitude/latitude).

En cours dune session de mesure faire Menu / Plus/ Archives Stats / Archiver donnes stats
Un dialogue (on peut laisser les champs vides) permet dentrer
Nom de genre
Nom dEspce
Rfrence
Date (par dfaut la date du jour est propose)
Lieudit
64

Longitude
Latitude
K_sigma (Ksigma = 1 par dfaut, ne pas modifier actuellement)
Un nom de fichier est propos
Valider
(Un calendrier est propos pour une mise jour plus facile de la date. Par dfaut, cest la date de travail qui est insre)
Si le fichier est dj existant, les nouvelles donnes sont ajoutes.
Lextension du fichier de sauvegarde est *.ArSx.
avec x = 2 dans la version actuelle ( dpend de la fonction utilise)
Cest un fichier texte. Vous pouvez concatner divers fichiers darchive (ex : mycologue diffrents en collaboration, ou
donnes exploites sur des machines diffrentes)

Cration dun fichier darchives partir des donnes de la littrature


Il sagit dun fichier .CSV, facile diter avec Notepad ou Excel.
Il a pour extension .ArS2 (Archive Statistique, dimension 2) pour faciliter lappel des fichiers.
Les champs sont les suivants :

MSGENRE;MSESP;MSREF;MSDATE;COORD;KS;NBMES;LONG;SLONG;LARG;SLARG;QU;SQU ;;
Ouvrir Excel.
Crer un nouveau fichier (on enregistrera au format CSV), ou bien ouvrir un fichier existant (on pourra par exemple renommer
une copie du fichier .ARS2 en .CSV provisoirement)
Si les donnes de larticle sont de Type I, on compltera les champs
MSGENRE;MSESP, ventuellement MSREF;MSDATE, ainsi que les champs NBMES;LONG;SLONG;LARG;SLARG
(et mme QU;SQU rapport moyen Q et cart-type, bien que cette donne ne soit pas exploite actuellement -en projet-).
(Attention : contrairement ce qui peut se faire ailleurs la valeur du Q moyen ne peut pas tre calcul partir des valeurs
moyennes de longueur et largeur).
Si les donnes sont de Type II (cas le plus frquent) on compltera les champs
MSGENRE;MSESP, ventuellement MSREF;MSDATE, ainsi que les champs LONG; LARG
Il est souhaitable de remplir les champs MSREF;MSDATE.
MSREF pourra contenir les rfrences de larticle ou de louvrage.
Exemple : Tricholoma;apium;GEPR/Guide des champignons;;;;;4,5;;3,8;;;
Le fichier darchive peut contenir, en mlange, des donnes de type I et II.
Si le document ne donne quun intervalle, on supposera que lauteur a considr que la distribution est Normale (donc
symtrique) et on prendra comme valeur la moyenne de lintervalle.
Les autres champs seront laisss vacants. Selon les donnes disponibles Mycomtre choisira la meilleure mthode de recherche
statistique (ce sont les mmes mthodes que celles utilises dans le module Mycostats).

Recherche dans un fichier de donnes


Il est ncessaire davoir effectu au moins 2 mesures en mode 2D
Faire Menu / Plus/ Archives Stats / Chercher dans une base de donnes
Ouvrir un fichier darchive : un premier fichier darchive est donn en exemple
https://drive.google.com/file/d/0ByoFe9kg4-9FeXRyUjBXMkl1LUk/view?usp=sharing
La recherche statistique est effectue immdiatement pour chercher dans le fichier darchive les donnes qui statistiquement
peuvent tre compatibles avec les donnes mesures.
65

Une fentre souvre (il est possible de continuer les mesures en parallle) et une liste peut safficher (sinon Aucune est
affich)
Pour chaque ligne de donne trouve, sont affichs :
Noms de genre et espce, rfrence, date, lieudit, longueur et largeur moyennes (spars par une tabulation)
Le curseur permet de modifier le paramtre risque.
Il sagit du risque alpha de premire espce (pour plus de dtails, revoir la suite de courriels statistiques pour les nuls dil
y a quelques annes).
Il sagit du risque de voir carte une solution possible. Plus le risque est grand, plus la liste est courte.
Si la liste est vide, essayez de rduire le risque.
A linverse augmenter le risque pour rduire la liste, au risque de voir carte la solution souhaite.
Paramtre :
- modification du risque (comme avec le curseur)
- filtrage
Il sagit dun filtrage texte sur la ligne de donnes du fichier (sensible la casse).
On peut par exemple filtrer un nom de genre, dauteur, de lieudit etc.
Rechercher
Si la fentre na pas t referme il est possible de continuer les mesures, puis de presser re-chercher pour effectuer une
nouvelle recherche (mme fichier, mme risque, mme filtrage)
Copier
Le contenu du rsultat est copi dans le presse papier.

NB : 3 variables statistiques sont utilises pour les comparaisons en mode 2D (il y en aura 5 en mode 3D etc..)
Paramtres de recherche
Il est possible de modifier les paramtres statistiques par dfaut.
Entrer :
Le risque (par dfaut 0.1= 10%)
Le filtre ( par ex psatyrella ou inconnu : la recherche est filtre sur le genre ou lespce)
------------------

Pas pas pour les nuls : Comment tester la mthode stockage/recherche


Ouvrir Mycomtre et effectuer quelques mesures (mode 2D)
Faire Menu / Plus/ Archives Stats / Archiver donnes stats
Entrer les champs demands puis enregistrer avec le nom de votre choix (par ex. essai , Mycomtre ajoutera lextension).
Ajouter quelques mesures et refaites un stockage dans le mme fichier.
Vrification :
Faire Menu / Plus/ Archives Stats / Chercher dans une base de donnes
Par dfaut le risque est de 20%. Il faudra peut tre modifier le risque pour faire apparatre ou sparer les mesures enregistres
(cela dpend de la dispersion de vos mesures).
Ne pas fermer la fentre et refaire des mesures complmentaires.
Presser Re-chercher dans la fentre de recherche : les dernires mesures sont prises en compte et compares aux mesures
prcdemment stockes.

NB :
-la liste des champs a t modifie depuis la version 2.05. Les anciens fichiers enregistrs sont rcuprable trs facilement avec
Excel. Madresser un courrier si vous avez des difficults.
- Question : est-il possible de comparer une mesure faite loculaire avec les donnes de larchive ?
En thorie, pas de problme. Cependant pour effectuer une recherche statistique, Mycomtre doit connatre la dispersion de
lchantillon, donc de disposer de paramtres difficiles dterminer la main .
66

-Les fichiers darchive sont changeables : il serait souhaitable que chaque utilisateur diffuse ses fichiers de donnes. Il est
lmentaire de les concatner au fichier donn en exemple (avec Excel ou Notepad).
-----------------------

PDM et Dominante
La "Dominante" (ou "Mode) est la donne la plus importante pour caractriser une dimension de spore.
Il est prvu depuis longtemps un article sur ce sujet (annonc dans Bull. Soc. Mycol. Fr., 121 (3-4), p.
255-292. 2005.). L'algorithme original de Mycomtre y sera expos.
La "Dominante" est en thorie la valeur la plus frquente dans l'ensemble des donnes mesures
Presque tous les mycologues confondent tort Dominante et Moyenne, ce qui est fort dommage.
Cette confusion nest pas grave si la distribution soit symtrique (cas particulier parmi dautres : la
distribution Normale, mais faut il encore avoir fait les tests pralables pour montrer la cohrence de cette
hypothse !)
Le problme qui se posait pour la Dominante est qu'elle tait classiquement value partir de rpartition
en classes (cf. histogrammes).
Malheureusement l'utilisation de classes et d'histogrammes sur des petits chantillons (le cas du
mycologue, justement) est compltement aberrante.
C'est une des raisons pour laquelle j'ai abandonn la reprsentation systmatique de lhistogramme lorsque
Mycomtre est pass de la version 1 la version 2 . La reprsentation par diagramme propose est une
bien meilleure reprsentation de la ralit.
( titre d'essai, sur un chantillon de donnes, lancez Mycostats, Nuage de points puis Histogramme et
faites varier le nombre de classes : le rsultat est difiant !)
Diverses raisons cela :
Tout d'abord, il est d'usage, en statistiques, de ne travailler que sur des classes d'effectif suprieur 5
(certains ont peut tre encore quelques souvenirs.) Mme en choisissant un nombre trs rduit de classes
(difficile de descendre en dessous de 5 classes !) il est rarement possible de respecter cette condition.
Dans le cas des petits chantillons, le point de dpart et la largeur des classes peut faire en sorte que la
zone o les valeurs sont les plus denses (justement celle que l'on cherche) se trouve coupe en deux. Ainsi
la classe d'effectif maximal cherche disparait.
Il suffit d'ajouter une seule valeur un peu l'extrieur de l'ensemble des donnes pour que le rsultat
change compltement.
Les essais de calculs avec Excel sur des petits chantillons ont montr que la plupart du temps soit le
rsultat tait stupide, soit Excel n'arrivait pas calculer le mode.
L'algorithme imagin pour Mycomtre est totalement diffrent et est totalement insensible aux points
erratiques. Il permet aussi de calculer trs facilement les modes secondaires des distributions
multimodales.
67

C'est pourquoi nous avons utilis le terme PDM (Point de Densit Maximale) pour le distinguer du
"Mode" habituel. Pour les chantillons de grande taille, le PDM concide exactement avec le Mode.
Seul le PDM est valide pour des petits chantillons (en thorie 'seulement', l'algorithme de Mycomtre sait
valuer le PDM partir de 2 donnes !).
La notation dMd par dfaut propose dans les versions > 2.05 prend en compte la valeur de la dominante
----------------------

Astuce talonnage
Pour obtenir la meilleure prcision possible il est prfrable de photographier la mire selon une diagonale.
Le problme est alors que lon risque soit de faire une erreur de parallaxe, soit de ngliger les divisions trop courtes aux
extrmits.
On peut oprer ainsi :
Valider le mode palmer ( de toute faons cest le plus confortable
Oprer avec la fonction2D, plein cran
-1- tracer un premier trait le long dune division (trait rouge), comme pour une
ordinaire
- cliquer sur talonner
-2- pointer la division la plus gauche
-3- amener le palpeur (vert) sur la division la plus droite et valider.

mesure

-----------------------------

Importation de donnes excel


Ds mycostat Faire texte puis importer
Il est ncessaire que les donnes du tableau excel soient au format texte
(marquer les donnes puis format/cellule/texte)
Le sparateur dcimal est la virgule
( sinon : remplacer . par , )
---------------------

Fond dcran
Pour changer limage de fond dcran par dfaut :
Charger limage de votre choix
Presser fichier/ image en cours=> fond dcran
Sauver les paramtres
------------------------

Menu PLUS
68

Spore optimale
Le but est de trouver dans la suite des spores mesures la spore la mieux reprsentative de lchantillon.
On prend comme rfrence, au choix : la moyenne, la mdiane ou la dominante (conseill)
Sur la version actuelle les calculs prennent en compte les mesures de longueur et largeur.
Pour chacun des 3 paramtres ci-dessus, il y a 3 possibilits
-Premier choix : il recherch la spore dont lcart quadratique moyen par rapport au paramtre est minimal.
-Pour les choix 2 et 3, le calcul ci-dessus est pondr en tenant compte des distributions statistiques des donnes des 2 mesures
(L et l).
Par ailleurs, pour la Longueur et la Largeur seules, on cherche la spore dont la mesure est la plus proche de la dominante
(c'est--dire la plus proche de la spore la plus frquemment trouve)
Dans la grille, la ligne correspondant la spore trouve est prcde alors dun onglet bleu. Il suffit alors de pointer cette ligne
et presser chercher : la spore (repre par son numro) saffiche au centre de la fentre avec la valeur du Zoom en cours
(augmenter la valeur du zoom avant de presser Chercher pour visualiser la spore en plein cran)
MAJ Spore optimale
Permet de re-activer le calcul ( le calcul tant relativement long, il nest pas effectu en continu)
-------------------------

Camera Oculaire
Utilisation dune camera en direct
Cette possibilit existe depuis bien longtemps (2009), mais na jamais t documente. Linterface a t simplifi avec la
version 2.06.
Les interfaces des camras oculaires (et aussi des appareils photo numriques) varient notablement selon les constructeurs.
Nous avons rgl trs simplement les problmes ventuels de compatibilit de la manire suivante :
La gestion de la camra ou du scanner (pour les mesures de couleurs de spores) peut seffectuer via linterface Twain.
Plus simplement, il est souvent utile de pouvoir faire quelques mesure en extemporan, sans avoir sauver limage a priori.
Cela se fait directement en 2 clics
Aprs avoir lanc le logiciel de gestion de la camra et fait les mises au point :
- faire une capture dans le presse papier (en principe tous les logiciels de gestion de camra disposent de cette fonction)
-dans Mycomtre, presser le bouton Microscope (ex Twain)
Il est toujours temps, si vous le souhaitez, de sauver limage capture : cest exactement la mme que celle que vous auriez
sauv au dpart (faire alors fichier/ enregistrer image en cours)
La commande Twain de la version 2.05 demeure accessible sous le menu Fichiers
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Cration de fiches descriptives


Outre la possibilit dajouter des commentaires et des rfrences dimensionnelles sur lcran ou sur une copie de limage
source, il est simple dinsrer les rsultats de ltude sur une fiche graphique.
Nous utilisons le logiciel Irfanview (gratuit : http://www.irfanview.com/)
Ce logiciel a de trs nombreuses fonctionnalits et nous estimons que ce serait une perte de temps dajouter certaines fonctions
graphiques Mycomtre (qui est un logiciel de mesure et de traitement des donnes, et non un logiciel graphique) .
* Avec Mycomtre capturer la zone insrer dans le futur document :
1. Ecran principal : aprs avoir recadr lcran de travail presser licne Carnet de notes
69

2.

Diagrammes, Historique, Nuages de points : idem

* Sous Irfanview :
Ouvrir limage de fond souhaite
Avec le bouton gauche de la souris marque une zone dans laquelle on souhaite insrer une vignette complmentaire et faire Crtl
C pour insrer la capture dans la vignette.
Textes : Par exemple, effectuer un test de Shapiro Wilk et presser copier pour capturer le texte du rsultat.
Sous Irfanview marque la zone dinsertion, faire Edit/Insert Texte et coller le presse papier dans la zone de texte.
Un bouton de prvisualisation aide la mise au point.
Lditeur de vignette est trs complet (on peut faire par exemple des insertions en texte transparent ou semi transparent etc )

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Rfrencer et illustrer limage dorigine


Illustrations sur une copie exacte de limage en cours :
Linterface pour lillustration sur une copie de limage en cours est totalement diffrente de lillustration sur limage cran.
- Limage sauve dune illustration sur image dcran dpend de la rsolution de lcran.
- Limage sauve par lillustration sur une copie de limage a exactement la rsolution de limage source (option ralise suite
une demande de Franois Valade). Il est conseill de sauver dans le format Bmp pour ne pas dgrader la qualit de limage. De
toute faons la sauvegarde au format Jpg est en qualit maximum (100%) ; bien que simple implanter, il nest pas envisag de
sauvegarder dans un format compress.
Inconvnient : la visualisation lcran de limage finale est difficile compte tenu des grandes diffrences de rsolution.
Solution propose : ouvrir paralllement limage source pour reprer les points dinsertion.
Sil ny a aucune difficult pour linsertion dun segment de rfrence, il pourra tre ncessaire de faire un essai en ce qui
concerne la taille de la police.
Limage source nest pas modifie et sa copie nest pas dgrade.
Nouvel interface :_(version > 2.05)
Faire Outils/Illustrer copie image source
Dans la fentre qui souvre choisir dans le menu lillustration insrer : Rfrence ou texte
Rfrence : Placer, sur lcran, le curseur de la souris au point dinsertion souhait, puis mme squence que linsertion
sur image Ecran.
Texte : Placer, sur lcran, le curseur de la souris au point dinsertion souhait puis insrer le texte (possibilit de
coller le contenu du presse papier).
Options : choix de la police et largeur du trait pour la rfrence et largeur du trait pour la rfrence de dimension.

Attention : la rsolution de limage cran est gnralement diffrente de la rsolution de limage source. En consquence
laspect du trac apparatra diffrent sur limage exporte. En gnral, il faudra choisir un trac de 2 ou 5 pixels . Mme
remarque sagissant de la taille des polices.
Une volution est possible pour dautres options de trac plus large sur demande expresse.
( nb : la possibilit dune adaptation automatique de la largeur de la trace la rsolution de limage a t envisage, mais
abandonne car prsentant, finalement, trop dinconvnients pour lutilisateur)
Le fichier de sortie est par dfaut
"nomimage_REF.BMP"
(on peut aussi
sauver en
Il ny a pas de message d'avertissement lors de l'enregistrement, le dernier fichier de sauvegarde efface le prcdent

JPG).

-----------------------------70

Nuancier Munsell
La notation Munsell
Je ne conseille pas d'utiliser la notation Munsell.
Je possde le gros Atlas de Munsell. Si la prsentation des planches est dune qualit remarquable, je regrette que pour
chaque pastille ils n'aient pas donn l'quivalence en notation Lab.
J'ai extrait et cod un nuancier virtuel Munsell-Myco.nua relatif aux couleurs utiles pour la mesure des spores.
Il pourrait tre utile, ne serait-ce que pour comparer certaines documentations.
Utilisation :
En mode Mycochrome charger le nuancier Munsell-Myco.nua
Mesure :
Effectuer une ou plusieurs mesures de votre spore dpose
Presser le bouton "ajuster"
Une fentre s'ouvre et donne le rsultat le plus proche de votre mesure (par dfaut delta CEI lab) et l'erruer commise.
On peut chercher d'autres ajustements (faire varier rsultats voisins).
Une vignette donne la couleur du dernier ajustement.
Faire varier le type de Delta (il semblerait que les meilleures distances pour la mycologie sont CEI lab et LabQuad)
Accs aux autres nuanciers : fermer la fentre et choisir un autre nuancier. Un des plus fidles semble tre celui de
Dagron. J'ai remarqu que les nuanciers tirs d'ouvrages du commerce ne sont pas trs fiables (essais sur des tirages
diffrents).
Si vous disposez d'un atlas Munsell vous pouvez l'utiliser pour calibrer votre scanner.

Nuancier British Flora Chart


Ce Nuancier (extrait : British flora chart-spores.nua) manque de prcision pour un ajustement de couleur de spore.
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Bibliographie
Mycomtre : premiers pas "mycomtre_pour_les_nuls.htm"
Mycostat : premiers pas "mycostats__fr.htm" (en 4 langues) :
disponibles sur le site de chargement de Mycomtre.
Statistiques et notation des dimensions des spores BSMF 2005
Intervalle de confiance : Le test de la moyenne bulletin FMBDS 198 (2010)
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En prvision :
Mesures diverses sur lamelles ( fonctions utilise depuis 1995 sur une version 1.05 personnelle).
Mesure automatique de la surface moyenne et du diamtre moyen des pores.
71

Nb. Actuellement on n'obtient que le nombre de pores par unit. On disposera alors de 2 paramtres pour les pores : la densit
et le diamtre moyen (diamtre quivalent si pores non ronds) .
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Index
--- NOTES DAPPLICATION ---57
Aide ............................................... 19
Ajustement automatique dune
couleur ....................................... 34
Ajustement dune couleur.............. 38
Aperu ........................................... 17
Archivage et transfert de la session . 9
Astuce talonnage.......................... 68
Balance des blancs......................... 37
barre de rfrences verticales ou
obliques...................................... 52
Bibliographie ........................... 32, 71
bipoint.............................................. 3
Bouton APERCU........................... 15
Bouton Bistable ............................ 57
Bouton Chercher.............................. 7
Bouton Compter ............................ 15
Bouton daccs rapide ................... 20
Bouton Etalonner............................. 5
Bouton grille .................................... 6
Bouton Image ................................. 9
Bouton Mode MC.......................... 13
Bouton Notation Eclair................ 15
Bouton Voir Options...................... 19
Boutons sauve cran et
Rappel cran ...................... 22
Boutons Couleur des traces ............. 5
Boutons Icones .............................. 57
Calculs Statistiques et test
d'hypothses............................... 49
Camera Oculaire ............................ 69
Chargement d'images en bloc .......... 8
charger la trame ............................... 9
Classes de donnes ........................ 30
coexistence des versions 1.xx et 2.xx
................................................... 49
Comment connatre le rpertoire
courant ....................................... 47
Comment corriger a posteriori une
erreur d'talonnage ? .................. 48
Commenter la grille ....................... 22
Comparaison visuelle des rsultats 52
COMPLEMENTS (Documentation
avance**) ................................. 46
Comptage....................................... 59
Comptages particuliers .................. 15
Copie dcran................................. 20
Copier ............................................ 66
Correction calibrage ..................... 57
Correction de lcran de lordinateur
................................................... 34

Correction du calibrage ..................58


Cration dun fichier
darchives partir des
donnes de la littrature ..........65
Cration dun nuancier ...................43
Cration dun Nuancier virtuel.......40
Cration de fiches descriptives.......69
Cration de la base .........................64
crer votre propre nuancier de
calibrage .....................................45
Cystides..........................................11
Dcimales.......................................17
Densit ...........................................59
Densit des pores des polypores.....59
Dplacer la grille ..............................7
Dplacer l'image...............................5
DERNIERES MISES A JOUR ......51
Diagramme.....................................23
diagrammes ....................................25
distribution multimodale ................28
dominante.......................................27
Donnes cumules..........................26
Donnes simples.............................26
Droites dajustement ......................49
chelle des axes .............................26
effacement arrire.............................2
Effacer Ligne....................................7
En pratique .....................................38
En prvision ..................................71
Entte des menus principaux..........54
Espaces colorimtriques.................34
Etalonnage du scanner....................37
Etalonnage et choix dimension /
rsolution : avantages et
inconvnients **.........................47
Etalonnage/Rsolution ...................57
Etalonnage..................................47
Extraction de sous ensembles de
donnes.......................................60
Fentre calibrage...........................57
Fichier darchives statistiques.....64
Fichiers de calibrage .....................58
Fonction de dmarrage ..................17
Fonction export ..............................17
fonctions comptage et densit......11
Fond dcran...................................68
Format du fichier dtalonnage ......45
grille .................................................6
Groupage MC.................................22
Histogramme ................................23
Histogramme / nuage de points ......23

Historique partiel des amliorations


................................................... 55
Illustrations sur copie exacte de
limage en cours......................... 70
Import de donnes extraites dun
tableur .................................. 24, 55
Importation de donnes excel ........ 68
Importation de donnes
externes................................... 24
Indpendance Rsolution (IR) ** .. 48
Indice de forme F ...................... 12
Installation ....................................... 1
interfaces de mesure ...................... 43
Linterface Mycochrome ............... 33
Langue ........................................... 18
lignes polygonales ........................... 4
loi de Student................................. 32
loi Normale .................................... 32
loupe ................................................ 3
MAC ET LINUX........................... 19
MAJ Grille..................................... 20
MAJ Spore optimale ................ 64, 69
MC................................................. 19
Menu Chargeur d'images ................. 8
Menu Export Grille.......................... 8
Menu Fonctions ............................. 10
Menu Options ................................ 17
Menu PLUS ............................... 68
Menu Trame .................................... 9
menus disponibles.......................... 22
Mesure dangles et de surfaces ...... 11
Mesures des ornementations des
spores......................................... 49
micromtre objet.............................. 6
micromtre oculaire ......................... 6
Mode MC....................................... 50
Modes dEtalonnage ...................... 13
modes de pointage ........................... 2
Module Mycostat........................... 22
MYCOCHROME .......................... 33
Navigation dans le chargeur d'images
................................................... 50
NB ................................................. 66
Notations........................................ 16
Nouvel interface ............................ 70
Nuage de points............................ 23
Nuancier virtuel (cration)............. 40
Option Insre dimension................ 18
Option Palmer/Bipoint................... 19
Option Poly.................................... 19
option Twain.................................. 51
72

options daffichage et de
pointage................................... 18
Outils ............................................. 32
palmer .............................................. 3
pantographe ..................................... 3
Paramtre ....................................... 66
Paramtres de recherche ................ 66
Pas pas pour les nuls :
Comment tester la mthode
stockage/recherche..................... 66
Passage du calibre d'une image sur
une autre image **..................... 47
PDMS=modes secondaires ............ 28
petits chantillons .......................... 28
plein cran ..................................... 49
point de densit maximale
(PDM=mode)............................. 27
Prparation des spores.................. 42
Principe du calibrage de lappareil de
num .......................................... 35
Problmes rencontrs au moins une
fois ............................................. 51

procds de pointage ........................3


Questions/rponses.........................48
Raccourcis clavier ..........................52
rapport moyenne / cart-type..........16
Raz grille ..........................................7
Recherche automatique des Pdms ..29
Recherche dans la base...................66
Recherche dans un fichier de
donnes.......................................65
Recherche du PDM et des PDMS ..28
Rechercher .....................................66
Rfrence de limage........................7
Rfrence graphique.......................20
rfrence oriente ...........................51
Rfrencer et illustrer limage
dorigine .....................................70
rfrences obliques autoajustables...................................21
REMARQUES DIVERSES ...........20
Rpertoire des donnes...................47
Rpertoires .................................7, 46
Rsolution cran **........................48

risques de 1re et 2me espce ...... 30


Sauvegarde des rsultats ................ 25
sauver la trame................................. 9
Sauver/charger l' Etalonnage ........... 6
Segments........................................ 10
Sessions multiples............................ 1
Spore optimale......................... 63, 69
Spores 3D ...................................... 10
Statistiques en cours de mesure ..... 15
Supprimer une image du chargeur 9
Table des matires ......................... 73
Tables de lois de distribution
statistiques ................................. 32
Test de la Moyenne........................ 30
Test de Mls ................................. 31
Test de Shapiro-Wilk................... 31
test unilatral.................................. 31
Tests Statistiques ........................... 30
Tolerance Clic ............................... 17
Twain............................................. 52
Zoom................................................ 5

Table des matires


Mycomtre 2.xx / documentation de base ...................................................................................................................................... 1
Installation ...................................................................................................................................................................................... 1
premiers pas.................................................................................................................................................................................... 2
Premiers test ................................................................................................................................................................................... 2
les modes de pointage..................................................................................................................................................................... 2
l'interface de pointage ................................................................................................................................................................. 2
La loupe : dans le coin gauche de l'cran la zone pointe est agrandie pour une meilleure prcision. .................................. 3
Les procds de pointage :.............................................................................................................................................................. 3
Mode "bipoint" ............................................................................................................................................................................... 3
Mode "palmer"................................................................................................................................................................................ 3
interface de mesure de lignes polygonales...................................................................................................................................... 4
Dplacer l'image ............................................................................................................................................................................. 5
Zoom............................................................................................................................................................................................... 5
Boutons Couleur des traces ............................................................................................................................................................ 5
Bouton Etalonner............................................................................................................................................................................ 5
Bouton grille ................................................................................................................................................................................... 6
Bouton Chercher............................................................................................................................................................................. 7
Rpertoires...................................................................................................................................................................................... 7
Menu Export Grille......................................................................................................................................................................... 8
Menu Chargeur d'images : .............................................................................................................................................................. 8
Supprimer une image du chargeur ** ......................................................................................................................................... 9
Menu Trame ................................................................................................................................................................................... 9
Archivage et transfert de la session ............................................................................................................................................ 9
Menu Fonctions ............................................................................................................................................................................ 10
Segments .............................................................................................................................................................................. 10
Spores 2D............................................................................................................................................................................. 10
Spores 3D............................................................................................................................................................................. 10
Cystides................................................................................................................................................................................ 11
Fonctions comptage et densit ........................................................................................................................................... 11
Comptage......................................................................................................................................................................... 11
Densit.............................................................................................................................................................................. 11
Application : densit des pores des polypores .................................................................................................................. 11
73

Modes dEtalonnage ..................................................................................................................................................................... 13


1/ les prises de vues : ................................................................................................................................................................ 13
Bouton COMPTER....................................................................................................................................................................... 15
Comptages particuliers ............................................................................................................................................................. 15
Statistiques en cours de mesure .................................................................................................................................................... 15
Notations....................................................................................................................................................................................... 16
Menu Options ............................................................................................................................................................................... 17
Fonction de dmarrage......................................................................................................................................................... 17
Fonction export..................................................................................................................................................................... 17
Tolrance Clic ...................................................................................................................................................................... 17
Dcimales ............................................................................................................................................................................. 17
Langue .................................................................................................................................................................................. 18
Stats par dfaut ..................................................................................................................................................................... 18
Sauvegarde Automatique :.................................................................................................................................................... 18
Bouton Voir Options................................................................................................................................................................. 19
Bouton Aide.................................................................................................................................................................................. 19
MAC ET LINUX.......................................................................................................................................................................... 19
VERSION 2.xx............................................................................................................................................................................. 19
Mesure MC ** .............................................................................................................................................................................. 19
Copie dcran :.......................................................................................................................................................................... 20
Bouton daccs rapide :........................................................................................................................................................ 20
Rfrence graphique ** ........................................................................................................................................................... 20
MAJ Grille :............................................................................................................................................................................. 20
VERSION 2.02............................................................................................................................................................................. 20
Module Mycostat .............................................................................................................................................................. 20
Bouton "anti-panique" pour les dbutants......................................................................................................................... 20
Outils ............................................................................................................................................................................................ 20
Bouton MYCOSTATS ................................................................................................................................................................. 22
Les menus disponibles : (documentation non mise jour) ....................................................................................................... 22
Remarque importante........................................................................................................................................................ 23
1/ Histogramme / nuage de points ................................................................................................................................................ 23
2/ Diagramme ............................................................................................................................................................................... 23
Entre des donnes ................................................................................................................................................................... 23
Donnes de Mesures :............................................................................................................................................................... 23
Donnes Texte .......................................................................................................................................................................... 24
Donnes extraites dun tableur ................................................................................................................................................. 24
Sauvegarde des rsultats ........................................................................................................................................................... 25
Les diagrammes............................................................................................................................................................................ 25
Options.............................................................................................................................................................................. 26
chelle des axes................................................................................................................................................................ 26
Mode "chelle fixe" : ........................................................................................................................................................ 26
Ajustement des diagrammes ..................................................................................................................................................... 26
Rsolution................................................................................................................................................................................. 27
Le point de densit maximale (PDM =mode)............................................................................................................................... 27
Les PDMS................................................................................................................................................................................. 28
Recherche du PDM et des PDMS............................................................................................................................................. 28
Recherche automatique des Pdms par ordre dcroissant d'importance.................................................................................... 29
Classes de donnes : ..................................................................................................................................................................... 30
3/ Tests Statistiques .................................................................................................................................................................. 30
Test de la Moyenne ............................................................................................................................................................. 30
Bibliographie ................................................................................................................................................................................ 32
4/ Tables de lois de distribution statistiques. ............................................................................................................................ 32
5/ Outils .................................................................................................................................................................................... 32
Introduction .................................................................................................................................................................................. 33
Mesures en mode non calibr ....................................................................................................................................................... 33
Ajustement automatique dune couleur ........................................................................................................................................ 34
Mesures en mode calibr .............................................................................................................................................................. 34
Espaces colorimtriques ........................................................................................................................................................... 34
Intrt de lespace colorimtrique Cie Lab ........................................................................................................................ 35
74

Principe du calibrage de lappareil de numrisation ................................................................................................................. 35


Balance des blancs.................................................................................................................................................................... 37
Etalonnage du scanner .............................................................................................................................................................. 37
Premier talonnage du Scanner............................................................................................................................................. 37
Etalonnage complmentaire.................................................................................................................................................. 37
Choix du fichier scanner ....................................................................................................................................................... 38
Ajustement dune couleur......................................................................................................................................................... 38
Comparaison entre spores : ................................................................................................................................................. 39
Cration dun Nuancier virtuel ................................................................................................................................................. 40
Rsum ..................................................................................................................................................................................... 42
Prparation des spores................................................................................................................................................................. 42
Applications.................................................................................................................................................................................. 44
Remarques diverses ...................................................................................................................................................................... 44
COMPLEMENTS (Documentation avance**).......................................................................................................................... 46
Rpertoires................................................................................................................................................................................ 46
Etalonnage ............................................................................................................................................................................ 47
Passage du calibre d'une image sur une autre image **.................................................................................................... 47
Etalonnage et choix dimension / rsolution : avantages et inconvnients **................................................................... 47
Indpendance Rsolution (IR) ** ..................................................................................................................................... 48
Cest le mode de fonctionnement de base de larchitecture V2.xx ....................................................................... 48
Indpendance Dimension (ID) **..................................................................................................................................... 48
Rsolution cran ** .......................................................................................................................................................... 48
En rsum, quand doit-on effectuer un talonnage ? ........................................................................................................ 48
Re-talonnage ** : ............................................................................................................................................................ 48
Comment corriger a posteriori une erreur d'talonnage ? ................................................................................................. 48
voir Correction du calibrage ....................................................................................................................................... 48
Questions/rponses ....................................................................................................................................................................... 48
- Pourquoi un rsolution de mesure suprieure la rsolution de limage dorigine ? ..................................................... 48
-coexistence des versions 1.xx et 2.xx .............................................................................................................................. 49
-plein cran ....................................................................................................................................................................... 49
-Droites dajustement........................................................................................................................................................ 49
-Roulette de souris ............................................................................................................................................................ 49
- Mesures des ornementations des spores ..................................................................................................................... 49
-Calculs Statistiques et test d'hypothses.......................................................................................................................... 49
Mode MC......................................................................................................................................................................... 50
Navigation dans le chargeur d'images : ........................................................................................................................ 50
Documentation des DERNIERES MISES A JOUR ..................................................................................................................... 51
barre de rfrence oriente........................................................................................................................................................ 51
option Twain............................................................................................................................................................................. 51
Mises jour .............................................................................................................................................................................. 52
Raccourcis clavier..................................................................................................................................................................... 52
Dcembre 09 : option Twain .................................................................................................................................................. 55
--- NOTES DAPPLICATION --- ............................................................................................................................................... 57
Etalonnage/Rsolution.................................................................................................................................................................. 57
Correction du calibrage................................................................................................................................................................. 58
Comptage :.................................................................................................................................................................................... 59
Densit :........................................................................................................................................................................................ 59
Densit des pores des polypores ................................................................................................................................................... 59
Extraction de sous ensembles de donnes .................................................................................................................................... 60
Spore optimale.............................................................................................................................................................................. 63
Pas pas pour les nuls : Comment tester la mthode stockage/recherche ......................................................................... 66
PDM et Dominante ....................................................................................................................................................................... 67
Astuce talonnage......................................................................................................................................................................... 68
Importation de donnes excel ....................................................................................................................................................... 68
Fond dcran ................................................................................................................................................................................. 68
Menu PLUS .............................................................................................................................................................................. 68
Camera Oculaire ........................................................................................................................................................................... 69
Cration de fiches descriptives ..................................................................................................................................................... 69
Rfrencer et illustrer limage dorigine....................................................................................................................................... 70
75

Nuancier Munsell ......................................................................................................................................................................... 71


Nuancier British Flora Chart ....................................................................................................................................................... 71
Bibliographie ................................................................................................................................................................................ 71
Index ......................................................................................................................................................................................... 72
Table des matires ........................................................................................................................................................................ 73

76