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La Fundacin Centro de FUNDACIN

Supercomputacin de Castilla y Len organiza el

CENTRO DE SUPERCOMPUTACIN

Curso de Alineamiento
y Secuenciacin
DE CASTILLAY
LEN de Genomas empleando

Supercomputacin
Apoyando a la investigacin,
la innovacin, la tecnologa,
la mejora de la competitividad de las empresas y el desarrollo
econmico de Castilla y Len

Curso de ENSAMBLADO Y ANOTACIN DE


GENOMAS EMPLEANDO SUPERCOMPUTACIN

La Fundacin Centro de Supercomputacin de Castilla y Len organiza el

Curso de Alineamiento y Secuenciacin de Genomas empleando


Supercomputacin
Direccin y coordinacin acadmica:

Direccin: Fundacin Centro de Supercomputacin de Castilla y Len (FCSCL), Direccin


Cientfica.

Objetivos :

Se proporciona la formacin necesaria para comprender los principales sistemas de


secuenciacin masiva de ADN y para emplear la supercomputacin y la computacin en nube
(cloud-computing) en el alineamiento y ensamblado de los fragmentos de ADN secuenciados, as
como su posterior anotacin y anlisis.

Destinatarios:

El curso est dirigido a investigadores interesados en estudios genmicos, a profesionales del


sector de las Ciencias Computacionales, Biologa y/o Biotecnologa relacionados con el
diagnstico gentico y a Alumnos Universitarios (titulaciones tcnicas, del mbito experimental
y/o econmico) de posgrado, y, en general, cualquier persona afn a la temtica tanto en la
dimensin de la investigacin, como de la innovacin y el desarrollo.

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Curso de Alineamiento y Secuenciacin de Genomas empleando


Supercomputacin

Nmero de Plazas: 20
Crditos: 2
Fecha: Del 19 al 21 de Octubre de 2011
Horario: 20 horas
Mircoles de 9:00 a 14:00 horas y de 15:30 a 18:30 horas
Jueves de 9:00 a 14:00 horas y de 15:30 a 18:30 horas
Viernes de 9:00 a 13:00 horas
Lugar: Edificio Severo Ochoa Servicios Cientfico-Tcnicos. Campus del Cristo.
Universidad de Oviedo. Campus de Excelencia Internacional, Clster de
Biomedicina y Salud
Idioma: Espaol
Importe matrcula: 400/curso
Inscripcin: www.fcsc.es/cursos
Cuenta corriente: Caja Espaa 2096 0120 66 3339537804

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Curso de Alineamiento y Secuenciacin de Genomas empleando


Supercomputacin

Profesorado:
Jess Lorenzana Campillo, Fundacin Centro de Supercomputacin de Castilla y Len(FCSCL), Len
Jos Manuel Martnez Garca, Fundacin Centro de Supercomputacin de Castilla y Len(FCSCL),
Len
Javier Herrero, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Cambridge, Reino Unido
Allan Orozco, Instituto Nacional de Bioinformtica(INB), Madrid
David Abia, Centro de Biologa Molecular "Severo Ochoa(CBM), Unidad de Bioinformtica, Madrid
Alberto Labarga, Universidad de Granada, C.C. de la Computacin e inteligencia Artificial, Granada
Luis Antonio Miguel Quintales, Universidad de Salamanca, Departamento de Informtica y
Automtica, Salamanca

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Curso de Alineamiento y Secuenciacin de Genomas empleando


Contenidos:

Supercomputacin

PARTE I - Introduccin acceso a Calndula


PARTE II - Introduccin al entorno Linux
PARTE III - Supercomputacin (hpc)
PARTE IV - Introduccin a la computacin en nube
PARTE V - Introduccin a la Bioinformtica
PARTE VI - Anlisis de sitios de unin de factores de transcripcin y cartografa
del posicionamiento de nucleosomas utilizando tiling microarrays y
secuenciacin masiva.

PARTE VII - Alineamiento genmico


PARTE VIII - Alineaciones en genmica comparada
PARTE IX - Tcnicas de secuenciacin masiva
PARTE X - Secuenciacin masiva- gestin de datos
PARTE XI - Aplicaciones de la secuenciacin masiva
PARTE XII - Genotipado masivo

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Curso de Alineamiento y Secuenciacin de Genomas empleando


Supercomputacin

Detalle de Contenidos:

PARTE I - Introduccin acceso a Calndula- Jess Lorenzana Campillo

Descripcin tcnica de los recursos de la Fundacin Centro de Supercomputacin de Castilla y Len.


- Infraestructuras de la FCSCL.
- Configuracin de Calndula.
Protocolos de acceso de actuacin.
- Proceso administrativo de alta de usuarios y grupos.
- Acceso remoto a Calndula.
- Entorno de usuario:
Utilizacin del gestor de colas y envo de trabajos.
Software de aplicacin instalado.
MPI.
Compilacin de aplicaciones.

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Supercomputacin
PARTE II- Introduccin al entorno Linux- Alberto Labarga
Ncleo de Linux.
Componentes de una distribucin.
Inicio de sesin en una mquina a travs de la red.
Comandos bsicos.
Estructura del sistema de ficheros Linux.
Usuarios.
Gestin de ficheros y directorios.
Manipulacin de ficheros de texto.
Procesos.
Scripts en bash.
Comunicaciones.

PARTE III - Supercomputacin (hpc)- Jos Manuel Martnez Garca


Arquitectura de los computadores.
Tecnologas de la Supercomputacin- Algoritmia y tcnicas de programacin.
Paralelizacin de tareas- Tipos de paralelismos.
Fundacin Centro de Supercomputacin de Castilla y Len.

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Supercomputacin

PARTE IV- Introduccin a la computacin en nube- Jos Manuel Martnez Garca


Definiciones.
Beneficios.
Infraestructura como servicios (Iaas).
Virtualizacin.
Plataforma cmo Servicio (Paas)- Aplicaciones.
Software cmo Servicio (SaaS)- Aplicaciones.
Prcticas.

PARTE V- Introduccin a la Bioinformtica- Allan Orozco


Niveles biolgicos de organizacin.
Reconstruyendo la complejidad.
Qu es la bioinformtica?.
Subdisciplinas de la bioinformtica.
Conversin de la informacin gentica.
Por qu usar la Bioinformatica?.

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Supercomputacin

PARTE VI- Anlisis de sitios de unin de factores de transcripcin y cartografa del

posicionamiento de nucleosomas utilizando tiling microarrays y secuenciacin masiva- Luis


Antonio Miguel Quintales
Anlisis de sitios de unin de factores de transcripcin
- Datos experimentales de partida: inmunoprecipitacin de cromatina
- Tcnicas y anlisis de los resultados experimentales:
- Sesin prctica
Cartografa del posicionamiento de nucleosomas
- Datos experimentales de partida: obtencin de mononucleosomas
- Tcnicas y anlisis de los resultados experimentales:
-Sesin prctica

PARTE VII - Alineamiento genmico- David Abia


Por qu usar alineamiento?.
Aplicaciones del alineamiento de secuencias.
Alineamiento mltiple.
Prcticas en alineamiento, software de inters.

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Supercomputacin
PARTE VIII - Alineaciones en genmica comparada- Javier Herrero
Estrategias de alineacin genmica.
Evaluacin de la alineacin.
Secuencias de conservacin.
Prcticas de alineamientos de genmica comparada.

PARTE IX - Tcnicas de secuenciacin masiva- David Abia


Las bases de la estructura.
Mtodos de secuenciacin de DNA.
Opciones de secuenciacin.
Mtodo de secuenciacin.
Mtodos complementarios.
Segunda generacin.

PARTE X - Secuenciacin masiva- gestin de datos- Instituto Nacional de Bioinformtica (INB)


Diferencias fundamentales.
Anlisis Primario- Conversin de datos de imgenes a secuencias para su
alineamiento/ensamblaje.
Anlisis Secundario.
Anlisis Terciario- Pipelines computacionales y Soluciones a Medida.

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PARTE XI - Aplicaciones de la secuenciacin masiva- Instituto Nacional de Bioinformtica (INB)


Secuenciacin.
Ensamblado.
Anotacin.
Genmica comparada.
Genmica ecofisiolgica.
Genmica funcional.
Genmica estructural.
Metagenmica.
Prctica en secuenciacin masiva.

PARTE XII - Genotipado masivo- Instituto Nacional de Bioinformtica (INB)


Mutaciones puntuales- Tipos.
Bioinformatica para el anlisis de variantes.
Mutaciones y enfermedad.
Prctica en genotipado masivo.

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Organiza:

Colaboran:

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www.fcsc.es

Supercomputacin

Edifcio CRAITIC Campus de Vegazana s/n


24071 Len (Espaa)
Telfono.: (+34) 987 29 3160
correoe: formacion@fcsc.es

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