Nouveaux biomarqueurs multi-chelles et multimodaux pour

le diagnostic prcoce de la maladie dAlzheimer

Doctorat en imagerie mdicale
Septembre 2015 Septembre 2018
Domaine:

Traitement des images mdicales

Laboratoire:

LaBRI, UMR 5800, Universit Bordeaux I - Talence France

Superviseurs:
Pierrick Coup / LaBRI UMR 5800 / PICTURA Group / (pierrick.coupe@labri.fr)

Gwnaelle Catheline / INCIA UMR 5287 / (gwenaelle.catheline@u-bordeaux.fr)

Partenaires:

Universit McGill de Montral (Canada, Pr. D.L. Collins),

Universit Polytechnique de Valence (Espagne, Pr. J. Manjon)
Universit de Sherbrooke (Canada, Dr. M. Descoteaux)
RMSB UMR 5536 (France, Dr. B. Hiba)

Projet :
Malgr de nombreux travaux, la physiopathologie de la maladie dAlzheimer (MA) reste
encore mal connue et aucun traitement nest ce jour satisfaisant. Etant donn lvolution
trs lente de la maladie avant le diagnostic, un des dfis majeurs relever est lidentification
de biomarqueurs des phases trs prcoces de la maladie. On peut en effet faire lhypothse,
quils permettraient 1- didentifier les patients risquant de dvelopper la maladie alors que les
lsions crbrales sont encore rversibles et 2- de proposer de nouvelles stratgies de
prvention ou thrapeutiques afin de limiter leffet des lsions. Ce projet propose des
contributions majeures ce dfi via le dveloppement de nouveaux biomarqueurs permettant
une analyse plus fine de lanatomie crbrale base sur une stratgie multi-chelle et
multimodale. Ces biomarqueurs permettront une analyse morphomtrique avance des souschamps de lhippocampe et une dtection prcise des altrations de sa microstructure. La
fusion de ces biomarqueurs servira tablir des modles prdictifs de lvolution de la
maladie pour les patients. Une validation sera effectue sur de larges cohortes avec un suivi
longitudinal comme la base de donnes ADNI2 (N=191) et deux bases du CHU de bordeaux
3C (N=413) et AMIMage (N=310). Cette validation sera effectue de concert avec des
cliniciens.

Sujet :
Au sein de ce projet de recherche sur le dveloppement de nouveaux biomarqueurs multichelles et multimodaux, nous proposons un sujet de thse portant sur limpact de latrophie
des sous-champs de lhippocampe sur le connectivit du cerveau chez les patients atteints
de la MA.
Dans un premier temps, le candidat proposera de nouvelles mthodes danalyse permettant
de combiner les mesures datrophie issues de lIRM et les donnes sur la microstructure des
tissus extraites de lIRMd. La fusion de donnes multi-chelle et multimodales ncessitera le
dveloppement de mthodes spcifiques en traitement de limage et de fusion dinformation.
Pour ce faire, le candidat pourra profiter de lexpertise du LaBRI dans le domaine ainsi que
celle de nos collaborateurs des universits de McGill et de Valence.

Dans un second temps, le candidat dveloppera une nouvelle approche permettant dextraite
la connectivit crbrale des sous-champs de lhippocampe au sein du cerveau. Alors que de
plus en plus de recherches portent sur la connectivit globale du cerveau (Figure. 3),
lanalyse de celle-ci trs haute rsolution au niveau des sous-champs de lhippocampe est
encore peu tudie. Cette tape demandera un travail innovant sur les mthodes de suivi de
fibres. A ce niveau, le candidat bnficiera de lexprience acquise lINCIA et au LaBRI
dans le domaine ainsi que celle de nos collaborateurs de luniversit de Sherbrooke leader
dans le domaine.
Enfin, le candidat tudiera limpacte de la MA sur la connectivit des sous-champs de
lhippocampe. Celui-ci validera lapproche propose sur plusieurs cohortes afin danalyser les
altrations de la connectivit hippocampale diffrents stades de la pathologies. Pour ce
travail de validation, le candidat profitera des cohortes disponibles lINCIA, ainsi que
lexpertise clinique sur la MA prsente au sein de cette UMR.

IRMd%

Suivi%de%bres%

Connectogramme%

A gauche. IRM de diffusion haute rsolution obtenue laide de nos mthodes de post-traitement
dveloppes en collaboration avec luniversit McGill et luniversit polytechnique de Valencia. Au
centre: suivi de fibres obtenu par les mthodes avance de nos collaborateur de luniversit de
Sherbrooke. A droite, un connectogramme permettant une reprsentation compacte de la connectivit
crbrale.

Profil du candidat:
Le candidat devra avoir un Master 2 en Informatique / Traitement du signal / Mathmatique
Appliqu (ou un diplme dingnieur dune grande cole avec lquivalence Master 2). Le
candidat recrut devra avoir des comptences en mathmatiques appliques, traitement de
limage, informatique et imagerie mdicale. Une bonne exprience de MATLAB et C/C++ est
indispensable. Une bonne maitrise de langlais est galement un point important.
Pour postuler, envoyez un dossier contenant CV, liste de publications, lettre de motivation,
relevs de notes et classements, ainsi que toutes pices susceptibles de renforcer la
candidature. Lexcellence des notes et du classement sera un critre prpondrant lors de
lvaluation des dossiers.