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BACTERIOLOGIE GENERALE (1)

3E CANDIDATURE

J. MAINIL

2004/2005

1. Prsentation des bactries


1.1. La place des bactries dans le monde vivant
Lespremiresdescriptionsattestesdorganismesvivantsinvisibleslilnu(microorganismes)onttfaites
parundrapierhollandais,AntonivanLeeuwenhoekaucoursdesannes1670et1680.Detrsnombreuxmicro
organismesfurentdcritsdurantle18mesicleetdestentativesdeclassificationfurentproposes.Maiscenest
que durant le 19me sicle quelles aboutirent vritablement, aprs de nombreux essais. Tous les micro
organismesunicellulairesfurentofficiellementregroupssouslenomdeprotistes,quisignifielestout
premiers(protistos)engrec(E.Haeckel,1866).Cependant,dsle18 mesicle,iltaitapparuquedeuxgrands
groupespouvaienttredcrits:lesmicroorganismespourvusdunnoyau,toutcommenosproprescellules(ou
protisteseucaryotes),etlesmicroorganismessansnoyau(ouprotistesprocaryotes: pro =avant; karyon =
noyau,engrec).Lespremiersfurentdnommsprotozaires,quisignifiepremierouprimitif(prots)et
animal(zon)engrec(O.F.Mller,1786;reconnuofficiellementen1920).Lesprotistesprocaryotesfurent,
deleurct,dnommsbacteriumen1872parF.Cohn.Bacteriumestundrivlatinisdunterme
franaisbactridie(C.J.Davaine,1850),signifieluimmebtonoubtonnet(baktrion)engrec.Enfin,
lemotmicrobe(mikros:petit;bios:vie;engrec)futproposen1878parC.E.Sdillot,pourdsignertous
lesmicroorganismesinvisibleslilnu.Microbeetprotistesontenquelquesortedesquivalents,
mmesiaujourdhuilasciencedelamicrobiologieinclutlesbactriesetvirus,lexclusiondesprotozoaires.
Aujourdhui,lesprotistescomprennentnonseulementdestresunicellulairessimplesetsyncitiaux,maisaussi
des tres pluricellulaires cellules indiffrencies. Beaucoup plus rcemment (dans les annes 1970), un
troisimetypedecellulesfutdcritctdescelluleseucaryotesetdesprocaryotesclassiques(oueubactries):
lesarchaebactries(archae:ancien)(C.Woese,1970).Lescellulesdesarchaebactries,bienquedpourvuesde
vritablenoyauetformantdoncdescellulesprocaryotes,nesontnidescelluleseucaryotes,nideseubactries.
Parrapportauxcelluleseucaryotes,lescellulesprocaryotesnontpasdemembranenuclaire,pasdenoyau
diffrenci,pasdappareildeGolgi,pasdeprotineshistones,pasdemitochondries,nidechloroplastes.Ces
deux dernires organelles drivent dailleurs de bactries ancestrales qui ont dvelopps une relation
symbiotiquesaveclescelluleseucaryotes.Lescellulesprocaryotespossdentunchromosomesousformedune
molculecirculairedacidedsoxyribonucliqueetdesribosomesavecunevaleurdesdimentation70S(ceux
descelluleseucaryotesontunevaleurdesdimentation80S).Deplus,les(eu)bactriespossdentunestructure
externelamembraneplasmique,quisappellelaparoi(mispartlesmycoplasmesetleschlamydies),qui
forme dune molcule particulire appele le peptidoglycan, que lon ne retourve pas dans la paroi de
archaebactries.Dautresdiffrencesentrecelluleeucaryotes,(eu)bactriesetarchaebactriessontreprisesdans
letableau1.
Les archaebactries forment un groupe de bactries primitives, telles quelles devaient exister au temps de
latmosphre primitive de la terre. Elles ne comprennent aucune espce dintrt mdical, mais sont dun trs

grand intrt biologique en gnral, car elles vivent dans des conditions extrmes (bactries extrmophiles) :
sources deau bouillante, abysses des ocans, mer Morte, lacs acides, ...

TABLEAU 1 : Caractres diffrentiels gnraux des cellules eucaryotes, des bactries et des archaebactries.
Caractristiques

Eucaryotes

Archae(bactries)

(Eu)bactries

Paroi bactrienne

Absente

Absente ou prsente

Prsente avec

Lipides membranaires

Chanes droites unies

sans peptidoglycan
peptidoglycan
Chanes ramifies unies Chanes droites unies au

au glycrol par des

au glycrol par des

glycrol par des liaisons

Gnome

liaisons ester
2n chromosomes

liaisons ther
Un chromosome

ester
Un chromosome

Introns dans les gnes

linaires dans le noyau


Oui

circulaire libre
?

circulaire libre
Non

Protines histones

Oui

Non

Non

Gnes ARNr

18S, 5.8S, 28S

16S, 23S, 5S

16S, 23S, 5S

Taille ribosomes

80S

70S

70S

Sensibilit ribosomale (td, toxine diphtrique (td),

toxine diphtrique (td) Chloramphnicol (cmp)

cyclo, cmp)
cycloheximide (cyclo)
Boucle dARNr se liant aux Non

Non

Oui

protines ribosomales
Squence commune aux

Oui (Gua-Thy-

Non

Oui (Gua-Thy-

ARNt
Codon dinitiation

Psduridine-Cyt-Gua)
Mthionine

Mthionine

Psduridine-Cyt-Gua)
Formylmthionine

Reproduction

Mitose

Scissiparit

Scissiparit

1.2. Formes et aspects au microscope


Lemondedes(eu)bactries estricheenformesdiffrentes, visiblesaumicroscopeoptique.Nonseulement
chaquecellulebactrienneprsenteuneformeparticulire(coque,btonnet,vibrion,filament,),maisaussiles
cellulesfillesdrivesdunecellulemrepeuventellessassemblerdemaniresparticulires(amas,chanettes,
).Certainesespcesnontcependantpasdeformefixeaucoursdeleurcyclevitaletsontditespliomorphes
(actinomyctes,mycoplasmes,...).Enfait,lesformesetassemblagestypiquesdechaquegenreoufamillede
bactries sont surtout observs chez lanimal. Lors de culture en milieu liquide, ils pourront parfois tre
observs,maistrsrarementaprsculturesurmilieusolide.Cesdiffrentsformesetassemblagesvarientselon
lespceetlasouchebactriennes,biensr,maisaussiselonlemilieu,lgeetlesconditionsdeculturepourla
mmeespcebactrienne.
Parexemple,lensembledesgenresetespcesformantlafamilleEnterobacteriaceaeseprsententsousforme
decourtsbtonnets(coccobacilles)telpointquilestextrmementdifficiledelesdiffrencierlesunsdes
autresaumicroscopeaprscolorationdeGram.Cependant,desvariationssontobservesselonlespceet,
lintrieurdunemmeespce,selonlasouche(longueurdesbtonnets).Deplus,selonquelonexamineune
cultureenbouillon,surgloseausangousurgloseslective,lalongueurdesbtonnetsvarieaussi.Enfin,une
culturejeuneestsurtoutcomposedecourtsbtonnetstandisqueleurtailleestplusgrandedansuneculture
ge.Certainsbactriologistesonttentdedfinirdescritresdetaxonomiepartirdesformesetdimensions
desbactries.Cescritressontvalablesdansdesconditionsbienstandardisesetreproductibles,maissansplus.

1.2.1.Coques
Lescoquessontdesbactriesdetypesphrique(coccus=grain,baie).Ilsagitdunnomgnriquequina
aucunevaleurdenomenclature,maisaidelenseignementetlaclassificationengnral.Touteslesbactries
cocciformes nont pas une forme sphrique parfaite: certaines sont allonges, dautres prsentent une face
aplatie,etc.Lescoquessemultiplientselonun,deuxoutroisplansdedivision.Lesformesquienrsultentsont
respectivementdeschanettes,desttradesoudesamas.Lataillemoyennedescoquesestde0,81mavecdes
extrmesde0,52m.
1.2.1.1.Diplocoques(Diplo=deux)
Lesdiplocoquessontformsdedeuxcoquesassembls:Streptococcuspneumoniae,Neisseriaspp.
1.2.1.2.Streptocoques(Streptus=pliable,flexible)
Les streptocoques sont forms de chanettes de coques. Ces chanettes sont plus ou moins longues:
Streptococcusspp.,Enterococcusspp.

1.2.1.3.Ttrades
Lesttradessontdesamasdequatrebactriesformssuitelexistencededeuxplansdedivisioncellulaire.
1.2.1.4.Sarcines(Sarcina=unpaquet)
Lessarcinessontdesamasrguliersentroisdimensionsdehuitcellulesbactriennessuitelexistencedetrois
plansdedivisioncellulairesesuccdantdemanireordonne:Sarcinaspp.
1.2.1.5.Staphylocoques(Staphylo=grappederaisin)
Lesstaphylocoquessontdesamasirrguliersdebactriesformssuitelexistencedetroisplansdedivision
cellulairesesuccdantdemanireanarchique:Staphylococcusspp.,Micrococcusspp.
1.2.2.Bacillesoubtonnets
Lesbacillessontdesbactriesallongesdontunaxeestdetoutevidenceplusgrandquelautre.Ilnyapas
toujoursunelimitebiennetteetfrancheentrelesbtonnetsetlescoques:certainscoquessontallongs;certains
btonnetssonttrscourtsetextrmitsarrondies(coccobacilles).Lalongueurdubtonnetpeutvarierdans
certaineslimitesselonlesconditionsetlgedelaculturepourunesouchedonne,commeiladjtdit.
Lesbtonnetsneprsententquunseulplandedivisioncellulaire:mdian.Dansunecultureenmultiplication,
lesbtonnetssontisols,enpaires(diplobacilles),enchanettesplusoumoinslongues(streptobacilles),enamas
plusoumoinsirrguliers(enlettreschinoises)selonlesespces,lessouchesetlesconditionsdeculture.
1.2.2.1.Coccobacilles
Ilsagitdelaformetypiquedungrandnombredebactriespathognestelleslespasteurellesetapparentes
(famillePasteurellaceae)etlesentrobactries(familleEnterobacteriaceae).Cesbactriesnesontpasbeaucoup
pluslonguesquelargesetlesextrmitssontarrondies.
1.2.2.2.Bacillescorynformes(coryne=unemassue)
Ilsagitdecourtsbtonnetsdeformeirrgulireprsentantuneextrmitpaissiesousformedemassueoude
baguettedetambour.Engnral,cetteextrmitapparatcoloreplusintensment.Ilsagitdelaformetypique
dubacilledeladiphtrie(Corynebacteriumdiphteriae).Paranalogie,lesbactriesaveccettemorphologieont
tappelesbtonnetscorynformesoudiphtrodes,bienquetoutesnesoientparrattacheslespce C.
diphteriaetaxonomiquement.

1.2.2.3.
Vraisbacilles
Lesvraisbacillesontdestaillesvariables.Leurformeestrgulire,leurlongueurestbienplusgrandeque
leurlargeur.Untrsgrandnombredebactriespeuventtrereprisesdanscegroupe:Clostridiumspp.,Bacillus
spp.,Listeriaspp.,Bacteroidesspp.,Pseudomonasspp.Leurtaillevariede0,5msur0,2m(Erysipelothrix
spp.)15msur1m(Clostridiumsepticum).Lesextrmitssont,engnral,moinsarrondiesquechezles
coccobacilles.
1.2.2.4.Bacillesfilamenteux
Lesbacillesfilamenteuxsontdetrslongsbtonnets.Certainesespcesdebacillespeuventtrequalifiesde
btonnetsfilamenteuxdanscertainesconditionsdecroissance(Clostridiumsepticum).Cecaractrefilamenteux
peutdailleurstrerapidementperduenculture.
1.2.2.5.Bacillesfusiformes(fusus=unfuseau)
Lesbacillesfusiformessontdesbtonnetsplusoumoinslongsquiontdesextrmitseffiles(Fusiformisspp.)
Ensubculture,cesformestypiquesdisparaissentetdesformesbacillairesclassiquesapparaissent.

1.2.2.6.Bacillesramifis
Certainesbactriespeuventformerdesramificationsunmomentaumoinsdeleurcycle.Cetteformelesfait
ressembler des mycliums, do leur nom dactinomyctes (aktinos = rayon; mykes = champignon) qui
comprennent les genres Mycobacterium spp., Actinomyces spp., Nocardia spp., Rhodococcus spp. et
Dermatophilusspp.DautresgenrescommeBifidobacteriumspp.montrentaussidesformesramifiestypiques,
maispluscourtes.Selonlesespces,lesconditionsetlgedelaculture,lesformesramifiessontplusoumoins
abondantesparrapportauxbtonnetssimples.
1.2.3.Courbes
Cesbactriessont,enfait,desbtonnetsquinesontpasdroits,maiscourbsetquiformentdestoursdespires.
Deuxgroupessontdistingusselonleurlongueur.
1.2.3.1.Vibrions(vibrio=quibougerapidement)

Les vibrionssont des btonnets recourbs en virgule ou en vis. Cesbtonnets sont courts (< 5 m) et ne
prsententquundeuxtoursdespire.Dansuneculture,desformesdroitespeuventaussitreobserves.Les
genresdevibrionsdintrtmdicalsont:Vibriospp.,Campylobacterspp.,Helicobacterspp.
1.2.3.2.Spirilles(spirillum=petitespirale)
Lesspirillessontdesbtonnetsrecourbsenlonguesspirales(jusqu20metplus,carcertainsspirochtes
atteignent0,5mmdelongueur!)prsentantdenombreuxtoursdespire.Ilssontfinstelslesspirochtes(spira=
untour; chaeta =uncheveu)aveclesgenres Treponema spp., Brachyspira spp.et Serpulina spp.spires
troitesetrgulires,Borreliaspp.spireslargesetrguliresetLeptospiraspp.spirestroitesetirrgulires,
outrspaistellegenreAnaerobiospirillumspp.

2. Structure des bactries


Lamorphologiedtailledesprocaryotesnefutrvlequegrceaumicroscopelectroniquecar,vuleurpetite
taille(ordredegrandeurdum),lepouvoirdersolutiondumicroscopeoptiqueservlabientropfaible.Les
cellulesbactriennessontenfaitconstitues,commelescelluleseucaryotes,duncontenu,lecytoplasmeetles
organelles,etduncontenant,lamembranecytoplasmiqueetlaparoibactrienne.Cettedernireest,cependant,
unconstituantuniquedesbactries.Desstructuresextrieuresauxmembranesexistentaussitelslacapsule,les
cils,lesflagelles,lesfimbriae.
Enfin,desformesparticuliresserontprsentes,dontlasporebactriennequiestuneformedersistance
particulireauxgenresClostridiumetBacillus,parmilesbactriesdintrtmdical.
2.1.Lematrielgntique
Lematriel gntiquedunecellulebactrienne serpartit entrelechromosomebactrien ounuclode,les
lments extrachromosomiques indpendants (plasmides) et les lments ports par le chromosome ou un
plasmide, mais jouissant dune certaine autonomie (phages, transposons, squences dinsertion, transposons
conjugatifs,lotsdepathognicitetdersistance).
2.1.1.Lenuclode
2.1.1.1.Prsentationgnrale
Le matriel gntique de la bactrie est constitu dune molcule dacide dsoxyribonuclique (ADN) de
compositionclassique,circulaire,bicatnaireetrepliesurellemmedemultiplesfois,afindetenirdansla
cellulebactriennedontlagrandeurestdelordredumicron,alorsquellemmefaitunmmdelongueursion
ltale(classiquementde20003000Mdaltons,soit30005000kilopairesdebases<kpb>).Cettepelote
dADN,appele chromosome bactrien,est compose dune zonecentrale fortement condense oles
gnes sont inactifs et de zones priphriques formes de boucles dADN o se dploient les gnes actifs
recouvertsdepolysomes.CettemolculedADNnefaitpaspartiedunestructurediffrenciecommechezles
eucaryotes. Le terme de noyau est donc impropre et il vaut mieux utiliser celui de nuclode. LADN
chromosomiquenestpasassocidesprotineshistones,mmesicertainesprotinespouvantjouerunrle
similaire,ressemblantfortementencelaauxnucloplasmesdesmitochondriesetdeschloroplastes.
Cettemolcule,cechromosome,estporteusedetoutelinformationgntiquencessaireaumtabolisme
bactrien(dgradations,synthses)etlareproductiondelacellulebactrienne(rplicationdelADN,synthse
denouvellesmembranesetparois,divisionproprementdite).ToutelasquencedADNduchromosomenest
cependantpascodante.Eneffet,lesgnessontsparspardesrgionsintergniquesquinepossdentaucune

fonctionparticulirereconnuecejour.Avantladivisioncellulaire,deuxcopiesduchromosomesontprsentes
danslabactrie(=rplicationsemiconservativeparlemcanismedesfourches).Cesdeuxcopiesvontensuite
sgrger vers les deux futures cellules filles (= partition). La rplication et la partition sont sous contrle
gntiquestrictetsontintimementcouplesladivisionbactrienne,ellemmesouscontrlegntique(voir
chapitre4).CertainsantibiotiquesagissentsurlarplicationdelADN(novobiocine,quinolones)(voirchapitre
8).
Linformationprsentesurlechromosomebactrienpermetderechercherlesprofilsmtaboliquesdesbactries
afindendfinirlappartenanceluneoulautreespceetafindediffrencierlessouchesdunemmeespce
dansuneoptiquepidmiologique(=biotype)(voirlaboratoire).
Chezlesbactriespathognes,lechromosomepeutaussitreporteurdelinformationgntiquencessairela
synthsedefacteursdevirulence(adhsines,toxines,)(voirchapitre7).Chezdautresbactries,ilestaussi
porteurdinformationgntiquepourlesrsistancesdesmtauxlourdsoudesantibiotiques(rsistances
doriginechromosomiqueparrapportcellesdorigineplasmidique)(voirchapitres8et9).Cesinformations
sontclassiquementprsentes surdesfragmentsdADNnouvellement acquis.Cestainsiquelonconsidre
quunesouchepathognedEscherichiacolipossde20%dinformationgntiquesupplmentaireparrapport
unesouchecommensalenonpathogne.
Alorsque,pendantdesdcennies,ledogmeduchromosomebactrienargn,ilapparatquecertainesbactries
possdentdeuxchromosomes(certainessouchesde Brucellamelitensis, Vibriocholerae parexemple).Cette
situation peut cependant tre une consquence accidentelle de remaniements gntiques, telles que
recombinaisonslgitimes(RecAdpendantes)ouillgitimes(RecAindpendantes).Larecombinaisonlgitime
estbasesurleshomologiesdesquencesetdpenddugnerecA,tandisquelarecombinaisonillgitimeestpeu
comprise.
Unautredogmequiaaussidisparurcemmentestceluiduchromosomebactriencirculaire.Certainesbactries
(commeBorreliaburgdorferi)possdenteneffetunchromosomelinaire,dontlesextrmitscomprennentdes
squencesinversesrptes,linstardecertainsvirus.Lemcanismederplicationestinconnu,maisdiffrede
celuideschromosomesdescelluleseucaryotes.
2.1.1.2.Structuredugnebactrien
UngnebactrienestcomposdunesquencedADNditecodante(=gnedestructure)dbutantparuncodon
startATGouGTG(ilenexistedautresplusrares)quicodepourlaformylmthionineetseterminantpar
uncodonstopTAA,TAGouTGA.Jusquilyaquelquesannes,lesintronsnavaientpastdcritsdans
lesgnes bactriens. Cest maintenant chose faite, mme si de tels gnes restent peu frquents. Suite la
dgnrescenceducodegntiqueetlvolution,lesdiffrentesespcesbactriennespossdentdestaux
dusage des codons qui leur sont propres et, en consquence, une composition en bases puriques et

pyrimidiquesparticulire(G+C%).Cesdiffrencesontaussileurimportancedanslexpressiondegnesclons
dansunesoucheduneautreespcebactrienne.Danslegroupedesmycoplasmesparexemple,lecodonTGA
nestpasuncodonstop,maiscodepourletryptophane.Laconnaissancedessquencesdesgnesbactriens
permetdonc:
a)

dapporterunlmentdanalysesupplmentairelidentificationdunesouchebactrienne;

b) dereconnatreloriginetrangredecertainsgnes(commeceuxquicodentpourdesfonctionsdevirulence
oudersistance)dansuneespcebactrienneparticulire.
LegnedestructureproprementditestprcddunergiondeliaisondelARNpolymraseDNAdpendante,
appelepromoteur,dontlapositionenamontdugnedestructureetlacompositiondebaseestcommune
lamajoritdesgnesbactriens.Cepromoteurestluimmeprcd,oupartiellementintgr,dansunezonequi
joueunrledanslargulationdelexpressiondugne,loprateur.Enavaldugnedestructure,setrouve
un site de terminaison de la transcription, cest dire une squence dADN qui reprsente le site de
dtachement de lARN polymrase DNAdpendante. Plusieurs gnes de structure peuvent tre sous la
dpendancedunseulpromoteuretdunseulsitedeterminaison:ilsformentunopronetsonttranscritsenun
seulARNmessager.
2.1.1.3.Expressiondugnebactrien
Lexpressiondugnebactrienestsoumiseauxinfluencespositivesetngativesdenombreuxfacteursexternes
(composition du milieu de croissance, temprature, atmosphre, prsence de toxiques) qui agissent,
directementouindirectement(viaunecascadedegnesintermdiaires)surloprateur.Selonquecetteaction
surloprateursoitcelledunrpresseuroudunactivateur,laliaisondelARNpolymraseDNAdpendanteau
promoteur est contrarie ou favorise. Lactivit du rpresseur ou de lactivateur est ellemme sous la
dpendancedesaliaison,oudelabsencedecelleci,uneautremolculecommeunsubstrat(rappelezvousde
largulationdelopronlactose)ouleproduitcodparundesgnesintermdiairedelacascadedergulation.
Lorsquelexpressiondungneintermdiairedansunecascadeinfluenceellemmelexpressiondenombreux
autresgnes,touslesgnesdecettecascadesontregroupssousletermedergulon.Detelsrgulonssont
dcritsdanslesfonctionsdevirulenceparexemple,dontlexpressionnestbnfiquepourlabactriequ
lintrieurdecertainscompartimentsdelhte(voirchapitre7).Ilest,parexemple,inutile,etventuellement
nfaste,dexprimerdesfonctionsdecolonisationdelintestinlorsquelabactriesetrouvehauteurducerveau.
LatraductiondelARNmessagercommence,hauteurducodonstartparlaformylmthionine.Cependant,
lorsquecemmecodonseretrouvelintrieurdelasquencecodante,ilcodepourunacideaminclassique.
Lecodonstartdoitdonctreprcddunesquenceparticuliredereconnaissance.Eneffet,enamontde
cette squence codante, dans la partie leader non codante de lARN messager, se trouve une squence
appele ShineDalgarno, complmentaire dune partie de la squence de lARN ribosomial 16S. Cette

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squenceShineDalgarnopermetdonclaliaisonARNmessager/ribosome.DiffrentessquencesShine
Dalgarno ont t dcrites, mais certains ARN messagers en paraissent dpourvus (dans ltat actuel des
connaissances). Labsence de membrane nuclaire permet la traduction de dbuter avant mme que la
transcriptionnesoittermine(couplagetranscription/traduction).
Dansunopron,lestraductionsdesdiffrentessquencescodantesprsentessurunseulARNmessagerpeuvent
treindpendantesoucouples.Danslecasdetraductioncouple,lafindelatraductiondungnesituen
amontpeutinitierledbutdecelledugnesituenavalet,ainsidesuite,enchane.Cecouplageentrane,bien
entendu, labsence de traduction du (ou des) gne(s) situ(s) en aval, lors de la prsence dune mutation
entranantlasuppressiondelatraductiondugneenamont(effetpolairedunemutation).Quelestraductions
desgnesdunopronsoitounoncouples,ellespeuventsoprerdessquencesdiffrentes:ungneApeut
tretraduit xfoisplusouxfoismoins,frquemment quelegneB dummeopron,selonlaffinitdes
squencesShineDalgarnodechacundesgnes(voirlestoxinesdeuxsousunits;chapitre7).
LatraductiondelARNmessagerseterminedsqueleribosomerencontreuncodonstop,mmesilne
sagitpasduderniercodondelARNmessager.Laterminaisondelatraductiondemandelinterventionde
nombreuxfacteursbactriens,regroupssouslenomdefacteursderelchement.
2.1.1.4.Chromosomeettypagedesbactries
Leschromosomesbactriensdiffrententaille,selonlesgenres,lesespceset,mme,lessouches:celuide
Escherichia coli avoisine 4700 kpb et celui de Clostridium perfringens, 3500 kpb. Un des plus petits
chromosomesdunecelluledouedevieindpendanteestceluideMycoplasmapneumoniae:600kpb.
Leschromosomesbactriensdiffrentaussiensquencespermettantledveloppementdetestsdidentification
etdetypagemolculaire(voiraussichapitre5).Lesdterminationsdetauxprfrentieldusagedescodonsetdu
G+C%(voircidessus),parexemple,sontutilisescommetechniquescomplmentairesdidentification.Mais,
lesprincipalestechniquesactuellesdetypagemolculairereposentsurdesprofils,ouempreintes,derestriction,
damplification,oucombinantlesdeux.
Lesprofilsderestrictionsontobtenusparlemploidenzymesditederestriction,quicoupentlADNhauteur
desquences,plusoumoinslongues,trsspcifiques.Commecessquencessontrpartiesdemanirealatoire
nonuniformesurlechromosomebactrien,lesfragmentsdADNgnrsaurontdestaillesdiffrentes.Ilne
reste qu les sparer par lectrophorse engel dagarose pourpouvoir comparer les profils de restriction.
Lorsquelesfragmentsderestrictionsontdetaillenormale,latechniquedlectrophorseestclassiqueetle
profilobtenuestappelRFLPouRestrictionFragmentLengthPolymorphism;lorsquelesfragmentsde
restrictionsontdetrsgrandetaillesuitelutilisationdenzymesquicoupentrarementlADNchromosomique,
latechniquedlectrophorseestcelleduchamppulsetleprofilobtenuestappelPFGEouPulseField
GelElectrophoresis.

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Les profils damplification sont obtenus par lapplication de la technique de PCR ou Polymerase Chain
Reaction. Diverses variantes existent: PCR cible base sur lutilisation de primers correspondant des
squencesconnuesdegnesconnus,RAPDouRandomAmplifiedPolymorphicDNAbasesurlutilisation
de primers choisis au hasard, ERICPCR ou repPCR base sur lamplification de fragments partir de
squencesrpteshauteurdugnomebactrien,Iciaussi,lesfragmentsdADNobtenussontdetailles
diffrentes,serontsparsparlectrophorseengeletlesprofilscomparsparlasuite.
Cetteapprochepeuttrecouplelapremire,silonsoumetenpluslesfragmentsamplifisdADNlaction
denzymesderestriction:PCRRFLP.Deplus,nimportequelprofilengelpeuttrehybridavecunesonde
gntiqueparticulirecorrespondantungne(codantpourlesARNribosomiaux=ribotypage;codantpourun
gnedevirulenceoursistanceauxantibiotiques;etc)ouunesquencerptequelonveuttudier.
Cestechniquespermettentdecomparerle(s)profil(s)dunesouchebactriennenonidentifieavecceuxdes
souchesderfrencedediversesespcesconnuespourapporterunlmentdidentification,oudedeuxsouches
delammeespcebactrienneisolesdedeuxsourcesdiffrentesafindtablirunventuelliendetransmission
(=lienpidmiologique).Ellessontainsiappliquesdansdenombreusesinfectionszoonotiques(commecelles
parEscherichiacoliO157:H7ouSalmonellaenterica)etdansdesproblmespurementvtrinaires(commeles
infectionsparBrucellaabortusouMycobacteriumbovischezlesbovins).
2.1.2.Lesplasmides
LesplasmidesconstituentdesmolculescirculairesdADNbicatnaire,quoiquedesplasmidesnoncirculaires
aienttdcrits,indpendantesduchromosomepourlargulationdeleurrplication,mmesiellesutilisentla
machinerieenzymatiquecodeparlechromosome.Lesplasmidessontprsentsenunnombredterminde
copiesparcopieduchromosome(n).Troisgroupessontdcrits:
a)

lesplasmidesbasnombredecopies:ilsagitdegrandsplasmides(>20Mdaltons),prsentsenunoudeux
exemplairesparcopiedechromosome;

b) lesplasmideshautnombredecopies:ilsagitdepetitsplasmides(<10Mdaltons),prsentsplusde10
exemplairesparcopiedechromosome;
c)

lesplasmidesnombreintermdiairedecopiesettailleintermdiaire.

Avantladivisioncellulaire,lenombredeplasmidesauradoubldetellesortequechaquecellulefillerecevraun
nombre,sinonidentique,dumoinstrsprochedecopies.Lemcanismederplicationsemiconservativeestsoit
celuidesfourches,soitceluidurollingcircle.Cetterplicationetcetterpartitionousgrgationdansles
cellulesfillessontsousladpendancedediffrentsmcanismesmolculairesextrmementcomplexesetstricts,
surtoutpourlesplasmidesbasnombredecopies.

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Une autre proprit de certains plasmides est la conjugaison, cestdire la possibilit de se propager
horizontalement dune cellule lautre dans une culture. La cellule donneuse conserve un exemplaire du
plasmide,lacellulereceveuseenacquireun.Lemcanismederplicationestceluidurollingcircle.De
cettemanire,lesgnesprsentssurceplasmidesepropagenttrsrapidementdanslespopulationsbactriennes.
Lemeilleurrendementdelaconjugaisonapparatlorsqueletransfertsefaitentredeuxsouchesdelamme
espce bactrienne, mais des transferts plasmidiques sont observs entre espces bactriennes parfois trs
loignes(entreGrampositivesetGramngativesparexemple).Mmesileplasmidetransfrestinstableet
perduparlasuite,cesgnespeuventstablirdemanirestabledanslesbactriesrceptricesparrecombinaison
lgitime due la prsence de squences dinsertion (voir chapitre 2.1.4) identiques sur le plasmide et le
chromosomeouparrecombinaisonsitespcifiquegrcelaprsenceduntransposonsurleplasmide(voir
chapitre2.1.4).
Uneautrepropritestcelledepouvoirsintgrerdanslechromosomebactrien(nouveauparrecombinaison
lgitimeousitespcifique)etdepouvoirsenexciser.Lorsdecetteexcision,leplasmideemporteparfoisun
boutdechromosome,quilpeutensuitepropagerdansdautresbactriesparconjugaison.
Lesplasmidescodent,engnral,pourdesfonctionsquinesontpasvitalespourlabactrieendehorsdetoute
pressionslective.Lesplasmidesquinecodentpouraucunefonctionconnuesontappelscryptiques.Ces
fonctionssont:
a)

rsistancedesantibiotiquesetdesmtauxlourds,

b) synthsedefacteursdevirulence,
c)

dgradationdemolculesorganiques,

d) fermentations,
e)

bactriocines,

Endehorsdecesfonctionsnaturelles,lesplasmidessontbienutilesaugnticienmolculaire,carilslui
permettent decloner,desquenceretdexprimerdesgnes,mmedoriginenonbactrienne. Deplus,des
souchesdunemmeespcepeuventpossderdescontenusplasmidiquesdiffrentsennombreetentaille,quil
estpossibledecomparer aprsextractionetsparationpar lectrophorseengel,ventuellement aprsune
restriction(=profilplasmidique).Cesplasmidesontdoncfourniunoutildetypagecomplmentaire.
2.1.3.Lesprophages
Actdesplasmides,unecellulebactriennepeutaussirenfermerdelADNphagique.Lesphagessontlesvirus
desbactries.Soitilstuentlabactrieaprslavoirinfecteetstrereproduits,soitilscohabitentsansproblme,
jusqucequunlmentextrieurvienneromprecettatdquilibre.Lesphagesdelasecondeclassesontdits
phagestemprs,etlesbactriesquileshbergentsontditeslysognes.LADNduphagesetrouvele
plussouventintgrdansunsiteparticulierduchromosomebactrien(=prophage)parrecombinaisonsite
spcifiqueleplusfrquemment(voirchapitre2.1.4).Ilsenexciselorsdunstress,uneirradiationauxUVpar

13

exemple. Lorsdecette excision, tout comme leplasmide,le phage peut emporter avec lui unmorceau de
chromosomeetletransmettredautrescellulesbactriennes(transduction).Dautresprophagesserontprsents
sousformeplasmidiqueetleurcomportementestentoutpointceluidunplasmide.
Lesphagespeuventtreporteursdegnescodantpourdestoxineset,danscecas,jouerunrledanslavirulence
bactrienne.Ilssontaussitrsutilesdansletypagedesouchesbactriennesappartenantlammeespcedes
finspidmiologiques(=lysotypie)(voirlaboratoire).
2.1.4.Lestransposonsetsquencesdinsertionougnessauteurs
Un troisime type de molcules gntiques dans les cellules bactriennes sont les transposons (Tn) et les
squences dinsertion (IS) qui sont insrs sur dautres molcules dADN. Certains phages ont des
comportementsquilesferontressemblerdestransposons(phageMU).Lestransposonssontporteursdegnes
codantpourdesrsistancesauxantibiotiques,pourdesfacteursdevirulence,pourdesfermentationsPar
contre,lessquencesdinsertionneportentpasdegnesdonnantunphnotypelabactrie.
Lestransposonsetsquencesdinsertionsontdesfragmentslinaires(etnondesmolculescirculaires)dADN
bicatnaire qui ne peuvent se transmettre verticalement aux cellules filles que si la molcule porteuse
(chromosome, plasmide ou phage) sest rplique. Par contre, les transposons peuvent se transmettre
horizontalementdanslabactrieduchromosomeunplasmide,viceversa,dunplasmidelautreoumme
dunendroitduchromosomeunautre(=gnessauteurs)pardesmcanismesderecombinaisonsitespcifique.
Ce mcanisme de recombinaison est indpendant dhomologie de squences dADN, mais dpend dune
machinerieenzymatiquecodeparletransposonluimme.Lorsdecessauts,ilspeuventprovoquerdes
remaniements du matriel gntique: excision, dltion, inversion. Les transposons sont donc des outils
gntiquesnaturelstrsimportantsdanslvolutionetlesremaniementsgntiquesdanslemondedesbactries.
Autrementdit,lesbactriesfontdesmanipulationsgntiquesdepuisbienpluslongtempsquelhomme!
2.1.5.Lestransposonsconjugatifs
DestransposonsdousdepropritsdeconjugaisonontaussitdcritsdanslesbactriesGram+.Ilsagitde
molcules qui se comportent comme des transposons, mais sont aussi capables de raliser la conjugaison,
commelesplasmides,etdoncdesetransmettrehorizontalement,dautrescellulesbactriennes.Ellesportent
desgnescodantpourdesrsistancesdesantibiotiques.

2.1.6.Leslotsgnomiques
Leslotsgnomiquesreprsententdeszonesbiendfiniesduchromosomebactrienquipossdentdesproprits
diffrentesdecellesquicaractrisentetdfinissentlespcebactrienneenquestion:G+C%,tauxprfrentiel

14

dusage des codons par exemple sont diffrents. Ils reprsentent donc une information gntique dorigine
trangre,acquiseaucoursdchangesgntiquespartransformation,transductionet/ouconjugaison,etintgre
demanireplusoumoinsstabledanslechromosomebactrien,ousurunplasmide.Certainslotsgnomiques
sontcryptiques,cestdirenecodentpouraucunphnotypereconnucejour,maislaplupartcodentpourdes
informationsdenaturebiochimique,devirulence(lotsdepathognicit)oudersistance(intgrons).
2.1.6.1.Leslotsdepathognicit
Les lots de pathognicit ( Pathogenicity Islands ou Pai) sont des fragments linaires dADN intgrs sur le
chromosome bactrien, parfois sur un plasmide, par un mcanisme de recombinaison site-spcifique. Il arrive
que deux lots de pathognicit diffrents possdent le mme site dinsertion la base prs sur le chromosome.
Ils se comportent comme des blocs indissociables et rpondent aux dfinitions suivantes :
a)

ils comprennent divers gnes codant pour des facteurs prouvs ou potentiels de virulence ;

b) ils sont prsents dans certaines souches pathognes, mais pas dans les souches non pathognes de la mme
espce bactrienne ;
c)

leur taille varie entre 10 et 200 kpb ;

d) leur contenu en G+C % est diffrent de celui de la bactrie hte, attestant dune origine trangre ;
e)

ils sont souvent encadrs par de courtes squences rptes directes ;

f)

ils sont associs des gnes codant pour des ARN de transfert (site dintgration) ;

g) ils contiennent aussi des gnes cryptiques ou exprims codant pour des fonctions dintgrases, ou de
transposases, et des squences dinsertion entires ou partielles ;
h) ilssontsouventinstablesetsexcisentenblocdesfrquencesvariablesselonlePai.Lorsquilssexcisent,
touteslesfonctionspourlesquellesilscodentsontperdues.

2.1.6.2.Leslotsdersistanceouintgrons
Les lots de rsistance, ou intgrons, reprsentent des sites privilgis du chrosomome bactrien qui sont
capablesdintgrer,pardesmcanismesderecombinaisonsitespcifiquegrcelinterventiondintgrases
code par le chromosome bactrien et de manire cumulative, des fragments dADN codant pour diverses
fonctions,dont,danscecasprcis,desrsistancesdesantibiotiquesetantiseptiques(voirchapitres8et9).Ces
rgions,ousitesdintgration,peuventounonpossderdesgnesintgrsetlenombredegnesintgrsvarie
dunsitelautre(lemaximumdcritcejourestsept).ContrairementauxPais,lesintgronsnesontdoncpas
desblocsindissociablesdADN.Quatreclassesdiffrentesdintgronsonttdcritescejour,dontlesdeux
premiressont,deloin,lesplusfrquentes.
Parfois,unsitedintgrationpeutseretrouversurunplasmide,oummesuruntransposon(voirchapitre2.1.3).
Dans lexemple du transposon Tn7, les gnes de rsistance non seulement saccumulent hauteur du site
dintgration,maisbnficient,enplus,delamobilitconfreparlepouvoirdetranspositionduTn7.SileTn7

15

seretrouvesurunplasmidetransfrable,touscesgnesdersistancepeuventaussisedissminerdansdautres
cellulesdelammeespcebactrienne,voiredespcesbactriennesdiffrentes(voirlechapitre2.1.2).
2.2.Lesautresconstituantscytoplasmiques
Lesautresconstituantscytoplasmiquessontpeunombreuxcomparsunecelluleeucaryote:lesribosomeset
lesinclusionsgranulaires.
2.2.1.Lesribosomes
Lesribosomesbactriens sont soit libresdanslecytoplasme,soit attachs lamembrane plasmique.Tout
comme les ribosomes des cellules eucaryotes, ils sont engags dans la synthse protique et sont souvent
prsents sous forme de polysomes ou polyribosomes. De plus, vu labsence de compartiment nuclaire
diffrenci, ces polysomes sont accrochs au chromosome bactrien luimme (couplage transcription
traduction).Certainsantibiotiquesagissentsurlatranscriptiondirectement(rifamycines)ounon(quilonones).
Cependant,cesribosomesbactrienssontpluspetitsqueleurshomologuesdescelluleseucaryotes(valeurde
sdimentation: 70S au lieu de 80S). Cette diffrence permet laction slective de certains antibiotiques
(aminoglycosides,macrolides,chloramphnicol)surlesribosomesbactriensetnoneucaryotes.
Leurmorphologieetleurconstitutionmolculairesontcependantsemblablescellesdesribosomeseucaryotes.
Ils sont composs de deux sousunits: 30S et 50S. Ces deux sousunits sont constitues de protines
nombreuses et de trois acides ribonucliques, appels 5S, 16S et 23S ARNr. La sousunit 30S comprend
lARNr16Set21protinestandisquelasousunit50ScomprendlesARNr5Set23Set34protines.Les
gnes qui codent pour ces ARN ribosomiaux sont regroups en un opron, prsent en un plus de 10
exemplairessurlechromosomebactrien.Lenombredecopiesdecetopronestenrelationavecletempsde
gnration(voirchapitre4).Cesopronssontaussilabasedelatechniquedetypageappeleribotypage(voir
chapitre2.1.1.4).
2.2.2.Lesinclusionsgranulaires
Lesinclusionssontdesformationscytoplasmiquestransitoiresrvlespardescolorationsparticulires.De0,1
0,1mdedimension,ellessontconstituesdesubstancesnergtiquesoumtaboliquesmisesenrserveparla
cellulebactrienne(glycognechezEscherichiacoli;<phospho>lipidiqueschezlesmycobactries;etc).Elles
nesontpasobservesdanslesbactriesenmultiplicationrapide,maisapparaissentdsquelacroissanceralentit.
Laprivationdenutriments(findecroissancepouruneculture)enentraneladisparition.
Danscertainesespcesbactriennes,cesgranulesnesontpasunemarquederichesse,maisdespcialisation.Il
enexistediverstypes:

16

a)

desoufrechezlessulfo(thio)bactries;

b) deferchezlessidrobactries;
c)

decarbonatedecalciumchezdesbactriesautotrophes;

d) debtahydroxybutyratechezcertainesbactriessporulantes;
e)

depolyphosphates.

Cesderniressontdesinclusionsdouesdepropritsmtachromatiques(basophileslacolorationdeGiemsa).
Ellespourraienttreresponsablesdelacolorationbipolairedespasteurelles(espcePasteurellamultocida)
chezlesquellesellessaccumulentauxples(voirlaboratoire).
2.3.Lesmembranesbactriennes
Demmequelacelluleeucaryote,lacellulebactrienneestentoure dunemembranecytoplasmique.Des
couchesplusexternes,reprsentantlaparoibactrienne,existentaussi:cellesdesbactriesGrampositivessont
constituesduneparoipaissedepeptidoglycanetcellesdesbactriesGramngatives,duneparoiplusmince
depeptidoglycanetdunemembraneexterne.Lesrlesdelaparoibactriennesontdassurerunestructure
rigidelabactrie,deluidonnersaformetypique,deluipermettredersisterlapressionosmotiqueinterne
leveetdejouerunrledefiltrevisvisdumilieuextrieur.

2.3.1.Lamembranecytoplasmique
2.3.1.1.Compositionetstructure
Lamembraneplasmiquedesbactriesestsemblablecelledescelluleseucaryotesetjouelemmerle:limiter
lecytoplasme.Elleestidentiquepourlensembledeseubactries.Sastructureestfamilire:unedoublecouche
(8nm)delipides(3040%)avecinsertiondeprotines(6070%)tournessoitverslafaceinterne,soitvers
la face externe, ou prsentes dans lentiret de son paisseur. Cette structure est bien sr dynamique, au
contrairedecequellesembletredansdesreprsentationsschmatiques.
Lesphospholipidesquilacomposentreprsentent75%delateneurcellulairetotaleenlipides.Ellecontient
aussiplusieurscentainesdetypesdiffrentsdeprotinesquireprsentent69%delateneurcellulairetotaleen
protines. Les protines membranaires interviennent dans de nombreux processus de la vie de la cellule
bactrienne: ractions enzymatiques, transports actifs, relais dhormones et de toxines qui ne peuvent la
franchir.Certainsantibiotiques(lespolymyxines),diversantiseptiquesetdestoxinesbactriennes(colocines,
bactriocines)ontpourlieudactionlamembraneplasmique.

17

2.3.1.2.Fonction(s)
Son rle essentiel est dtre une barrire hydrophobe et osmotique. Leau et certaines petites molcules
hydrophiles diffusent librement, tandis que les plus grosses molcules hydrophiles la franchissent par
lintermdiaire de transporteurs protiques (permases). Si cette impermabilit fonctionnelle est perturbe
(polymyxines,colicines)parcrationdepores,lesgrossesmolculesdiffuserontlibrementetlamortcellulaire
sensuivra.Inversment,lesprotinesscrtesdoiventlatraverserpouratteindrelepriplasmeetlemilieu
extrieur.
Divers composants de la chane respiratoire qui assurent le transport dlectrons et les phosphorylations
oxydatives(voirchapitre3)sontaussilocalissdanslamembranecytoplasmique.Lesenzymesdesynthsedu
peptidoglycanysontaussilocaliss.
2.3.1.3.Biogense
Labiogense de lamembrane plasmiquese fait de manire indpendante pour leslipides et lesprotines.
Lassemblagesefaitselondesmcanismesencoremalconnusetmalcompris.
Lesphospholipidessontsynthtisspardesenzymeslocalissdanslamembranecytoplasmiqueellemme.Ils
sontensuiteinsrsdanssonfeuilletinterneet,suivantunmcanismeactifetrgul,ventuellementincorpor
danssonfeuilletexterne.
Les protines membranaires sont synthtises classiquement dans le cytoplasme. Leur squence contient
linformation de leur future destination (voir 2.6). Entre autres, les protines localisation membranaire
contiennentunesquencesignalNH2terminalehydrophobe(1530acidesamins)etunouplusieursautres
domaineshydrophobesleurpermettantdesinsrerdanslabicouchelipidiquedelamembranecytoplasmique.
Aprsunoudeuxacidesaminschargs,unesquencedacidesaminshydrophobessuit(de1530AA)qui
permetlinsertiondelaprotinedanslamembraneinterne.Selonleurstructureprimaire,cesprotinesseront
donctournesverslintrieuroulextrieurdelamembranecytoplasmique,oudanssonpaisseur(protines
transmembranaires).
2.3.1.4.Lesmsosomes
Il sagit dinvaginations multidigites de la membrane cytoplasmique observes chez les bactries Gram
positives.Aucunefonctionparticulirenapuleurtreattribueetleurrlenest,enfait,pasencoreconnu.
Certains travaux mettent leur existence fortement en doute et pour certains auteurs, celleci est totalement
artfactuelle.Lesmsosomesseformeraientlorsdelafixationdelabactrie.Maispersonnenepeutexpliquer
pourquoicesinvaginationsseformentcertainsendroitsparticuliersdelacellulebactrienne.

18

Leurs rles potentiels sont les suivants: les msosomes latraux pourraient intervenir dans les processus
enzymatiquesetdescrtion(accroissementdelasurfacedelamembrane)tandisquelesmsosomesseptaux,
localissprsduseptumdedivisioncellulairecommeleurnomlindique,interviendraientdanslasynthsedes
parois,danslarplicationduchromosomebactrienetlasgrgationdesdeuxcopiesdecechromosomelorsde
ladivisioncellulaire.
2.3.2.Laparoibactrienne
Lenveloppebactrienneexternelamembraneplasmiquesappellelaparoibactrienne.Sesrlesprincipaux
consistentdonneruneformelabactrie,laprotgerdesagentsextrieursetmaintenirunepression
osmotiqueintracellulairetrsleve.Cesrlessontsurtoutdvolusunesubstancecomplexequiestdcriteci
dessous,lepeptidoglycan(PDG).
Surbasedelacompositionetdelastructuredelaparoi,deuxgroupesdebactriessontenfaitdcrits,lesGram+
etlesGram,donnantainsiunebaseetuneexplicationmolculairesuneobservationempiriquevieilledeprs
dunsicle(colorationdeGram;voirlaboratoire).LesbactriesstructuredeparoiGram+ontreulenomde
FIRMICUTES(firmus=fort;cutis=peau)etfontpartiedeladivisionIIduroyaumedesprocaryotes;celles
structuredeparoiGramlenomdeGRACILICUTES(gracilis =mince; cutis =peau)etfontpartiedela
divisionIduroyaumedesprocaryotes.LaparoidesbactriesGram+estpaisse(2080nm)etoffreunaspect
homogne.Elleestcomposeessentiellementdupeptidoglycanassocidescarbohydrates,dontleplusconnu
estlacideteichoque.Lespacesituentrelamembraneplasmiqueetlaparoisappellelepriplasme.Dans
certaines espces debactries Gram+, unecouche deprotines oudepolysaccharides recouvre laparoi (=
coucheS;glycocalyx;capsule;zoogle).
LaparoidesbactriesGramestplusfineetpluscomplexe.Lacouchedepeptidoglycannedpassepas5nm.
Elleestentouredunemembraneexternesimilairelamembraneplasmiquedanslaquellesetrouventancrs
divers antignes, dont lantigne somatique de nature lipopolysaccharidique. Lespace entre la membrane
plasmiqueetlamembrane externe sappellelepriplasme. Extrieure lamembrane externe desbactries
Gramseretrouveunecoucheprotiqueoupolysacharridique(=lacoucheS;leglycocalyx;lacapsule;la
zoogle).Lesconstituantsetrlesdecesdiffrentescouchesvontmaintenanttredtaills.
2.3.2.1.Lamolculedepeptidoglycan
2.3.2.1.1.Compositionetstructure
Lamolculedepeptidoglycan(PDG)estuncomplexepolymretridimensionnelquientouretoutelacellule
bactrienne.Cepolymrecomprenddeuxsucresaminsetaumoinsquatreacidesaminsdiffrents.Cessix

19

molculesformentlunitdupolymre:lemuropeptide.Lacompositiondumuropeptideetlastructureexacte
duPDGdiffrentselonlesbactries.
ChezEscherichiacoli,unebactrieGramngative,lemuropeptideestformde:
a)

Nactylglucosamine;

b) acideNactylmuramique(=NactylglucosamineliantlacidelactiqueparunefonctiontherenC3);
c)

un oligopeptide comprenant dans lordre la Lalanine, lacide Dglutamique, lacide diaminopimlique


(DAP)etlaDalanine.

Lesdeuxhydratesdecarbonesontlisparunlien14,tandisquelafonctioncarboxyledelacidelactiquefix
surleC3delaNactylglucosamineselie laLalanine.Uneunitdemuropeptideestainsiforme.Des
modificationspeuventtreapportescemuropeptide,modificationsquivarientduneespcebactrienne
lautre.
ParmilesautresbactriesGrametparmilesbactriesGram+,desdiffrencesdanslacompositiondelunitde
muropeptidesontobserves.ParexemplepourStaphylococcusaureus,leDAPestremplacpardelaLlysine,
etchezdautresbactriespardelornithineoudelacideglutamique.
Unetrentainedunitsdemuropeptidessunissentpourformerunechanedeglycan.Danscettechane,les
molcules dactylglucosamine et dacide actylmuramique alternent. La chane ainsi forme est une sorte
dhlicedelaquellelesttrapeptidesirradientdanstouteslesdirectionspermettantlaformationdepontsdansles
troisdimensions.
LeschanesdeglycandE.colisassemblent,pourformerunplan,pardespontsentrelafonctioncarboxyledu
DAPetlafonctionaminedelaDalanine80%oubienentrelesfonctionscarboxyleetaminededeux
molculesdeDAP20%.De3050%desmuropeptidesformentainsidesliensdoublesetenviron10%des
liens triples. Chez les bactries Gram+, les chanes de glycan sont unies par un pentapeptide de glycine
(Staphylococcus aureus), un dipeptide de Lalanine (Streptococcus pyogenes), ou encore un pentapeptide
composdetroismolculesdeglycineetdedeuxdeLsrine(Staphylococcusepidermidis).Dautrepartchez
Staphylococcus aureus, les liens stablissent entre tous les muropeptides adjacents, hauteur de lacide
glutamiqueenposition2oudelaLlysineenposition3dunepartetlaDalanineenposition4dautrepart.
LePDGdesbactriesGramestformededeuxtroisplansetceluidesbactriesGram+dunedizainedeplans
superposes.Lesvariationsencompositionchimiqueetennaturedeslienscovalentssontplusgrandesparmiles
bactriesGram+queparmilesbactriesGram.Lesanalysesdeparoiontainsiunegrandevaleurtaxonomique
pourcesdernires.
2.3.2.1.2.Elmentsassocisaupeptidoglycan

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LaparoidesbactriesGram+secaractrise,enoutre,parlaprsencedautresmolcules,lipides,hydratesde
carboneetprotines.Uneremarquepralable,cependant,estncessaire.Eneffet,ilnestpastoujoursfacile
daffirmerunelocalisationdanslaparoipourunemolcule,carlaparoiestaussiunendroitdepassagepour
toutemolculeexportedanslemilieuextrieurouimportedumilieuextrieur.
Lesacidesteichoquessontdespolymresderibitolphosphate,deglycrolphosphateoudemannitolphosphate,
voiredeNactylglycosaminephosphateoudeNactylgalactosaminephosphate.Lesgroupesphosphatessont
ioniss.CesacidesteichoquesnonttdcritsquedanslaparoidesbactriesGram+.Deshydratesdecarbone,
des sucres amins ou des acides amins voisins sont fixs sur les groupes hydroxyles des ribitols et des
glycrols.Cetypedassociationpeutaussiavoirvaleurtaxonomique.Cesacidesteichoquessefixentsurle
PDGparlintermdiairedesgroupesphosphatesetdesacidesmuramiques.Leurfonctionnestpasconnue.
Lesacidesteichuroniquessontdesacidesuroniquescontenantdespolysaccharides.Ilsagitaussidepolymres
anioniques suite la prsence du groupe carboxyl sur lacide uronique. Il ny a pas de structure type, ni
dattachementtypeaupeptidoglycan(directouavecintermdiaire).Leurfonctionrestehypothtique(rgulation
dactivitsenzymatiques)
Despolysaccharidesneutressontprsentsdanscertainesparois,tellescellesdesstreptocoques(antignesde
Lancefield; voir aussi 2.3.3), ou les arabinogalactanes des genres Nocardia et Mycobacterium. Ils sont en
gnrallisdemanirecovalenteauPDG.
Lesacideslipoteichoquessontdesmolculesamphiphilesprsentesdansetlasurfacedupeptidoglycan.Ils
consistentenunpolyglycrophosphateattachundiglycrideouunglycolipide.Leslongueursdechanes
varient fortement. Ces acides lipoteichoques peuvent former des micelles grce leur nature amphiphile.
Dautresconformationsetdesassociationsavecdautrescomposantsdesurface,tellelaprotineMdecertains
streptocoquessontaussiobserves.
Dautresmolculesamphiphilessontdcritesdanscertainesespcesbactriennes,maisonenconnatpeude
proprits. Par exemple, le genre Micrococcus contient des lipomannanes, et le genre Mycobacterium des
lipoarabinomannanes.
CesgroupesparticuliersdebactriesGram+quesontlesgenresMycobacteriumetNocardiapossdentjusqu
60%delipidesdansleurparoi.Ceslipidesconsistent,enpartie,enlongueschanesdhydroxyacides(acides
mycoliques) en liaison ester avec un polysaccharide darabinogalactane li de manire covalente au
peptidoglycan sousjacent. Une autre partie est constitue de glycolipides non lis. Cette composition
particulireestlabase,penseton,despropritsdecolorationparticuliresdecesgenres(colorationacido
rsistantedeZiehlNeelsen).

21

LaparoidesbactriesGram+contientaussidesprotinesaupeptidoglycan.Bienqueleurquantitparaisse
ngligeable(de<1%jusque16%),leurimportancebiologiquenepeut tremiseendoute.Cependant,la
fonctionetlemodedattachement(liaisonscovalentes,interactions)nestpleinementconnuquepourunpetit
nombre. Nombre de ces protines servant de rcepteurs (immunoglobulines, fibronectine, fibrinogne,
collagne)sontexposesverslemilieuextrieur.Danscertainscas,cesprotinessontorganisesenprojections,
formantdesfibrillaeoudesfimbriae:protineMdecertainsstreptocoquesliedesacideslipoteichoques,par
exemple.
2.3.2.1.3.Fonction(s)
La molcule de PDG assure la rigidit et la forme cellulaire. Elle est ainsi capable dendurer des stress
extrmementlevsdusladiffrenceentrelapressionosmotiqueducytoplasmeetcelledumilieuextrieur
labactrie.SicettenotionestdinterprtationfacilepourlesbactriesGram+,ellelestmoinspourlesbactries
GramchezlesquelleslePDGestrduitdeuxoutroiscouches.Cependant,chezcesbactriesGram,une
structure supplmentaire existe: la membrane externe, qui pourrait pallier la relative minceur du PDG, en
intervenantcommeunpremierfiltre.Deplus,entrelamembraneplasmiqueetlamembraneexterneexisteun
espaceappelespacepriplasmique,pouvantservirenquelquesortedesas.
Lorsquelaparoicellulaire,etenparticulierlePDG,estamoindrie,oulorsquesasynthseestbloque,etlorsque
cettebactrieestplacedansunmilieuhypotonique,lamembranecytoplasmique clateetlacellulemeurt.
Cependant,lacellulepeutaussisetransformersouscertainesconditionsfavorables.Elledonnealorsnaissance
dessphroplastes,desprotoplastesoudesformesL.
Danslecasolemilieuextrieuraunepressionosmotiqueplusleve(milieuhypertonique),laplasmolysese
produitetleprotoplasteseramassesurluimmelintrieurdelaparoi.
DanslecasdebactriesGram+,lescouchesinternesdepeptidoglycanseretrouventexterneslafinducycle
vital. Lestensionsseraient extrmes, tant donnquelles doivent couvrir enfin decycle une plusgrande
surface,sidesenzymesautolytiquesnecassaientcertainslienscovalents.Cesautolysinessontresponsablesdela
sparation descellules fillesaprs lacompltion duseptum dedivisioncellulaire (voirdivisioncellulaire;
chapitre4).

2.3.2.1.4.Biogense
Lasynthsedesprcurseursdumuropeptidesepasseengrandepartiedanslecytoplasmeetsachvedansla
membraneplasmique.Lassemblageenmuropeptidesainsiquelaformationdeschanesetdesplansdeglycan
se passent dans lespace priplasmique. Les chanes nouvellement synthtises sinsrent dans des plans

22

existantsdeglycanaprslyse(parcertainesautolysines)decertainslienscovalents.LanosynthsedePDGlors
deladivisioncellulaireetlaformationduseptumdedivision(voirchapitre4)seproduisentselonlesmmes
principesgnraux,maissontsousladpendancedautresenzymesdesynthse.
Cettesynthseestsensiblequatreclassesdantibiotiques:lescyclosrinesdanslecytoplasme,labacitracine
lors du transport au travers de la membrane plasmique, la vancomycine lors des premires tapes de
lassemblageenchanesetlespnicillinesetcphalosporineslorsdesdernirestapesdelassemblage(voir
chapitre8).
2.3.2.2.Lamembraneexterne
2.3.2.2.1.Compositionetstructure
LamembraneexterneestunestructureparticulireauxbactriesGramngatives.Commesonnomlindique,
elleestlocaliselextrieurdelamolculedePDG.Aumicroscopelectronique,elleapparatconstituede
deuxcouchescommelamembranecytoplasmique, laquelleelleestaussiapparenteparunecomposition
chimique semblable. Il sagit dune membrane en bicouche lipidique contenant de nombreuses protines
fonctionsdiverses,ainsiquedeslipopolysaccharides.Elleestrelielamembraneplasmiquepardesjonctions
appeles ponts de Bayer, jonctions hauteur desquelles les couches lipidiques des deux membranes
fusionnent. La structure des enveloppes dune bactrie Gram est donc: membrane plasmique (7,5 nm)
priplasmeinterne(4nm)PDG(2nm)priplasmeexterne(1,5nm)membraneexterne(7,5nm).
Leslipidessonttrssemblablesceuxdelamembraneinterneetneserontpasplusdtaills.
Lesprotines(OuterMembraneProteinsouOMP)sonttrsdiffrentesparcontredecellesdelamembrane
interne,tantsurlanaturequesurlafonction.Ellessedivisententroisgroupes:lalipoprotine,lesporinesetun
troisimegroupeconstitudeprotinesfonctionsstructurales,enzymatiquesoudeconjugaison.
Lastructuredulipopolysaccharide(LPS)estassezcomplexe.Lapartieproximale,insredanslamembrane
externe,esthydrophobeetestconnuesouslenomdelipideAouendotoxine(voirchapitre7);lapartiedistale
esthydrophile,denaturepolysaccharidique,maisdecompositionvariableselonlesespcesetlessouches.Cette
partiedistalequistenddanslemilieuextrieurreprsentelevritableantignesomatiqueouantigneO(=
premier antigne impliqu dans la srotypie des bactries Gram; voir laboratoire). La partie centrale,
dnommelecoreounoyau,estunoligosaccharidehydrophiledanssapartiedistale,hydrophobedanssa
partie proximale et fort semblable pour des espces bactriennes proches. Selon la nature des hydrates de
carbonelecomposant,lecoreestdithomosaccharidiqueouhtrosaccharidique.Certainesespcesbactriennes
(Brucella)possdentdeuxLPSdiffrentsleursurface.LarpartitiondecesdeuxLPSconfrentlesproprits
antigniquesparticulires(antigneAetM)desespcesetsouchesdecegenre.

23

2.3.2.2.2.Fonction(s)
Lafonctiongnraledelamembraneexterneestdassureruncontactaveclenvironnementetdeprotgerla
bactriecontredesinfluencesnfastes:protectioncontrelaphagocytoseparlaprsencedansleLPSetailleurs
dechanespolysaccharidiqueschargesngativement,exclusiondecomposshydrophobesetdecompossde
haut poids molculaire, protection contre des changement brutaux de pression osmotique dans le milieu
extrieur,variationdanslesystmeantigniquequiestperuparlesystmeimmunitairedelhte,ancragedes
adhsine,fimbriaeetcapsulesUnepartiedecesfonctions,aveccellesdelespacepriplasmique,permetde
pallierlaminceurrelativedelacouchedePDGchezlesbactriesGramngatives.
Lalipoprotine,dontuntiersdesmolcules,assurechez E.coli deslienscovalentsaveclePDG,donneune
stabilit la membrane externe. Les protines TolA et OMPA sont galement trs importantes dans la
stabilisationdelamembraneexterneetdanslaformationdespaireslorsdelaconjugaisonplasmidique.
Lesporines(OmpA,OmpF,OmpC,OmpD,LamB,PhoE)formentdesporesoucanauxrelativementpeu
spcifiquespermettantlepassagedepetitesmolculeshydrophiles,ycomprislesantibiotiques!Nombredeces
protines servent aussi de rcepteurs des phages ou des toxines bactriennes (bactriocines). Certaines
protinesdelamembraneexterne(Intimine,Afa,AIDA)serventaussidadhsinesauxcelluleseucaryotes
(voirchapitre7).
Le LPS a un rle antignique. Sa partie distale reprsente lantigne somatique ou antigne O (Ohne
Kapsule).LessouchesdesbactriesGramquiproduisentcetantignecompletdonnentdescolonieslissessur
milieuglos(soucheSpoursmooth);lessouchesmutesquinesynthtisentplusauminimumlapartie
distaledonnentdescoloniesrugueuses(souchesRpourrough).CertainsmutantsRprofondsnesynthtisent
pluslapartiedistalehydrophileducore.Cesmutantssontsensiblesdestoxineshydrophobes.Desmutantsqui
ne synthtisent plusles lipidesA sont ltaux sous certaines conditions.En plus de porter lantigne O, la
membrane externe sert aussi dancrage dautres antignes tels lantigne commun des entrobactries,
lantignecapsulaireKLelipideAduLPSestaussiimportantenpathologiedanslechocendotoxinique(voir
chapitre7).
2.3.2.2.3.Biogense
Encequiconcernelesphospholipides,des changesbidirectionnelsontlieuentrelesmembranesinterneet
externehauteurdespontsdeBayer.
LeLPSestsynthtisdanslecytoplasmeenlmentsspars(lipideA,coreetantigneO)quifranchissentla
membrane plasmique de manire concerte. Lassemblage final se fait dans lespace priplasmique
probablement.

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Lesprotinesdelamembraneexternesontbiensrsynthtisesdanslecytoplasme.Leurpositionfinaleest
dterminedansleurstructureprimaire,cestdiregntiquementdansleursquencedacidesamins.Tout
commelesprotinesdelamembranecytoplasmique,cellesdelamembraneexterneprsententdanslapartie
NH2terminaleunesquencesignal.Aprsunoudeuxacidesaminschargs,unesquencedacidesamins
hydrophobessuit(de1530AA)quipermetlefranchissementdelamembraneinterneparlaprotinequise
droule la manire dun fouet. Une squence signal mute ne permet plus le passage de la membrane
cytoplasmiqueparlesprotinesdelamembraneexterne.Lasquencesignalestensuitecoupehauteurdun
sitebiendtermin(processingsite).Lerestedelasquencecontientlinformationgntiquepermettant
linsertionde laprotine danslamembrane externe (squences hydrophobes), soit dans son paisseur, soit
tournesverslintrieuroulextrieur.
2.3.2.3.Lespacepriplasmique
LepriplasmeestlespacecomprisentrelesmembranesinterneetexternedesbactriesGramngativesetest
donc en partie compris dans les mailles du PDG. Il sy trouve des protines qui assurent le transport de
nutrimentsetdautresmolcules,labiogensedelenveloppecellulaire,ladtoxificationdemolculesCes
protines sont attaches lune des deux membranes ou sont libres. Le cheminement des protines
priplasmiquesestsemblableceluidesprotinesdelamembraneexternejusqulacoupurehauteurdu
processingsite.LaprotinematureseretrouvedanslespacepriplasmiqueoudanslesmaillesdePDG.
Pour certaines protines, cette coupure nexiste pas: ces protines flottent dans lespace priplasmique
accroche par leur extrmit NH2 terminale la membrane cytoplasmique. Sy trouvent aussi des petites
molcules (polysaccharides par exemple) qui aident tamponner les changements de pression ionique et
osmotiquedemilieuenvironnant.Normalement,lepriplasmeestisotoniqueaveclecytoplasme.Ilnenestplus
demmelorsdechangementsdanslemilieuextrieur.

2.4.Elmentsextrieurslaparoi
2.4.1.LacoucheS
LacoucheSconsisteenunecouchedequelquesnmdpaisseurformedunoudedeuxtypesdepolypeptides,
parfoislisdeshydratesdecarbone,arrangsenrseaudaspectcrystallincarr,hexagonalouoblique(aspect
comparableceluidelacottedemaillesdeschevaliers).Cettecouche estrsistanteauxdtergentset aux
protases.ChezlesbactriesGram+,lacoucheSseretrouvelextrieurdupeptidoglycanauquelellenestpas
liedemanirecovalente,tandisquechezlesbactriesGram,elleseretrouvelextrieurdelamembrane
externe.Lelipopolysaccharide(LPS)joueunrledanslancragedelacoucheS.LacoucheSsert,penseton,
defiltreexcluantaussibienlentrequelasortiedesmolculestropgrosses,maispourraitaussipossderdes
fonctionsantiphagocytaires(Aeromonassalmonicida;voirchapitre7)etantibactriophage.Unedesraisonsde
cesrlesdedfenseseraitquelacoucheSmasqueleschargeslectriquesngativesdelacellulebactrienne,lui

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confrant des proprits hydrophobes. Sa formation se ferait par autoassemblage des protines qui la
composent.
2.4.2.Leglycocalyx
Leglycocalyxestunecouchedematrielglatineuxconstitudepolysaccharidesfibrillairesetquientourela
paroicellulaire.Ilsagitdunconstituantuniverseldumondebactrien,nonvisibleaumicroscopelectronique,
perdurapidementaprspassageenculture invitro.Leglycocalyxconstituepourlesbactriesunlmentqui
leurpermetdadhrerentreellesetdeformerdesmicrocolonieslasurfacedesmuqueusesoudematrielinerte
(cathters,chirurgieorthopdique).
2.4.3.Lacapsule
Lacapsulebactriennereprsenteunecouchehypertrophiedeglycocalyx,ralisantautourducorpsbactrien
unevritableaurole,encontactdirectaveclaparoietvisibleaumicroscopeoptique.Lacapsuleestmiseen
vidence par coloration ngative (encre de Chine par exemple) ou positive (Giemsa par exemple) (voir
laboratoire).Certainesbactriesvontproduireunglycocalyxtellementimportantethydratenprimoculture
quil en devient visible loeil nu: colonies mucodes ou pleureuses. Il en rsulte des modifications
antigniquesainsiquedesensibilitcertainsantibiotiques(discordanceentrelantibiogrammedulaboratoireet
lersultatdutraitementclinique),auxbactriocinesetauxphages.
Sacompositionvarieselonlesbactries:composedepolysaccharidescomplexes(uneouplusieurssortes)
auxquels sont adjointes des protines (Streptococcus pneumoniae) ou dacide Dglutamique sous forme de
polypeptides(Bacillusanthracis).Lacapsulenexisteenfaitquechezdesbactriespathognes(Clostridium
perfringens,Streptococcuspneumoniae,Bacillusanthracis,Klebsiellapneumoniae).Lacapsuleestdveloppe
danslorganismevivant,maissaproductionseperdaprsculturesrptessurmilieuxinertes.Saproductionest
doncfonctiondelenvironnementdanslequellabactriecrot.Safonctionessentielle invivoesteneffetune
protectioncontrelaphagocytoseetsaproductionestdonclieaupouvoirvirulent(antigneK1desouches
neuropathognesdE.coli;capsuledeStreptococcuspneumoniae).
Rappelons que cest sur des souches acapsules de Streptococcus pneumoniae que fut ralise la premire
exprience de transformation au moyen dADN provenant de souches capsules. Cette exprience fut la
premire montrer que lADN est le support de linformation gntique. Auparavant, les scientifiques
considraient lADNcommeayant unestructure tropsimplequepour tre porteurduneinformationaussi
complexe!

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Lacapsuleestantignique(antignesKouantignesdeKauffmandediffrentesbactriesGram=deuxime
antignedelasrotypiedecesbactries)etsondveloppementpeutcachercertainsautresantignesdeparoiou
demembraneexterne(antignesO=OhneKapsel).
2.4.4.Lazoogle
Lazoogleestuneformationplusoumoinsvolumineuse,parfoismacroscopique,daspectglaireux,constitue
damasdebactriesenglobesdansunesortedegeledueaudveloppementnormeetlafusiondeleurs
couches glatineuses (ou glycocalyx) respectives. Dautres microorganismes peuvent y tre associs. Ces
structuresmacroscopiquespeuventjouerunrledanscertainespathologies(=botryomycoseducheval).Elle
reprsente aussi unedfense visvisdes antibiotiques qui nediffusent pasoutrspeu lintrieur de la
formation.
Des exemples sont le grain de botryomycose = zoogle de Staphylococcus aureus; le grain de Kfir (lait
fermentduCaucase)=zoogledeLactobacilluscaucasicus;lagommedesucreries=zoogledeLeuconostoc
mesenteroides.Ilnefautpasconfondrelazoogleaveclesractionstissulaireslabasedelaformationde
granulomesinflammatoireslorsdinfectionspardesactinophytes(=actinophytomes)etparlesmycobactries(=
tubercules)(voirchapitre7).
2.5.Appendicesdesurface
Audel de ces couches externes se trouve le milieu extrieur. Cependant, certaines structures bactriennes
supplmentairesancresdanslesmembranessontencontactdirectaveccemilieuextrieuretpermettentla
bactrie dentrer en relation avec les constituants de milieu extrieur: les cilsou flagelles, les fimbriae et
fibrillaeetlespilisexuels.
2.5.1.Lescilsouflagelles
Lescils(ouflagelles)sontdesfilamentstrstnus(0,01m0,05mdpaisseur),onduleuxetdelongueur
variable(jusque80m)quiprennentnaissancedanslecytoplasmehauteurduncorpsbasal.Laprotinequi
lescompose,laflagelline,estprochedelamyosine.Lescilssontlesorganeslocomoteursdesbactriesetsont
animsdemouvementshlicodauxtrsrapides.
Pourlesobserver,ilfautrecourirdiversartifices:
a)

examenmicroscopiquefraisenliquidevisqueux:lescilsralentisdansleursmouvementssenchevtrentet
formentdestorsadesplusoumoinspaisses;

b) descolorations(voirlaboratoire);
c)

lamicroscopielectronique.

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Touteslesbactriescilies,cestdiremobiles,nepossdentpaslemmenombredecilsetceuxciprsentent
desarrangementsdiversautourdelabactrie.Lesbactriesmonotrichespossdentunciluneextrmitdu
btonnet(Pseudomonasaeruginosa);lesbactriesamphitrichesoucphalotrichespossdentuncilchaque
extrmit(certainsspirochtes);lesbactrieslophotrichespossdentunetouffedecilsuneextrmitouaux
deux(certainsspirochtes);lesbactriespritrichespossdentbeaucoupdecilssurtouteleursurface(Proteus
spp.,Clostridiumtetani,Cl.chauvoei,Cl.septicum);lesbactriespritrichesdgnrespossdentpeudecils
rpartissurtouteleursurface(Bordetellabronchiseptica).
Lescilsprennentnaissancehauteurducorpsbasal,traversentlesmembranesetsontlibresdanslemilieu
extrieur.Cenestpaslecaspourlesspirochtes(amphitrichesoulophotriches).Lescilsprennentnaissance
chaqueextrmitdubtonnet,maisrestentdanslamembraneexterneetserejoignentaucentredelabactrie.
Lescilsformentainsilefilamentaxial(voirchapitre2.6.6.).
Lamobilitest visibleaumicroscope contraste dephase.Lesbactries mobilestraversent lechamptrs
rapidement (Pseudomonas spp., Proteus spp.) ou plus lentement (Campylobacter spp., Bordetella
bronchiseptica surtout), en ligne droite (Proteus spp., Pseudomonas spp.), en mouvements spirals
(Campylobacter spp.,spirochtes)ouenmouvementsenrouls(cumuletsde Bord.bronchiseptica).Lescils
sexprimentmieuxlorsdeculturesenmilieuxliquidesquesurmilieuxsolides.
Lamobilitestaussidtectedansdestubesglosemolle(0,3%)comprenantuneclocherenverse.Les
bactriessontensemenceslextrieurdelacloche.Seuleslesbactriesmobilesrejoindrontlintrieurdela
cloche. La mobilit est visible en glose molle aussi aprs ensemencement en piqre droite. La bactrie
immobilepousserauniquementlelongdutraitdepiqre,labactriemobilesencartera.Surgloseausang,la
mobilitpeut aussi tre observe lorsde ltalement, plusoumoinsprononc, des colonies(Pseudomonas
aeruginosaetSalmonellaentericaparexemple).LecasextrmeestconstituparlespceProteusmirabilisqui
peutenvahirenmoinsde48heurestoutelasurfacedelabotedePtrisousformedevagues.
Lescilsetflagellessontporteursdantignes(antignesH)quisontimportantsdanslidentificationsrologique
decertainesbactries:Salmonellaenterica,Escherichiacoli.

2.5.2.Lespili,fimbriaeetfibrillae
Lespili(oupoils)sontdesappendicespriphriquesvisiblesseulementaumicroscope lectronique.Seules
certainesbactriesensontdotes.Ilsserpartissentendiversgroupes.Laterminologieestassezmouvantemais
actuellementletermepiliestrservauxpilisexuels.Lesautrestypesdepilisontappelsfimbriaesilssont
rigides,courtsetpais(67nmdediamtre)oufibrillaesilssontlongs,flexiblesetfins(23nmdediamtre).

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Certains fimbriae sassemblent en torsades et formant une structure semblable celle dune corde tresse
(fimbriaedetypeIV).
Lespilisexuels(piliF,I)sontsynthtisspardesgnesdeloprondeconjugaisondesplasmidesconjugables
(plasmideFparexemple).Lesbactriesquipossdentcespilisontditesbactriesmles.Grcecespili,elles
tablissenthauteurdelaprotineOmpAuncontactaveclesbactriesquiensontdpourvuesetleplasmide
peutainsipasserdelabactrie donneuse labactrie rceptrice, parunmcanismederplicationdetype
rollingcircle.Cellecidevientbiensrunebactriemle.Lesbactriesmlesproduisentenplus,partirdu
plasmideconjugatifluimme,desprotinesquimasquentOmpAdetellesortequilnyapasdchangede
plasmidesentredesbactriesmles.
Lespilisomatiques,oufimbriaedetype1,sontaunombredeplusieurscentainessur E.coli,ilscouvrentla
surfacedescellules.Ilspermettentauxbactriesdadhrerdesrcepteurscellulaires,maiscetteadhsionest
ditesensibleaumannose,carcesrcepteurscontiennentdesrsidusmannose(voiraussichapitre7).Ilssont
antigniques(F1)etdivissenplusieurssousgroupes.Ilspourraientintervenirdanscertainespathologies.Ils
ontundiamtrede7nm,maisleurlongueurvarieentre0,2et2microns.
Lespilispcifiquesdadhrencesontdesfimbriaepaisetcreux(57nmdediamtre)oudesfibrillaefinset
pleins(23nmdediamtre)quipermettentauxbactriesdesaccrocherdesrcepteurscellulairesdenatures
chimiquesdiverses,maisnecontenantpasdersidusmannose(adhrenceditersistanteaumannose)et,
chezlhte,dviterdtreemportesparletransitintestinal,lamictionouletransitrespiratoire.Nombredentre
euxsontdesfacteursdevirulence(voirchapitre7).Toutcommelespilisexuelsetlespilisomatiques,lespili
dadhrence sont antigniques. Cependant, leur nomenclature nest pas fixe. Il ya tendance les appeler
antignesF,maislespremiresdescriptionslesontassimilsdesantignescapsulairessurbasedeproprits
physiques(dolesdnominationsK88pourF4etK99pourF5).Leurnaturechimiqueestcependantprotique
et non polysaccharidique (contrairement aux vrais antignes K de la capsule). Ils sont importants dans la
reconnaissance des souchespathognes. Malheureusement leur expressioninvitropeut tre difficile et de
nombreuxfauxngatifsexistent.
Lesfimbriaeetfibrillaetypiquessontconstitusduneprotinemajeuredestructure(sousunitmajeureou
piline), de diverses protines mineures de structure (sousunits mineures) et dune protine fonctionnelle
(adhsine).Ladhsineestparfoisundomainedelasousunitmajeure(voirchapitre7).
2.5.3.Biogense
Lesprotinesdesflagelles,pilietfimbriaedoivent treexcrtesaudeldelamembrane externechezles
bactriesGram.Diversmcanismesexistent,mais,engnral,cesprotinescomprennentdansleursquence,
en plus des informations ncessaires au passage de la membrane cytoplasmique et du transport dans le
priplasme,linformationncessairecefranchissementdelamembraneexterne.

29

2.6.Lexcrtiondesprotines
Aprs leur synthse, les protines dE. coli sont transportes vers leur destination : le cytoplasme, la membrane
cytoplasmique, le priplasme, la membrane externe, le milieu extrieur. Les protines qui franchissent la
membrane cytoplasmique sont dites exportes ; celles qui franchissent la membrane externe sont dites scrtes.
A ce jour, quatre systmes de scrtion ont t dcrits.
Dans le systme de type I, la protine est scrte au travers dun canal qui lui permet de franchir en une seule
tape les membranes cytoplasmique et externe. Le canal est form de trois protines dont deux sont synthtises
par des gnes qui font partie de lopron qui comprend le gne de structure de la protine. La troisime protine,
TolC, est code par un gne chromosomique indpendant. La scrtion de la protine est sous la dpendance
dune activation par une quatrime protine, dont le gne fait partie du mme opron, et de sa propre squence
amino- ou carboxy-terminale, qui ne subit pas de clivage protolytique aprs le passage.
Les systmes de scrtion de types II et IV comprennent deux tapes, dont la premire est commune.
Le systme de scrtion de type II est aussi appel le systme de scrtion gnral ou le systme de scrtion
dpendant de la machinerie sec, qui code pour diverses protines chaperonnes assurant le transport correct
des protines non matures dans le cytoplasme, afin dviter un reploiement prcoce inadquat. Le passage de la
membrane cytoplasmique est sous la dpendance du peptide signal, une vingtaine dacides amins hydrophobes
prsents lextrmit amino-terminale, qui subit un clivage protolytique aprs le passage. Dans le systme de
scrtion de type II proprement dit, le passage de la membrane externe se fait au travers dun pore membranaire
form par des protines codes par des gnes faisant partie ou non du mme opron que le gne de structure de la
protine.
Dans le systme de scrtion de type IV, les protines traversent la membrane externe au travers dun pore form
par leur propre extrmit carboxy-terminale, qui subit son tour un clivage protolytique.
LesystmedescrtiondetypeIIIestcertainementlepluscomplexe.Ilestformdunappareilcomposdune
vingtainedeprotineslocalisesessentiellementdanslamembranecytoplasmique,maisaussidanslamembrane
externeetdanslecytoplasme,permettantlascrtiondesprotinesenunetape.Linformationpourlascrtion
viacesystmersidedanslextrmitaminoterminalequinesubitaucunclivageprotolytique.Lesgnesqui
codentpourcesystmedescrtiondetypeIIIformentunouplusieursopronsquinincluentpaslegnede
structuredelaprotine,maisensontphysiquementproches(surlemmelotdepathognicit,parexempl.
2.7.Lesformesparticulires
En plus des structures des bactries classiques dj prsentes, dautres formes existent. Certaines sont
accidentelles,dautresinduitesinvivoouinvivo.

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2.7.1.Protoplastesetsphroplastes
Lorsquelaparoidesbactriesseromptoulorsquesasynthseestinterrompue,lesbactriespeuventsurvivrein
vitrosiellessetrouventdansunmilieuisovoirehypertonique.Dansunmilieuhypotonique,ellesclatent.Les
bactriesGrampositivesdonnentnaissancedescellulesentouresdelamembraneplasmique:lesprotoplastes.
LesbactriesGramngativesdonnentnaissancedescellulesentouresdelamembraneplasmiqueetdela
membraneexterne:lessphroplastes.Untraitementlapnicillineouaulysozymepeutrsulterencegenrede
transformation. Les protoplastes et sphroplastes peuvent tre mtaboliquement actifs, mais ne peuvent se
multiplier.
2.7.2.LesformesL(InstitutLister)
LesformesLseformentpartirdebactriesGram+ouGram,spontanmentousuitelexistencededivers
stimuli(chocosmotique,chocdetemprature,prsencedepnicillinesquiinhibentlasynthsedupeptidoglycan
),quiontpourconsquencelinhibitionpartielleoutotaledelasynthsedepeptidoglycan.Danslecasdela
prsence de pnicillines, la transformation en forme L permet aux bactries dchapper lactivit
antibactriennedecesantibiotiques.LesformesLsontdesprotoplastesousphroplastesqui,nonseulement
survivent,maisaussisemultiplient.Leurcultureinvitroestpossibleetleurcolonieaunaspectenufsurle
plat. Cependant, leur croissance est trs lente. Normalement, ces formes L sont capables de dmarrer une
nouvelle synthse de PDG lorsque lagent (pnicillines) ou les conditions inhibitrices disparaissent. Dans
certainscas,lesformesLsontstablesetdfinitives(originegntique).LesformesLnontcependantrienen
communaveclesmycoplasmes.
Les formes L ont cependant subi certains changements par rapport aux protoplastes et sphroplastes afin
daugmenterleurchancedesurvie.Parexemple,lamembraneplasmiqueestmoinsfluidesuitelaccumulation
dacidesgrassatursaudpensdesacidesgrasinsaturs.
Ellesproviennentdediversesespcesdebactriestellesquecellesdesgenres Streptococcus, Proteus,Vibrio,
Bacteroides, Streptobacillus moniliformis etlesentrobactries.LesformesLsontcertainementproduitespar
lesbactrieslorsdelacultureinvitro.Laquestiondeleurproductioninvivochezlorganismehteestencore
dbattue,demmequecelledeleurrledanslamaladie.Jusquprsent,ilnexisteaucunevidencequelles
soient pathognes par ellesmmes. Elles pourraient cependant reprsenter une forme de dormance pour
certainesespcesbactriennesquiformeraient,lintrieurdelhte,unrservoirdecellulescapablesde
resynthtiseruneparoidsquelantibiothrapiecesseetdeprovoquerunercidivedelamaladie.Maisceci
resteunehypothselheureactuelle.
2.7.3.Lesmycoplasmes(mykes=champignonetplasma=formeoumoule)

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Lesmycoplasmesdiffrentdesbactriesengnralparlabsencedeparoietdepeptidoglycan.Lacelluleest
entouredunesimplemembraneplasmiquequicontientdesstrols,faituniquedanslemondedesprocaryotes.
Denombreusesespcesdemycoplasmesexigentdailleursducholestrolcommefacteurdecroissancedans
leursmilieuxdeculture.Certainesespcesproduisentunecapsuledhydratedecarbone.Leurtailleestrduite
(0,1000,150m)etilsfranchissentlesfiltresbactriologiqueslesplusgrossiers(dolaconfusioninitiale
aveclesvirus).
Lematrielgntiquedesmycoplasmesestpetit.Ilreprsentedeuncinquimelamoitidugnomedune
bactrieclassique(de5001300kilopairesdebasesversusplusde4500kpbpourEscherichiacoli).
Dautres diffrences gntiques concernent les ADN et ARN polymrases, les oprons pour les ARN
ribosomiaux et la longueur de lARNr5S. Dautre part, le codon UGA, codon stop dans les eubactries
classiques,codepourletryptophanechezdenombreuxmycoplasmes.RetenonsaussilarsistancedelARN
polymraselarifamycine,bienquilsagissedebactriesGram+fondamentalement(voirchapitre8).
Lesmycoplasmesprsententuncyclevolutifaucoursdeleurvie.Laformelaplussimpleestlecorps
lmentairede100150m.Pendantsacroissance,cecorpslmentairesallonge,seramifieetformeun
myclium plus ou moins tendu. Dans ce myclium apparaissent des granulations qui sont lorigine de
nouveauxcorpslmentaires.Laproportionentrecesformesvarieselonlespcedansuneculturepure.Certains
mycoplasmesprsententmmeuneformehlicodaleunecertainetapedeleurcycle.Lescoloniessurmilieux
glosssontminuscules(0,1mm)etmontrentunaspectenufsurleplat.
Letermefranaismycoplasmedsignelensembledecesorganismesbienquelanomenclatureofficielle
rservecetermepourunseuldesdiffrentsgenres(Mycoplasma)dugroupe(voirchapitre5).Lesmycoplasmes
fontpartiedeladivisionIIIduroyaumedesprocaryotes,celledesTnricutes(voirchapitre1.1),quicomprend
uneseuleclasse,celledesMOLLICUTES(mollis =mouet cutis =peau);cetermetant,aujoudhui,aussi
utilisdemaniregnriquepourdsignerlensembledugroupe.Unautretermeutilisdanslepass,T
mycoplasmaspourTiny(minuscule)mycoplasmas,dsignaitlesmembresdugenreUreaplasma,dontles
colonies taient encore plus petites que celles des mycoplasmes. Un terme, toujours utilis, dsigne des
structuresobservesressemblantdesmycoplasmes,maisnoncultives:mycoplasmalikeorganismsou
MLOs.
Lespremiersmycoplasmes avoirtdcritsparNocardetRouxen1898sontlesagentsresponsablesde
pleuropneumonieschezlesbovids.Lenomdesautresmycoplasmesdcritsparlasuitefutlongtempsceluide
PPLOpourPleuropneumoniaelikeorganisms.
Pendanttrslongtemps,lataxonomieetlanomenclaturedecegroupedorganismesfutfloueetanarchique.La
plusgrandeconfusionrgnaaussilongtempsquantleurcaractreviralounon,carilsagitdagentsfiltrables.

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Maisdanslesannes30,lavritablenaturedesvirusfutlucideetildevintvidentquelesmycoplasmes
taientdiffrents.
Par la suite, une longue polmique naquit sur la relation entre formes L et mycoplasmes. De nombreux
chercheurstenaientlesmycoplasmespourdesformesLstabilisesinvitro.Labiologiemolculairemontraque
lesmycoplasmesformentenfaitungroupedebactriespartentire.
Ladernirepolmiqueconcernelestatutvolutifdesmycoplasmes:formebactrienneprimitiveouformede
dgnrescence.DestudesdegntiquemolculairesurlesARNribosomiauxontmontrquelesmycoplasmes
sont proches de labranche des bactries Gram+ des eubactries et notamment des genres Lactobacillus et
Clostridium.Fondamentalement,ilsagiraitdoncdebactriesGram+bienqueleurcolorationsoitGramau
microscope vu labsence de paroi et de peptidoglycan. Elles se colorent en fait mieux au Giemsa (voir
laboratoire),surtoutdanslestissusetorganes.
Retenonsdjquenombredemycoplasmessontsuspectsdtredesagentsprimairesdediversesaffectionsdes
muqueusesetdelamamelle,aummetitrequedesvirus:touxdeschenils(Mycoplasmacynos),shipping
feverdubtail(Mycoplasmaspp.).Danscertainscas,ilsagitdagentspathognesdirects:pleuropneumonie
contagieusedesbovidsetdescaprins(Mycoplasmamycoides),agalactiecontagieusedelachvre(Mycoplasma
agalactiae),pneumonieenzootiqueduporcelet(Mycoplasmahyopneumoniae).

2.7.4.Lesbactriesacidorsistantes
Parmi les bactries Gram+, les genres Mycobacterium et Nocardia, essentiellement, se caractrisent par la
prsencedansleurPDGdarabinogalactanesenliaisonesteravecdeslipides(acidesmycoliques ;voirchapitre
2.3.2.1).Cetteconstitutionparticulireleurconfredesdegrsvarisdacidorsistance(colorationdeZiehl
Neelsen).
Il faut ajouter le genre Brucella, compos de bactries Gram, qui possdent un trs faible degr dacido
rsistanceliauxlipidesprsentsdanslamembraneexterne.Celgerdegrdacidorsistanceestsuffisantpour
avoirpermisledveloppementdelacolorationdeKster,trsimportantedanslediagnosticprsomptifdes
affectionsbrucelliques.
Lesmycobactriessontresponsables,entreautres,delatuberculosechezdiversesespcesanimalesetchez
lhomme,delaparatuberculosedesruminantsetdelalprechezlhomme;lesNocardia,daffectionscutanes
etdelaplvrechezleschiens;les Brucella,daffectionsgnitales(infertilit,avortement)chezdiffrentes
espcesanimales(voirchapitre5).

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2.7.5.Lesbactriesintracellulaires
Lesbactriesintracellulairesobligessontreprsentespardeuxordres:lesRickettsialesetlesChlamydiales.
Ces deux groupes taient runis dans le pass sous le nom unique de Rickettsiales. Mais de nombreuses
diffrencesdecycledevieetmolculairespermettentdedgagerlexistencededeuxgroupes.
Historiquement,cesbactriesfurentconsidrescommedesintermdiairesentrelesbactriesetlesvirus,puis
destudessurleurcompositionetleurstructureontmontrquilsagitbiendebactries,rapprocherdes
bactriesGram.
DiversescolorationspeuventlesmettreenvidencedontleGiemsaetleKoester(voirlaboratoire).

2.7.5.1.Lesrickettsies
Lesrickettsiesontdescaractristiquescommunes:pathognesintracellulairesobligsdescellulessanguineset
desvaisseauxsanguins,prsencechezdesmammifresetdesarthropodes(poux,puces,tiques)quisontles
vecteursdelamaladieLatransmissionsefaitdelarthropodeaumammifreouviceversaparpiqre,etdun
arthropodeunautreparvoietransovarienne.
Chezlarthropodevecteur,cesbactriesseretrouventdanslintestinoellessemultiplientlintrieurdes
entrocytes.Engnral,ilnyapasdedommagepourlarthropode.Deuxespcessontconnuespournepas
ncessiterdarthropodevecteur.Lapremire, Coxiella burnetii,estcaractriseparunephaseintracellulaire
sous forme sporogne rsistante dans le milieu extrieur (voir chapitre 2.8.2). La seconde, Neorickettsia
helminthoeca,parasiteuntrmatode,ladouvedufoiedesaumon.
Lesrickettsiessontdeminusculescoccobacilles(0,30,5mdediamtresur0,30,4mdelong)isolsen
pairesouplusrarementenchanes.Cescellulescomportentdesenveloppesextrieurescomposes,entreautres,
duneparoitypiquedecelledesbactriesGramngatives,avecunemembraneexterneporteusedunLPSetun
PDGcontenantduDAP.Deplus,unecoucheglatineuseestprsentedanscertainesespces.
Lesrickettsiessemultiplientpardivisionbinairetransversaledansunevsiculequilesprotgedeslysosomes.
Ellessontlibressoitparlysedelacellulehte,soitparunevsiculevialamembranecellulaire.
DesexemplesdemaladiescausespardesrickettsiessontlafivreQdesruminants(Coxiellaburnetii),la
RockyMountainspottedfeverdeshumainsetdeschiens(Rickettsiarickettsii),lesanaplasmosesbovines
(Anaplasma centrale et Anaplasmamarginale)etlaPotomachorsefeverdesquids(Ehrlichia risticii).

34

Deuxgenres,HaemobartonellaetEperythrozoon,ontrcemmenttreclasssdanslegroupedesmollicuteset,
plusparticulirement,danslegenreMycoplasma(voirchapitre5).
2.7.5.2.Leschlamydies
Leschlamydiessontdespathognesintracellulairesobligsdetrsnombreuxtypesdecelluleseucaryotes.Elles
sediffrencientdesrickettsiespardiversespropritscaractristiques,dontcelledepossderuncycledevie
comprenantunepriodeintracellulaire,lintrieurdevsiculescytoplasmiques(inclusions),etunepriode
extracellulaire. Les chlamydies sont dpendantes de la cellule hte pour le mtabolisme nergtique. Elles
possdentdesmcanismesleurpermettantdexploiterdiversesfonctionscellulaires,dont,biensr,laproduction
dnergie,etdepntrerdanslesdiffrentscompartimentscellulaires.
Ces bactries sont entoures denveloppes caractristiques de celles des bactries Gram ngatives mais se
remarquentparlabsencedePDG(voirchapitre2.8.2).Lamembraneexternenestdoncsparedelamembrane
plasmiquequeparlespacepriplasmique.LamembraneexterneporteunLPS,desporinesetpeuttredes
fimbriae.
Lecycledeviealterneentrelecorpslmentaire(0,3m),quipeutsurvivrehorsdelacellulehteetquiest
infectieux,etlecorpsrticul(1m)quiestimpliqudanslavieetlamultiplicationintracellulaire.Lecycle
prend peu prs 24 heures et aprs 3 jours en moyenne, la cellule eucaryote meurt en librant les corps
lmentairesnouvellementforms.
Lecorpslmentaire(0,2000,300m)comprendunemembranerigidede910nm,luipermettantdersister
danslemilieuextrieur.Cetterigiditestduedesprotinesliespardespontsdisulfures(cflemanteaudes
sporesclassiques).Unemembraneplasmiqueestprsentegalement.Parcontre,ilnyatoujourspasdePDG
dtectable.
Peudespcesonttdcrites:Chlamydiatrachomatisestpathognepourlhomme(trachome),Chlamydophila
psittaci,pourdetrsnombreusesespcesanimalesetpourlhomme(psittacoseornithose).Dautresespces
dimportance vtrinaire sont Chlamydophila pecorum, pathogne chez les ruminants et, Chlamydophila
abortus,responsabledavortementsetChlamydophilafelis,pathognepourleschats.Jusquilyaunedizaine
dannes,seullegenreChlamydiataitdcritetlegenreChlamydophilanexistaitpas,pasplusquelesespces
Chlamydophila pecorum, Chlamydophilaabortus et Chlamydophilafelis,toutes regroupes sousle nom de
Chlamydiapsittaci.
2.7.6.Lesspirochtes

35

Lesspirochtessontdesbactriesdeformehlicodale,de0,10,3mdpaisseursur5250mdelongueur
(voirchapitre1.2).IlsagitdebactriesGram,mobiles.Lamobilitest,biensr,duelaprsencedeflagelles,
maisceuxci,aulieudtrelibresdanslemilieuextrieur,sontprisonniersdelamembraneexterneetsetrouvent
localissentrecellecietlacouchedePDG,soitdanslepriplasme,donnantcesbactriesunaspectdedragon
desmers.
Lenombredeflagellesquiportentdiffrentsnomsdanslalittrature(filamentsaxiaux,endoflagelles,fibrilles
priplasmiques),varieentre2et100.Ilsagitdebactriesamphitrichesoulophotrichescarlespointsdancrage
desflagellessesituenthauteurdesextrmitsdelabactrie.Cesflagellesremontentensuitelelongducorps
bactrienverslemilieudelacellule.Danscertainesespces,lesextrmitsdesflagellesvontsechevaucher.La
longueurdesflagelles,leurventuelchevauchementavaientvaleurtaxonomique.Lamobilitdesspirochtesest
multiple:flagellaire,rotationautourdeleuraxeetcontractions,cequileurpermetaussidtremobilesdansles
milieuxvisqueux.
Parmi les spirochtes dintrt mdical se retrouvent la famille Leptospiraceae avec le genre Leptospira,
responsabledinfectionsrnales,ainsiquelafamille Spirochetaceae aveclesgenres Treponema, Serpulina et
Brachyspira,etlegenreBorreliadontlesespcessonttransmisespardesarthropodespiqueurshmatophages,
quileurserventdoncdhtesintermdiaires.
Parmilesinfectionscausespardesspirochtes,citonslasyphilischezlhomme(Treponema pallidum),la
dysenterievibrionienneduporcelet(Brachyspirahyodysenteriae)etlamaladiedeLyme(Borreliaborgdorferi)
2.8.Lesformesdersistance
A ct des formes bactriennes vivantes et actives mtaboliquement, classiques ou non, certains genres et
espcesbactriennesontdveloppdesformesdersistance.Lesplusconnuessontlessporesbactriennes,qui
sontdesformespassivesdesurvie,etdiversesformesdersistancedepathognesintracellulairesobligs,lors
delaphaseextracellulairedeleurcyclevital.
2.8.1.Lesspores(spore=semenceengrec)
Certaines bactries sont capables de dvelopper une forme dersistance particulire: laspore bactrienne,
encore dnomme endospore ( ne pasconfondre avec laspore deschampignons). Parmi lesbactries qui
intressentlamdecinevtrinaire,citonslesgenres Bacillus aveclespce Bacillusanthracis responsablede
lanthraxoulecharbon bactridien et Clostridium avec denombreusesespces responsables desgangrnes
gazeuses, des charbons symptomatique et parasymptomatique, du ttanos, du botulisme et de diverses
entrotoxmies.Lessporessontdesformesdormantes,sansmtabolismeactif,quisetransformentnouveauen
formevgtative(germination)lorsquelesconditionsredeviendrontfavorables.Cessporessontextrmement

36

rsistanteslachaleur,ladessicationetauxantiseptiques,ettotalementrsistantesauxantibiotiques.Elles
peuventsurvivrependantplusieursdcenniesdanslemilieuextrieur(champsmaudits).Cependant,ledegr
dersistanceestvariableselonlespceetlasouchebactrienne.
2.8.1.1.Formationdelaspore
Uneendosporeestformeparcellulebactrienneetinclutunexemplairedematrielgntique.Cependant,le
degrdesporulationdansuneculturevarieselonlespceetlasouchebactriennes.
Leprocessusdesporulationsedclenche,engnral,verslafindelacroissanceexponentielleduneculture
(voir chapitre 4), alors que certaines dficiences sont apparues et dure de 7 10 heures. Six stades
morphologiquesprincipauxsontdcrits.
Lestade1secaractriseparlaprsencedunfilamentoubtonnetaxialrsultantdelarplicationdunoyauet
contenant doncaumoinsdeuxcopiesduchromosome.Lunevadevenir lenoyaugnomiquedelaspore,
pendant le droulement du stade 2 qui se caractrise par un cloisonnement membranaire, le septum de
sporulation.Cedernierseformeparinvaginationdelamembranecytoplasmique,souslaparoi.Ceseptumva
stendreetsedtacherdelamembranecytoplasmiqueellemmepourconstitueruneprsporeovodetypique
dustade3limitantlecytoplasmeprsporal.Lesautresstadesvontvoirlaformationdesdiffrentesenveloppes
delaspore:lecortex(stade4),formdepeptidoglycan;lemanteauoucoat(stade5)denatureprotique
richeenpontsdisulfures;ventuellement,lexosporechezcertainesbactries,denaturelipoprotiquecontenant
20%dhydratesdecarbone.Lestade6secaractriseparlamaturationdelasporeetsalibrationparlysedela
formevgtativedelabactrie.
Lessporessontclassesselonleurposition(centrale,subterminale,terminale)etleurpaisseurparrapportla
formevgtative(dformanteounon).Danslepass,cescaractristiquesavaientvaleurtaxonomiqueetdaide
lidentification une espce bactrienne. Lors de la formation dune spore, des antibiotiques (bacitracine,
tyrocidine, polymyxines) peuvent tre produits ainsi que des toxines (entrotoxine de Cl. perfringens par
exemple).
2.8.1.2.Gntiquedelasporulation
Lorsque les conditions dfavorables apparaissent, la bactrie adapte lexpression de ses gnes de manire
progressive:certainssontdoncrprimstandisquedautressontnouvellementexprims.Lemcanismeetles
stimuliprcisactivantlasporulationrestentinconnus,maisquelquesmolcules,dontleskinasesAetB(KinAet
KinB),sontactivesparautophosphorylationlorsquellesreoiventlesignalappropri.Ceskinasesactives
sopposentlactiondephosphatases(RapAetRapB)quiinhibentledclenchementdelasporulation.Viaces
diffrents systmes et de nombreux relais, lexpression de nombreux autres gnes est rgule au niveau
transcriptionnel. Des mutants peuvent ainsi tre obtenus pour chacun des six stades de la sporulation. Ces

37

mutantssontdnommssposuividunchiffreromaindsignantlestadeauquellasporulationestbloque.De
plus,diffrentslocitantimpliqusdanslvolutiondechaquestade,chacunareuunelettre: spoIIID par
exemple.
2.8.1.3.Constituantsdelaspore
Unesporeestcomposeduncytoplasmeetduneparoi.Leprotoplasterenfermeleslmentsncessairesla
germination de la spore: une copie du chromosome, la machinerie de synthse des protines, des
ribonuclosidestriphosphatespourlasynthsedesARN,maispasdARNmessager,nidepooldacidesamins.
Lecytoplasmeesttrsricheenmatiresche.
Lesenveloppessontdoncconstituesdesdiffrentescouchesnoncesplushautlorsdelaformationdelaspore.
Alintrieursetrouvelamembranecytoplasmiquedorigine,recouverteparlecortex,lemanteauetlexospore.
LecortexestconstitudePDG.LacoucheinternedecePDGestrigideetsemblableauPDGdelacellule
vgtative,tandisquelacoucheexterneneformepasunrseauaussirigide.Cettecoucheexterneestrapidement
autolyselorsdelagermination.Lemanteauestformduneprotineressemblantlakratine,richeenponts
disulfureetreprsentant80%ducontenuprotiquetotaldelaspore.Cemanteauestresponsabledelarsistance
auxagentschimiquesdelaspore.Lexospore,dontlaprsencenestpasindispensablelasurviedelasporeet
lerleencoreinconnu,estunemembranelipidoprotique,contenant20%decarbohydrates.
Encequiconcernelacompositionchimique,unesporebactriennesecaractriseparuneforteconcentrationen
Ca++etenacidedipicolinique.CetacidedipicoliniquequiseformepartirdeDAP,unprcurseurdelalysine,
estpresqueuniqueauxsporesbactriennesetreprsente15%deleurpoids.Ilsemble treresponsableen
grandepartiedelathermorsistancedessporesetestlocalisdanslecortex.
2.8.1.4.Conditionsdelasporulation
Lasporulationneseproduitpasdansnimportequellesconditions.Diversfacteurslinfluencent.Laptitudela
sporulationetledegrdesporulationaussibieninvitroquinvivosontextrmementvariablesselonlesespces
etlessouches. Invitro,engnral,lasporulationseproduitlorsquelesconditionsdeviennentdfavorables:
appauvrissement desmilieuxdecultureenfindephaseexponentielledecroissancepourlegenre Bacillus,
dveloppementdeconditionshostilesdanslemilieupourlegenreClostridium,etquedessubstancesinhibitrices
disparaissent. Certains paramtres physicochimiques sont aussi indispensables: prsence doxygne et
tempratureentre16et42CpourBacillusanthracis;conditionsanarobiespourClostridiumspp.;prsence
dions ou dacides amins particuliers et favorisants: P043 pour Clostridium botulinum, K+ pour Bacillus
aureus,alanine,proline...Lintervalledetempraturepourlasporulationest,enrglegnrale,lgrementplus
troitquepourlacroissance(voirchapitre4).

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Lesbactriespeuventperdreleurpouvoirsporognedemaniredfinitivesousdiversesinfluences:additionde
petites quantits dantiseptiques au milieu de croissance, culture temprature supramaximale pour la
sporulation,privationdoxygnepour Bacillusanthracis,parexemple.Lesautrespropritsrestentplusou
moinsintactes.Lobtentiondetellessouchesasporulesprsentesunintrtcertainenvaccinologie.
2.8.1.5.Germinationdelaspore
Replace dans un milieu et des conditions favorables (disparition des conditions dfavorables, prsence de
certainsparamtresindispensables),lasporemregerme,cestdirergnrelacellulebactriennequilui
avaitdonnnaissance.Lexistencedunstimulusextrieurtelunchocthermiqueouuneexpositiondelaspore
auxUVestfrquemmentncessaire,elleaussi.Lesparamtresindispensableslagerminationdelasporesont
voisinesdecellesquerclamentlesbactriesdansleurformevgtative.Ellessemeuventnanmoinsdansdes
limitesplustroitesetendiffrentsurcertainspoints.Parmicesconditionsfigurent:
a)

unmilieunutritifappropriautriplepointdevuecomposition,ractionetconcentration;

b) unetempratureconvenable;
c)

prsencedoxygnelibre(pourlesarobies);absencedoxygnepourlesanarobies;

d) lumireabsenteoufaibletoutaumoins.
La ralisation optimale de ces conditions rduit au minimum la dure de la germination. Certaines spores
germentsittformes.Dautresncessitentunepriodepralablederepos.Ilarriveaussiquelagermination
tardelongtemps(desannes),bienquelesconditionssoientfavorables:lephnomneestconnusouslenomde
dormance.
Quoiquilensoit,lasporequivagermerperdsonaspectbrillantetsoncontoursombre,seternitetgonfle.Son
plasma,envoiedecroissance,distendprogressivementlaparoietfinitparlarompreenunendroitdemoindre
rsistancesitu,suivantlespce,tanttlunedesextrmitsdelaspore(germinationpolaire),tanttversson
milieu(germinationquatoriale).Decettedchiruremergeunpetitboyauhyalinquisallongepeupeupour
constituerunebactrieanaloguecelledontprovenaitlaspore.Laparoidelaspore,dchireetvidedeson
contenucoiffe,pendantquelquestemps,lextrmitdelabactrienoforme,puisdisparat.Dansdautrescas,
lagerminationsefaitsansquelaparoinesedchire.Lasporeseternit,saccrotetsetransformeinsensiblement
danslaformevgtative.Ilestprobablequelaparoisestglifieetdissouteentretemps.
La germination de la spore bactrienne dbute par la lyse du peptidoglycan du cortex avec libration du
dopicolinatedecalcium.Enquelquesminutes,jusqu30%dupoidssecdelasporeestperdu.Lacellulese
rhydraterapidementetperddummecoupsarsistancephysicochimiqueparticulire.DelATPseformeen
quelquesminutesparhydrolysedesacidesphosphoglycriquesetdessourcesdazote sontfourniespardes
acides amins provenant de lhydrolyse des protines des enveloppes de la spore. Une nouvelle cellule
vgtativeseformeetlaviereprendsoncoursnormalpourcesbactries.

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2.8.1.6.Rsistancesphysicochimiquesdesspores
Larsistancedessporesauxagentsphysiquesetchimiquesdsinfectantsetstrilisantsestbienconnue,maisil
nefautpascroirequecettersistanceestuniformepourtouteslessporesdetouteslesespcesbactriennes.Par
contre,larsistancedessporesauxantibiotiquesestuniverselle,carlessporessontdpourvuesdemtabolisme
actif.
Sitouteslessporesrsistentunchauffage80Cpendant10minutesquituetouteslesformesvgtativesde
bactries(voirTravauxpratiques),5minutes100CdtruisentlessporesdeCl.perfringens,10minutescelles
de Bacillusanthracis,mais4heuresseulement cellesde Cl.botulinum.Parcontre,aucunenersiste un
chauffage121Cpendantuneheure.
Seulscertainsantiseptiquessontactifs(iodophoresparexemple).Encorefautilprolongerletempsdecontactet
enaugmenterlaconcentration(voirchapitre9).
2.8.1.7.Importancedessporesenmdecine
Lessporessontdesformesdersistancepassivedesbactries.Lesconditionstantdfavorables,labactrie
sporuleetpersistedanslessolspendantdesannes,voireplusieursdcennies.Unemaladietellelecharbon
bactridien Bacillus anthracis peut soudainement rapparatre dans une rgion indemne (de mmoire
dhomme)suiteaucontactavecunesourcetellurique,danslaquellelasporesestmaintenuependantaumoins
unegnrationhumaine(champsmaudits).
Dessporesdediversesespcesde Clostridium sonthbergesdansletubedigestifsansproblme.Lorsde
dsordresintestinaux,cessporespeuventgermer,prolifreretproduiredestoxinesentranantdespathologies
intestinalesconnuessouslenomgnriquedentrotoxmies.Lettanosfaitsuitelacontaminationdune
plaie(barbelsetclouderuechezlecheval)pardessporesde Clostridimtetani doriginetelluriqueleplus
frquemment,suiviedeleurgerminationetdelaproductiondelatoxinettanique.
Au laboratoire, des spores peuvent contaminer certains milieux sucrs ne pouvant supporter de trs hautes
tempratures pourleurstrilisation.La mthodede tyndallisationest alorsapplique (voir chapitre 9).Les
milieuxsontchauffstempraturebassependant3joursdesuite.Aprslepremieretledeuximechauffage,
lessporesractivesparlatemprature(=chocthermique)vontgermeretlesformesvgtativesserontdtruites
parletraitementsuivant.
Lasporeprsenteaussiunersistancetrsforteladcolorationpardesacidesconcentrs(acidorsistance).
EllesserontmisesenvidenceparunevariantedelacolorationdeZiehlNeelsen(cfrgenreMycobacterium).

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2.8.2.Autresformesdersistance
Certainesbactriesnonsporulesausensstrictprsententunersistanceparticulirevisvisdesconditions
extrieures. Les genres Mycobacterium et Nocardia par exemple, de par leur composition de PDG, sont
naturellement plus rsistantes dans le milieu extrieur par rapport aux mthodes physiques et chimiques
dantisepsieetdedsinfection(voirchapitre9).Cetteconstitutiondeparoileurconfreparexempleuneplus
grandersistanceparrapportauxacides,miseprofitaulaboratoireparlacolorationacidorsistantede
ZiehlNeelsen(voirlaboratoire).
Dautresgroupesdebactriesrsistentbienladessication(entrobactries)ouunetempraturerelativement
leve(Listeriamonocytogenes),despropritsquileurpermettentdesurvivretrslongtempsdanslemilieu
extrieuroulapasteurisationbasse(voirchapitre9).
Certainesbactriesintracellulairesobligesnepossdentpasdhtesintermdiaires(leschlamydies,legenre
Coxiella)montrentunephaseextracellulairedurantleurcyclevital.Cetteformeextracellulairepossdeune
rsistanceimportanteauxconditionsextrieures,comparlaformeintracellulaire.Ilsagiticiduneadaptation
delacompositiondesmembranesbactriennes.
Cesdiffrentespropritsspcifiquesserontnoncesdanslechapitredesystmatiquebactrienne.Ellessont
importantesconnatredanslecadredelatransmissibilitetdelacontagiositet,donc,delaprophylaxie
hyginiquedecesinfectionsbactriennes.

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3. Mtabolisme bactrien
Lemtabolismebactrienestlensembledesractionscataboliques,consistantdgraderleslmentsnutritifs
du milieu, transfrer et stocker lnergie rsultant de ces dgradations, afin de raliser les ractions
anaboliquespermettantauxbactriesderaliserlasynthsedesespropresconstituants.
3.1.Nutrition
Lanutritionconsistedanslassimilationparlabactriedesdiverslmentschimiquesoffertsparlemilieu.
Commetouslesorganismesvivants,labactrieabesoindecarbone,dhydrogne,dazote,desoufreetde
phosphoreainsiquenmoindresquantitsdenombreuxautreslments:HPO4,Cl,SO4,K+,Na+,Ca++,Mg++,
Fe++,Mn++,Co++.
Lacapacitdunebactrieutiliserunnutrimentdtermincommesourcedunlmentdpendde:
a)

lexistencedunsystmeenzymatiqueadquatdedgradation;

b) lexistencedeprocessusdentredunutriment(permases).
Si le nutriment est inorganique, la bactrie est qualifie dAUTOTROPHE ou de LITHOPHORE; si le
nutriment est organique, la bactrie est dite HETEROTROPHE ou ORGANOTROPHE. Les bactries
pathognes sont souvent htrotrophes avec, pour certaines dentre elles, des exigences nutritionnelles
complexeslimitantleurcroissanceauxmilieuxrichesuniquement.Ilexistedenombreusesvariationsdansles
exigencesnutritionnellesdesbactries.
3.1.1.Sourcesdnergie
SiquelquesbactriestirentleurnergiedelaPHOTOSYNTHESE,arobieouanarobie,lagrandemajorit
dentre elles trouvent leur nergie dans loxydation de substrats chimiques: inorganiques
(CHIMIOLITHOTROPHIE ou CHIMIOAUTOTROPHIE) ou organiques (CHIMIOORGANOTROPHIE ou
CHIMIOHETEROTROPHIE). La source dnergie des bactries pathognes est un substrat organique: les
bactriespathognessontdoncHETEROTROPHESpourlessourcesdnergie.Parmilesbactriespathognes,
leschlamydiesnesontpluscapablesdeproduire,ellesmmes,leurnergieetdoiventprofiterdecellefournie
parlacellulehte(=bactriesintracellulairesobliges).
Laconnaissancedessubstratsutilisables,dansdesconditionsdatmosphreetdetempratureappropries,par
lesbactries,conduitdesapplicationsimportantesentaxonomieet,biensr,endiagnosticbactriologiques(=
testsdefermentationetdassimilation)(voirlaboratoire).

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3.1.2.Sourcesdecarbone
LesbactriesAUTOTROPHEStirentleurcarboneduCO2 etdionscarbonates.Certainesbactriessontdes
AUTOTROPHESobligs.
Lesbactriespathognessont,quantelles,HETEROTROPHESpourlecarbone.Ellesutilisentdescomposs
organiquescommesourcesdecarboneetdnergie.Lessourcesdecarbonedeshtrotrophessont,danslordre,
dessucressimples,desdisaccharides,desalcoolspolyvalents,desacidesorganiquesaliphatiques.Lutilisation
depolysaccharidesexigedesexoenzymesspcifiques.Lestriglycrides,acidesorganiquesaromatiques,alcools
monovalentsethydrocarbures(CH4)sontrarementutilisscommesourcedecarbone(bactriesspcialises).
3.1.3.Sourcesdazote
Lazote est assimil,par lesbactries,sousformeammoniacale. Cet ammoniacserainsrsurlesquelette
carbondesacidesorganiquescorrespondantspoursynthtiserlensembledesacidesamins.
Lesbactriesautotrophes,ainsiquenombredebactrieshtrotrophespourlnergieetlecarbone,secontentent
dunesourceinorganiquedazote:N2pourRhizobium,Azotobacter,Clostridiumdessols;nitratesetnitrites;
selsinorganiquesdazote(phosphates,carbonates,sulfates).Dautresbactriespeuventoudoiventutiliserune
sourceorganiquedazote,ouplusprcismentdeNH3(lesbactriesGram+sontplusexigeantesquelesGram),
provenantdeladsaminationdesprotinespardesprotasesexternes(putrfaction)oudesacidesaminslibres.
Cesbactriesontbesoindemilieuxrichespourpousser(ausangparexemple)quifournissentlescomposs
amins ncessaires leur croissance. Lure, comme source dazote, nest utilise que par des bactries
spcialises.
3.1.4.Anabolismeetvitamines
Certaines bactries peuvent synthtiser la totalit de leurs constituants cellulaires partir de composs
organiquessimples(sucres,acidesorganiques):cesontdesbactriesPROTOTROPHES.Parcontre,dautres
doiventtrouver,danslemilieu,certainsdeleursconstituantscellulairesquellesnepeuventsynthtiserelles
mmes:cesontlesbactriesAUXOTROPHES.Diffrentesbactriespathognessontdanscecas,maislesplus
connuessontcellesdugenreHaemophilus.Cesexigencesenvitaminesoufacteursdecroissanceconcernentdes
coenzymes(NicotinamideAdnineDinuclotide,oufacteurV),desacidesaminsdontlesquelettecarbonne
peuttresynthtis
3.2.Catabolisme

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Lecatabolisme,pourlesbactrieshtrotrophes,passeparunesriederactionsenzymatiques,groupesen
troisphases:ladigestiondessubstancesorganiquesexognes,lapntrationdesproduitsdedgradationdansla
cellulebactrienneetleurprparationloxydation.

3.2.1.Digestion
Diversesmolculessonttropvolumineusespourpntrerdirectementdanslacellulebactrienne.Ellesdoivent
tre,aupralable, rompuesenlmentsplussimplesgrce laproductiondexoenzymes,excrts dansle
milieuextrieur.Cesexoenzymessontdeshydrolases;certainesdentreellesreprsententautantdetoxines
bactriennesimpliquesdansladigestiondestissus,lorsdegangrnesparexemple(voirchapitre7):
a)

lesprotasesactivessurlesprotines(protinases)etlespeptides(peptidases);

b) lesglucidasesactivessurlesholosidesethtrosides(glucosidases),surlamidon(amylase),lacellulose
(cellulase), les pectines (pectinases), le glycogne (glycognase), les polysaccharides complexes
(hyaluronidasesurlacidehyaluronique);
c)

lesnuclasesactivessurlesacidesnucliques;

d) lesamidasesactivessurlure(urase),lacidehippurique(hippuricase);

e) lesestrasesactivessurlestriglycrides(lipases)ouleslcithines(lcithinasesouphospholipasesdontla
toxinedeClostridiumperfringens).

3.2.2.Pntration
Lesnutrimentsdoiventtraverserlepeptidoglycan(pardiffusionousurdesrcepteurs)etfranchirlamembrane
plasmiquechezlesbactriesGram+;lamembraneexterne(parlesporines),lePDG(pardiffusionousurdes
rcepteurs)etlamembraneplasmiquechezlesbactriesGram.
Pourcefaire,lesbactriesontdveloppdessystmesdetransportactif,carladiffusionpassivenepourrait
soprerquetroplentementpoursatisfaireauxbesoinsdumtabolismebactrien.
Cesmoyensdetransportactifsont:
a)

desprotinesmembranairesservantdercepteursspcifiquespourlesdiverssubstrats;

b) desenzymesassurantlapport nergtiquencessaireautransfert transmembranaire.Cederniersystme


portelenomdepermase.
Reprenonslopronlactoseconnudetous.Unemutationdanslegnedelapermaseempchelelactosede
pntrerrapidementdanslacellule.UnesouchedEscherichiacolimutedanscegnenemontrerauneraction
positive sur milieu lactos quaprs 3 4 jours de culture au lieu de quelques heures. Certains tests

44

lorthonitrophnylgalactoside(ONPG)ouauparanitrophnylgalactoside(PNPG)mettentenvidencelactivit
enzymatiqueintracytoplasmiquedunelactaseenlabsencedepermases.
3.2.3.Prparationloxydation
Dansdenombreuxcas,lamolculenepeuttreoxydecarlabactrienepossdepaslesenzymesadquats
doxydorduction.Elledoitsubircertainestransformationsprparatoires.Cetteprparationconsisteen:
a)

dcarboxylation(COOH),

b)

dsamination(NH2),

c)

dshydratation(HOH),

d)

dsulfuration(SHH).

Laphosphorylationestcependantlaprparationlaplusfrquente.Lexempleclassiqueestceluiduglucosequi,
avecunapportdATP,esttransformenglucose6phosphate.Ladcarboxylationetladsaminationintressent
lesacidesamins(lysineCOOH=cadavrine,ornithineCOOH=putrescine,histidineCOOH=histamine).
Certainesbactriesdemandent enplusduCO2 enprimoculturesurmilieuxinertesafindelincorporer,par
carboxylation,dansdescompossorganiquesdumtabolismeintermdiaire.LesbactriesdesgenresBrucella,
Neisseria,Campylobacter,Haemophilus,demandentainsiunetensionaccrueenCO 2dansleuratmosphrede
croissance, parfois seulement en primoculture (le temps dadapter lexpression de certains gnes), parfois
toujours.
3.3.Mtabolismenergtique
Ltudedumtabolismenergtiquerecouvreltudedutransfertdnergiedanslacellulebactrienne.Cette
nergieprovientdeladgradation,aucoursducatabolisme,desnutrimentsetsertlasynthse,lanabolisme,
de nouvelles molcules indispensables larchitecture de la cellule ou simplement lentretien de son
mtabolisme(enzymes).

3.3.1.Typesdemtabolismenergtique
La dgradation des substrats carbons se fait selon des voies mtaboliques bien connues dans les cellules
eucaryotes.ChezunebactrieCHIMIOHETEROTROPHEtellequEscherichiacoli,lesvoiesmtaboliquesde
dgradationdesubstratscarbonscomprennent:
a)lecycledEmbdenMeyerhofParnas(EMP)quitransformeleglucose6phosphateenpyruvate;
b)lecycledesacidestricarboxyliques(TCA)quioxydelactylcoenzymeAenCO2;
c)lecycledespentosesquioxydeleglucose6phosphateenCO2.

45

ChezdautresbactriesCHIMIOHETEROTROPHES,desvoiesmtaboliquesalternativesoucomplmentaires
onttdcritestellecycledEntnerDoudoroffquiremplacelecycleEMPchezlesPseudomonas.
Aucours desdiffrentes tapesdoxydationdusubstrat avec librationdlectrons, existant lelongdeces
diverses chanes mtaboliques, des molcules de pyridine nuclotides (NAD/NADP) sont rduites par
acceptationdeslectrons(NDDH/NADPH).Certainesdentreellessontutilisesdirectement,parexemplepour
lessynthses (anabolisme), et roxydes, maisles autres doivent tre roxydes par transfert des lectrons
quellesviennentdaccepter,avantdepouvoirtrenouveauutilises.Pourquecetransfertpuisseseffectuer,
desmolculesaccepteursdlectronsdoiventtreprsents,quiserontrduitesleurtour.Selonletypede
mtabolismenergtiqueutilisparlabactrie,cesaccepteursdlectronsformentunechaneplusoumoins
longue.Leslectronssontainsitransportslelongdunechanedaccepteursquisont,tourtour,oxydset
rduits,jusqulaccepteurterminaldlectrons.Lnergielibrechaquetransfertdlectronseststockeen
attentedtreutilisepourlanabolisme(synthsedeprcurseursetdesubstratssimples,synthsedepolymres),
pourlentredesubstratsprsentsdanslemilieuextrieurpartransportactif,pourlamobilitparlescilset
flagelles, pour le maintien de lhomostasie cellulaire Les molcules qui stockent lnergie sont des
nuclotidestriphosphates,commelATP.
Selonlenombredintermdiairesetlanaturedelaccepteurterminaldlectrons,lemtabolismenergtiqueest
qualifide:
a)

FERMENTATION:uneseuletapeexiste,ladshydrognationetloxydationducomposorganiqueavec
desdshydrognasesNAD/NADPcommeintermdiaires.Certainesbactriesanarobiespossdent,en
plus, des ferroprotines comme intermdiaires. La roxydation des couples NADH/NADPH se fait
directementparrductiondelaccepteurterminalquiestuncomposorganique,luiaussi.Lafermentation
produitpeudnergieetsepasseenabsencedO2;

b) RESPIRATION ANAEROBIE: une ou plusieurs tapes supplmentaires existent dans le transport des
lectronsquiimpliquentlinterventionderductasescommelesflavoprotinesFMNouFADet/oules
quinonesquisontdesenzymesassocieslamembranecytoplasmique.Laccepteurterminaldlectronsest
uncomposinorganique(nitrates,sulfates)ouunintermdiaireorganiquedumtabolisme(fumarate),
quisontrduitsennitrites,sulfitesetsuccinates,respectivement;
c)

RESPIRATION AEROBIE: une ouplusieurs tapes supplmentaires existent lelong de lachane des
cytochromes et cytochromes oxydase qui sont aussi des enzymes localiss dans la membrane
cytoplasmique.LaccepteurterminaldlectronsestlO2.Desperoxydes(parexempledhydrogneH2O2)et
desradicauxlibres(O2+ouO2ouionsuperoxyde)doxygneseforment.Cesperoxydesetionssuperoxydes
sonttoxiquespourlecellulecarilspeuventragiravecdesmolculesorganiquesprovoquantdesmutations
hauteur de lADN et un empoisonnement des enzymes (protines). Diverses enzymes, dont les
cytochromesoxydases(peroxydase)ellesmmes,peuventdtoxifierlesperoxydes.Lacatalase(2H 2O2
donnent O2 + 2 H2O) en est un autre exemple. Les radicaux libres doxygne sont dtoxifis par la
superoxydedismutase(2O2+2H+donnentO2+H2O2,quiseradgradeparlacatalase).

46

LesbactriesCHIMIOAUTOTROPHEStirentleurnergiedeloxydationdesubstratsinorganiquestellesque
dufer,delhydrogne,dusouffre,delammoniac,desnitritesLeschanesdetransport etlesmolcules
accepteurs intermdiaires dlectrons peuvent diffrer bien entendu par rapport aux bactries
CHIMIOHETEROTROPHES.Parcontre,laccepteurterminaldlectronsestlO2,pourquasitoutes.
3.3.2.Rapportsavecloxygne
Siletypedemtabolismenergtiqueutilisparlabactriedpenddeschanesmtaboliquesexistantes,doncde
la gntique de la bactrie, ses rapport avec lO2n et in fine, sa capacit vivre en prsence doxygne,
dpendentdelasensibilitdesesenzymesauxdrivs(peroxydes,ionssuperoxydes)toxiquesdoxygneetde
sescapacitsdedtoxificationdecesdrivs.
Parmilesbactriesmtabolismerespiratoire,denombreusessontarobiesstrictes(Pseudomonas,Bacillus),
car elles ne peuvent utiliser que loxygne comme accepteur terminal dnergie (respiration arobie
exclusivement).Certainesespcesparmicesgenrespourront,cependant,utiliserdautresrcepteursterminaux
dnergie(respirationanarobie)quandloxygnevientmanqueretpousser,bienquedefaonsuboptimale,
enconditionsanarobies (arobies facultatives;mtabolismerespiratoire arobie prfrentiel). Untroisime
groupe de bactries mtabolisme respiratoire arobie exclusif est celui des bactries microarobies
(Campylobacter, Helicobacter) qui ne peuvent pousser quen prsence dune tension rduite en O2. Leurs
mcanismesdedtoxificationdesperoxydesnesonteneffet pasassezpuissantsenprsencedunetension
normale enO2.Cesbactries mtabolisme respiratoire arobie, exclusifouprfrentiel, sont quasi toutes
positiveslaractiondecatalaseet,enmajorit,laractiondoxydase(voirlaboratoire).
Parmi les bactries mtabolisme fermentatif, de nombreux genres sont anarobies stricts: Clostridium,
Bacteroides (mtabolisme fermentatif exclusif). En prsence doxygne, ces bactries meurent. En effet,
mmesilnexistepasdechanesappropriesdetransfertdlectrons,loxygneaccepteassezspontanmentdes
lectrons.Lesenzymesdecesbactriessontdoncintoxiquesparlesperoxydesetionssuperoxydesquise
forment spontanment, puisque ces bactries ne possdent pas, non plus, de systme de dtoxification des
radicauxtoxiquesdoxygne.Lasensibilitloxygnevariecependantselonlesespcesdanschaquegenre;
certainesespcespeuvent mmesurvivrequelquestemps lair(arotolrance), leursenzymes tantmoins
sensibles ces radicaux (Clostridium perfringens) ou des systmes de dtoxification existant (Bacteroides
fragilisquiestpositiflaractiondecatalaseetdoxydase).Dautresgenres,toutenpossdantunmtabolisme
fermentatif, poussent en atmosphre arobie, bien que de manire suboptimale (anarobies facultatives:
Streptococcus;mtabolismefermentatifprfrentiel).Cesderniresbactriessontngativeslaractionde
catalaseainsiqucelledeloxydase,maispossdent,commelesbactriesarobiesunesuperoxydedismutase,
quidtoxifielesradicauxlibresformsenprsencedO2.

47

Quant aux bactries mtabolismes respiratoire et fermentatif, elles poussent dans nimporte quel type
datmosphre:Enterobacteriaceae,Pasteurellaceae.Dansunpremiertemps,leurmtabolismeestrespiratoire
dansunbouillondeculture,pourprogressivementpasseraumodefermentatifaufuretmesuredelpuisement
enO2 etenautresaccepteursterminauxdlectrons.Ellessontpositiveslaractiondecatalase.Laraction
doxydaseestpositive(Pasteurellaceae)oungative(Enterobacteriaceae).
Untestpermetdtudiergrossirementlemtabolismenergtique:letestOxydation/FermentationoutestO/F
(voirlaboratoire).Enbref,cetestconsistetudierlacidificationdedeuxtubescontenantdubouillonglucos
forteconcentration(1%)etunindicateurdepH.Untubepermetlacroissanceenprsencedatmosphre;le
secondtubeestrenduanarobie. Silesdeuxtubessont acidifis, lersultat est F (pourFERMENTATIF).
Donneront ce rsultat les bactries mtabolismes respiratoires arobie et anarobie (= bactries arobies
facultatives), les bactries mtabolismes respiratoires et fermentatif (= bactries aroanarobies) et les
bactriesmtabolismefermentatifexclusifpouvantpousserenprsencedoxygne(=bactriesanarobies
facultatives). Si seul le tube ouvert est acidifi (parfois seulement en surface), le rsultat est O (pour
OXYDATIF). Donneront ce rsultat les bactries mtabolisme respiratoire arobie exclusif (= bactries
arobiesstrictes).Siseulletubefermestacidifi,ilsagitdebactriesmtabolismefermentatifexclusif,
anarobiesstrictes.Siaucundestubesnestacidifi,celasignifiequelesbactriessontinactivessurleglucose
(genres Brucella et Bordetella qui sont des bactries arobies strictes, mtabolisme respiratoire arobie
exclusif).Maisilpeutaussisagirdebactriesquiutilisentleglucose,maisnepeuventacidifierlesmilieux
utilissdansletest:productiondetroppeudacides,productiondepigmentsmodifiantlateinte

3.3.3.Fermentationsbactriennes
Lafermentationbactrienneestdoncdfiniecommeunprocessusmtaboliquelibrateurdnergie,danslequel
descompossorganiquesserventdedonneursetdaccepteursdlectrons.Ellessepassentdansdesconditions
anarobies.LestransporteursdlectronssontdesdshydrognasesNAD/NADPetdanscertainesbactriesdes
ferrosulfoprotinesnonhmiquesouferrdoxines.LaproductiondATPestlimitelaractiondoxydationdu
substrat.
Lesfermentationsseclassentparrfrence:
a)

lanaturedusubstratferment(hydratesdecarbone,composazots,compossminraux);

b) lanaturedu/desproduit(s)terminal(aux),engnraldesacides;
c)

lanaturedela/deschane(s)mtabolique(s)suivie(s).

Cestainsiquelonparleradelafermentationduglucose,dumannitol,dulactose,dutryptophane,delure,des
nitrates.Certainesfermentationsneproduisentquunmtaboliteterminal(=homofermentation).Unexemple
typique est lacide lactique chez les bactries lactiques. Dautres fermentations produisent un mlange de
produitsfinaux(=htrofermentations).Certainesbactriesfermententleshydratesdecarboneenproduisantdes

48

gaz(surtoutduCO2,parfoisH2ouCH4).Cegazestdtectdanslesbouillonsglucossaumoyendunecloche
renverse. Quant aux voies mtaboliques des fermentations, elles sont souvent mal connues. Diffrentes
fermentations sont recherches au laboratoire dans des tests valeur didentification des bactries (=
BIOTYPIE;voirlaboratoire).
3.3.4.Respirationbactrienne

De nombreux intermdiaires supplmentaires, dont divers sont localiss dans la membrane cytoplasmique,
interviennentdansleschanesrespiratoiresarobieetanarobie:ilsexistentsousformedecoupleenzyme
oxydenzyme rduit. La forme rduite est oxyde en cdant les lectrons laccepteur suivant jusqu
laccepteurterminal.LespremiersintermdiairessontdesdshydrognasesNAD/NADP(commepourles
fermentations)oudesrductases.LestransporteurssuivantssontdesflavoprotinesFMNouFAD.
Les intermdiaires suivants sont localiss dans la membrane cytoplasmique. Les premiers possdent un
coenzyme driv de benzoquinone. Il en existe de diffrents types: ubiquinone (UK), mnaquinone (MK),
dimthylmnaquinone (DMK). En labsence doxygne, la chane sarrte ce stade et les lectrons sont
transfrssurlaccepteurterminal(nitrates,sulfates,fumarate)(=respirationanarobie).
Lesderniersintermdiairesdanscettechanedetransportdlectronssontlescytochromes(cyt),hmoprotines
coenzymesdenatureporphyriquelisdufer.Ilenexistedediffrentstypes:cyta,cytb,cytc,chaquetype
ayant diffrents variants. Chez certaines bactries, un autre type de ferroprotine existe paralllement aux
cytochromes.Lesdernierscytochromestransfrentleslectronssurloxygne(=respirationarobie).Maisdes
peroxydesetdesionssuperoxydesseforment.Heureusement,toutenfindechanedetransport,peuventse
trouverdescytochromesquiagissentaussientantquoxydases:lescytochromesoxydases.Ellesappartiennent
auxclassesaetcdanslesbactries.EllescatalysentuneractionparlaquelleleslectronssonttransfrssurO 2,
en mme temps que des ions H + du milieu, donnant naissance H2O. Les peroxydes peuvent aussi tre
dcompossparlacatalase(2H2O2donnent2H2O+O2)oulaperoxydase(H2O2donneH2O+O+accepteur
doxygne)etlesionssuperoxydesparlasuperoxydedismutase,quitransfrelesradicauxdoxygnesurdes
accepteurs.
La catalase est recherche au laboratoire en mlangeant les bactries une solution 3 % d H 2O2. La
peroxydasepeuttrerechercheenmettantlesbactriesenprsencedunesubstancequichangedecouleurpar
oxydation.Lescytochromesoxydasesdelaclassec(lesplustypiques)sontdcelablesaulaboratoireenutilisant
unractifdnommttramthylparaphnylnediamineouTMPD,quiestrduitenuncomposcolorparces
enzymes(voirlaboratoire).Cependant,certainesbactriesdonnentuneractionTMPDoxydasepositivesans
produiredecytochromeoxydasec.

49

Ilexistebiensrdiversvariantsdenzymesdansceschanesdetransport.Labsenceoulaprsencedecertains
enzymes (UK, MK et/ou DMK, par exemple) ou cytochromes ont dailleurs valeurs taxonomique et de
confirmationdidentit.
3.4.Synthsesbactriennes
Lesmacromolculesconstitutivesdesdiversesstructuresbactriennessontassemblespartirdeleurssous
units:
a)

acidesaminspourlesprotines,

b) nuclotidespourlesacidesnucliques,
c)

sucrespourlespolysaccharides,

d) glycroletacidesgraspourleslipides.
Cessousunitspeuventprovenirdumilieuextrieurmaisdenombreusesbactriespeuventaussilessynthtiser.
Cessynthsesainsiquelaconstitutiondesmacromolculesmettentenuvredesenzymesspcifiques.Seules
lesespcesbactriennesquisynthtisentlesenzymesadquatspeuventsynthtiserlessousunits.Cellesquien
sontdpourvuesdoiventlestrouverdanslemilieuextrieur,dolancessitpourcertainesbactriesdecrotre
surdesmilieuxriches:milieuxausang,ausrum,ausojaoulacervelle(Streptococcusparexemple).Dans
dautrescas,cesbesoinssonttrsnombreuxetconnusprcisment.Diversesbactriesdemandentuneforte
concentrationencystine,dautresdemandentlaprsencedeNAD/NADP(facteurV)etdeprotoporphyrines
(bactriesAUXOTROPHEScommelegenreHaemophilus).
Leschanesanaboliquesutilisesparlesbactriessontasseznombreuses,maistoutesnesontpasncessairesen
mmetemps,enfonctiondelacompositiondumilieu.Dessystmesdergulationpositiveetngativedesgnes
quicodentpourtoutescesenzymesexistentdonc(=rgulons),ilssontinfluencsparleprsenceoulabsence
decertainssubstrats(polymres,lmentssimples,ions)danslemilieuextrieur.
Endehorsdessynthsesdesmacromolcules constitutives,certaines bactries produisent despigments,des
poisons,desantibiotiques.Parmilespigments,certainsontvaleurdiagnostique:lapyocyanineetlapyoverdine
de Pseudomonasaeruginosa.Cespigmentscolorentlacolonie,ainsiquelesmilieuxsolidesetliquides,sils
sontsolublesdansleau(cfrtestO/Fnonlisible).Parmilespoisonsbactriensfigurentlesbactriocines,dontle
groupedescolicinesproduitesparEscherichiacoli.Quantauxantibiotiques,ilsserontdcritsdanslechapitre8.
Lesproduitsexcrts doivent franchir lamembrane cytoplasmique chez lesbactries Gram+, lamembrane
cytoplasmiqueetlamembraneexternechezlesbactriesGram.Lexcrtiondesprotinesadjtdiscute.
Celledesautresmolculesneserapasdcrite.Eneffet,lesvoiesquellesempruntentsontcomplexesetencore
peuconnues.

50

51

4. Multiplication et croissance bactriennes


4.1.Cyclecellulaireetdivision
Lessynthsespermettentauxbactriesdecrotreentailleetenvolume.Aunmomentdonnaucoursdeleur
croissance,unsignalapparatquienclenchelesmcanismescomplexesdelareproductionbactriennequise
passe, pour la grande majorit dentre elles, par scissiparit. Cette division cellulaire reprsente un stress
important pour la cellule bactrienne. Le problme est, en effet, complexe: une synthse de nouvelles
membranesetparoisetlasparationdesdeuxcellulesfilles,dansunmilieuhostileolapressionosmotiqueest
diffrenteetlestoxiquesabondants.Lesbactriesontdveloppdesmcanismesrgulateursquileurpermettent
defairefacecestress,mcanismesquicommencenttrecompris.Ilestimportantdenprendreconnaissance
danslesgrandeslignes,afindemieuxapprhenderlaviedesbactriesnonseulementaulaboratoire,maisaussi
dansleurshteschezlesquelsellesprovoquentdesmaladies.
LesconnaissanceslesplusimportantesconcernentlesbactriesGram,dontparticulirementEscherichiacoli.
CetteprsentationdelareproductiondE.coliseracompltepardesdonnessurlesbactriesGram+etsurdes
bactriesquinesereproduisentpasparscissiparit.
4.1.1.DesbtonnetsGram(Escherichiacoli)
Les lments concernant les paramtres et le timing de la division dune cellule dEscherichia coli sont
probablementvalables,dansleursgrandeslignes,pournombredebactries.
4.1.1.1.Lesparamtres
DansuneculturedEscherichiacoli,lescellulesbactriennessont,chacune,unetapediffrenteducyclede
vie.Leslongueursobservesdeplusde80%descellulesseretrouvententrelavaleurXetlavaleur2X;les
longueursdes20%decellulesrestantesnesenloignentpasbeaucoup.
Le changement de volume de la cellule bactrienne sous leffet des synthses dpend du changement de
longueur de la cellule, tandis que son diamtre (ou son paisseur si on prfre) reste constant. En fait, la
longueur,etparconsquentlevolume,dunecelluledEscherichiacoli,augmentecontinuellementaucoursdu
cyclejusquatteindreunevaleurcritiquequidclencheleprocessusdedivisioncellulaire.Quelleestcette
valeur critique? Elle est gale deux fois la longueur thorique la plus petite possible de la cellule
dEscherichiacoli(L)cestdirecelledunecellulenouvellementnedansunepopulationolenombrede
gnrationsparheureatteintzro.Cettedernirevaleurestencoreappelelongueurcellulaireunitaire(L u).Cette
valeurvariedunesouchedEscherichiacolilautre:E.coliB/rA:1,4m;E.coliK12Cr34:1,8m,par
exemple.

52

4.1.1.2.Timingducyclecellulaire
La division proprement dite dune cellule bactrienne est lie laccomplissement pralable des tapes
suivantes:
a)

terminaisondelasynthsedesprotinesncessairesladivisiondelabactrie;

b) terminaisondelarplicationdelADNchromosomiqueetsparationdesdeuxmolculesfilles;
c)

atteintedelalongueurseuilgaledeuxfoisL;

mais nest par contre pas lie une masse, un volume, une surface, une densit ou un rapport
longueur/paisseurparticuliers.Acemoment,ladivisionproprementditepeutcommencer.Cestroistapesetla
divisionellemmereprsentecequelonappellelecycledevieoucellulairedunebactrie.
Donc,uncyclecellulairebactrienpeutsediviserentroisparties:
Cycle=I+C+D
I=tempsrequispourlaprparation(lInitiation)ladivision;
C=tempsrequispourlarplicationdelADNChromosomique;
D=tempsrequispourlaDivisioncellulaireproprementdite.

PendantlespriodesIetC,labactriecrotenfaitpouratteindrelalongueurcritique2xL temps.Sicestrois
priodessesuccdentsansdiscontinuerdansletempsaucoursduncyclecellulaire,lalongueurdeIvarieselon
lesconditionsdumilieu,tandisquecellesdeCetDsontfixes.Pour Escherichiacoli,C=40minutesetD=20
minutes.LapriodeC(ourplicationduchromosome)estinitiedslafindunepriodeI,maispasavant.La
priodeDestinitiedslafindelapriodeC,maispasavant.Silemilieudecroissanceestpauvre,lapriodeI
estlongue;silesttrsriche,lapriodeIestcourte.Detoutesfaons,unenouvellepriodeI,soitunnouveau
cyclecellulairedmarredslafindelapriodeIprcdente,cestdireenmmetempsquelapriodeCdu
cycleprcdent.
EXEMPLES
SiIest60minutes(milieupauvre),celasignifiequilestplusgrandque(C+D).UnenouvellepriodeCne
commenceraquaprslacompltiondeladivisioncellulaireducycleprcdent.

53

Parcontre,dansdesconditionsdeculturemeilleures(milieuplusriche),Idevientinfrieur60minutesetest
donc<(C+D).Celasignifie,donc,quunenouvellepriodeC(rplicationduchromosome)commenceraavant
la finde la priode D prcdente, cest dire avant la fin ducycle prcdent. Le septum est toujours en
formation;lesdeuxcellulesfillesnesontpasencorespares.
SiIdevient<40minutesdansunmilieutrsriche,unenouvellepriodeCdbuteraavantmmelafindela
priodeCprcdente.Larplicationduchromosomebactrienduncyclenestpasterminequecelleducycle
suivantdbute.Plusieurs(6parexemple)fourchesderplicationdelADNchromosomiquesontdoncvisibles
danslacellulebactrienne.
Cependant,siIest<20minutes,ilnyaurapasdedbutdunepriodeDdunouveaucycleavantlafindela
priodeDducycleprcdent.Eneffet,sidiversespriodesCpeuventsesuperposer,diversespriodesDne
peuventlefaire.Unedivisioncellulaireproprementditenepeutcommencerquaprslafindelaprcdente.
PourunebactriecommeE.coli,letempsminimalduncyclecellulaireest20minutes.
Lesschmasducoursoralreprennenttroisexemplesdecyclesdedivision:pourlun,I=70minutes,pour
lautre,I=50minutesetpourletroisime,I=30minutes.
Enfait,ilestpratiquementimpossibledemesurerCetD.LesmesuresfaitesserontcellesdeUetT.
C+D=U+T
U=tempsquiscouleentrelinitiationdelarplicationetlapparitiondunecontractionvisiblehauteurdu
septumdedivision.
T=tempsquiscouleentrelapparitiondecettecontractionetlasparationdesdeuxcellulesfilles.
Pourdautresespcesbactriennes,letempsducyclecellulairevariebienentendu.Engnral,moinslabactrie
est riche en ribosomes et moins le chromosome porte de copies des oprons qui codent pour les ARN
ribosomiaux,pluslongestlecyclecellulaire.
4.1.1.3.Anatomiefonctionnelle
NousallonspasserenrevueleslmentsprincipauxquiseproduisentdurantlespriodesI,CetDducycle
cellulaire.
4.1.1.3.1.Danslecytoplasme
Durant la priode I, des ARN messagers et des protines sont synthtises de novo. Ces protines sont
ncessaireslinitiationdelarplicationduchromosome.UnARNprimer,lmentindispensablelinitiation
delarplicationdelADNchromosomique,estaussisynthtis.

54

PendantlapriodeC,lADNchromosomiqueserplique.Ilyaprsencedanslacellulededeux(leminimum),
six,voireplusdefourchesderplication,selonleslongueursrespectivesdespriodesI,CetD.Alafindela
priodeC,lesdeuxcopiesfillesduchromosomebactrienmigrentchacune,selonunmcanismeactif,versune
desdeuxfuturescellulesbactriennesfilles(=quipartition).PendantcettepriodeC,lesplasmidesprsents
dans la bactrie se rpliquent eux aussi pour doubler le nombre de copies (n) au moment de la division
bactrienneproprementdite,etserpartissentaussiquitablement,selondesmcanismesactifsoupassifsen
fonction de leur nombre de copies n, dans les deux futures cellules filles. Si lADN ne peut se rpliquer
normalement,silsubitdesdommagesetdesmutations,dus desradiationsparexemple,lapriodeDest
retarde.Sipouruneraisonquelconqueellenelestpas,unecellulefillesanschromosomenatraetdisparatra.
4.1.1.3.2.Ahauteurdesmembranes
Diversvnementsseproduisentgalementhauteurdesmembranesetdelaparoibactriennes.
Pendantladivisioncellulaireproprementditeouseptation,lasynthseduPDGestgntiquementindpendante
delasynthsedePDGpendantlacroissancedelacellule.Unebactriepeuttremutedansuneseuledeces
deuxpartiesducycle.Cestainsiquelonconsidrequetroissystmesenzymatiquesprincipauxpeuventtre
dcritsdanslasynthsedePDGdunebactriecommeE.coli,uncoccobacille:
a)

lesenzymesassurantunesynthseminimale(couvrant justelevolumecellulaire)dePDGautourdela
celluleencroissance.Grcecesenzymes,lacellulepeutcrotre,maissousformesphrique;

b) desenzymesmodifiantlaformenativeduPDGafindeluidonneruneformecylindrique.Ilssontactifssur
lensembledelasurfacecellulaire,sauflesples.LasynthseduPDGintervenantdansllongationdela
cellule est sensible la mcilliname, un acide amidinopnicillanique. En prsence de mcilliname, les
btonnetscessentdesallongeretdeviennentdescoques.Toutedivisionettoutecroissancedjentames
sachventcependant;
c)

desenzymesintervenantdansladivision(formationdenouveauxplescellulaires,septation,sparation).
Cesystmeestactivpriodiquement,quelesystmeb)soitfonctionnelounon.LasynthseduPDGlors
delaseptationestsensible,quantelle,auxpnicillinesetcphalosporines.Lactiondecesantibiotiques
rsulteenlaformationdefilamentsmultinuclssansseptumaucun.

LasynthseduPDGlorsdelaseptationestdiviseendenombreusestapesquidpendentdenombreuxgnes:
a)

lorsque la cellule atteint une longueur critique de 2 x L et lorsque le chromosome bactrien sest
entirement rpliqu, linitiation de la septation est dclenche dune manire non connue et un site
potentieldedivisionestactivsousladpendancedungneparticulier;

b) ltapesuivanteestledbutdelaformationduseptumetestsousladpendancedesproduitsdedeuxautres
gnes.Enleurabsence,lescellulescontinuentsallongersanscontractionvisible;

55

c)

ltapeultrieureestlacontinuationdelaformationduseptumetestsousladpendanceduproduitdun
nouveaugne.Lesmutantsmontrentmaintenantclairementunecontractionhauteurdusitededivision.
Cestaussiunmomentdegranddangercarcertainsantibiotiquesagissentspcifiquementsurlesenzymes
chargsdelaconstructionduPDGpendantcettetape;

d) aprslacompltionduseptum,leproduitdun5 me gneagitafindecliverladoublecouchedePDG
(hydrolyseduPDG).Lamembrane externe sinvagine sontour,maislescellules nesesparent pas
encore.Desstreptobacillessontlersultatdunemutationdanscegne;
e)

lesitededivisionestinactivparleproduitdun6 megneetlescellulesfillessesparent.SilapriodeC
ducyclesuivantestdjtermine,ilnyapasderepospourlesbactries:unenouvellepriodeDdbute
immdiatement.

4.1.2.DesbactriesGram+
ChezlesbactriesGram+,lescouchesinternesdelamolculedePDG,quiencomprendunedizaine,sonten
voiedesynthseetlescouchesexternesenvoiedautolyse.Aucoursducyclecellulairecomplet,lacouchela
plusinterneaudbutducycle,seretrouveenpositionlaplusexterneenfindecycle,cestdirejusteavant
lentamedunenouvelledivisioncellulaire.Acemoment,levolumeaaugmentconsidrablement etcette
coucheexternesupportedoncuntrsgrandstress.Desautolysinesdoiventdoncintervenir.Ellessechargentde
coupercertainesliaisonscovalentesduPDG,afindesoulagercestress.Cesautolysinessontsynthtisesdansle
cytoplasme,excrtesautraversdelamembraneplasmiqueetsuiventlemmecheminquelescouchesde
peptidoglycanverslextrieur.Ellessontensuiterelchesdanslemilieuextrieur,maispeuventserassocier
aveclePDG,parexemple,dansdesculturesconcentres.
4.1.2.1.DescoquesGram+(

Enterococcusfaecium

)
Letempsdegnrationminimaldecettebactrieestde30minutesdansunmilieuriche(duredelapriodeD).
LaduredelapriodeC(rplicationdelADN)estde50minutes.Leseptumestformquatorialement,par
accumulationcetendroitduneplusgrandequantitdePDGnouvellementsynthtis,etpeutsevoiraisment
aumicroscopelectroniquetelunezonedinvaginationdelaparoiquipntredanslacellule.Ceseptumva
pntrerdanslacellulesurunecertainedistance,maissarrterasilarplicationdelADNnaputrecomplte
entemps,toutcommechez E.coli.Laformationduseptumsecomplteetlesdeuxcellulesfillesvontse
sparer.
Enfait,cettesparationdpenddelaconcentrationenautolysines.Lorsquelacultureestpauvreencellules
bactriennesetinvivochezlhte,lesautolysinessontsurtoutprsentesdanslemilieu,lesbactriesfillesnese
sparentpascompltementetleschanesstreptococciquesseforment(genres Streptococcus, Enterococcus et
Lactococcus). Par contre, lorsque la culture est riche en cellules ou dans une colonie, les autolysines se
rassocientauPDGdesbactries,lescellulesfillessesparentcompltementetleschanessontrares.

56

LesgenresStreptococcus,Enterococcuset Lactococcusdonnentnaissancedeschanesstreptococciquesplus
oumoinslonguescarilssedivisentselonunplan quatorial.Lesformesdettradeset destaphylocoques
apparaissentparcequelesbactriessedivisentselonplusieursplansquatoriauxdemanireordonneounon:
deuxplansordonnspourlesttrades,troisplansordonnspourlessarcines,troisplansdsordonnspourles
staphylocoques.Parplansordonnsoudsordonns,ilfautcomprendrequunegnrationparticuliretoutes
lescellulessedivisentselonlemmeplanquatorialetenmmetemps,oudemanireanarchique.Lesbactries
desgenres Staphylococcus et Micrococcus sedivisentselonlestroisplansdelespacedemanireanarchique
donnantnaissancedesamasirrguliersenformedegrappederaisins.
4.1.2.2.DesbtonnetsGram+(

Bacillussubtilis

)
DiffrentslmentscitspourE.coli(concernantlesbtonnets)etpourEnterococcusfaecalis(concernantles
Gram+)sontvalablespourBacillussubtilis.LesbtonnetsGram+peuventaussinepassesparercompltement
etformerdeschanes(streptobacilles):genres Bacilluset Clostridium;oudespairesaveclesdeuxbtonnets
parallles,enchaneouenV:genres Listeria, Arcanobacterium, Rhodococcus, Erysipelothrix;ouenamas
irrguliersditsenlettreschinoises:genreCorynebacterim;
4.1.3.Desactinomyctes
Le groupe informel des actinomyctes comprend diffrents genres bactriens Gram+ qui se multiplient
exclusivement, prfrentiellement, ou occasionnellement, selon un mode se rapprochant assez de celui des
champignons.Plusieursdecesgenrescomprennentdesbactriespathognespourlesanimauxdomestiques,et
parfoispourlhommeaussi:Mycobacterium,Actinomyces,Dermatophilus,NocardiaetRhodococcus.
Maislegenre le plusreprsentatif de ce groupeest legenre Streptomyces,dont nousneparlerons pas en
pathologie,maisdontdenombreusesespcesproduisentdesantibiotiques.Lecyclecellulairedesbactriesdu
genreStreptomycespeuttrersumcommesuit.
Lacellulebactrienneinitiale,appeleerronmentsporelibre(erronment,carilnesagitnullementdune
sporebactrienne),crotlasurfacedumilieudesupportnonseulementensallongeant,commetoutebactrie,
maisaussienseramifiantet,mme,enpntrantenprofondeurdanslemilieu,sanssediviser,sansquaucune
septationnapparaisse(=myclium).Aprsquelquesjours,lemycliumproduitdesstructuresariennesqui
stendentenhauteur(=hyphesariens).Cesstructuresvontdvelopperdestorsades,teluntirebouchon.Leur
partieterminale,aprsunesriederplicationsetdemigrationsduchromosomebactrien,montrelapparition
dunnombreimportantdvnementsdeseptation,quisontlabasedelaformationdautantdejeunescellules
bactriennesquivont,aprsmaturationetlibration,donnernaissancedenouvellesformeslibres,pourquele
cyclevitalrecommence.

57

Tous les actinomyctes ne prsentent pas ncessairement toutes ces tapes dans leur cycle vital. Certains
mycliumsneseramifientpas(genreMycobaterium)ounepntrentpasenprofondeur;dautresneproduisent
pas dhyphes ariens (genres Mycobacterium, Actinomyces, Dermatophilus); Les spores du genre
Dermatophiluspossdentaussilapropritdtremobiles.
4.2.Croissancebactrienneenculture
Lacroissance est dfinietelleuneaugmentationordonnedesconstituantschimiquesdunorganisme. Elle
saccompagnedunemultiplicationcellulaire.Pouruntrepluricellulaire,celasetraduitparlaugmentationde
lataille;pourdestresunicellulaires,celasignifielaugmentationdunombredindividus.Lesparamtresqui
permettentdedfinirunepopulationdunicellulairessont:lamassecellulairetotalesouventtraduiteparlepoids
sec et le nombre de cellules. Le poids sec dune culture augmente rgulirement. Le nombre dindividus
augmentethoriquementparcoups.Eneffet,touslesindividusdunesouchebactriennedonnedansdes
conditionsdonnesdemilieuontlemmetempsdegnration.Cetteaffirmationestvalabledanslescasde
populationspeunombreuses(dbutsdeculture)oubiendansdescasdecroissancesynchronise.Dansdes
populationsnormalesdebactries,lenombredecellulesaugmenteenfaitrgulirement,toutcommelamasse.
Eneffet,dsquelenombredindividusatteintuncertainchiffre, lesdiffrencesminusculesderapiditde
croissance qui existent entre tous les individus de cette population font que leurs divisions ne sont plus
synchronises.

4.2.1.Culturesenmilieuliquide
Lenombredecellulesprsentesdansuneculturebactriennedoublechaquegnration.
Nn=2nN0
Nn=nombredindividuslaenimegnration.
N0=nombredindividuslagnration0.
N=nombredegnrations.
Maislenombredindividusdpenddoncaussidutempsdeculture.
Nt=2ktN0
Nt=nombredindividusautempst.
N0=nombredindividusautemps0.
k=constantedurythmedecroissance.
t=temps.
Lenombredecellulesaugmentedoncexponentiellementparrapportautemps;autrementditlelogarithmedece
nombredecellulesaugmentelinairementenfonctiondutemps.Laconstantedurythmedecroissance(k)est
unevaleurquidfinitlenombrededoublementdelapopulationparunitdetemps.Lavaleurhabituellement

58

exprimeestcelledutempsmoyenrequisdedoublementdelapopulationoutempsdegnration.Cettevaleur
est gale 1/k. Des bactries ayant des k constants verront le logarithme du nombre dindividus dans la
populationaugmenterlinairementparrapportautemps.Desbactriesayantdesknonconstants(cequiest
frquentlorsquelacroissancesefaitdansdesconditionslimites)verrontlelogarithmedunombredindividus
danslapopulationaugmenterexponentiellement(kaugmenteavecletemps)oudcrotreselonuneracine(k
diminueavecletemps)parrapportautemps.Unepopulationaureposaunkgalzro.Lekestdonclapente
delacourbedecroissanceenchellesemilogarithmique.
Nousexaminerons successivement deux conditionsde culture en milieu liquide: celle ola croissance est
limiteparlpuisementennutrimentsoulaccumulationdemtabolitestoxiquesetcelleounapportconstant
ennutrimentsestassurainsiquuneliminationdesmtabolites.

4.2.1.1.Encroissancelimite
Quatrepriodessontvisiblesdanslacourbedecroissanceduneculturebactrienneenconditionslimites,dans
unbouillonnutritifquireprsentelelogarithmedunombredecellulesvivantesenfonctiondutemps.Lesquatre
priodessuccessivessont:laphaselag(I),laphasedecroissanceexponentielle(II),laphasestationnaire(III)et
laphasedemortalit(IV).DurantlesphasesIetIII,laconstantedurythmedecroissance(k)estnulle ;durantla
phaseII,elleestpositiveet,durantlaphaseIV,elleestngative.Aucoursdestransitionsentrephases,lavaleur
dekvarie.
Laphaselag(I)correspondunepriodedadaptation,auniveaumolculaire,delabactrie.Ellenestpas
toujoursprsente. Saprsence et salongueur dpendent deltat descellulesensemences et dessubstrats
prsents.Laphaselagcorrespondunesynthsederibosomesetdeprotineset,ventuellement,linduction
defonctionscataboliques.
La phase de croissance exponentielle (II) rpond aux diffrents paramtres dj cits. Elle sarrte
progressivementpourdeuxraisonspossibles:unechutedelateneurennutrimentset/ouuneaccumulationde
mtabolitestoxiques.Sarapiditdapparitionetlaformedelacourbedpendentdesmolculesimpliques.Un
cas particulier est celui de la diauxie. Aprs une phase de croissance exponentielle, celleci sarrte car le
substratleplusaismentcatabolis(glucoseparexemple)estconsomm.Ilnesagitpasencoredelapparition
delaphasestationnaire,maisbiendecelledunesecondephaselagquicorrespondlinductiondelasynthse
desenzymespermettantladgradationdunsecondsubstrat,moinsaismentcatabolis(lactoseparexemple).
Unesecondephasedecroissanceexponentiellesuitcettesecondephaselag.

59

Aprslarrtdelacroissanceetpendantlaphasestationnaire(III),deschangementsnotablesinterviennentdans
lescellules:chutedelaconcentrationenribosomesparexemple,quientrentprogressivementenrepos.Lefait
quelavaleurdelapopulationsoitnullependantcettephase,nesignifiecependantpasquetouteslescellules
soientaurepos.Sicertaineslesontbien,dautrescontinuentcrotreetsediviser,tandisquedestroisimes
meurenttoutsimplement.
LaphaseIVestunephasededcroissanceexponentielledunombredebactriesduelamortdescellules.La
massecellulairedcrot,elleaussi,soitimmdiatementsilalyseestimmdiate,soitplustardivementdanslecas
contraire. Anouveau,toutelapopulationbactrienne delaculture nesetrouvepasdanslemme tat.Si
beaucoupdecellulessontaureposetmeurent,certaines,plusrsistantesetdeplusenplusraresaucoursdu
temps,continuentcependantvivreetsediviser.
4.2.1.2.Encroissancecontinue
Lesculturescontinuespermettentunecroissanceexponentiellependantplusieursjours,voireplusieurssemaines.
Lentredemilieunutritiffraisetlasoritedesmtabolitessontadaptslavitessedecroisancedelabactrieet,
donc,larichesseetauxvariationsdumilieu.Audbut,lorsquelamultiplicationcellulaireestplusleveque
llimination,laculturesecomportecommedcritaupointprcdent.Aprsunmoment,cependant,untat
stationnaireestatteint:cestlechmostat,danslequellacroissanceestautorgulatrice.Silliminationesttrop
leveaudpart,ilyauneperteprogressivedescellulesetunedisparitiondelapopulation.
4.2.2. Sur milieu solide
La colonie bactrienne est une entit morphologique observe aprs croissance bactrienne sur tout milieu
solide,quipermet,danscertaineslimites,dereconnatreetdediffrencierdesespcesbactriennes,voiredes
souchesdunemmeespce,entreelles.Elleestcomposedunassemblagedecellulesetdeplusenplusde
bactriologistesenparlentcommeduneorganisationmulticellulairedesbactries.Lescoloniesdiffrententre
ellespardiverscritres:dimension,couleur,forme,profil,texture,odeur,Cesdiffrencessontdorigine
gnotypique(dueslorganismeluimmeetlinformationgntiqueycontenue:mobilit,capsule,pigment)
et dorigine phnotypique (dues la composition du milieu qui influence lexpression du gnotype des
bactries).Deuxsouchesouespcesbactriennesprochesdonnentengnral,maispastoujours,descolonies
trssemblables.
4.2.2.1.Dveloppementdelacoloniebactrienne
Unecoloniebactriennesedveloppeaudpartdunecellulebactrienne,oudunpetitnombredecellules.
Cestlaraisonpourlaquelle,dansdescomptagesdebactries,ilseratoujoursfaitmentiondunitsformant
colonies(UFCoudeColonyFormingUnitouCFUenanglais),etnondebactries.Lacroissancedmarre
de manire exponentielle en une couche monocellulaire, suite aux divisionscellulaires successives, jusqu

60

obtentiondequelquesdizainesdecellules.Lacoloniea,jusqucemoment,unestructurebidimensionnelle.La
structure tridimensionnelleapparat suite lapousse versle haut descellules rsultant deladivisiondes
bactriesprsentesaucentredelamicrocolonie.
Dscemoment,lavitessedecroissancedesbactriesdevientlinaire(saufpourProteusvulgarisoellereste
exponentielleprobablementsuitelagrandemobilitdecegerme)etlacoloniestaleradialement.Lavitesse
decroissanceradialedpenddelespce,delasoucheetdelarichessedumilieu.Parexemplesurmilieupeu
riche(glucosesels),lescoloniesdEscherichiacolietKlebsellapneumoniaecroissentde2025m/hlorsque
latempratureestcompriseentre20et37C,alorsque,surmilieuriche,cellesdEnterococcusfaecaliscroissent
de1823m/hetcelledeBacilluscereusde575m/h.Lavitesseradialedecroissancevarieaussiavecles
conditionsdeculture,latemprature(danscertaineslimites),letypedatmosphreetlaprsencedeau.Selonle
milieudeculture,lacoloniedEscherichiacoliaunevitessedecroissancevariantentre13(milieuminimal)et
330(TrypticaseSoyAgar)m/h.Unautrefacteurquiintervientdanscertainesespcesestlgedelacolonie.
Chez Pseudomonas sp.,bactries arobies strictes, unchangement de vitesseapparat avec lge suite la
mortalitdesbactriesprsentesaucentredelacolonie,olaconcentrationlafoisensubstratetenO 2diminue
fortement.Quantlahauteurdelacolonie,ellecrotlinairementpendant40heureschezEscherichiacolipuis
sarrte.
Ltude du profil des colonies montre donc au bord une couche unicellulaire de bactries qui stendent
radialement.Leprofilestainsitrssouventconcavelapriphriedelacolonie,pourdevenirconvexeaufuret
mesure quonserapproche ducentre delacolonie.Lhypothse gnrale delacroissance dune colonie
bactrienneestdonclasuivante.Lextensionradialedelacolonieestduelaprolifrationdesbactriesdela
priphrie.Silonneconsidrequecettecroissance,lacolonieseraitunestructureplatestendantlinairement
verslextrieur.Cependant,commedjdit,lescellulesducentresemultiplientaussi,aumoinspendantun
certaintemps.Lemanquedeplacelesobligestendreverslehaut.Cetteextensionest,elleaussi,linaire.
Suitelacroissanceradialedescolonies,duelamultiplicationdescellulesdelapriphrie,toutemutation
apparaissantvasemarquerparlexistenceduntriangleparticulierdanslacolonie,formdesbactriesmutes.
Danscertainscas,cephnomnesemarqueramacroscopiquement(mutantsacapsuls),dansbeaucoupdautres
cas,cesmutantsneserontdcouvertsquepardesrepiquagessurdesmilieuxappropris.
4.2.2.2.Etatdescellulesbactriennesdanslacolonie
Lepointsuivantconsisteenlalocalisationdesbactriesenrellecroissanceetmultiplicationdansunecolonie.
Avecsondveloppement,lO2pntreramoinsprofondmentdanslacolonieetsaconcentrationaumilieude
cellecipourraatteindreleseuilzro.Deleurct,lessubstratsdiffusentdanslacolonieverslehautpartirde
lagar,pourcreruncontregradientdeconcentrationparrapportlO2.Dansunecoloniebiendveloppe,leur
concentrationaucentredecellecineseraplusoptimale.Quantauxmtabolitesetauxprotinesexcrtes,ils
diffusentdanslagarpartirdelacolonie,maisleferontmoinsvitedansunecoloniebiendveloppe.

61

Chez Pseudomonasputida,bactriearobiestricte,touteslescellulessontencroissanceetenmultiplication
dansdescoloniesjeunes,alorsqueseuleslescellulesprochesdelasurfacelesontdansdescoloniesges,lo
laconcentrationenoxygneestlaplusleve.Pour Escherichiacoli,bactriearoanarobie,lescellulesles
plus actives se trouvent en surface de lagar, que ce soit dans des colonies jeunes ou vieilles, l o la
concentrationensubstratestlaplusleve.Enfin,avecStaphylococcusaureus,bactriearoanarobieprfrant
pluttlesconditionsarobies,lescelluleslesplusactivesdansunejeunecoloniesetrouvent lasurfacede
lagar,tandisquellessetrouventverslasurfacedelacoloniedansunevieillecolonie,aupointcritiquede
rencontredessubstrats,quidiffusentverslehaut,etdelO2quidiffuseverslebas.
Pour des bactries arobies strictes, une autre consquence est une morphologie diffrente au centre et en
priphrieainsiquelapparitiondeprlyseetdelysedesbactriesducentre(Bacilluscereus:courtsbtonnets
ventuellement en phase lytique au centre et longs filaments incurvs en priphrie), la disparition de la
propritdeprisedecolorantsvitauxparlesbactriesducentre(Vibriocholerae),lasporulationplusabondante
chezlesbactriesprochesdelasurfacedelacoloniequechezlesautres(Bacillussp.).Pourdesbactriesaro
anarobies (par exemple Enterobacter cloacae), cette situation se traduira par une activit plus grande des
enzymesoxydatifsverslasurfacedelacoloniequenprofondeur,oloxygnediffusemoinsetolescellules
suivrontpluttunmtabolismefermentatif.

4.3.Influencedeparamtresdecroissance
Diffrentsfacteursphysicochimiquesinfluencent lacroissancedesbactriesenmilieuliquideousurmilieu
solideaulaboratoire.Ilsagitdesconditionsphysiquesdelaculturedunepartetdelacompositionchimiquedu
milieudautrepart.Cesinfluencessontsoitspcifiques,soitgnrales.

4.3.1.Leau
Leauestlessencemmedelavie,indispensablepourlexistenceetlavitalitdetoutecellule.Cetteformuleest
valablepourleseucaryotesetlesprocaryotes.Cependant,contrairementauxorganismessuprieurs,lesbactries
sonttotalementdpendantesdelateneureneaudeleurmilieu.Leauestunsolvantdemolculestrsvaries
intervenant dans de nombreuses ractions mtaboliques et entre en ligne de compte dans de nombreuses
ractionsmtaboliques.
Unedessicationlenteenprsencedairestextrmementnfastepourdenombreusesespces,bienquecertaines
y soient fortement rsistantes (famille Enterobacteriaceae). Par contre, une dessication rapide basse

62

temprature(35C:lyophilisationoufreezedrying)estuneexcellentemthodedeconservationdetoutes
les bactries. Il faut cependant nuancer cette affirmation par quelques remarques. La premire est que les
bactries lyophilises doivent tre conserves en ampoules sous vide, afin dviter tout processus de
rhydratation.Ladeuximeestqueletauxetladuredesurviedpenddelorganismeconsidr.Latroisime
est que la lyophilisation doit se faire dans un milieu adquat avec des agents protecteurs (protines
essentiellement).Toujoursestilquedenombreusesbactries,malgrdespertesencelluleslorsdecegenrede
manipulations,peuventsurvivrependantdesdizainesdannes.
4.3.2.Lapressionosmotique
Lapressionosmotiqueestlapressionexerceparunsolutdissoutdansleau.Lesbactriesviventdansdes
milieuxfaiblepressionosmotiqueparrapportlapressionosmotiquedeleurcytoplasme.Commeilatdit,
unedesfonctionsduPDGetdesmembranesexternesestdeprotgerlacellulecontreleseffetsnfastesdecette
diffrencedepressionsosmotiques,quelondnommeturgorpressureoupressiondeturgescence.Lespace
priplasmiqueetlesmaillesduPDGsontisotoniquesaveclecytoplasmeetservent,enquelquesorte,dcluse,
desas,lorsdechangementsimportantsdanslapressionosmotiquedumilieuextrieur.Dansunmilieupartrop
hypotonique,lacelluleauratendancegonfler(plasmoptyse);dansunmilieuhypertonique,elleperddeleauet
atendancertrcir(plasmolyse).
Certainesmolculessontdesagentsosmoprotecteurs (proline,glycinebtane). Celasignifiequelorsquela
concentration intracellulaire en ces molcules est leve grce des apports extrieurs, les cellules
dEscherichiacolisontplustolrantesauxchangementsdepressionosmotiqueextrieurequelescellulesdans
lesquellescetteconcentrationestnormale.
Enfin,chez Escherichiacoli,laproportionenprotinesdemembraneexterneOmpFetOmpCvarieselonles
conditionsdosmolaritdumilieuextrieur.Cesdeuxprotinescrentdesporesdanslamembraneexterneau
traversdesquelsdepetitssolutspeuventdiffuser.LesporesdOmpFsontplusgrandsqueceuxdeOmpC.Dans
desconditionsolemilieuextrieurpossdeunefortepressionosmotique(parexempledanslintestin),la
proportionOmpF/OmpCestde1/25.LesporesdeOmpCtantpluspetits,certainscomposs,quipourraient
savrertoxiques,sontexclus.Dansdesconditionsdefaiblepressionosmotiqueextrieure(milieuextrieur
normal),cetteproportionestde15/1.Eneffet,dansdesconditionsdefaiblepressionosmotique,letauxde
diffusionestfaibleetdepluslargesporessontprsentspourpermettreuneentremaximaledesubstratssoluts
prsentsenfaiblesconcentrations.
4.3.3.LepH
DesbactriessonttrouvesdansdesconditionsextrmesdepH(surtoutlesArchaebactries),depH1,0(sources
sulfuriquesacides)pH11,0(lacsalcalins).Lesbactries,quinousconcernent,poussentdespHquitendent

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verslaneutralit,quoiquelgrementalcalins.Escherichiacoli,parexemple,poussesansproblmeentrepH6,0
etpH8,0etpeutencorepousser,quoiquedifficilement,desvaleursplusextrmestellespH5,0etpH9,0.Ces
valeursdepHrefltent,biensr,lespHextrieurs(pHe).LesvariationsdepHinterneoucytoplasmique(pHi)
sontbeaucoupplustroitesquecellesdupHextrieur.
Ilestdailleursheureuxquilensoitainsi,carlesenzymescellulairesnepeuventfonctionnerquedansdes
valeurstroitesdepH.TroisgroupesdebactriessontainsidfinissurbasedesvaleursdepHi.Lesbactries
acidophiles,dontlepHioptimalestsituentrelesvaleurs6,5et7,0;lesneutrophiles,dontlepHioptimalest
situentrelesvaleurs7,5et8,0(Escherichiacoli,Bacillussubtilis,etc);etlesalcalophiles,dontlepHioptimal
estsituentrelesvaleurs8,4et9,0.SiEscherichiacolipousseencoredesvaleursdepHede5,0etde9,0,ds
quelepHiatteintlavaleurde6,6,ellearrtedepousser,etsacroissanceestdjrduitede2xpH7,2.De
faiblesvariationsdepHiversdesvaleurslevesontdesconsquencesnfastesencoreplusdramatiquessurla
croissancedecettebactrie.
IlfautcependantsignalerqummepHe,lacompositiondumilieudecroissanceinfluencelepHi,cardes
acidesoudesbasesfaiblespeuventtraverserlesmembranes,etdautrepartlesproduitsinternesdumtabolisme
sontdiffrents.LacapacitdelabactriemaintenirstablesonpHisappellecapacittampon(buffering
capacity).Cettecapacitsesubdiviseencapacittampondelasurfacebactrienne(Bo)etcapacittampondu
cytoplasme(Bi).LemaintiendepHifaitintervenirdestransportsdeprotonsetdionsmaislesmcanismes
molculairessontencoreinconnus.
4.3.4.Latemprature
Ilnesagitpasicideparlerdeleffet delatempraturedanslesproblmesdedsinfection,strilisationet
pasteurisation (voir chapitre 9), mais plutt de son effet sur la croissance et la composition cellulaire des
bactries.
Laplupartdesbactriespeuventvivreetsemultiplierdansunintervalledetempraturede30C.Laplacede
cet intervalle de temprature sur le thermomtre permet de classer les bactries en trois groupes: les
psychrophilesoucryophilesquiprfrentdesbassestempratures(de0C25C),lesmsophiles,aumilieu
(de10C45C)etlesthermophiles(de40C90C).Maislintervalledetempraturepourunecroissance
optimaleestplustroit:lintervalledArrhnius.Ensimplifiant,laconstantedecroissanceketletempsde
gnration1/krestentrelativementconstantsdanscetintervalle.Enmilieuliquide,lorsdupassageduneculture
dEscherichiacolidunetempraturelautredanslintervalledArrhnius,aucunephaselag(I)nestobserve.
LorsdunpassagedunetempraturenormaleunehautetempraturehorsdelintervalledArrhnius,une
longuepriodedefaiblecroissanceestobserveavantqueltatdecroissancequilibrenesoitatteint.Ces
phases lag sont la consquence du temps que prend la modification de la topologie de la molcule
chromosomiquedADN,afindassureruneexpressionoptimaledesgnesrequispourajusterlacomposition
cellulaireenacidesgrasetenprotines.Lorsdeladiminutiondelatemprature,uneaugmentationdelateneur

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desmembranesenacides grasinsatursest observe;aucontraire, unemthylationdeschanes insatures


apparat si la temprature augmente. Ces changements, destins maintenir une fluidit optimale des
membranes,sontsouscontrlegntique.DanslintervalledArrhnius,lacompositioncellulaireenprotines,
bienajusteselonlatemprature,nesubitpasdeprofondesmodifications.Ilnenestplusdemmehaute
temprature. Unesriedeprotines,appeles HTP(ouHighTemperature Proteins),voient leurtauxde
synthseaugmenterde1050fois.EllesinterviennentdanslarsistancethermiquedescellulesdE.coli.
Lors de passage dune culture dune temprature normale une basse temprature hors de lintervalle
dArrhnius,telunrefroidissementbrutalde374CpourEscherichiacoliouSalmonellaenterica,ilrestera
2x104 survivants,silsagitdunecultureenphaseexponentielleetenmilieuriche.Dansunmilieupauvre
(glucose/sels),cesbactriessontplusrsistantes.Parcontre,lemmechangementbrutaldetempraturepartir
dunecultureenphasestationnaireentranetrspeudemortalit,quelemilieusoitricheounon.Demme,un
refroidissement progressif entranera une faible mortalit. De plus, si du saccharose (0,3 Molaire) ou du
propylneglycolsontajoutsaumilieu,lamortalitestfortementrduite,voirenulle(=cryoprotection).
Parcontre,lescyclesrptsdeconglation/dconglationtuentlesbactries,probablementsuitelexposition
lafortepressionosmotiquequiexistedemaniretransitoire.Letauxdesurvivantsparcycleestde0,4.Alors
quelaphasedecroissance,ltatdaration,etlaconcentrationinitialenontpasdeffetsurcettevaleur,la
composition du milieu, et notamment les diffrences entre milieu jeune/vieux et milieu pauvre/riche, sont
fortementmarques.
Quantauxcellulescongelesellesmmes,ellesmeurenttrslentement,etcetauxdemortalitdiminueavecla
temprature.Enpratique,pourconserverdesbactries,ilvautmieuxlesrfrigrerlentement4C.Ensuite,
aprsajoutdeprotecteur,uneconglationrapidetempraturetrsbasse(aumoins20Cmais70Cest
mieux)estralise.Silonnajoutepasdeprotecteur,unmilieupauvreet/ouunecultureenphasestationnaire
sontprfrables.

4.3.5.Lapression
Les bactries sont subdivises en trois groupes: le premier groupe, dont la croissance est optimale une
atmosphre,maisdiminuederendementlorsquelapressionaugmente(bactriesclassiques);ledeuxime
groupe,composdebactriesdontlacroissanceestoptimaledespressionspluslevesquuneatmosphre,
maisquipeuventquandmmepousseruneatmosphre(bactriesbarophiles);etletroisimegroupe,dontla
croissancenestpossiblequdespressionslevescorrespondantdesprofondeursde700010400mtres
danslesocansetimpossibleuneatmosphre(bactriesbarophilesobliges).
4.3.6.Leson

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Silesbactriessurviventsansproblmedessonsdontlafrquenceestdemoinsde1000cyclesparseconde,il
nenestplusdemmelorsquelafrquenceatteintdesvaleursde100000cyclesparseconde.Desvariationsde
pression(cavitation)enrsultent,provoquantlapparitiondebullesquivontserejoindre,clateretfairese
romprelacellulebactrienne.Lesultrasonssontutilissaulaboratoirepourrompreetlyserlesbactriesdune
manirenonchimique.

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