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Science exprimentale : naissance, mtamorphose et limites

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17 | 2007 :
Objectif biotechs ?
D'un thme l'autre

PIERRE VIGNAIS

Rsums
Percer les mystres de Dame Nature Avec la science exprimentale, une nouvelle faon de
faire la science fait son apparition en Occident au XVIIe sicle et naura de cesse dvoluer
et de progresser. Nous publions ici des extraits dun panorama historique que Pierre Vignais,
tt disparu en 2006, avait dress de cette rvolution scientifique dans son livre Science
exprimentale et connaissance du vivant. La mthode et les concepts (EDP Sciences, 2006).
Understanding Nature mechanisms A new way of making science, experimental science,
born in Occident during the XVIIth century had never stopped evolving and improving. We
publish here some parts of an historical panorama about this scientific revolution written by
Pierre Vignais in his book Experimental Science and Knowledge of Life (EDP Sciences, 2006)
and published a few months before his death in 2006.

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Mots-cls : science exprimentale

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Nouvelles bases de raisonnement, nouveaux instruments, nouvelles mthodes de


mesures Cette priode particulirement florissante est marque par une
philosophie fortement dterministe et positiviste inaugure en France par Franois
Magendie et Claude Bernard, relaye en Allemagne par les physiologistes Johannes
Mller et Carl Ludwig, en Angleterre par le chirurgien Charles Bell.
La dcouverte de la circulation du sang publie en 1628 par William Harvey est
considre comme l'acte fondateur de la mthode exprimentale dans les sciences de
la vie. La rsolution de l'nigme portant sur la premire grande fonction des
organismes vivants marquait une rupture symbolique de dogme formul par Claude
Galien, mdecin de son tat, selon laquelle le cur se comportait comme une
bouilloire dont le rle tait de rchauffer le sang. On continuait d'enseigner, sans
l'avoir vrifi, que les deux ventricules du cur communiquaient par de larges
orifices, et que le sang issu du cur irriguait lentement le corps. La thorie galnique
avait travers sans encombre, ni questionnement, tout l'espace mdival.
En 1629, le mdecin italien Santoro Santorio ralise la premire exprience
mtabolique. l'aide d'une balance de sa confection o il peut s'asseoir, il mesure
son poids diffrents moments avant et aprs manger, aprs exercice, pendant le
sommeil. Il note une diffrence reproductible entre le poids des aliments ingrs et
celui des excrtas, explicable cette poque par la transpiration et qui le sera plus
tard par la respiration.
En 1668, le naturaliste italien Francesco Redi rfute, sur une base exprimentale,
la fable de la gnration spontane qui faisait natre des mouches partir de
viande pourrie et des souris partir de farine fermente. Le naturaliste hollandais
Jan Swammerdam dmontre que la contraction d'un muscle ne s'accompagne pas du
changement de son volume, ce qui invalide la thorie des esprits animaux qui
expliquait la contraction musculaire par une entre de ces esprits dans le muscle.
L'ouvrage Micrographia publi en 1665 par l'Anglais Robert Hooke inaugure l're
de la microscopie optique avec une description dtaille dinsectes, de coupes fines de
vgtaux. En Hollande, Antonie Van Leeuwenhoek, drapier de son mtier, fabrique
des microscopes simples (loupes) travers lesquels il observe des tres unicellulaires,
les protozoaires, qui fourmillent dans l'eau des mares. Il note la prsence dans la
plaque dentaire de btonnets, sans doute les premires bactries avoir t
visualises. De leur ct, l'anatomiste italien Marcello Malpighi et le botaniste anglais
Nehemiah Grew donnent une impulsion dcisive l'anatomie ultrastructurale
compare, ouvrant le domaine des modles exprimentaux.

En Angleterre, Francis Bacon, Chancelier d'tat, publie plusieurs traits expliquant


sa vision d'une politique scientifique garante de la prosprit d'un pays. Son Novum
organum (1620) est une rponse l'Organon d'Aristote o seule comptait
l'observation de la Nature. En France, Descartes publie son Discours de la mthode
(1637) o sont consignes les rgles qui doivent guider le chercheur : le doute, la
ncessit de rpondre uniquement des questions limites, puis passer du simple au
complexe.
Le XVIIIe sicle voit natre des questionnements, des querelles philosophicoscientifico-religieuses. Dans ce concert d'opinions domine la figure du grand
philosophe allemand Emmanuel Kant. Dans Critique de la raison pratique (1788),
tout en admettant une vision tlonomique de l'Univers, il affirme que la raison pure
ne peut dcider de l'existence de Dieu. cette mme poque, le vitalisme conteste
laffirmation que l'animal n'est rien d'autre qu'une machine.

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En raction, le XIXe sicle fort de ses dcouvertes en matire de chimie


physiologique se rangera du ct d'un positivisme scientifique profess par le
philosophe Auguste Comte et surtout reconnu au niveau scientifique sur le principe
du dterminisme imagin par Franois Magendie, explicit par Claude Bernard dans
son Introduction l'tude de la mdecine exprimentale (1865). La fin du XIXe sicle
connat des avances significatives dans le domaine de l'appareillage scientifique. Les
travaux de Abbe et de Zeiss font du microscope un appareil dsormais fiable (objectif
immersion, lentille apochromatique, lentille condensatrice). La chimie vient au
secours de la microscopie avec des teintures basiques ou acides qui colorent
slectivement les organites de la cellule.
L'ingnierie exprimentale ne cessera de progresser, s'adaptant
l'exprimentation physiologique et aboutissant l'individualisation de disciplines,
avec leurs outils propres d'exprimentation et leurs enseignements spcifiques :
cytologie, histologie, biochimie, embryologie, gntique, enzymologie, microbiologie,
immunologie, endocrinologie, pharmacologie

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Le chimiste allemand Eduard Buchner observe que la transformation du glucose


en thanol par la levure (ou fermentation alcoolique) que l'on pensait jusqu'alors tre
un attribut des cellules vivantes de la levure, pouvait tre reproduite
exprimentalement avec un extrait acellulaire obtenu partir d'un broyat de levures
(1897). Cette dcouverte, fortuite mais fondamentale, porte un coup la doctrine du
vitalisme. Dans les annes 1950, le rductionnisme exprimental se dveloppe avec la
mise au point de techniques servant isoler dans un bon tat structural des organites
endocellulaires (noyaux, mitochondries, lysosomes, peroxysomes, ribosomes,
fragments de rticulum endoplasmique, appareil de Golgi, cytosquelette, membrane
plasmique).
Le rductionnisme exprimental est un grand pas vers le dcryptage de la
machinerie de la biosynthse protique partir de l'information code porte par le
gnome, dans la connaissance du fonctionnement de protines membranaires
rinsres dans des membranes artificielles, ou bien dans l'lucidation des arcanes
des voies de signalisation depuis des rcepteurs localiss dans la membrane
plasmique jusqu' des effecteurs capables d'initier de subtiles transformations
chimiques.

Lexploration du vivant au niveau cellulaire et subcellulaire est dsormais possible


grce l'invention d'instruments et de techniques encore plus perfectionns
(imagerie de l'infiniment petit, microscope lectronique, radiocristallographie). Le
dnombrement et l'isolement de molcules issues de l'quipement cellulaire
deviennent faciles grce l'lectrophorse, la chromatographie, l'ultracentrifugation.
Le marquage de biomolcules par des isotopes radioactifs permet l'exploration de la
dynamique des processus cellulaires au niveau molculaire. On passe de l'exploration
de l'organe la cellule, puis celle d'organites endocellulaires et celle de

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macromolcules caractristiques de ces diffrents organites.


La dcouverte d'enzymes capables de dcouper et de recoller des fragments d'ADN
ouvre ensuite un nouveau champ d'exprimentation qui procde plus de l'ingnierie
molculaire que de lexploration cognitive du fonctionnement du vivant. Les
premires manipulations gntiques datent des annes 1980. En modifiant le
patrimoine gntique d'un tre vivant, il devient possible d'en modifier les caractres
phnotypiques. La dmarche biotechnologique de la mthode exprimentale, avec la
notion d'objectif programmable et ralisable sur un temps court est venue remplacer
la dmarche bernardienne. Grce la possibilit d'insrer un ADN tranger dans une
bactrie ou une levure, on peut produire des protines vise thrapeutique :
hormones de croissance, facteurs de la coagulation sanguine, vaccins...

La naissance de l'agnelle Dolly en 1996 inaugure la naissance du clonage


reproductif chez les mammifres et du mme coup gnre une polmique sur les
(consignes) thiques de cette performance dans la mesure o elle pouvait tre
applicable l'espce humaine. Non moins virulente fut celle concernant les plantes
gntiquement modifies, rsistantes aux pesticides et aux herbicides. Le clonage
thrapeutique a pour but d'offrir des patients des tissus du soi, donc
immunocompatibles, susceptibles d'tre greffs sans qu'il y ait rejet du greffon.
La thrapie gnique, issue du principe de manipulations gntiques, consiste
corriger les consquences adverses d'une mutation chez un patient par l'introduction
du gne non mut dans les cellules de ce patient. La tentation est videmment grande
de considrer dans le futur des manipulations du gnome des cellules germinales
humaines dans le but de corriger pour le patient et sa descendance une tare
handicapante. C'est dans ce contexte d'applications mdicales que se discute
actuellement l'utilisation des cellules souches. Leur emploi en mdecine rgnrative
pour se substituer par exemple des cellules dfaillantes en fait un objet de
recherches et de comptition, bien que l encore des considrations thiques et
culturelles s'avrent tre des freins puissants.

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La nouvelle tendance est au recueil dinformations par une approche


rductionniste et une analyse in fine et globalise grce aux outils de la
mathmatique et de l'informatique. C'est ainsi que l'approche monoparamtrique fait
place une approche multiparamtrique, typiquement illustre par l'emploi de puces
ADN (technologie du haut dbit). Ce qui permet par exemple d'valuer un instant
prcis le pouvoir d'expression de centaines de gnes la fois.
La biologie des systmes consiste considrer une espce protique, non plus
seulement comme une entit fonctionnelle, mais un partenaire capable dans on
entourage immdiat de multiples interactions transitoires avec d'autres partenaires
protiques. Il en rsulte que la dynamique cellulaire en est totalement modifie. La
connaissance de ces interactions est accessible l'exprimentation grce des
techniques issues de la biochimie et de la gntique. En fonction de la connaissance
des rsultats, la tentation a t grande de mathmatiser et de simuler l'aide de
systmes d'quations la dynamique de ces interactions. Des ordinateurs
multiprocesseurs capables d'effectuer des oprations complexes permettent dj de

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simuler des processus tels que le cycle cellulaire, le fonctionnement intgr des
chanes mtaboliques, les rponses de chanes de signalisation en fonction de
messages envoys par telle ou telle hormone.
Si les modles dterministes de simulation restent valables lorsque l'on s'adresse
un nombre lev de cellules, en revanche, les facteurs probabilistes prdominent
lorsque l'on s'adresse un faible nombre de cellules; les effets stochastiques jouent
alors un rle cl dans des processus biologiques tels que la diffrenciation cellulaire
ou les rseaux de rgulation de gnes et les rseaux de signalisation.
Dans le pass, on travaillait sur de larges populations de cellules pour quantifier un
paramtre particulier typique d'une cellule, tels que la production d'une protine. Ce
n'est que rcemment que les progrs technologiques ont permis l'accs des cellules
individuelles et d'analyser par exemple l'expression spcifique d'un gne ou bien un
flux mtabolique. Chaque cellule devient donc une entit particulire. Peut-on encore
rver dune biologie virtuelle in silico ? Cest notre descendance de nous le dire

Pour citer cet article


Rfrence lectronique

Pierre Vignais, Science exprimentale : naissance, mtamorphose et limites , La revue


pour lhistoire du CNRS [En ligne], 17 | 2007, mis en ligne le 03 juillet 2009, consult le 02 avril
2015. URL : http://histoire-cnrs.revues.org/1867

Auteur
Pierre Vignais
Pierre Vignais, docteur s sciences, docteur en mdecine, a t professeur de biochimie la
facult de mdecine de luniversit Joseph Fourier Grenoble. Il a dirig une unit de
recherche CNRS au CEA-Grenoble. Il est dcd en septembre 2006.

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