INSTITUTO POLITCNICO NACIONAL

UNIDAD PROFESIONAL
INTERDICIPLINARIA DE
BIOTECNOLOGA

TEC. DE RECOMBINACIN GENTICA

DISEO DE PRIMERS

BUZZO GARCA ILSE

RAMREZ MARTNEZ LORENA ESTEPHANIA

5BM1

Introduccin
No se puede mirar la historia de la bioinformtica sin describir inicialmente la historia de la
biologa. En realidad son los bilogos y los bioqumicos quienes hacen su primer acercamiento
a la tecnologa computacional como elemento fundamental para su trabajo diario.
La biocomputacin ha sido la base para ayudar en las grandes investigaciones sobre la vida; el
diagnstico gentico por ejemplo tiene mucha influencia en la vida de todas las personas pero
la mayora de la gente no est enterada de ello.
La tecnologa proporciona un elemento terico y proporciona las herramientas prcticas, para
que los cientficos puedan explorar las protenas y el DNA.
Desde el principio de los aos 90, muchos laboratorios han estado analizando el genoma
completo de varias especies tales como bacterias, levaduras, ratones y seres humanos.
Durante estos esfuerzos de colaboracin, se han generado cantidades enormes de datos los
cuales se recogen y se almacenan en grandes bases de datos, la mayora de las cuales son
publicadas
y
accesibles.
Adems de recopilar todos estos datos, es necesario comparar estas secuencias de
nucletidos o de aminocidos a las semejanzas y a las diferencias de cada hallazgo. Puesto
que no es muy conveniente comparar las secuencias de varios (cientos) nucletidos o
aminocidos de manera manual, varias tcnicas de cmputo fueron desarrolladas para
solucionar este problema. Adems, stos tienen menos errores que un acercamiento de
manera manual. El uso de tcnicas de cmputo para analizar datos biolgicos se refiere como
Biocomputing o Biocomputacin.
El incremento exponencial en la cantidad de secuencias disponibles, as como la complejidad
de las tcnicas que emplean los ordenadores para la adquisicin y anlisis de datos, han
servido para la expansin de la bioinformtica.

Bioinformtica o Biologa Molecular Computacional: investigacin y desarrollo de la

infraestructura y sistemas de informacin y comunicaciones que requiere la biologa molecular
y la gentica (Redes y bases de datos para el genoma, microarrays). (Informtica aplicada a la
biologa molecular y la gentica)
Biologa Computacional: computacin que se aplica al entendimiento de cuestiones biolgicas
bsicas, no necesariamente en el nivel molecular, mediante la modelizacin y simulacin.
(ecosistemas, modelos fisiolgicos). (Informtica y matemticas aplicadas a la biologa)
Biocomputacin: desarrollo y utilizacin de sistemas computacionales basados en modelos y
materiales biolgicos. (Biochips, biosensores, computacin basada en ADN, redes de
neuronas, algoritmos genticos). (Biologa aplicada a la computacin).
Bsicamente, los sistemas informticos que se emplean en este campo son:

Bases de datos

Software para visualizacin

Programas para control de reactivos, geles y otros materiales

Generacin y ensamblaje de secuencias

Programas para anlisis de secuencias

Programas para prediccin de estructura de protenas

Paquetes de integracin y ensamblaje de mapas genticos

Software para clasificacin y comparacin

Tcnicas de Inteligencia Artificial

Gestin de datos

Bases de datos locales o accesibles mediante redes de comunicaciones.

Literatura mdica y cientfica unida a las secuencias.

Distribucin de datos

Redes de comunicaciones

Aplicaciones

Gestin de datos en el laboratorio

Automatizacin de experimentos

Ensamblaje de secuencias contiguas

Prediccin de dominios funcionales en secuencias gnicas

Alineacin de secuencias

Bsquedas en las bases de datos de estructuras

Prediccin de genes

Prediccin de la estructura de protenas

Evolucin molecular. rboles filogenticos

Informacin Cientfica

Documentos de difusin y apoyo a la Bioinformtica

Bioinformtica
Bioinformtica es una disciplina cientfica emergente que utiliza tecnologa de la informacin
para organizar, analizar y distribuir informacin biolgica con la finalidad de responder
preguntas complejas en biologa. Bioinformtica es un rea de investigacin multidisciplinaria,
la cual puede ser ampliamente definida como la interfase entre dos ciencias: Biologa y
Computacin y esta impulsada por la incgnita del genoma humano y la promesa de una nueva
era en la cual la investigacin genmica puede ayudar dramticamente a mejorar la condicin y
calidad de vida humana.

Segn la definicin del Centro Nacional para la Informacin Biotecnolgica "National Center for
Biotechnology
Information"
(NCBI
por
sus
siglas
en
Ingls,
2001):
"Bioinformtica es un campo de la ciencia en el cual confluyen varias disciplinas tales como:
biologa, computacin y tecnologa de la informacin. El fin ltimo de este campo es facilitar el
descubrimiento de nuevas ideas biolgicas as como crear perspectivas globales a partir de las
cuales se puedan discernir principios unificadores en biologa.

Primer
Es una cadena de cido nucleico o de una molcula relacionada que sirve como punto de
partida para la replicacin del ADN. Es una secuencia corta de cido nucleico que contiene un
grupo 3'hidroxilo libre que forma pares de bases complementarios a una hebra molde y acta
como punto de inicio para la adicin de nucletidos con el fin de copiar la hebra molde.
Muchas tcnicas de laboratorio en biologa molecular que utilizan ADN polimerasas necesitan
partidores; tcnicas como lasecuenciacin de ADN y la reaccin en cadena de la polimerasa
(PCR). Los partidores usados para estas tcnicas usualmente son molculas de ADN cortas y
sintetizadas de forma qumica, de aproximadamente veinte bases de longitud. La construccin
de estos partidores empieza con nuclesidos de 3'-hidroxilo (fosforamidita) adheridos a un
material llamado vidrio de poros controlados (CPG por su sigla en ingls)

DNA MAN
Es un paquete de software para aplicaciones de biologa molecular. Este paquete proporciona
un sistema integrado con funciones verstiles para el anlisis de la secuencia de alta eficiencia.
Ya no es necesario un programa de anlisis de restriccin y otros para la alineacin de
secuencias mltiples, el diseo de los cebadores de PCR, anlisis de secuencias de protenas
o plsmidos dibujo. DNAMAN lleva a cabo todas estas tareas por usted.

La velocidad, la versatilidad, precisin y alta calidad de presentacin que tiene es una de las
herramientas fundamentales de todo bilogo molecular. Tambin es un paquete de software de
anlisis de secuencia con precios asequibles para cada universidad, institucin de
investigacin, de laboratorio y cientfico de investigacin.

DNAMAN est disponible para Microsoft Windows, OSX y Linux. Archivos DNAMAN en las tres
plataformas comparten los mismos formatos. El sistema de formato comn de DNAMAN facilita
la comunicacin entre PC, Macintosh y Linux, y hace que su trabajo independiente de la
plataforma.

ALGAS
GRACILARIA
Gracilaria es un gnero de algas rojas (Rhodophyta) de importancia econmica para la produccin
de agar y para uso alimentario de seres humanos y de varias especies demarisco. Varias especies
del gnero se cultivan en varios pases en vas de desarrollo, incluyendo Asia, Suramrica, frica
y Oceana.
Clasificacin cientfica
Reino:

Plantae

(sin clasif.)

Primoplantae

Filo:

Rhodophyta

Clase:

Florideophyceae

Orden:

Gracilariales

Familia:

Gracilariaceae

Gnero:

Gracilaria

GT01017F05f Gracilaria te
nuistipitata
tetrasporophyte
EST Gracilariatenuistipita
ta var. liui clon de ADNc
Gt01017F05, secuencia
de ARNm
GenBank: HS979443.1
GenBank FASTA
IDENTIFICADORES

dbEST Id:
72955472
Nombre EST: GT01017F05f
GenBank: HS979443
GenBank gi: 327365314
INFO CLONE
Clone Id: Gt01017F05
Fuente: Laboratorio de Algas Marinas, Instituto de Biociencias,
Universidad de Sao Paulo.
Id de host: LAM # 62, USP, Haikou, isla de Hainan, China
ADN de tipo: cDNA
PRIMERS
PolyA Tail: Unknown

SECUENCIA
GTCGACCACCATTGGGCAAGGACGTTGTTTCTTCCTATTTGCTCTTGGTCAGTAGAAACA
ATCGCAGGGAAGATGCTGCGCACTGCAGCAAGAAGCGCTATGCGCTTCGGCGCTTCGAGA
TCGTTGCGCGGACTTGCTACGAAGACCGATCTTCTCCCTCCTCTCAAGGTTGCCGTCACA
GGAGCTGCCGGACAAATCGGGTATGCTCTTGTTATGCGCATCGCGAGTGGGGAAATGTTA
GGTCCAGATCAGCTCTTAGAGTTAAGCCTCATCGAGACCGAAGCGGGAATGTCTCCTTTG
CGTGGGGTTATGATGGAACTGGAGGATGGGGCTTTCCCCTTGCTCTCTAAGGTCACCGCG
ACTACGGATCTTCGCGAAGGCTTTGGAGATGCCTCATTTGCCATGCTTATCGGAGCCCAG
CCACGTACCAAAGGTATGGAACGCTCCGACTTGATGGCAGCGAATGCAAAGATCTTCGCG
GAGCAAGGAAAGGCCTTGAACGAATCTGCTGCGGAAAATGCCAAGGTGCTTGTGGTCGGT
AATCCTGCCAACACGAACGCGCTCATTGCATCCGAGAATGCTCCGGATATGTGGCCAGAA
CAGTTCATTGCAATGACTCGTCTCGACCAGTCTCGAGCAAAAGCTTTATTGGCCGAAAAA
GCCGACGTTCCTGTCAAGGACGTTGACCGCGTGATCATCTGGGGTAATCATTCGGCCACC
CAATATCCAGATATTTCCCATGCGCCCCATTGGGGGGAAATGGGCAAAGTCAATTGTCAC
TGATGAAAAAGGGATTAAAGAGGGACTTCATTCCGCGGGGCCAAAAAACCAGGGGCCCAG
GGTTATCG
Entrada Creado: 01 de abril 2011
ltima actualizacin: 01 de abril 2011
BIBLIOTECA
Nombre Lib: LIBEST_026954 Gracilaria tenuistipitata tetrasporophyte EST
Organismo:
Gracilaria tenuistipitata var. liui
Aislar: LAM # 62, USP, Haikou, isla de Hainan, China
Variedad: liui
Sexo: tetrasporophyte
rgano: talos de algas
El tipo de tejido: talos de algas
Develop. etapa: tetrasporophyte
Vector: vector fagmido pBK-CMV
R. Sitio 1: EcoRI
R. Sitio 2: XhoI
Aislar: LAM # 62, USP, Haikou, isla de Hainan, China
REMITENTE
Nombre: Oliveira MC
Laboratorio: Biologa Molecular y Bioqumica de Algas Marinas y
Genmica
Institucin: Instituto de Ciencias Biolgicas - Universidad de Sao Paulo
Direccin: Universidade de Sao Paulo, Instituto de Biociencias,
Departamento de Botnica. R. do Matao, Travessa 14, n 321
Cidade Universitaria 05508-900 - Sao Paulo, SP - Brasil
Tel: 55 11 30917630
Fax: 55 11 30917547

E-mail:

mcdolive@usp.br

CITAS
Ttulo: Anlisis de etiquetas de secuencias expresadas a partir de la agarfita
Gracilaria tenuistipitata (Rhodophyta)
Autores: Nyvall-Coll, P. Coll, J. Reis, MS, Pedersen, M., Setuball, J.
, Varani, AM, Colepicolo, P. Oliveira, MC
Ao: 2011
Estado: Indito
MAPA DE DATOS

FASTA
>gi|327365314|gb|HS979443.1|HS979443 GT01017F05f Gracilaria tenuistipitata
tetrasporophyte EST Gracilaria tenuistipitata var. liui cDNA clone Gt01017F05, mRNA
sequence
GTCGACCACCATTGGGCAAGGACGTTGTTTCTTCCTATTTGCTCTTGGTCAGTAGAAACAATCGCAG
GGA
AGATGCTGCGCACTGCAGCAAGAAGCGCTATGCGCTTCGGCGCTTCGAGATCGTTGCGCGGACTT
GCTAC
GAAGACCGATCTTCTCCCTCCTCTCAAGGTTGCCGTCACAGGAGCTGCCGGACAAATCGGGTATGC
TCTT
GTTATGCGCATCGCGAGTGGGGAAATGTTAGGTCCAGATCAGCTCTTAGAGTTAAGCCTCATCGAGA
CCG
AAGCGGGAATGTCTCCTTTGCGTGGGGTTATGATGGAACTGGAGGATGGGGCTTTCCCCTTGCTCT
CTAA
GGTCACCGCGACTACGGATCTTCGCGAAGGCTTTGGAGATGCCTCATTTGCCATGCTTATCGGAGC
CCAG
CCACGTACCAAAGGTATGGAACGCTCCGACTTGATGGCAGCGAATGCAAAGATCTTCGCGGAGCA
AGGAA
AGGCCTTGAACGAATCTGCTGCGGAAAATGCCAAGGTGCTTGTGGTCGGTAATCCTGCCAACACG
AACGC
GCTCATTGCATCCGAGAATGCTCCGGATATGTGGCCAGAACAGTTCATTGCAATGACTCGTCTCGAC
CAG
TCTCGAGCAAAAGCTTTATTGGCCGAAAAAGCCGACGTTCCTGTCAAGGACGTTGACCGCGTGATC
ATCT
GGGGTAATCATTCGGCCACCCAATATCCAGATATTTCCCATGCGCCCCATTGGGGGGAAATGGGCA
AAGT
CAATTGTCACTGATGAAAAAGGGATTAAAGAGGGACTTCATTCCGCGGGGCCAAAAAACCAGGGG
CCCAG
GGTTATCG

Carallia
Carallia es un gnero de rboles tropicales con 13 especies pertenecientes
familiaRhizophoraceae .Se encuentra en Asia y Madagascar.

la

Carallia fue descrito por William Roxburgh y publicado en Plants of the Coast of Coromandel 3:
8, en el ao 1811.La especie tipo es: Carallia lucida Roxb. = Carallia brachiata (Lour.) Merr.
A continuacin se brinda un listado de las especies del gnero Carallia aceptadas hasta febrero
de 2012, ordenadas alfabticamente.

Clasificacin cientfica

Superreino:

Eukaryota

Reino:

Plantae

Divisin:

Magnoliophyta

Clase:

Magnoliopsida

Orden:

Malpighiales

Familia:

Rhizophoraceae

Gnero:

Carallia
ROXB.

Carallia brachiata ribulosa carboxilasa grande (rbcL) gen de la subunidad

1,5-bifosfato, cds parcial; gen del cloroplasto para el producto cloroplasto
GenBank: AF127677.1
FASTA Grficos PopSet
El siguiente usuario popper control de la interfaz puede no ser accesible. Tab al siguiente
botn para revertir el control a una versin accesible.
Destruye el control de la interfaz de usuarioIr a:
LOCUS AF127677 1401 pares de bases de ADN lineal PLN 16-MAY-2000
DEFINICIN Carallia brachiata ribulosa 1,5-bisfosfato carboxilasa grande
(rbcL) gen de la subunidad, cds parcial; gen del cloroplasto de cloroplasto
producto.
ADHESIN AF127677
VERSIN AF127677.1 GI: 7839271
Palabras clave.
FUENTE cloroplasto Carallia brachiata
ORGANISMO Carallia brachiata
Eucariontes; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Traquefitas;
Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; eudicotyledons bsicos;
Rsidas; fabids; Malpighiales; Rhizophoraceae; Carallia.
REFERENCIA 1 (bases 1 a 1401)
AUTORES Schwarzbach, AE y Ricklefs, RE
TTULO afinidades sistemticas de Rhizophoraceae y Anisophylleaceae y
relaciones intergenricos dentro Rhizophoraceae, basados en
ADN del cloroplasto, el ADN nuclear ribosomal, y la morfologa
REVISTA Am. J. Bot. 87 (4), 547-564 (2000)
PUBMED 10766727
REFERENCIA 2 (bases 1 a 1401)
AUTORES Schwarzbach, AE y Ricklefs, RE
TTULO directo Sumisin

REVISTA Envo (12-FEB-1999) Departamento de Biologa de la Universidad de Missouri,

8001 Natural Bridge Road, St. Louis, MO 63121, EE.UU.
CARACTERSTICAS Ubicacin / Clasificacin
fuente 1 .. 1401
/ Organismo = "Carallia brachiata"
/ Orgnulo = "plstido: cloroplasto"
/ Mol_type = "ADN genmico"
/ Db_xref = "taxn: 61141 "
gen
<1 .. 1401
/ Gen = "rbcL"
CDS
<1 .. 1401
/ Gen = "rbcL"
/ Codon_start = 1
/ Producto = "ribulosa-1 ,5-bisfosfato carboxilasa / oxigenasa
subunidad grande "
/ Protein_id = " AAF70214.1 "
/ Db_xref = "GI: 7839272"
/ Traduccin = "SVGFKAGVKDYKLTYYTPDYETKDTDILAAFRVTPQPGVPPEEA
GAAVAAESSTGTWTAVWTDGLTSLDRYKGRCYHIEAVAGEENQYIAYVAYPLDLFEEG
SVTNMFTSIVGNVFGFKALRALRLEDLRIPPAYSKTFQGPPHGIQVERDKLNKYGRPL
LGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENVNSQPFMRWRDRFLFCAEALYK
AQAETGEIKGHYLNATAGTCEEMMKRAVFARELGVPIVMHDYLTGGFTANTSLAHYCR
DNGLLLHIHRAMHAVIDRQKNHGMHFRVLAKALRMSGGDHIHAGTVVGKLEGEREITL
GFVDLLRDDFIEKDRSRGIYFTQDWVSLPGVIPVASGGIHVWHMPALTEIFGDDSVLQ
FGGGTLGHPWGNAPGAVANRVALEACVQARNEGRDLAREGNEIIREASKWSPELAAAC
EVWKEIKFEFPAMDTL "
ORIGEN
1 agtgttggat ttaaggctgg tgttaaagat tataaattga cttattatac tcctgactat
61 gaaaccaaag atactgatat cttggcagca ttccgagtaa ctcctcaacc tggagttccg
121 cctgaggaag caggggctgc agtagctgcg gaatcttcta ctggtacatg gacagccgtg
181 tggaccgacg ggcttaccag tcttgatcgt tataaaggac gatgctacca catcgaggca
241 gttgctggag aagaaaatca atatattgct tatgtagctt accccttaga cctttttgaa
301 gaaggttctg ttactaatat gtttacttcg attgtgggta atgtatttgg gttcaaagcc
361 ctacgcgctc tacgtctgga ggatttgcga attcctcctg cttattctaa aactttccaa
421 ggcccacctc atggcatcca agttgagaga gataaattga acaagtatgg tcgcccccta
481 ttgggctgta ctattaaacc taaattgggg ttatctgcta agaattacgg tagagcagtt
541 tatgaatgtc ttcgtggtgg acttgatttt accaaagatg atgagaacgt gaattcacaa
601 ccatttatgc gctggagaga ccgtttctta ttttgtgccg aagcacttta taaagcacaa
661 gcggaaacag gtgaaatcaa agggcattat ttgaatgcta ctgcaggtac atgtgaagaa
721 atgatgaaaa gggctgtatt tgccagagaa ttgggagttc ctatcgtaat gcatgactac
781 ttaacagggg gattcactgc aaatactagc ttggcccatt attgtcgaga taatggttta
841 cttcttcaca ttcatcgcgc aatgcatgca gttattgata gacagaagaa tcatggtatg
901 cactttcgtg tactagctaa ggcattacgt atgtctggcg gggaccatat tcacgccggt
961 accgtagtag gtaaacttga aggggaaaga gaaatcactt tgggctttgt tgatttactt
1021 cgtgatgatt ttattgaaaa agatcgaagc cgtggtattt atttcactca agattgggtt
1081 tctctaccgg gtgttatacc cgtggcttca gggggtattc acgtttggca tatgcctgct
1141 ctgaccgaga tctttggaga tgattctgta ctacaattcg gtggaggaac tttaggacac
1201 ccttggggaa atgcaccagg tgccgtagct aatcgagtag ctttagaagc atgtgtacaa
1261 gctcgtaatg agggacgtga tcttgctcgt gagggtaatg aaattatccg tgaggctagt
1321 aaatggagtc ctgaactagc tgctgcttgt gaagtatgga aggagataaa atttgaattc
1381 ccagcaatgg atactttgta un

FASTA
>gi|7839271|gb|AF127677.1| Carallia brachiata ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase
large subunit (rbcL) gene, partial cds; chloroplast gene for chloroplast product

AGTGTTGGATTTAAGGCTGGTGTTAAAGATTATAAATTGACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAA
AG
ATACTGATATCTTGGCAGCATTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCGCCTGAGGAAGCAGGGG
CTGC
AGTAGCTGCGGAATCTTCTACTGGTACATGGACAGCCGTGTGGACCGACGGGCTTACCAGTCTTGA
TCGT
TATAAAGGACGATGCTACCACATCGAGGCAGTTGCTGGAGAAGAAAATCAATATATTGCTTATGTAG
CTT
ACCCCTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAATATGTTTACTTCGATTGTGGGTAATGTATTTG
G
GTTCAAAGCCCTACGCGCTCTACGTCTGGAGGATTTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCTAAAACTTTCC
AA
GGCCCACCTCATGGCATCCAAGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGCCCCCTATTGGGC
TGTA
CTATTAAACCTAAATTGGGGTTATCTGCTAAGAATTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTTCGTGGT
GG
ACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAACGTGAATTCACAACCATTTATGCGCTGGAGAGACCGTTTC
TTA
TTTTGTGCCGAAGCACTTTATAAAGCACAAGCGGAAACAGGTGAAATCAAAGGGCATTATTTGAAT
GCTA
CTGCAGGTACATGTGAAGAAATGATGAAAAGGGCTGTATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCG
TAAT
GCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACTGCAAATACTAGCTTGGCCCATTATTGTCGAGATAATGGT
TTA
CTTCTTCACATTCATCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTTCG
TG
TACTAGCTAAGGCATTACGTATGTCTGGCGGGGACCATATTCACGCCGGTACCGTAGTAGGTAAACT
TGA
AGGGGAAAGAGAAATCACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTTCGTGATGATTTTATTGAAAAAGATCGA
AGC
CGTGGTATTTATTTCACTCAAGATTGGGTTTCTCTACCGGGTGTTATACCCGTGGCTTCAGGGGGTAT
TC
ACGTTTGGCATATGCCTGCTCTGACCGAGATCTTTGGAGATGATTCTGTACTACAATTCGGTGGAGG
AAC
TTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCAGGTGCCGTAGCTAATCGAGTAGCTTTAGAAGCATGTGT
ACAA
GCTCGTAATGAGGGACGTGATCTTGCTCGTGAGGGTAATGAAATTATCCGTGAGGCTAGTAAATGG
AGTC
CTGAACTAGCTGCTGCTTGTGAAGTATGGAAGGAGATAAAATTTGAATTCCCAGCAATGGATACTTT
GTA
A

Gelidium sesquipedale
Alga roja que puede llegar a superar los 25 cm de longitud. Talo formado por un estipe central,
aproximadamente cilndrico en la parte basal, aplanado ms arriba en forma de estrecha cinta
de hasta 2 mm de anchura. Se fija al sustrato (rocas litorales) mediante rizoides producidos en
la base. En la mitad superior presenta numerosas ramificaciones dispuestas en forma dstica
(ramificacin pinnada dispuesta en un plano), con los pices algo ensanchados en forma de
esptula. Frecuentemente el estipe de estas algas perennes es colonizado por algunos
organismos bentnicos, como los briozoos cuyas colonias forman los recubrimientos de color
blanco que pueden verse en los ejemplares expuestos.

Vive sobre las rocas en la zona litoral, permanentemente

sumergida o bien en los niveles ms bajos de las reas
descubiertas por las mareas. Costa Atlntica y
Mediterrnea occidental. Es frecuente en la Costa
Cantbrica, en donde desarrolla sus mejores
poblaciones en los lugares ms expuestos al oleaje.
Distribucin general: Costa Atlntica Europea y
Norteafricana (desde las Islas Britnicas hasta
Mauritania), y Mediterrneo Occidental.
Se usan para la produccin de agar, una sustancia
gelificante que se emplea
GenBank: L22071.1

Secuencia 1440 bp

DNA

linear PLN 05-NOV-2012

1 aggattaaaa atcaacgcta tgaatctggt gtaattccat atgctaaaat gggttactgg

61 gatcctgatt acgcagttaa ggaaactgat gtgttagcat tattccgtgt cagtccacaa
121 ccaggtgtag atcctgtaga agcctcagct gcagttgcag gtgagtcatc tactgctact
181 tggactgttg tttggactga cttattaaca gcatgtgatc tttatagagc taaagcatat
241 aaagtagaac aagtacctaa tagttctgat cagtacttcg cttatatttc atatgacatt
301 gacttatttg aagaaggttc aatcgctaac ctaacagctt caattattgg taatgtattt
361 ggctttaaag ctgtaaaagc tctacgttta gaagatatgc gtattcctgt tgcttacctt
421 aaaactttcc aaggaccagc gactggtgtt atcgtagagc gcgaacgtat ggataaattt
481 ggacgccctt tcctcggtgc aactgtaaaa ccaaaattgg gtttatcagg taaaaactac
541 gggcgtgtag tatacgaagg tcttaaaggt ggtcttgatt tcttaaaaga tgatgagaat
601 attaactctc agccttttat gcgctggaaa gaaagatttt tatattctat ggaaggtgta
661 aaccgctcta ttgctgcaac aggcgaaatt aaaggtcact atatgaatgt gacagctgct
21 acaatggaag atatgtatga aagagctgaa tttgctaagc aactaggaac agttattgtt
781 atgattgact tagttattgg ttatacagct attcaaacta tggctatatg ggcacgtaga
841 aatgatatga ttctgcattt acatcgtgct ggtaattcga catactctcg ccaaaaaaat
901 cacggtatga attttcgtgt aatttgtaaa tggatgcgta tggcaggtgt agaccatatt
961 catgctggta ctgtagtagg aaaattagaa ggtgatcctt taatgattaa aggcttctac
1021 aatactttat tagaaagtca tttagacaag aacttgcctc aaggcatctt ctttgagcaa
1081 gattgggcat ctctacgtaa agtaactcca gtagcatctg gtggtattca ctgtggacaa
1141 atgcaccaat tattagatta tctaggagtt gatgttgtnc ttcaatttgg aggaggaact
1201 attggtcacc cagatggtat tcaagccggt gcaacagcta atcgtgtagc tttagaagct
1261 attgtaatag ctcgtaatga aggtcgtgat tatgtagaag aaggaccaca aattcttcgc
1321 gatgcagcta aaacttgtgg ccctctacaa acagctttag atctatggaa agatatctca
1381 ttcaactata cttctacaga tacagctgac ttcgtagaaa ctccaacagc aaacgtataa

Porphyra umbilicalis
La hoja est claro a oscuro de color marrn rojizo, la cuchilla puede ser muy variable en forma
y la forma

es slo una capa de clulas de espesor y

translcido
Se desarrolla a partir de un disco muy pequeo
llamado el disco adhesivo
una forma comn es donde la hoja se expande en
todo el disco adhesivo y aparece plisada o se
asemeja a una roseta o un repollo pequeo
los individuos son generalmente cerca de 5-10 cm
de altura.
Especies de Porphyra tienen ciclos biolgicos
complejos. La hoja que se ve en la orilla es slo una
parte de la historia de vida. Hay una fase separada, microscpico que vive en las conchas y se
llama la fase conchocelis. Busque manchas rosadas en conchas porque estos podran ser
evidencia de conchocelis.
Es un alga de pequeo tamao y muchos pliegues. En Japn se cultiva y se elabora molida en
forma de lminas prensadas. En Galicia se encuentra silvestre en la bajamar y se muele
posteriormente en forma de copos. Tiene un sabor intenso y puede usarse cruda o ligeramente
tostada para desmenuzarla despus sobre el plato. Destaca en protenas, vitamina A y vitamina
B12. Las algas marinas son bsicas en la dieta moderna por su alto valor nutricional: primera
fuente natural de minerales y oligoelementos, adems de aminocidos esenciales, vitaminas y
fibra. Son claves en el metabolismo de las grasa y en la eliminacin

Taxonomia
Clase

Rhodophyceae - Red seaweeds

Orden

Bangiales

Familia

Bangiaceae

Genero

Porphyra

GenBank: JN831093.1
1 tgcaggtgaa tcttcaacag cgacatggac agttgtttgg actgatttgc taacagcttg
61 tgatctatat agagcaaaag catatagagt agatccagtt ccaaatgttg cagaccaata
121 ttttgcttat atcgcttatg atattgactt atttgaagag ggttctattg cgaacttaac
181 tgcttctatc attggtaatg ttttcggatt taaagctgtt aaagctcttc gtcttgaaga
241 tatgcgtatg ccagtagctt acttaaaaac tttccaaggt ccagcaactg gactaattgt
301 agaacgtgag cgtatggata aatttggtag acctttctta ggtgctacag tgaagccaaa
361 actgggcctt tctggtaaaa actatggaag agttgtatat gagggtctta aaggtggatt
421 ggatttccta aaagatgatg aaaatattaa ctctcaacca ttcatgcgct ggagagaaag
481 atatctatat tccatggaag gtgttaacaa agcatccgct gctgctggtg aacttaaagg
541 tcattacctt aacgtaaccg ctgctactat ggaagatatg tatgaaagag cagagttttc
601 caaagttgtc ggtagtgtta tctgtatgat tgaccttgta attggttaca ctgcaatcca
661 aagtatggca atctgggctc gtaaaaatga catgatttta catttacata gagcaggtaa
721 ttctacttac tctcgtcaaa aaaatcatgg tatgaacttc cgagtaatct gtaagtggat
781 gcgtatggca ggtgttgatc atattcatgc aggaacagtt gtaggtaaac tggaaggtga
841 tcctttaatg attaaaggat tctataatac tttacttgaa agtgagacag acattaactt
901 acctcaaggt ctattctttg ctcaaaactg ggcatcccta agaaaagttg taccagtagc
961 ttctggtggt attcatgctg gtcaaatgca ccaacttctt gattatctag gtgatgacgt
1021 ggtccttcaa tttggt

Diseo de primers

Alineamiento mltiple.
El alineamiento de nuestras secuencias de DNA se realiz en el programa de DNA Man bajo
parmetros estndares. Para obtener la similitud entre las mismas y as poder realizar los
primers.
En la figura 1 podemos observar el alineamiento de nuestras secuencias con un porcentaje de
identidad entre s. En la parte izquierda de la imagen tenemos los nombres de las algas
correspondiente a cada secuencia.
Se definen 3 colores diferentes dentro de la alineacin, los cuales son indican el 46.89% de
similitud entre las bases respecto a su posicin.
El color azul claro indica un 50% de bases idnticas, el color rosa un 75% y el color fuerte un
100% de similitud entre las bases.

Imagen 1. Alineamiento de
secuencias
Por lo tanto se pretende que los primers diseados, estn en una regin que contenga entre el
75% y 100% de pares idnticas, para obtener una temperatura de hibridacin baja y una
energa de activacin negativa, es decir no se requiera aplicar energa para el proceso.
Se hace un censado en el alineamiento para determinar las regiones donde se disearan los
primers.
El primer forward o cebador de avance se diseo alrededor de la posicin 300 mientras que el
primer revese se hizo aproximadamente en la posicin 900. En la figura 2 se presentan las
caractersticas del primer forward y se puede observar que la temperatura de alineamiento es
de 57.3C que entra en el rango de temperatura que se debe manejar en esa parte del

proceso.

esta

compuesto

de

20

bases.

Imagen 2. Caractersticas de primer forward

En la imagen 3 se observa la grafica de la estructura del primer, que forma un lup con una
energa libre de Gibs mnima negativa, es decir no necesita inducirle energa para que este
proceso se lleve a cabo y nuevamente cumple con los requisitos de un primer.

Imagen 3. Estructura de primer forward

En la imagen 4 se presentan las caractersticas del primer reverse compuesto de 24 bases, con
una temperatura de alineamiento de 57.2C. Que es similar a la temperatura del primer forward
y eso es importante, ya que al momento de elevar la temperatura, los dos primers deben de
desnaturalizarse a la misma temperatura y as no afectar ni dificultar el proceso.

Imagen 4. Caractersticas de primer reverse

La imagen 5 nos representa la estructura del primer formando nuevamente un lup con una
energa libre de Gibs negativa.

Imagen 5. Estructura de primer reverse

Es necesario hacer el diseo de los dos primers, para saber donde inicia y donde termina para
as solo obtener la secuencia de bases de nuestro inters.
Este par de primers se diseo para que al momento de realizar la pCR, sirva para todas
nuestras secuencias de algas de inters biotecnolgico. Por ello se realiza en las regiones
consenso de la alineacin.

Primer para un gen.

Se diseo un par de primers que corran en una pCR para una secuencia, se eligi la secuencia
de Gracilaria tenuistipitata .
El primer forward y reverse se realizaron en un regin no consenso del alineamiento mltiple,
ya que al no ser consenso, no tiene porcentaje de similitud con las demas y as solo amplificara
para esta secuencia.
En la imagen 6 se muestra la regin consenso donde se realiza el primer forward que es
aproximadamente en la posicin 250.

Imagen 6. Regin para el diseo de primer

El primer esta compuesto de 20 bases con una temperatura de alineamiento de 51C como se
observa en la imagen 7. Y tenemos una anergia libre de Gibs de -0.87kcal/mol y por lo tanto no
se inducir energa para realizar este proceso, y eso se debe a la estructura que forma un lup,
como se observa en la imagen 8.

Imagen 7. Caractersticas del primer forwad

Imagen 8. Estructura del primer forwad

Para obtener el primer reverse con caractersticas similares, se realiza en una regin no
consenso del alineamiento mltiple, as como se realizo el primer cebador. Y se diseo
aproximadamente en la posicin 650 como se muestra en la imagen 9.

Imagen 9. Regin para el diseo de primer

Esta compuesto por 20 bases con una temperatura de alineamiento de 53.4C para que sean
aproximadamente iguales para ambos primers, en la imagen 10 se muestran sus
caractersticas reportadas. Y en la imagen 11 podemos observar que debido a su estructura
con la formacin de un lup, no se requiere de energa para activarlo.

Imagen 10. Caractersticas de primer reverse

Imagen 11. Estructura del primer reverse

La condicin de disear los primers en una regin no consenso del alineamiento, nos aseguran
que solo amplificar para esa secuencia y poder obtener genes especficos o caractersticas
locales de un tipo de gen. Mientras que el alineamiento mltiple nos da informacin sobre
patrones generales

Resultados
Diseo de primers en alineamiento mltiple (4 GENES)

Prim
er

#bas
es

Tm
(C)

TH
(C)

Secuencia (5 a 3)

48.4

Energ
a libre
(kcal/
mol)
-0.04

Forw
ard

20

57.3

Rev
erse

24

57.2

48.4

-2.36

TTGACTTATTTGAAGA
AGGTTCAA

AACTCTCAGCCTTTTA
TCGC

Diseo de primers para un gen (Gracilaria tenuistipitata)

Prim
er

#bas
es

Tm
(C)

TH
(C)

Secuencia (5 a 3)

48.4

Energ
a libre
(kcal/m
ol)
-0.87

Forw
ard

20

51

Reve
rse

20

53.4

44.3

0.00

CATTTGCCATGCTTA
TTATC

CAGCTCTTAGAGTT
AAGCCT

FUENTES DE CONSULTA

http://www.iibce.edu.uy/2000-08/index.html

http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/forensetec.htm#3

http://www.ideal.es/waste/genomabiochip.htm

http://barrapunto.com/articles/100/02/10/2317259.shtml

http://www.bioinformacion.net/biochip.htm

http://www.inmuno.org/pdf/basesdedatos.pdf

http://www.seis.es/i_s/i_s19/i_s19l.htm

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://www.farmazia.ehu.es/p04611213/es/contenidos/informacion/jardin_virtual/es_jardin/adjuntos/04.gese.htm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/L22071.1

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN831093.1#sequence_403181355

http://www.marlin.ac.uk/taxonomyidentification.php?speciesID=4194