RNAs de interferencia

Qu son los RNAi y cmo se forman?

Los recientes estudios de secuenciacin completa de RNAs ha revelado
que la gran mayora del cromosoma eucarionte es transcrito. Esta
transcripcin incluye tanto a regiones de genes como a regiones no
codificantes de la cadena complementaria. Se estima que hasta el 70%
de los genes humanos producen RNAs antisentido. Este patrn vara
con cada tipo celular y aparentemente tienen funciones regulatorias.
Los RNA antisentido se han conocido desde hace tiempo en eucariontes.
Los primeros estudios de secuenciacin demostraron que si los genes
anidados (genes localizados en los intrones de otros genes) eran
transcritos de la cadena opuesta de DNA de la que normalmente se
transcriben, un RNA antisentido era producido. Este arreglo cabeza a
cabeza de un gen anidado tambin lleva a la interferencia
transcripcional ya que ambos genes no pueden ser transcritos
simultneamente. Este mecanismo de regulacin transcripcional es
comn observarlo en bacterias.
En eucariontes, sin embargo, dada la separacin espacial del citoplasma
con el ncleo, y que el mRNA es mucho ms estable que el de bacterias,
sus mecanismos de control a nivel de iniciacin de la traduccin y de
control de la estabilidad de mRNA son mucho ms comunes.
Los RNAs pequeos (Micro) o miRNAs, son reguladores de la expresin
gnica en la mayora de los eucariontes. El genoma humano tiene un
estimado de 1000 genes que codifican para miRNAs y que participan en
la interferencia por RNA. Por lo tanto, no todos los miRNAs son RNAs de
interferencia, aunque la mayora funciona de esta forma. Otro tipo de
RNA de interferencia son los siRNAs (small interfering RNA) aunque los
ms comunes sean los miRNAs. Asimismo, existe un tercer grupo
llamados piRNAs, de los cuales se hablar ms adelante.
Los miRNAs que se usan en la RNAi son producidos como RNA transcrito
primario largos llamados pri-miRNA que son auto-complementarios y se
forman en una estructura de doble cadena, usualmente con una
complementariedad de bases imprefecta. El pri-miRNA es procesado en
una reaccin de dos pases que lleva a cabo una RNasa III llamada
Drosha, el cual lo transforma en pre-miRNA. Una vez que se exporta el
pre-miRNA del ncleo al citoplasma, el segundo paso en su
procesamiento lo lleva a cabo otra RNasa III llamada Dicer. Una vez que
los pre-miRNAs son modificados a miRNAs, entonces son cargados en un
complejo llamado RISC. Este complejo, formado por protenas de la
familia Argonauta, es esencial para el ltimo procesamiento en donde la
cadena doble de RNA se hace de cadena sencilla. Despus, RISC entrega
al miRNA al extremo 3-UTR de su mRNA blanco.
La complementariedad de las pares de bases del miRNA y sus
secuencias en los extremos determinan cules de los miembros de la
familia Ago toma el RNA-RNA y qu hebra se tomar como aquella que

ser degradada. El complejo RISC est ahora en una posicin para usar
el miRNA maduro para guiarlo a su mRNA blanco. La seleccin de la
clase del blanco por RISC depende de la protena Argonauta especfica y
el RNA blanco est determinado por el propio miRNA.
Existe un grupo de miRNAs de la lnea germinal llamados piRNA (Piwiinteracting RNA). De estos elementos an no se descifra realmente cul
es su procesamiento, aunque se ha observado que su funcin no es la
misma que la de los miRNAs. Su funcin principal es nuclear,
reprimiendo los elementos transponibles, preservando la integridad del
genoma y el control de la estructura de la cromatina. En un artculo de
2014, Dan Guo et. al. proponen un mecanismo de procesamiento
diferente al de miRNA y siRNA, en el cual los RNAs pequeos interactan
con una protena embrionaria llamada Piwi y una vez unidos, se
asociarn con su mRNA blanco. Este complejo, reclutar una polimerasa
(RdRP) que complementar la cadena de mRNA, hacindola incapaz de
ser traducida.
Otros elementos de RNAi son los siRNAs (small-interference RNA),
quines tienen un origen diferente. stos son derivados de infecciones
virales, las cuales frecuentemente transcriben ambas hebras genmicas
para producir RNAs de doble cadena. Estos RNAs largos y de doble
cadena son procesados por el Dicer en una forma similar a como son
procesados los miRNAs y despus son entregados a RISC, Los siRNAs
usan un Ago diferente y por lo tanto un RISC diferente. Los siRNAs
tambin son derivados de la traduccin de elementos transponibles y
estn destinado al silenciamiento de los mismos. La caracterstica ms
sobresaliente de los siRNAs es su capacidad para viajar de clula en
clula por todo el organismo.
Mecanismo de accin
El complejo RISC es aquel que lleva a cabo la regulacin del control de la
traduccin guiado por su mRNA blanco en el citoplasma y asociado a su
miRNA. Existen dos mecanismos principales para el control de la
expresin de mRNAs: la degradacin del mRNA o la inhibicin de la
traduccin del mRNA, lo cual depende de la complementariedad del
miRNA con su mRNA.
El complejo RISC usa el RNAi como una gua para escanear RNAs con
regiones pequeas de homologa. Estas regiones estn usualmente en el
extremo 3-UTR de los mRNAs y son regiones ricas en AU. Un mRNA
puede tener muchos sitios de unin a RNAi y por lo tanto, puede tener
ms de una molcula de RNA de interferencia.
Una vez que el RNAi est unido a su mRNA mediante RISC, hay
diferentes posibles destinos. Uno puede ser la protelisis del pptido
naciente, hasta el bloqueo de la elongacin de la traduccin.
Aunque la represin de la traduccin es el resultado ms comn de los
RNAi, stos tambin pueden llevar a una activacin de la traduccin.

Hay mltiples mecanismos para controlar la reaccin entre RISC y su

mRNA blanco. Algunas protenas pueden unirse a los mRNA para
prevenir su utilizacin por RISC. Incluso el extremo 3-UTR del mRNA
puede tener un apareamiento de bases alternativo que puede influir en
la habilidad de RISC para reconocer un sitio de unin.
Aplicacin en ciencia bsica y en biotecnologa
RNAi se ha convertido en una tcnica muy refinada para abatir la
expresin de cierto gen blanco en invertebrados. En clulas de
mamfero, la tcnica es mucho ms limitada, ya que las clulas
mamferas tienen una respuesta ms generalizada a dsRNA apagando
sntesis de protenas y degradando mRNA. Sin embargo, el dsRNA de
estas reacciones debe de ser ms largo que 26 nucletidos, ya que si se
encuentra un dsRNA de 21 a 23 nucletidos, esto desencadena la
degradacin especfica complementaria de mRNAs tal como en las
tcnicas de RNAi.
La manipulacin de las vas de sealizacin de la expresin gnica es
fundamental en estudios de ciencia bsica y ciencia aplicada. Algunos
ejemplos particulares incluyen la manipulacin de los miRNAs en la
degradacin de un mRNA silenciador de genes que producen
bioplsticos (polihidroxibutiratos). En este ejemplo, se utilizan cepas de
Azotobacter vinelandii para la optimizacin en la produccin de
polihidroxibutirato (PHB), un bioplstico degradable. En la produccin de
PHB, A. vinelandii cuenta con un sistema de dos componentes que
regula la expresin de los genes sintetizadores de PHB. En una de las
vas de regulacin, interviene un miRNA (rsmZ) para la inhibicin del
mensajero rsmA. El mensajero de rsmA, cuando rsmZ no est presente,
inhibe la transcripcin de los genes phbB y phbR, dos genes
fundamentales en la sntesis de PHB. Es, por lo tanto, muy importante la
expresin de rsmZ (miRNA) en la produccin de PHB, de forma que su
potenciacin por la va de regulacin GacA es fundamental para la
creacin de una cepa sobreproductora de bioplstico que tenga inters y
aplicacin industrial. La presencia del miRNA rsmZ en las cepas de A.
vinelandii causa la represin de un gen regulador negativo de la sntesis
de PHB y por lo tanto, la expresin de rsmZ favorece la produccin de
plsticos biodegradables.

Referencias
Dan, Guo, Liam Barry, Sharon Szu Hua Lin, Vera Huang, y Long-Cheng Li.
RNAa in action: From the exception to the norm. RNA Biology, October
2014: 1221-1225.

Krebs, Jocelyn E., Elliot S. Goldstein, y Stephen T. Kilpatrick. Lewin's

Genes XI. 11th Edition. Burlington, MA: Jones & Bartlett Learning, 2014.
Muriel-Milln, LF, M. Castellanos, JA Hernndez-Eligio, S. Moreno, y G.
Espn. Posttranscriptional regulation of PhbR, the transcriptional
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Azotobacter vinelandii. Applied Microbiology Technology, Mar 2014.
Weiberg, Arne, Marschal Bellinger, y Hailing Jin. Conversations between
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Yi, Liao, y Tang Liling. Inducible RNAi system and its application in novel
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