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Gntique

Gntique 22 BOP
BOP S4
S4
Gntique
Gntique des
des populations
populations
Jol Cuguen
Laboratoire de Gntique et Evolution des Populations Vgtales
(UMR CNRS 8016), Bureau 101, Btiment SN2
Universit de Lille 1
59655 Villeneuve d'Ascq Cedex
Tel: 03 20 43 40 24
Fax: 03 20 43 69 79
e-mail: joel.cuguen@univ-lille1.fr
http://www.univ-lille1.fr/gepv

Enseignements
24 heures de cours
26 heures de TD d'applications (exercices)
Supports de cours conus par Xavier Vekemans, modifis par Jol Cuguen (UMR 8016)
03-2007

Ouvrages
Ouvrages de
de rfrence
rfrence
Ouvrages spcialiss
Henry, JP et PH Gouyon 2003. Prcis de Gntique des
Populations avec exercices corrigs, Dunod
Serre, JL 1997. Gntique des Populations, Nathan
Hartl, DL 1994. Gntique des Populations, Flammarion
Ouvrages gnraux
Ridley, M 1997. Evolution Biologique, De Boeck
Gouyon PH et coll. 1997. Les Avatars du Gne, Belin

Elments
Elments de
de gntique
gntique des
des
populations
populations
Qu'est-ce que la gntique des populations?
La diversit gntique et son valuation dans les populations
Principe de Hardy-Weinberg
Application du principe de Hardy-Weinberg
Les carts la panmixie
Les forces volutives:
Mutation, migration, slection et drive

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Dfinit Gntique: discipline qui tudie la transmission de
l'information hrditaire et son utilisation dans le
dveloppement et le fonctionnement des organismes
Comment et pourquoi l'information gntique volue t'elle au cours
du temps au sein des espces et des populations?
Gntique des populations

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Historiquement une synthse entre

G. Mendel

1. Application des lois de la gntique de la


transmission

caractres dterminisme simple

2. Application de la thorie de l'volution et


de la slection naturelle:
volution biologique
volution par slection des individus les
plus adapts

caractres distribution continue


(quantitatifs: nbre graines, vigueur mles )

Charles Darwin

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Les fondements de la gntique des populations: la diversit
gntique

Information gntique locus plusieurs tats allliques distincts

Variation gntique s'exprime par les frquences (proportions)


relatives des diffrents allles

Evolution agit sur des populations d'individus (groupe d'individus


susceptibles de se reproduire entre eux court terme)

Evolution se traduit par une variation des frquences allliques


dans les populations au cours du temps

Forces volutives: processus qui agissent sur les changements de


frquences allliques

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des
populations?
populations?
Impact du systme de reproduction: ouvert / ferm
Forces volutives:

mutation
migration
slection naturelle
drive gntique: processus volutif de fluctuations alatoires des
frquences allliques rsultant d'un chantillonnage alatoire
parmi les gamtes
processus important dans les petites populations
force volutive car changement des frquences allliques

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Thorie synthtique de l'volution:1920-1930

Ronald Fisher:
Hritabilit des caractres quantitatifs
compatibilit avec gntique Mendlienne
Grande population: N inexorable de
frquence des allles favoriss par slection
naturelle

J.B.S. Haldane:
Approche rcursive: variation d'une
gnration l'autre des frquences allliques
sous l'effet de diffrentes formes de slection

Sewall Wright:
Effets stochastiques dans petites populations
nouvelles combinaisons de gnes action
de slection naturelle
Structuration de la diversit gntique et
consanguinit

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectifs gntique des populations:
(1) Mesurer la variation gntique dans populations naturelles +
dcrire patron d'organisation de variation

(drongo,
Dicrurus paradiseus,
Mayr & Vaurie, 1948)

(2) Expliquer origine, maintien et volution de la variation gntique


par l'effet des forces volutives

J. Gillespie: Great Obsession des gnticiens des populations:


"Quelle force volutive est responsable du patron observ?"

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 1: Mesurer variation gntique
exple: Estimation des frquences allliques
Polymorphisme floral chez les Gueules-de-loup
(Antirrhinum majus)
Corolle rouge: RR
Corolle blanche: rr
Corolle rose: Rr

Echantillon de 400 plantes dune population:


Rouges, n=165; Roses, n=190; Blanches, n=45
P = frquence de l'allle R dans lchantillon = (2x165+190)/800 = 0.65
Q = frquence de lallle r dans lchantillon = (190+2x45)/800 = 0.35
Vrification: P+Q = 0.65 + 0.35 = 1.00

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 1: Mesurer variation gntique
Distinction entre paramtre et estimateur

Les modles de gntique des populations dcrivent lvolution de quantits


dcrivant la population dans son entiret, quantits appeles paramtres
Les tudes empiriques mnent au calcul de quantits mesures sur des
chantillons senss reprsenter la population, quantits appeles estimateurs

Exemple des Gueules-de-loup:


p = frquence de lallle R dans la population = paramtre (valeur inconnue)
<p> = estimateur de p = frquence de lallle R dans lchantillon =P = 0.65

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 2: Expliquer maintien de la variation gntique
exple: Anmie cellules falciformes chez lhomme (drpanocytose)

individu SS

individu AA ou AS

(tir de Griffiths et al. 2001)

Anomalie gntique quasi-ltale l'tat homozygote


Expression trs variable de la maladie
Variant gntique de la chane hmoglobine expression rcessive:
allle normalA;
allle mutS;
individus atteintsgnotype SS.
Micrographie lectronique
de globules rouges

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 2: Expliquer maintien de la variation gntique
exple: Anmie cellules falciformes
Rpartition des frquences de l'allle S

>0.14

<0.02
zones de forte frquence de l'allle S correspondent avec les rgions
d'endmisme de la malaria

(tir de Ridley, 1997)

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Objectif 2: Expliquer maintien de la variation gntique
exemple: Anmie cellules falciformes

Explication:

Anopheles: vecteur du Plasmodium

Les individus htrozygotes AS rsistent mieux la malaria (parasite des


globules rouges: Plasmodium falciparum) que les homozygotes AA
quilibre entre
slection en faveur de l'htrozyg. AS N frq(S)
slection contre l'homozyg. ltal SS P frq(S)

Qu'est-ce
Qu'est-ce que
que la
la gntique
gntique des
des populations?
populations?
Difficults conceptuelles de la gntique des populations
Discipline essentiellement quantitative: quantification de la
variation gntique; modlisation de l'effet d'une force volutive sur
les frquences allliques

Changements volutifs graduels :


Echelle de temps volutive: les modifications des frquences

allliques se ralisent chelle centaine ou milliers de gnrations


Avantages adaptatifs souvent trs faibles: difficile mettre en
vidence exprimentalement

Paradoxe:
Evolution agit via la slection sur des phnotypes dterminisme
gntique complexe
Modles thoriques simples volution de caractres
dterminisme simple
Gntique des traits quantitatifs

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Jusque dans les annes 60: marqueurs phnotypiques
(drosophile, couleur fleurs,) ou srologiques (ABO, rhsus,)

Annes 60: dcouverte des allozymes

(tir de Hartl, 1994)

sparation lectrophortique des protines


coloration histochimique des enzymes

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique

Allozymes

Gel obtenu aprs coloration histochimique

(tir de Hedrick, 2000; Lap= Leucine amino-peptidase; 2 locus distincts Lap-1 et Lap-2)

Allozymes: formes molculaires distinctes dun enzyme chez un


mme organisme et ayant la mme activit catalytique
Origine des allozymes: mutations changement dacide amin qui
affecte la charge totale de la protine sans affecter le site
catalytique ( neutre)

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Allozymes: Relation phnotype gnotype

codominance
+

f"fast"
s"slow"

f
x
s

Gnotype FF x SS
Phnotype f
s

Phnotype = nombre/position relative des bandes


Isoenzymes cods par des locus diffrents
Allozymes diffrents allles au mme locus

FS
fs

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Allozymes: Calcul des frquences allliques

Echantillon de 9 individus (18 copies d'allles)


gnotypes FF: 3
gnotypes FS: 4
gnotypes SS: 2

Frquence de l'allle F: <p> = (3x2+4)/18 = 0.56


Frquence de l'allle S: <q> = (4+2x2)/18 = 0.44

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique

Annes 70: outils molculaires ADN


Utilisation des enzymes de restriction

Frq. moy. coupure


1/256 p.b. (=1/44)

1/4096 p.b. (=1/46)

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique

Annes 70: outils molculaires ADN


clivage de l'ADN par enzymes de restriction
procdure "Southern Blot"
hybridation avec sonde radioactive
Marqueurs RFLP ("Restriction fragment length polymorphism" =
polymorphisme de longueur des fragments de restriction)

(tir de Hartl, 1994)

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Marqueurs RFLP
Rsultats:

Etapes exprimentales:
1.

EXTRACT ADN NUCLEAIRE

1. quelques longs fragments


(20-100 Kb)

2.

DIGESTION PAR ENZYME


DE RESTRICTION

2. nombreux fragments de taille


variable

3.

ELECTROPHORESE HORIZONTALE
SUR GEL D'AGAROSE

3. fragments spars par leur PM


(trop de bandes)

4.

SOUTHERN BLOT
(Transfert sur membrane de
nitrocellulose)

4. fragments d'ADN simple- brin


aux positions correspondantes

5.

HYBRIDAT AVEC SONDE-ADN


(Fragments d'ADN de la squence
recherche marqus par radioactivit)

6.

AUTORADIOGRAPHIE
(Exposition un film X-ray)

5.

seuls fragments avec squence


correspondante s'hybrident avec la
sonde

6. fragments visualiss par prsence


de bandes

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Marqueurs RFLP
Relation phnotype gnotype
sites de restriction
+
X

sonde-ADN

ce fragment ne s'hybride
pas sonde

Sonde-ADN: fragment d'ADN marqu (radioactif/fluorescent) simple-brin


correspondant une squence non rpte du gnome (gne connu, ou
anonyme)
Polymorphisme de prsence/absence d'un site de restriction (mutation
du site de reconnaissance) polymorphisme du nombre et taille des
bandes observe
Plusieurs marqueurs diffrentes combinaisons enzyme/sonde

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique
Relation phnotype gnotype
(tir de Hartl, 1994)

Marqueurs RFLP

marqueurs co-dominants
Utiliss pour les 1re cartes gntiques fines
Utiliss pour "DNA-fingerprinting": identification de criminels,
Utiliss pour reconstructions phylogntiques, estimation de variation
gntique

Mthodes
Mthodes de
de dtection
dtection de
de la
la variation
variation gntique
gntique

Annes 80-: amplification PCR partir d'ADN ou d'ARN


( cDNA)

Marqueurs microsatellites (locus = rptition d'un motif simple)


Marqueurs AFLP ("Amplified Fragment Length Polymorphism")
Squenage d'ADN SNPs ("Single Nucleotide Polymorphism")

Polymorphisme
Polymorphisme gntique
gntique

Marqueurs gntiques (allozymes, RFLP) quantification du


polymorphisme gntique (= variation gntique)
Df.: un locus est dit polymorphe dans une population si frquence
de l'allle le + commun < 0.95 (ou 0.99); sinon le locus est dit
monomorphe
exclusion des allles rares (frq. < 0.005) souvent dltres et vous
disparatre

Quantification du polymorphisme:
<P> = proportion de locus polymorphes dans un chantillon
Frquences allliques pour les locus polymorphes
Indices de diversit bass sur les frquences des allles (par ex Indice
de Nei; He= 2pq)

Polymorphisme
Polymorphisme gntique
gntique
Synthse de Nevo (1978)
sur 243 espces

(tir de Hartl, 1994)

Polymorphisme des allozymes

important polymorphisme des allozymes


polymorphisme neutre?
surprise pour les "slectionnistes" (slect naturelle cense liminer variation)

Polymorphisme
Polymorphisme gntique
gntique
Polymorphisme des allozymes
Effet de la "forme de vie" chez les plantes: tude compare du
polymorphisme des allozymes chez 473 espces vgtales (Hamrick & Godt,
1989, in Plant population genetics, breeding, and genetic resources, Brown et al. ed., Sinauer,
Sunderland)

Forme de vie

Nombre
d'espces

He

Annuelle

187

30.2% 1.9%

0.105 0.008

Prenne
herbace

159

28.0% 1.8%

0.096 0.008

Prenne ligneuse

115

50.0% 2.5%

0.149 0.009

arbres = espces vgtales les plus variables gntiquement

Polymorphisme
Polymorphisme gntique
gntique
Polymorphisme des allozymes
Polymorphisme frquent mais pas universel: exemple du gupard
Acinonynx jubatus ("cheetah") - O'Brien et al. 1987 PNAS 84:508-511
Echantillon de 98 individus typs pour 49 allozymes

<P> = 0.02 et <He> = 0.0004


goulot d'tranglement historique (10.000 B.P.)
perte de variation gntique
perte de sa capacit volutive?

Organisation
Organisation de
de la
la variation
variation gntique:
gntique:
distribution
distribution des
des gnes
gnes dans
dans les
les populations
populations
Modle de population "idalise"
Principe de Hardy-Weinberg
Application du principe de Hardy-Weinberg
Liaison gntique et dsquilibre de liaison

Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
Hypothses du modle de population de Hardy-Weinberg

organisme diplode
reproduction sexue
gnrations non chevauchantes
locus considr possde 2 allles
frquences allliques identiques chez les individus mles et femelles
panmixie p/r locus considr
population de trs grande taille ()
migration entre populations ngligeable
mutation ngligeable
slection naturelle n'agit pas au locus considr

Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
df. Population : groupe d'individus de la mme espce vivant dans une aire

gographique suffisamment restreinte pour permettre potentiellement tout membre de se


reproduire avec tout autre membre du groupe: unit de reproduction

Exemples:
Les lphants d'un parc national africain
Les chnes d'un massif forestier (pollen large dispersion anmogame)
Les individus d'une espce de parasite intestinal, prsents chez un seul individu hte

Synonymes: population locale, dme, sous-population ( "population" =


espce)

Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
Hypothse de panmixie:
lors de la reproduction, les croisements s'effectuent au hasard pour
les gnotypes considrs
double hypothse:
1. les couples reproducteurs s'unissent au hasard (panmixie sensu stricto)
2. les gamtes produits s'associent au hasard (pangamie)

probabilit de se croiser avec un individu de gnotype donn =


frquence de ce gnotype dans la population
Exemple: locus Lap-1 chez les Lillois: 4% FF; 32% FS; 64% SS
Si panmixie, en moyenne une Lilloise, indpendamment de son gnotype Lap-1,
va choisir pour se reproduire (si elle choisit un partenaire Lillois):
partenaire FF avec 1 chance sur 25
partenaire FS avec 8 chances sur 25
partenaire SS avec 16 chances sur 25

Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
Hypothse de panmixie:
Panmixie relative au caractre considr: une mme population peut
se reproduire de manire
panmictique p/r un caractre (locus Lap-1)
non alatoire p/r un autre caractre (couleur peau, taille, couleur fleur,)

cart la panmixie consanguinit :


autofcondation: 2 partenaires gntiquement identiques
croisements entre cousins: 2 partenaires plus similaires gntiquement que 2
individus choisis au hasard

Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"
Hypothse de gnrations non chevauchantes (discrtes):

(tir de Hartl, 1994)

cycle de reproduction simple: individus de chaque gnration meurent avant la


naissance des membres gnration suivante

exemple: plante annuelle (bl, plantes adventices, ); insectes;


approximation souvent satisfaisante mme pour des espces cycle reproductif +
complexe (Homme: vitement consanguinit, temps de gnration moyen comme unit de
temps)

Modle
Modle de
de population
population "idalise"
"idalise"

(tir de Solignac et al. 1995)

Hypothses du modle de population de Hardy-Weinberg

Organisation
Organisation de
de la
la variation
variation gntique:
gntique:
distribution
distribution des
des gnes
gnes dans
dans les
les populations
populations
Modle de population "idalise"
Principe de Hardy-Weinberg
Application du principe de Hardy-Weinberg
Liaison gntique et dsquilibre de liaison

Principe
Principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Formul en 1908 indpendamment par:
G.H. Hardy (1877-1947): mathmaticien anglais
W. Weinberg (1862-1937): physiologiste allemand

Si les hypothses du modle de Hardy-Weinberg sont respectes, on


peut prdire exactement les frquences gnotypiques partir des
frquences allliques de la population
Frquences allliques: A (p); a (q = 1-p)
Frquences gnotypiques: AA (P); Aa (Q); aa (R)

H-W: AAp2 Aa2pq aaq2


Cl: association des gamtes pour formation des zygotes =
vnements indpendants dveloppement du binme:

(p A + q a)2 = p2 AA + 2pq Aa + q2 aa

Principe
Principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Frquences allliques: A (p); a (q = 1-p)
Frquences gnotypiques: AA (P); Aa (Q); aa (R)

H-W: AAp2 Aa2pq aaq2


{(p A + q a)2 = p2 AA + 2pq Aa + q2 aa}

(tir de Hartl, 1994)

vnements
indpendants!

Principe
Principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Le principe de Hardy-Weinberg dcoule du fait que la reproduction
alatoire entre gnotypes est quivalente l'union au hasard des gamtes

Les valeurs de P', Q' et R' ne dpendent pas de P, Q, et R !


frquences gnotypiques de H-W atteintes en 1 gnration!

(tir de Hartl, 1994)

Principe
Principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Implications du principe de Hardy-Weinberg:
Une seule gnration de panmixie suffit pour atteindre les frquences
gnotypiques de Hardy-Weinberg (en gnral)
Selon les hypothses du modle de Hardy-Weinberg, les frquences
allliques restent constantes absence d'volution au locus considr
maintien du polymorphisme gntique
frq.(A): p' = P'+Q'/2 = p2+2pq/2 = p(p+q) = p
Base pour laboration de modles + complexes: sparation en 2 phases
gamtes zygotes (frquences gnotypiques naissance
dtermines par H-W si panmixie inchang)
zygotes adultes (ajouter effet de slection ou de la migration)
changement des frquences allliques

Organisation
Organisation de
de la
la variation
variation gntique:
gntique:
distribution
distribution des
des gnes
gnes dans
dans les
les populations
populations
Modle de population "idalise"
Principe de Hardy-Weinberg
Application du principe de Hardy-Weinberg
Liaison gntique et dsquilibre de liaison

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Vrification de l'hypothse panmictique dans les populations
humaines: groupes sanguins MN dans 3 populations nord-amricaines
Pop.

MM

MN

NN

total

Frq. M

Frq. N

278

0.5324

0.4676

6129

0.5395

0.4605

205

0.7756

0.2244

Afro-

N obs.

79

138

61

Amer.

Fr. H-W

0.2834

0.4979

0.2187

N H-W

78.8

138.4

60.8

Europ-

N obs.

1787

3039

1303

Amer.

Fr. H-W

0.2910

0.4967

0.2120

N H-W

1783.8

3045.4

1299.8

Native

N obs.

123

72

10

Amer.

Fr. H-W

0.6016

0.3481

0.0503

N H-W

123.3

71.4

10.3

hypothse panmictique est remarquablement bien adapte aux populations


allogames!

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Htrozygotie (frquence d'individus htrozygotes):
Ho = frquence d'individus htrozygotes

AA

aa
Aa

frquence de lallle a

(tir de Ridley, 1993)

frquences des gnotypes

mesure du polymorphisme gntique


Si hypothse de H-W Ho peut tre dduit partir des frq. allliques:
Ho = He = 2pq (He: htrozygotie attendue selon Hardy-Weinberg)

Htrozygotie et mutations
dltres rcessives:
a: mutation dltre rcessive
(frq = q)
Frq(a) frq(aa) plus vite
que frq(Aa)
Les allles rares sont
principalement trouvs chez les
htrozygotes

Htroz/Homoz = 2pq/q2
=2(1-q)/q=(2/q)-2 2/q

frquences des gnotypes

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg

phnotype [a] quasi non exprim

AA

aa
Aa

frquence de lallle a
(tir de Ridley, 1993)

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Htrozygotie et mutations dltres rcessives:
a: mutation dltre rcessive (frq = q)
Htroz/Homoz 2/q

phnotype [a] quasi non exprim


Exemple: mucoviscidose (anomalie scrtions glandulaires
troubles digestifs et respiratoires,)
li allle rcessif a
incidence de maladie: 1/2500 (gnotype aa)

< q > = Q = 1 / 2500 = 0.02


frq.(htrozygotes Aa) = 2pq = 2.(1-0.02).0.02 = 0.039 1/25
Une personne sur 25 est porteuse de l'allle dltre alors que
seulement une personne sur 2500 prsente la maladie facteur
(100)!
Dpistage systmatique lors grossesse (par PCR)

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Locus trois allles ou plus:
Allles A1, A2, A3; frq. allliques: p1, p2, p3

(tir de Hartl, 1997)

Gnotypes homozygotes: AiAipi2; A1A1p12 ; A2A2p22 ; A3A3p32


Gn.htrozygotes: AiAj2pipj ;A1A22p1p2 ;A1A32p1p3 ;A2A32p2p3
expansion de (p1A1+p2A2+p3A3)2
H = 1 p2
e

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Gnes chromosomes sexuels:
chromosome X: nombreux gnes; chromosome Y: trs peu de gnes
Gne li au X: 2 allles A et a
ind. : 3 gnotypes AA, Aa, et aa ; ind. : 2 gnotypes A et a

: frquences gnotypiques Hardy-Weinberg


: frq. gnotypiques = frq. allliques

(tir de Hartl, 1994)

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Gnes chromosomes sexuels:
: frquences gnotypiques Hardy-Weinberg
: frq. gnotypiques = frq. allliques

Phnotype allle rcessif plus frquent chez les


exemple: daltonisme de type "vert"
allle rcessif a de frquence q = 0.05
daltoniens (gn. a): frq. = q = 0.05
daltoniennes (gn. aa): frq. = q2 = 0.0025
rapport / daltoniens = q/q2 = 1/q = 20

20 fois plus de atteints

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Complications lies la dominance:
2 allles: A p et a q
2 phnotypes: [A]P et [a]Q
3 gnotypes: AA, Aa, et aa
Sous l'hypothse H-W:

P p2+2pq
Q q2
<q>= Q
AA: p2 ; Aa: 2pq; aa: q2

<p> = 1 - <q>

Exemple 1: mlanisme industriel chez les papillons de nuit;

allle dominant menant au mlanisme camouflage sur corces


noircies par pollution

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg

(tir de Hartl & Clark, 1997)

Mlanisme industriel chez Biston betularia

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg

(tir de Hedrick, 1999)

Mlanisme industriel chez Biston


betularia dans la rgion de
Liverpool

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Frquence de formes mlaniques dans chantillon de chenilles
de Biston betularia prs de Birmingham: 87%
Chercher: (1) frquence allle "mlanisme" et (2) proportion de
formes mlaniques prsentes l'tat htrozygote

(1)
2 phnotypes: [A]P et [a] Q
Forme mlanique = dominante
Q = 1-0.87 = 0.13
or
<q> = 0.36 <p> = 0.64

<q>= Q

(2)
Frq(AA): p2 = 0.41 (mlaniques homoz.)
Frq(Aa): 2pq = 0.46 (mlan. htroz.) (Vrif.: 0.41+0.46 = 0.87!)
Proportion htrozygotes: 0.46/0.87 = 52.9%

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Complications lies la dominance:
Exemple 2: facteur Rhsus Rho chez l'homme

2 allles: D et d
D est dominant
2 phnotypes: [+] (DD ou Dd) et [] (dd)
Europe occidentale: frq([+]) = 85.8% ;
frq([]) = 14.2%

< q > = Q frq(d) = 0.38 et frq(D) = 0.62


Population Basque: frq(d) = 0.65 (record!)

Application
Application du
du principe
principe de
de Hardy-Weinberg
Hardy-Weinberg
Htrozygotie et mutations dltres rcessives:
a: mutation dltre rcessive (frq = q)
Htroz/Homoz 2/q

phnotype [a] quasi non exprim


Exemple: mucoviscidose (anomalie scrtions glandulaires
troubles digestifs et respiratoires,)
li allle rcessif a
incidence de maladie: 1/2500 (gnotype aa)

< q > = Q = 1 / 2500 = 0.02


frq.(htrozygotes Aa) = 2pq = 2.(1-0.02).0.02 = 0.039 1/25
Une personne sur 25 est porteuse de l'allle dltre alors que
seulement une personne sur 2500 prsente la maladie facteur
(100)!
Dpistage systmatique lors grossesse (par PCR)

Les
Les carts
carts la
la panmixie
panmixie
Rencontre non alatoire des gnotypes et gamtes p/r phnotype:
reproduction entre individus semblables phnotypiquement: homogamie
(choix prfrentiel du partenaire selon la taille, la couleur, les ornements,)
reproduction entre individus phnotypiquement diffrents: htrogamie
(sexe des individus, htrostylie et autoincompatibilit chez les plantes,)

Partenaires gntiquement apparents consanguinit

reproduction entre cousins germains chez l'homme


accouplements entre frres et surs chez certains insectes (Blastophage du figuier)
autofcondation chez certaines plantes (et mollusques) hermaphrodites
reproduction au sein de sous-groupes diffrencis gntiquement (ethniques,
gographiques)

L'homogamie
L'homogamie totale
totale
Reproduction entre individus semblables phnotypiquement: homogamie
(choix prfrentiel du partenaire selon la taille, la couleur, les ornements,)
L'effet principal de l'homogamie rduction de l'htrozygotie observe p/r
valeur attendue en panmixie pour les gnes en relation avec le caractre qui
intervient dans le choix de partenaire
Homogamie et frquences gnotypiques
Gnotype

AA

Aa

aa

Frq. gn. (t)

Homogamie

AA x AA

Aa x Aa

aa x aa

AA

Frq. gn. (t+1)

aa

AA

Aa

P+H

aa
Q+H

L'homogamie
L'homogamie totale
totale
Effet de l'homogamie totale:
de moiti de l'htrozygotie observe chaque gnration
frq. allliques inchanges: p' = p
disparition progressive des htrozygotes au profit des
homozygotes
Ne concerne que les gnotypes des gnes associs au caractre
impliqu dans le choix de partenaire (et les gnes qui leur sont lis):
effet gnomique local

La
La consanguinit
consanguinit
Effet de l'autofcondation:
de moiti de l'htrozygosit observe chaque gnration
si H0 = htroz. observe gnration initiale t = 0
Ht = ()t x H0: disparition totale des htrozygotes
la consanguinit augmente jusqu' son maximum

Le dficit en htrozygote / panmixie concerne l'ensemble du


gnome

Rgime mixte de reproduction: ("mixed mating system")


chaque individu: proportion s des ovules autofconds,
proportion t = 1-s des ovules allofconds

La consanguinit sera partielle

La
La consanguinit
consanguinit
Consquences gntiques de la consanguinit:
rduction de l'htrozygosit augmentation de l'homozygotie
Homozygotie pour des allles rcessifs dltres expression des
mutations dltres dpression de consanguinit
htrozygotes au
chromosome 2

Exprience chez la Drosophile:


croisements menant la production
d'individus homozygotes pour le
chromosome 2

homozygotes au
chromosome 2
(tir de Hartl & Clark, 1997)

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
les
les sources
sources de
de la
la variation
variation
La mutation
La recombinaison
La migration

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
les
les sources
sources de
de la
la variation
variation
La mutation
La recombinaison
La migration

La
La mutation
mutation
Mutation = source fondamentale de variation gntique :
Mutation = changement hrditaire dans le matriel gntique
Mutations gniques: changements dans la squence
nuclotidique: mutations ponctuelles, indels (insertions ou
dltions d'une ou plusieurs paires de bases), transposons
Mutations chromosomiques: rarrangements chromosomiques:
inversions, translocation
Mutations gnomiques: polyplodisations,...

La
La mutation
mutation
Distinguer:
mutation somatique / germinale chez les mtazoaires
mutation neutre: sans impact diffrent sur le phnotype par
rapport aux autres allles prsents au sein d'une classe alllique
(mutation silencieuse, neutre s.s.)
favorable / dltre (dpend des conditions du milieu)

La
La mutation
mutation
Mutation = vnement volutif rare pour un gne donn et un
individu donn :
10-9 10-10 nouvelles mutations par nuclotide
10-4 10-6 nouvelles mutations par copie de gne et par gnration (u =
taux de mutation)

Force volutive importante: flux continu d'introduction


d'innovation gntique
nombre de mutations/gn. = 2 N u non ngligeable si la population
est grande (NN), ex: N=104, u=10-5, une nouvelle mutation par gne
toutes les 5 gnrations
nombre de gnes dans le gnome est important: 20.000- 30 000 gnes
chez homme si u=10-4, nombre mutations/gne/gamte = 2-3 en
moyenne chaque nouveau-n possde 4-6 nouvelles mutations p/r
parents pour l'ensemble de ses gnes
Ex: 6.4 milliards d'humains en 2005, environ 140 millions de
naissances par an, soit 500 800 millions de nouvelles mutations par
an par gnme

La
La mutation
mutation
Devenir d'une nouvelle mutation:

Frquences allliques

mutation dfavorable: diminue en frquence


mutation favorable: augmente en frquence
mutation neutre
la nouvelle mutation va le plus souvent tre limine de la population, ou
parfois se substituer l'allle sauvage (fixation de l'allle mutant) cause
d'effets stochastiques dans les petites populations (= drive gnique)

1
limination d'un
alllle mutant

fixation d'un
alllle mutant

0
Temps

La
La mutation
mutation dans
dans une
une population
population finie
finie
Devenir d'une nouvelle mutation neutre:
Frquence initiale dans une pop diplode de taille N: 1/2N
Pour chaque gamte tir:
Probabilit nouvel allle mutant: 1/2N
Probabilit autre allle: 1-(1/2N)
Pour l'ensemble des 2N gamtes tirs N nouveaux zygotes
Probabilit nouvel allle mutant ne soit jamais tir (donc
perdu): loi de Poisson de paramtre =2Nq=1
[1-(1/2N)]2N 1/e = 0.368 (R.A. Fisher, 1930)
forte probabilit de perdre le nouvel allle mutant aprs 1 gnrat

Dans les populations de petite taille, possibilit que le nouvel allle


mutant ne soit pas limin (fixation):
Probabilit de fixation de l'allle mutant: 1/2N

La
La mutation
mutation dans
dans une
une population
population finie
finie

Effet de la drive gntique sur une nouvelle mutation:

La fixation ultime d'un nouvel allle mutant correspond


l'extinction de toutes les lignes gnalogiques ne portant pas
initialement cet allle mutant

(tir de Hartl & Clark, 1997)

allle mutant en 1 exemplaire

Probabilit que ce soit


la ligne gnalogique
de l'allle mutant qui se
fixe = 1/nbre anctres
= 1/2N

fixation de l'allle mutant

La
La mutation
mutation dans
dans une
une population
population finie
finie
Effet de la drive gntique sur une nouvelle mutation:
Fixation

substitution
(tir de Hartl & Clark, 1997)

Elimination

La
La mutation
mutation dans
dans une
une population
population finie
finie
Devenir d'une mutation et quilibre entre mutation et
drive gntique:
Hypothse fondamentale des drivations prsentes: les
mutations envisages sont slectivement neutres (seule la drive
gntique agit en plus de la mutation)
Thorie neutraliste de l'volution molculaire (Kimura 1968):
fait l'hypothse qu'une grande majorit des polymorphismes
gntiques molculaires rsulte de l'volution par drive
gntique d'allles mutants slectivement neutres
exemple: ADN non codant; 3me position des codons (mutation
synonymes); remplacement d'acides amins hors du site actif d'un
enzyme

Mutations non neutres: dynamique ventuellement fort diffrente


car soumises au crible de la slection

La
La mutation
mutation dans
dans une
une grande
grande population
population
Cas des mutations rcurrentes
Soit u le taux de mutation de l'allle A1 vers A2 (10-4-10-6), et v
le taux de mutation reverse (A2 vers A1, gnralement plus
faible, 10-7-10-9)
A la gnration suivante:
pt = pt-1 upt-1 + v(1-pt-1)
On dfinit la pression de mutation comme la diffrence de
frquences alllique due cette force volutive
soit pu = pt- pt-1 et aprs remplacement:
pu = - upt-1 + v(1-pt-1)

La
La mutation
mutation dans
dans une
une grande
grande population
population
pu = - upt-1 + v(1-pt-1)
v
Recherche de l'quilibre: pu = 0 p* =
u+v
-5
-8
-3
Pour u=10 et v=10 , p* = 10 , perte rcurrente de A1
Si pas de mutation reverse: perte totale de A1
Combien de temps?
pt = (1 u ) t p0

Pour diminuer la frquence de A1 de moiti il faut


Log (2)
0.7 gnrations
t=

Log (1 u )

soit environ 70 000 gnrations pour u = 10-5, c'est dire environ


1.4 millions d'annes chez l'homme!

La
La mutation
mutation
Source continue d'innovation gntique
Introduit un flux de mutations neutres, favorables ou
dltres selon l'environnement
Mais force volutive peu efficace pour un changement des
frquences allliques

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
les
les sources
sources de
de la
la variation
variation
La mutation
La recombinaison
La migration

La
La recombinaison
recombinaison
La recombinaison gnre de la variation gntique en produisant
diffrentes combinaisons d'allles appartenant des locus
diffrents

locus sur des chromosomes : effet de la sgrgation


Mendlienne
locus sur le mme chromosome: effet du crossing-over

Exemple: augmentation de la vitesse d'volution chez les


organismes reproduction sexue par rapport aux organismes
reproduction asexue
production rapide de gnotypes multilocus favorables

La recombinaison gnre aussi de nouveaux allles par


recombinaison intragnique

La
La recombinaison
recombinaison
Exemple: augmentation de la vitesse d'volution chez les organismes

(tir de Maynard Smith 1998)

reproduction sexue par rapport aux organismes reproduction asexue


production rapide de gnotypes multilocus favorables

Evolution de mutations favorables aux locus A, B et C dans 1 pop.

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
les
les sources
sources de
de la
la variation
variation
La mutation
La recombinaison
La migration

La
La migration
migration
Migration:
sens strict: mouvement des organismes entre populations
sens large: mouvement des gnes entre populations (flux de gne)
animaux: mouvement des individus, des gamtes en milieu
aquatique
plantes: mouvement des graines et du pollen

La
La migration
migration
Modle de migration: Modle "continentle"
Une grande population dont la composition gntique ne change pas
Une population plus petite qui reoit des migrants chaque
gnration en proportion m = taux de migration, qui viennent y
remplacer une fraction m des gnes de la population
Un locus, 2 allles A et a, en frquences p et q sur le continent, et pi
et qi sur l'le

La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle "continent-le":
Evolution de frquence d'un allle A, de frquence pi dans la population
de l'le
Au temps t, la frquence de A = pit
Probabilit [1 copie de gne tire dans la pop. au temps t allle A]:
copie de gne rsidente: (1-m) pit-1
copie de gne immigrante: mp

pit = (1 m) pit 1 + mp et pm = m( p pit 1 )


Le changement gntique dpend de l'intensit de la migration et de l'cart
entre les frquences allliques
si pi0 = frquence initiale de l'allle a dans la population de l'le:

pit = p + (1 m)t ( pi 0 p )
limt pit :

pit = p convergence frq. allliques

La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle "continent-le":
Evolution de frquence d'un allle A, de frquence pi dans la
population de l'le:
t

pit = p + (1 m) ( pi 0 p )

(tir de Hartl, 1994)

Exemple: 5 populations de frq. alllique initiales: 1; 0.75; 0.5; 0.25; 0


avec p = 0.5 et m = 0.10

La
La migration
migration
Combien de temps?

( pt p0 ) = (1 m) t ( pi p0 )
Pour diminuer lcart de frquence de A1 de moiti il faut
Log (2)
0.7 gnrations
t=

Log (1 m)

soit environ 70 gnrations pour m = 10-2,

La
La migration
migration
Modle de migration: Modle "en le" (ou "en archipel")
n populations de taille N chacune (taille de pop. totale = n x N)
migration alatoire entre toutes les populations composition
gntique des immigrants (entrant) dans 1 pop. = composition
gntique moyenne dans l'archipel (population totale)
proportion d'individus immigrant dans 1 population par gnration =
m = taux de migration (nombre d'immigrants dans 1 pop.= N x m)

m/2

m/2

La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle "en archipel":
N trs grand drive gntique dans les populations ngligeable
Pour une population donne, la gnration t,

pt = (1 m) pt 1 + mp
o p est la frquence moyenne de A sur l'ensemble de l'archipel

pit = p + (1 m) t ( pi 0 p )

Homognisation progressive des frquences allliques des


populations de l'archipel

La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle en archipel:

Exemple: populations humaines au Soudan


Matrice de migration (estimations de m) entre les 3 populations

La plupart des individus ne quittent pas leur population d'origine (98%)


(tir de Hedrick, 2000)

La
La migration
migration
Effet de la migration dans un modle en le:

Exemple: populations humaines au Soudan

(tir de Hedrick, 2000)

Evolution de la frquence de l'allle M (groupe sanguin MN)

La
La migration
migration
Patrons de migration:
Nature: migration selon modle en le strict est rarement
observ
Source de migrants souvent parmi les populations les plus
gographiquement proches variations gographiques des
frquences allliques: modle "stepping stone" (Kimura
&Weiss, 1964)
Exemple: formes mlaniques des papillons de nuit
Biston betularia: faibles densits de population migration
sur grandes distances
Gonodontis bidentata: fortes densits de population
migration limite dans l'espace

Modles
Modles de
de structure
structure spatiale
spatiale de
de populations
populations

A.
B.
C.
D.

Continent les
Island model (Wright)
Stepping-stone unidimensionnel (Kimura)
Stepping-stone bidimensionnel (Kimura)

La
La migration
migration
Patrons de migration: Frquence des formes mlaniques
Gonodontis bidentata

Biston betularia

(tir de Hartl & Clark, 1997)

La
La migration
migration
Force volutive efficace car provoque des changements
importants de frquences allliques
Conduit une homognisation des frquences allliques
entre les populations
Maintient la cohsion d'une espce et s'oppose la
diffrenciation (et la spciation)
Effets contradictoire pour l'adaptation
Permet l'arrive locale de diversit gntique
S'oppose la mise en place d'adaptation locale

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection
Les modes de slection
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection
Les modes de slection
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection

La
La slection
slection naturelle
naturelle
Formulation de la slection naturelle par Darwin, 1859,
dans "L'origine des Espces":
"Grce cette lutte pour la vie [et pour la reproduction], les variations,
quelque faibles qu'elles soient et de quelque cause qu'elles proviennent,
tendent prserver les individus d'une espce et se transmettent
ordinairement leur descendance, pourvu qu'elles soient utiles ces
individus dans leurs rapports infiniment complexes avec les autres tres
organiss et avec les conditions physiques de la vie.
Les descendants auront, eux aussi, en vertu de ce fait, une plus grande chance
de survivre, car, sur les individus d'une espce quelconque ns
priodiquement, un bien petit nombre peut survivre. J'ai donn ce
principe, en vertu duquel une variation si insignifiante qu'elle soit se
conserve et se perptue, si elle est utile, le nom de slection naturelle, pour
indiquer les rapports de cette slection avec celle que l'homme peut
accomplir."

La
La slection
slection naturelle
naturelle
Formulation moderne de la slection naturelle:
Dans chaque espce, plus de descendants sont produits que ce qui
pourra survivre et se reproduire
Les individus diffrent par leur capacit survivre et se
reproduire, en partie en raison de leurs diffrences
phnotypiques et en relation avec leurs caractristiques
gnotypiques (la relation entre les deux pouvant tre complexe)
A chaque gnration, les phnotypes et donc les gnotypes
favorisant la survie et l'accs la reproduction dans
l'environnement actuel sont sur-reprsents l'ge de reproduction,
et contribuent de faon disproportionne la descendance de la
gnration suivante

La
La slection
slection
Slection naturelle = force volutive changement des
frquences allliques
augmentation en frquence des allles qui amliorent la survie et
la reproduction conduit une meilleure adaptation (locale et
temporaire) des organismes leur environnement (force
principale de l'volution selon la thorie no Darwinienne)
diffrentes populations d'une espce:
environnements trs diffrents diffrenciation gntique des
populations lie diffrentes adaptations (slection divergente),
pouvant mener la spciation
environnements similaires effet homognisant de slection
s'opposant la drive gntique (slection stabilisatrice)

Remarque: les conditions de l'environnement varient dans le


temps (changements climatiques, anthropiques, comptiteurs,
pathognes,): relativit de l'adaptation et de la notion de
progrs volutif!

La
La slection
slection
Quantification de l'effet de la slection :
effet sur la survie: viabilits diffrentielles
viabilit = probabilit qu'un individu survive depuis la fcondation
jusqu' l'ge reproducteur

effet sur la capacit reproductive: fertilits diffrentielles


fertilit = esprance du nombre de descendants d'un individu

Valeur slective d'un gnotype: valeur absolue du produit de sa


viabilit par sa fertilit (ex. Valeur slective de AA = WAA= 1.5; Waa =
1.0): Darwinian fitness

Valeur slective relative d'un gnotype: viabilit x fertilit =


valeur slective relative par rapport celle d'un gnotype choisi
comme rfrence (ex. wAA = 1.0; waa = 1.00/1.50=0.67)

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection
Les modes de slection naturelle
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection

Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes haplodes
haplodes
Modle:
espce bactrienne haplode reproduction asexue
un locus deux allles, A et a
Ex: rsistance un antibiotique
Gnotype
Gnration t-1
A
a
Frquence avant slection:
pt-1
qt-1
Valeur slective relative:
w1
w2
Aprs slection:
pt-1w1
qt-1w2
Gnration t:
pt 1w1
qt 1w2
=
=
p
q
Normalisation
t
t
valeur slective moyenne
dans la population

pt 1w1 + qt 1w2

pt 1w1 + qt 1w2

Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes haplodes
haplodes
Changement des frquences allliques:
frquence de A gnration t : (p' ou pt)
p w
p ' = pt = t 1 1 o w = pt 1w1 + qt 1w2
w
variation de p entre gnration t et gnration t-1:
pression de slection ps = p'-p = pt - pt-1

pq(w1 w2 )
ps =
w

Limite du processus: quel est l'quilibre? ps = 0


Solutions:
triviales: p=0, q=0 ou w1 = w2 (neutralit)
selon le signe de ps:

Si w1 > w2, ps>0 et l'allle A envahira la population

Si w1 < w2, ps<0 et l'allle A disparatra de la population

Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes haplodes
haplodes
En rsum, la pression de slection chez les organismes
haplodes est une pression volutive trs puissante:
1. Elle peut modifier trs rapidement la composition
gntique dune population
2. Un allle ltal sera par exemple limin en une seule
gnration
3. Un allle avantageux (rsistance aux antibiotiques chez
une bactrie) sera trs rapidement fix
4. Cest une pression volutive localement uniformisante:
Pas de polymorphisme attendu localement lquilibre.

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection
Les modes de slection naturelle
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection

Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes diplodes
diplodes
Modle:
modle de Hardy-Weinberg avec panmixie pour un locus dialllique
slection agit via les phnotypes sur les 3 gnotypes produits
gnrations discrtes (non chevauchantes)
Gnration t1
Frquence avant slection:
Valeur slective relative:
Aprs slection:
Normalisation
Gnration t:
Frquence alllique

valeur slective moyenne


dans population

Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes diplodes
diplodes
Changement des frquences allliques:
frquence de A et de a la gnration t : (p' ou pt, q')

pt21w11 + pt 1qt 1w12


pt 1qt 1w12 + qt21w22
, q' =
p ' = pt =
w
w
variation de p entre gnration t et gnration t-1: ps = p'-p = pt - pt-1
ps =

pq[ p(w11 w12 ) + q(w12 w22 )] pq dw


(Wright, 1945)
=
w
2 w dp

qs = ps

Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes diplodes
diplodes
Devenir des frquences allliques: il va dpendre du signe
de ps:
Si ps est positif, la frquence de l'allle A augmente (et
celle de a diminue)
Si ps est nul on se trouve un quilibre
Si ps est ngatif, la frquence de A diminue
Il faut analyser la variation de ps pour les diffrents
types de relations d'ordre entre les valeurs slectives

Slection
Slection chez
chez les
les organismes
organismes diplodes
diplodes
Les quatre diffrents types de slection:
Gnotypes
AA Aa aa
1. w11 w12 w22 : slection directionnelle en faveur de A
2. w11 w12 w22: slection directionnelle en faveur de a
3. w11 < w12 > w22 : slection en faveur de l'htrozygote
= superdominance
4. w11 > w12 < w22 : slection contre l'htrozygote
= sous dominance (non trait)

Slection
Slection directionnelle:
directionnelle: exemple
exemple de
de mutants
mutants
chez
chez la
la Drosophile
Drosophile

Phnotype normal

Phnotype curly

Phnotype vestigial

La
La slection
slection directionnelle
directionnelle

Exemple: slection directionnelle ngative mutation "Curly" chez la


Drosophile (ailes recourbes)
allle "Curly" (Cy) dominant sur l'allle sauvage (+) pour le phnotype des
ailes, codominant pour la viabilit
homozygotes Cy/Cy sont non viables w22 = 0
valeur slective relative des htrozygotes w12 = 0.5

frquence initiale des gnotypes htroz. 1/3 [+], 2/3 [Cy],


pas d'homozygotes "Curly" du fait de la ltalit
Changement des frquences allliques:
frquence de Cy gnration t-1 = q = x frq.(Cy/+) = 0.333
prdiction la gnration t:

pqw12 + q 2 w22
0.667 0.333 0.5 + 0.3332 0
q' = 2
=
2
p w11 + 2 pqw12 + q w22 0.667 2 1 + 2 0.667 0.333 0.5 + 0.3332 0

q' = 0.167 frq.(Cy/+) gn. t = 2 x q' = 0.333

La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Exemple: mutation "Curly" chez la Drosophile (ailes recourbes)

limination rapide de la mutation


dltre par slection directionnelle
en faveur de l'allle sauvage
Slection purificatrice

La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Autre paramtrisation de la dominance et de l'effet slectif d'un
l'allle:
gnotypes
valeurs slectives
cas gnral

AA

Aa

aa

w11
1

w12
1-hs

w22
1-s

1
1
1

1
1-s/2
1-s

1-s
1-s
1-s

h=coefficient de dominance de l'allle rcessif a


s=coefficient de slection de l'allle a (0s 1)
L'allle dfavorable a est rcessif:
h=0
L'allle dfavorable a est co-dominant: h = 0.5
L'allle dfavorable a est dominant: h = 1.0

La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
La frquence des allles la gnration suivante s'crira alors:
p 2 w11 + pqw12
p 2 + pq(1 hs )
p (1 qhs )
p' =
=
=
2
w
(1 2 pqhs q s ) (1 2 pqhs q 2 s )

La pression de slection, ps, pourra donc aussi s'crire:


ps =

pq[ p(w11 w12 ) + q(w12 w22 )] pqs[ ph + q(1 h)]


=
w
(1 2 pqhs q 2 s )

Le changement des frquences allliques dpendra des proprits de


ps, et en particulier de:

p(w11 w12 ) + q(w12 w22 ) ou bien de ph + q (1 h)

Slection
Slection directionnelle
directionnelle
Slection directionnelle positive: effet de la dominance de
l'allle favorable: ps est toujours positif

wAA = 1; waa = 1 - 0.05 = 0.95


(tir de Hartl, 1994)

(co-dominance)

Si les 2 allles sont co-dominants, l'allle favorable se rpand rapidement et se fixe


Si l'allle favorable est dominant, il se rpand plus vite, mais sa fixation complte est
lente
Si l'allle favorable est rcessif, sa frquence volue au dpart trs lentement, mais sa
fixation est ensuite trs rapide

La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Effet de l'intensit de la slection:
AA Aa

aa

L'allle favorable A est dominant / a:


1
1
1-s
(L'allle rcessif est donc dfavorable, et masqu chez les
htrozygotes, h = 0)
p 2 + pq(1 hs )
p
p' =
=
(1 2 pqhs q 2 s ) (1 q 2 s )

On voit clairement que p' est toujours suprieur p


si s p' , car il est slectionn positivement chez les
homozygotes et les htrozygotes

La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
frquence de lallle avantageux

Effet de l'intensit de la slection:


s = 0.1
1

s = 0.05
0.1

0.01
0

s = 0.01
50

100

150

200

gnrations

Evolution lente si la pression de slection est faible (s)

La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Cas des maladies gntiques rcessives
Ex: mucoviscidose:
dominance de l'allle m est nulle: h=0,
l'allle m est ltal: s=1
Gnotypes

valeurs slectives
p 2 + pq
pq
p' = 2
, q' = 2
p + 2 pq
p + 2 pq
q
1
p' =
, q' =
1+ q
1+ q
q2
qs =
q 2
1+ q

MM Mm mm
w11
1

w12
1

w22
0

La frquence de l'allle m diminue trs


lentement, en fonction du carr de la
frquence de l'allle, et donc d'autant plus
lentement que q est petit: limination totale
quasi impossible
Ex: pour q=2.10-2, qs-4.10-4

La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
Frquence de l'allle aprs g gnrations

q
q' =
1+ q
q0
qg =
1 + gq0
Pour diminuer la frquence de moiti , il faut un nombre de gnrations
gal
1 1
1
g=
, soit pour q g = q0 / 2, g =
q g q0
q0
Ex: pour que la frquence de l'allle m passe de 0.02 0.01, il faut 50
gnrations, soit environ 1 000 ans chez l'homme!
Ensuite pour passer de 0.01 0.005, il faudra 100 gnrations soit environ
2 000 ans!

La
La slection
slection directionnelle
directionnelle
En rsum, la slection directionnelle chez les organismes diplodes
est une pression volutive trs efficace:
Elle provoque des changements importants de frquences
allliques
Elle conduit terme la fixation des allles avantageux et la
disparition des allles dfavorables: pas de polymorphisme
attendu lquilibre
Elle est trs efficace face des allles codominants
Mais:
Les allles rcessifs sont trs lentement, voire jamais,
limins
Rciproquement, un allle dominant avantageux mettra de trs
nombreuses gnrations pour tre fix, en ralit jamais
totalement

Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
gnotypes

valeurs slectives
superdominance

AA

Aa

aa

w11
1s

w12
1

w22
1t

pq[ p(w11 w12 ) + q(w12 w22 )] pq[ p((1 s ) 1) + q(1 (1 t ) )]


=
ps =
2
2
p w11 + 2 pqw12 + q w22
p 2 (1 s ) + 2 pq + q 2 (1 t )

t
s
ps = 0 p =
, q =
s+t
s+t
Un quilibre polymorphe est possible!

Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
gnotypes

superdominance

Exemple:
s = 0.1
t = 0.2

t
p =
= 0.667
s+t
Equilibre stable car indpendant
du point de dpart

AA

Aa

aa

1s

1t

Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
Exemple: Anmie cellules falciformes
Rpartition des frquences de l'allle S
Variant gntique de la chane
hmoglobine expression rcessive
(allle mutant S):
individu SS

individu AA ou AS

>0.14

<0.02

Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
Exemple: Anmie cellules falciformes
Les htrozygotes sont plus rsistants face au parasite
Plasmodium falciparum, agent du paludisme (ou malaria), dans
les rgions o svit la maladie
Leur valeur slective est donc la plus leve
Dans les rgions sans Plasmodium, lanmie falciforme est une
maladie rcessive fortement dltre
La frquence de lallle S y est trs faibles (qqs pour mille)

Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Slection en faveur des htrozygotes ou superdominance:
Exemple: Anmie cellules falciformes
gnotypes

superdominance

AA

AS

SS

1s

1t

Dans rgions d'endmisme de la malaria: 0.9 1


0.2
(s = 0.1et t = 0.8)
Frquence de allle S attendue l'quilibre:
s
q =
= 0.11
s+t
l'allle quasi-ltal S est maintenu une frquence 10% en
raison de la slection superdominante en prsence de malaria

Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
Cas de la mucoviscidose:
La frquence de l'allle m est actuellement d'environ 2% en
Europe: pourquoi une frquence si leve ?
Hypothse: protection des htrozygotes durant les grandes
pidmies de cholra
Valeur slective estime des homozygotes normaux:
q
0.02
s=
t=
1 0.02
1 q
0.98
wMM = 0.98, wMm = 1, wmm = 0
Un trs faible cart de valeur slective suffit pour faire
augmenter la frquence de l'allle ltal: difficile dmontrer!

Avantage
Avantage des
des htrozygotes:
htrozygotes: superdominance
superdominance
En conclusion:
Maintien de 2 allles en un polymorphisme stable
(balanc)
Permet l'augmentation en frquence d'allles ltaux
chez les homozygotes (drpanocytose,
mucoviscidose?,)

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la slection
slection naturelle
naturelle
Les modes de slection naturelle
Slection chez les organismes haplodes
Slection chez les organismes diplodes
Equilibre mutation-slection

Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection

Pourquoi le maintien d'allles dltres dans les populations?


1. Slection superdominante (anmie cellules falciformes): cas
rare
2. Equilibre entre pression de mutation slection purificatrice
si mutations rcurrentes flux d'introduction constant
si allle faiblement dltre: faible pression de slection (s
):
si allle rcessif: cach chez les htrozygotes

dynamique trs lente et accumulation d'allles rcessifs


deltres
Consquences volutives: mutations dltres rcessives
exposes en cas de croisements consanguins, d'o la dpression
de consanguinit

Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
Modle: 1 locus 2 allles: A (normal) et a (mutant
dltre)
pq(1 hs ) + q 2 (1 s )
Sans mutation: q ' =
w
pqs[ ph + q (1 h)]
qs =
(1 2 pqhs q 2 s )
Pression de mutation rcurrente: Aa avec taux de
mutation = u, en ngligeant la mutation rverse
qu = up

Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
Les deux forces ont un effet oppos sur les frquences
allliques: l'quilibre on aura
qs + qu = 0
pqs[ ph + q (1 h)]
= up
2
(1 2 pqhs q s )

Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
Cas d'un allle dltre entirement rcessif
gnotypes
a entirement rcessif: h = 0

AA
1
1

Aa
1-hs
1

aa
1-s
1-s

sq 2 p
L' expression gnrale se simplifie :
= up
2
(1 q s )
Si q est petit devant p, l' expression se simplifie encore pour donner
sq 2 u et q u s
Ex: Galactosmie, incidence 1/40 000, q = 5.10-3, s = 1, u = 2.5 10-5

Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
Modle 1 locus 2 allles: A (normal) et a (mutant dltre)
gnotypes
cas gnral

a partiellement rcessif: 0<h<0.5

quilibre: q u (hs ) si h qequ

AA
1

Aa
1-hs

aa
1-s

1-hs

1-s

Exemple: maladie de Huntington (dgnrescence neuro-musculaire)

valeurs slectives estimes

0.81

faible dsavantage aux htrozygotes car apparition + tardive de maladie


estimation de hs = 1-0.81 = 0.19
incidence de la maladie (pop. Michigan): 10-4
estimation de q = 5 x 10-5
permet d'estimer taux de mutationallle dltre: u = q x hs = 9.5 x
10-6
(= une des mthodes pour l'estimation des taux de mutation chez l'homme)

Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
a partiellement rcessif: 0<h<0.5

q = u (hs )

Dpression de consanguinit
accumulation d'allles
Faiblement dltres trs
rcessifs!

Equilibre
Equilibre mutation-slection
mutation-slection
En conclusion:
Le fardeau gntique des populations (prsence de
mutation effet dfavorable) dpend de la dominance des
allles et de leur effet dltre
Les allles rcessifs modrment dltres (hs < 0.02) sont
trs facilement cachs dans le gnome des espces
allogames forte hrtozygotie

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la drive
drive gntique
gntique
Effet de la drive gntique sur la diversit
gntique intra-population
Effet de la drive gntique sur la diffrenciation
gntique inter-populations
Temps de fixation et temps d'limination par
drive gntique d'un allle neutre

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la drive
drive gntique
gntique
Effet de la drive gntique sur la diversit
gntique intra-population
Effet de la drive gntique sur la diffrenciation
gntique inter-populations
Temps de fixation et temps d'limination par
drive gntique d'un allle neutre

Drive
Drive gntique:
gntique: chantillonnage
chantillonnage alatoire
alatoire des
des gamtes
gamtes
Gnration parentale

Gnration

Pool des gamtes


Les frquences allliques
dans le pool des gamtes
sont identiques celles
de la gnration parentale
Nouvelle gnration
Forme par tirage au
hasard dun chantillon
de 10 gamtes

Frquence allle

0.50

0.50

0.60

0.60

0.80

Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Fixation

N = 10
Frquence alllique

1.0
0.8
0.6
0.4
0.2
0.0
0

10

20

Gnration

30

40

Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population

Modle:
Un locus, 2 allles A et a
Panmixie
La fluctuation des frquences allliques est assimilable au
rsultat d'un chantillonnage de 2N gamtes chaque
gnration
La loi de probabilit associe est la loi binomiale
B(2N, p), E[X] = p, V[X] = pq/2N

Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Influence de la taille de la population sur drive gntique
Frq.
allliq.

2N = 18

Frq.
allliq.

Gnrations

Fluctuations alatoires plus importantes si N

2N = 100

Gnrations

Drive
Drive et
et fixation
fixation des
des mutations
mutations
Effet de la drive gntique sur une nouvelle mutation:
Fixation

(tir de Hartl & Clark, 1997)

Elimination

Drive
Drive et
et fixation
fixation des
des mutations
mutations
Effet de la drive gntique sur une nouvelle mutation:

(tir de Hartl & Clark, 1997)

La fixation ultime d'un nouvel allle mutant correspond


l'extinction de toutes les lignes gnalogiques ne portant pas
initialement cet allle mutant
allle mutant en 1 exemplaire

Probabilit que ce soit


la ligne gnalogique
de l'allle mutant qui se
fixe = 1/nbre anctres
= 1/2N

fixation de l'allle mutant

6.1.
6.1. Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Drive gntique cart p/r frquences 50/50

frquences des gnotypes

(tir de Ridley, 1993)

htrozygotie diversit gntique intra-population


AA

aa

Aa

Relation entre proportions


gnotypiques de Hardy-Weinberg
et frquences allliques

La diversit gntique
est maximale
quand p=q=0.5

frquence de lallle a

6.1.
6.1. Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
2 manires de produire un zygote homozygote:
tirage de 2 gamtes provenant de
la mme copie de gne
Prob. = 1/2N
tirage de 2 gamtes provenant de
2 copies de gne diffrentes
mais ayant le mme allle
Prob. = [1-(1/2N)] x ft-1
(f t-1= prob(2 copies gne =
identiques dans pop. parentale)

6.1.
6.1. Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Drive gntique diversit gntique intra-population
Variation de l'homozygotie entre 2 gnrations (t-1 et t):
ft = (1/2N) + [1-(1/2N)] ft-1

or Ht = 1-ft

H t = 1
H t 1
2N

ft

6.1.
6.1. Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Drive gntique diversit gntique intra-population
1

quantification de diversit gntique : H t = 1


H t 1
2N

dcroissance gomtrique de He d'un facteur (1-1/2N) par gnration


Exprience chez drosophile:
rplicats de populations
avec N = 16
19 gnrations avec N constant,
panmixie intra-population, et
pas de migration inter-population
(tir de Hartl & Clark, 1997)

Mcanismes
Mcanismes volutifs:
volutifs:
la
la drive
drive gntique
gntique
Effet de la drive gntique sur la diversit
gntique intra-population
Effet de la drive gntique sur la diffrenciation
gntique inter-populations
Temps de fixation et temps d'limination par
drive gntique d'un allle neutre

Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la
diffrenciation
diffrenciation gntique
gntique inter-populations
inter-populations

(tir de Hartl & Clark, 1997)

Drive gntique fluctuations alatoires des frquences


allliques volution indpendante et divergente dans plusieurs
populations "surs" diffrenciation inter-population

Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la
diffrenciation
diffrenciation gntique
gntique inter-populations
inter-populations

(tir de Hartl & Clark, 1997)

Mise en vidence de la drive gntique chez Drosophile:

D. melanogaster: 107 populations


avec N = 16
Conditions initiales: tous ind.
htrozygotes bw75/bw
19 gnrations avec N constant,
panmixie intra-population, et
pas de migration inter-population
la majorit des populations
sont fixes pour bw75 ou bw aprs
les 19 gnrations, les autres
sont rparties sur toute la gamme
de frquences allliques

Temps
Temps de
de fixation
fixation et
et temps
temps d'limination
d'limination par
par drive
drive
gntique
gntique d'un
d'un allle
allle neutre
neutre

Frquences allliques

Si allle slectivement neutre devenir est dtermin par la


drive gntique dpend de N et de sa frquence actuelle

fixation d'un
alllle mutant

limination d'un
alllle mutant

0
Temps

La
La drive
drive gntique
gntique
Temps
Tempsde
defixation
fixationd'un
d'unallle
allleslectionn
slectionn

Frquences allliques

Si allle non neutre devenir est dtermin par la slection


naturelle si N est grand (slection > drive gntique) dpend
du coefficient de slection: t fix = (2 / s ) ln(2 N )
(en gnrat)
fixation d'un
alllle mutant
favorable

limination d'un
alllle mutant favorable

Temps

Exemple: mammifre avec N = 106, temps moyen gnrat = 2 ans


nouvelle mutation neutre: tfix = 4x106x2 = 8 millions d'annes
nouvelle mutation favorable avec s = 1%: tfix = 2/0.01xln(2x106)x2 = 5800 ans
Evolution plus rapide sous slection directionnelle positive!

Effet
Effet de
de la
la drive
drive gntique
gntique sur
sur la
la diversit
diversit
gntique
gntique intra-population
intra-population
Drive gntique: fluctuations alatoires des frquences
allliques rsultant d'un l'chantillonnage des gnes parmi les
gamtes
processus important dans les petites populations
force volutive car changement des frquences allliques
fixation alatoire d'un allle prsent initialement