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Facult de Mdecine Necker-Enfants malades

BACTERIOLOGIE GENERALE
2002/2003

P.C.E.M. 2

Table des auteurs


Responsable d'enseignement : Pr. P. BERCHE
Qu'est-ce qu'un agent pathogne ?
P. Berche
Le conflit hte-bactrie
P. Berche
Survie des bactries extracellulaires : toxines bactriennes et variation antignique
P. Berche
Parasitisme intracellulaire
P. Berche
Mutations bactriennes
S. Kayal
Elments gntiques mobiles
C. Poyart
Transfert de l'information gntique
C. Poyart
Origine et volution de la rsistance aux antibiotiques
C. Poyart
Rsistance des bactries aux antibiotiques
C. Poyart
Impact de la gnomique pour le diagnostic et le traitement des infections bactriennes
X. Nassif
Prions
P. Berche

Quest-ce quun agent


pathogne ?
Quest ce quune bactrie ?
Les bactries sont des organismes
procaryotes sans noyau diffrenci, sans
mitochondries,
avec
un
gnome
habituellement circulaire form dune double
hlice de DNA codant le plus souvent pour
1000 4000 gnes, avec une paroi rigide
forme de peptidoglycane. Les eucaryotes
ont un noyau avec une membrane nuclaire,
des
mitochondries,
des
organelles
intracellulaires
(Golgi,
rticulum
endolasique).

Morphologie des bactries


Les bactries sont vues au microscopie
optique, vivantes ltat frais (lumire
blanche, fond noir, contraste de phase), ou
aprs colorations (Bleu, Gram ,
ZiehlNeelsen pour les mycobactries), et au
microscope lectronique transmission ou
balayage.
Forme, taille et
des bactries

proprits tinctoriales

Les bactries ont une taille moyenne de 0.5 2.0 m de large et 2-6 m de long, parfois
beaucoup plus (une hmatie mesure 8m de
diamtre). Les bactries ont des formes
trs varies : coques (diplocoques, amas,
chanettes) ; bacilles (droits, incurvs,
3

spirals). Ces formes sont dues la


structure de la paroi (peptidoglycane) et au
mode de septation propre chaque espce
bactrienne.
Exemple de multiplication
chanettes et en amas

des

coques

en

Daprs la coloration de Gram, on distingue


selon les proprits tinctoriales les bactries
Gram positif et les bactries Gram
ngatif : les Gram + sont dcolors par
lalcool, les Gram ngatif ne le sont pas. Les
mycobactries sont un groupe part
appartenant aux bactries Gram positif
mais non colors par la coloration de Gram
du fait de leur paroi trs particulire. Cette
distinction par la coloration de Gram est trs
pratique car elle correspond des
diffrences notables dans la structure de la
paroi et une ralit phylognique : les
bactries Gram positif sont apparues
dabord au cours de lEvolution, puis par
lapport dune enveloppe externe les
bactries ont acquis de nouvelles proprits
tinctoriales (bactries Gram ngatif). De
plus, elle correspond une ralit
thrapeutique : les antibiotiques actifs ne
sont pas mes mmes selon quil sagit dune
bactries Gram+ , Gram ou dune
mycobactrie.
Aprs croissance sur milieu de culture nutritif
acellulaire, les bactries donne en quelques
heures ou jours (bactries croissance
rapide) ou en quelques semaines (bactries
croissance lente) des colonies visibles
lil nu. Ces colonies sont constitues de 12 milliards de bactries et proviennent dune
seule bactrie clones). Laspect, la
pigmentation, la taille, la forme et le temps
dapparition de ces colonies sont des
proprits utilises pour identifier les
espces bactriennes.

Colonie de E coli aprs 2 h dincubation


Microscope x 500

PFGE du chromosome de souches actrienes


(fragments de 50 kb 500 kb).

Taille du gnome bactrien


Colonies de E coli et Salmonella aprs 24h sur
glose (1-2 mm).

Le gnome des bactries


Le noyau des bactries est constitu dun
chromosome sans membrane nuclaire.
Ce chromosome est habituellement circulaire
et unique. Il peut tre tudi par
ltablissement de cartes gntiques selon la
disposition des gnes, de cartes physiques
par PFGE (Pulsed-Field Electrophoresis
Gel ) et par squenage du gnome
bactrien.

La taille
du chromosome bactrien est
variable, de 600 kb ( Mycoplasma genitaium)
et 8000 kb Streptomyces), en moyenne
3000-4000 kb ( >3000 gnes), parfois
associ des plasmides qui sont des petits
chromosomes circulaires rplication
autonome (10-200 kb). Les plus petits
gnomes sont retrouvs chez les bactries
trs infodes leurs htes, telles que les
mycoplasmes
ou
les
bactries
intracellulaires
strictes
(Chlamydia
,
Rickettsia), les bactries trs adaptes leur
hte ( Helicobacter pylori, Haemophilus
influenzae, ,Mycobacterium leprae). Les
bactries avec un grand gnome sont
souvent saprophytes et ubiquistes( Enterobacteriacae, Bacillus ). Par exemple, la
taille du gnome de E. coli est de 4,7 Mb
5,2 Mb selon les souches.

Chromosome aprs lyse bactrienne

Topologie du gnome bactrien


Les chromosomes sont habituellement
circulaires et uniques. Cependant, quelques
bactries ont 2 ou mme 3 chromosomes :
Brucella
melitensis
2;
Rhodobacter
sphaeroides
2;
Vibrio
cholerae
2;
Rhizobium melitoti 3 ; Bulkolderia cepacia 3 ;
Agrobacterium tumefaciens 2 (1 circulaire, 1
linaire). Certaines rares bactries ont un
chromosome linaire : Borrelia burgdorferi,
Streptomyces,Rhodococcus, Agrobacterium
tumefaciens. La signification biologique de
ces particularits en termes est inconnue.
Organisation du gnome bactrien
Le chromosome bactrien est constitu de
nombreux gnes de structure et de gnes
rgulateurs organiss en oprons, de gnes
rpts ( par exemple lopron ARNr : E.coli
7 copies, B. subtilis 10 copies, M.
tuberculosis 1 copie), d lments mobiles
(transposons,
intgrons,
prophages,
squences IS d'insertion) et
de
squences non-codantes qui ne reprsentent
que
5 - 10% du chromosome. Le
chromosome bactrien a une certaine
plasticit qui lui permet de perdre ou acqurir
au cours du temps de nouveaux gnes
codant pour codant pour des rsistances aux
antibiotiques et des facteurs de virulence par
transformation, conjugaison ou transduction
de phages, ou dtre le sige de
rarrangements qui remodlent le gnome
ou font varier son expression (variation
antignique).
Dans
une
espce
bactrienne donne, la variabilit gntique
peut atteindre 10% - 20% du gnome. Une
espce est distingue dune autre par un
taux dhybridation DNA-DNA
infrieur
70%.
De nombreux gnomes bactriens sont
maintenant entirement squencs depuis
1995. Pour les pathognes, on peut citer
Haemophilus influenzae , Mycoplasma
pneumoniae
,Helicobacter
pylori,
Mycobacterium
tuberculosis,
Borrelia
burgdorferi ,Treponema pallidum ,Vibrio
cholerae ,Neisseria meningitidis, E coli
O157:H7,
Listeria
monocytogenes,
Ureaplasma
urealyticum,
Pasteurella
multocida, Mycobacterium leprae, Rickettsia
prowazecki,
Chlamydia
trachomatis,
5

Chlamydia pneumoniae, Campylobacter


jejuni, Pseudomonas aeruginosa
Le cytoplasme des bactries
Le cytoplasme bactrien est constitu de
ribosomes et les nombreuses protines
cytoplasmiques (enzymes mtaboliques,
protines chaperons et protines de
structures) sans organelles. Il peut
contenir des granulations de rserve (
glycogne,
polyphosphates,
hydroxybutyrates). Il est dlimit par une
membrane
cytoplasmique
constitue,
comme celle des eucaryotes, dune bicouche
lipidique
avec
des
protines
transmembranaires ou exposes : des
permases pour les substrats nutritionnels,
des enzymes de synthse du peptidoglycane
(Penicillin-Binding Proteins PBPs),
des
enzymes respiratoires (deshydrognases,
cytochromes).

Les constituants de la paroi des


bactries
La paroi des bactries est constitue dun
peptidoglycane uniquement retrouv chez
les bactries et prsent dans lensemble du
monde bactrien ( quelques exceptions,
telles que les mycoplasmes ou mollicutes,
bactries sans peptidoglycane).
Le peptidoglycane
Le peptidoglycane est un polyoside dunits
rptitives dacide N-actyl-muramique et de
N-actyl-glucosamine, sur lesquels sont
branchs
des
chanes
courtes
pentapeptidiques, donnant une structure
tridimentionnelle en rseau compact. Ce
polymre complexe est synthtis par des
enzymes
ou
PBPs
(Penicillin-Binding
Proteins). Ce sont des transpeptidases , des
carboxypeptidases,
des
amidases
(autolysines) qui sont la cible des
pnicillines.

La paroi des mycobactries


Les mycobactries ont la structure des
bactries Gram positif, sans enveloppe
externe, avec des polyosides paritaux
impliqus dans leur structure, larabinogalactane et le lipoarabinomannane , et une
grande richesse en acides gras , les acides
mycoliques qui tapissent la surface de ces
bactries. Cette paroi complexe confre une
grande rsistance dans lenvironnement et
la digestion par les macrophages.
La paroi des bactries Gram positif
La paroi des bactries conditionne la forme
des bactries et constitue une protection trs
efficace contre un environnement hostile et
trs changeant (osmolarit, temprature,
radiations ionisantes, scheresse). Chez
les
bactries

Gram
positif,
le
peptidoglycane est trs pais et associ
des protines paritales exposes et des
structures
polyosidiques
(acides
lipoteichoques, acides teichoques).

Bacilles gram positif

Mycobacterium leprae

membrane cytoplasmique, et inactivent les


produits chimiques toxiques (antibiotiques,
mtaux lourds).

Bacilles Gram ngatif ( coupe)

Les acides lipotichoques et les acides


lipotichoques
Ce sont des polymres ne sont retrouvs
que chez les bactries Gram positif. Les
acides lipotichoques ( LTA) sont des
polyribitol-phosphates enchsss aux acides
gras de la membrane cytoplasmique et
traversant la paroi. Ils auraient un rle
rgulateur de la fonction des autolysines
indispensables la bactricidie et un rle
dadhsine. Les acides tichoques sont des
polyosides forms de polyols (ribitol,
glycrol) et de phosphates attachs de
faon covalente lacide muramique du
peptidoglycane, avec une forte charge
ngative. Ces polyosides aurait un rle
rgulateur dans le passage des cations
(Mg++).
La paroi des bactries Gram ngatif :
lenveloppe externe
Chez les bactries Gram ngatif, le
peptidoglycane est trs fin et associ une
enveloppe externe complexe dfinissant un
espace priplasmique. Cette
membrane
externe
est
une
bicouche
lipidique
asymtrique hydrophobe constitue de
phospholipides, de protines (porines) et
de lipopolysaccharides (LPS). Lespace
priplasmique est le ventre des bactries,
rempli denzymes qui dgradent les substrats
complexes pour quils puissent traverser la
8

L'espace priplasmique

Le lipopolysaccharide
Le
lipopolysaccharide est une macromolcule complexe forme de 3 parties :un
lipide A form dacides gras longues
chanes
(acide
laurique,
myristique,
palmitique.. ),dun core oligosachaidique
avec
N-actyl-glucosamine,
glucose,
galactose, heptose et KDO( 2-cto-3desoxyoctonate), molcule qui assure
lancrage au lipide A, et d une chane
polyosidique latrale confrant la spcificitO
constitue dunits osidiques rptitives. Le
LPS est antignique (antigne O) et toxique,
responsable du choc endotoxinique.

Les porines
Ce sont des protines trimriques incluses
dans lenveloppe externe des bactries
Gram ngatif ( OmpC, OmpD, OmpF,
LamB). Elles permettent le passage des
petites molcules hydrophiles ( <6000 Da )
et donc la permabilit aux nutriments , aux
antibiotiques et certains agents chimiques

Porines trimriques cristallises

Les appendices des bactries


Les pili
Les pili ou fimbriae sont des spicules ou
appendices formes dune seule protine
polymrise (piline). Selon leur diamtre ( 38 nm) et leur constitution on distingue
diffrents types de pili ( type I IV). Les pili
de type I sont inhibs par le mannose sont
des adhsines. Ce sont des adhsines qui
permettent aux bactries dadhrer et de
9

sagrger, et qui sont des rcepteurs de


phages.

des conditions hostiles et confre une


extrme rsistance aux agents physiques
(chaleur, radiations, scheresse) et
chimiques (acides, solvants) . Le
processus dure 7-10 h. La bactrie avec son
gnome prserv sentoure de multiples
enveloppes :
peptidoglycane,
cortex
contenant du dipicolate de calcium
(important
pour
la
thermorsistance),
tuniques internes et externes (protiques).
Cette sporulation explique la ncessit pour
striliser dutiliser la chaleur humide : 120 C,
20 minutes.

Pili de E coli

Flagelles
Ce sont des filaments de plusieurs m
constitus dune seule protine, la flagelline,
permettant le mouvement des bactries ( 1
30 flagelles par bactrie, localisation
polaire ou pritriche).

Forme germinative de Bacillus

Spore de Bacillus
Flagelle polaire

La capsuleLa capsule est habituellement


constitue de polyosides, plus rarement
polypeptiques, exposs en surface et
protgeant les bactries de la dessiccation et
des phagocytes pour les pathognes.

Capsule de Streptococcus pneumoniae

Les spores
Les spores nexistent que chez certaines
bactries

Gram
positif
Bacillus,
Clostridium). La sporulation est induite par
10

Classification des bactries


Les bactries sont classes partir des
donnes du gnome (GC%, squenage
partiel ou total) en grandes familles, en
genres et espces.
Une espce bactrienne est dfinit par un
taux dhybridation DNA-DNA de plus de 70%
pour
les
souches
dune
population
bactrienne donne. Un genre peut
comporter plusieurs espces gntiquement
proches.
Exemples :
la
famille
des
Vibrionacae, le genre Vibrio, lespce Vibrio
cholerae ; la famille des Enterobacteriacae,
le genre Klebsiella , les espces Klebsiella
pneumoniae, Klebsiella ozenae, Klebsiella
oxytoca, et Klebsiella rhinoscleromatis. On
utilise en pratique pour dsigner les
bactries uniquement les noms de genre et
despce. Les noms de bactries scrivent
en italiques. En labsence didentification

prcise dune espce (ce qui peut arriver


sans affecter les dcisions thrapeutiques),
on utilise la nomenclature sp (espce non
prcise): exemple Klebsiella sp.
Chaque espce est constitue dune
population dindividus appels souches ou
isolats bactriens. Ces souches prsentent
des variations phnotypiques (sensibilit aux
antibiotiques, tests biochimiques) et sont
dfinies par
un
profil gntique de
restriction qui leur est propre. Certaines
espces bactriennes sont oligoclonales,
cest--dire quelles ne comprennent que trs
peu de souches,
dautres sont trs
htrognes comprenant beaucoup de
souches (htroclonales).Lisolement dune
mme souche chez plusieurs patients dfinit
une pidmie.
La classification des bactries mdicale est
base sur une approche dabord empirique
(morphologie, Gram, aspect des colonies,
arobiose ou anarobiose, caractres
mtaboliques, antigniques)., puis par une
approche
molculaire (squenage de
gnes type rRNA 16-23s, rpoB, sod).
Cette approche permet de replacer chaque
espce bactrienne au sein de larbre
phylogntique du monde vivant.

11

Classification trs simplifie des bactries dintrt mdical.


Bactries
arobies

Coques
Gram +

bacilles
paroi
riches
lipides
Coques
bacilles

Gram -

Staphylococcus, Streptococcus
S pneumoniae,
Corynebacterium, Listeria, Bacillus
de Mycobacterium tuberculosis, M
leprae, M bovis, Nocardia
Neisseria, Moraxella
E. coli, Salmonella, Shigella,
Klebsiella, Enterobacter, Serratia,
Yersinia, Pseudomonas, Vibrio,
Campylobacter,
Haemophilus,
Brucella, Helicobacter

bactries
intracellulaires
Bacilles spirales
Bactries sans paroi
Bactries
Flore de Coques et bacilles
anarobies Veillon
Bacilles
Gram
Gram +

12

Bacilles

Rickettsia , Chlamydia trachomatis,


C psitacci, Coxiella, Ehrlichia
Treponema, Borrelia, Leptospira
Mycoplasma
Bacteroides
fragilis ,
Fusobacterium
Clostridium tetani, C botulinum, C
difficile, C perfringens

Le conflit hte-bactries
Le nouveau-n est strile la naissance et,
ds les premires heures de la vie, les
micro-organismes
provenant
de
son
environnement immdiat le contaminent.
Trs vite s'installe une flore commensale sur
la peau et les muqueuses qui variera en
fonction de l'ge, de l'alimentation, du climat,
des thrapeutiques suivies, pour ne citer que
quelques facteurs. Tout au long de la vie,
chaque individu est donc expos une
myriade de micro-organismes (bactries,
virus, parasites, champignons). Pour viter
d'tre envahi, chaque individu possde un
systme complexe de dfense qui a t mis
en place au cours de l'volution lors de la
slection des espces.
Dfinitions
Bactries commensales et saprophytes .
Une bactrie est commensale lorsqu'elle vit
au contact du revtement cutano-muqueux
d'un hte auquel elle est infode sans
entraner de dsordres. Une bactrie est
saprophyte lorsqu'elle vit et se nourrit dans
l'environnement (sol, eaux, surfaces...).
Certaines bactries sont saprophytes et
ventuellement commensales.
Virulence et pathognicit. La virulence est
la capacit dune bactrie de dclencher une
maladie infectieuse chez un hte sain. Elle
est dfinie par la dose infectante : une
bactrie est trs virulente lorsque la dose
infectante est trs faible. La pathognicit est
l'ensemble des mcanismes qui contribuent
au dclenchement d'une infection.
Bactries
virulentes
et
bactries
opportunistes. Il existe deux types de
bactries
pathognes :
les
bactries
virulentes et les bactries opportunistes. Les
bactries virulentes sont capables de
dclencher une infection chez des htes
sains en s'implanter sur le revtement
cutano-muqueux et ventuellement envahir
les tissus ou scrter des toxines. Il existe 2
types de bactries virulentes : (1) certaines
bactries virulentes sont trs spcifiques de
leur hte humain ou animal la suite dune
longue priode dadaptation au cours de
13

lEvolution ( Salmonella, Shigella, E. coli,


Streptococcus pyogenes, Corynebacterium
diphteriae,
Vibrio
cholerae,
M
tuberculosis). Par exemple, ceci est le cas
des bactries responsables de la typhode,
du cholra, de la tuberculose, des
mningites purulentes, de la diphtrie, de la
peste
Les
doses
infectantes
qui
dclenchent la maladie est habituellement
faibles pour ces espces bactriennes dont
la virulence varie non seulement selon les
espces mme trs proches (par exemple,
Shigella dysenteriae et Shigella flexneri
responsables de dysenterie : S dysenteriae
est beaucoup plus virulente donnant une
maladie plus svre pour des doses
infectantes trs faibles), mais aussi en
fonction des souches rencontres (par
exemple, certaines souches de V cholerae
O1 ou O139 sont trs virulentes et
pidmiques,
d'autres
dites
non-O1
provenant de l'environnement sont trs peu
virulentes et rarement l'origine de
diarrhe). (2) Plus rarement, dautres
bactries
virulentes
proviennent
de
lenvironnement et donnent accidentellement
des infections, sans une longue phase
dadaptation lhomme et aux animaux. Par
exemple, il sagit de bactries du sol
(contaminant les plaies), les aliments, leau
ou lair (Clostridium tetani, Clostridium
perfringens, Clostridium botulimum, Listeria
monocytogenes, Legionelle pneumophila,
Bacillus anthracis). Les bactries opportunistes dclenchent des infections chez l'hte
fragilis et immunodprim. Ces bactries ne
sont pas pathognes pour les sujets sains. Il
s'agit soit de bactries saprophytes vivant
dans
l'environnement
(Pseudomonas
aeruginosa,
Staphylococcus
aureus,
certaines
entrobactries :Klebsiella,Enterobacter,Serratia) et
de
bactries
commensales
devenant
pathognes chez les sujets aux dfenses
immunitaires altres ( entrocoques,
Escherichia coli,
Staphylococcus
epidermidis).

La rencontre hte bactries


Transit : de trs nombreuses bactries sont
incapables de s'implanter sur la peau ou les

muqueuses pour des raisons d'exigences


nutritionnelles
ou
physiologiques
(temprature de croissance...). Ainsi en est-il
probablement de nombreuses bactries du
sol ou de l'eau ingres avec la nourriture et
la boisson. L'hte les ignore du point de
vue immunitaire.
Commensalisme : certaines bactries de
l'environnement ou provenant d'autres htes
peuvent sinfoder sur le revtement
cutano-muqueux : cest le commensalisme.
Cette colonisation est transitoire, prolonge
ou parfois indfinie. Ces bactries n'ont
aucune tendance spontane envahir les
tissus et donc lser l'intgrit de l'hte.
Cependant
leur
nombre
souvent
considrable au contact de certaines
muqueuses
(digestives...)
stimule
en
permanence le systme immunitaire sans
consquence
pathologique
(formation
d'anticorpsnaturels). Cette flore peuvent
tre la source de nutriments et de vitamines
(E coli produisant la vitamine K...) et
constitue une barrire cologique contre
l'implantation de germes virulents. Certaines
bactries commensales sont souvent
incapables de survivre en dehors de lhte.
Ainsi, un quilibre s'installe entre les
individus sains et les diffrentes flores
commensales de la peau, des muqueuses
buccales, nasales, digestives, urthrales,
vaginales et de la plaque dentaire. Cette
flore varie en fonction de lge, de
l'alimentation, de l'tat de la dentition, de
l'tat de sant (diabte), des intoxications
ou
mdications
(toxicomanie,
antibiothrapie...). Enfin, cette flore est
source de certains nutriments et vitamines
ncessaires l'hte (symbiose) et constitue
une barrire microbienne contre les
microorganismes exognes et dans certains
cas sont
Maladie
infectieuse :
une
maladie
infectieuse est le rsultat d'un conflit hte
bactries aboutissant des lsions chez
l'hte infect. L'hte ragit de telles
agressions en mettant en jeu une cascade
de dfenses non spcifiques et spcifiques,
qui tendent liminer les bactries
responsables et neutraliser les produits
toxiques librs ou scrts par les germes.
14

Ces mcanismes, dans les cas favorables,


entranent la gurison clinique avec le plus
souvent une destruction complte des
bactries virulentes dans les tissus de l'hte
infect. Lexpression clinique de la maladie
est le rsultat complexe des multiples
interactions observes au cours de l'infection
entre bactries et dfenses de l'hte.

Physiopathologie
bactriennes

des

infections

Les bactries pathognes sont transmises


lhte de diverses faons : (1) ingestion
d'eau ou d'aliments contamins (voie
digestive); (2) inhalation d'arosols ou de
particules associs des bactries (voie
respiratoire); (3) inoculation cutane par
contact direct ou indirect (voie cutane); (4)
inoculation muqueuse directe par la salive ou
les scrtions sexuelles; (5) inoculation
transcutane par les insectes (Yersinia
pestis,
Rickettsia,
Borrelia...),
par
traumatismes ou manipulations iatrognes.
La 1re phase du processus infectieux est
limplantation (ou colonisation) par les
bactries du revtement cutano-muqueux.
Suit ventuellement d'une dissmination des
bactries par la circulation sanguine et de
mtastases infectieuses de nombreux
organes. Ces grandes tapes sont
retrouves pour tous les micro-organismes
(virus bactries, parasites) et comportent
donc une porte d'entre, une dissmination
sanguine ventuelle, des mtastases
infectieuses. Le diagnostic bactriologique
s'attachera donc rechercher les microorganismes partir de ces trois phases du
processus infectieux.
Limplantation des bactries
Les bactries virulentes s'implantent sur la
peau et les muqueuses en franchissant les
diverses barrires. Les mcanismes qui
permettent de franchir ces barrires, sont
peu connus : la mobilit des bactries, la
scrtion de certaines enzymes (mucinases),
vitesse de croissance, comptitivit pour la
qute de nutriments ou des ions ferriques
(sidrophores), production de bactriocinesAu contact des cellules pithliales de
la peau ou des muqueuses, les bactries

adhrent et se multiplient au contact des


cellules, formant des microcolonies. Des
ligands
bactriens
ou
adhsines
reconnaissent
spcifiquement
des
rcepteurs cellulaires et sont des structures
de nature varie :
(1) des pili (fimbriae), spicules protiques ou
glycoprotines associs la membrane
externe des bactries Gram ngatif (pili
CFA, K88, K99 de E. coli entropathognes,
hmagglutinines de V cholerae ou de
Bordetella pertussis).
(2) des protines ancres dans la membrane
externe (protine II du gonocoque)
(3) des acides lipotchoques (Streptococcus pyogenes, Streptococcus mutans)
(4) des polyosides capsulaires (antignes K
de E. coli, capsule de Streptococcus
mutans).
Les rcepteurs cellulaires des adhsines
sont des
glycoprotines ou glycolipides
exposs la surface de la membrane
cytoplasmique, dont la fonction normale est
dvoye par les adhsines. Ces rcepteurs
sont
parfois
des
molcules
libres
(fibronectine, albumine...), qui se fixent
ensuite sur un support solide (dents) ou sur
les cellules pithliales. Par exemple, la
fibronectine, une glycoprotine du srum, de
la salive et du tissu conjonctif est le
rcepteur de l'attachement de Streptococcus
pyogenes et S mutans et s'adsorbe la
surface des cellules de l'oropharynx et des
dents.
Ces
interactions
bactries-cellules
expliquent :
(1) la spcificit d'espce du pouvoir
pathogne de certaines bactries : par
exemple, le gonocoque, le mningocoque,
Salmonella typhi, Haemophilus influenzae,
certaines E. coli de diarrhe sont des
bactries strictement humaines, et d'autres
bactries ne sont pathognes que pour
certaines espces animales (E. coli K88 pour
le porc...) et pas pour lhomme.
(2) la sensibilit individuelle des individus : la
densit des rcepteurs de certaines
adhsines varie selon l'ge (nouveau-n) et
selon les individus. Ainsi, certaines
personnes
prsentant
des
infections
rcidivantes pourraient exprimer une forte
densit de certains rcepteurs la surface
15

de certaines cellules pithliales (infections


urinaires rcidivantes E. coli, portage
chronique de S. aureus, streptocoque B, N.
gonorrhoeae...). Chez l'animal, la sensibilit
par exemple des porcs l'infection par E.
coli K88 (diarrhes mortelles des veaux
nouveau-ns) est lie l'expression dun
rcepteur cod par un gne autosomique
dominant. Ce type d'observation permet de
comprendre un des mcanismes expliquant
la grande variabilit individuelle de la
sensibilit aux infections.
La croissance in vivo des bactries
Aprs l'implantation des bactries sur le
revtement cutano-muqueux, la suite du
processus infectieux est trs variable suivant
les facteurs de virulence des espces
pathognes. Il existe des bactries
multiplication extracellulaires et des bactries
intracellulaires. Ces bactries peuvent rester
la porte dentre ou envahir les tissus.
Bactries toxinognes
Parmi les bactries productrices de toxines
(toxinognes), certaines nenvahissent pas
les tissus et restent confines au revtement
cutano-muqueux. Les signes cliniques de la
maladie sont alors lis la production de
toxines qui agissent localement sur
l'pithlium
(V
cholerae,
E.
coli
entropathognes...) ou distance par
diffusion sanguine et fixation sur des tissus
ou organes cibles
(Corynebacterium
diphtheriae, Clostridium tetani, exfoliatine de
Staphylo-coccus
aureus...).
D'autres
bactries toxinognes envahissent les tissus
la porte d'entre, en traversant les cellules
pithliales, puis atteignent la sousmuqueuse et peuvent ventuellement donner
des septicmies (S. aureus, Streptococcus
sp).
Cette dissmination est favorise par la
production
denzymes,
dexotoxines
cytolytiques et de LPS agissant dans le
micro-environnement
tissulaire
des
bactries. Ces substances concourent aux
destructions tissulaires et la lyse cellulaire
(macrophages) et la protolyse des
protines inflammatoires (complment).
Les bactries extra-cellulaires peuvent aussi

tre protges de la phagocytose par une


capsule. protgeant les bactries.
Bactries croissance intracellulaire
Certaines bactries se multiplient dans les
cellules pithliales (parfois dans des
cellules
endothliales
ou
parenchymateuses), trouvant ainsi un gte

l'abri
des
dfenses
immunitaires
(Salmonella
typhimurium,
Yersinia
pseudotubercu-losis,
Y
enterocolitica,
Shigella sp , E coli entro-invasives). Ces
bactries peuvent mme parfois crotre dans
les macrophages et les cellules dendritiques
et tre vhicules distance par voie
lymphatique et sanguine.

Rsistance de l'hte aux infections


La frquence d'exposition des bactries
virulentes et opportunistes contrastent avec
la raret des infections au cours de la vie,
sauf en cas de maladies affaiblissant les
dfenses immunitaires. Il existe plusieurs
lignes de dfense qui vont s'opposer
l'implantation de nouveaux micro-organismes
chez un hte donn. Ce sont les barrires
non spcifiques, l'immunit inne, et
l'immunit acquise.

Barrires non spcifiques aux bactries


pathognes
Il
existe
beaucoup
dobstacles

limplantation des bactries pathognes sur


le revtement cutano-muqueux et leur
croissance tissulaire. Ces barrires non
spcifiques jouent rle important prvenant
de nombreuses infections par des bactries
virulentes .
(1) Les flores commensales font tout
d'abord faire obstacle l'implantation d'une
nouvelle bactrie en crant des cosystmes
hostiles limplantation de nouvelles
bactries (comptition pour les nutriments,
les sites dattachement, la captation du fer, le
potentiel d'oxydo-rduction, le pH, la
production des substances antimicrobiennes
type bactriocines et acides organiques...).
Lorsque cette flore est limine par exemple
16

par une antibiothrapie, on voit apparatre de


nombreuses
bactries
souvent
multirsistantes
provenant
de
l'environnement et de l'alimentation qui vont
s'implanter au contact des muqueuses
digestives par exemple. Cette flore varie
considrablement d'un sujet l'autre en
fonction de l'ge, de l'alimentation, de
l'environnement (climat...), de facteurs
mtaboliques (diabte) ou physiologiques
(hormones). On exemple les variations de la
flore vaginale ou cutan menstruations, de la
pubert, ou de la grossesse... De mme les
dnutris ou l'alimentation dsquilibre ont
une flore microbienne profondment altre.
(2) Les substances microbicides produites
par le revtement cutano-muqueux. Ainsi,
l'acidit gastrique est une barrire majeure
s'opposant aux contaminations provenant de
l'alimentation et de l'eau. La peau est une
remarquable barrire par sa flore et les
substances inhibitrices scrtes par les
glandes sudoripares et sbaces : la sueur
est bactricide par sa salinit et les acides
gras estrifis. Trs peu de bactries sont
capables de franchir la peau saine
(leptospires,
brucelles),
mais
les
traumatismes, excoriations, brlures, piqres
d'insectes permettent le franchissement
direct de cette barrire anatomique. Les
muqueuses produisent une paisse couche
de mucus (atteignant l'paisseur de 400 m
sur certains segments de la muqueuse
digestive), des sels biliaires, des enzymes
protolytiques digestifs,
des molculesleurres
(fibronectine)
saturant
les
adhsines bactriennes, du surfactant
(3) Les facteurs mcaniques jouent aussi
un rle important : les cils des cellules
pithliales respiratoires liminent les
particules dposes sur cet pithlium ; le
pristaltisme intestinal contribue la vidange
des bactries indsirables ;
la vidange
vsicale par les mictions ; la desquamation
des pithlium intestinaux ou cutans
(4) La fivre est un mcanisme de dfense
important contre la multiplication des
bactries dans les tissus infects. Elle est
due la libration de substances pyrognes
par les granulocytes. Ce sont de petites
protines
(<15kDa)
qui
agissent
indirectement sur le centre hypothalamique

de la thermorgulation. La fivre peut aussi


tre dclenche par la scrtion de
prostaglandines (en particulier PGE1),
mtabolites de l'acide arachidonique qui
agissent directement sur l'hypothalamus.
Ces prostaglandines sont produites par les
lsions cellulaires tendues (brlures,
blessures, ractions immunopathologiques,
action cytolytique des toxines bactriennes).
La fivre inhibe la croissance tissulaire des
bactries. De plus, la fivre a de multiples
effets sur l'hte : diminution de la
disponibilit en certains oligo-lments (fer,
zinc), augmentation de la mobilit des
granulocytes et de leur capacit bactricide,
acclration des processus de prolifration
lymphocytaire,
augmentation
de
la
production d'interfron.
(5) La carence en fer dans les scrtions et
les tissus est un obstacle majeur la
prolifration bactrienne. Le fer est un
composant
essentiel
des
systmes
catalytiques de nombreuses protines,
incluant la chane des cytochromes
indispensable la respiration des bactries.
Dans l'organisme, en prsence d'oxygne,
les ions Fe2+ gnrent des radicaux
hydroxyles trs toxiques pour les cellules, et
le fer Fe3+ prcipite sous forme Fe (OH)3
insoluble. C'est pourquoi le fer ionique est en
trs faible concentration dans les tissus (1018
M), alors que des taux de 10-5 M sont
requis pour la croissance bactrienne. Ainsi,
les ions Fe3+ ne sont pas libres mais
vhiculs dans le milieu extracellulaire par
des protines trs affines, la transferrine
dans le srum et la lactoferrine dans les
scrtions. Dans le cytoplasme des cellules,
le fer est stock par une protine
polymrise, la ferritine. Pour se procurer
les ions Fe3+ indispensables leur
croissance,
les
bactries
virulentes
produisent
des
sidrophores,
petites
molcules non protiques (500-1000 Da),
trs affines pour les ions Fe3+ et entrant en
comptition avec la transferrine et la
lactoferrine. Ces molcules scrtes par les
bactries rapportent les ions Fe3+ aux
bactries. Le rle de ces sidrophores dans
la virulence bactrienne a t clairement
tabli avec certaines espces bactriennes
croissance extracellulaire (E. coli, Klebsiella
17

pneumoniae) ou intra-cellulaire (certaines


salmonelles).

La barrire du systme immunitaire


Tout microorganisme qui simplante et
envahit un hte rencontre dabord les
cellules du systme immunitaire associ au
revtement cutano-muqueux et aux tissus.
Il s'agit: (1) de macrophages (macrophages
alvolaires, macrophages rsidents de la
moelle, de la rate, cellules de Kpffer,
cellules microgliales) et des cellules
prsentatrices des antignes (cellules
dendritiques, cellules M, cellules de
Langerhans de la peau ) ; (2)
de
lymphocytes T et B en amas et dissmins
tout le long des muqueuses. Cette rencontre
avec le systme immunitaire induit une
cascade de rponses immunitaires pour
liminer l'agent infectieux. La rapidit et
l'intensit
de
ces
rponses
sont
conditionnes par les proprits des
bactries (dose infectante, nature des
facteurs de virulence, rapidit de croissance,
persistance...) et par des proprits de
l'hte : facteurs gntiques (espce, race,
sexe...),
facteurs
physiologiques
et
environnementaux
(ge,
alimentation,
maladies intercurrentes, climat...). Ces
facteurs dtermine le degr de rsistance
aux infections d'un individu donn.
Le systme immunitaire est constitu de
formations lymphodes rparties dans les
tissus et le long du revtement cutanomuqueux. Ces tissus lymphodes associs
au tube digestif et l'arbre respiratoire sont
appels GALT (Gut Associated Lymphoid
Tissue) (amygdales, plaques de Peyer,
vgtations adnodes) et BALT (BronchusAssociated Lymphoid-Tissue)
(nodules
lympho-pithliaux). Les amas lymphodes
associs des cellules M jouent un rle
dans la prsentation des micro-organismes.
Les tissus sont par ailleurs infiltrs par des
lymphocytes
dissmins
dans
les
muqueuses :(1)
lymphocytes
intrapithliaux (1/6 entrocytes, 2-3 x 105/ cm2)
dont 80% de lymphocytes T CD8 ; (2)
lymphocytes T et B chorioniques:; (3)

plasmocytes IgA (80%) et IgM (17%). Le


BALT est beaucoup moins stimul que le
GALT car les voies respiratoires infrieures
sont striles. Au contact du GALT et du
BALT, les micro-organismes ingrs ou
inhals sont en contact et souvent dtruits
par les macrophages des amas lymphodes
ou par les macrophages alvolaires. Comme
les cellules M des plaques de Peyer, les
cellules de Langerhans de l'piderme
insres entre les mlanocytes et les
kratinocytes, forment une sorte de filet
tangentiel (500-1000 cellules par mm2 ) et
jouent un rle important dans la captation, le
processing des antignes en contact avec la
peau et la prsentation des antignes aux
lymphocytes.

Proprits des immunits inne et acquise

Immunit inne

Limmunit inne est la premire ligne de


dfense du systme immunitaire contre les
agressions microbiennes. Son rle est
capital dans la survie aux infections. Son but
est dliminer trs rapidement lagent
pathogne lorsquil se trouve dans un tissu
habituellement strile. Limmunit inne est
apparue trs tt dans lEvolution chez les
plantes et les invertbrs. Cette immunit
inne est transmise la descendance par les
gamtes et dispose de rcepteurs ayant un
rpertoire de une faible diversit (tout au plus
quelques centaines de rcepteurs de faible
affinit (peu spcifiques) pour des structures
trs conserves des microorganismes.
La rponse de limmunit inne est
immdiate dans les minutes qui suivent
lagression microbienne, bases sur la
reconnaissance des antignes conservs par
des rcepteurs. Son but est de permettre
une raction inflammatoire rapide avec
recrutement de phagocytes (par margination
et
diapdse
des
leucocytes)
et
extravasation des protines inflammatoires
microbicides au site infect pour liminer les
agents infectieux.

Les effecteurs de limmunit inne sont :


(1) la phagocytose : il existe plusieurs types
de cellules phagocytaires, les macrophagesmonocytes et les polynuclaires. Les
bactries opsonises par le complment (et
les anticorps en rponse secondaire) sont
internalises avec formation dune vacuole
qui fusionne avec le lysosome et induit la
mort bactrienne.
(2) les protines inflammatoires : ces
protines ont un rle stimulant le recrutement
cellulaire au site de linfection et lytique direct
sur les microorganismes. Elles sont surtout
reprsentes par le systme du complment.
(3) les peptides antimicrobiens : ils sont
produits par les cellules pithliales et les
macrophages et ont une action lytique
directe sur les microorganismes.
Antignes et rcepteurs de limmunit
inne
Les antignes reconnus par limmunit inne
sont des
structures microbiennes trs
conserves dans le monde vivant : les

18

lipopolysaccharides
ou
LPS,
les
peptidoglycanes, les acides lipoteichoques,
les lipoprotines, les lipoara-binomannans ,
les
mannanes et manno-protines , le
zymosan
(levures),
les
heat-shocked
protines. Ces antignes sont appels
Pathogen-associated molecular patterns ou
PAMPs des agents pathognes.
Les rcepteurs de limmunit inne (PatternRecognition
Receptors
PRR)
qui
reconnaissent les antignes bactriens sont
de 3 types de rcepteurs PRR : (1) les
rcepteurs scrts (complment, lectines) ;
(2)
rcepteurs
endocytiques
des
macrophages, soit rcepteurs de surface
(macrophage-mannose
receptor,
macrophage-scavenger receptor (CD-14,
MARCO), soit rcepteurs intra-cellulaires
(PKR , NODs) ; (3) rcepteurs de
signalisation : les Toll-like rcepteurs.

Protines inflammatoires
Les protines inflammatoires sont surtout
reprsentes par le systme du complment.
Cest une cascade enzymatique comportant
plus de 30 protines sriques, soit 15% de
la fraction globuline du srum (3 g / L de
plasma). Ses fonctions physiologiques
sont :(1) la dfense contre les infections par
opsonisation, chimiotactisme, activation des
leucocytes, lyse des bactries et des cellules
(le complexe lytique du complment est
constitu de neuf protines principales C1C9) ; (2)
la fonction scavenger en
limination les cellules apoptotiques et les
immuns complexes ; (3) linterface entre
immunit inne et acquise, augmentant les
19

rponses
anticorps
et
la
mmoire
immunologique.
Le systme du complment peut tre activ
par 3 voies : (1) la voie alterne directement
active par de nombreuses bactries,
parasites, virus, champignons, ou cellules
tumorales ;(2) la voie mannose-bindinglectine active par des microorganismes
ayant des groupes mannose terminaux ;(3)
la voie classique (anticorps-dpendante)
active par des immuns complexes, des
cellules apoptotiques, certains virus et
certaines bactries Gram ngatif, enfin la Cractive protines associe un ligand. Le
rle majeur du complment dans les
dfenses contre les infections bactriennes
est illustr par la sensibilit aux infections
bactriennes (H influenzae, S pneumoniae,
Neisseria meningitidis) des patients avec
certains dficits en composants du
complment.

Les Toll-like rcepteurs


Les Toll-like rcepteurs sont des PRR
reconnaissant de nombreuses structures
bactriennes. Il en existe au moins 9 chez
lhomme, dont le TLR-4 qui reconnat le LPS
des bactries Gram ngatif, les LTA des
bactries Gram positif, et la protine F du
virus RSV . Ces rcepteurs dits TLRs
dclenchent la cascade d activation du
facteur NF-kB, activateur transcriptionnel de
nombreux gnes impliqus dans la rponse
inflammatoire et
la dfense contre les
infections (cytokines, molcules dadhsion,
protines du complment et dfensines). Les
principales cytokines sont le TNF-, TNF, INF-, IL-1 , IL-1, IL-2, IL-3, IL-8, IL12. Linterleukine IL-1 produite par les
macrophages et les cellules endothliales
joue un rle dans la fivre, stimule la
production de prostaglandine, et favorise la
diapdse leucocytaire. Les interleukines IL8 et IL-6 produites par les macrophages et
les cellules endothliales sont implique
notamment
dans
la
margination
leucocytaire.

Les Toll-Like recepteurs

Lensemble de ces cytokines ont un effet


bnfique en concourrant llimination des
bactries. Dans certains cas, cette rponse
lie aux cytokines est exagre, ce qui
produit le choc septique. Enfin, limmunit
inne dclenche la production de peptides
anti-microbiens, les dfensines par les
leucocytes et les pithliums. Ces peptides
dtruisent directement les microorganismes
comme des toxines cytolytiques.

Choc endotoxinique des


Gram ngatif

bactries

Syndrome clinique. Ce choc endotoxinique


responsable d'une importante mortalit en
milieu hospitalier, associe fivre, collapsus
brutal et hmorragies diffuses. Le collapsus
est d la libration massive de cytokines et
de substances vasodilatatrices libres par
les polynuclaires, les plaquettes ou le
systme du complment (anaphylaoxines,
histamine,...), et par l'activation de la
20

kallikrine (bradykinine). Cela entrane une


vasodilatation capillaire avec augmentation
de la permabilit vasculaire et fuite
liquidienne vers les tissus. La coagulation
intravasculaire dissmine est lie
l'activation du systme de la coagulation et
des plaquettes aboutissant la formation de
nombreux thrombi de fibrine dans les
capillaires priphriques avec consommation
massive des facteurs de la coagulation
(chute du taux de prothrombine et de
fibrinogne, ...) et une thrombopnie svre.
Lactivation du facteur XII induit celle du
plasminogne qui est transform en
plasmine. Ce produit lyse la fibrine avec
apparition de produits de dgradation de la
fibrine dans le plasma.
Ces interactions complexes entre le LPS
bactrien et les divers systmes cellulaires
ou humoraux ont plusieurs consquences
graves : (1) un choc hypovolmique par fuite
liquidienne vers le compartiment extravasculaire; (2) une ischmie et une ncrose
tissulaire, atteignant de nombreux organes et
rendant difficile l'accs aux tissus infects
pour les effecteurs de l'immunit: les reins
(ncrose corticale), les poumons, le cerveau,
les surrnales (syndrome de WaterhouseFriedricksen
des
mningites

mningocoques); (3) des hmorragies


diffuses : hmatomes cutano-muqueux
(hmaturie, hmorragies digestives...) par
consommation massive de facteurs de la
coagulation. Le passage des globules rouges
travers le rseau fibrineux plus ou moins
fragment dans les capillaires est l'origine
d'une altration et d'une lyse rythrocytaire
(anmie hmolytique microangiopathique).
Le pronostic du choc endotoxinique est
souvent rserv et dpend de la rapidit de
la mise en oeuvre des techniques de
ranimation.
Physiopathologie du choc endotoxinique.
Au cours des septicmies o le nombre des
bactries peut tre considrable, la lyse
bactrienne rapidement entrane par les
dfenses de l'hte ou par un traitement
antibiotique peut tre l'origine d'un choc
endotoxinique par libration massive de
lipopolysaccharides (LPS). Aprs lyse des
bactries, le LPS libr se fixe une

protine srique, la LBP (LPS binding


protein). Ce complexe LBP+LPS est reconnu
la surface des macrophages par le CD14
et le TLR-4.

Ceci entrane lactivation dun facteur


transcriptionnel cellulaire NF-kB, qui induit la
production massive de trs nombreux gnes
impliqus dans linflammation.

21

Action du LPS sur les phagocytes.


La
fixation et l'endocytose du LPS par les
phagocytes entranent la synthse et la
libration par ces cellules de petites
molcules protiques pyrognes de poids
molculaire 10-20 kDa, surtout partir des
cellules de Kppfer du foie et des
granulocytes. La fixation du LPS entrane la
libration du contenu lysosomial des
phagocytes vers l'extrieur de la cellule.
Ainsi, sont relargus dans la circulation : (1)
des protases qui dgradent les protines du
complment en anaphylatoxines (C3a-C5a)
et des enzymes qui concourent aux lsions
tissulaires; (2) des protines cationiques qui
stimulent la libration d'histamine par les
mastocytes et stabilisent les thrombi de
fibrine; (3) des mdiateurs vasoactifs de la
raction inflammatoire (activation de la
kallikrine avec formation de bradykinine).
Ces mdiateurs jouent un rle important
dans la gnration du choc septique par
vasodilatation
du
systme
vasculaire
priphrique.
Action du LPS sur la coagulation et le
complment. Le LPS induit la libration
du contenu granulaire des plaquettes qui
s'agrgent dans les capillaires et librent le
facteur 3. Cela entrane une thrombose
capillaire avec des troubles importants de la
permabilit de ces vaisseaux par relargage
d'enzymes, d'amines vasoactives et de
prosta-glandines. Le LPS, de plus, active le
facteur XII (Hageman) dclenchant la
cascade des enzymes de la coagulation. La
fibrine ainsi forme obstrue les capillaires
sanguins.
Lors des septicmies bactries Gram
ngatif, on observe une baisse importante du
taux sanguin de complment. Celui-ci peut

tre directement activ par le LPS, la fois


par la voie alterne (lipide A) et par la voie
classique aprs fixation des anticorps sur les
chanes polyosidiques. Cela entrane la
libration
massive
de
produits
de
dgradation du complment qui participent
la raction inflammatoire. Les complexes
LPS-complment ont aussi des effets sur de
multiples cellules (plaquettes, mastocytes)
avec libration d'histamine et autres
mdiateurs.

Immunit adaptative ou acquise

Limmunit acquise fait suite limmunit


inne qui favorise son dveloppement. Cette
immunit est retarde et contribue la
mmoire immunitaire.

Limmunit acquise est lie la production


danticorps par les plasmocytes et de Th1 et
Th2
cytotoxiques, avec
induction de
cytokines. Cette immunit est dapparition
rcente dans lEvolution avec lapparition des
vertbrs.
Elle possde la capacit de
22

gnrer une
trs forte diversit par
recombinaison somatiques et slection
clonale
des
lymphocytes
B
et
T
reconnaissant une infinit de structures
antigniques avec une haute affinit et
spcificit (>109 rcepteurs Ig et T, pour les
Ig 1014 , pour les TcR 1018). Cette
immunit nest pas transmise la
descendance. Limmunit acquise peut tre
considre comme la trace de lhistoire
personnelle des individus, non transmise la
descendance, la diffrence de limmunit
inne qui reflte lhistoire des agressions
microbiennes dune ligne. Au contact du
revtement cutano-muqueux, les antignes
bactriens sont pris en charge par le BALT
ou le GALT et les lymphocytes sensibiliss
migrent dans la circulation pour revenir
(homing) dans les muqueuses o la
synthse d'IgA est initie localement.
Synthtises
et
scrtes
par
les
plasmocytes de la lamina propria, les IgA
scrtoires, immunoglobulines associes
une pice scrtoire qui les protge des
enzymes protolytiques, traversent par
pinocytose
les
cellules
pithliales
(bronchiques cilies ou entrocytes) et sont
excrtes par l'apex de ces cellules. Il s'agit
surtout d'IgA2 plus rsistantes que les IgG
aux enzymes intra-luminales. Les IgA
neutralisent les toxines et opsonisent les
bactries, prvenant ainsi leur adhsion.
Certains patients atteints de dficit en IgA
scrtoires prsentent des infections
rptition,
mais
des
phnomnes
compensateurs (scrtion d'IgM et d'IgG)
semblent exister chez dautres qui ne
prsentent aucune infection.
Les infections par les bactries
multiplication extracellulaire induisent une
immunit de type humorale. A l'oppos, les
bactries multiplication intracellulaire
mettent en oeuvre des macrophages
recruts et activs par les lymphocytes T
(immunit cellulaire T).
Immunit humorale contre les bactriries
. L'importance du rle des anticorps dans la
rsistance aux infections est mise en
exergue par la frquence accrue des
infections bactriennes chez les enfants

agammaglobulinmiques
(maladie
de
Bruton). Le mcanisme d'action des
anticorps est :
(1) la neutralisation des exotoxines et
enzymes bactriennes
(staphylocoques,
streptocoques
A,
Clostridium
tetani,
Corynebacterium
diphtheriae,
Bacillus
anthracis, Pseudomonas aeruginosa...) ; la
production d'anticorps neutralisants qui
inhibent la fixation de ces molcules sur
leurs rcepteurs cellulaires est la base de la
vaccination contre les bactries toxinognes
(anatoxines diphtrique et ttanique).
(2) Lopsonisation par les anticorps qui
facilitent la phagocytose des bactries
multiplication extracellulaire qui rsistent la
phagocytose par leur structure de paroi
(capsule, pili). Les anticorps opsonisants
recouvrent les bactries et l'attachement aux
macrophages se fait par les rcepteurs du Fc
des immunoglobulines. Lopsonisation par
les anticorps est importante notamment lors
des infections pneumocoques (polyoside
de capsule), streptocoque A (protine M),
staphylocoques
(protine
A,
acides
tchoques...), certaines bactries Gram
ngatif (hmophiles, E. coli, Klebsiella...).
(3) la lyse bactrienne par des anti-corps
IgM et IgG se fixant sur la paroi des
bactries et initiant une lyse en prsence de
complment
par
la
voie
classique
d'activation.
Immunit
cellulaire
T
contre
les
bactries. Les anticorps ne jouent qu'un
rle mineur ou nul dans les infections dues
des bactries multiplication intracellulaire,
car ces bactries sont inaccessibles aux
anticorps
(mycobac-tries,
Listeria
monocytogenes,
Salm-onella,
Brucella,
Rickettsia, Legionella, Chlamydia...). Le
systme immunitaire ragit en induisant une
prolifration clonale des lymphocytes T
spcifiques
des
antignes
bactriens
exprims la surface des macrophages et
des cellules infectes. Ces lymphocytes T
ont dune part une activit cytotoxiques
lysant les cellules infectes et exposant les
bactries aux macrophages et aux
polynuclaires, et dautre part une activit de
recrutement
et
d'activation
des
macrophages. Il existe deux classes de
23

lymphocytes T : Th1 et T h2. Les


lymphocytes T amplifient donc la raction
inflammatoire en permettant l'infiltration des
tissus infects par des macrophages plus
nombreux et plus actifs. Les macrophages
forment des granulomes inflammatoires o
les bactries sont confines et dtruites.
Consquences immunopathologiques de
la rponse B et T. La rponse immunitaire
spcifique permet la gurison mais peut
entraner certaines consquences immunopathologiques nfastes pour le malade
pendant l'infection ou au dcours de
l'infection.
Des
lsions
immunopathologiques peuvent tre dues aux
anticorps et aux lymphocytes T. On distingue
trois ractions immuno-pathologiques lies
aux anticorps:
(1) l anaphylaxie due, chez certains sujets,
la production leve d'IgE qui, en prsence
d'antignes bactriens, s'attachent aux
mastocytes et librent des mdiateurs
chimiques tels que l'histamine (expliquant
certains rashs cutans, par exemple lors des
infections
mningocoques
ou

trponmes).
(2) la cytolyse entranant la lyse de
certaines cellules de l'hte infect qui
prsentent leur surface des structures
antigniques analogues celles de la
bactrie (exemples : lsions cardiaques ou
neurologiques des infections streptocoque
A, hmolyse des infections pulmonaires
Mycoplasma pneumoniae).
(3) les immuns complexes forms lors
d'une
infection
bactrienne
entrane
l'activation du complment et lexacerbation
de la rponse inflammatoire, avec dpt sur
les membranes basales des vaisseaux
cutans, des glomrules rnaux ou des
sreuses
des
articulations
entrane
glomrulonphrites, rashs, ou arthrites
(Streptococcus
pyogenes...),
voire
coagulation
intravasculaire
dissmine.
L'accumulation
d'immuns
complexes
extravasculaires
dans
les
foyers
inflammatoires amplifie et exacerbe la
raction inflammatoire (alvolite, rysiple,
rashs). Enfin, la persistance chronique des
germes dans les granulomes infectieux,
malgr le dveloppement d'une immunit
cellulaire T, peut avoir des consquences

graves. L'augmentation de la raction


inflammatoire peut entraner une ncrose
tissulaire lors de la survie des bactries dans
les lsions ou lors de la rinfection
(phnomne de Koch, ncrose caseuse de
la tuberculose...). Ailleurs, les granulomes
deviennent chroniques et extensifs (lpre,
actinomycose, gomme syphili-tique...).

Rsistance des bactries la rponse


immune
Les bactries virulentes envahissent les
tissus et se propagent dans l'organisme.
Elles possdent des mcanismes leur
permettant de surmonter les dfenses de
lhte.
Rsistance au complment
De nombreuses bactries virulentes sont
sensibles au complment, expliquant qu'on
ne puisse les isoler qu'exceptionnellement
partir du sang des malades. Les signes
cliniques de la maladie restent souvent alors
localiss la porte d'entre (par exemple,
Shigella ou V cholerae). D'autres rsistent au
complment par la scrtion d'enzymes
protolytiques (Pseudomonas aerugnosa) ou
par leur paroi (capsule, lipopolysaccharide,
protines de la membrane externe)
empchant le C3 de se fixer la bactrie.
Rsistance la phagocytose
La rsistance des bactries la phagocytose
est galement une tape cruciale du
processus infectieux par les bactries
invasives. Cette rsistance peut tre due
plusieurs mcanismes : (1) inhibition du
chimiotactisme :
certaines bactries
inhibent la migration des polynuclaires par
action directe de toxines sur les
polynuclaires neutrophiles (certains E. coli,
Capno-cytophaga) ou par destruction des
phagocytes par des toxines cytolytiques
(leucocidines de Staphylococcus aureus ou
Pseudomonas aeruginosa, strepto-lysines O
et S, toxine de Staphylococcus aureus et
de Clostridium perfringens) ou encore par
inhibition de lactivation du complment.
(2) inhibition de lattachement aux
phagocytes : de nombreuses bactries
virulentes rsistent aux phagocytes par une
24

capsule (S. pneumoniae, K. pneumoniae...),


de pili ou de structures apparentes
(protine M des streptooques A), ou d'un
lipopolysaccharide (E. coli O111 K58 ). Ces
structures pourraient inhiber la liaison des
opsonines du complment avec la bactrie,
ou masquer les opsonines fixes qui ne
peuvent plus accder leur ligand sur les
phagocytes (rcepteurs du C3).
(3) inhibition de lingestion : certaines
bactries
(gonocoques,
mycoplasmes)
peuvent se fixer sur les phagocytes, mais ne
sont pas ingres.
(4)
rsistance

la
destruction
intracellulaire : certaines bactries sont
ingres sans difficult, survivent et se
multiplient dans les phagocytes. Plusieurs
mcanismes sont connus : survie dans le
phagosome par inhibition de la fusion
phagolysosomale ;
survie
dans
la
phagolysosome avec rsistance au burst
oxydatif et aux enzymes lysosomales ; survie
dans le cytoplasme aprs chappement du
phagosome.

Le devenir des
l'organisme infect

bactries

dans

Le devenir des bactries dans lhte au


cours d'une maladie infectieuse passe par
une phase de croissance correspondant
limplantation et la diffusion tissulaire des
bactries. Puis, limmunit contrle le plus
souvent la prolifration bactrienne dans les
tissus et la porte dentre et les bactries
sont limines. L'hte garde une rsistance
acquise de longue dure contre toute
rinfection. Dans les cas dfavorables, l'hte
ne peut se dbarrasser des bactries
croissance lente ( lpre, tuberculose) ou
rapide ( peste) et finit par mourir. Il est
frquent que les bactries aprs gurison
restent implante la porte dentre pendant
quelques mois. Au cours de ce portage
chronique qui contribue la transmission de
la maladie, le germe se comporte
habituellement
comme
une
bactrie
commensale pour l'hte (Streptococcus
pyogenes
,
Staphylococcus
aureus,
Haemophilus
influenzae,
,
Neisseria
meningitidis, , Chlamydia, Salmonella
typhi...). Enfin, certaines bactries peuvent

persister dans les tissus de faon


asymptomatique, mais des rsurgences sont
possibles des annes aprs la primoinfection. Les bactries sont squestres
autour d'un corps tranger (prothse, suture,
calcul, parasite tel que bilharzie) ou dans un
granulome fibreux (Staphylococcus aureus,
M.
tuberculosis,
Pseudomonas
pseudomallei), dans un tissu non
accessible au systme immunitaire (chambre
antrieure de l'oeil pour T pallidum et
leptospires), ou encore dans des sites
intracellulaires
comme
des
cellules
pithliales ou endothliales (Chlamydia,
rickettsies). Il peut en rsulter
des
rsurgences de la maladie des annes ou
dcennies plus tard.

25

Survie des bactries


extracellulaires : toxines
bactriennes et variation
antignique
Les toxines des bactries pathognes
Les bactries produisent des composants
toxiques. Il peut sagir de structures
bactriennes comme le lipo-polysaccharide
de la paroi des bactries Gram ngatif, ou
endotoxine, qui joue un rle crucial dans
l'apparition du choc dans les tats septiques
bactries Gram ngatif. Beaucoup de
bactries pathognes scrtent
des
exotoxines protiques qui sont classes
selon leur mode daction (enzymes) et
souvent lorigine de symptomatologies
particulires. Certaines exotoxines agissent
l'extrieur de la cellule en se liant avec
des rcepteurs cellulaires ou en induisant
des
pores
membranaires.
D'autres
transloquent pour agir sur des cibles
cytoplasmiques spcifiques.

O-SLO, list-riolysine O-LLO), peptides


lyti-ques (toxines S. aureus)
Certaines de ces toxines forment des pores
et sont produites par les bactries sous
forme de monomres hydro-solubles. Aprs
reconnaissance d'un rcepteur cellulaire,
elles
adoptent
une
organisation
oligomrique qui favorise l'insertion dans la
membrane et la formation de pores (toxine du staphylocoque, SLO , hmolysines
RTX de E. coli ). Ces toxines ont t
dcrites dabord comme des hmolysines,
du fait de leur action sur la paroi des
globules rouges mais cette hmolyse ne
participe pas au processus infectieux. La
permabilit cellulaire induit des effets
indpendants de la lyse cellulaire : inhibition
le fonctionnement des phagocytes, flux
slectif d'ions monovalents K+. activation de
protases. Ces toxines sont produites en
gnral par des bactries croissance
extracellulaire, bien que la listriolysine O
de Listeria monocytogenes , un pathogne
intracellulaire,
soit
implique
dans
lchappement du phagosome.

Colonies -hmoly-tiques de
pyogenes scrtant la SLO.

Streptococcus

Toxines agissant sur la membrane


cellulaire ou formant des pores
Ces toxines sont produites par de
nombreuses bactries. Ce sont des
cytotoxines agissant sur la membrane
lipidique et entranant une lyse cellulaire :
phospholipases ( toxine de C. perfringens,
phopholiases C de P aeruginosa,) ,
sphingomylinases ( toxines S. aureus),
exotoxines SH-dpendante (streptolysine

26

Hmatie expose la streptolysine O avec de


nombreux pores

(Gauche) Polymrisation des monomres de


perfringolysine PFO formant un pore. (Droite)
perfringolysine cristallise.

Toxines agissant sur des rcepteurs de


la membrane cellulaire
La toxine ST de E. coli
Une entrotoxine thermostable ST (18-20
aminoacides) est produite par certaines
souches entrotoxinognes de E. coli. Le
rcepteur de la ST est une protine
transmembranaire du ple apical des
cellules pithliales intestinales , possdant
une activit guanylate cyclase qui catalyse
la formation de guanosine monophosphate
cyclique (GMPc). L'augmentation de la
concentration cytosolique en GMPc induit
une hyperscrtion d'ions Cl par les
entrocytes. Ce mode daction de la toxine
ST mime la liaison de deux peptides
endognes : la guanyline et l'uroguanyline,
deux peptides de moins de 20 aa fortement
homologues avec la ST. La guanyline et
l'uroguanyline seraient des rgulateurs
paracrines de l'quilibre entre l'absorption et
la scrtion intestinale de l'eau et des ions.

27

Les toxines activant les lymphocytes T :


les superantignes.
Une famille d'exotoxines bactriennes
appeles superantignes constitue des
mitognes puissants des lymphocytes. Par
leur activit mitogne trs puissante, ces
superantignes interviennent dans plusieurs
situations
en
pathologie
humaine.
L'interaction du rcepteur des lymphocytes
T avec les molcules du complexe majeur
d'histocompatibilit (CMH) de classe II
prsentant les peptides antigniques est la
premire tape de la rponse immunitaire
spcifique. Les superantignes s'associent
aux molcules du CMH de classe II sans
subir d'apprtement sous forme de peptides.
Cette liaison permettrait sa reconnaissance
par l'ensemble des lymphocytes T utilisant,
dans la composition de la chane de son
rcepteur pour l'antigne, un mme gne V
. Un superantigne activerait ainsi toute une
famille de lymphocytes T diffrents utilisant
un gne V particulier chez un individu.
Les principaux superantignes bactriens
- les entrotoxines staphylococciques (A, B,
C, D et E) l'origine d'intoxications
alimentaires Staphylococcus aureus,
- La toxine du syndrome de choc toxique
(TSST1) produite par les staphylocoques
est responsable de la survenue de chocs
septiques conscutifs l'utilisation de
tampons hyginiques.
- Les toxines rythrognes (exotoxines AB
C ) de Streptococcus pyogenes sont
l'origine de la scarlatine.
Toxines mode d'action intra-cellulaire
Ces toxines sont des enzymes organises
en plusieurs domaines : un domaine
catalytique A qui porte l'activit toxique et un
ou plusieurs domaines B assurant la
reconnaissance cellulaire et permettant la
translocation
transmembranaire
du
fragment A. Ceci permet lattachement, la
translocation et la reconnaissance de la
cible intracellulaire. On dcrit 5 activits
enzymatiques :
ADP-ribosyl-transfrase,
ARN-glycosi-dase, glucosyl-transfrase, Znmtallo-protases,
adnylcyclase
damidase.

Toxines

transfrase

activit

ADP-ribosyl

La toxine de la diphtrie. La diphtrie est


une toxi-infection associant une angine
pseudo-membraneuse svre des signes
d'intoxication. Cette angine peut voluer
vers le croup par extension des fausses
membranes au larynx.. Les signes
dintoxication dus la toxine pantrope sont
cardiaques, neurologiques, digestifs, rnaux
et hmorragiques.
Angine diphtrique
obstruant la gorge.

fausses

membranes

Corynebacterium diphtheriae: bacille Gram+

Endocytose de la toxine diphtrique

Trachotomie pour un croup lors dune diphtrie

La toxine produite par Corynebacterium


diphteriae, le germe responsable de la
diphtrie, est code par un phage. Cette
toxine est synthtise sous forme d'un
peptide prcurseur de 53 kDa activ par
clivage en deux sous-units A et B
associes par un pont disulfure. La sous28

unit B permet la liaison la cellule avec un


rcepteur membranaire : le prcur-seur de
l'heparin-binding epidermal growth factor, ou
HB-EGF. La toxine est ensuite internalise
par endocytose. La baisse progressive du
pH
des
endosomes
change
sa
conformation, ce qui permet la sous-unit
catalytique A de transloquer vers le cytosol .
La toxine diphtrique est une ADP ribosyl
transfrase active sur la diphtamine du
facteur EF2 (liant le guanosine triphosphate,
ou GTP), un des facteurs d'longation de la
synthse protique dans les cellules
eucaryotes. L'inhibition de la synthse
protique est l'origine de la mort de la
cellule. L'exotoxine A de Pseudomonas
aeruginosa prsente la mme activit ADP
ribosyl transfrase dirige contre le facteur
EF2. Son rle dans la pathognie de
l'infection reste inconnu.
NAD+ + EF2

Physiopathologie du cholra

ADPR-EF2 + Nicotinamide + H+

La toxine du cholra
Le cholra est une maladie diarrhique
grave voluant par pidmies et due un
bacille Gram ngatif en virgule Vibrio
cholerae. Le syndrome diarrhique est li
la scrtion de la toxine cholrique. Les
bactries adhrent aux entrocytes et
scrtent localement la toxine cholrique.
Ses gnes sont ports par le phage ctx .
Elle est constitue de 2 sous-units A et B
codes par deux gnes distincts (ctxA et
ctxB). La toxine cholrique est compose
d'une sous-unit A de 27 kDa qui s'associe
un pentamre de sous-units B de 11,7
kDa

29

Vibrio cholerae sur lpithlium intestinal

Le fragment A est cliv en deux fragments


A1 et A2 relis par un pont disulfure. Les
sous-units B reconnaissent le ganglioside
GM1, un glycolipide ubiquitaire de la surface
des cellules cibles. Une fois transloque, la
sous-unit A1 est capable d'ADP ribosyler la
sous-unit
de la protine Gs (Arg 201),
qui
rduisant
l'activit
GTPasique
intrinsque de la protine et induit
l'activation constitutive de l'adnylate
cyclase et la production d'AMPc dans
l'entrocyte. Il en rsulte une hyperscrtion
d'eau et d'ions chlorures par l'pithlium
intestinal.

musculaires d'actine), et les petites


protines G de la famille de Rho (
remaniement profond du cytosquelette
d'actine). P. aeruginosa produit aussi l'exoenzyme S (ExoS), une ADP ribosylase
scrte au contact de la cellule eucaryote
grce une scrtion de type III, qui
favoriserait l'invasion
Toxines activit ARN glyco-sidase
Les sous-units A ( fixation) et la sous-unit B
(proenzyme ADP-ribosylase)

Fixation de la toxine diphtrique sur la membrane


cellulaire aux gangliosides GM1

Mcanisme daction de la toxine cholrique sur la


sous-unit de la protins Gs

La toxine de la coqueluche
La toxine pertussique appartient la famille
des toxines AB5 . Cest une ADP ribosylase
ayant pour cible la sous-unit
de la
protine Gi . L'ADP ribosylation de la
Cys352 bloque l'interaction de Gi avec son
rcepteur.
Autres toxines ADP ribosylantes
Deux toxines, C2 et C3, produites par
Clostridium botulinum sont des ADP ribosyl
transfrases diriges respectivement contre
l'actine (ADP ribosylation des isoformes non
30

La shiga toxine et les toxines shiga-like (


vrotoxines) sont des facteurs de virulence
respectifs des shigelles et des E. coli
entro-hmorragiques, les EHEC O157:H7
responsables de la colite hmorragique et
du syndrome hmolytique et urmique. Ces
toxines sont des ARN glycosidases clivant
la liaison N-glycosidique de l'adnosine en
position 4324 de l'ARN ribosomal 28S, do
une inactivation du ribosome et un arrt de
la synthse protique .
Toxines activit glucosyl transfrase
Les souches de Clostridium difficile, qui sont

l'origine
des
colites
pseudomembraneuses, produisent deux toxines,
constitues
chacune
d'une
chane
peptidique, de 308 et 270 kDa. Elles
induisent la dsagrgation du rseau de
microfilaments
d'actine
des
cellules
pithliales. Dans l'entrocyte, un anneau
de filaments d'actine prsent au ple apical
contrle l'ouverture et, donc, la permabilit
des jonctions serres (les tight junctions) qui
existent entre les cellules pithliales
intestinales. Les toxines A et B de C. difficile
sont l'origine d'un tat d'hyperpermabilit
paracellulaire. Ces toxines inactivent les
petites protines G de la famille de Rho
(Rho, Rac et Cdc42) par glucosylation.
Dans l'intestin, l'inactivation de Rho produit
l'ouverture de la voie paracellulaire , ce qui
est lorigine de la diarrhe de C. difficile et
de l'exsudat inflammatoire l'origine des
membranes.

Mtalloprotases Zn2+
Le ttanos et le botulisme sont des
pathologies paralysantes causes par des
neurotoxines produites par des bactries
anarobies du genre Clostridium. La
symptomatologie
est
due

des
neurotoxines qui protolydsent les protines
fusognes des vsicules synaptiques
portant les neurotransmitteurs.
La toxine du ttanos
Toxine ttanique

Attitude en opisthotonos du ttanos

La toxine ttanique est produite par


Clostridium tetani. La bactrie pntre par
une plaie cutane et libre la toxine
ttanique. Celle-ci reconnat les gangiosides
GT1 GD1b des fibres prsynaptiques des
terminaisons nerveuses priphriques. Ces
fibres oprent un transport axonal
rtrograde de la toxine, ce qui a pour effet
de l'amener dans le systme nerveux
central. La toxine ttanique bloque la
libration de neurotransmetteurs inhibiteurs
(GABAergiques et glycinergiques)
en
inhibant la fusion des vsicules portant
lactylcholine, provoquant l'apparition de
spasmes. La toxine ttanique est une
mtalloprotase Zn2+dpendante, clivant la
synapto-brvine, une protine de la
membrane
des
vsicules
de
neurotransmetteurs.

31

Site de protolyse en fonction des toxines

La toxine du botulisme
Le botulisme est d une inhibition du
fonctionnement des fibres nerveuses
priphriques cholinergiques innervant les
muscles squelettiques. Il en rsulte un
tableau de paralysie flasque. L'entre de la
toxine se fait par voie digestive aprs
absorption de conserves alimentaires. Les
toxines botuliques produites par divers
srotypes A, B, C, D, F et G de C botulinum
possdent un mode d'action voisin de celui
de la toxine ttanique. Les toxines se fixent
sur les gangliosides GD1b des neurones
moteurs des muscles stris, des neurones
sympathiques et parasympathiques. Ces

protines de fusion impliques dans


l'exocytose sont des cibles des toxines
botuliques
(
protolyse
de
la
synaptobrvine, syntaxine, ou SNAP-25):
(1) la synapto-brvine de la membrane des
vsicules des neurotransmetteurs est la
cible des toxines B, D, F et G : (2) Les
toxines A, B et C clivent la SNAP-25 et la
syntaxine, qui sont prsentes sur la
membrane plasmique prsynaptique. Ces
protines inhibent la fusion des vsicules
(actylcholine) qui jouent un rle important
dans la neuroscrtion et le trafic des
vsicules dans les cellules .

augmentant la concentration en AMPc du


cytosol des cellules, cette toxine inhibe la
phagocytose et la production de radicaux
libres par les macrophages.
Toxines activit damidase
Le facteur cytotoxique ncrosant (CNF) est
une toxine scrte par certaines souches
de
E.
coli
uropathognes
et
entropathognes. Le CNF provoque une
augmentation du nombre des fibres de
tension. La toxine active la protine G Rho
par activit damidase sur le rsidu Glu 63.
Rho perd son activit GTPasique. La toxine
dermoncrotique de B. pertussis prsente la
mme activit damidase dirige sur Rho .

Conclusion

Action de la toxine ttanique sur les fibres


nerveuses inhibitrices

Toxines activit adnylate cyclase


Les toxines du charbon et de la
coqueluche
Le charbon est une maladie septicmique
due Bacillus anthracis. Cette bactrie
colonise les plaies et produit sparment
des peptides toxiques qui portent l'activit
catalytique et reconnaissent des rcepteurs
exposs sur la membrane cytoplasmique
des
cellules
eucaryotes.
L'antigne
protecteur PA forme un heptamre capable
de transloquer les activits enzymatiques
de EF et LF.
Le facteur dmateux
(oedema factor) est une adnylate cyclase
dpendante de la calmoduline , et le facteur
ltal (lethal factor).
Bordetella pertussis scrte aussi une
adnylate cyclase de mme type. En
32

La connaissance actuelle du mode d'action


d'un grand nombre de toxines microbiennes
a permis de constater que les protines G
sont frquemment la cible de toxines
microbiennes. Pour dtourner les voies de
transduction
cellulaire,
l'volution
bactrienne a privilgi un mode d'action
sur les protines G plutt que sur les
kinases ou sur d'autres enzymes. L'intrt
de l'tude des toxines ne se limite pas
lexplication des pathologies. Ce sont des
outils de biologie cellulaire et des thrapies
contre diverses maladies
( vaccins,
immnunotoxines).

La variation antignique
Les bactries virulentes cherche chapper
aux dfenses de lhte soit pour les
bactries croissance intracellulaire en
atteignant
des
sites
inaccessibles
(sanctuaire) au systme immunitaire, soit
pour
les
bactries

croissance
extracellulaire par production de toxines qui
dtruisent les cellules immunes et les
protines
de
linflammation
et
les
immunoglobulines.
Dfinition et prrequis
Certains agents pathognes multiplication
extracellulaire (bactries, parasites) sont
capables de se mtamorphoser au cours
du processus infectieux chez un individu
donn. Les virus galement peuvent
varier au cours de linfection par drive
gntique (drift) du fait de l accumulation de
mutations modifiant les cibles, comme cest
le cas par exemple du VIH qui rapidement
se diversifie chez un patient donn.
Ce
mcanisme original de survie de certaines
bactries
extracellulaires
est
appel
variation antignique qui est la capacit
dune bactrie de modifier de faon itrative
certains antignes majeurs exposs leur
surface au cours du processus infectieux.
Cette mtamorphose
entrane une
persistance de linfection car le systme
immunitaire doit pour chaque nouvel
antigne induire une nouvelle rponse
spcifique. Cette stratgie est aussi utilise
par certains parasites (Trypanosoma
gambiense).
La variation antignique ncessite un
certain nombre de prrequis. Le parasite
doit possder de nombreux gnes codant
pour
des
antignes
exposs
(immunodominants)
sans
relation
antigniques croiss (multiples gnes non
allliques)
pour
permettre
les
rarrangements de ces gnes au moment
opportun. La cintique du remplacement
doit tre programme en sorte que le
remplacement de la population des
bactries responsables de linfection doit
apparatre dans une sous-population
33

minoritaire avant que la population


dominante soit dtruite. On constate quil
existe une expression ordonne et
synchrone des antignes de surfaces : par
exemple, les antignes A dune bactrie
pathogne donne sont remplacs par les
antignes B, puis C, puis D, puis E Cette
squence qui survient chez un patient est
toujours la mme , pour une souche donne
quel que soit le patient. Voici quelques
exemples de variation antignique chez les
bactries.
Borellia reccurentis, agent des fivres
rcurrentes

Les Borrellia sont des spirochtes


responsables de fivres rcurrentes poux
et tiques. La maladie volue par pisodes
fbriles itratifs strotyps au cours
desquels les bactries sont visibles dans le
sang puis disparaissent pour nouveau
rapparatre au cours des rcurrences. Ce
phnomne a t tudi en utilisant l
espce Borrelia hermsei pathogne pour
lanimal de laboratoire. Il a t montr que
chaque pisode fbrile correspond des
bactries portant des antignes de surface
diffrents.

Neisseiria
gonorrhoeae
meningitidis,

Spontanment, chaque gnration, des


variants apparaissent un taux de 10-3 104
par gnration. B hermsei est recouvert
dune protine immunodominante appele
VMP (Variable Major Protein). Lors de la
primo-infection, une premire VPM est
exprime la surface des bactries
circulantes qui sont limines en quelques
jours par des anticorps anti-VMP. Puis les
bactries rapparaissent avec une nouvelle
VMP sans relation antignique avec la
prcdente VMP et ainsi de suite. Le gne
codant pour la VMP est localis un site
dexpression o se trouve un promoteur.
Lors de la variation antignique, ce gne
est remplac ce site dexpression par
duplication-transposition (gene conversion )
par un nouveau gne. B hermsei possde
27 gnes codant pour au moins 26
srotypes de VMP. Ce pool de gnes
silencieux complets (sans promoteur) est
localis sur un plasmide linaire de 30 kb.

34

et

N.

N gonorrhoeae et N. meningitidis sont les


agents durthrites aigues et de mningites
purulentes, respectivement. Ils sont soumis
variation antignique pour de nombreux
antignes. La gonococcie non traite donne
un coulement purulent qui a tendance
persister pendant plusieurs semaines.
tendance. Cette persistance serait favorise
par un phnomne de variation antignique
qui concerne plusieurs antignes de cette
bactries, notamment la piline et la protine
Opa.
La piline est une protine de 17-21 kDa
prsentant une rgion N terminale constante
et une rgion C terminale variable. En se
polymrisant, la piline constitue les pili ( dit
de type IV) de N gonorrhoeae, structures
filamenteuses favorisant ladhsion de cette
bactrie aux cellules pithliales. Le gne
de la piline est transcrit un site
dexpression avec un promoteur et le gne
complet de la piline. Il existe par ailleurs au
moins 10 pseudo-gnes (gnes tronqus)
codant pour la partie variable de la piline. Au
cours
du
phnomne
de
variation
antignique de la piline, demeure au site
dexpression le promoteur et le segment de
gne codant pour la partie constante. Les
rarrangements avec les pseudo-gnes se
font donc au site dexpression en
reconstituant un nouveau gne fonctionnel.
La frquence de ces recombinaisons
rciproques est de 10-3 par gnration. Un
2me mcanisme peut survenir : la

transformation in vivo partir du DNA libr


d autres bactries lyses dans les tissus.

Variation antignique de la piline

Opa (dite dopacit ou PII) est une protine


d enveloppe externe contribuant
ladhrence et linvasion de N
gonorrhoeae. Cette protine code par le
gne opa est capable de donner une
variation antignique. Il existe dans le
gnome de ce pathogne de nombreux
gnes complets et transcrits (environ 13).
Ces gnes sont soumis une rgulation
traductionnelle par dcalage du cadre de
lecture au niveau des mRNA dans la partie
correspondant la squence-signal du
gne.

35

Parasitisme intracellulaire des


bactries
Dfinition
intracellulaire

du

parasitisme

Les microorganismes pathognes, au cours


de lvolution, ont labor des mcanismes
trs sophistiqus qui leur permettent de
survivre dans les tissus au formidable
systme de dfenses immunitaires mis en
uvre ds quun microorganisme pntre
dans les tissus.
Les principales stratgies de survie sont :
(1) La production de toxines qui dtruisent
les cellules du systme immunitaire et
ventuellement les tissus permettant ainsi la
dissmination des microorganismes.
(2) Le camouflage, cest--dire le mimtisme
molculaire
qui
permet
aux
microorganismes de ne pas tre reconnu
facilement par les dfenses immunitaires.
(3) La mtamorphose cest dire un
changement brutal des antignes exposs
en surface des germes (variation antignique
qui permet la survie itrative du
microorganisme
dans
le
microenvironnement de lhte).
(4) La recherche dun sanctuaire cest dire
la qute dun lieu o le systme immunitaire
ne verra pas le microorganisme qui survit
dans mme de lhte et parfois mme dans
les cellules du systme immunitaire.
Le parasitisme intracellulaire est dfini par la
capacit dun germe pathogne de trouver
sa source de nutriments et sa niche
cologique lintrieur mme des cellules de
lorganisme, restant ainsi labri des
dfenses immunitaires de lhte. Lors de leur
vie intracellulaire, ces microorganismes vont
de plus tre difficilement accessibles aux
drogues telles que les antibiotiques. Le
systme immunitaire, pour se dloger de leur
niche cologique, devra mettre en uvre
une immunit cellulaire T souvent difficile
induire, expliquant la difficult de la
vaccination
contre
les
pathognes
intracellulaires.
Lors du contact avec les macrophages, la
plupart des bactries que nous rencontrons
sont rapidement phagocytes et dtruites
36

grce aux mcanismes bactricides des


phagosomes ( burst oxydatif et nitr et
enzymes lysosomiaux).

Bacillus subtilis sur un macrophage

Fusion phagolysosomiale dtruisant B subtilis

Il existe une trs grande diversit


phylognique des pathognes croissance
intra-cellulaires. Certains sont devenus des
parasites
intracellulaires
obligatoires
totalement adapts la vie intracellulaire,
incapable de survivre lextrieur des
cellules. Outre les virus, ces parasites sont
habituellement des protozoaires ou des
bactries qui ont eu une longue vie
commensale au contact de lhte auquel ils
se sont parfaitement adapts. Souvent ils ne
donnent que des lsions minimes chez lhte
qui assure en dfinitif leur survie. Dautres
microorganismes

croissance
intracellulaires,
retrouvs
dans
lenvironnement comme saprophytes, ont
labors des mcanismes molculaires leur
permettant de lutter contre leurs prdateurs
naturels
dans
lenvironnement.
Leur
parasitisme intracellulaire chez lhte infect
apparat donc comme un accident plutt que

comme une finalit. Cest le cas par


exemple, de Listeria monocytogenes ou
Legionella pneumophila qui ont labores
des mcanismes de survie intracellulaire
pour lutter contre les amibes de
lenvironnement. Les tapes du parasitisme
intracellulaire sont lentre, la survie dans les
phagosomes, la multiplication intracellulaire,
la dissmination et la sortie de pathognes
intracellulaires.

rcepteurs vont cibler les germes vers


certains types de cellules exprimant ces
rcepteurs :
macrophages,
cellules
pithliales,
endothliales,
parenchymateuses.
Ceci
explique
la
spcificit dhte et de tissus des germes
pathognes.

Interactions directe et indirecte entre les bactries


et les cellules

Enfin, les pathognes intracellulaires ont un


impact considrable en sant publique
puisque outre les virus, dans les grandes
causes de mortalit de la population
mondiale,
actuellement
figure
les
Mycobactries,
les
Plasmodium,
les
Trypanosomes, les Leishmanies.

Mcanismes
intracellulaire

du

parasitisme

Lentre
Lentre
dans
les
cellules
dun
microorganisme pathogne implique une
premire
tape
trs
spcifique
o
interagissent une molcule rceptrice de la
membrane cytoplasmique de la cellule hte
(glycolipides, glycoprotines) et une
structure molculaire exprime la surface
du parasite. Dans certains cas, cette
interaction est indirecte, impliquant une
opsonisation pralable des germes par des
molcules libres dans les tissus (C3,
fibronectine, anticorps). Ces opsonines
recopnnaissent leurs propres rcepteurs la
surface des cellules ( CR3 pour le C3, RFc
pour les Ig). Ces interactions ligands
37

Cette interaction molculaire spcifique


entrane une phagocytose induite, cest-dire la capacit pour la cellule-hte, quil
s agisse de macrophages professionnels
(monocytes, polynuclaires, macrophages
fixes des tissus) ou non professionnels
(cellules
pithliales,
endothliales,
parenchymateuses)
de
phagocyter
activement le microorganisme.
Ce processus peut en effet tre bloqu par
un poison de cytosquelette, la cytochalasine
D.
Ltape
dinteraction
molculaire
permettant ladhsion de microorganisme
la cellule-hte ne suffit pas toujours
lentre, et il est probable que la multiplicit
de linteraction (par un mcanisme de
fermeture-clair ou zipper-mechanism) induit
la polymrisation de lactine et la
phagocytose.
Quelques microorganisme chappent ce
mcanisme trs gnral de phagocytose
induite, soit parce quil sattache directement
la membrane cytoplasmique sans tre de
rels parasites croissance intracellulaire
(mycoplasme), soit parce quils sont
directement injects lintrieur du
cytoplasme
par
le
microorganisme
(microsporidies), soit parce quils sont
partiellement intra-cellulaire comme cest le
cas des cryptosporidies, ou enfin parce quils
entrent activement dans la cellule hte

(toxoplasme). Seuls seront traites ici les


bactries.
Principales bactries intracellulaires selon leur
site de rplication
Proprits
Pathognes
ubiquistes
Pathognes
spcifiques

Sites de
rplication
Macrophages

Bactries

Erythrocytes

Bartonella

Granulocytes
MacrophagesM
onocytes

Ehrlichia
Mycobacteria,
Legionnella,
Salmonella
Rickettsia,
Coxiella, Brucella,
Baronella,
Rochalimea,
Listeria.

Cellules
endothliales

Cellules
parenchymateuses
Cellules
pithliales

Listeria
monocytogenes

Hpatocytes
Listeria
Entrocytes
Shigella,Listeria
cellules
conjonctivales et
gnitales
C
trachomatis)
cellules
respiratoires
C psittaci
C pneumoniae

Phagocytose par fermeture clair

38

Entre de Salmonella dans un macrophage

La survie intracellulaire
Ds que les bactries sont phagocytes,
elles
sont
squestres
dans
des
phagosomes o sont dclenchs des
mcanismes microbicides puissants lis
des enzymes de la membrane de ces
vacuoles
(production
de
mtabolites
toxiques, O2, NO2) et fusion
phagolysosomale qui dversent dans les
phagosomes des enzymes lysosomiaux.
Schmatiquement, on peut opposer les
microorganismes qui survivent dans le
phagosome ceux qui survivent dans le
cytoplasme.
Survie dans le phagosome
Certains pathognes peuvent rsister dans
le phagolysosome, donc aprs fusion entre
les lysosomes et le phagosome, survivant
dans un environnement fortement acide
(Coxiella).

Coxiella dans une cellule endothliale

Dautres bactries inhibent la fusion


phagolysosomale (Chlamydia, Legionnella,
Mycobacterium). Le mcanisme de cette
inhibition de fusion est mal connu. Dans tous
les cas, ces microorganismes sont
rsistantes aux mtabolites toxiques et ne
sont pas digrs par les enzymes
lysosomiales du fait de linhibition de fusion.

Legionnella dans un macrophage

Chlamydia
pithliale

Croissance
de
macrophages

39

mycobactries

dans

des

trachomatis

dans

une

cellule

Survie dans le cytoplasme


Certaines
bactries
chappent
au
phagosome aprs leur entre en dtruisant
la membrane vacuolaire qui les entoure. Cet
lchappement du phagosome permet aux
bactries de se retrouver libres dans le
cytoplasme o elles sont labri des
mcanismes bactricides mis en uvre dans
les cellules. Cest le cas de Listeria
monocytogenes qui dtruit la vacuole de
phagocytose par son exotoxine (la
listriolysine O et des phospholipases, des
Shigelles par une hmolysine et des
Rickettsies par une phospholipase. Ces
bactries intracytoplasmiques polymrisent
lactine et se meuvent dans le cytoplasme,
formant
des
vaginations
cellulaires
permettant aux bactries de gagner les
cellules adjacentes sans exposition au milieu
extracellulaire.

Cycle de multiplication de L monocytogenes

Evaginations des Listeria polymrisant lactine

Comte dactine

Pntration dans une cellule adjacente

40

Multiplication intracellulaire
Quelque soit le mcanisme de survie dans
les phagosomes ou le cytoplasme, les
bactries font se multiplier et ventuellement
dissminer dune cellule lautre avant de
dtruire la cellule qui les a hbergs. La
plupart
des
parasites
intracellulaires
obligatoires (except les virus) ne dpendent
habituellement pas de la cellule-hte pour la
synthse de leurs macromolcules mais en
dpendent pour la gnration dnergie
(ATP) et, dans certains cas, pour la synthse
de certains prcurseurs (aminoacides,
sucres, nuclotides, vitamines). Au contraire,
les bactries intracellulaires facultatives ne
dpendent pas de la cellule-hte pour la
synthse des macromolcules ou de leurs
prcurseurs, ni pour la gnration dnergie.
La multiplication intracellulaire est plus ou
moins importante suivant la cellule
considre et le microorganisme considr.
A titre dexemple, Certaines bactries
atteignent des titres intracellulaires trs
levs de 100 1000 bactries par cellule:
les Rickettsia multiplication cytoplasmique,
les Coxiella ou les Chlamydia multiplication
intraphagosomale. Dautres atteignent des
titres plus faibles de 5 tout au plus
quelques dizaines bactries par cellule
(Listeria mono-cyrogenes, M tuberculosis).
La consquence de cette rplication
intracellulaire est variable. Dans certains cas
la parasitisme intracellulaire nentrane que
peu de consquences pour la cellule qui
continue survivre et mme se diviser
(Chlamydia). Certaines cellules infectes
peuvent vhiculer les bactries pathognes
contribuant la dissmination des bactries
dans les tissus. Dans dautres cas,
apparaissent
des
dysfonctionnements
cellulaires par modification des membranes
phagosomales et cytoplasmiques avec
expression dantignes microbiens. Enfin
souvent, la multiplication rapide des
bactries lintrieur des cellules entrane la
lyse des cellules et donc la dissmination
des micro-organismes.

Dissmination des parasites dans lhte du


microorganisme

Certains
pathognes

multiplication
cytoplasmique ( Listeria, Shigella, Rickettsia)
sont capables de dissminer de cellules
cellules linstar des virus, en utilisant leur
capacit de polymriser lactine et de se
mouvoir lintrieur de la cellule-hte. Ces
bactries sont propulses
au sein
dvaginations et passent de cellules
cellules sans tre exposes
au milieu
extracellulaire. Dans les cellules adjacentes
ainsi infectes, les bactries sont encloses
dans une double membrane do elles
sortiront nouveau pour recommencer leur
cycle de multiplication. Dautres bactries
vont diffuser de cellules cellules du fait de
la multiplication cellulaire infectes ellemme. Ainsi les Chlamydia ou les Coxiellae
qui se multiplient dans plusieurs vacuoles
diffrentes dans une mme cellule vont au
cours de la division cellulaire parasiter les
cellules-filles
et
ainsi
contribuer
la
prnisation de linfection. Enfin la plupart
des microorganismes vont tre librs dans
lespace extracellulaire par clatement de la
cellule ou par libration partir des cellules
en apparence intactes.

Rponse immunitaire contre


microorganismes intracellulaires

les

Les cellules ou les microorganismes


intracellulaires induisent la prsentation de
peptides antignique selon un mode de
prsentation
cytoplasmique
(classe
I
dpendante) ou lysosomiale (classe II
41

dpendante).
Ainsi
les
bactries
intracellulaires vont-elles induire une rponse
immunitaire avec expansion clonale des
lymphocytes B et T, notamment les
lymphocytes CD4+,
et production des
cytokines, (IL-1, IL-2 , TNF..). Ce mcanisme
inducteur est lorigine dun recrutement
cellulaire et dune activation de macrophages
lis la production des lymphokines, et
dautre part la production lymphocytes
CD8+ cytotoxiques qui ont dtruisent les
cellules exprimant leur surface des
antignes microbiens. Ceci arrte pour un
temps la croissance intracellulaire des
bactries qui sont ainsi exposs notamment
aux anticorps et aux polynuclaires du
systme
immunitaire.
La
production
danticorps au cours des infections par des
microorganismes croissance intracellulaire
peut contribuer pour une part llimination
des tissus de ces bactries en particulier par
leur rle opsonisant qui cible les bactries
vers les macrophages et les polynuclaires
o ils seront dtruit.

Mutations bactriennes
Mutations bactriennes
La fidlit de la rplication de l'ADN, repose
sur le fait que chaque brin d'ADN sert de
matrice pour la synthse d'un nouveau brin
d'ADN complmentaire. Chez les bactries,
la rplication procde par un mode semiconservatif, c'est--dire que pour chaque
molcule fille d'ADN, un des deux brins
provient de la molcule-mre. Au cours de la
rplication, le taux d'erreur par nuclotide
incorpor est trs faible (de l'ordre de 10-9
soit 1 sur 1 milliard). Une aussi grande
fidlit de rplication est non seulement due
la fidlit des appariements des bases AT
et CG, mais aussi la proprit de corriger
les erreurs. Les modifications du matriel
gntique, survenant spontanment ou
induites, sont l'origine de mutations.

Dfinitions
Mutation et mutant
Elles
se
dfinissent
comme
des
modifications de la squence nuclotidique
d'un ADN (chromosomique, plasmidique ou
phagique). Le gnome d'une bactrie ayant
subit une mutation est donc diffrent de la
bactrie dont elle est issue, dite parentale. Et
cette modification du gnotype, transmise
hrditairement, n'est pas toujours associe
une modification observable du phnotype.
En pratique, on parle de "bactrie mutante"
lorsque la mutation a une expression
phnotypique caractrise (exemple :
rsistance un antibiotique), c'est--dire
qu'elle s'accompagne de modification(s)
dtectable(s) du comportement de la
bactrie.
Par opposition une bactrie mutante, une
bactrie est dite de type sauvage (wild type)
lorsque ses proprits sont celles qui sont
retrouves naturellement dans l'espce
considre (exemple : mutant de E. coli
rsistant la streptomycine, alors que les
souches sauvages de E. coli sont sensibles
cet antibiotique)

42

La frquence de mutants est le nombre de


cellules mutantes sur le nombre total de
bactries.
Le taux de mutation est la
probabilit quun vnement mutationnel se
produise en un intervalle de temps donn. Le
taux de mutation est obtenu en mesurant la
frquence de mutant par unit de temps
choisi.

Bases molculaires des mutations


Rappel : Bases puriques = adnine (A),
guanine (G) ; Bases pyrimidiques = cytosine
(C), thymine (T)
Nature des mutations
Mutation ponctuelle
Il s'agit de la substitution d'une seule base
qui peut se faire selon divers mcanismes
Transition : lorsqu'une base purique est
remplace par l'autre base purique, ou une
base
pyrimidique
par
l'autre
base
pyrimidique ;
Transversion : lorsqu'une base purique est
remplace par une base pyrimidique ou viceversa.
Mutation par addition ou dltion d'une ou
plusieurs bases, .
Mutations spontanes ou induites :
Une mutation peut survenir naturellement, ou
spontanment. Il s'agit de mutations qui
s'inscrivent dans le cadre de l'volution
naturelle,
c'est--dire
survenant
sans
l'intervention d'agent exogne et survenant
de faon alatoire sur la squence
nuclotidique. La survenue d'un tel
vnement est rare (la probabilit de voir
apparatre une modification de la squence
d'ADN par gnration cellulaire est de 10-8
10-11). Il s'agit le plus souvent de mutations
gnotypiques sans expression phnotypique.
Les mutations induites artificiellement
Grce l'action d'un agent exogne, il est
possible de favoriser la survenue de
mutations. On parlera alors de mutations
induites par un mutagne. Schmatiquement
les mutagnes, qu'ils soient d'origine
physique, chimique ou biologique, et bien

quils agissent par des mcanismes


diffrents, ils provoquent des mutations
alatoires sur n'importe quelle partie du
gnome.

Agents biologiques
(Voir chapitre correspondant sur
lments gntiques transposables)

les

Consquences des mutations


Agents chimiques
Les analogues de bases provoquent le
changement d'une base au cours de la
rplication
Exemples :
- 5 Bromouracil : Il s'agit d'un analogue de la
thymine qui s'apparie avec l'adnine (mais
de faon instable) et peut s'apparier avec la
guanine. Ainsi, lors de la rplication, la paire
adnine thymine (A.T) est remplace par la
paire gaunine-cytosine (G.C) ; Il s'agit donc
d'un mcanisme de transition (A.T ! G.C ou
G.C ! A.T).
- 2 Aminopurine : Transition (A.T !G.C)
Les agents alkylants provoquent une
altration chimique d'une base conduisant
un msappariement et l'apparition d'une
nouvelle paire de base.
Exemples :
- Acide Nitreux : Transition (G.C ! A.T et
A.T ! G.C)
- Hydroxylamine : Transition (G.C ! A.T)
- Ethyl mthane sulfonate :
Transversion (G.C ! C.G et G.C ! T.A)
Transition (G.C ! T.A)
Les agents intercalants doivent leur nom
leur capacit pouvoir s'intercaler entre
deux paires de bases d'un ADN. Ils crent
des dcalages au sein de la molcule d'ADN
conduisant le plus souvent une mutation
par addition (plus rarement dltion) d'une
ou plusieurs paires de bases.
Exemples : Les colorants d'acridines tels que
le Bromure d'thydium
Agents physiques
Les ultra violets (UV) crent l'apparition de
dimres de thymine en provoquant une
liaison covalente entre deux thymines
adjacentes. Les radiations ionisantes (X ou
gamma) crent galement des modifications
de lADN par distorsion de la double hlice,
des cassures, ou des pontages interbrins ou
intrabrins (dimre de pyrimidines)

43

Une mutation a des rpercussions diverses


sur le phnotype selon sa nature et sa
localisation dans le gnome, mais aussi
selon les conditions du milieu dans lequel vit
la cellule ou l'organisme concern. C'est
quand le gne mut est exprim, au moment
de la traduction, que l'effet sur la protine
code par le gne se manifeste.
Quelles peuvent tre les consquences de
ces mutations sur la fonction des protines
correspondantes ?
Mutations ponctuelles
La substitution d'une seule base conduit la
modification d'un codon. Compte tenu du
code gntique, une mutation ponctuelle
n'est pas ncessairement associe une
modification d'un acide amin au niveau de
la protine. Trois cas de figure sont alors
possibles (Fig. 1).
La mutation est muette ou silencieuse (fig. 1
A) : Du fait de la dgnrescence du code
gntique, le changement de la squence
nuclotidique d la substitution d'un
nuclotide, n'entrane pas de changement de
la squence peptidique .
La mutation est dite faux-sens (Fig. 1 B) :
Cette mutation entrane lincorporation dun
"mauvais" acide amin dans la chane
polypeptidique. Si cet acide amin est
important, on obtient un phnotype mutant. Il
est
nanmoins
possible
que
cette
modification soit sans effet sur la fonction de
la protine ; se comportant alors comme une
mutation silencieuse.
La mutation est dite non-sens (Fig. 1 C) :
C'est une mutation conduisant l'apparition
d'un codon non-sens (codon stop : UAA,
UAG, UGA) responsable de l'arrt de la
traduction. Ainsi, la protique sera tronque
ou absente (si le codon stop apparat au
dbut de la phase ouverte de lecture). Une

protine tronque et le plus souvent


biologiquement inactive.
Les mutations par insertion ou dltion (Fig.
2) qui rsultent de l'insertion ou la dltion
d'une base ou d'un segment d'ADN sont
exceptionnellement silencieuses car elles
provoquent des dphasages du cadre de
lecture et dsorganisent totalement les
rgions touches.

la mutation n'a pas t induite par la


streptomycine). En d'autres termes, ces
mutants prexistaient parmi les 108 bactries
mises sur la glose contenant la
streptomycine, et ont seulement t
slectionns par l'antibiotique.
Le phnotype "rsistant la streptomycine"
est stable est se transmet aux gnrations
de descendantes.

Le phnomne de rversion
Un mutant bactrien peut retrouver son
phnotype sauvage grce un phnomne
rversion. Nanmoins c'est un phnomne
rare qui ne survient que lorsqu'il s'agit d'une
mutation ponctuelle, ou de l'insertion de
certains transposons capable de s'exciser
spontanment.
Dans le cas d'une mutation ponctuelle le
phnomne de rversion ncessite une
nouvelle mutation dite suppressive. On parle
alors de vraie rversion lorsque la squence
d'ADN redevient normale ou de pseudorversion lorsque le phnotype se normalise
mais que le gnotype reste modifi par
rapport la souche sauvage. Le phnomne
de rversion ne peut pas survenir lorsque le
mcanisme de la mutation rsulte d'une
dltion.

Raret des mutations


La probabilit qu'une bactrie mutante, pour
un caractre donn, apparaisse au cours
d'une division bactrienne, est d'environ 10-6
10-8. Mais, pour les mutants rsistants aux
antibiotiques, la frquence des mutations
varie en fonction de l'antibiotique considr.
Par exemple, alors que, habituellement la
probabilit de mutation est de 10-6 10-8
mais, pour certains antibiotiques comme la
rifampicine ou fosfomycine la probabilit de
slectionner des "mutants rsistants" est
plutt de 10-4-10-5 ; donc plus leve.

Principales
mutations:

caractristiques

des

Exemple de la rsistance aux antibiotiques


"Spontanit" des mutations
Si on considre une souche bactrienne
sensible la streptomycine, donc incapable
de crotre en prsence de cet antibiotique
une concentration 1mg/l.
Si l'on tale un nombre suffisant de bactries
(108) sur une glose contenant 100mg/l de
streptomycine, une ou plusieurs colonies
apparaissent, tmoignant d'une acquisition
spontane de la proprit de rsister la
streptomycine : ce sont des mutants
rsistants la streptomycine.
Fait essentiel, ces mutants n'ont pas t
crs par la streptomycine, mais sont
apparus de faon "spontane" (ici, le
qualificatif spontan signifie simplement que
44

La consquence pratique en antibiothrapie


est de ne jamais utiliser la rifampicine ou la
fosfomycine autrement que dans le cadre
d'une association de 2 antibiotiques (ou plus)
afin de diminuer la probabilit de
slectionner des mutants rsistants (exemple
d'une association -lactamine+fosfomycine:
les mutants rsistants la fosfomycine sont
dtruits par la - lactamine associe).
Spcificit
mutations.

et

indpendance

des

Spcificit
Une mutation est habituellement spcifique
d'un caractre donn. Un mutant rsistant
la streptomycine ne rsiste pas l'amikacine
(autre aminoside) et encore moins aux lactamines (type pnicilline). Cependant, la
mutation d'une porine provoque une
impermabilit
aux
antibiotiques
qui
empruntent
cette
porine
(exemple :
aminoside, -lactamines). On dit que la
mutation a un effet plotrope.
Indpendance
Un mutant rsistant la streptomycine peut
devenir rsistant, par une deuxime mutation

un autre antibiotique (exemple : la


rifampicine). Fait essentiel, cette deuxime
mutation est indpendante de la premire et
s'effectue un taux qui lui est propre.
Ces proprits sont la base de l'emploi de
plusieurs
antibiotiques
simultanment
(polychimiothrapie), quand le risque de
rsistance par mutation est grand.
Exemple du traitement de la tuberculose.
Le traitement d'une tuberculose ncessite
initialement
l'association de 3 antituberculeux (Isoniazide INH, rifampicine et
thambutol).
La rsistance chacun de ces antituberculeux apparat une frquence
d'environ 10-7 Mycobacterium tuberculosis.
Une caverne comporte environ 108 bactries.
Aussi il peut exister d'emble une rsistance
primaire l'INH. Il faut donc donner au moins
deux antibiotiques actifs pour viter la
slection de mutants rsistants.
En pratique, il est habituellement associ un
quatrime anti-tuberculeux, qui a la capacit
d'atteindre les germes intracellulaires
quiescents. Il sagit de la pyrazinamide.

Correction des msappariements suite


la rplication
Il existe de nombreux systmes de
rapparition des anomalies de lADN, que
celles-ci soient survenus spontanment ou
induites par un agent exogne. Ici nous ne
verrons que les principaux systmes de
rparation suite une erreur survenant au
cours de la rplication. Bien que ces
systmes aient pour but de garantir la
cellule fille la transmission d'une information
gntique identique celle de la cellule
mre, leur fiabilit reste imparfaite. Ainsi le
taux de mutation observ reflte l'quilibre
entre
le
nombre
d'vnements
qui
endommagent l'ADN et le nombre de ceux
qui ont t corrigs, ou ventuellement mal
corrigs.

45

Correction des erreurs de la rplication


D'aprs les donnes physico-chimiques sur
la spcificit de l'appariement entre les
bases nucliques on estime que la frquence
d'incorporation d'un nuclotide erron devrait
tre de l'ordre de 10-3 par nuclotide
incorpor. Ce qui est nettement suprieur au
taux observ de mutations (10-8 10-10).
Lamlioration de la spcificit de la
complmentarit des bases se fait au cours
de la rplication grce aux ADN polymrases
bactriennes qui possdent une activit
exonuclasique 3'!5' ; qui fonctionnent donc
en sens inverse de la direction de la
synthse et qui permettent d'assurer la
correction immdiate d'erreurs d'appariement
au moment de la rplication. Cependant,
certains msappariements chappent cette
correction et des bases se trouvent parfois
incorrectement insres dans le brin d'ADN
en formation. Ces imperfections ne
conduisent pas ncessairement des
mutations car elles peuvent tre corrig par
un systme appel systme de rparation de
msappariement
Correction des msappariements (Fig.3)
Le
systme
de
rparation
des
msappariements identifie un mauvais
appariement par l'action du produit des
gnes mutS et mutL, il distingue les deux
brins leur degr de mthylation,
l'endonuclase MutH incise alors le brin le
moins mthyl une certaine distance de
part et d'autre de la base errone,
l'exonuclase 1, qui agit de 5' vers 3', excise
alors les nuclotides de ce brin entre les
deux incisions, le fragment manquant est
synthtis par complmentarit la matrice
sous l'action de l'ADN polymrase-I, et la
continuit est rtablie par une ADN ligase.
Bien sr une hlicase (MutU) en
l'occurrence, et des SSB (single strand
binding) qui stabilisent le simple brin,
interviennent dans ce processus.
Pour tre correcteur, et non gnrateur
d'erreurs, un tel systme de rparation doit
tre capable de distinguer la base correcte,
celle du brin parental, de la base incorrecte,
celle
de
la
molcule
fille.
Cette
reconnaissance se fait grce l'enzyme
Dam mthylase (Dam pour "damage") qui

reconnat et mthyle () en position N6 des


adnines (A) des squences GATC. En effet,
la mthylation des adnines de cette
squence GATC se fait aprs la rplication
mais pas au niveau de la fourche de
rplication. Ainsi le brin parental a t
mthyl sur toute sa longueur au cours du
cycle de rplication prcdent, alors que le
brin nosynthtis prsente un gradient de
mthylation, et surtout labsence de
mthylation proximit de la fourche de
rplication.

Conclusion
Au cours de la rplication, l'instabilit
chimique et les lsions de l'ADN sont des
vnements distincts, qui, malgr les
mcanismes de correction et de rparation
de l'ADN, maintiennent un certain taux de
mutations qui introduisent donc une
variabilit de l'information gntique. Ainsi la
permanence d'un certain taux de mutations
joue certainement un rle important dans le
maintien de la diversit biologique au cours
de l'volution.

46

Figure 1 : Mutations ponctuelles

47

Figure 2 : Mutation par dltion

48

Figure 3 : Systme de rparation des msappariements

49

Elments gntiques mobiles


Les plasmides
Caractristiques gnrales
Les plasmides sont des molcules d'ADN
circulaire,

localisation
extrachromosomique, rplication autonome. Ils
sont transmis de faon stable au cours des
divisions cellulaires et ne sont pas
indispensables la bactrie-hte. Ils
confrent la bactrie-hte une grande
souplesse gntique et augmentent son
patrimoine gntique. Ils sont prsents chez
la plupart des espces bactriennes et sont
trs diffrents les uns des autres, avec des
tailles habituellement entre 3 400 kb.
Proprits des plasmides
Les plasmides sont des associations
modulaires de gnes regroups en units
fonctionnelles.

- Les gnes impliqus dans la rplication


Un plasmide est un rplicon qui possde
donc un systme de rplication autonome, lui
permettant de se maintenir un taux
constant dans les cellules au cours des
divisions successives. Ce systme de
rgulation est l'origine du phnomne
d'incompatibilit et du contrle du nombre de
copies plasmidiques dans la cellule
bactrienne. Des plasmides incompatibles
ne peuvent coexister dans la mme cellule,
car leur rplication est soumise au mme
systme de rgulation. Les plasmides sont
ainsi classs en groupe d'incompatibilit ou
groupe Inc. Des plasmides appartenant au
mme groupe d'incompatibilit prsentent de
fortes homologies ADN/ADN et sont
fortement apparents structuralement.
- Les gnes de transfert
Plasmides conjugatifs
Un plasmide conjugatif est autotransfrable
d'une bactrie une autre par conjugaison.
Sa taille est suprieure 30 kb chez
Escherichia coli 90 kb , dont 30 50 kb pour
les gnes ncessaires au transfert conjugatif.
Ces plasmides sont en faible nombre de
copies de 1 3 par cellule. L'ensemble des
gnes ncessaires la conjugaison chez le
plasmide F est organiss en un opron dit

50

tra. Cet opron code pour les pili sexuels et


pour les protines ncessaires la
conjugaison.Les
plasmides
conjugatifs
transfrent entre des bactries appartenant
la mme espce bactrienne (transfert intra
spcifique) entre des bactries appartenant
des espces bactriennes diffrentes mais
appartenant au mme genre (transfert intragnrique) ou mme entre des bactries
phylogntiquement
trs
loignes
appartenant des genres diffrents (transfert
inter gnrique). Ces transferts ont un rle
trs important dans la dissmination de
l'information gntique et particulirement
des gnes de rsistance aux antibiotiques.
Plasmides non conjugatifs
Les plasmides non conjugatifs ne sont pas
autotransfrables. Ils sont de taille plus petite
de 1 70 kb, souvent cryptiques, et en
grand nombre de copies ( > 10), du fait dun
contrle relch de leur rplication.
Ils
peuvent tre transfrs une autre bactrie
par deux autres mcanismes de transfert : la
transduction et
mobilisation grce la
prsence dun plasmide mobilisateur.
- Les gnes confrant des proprits
supplmentaires la cellule hte
Les gnes de rsistance aux antibiotiques
Les gnes de virulence peuvent tre ports
par des plasmides, des transposons ou des
phages. Les gnes de virulence ports par
des plasmides ont t tudis surtout chez
les
entrobactries
(Escherichia
coli,
Shigella,
Yersinia,
Salmonella),
mais
galement chez des bactries Gram positif
(Staphylococcus aureus, Bacillus anthracis).
Ce sont des plasmides de grande taille (>
200 kb).
Exemples : le plasmide de virulence de
Shigella code pour les protines permettant
la bactrie de se multiplier dans les cellules
de la muqueuse digestive ;
certaines
hmolysines sont localises sur des
plasmides, de mme que la toxine LT ou
ST chez E. coli entrotoxinogne, ou encore
des facteurs d'adhsion.
Les gnes mtaboliques

51

Ce sont des gnes non indispensables la


vie de la bactrie qui peuvent tre une cause
d'erreur pour l'identification des souches.
Ces gnes sont d'un grand intrt sur le plan
biotechnologique, car ils peuvent dgrader
des produits chimiques.
Mthodes d'tudes des plasmides
Lextraction et purification de l'ADN
plasmidique se fait:
- par mini prparation par la mthode de la
lyse
alcaline,
lyse
des
bactries,
dnaturation de l'ADN par action combine
de la soude et du SDS, renaturation de
l'ADN plasmidique et prcipitation de l'ADN
chromosomique.
- par ultracentrifugation en chlorure de
csium et bromure d'thidium.Lanalyse du
contenu
plasmidique
se
fait
par
lectrophorse en gel d'agarose, aprs
digestion par des enzymes de restriction
(profil de restriction), transfert selon la
technique de Southern et hybridation avec
des sondes spcifiques. La cure plasmidique
est llimination du plasmide de la bactrie
qui l'hberge. Elle peut tre spontane
(vnement rare) ou provoque par un agent
chimique avec des produits qui vont inhiber
slectivement la rplication plasmidique ou
interfrer avec la sgrgation de ces
molcules (agents intercalants), ou encore
provoque par la chaleur. Le transfert de
l'ADN plasmidique peut se faire par
conjugaison une bactrie rceptrice ou par
transformation.

Les transposons
Les transposons sont des squences d'ADN
capables de promouvoir leur translocation
d'un rplicon sur un autre (transposition
intermolculaire) ou sur le mme rplicon
(transposition intramolculaire).

Caractristiques
gnrales
de
la
transposition
Cest un vnement rare (10-5 10-6)
survenant en labsence d'homologie entre les
ADN interagissant et indpendamment des
fonctions de recombinaison de la bactriehte (protine RecA). Les transposons
peuvent thoriquement s'intgrer n'importe
o. Cependant certaines rgions riches en
AT, entranant une certaine conformation de
l'ADN-cible, constituent des points chauds
d'insertion.
Classification
Il existe 3 types de transposons :
(1) Les squences d'insertion (IS) : lments
transposables les plus simples, trs
rpandus chez les bactries Gram ngatif
(entrobactries). Plusieurs copies intgres
dans le chromosome ou dans un plasmide.
Ils sont constitus de 2 IR (inverted repeats)
encadrant un gne tnp codant pour une
transposase.

(2) Les transposons composites : lments


constitus de plusieurs squences IS
ventuellement associs des fragments
d'ADN codant pour des gnes de rsistance
aux antibiotiques, des gnes de virulence ou
des gnes mtaboliques. Ces transposons
sont trs nombreux chez les bactries
Gram ngatif : Tn5 (5,7 kb, KmR), Tn9 (2,6
kb, CmR), Tn10 (9,3 kb, TcR)

52

(3) Les transposons de la famille Tn3 : ces


lments sont constitus de 2 squences IR
encadrant un gne tnpA: gne codant pour la
transposase, un gne codant pour la
rsolvase tnpR, un site de rsolution interne
(SRI) et un gne bla de rsistance aux lactamines. Ils sont trs nombreux chez les
bactries Gram - : Tn3 (4.9 kb, ApR), Tn4
(20 kb, ApR, SmR, SuR), Tn1721 (10
kb, TcR) ; et chez les bactries Gram + :
Tn551 (5.3 kb, EmR), Tn917 (5.2 kb, EmR),
Tn1546 (12 kb, VanA).

(4) Les transposons conjugatifs : ces


lments codent pour le gne xis-Tn codant
pour l'excisionase, le gne int-Tn codant
pour l'intgrase, le gne tetM codant pour la
rsistance la ttracycline, les gnes codant
pour les fonctions tra+ ncessaires au
transfert conjugatif. Ces transposons sont
dtects chez les bactries Gram positif,
les prototypes de ces lments sont les
transposons Tn916 (E. faecalis, 16 kb, TcR),
et Tn1545 (S. pneumoniae, 25 kb, KmR,
EmR, TcR). Le spectre d'hte des
transposons conjugatifs est large, permettant
des transferts vers la quasi-totalit des
bactries Gram+
(Staphylococcus,

Streptococcus, Lactococcus, Enterococcus,


Lactobacillus, Clostridium ) mais galement
vers des bactries Gram (Escherichia
coli, Pseudomonas fluorescens ).

Enfin, les intgrons sont des structures qui


permettent une construction modulaire des
plasmides de rsistance : ils sont constitus
dun gne codant pour une intgrase intl1
jouxtant un site attl dattachement o
peuvent sinsrer les gnes de rsistance
sous forme de cassette.
.

53

Transfert de l'information
gntique
Transfert de l'information gntique
chez les bactries
Le patrimoine gntique des bactries est
plastique et varie au cours du temps. A ct
des mutations spontanes, qui permettent
aux bactries de s'adapter sous la pression
de slection de leur environnement, il existe
des mcanismes d'adaptation beaucoup plus
efficaces fonds sur l'acquisition de matriel
tranger: ce sont les transferts gntiques.
Les principaux transferts gntiques utilisent
soit des fragments d'ADN libres, soit des
lments gntiques spcialiss (plasmides,
transposons) et les bactriophages. Ces
vecteurs naturels d'information gntiques
ont t modifis et sont des outils prcieux
utiliss en biologie molculaire.Il existe 3
principaux
types
de
transferts :
transformation, conjugaison, transduction.

donnent des colonies lisses, ou S ("smooth")


et sont virulentes trs virulentes chez la
souris. Les pneumocoques peuvent perdre
spontanment in vitro leur capsule et leurs
colonies prennent un aspect R ou rugueux et
deviennent avirulentes. Griffith montre que
des bactries R vivantes mlanges avec
des bactries S tues par la chaleur tuent la
souris et redonnent des colonies S. Les
souris servent en quelque sorte
slectionner les rares transformants S trs
virulents. En 1944, Avery, McCarthy et
MacLeod
dmontrent que le principe
transformant
impliqu
dans
cette
transformation est de l'ADN: c'est l'ADN des
pneumocoques capsuls de srotype 1 qui
fournit
l'information
gntique
aux
pneumocoques vivants non capsuls obtenu
partir d'une souche de srotype 3.

Dfinition de la transformation. La transformation


est lacquisition de matriel gntique par
certaines espces bactriennes, par pntration
de molcules de ADN nu (naked DNA) prsentes
dans le milieu extrieur.

Transformation
Dcouvertes.
Le phnomne de transformation a t dcouvert en 1928 par
Griffith chez les pneumocoques. Les
pneumocoques possdent une capsule
polyosidique,
dont
les
proprits
antigniques varient selon les souches : il
existe une centaine de srotypes capsulaires
(srotypes 1,2,3).Les souches capsules
54

La transformation naturelle.
Seules certaines espces bactriennes sont
aptes acqurir naturellement de l'ADN
exogne:
pneumocoques
et
certains
streptocoques, Neisseria, Bacillus subtilis et
Haemophilus influenzae.

Pour tre transformable, les bactries


doivent tre en tat de comptence,
processus dont les mcanismes sont
diffrents
selon
les
espces.
La
transformation naturelle est un mode de
transfert gntique essentiel chez le
pneumocoque (gnes codant pour les PBPs
confrant la rsistance aux -lactamines) et
les Neisseria (notamment variation de la
piline permettant lchappement au systme
immunitaire).
Les principales tapes de la transformation
ont surtout t tudies chez les bactries
gram positif, notamment Bacillus subtilis qui
est le modle le plus tudi.

n'a aucune importance : il peut provenir ou


non de la mme espce bactrienne ou
mme d'un eucaryote et tre de nature
chromosomique, plasmidique ou phagique.
Les diffrentes tapes de la transformation
sont la fixation de l'ADN la bactrie en tat
de comptence, puis la fragmentation de
l'ADN par des nuclases produisant des
molcules bicatnaire de taille convenable (5
20 MDa), enfin lentre de l'ADN en
quelques
minutes,
processus
s'accompagnant d'une dgradation de l'ADN
bicatnaire en ADN mono-catnaire. Ainsi,
l'ADN simple-brin est internalis mais ne
peut
subsister
de
faon
autonome
(incapacit se rpliquer). Il doit pour se
maintenir
sintgrer au chromosome
bactrien par recombinaison homologue
avec change avec un gne homologue du
receveur. Pour que ce remplacement
alllique ait lieu, il faut de larges homologies
entre l'ADN exogne et endogne. En
pratique, l'ADN provient de la mme espce
bactrienne ou d'une espce bactrienne
proche.

Le processus de transformation

Etat de comptence en fonction de la croissance


des bactries (continue pour le gonocoque,
prcoce pour les Streptocoques, et plus tardif
pour Bacillus et Haemophilus).

Pour tre transformant, l'ADN doit tre


bicatnaire et d'un poids molculaire
suffisant (> 5-10 MDa). L'origine de l'ADN
55

Consquences de la transformation
Le rsultat de la transformation est le
transfert durable de matriel gntique
entranant : (1) des mutations inactivant
certains gnes par insertion [cration de
gnes mosaques contenant des fragments
de gnes introduits dans les gnes du
receveurs, par exemple le gnes des PBPs
de S pneumoniae et N gonorrhoeae], ou par
dltion ; (2) un apport de nouveaux gnes

par
remplacement(capsule
de
pneumocoques) ou
une
variation
antignique
chez
le
gonocoque
(recombinaisons partir de pseudognes).

Diffrentes
techniques
sont
utilises,
reposant sur une dsorganisation de la paroi
qui permet le passage de l'ADN : choc
thermique
(changement
brutal
de
temprature de 0C >42C), choc
lectrique (lectroporation).

Conjugaison
Dfinition. La conjugaison est un processus
de transfert unidirectionnel dADN dune
bactrie donatrice une bactrie rceptrice,
par un mcanisme requrant un contact
spcifique. Le matriel gntique peut tre
transmis d'une bactrie lautre sans
apparatre dans le milieu extrieur (transfert
possible mme en prsence de DNAse dans
le milieu).
Plasmides et transposons. Il existe deux
classes de vhicules du matriel gntique :
les plasmides et les trans-posons.
(1) Les plasmides sont des lments
gntiques capables de autorplication et
exprimant des fonctions de transfert
(plasmides
autotransfrables).
Certains
plasmides dits "mobilisables" sont capables
de transfert conjugatif dans la bactrie
donatrice : dpourvus de gnes tra mais ils
possdent la squence oriT, et utilisent
dautres plasmides qui leur permettent de
transfrer leur matriel gntique.

Transformation artificielle.
La transformation est utilise pour manipuler
gntiquement les bactries par introduction
d'ADN dans E.coli, par exemple. La
transformation artificielle est diffrente de la
transformation naturelle. On utilise souvent
des espces bactriennes qui ne sont pas
naturellement transformables (E.coli). On
peut introduire de l'ADN bicatnaire intact,
notamment des plasmides entiers dont
l'ADN peut se rpliquer et s'exprimer de
faon stable dans les bactries rceptrices
(intrt pour les manipulations gntiques).
56

(2) Les transposons sintgrent sur le


chromosome ou sur des plasmides pour se
rpliquer et nexpriment que des fonctions
de transfert. On observe souvent une
synergie entre ces vhicules, en particulier
des transposons ports par des plasmides.

Fonctions de transfert. De faon gnrale,


le transfert et lexpression des fonctions de
transfert sont trs finement rgules,
vraisemblablement pour limiter la charge
biosynthtique lie ce processus. Les
gnes responsables de cet transfert sont
relativement nombreux (>30 pour le
plasmide F de E. coli). Les plasmides
conjugatifs sont plus grands que les
plasmides non conjugatifs (en gnral > 40
kb contre 5 kb). La conjugaison a t dcrite
chez les bactries Gram ngatif et les
bactries Gram positifs. Selon les espces
bactriennes, il existe de nombreux
mcanismes
molculaires
diffrents
permettant ce transfert horizontal de matriel
gntique.
Le transfert du plasmide F. Le plasmide F est
un ADN circulaire bicatnaire qui se rplique
chez E. coli et Salmonella typhimurium. Les
principales tapes de la conjugaison peuvent
tre ainsi rsumes en prenant comme
exemple le modle du plasmide F de E coli.
Le transfert du plasmide F requiert : (1) la
rgion tra (environ 33 kb) code pour une
trentaine de gnes
impliqus dans la
machinerie du processus de conjugaison ;
(2) la squence oriT
est une courte
squence spcifique appele origine de
transfert : c'est ce niveau qu'un brin d'ADN
est coup avant d'tre transfr. La bactrie
donatrice conserve une copie du plasmide
transfr.
Il
est
habituellement
extrachromosomique dans des bactries
mles dites F+, parfois en situation
intrachromosomique dans des bactries
dites Hfr. Les bactries F+ transfrent
seulement le facteur F sansq autre matriel
chromosomique,
toutes
les
bactries
rceptrices devenant F+. Les bactries Hfr
transfrent
le
lADN
chromosomique
squentiellement , le facteur F tant
transfr en dernier.

57

Le transfert spcifique d'un brin du plasmide


se fait par une coupure la squence oriT.
Le brin est alors transfr selon une polarit
5' vers 3' au travers du pore conjugatif form
par juxtaposition des membranes des
bactries donatrice et rceptrice. L'extrmit
5' du brin transfr reste attache la
membrane cellulaire. L'ADN hlicase I est
lie la membrane proximit du pore
conjugatif et sa migration le long du brin
transfr fournit la force ncessaire l'entre
de l'ADN dans la rceptrice. Les brins
complmentaires sont synthtiss dans la
donatrice et la rceptrice par l'ADN
polymrase III, respectivement de faon
continue et discontinue.

Les plasmides conjugatifs


Ce sont :
(1) les plasmides IncP (RP4, RK2, etc) des
bacilles et coques Gram-ngatif (Tra+,
Rep+), des bacilles et coques Gram-positif
bas GC% (Tra+, Rep-), et de Sacharomyces
cerevisiae (Tra+, Rep-).

Les transposons conjugatifs


Ce sont :
(1) le transposon Em-Tc DOT spectre
dhte troit ( Bacteroides fragilis ) confrant
la rsistance la ttracycline (tetQ). Le
transfert est induit par la ttracycline (X 104).
(2) le plasmide IncQ (RSF1010) des bacilles
et coques Gram-ngatif (Mob+, Rep-+) et
des bacilles Gram-positif bas GC% (Mob+,
Rep+).
(3) le plasmide Ti des plantes (Tra+, Int+)
(4) les plasmides rpondeurs aux sexphromones : ces plasmides (taille > 50 kb)
dcrits chez Enterococcus faecalis sont
conjugatifs transfrs en milieu liquide trs
haute frquence (10-2/3). Le mlange de
conjugaison (donatrice + rceptrice) entrane
la formation dagrgats cellulaires (clumps).
Ces agrgats sont le rsultat dinteractions
physiques dus deux substances prsentes
la surface des bactries. La synthse de
lune de ces substances, la substance
agrgative, est code par un dterminant
plasmidique et induite par une sexpheromone
spcifique.
De
nombreux
plasmides sex-pheromones dpendants ont
t dcrits, le plus connu dentre eux est le
plasmide pAD1 qui a 4 proprits distinctes :
une fonction de rplication ; une activit
cytolytique ; une rsistance aux UV ; un
systme conjugatif particulier ; des gnes de
rsistance aux antibiotiques.

58

(2) le transposon Tn916 large spectre


dhte retrouv chez les bacilles et coques
Gram positif, E. coli P. fluorescens. Ce
transposon
confre la rsistance la
ttracycline (tetM)
et son transfert est induit par la ttracycline,
in vitro et in vivo (X 102). Il existe de variants
contenant des marqueurs additionnels de
rsistance (ermB, aphA-3)

Consquences de la conjugaison
Les consquences de la conjugaison sont la
dissmination horizontale de l'information
gntique qui sapparente un processus
infectieux. Le transfert est trs efficace entre
bactries de la mme espce, mais peut
aussi survenir avec une efficacit moindre
entre bactries d'espces diffrentes, voire
de
genre
diffrents
permettant
la
dissmination de plasmides au sein de
diffrentes espces de la flore fcale, par
exemple.

Transduction
La transduction est un transfert d'ADN
bactrien entre bactries par l'intermdiaire

des virus, les bactriophages (ou phages)


dits "transducteurs". Ce transfert n'est en
gnral possible qu'entre bactries de la
mme espce. Cependant, c'est un
processus extrmement efficace du fait de
la protection du DNA dans les particules
virales et dun systme de dlivrance trs
performant par les phages. Ceux-ci sont trs
abondants dans lenvironnement : par
exemple en milieu aquatique, on trouve entre
103 et 108 phages / mL. Avec une exposition
108 phages / mL, jusqu un tiers de la
population bactrienne est sujette une
attaque virale en 24 h.

Il existe deux types principaux de


transduction :
(1) La transduction gnralise est assure
par des phages virulents, c'est dire par des
phages qui, pour survivre, se multiplient dans
les bactries, entranant ou non la mort
bactrienne.
(2) La transduction restreinte ou spcialise :
assure par des phages temprs, comme le
phage , c'est dire par des phages la fois
virulents dans certaines conditions (cycle
lytique) et capables de s'intgrer dans le
chromosome de la bactrie hte sous forme
de prophage dans d 'autres conditions.
Transduction gnralise
Au cours du cycle infectieux d'un phage
virulent, les particules virales se forme dans
les bactries en encapsidant l'ADN viral. Le
processus de transduction est li au fait que
59

cette encapsidation nest pas spcifique du


DNA viral mais peut concerner nimporte
quel fragment du gnome bactrien de taille
convenable. Ainsi, lors de la production des
phages, avec une faible frquence ( <1%),
des fragments d'ADN bactrien peuvent tre
encapsids par erreur dans des phages,
formant des particules transductrices qui
conservent les proprits "infectieuses" des
particules virales normale.
Les phages transducteurs sont des virus
ADN ( T4 et P1 chez E. coli P22 et
Salmonella
typhimurium)
qui
restent
capables de se fixer sur les bactries et
d'injecter leurs fragments dADN dans les
bactries rceptrices. L'ADN ainsi introduit
correspond n'importe quelle rgion
gnomique de la bactrie donatrice : c'est
une tranduction gnralise. La transduction
gnralise implique une expression stable
des marqueurs transfrs. L'ADN introduit
peut sintgrer dans une rgion homologue
du
chromosome
par
recombinaison
homologue, comme dans la transformation
naturelle. Si l'ADN inject ne subit pas de
recombinaison, les marqueurs transfrs
s'expriment transitoirement jusqu' ce que
l'ADN soit dilu aux cours des divisions
bactriennes successives : c'est la
transduction abortive.
Transduction spcialise ou restreinte.
Ce type de transduction consiste en un
transfert limit certains marqueurs, qui sont
toujours les mmes pour un phage donn.
Le meilleur exemple est le phage qui ne
transfre que les gnes ncessaires la
fragmentation du galactose (rgion gal) ou la
synthse de la biotine (rgion bio). Le phage
s'intgre toujours sous forme de prophage
entre les rgions gal et bio du chromosome
de E.coli. Lorsque le cycle lytique du phage
se dclenche, l'ADN libr est form d'ADN
viral et des rgions gal ou bio (selon que
l'excision se dcale d'un ct ou de l'autre).
La transduction assur par le phage est
donc restreinte aux marqueurs gal et bio.
Importance de la transduction
On connat mal limportance relle du
phnomne
de
transduction
dans
l'acquisition de nouvelles fonctions par les

bactries pathognes. Toutefois, un certain


nombre dilots de pathognicit des bactries
sont hbergs par des prophages intgrs
dans les chromosomes bactriens (V.
cholerae TCP et CTX, E. coli EPEC et
EHEC,
toxine
diphtrique,
toxines
rythrognes de S pyogenes).

Les systmes de capture de gnes


La limite de l'intgration aprs la
transformation, c'est la divergence entre les
squences qui empche la recombinaison.
Les bactries possdent dautres systmes
pour contourner cette difficult qui prvient le
transfert de matriel gntique. Ce sont les
systmes de capture de gnes.
Il peur sagir de :
(1) de transposons composites avec des
gnes flanqus d'un IS de chaque ct qui
peuvent ainsi devenir mobiles et s'intgrer en
utilisant la machinerie de l'IS (quelques
transposons
multi-rsistants
et
mtaboliques).intgrons
qui sont des
systmes de capture qui transforment un
fragment d'ADN en cassette par ajout d'une
structure de reconnaissance pour un
systme de recombinaison spcifique de site
(multi-rsistance,
virulence,
fonctions
adaptatives varies).

60

Evolution, dissmination et
origine de la rsistance
bactrienne aux antibiotiques
Evolution, dissmination et origine de
la
rsistance
bactrienne
aux
antibiotiques
On a initialement appel antibiotique toute
substance chimique produite par un microorganisme,
champignon
(Penicillium,
Cephalosporium) ou bactrie (Bacillus et
surtout Streptomyces), pouvant inhiber la
croissance (activit bactriostatique) ou
dtruire d'autres micro-organismes (activit
bactricide). Cette dfinition est maintenant
abandonne car de nombreuses molcules
obtenues par synthse ou par modification
chimique
d'une
molcule
naturelle
(hmisynthse) peuvent possder ces
proprits. Un antibiotique est donc
actuellement dfini comme une substance,
d'origine
biologique
ou
synthtique,
interagissant avec les bactries (agents
antibactriens) ou les champignons (agents
antifongiques) par lintermdiaire de cibles
qui sont spcifiques soit d'un antibiotique,
soit d'une famille d'antibiotique. L'interaction
de l'antibiotique avec sa cible a pour effet de
perturber la formation ou la structure des
enveloppes cellulaires (paroi, membrane
cytoplasmique) ou encore d'inhiber certains
processus mtaboliques (synthse des
acides nucliques, synthse des protines).
Le mode d'action des antibiotiques est donc
diffrent de celui des antiseptiques qui
agissent globalement sur les diffrentes
structures cellulaires par un effet physicochimique non spcifique. Les agents
antibactriens, antibiotiques qui seront seuls
envisags ici, peuvent tre classs selon
leur structure chimique ou leur mode d'action
sur les bactries. La liste des principaux
agents antibactriens utiliss en mdecine
humaine et leur cible molculaire spcifique
sont indiqus dans le tableau 1.

I. La rsistance
antibiotiques.

bactrienne

aux

La dcouverte des sulfamides, puis de


la pnicilline au lendemain de la seconde
guerre mondiale, avait suscit le grand
espoir des maladies infectieuses jamais
jugules. Malheureusement, l'introduction de
ces antibiotiques en mdecine humaine fut
rapidement suivie par l'apparition de
bactries
pathognes
rsistantes.
L'introduction
ultrieure
d'autres
antibiotiques
(streptomycine,
chloramphnicol,
ttracyclines
et
rythromycine, par ordre chronologique
d'utilisation) fut suivie d'une volution
comparable. En fait, si l'usage de plus en
plus rpandu des antibiotiques a permis la
diminution de la mortalit due aux maladies
infectieuses, il n'en a nullement modifi la
morbidit (frquence de survenue). Cet
usage, frquemment abusif, est galement
responsable de l'volution de la rsistance
bactrienne avec pour consquence une
augmentation
du
nombre
d'checs
thrapeutiques. Cette volution s'est traduite
par une extension progressive de la
rsistance la quasi-totalit des genres
bactriens pathognes pour l'homme ainsi
que par l'mergence de caractres de
rsistance nouveaux. La connaissance des
mcanismes biochimiques et du support
gntique de la rsistance permet, sur le
plan mdical, de guider les choix
thrapeutiques et la politique antibiotique.
Pour l'industrie pharmaceutique, l'lucidation
des mcanismes de rsistance aux
antibiotiques permet, dans certains cas, la
synthse de nouvelles molcules rfractaires
ce type de rsistance.
La sensibilit ou la rsistance d'une
bactrie aux antibiotiques est gnralement
value au laboratoire par la mthode de
l'antibiogramme. Cette technique permet
d'apprcier l'activit bactriostatique et de
dterminer la concentration minimale
inhibitrice d'un ou de plusieurs antibiotiques
vis--vis d'une bactrie. La rsistance
bactrienne aux antibiotiques a deux
dfinitions: 1- une souche est dite
"rsistante"
lorsqu'elle
supporte
une
concentration d'antibiotique notablement
plus leve que celle qui inhibe le

62
dveloppement de la majorit des autres
souches de la mme espce (Rapport
Technique n 210 de l'Organisation Mondiale
pour la Sant, 1961); 2- une souche est dite
"rsistante"
lorsque
la
concentration
d'antibiotique qu'elle est capable de
supporter est notablement plus leve que la
concentration que lon peut atteindre in vivo.
L'antibiogramme ralis avec plusieurs
antibiotiques permet de dterminer trs
rapidement le phnotype de rsistance de la
souche (Fig. 1). Seules des tudes
biochimiques et gntiques, non ralises en
pratique courante dans les laboratoires de
microbiologie
mdicale,
permettent
d'lucider les mcanismes de la rsistance
aux antibiotiques.
I.1. Rsistance naturelle.
Les rsistances bactriennes aux
antibiotiques peuvent tre naturelles ou
acquises. La rsistance naturelle est un
caractre prsent chez toutes les souches
appartenant la mme espce. Ce type de
rsistance est dtect ds les premires
tudes ralises afin de dterminer l'activit
d'un antibiotique et contribue dfinir son
spectre antibactrien. Elle peut tre due
linaccessibilit de la cible pour lantibiotique
qui est une consquence des diffrences
existant entre les structures paritales
bactriennes (Fig. 2), une faible affinit de
la cible pour lantibiotique, ou encore
labsence de la cible. On peut citer, titre
d'exemple, les rsistances naturelles des
entrobactries et de Pseudomonas aux
macrolides, des bactries Gram ngatif
la vancomycine, des bactries Gram positif
la colimycine et lacide nalixique, des
streptocoques aux aminosides, et des
mycoplasmes aux -lactamines.
I.2. Rsistance acquise.
La rsistance bactrienne acquise
napparat que chez quelques souches d'une
espce donne normalement sensible. Elle
est due l'emploi en thrapeutique des
antibiotiques et rsulte soit d'une mutation
affectant un gne rgulateur ou un gne de

structure, soit de l'acquisition d'un (ou de


plusieurs) gne(s) qui rende(nt) la bactrie
insensible l'antibiotique.
La rsistance conscutive une
mutation
est
la
consquence
d'un
changement des structures cellulaires
existantes qui rend la cellule impermable
un ou plusieurs antibiotiques ou encore rend
les cibles paritales (protines liant la
pnicilline, par exemple) ou intracellulaires
(ARN
polymrase,
ADN
gyrase,
ribosomes,...) indiffrentes la prsence du
ou des antibiotiques. Ce type de rsistance,
qui ne concerne qu'un faible pourcentage
(10 20%) des souches pathognes isoles
en clinique, est observ surtout aprs
l'emploi de certains antibiotiques comme la
streptomycine,
la
rifampicine,
l'acide
fusidique, la fosfomycine et les quinolones.
Les
mutations
chromosomiques
apparaissent spontanment avec des
frquences de l'ordre de 10-6 10-9 selon
les bactries et les caractres considrs.
L'antibiotique
n'est
pas
directement
mutagne, mais il slectionne les rares
mutants rsistants au sein de la population
bactrienne sensible. Ces mutations sont
stables (les frquences de rversion sont
quivalentes celle des mutations) et
hrditaires, mais non transmissibles en
dehors de la descendance. On a longtemps
pens qu'une mutation chromosomique ne
pouvait tre responsable de la rsistance
qu'
un
ou
plusieurs
antibiotiques
appartenant la mme famille. La probabilit
d'obtenir en une tape des bactries
rsistantes deux antibiotiques (double
mutant) est gale au produit des probabilits
d'apparition de chacune des mutations
considres indpendamment. Lutilisation
des associations dantibiotiques en bi- ou triantibiothrapie semblait pouvoir prvenir
l'mergence de mutants rsistants. En fait,
des germes multirsistants aux antibiotiques
(-lactamines,
chloramphnicol,
trimthoprime, ttracyclines) par mutation
chromosomique sont actuellement isols
assez frquemment en milieu hospitalier, en
particulier chez certaines entrobactries
comme Klebsiella, Enterobacter et Serratia.

63
Ces mutations affectent la structure de
protines
dnommes
porines
qui
permettent le passage transparital des
antibiotiques.
Elles
entranent
une
impermabilit de la cellule bactrienne
avec, pour consquence, une co-rsistance
aux
antibiotiques
prcits.
Chez
Pseudomonas
aeruginosa,
espce
naturellement peu permable, ce type de
rsistance joue un rle prpondrant.
L'mergence de tels mutants, d'emble
insensibles

plusieurs
familles
d'antibiotiques, peut poser de rels
problmes thrapeutiques. Il est galement
important de mentionner certaines mutations
chez Citrobacter, Enterobacter, Serratia, et
Pseudomonas dont la consquence est une
hyperproduction
de
cphalosporinase,
enzyme dont le gne est naturellement
prsent dans le chromosome de ces
diffrentes espces. La production accrue de
cette enzyme capable d'hydrolyser certaines
cphalosporines se traduit par une lvation
considrable du niveau de la rsistance
naturelle de ces bactries ces
antibiotiques. La slection, lors dun
traitement, de souches portant de telles
mutations est une cause frquente dchec
thrapeutique. Enfin, certaines mutations
dans des gnes rgulateurs de bactries
Gram ngatif entranent une activation de
pompes efflux capables dexpulser hors de
la bactrie des antibiotiques appartenant
des familles diffrentes (chloramphnicol,
quinolones, ttracyclines). Il en rsulte une
sensibilit moindre ces composs.
La
rsistance
bactrienne
par
acquisition d'information gntique exogne
(gne de rsistance) reprsente la majorit
des cas isols en clinique et sobserve aussi
bien chez les bactries Gram positif qu
Gram ngatif. Dans ce cas, le ou les gnes
nouvellement acquis codent pour des
protines capables:
de
diminuer
la
concentration
intracellulaire de l'antibiotique. Il sagit
dans ce cas de gnes dont le produit est
une protine membranaire qui refoule
activement l'antibiotique hors de la
bactrie en utilisant comme source

dnergie le gradient de protons


transmembranaire
ou
lATP
cytoplasmique. Chez les bactries
Gram ngatif, lactivit des systmes
defflux est couple celle de porines qui
permettent aux molcules de traverser la
membrane externe et de ne pas
saccumuler dans lespace priplasmique.
dinactiver (dtoxifier) l'antibiotique.
Cette inactivation se traduit par la perte
d'affinit de l'antibiotique pour sa cible. Il
s'agit du mcanisme de rsistance le plus
rpandu dans la nature. L'inactivation
peut tre extra- ou intra-cellulaire. Ainsi,
les -lactamines, dont la cible est
extracellulaire, sont inactives par des
enzyme
dnommes
-lactamases
excrtes dans lespace priplasmique
(bactries Gram ngatif) ou dans le
milieu de culture (bactries Gram
positif). Le chloramphnicol et les
aminosides, par contre, sont inactivs
dans le cytoplasme de la bactrie par des
enzymes qui demeurent intracellulaires.
de modifier la cible de l'antibiotique. Il en
est ainsi de la rsistance aux macrolides
o l'ARN ribosomal 23S, cible de ces
molcules perd son affinit pour
l'antibiotique aprs modification par une
mthylase.
de substituer une cible insensible celle,
sensible, normalement prsente dans la
bactrie (i.e., mise en place d'une
drivation mtabolique). La particularit
de ce dernier mode de rsistance est la
prsence, dans la mme bactrie, de
deux enzymes catalysant la mme
raction (isoenzymes ou alloenzymes),
l'une sensible et l'autre rsistante
l'antibiotique. La cellule bactrienne
devient donc diplode (possdant deux
informations gntiques) pour le mme
caractre. Pour que la rsistance soit
observe, il est indispensable que le
gne codant pour une enzyme sensible
soit rcessif par rapport celui codant
pour une enzyme rsistante l'effet
inhibiteur de l'antibiotique. C'est le cas,
notamment, des gnes de rsistance aux
sulfamides et au trimthoprime qui sont

64
respectivement des inhibiteurs des
dihydroptroates synthtases et des
dihydrofolates rductases bactriennes,
enzymes impliques dans la biosynthse
d'un acide nuclique, la thymine.
Lopron van, responsable de la
rsistance la vancomycine chez les
entrocoques, code pour une lgante
alternative qui consiste, en plus de la
synthse dune nouvelle cible insensible
lantibiotique, supprimer la synthse
de la cible sauvage [6].
La rsistance par acquisition de gnes
concerne la quasi-totalit des antibiotiques et
les rares molcules pour lesquelles aucune
rsistance par acquisition d'information
gntique n'a t dtecte sont lacide
fusidique, les furanes et les polypeptides
(bacitracine, colistine, polymixine B).

II. Dissmination des gnes


rsistance aux antibiotiques.

de

La dissmination de gnes de rsistance


des genres bactriens auparavant sensibles
est un des principaux facteurs de l'volution
proccupante de la rsistance aux
antibiotiques. Les gnes de rsistance,
comme nimporte quel gne bactrien,
peuvent tre transfrs de bactrie
bactrie par transduction, transformation ou
conjugaison. La transduction est un
mcanisme de transfert de gnes dont le
vecteur est un virus bactrien appel
bactriophage. Du fait de la spcificit
d'infection des phages, ce mcanisme
permet le transfert d'information gntique
entre bactries appartenant essentiellement
au mme genre. La transduction participe
efficacement au transfert de gnes entre
bactries phylogntiquement proches mais
non
entre
bactries
distantes.
La
transformation
permet
lacquisition
et
l'incorporation d'ADN exogne nu par une
bactrie en phase de comptence. Ce mode
de transfert de gnes, assez peu rpandu
dans le monde bactrien, a t dcrit chez
certaines bactries Gram ngatif
appartenant aux genres Acinetobacter,
Campylobacter, Haemophilus, et Neisseria

et chez certaines bactries Gram positif


appartenant aux genres Bacillus et
Streptococcus. A l'exception remarquable de
Neisseria et Haemophilus, o lADN ne
pntre dans la bactrie que sil possde de
courts motifs nuclotidiques spcifiques de
genre, la transformation permet un brassage
d'information gntique entre des bactries
trs distantes sur le plan phylogntique.
Chez certaines espces bactriennes, la
transformation permet la cration de gne
cible chimre rsistant aux antibiotiques
(Voir "Transformation et rsistance aux
antibiotiques chez le pneumocoque ). La
conjugaison est un processus au cours
duquel de l'ADN est transfr d'une bactrie
donatrice une bactrie rceptrice par un
mcanisme complexe ncessitant un troit
contact cellulaire. Ce mode de transfert a t
dcrit chez la quasi-totalit des espces
bactriennes. Il contribue pour une grande
part la circulation horizontale d'information
gntique chez les procaryotes et joue
certainement un rle majeur dans l'volution
des
espces
bactriennes.
Certains
systmes conjugatifs ont un spectre d'hte
trs
tendu
puisque
des
transferts
conjugatifs entre bactries Gram ngatif et
Gram positif et des procaryotes aux
eucaryotes ont t dcrits. Il sagit toutefois
de transferts effectus dans les conditions
du laboratoire avec des vecteurs spcialiss.
Il est vraisemblable que, dans les conditions
naturelles, ce type de transfert soit
excessivement rare, voire inexistant, et
beaucoup plus limit dans leur tendue. Les
gnes ncessaires aux transferts conjugatifs
sont gnralement ports par des plasmides
dits conjugatifs ou, plus rarement, par des
lments
transposables
dnomms
transposons conjugatifs.
Quel que soit le processus impliqu
(transduction, transformation, conjugaison),
le transfert dun gne de rsistance entre
deux germes pathognes sera dautant plus
efficace que la distance gntique entre les
bactries impliques est faible. Les bactries
possdent
cependant
des
structures
gntiques particulires, les plasmides et les
transposons, qui favorisent les transferts de

65
gnes de rsistance entre bactries (Voir
cours lments gntiques mobiles). Les
gnes de rsistance aux antibiotiques sont
frquemment situs sur des plasmides ce
qui rend compte de la facilit avec laquelle
les rsistances acquises, par opposition aux
mutations chromosomiques, peuvent tre
dissmines dans le rgne bactrien et
poser
de
trs
difficiles
problmes
thrapeutiques. Les bactries peuvent
hberger plusieurs plasmides de rsistance
et il nest pas rare quun mme plasmide
vhicule plusieurs gnes de rsistance.
Dans un tel cas, ils peuvent dterminer chez
un mme hte la rsistance jusqu' parfois
cinq ou six familles d'antibiotiques.
Lacquisition par une bactrie sensible dun
plasmide hbergeant plusieurs gnes de
rsistance
lui
permet
de
devenir
multirsistante en une seule tape. Cet
vnement est gnralement obtenu avec
des frquences trs suprieures celles qui
permettent dobtenir une rsistance un seul
antibiotique par mutation. Les plasmides de
rsistance ont t trouvs dans toutes les
espces o ils ont t recherchs
l'exception de Streptococcus pneumoniae,
espce
bactrienne
pour
laquelle
l'mergence de souches multirsistantes est
due l'acquisition de transposons qui se
sont intgrs dans le chromosome.
De
nombreuses
tudes
pidmiologiques ont montr que les
plasmides de rsistance des bactries
Gram ngatif et Gram positif taient
susceptibles dvoluer in vivo par acquisition
ou pertes successives de dterminants de la
rsistance. Cette volution, qui rend
partiellement compte de l'mergence de
souches
multirsistantes,
est
une
consquence du caractre transposable de
nombreux gnes de rsistance (voir cours
les lments gntiques mobiles). Tout gne
peut tre situ sur un transposon pourvu que
s'exercent des pressions de slection
suffisantes et, de fait, de trs nombreux
gnes de rsistance sont situs sur des
lments
transposables.
Certains
transposons possdent la particularit de
pouvoir faire voluer rapidement le rpertoire

de gnes de rsistance quils contiennent


(Voir cours "lments gntiques mobiles").
Dans un environnement donn, les
vnements de transposition aboutissent
rapidement la construction modulaire in
vivo de l'espce plasmidique la mieux
adapte la vie de la bactrie. Les
transposons sont galement susceptibles de
participer activement la dissmination de
gnes entre des bactries phylogniquement
loignes, en permettant l'implantation dun
caractre l o celle d'un plasmide choue
(Fig. 3). Dans ce cas, aprs transfert,
llment transposable va quitter le plasmide,
incapable de se rpliquer dans ce nouvel
hte, pour sintgrer dans son chromosome.
Il pourra ds lors coloniser des plasmides
dont les machineries de rplication sont
adaptes cette espce bactrienne, puis
dissminer dautres bactries sensibles
appartenant la mme espce ou au mme
genre bactrien. Un tel scnario est vraisemblablement l'origine de l'mergence de
souches multirsistantes de Haemophilus
influenzae qui, jusqu'en 1972, tait sensible
tous les antibiotiques. L'analyse du support
gntique de ces caractres a montr que la
rsistance tait due la prsence, sur des
plasmides
endognes
au
genre
Haemophilus, de transposons homologues
ceux des entrobactries. Chez les bactries
Gram positif, la dissmination de la
rsistance transposable la gentamicine des
staphylocoques aux entrocoques, observe
dans les annes 1980, sest effectue selon
un mode similaire et lon assiste maintenant
lmergence de cette rsistance chez les
streptocoques. Ce dernier exemple fait
redouter des transferts effectus en sens
inverse qui permettraient la dissmination de
la rsistance transposable la vancomycine
des entrocoques dautres pathognes
Gram positif comme le pneumocoque, les
staphylocoques ou Listeria. Ces donnes
illustrent bien le fait que les dterminants de
rsistance circulent aisment entre les
pathognes Gram ngatif, dune part, et
Gram positif, dautre part. Les limites dans
lesquelles des bactries phylogniquement
distantes peuvent changer de linformation

66
gntique dans les conditions naturelles ont
t repousses par la dmonstration de
transferts horizontaux de gnes de
rsistance des bactries Gram positif vers
celles Gram ngatif, cest dire entre deux
branches volutives qui se sont spares il y
a environ un million dannes.

III.Evolution et origine des gnes de


rsistance aux antibiotiques.
Des gnes confrant des phnotypes de
rsistance nouveaux sont rgulirement mis
en vidence. Cette volution est souvent la
consquence de l'utilisation d'un nouvel
antibiotique,
ou
du
nouvel
usage
thrapeutique d'un ancien antibiotique. Dans
de rares cas, l'mergence de nouveaux
types de rsistance est la consquence de
mutation(s) ponctuelle(s) qui modifient un
gne de rsistance dj connu. Ainsi, les
gnes de structure de certaines lactamases susceptibles d'hydrolyser les
cphalosporines drivent par mutations d'un
gne codant pour une enzyme dont la
spcificit tait restreinte aux pnicillines.
Ces mutations ont entran un largissement
du spectre de l'enzyme qui possde
maintenant une double activit, pnicillinase
et cphalosporinase.
Dans la majorit des cas, cependant,
lapparition dun phnotype de rsistance
nouveau peut tre associe un gne
nouveau ce qui pose le problme de son
origine.
De
nombreuses
tudes
pidmiologiques ont montr que les gnes
de rsistance apparaissaient peu de temps
aprs lutilisation des molcules auxquelles
ils confrent la rsistance. La rapidit avec
laquelle ces gnes apparaissent indique
quils prexistent dans les populations
bactriennes. Un mdecin militaire anglais,
E. G. Murray, avait collect entre les deux
guerres mondiales, cest--dire avant lre
antibiotique des souches bactriennes
pathognes de par le monde. Lanalyse de
cette collection bactrienne, compose
essentiellement de bactries Gram ngatif,
a montr que ces souches ne possdaient
aucun gne de rsistance aux antibiotiques

bien quelles hbergeaient des plasmides


similaires ceux isols actuellement dans
les mmes espces. Lmergence des
gnes de rsistance chez les bactries
pathognes est donc un phnomne rcent
qui traduit ladaptation des bactries un
changement denvironnement provoqu par
lutilisation des antibiotiques. La majorit des
antibiotiques est produit par des bactries du
sol appartenant au genre Streptomyces qui,
pour rsoudre le problme de l'autotoxicit,
utilisent des mcanismes de rsistance
similaires ceux rencontrs chez les
bactries pathognes pour l'homme: efflux
actif ou inactivation de l'antibiotique,
altration de la cible. Ces gnes sont
indispensables la survie de ces bactries
productrices et leur prsence est donc trs
antrieure lutilisation thrapeutique des
antibiotiques. Cette observation a conduit
diffrents auteurs a suggrer que les gnes
de rsistance prsents chez les bactries
pathognes pouvaient tre issus des
microorganismes
producteurs
dantibiotiques.
La
comparaison
de
squences nuclotidiques des gnes codant
pour des mcanismes de rsistance
similaires
chez
les
microorganismes
producteurs dantibiotiques et chez les
bactries pathognes a montr que cette
hypothse tait vraisemblable. Cependant,
dans tous les cas tudis, lanalyse des
squences montrait une forte divergence
partir du gne ancestral commun ce qui
implique, dans lhypothse adopte, un
transfert de gne trs ancien des bactries
productrices aux bactries pathognes. Une
autre hypothse, non-exclusive, est que les
gnes de rsistance driveraient de certains
gnes mtaboliques aprs duplication du
gne ancestral. Dans ce cas, une copie du
gne conserverait la fonction initiale alors
que lautre voluerait en gne de rsistance.
Il a ainsi t suggr que certaines
bta-lactamases
drivaient
de
la
D-alanyl-D-alanine
carboxypeptidase,
enzyme implique dans la biosynthse du
peptidoglycane.
Lintrt de cette hypothse vient du fait que
les bta-lactamines sont des antibiotiques

67
synthtises par diffrentes espces de
Penicillium, organismes eucaryotes qui, ne
possdant pas la cible de lantibiotique quils
produisent, nont donc pas dvelopp de
mcanismes de rsistance pour leur survie.
Dans ce cas encore, lanalyse de la
squence des gnes incrimins indique une
forte divergence volutive incompatible avec
une gense rcente des bta-lactamases. La
possibilit pour certains microorganismes
(bactries, champignons) de produire des
substances toxiques auxquelles ils sont
insensibles leur confre un avantage slectif
considrable. L'acquisition, par les bactries
sensibles avoisinantes, de mcanismes leur
permettant de rsister ces substances a
permis cet cosystme d'atteindre un tat
d'quilibre. Cette longue adaptation a pu se
faire par lacquisition de gnes prexistants
(transfert
de
gnes

partir
des
microorganismes producteurs) ou par le
dveloppement
de
mcanismes
de
rsistance originaux par duplication de
gnes. Les bactries du sol non-productrices
dantibiotiques ont pu ainsi constituer un
rservoir
de
gnes
de
rsistance
plasmidiques ou transposables qui, partir
des annes 1950, ont commenc leur
dissmination aux bactries pathognes
encore sensibles. La dtermination de
lorigine des gnes de rsistance, qui est
vraisemblablement multiple, fait toujours
lobjet dintenses spculations et de
nombreux travaux.

IV.

Conclusions

Aucune
nouvelle
famille
dantibiotiques na t mise sur le march
depuis 20 ans alors que de nouveaux
mcanismes
de
rsistance,
souvent
sophistiqus, sont rgulirement dcrits
dans la littrature. Cette volution traduit
bien le fait que, dans ce domaine,
limagination nest pas du ct de Homo
sapiens. Lavenir dune antibiothrapie
toujours efficace repose en partie sur la
capacit de lindustrie pharmaceutique
dvelopper de nouvelles molcules plus
rsistantes mais surtout, peut-tre,

caractriser
de
nouvelles
cibles
bactriennes. Les connaissances issues des
programmes de squenage systmatique
des gnomes bactriens seront sans doute
dcisives pour cette dernire approche. Il est
galement urgent que nos habitudes
concernant lutilisation des antibiotiques
voluent. Ainsi, avec un choix plus judicieux
des molcules utilises en agronomie et en
mdecine vtrinaire, on devrait viter la
slection de germes rsistants des
antibiotiques utiliss en mdecine humaine.
Dans le domaine de la sant publique, il est
important de continuer dvelopper les
activits dhygine hospitalire pour que ces
sites, qui hbergent sans aucun doute la
plus grande varit de germes pathognes
et de gnes de rsistance, ne contribuent
pas leur dissmination.

V.

Rfrences bibliographiques

J.
Duval,
Classification
et
mcanismes
d'action
des
agents
antibactriens , in L. LeMinor et M. Vron
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antibactrienne des antibiotiques in vitro , in
L. LeMinor et M. Vron (ds), Bactriologie
Mdicale, Flammarion, 1989.
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LeMinor et M. Vron (ds), Bactriologie
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Mdecine
Thrapeutique, hors srie n1, 1997.
H. Leclerc, J.-L. Gaillard et M.
Simonet, Microbiologie gnrale: la
bactrie et le monde bactrien , Doin
Editeurs, 1995.
"Dossier antibiotiques" La recherche,
314, 1998.

Tableau 1. Rsistance aux antibiotiques chez les bactries pathognes par


acquisition de gnes.
Mcanismes

Antibiotiques

Efflux de lantibiotique
Inactivation de lantibiotique

Ttracyclines, macrolides, quinolones (un cas)


-lactamines,
aminosides,
chloramphnicol,
fosfomycine, MLS, nitro-imidazoles
MLS
Sulfamides, trimthoprime, glycopeptides

Modification de la cible
Substitution de la cible

Figure 1
Fig. 1. Etude in vitro de la sensibilit aux antibiotiques de deux souches de Klebsiella
pneumoniaepar la technique de lantibiogramme en milieu glos. La mthode consiste
dposer la surface de la glose nutritive ensemence en bactries des disques de papier
buvard contenant une quantit dfinie des antibiotiques tudier. Les molcules diffusent
radialement dans la glose pour constituer un gradient de concentration qui permet de
dterminer leffet bactriostatique de chaque antibiotique. La sensibilit dune souche se traduit
par une forte inhibition de sa croissance autour dun disque (prsence dun halo de grand
diamtre). A linverse, lorsquune souche est rsistante, elle se dveloppe au contact ou
proximit du disque (absence ou prsence dun faible halo). L'antibiogramme (A) est celui d'une
souche ayant un phnotype sauvage, cette espce est naturellement rsistante l'amoxicilline
(AMX), la ticarcilline (TIC) par production d'une pnicillinase naturelle chromosomique
dnomme SHV-1. Cette enzyme est ihnibe par l'acide clavulanique, un inhibiteur de
pnicillinase, qui est prsent dans les disques d'augmentin (association d'amoxicilline+ acide
clavulanique) (AMC) et de claventin (association ticarcilline + acide clavulanique) (TCC),
entranant la restauration de la sensibilit de la souche ces deux antibiotiques.
L'antibiogramme (B) est celui d'une souche ayant acquis des rsistances, elle est rsistante e
nombreux antibiotiques de la famille des bta-lactamines, pnicilline A (AMX), carboxypnicilline (TIC), urido-pnicilline (PIP), cphalosporines de premire gnration (CF), et
cphalosporines de troisime gnration (CTX, CAZ). Cette rsistance acquise est lie
l'acquisition d'un gne plasmidique codant pour une -lctamase spectre tendu. Cette souche
a galement acquis des gnes de rsistance aux aminosides (AN, TM, NET).
Fig. 1

AMX

TIC

PIP

CF

AMX

TIC

PIP

CF

AMC

TCC

CTX

FOX AMC

TCC

CTX

FOX

CAZ

ATM

IMP

MOX

CAZ

ATM

IMP

MOX

GM

TM

NET

AN

GM

TM

NET

AN

Figure 2
Fig. 2. Reprsentation schmatique des principales structures paritales bactriennes. Le
constituant commun est la membrane cytoplasmique (MC) et le peptidoglycane (PG), structure
poreuse rigide qui dtermine la forme des bactries. Les bactries Gram ngatif et les
mycobactries possdent une structure externe supplmentaire trs filtrante, la membrane
externe (ME) qui est spar du peptidoglycane par l'espace priplasmique (EP). Les
composants essentiels de la ME des Gram ngatifs sont les lipopolysaccharides (LPS) et les
phospholipides (PL), ceux des mycobactries sont les acides mycoliques et l'arabinogalactane
(AG). Des protines spcialises de la membrane externe sassocient en trimres pour former
des porines (P) qui permettent de nombreuses molcules, dont les antibiotiques, de franchir
cette barrire. La rsistance naturelle des Gram ngatifs et des mycobactries aux
glycopeptides et aux macrolides est due l'incapacit de ces molcules de franchir la
membrane externe. Les mycoplasmes sont des bactries pathognes phylogniquement
apparents aux Gram positifs qui sont dpourvus de peptidoglycane.
Antibiotique

Gram ngatif

Mycobactries

Antibiotique

Antibiotique
Antibiotique

Acides
mycoliques
ME

Gram positif

P P

LPS
P

PL

AG
EP
PG

EP
PG
MC

PG

{
Cytoplasme

Cytoplasme

Fig. 2

Cytoplasme

Figure 3
Fig. 3. Mobilit intra- et intercellulaire d'un transposon de rsistance aux antibiotiques.
L'lment transposable prsent dans la bactrie donatrice A peut transposer en un autre point
du chromosome (chr), sur le plasmide non-conjugatif P1, ou sur le plasmide conjugatif P2. Son
insertion sur le plasmide P2 lui permet d'tre transfr passivement par conjugaison une
bactrie rceptrice B. Si le plasmide P2 ne peut se rpliquer dans la bactrie B, la survie du
transposon dpendra de sa capacit s'intgrer dans le chromosome de l'hte, cible la plus
probable en raison de sa taille. Il pourra ds lors coloniser des plasmides plus adapts au
genre bactrien B pour poursuivre sa dissmination.

Bactrie donatrice A

Bactrie rceptrice B
Tn

Tn

Chr

Tn

Chr

Tn
Tn

Tn

Tn
P2
P3

P1

P2

Fig. 3

72

La rsistance bactrienne aux


antibiotiques

Dterminisme
gntique
de
la
rsistance acquise aux antibiotiques
Les mutations chromosomiques

Dfinitions
Les antibiotiques sont des substances qui
inhibent la croissance bactrienne. L'action
d'un antibiotique sur une bactrie est
caractrise par 2 paramtres: (1) la
concentration minimale inhibitrice (CMI) est
la plus faible concentration d'antibiotique
inhibant la croissance des bactries 37C
en 18-24 h ; (2) la concentration minimale
bactricide(CMB)
est
la
plus
faible
concentration d'antibiotique dtruisant 99,9%
de la population bactrienne aprs 18-24 h
dincubation. Un antibiotique est dit
bactricide quand le rapport CMB/CMI est
gal 1 ou 2, bactriostatique quand le
rapport CMB/CMI est suprieur ou gal 4.
Une souche bactrienne est dite rsistante
un antibiotique quand elle est capable de se
dvelopper en prsence d'une concentration
leve d'antibiotique. La rsistance prend
en compte
la pharmacocintique de
l'antibiotique chez les patients. Une souche
est dite rsistante un antibiotique si sa
CMI est suprieure la concentration
sanguine maximale d'anti-biotique (non
toxique) obtenue lors du traitement
On distingue :
(1) la rsistance naturelle ou "inne" des
espces bactriennes dont les souches
sauvages
rsistent
naturellement

certains antibiotiques ; par exemple, les


streptocoques
sont
rsistants
aux
aminosides, les bactries Gram ngatif aux
glycopeptides, les bactries Gram positif
aux polymyxines.
(2) la rsistance acquise est une proprit
nouvelle qui apparat chez les espces
bactriennes jusqu'alors sensibles aux
antibiotiques,
cette
rsistance
correspondant une adaptation des
bactries aux antibiotiques.

Des mutations chromosomiques peuvent


modifier les cibles des antibiotiques comme
les transpeptidases (PBPs), lADN gyrase,
les
protines
ribosomales,
lARN
polymrase, ou encore les porines. Ces
mutations peuvent entraner une modification
de certaines structures cellulaires, par
exemple de la paroi pour les PBPs, ou de
certaines fonction, comme la permabilit de
la membrane externe. Ces mutations sont
des vnements rares survenant un taux
de 10-6 10-9 . Ce type de rsistance est
stable, transmis la prognie mais non
transmissible horizontalement dautres
bactries. Le plus souvent, une mutation
entrane la rsistance pour un antibiotique
ou des antibiotiques appartenant la mme
famille . Cependant,
une mutation peut
galement entraner la rsistance plusieurs
antibiotiques
par
impermabilit.
L'antibiotique
n'est
pas
directement
mutagne mais il slectionne les rares
mutants rsistants spontans au sein d'une
population bactrienne sensible.
L acquisition de gnes de rsistance
Cette rsistance est due lacquisition
d'information gntique exognes ports par
des plasmides ou des transposons. Elle
concerne la quasi-totalit des antibiotiques et
correspond la majorit des cas isols en
clinique. Cette rsistance entrane la
synthse par les bactries rceptrices de ce
matriel gntique de protines nouvelles
qui vont soit : modifier le systme de
transport de l'antibiotique (efflux), inactiver
l'antibiotique (enzymes), modifier la cible
de l'antibiotique (PBPs), ou encore
substituer une cible insensible une cible
sensible (PBPs).

Mcanismes biochimiques de la
rsistance acquise aux antibiotiques
Les principaux mcanismes de rsistance
aux
antibiotiques
sont
donc :
limpermabilit,
linactivation
de
72

73
l'antibiotique, laltration de la cible cellulaire
de l'antibiotique, le reflux actif (efflux) de
l'antibiotique.

bactries Gram positif , ces enzymes sont


scrts et librer dans le
milieu
extracellulaire.
(3) la rsistance par modification de la cible
(mutation et transformation) est lie une
modification des PBPs, surtout chez les
bactries Gram positif (Streptoccoccus
pneumoniae), voir lacquisition dune
nouvelle
PBP
par
un
transposon
(Staphylococcus aureus).

Rsistance aux aminosides


Les aminosides agissent sur certaines
protines ribosomales et inhibent la synthse
protique.

Rsistance aux -lactamines


Les -lactamines inhibent lactivit des
transpeptidases ou PBPs (Penicillin binding
Proteins, protines liant la pnicillines),
enzymes de synthse du peptidoglycane
situes la face externe de la membrane
cytoplasmique. Les -lactamines se fixent
dans le site actif de ces enzymes. L'inhibition
de la synthse du peptidoglycane entrane
un arrt de la multiplication bactrienne.
Il existe de nombreux mcanismes de
rsistance aux -lactamines :
(1) La rsistance par impermabilit de
lenveloppe des bactries est uniquement
dcrite chez les bactries Gram ngatif,
avec une membrane externe et des porines,
trimres insrs dans cette enveloppe trs
hydrophobe et laissant passer des petites
molcules hydrophiles (<6000 Da). Il peut
sagir dune diminution quantitative d'un ou
plusieurs types de porines ou dune
modification de la structure d'une des
porines essentielles.
(2) La rsistance par inactivation de
l'antibiotique peut tre due la synthse
d'une
enzyme
(-lactamase)
capable
d'inactiver la -lactamine par ouverture du
cycle -lactame. Chez les bactries Gram
ngatif, les -lactamases sont localises
dans lespace priplasmique. Chez les
73

Les mcanismes de la rsistance aux


aminosides sont nombreux . Il peut sagir :
(1) dune modification de la cible ribosomale
des aminosides par mutation ponctuelle
dune protine entranant une diminution de
l'affinit du ribosome pour l'antibiotique.
(2) dune altration du transport des
aminosides, soit quils ne puissent pas
pntrer dans lespace priplasmique des
bactries Gram ngatif par impermabilit
(mutants des porines de la membrane
externe), soit que les antibiotiques soient
incapables de traverser la membrane
cytoplasmique (mutants de transport actif).
(3)
souvent
dune
inactivation
des
aminosides par production denzymes par
acquisition de gnes de rsistance codant
ces enzymes. Il existe 3 classes denzymes
modifiant les aminosides : les aminosidesphosphotransfrases
(APH)
qui
phosphorylent un groupement OH ; les
aminosides-nuclotidyltransfrases
(ANT)
qui adnylent un groupement OH ; et les

74
aminosides-actyltransfrases (AAC) qui
actylent un groupement NH2. Ces enzymes
largement rpandues chez les bactries
Gram positif et ngatif sont trs nombreuses
et peuvent coexister dans une mme
bactrie.

Rsistance aux macrolides-lincosaminessynergistines ( MLS)


Les macrolides agissent sur des protines
ribosomiques en inhibant la synthse
protique par interaction avec la sous-unit
ribosomale 50S. Les macrolides sont
bactriostatiques pour la plupart de
antibiotiques et bactricides pour quelques
espces Gram positif.

La rsistance acquise provient dune


modification de la cible ribosomale par une
ARN mthylase qui mthyle l'ARN 23 S de la
sous-unit
ribosomale
50
S,
dune
inactivation enzymatique des antibiotiques
par synthse d'une rythromycine-estrase,
ou encore dune impermabilit de
lenveloppe bactrienne.

74

Rsistance aux quinolones


Les quinolones inhibent la rplication du
chromosome bactrien avec comme cibles
les topoisomrases de type 2 (DNA gyrases
A et B ) et de type IV.

La rsistance acquise aux quinolones rsulte


le
plus
souvent

de
mutations
chromosomiques des gnes gyrA et gyrB et
de modifications de la topoisomrase IV. La
rsistance est plus rarement due une
impermabilit (rsistance croise avec
d'autres antibiotiques) ou un mcanisme
defflux.

75
Rsistance aux ttracyclines
Les ttracyclines sont bactriostatiques et
agissent sur des protines ribosomiques en
inhibant la synthse protique par interaction
avec la sous-unit 30S des ribosomes. La
rsistance acquise est lie lexcrtion
active de l'antibiotique par des protines de
membrane Tet cods par les gnes tetA
tetG pour les bactries Gram positif et tetL
and tetK pour les bactries Gram ngatif.

Les mcanismes de rsistance peuvent


aussi tre lis la protection des ribosomes
par des protines cytoplasmiques codes
par les gnes tetM tetT (essentiellement
chez les bactries Gram positif), ou encore
rarement limpermabilit (rsistance et
croise
avec
d'autres
antibiotiques)
uniquement chez les Gram ngatif.

Rsistance aux phnicols.


Les
antiobiotiques
apparents
au
chloramphnicol sont bactriostatiques et
agissent sur la sous-unit ribosomale 50S en
inhibant la synthse protique.

La rsistance peut tre principalement due


une inactivation enzymatique par une
chloramphnicol-actyltransfrace
(CAT).
Les drivs actyls du chloramphnicol ne
peuvent plus se lier au ribosome. Cette
75

rsistance habituellement code par un


plasmide est inductible chez les bactries
Gram positif et constitutive chez les bactries
Gram ngatif. Plus rarement, il sagit dune
impermabilit (rsistance croise avec
d'autres antibiotiques) .

Rsistance aux sulfamides et au trimthoprine


Les sulfamides inhibent les enzymes
impliqus dans la production dacide
ttrahydrofolique (THFA) qui est un cofacteur
essentiel
la synthse des acides
nucliques et de fMet. Ce sont des analogies
structuraux de l acide para-aminobenzoique
qui est le substrat du 1er enzyme de cette
voie de synthse la dihydropeptraote
synthtase (DHPS). Le trimthroprime (TMP)
a une structure similaire la dihydrofolate
rductase (DHFR) et inhibe cette enzyme qui
est la dernire tape de cette voie de
synthse.

La rsistance aux sulfamides est dorigine


chromosomique, due une diminution de
permabilit, une hyper-production d'acide
para-aminobenzoque, une hyper-production
de la DHPS, ou encore une DHPS mute
rsistante. Il existe aussi une rsistance
plasmidique pour lacquisition dune nouvelle
DHPS ou diminution de permabillit.
La rsistance au trimthroprime
est
chromosomique
par
diminution
de
permabilit, hyperproduction de DHFR,
auxotrophie pour la thymine, ou production
dune DHPR mute rsistante. La rsistance
plasmidique
permet lacquisition dune
nouvelle DHFR.

76
Rsistance la rifampicine

La rifampicine agit en bloquant les RNA


polymrases. La rsistance acquise est due
des mutations dans la sous-unit de la
RNA polymrase. Ces mutations surviennent
haute frquence (10-5-10-6).
Rsistance aux glycopeptides
Les
glycopeptides
(vancomycine,
techoplanine) se lient un prcurseur du
peptidoglycane, bloquant ainsi la synthse
du peptidoglycane. En se fixant la portion
Dala-Dala de l UDP-muramyl pentapeptide
aprs son transfert travers la membrane
cytoplasmique, ils inhibent la fois la
transpeptidation et la transglycosylation du
peptidoglycane.

76

Les glycopeptides sont actifs sur les


bactries Gram positif mais pas sur les
bactries Gram ngatif car ils ne peuvent
franchir lenveloppe externe.
La rsistance la vancomycine a t dcrite
en 1988 chez les entrocoques. Deux
phnotypes de rsistance sont observs :
(1) le phnotype dit vanA confre une
rsistance inductible de haut niveau la
vancomycine et la teicoplanine ; cette
rsistance est code par le gne vanA port
par le transposon Tn1546
(2) le phnotype dit vanB confre une
rsistance inductible des niveaux varis
pour la vancomycine mais natteint pas la
teicoplanine ; cette rsistance est code par
le gne vanB port par de grands lments
conjugatifs (>100 kb)Cette rsistance est
maintenant largement rpandue chez les
entroroques et constitue un problme
majeur pour ces bactries nosocomiales. De
plus, les lments transposables pourraient
potentiellement
tre
transfrable,
par
exemple des staphylocoques,

77

Les souches de S aureus restent


habituellement sensibles la vancomycine.
On a rcemment dcrit des souches de S.
aureus de sensibilit diminue la
vancomycine (CMI : 8 mg /L ) sans relle
rsistance in vivo cet antibiotique. Ces
souches de rsistance intermdiaire contre
les antibiotiques glycopeptidiques (GISA,
Glycopeptide-R S. aureus) restent rares en
France (<1% des souches). Cependant, une
souche de haut ni-veau de rsistance la
vancomycine (>30 mg/L) vient dtre
signale en juin 2002 aux USA. De telles
souches de S.aureus risquent dtre
totalement inaccessibles lantibiothrapie
Prophylaxie de la rsistance
Prvenir
lmergence
de
bactries
rsistantes aux antibiotiques est bas sur
quelques principes simples : (1) utiliser une
antibiothrapie cible sur la bactrie
responsable de linfection ; (2) prescrire des
associations de 2 antibiotiques pour prvenir
la rsistance par mutations (rifampicine,
quinolones, aminosides...) ; (3)multiplier les
mesures prophylactiques pour viter la
propagation.

77

Quelques sujets de rflexion


Existe-il des bactries responsables d'infections
humaines rsistantes tous les antibiotiques?
Quels sont les facteurs favorisants l'mergence de la
rsistance aux antibiotiques?
Quels sont les problmes pratiques poss par
l'mergence dans un service hospitalier de bactries
multirsistantes aux antibiotiques?
1-Existe-il des bactries responsables d'infections
humaines rsistantes tous les antibiotiques?
Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis,
Enterococcus faecium, Streptococcus pneumoniae,
Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter
Certaines Entrobactries
2-Quels sont les facteurs favorisants l'mergence de
la rsistance aux antibiotiques?
Antibiothrapie mal adapte ; Antibiothrapie large
spectre ;Antibiothrapie utilise dans l'industrie agroalimentaire.
3- Quels sont les problmes pratiques poss par
l'mergence dans un service hospitalier de bactries
multirsistantes aux antibiotiques?
Trs grande gravit ; Mesures d'isolement ; Mesures
d'hygine strictes ; Enqute pidmiologique.

78

Impact de la gnomique pour le


diagnostic et le traitement des
infections bactriennes
Introduction
bactrienne

la

gnomique

La principale rvolution de la dernire


dcade a t lamlioration des techniques
de squenage qui ont permis la
dtermination ds 1995 de la squence
gnomique complte dune souche de
Haemophilus influenzae. Cet vnement a
rapidement t suivi par le squenage du
gnome de trs nombreux microorganismes.
Actuellement la squence de nombreux
gnomes procaryotes est disponible allant
de Mycoplasma pneumoniae, le plus petit
bactrien, celui de Saccharomyces
cerivisiae (13 Mb). Pour certaines espces
bactriennes, la squence nuclotidique du
gnome
de
plusieurs
souches
est
maintenant disponible. Cette rvolution
technologique se poursuit et lamlioration
constante des techniques de squenage a
permis la ralisation complte de la
squence du gnome humain.
Il reste maintenant au biologiste exploiter
cette norme masse de donnes afin de
permettre une meilleure comprhension de
la physiologie des microorganismes, et
notamment de lintgration des bactries
dans leur biotope et des raisons pour
lesquelles, dans certaines circonstances, les
microorganismes peuvent tre responsables
dune pathologie. Cet abord exhaustif a cr
limmense espoir de voir se dvelopper dans
un futur proche de nouveaux agents
thrapeutiques vise anti-infectieuse aussi
bien curatifs que prophylactiques.
Squenage dun gnome, en bref.
Le squenage dun gnome comporte deux
parties : la dtermination de la squence
nuclotidique et lannotation (Figures 1 et 2)

Dtermination
de
la
squence
nuclotidique.
La stratgie habituellement utilise consiste
raliser une banque gnomique de la
souche squencer. Le chromosome de
cette souche est cisaill de faon alatoire
de manire obtenir des fragments de 1 kb.
Ces fragments sont ensuite clons dans un
vecteur classique. Le squenage de
plusieurs milliers de ces clones pris au
hasard est ensuite ralis. Les squences
sont
assembles
grce
aux
outils
informatiques gnrant ainsi des fragments
appels "contig". La squence est termine
lorsquil existe un seul contig si lespce
tudie na quun seul chromosome ou
plusieurs sil existe plusieurs rplicons.

Les capacits de squenage sont telles


quactuellement pour un gnome bactrien
une grande partie de ceci peut tre ralise
trs rapidement, en quelques jours. La
finition reste cependant trs longue, dune
part certaines rgions du chromosome
peuvent ne pas tre clonables, dautre part
des
squences
rptes
empchent
lassemblage final des derniers contigs. Il
sera alors ncessaire damplifier de grands
fragments dADN qui devront tre squencs
sparment pour tre placs sur le
chromosome. Ainsi, il est relativement ais
dobtenir de faon semi-automatise la
squence de 95% dun gnome bactrien,
cependant lobtention fiable de lensemble de
la squence sous la forme dun seul
fragment ncessite plusieurs semaines voire

mois fonction du nombre de squences


rptes et du GC% du gnome tudi.
Une liste actualise des principales espces
bactriennes dont le gnome a t squenc
peut tre trouve ladresse suivante :
http://www.tigr.org/tigr-scripts/CMR2/CMRGenomes.spl

Lannotation. Lannotation est une tape


capitale
qui
consiste

dterminer
lorganisation du gnome et identifier au
sein de la squence lensemble des phases
de lecture. Une annotation de bonne qualit
est en gnral ralise manuellement afin de
vrifier la ralit de chaque phase de lecture
base sur lexistence dhomologies et /ou
dun usage de codons. En moyenne dans un
gnome, 50 60 % des phases ont des
homologies connues avec dautres phases
de lecture identifies dans les banques de
donnes et dans les 40 50 % restantes, la
moiti est spcifique de lespce considre.
Dautre part, il est important de souligner
quhomologie ne signifie pas identit
fonctionnelle et que la fonction de deux
protines homologues nest pas forcment
identique.

Exploitation de la squence
gnome des bactries

du

La dtermination de la squence dun


gnome bactrien permet de prciser les
fondamentaux de la bactrie : taille du
gnome, GC%, nombre de phases de
lecture potentielles, fraction codante du
gnome et enfin nombre de pseudognes,
qui sil est important (Mycobacterium leprae
et Rickettsia prowazeki) tmoigne dune
rduction gnomique en cours. Lanalyse de
la squence permet aussi de prciser les
voies mtaboliques prsentes et leur bonne

79
concordance avec la physiologie connue de
la bactrie. Mais la seule analyse de la
squence nuclotidique napporte que des
informations limites et les seules donnes
de squence sont loin de rsoudre toutes les
questions concernant la biologie dun
microorganisme. Diffrentes possibilits
souvrent alors aux microbiologistes pour
pousser les investigations.
Comparaison de gnomes
La comparaison est une faon simple de
Mycobacterium faire parler les gnomes.
Dans lidal, on dispose de la squence
nuclotidique
de
plusieurs
souches
appartenant la mme espce ou des
espces proches, il est alors possible de
comparer leur squence et de rattacher les
diffrences des phnotypes spcifiques
dune souche, tel que le pouvoir pathogne
par exemple. Ainsi la squence nuclotique
dune souche dEscherichia coli K-12,
souche de laboratoire non virulente, a t
compare la squence dune souche
dEscherichia coli O157/H7 responsable
dentrites
hmorragiques.
Cette
comparaison a rvl quil existe un
squelette commun de 4100 kb ces deux
souches et que les gnes de ce squelette
sont trs proches voire identiques (98%
didentit). En revanche, un nombre
important de squences sont spcifiques
chacune des deux souches. Ainsi la souche
virulente possde 1340 Kb dADN rpartis en
177 lots sur le chromosome ; dont certains
taient connus (gnes codant pour le
systme de scrtion de type III permettant
ladhsion intime et la disparition des
microvillosits) mais dautres inconnus
jusque l et qui pourraient contribuer au
pouvoir pathogne. De faon surprenante,
530 kb dADN sont spcifiques de
Escherichia coli K-12 et ne sont pas
retrouvs dans la souche pathogne. Des
comparaisons
similaires
entre
Mycobacterium tuberculosis et leprae ont
apport une explication limpossibilit de
M.leprae de se diviser en dehors de
lhomme. En effet alors que le gnome de
M.tuberculosis a une taille de 4,4 Mb celui de
M.leprae nest que de 3,3 Mb. A cette perte

80
de 1000 kb sajoute le fait que la squence
codante de ces 3,3 Mb est trs faible ceci en
raison
du
nombre
important
de
pseudognes. On estime ainsi que M.leprae
a la capacit de produire 2000 protines de
moins que M.tuberculosis. Cette rduction de
gnome explique quun nombre important de
voies mtaboliques manquent chez ce
pathogne et empchent sa croissance in
vitro.
Dans
certaines
circonstances,
la
comparaison de gnome napporte que des
informations limites, notamment lorsquil
existe de frquents transferts horizontaux.
Dans ce cas, les diffrences observes
peuvent tre spcifiques de la souche dont
la squence est connue et ne pas reflter
une diffrence phnotypique propre au
groupe bactrien tudi. Ceci est le cas de
Neisseria meningitidis, pathogne pour
lequel il est intressant de connatre les
diffrences avec Neisseria gonorrhoeae
compte tenu des diffrences videntes de
pouvoir pathogne. A ce jour, la squence
gnomique de 2 souches de N.meningitidis a
t ralise, une souche de srogroupe A
(Z2491) et une souche de srogroupe B
(MC58), ainsi que la squence dun isolat de
N.gonorrhoeae (FA1090). Des comparaisons de gnomes montrent que 17% des
phases de lecture de Z2491 ne sont pas
dans la souche de gonocoque, mais 8% du
gnome de Z2491 nest pas non plus dans
lautre souche de mningococque (MC58),
cette importante variabilit de gnome entre
les souches de Neisseria interdit de porter
des conclusions quant lintrt des 17% de
squences de Z2491 absentes chez le
gonocoque quant leur rle dans la
spcificit du pouvoir pathogne de
N.meningitidis. Le seul moyen de pallier
ceci est de comparer plusieurs isolats de
N.meningitidis avec plusieurs souches de
N.gonorrhoeae pour ne garder que les
squences
communes

tous
les
mningocoques
et
absentes
des
gonocoques. Le moyen le plus efficace pour
ceci est lemploi d arrays (Figure 3).

Pour ce faire, la totalit des gnes dune


bactrie est amplifie et dpose laide de
robots sur une membrane dhybridation
(macroarrays) ou sur une glace de verre
(microarrays ou puces ADN). Ces
dernires sont beaucoup plus petites que les
macroarrays et permettent le dpt de
plusieurs dizaines de milliers de gnes pour
seulement quelques milliers avec les
macroarrays. Ces supports solides sont
ensuite hybrids avec lADN chromosomique
des souches dont on dsire raliser la
comparaison. La lecture et linterprtation
sont ralises laide dune informatique
approprie. Les gnes pour lesquels aucune
hybridation nest dtecte sont absents de la
souche
teste.
Bien
entendu
cette
information
napporte
que
des
renseignements ngatifs dans la mesure o
il ne tient pas compte dventuelles
squences prsentes dans lADN test mais
cette fois absentes de la souche avec
laquelle larray a t construit. De telles
comparaisons portant sur un grand nombre
de souches appartenant au mme
genospecies mais exprimant diffrents
niveaux de virulence apporteront des
renseignements quant aux mcanismes du
pouvoir pathogne.
Etude du transcriptome
Le transcriptome est lidentification de
lensemble des gnes qui sont exprims
dans une situation donne. Lemploi d
arrays permet de quantifier le niveau
dexpression de chaque gne. Pour ce faire,
les supports solides sont hybrids non plus
avec lADN gnomique dune souche mais
avec lARN extrait de la souche. En

comparant le profil dexpression dans deux


conditions diffrentes, il est possible
dobtenir des informations importantes sur la
rgulation des gnes. En fonction de
lenvironnement dans lequel la bactrie se
dveloppe, le transcriptome varie et permet
ainsi
de
prciser
les
gnes
prfrentiellement
exprims.
Le
regroupement de ces gnes permet
l'identification
des
clusters
dont
lexpression est ncessaire dans tel ou tel
environnement.
Etude du protome
Le but est didentifier lensemble des
protines produites par une bactrie et de
rattacher chaque protine une phase de
lecture. L encore, il existe une variabilit en
fonction des conditions de croissance. La
comparaison protome-transcriptome sera
ncessaire.

Application de la gnomique
Trois ordres dapplication vont directement
dcouler de la gnomique :
Application au diagnostic
Des puces
ADN comportant des
amplicons porteurs de facteurs de virulence,
des gnes de rsistance aux antibiotiques, et
des squences spcifiques despce vont
apparatre.
L'introduction
de
cette
technologie dans les laboratoires de routine
devrait permettre d'amliorer et d'acclrer le
diagnostic microbiologique ainsi que la
dtermination des rsistances. Fait important
l'adjonction au sein de ces puces de gnes
correspondant des facteurs de virulence
permettra d'identifier des pathotypes et donc
d'adapter la dcision thrapeutique au risque
infectieux rel.

81
Application la recherche dantignes
vaccinaux (Figure 4).

Le meilleur exemple de cette application est


la recherche d'antignes vaccinaux contre le
mningocoque.
Un
antigne
vaccinal
protique contre Neisseria meningitidis doit
tre conserv, situ dans la membrane
externe,
et
induire
des
anticorps
bactricides. Une analyse fine de la
squence gnomique a permis de reprer
lensemble des protines qui sont dans la
membrane externe (~ 300). Ces protines
ont t purifies. Des anticorps ont t
produits contre ces protines et le pouvoir
bactricide de ces anticorps dtermin. 7 de
ces protines induisent la formation
d'anticorps bactricides et constituent donc
de bons candidats vaccinaux.
Dcouverte de nouveaux agents antiinfectieux.
Il s'agit essentiellement d'antibiotiques qui
doivent inhiber la croissance bactrienne. Le
jeu consiste identifier de nouvelles cibles
pour de nouvelles classes d'antibiotiques. Le
pralable est l'identification des gnes
essentiels, c'est dire les gnes qui ne
peuvent
tre
mutagniss
car
indispensables la croissance bactrienne.
Ceux qui seront conservs au sein d'un
groupe bactrien peuvent ventuellement
servir de cible pour de nouvelles classes
dantibiotiques.

82

Prions
Les prions sont des agents infectieux de
nature
protique
responsables
dencphalopathies
spongiformes

incubation longue, caractrise par atteinte


du systme nerveux central avec spongiose
avec
perte
neuronale
et
gliose
hyperastrocytaire
sans
raction
inflammatoire, associ plaques amylodes.
Les prions sont des agents transmissibles
non conventionnels (ATNC ) dnomms
prion PrPres (rsistante) ou PrPsc
(scrapie)
pour Proteinaceous infectious
particle (protine infectieuse).
Aspect spongieux du cerveau avec destruction
neuronale ( x 200)

Plaques amylodes

82

Btonnets de
protine
(microscope lectronique).

prion

polymrise

Historique
Ds 1732, on observe la tremblante du
mouton (scrapie) en Angleterre et France. En
1920-1921,
Hans Creutzfeldt et Alfons
Jakob dcrivent la maladie qui porte leur
nom. En 1936, Jean Cuill et Paul-Louis
Chelle montrent que la scrapie du mouton
est transmissible par des extraits de cerveau
danimal animal, suggrant la nature
infectieuse de la maladie. En 1957, Carleton
Gajdusek et Vincent Zigas montrent que le
kuru, maladie des tribus papoues proche de
la maladie de Creutzfeldt-Jakob, est
transmissible par anthropophagie. En 1960,
I. Patisson montre lexistence dune barrire
despce pour la scrapie. En 1966-1967, T.
Alper montre que lagent infectieux rsiste
aux radiations et quil ny a pas dacides
nucliques dans le matriel infectieux. En
1982, Stanley Prusiner montre que lagent
infectieux est une protine sans acides
nucliques. Par squenage N-terminal de la
protine (1984-1985), il dmontre que la
protine humaine est code par un gne
identifi comme le gne prn-p prsent sur le
chromosome 21 des sujets normaux et de
fonction inconnue. En 1986, dbute
lpidmie de maladie des vaches folles en
Angleterre. En 1989, on dcouvre que la
sensibilit au prion dpend du taux didentit
peptidique du prion avec celui de la protine
de lespce animale considre par des
expriences avec des souris transgniques.
En 1993, une preuve dcisive du rle de la

83
protine prion est apporte par Prusiner
montrant que les souris knock-out pour le
gne sont viables et rsistent linfection
exprimentale par les prions. En 1996, on
identifie un nouveau variant de la maladie de
Creutzfeldt-Jakob identique au prion de la
maladie des vaches folles et transmis
lhomme par cette protine bovine.
Les encphalopathies
spongiformes humaines
La maladie de Creutzfeldt-Jakob.
La maladie de Creutzfeldt-Jakob (MCJ) est
une encphalopathie spongiforme humaine
la plus frquente. Il existe plusieurs formes.
Une forme sporadique
atteignant des
patients de >65 ans prsentant une
dmence entranant la mort en 6 mois. On
dnombre 50 cas / an en France depuis
plusieurs dcennies (1 cas /106 h). Il existe
aussi une forme familiale (5 cas / an en
France) atteignant des patients de plus
jeunes (40 ans) et prsentant des altrations
du gne prnp (insertions, mutations). Il existe
aussi des formes iatrognes secondaires
des
interventions
neurochirurgicales,
ophtalmologiques et ORL (> 31 cas [duremre, lectrodes, greffes de corne et de
tympan]), aprs traitement par lhormone de
croissance hypophysaire (76 cas France sur
968 patients exposs en 1985-1986, 15 cas
aux USA, 16 cas en Grande-Bretagne), et
aprs traitement par gonadotrophines
hypophysaires (4 cas en Australie et
Nouvelle-Zlande).
La
possibilit
de
transmission par transfusion est une crainte
mais nest pas pour le moment document
chez lhomme. Enfin, la nouvelle forme de
MCJ du jeune entre 20-40 ans ( le plus jeune
patient avait 13 ans) survient aprs une
incubation inconnue (3-30 ans ?) et volue
en 14 mois avec un syndrome psychiatrique
(hallucinations, schizophrnie), puis des
troubles neurologiques (ataxie, troubles
visuels, dmence). On compte 113 cas en
83

Angleterre 1994- 2001, 3 cas en France en


2001.
Le kuru.
Le kuru est une maladie trs proche de la
MCJ. Dcrit en Nouvelle-Caldonie en 1950
chez les Fores (tribus papous), le kuru est
caractrise par une ataxie crbelleuse
progressive qui a entran environ 2500
dcs entre 1957 et 1982. Cette maladie
tait associe certains rites funraires
consistant manger le cerveau des dfunts.
Elle frappait jusqu 10% de la population de
certains villages, surtout les femmes et les
enfants.

Syndrome
de
Gerstmann-StrasslerScheinker et insomnie fatale familiale.
Ce sont deux maladies familiales trs rares
et transmissibles exprimentalement.
Les encphalopathies
spongiformes animales
Il existe chez lanimal des encphalopathies
donnant des lsions du tissu crbral trs
proches de la MCJ : la tremblante du mouton
et lencphalopathie spongiforme bovine
(maladie des vaches folles), plus rarement
des
encphalopathies
sporadiques
transmissibles du vison, du chat et la
maladie de dprissement chronique des
ruminants sauvages (caribou, lan).
La tremblante du mouton (scrapie) est une
maladie connue en Angleterre et France
depuis 1732. Atteignant les ovins et les
caprins ge 3-4 ans, elle a une incubation
longue. Les signes
cliniques sont des
troubles du comportement, du prurit, une
incoordination motrice, des tremblements, et
la mort en 6 semaines-6 mois. Il existe des
formes ataxiques, des formes prurigineuses
et des formes paralytiques. Cette maladie est
frquente et peut atteindre jusqu 10 30%
des troupeaux (> 100 btes). Il nexiste
aucun argument pour incriminer une

84
transmission humaine de cette maladie.
Cependant, on suspecte que la souche de
prion bovin ait pu contaminer des moutons,
ce qui pourraient exposer de faon
inquitante la population la maladie.
La maladie des vaches folles tait inconnue
avant 1985. La maladie clinique survient
aprs une incubation de 36 mois en
moyenne
et
donne
des
troubles
neurologiques proches de la scrapie.
Caractristiques des prions
La protine prion
Le prion PrPres ou PrPsc est une protine
de 27-30 kDa (253 aa) avec plus de 85 %
dhomologie avec autres PrP des animaux.
Cest une protine hydrophobe et rsistante
la protinase K, sans acides nucliques
dtectables, capable de se polymriser en
fibrilles, code par le gne prn-p du
chromosome 20 chez lhomme.
Cette protine provient dun changement
conformationnel de la protine normale PrP
ou PrPc (cellulaire).
La protine PrPc prsente deux isoformes,
la protine normale PrPc (cellulaire) de 3335 kDa , sensible la protinase K et la
protine prion PrPres ou PrPsc (rsistante
la protinase K) de 27-30 kDa rsistante la
protinase K. La structure tridimensionnelle
de lisoforme normale comporte 3 hlices
et lisoforme pathologique
seulement 2
hlices et 4 feuillets .
La protine PrPc est abondante dans le
systme nerveux central, le tissu lymphode
et le tube digestif. Cest une glycoprotine
transmembranaire ancre la surface des
cellules et endocyte. Sa
fonction est
inconnue. Elle aurait un rle protecteur
contre lapoptose cellulaire, interviendrait
dans la croissance axonale, et dans le
transporteur de cuivre Cu2+ (internalisation
du Cu2+ et protection contre le stress
oxydatif).
84

Conformation de la protine PrP normale (gauche)


et PrPsc (droite).

Structure de la PrP normale.

Les
encphalopathies
spongiformes
familiales (la forme familiale de MCJ,
syndrome
de
Gerstmann-StrasslerScheinker et linsomnie fatale familiale) sont
associes des anomalies de la squence
peptidique de la protine PrP ( mutations,
insertions, dltions).

85
Physiopathologie de la maladie de
Creutzfeldt-Jakob

Anomalies de la PrP selon la maladie familale.

Rsistance et infectiosit des prions


Cest une protine trs rsistante aux
enzymes protolytiques, la chaleur, aux
rayons ionisants, la plupart des
antiseptiques (formol, glutaraldhyde). Sa
rsistance la chaleur sche (180C - 24 h;
>360C - 1 h ; 600C - 15 min), la chaleur
humide : 134C-18 min, aux antiseptiques
(soude 1 N , hypochlorite de sodium (1 h
20C). La protine PrPres est infectieuse :
(1) les souris transgniques du gne prn-p
sont trs sensibles au prion de la mme
espce ; (2) les souris knock-out du gne
prn-p sont totalement rsistantes aux prions.

Entre et propagation au systme


lymphode
La MCJ du jeune se contracte par voie orale
par lalimentation (tissus crbraux ou
lymphodes de vaches infects). Les
prions franchissent la barrire digestive et
atteignent le tissu lymphode
o ils
samplifient (plaques de Peyer, GALT,
rate).
Pendant
cette
phase
asymptomatique de plusieurs annes, les
prions gagnent le systme nerveux central
(moelle, tronc
crbral, cerveau) par
diffrentes voies : (1) voie nerveuse
ascendante par les nerfs priphriques des
ganglions lymphodes infects et passage
trans-synaptique possible, ou directement
par les terminaisons nerveuses du plexus
msentrique (passage direct du tube
digestif au systme nerveux) ; (2) par voie
sanguine par les cellules immunitaires ou les
protines plasmatiques (plasminogne)
travers la barrire hmo-encphalique.

Infection du systme nerveux central


systme nerveux central (moelle, tronc
crbral, cerveau), la protine PrPsc
saccumule dans les neurones induisant une
apoptose neuronale et une activation des
cellules microgliales produisant des facteurs
neurotoxiques associe une gliose
hyperastrocytaire. Il ny a pas de rponse
immunitaire inflammatoire, ce qui est
caractrise
les
encphalopathies
spongiformes.
La
mort
neuronale
progressive entrane laspect spongieux du
cerveau et laccumulation de plaques
amylodes constitues de PrPsc. Il nexiste
pour linstant aucun traitement de cette
maladie.
Transconformation de la PrPsc
On sait que, aprs absorption dune trs
faible quantit de PrPsc , des quantits

85

86
importantes de prions saccumulent dans les
neurones.
Cette
PrPsc
provient
presquexclusivement de la PrP normale des
patients. La transconformation est le rsultat
dune interaction protine-protine qui
entrane le changement de conformation. Il
existe 2 thories de la transconformation, un
modle catalytique (A) et un modle par
nuclation (B).

E
volution de lpidmie de la maladie des la vache
folle (1985-2000)

Le premier cas de maladie des vaches folles


a t signal en Angleterre en avril 1985.
Aujourdhui, cette maladie a dcim les
troupeaux de bovins dans ce pays et avec
plus de 180 000 bovins et une extension
de nombreux autres pays.

Les 2 modles de transconformation.

Epidmiologie de la scrapie et de
lencphalopathie
spongiforme
bovine (ESB)
La scrapie est une maladie des ovins et des
caprins trs frquente, qui peut atteindre
jusqu 10 30% des troupeaux (>100
btes) de moutons dans certaines rgions. Il
nexiste aucun argument pour incriminer une
transmission humaine de cette maladie.
Cependant, on
suspecte que des
moutons exposs aux farines animales aient
pu tre contamins par le prion bovin qui,
elle, est transmissible lhomme.
86

Aprs l'interdiction des farines animales en


juillet 1988 pour les bovins, la maladie a
continu de se propager en Angleterre,
atteignant son acm en 1993 avec 35755
cas annuels. Cette propagation est gnralement attribue lvolution spontane
dune maladie incubation longue, et peuttre au non-respect de l'interdiction par

87
certains leveurs. Depuis 1993, lpidmie a
progressivement dclin pour atteindre
aujourdhui moins de mille cas annuels en
Angleterre. En France et dans le reste de
lEurope, le nombre de cas atteignant les
bovins est rest limit quelques dizaines
entre 1990 et 1998.
Au cours de la maladie des vaches folles, le
tissu lymphode est infectieux pendant
lincubation : ds le 6me mois, lilon, puis le
thymus, la rate et la moelle osseuse. Les
tissus nerveux
(moelle, tronc crbral,
cerveau) sont contamins partir du 30me 32me mois.
L'origine de cette pidmie est lie
lalimentation par les farines animales
fabriques partir des carcasses animales.
A partir des annes 80, un changement des
modes de fabrication de ces farines a permis
la contamination par les prions danimaux
malades, peut-tre dovins atteints de
scrapie ou de bovins atteints dune forme
sporadique jamais dcrite. Il est possible
quune souche particulire de scrapie puisse
tre lorigine de lpidmie des vaches
folles du fait de sa capacit de franchir
facilement la barrire des espces.

Epidmiologie de la maladie de
Creutzfedt-Jakob
Sensibilit gntique
On a montr quil existe une sensibilit
gntique particulire la maladie de
87

Creutzfeldt-Jakob
en
fonction
du
polymorphisme du gne prn-p. Il existe un
polymorphisme de la protine PrPc (253 aa)
dans la population, notamment au codon
129 qui code soit une mthionine (Met) , soit
une valine (Val) : on dnombre 40% d
homozygotes Met/Met, 10% dhomozygotes
Val/Val, et 50% dhtrozygotes Val/Met. Les
homozygotes Met/ Met sont plus sensibles
la maladie. En effet, les patients atteints de
MCJ sporadique sont homozygotes Met/Met
70%, homozygotes Val/Val 15%, et
htrozygotes Val/Met 15% . Lors de la
MCJ iatrogne, 95 % des patients sont
homozygotes et seulement
5 % sont
htrozygotes. Pour la MCJ due au nouveau
variant, on dnombre 100% de gnotype
Met/Met chez les patients.
Transmission horizontale
La maladie nest pas contagieuse par contact
direct (interhumain, sexuel). La maladie
est transmise par ingestion de tissus infects
de bovins : tissu lymphode, moelle osseuse,
cerveau.
On
ne
peut
dmontrer
exprimentalement une infectiosit pour les
muscles et le lait
(mais attention aux
animaux prsentant des signes de la maladie
qui ont des prions dans le sang). Les ovins
infects par le nouveau variant sont
dangereux pour lhomme, alors que la
scrapie est considre comme non
transmissible lhomme. Il pourrait exister un
risque transfusionnel, non document chez
lhomme,
mais
mis
en
vidence
exprimentalement chez des moutons
infect par le nouveau variant avec du sang
provenant de la phase dincubation de la
maladie. Il faut donc tre trs vigilant sur les
donneurs de sang et chez les patients
polytransfuss et hmophiles.

La transmission verticale
On na jamais pu dmontr que le lait soit
infectieux. Dans lexprience du kuru, il a t
rapport que, parmi les 600 femmes allaitant

88
en incubation ou prodromes de la maladie ,
aucune na transmis la maladie.
En
revanche, le colostrum chez les bovins peut
tre infectieux chez les animaux malades
qui mettent bas. Le placenta nest pas
infectieux (sauf chez les animaux malades).
Il faut rappeler la faible placentophagie des
bovins.
Diagnostic biologique de la maladie de
Creutzfeldt-Jakob
Le diagnostic biologique de la MCJ est
essentiellement anatomo-pathologique. Par
biopsie crbrale ou par prlvement de
cerveau

lautopsie,
les
signes
anatomopathologiques caractristiques sont
mis au jour : aspect spongieux du tissu
crbral,
perte
neuronale,
plaques
amylodes, gliose hyperastrocytaire, sans
raction inflammatoire
Il existe un test diagnostique (Western-blot et
ELISA) permettant de dtecter la protine
prion dans les tissus crbraux suspects. On
montre quun anticorps monoclonal contre la
protine reconnat la protine prion dans les
extraits de cerveau aprs traitement par la
protinase K qui dtruit la protine normale.
La ponction lombaire peut monter la
prsence dans le LCR dun marqueur non
spcifique de destruction du tissu crbral,
la
protine 14-3-3. Dautres tests
diagnostiques sont ltude pour dtecter
PrPsc dans le sang et lurine.
Les prions : une rvolution et une
nigme
Une rvolution conceptuelle
On a longtemps pens quun gne codait
pour une seule protine ayant des proprits
bien dfinies. La dcouverte des prions nous
apprend quun mme gne peut coder pour
plusieurs formes de protines selon leur
conformation tridimentionnelle. De plus, cette
dcouverte montre quune maladie peut tre
lie un changement de conformation dune
protine. Ceci pourrait ne pas tre un
88

exception mais fait poser la question de


savoir si dautres maladies, en particulier
neurodgnratives comme les maladies d
Alzheimer et de Hungtinton, pourraient
procder dun mcanisme similaire.
Une nigme
La protine infectieuse agit-elle seule ? Le
fait quexistent diffrentes souches dun
mme prion chez les ovins, par exemple,
incite croire que pourrait exister dautres
facteurs agissant avec cette protine pour
expliquer la maladie. Ceci est mis en
vidence par transmission de PrPsc des
souris de mme fond gntique, permettant
de voir des diffrences dans la priode
dincubation
et
dans
les
lsions
anatomopathologiques du cerveau. On a
propos que la protine infectieuse soit
associe une autre protine chaperon
(protine X), ou mme un acide nuclique
cach et protg par la protine trs
rsistante.
Quel avenir ?
De
nombreux
problmes
demeurent
concernant les risques de transmission et de
dissmination lhomme de la maladie des
vaches folles, savoir la possibilit de
transmission par le sang pour les concentrs
sanguins provenant de sujets en incubation
de la MCJ (incubation qui peut durer
plusieurs annes), ou les dangers ventuels
de la consommation de viande de boeuf,
d'abats ou de produits drivs d'animaux
malades ou en incubation.
La nouvelle forme de maladie de CreutzfeldtJakob chez le sujet jeune pose de nombreux
problmes. Si la maladie est transmise par la
nourriture partir de la viande de buf,
pourquoi atteint-elle de prfrence les sujets
jeunes, pourquoi ne se rpartit-elle pas de
faon rgulire dans l'ensemble de la
population ? pourquoi n'est-elle pas plus
frquente
chez
certains
sujets
professionnellement exposs, dans les
abattoirs par exemple ? Les sujets jeunes

89
ont-ils un facteur de risque particulier,
comme par exemple une consommation
particulire
de
certaines
nourritures
contenant des hauts titres de l'agent infectieux ? Lavenir reste incertain.
Bilan de MCJ ( nouveau variant)

Evolution des cas de MCJ (nouveau variant).

89