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PRTICAS DE INTRODUO
MODELAGEM MOLECULAR
+55 61 3107-8034
VERSO 2 - JANEIRO 2012
APRESENTAO
Nas ltimas dcadas, uma nova rea de pesquisa dentro da Fsica e da Qumica tem se
consolidado: a Modelagem Molecular. Esta nova vertente surgiu como uma necessidade das Cincias
Naturais de representar a estrutura da matria em nvel molecular. A crescente sofisticao dos
computadores tem permitido seu uso no somente como importante instrumento matemtico, mas
tambm como uma ferramenta grfica de grande desempenho para estudar modelos tericos.
Neste contexto, a presente apostila tem como objetivo principal introduzir o discente do curso
de Cincias Naturais Modelagem Molecular no ensino de Qumica, por meio do estudo de aspectos
bsicos de mecnica molecular, clculos semiempricos e ab initio na otimizao de geometrias e
clculos de propriedades termodinmicas e eletrnicas de molculas simples. Todas as prticas foram
elaboradas para serem executadas com o auxlio do software Hyperchem, porm podem ser facilmente
adaptadas para serem utilizadas com outras ferramentas computacionais de modelagem molecular.
Objetivando-se fazer uma introduo aos conceitos fundamentais da modelagem molecular,
recomenda-se fortemente que o estudante leia previamente os artigos:
1.
2.
3.
4.
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SUMRIO
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Ferramenta utilizada para a construo das molculas. Um duplo clique abre a tabela peridica
para a escolha do elemento a ser usado.
Ferramenta usada para girar a molcula em vrias direes (rotate out-of-plane). Clicar com o
boto esquerdo do mouse e mantendo-o pressionado, submeter a molcula a vrias direes.
Ferramenta usada para realizar movimentos rotacionais na molcula, em um nico plano (Rotate
in-plane). Clicar com o boto esquerdo do mouse e mantendo-o pressionado, fazer a molcula girar at
a posio pretendida.
Ferramenta usada para mover a molcula, arrastando-a no plano (translate). Clicar com o boto
esquerdo do mouse e mantendo-o pressionado, mover a molcula at a posio desejada.
2. Construindo Molculas
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ANOTAES
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Energia (kcal/mol)
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Energia (kcal/mol)
3. Exerccios
3.1. Em um programa de construo de grficos, elabore o diagrama de energia em funo do ngulo
diedro, plotando a energia calculada em funo do ngulo diedro, conforme os dados tabelados. Note
que os vales representam as configuraes mais estveis enquanto os picos as menos estveis. No
diagrama do etano, destaque as conformaes alternada, gauche e eclipsada. No diagrama do butano,
destaque as conformaes sinperiplanar, sinclinal, anticlinal e antiperiplanar.
3.2. Utilizando o etano como combustvel, qual conformao fornece o maior calor de combusto?
Explique. E no caso do butano? Explique.
Referncias
[1] http://old.iupac.org/publications/cd/medicinal_chemistry/Practica-III-3.pdf
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3. No menu Select desabilite a opo Multiple Selections. Certifique-se de que a opo Atoms
esteja habilitada.
4. Para explorar a geometria da molcula, use a ferramenta Select e selecione uma ligao C-C (2
e 3, por exemplo), ngulos de ligao (carbonos 1, 2 e 6, por exemplo) e ngulos diedro (entre
os carbonos 1, 2, 3 e 4, por exemplo). Anote os valores.
5. Otimize a geometria da molcula com o campo de fora AMBER. No menu Compute, selecione
Geometry Optimization, usando o algoritmo de Polak-Ribire. Anote o valor calculado da
energia da molcula. Trata-se da conformao cadeira. Repita o procedimento 4.
6. Proceda converso da conformao cadeira para barco. No menu Select habilite a opo
Multiple Selections. Com a ferramenta Select selecione as ligaes C-C paralelas (2 e 3; 5 e 6).
7. No menu Select, escolha a opo Name Selection/Plane. Clique Ok.
8. Com os dois botes pressionados, use a ferramenta Select e selecione por arraste todos os
tomos de um dos lados das ligaes selecionadas no item 6, conforme exemplo a seguir.
10. No menu Edit selecione Reflect para obter a estrutura barco. Clique com o boto direito em um
espao vazio da rea de trabalho para limpar a seleo.
11. Repita os procedimentos 4 e 5.
12. Proceda converso da conformao barco para barco torcido. Com a ferramenta Select,
selecione trs ligaes de carbono seguidas (1-2, 2-3 e 3-4).
13. No menu Build escolha Constrain Bond Torsion. Selecione Other e entre com o valor de 30.
Clique Ok. Clique com o boto direito em um espao vazio da rea de trabalho para limpar a
seleo.
14. Escolha a opo Model Build no menu Build para obter a conformao barco torcido.
15. Repita os procedimentos 4 e 5.
16. Monte uma tabela, resumindo os valores de energia, ngulos de ligao, ngulos diedros e
comprimento de ligao para os trs conformeros do ciclo-hexano estudados (veja modelo a
seguir).
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Conformero
Energia
(kcal/mol)
ngulo de
Ligao ()
ngulo Diedro
()
Cadeira
Barco
Barco Torcido
3. Exerccios
3.1. Elabore um diagrama de energia mostrando a estabilidade relativa entre as formas cadeira, barco e
barco torcido para o ciclo-hexano. Destaque os valores de energia para as converses entre as
conformaes.
3.2. Analisando os dados sumarizados na tabela, explique as diferenas na estabilidade relativa dos
conformeros cadeira, barco e barco torcido.
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Figura 2 Posies axial e equatorial do grupo metil na conformao cadeira do metilciclo-hexano [1].
Nesta prtica, prope-se a modelagem dos conformeros axial e equatorial do metilciclo-hexano
com o aplicativo HyperChem, cujas geometrias sero otimizadas por mecnica molecular (campo de
fora AMBER), visando elaborao do diagrama de estabilidade relativa dos conformeros.
2. Procedimento Experimental
1. Na rea de trabalho do aplicativo HyperChem monte a estrutura do ciclo-hexano com a
ferramenta Draw. Adicione os hidrognios e a estrutura bsica (Build/Add hydrogens and
build);
2. Utilizando a ferramenta de rotao fora do plano (out of plane), mova a estrutura at que os
hidrognios axiais e equatoriais fiquem visveis;
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3. Com a ferramenta Draw, clique em um dos hidrognios axiais. No menu Build, escolha Add
hydrogens and build;
4. Otimize a geometria da molcula com o campo de fora AMBER. No menu Compute, selecione
Geometry Optimization, usando o algoritmo de Polak-Ribire. Anote o valor calculado da
energia da molcula. Trata-se da conformao axial do metilciclo-hexano;
5. Abra uma nova rea de trabalho e repita os procedimentos 1 a 4. Contudo, no passo 3 use um
hidrognio equatorial;
Conformero
Energia (kcal/mol)
(a) metilciclo-hexano
(e) metilciclo-hexano
3. Exerccios
3.1. Elabore um diagrama de energia mostrando a estabilidade relativa entre as formas axial e
equatorial para o metilciclo-hexano.
3.2. A partir do diagrama anterior, calcule a diferena de energia entre as conformaes equatorial e
axial do metilciclo-hexano.
Referncias
C. R. O Souto e H. C. Duarte. Qumica da Vida Cicloalcanos. UFRN.
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(a)
(b)
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Figura 1 (a) Representao da combinao de orbitais para a obteno do orbital hbrido sp . (b)
Modelo para a representao do etano.
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Nesta prtica, prope-se a modelagem dos hidrocarbonetos etano e eteno com o aplicativo
HyperChem, cujas geometrias sero otimizadas por mecnica molecular (campo de fora MM+),
visando determinao da barreira de energia de rotao da ligao carbono-carbono.
2. Procedimento Experimental
1. Na rea de trabalho do aplicativo HyperChem monte a estrutura do etano com a ferramenta
Draw. Adicione os hidrognios e a estrutura bsica (Build/Add hydrogens and build);
2. Otimize a geometria da molcula com o campo de fora MM+. No menu Compute, selecione
Geometry Optimization, usando o algoritmo de Polak-Ribire;
3. No menu Display e selecione Labels/Number;
4. Com a ferramenta Select, selecione os tomos 1, 2, 5 e 6.
5. No menu Compute, selecione Potential. Na caixa de texto, entre com os valores de ngulo de
toro inicial de - 180 e final de 180, com passos de 10. Aps alguns segundos um grfico de
energia ir ser plotado na tela.
6. Clique em Properties para abrir a janela Graph Control. Clique em /Data/Data Values. Role a
barra e anote o maior e o menor valor de energia. A diferena entre esses valores a barreira
de energia de rotao da ligao carbono-carbono.
7. Ainda na janela Graph Control, clique na guia System/Export Image para salvar o grfico obtido
na forma de arquivo (BMP ou JPG). Na caixa Target, escolha a opo File e Browse para
escolher o diretrio no qual o arquivo ser salvo.
8. Abra uma nova rea de trabalho, monte a estrutura do eteno e repita o procedimento de 1 a 6.
Contudo, no passo 4, selecione os tomos 1, 2, 3 e 6 do eteno.
3. Exerccio
3.1. Monte uma tabela com os valores de barreira de energia de rotao para o etano e o eteno. A
seguir, cole os grficos obtidos na prtica. Baseados nos resultados obtidos, explique por que, sob
temperatura ambiente, a ligao simples carbono-carbono rotaciona livremente enquanto a ligao
dupla no.
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H H 0f ( produtos) H 0f (reagentes ) .
Para o isoctano e o n-heptano, as reaes de combusto completas so respectivamente:
C8H18(l) + 25/2 O2(g) 8 CO2(g) + 9 H2O(l) , e
C7H16(l) + 11 O2(g) 7 CO2(g) + 8 H2O(l) .
Nesta prtica, prope-se o clculo do calor de combusto do isoctano e do n-heptano por meio
dos valores dos calores de formao das substncias envolvidas na combusto, calculados por mtodos
semiempricos utilizando-se HyperChem.
2. Procedimento Experimental
1. Na rea de trabalho do aplicativo HyperChem monte a cadeia carbnica do isoctano (2,2,4trimetilpentano), com a ferramenta Draw. Adicione os hidrognios e a estrutura bsica
(Build/Add hydrogens and build);
2. No menu Setup selecione Semi-Empirical/AM1;
3. Otimize a geometria da molcula. No menu Compute, selecione Geometry Optimization,
usando o algoritmo de Polak-Ribire;
4. No menu Compute selecione Properties. Clique em Details (primeira caixa de cima para baixo).
Anote o valor do calor de formao em kcal/mol (heat of formation) na tabela abaixo;
Molcula
Isoctano
n-heptano
O2
CO2
H2O
Hf (kcal/mol)
3. Exerccios
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3.1. A partir dos dados da tabela calcule o calor de combusto do isoctano e do n-heptano. Compare
0
0
com os valores tabelados. (Isoctano: H298 = -22827,82 kcal/mol; e n-heptano: H298 = -18666,88
kcal/mol). Mostre a diferena percentual relativa entre os valores calculados e tabelados. Discuta as
causas das discrepncias observadas.
3.2. A partir dos dados da tabela, calcule o calor de combusto, em kcal, de uma amostra de 1 kg
gasolina com 80% de octanagem.
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E Y
HY
:Y
E
+
HY
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O benzeno pode sofrer mais de uma substituio. A primeira substituio ocorre normalmente,
com a entrada do eletrfilo no lugar de qualquer um dos hidrognios do anel, j que so equivalentes,
como destacado nas figuras 2 e 3. No entanto, uma segunda substituio depender do grupo j
existente, que ento ir orientar a entrada do prximo grupo no anel. Um segundo grupo poder entrar
em duas posies: meta ou orto/para, dependendo da natureza do grupo existente no anel. A
explicao para esse fato est relacionada com o maior ou menor nmero de estruturas de ressonncia
possveis para determinada posio. Lembre-se de que, quanto maior o nmero de estruturas
ressonantes, mais estvel a molcula/on.
Esses grupos geralmente apresentam somente ligaes simples. Veja no exemplo abaixo, as
possveis estruturas de ressonncia para o hidrxibenzeno (fenol):
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posio meta. Ora, se o primeiro radical (NO2) diminui a densidade eletrnica do anel, ele um grupo
desativador, e diminui a reatividade do composto.
importante evidenciar que os halognios (-X; X= F, Cl, Br, I) apesar de serem desativantes do
anel, por sua elevada eletronegatividade, so grupos orto-para dirigentes.
Nesta prtica, prope-se a utilizao de clculos semiempricos no estudo da reao de
substituio eletroflica do benzeno monossubstitudo com grupos ativadores ou desativadores. Para o
composto aromtico genrico abaixo, em que G um grupo ativador/desativador, ser calculada a carga
eltrico dos carbonos orto, meta e para em nvel AM1 com o software HyperChem, visando
determinao da orientao de substituio.
G
1
6
3
4
2. Procedimento Experimental
1. Na rea de trabalho do aplicativo HyperChem monte a estrutura do benzeno, com a
ferramenta Draw. Adicione os hidrognios e a estrutura bsica (Build/Add hydrogens and
build). Salve a molcula como o nome benzeno.hin; Dica: para montar a estrutura aromtica,
d um duplo clique em qualquer ligao C-C do anel.
2. Utilizando convenientemente a ferramenta Draw, substitua um dos hidrognios do benzeno
por um dos grupos da tabela abaixo. No se esquea de adicionar os hidrognios, quando
necessrio, e a estrutura bsica (Build/Add hydrogens and build);
3. No menu Display, selecione Labes/charge;
4. No menu Setup selecione Semi-Empirical/AM1;
5. Otimize a geometria da molcula. No menu Compute, selecione Geometry Optimization,
usando o algoritmo de Polak-Ribire;
6. Na tabela abaixo, anote os valores das cargas dos carbonos orto meta e para.
Grupo
C1
C2 (orto)
C3 (meta)
C4 (para)
C5 (meta)
C6 (orto)
NH2
OH
CF3
CN
COOH
CHO
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7. Abra uma nova rea de trabalho e carregue o arquivo benzeno.hin. Repita o procedimento de 1
a 6 para os outros grupos da tabela.
3. Exerccios
3.1. A partir dos dados da tabela classifique os grupos em orto/para ou metadirigentes. Justifique
utilizando os valores de carga calculados.
3.2. Explique as diferenas nos valores das cargas dos carbonos orto situados direita e esquerda no
caso dos grupos OH, COOH e CHO.
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