4 Protenas.

Profesor: Jos Manuel Cuezva; C-X 101. Sustituto Jos Mara Izquierdo.
Introduccin.

Las protenas son las molculas que hacen el ser, entendido en el sentido de que son el
fenotipo, que es lo que caracteriza externamente a un individuo. Estructuralmente son
polmeros formados por la unin de los monmeros llamados aminocidos, cada uno con una
estructura como la que aparece a la izquierda, es decir, tienen una funcin cida y una bsica
como su nombre indica. En estas molculas, como en los azcares, se puede apreciar un
centro de asimetra en el carbono (el C2, despus del carbono carboxlico), pero la diferencia
es que en los aminocidos la familia ms numerosa es la L. Se cuentan veinte aminocidos
proteinogenticos, cada uno de los cuales tiene una cadena lateral R distinta, y se unen entre
s formando pptidos mediante enlaces amida, por lo que el enlace se llama peptdico. Las
protenas son en realidad pptidos con un elevado nmero de restos (as se llama a cada
monmero que forma parte de una cadena), y pueden actuar solas o combinadas para realizar
la funcin propia de cada una de ellas, desde la visin (opsina) hasta la defensa del
organismo (anticuerpos), pasando por la contraccin muscular (miosina y actina), la formacin
de estructuras de soporte (citoesqueleto) y la catlisis a modo de enzimas como funcin ms
representativa (pero ya sabemos que hay molculas de ARN capaces de catalizar
determinadas reacciones, que son las ribozimas).
Las vas de la informacin.
Las protenas son molculas informativas porque son una copia codificada de la informacin
contenida en el ADN. Si observamos el mecanismo de sntesis se una protena desde que a la
clula llega la primera seal correspondiente (una hormona u otra seal de cualquier tipo),
ocurre que despus de la cascada de segundos mensajeros y reacciones intermediarias, en el
ncleo se activan uno o ms genes mediante la accin de unos determinados factores de
transcripcin (recordar que si la hormona es esterodica, el complejo receptor-hormona es ya
un factor de transcripcin). Estos factores se unen a los promotores y potenciadores de la
expresin del gen en cuestin gracias a unas estructuras especiales en la doble hlice de
ADN, y permiten que se sintetice una cadena de ARN mensajero tomando como molde una de
las dos hebras del gen. Sin embargo, los genes en el ADN no son continuos, y hay espacios
en los que no se dice nada con funcin estructural, as que el ARN recin formado tiene que
eliminar esas secuencias, llamadas intrones, para dejar una sola hebra en la que se puedan
leer los trozos de gen que tienen sentido estructural (los exones) sin saltos. Se utiliza la
palabra leer porque es eso realmente lo que hacen los sistemas de transcripcin, que es el
proceso que se acaba de describir: Se comienza a sintetizar el ARN desde un extremo y
nucletido a nucletido, reproduciendo fielmente lo que est en el ADN, como quien lee letras
una detrs de la otra y las transcribe en un papel, slo que aqu se tienen nicamente cuatro.
El ARN recin sintetizado en el ncleo pasa al citoplasma rpidamente para ser traducido, es
decir, hay que pasar la informacin contenida en una clave de cuatro letras, que son las bases
pricas y pirimidnicas de los cidos nucleicos, a una clave de veinte letras, que son los
aminocidos proteinogenticos. La maquinaria enzimtica encargada de la traduccin, que es

el nombre que se da al proceso, es el ribosoma. stos son unos enormes complejos

nucleoproteicos (compuestos de ARN y protenas) visibles al microscopio electrnico y con
categora de orgnulo, generalmente asociados al retculo endoplsmico rugoso o libres en el
citoplasma. La traduccin es algo necesariamente rpido porque el ARN es muy inestable, a
diferencia del ADN, que es mucho ms estable y adems est protegido por su propia
conformacin de doble hlice (en el ARN slo hay una) y por las protenas bsicas presentes
en el ncleo, con las que forma complejos. De este modo, ninguna protena podra estar
fabricndose de forma constante a partir de slo una molcula de ARN, con lo que se asegura
la reversibilidad del proceso. En la traduccin el paso de una base cuatro a una base veinte se
permite mediante un cdigo denominado gentico, en el que a cada aminocido le
corresponde un conjunto de tres nucletidos. Es decir, el ARN se tiene que leer de tres en tres
para poder traducir la informacin contenida en l. Adems de cdigos para cada aminocido,
tambin estn codificadas en grupos de tres nucletidos (tripletes) las secuencias de
comienzo y final de la traduccin, es decir, no todo el ARN se traduce porque se empieza y se
acaba sin llegar a los extremos. Como a cada aminocido le corresponde ms de un triplete,
se dice que el cdigo es degenerado. Recientemente se ha descubierto que son veintiuno los
aminocidos proteinogenticos, porque se ha incorporado la selenocistena al grupo. sta se
incorpora gracias a una modificacin en un ARNt de serina.
Forma y estructura.
Despus de tener el polmero de aminocidos fabricado, todava tiene que sufrir una serie de
modificaciones, tanto espontneas como catalizadas, para poder tomar su forma definitiva,
llamada conformacin nativa. Esta ser la nica forma en la que la protena pueda realizar la
funcin para la que ha sido diseada, porque es esencial la distribucin espacial de las
distintas cadenas R de cada aminocido para que se pueda formar un sitio en el que la
catlisis sea posible (ver 1 Introduccin). La forma definitiva de una protena viene codificada
en gran parte por la propia secuencia de aminocidos, de tal modo que las interacciones
dbiles que se establecen entre los distintos radicales R (fuerzas de Van der Waals, puentes
de hidrgeno, fuerzas inicas e interacciones hidrofbicas) son capaces de obligar a la
cadena a formar determinadas estructuras en distintos rdenes de complejidad, llamadas
estructuras secundarias, supersecundarias, dominios y estructuras terciarias (la estructura
primaria es la propia secuencia de aminocidos). Adquiriendo las distintas estructuras queda
entonces la protena como un esqueleto carbonado, que as se llama a la hilera de tomos
implicados en los enlaces peptdicos (N-C-C-N-C-C...), del que sobresalen distintos grupos
funcionales, que son los que llevan los diferentes grupos R. Con tal diversidad de funciones
qumicas de las que echar mano, no es de extraar que las protenas sean las molculas
catalticas ms importantes de la vida.
Sin embargo el plegamiento no est totalmente determinado por la estructura primaria, sino
que hay unas molculas muy pequeas, llamadas chaperoninas (del ingls chaperon:
carabina, acompaante), que se unen al pptido en formacin y le ayudan a alcanzar su
conformacin definitiva; es decir, el plegamiento en el medio celular est asistido.
Algunas protenas no tienen suficiente informacin para realizar por s mismas la funcin para
la que se han sintetizado, por lo que se unen a molculas pequeas, generalmente vitaminas,
que realizan la funcin, generalmente oxidacin y reduccin reversibles, pero dirigidas y
modificadas segn la cadena polipeptdica en cuestin. Es decir, hay varias molculas que
estn presentes como cofactores en muchas enzimas diferentes, pero que ven modificada su

acin por la protena a la que se unan, como si fueran instrumentos tontos que pueden hacer
algo, pero que la protena les dice dnde y cmo. Adems la accin de las enzimas puede
verse modificada por distintas transformaciones covalentes como la fosforilacin,
palmitoilacin, DP-ribosilacin o unin a una cadena terpnica para trasladarla a la membrana
desde el citoplasma.
Definicin y caractersticas de las protenas.
El trmino protena viene del griego proteios (), que significa el primero, en la
preeminencia. Se les dio ese nombre por la creencia generalizada de que tena que haber
sido la primero molcula viva sobre la Tierra, dado que su funcin principal y de la que
depende toda la vida conocida es la de catalizar las reacciones celulares, incluida la
replicacin y la traduccin. Esto en principio plante la cuestin irresoluble de cmo haba sido
capaz el ADN de asumir las funciones de transferencia y conservacin de la herencia, siendo
una molcula tan montona y simple comparada con las protenas Cuando se descubri la
ribozima, la teora vigente hasta la fecha que postulaba que las protenas tenan que haber
sido lo primero porque si no, no habra replicacin, se cambi por la teora de el ARN antes,
pero sin embargo el nombre de protena ya estaba muy bien asentado. De hecho, sin las
protenas no se nos podra reconocer, porque son la expresin de la informacin gentica, es
decir, el fenotipo, y son tan importantes que representan el 50% del total del peso seco de una
clula.
Funciones de las protenas.
Como ya se ha dicho, la funcin ms importante de las protenas es la de ejercer como
catalizadores biolgicos de las reacciones que se llevan a cabo en la clula (recordar 1
Introduccin). Su eficacia es tal que como media aumentan un milln de veces la velocidad de
la reaccin sin catalizar. Otra funcin muy importante es la de actuar como transporte y
almacenamiento de iones, como la transferrina de la sangre y la ferritina del hgado. Adems
son el soporte y el mecanismo del movimiento coordinado, ya sea macroscpico, como la
miosina del msculo, o microscpico, como los filamentos de actina en la locomocin por
pseudpodos. Tambin son el soporte para la accin de estos movimientos, tanto dentro como
fuera de la clula: el colgeno de la matriz y los microfilamentos del citoesqueleto,
respectivamente. Tienen una misin muy importante relacionada con las dos anteriores, que
es el desplazamiento de los cromosomas a lo largo del huso acromtico durante la mitosis y la
meiosis.
Otras funciones desarrolladas por protenas son la transmisin del impulso nervioso (son los
receptores de los neurotransmisores en la neurona postsinptica), la regulacin y el control del
crecimiento celular mediante receptores y la modulacin de la expresin gnica a cualquier
nivel de sntesis o de degradacin. La ltima funcin en esta lista, pero no la menos
importante, es la defensa del organismo frente a infecciones, mediada tanto por los
anticuerpos como por los receptores de las clulas T. Hay ms funciones desarrolladas por
protenas; tantas como sean necesarias para llevar a cabo todas las funciones de un
organismo vivo.
Estructura qumica de las protenas.
Las protenas son polmeros lineales formados por la condensacin de veinte monmeros
llamados aminocidos mediante reacciones de condensacin por deshidratacin, como todas
las polimerizaciones en la clula. Pueden estar compuestas slo de aminocidos (protenas

simples), o bien llevar unido algn grupo no proteico, llamado prosttico, para dar numerosos
tipos de protenas conjugadas: nucleoprotenas con cidos nucleicos (ribosoma, histonas),
lipoprotenas con lpidos (LDL, HDL), fosfoprotenas con fsforo (casena), metaloprotenas
con tomos metlicos (citocromo oxidasa), glucoprotenas con oligosacridos (-globulinas;
ver 2 Glcidos). En todos los casos es la protena la que define la utilizacin de cada grupo
prosttico, que aunque es indispensable para la funcin que se tiene que llevar a cabo, slo la
parte proteica es capaz de utilizar el grupo prosttico como mejor convenga, como si fuera
una simple herramienta capaz de ser utilizada de distintos modos segn la mano que la coja.
De cualquier modo, todas las protenas simples y las partes no prostticas de las conjugadas
muestran una composicin media atmica de 50% C, 23% O, 16% N, 7% H y 3% S.

Aminocidos.

Son los monmeros fundamentales de las protenas. Se conocen veinte aminocidos

proteinogenticos, cada uno de los cuales responde a la frmula de la derecha y tienen una
cadena lateral R distinta, que es la que define sus propiedades particulares, porque todos
responden a la frmula de ser cidos 2-aminocarboxlicos, aunque luego puedan tener otros
grupos aadidos en su cadena lateral. Hay una excepcin a l regla comn, que es la prolina,
porque ste es un iminocido, en el que el tomo de nitrgeno forma dos enlaces con el
esqueleto carbonado de la molcula, resultando un heterociclo de cinco tomos como el de la
izquierda. A pH fisiolgico todos los aminocidos estn ionizados tal y como se ha
representado en los dibujos, aparte de cmo puedan estar los posibles grupos ionizables en
las cadenas R. Esta disposicin de las cargas en los aminocidos los convierte en iones
dipolares o zwitteriones, y por su composicin qumica son capaces de actuar como cidos o
como bases, es decir, son anfteros. Otra caracterstica comn a todos los aminocidos es
que son extremadamente solubles en agua, ms que en ningn disolvente orgnico, y que
forman cristales muy duros en solucin pura, con puntos de fusin muy altos en torno a los
400 C, cosa que se explica nicamente gracias a interacciones ms fuertes que las de Van
der Waals, como pueden ser las electrostticas proporcionadas por los grupos ionizables.
Los aminocidos se unen mediante una reaccin de condensacin entre el grupo carboxilo del
primero y el grupo amino del siguiente, que en la clula est catalizada por el ribosoma
durante la traduccin. De este modo queda la estructura de la protena como una sucesin de
aminocidos, empezando por el que tiene el grupo amino libre y acabando por el que tiene el
grupo carboxilo libre, y cada uno de estos aminocidos que forman parte de una protena se
llama residuo o resto. Una protena, entendida como un polmero de aminocidos, tambin
puede llamarse pptido, polipptido u oligopptido, con lo que el enlace amida que se
establece entre los residuos se llama generalmente peptdico. Las caractersticas de este
enlace se vern ms adelante. La estructura de las protenas puede entonces verse como una
hilera de tomos en la que se repite el motivo N-C-C, llamado esqueleto de la protena, del

que salen lateralmente las distintas cadenas R de cada residuo, y que van a ser las que den la
funcionalidad a la molcula.
Tipos de aminocidos.
Hay varios tipos de aminocidos, segn la naturaleza de su cadena lateral R.
Aminoci
dos no
polares.

Alanina.

Cdigo
de tres
letras.

Ala

Cdigo
de una
letra.

Cadena lateral.

Observaciones.

-CH3

Puede encontrarse
tanto en el interior
como en el exterior
de las protenas, dado
su pequeo tamao.
Es prcticamente
inerte y es el
aminocido ms
abundante.

Valina.

Val

Leucina.

Leu

Suelen encontrarse
en el interior de las
protenas porque son
ms grandes que la
alanina. Son inertes
pero juegan un papel
importante en el
plegamiento porque
generan interacciones
hidrofbicas.

Igual que los

anteriores, y
adems la
sustitucin
asimtrica en C3 da
estereoismeros.

Es el primero en el
ARNm. El azufre
puede reaccionar
con metales y
formar enlaces de
coordinacin,
aunque es bastante
inactivo.

Isoleucina.

Metionina.

Ile

Met

-CH2-CH2-S-CH3

Prolina.

Pro

Fenilalanin
a.

Phe

Triptfano.

Trp

Aminocid
os polares.

Cdigo
de tres
letras.

Es un iminocido. Su
estructura rgida
interfiere mucho en
el plegamiento de
las protenas y
obliga a la
formacin de los
codos . No es
reactivo.
Sus anillos
aromticos son
extremadamente
apolares y estn
sepultados en el
interior de las
protenas. Dado su
tamao, sobre todo
el triptfano, se
usan como
espaciadores en la
estructura proteica.

Cdigo
de una
letra.

Cadena lateral.

Observaciones.
Es el nico que no tiene
estereoismeros. Est
muy conservado y se
puede encontrar en
cualquier sitio porque
permite todas las
conformaciones
normales y algunas muy
raras. Aunque la cadena
es apolar, la molcula
entera s es polar, por lo
que se incluye aqu.

Glicina.

Gly

-H

Serina.

Ser

-CH2OH

Puede formar enlaces

de hidrgeno y su
fosforilacin regula la
actividad enzimtica. El
grupo hidroxilo es muy
reactivo en ciertos

centros activos, pero

normalmente se encara
al agua para permitir la
solubilidad de la
protena.

Treonina.

Thr

Asparagina
o
asparragina.

Asn

Glutamina.

Gln

Tirosina.

Cistena.

Tyr

Cys

Aminoci Cdigo
dos
de tres
cargados. letras.

-CHOH-CH3

Como la anterior pero

no tan reactivo y ms
hacia el interior. Tiene
estereoismeros
adicionales en C3.

Aminas derivadas de
aminocidos cidos.
-CH2-CO-NH2
Tambin forman enlaces
de hidrgeno y
aumentan la
CH2-CH2-CO-NH2 solubilidad.

Dbilmente cido
como el fenol (pKR =
10,46). Se encuentra
en centros activos.

Es el aminocido ms
reactivo. Forma los
puentes disulfuro
para estabilizar la
estructura de la
protena, dando un
aminocido doble
llamado cistina.
Puede ser cido (pKR
= 8,37).

Cdigo
de una
letra.

-CH2-SH
Cadena lateral.

Observaciones.
Todos se encuentran
siempre hacia el
exterior de las
protenas, porque su
carga les impide
estar en otro sitio a
no ser que se baje
la constante
dielctrica del
medio, como en los

centros activos (1
Introduccin).

Lisina.

Arginina.

Histidina.

Lys

Arg

His

-CH2-CH2-CH2-CH2-+NH3

Forma las bases de

Schiff (recordar el
retinol en 3 Lpidos).
El pKR es 10,54.

La forma
desprotonada es
una base bastante
fuerte (pKR =
12,48). La forma
protonada se
estabiliza por
resonancia como se
ve a la izquierda.

Aminocido raro
que se suele
encontrar en el
centro activo de las
enzimas. El anillo de
imidazol protonado
se estabiliza por
resonancia entre las
dos formas
dibujadas a la
izquierda. El pKR es
6,0, con lo que a pH
fisiolgico y en
solucin acuosa hay
10 veces ms forma
desprotonada que
protonada, pero en
los centros activos
puede estar en
cualquier forma (ver
1 Introduccin).
Se encuentra en el
centro activo de las
enzimas ATPasas.

cido
asprtico.

Asp

-CH2-COO-

cido

Glu

-CH2-CH2-COO-

Tambin se

glutmico.

encuentra en algn
centro activo.

Son las cadenas laterales las que definen las caractersticas fsicoqumicas de los
aminocidos (polaridad, hidrofobicidad, aromaticidad, flexibilidad conformacional), pero sin
embargo hay equivalencias a la hora de influir en el plegamiento de las protenas, porque ste
es algo ms general y no depende estrictamente de cada uno de los aminocidos de la
secuencia, sino del equilibrio de fuerzas existente en el momento de realizarse el plegamiento.
Se puede hacer una lista con los aminocidos que son estructuralmente intercambiables:

Gly, Ala y Ser.

Ala y Val.

Val, Ile, Leu y Met.

Ile, Leu, Met, Phe, Tyr y Trp.

Arg, Lys e His.

Asp, Glu, Asn y Gln.

Ser, Thr, Asn y Gln.

Cada una de estas equivalencias se puede dar en sitios determinados de cada protena, no
todas en el mismo sitio, porque entonces casi dara igual qu aminocido hubiera. Aunque
haya similitudes de tipo estructural, una mutacin que conduzca a la sustitucin de un
aminocido por otro equivalente, slo ser aceptada evolutivamente si permite mantener la
funcin para la que est diseada la protena. Por este mecanismo de evitar la seleccin
negativa de las mutaciones con analogas estructurales y funcionales, se ha llegado a la
evolucin proteica desde un solo precursor primitivo hasta las familias de molculas con
funciones iguales o parecidas, pero que no tienen todas la misma secuencia de aminocidos.
De este modo actualmente hay una gran diversidad de secuencias aminoacdicas con
funciones y estructuras evolutivamente relacionadas, fruto del tiempo y la seleccin natural.
Actividad ptica e isomera.
Todos los aminocidos naturales obtenidos de protenas hidrolizadas, excepto la glicina,
tienen actividad ptica. Esto significa que desvan un haz de luz polarizada porque tienen un
tomo de carbono, el C, asimtricamente sustituido, es decir, tienen estereoismeros que
son imgenes especulares el uno del otro, lo que no pasa con la glicina (recordar 2 Glcidos).
La rotacin absoluta que se mide, llamada rotacin especfica, depende de la cadena lateral y
del pH.
Los aminocidos, a diferencia de los glcidos, son todos compuestos que estructuralmente en
la proyeccin de Fischer tienen el grupo amino a la izquierda, es decir, son L-aminocidos,
aunque tampoco signifique que todos ellos sean levorrotatorios porque slo se representa la
configuracin absoluta. Tambin como en el caso de los azcares, las enzimas son
estereoespecficas, no como la sntesis qumica que produce una mezcla equimolar de formas
D y L sin actividad ptica, llamada racmica (racemato). Los aminocidos naturales conservan
su estereoespecificidad cuando se disuelven en agua, pero se pueden racemizar en presencia
de bases muy fuertes, no de cidos, o con cualquier reaccin qumica en la que el carbono

asimtrico tenga que pasar por un intermedio simtrico. La configuracin en L se demostr a

partir del estudio de cristalografa por rayos X en los aos cuarenta.
La treonina y la isoleucina tienen un carbono asimtrico ms, el carbono C, con lo que tienen
diastereoismeros como los glcidos. Losdiastereoismeros son todos los distintos
ismeros de molculas con uno o ms carbonos asimtricos o quirales, y su nmero es 2n,
donde n es el nmero de carbonos asimtricos o centros de asimetra. Ningn
diastereoismero se puede superponer a otro. Losepmeros son dos diastereoismeros
que difieren slo en un carbono asimtrico. Los estereoismeros o
enantimeros son dosdiastereoismeros que difieren en todos los carbonos asimtricos,
de modo que son imgenes especulares el uno del otro. En la proyeccin de Fischer tanto
de la L-isoleucina como de la L-treonina se sitan los grupos hidroxilo y metilo a la derecha de
la cadena, no en vano la isoleucina se sintetiza a partir de la treonina. Las especies de la serie
L que los llevan a la izquierda forman la familia alo, con lo que hay cuatro tipos de cada
aminocido. Por ejemplo:

L-Thr. -NH3+ a la izquierda, -OH a la derecha.

L-alo-Thr. -NH3+ a la izquierda, -OH a la izquierda.

D-Thr. -NH3+ a la derecha, -OH a la izquierda.

D-alo-Thr. -NH3+ a la derecha, -OH a la derecha.

Lo mismo ocurrira para la isoleucina.
En condiciones normales de experimentacin a pH 7, 20 C y con la franja D del sodio (ver 2
Glcidos), los aminocidos muestran el siguiente comportamiento ptico:

Levorrotatorios: Leu, Met, Pro, Phe, Trp, Gly, Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr, Cys e His.

Dextrorrotatorios: Ala, Val, Ile, Lys, Arg, Asp y Glu.

Absorcin electromagntica.
La mayora de las sustancias orgnicas, incluyendo los aminocidos, absorben luz de
longitudes de onda inferiores a las del ultravioleta, aproximadamente por debajo de 220 nm.
Sin embargo, el triptfano, la fenilalanina y la tirosina, todos con grupos bencnicos o
derivados, absorben luz ultravioleta en el entorno de los 260 a 280 nm, lo que se puede utilizar
para cuantificar de manera aproximada la cantidad de protena de una muestra, porque
siempre suelen formar parte de ellas. Adems pueden servir para apreciar cambios
conformacionales en protenas que lleven estos aminocidos.
Caractersticas cido-base.
Todos los aminocidos, cono ya se ha comentado, se encuentran cargados a pH fisiolgico
formando iones dipolares, hbridos o zwitteriones, con lo que tienen una muy buena
solubilidad en agua y forman cristales a partir de disoluciones acuosas neutras de puntos de
fusin muy altos (PF > 200 C), adems de tener constantes dielctricas y momentos
dipolares muy grandes. El comportamiento particular de cada aminocido sirve para
identificarlos en el laboratorio y eventualmente separarlos por cromatografa de intercambio
inico, lo que es un paso necesario para identificar la secuencia de una protena.

Por esta capacidad de presentar al menos dos grupos ionizables se pueden comportar como
cidos o como bases segn las circunstancias, con lo que se son sustancias anfteras segn
la teora de los cidos y bases de Brnsted y Lowry porque pueden tanto aceptar como donar
protones. Al valorar un aminocido con sosa, por ejemplo, se obtienen curvas de valoracin en
las que se establecen dos o tres equilibrios, segn tenga el aminocido una cadena lateral sin
carga o ionizable, respectivamente. En cada caso se consideran como cidos dibsicos o
tribsicos, respectivamente. Cada uno de los equilibrios se caracteriza por una constante,
cuyo logaritmo negativo es el pK correspondiente. En el entorno de pK 1, el aminocido
tiene capacidad tamponante y se puede aplicar la ecuacin de Henderson-

Hasselbalch
. Otro parmetro caracterstico de los aminocidos es su punto isoelctrico, que es el pH en el
que todo l se encuentra sin carga neta, es decir, en forma de zwitterion. Este punto,
representado por pI, se halla experimentalmente de la media de los dos equilibrios que dan
origen al dicho ion dipolar y se encuentra en el punto de inflexin de la curva de valoracin
entre esos dos pK. Estas dos caractersticas se utilizan en el laboratorio para separar
aminocidos en cromatografas de intercambio inico.
En una protena cada residuo que lleve un grupo ionizable mantiene su pK, con lo que la curva
de valoracin de la protena se parecer ms a una pendiente, que variar su inclinacin en
funcin de la fuerza inica, pero que siempre pasa por un mismo punto que es el pI de la
protena.
Aminocidos modificados.
Despus de la sntesis enzimtica de la protena, uniendo los aminocidos correspondientes
en el ribosoma, se pueden dar modificaciones puntuales de los residuos y producir
aminocidos modificados.

4-hidroxiprolina: Es muy importante para estabilizar la estructura terciaria y

cuaternaria del colgeno, que es la protena mayoritaria de los mamferos. La falta
de vitamina C impide la hidroxilacin y se produce la enfermedad llamada
escorbuto, que se caracteriza por las hemorragias y prdida de consistencia de los
tejidos con cada de dientes y pelo.

5-hidroxilisina: Como el anterior.

-N,N,N-trimetillisina y 3-metilhistidina: Se encuentran en las protenas musculares.

-N-acetillisina, N-acetilserina, N,N,N-trimetilalanina y -N-metilarginina: Se

encuentran en protenas ribosmicas y en las histonas.

-carboxiglutamato: Interviene en el proceso de coagulacin porque forma parte

de la protrombina y su falta puede llagar a provocar hemorragias.

O-fosfoserina: La serina es el aminocido que ms se fosforila e interviene en el

control de la transcripcin.

N-formilmetionina: Es el primer aminocido que se traduce en todos los ARNm

procariticos, donde adems sirve de inicio de del proceso.
Aminocidos no proteinogenticos.

Se conocen unos 150 derivados de aminocidos, mayoritariamente en plantas y hongos. Sus

usos ms importantes son como neurotransmisores, segundos mensajeros, hormonas y
antibiticos.

Glicina, cido -aminobitrico (GABA; descarboxilacin en C de Glu), histamina

(descarboxilacin de His) y dopamina (un derivado de Tyr) son neurotransmisores.

Tiroxina (derivado de Tyr) es la hormona tiroidea T4. Se transporta asociada a

albmina y se desyoda mediante desyodasas para formar la hormona T3 ms
activa. Regula el metabolismo en general activando determinados genes como
factores de trancripcin y adems en otras rutas especficas.

Citrulina y ornitina (Orn): Son intermediarios en la sntesis de arginina y urea,

adems de formar parte de algunos antibiticos.

Homocistena (como Met sin el metilo final) es intermediario en la sntesis de

cistena.

S-adenosilmetionina: Se utiliza en los eucariotas para aadir las metilaciones en las

bases del CAP del ARNm.

Azaserina y -cianoalanina son antibiticos derivados de la serina y la alanina.

Colina y etanolamina, que son derivados de la serina, y ella misma son segundos
mensajeros (ver 3 Lpidos).
Reacciones de los aminocidos.
Las reacciones tpicas de los aminocidos son todas las reacciones caractersticas de los
grupos que tienen. Se utilizan para identificar los aminocidos en los hidrolizados, hallar la
secuencia de una determinada protena, modificar determinados aminocidos para detectar
actividades enzimticas y permitir su variacin qumica y para la sntesis qumica de pptidos.
Entre ellas se resaltan las ms importantes.
Reacciones del grupo carboxilo.
Formacin de amidas.
Es la reaccin tpica de condensacin enzimtica por deshidratacin, en la que el grupo
carboxilo de un aminocido se combina con el grupo amino del siguiente. Este enlace se llama
tambin peptdico porque el polmero que se genera, es decir, la protena, tambin puede
llamarse polipptido o pptido a secas.
Formacin de steres.
Reaccin utilizada en la sntesis qumica de protenas para fijar y proteger el carboxilo del
ltimo aminocido, con etanol o fenol, y evitar que reaccione. De esto se deduce que la
sntesis qumica empieza al revs que la sntesis enzimtica, es decir, se empieza a
polimerizar por el extremo C-terminal en lugar de por el extremo N-terminal, que es lo que
ocurre en el ribosoma.
Tambin se utiliza esta reaccin para fijar una protena a un soporte y luego proceder a su
secuenciacin segn el mtodo de la degradacin de Edman.
Formacin de haluros de acilo.

Reaccin tpica de grupos carboxilo en qumica orgnica, consiste en la sustitucin del

hidrgeno cido por un tomo de un elemento halgeno.
Reduccin con LiBH4.
Los carboxilos se reducen a alcohol primario en medio anhidro y en presencia de borohidruro
de litio (LiBH4), que es un compuesto altamente reductor.
Reacciones del grupo amino.
Acilacin con haluros o anhidros de cidos.
Se tratan los aminocidos con haluros o anhidros de cidos, por ejemplo clorocarbonato de
bencilo, que genera un carbobenzoxiderivado del aminocido correspondiente. Se utiliza en la
proteccin el grupo amino en la sntesis qumica de protenas.
Cuando la reaccin se produce en condiciones suaves, como la anterior, se mantiene la
estereoqumica del aminocido, es decir, se mantiene el estereoismero, pero si las
condiciones son ms drsticas, como por ejemplo con calor, se genera una mezcla racmica
Valoracin con ninhidrina.
Esta reaccin es la ms utilizada para revelar aminocidos o pptidos en las cromatografas
en capa fina. La ninhidrina es el hidrato de tricetohidrindeno, y es un oxidante muy fuerte que
provoca la descarboxilacin oxidativa y desaminacin del aminocido, formando el aldehdo
correspondiente, CO2, amonio y una forma reducida de la ninhidrina llamada hidrindantina. En
la segunda fase este derivado vuelve a reaccionar con una molcula de ninhidrina para
condensarse en presencia de amoniaco y formar una sustancia coloreada llamada prpura de
Rueman, que absorbe a 570 nm. Con los iminocidos esto no ocurre porque no tienen el
grupo amino primario, y lo que se genera es una sustancia amarilla que absorbe a 440 nm. Es
una reaccin que se puede valorar en un colormetro porque es proporcional a la cantidad de
aminocido.
Formacin de bases de Schiff.
Puede ocurrir entre cualquier amino primario y cualquier grupo aldehdo, pero en las
protenas, que es donde tiene una importancia relevante, slo las aminas terminales de las
cadenas laterales de la lisina son capaces de producirlas. Es una reaccin de condensacin
en la que se genera un grupo imino, y que suele ser un intermediario en centros de reaccin
que contengan lisina y un substrato con un grupo aldehdo.
Reaccin con cianato.
Se produce la carbamilacin de los aminocidos al unirse un radical cianato al grupo amino (CO-NH2). Se utiliza esta reaccin para modificar la hemoglobina S, que es una mutacin
puntual de la hemoglobina normal en un solo aminocido de la cadena El cambio consiste
en la sustitucin de un cido glutmico cargado y encarado al exterior por un valina apolar y
que obliga a la protena a cambiar de conformacin para no quedar expuesta al agua. El
cambio de conformacin provoca automticamente la falta de funcin, pero no es slo eso,
sino que la nueva conformacin, que es inestable porque tiene un aminocido apolar cerca del
agua, se estabiliza mediante la polimerizacin de molculas de hemoglobina S a travs de la
inclusin de esta nueva valina en un bolsillo hidrfobo de otra molcula. De este modo se

generan largas cadenas de hemoglobina S que deforman el eritrocito y le obligan a adquirir

forma de media luna o de hoz (de ah el nombre) y los hacen inservibles.
Sin embargo los eritrocitos falciformes son resistentes al paludismo, por lo que en los trpicos
se han seleccionado las personas heterocigticas que a pesar de tener una merma en la
resistencia aerbica, son capaces de convivir con el paludismo y no morir.
Al carbamilar la hemoglobina falciforme se obliga a un nuevo cambio conformacional que
restituye una forma parecida a la normal, y por lo tanto una funcin tambin casi normal.
Identificacin de los fragmentos N-terminales.
Son reacciones de fijacin y proteccin de varios tipos, enfocadas a identificar un fragmento
proteico concreto en distintos procesos de secuenciacin. Estas reacciones de secuenciacin
son los procesos de Sanger (con dinitrofluorobenceno), la dansilacin con cloruro de dansilo y
Edman (con fenilisotiocianato). Esta ltima es la ms importante y la que utilizan los
secuenciadores automticos, porque degrada la cadena residuo a residuo sin tener que
hidrolizarla entera.
Reacciones de los grupos de la cadena lateral.
Suelen ser reacciones ms cualitativas que cuantitativas. De las cadenas laterales capaces de
reaccionar significativamente se encuentran el grupo hidroxifenilo de la tirosina, el grupo
guanidino de la arginina y el grupo tiol de la cistena, que merece una mencin aparte porque
es el ms reactivo de todos y el ms importante en el mantenimiento de la estructura proteica.
En ese caso, las reacciones del grupo tiol son las siguientes.
Formacin de puentes disulfuro.
Dos molculas de cistena cercanas oxidan los grupos tiol en presencia de ion ferroso (Fe2+)
y oxgeno para formar un enlace disulfuro y un nuevo aminocido que es la unin de dos
cistenas llamado L-cistina. En el medio celular esta reaccin est catalizada por la proten
disulfuro isomerasa, que se encuentra en el retculo endoplsmico, del que es marcador, y une
dos residuos de cistena que han quedado cercanos debido al plegamiento de la protena.
Estos enlaces mantienen covalentemente la estructura de la protena e impiden su fcil
desnaturalizacin.
Los puentes disulfuro se tienen que reducir en el laboratorio para realizar determinados
ensayos en las protenas como electroforesis en condiciones desnaturalizantes y
secuenciacin de protenas, para lo que se utiliza -mercaptoetanol (que da dos cistenas ms
una molcula de di--dihidroxietildisulfuro), y tambin para mantener los residuos de cistena
reducidos en los centros activos de las enzimas, en donde se utiliza ditiotreitol.
Formacin de mercptidos metlicos.
La cistena reacciona con metales pesados como el aluminio y el mercurio produciendo los
mercptidos correspondientes.
Reaccin de desplazamiento de Ellman.
Es una reaccin cuantificable que mide el nmero de cistenas presentes en una muestra. El
reactivo de Ellman es el cido 5,5'-ditiobis(2-nitrobenzoico), que interacciona con el grupo tiol
para dar cido tionitrobenzoico en una reaccin equimolar para cada residuo de cistena.

Pptidos.
Un pptido es la unin de un nmero limitado de aminocidos, hasta cincuenta, mediante la
formacin de enlaces amida entre los grupos amino y carboxilo unidos al carbono . Tal y
como se sintetizan en la clula, se comienza por el extremo N-terminal y se acaba por el
extremo C-terminal, nombrando todos los aminocidos por orden cambiando la terminacin
-ina por -il, excepto la del ltimo que queda invariable. Adems por convencin siempre se
escriben de izquierda a derecha segn se nombran y se sintetizan. En el momento que un
aminocido forma parte de una cadena pasa a llamarse resto o residuo, para resaltar el hecho
de que est unido.
Sntesis en la clula.
La formacin del enlace peptdico es muy cara energticamente, pero sin embargo la
evolucin ha mantenido el sistema de sntesis proteica prcticamente invariable a lo largo de
millones de aos, con lo que debe suponer alguna ventaja aadida. Adems es uno de los
mtodos universales que, junto con el cdigo gentico y las bases moleculares de la herencia,
refuerzan la idea de que todos los seres vivos conocidos surgieron de un mismo antecesor
comn en el que ya se daban estos mecanismos, que tuvieron tanto xito que
automticamente eliminaron todo lo que pudiera haber habido. El mecanismo de sntesis
proteica sigue el dogma central de la Biologa y constituye el ltimo paso: la traduccin.
En la clula se sintetizan los pptidos gracias a una compleja maquinaria bioqumica diseada
evolutivamente a tal efecto: el ribosoma. ste es un complejo ribonucleoproteico (RNP) que
incluye en su composicin ARN especial llamado por esto ribosmico (ARNr). Este complejo
se puede descomponer en dos subunidades, llamadas grande y pequea, entre las que corre
una cadena de ARNm con la informacin de la protena que se va a sintetizar. Como se ha
visto anteriormente, el ribosoma se desplaza fsicamente a lo largo del ARNm a saltos de tres
en tres bases, correspondiendo cada uno de esos tripletes o codones a un aminocido,
merced al cdigo gentico. En procariotas es siempre la formilmetionina (fMet) el primer
aminocido que se incorpora en un sitio especial de la subunidad grande, llamado sitio P o
peptidilo, que est justamente sobre el codn de iniciacin AUG. El siguiente codn est
debajo de otro sitio en el ribosoma llamado sitio A o aminoacilo. Ni los aminocidos ni el
ribosoma son capaces de reconocer por s solos dnde se tienen que incorporar, por lo que
necesitan una molcula que haga las veces de cdigo para que el ribosoma, que es el
descodificador, pueda convertir el ARNm en protena. Estas molculas que son el cdigo son
los ARNt (transferentes, o tambin ARNs, solubles), y hay, evidentemente, al menos tantos
como aminocidos, a los que se unen especficamente gracias a enzimas al efecto que son
las aminoacil-ARNt sintetasas, que tambin son especficas de aminocido y de ARNt. As que
todos los aminocidos se incorporan al ribosoma como aa-ARNt, pero por simplicidad se
obviar en adelante.
Una vez estn la fMet y el siguiente aminocido en los sitios del ribosoma, se produce un
ataque nucleoflico por parte del grupo amino del segundo aminocido al grupo carboxilo del
primero (por el que se une al ARNt), con lo que se genera un dipptido en el sitio A, y el sitio P
se queda slo con el fMet-ARNt. Esta reaccin est catalizada por la peptidil transferasa, que
es una de las protenas de la subunidad grande del ribosoma. Despus de esto, el ribosoma
entero se tiene que mover exactamente tres nucletidos a lo largo del ARNm, con lo que el
pptido recin formado pasa al sitio P y se descubre de nuevo el sitio A con un nuevo codn
libre al que se tiene que incorporar otro aminocido. El ARNt del primer aminocido pasa a

otro sitio del ribosoma, llamado sitio E o de salida (del ingls exit), tras lo cual vuelve a
disociarse y a flotar en el citoplasma para ser cargado de nuevo con su aminocido especfico.
Otra vez se est en la situacin de partida, en la que hay un pptido en el sitio P y el sitio A
est vaco para que se incorpore el siguiente aminocido.
Por cada aminocido incorporado se hidrolizan cuatro enlaces ricos en energa:

En la unin de aminocido al ARNt.

En la incorporacin del aminocido al sitio A.

En la formacin del enlace peptdico.

En la translocacin del ribosoma al codn siguiente.

Sin embargo, slo se conservan cuatro en el enlace, por lo que toda la energa no utilizada
sirve para mantener la fidelidad del proceso.
El enlace peptdico.
En la dcada de los treinta, Linus Pauling y descubrieron en ensayos acerca de los cambios
conformacionales de las protenas que el enlace peptdico tiene unas caractersticas que lo
hacen especial. La distancia del enlace C - O es la mitad entre la que correspondera a un
enlace doble (que es lo previsible en una amida) y un enlace simple, y otro tanto ocurre ene el
caso del enlace con el nitrgeno del resto siguiente. Estos datos hacan suponer que el enlace
era un hbrido de resonancia de dos formas extremas como las que se representan en la
figura de la izquierda. Esto hace que el enlace peptdico sea polar, por la mayor densidad de
carga electrnica alrededor del oxgeno, y adems tiene caractersticas de doble enlace, con
lo que es plano y puede presentar isomera cis-trans.
De hecho, todos los restos que se van incorporando a una cadena polipeptdica en elongacin
siempre forman enlaces en trans, nunca en cis, debido a la menor repulsin estrica de las
cadenas laterales R y al mayor alejamiento de los C: 4,04 en el trans frente a 2,8 en el
cis. Slo la prolina aparece unida mediante enlaces en cis gracias a una modificacin
posttraduccional producida por la peptidil prolil cis-trans isomerasa, y de hecho aunque esta
configuracin del enlace es 2 Kcal/mol ms energtica que la trans, la diferencia es
inapreciable porque la cadena lateral de la prolina est ciclada con el grupo amino (imino), con

lo que no hay diferencia sustancial en tanto a repulsiones estricas se refiere porque siempre
so muy altas. La prolina se incorpora en determinados sitios de la cadena polipeptdica que
necesitan un cambio brusco de direccin, porque la rigidez de este aminocido, unida a la
configuracin en cis y luego generalmente una glicina, que permite giros cerrados forman los
llamados giros o acodalamientos .
ngulos de enlace.
Como el enlace peptdico es plano y rgido, los nicos enlaces del esqueleto proteico que
pueden girar sobre su eje son los que unen el C con sus respectivos grupos amino y
carboxilo (excepto la prolina, claro). Los ngulos que pueden tomar desde un cero terico en
el que los dos enlaces peptdicos que flanquean un mismo carbono asimtrico se superponen
en un mismo plano, estn limitados por las repulsiones estricas que podran establecerse
entre los diferentes grupos cercanos. El investigador hind Ramachandran dedujo los lmites
mnimos y extremos entre los que se mueve el dimetro de cada tomo y observ que slo
haba una diferencia de 0,1 , por lo que la diferencia entre los radios mnimo y extremo de
Van der Waals (la zona de influencia de cada tomo) es de 0,05 . Sabiendo que el ngulo
es el que puede tomar el enlace C - N alrededor de su eje, y el ngulo es el que toma el
enlace C - CO alrededor del suyo, ambos contados en el sentido de las agujas del reloj si se
observan los enlaces desde el C, Ramachandran represent todos los pares de valores
tericos teniendo en cuenta los impedimentos estricos en un cuadro bidimensional /. De
esta representacin se dedujo que slo un 15% de todos los posibles valores estn permitidos
en las protenas, siendo todos los dems imposibles porque los grupos se estorbaran unos a
otros.
Mediante ensayos de laboratorio se ha comprobado la exactitud de las representaciones de
Ramachandran y su utilidad para calcular ngulos de enlace de estructuras tericas. Adems
se ha comprobado cmo la glicina puede formar casi cualquier ngulo de enlace salindose
de ese 15%, dado el pequeo tamao de su cadena lateral, y que la prolina restringe sus
ngulos de enlace a un puado de pares muy cercanos unos a otros.
Importancia de los ismeros en el enlace.
Ramachandran fue capaz de hacer la representacin de los ngulos de enlace porque slo
hay dos, es decir, porque slo hay -aminocidos en las protenas. Si en lugar de aminocidos fueran todos -aminocidos, habra tres enlaces alrededor de los cuales se
podran hacer giros, cada uno con sus propias limitaciones estricas, pero que en principio
haran un nmero al cubo de posibles conformaciones, en lugar de un nmero al cuadrado. La
conclusin terica a la que se llega es que, como en las protenas slo hay -aminocidos, los
-aminocidos han tenido que sufrir un proceso de seleccin contraria por el simple hecho de
que permiten tal cantidad de conformaciones, al alejar tanto los grupos grandes, que sera
imposible llegar en un tiempo biolgicamente lgico (unas horas) a una conformacin
mnimamente estable en una protena. Esto llevara a la imposibilidad de realizar la funcin
correctamente, porque adems cabran varias conformaciones estables a las que se podra
llegar por caminos diferentes segn cmo les haya dado por colocarse a los enlaces. La
existencia de -aminocidos responde a la necesidad de limitar el nmero de mnimos
energticos disponibles para una cadena polipeptdica porque desde un principio tienen
limitado sus ngulos de giro y, por tanto, los caminos por los que puede irse plegando la
protena.

Todas las protenas estn adems compuestas de L-aminocidos, y las vas principales de
sntesis y degradacin utilizan estos estereoismeros y no otros, salvo posteriores
modificaciones. No se sabe por qu esta seleccin, pero s se ha podido comprobar que los
polmeros hechos de una mezcla de D- y L-aminocidos son inestables, as que ahora la
pregunta es por qu se escogi la familia L. Realmente se cree que fue por puro azar la
primera que se utiliz y as sigui.
Propiedades pticas.
Todos los pptidos tienen propiedades pticas porque estn hechos de monmeros
pticamente activos. Cuando son cortos y la estructura es abierta, es decir, sin plegamientos,
la actividad ptica del pptido es la suma de las actividades de cada aminocido, pero cuando
la cadena se alarga y aparecen estructuras de orden superior, la actividad ptica deja de tener
una relacin con la secuencia de aminocidos.
Propiedades qumicas de los pptidos.
Los pptidos muestran bsicamente la unin de todas las propiedades qumicas de los
aminocidos que los componen, con la salvedad de que los grupos amino y carboxilo unidos a
los C no pueden reaccionar porque estn formando parte del enlace peptdico excepto los de
los extremos N- y C-terminales.
Propiedades cido-base.
Los pptidos tienen al menos los grupos ionizables de los extremos de la cadena, ms los de
las cadenas laterales, por lo que tambin pueden forman cristales de elevado punto de fusin,
y adems se pueden valorar como si fueran aminocidos. Hay que resaltar que los pKa de los
grupos -amino y -carboxilo libres, es decir, los de los extremos de la cadena, se van
suavizando respecto a los de los aminocidos libres a medida que la longitud aumenta porque
la mayor distancia evita los efectos electrostticos y de induccin que se dan entre esos
grupos de carga opuesta cuando estn cerca. Sin embargo esto no ocurre con los grupos
ionizables de las cadenas laterales, que mantienen los pK muy cerca de los valores del
aminocido libre.
Se puede determinar el pI de un pptido del mismo modo que el de un aminocido, slo que
ahora es ms difcil porque la curva de valoracin ya no presenta escalones tan marcados,
sino que se van suavizando hasta parecer una pendiente. En este caso es recomendable
valorar el pptido a distintas temperaturas, y en el sitio donde se crucen las distintas curvas
estar el pI.
Reacciones de identificacin.
Como las anteriores, son iguales o muy parecidas a las de los aminocidos. Tambin se
revelan los pptidos con ninhidrina despus de una electroforesis o de una cromatografa,
pero una reaccin que es tpica de pptidos y que con aminocidos no se da es la reaccin
del biuret, porque se necesita la interaccin con el enlace peptdico. Se basa en el
establecimiento de enlaces de coordinacin entre cuatro enlaces peptdicos consecutivos dos
a dos en dos cadenas (o dos partes de la misma) que se encuentren paralelas, todo esto en
medio bsico con sosa. Una tcnica parecida es la tcnica de Lowry, que utiliza el reactivo de
Folin (tungstato y molibdato de sodio en cido fosfrico y clorhdrico), pero es diez veces ms
sensible: 0,1 a 1 mg de protena/ml frente a 1 a 10 mg/ml. En ambos casos se forma el mismo
complejo que es coloreado y absorbe a 640 nm.

Pptidos no proteinogenticos.
Glutatin.
La frmula es -Glu-Cys-Gly, con lo que el enlace peptdico entre el glutmico y la cistena se
realiza mediante el grupo carboxilo en y no con el que sera corriente. Est presente en
grandes cantidades en las clulas de animales superiores (5 mM) y forma parte del sistema de
transporte de aminocidos al interior celular, catalizado por la -glutamil transferasa, que
adems acta como reductor de centros activos, activador de enzimas y como protector en la
oxidacin de lpidos.
Carnosina.
Es la -Ala-His. El residuo de alanina es un -aminocido. Es frecuente en el msculo.
Tirocidina A.
Es un pptido cclico y con algunos aminocidos en la forma D. Lo sintetiza una especie
de Bacillus y es bastante txico porque es un sistema de proteccin contra las peptidasas, que
las bloquea.
Hormonas.

Factor regulador del hipotlamo.

Hormonas de la hipfisis posterior: Oxitocina y vasopresina.

Bradiquinina, que es un nonapptido existente en el plasma sanguneo.

Antibiticos.

Valimonicina, cclico.

Gramicidina.
Determinacin de la secuencia de aminocidos.
Actualmente se sigue el protocolo de Sanger establecido en 1953, aunque slo parcialmente y
adaptado a cada caso concreto. Sin embargo el descubrimiento del cdigo gentico y la
capacidad que se tiene hoy da para construir fragmentos de ADNc ha limitado esta tcnica al
papel de una comprobacin, ms que un resultado en s misma, de la secuencia deducida a
partir de los fragmentos de material gentico que se conservan en genotecas. Esto se debe a
que la tcnica no permite secuenciar fielmente pptidos de ms de 50 60 aminocidos, a
pesar de que el mtodo se ha automatizado totalmente y ya no se hace eterno, pero sigue
teniendo algunas limitaciones como se ver ms adelante, y que son los pasos que no se
realizan hoy da.
Actualmente, al purificar una protena, directamente se corta en pptidos que se separan en
HPLC y se secuencian automticamente, pero tampoco del todo. Si no se conoce la protena,
se fabrica una sonda degenerada (con inosina en el lugar de la base del tambaleo) que
localiza el ARNm del que se fabrica luego el ADNc, que se amplifica mediante una PCR. Con
el ADNc parcial se busca en una genoteca de ADNc el fragmento completo para determinar si
la protena se corresponde o por el contrario es nueva, porque sabiendo la secuencia del
ADNc se sabe tambin la de la protena que codifica.

El protocolo se divide en los siguientes pasos:

Separar las subunidades. Se suele saber cuntas hay por el nmero de

extremos N-terminales.

Reducir los puentes o enlaces disulfuro con -mercaptoetanol y posterior

alquilacin con yodoacetato para que no se oxiden con el oxgeno y vuelvan a

formar puentes disulfuro. Tambin se pueden someter a la reaccin de Ellman para
su cuantificacin.

Hidrlisis total del pptido y determinacin de la composicin de aminocidos.

Aqu es donde el mtodo tiene su principal punto dbil, que se obvia en la
investigacin actual.

Identificar los extremos N- y C-terminales.

Hidrlisis parcial del pptido, ya sea qumica o enzimtica.
Secuenciacin de cada uno de los pptidos mediante la reaccin, degradacin o
recurrencia de Edman (el nombre es lo de menos).

Otra hidrlisis parcial distinta a la anterior que proporcione pptidos distintos

que al secuenciarse puedan ser comparados a los anteriores.

Superposicin de los grupos de pptidos obtenidos en las dos hidrlisis

anteriores para poder llegar a una secuencia coherente comn a los dos mtodos
de hidrlisis parcial. Puede que se necesite otra hidrlisis parcial diferente, si el
pptido es muy repetitivo, aunque en tal caso se hace realmente difcil.

Determinar el nmero y las posiciones de los distintos enlaces o puentes

disulfuro, generalmente por cromatografa diagonal o bidimensional y la posterior

secuenciacin del pptido que lo contiene.
Una vez llegamos a una protena o pptido purificado por algn mtodo de los de Santarn
(centrifugacin, precipitacin selectiva con sulfato de amonio, diferentes cromatografas de
intercambio inico, afinidad o filtracin molecular y determinacin de la actividad), hay que
separarlo en sus subunidades (si tiene) y reducir los enlaces disulfuro. Como todo esto no se
sabe a priori, se somete la protena a una cromatografa en condiciones desnaturalizantes
para separarla en bandas, si es que tiene subunidades, o bien para tenerla almacenada en
papel y poder luego trabajar con ella. Los extremos tiol libres se tiene que alquilar formando
los S-carboxiderivados correspondientes porque si no volvern a oxidarse y no se podrn
separar.
La protena o subunidad aislada se somete luego a una hidrlisis total cida con HCl 6 N en
condiciones de vaco y a 100 120 C durante 10 a 24 horas. Con esto se consigue separar
totalmente los aminocidos sin producir racemizacin, pero el triptfano y, en mucha menor
medida, la serina y la treonina, son destruidos y desaparecen como tales. Adems los enlaces
amida de la glutamina y la asparagina tambin se hidrolizan y pasan a ser glutamato y
aspartato, respectivamente, y adems se produce amonio que comienza a subir en pH. A
veces se hace una segunda hidrlisis bsica con NaOH, con la que se destruye la cistena, la
cistina (si no se ha reducido antes), la serina y la treonina, adems de producirse
racemizacin de los aminocidos, pero se conserva el triptfano, por lo que slo se utiliza para
saber dnde est. Esta eliminacin de aminocidos es lo que supone un obstculo a la hora
de realizar este protocolo.

Despus de la hidrlisis total, los aminocidos se separan en una cromatografa de

intercambio inico, de la que se pueden eluir con variaciones tanto de pH como de fuerza
inica.
Para identificar los extremos N- y C-terminales se puede recurrir a tres mtodos:

Reaccin de Sanger: Consiste en la formacin de derivados del aminocido N-

terminal. Esto se consigue con el 2,4-dinitrofluorobenceno, que en medio

ligeramente bsico provoca la condensacin con el grupo amino libre, que en esas
condiciones no est protonado, para formar un 2,4-dinitrofenilderivado y una
molcula de cido fluorhdrico. Despus se somete la protena a hidrlisis total y se
realiza una cromatografa para detectar el aminocido que estaba en primer lugar,
es decir, el extremo N-terminal. Tiene el problema de que si ese aminocido es de
los que se eliminan o modifican en la hidrlisis, no se podr detectar a menos que
se tenga un patrn cromatogrfico de los aminocidos a los que se modifican en la
hidrlisis y adems se les ha unido un radical 2,4-dinitrofenilo. Adems tambin se
podra unir el reactivo al grupo amino de la asparagina y la glutamina.

Dansilacin: Bsicamente igual que la anterior, pero se utiliza el cloruro de

dansilo (cloruro de 1-dimetilaminonaftaleno-5-sulfonilo), que al combinarse con el

aminocido correspondiente en las mismas condiciones que la reaccin de Sanger
forma un dansilderivado que es fluorescente y se detecta en un colormetro de
manera mucho ms fiable y precisa (pmol). Tiene los mismos problemas de
deteccin que el anterior.

Degradacin, secuencia o recurrencia de Edman. Actualmente es la nica

reaccin de secuenciacin que se utiliza, y adems es un proceso totalmente

automatizado. Tiene la enorme ventaja de que no hace falta hidrolizar toda la
protena, y de que es un mtodo secuencial y recurrente, en el que se van
hidrolizando los aminocidos uno a uno empezando por el extremo N-terminal, con
lo que se conserva la direccionalidad N!C de la sntesis biolgica. El reactivo es el
fenilisotiocianato (PITC), que en medio bsico con trimetilamina sufre en su
carbono del grupo ciano un ataque nucleoflico por parte del amino terminal
desprotonado, como si fuera una reaccin de elongacin en el ribosoma. La
disposicin de la estructura electrnica de los enlaces del feniltiocarbamilderivado
(PTC) es muy energtica, y cambiando a condiciones cidas con cido
trifluoroetanoico al 100% se produce la rotura del enlace peptdico entre los dos
primeros aminocidos porque el grupo tioamida que se forma realiza un ataque
nucleoflico sobre el carbono carboxlico del primer aminocido, es decir, el azufre
se une al carbono carboxlico y lo separa del amino del siguiente aminocido,
liberando una molcula de anilinotiazolinona del aminocido correspondiente (aaATZ) y dejando el pptido con un resto menos y un nuevo extremo amino libre.
Luego se pasa a condiciones de cido trifluoroetanoico al 25%, en las que se altera
la estructura del aa-ATZ y se forma un feniltiohidantonderivado (PTH-aa) que es lo
que se detecta mediante HPLC.
Cuando el extremo N-terminal se encuentra bloqueado o combinado con algo, como una
acetilacin, que es producto de separar las protenas en electroforesis en geles de
poliacrilamida, se tiene que fabricar un extremo N-terminal nuevo y para ello se recurre a la
hidrlisis parcial qumica o enzimtica con peptidasas. De este modo tenemos una coleccin
de fragmentos susceptibles de ser secuenciados y conocidos.

El carboxilo terminal se detecta hacindolo reaccionar con borohidruro de litio para formar un
alcohol primario, y luego realizando una hidrlisis total para detectarlo en una cromatografa.
Tambin se puede recurrir a una hidracinolisis, en la que la hidracina (NH2-NH2) rompe los
enlaces peptdicos formando un aminoacilhidracida de todos los aminocidos excepto del
ltimo (C-terminal), porque ste no formaba parte de ningn enlace peptdico. ste tambin se
detecta en una cromatografa. Otro modo de detectar el extremo C-terminal es utilizar las
enzimas carboxipeptidasas, que eliminan secuencialmente los restos de uno en uno
comenzando por ese extremo.
El ltimo paso del protocolo, pero que es el primero que se realiza actualmente, es la digestin
o hidrlisis parcial de la protena con unas enzimas llamadas proteasas o peptidasas, que son
capaces de reconocer enlaces peptdicos en los que interviene un aminocido concreto, y
cortar exactamente en ese punto la cadena polipeptdica. Estas enzimas se dividen en dos
grandes categoras segn corten enlaces internos o terminales en endopeptidasas y
exopeptidasas, respectivamente.

Endopeptidasas:

Dependen del primer aminocido del enlace, es decir, que cortan el enlace aa1-CN-aa2 segn cmo sea aa1. Se dice que cortan detrs de:

Tripsina: Corta detrs de Lys y Arg, es decir de aminocidos bsicos con carga, y
siempre que detrs no haya un prolina. Es altamente especfica y la imposibilidad
de cortar antes de prolina se debe a la cadena lateral ciclada. Se encuentra en el
estmago y es especialmente activa a pH 2.

Quimiotripsina: Corta detrs de Phe, Tyr, Trp y Leu, es decir aminocidos

aromticos o muy hidrfobos. Tampoco puede haber prolina detrs.

Clostripana: Corta siempre detrs de arginina.

Dependen del segundo aminocido del enlace, es decir, cortan el enlace aa1-C-Naa2 segn cmo sea aa2. Se dice que cortan delante de:

Pepsina: Corta delante de aminocidos aromticos o muy hidrfobos y tambin de

aminocidos cidos: Phe, Tyr, Trp, Leu, Asp y Glu; y siempre que el aminocido
anterior no sea la prolina. Sustituye a la tripsina en el intestino y es activa a pH 7.

Termolisina: Corta delante de aminocidos aromticos y alifticos (con cadena

lateral de hidrocarburo simple) siempre que sean ramificados: Phe, Tyr, Trp, Leu, Ile
y Val. Tampoco puede haber una prolina antes.

Exopeptidasas: Slo se enumeran dos carboxipeptidasas, pero hay muchas ms:

Carboxipeptidasa A: Corta todos los extremos C-terminales excepto si son residuos

de aminocidos bsicos con carga a pH fisiolgico o prolina, es decir, corta los
extremos que no sean Arg, Lys o Pro. Aunque la histidina tambin es un
aminocido bsico, la forma mayoritaria est desprotonada y sin carga a pH
fisiolgico, lo que unido a su rareza la excluyen de la lista antes mencionada.
Adems de esto, no cortar ningn extremo si el resto anterior es uno de prolina.

Carboxipeptidasa B: Corta todos los extremos excepto los que sean de

aminocidos bsicos con carga (otra vez sin His) o de cistena, es decir, corta los

extremos que no sean Arg, Lys o Cys, y tampoco cortar si hay un resto de prolina
anterior.
Los mtodos de rotura parcial qumica se pueden resumir en los siguientes:

Bromuro de ciangeno (BrCN): Es altamente especfico y corta siempre por el lado

carboxilo de metionina, es decir, corta detrs de metionina.

Hidracinolisis: Es una hidrlisis total si se utiliza en exceso. Si no se rompe al azar.

Degradacin de Edman: Es la hidrlisis selectiva del extremo N-terminal.

cido frmico: hidroliza los enlaces Asp-Pro.

N-clorosuccinimida: Hidroliza en posiciones de triptfano.

Los distintos pptidos generados en la hidrlisis parcial se tienen que separar por
cromatografa de intercambio inico, papel o filtracin molecular o por electroforesis en geles
de poliacrilamida con un tamao de poro pequeo (15% a 20%), pero lo mejor para separar
dos muestras procedentes de distintos tipos de hidrlisis parcial es realizar un mapa peptdico
o experimento de huella, que consiste en realizar una primera dimensin cromatogrfica y una
segunda dimensin electrofortica. Con esto se consigue una separacin aceptable de los
distintos fragmentos, de los que a continuacin se obtiene su secuencia siguiendo el mtodo
de la degradacin de Edman.
Con todos los datos obtenidas de la secuenciacin se tiene que poder llegar a dos sucesiones
iguales de aminocidos, cada una con la misma secuencia, pero formadas por los fragmentos
procedentes de un solo mtodo de hidrlisis parcial. Este proceso equivale al de encajar un
rompecabezas. Si los resultados de la secuenciacin no son concluyentes, puede ser
necesaria una tercera hidrlisis parcial siguiendo otro mtodo diferente a los anteriores.
La localizacin de los puentes disulfuro se lleva a cabo mediante una electroforesis diagonal
de los distintos pptidos producidos por una hidrlisis parcial cualquiera, en la que la primera
dimensin se mantienen los enlaces disulfuro, pero que al cargar la segunda dimensin se
reducen con cido perfrmico, con lo que donde aparezca un punto desdoblado es que haba
un enlace. Estos fragmentos se recortan y secuencian para determinar las cistenas
responsables de los enlaces disulfuro, tomando como patrn la protena entera previamente
sintetizada.
Sntesis qumica de pptidos.
Los pptidos se sintetizan qumicamente para obtener anticuerpos, hormonas y vacunas
sintticas, as como para determinar la funcin de segmentos de protenas nuevas o
purificadas.
Como los aminocidos tienen al menos dos grupos reactivos, hay que ir protegiendo los que
convenga en cada una de las etapas de la sntesis. Actualmente se sigue el procedimiento de
Merrifield, por el que gan un premio Nobel, aunque el trabajo lo realizan mquinas
automticas. Con este mtodo se sintetizan los pptidos al revs de cmo se realiza en las
clulas, es decir, se comienza por el extremo C-terminal y se van uniendo de cada vez los
aminocidos que estn antes en la secuencia.

Primero se tiene que unir el ltimo aminocido mediante su extremo C-terminal a una resina
de poliestireno, con lo que queda anclado a ella (esto fue lo que dio el premio a Merrifield) y,
adems, se protege su grupo carboxilo. Previamente su grupo amino se ha protegido con
cloruro de terbutiloxicarbonilo (TBOC) para que no reaccione con la resina, pero ahora
interesa dejarlo al descubierto, con lo que se lava el aminocido unido a la resina con cido
tricloroetanoico para liberar el extremo amino. Este proceso se lleva a cabo sobre un filtro
porque la resina no puede pasar a su travs, con lo que es mucho ms cmodo que una
sntesis en fase lquida. Al lavar la resina se libera el TBOC como CO2 y metilbutano.
Una vez se tiene el aminocido fijado con su extremo amino libre, hay que ponerlo en contacto
con el otro aminocido. ste tambin viene con su extremo N-terminal protegido con TBOC,
pero su extremo C-terminal est activado con diciclohexilcarbodiimida, que al condensarse
con el amino del aminocido unido se libera en forma de diciclohexilurea. De este modo se
consigue un dipptido unido a la resina por su extremo C-terminal y con el extremo N-terminal
protegido con TBOC. Para continuar la sntesis se vuelve a lavar la resina con cido
tricloroetanoico y a repetir los pasos anteriores.
Este mtodo permite buenos rendimientos si no se sobrepasan los veinte aminocidos
sintetizados, pero baja drsticamente al aumentar el nmero, as como con la inclusin de
lisina, porque tiene otro grupo amino sobre el que se podra aadir el aminocido, en lugar de
sobre el grupo amino normal.
Plegamiento proteico.
Causas del plegamiento.
Las fuerzas que guan el plegamiento de una cadena polipeptdica son todas interacciones
dbiles debidas al reconocimiento intramolecular entre partes de la misma molcula. Para que
este reconocimiento se produzca debe haber complementariedad espacial y una unin de
fuerzas.
El plegamiento se realiza en un entorno celular.
Aunque la secuencia de aminocidos determina en gran medida el plegamiento y, por tanto, la
forma final de la protena, no hay que olvidar que sta se encuentra en un medio celular, en el
que tiene algunas facilidades y limitaciones.
Para empezar, en el citoplasma existen unas protenas que ayudan a la cadena polipeptdica a
comenzar su plegamiento y, en cierto modo, restringen el nmero posible de conformaciones
para un segmento concreto de la protena a unas cuantas que son rpidamente accesibles.
Con esto se consigue una necesaria rapidez hasta llegar a la forma definitiva y, adems, se
procura que los elementos de los que luego se vaya a componer la protena sean unos
cuantos, y no todos los posibles.
No podemos olvidar que el entorno de plegamiento es bsicamente agua. En ella la constante
dielctrica es cercana a ochenta, con lo que todas las interacciones de los grupos R entre
ellos y con el agua van a estar muy limitadas, si son inicas. Por esto el principal motor del
plegamiento proteico son las interacciones ms dbiles: fuerzas de Van der Waals, puentes de
hidrgeno e interacciones hidrofbicas.
Fuerzas de naturaleza entrpica y entlpica.

Ya se ha adelantado que el entorno acuoso es determinante a la hora de plegar una protena.

En este medio las fuerzas electrostticas o de carcter elctrico, como son las que se dan
entre grupos cargados, con un dipolo, entre dipolos, fuerzas de Van der Waals y puentes de
hidrgeno, ven muy limitado su rango de accin. Esta limitacin es ms fuerte cuanto mayor
sea la fuerza que la genera. De este modo no se van a encontrar nunca restos cargados en el
interior de las protenas, donde el entorno es apolar, porque su interaccin con el agua es muy
fuerte; otro tanto ocurre con los aminocidos polares. Sin embargo, los restos no hidrfilos que
pueden interaccionar entre s mediante fuerzas de Van der Waals s lo hacen, y se apilan en el
interior de las protenas porque interaccionan muy dbilmente con el agua.
Adems de estas consideraciones cabe destacar el puente de hidrgeno, que es una especie
de interaccin dipolo-dipolo en la que un tomo de hidrgeno se une a otro muy
electronegativo (O, N), con lo que se genera un momento dipolar muy fuerte capaz de
interaccionar con otro tomo electronegativo para compartir el protn (H+). Es un enlace muy
direccional y se da en todos los carbonilos y aminas del enlace peptdico, lo que en el interior
de las molculas ayuda a mantener la estructura dado su carcter aditivo y son los principales
mantenedores de la forma despus de que la protena se haya plegado, dando elementos
peridicos repetitivos que conforman la estructura secundaria. No rebajan significativamente la
energa porque la propia estructura les impide llegar a su mnimo energtico, que es -4
Kcal/mol, y se quedan en -3 Kcal/mol.
Se ha dicho que en un entorno acuoso las fuerzas de naturaleza entlpica antes mencionadas
quedan apantalladas por la gran constante dielctrica del agua. Por eso son las fuerzas de
naturaleza entrpica las que ejercen y guan en mayor medida el plegamiento. Estas fuerzas
responden a la naturaleza misma del agua, y su efecto es lo que anteriormente se conoca
como fuerzas hidrofbicas o interacciones hidrofbicas que no son tales, sino slo la
consecuencia. De todos los restos de una protena, los polares desordenan las molculas de
agua al formar la capa II de solvatacin (recordar 1 Introduccin), pero los apolares obligan a
las molculas del agua a ordenarse a su alrededor para formar una caja de solvatacin. Esto
disminuye la entropa del sistema, con lo que espontneamente los restos apolares se apilan
para formar una caja de solvatacin comn con menos molculas de agua ordenadas, dentro
de la cual ya no se siente la gran constante dielctrica, que puede bajar a niveles cercanos a
1. Esto refuerza la unin por fuerzas de Van der Waals o por puentes de hidrgeno y estabiliza
esa parte de la protena ya plegada.
Balance energtico del plegamiento.
Los trminos entrpico y entlpico de la protena se tienen que sumar a los del agua. De esto
se observa que la protena disminuye bastante su entropa, pero el agua la aumenta
enormemente porque el efecto hidrofbico se une al desorden de la capa II de solvatacin
creada en torno a residuos polares. El balance energtico es comparativamente menor que la
ganancia de entropa, lo que da idea de la importancia de este trmino para juzgar la
espontaneidad en el plegamiento proteico.
Una manera de adivinar dnde van a quedar los aminocidos una vez plegada la protena es
usando la relacin que existe entre el tamao y la superficie molecular accesible al agua,
utilizando el radio de Van der Waals como referencia. Cuanto mayor sea esta superficie,
mayor tendencia a estar en el interior tiene el aminocido y por tanto mayor hidrofobicidad.
Con ste y otros datos se pueden construir tablas de hidrofobicidad e hidrofilicidad y

combinarlas para dar tablas de hidropata, en las que los valores negativos y positivos indican
el carcter apolar o polar del aminocido en cuestin.
De todo lo anterior se puede deducir si un resto va a quedar expuesto al agua o por el
contrario va a quedar dentro de la protena, as como la espontaneidad del plegamiento.
Mantenimiento de la estructura.
Las fuerzas que mantiene la integridad conformacional y, por tanto, funcional de la protena,
son cooperativas e intervienen en el interior de la protena una vez que se ha plegado. Esto se
comprueba en los diagramas de desnaturalizacin por calor, en los que se ve cmo al llegar a
una temperatura crtica de fusin Tm (de melting, fusin en ingls), se provoca la rotura de
algunos puentes de hidrgeno que hacen que el resto colapse como un castillo de naipes que
estaba en equilibrio y le quitan una sola carta del medio.
Puentes disulfuro.
Si despus de que una protena se haya plegado se encuentran cerca dos residuos de
cistena, entonces cabe la posibilidad de oxidar ambos tomos de azufre y unirlos
covalentemente, entrecruzando la estructura proteica entre dos puntos cercanos en el espacio
aunque distantes en la secuencia. La formacin de este puente disulfuro est a cargo de la
enzima proten-disulfuro isomerasa, que es uno de los llamados catalizadores del plegamiento
proteico y que se encuentra en el retculo endoplsmico, del que es un marcador. Esta unin
transforma los dos residuos de cistena en un residuo de cistina, que es el aminocido doble
que surge.
Elementos de estructura proteica.
Niveles estructurales en protenas.

Estructura primaria: Secuencia de aminocidos.

Estructura secundaria: Disposicin regular del esqueleto polipeptdico en unidades

definidas por una periodicidad en los ngulos de enlace y .

Estructura supersecundaria: Tambin llamada motivos estructurales. Son

agregados fsicos preferenciales de varios elementos de estructura secundaria
contiguos.

Dominios: Regiones globulares diferenciables en la estructura tridimensional de

una protena. Surgen de la unin de varios motivos, generalmente contiguos.

Estructura terciaria: Disposicin espacial de dos o ms dominios.

Estructura cuaternaria: Tambin llamada agregados proteicos. Son la unin de

varias cadenas polipeptdicas mediante fuerzas dbiles o enlaces disulfuro para
formar una entidad superior con funciones diferenciables de las de cada
polipptido de los que se compone.
Estructura secundaria.
Incluye grupos lineales helicoidales o planos, adems de los acodamientos que cambian la
direccin del esqueleto polipeptdico. Todos los grupos lineales, incluyendo los planos, se
pueden definir segn los parmetros de una hlice:

Nmero de aminocidos necesarios para llegar a una situacin en la que se repiten

las caractersticas peridicas. Equivale a el nmero de aminocidos por vuelta de
hlice: n.

Incremento de altura que proporciona cada aminocido al elemento lineal de

estructura secundaria. Equivale a la proyeccin de la distancia longitudinal de cada
aminocido sobre el eje de una hlice: d.

Paso de rosca. Equivale a la distancia longitudinal que se tiene que recorrer sobre
la hlice para encontrarse en la misma situacin peridica: p = n d.

Anchura del grupo lineal, tomando como referencia el esqueleto polipeptdico, no

los grupos R. Equivale al dimetro que tendra la hlice y, por tanto, al doble del
radio r.
Hlices.
Hay varios elementos de estructura secundaria que adquieren una forma real de hlice, de los
que el ms abundante es la hlice , hipotetizada por Pauling y posteriormente demostrada su
existencia mediante Cristalografa. Es una varilla slida, no hueca, con arrollamiento
dextrgiro, en la que los tomos ocupan todo el centro y se exponen hacia fuera todos los
grupos R. En sta como en todas las hlices se establecen puentes de hidrgeno entre los
tomos del esqueleto polipeptdico dentro de ella misma. En este caso se establecen entre el
carbonilo del residuo i y el amino del residuo i + 4. La periodicidad comienza desde el
carbonilo de uno de los aminocidos y desde all se mantiene cada 3,6 residuos por vuelta,
con los ngulos = -45 y = -60. El paso es de 0,56 nm.
La mayora de las hlices tienen 7 u 11 residuos, que se corresponden con 2 3 vueltas.
Adems, las hlices tienen momento dipolar, ya que todos los puentes de hidrgeno estn
alineados hacia el extremo carboxilo de la hlice. Esta distribucin de la densidad de carga a
lo largo de la hlice permite la unin de ligandos aninicos a los extremos N-terminales de una
hlice de su receptor correspondiente, porque all los puentes de hidrgeno no tienen con
qu enlazarse y estn accesibles a una posible interaccin. Esta capacidad de unir ligandos
puede ser un mecanismo de regulacin de la funcin proteica, y de hecho se observa en
receptores de la superficie celular.
Hay aminocidos que tienen mayor probabilidad de aparecer en una hlice que otros, como
son Glu, Met, Ala y Leu, y tambin hay otros que se consideran rompedores de hlices, como
Pro por tener su ngulo bloqueado, y Ser y Thr porque sus grupos OH pueden establecer
puentes de hidrgeno con el esqueleto polipeptdico y desestabilizar la estructura helicoidal;
otro tanto podra decirse de los grupos cargados de Asn y Asp.
Las representaciones en espiral permiten saber las interacciones y posibles localizaciones de
las hlices en la estructura proteica, as como saber hacia dnde se encaran, si hacia dentro o
al agua, segn sean hidrfobas, hidrfilas o anfipticas.
Hay ms tipos de hlice, en los que cambian los parmetros de y . stos son la hlice 310,
la hlice levgira y la hlice . De estas tres slo la primera es una estructura real. La
segunda es una rarsima excepcin y la tercera, aunque tericamente posible, no existe. La
razn de esto ltimo reside en que para alojar ms residuos por vuelta, que es lo que ocurre
en una hlice , se necesita aumentar el radio de la hlice, con lo que los tomos se alejan y
ya no es posible la estabilizacin de la estructura mediante interacciones de Van der Waals

entre los tomos del esqueleto polipeptdico y a travs del eje de la hlice, como ocurre en las
hlices . La hlice 310 es una hlice dextrgira con tres residuos por vuelta en la que los
puentes de hidrgeno se establecen entre el carbonilo i y el amino i + 3, con lo que no estn
exactamente alineados. Son hlices cortas que generalmente aparecen en los extremos de
hlices , con pocos residuos que casi nunca pasan de la vuelta. Es bastante restringido el
nmero de restos que caben en una hlice 310, porque la estructura apila los grupos R unos
encima de los otros, y no al tresbolillo como en las hlices , con lo que si son muy
voluminosos se distorsiona la hlice.
Grupos lineales .
La estructura se puede asimilar a una hlice muy estirada de slo dos residuos por vuelta y de
slo 1 de radio. Con estos parmetros se consigue una estructura lineal en forma de lnea
quebrada en la que los grupos R se disponen alternativamente hacia arriba y hacia abajo del
plano terico que pasara por el eje de la hlice. Evidentemente. Los puentes de hidrgeno ya
no se pueden establecer entre tomos del mismo grupo lineal, sino que tienen que ser con
grupos lineales adyacentes. stos se pueden disponer de manera paralela o antiparalela,
siendo este ltimo el modo en que los puentes de hidrgeno son totalmente lineales. La unin
de dos o ms grupos lineales define una lmina , de la que alternativamente salen los
grupos R arriba y abajo del plano quebrado que se forma.
Los grupos lineales de los extremos de una lmina slo pueden formar la mitad de puentes de
hidrgeno, porque slo tienen un grupo lineal a su lado. En ese caso se establecen puentes
de hidrgeno con otra estructura se la misma protena, con el agua o con la misma lmina
cerrada sobre s misma. Esto ltimo puede ocurrir si se compone de al menos 8 grupos
lineales.
Dependiendo de la naturaleza de los residuos, puede haber lminas hidrofbicas o
anfipticas, segn cmo sea cada uno de los lados que se puede considerar. Cada grupo no
suele tener ms de siete residuos, y se pueden mezclar paralelos y antiparalelos en una
misma lmina, aunque no es muy frecuente.
Las explicaciones anteriores se refieren a grupos lineales y lminas totalmente extendidas
y rectas, en los que los ngulos de y se sitan en la misma lnea que va desde el centro a
la esquina superior izquierda de la representacin de Ramachandran. Sin embargo, lao
corriente es encontrarse con grupos lineales retorcidos, en los que se acumula una pequea
diferencia de giro entre el aminocido n y el n + 1, por lo que los grupos lineales se tienen que
asociar formando un ngulo de unos 25 para formar lminas, ya que si no, no se pueden
establecer puentes de hidrgeno entre ellos.
Esta torsin genera que el plano de la lmina tenga concavidad y convexidad, y se pueda
hablar de un arriba y un debajo del plano. Adems, esta geometra de planos torcidos provoca
que la conectividad entre dos grupos lineales paralelos siempre se haga a derechas y por
encima del plano que definen.
De estos grupos lineales no suele haber ms de siete por lmina, y no ms de siete residuos
por grupo lineal, generalmente impares (3, 5 7).
Codos.
Son elementos de estructura secundaria que rompen la linealidad de los otros dos elementos
descritos anteriormente. Hay tres tipos de acodamientos, de los que el tipo III es un tramo de

una hlice 310, y los de tipo I y II son una distorsin de aqulla. En todos los casos la
estructura se estabiliza mediante un solo puente de hidrgeno entre el carbonilo i y en amino i
+ 3. La diferencia entre el tipo II y el tipo I es que el primero tiene el enlace entre n + 1 y n + 2
girado 180, con lo que se provoca el acercamiento del carbonilo i + 1 al grupo R del
aminocido n + 2. Esto se soluciona colocando glicina en la posicin n + 2, ya que su R es un
tomo de hidrgeno, y generalmente n + 1 es prolina, que con su ngulo fijado permite este
tipo de acodamientos. Viendo la secuencia de aminocidos se puede detectar fcilmente un
acodamiento si se lee PG, ya que es una combinacin muy poco frecuente y que slo aparece
en este tipo de estructuras. La frecuencia relativa de aparicin de cada tipo es:

I: 35%.

II: 15%.

III: 15%.

Otros giros no estructurados: 35%.

Los centros activos de las enzimas suelen estar en los acodamientos y, adems, suelen estar
en el exterior estableciendo interacciones con el agua y suelen marcar los lmites de los
exones.
Diagramas y representaciones estructurales.
La estructura de un polipptido o de una protena se puede representar mediante las
coordenadas atmicas, que da mucha informacin pero es extremadamente complicado de
manejar a no ser que se busquen datos concretos. El extremo opuesto es la representacin
slo del esqueleto polipeptdico, con lo que se pueden adivinar los huecos donde se pueden
alojar los grupos prostticos. Una representacin intermedia consiste en plasmar el esqueleto
polipeptdico como si fuera una cinta hecha a base de planos que contienen los enlaces
peptdicos. Con esta representacin se pueden ver y observar muy bien los elementos de
estructura secundaria, pero no los de mayor entidad. La representacin ms utilizada y que
mejor describe la estructura tridimensional de una protena es la que representa las hlices
por cilindros y los grupos lineales por flechas planas. Con esta representacin se advierten
todos los elementos estructurales salvo la estructura primaria.
Los diagramas de topologa muestran esquemticamente las relaciones entre los grupos
lineales , lo que permite comparar fcilmente estructuras que en principio no tienen parecido,
y asimilar analogas estructurales con analogas funcionales y homologas evolutivas. Esto
permite realizar taxonoma molecular a partir de los datos de la estructura.
Estructura supersecundaria.
Tambin llamados motivos, aparecen en el plegamiento como una asociacin de varios
elementos de estructura secundaria que son consecutivos en la secuencia.
Motivo EF.
Recibe ese nombre porque el primer sitio donde se describi fue en la parvalbmina, cuyas
hlices E y F se asocian de manera caracterstica. Tambin recibe el nombre de hlicebucle-hlice (helix-loop-helix). La parvalbmina es una protena que liga calcio justo en el
bucle, que es de unos doce restos. Como ella, otras protenas que tambin ligan calcio, como
la calmodulina y la troponina, tambin tienen este motivo y a l se une el calcio gracias a la

gran cantidad de aminocidos cidos cargados negativamente y las interacciones dipolares

con los carbonilos del enlace peptdico. En el centro del bucle tiene que haber una glicina
totalmente conservada para permitir el giro. Adems, el final de la hlice E y el comienzo de la
F son anfipticos, de modo que las regiones apolares se solapan y unen las dos hlices como
si fueran los dedos de una mano.
Los factores de transcripcin de genes son un pequeo pptido que precisamente consta de
dos hlices unidas mediante un bucle. Es decir, constan de un solo motivo que es ste, con
la salvedad de que en ellos el bucle no es tan grande y no liga calcio. Estos factores de
transcripcin funcionan introduciendo una de las dos hlices en el surco mayor del ADN y
leyndolo hasta encontrar su sitio de unin.
Existe una correlacin entre motivos estructurales y la estructura primaria, de modo que se
pueden detectar en la propia secuencia de aminocidos. Por esta razn se llama motivos
tambin a estos segmentos de la estructura primaria que luego generan la estructura
supersecundaria, pero no hay que confundirlos.
Espiral mltiple de hlices .
Llamado coiled coil en ingls (enrollamiento enrollado), consiste en el enrollamiento levgiro
de dos a cinco hlices , tanto paralelas como antiparalelas para generar una superhlice que
en el caso de dos hlices paralelas tiene un paso de rosca de 140 . Aparece en protena
fibrosas como la -queratina y es el elemento de dimerizacin de factores de transcripcin
como fos y jun, donde este motivo se llama cremallera de leucina. La dimerizacin es posible
porque las hlices son anfipticas y aparece leucina cada siete aminocidos, que es algo ms
de dos vueltas. Como no se colocan los restos de leucina exactamente uno sobre otro a lo
largo del eje de la hlice, hace falta una torsin para permitir la dimerizacin y que las leucinas
de ambas hlices encajen en los huecos que hay en la otra hlice cada cuatro restos. Los
residuos que flanquean ese ncleo hidrfobo definido por las leucinas estn cargados e
interaccionan entre s y con el agua para mantenerse unidos.
En un superenrollamiento de hlices se pueden definir parmetros como el ngulo de cruce
entre las dos hlices, y el de cada una de ellas con el eje de la superhlice (10 a 20).
Hay muchas protenas que recurren a esta solucin estructural, por ejemplo, la tropomiosina
tiene dos hlices paralelas, la hamaglutinina tiene tres paralelas, la ADN polimerasa I tiene
dos antiparalelas, el represor del opern de lactosa tiene cuatro antiparalelas. En el caso de
las hlices antiparalelas los residuos de unin entre hlices se sitan justamente
intercalndose, y no al tresbolillo como en la unin de hlices paralelas.
Unin de grupos lineales .
La unin genrica es , donde puede ser:

Un segmento sin estructura: c.

Una hlice : .

Un grupo lineal : Meandro .

Un codo: Horquilla .

La unin entre los distintos elementos de estructura secundaria nunca se hace directamente,
sino que siempre hay unos cuantos restos de unin sin conformacin definida, y que
justamente son los crticos para la funcionalidad de la protena.
Los grupos envuelven un espacio hidrfobo entre el plano de la lmina y la hlice, por lo
que sta tiene que ser anfiptica. El carcter hidrfobo o anfiptico de la lmina depende de
lo que tenga por debajo de ella, ya que por encima al menos, la parte que se encara a la
hlice s tiene que ser hidrfoba. La sucesin modular de este motivo genera el
desplazamiento de Rossmann, que apoya la teora de la generacin modular de las protenas,
a base de ir uniendo elementos estructurales en entidades cada vez mayores.
La sucesin de grupos lineales en horquillas puede generar barriles , en los que la lmina
es anfiptica, o plegamientos ms complejos como el de las inmunoglobulinas.
La unin de grupos lineales paralelos mediante una hlice siempre se hace a derechas,
quizs por la propia torsin del grupo . Adems, siempre se hacen por encima del plano
porque es la manera te liberar tensin del grupo lineal. Dos grupos lineales antiparalelos
consecutivos siempre se unen mediante una horquilla.
Los elementos prximos en la estructura primaria suelen estar tambin prximos en la
estructura secundaria y supersecundaria, de la que surgen los dominios por agrupamiento.
Dos horquillas adyacentes se pueden unir entre s de doce modos diferentes, sin embargo, los
ms corrientes son la unin directa y la unin en greca, con frecuencias 50%, 25%, 25%.
Algunos autores sugieren que la greca ha surgido como una torsin en una sola horquilla larga
despus de que se hubiera producido una insercin.
Protenas fibrosas.
Suelen ser protenas simples y repetitivas destinadas a misiones estructurales.
-queratina.
Son ubicuas en mamferos. Se encuentran en el pelo, las uas y la piel. Su estructura es una
hlice tpica, que luego se enrolla con otra para producir una protofibrilla que se asocia con
otras y produce filamentos gruesos de queratina, que son el componente principal del pelo.
La diferencia en la dureza del pelo y de las uas depende del nmero de puentes disulfuro
que se establezcan.
-queratina.
Aparece en la seda y en las plumas de aves y las escamas de los reptiles. Es una repeticin
de GSGAGA y forma lminas que se apilan unas sobre otras encarando los lados iguales,
produciendo bandas estrechas y anchas.
Colgeno.
Es la protena ms abundante en los mamferos, donde forma el tejido conjuntivo y la matriz
extracelular. Est diseada para resistir grandes tensiones. Estructuralmente es una repeticin
de GXY y contiene mucha prolina, alanina y aminocidos modificados como hidroxiprolina
(Hyp) e hidroxilisina (Hyl).
Un solo polipptido no tiene estructura secundaria, por lo que necesita asociarse a otros dos
para adquirirla. De este modo una molcula de colgeno es un trmero en forma de hlice

dextrgira, en que cada monmero es otra hlice levgira y muy estirada, de slo 1,6 de
radio, 2,9 de paso de rosca y 3,3 restos por vuelta. La estructura se mantiene estable
gracias a que se conserva un resto de glicina cada tres aminocidos, justo donde contactan
los monmeros. Esto permite su acercamiento y el establecimiento de enlaces de hidrgeno
entre cadenas, que ataen al amino de la glicina y al carbonilo del aminocido X de otra
cadena.
Hay cinco tipos de colgeno segn las combinaciones de dos tipos de cadena, que son
producto de dos genes distintos: 1 y 2. Adems, hay cinco alelos de 1: I, II, III, IV y V, y dos
de 2: I y V. Hay muchas hidroxilaciones en el colgeno, adems de otras modificaciones
posttraduccionales como glucosilacin o el entrecruzamiento covalente. La finalidad de las
hidroxilaciones es aportar grupos capaces de formar enlaces de hidrgeno y, por tanto,
estabilizar la estructura. La variacin en la hidroxilacin tambin influye en el tipo de colgeno,
ya que el nmero de hidroxilaciones influye mucho en la dureza del tejido final.
Despus de la sntesis en el retculo endoplsmico rugoso, la prolina se hidroxila gracias a la
prolil hidroxilasa, que incluye oxgeno molecular a la vez que oxida -KG a succinato. La
reaccin requiere vitamina C como cofactor. La lisina tambin se hidroxila de modo parecido
con la lisil hidroxilasa. Los productos de ambas reacciones son 4-hidroxiprolina y 5hidroxilisina.
La falta de vitamina C provoca una falta de hidroxilacin, con lo que el tejido conjuntivo se
vuelve frgil y aparecen los sntomas del escorbuto: cada de pelo, encas sangrantes, dientes
flojos. Por esto los marinos llevaban en los barcos frutas frescas que tienen vitamina C.
La Hyl se glucosila en su paso por el Golgi, primero con Gal con una galactosil transferasa, y
luego con Glc mediante una glucosil transferasa. Con esto queda el oligosacrido Glc(12)Gal-N-Lys. No se sabe muy bien por qu se hidroxila as la Hyl, pero el hecho de que
ocurra en los extremos de las fibras de colgeno sugiere que tenga algo que ver con el
empaquetamiento de estas fibrillas.
Para aguantar la tensin los monmeros se entrecruzan covalentemente mediante puentes
entre lisinas. Para esto la lisil oxidasa realiza una desaminacin oxidativa sobre el -amino de
un residuo de lisina para formar allisina, que es su aldehdo derivado. sta forma una base de
Schiff con otra lisina cercana, que luego se reduce y queda un puente de lisina equivalente a
un puente disulfuro. Adems, tambin se da entrecruzamiento entre allisina y el enol-derivado
de la allisina mediante una condensacin aldlica (recordar 2 Glcidos). La falta de
entrecruzamiento provoca una enfermedad llamada latiguismo, que se sufri despus de la
Guerra Civil porque se coma harina de semilla de altramuz, que tiene -aminopropionitrilo que
es un txico muy potente para la lisil oxidasa porque se une a su centro activo.
La fibrilla de tropocolgeno, la triple hlice, slo tiene el 60% de los aminocidos codificados.
Esto se explica porque se eliminan los cien primeros residuos N-terminales y los trescientos
ltimos C-terminales. Esto se entiende porque los primeros residuos llevan el pptido seal
para dirigir la protena a excrecin, y no se necesitan en la protena nativa, pero el caso de los
ltimos residuos es curioso, porque tiene muchos residuos de cistena que establecen enlaces
disulfuro entre las tres cadenas para favorecer el comienzo de la adquisicin de la estructura
tpica del colgeno. Despus de que la molcula ya est formada, el extremo C-terminal no
sirve de nada y se elimina. En la matriz las molculas de tropocolgeno se ensamblan en
fibrillas en las que cada hueco entre molculas est ligeramente desplazado de respecto al de

la fibrilla de al lado. Esto origina un patrn de bandas claras y oscuras donde no haya o haya
material denso al paso de electrones y, por tanto, huecos.
El colgeno sigue la va exoctica con transporte cotraduccional, y despus de sintetizado se
hidroxila y al pasar al retculo endoplsmico liso se glucosila, pasando a ser precolgeno. En
el Golgi empiezan a unirse los monmeros y a entrecruzarse, y al ser secretado todava tiene
los extremos N- y C-terminales, con lo que es procolgeno. Despus de que las peptidasas de
la matriz lo hidrolicen se tiene tropocolgeno, o colgeno a secas. Es un ejemplo de
transformaciones posttraduccionales.
Elastina.
Tiene un alto porcentaje de glicina (30%), aminocidos hidrfobos como alanina y valina
(30%) y tambin incorpora prolina. Tiene muchas modificaciones posttraduccionales.
Es la excepcin a la regla de que las protenas funcionan gracias a una estructura fija, ya que
su funcin es no tener estructura. Tiene tal cantidad de glicina que no tiene una conformacin
estable, sino muchas y muy variadas porque nunca llega a un mnimo relativo de energa. Por
esto todas las molculas de elastina son distintas.
En la matriz hay una sopa de molculas de elastina que se entrecruzan cono el colgeno y,
adems, a travs de residuos de desmosina, formados a partir de tres allisinas ms una lisina.
Esto unido a la falta de conformacin de la elastina hace que se forme una malla
tridimensional extensible en dos y tres direcciones. Se encuentra en los vasos sanguneos y
otros sitios donde se requiere estiramiento. La desmosina tiene un heterociclo que le da color
amarillo.
Dominios.
Son cada una de las regiones globulares claramente diferenciadas en la estructura
tridimensional de una protena. Son regiones concretas que se distinguen en un mapa de
difraccin de rayos X. Es la unidad bsica del plegamiento independiente. Es una zona del
polipptido que origina una regin globular. Generalmente tienen una funcin caracterstica,
por lo que se pueden asimilar a una funcin biolgica definida. La disposicin en el espacio de
los dominios de una protena determina la estructura terciaria.
Los dominios son elementos estructurales discretos y sencillos que parecen surgir de un
origen comn, sugiriendo un origen modular de las protenas, cada uno con una funcin que
aporta una solucin estructural para un problema determinado y se unen para dar una
protena funcional y con el efecto deseado. Cada familia de protenas con una misma funcin
tiene siempre un mismo dominio comn. La evolucin fue diversificando las protenas a nivel
de recombinacin y unin modular de dominios en el ADN, desde la solucin estructural
simple hasta la unin de varios dominios en una sola protena.
Los dominios se clasifican segn los tipos y disposicin de los elementos de estructura
secundaria. Tambin se pueden clasificar segn el nmero de capas de protena y, por tanto,
del nmero de entornos hidrfobos que generan. Esta clasificacin hace hincapi en la
importancia de las interacciones hidrofbicas en el plegamiento.
Tipo I.
Slo tienen hlices , por lo que forzosamente son antiparalelas:

Arriba-abajo: Entramado con poco ngulo, es como si fueran horquillas .

En greca o de hlices cruzadas: El ngulo de cruce de las hlices es fuerte, en

torno a 50 60.
El primer subtipo acumula los residuos hidrfobos entre las dos hlices, dejando los que estn
expuestos como residuos hidrfilos. Por esto son hlices anfipticas. Sin embargo, en el
segundo subtipo las hlices no lo son tanto. En ambos casos es difcil saber dnde va a
estar el centro activo de la enzima, aunque suele encontrarse entre las dos hlices.
Tipo II.
Surgen de la combinacin de grupos lineales y hlices . Realmente se pueden considerar
una repeticin variada de motivos , con lo que todos los grupos lineales son paralelos,
as como todas las hlices , pero los unos con las otras son antiparalelos. Hay dos subtipos:

Barril o arrollamiento sencillo: El plegamiento sigue siempre el mismo sentido.

Los grupos se unen consecutivamente.

Silla de montar o arrollamiento doble: El plegamiento no es constante. La unin de

los grupos se realiza al menos una vez mediante un salto en la correlacin con
la secuencia. El resultado es que una lmina queda flanqueada por hlices a
ambos lados.
En el primer subtipo, los residuos del barril interior son hidrfobos, y los del barril exterior
anfipticos. El interior del barril est totalmente lleno de los grupos R que salen hacia dentro.
Parece ser que el barril es un caso de convergencia estructural, aunque no es seguro. El
centro activo est formado por todos los bucles de conexin entre los grupos lineales y las
hlices , y no al revs. Estos restos son el objeto de la ingeniera de protenas, ya que si se
mantienen los elementos estructurales, cambiando los segmentos sin estructura (bucles) se
pueden conseguir distintas afinidades.
El segundo subtipo difiere principalmente de los barriles en que el centro activo se sita
entre los bucles de los grupos a las hlices , pero slo de los que estn en el cambio de
sentido del plegamiento. Esto se ve bien en los diagramas de topologa.
Tipo III.
Formado slo por grupos lineales , por lo que son necesariamente antiparalelos:

Arriba-abajo: Slo horquillas.

Con grecas.
Se encuentran en muchas protenas distintas, principalmente de transporte de molculas
apolares. Realmente la mayora de las veces son dos lminas que se unen en forma de
barril o de bocadillo. El barril permite disponer molculas dentro, por lo que los grupos lineales
son anfipticos para poder encararse al exterior. En este apartado hay que destacar la
importancia de la relacin entre forma y funcin. La protena que une retinol (RBP: retinol
binding protein, en ingls) y lo transporta en la sangre desde el hgado hasta donde haga falta,
es un barril antiparalelo. La -lactoglobulina de la leche no se saba qu haca, pero tena la
misma estructura que la RBP, con lo que se supuso que serva para llevar retinol a los

lactantes, y se vio que es as porque hay un receptor para ese complejo en el intestino, y
despus se comprob en ms estudios.
El segundo subtipo tambin puede formar barriles, pero no estn abiertos, sino que estn
tapados por los segmentos de conexin entre los distintos grupos lineales. Por esta razn no
sirven para transporte. Una vez ms el centro activo se encuentra en estos segmentos.
Estructura terciaria.
Cada dominio suele ser producto de una seccin nica de la cadena polipeptdica con
plegamiento independiente, pero tambin se generan por secciones no consecutivas en la
secuencia.
El centro activo suele estar en la interfase entre dominios porque cada uno realiza una funcin
definida. Si slo hay un dominio hay identidad con la estructura terciaria.
Estructura cuaternaria.
Se da por la asociacin de protena de la que surgen funciones, regulaciones y caractersticas
nuevas mediante el fenmeno del alosterismo, que es la modulacin de la actividad del
complejo entero por la variacin en la actividad de uno de los monmeros al haber unido algn
ligando o substrato, y que se transmite a los dems mediante las fuerzas de unin entre ellos.
Las interfases entre polipptidos suelen ser hidrfobas y se asocian mediante fuerzas de Van
der Waals y una necesaria complementariedad espacial.
La gran ventaja de agrupar protenas es que se pueden tener las enzimas de una sola ruta
todas juntas, y evitar que los substratos tengan que difundir.
Protenas globulares.
Mioglobina.
Monmero formado en un 80% por hlice . Constituye un dominio tipo I en greca o de hlices
cruzadas. Tiene ocho hlices (A a H) y siete tramos de conexin (AB a GH). Todo el interior
tiene restos apolares y el interior restos polares. Hay dos excepciones en dos histidinas E7 y
F8 cargadas y encaradas al interior, flaqueando al grupo prosttico hemo (Fe2+-protoporfirina
IX). Cuatro de las hlices se rompen por prolina y el resto porque el hidroxilo de serina o
treonina establecen puentes de hidrgeno con el amino del esqueleto polipeptdico.
Tiene tres exones, de los que el central es el mayor y parece el responsable de unir hemo.
Tratando la protena con clostripana, que corta por las arginina, se obtiene una miniglobina
que contiene casi todo el exn central y es capaz de unir hemo.
EL hemo es el ismero IX de la protoporfirina al que se une un catin Fe2+ estableciendo
enlaces de coordinacin con los nitrgenos del ciclo. Destacan dos radicales propinico que
sirven para tapar el hueco una vez instalado en su sitio. El anillo plano de hemo se introduce
en un bolsillo hidrfobo entre las hlices 7 y 8 de tal modo que el Fe2+ enlaza con la HisF8
(histidina proximal) mediante un quinto enlace de coordinacin, y la HisE7 (histidina distal)
est cerca de la sexta posicin de coordinacin pero sin enlazar con el hierro. El hueco que
deja es el justo para que una molcula de oxgeno entre y enlace formando un ngulo de 121
con el plano del hemo y el hierro quede totalmente sustituido. En ese momento el tomo de
desplaza y pasa de estar 0,3 por debajo a estar 0,2 por encima del plano, lo que provoca
un cambio conformacional en la protena.

El bolsillo hidrfobo evita que el Fe2+ se oxide, ya que si lo hace no funciona como transporte
de oxgeno, y los radicales propinico tapizan por fuera el entorno hidrfilo de la mioglobina.
La HisE7 evita que entre donde el oxgeno ninguna otra cosa distinta. Adems, disminuye la
afinidad del hemo por el CO de 25000 a slo 200 veces ms que la afinidad por el O2, porque
obliga al CO a formar un ngulo de 120, y no de 90, donde la interaccin sera mayor. Con
esto se consigue que el 99% de las molculas estn saturadas de oxgeno y que no unan el
CO que se produce endgenamente.
Hemoglobina.
Es un tetrmero 22, cada una de las subunidades con estructura idntica a la de
mioglobina. Hay varios genes de hemoglobina que cambian su expresin y combinacin
durante el desarrollo.
La actividad del tetrmero se regula con otra molcula, el 2,3-bisfosfoglicerato y que aparece
en la estructura cuaternaria como un elemento nuevo de regulacin.
Respecto a la mioglobina se conservan los residuos crticos, como las histidinas y los
comienzos y finales de las hlices, por lo tanto son los que ayudan a realizar la misin. Hay
restos invariados, conservados y variables.
Se puede hacer taxonoma molecular, que consiste en fabricar rboles de evolucin y filogenia
tomando como referencia los cambios observados en la secuencia de aminocidos. Cuanto
ms importante sea la protena menos cambios acumular a lo largo del tiempo y ms
fcilmente se podr asimilar su estudio a una evolucin especfica. Cuanto mayor sea la
diferencia, anterior tiene que haber sido la divergencia.

Introduccin
Las plantas ejercen gran influencia en todos los procesos que transcurren en nuestro planeta. Al realizar
la nutricin auttrofa, bajo la accin de la energa solar, transforman el dixido de carbono (CO2(g)), aguas y
sales minerales en complejos compuestos orgnicos.
Todo el ciclo complejo de la sntesis de compuestos orgnicos nitrogenados en las plantas comienza con el
amoniaco (NH3) y su degradacin termina tambin con la formacin de amoniaco.
La sntesis de aminocidos y protenas en las plantas se realiza a cuenta del nitrgeno que se absorbe
del ambiente exterior.
La absorcin ms intensa de las plantas y su utilizacin para la produccin de aminocidos y protenas tiene
lugar en el perodo de mximo crecimiento y formacin de los rganos vegetativos como tallos y hojas. En los
rganos crecientes ms jvenes predominan los procesos de sntesis de protenas, y en los ms viejos los
procesos de degradacin.

Aminocidos
Los aminocidos pueden existir libres en el tejido vegetal y animal o formando parte de los pptidos y las
protenas. Tienen diversas funciones biolgicas, forman parte de importantes compuestos biolgicos
como vitaminas, hormonas y algunos son intermediarios de ciclos metablicos.
Independientemente de las importantes funciones que tiene los aminocidos la fundamental es ser las
unidades estructurales que conforman los pptidos y las protenas.
Se considera que los aminocidos son los productos iniciales de la asimilacin del nitrgeno.
Experimentalmente se ha demostrado que siguiendo la asimilacin de nutrientes inorgnicos que contienen
N15 se ha puesto de manifiesto que en la mayora de los compuestos receptores iniciales del nitrgeno son
los ( cetocidos libres del citoplasma.
1.1 Estructura.
Los aminocidos constituyen una importante clase de compuestos orgnicos que contienen al menos
un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH). Veinte de estos compuestos son los constituyentes de
las protenas y se los conoce como ?aminocidos (a-aminocidos). Todos ellos responden a la siguiente
frmula general:

Como muestra dicha frmula, los grupos amino y carboxilo se encuentran unidos al mismo tomo de carbono,
llamado tomo de carbono alfa. Ligado a l se encuentra un grupo variable (R). Es en dichos grupos R donde
las molculas de los veinte ?aminocidos se diferencian unas de otras. En la glicina, el ms simple de los
aminocidos, el grupo R se compone de un nico tomo de hidrgeno. En otros aminocidos el grupo R es
ms complejo, conteniendo carbono e hidrgeno, as como oxgeno, nitrgeno y azufre.

Numerosas investigaciones que se han realizado han demostrado que los aminocidos que se encuentran en
las protenas vegetales son los siguientes.
Glicina, Alanina, Valina, Leucina, Isoleucina, Serina, Treonina, Fenilalanina, Tirosina, Triptfano, Cistina,
Cistena, Metionina, Prolina, Hidroxiprolina, cido Asprtico, cido Glutmico, Histidina, Arginina y Lisina.
Tabla No.1 Estructura de los aminocidos.
Nombre

Glicina

Estructura

Abreviatura

Gli

Alanina

Ala

Valina

Val

Leucina

Leu

Isoleucina

Ile

Serina

Ser

Treonina

Tre

Fenilalanina

Phe

Tirosina

Tir

Triptfano

Cistena

Trp

Cis-Cis

Metionina

Met

Prolina

Pro

Hidrxiprolina

Hip

cido Asprtico

Asp

cido Glutmico

Glu

Histidina

His

Arginina

Arg

Lisina

Lis

Cistena Cis

Los ( cetocidos son parecidos a los aminocidos, diferencindose por tener un oxgeno unido al carbono alfa
((), en lugar de tener un grupo amino (NH2). Se puede decir tambin que los aminocidos
son cidos aminados ya que tienen el grupo carboxlico (-COOH) y el grupo amino (- NH2).

1.3 Clasificacin de los Aminocidos.

Existen diversas formas de clasificar los aminocidos:
Atendiendo a su composicin qumica se clasifican en neutros, cidos y bsicos.
Los aminocidos neutros son los que tienen un grupo carboxlico (- COOH) y un grupo amino (-NH2).
Los aminocidos cidos son los que presentan dos o mas grupos carboxlico (- COOH) y un grupo
amino (-NH2).
Los aminocidos bsicos son los que tienen un grupo carboxlico (- COOH) y dos o mas grupos
aminos (-NH2).

Atendiendo a la polaridad de la molcula se clasifican en aminocidos polares y no polares.

1.4 Nomenclatura.
Si se tiene en cuenta el sistema oficial de nomenclatura (UIQPA) los aminocidos son considerados como un
cido orgnico con un hidrgeno de la cadena carbonada sustituido por un grupo amino (-NH2) y al
nombrarlos se considera el nmero del tomo de carbono donde se encuentra unido el grupo amino en la
cadena principal del cido, por ejemplo:

No obstante lo sealado anteriormente se debe considerar que para estos compuestos se utiliza
generalmente la nomenclatura comn.
1.5 Propiedades Fsicas.
Se ha demostrado experimentalmente que los aminocidos son sustancias cristalinas. Por lo general solubles
en agua y en soluciones acdicas o bsicas diludas.

Son insolubles o muy poco solubles en alcohol, son insolubles en ter, aunque algunos tienen
un comportamiento contrario. Por ejemplo: La cistena es poco soluble en agua, la prolina es soluble en ter y
alcohol.
Los aminocidos tienen un punto de fusin alto que sobrepasa los 2000 C y algunos los 3000 C. Aunque a
temperaturas por encima se descomponen, siendo muy difcil separarlos por destilacin fraccionada.
Propiedades pticas de los aminocidos.
Todos los aminocidos presentan actividad ptica. Esto se debe a que estos compuestos tienen
la propiedad de desviar el plano de vibracin de la luz polarizada a favor o en contra de las manecillas del
reloj es decir a la derecha o a la izquierda, ello se determina experimentalmente en un polarmetro.
La actividad ptica de los aminocidos se debe a que el carbono alfa de los mismos constituye un centro
estereognico, con la excepcin de la glicina.
Cuando se determina experimentalmente que un aminocido es dextrgiro, ello quiere decir que desva el
plano de vibracin de la luz polarizada hacia la derecha y se representa por el signo ms (+). Si la desviacin
se produce hacia la izquierda se denomina levgiro y se representa por el signo menos (-), conceptos
estudiados en el Captulo No I.
Se puede afirmar que los aminocidos que pertenecen a la serie L son aquellos que el grupo alfa amino (NH2) est orientado hacia el mismo lado que el OH del L Gliceraldehdo, es decir hacia la izquierda y los que
pertenecen a la serie D tienen la configuracin similar al D Gliceraldehdo, hacia la derecha.
Se debe tener presente que el poder rotatorio del aminocido dextrgiro (+) o levgiro (-) que se determina en
el polarmetro no tiene que coincidir con la serie D o L a la que pertenezca el aminocido.
Por ejemplo el a.a. L (+) cido Glutmico, es dextrgiro con un poder rotatorio especfico de 12,00 y pertenece
a la serie L, sin embargo la L (-) Leucina pertenece a la serie L y tiene un poder rotatorio especfico de 11,0O
es decir es levgiro.
Punto Isoelctrico de un Aminocido.
Se puede plantear que el punto isoelctrico es un valor del pH en el cual el aminocido presenta carga neta
cero y en un campo elctrico no migra ni hacia el nodo ni hacia el ctodo.
El punto isoelctrico es una caracterstica particular de cada aminocido. Por ejemplo para la glicina es de
6,0, para la fenilalanina 5,5, para el cido glutmico 3,2 etc.
En este punto isoelctrico el aminocido se encuentra fundamentalmente es su forma de in dipolar o
Zwitterin.
De acuerdo a la relacin entre los valores de pH del medio y del P.I. de los aminocidos, predominar una u
otra forma de sus posibles especies inicas. Y por tanto, la carga neta variar tambin en funcin de esta
relacin.
La misma puede considerarse para fines prcticos como se seala a continuacin.
S El amino cido. presenta
pH ( PI Carga neta positiva
pH = PI Carga neta cero
pH ( PI Carga neta negativa
Para los aminocidos neutros el P.I. ( 6
Para los aminocidos cidos el P.I. ( 6
Para los aminocidos bsicos P.I. ( 6
1.6 Propiedades qumicas de los aminocidos.
Los aminocidos manifiestan muchas de las reacciones caractersticas de los cidos carboxlicos y de las
aminas alifticas, tambin se ha demostrado que el grupo amino participa en diversas reacciones importantes
en la determinacin cualitativa y cuantitativa de los aminocidos.
Reacciones por los grupos carboxilo.
El grupo carboxilo de los aminocidos experimenta reacciones de descarboxilacin, formacin de sales,
formacin de aminas por descarboxilacin.
Descarboxilacin.
En los aminocidos al reaccionar con el hidrxido de Bario Ba(OH)2 en presencia de calor, se produce la
descarboxilacin y se forman las aminas bigenas, sustancias de gran importancia biolgica. En el organismo
esta reaccin ocurre por la accin cataltica de la enzima descarboxilasa.

Formacin de Amidas.
Los aminocidos forman amidas al reaccionar sus steres con el amonio o con aminas.

En el segundo caso se formar una amida. Este es el tipo de enlace que une a los aminocidos entre s para
formar los pptidos y protenas.
Formacin de Sales.
Los aminocidos forman sales debido a las reacciones tanto del grupo carboxilo como del grupo amino,
cuando se les adicionan bases o cidos respectivamente.

a) Reacciones por grupo amino.

b) Reaccin con el cido nitroso.
El cido nitroso reacciona con el grupo amino de los a.a. formando los cidos hidroxilados correspondientes,
liberando nitrgeno gaseoso.

Esta es la reaccin que se utiliza para determinar el nitrgeno del grupo amino, se conoce
como procedimiento de Von Slyke y sirve para estimar los grupos aminos libres de los pptidos y las protenas
midiendo la cantidad de nitrgeno liberado.
c) Reaccin con el 1- Flor-2,4 dinitrobenceno (FDNB).

Los grupos aminos de los a.a. reaccionan con el FDNB (reactivo de Sanger) en solucin bsica y se forman
dinitrobenceno aminocidos de color amarillo brillante. Esta reaccin se emplea para la determinacin de los
aminocidos N-terminales de pptidos y protenas.
Esta reaccin se conoce como mtodo de Sanger por haber sido descubierta por Frederick Sanger (19451950) trabajo que lo hizo acreedor del premio Nobel y que culmin en la determinacin de la estructura
completa de la Insulina.
d) Desaminacin Oxidativa.
El grupo amino puede ser liberado de los aminocidos por oxidacin.
Los sistemas enzimticos de algunos tejidos catalizan la desaminacin oxidativa de los aminocidos,
convirtindolos en sus ceto-cidos correspondientes con eliminacin del amoniaco. Esta reaccin ocurre en
dos etapas.

e) Reaccin con la ninhidrina.

La reaccin de la ninhidrina es una de las reacciones ms utilizadas para la identificacin de los aminocidos.
En esta reaccin que transcurre a altas temperaturas, intervienen dos molculas de ninhidrina por cada
molcula de aminocido, se produce la liberacin de CO2 (g), NH3 y se forma un complejo de color violeta
conocido como Prpura de Ruhemann.

Cuando la ninhidrina reacciona con el aminocido este se oxida a aldehdo y la ninhidrina se reduce a
hidridantina. Esta ltima reacciona con otra molcula de ninhidrina y con el amoniaco producido en la primera
reaccin, formndose un producto coloreado azul.
Esta reaccin es muy importante ya que es la base de un mtodo colorimtrico de valoracin de aminocidos.
1.7 Importancia.
Los ?-aminocidos son la base estructural de las protenas y sirven de materia prima en la obtencin de otros
productos celulares, como hormonas y pigmentos. Adems, varios de estos aminocidos son intermediarios
fundamentales en el metabolismo celular.
La mayora de las plantas y microorganismos son capaces de utilizar compuestos inorgnicos para obtener
todos los aminocidos necesarios en su crecimiento, pero los animales necesitan conseguir algunos de los ?aminocidos a travs de su dieta. A estos aminocidos se les llama esenciales, y en el ser humano son: lisina,
triptfano, valina, histidina, leucina, isoleucina, fenilalanina, treotina, metionina y arginina. Todos ellos se
encuentran en cantidades adecuadas en los alimentos de origen animal ricos en protenas, y en ciertas
combinaciones de protenas de plantas.
Aparte de los aminocidos de las protenas, se han encontrado en la naturaleza ms de 150 tipos diferentes
de aminocidos, incluidos algunos que contienen los grupos amino y carboxilo ligados a tomos de carbono
separados. Estos aminocidos de estructura poco usual se encuentran sobre todo en hongos y plantas
superiores.

Pptidos
Los pptidos son polmeros de aminocidos de menor masa que las protenas. Cuando contienen menos de
diez aminocidos se denominan oligopptidos, y los que tienen ms de diez, polipptidos.
Los pptidos se pueden definir a como aquellos compuestos que se forman por la unin de dos o ms
aminocidos mediante enlaces peptdicos liberando una o ms molculas de agua.
2.1 Estructura.
En los pptidos los aminocidos se hallan unidos por los llamados enlaces peptdicos entre sus grupos
carboxilo (COOH) y amino (NH2)
Experimentalmente se han demostrado las caractersticas de este enlace como se puede observar en la
siguiente figura.

La distancia entre el nitrgeno y el carbono en el enlace peptdico es de 0.132nm en vez de 0.147nm que
posee el enlace simple C-N.
Este acortamiento del enlace peptdico se debe a que el mismo posee cierto carcter de doble enlace
(aproximadamente un 5.0%). Este carcter de doble enlace determina que el mismo no puede girar libremente
lo que da lugar a dos consecuencias importantes para la estructura del pptido.
Los tomos del enlace peptdico se encuentra en el mismo plano.
Debido a la rigidez dada por este enlace, son posibles dos configuraciones (CIS Y TRANS) de las
cuales solo la TRANS se ha observado en los pptidos y protenas.
2.2 Clasificacin.
Los pptidos se clasifican de acuerdo a la cantidad de aminocidos que lo forman en:
Dipptidos, si contienen dos aminocidos.

Triptidos, si contienen tres aminocidos.

Tetrapptidos, si contienen cuatro aminocidos, etc.
2.3 Nomenclatura.
Para nombrar los pptidos se comienza por el aminocido que tenga el grupo amino libre, aadindole al
nombre del aminocido la terminacin IL, se contina nombrando de igual forma todos los aminocidos que le
siguen y el ltimo mantiene el nombre completo. Por ejemplo el pptido formado por glicina, tirosina y alanina
recibe el nombre de valilalanilglicina.

Tambin para representar la estructura de los pptidos en forma simplificada se acostumbra a utilizar las
abreviaturas de los aminocidos constituyentes unidos por un guin cuando el orden sea conocido, o por una
coma cuando solo se conozca su composicin, en el caso representado Val-Ala-Gli.
Propiedades qumicas
Hidrlisis
Se ha demostrado que el enlace peptdico es un enlace fuerte en determinadas condiciones. Pero si se aade
una molcula de agua a un dipptido, se logra la ruptura de los enlaces peptdicos y la consecuente
separacin de los aminocidos contenidos en el pptido, por ejemplo.
Hidrlisis de la alanilglicina

La hidrlisis tambin se produce adicionando cidos, bases o determinadas enzimas.

Cuando la hidrlisis es cida, se utilizan, cidos fuertes. Uno de los ms utilizados es el cido clorhdrico HCl
a C(x/zx) = 6 mol.l-1 y temperatura de 1100C que acta durante varias horas. De esta forma los pptidos se
hidrolizan completamente dando una mezcla de aminocidos.
Es bueno aclarar que en estas condiciones el triptfano se destruye totalmente y adems hay pequeas
prdidas de serina y treonina.
Para la hidrlisis bsica se emplea generalmente el hidrxido de sodio NaOH caliente, con esta hidrlisis se
destruyen la arginina, treonina, serina, cistina y cisteina y adems racemizan todos los aminocidos, por ello
su utilidad fundamental es la determinacin del Triptfano.
Cuando la hidrlisis se efectan en condiciones ms suaves, no se destruyen todos los enlaces peptdicos y
se producen las mismas parcialmente, dando lugar a la formacin de pptidos de cadenas ms pequeas.
En cuanto a la hidrlisis enzimtica se utilizan distintas enzimas proteolticas como la Tripsina, Quimotripsina,
la Pepsina, etc.
Se ha demostrado experimentalmente que estas enzimas, catalizan el rompimiento de determinados enlaces
peptdico. Por ejemplo la Tripsina rompe aquellos enlaces peptdico cuyo grupo carboxlico pertenece a la
Lisina o a la Arginina, mientras que la Quimotripsina solo ataca los enlaces cuyo grupo carboxilo pertenece al
Triptfano, la Tirosina o la Fenilalanina.
La hidrlisis enzimtica se lleva a cabo en condiciones no drsticas y a temperaturas aproximadamente de
370C para que no se destruyan los aminocidos, pero se necesita un tiempo bastante prolongado, no se
rompen todos los enlaces y las propias enzimas por ser protenas, constituyen contaminantes medios.
Este procedimiento es de gran utilidad cuando lo que se necesita es una hidrlisis parcial, contribuyendo de
esta forma a determinar la estructura de un polipptido o de una protena.
2.5 Importancia.
Los pptidos tienen gran significacin como constituyentes de las protenas, son compuestos orgnicos que
se encuentran en la mayora de los tejidos vivos, con mltiples funciones biolgicas.

Protenas

El trmino protena se introdujo por Mulder (1839) como la derivacin de la palabra griega Protelos (que
significa primero).
Las protenas como los pptidos son sustancias formadas por la unin de muchos aminocidos. Son
sustancias nitrogenadas que se encuentran en el protoplasma de todas las clulas animales y vegetales. Su
composicin varia de acuerdo a su origen, aproximadamente contiene carbono de 46 a 55%; hidrgeno de 6 a
9%, oxgeno de 12 a 30%; nitrgeno de 10 a 32%; azufre de 0,2 a 0,3%
Tambin pueden tener otros elementos por ejemplo fsforo las nucleoprotenas, hierro la Hemoglobina, etc.
Las masas moleculares de las protenas son muy altas y presentan valores que median entre 1500 y 20 000
000 para las diferentes protenas.
Las protenas son de naturaleza coloidal, con puntos de fusin caractersticos, aunque algunas se han
obtenido en forma cristalina. Todas son pticamente activas (levgiros).
3.1Estructura.
Las protenas son una familia muy heterognea debido a la alta masa molecular que presentan las molculas
proteicas y estn constituidas por una cantidad determinada de diversos aminocidos.
El estudio de las estructuras de las protenas, es fundamental para poder comprender la biognesis de las
mismas, su funcin biolgica y sus relaciones con otros componentes de la clula, independientemente de
tipo de protena, con el objetivo de analizar ms detalladamente su estructura, es conveniente establecer
determinados niveles de organizacin o estructuras.
3.2 Niveles de organizacin estructural: los niveles de organizacin estructural de las protenas son
estructura primaria, estructura secundaria, estructura terciaria y estructura cuaternaria.
Estructura Primaria.
Llamada tambin nivel de organizacin primario se caracteriza por el ordenamiento en que se encuentran los
aminocidos en la cadena peptdica, organizada por la repeticin de las molculas de aminocidos.
Solo un grupo de tomos integra la cadena peptdica, por ejemplo el nitrgeno amdico, el carbono alfa y el
carbono carbonlico. El resto de las molculas de los aminocidos se proyectan hacia fuera de la cadena y
constituyen los grupos R.
Como el enlace peptdico es un enlace covalente, toda la estructura de la cadena la forma un esqueleto
covalente, lo cual explica la estabilidad y resistencia de esta estructura.

Estructura primaria de una protena

La estructura primaria de una protena es su secuencia de aminocidos, formada cuando un enlace peptdico
une el grupo carboxilo (un tomo de carbono (C), dos tomos de oxgeno (O) y un tomo de hidrgeno (H)) de
un aminocido al grupo amino (un tomo de nitrgeno (N) y dos tomos de hidrgeno (H)) de otro. As se
forma una cadena larga de varios aminocidos, desprendindose una molcula de agua en la formacin de
cada enlace peptdico.
La cantidad de diferentes aminocidos encontrados en las protenas es de 20, aunque en algunas protenas
pueden encontrarse ms de 20. Independientemente de su composicin aminoacidica, cada protena est

caracterizada por una determinada secuencia, es decir, el orden en que se encuentran situados los
aminocidos es la cadena. Esta secuencia est determinada genticamente.
Se ha determinado que la cantidad de posibles secuencias es muy grande.
Por ejemplo:
Si una cadena peptdica tiene 100 aminocidos, podr dar lugar tericamente a 20100 secuencias posibles,
valor extremadamente grande.
Si se tiene en cuenta que existen diversas protenas con ms de 100 residuos, se puede concluir la gran
cantidad de molculas proteicas posibles.
Para determinar la secuencia de los aminocidos en las protenas se utilizan mtodos qumicos y fsicos.
Entre los mtodos qumicos se incluye la determinacin del grupo aminoterminal utilizando 1- Flor 2,4
dinitro benceno (FDNB) o con el cloruro de bencilo, y la determinacin secuencial de los aminocidos
a partir del grupo amino libre, mediante el reactivo de Edman o fenil Isotiocianato.
Para el fraccionamiento parcial de las cadenas peptdicas se utilizan enzimas proteolticas como la tripsina,
pepsina y otras. Tambin se utiliza como reactivo qumico el bromuro de ciangeno.
Existen mtodos fsicos utilizados para determinar la masa molecular de las protenas como la
ultracentrifugacin analtica, la medida de la presin osmtica o la filtracin de geles.
Adems para la separacin de aminocidos y pptidos se emplean los mtodos cromatogrficos de la capa
fina, papel y columna as como la electrofloresis.
La primera secuencia completa de una protena, la hormona Insulina, fue obtenida en 1953 por Frederik
Sanger y colaboradores. A partir de ese momento se han determinado las secuencias de numerosas protenas
como la Ribonucleasa, la lisozima, la hormona ACTH etc.
Estudios realizados de las diferentes secuencias que se conocen hasta este momento han permitido llegar a
algunas conclusiones generales.
Las protenas estn constituidas por L aminocidos unidos por enlaces peptdicos. Otros enlaces
covalentes son raros.
La composicin y el orden de los aminocidos es muy variable.
Las secuencias repetidas en una protena no son comunes.
Cada protena particular tiene una secuencia nica.
Los estudios realizados en cuanto a que las protenas particulares presentan una secuencia nica,
demuestran el hecho de que esta secuencia se establece genticamente, es decir, que son los genes los que
portan la informacin de la misma y la trasmiten de una generacin a otra.
Si se produce una diferencia en este mecanismo, que determine cambios en la secuencia de aminocidos y
de variantes anormales en la protena, se producirn anormalidades y enfermedades en los organismos vivos.
Estructura secundaria.
Se conoce tambin por nivel de organizacin secundaria y est dado por nivel de ordenamiento que presenta
la cadena peptdica a lo largo del eje, producido por la interaccin de grupos carbonilo y amdico por
interacciones por puentes de hidrgeno.
Se ha determinado que las interacciones por puentes de hidrgeno que se establecen cuando este elemento
se encuentra entre dos elementos ligeros y ms electronegativos. Se consideran enlaces relativamente
dbiles, aproximadamente de 9,3 a 19 kJ/mole. Gran nmero de estas interacciones pueden integrarse a
expensas de los grupos amdicos y cabonlios posibilitando la formacin de estructuras con gran estabilidad.
Las estructuras que se pueden formar se reducen a unos pocos tipos, ya que existen diversos factores que
condicionan o limitan las posibilidades existentes.
El conocimiento de esto se inici debido a los trabajos de Linus Pauling y Robert Corey al utilizar la tcnica de
difraccin de rayos x con amidas sustituidas y pequeos pptidos. Estos logran medir las distancias y ngulo
del enlace peptdico.
Los siguientes requisitos, postulados inicialmente por Pauling y Corey han sido demostrados
experimentalmente.
Todos los aminocidos pertenecen a la serie L.
Todos los tomos anexos al enlace peptdico estn en el mismo plano y en la configuracin "TRANS"
Estos planos solo pueden girar en cierta medida unos con relacin a otros en sus puntos de unin
constituidos por los carbonos alfa (()
Los residuos de los aminocidos no contribuyen a la estructura.

La formacin de los puentes de hidrgeno, solo se verificar cuando la distancia entre el hidrgeno y
el oxgeno no sea mayor de 0,28 nm y los tomos del enlace formen aproximadamente una lnea recta.

Tipos de estructuras secundarias.

Las interacciones por puentes de hidrgeno pueden lograrse entre varias cadenas peptdicas que corran
paralelas unas con otras.
Estas cadenas pueden correr en el mismo sentido o en sentidos opuestos dando lugar a ordenamientos
paralelos o antiparalelos. En esta estructura las cadenas peptdicas adoptan una forma plegada donde los
sucesivos planos que contienen las cadenas peptdicas formarn ngulos entre s al nivel del carbono alfa
(??, que adopta una estructura en Zig Zag que Pauling nombr hoja plegada o conformacin beta (().
En esta conformacin los grupos R se proyectan por encima y por debajo de la hoja y son paralelos entre s,
lo cual favorece la estabilidad de la estructura.
La hoja plegada se presenta en algunas protenas fibrosas como la fibrona de la seda y las ( -queratinas
presentes en escamas, picos y garras de aves y reptiles.
La estructura en hoja plegada de las protenas, presenta una estructura en zig zag, los puentes de
hidrgeno se establecen entre el C = 0 y el N- H de cadenas vecinas, los radicales R se proyectan por
encima y por debajo de la hoja, las cadenas corren en sentido opuesto.
Otra conformacin de la cadena favorecida energticamente es aquella donde los puentes de hidrgeno se
producen dentro de la misma cadena peptdica.
Esta estructura fue denominada por Linus Pauling, Helice ( y se caracteriza porque la cadena peptdica se
dobla formando un arrollamiento helicoidal donde los puentes de hidrgeno se forman entre una esfera y la
siguiente y son paralelas al eje de la hlice.
Entre las caractersticas de la hlice alfa est la de poseer 3,6 aminocidos por vuelta, la que de encontrarse
el arrollamiento hacia la derecha y la de existir una distancia entre esferas (perodo de identidad aminocidos
se proyectan hacia fuera de la hlice.
Estructura terciaria.
La estructura terciaria de una protena es su forma tridimensional producida por los dobleces de sus cadenas
de polipptidos. Estos dobleces no se presentan al azar, bajo las condiciones ambientales adecuadas slo se
producen en una forma especfica, caracterstica de una protena en particular y que a menudo es sumamente
importante para su funcionamiento.
n el proceso de plegado intervienen diversas fuerzas incluyendo los enlaces disulfuro de
la estructura primaria. Uno que es caracterstico de la mayora de las protenas es el plegamiento que se lleva
a cabo de forma tal que expone el nmero mximo de grupos polares (hidroflicos) al medio acuoso y encierra
el nmero mximo de grupos no polares (hidrofbicos) en su interior.

Las protenas globulares solubles tienden a estar mucho ms plegadas que las protenas fibrosas. Las
protenas fibrosas tambin tienen estructura terciaria; por ejemplo, los filamentos helicoidales ???de la ??
queratina est unidos entre s en una superhlice. Aun las superhlices pueden enlazarse entre s para formar
una estructura similar a una cuerda de siete filamentos.

Estructura cuaternaria.
Muchas protenas globulares de masa molecular superior a 50 000 poseen ms de una cadena y se conocen
como oligmeros.
El modo caracterstico en que las cadenas individuales encajan unas con otras en la conformacin nativa es
precisamente su estructura cuaternaria.
En la hemoglobina las cuatro cadenas se acoplan estrechamente formando un conjunto globular de gran
estabilidad, a pesar que no existe enlace covalente alguno entre ellas, sino que son fuerzas inicas o polares.
En muchas protenas oligmeras las cadenas individuales estn tan unidas que la partcula completa suele
comportarse en disolucin como una sola molcula. Todas estas cadenas componentes de las protenas
oligmeras son generalmente necesarias para su funcin.

3.1 Clasificacin.
Actualmente se conocen un nmero grande de estructuras y funciones que presentan las protenas, por ello
no es fcil clasificarlas a todas convenientemente.

Con el objetivo de organizar el estudio de las protenas se pueden clasificar atendiendo a:

Composicin qumica se clasifican en protenas simples y protenas conjugadas
Protenas simples son aquellas que se encuentran formadas solamente por aminocidos. Actualmente es
correcto dividirlas en dos grupos de acuerdo a su estructura.
Protenas conjugadas. Son el grupo de protenas que estn constituidas por aminocidos y
otros compuestos orgnicos o inorgnicos.
Caractersticas estructurales o conformacionales se clasifican en protenas fibrosas y protenas
globulares.
Esfricas o Globulares: Son protenas que presentan una forma helicoidal o esfrica. Se ha determinado
que generalmente son solubles en soluciones acuosas y que realizan diversidad de funciones. Este grupo
constituye el ms heterogneo y abundante de las protenas, incluyendo a las hormonas, enzimas,
anticuerpos, etc.
Fibrosas: son las que estn constituidas por cadenas peptdicas ordenadas a lo largo de un eje formando
lminas o fibras. Son solubles en soluciones acuosas y realizan funciones de proteccin y sostn
fundamentalmente. En este grupo encontramos las queratininas, y otras.
Tambin existen algunas protenas como el fibringeno y la miosina que presentan caractersticas a ambos
grupos.
3.3 Propiedades de las protenas.
Las protenas presentan algunas propiedades comunes con las soluciones polidispersas, soluciones
coloidales de sustancias orgnicas e inorgnicas.
Al igual que los pptidos y los aminocidos poseen valores caractersticos de punto isoelctrico, en
este valor de pH se conducen como iones hbridos y no transportan carga elctrica neta alguna.
Muchas molculas proteicas solo tienen actividad biolgica dentro de un intervalo muy limitado
de temperatura y pH. La exposicin de molculas de protenas a pH o temperaturas extremas los hace
experimentar un cambio conocido por desnaturalizacin.
3.3 Desnaturalizacin.
La desnaturalizacin puede ser causada por factores fsicos como el calor, la congelacin, el ultrasonido, las
irradiaciones, etc.; y por factores qumicos como la accin de cidos, lcalis, sales y compuestos orgnicos e
inorgnicos neutros. La mayor parte de las protenas se desnaturalizan cuando se calientan entre 50 600 C,
otras se desnaturalizan tambin cuando se enfran por debajo de 10 150 C.
Las protenas son ms reactivas en estado desnaturalizado por lo que sus reacciones coloreadas son ms
intensas y se pueden digerir ms fcilmente por la accin de enzimas proteolticas.
Realmente la desnaturalizacin es un fenmeno de modificacin de la estructura fsica, pero no implica
cambios en la estructura qumica puesto que no se rompen los enlaces peptdico.
De acuerdo a lo anterior se ha llegado a la conclusin de que este fenmeno se debe al desplegamiento de la
estructura plegada de la cadena polipeptdica (estructura conformacional).
Se han observado muchos casos en que una molcula desplegada recupera su forma nativa en el tuvo
de ensayo, en un proceso denominado renaturalizacin o repliegue, el cual puede restaurar la actividad
biolgica original, sin embargo este proceso, aunque es espontneo, es en la mayora de los casos muy lento,
por lo que casi siempre la desnaturalizacin constituye un proceso irreversible.
3.4 Importancia de las protenas.
Las protenas pueden realizar diversas funciones en los organismos vivos, entre las ms importantes se
encuentran las siguientes.
Catlisis Enzimtica: la inmensa mayora de las reacciones qumicas que se producen en los
organismos vivos son catalizadas por las enzimas. Todas las enzimas conocidas hasta hoy son protenas y
constituyen la clase ms abundante de protenas. Estos son los catalizadores ms potentes y especficos que
existen y sin ellos no se puede concebir el metabolismo y por tanto la vida.
Por ejemplo los rboles de hevea producen millones de toneladas de caucho natural, aprovechando para ello
la energa solar y utilizando las sustancias formadas en el proceso de fotosntesis. Todo ello es posible debido
a la presencia en sus tejidos de protenas catalizadoras.
Funcin estructural: constituyen elementos estructurales que protegen los organismos de agentes
externos y sostienen a los diferentes rganos y tejidos.
Adems las protenas contribuyen a la formacin de las membranas celulares, forman los cilios o flagelos,
integran numerosos organismos celulares y forman parte del medio interno de las clulas.

Funcin de reserva: algunas protenas actan como reserva de aminocidos

Las protenas en los organismos vivos tanto animales como vegetales se encuentran formando biomolculas
con un alto grado de complejidad que cumplen funciones de gran importancia desde el punto de vista
funcional y estructural, tales como:
Las glucoprotenas son aquellas que contienen cantidades variables de diferentes carbohidratos como
(galactosa, glucosa, etc) que se encuentran unidas a restos de la cadena peptdica por ejemplo: hormonas,
gonadotropina etc.
Las lipoprotenas son las protenas que contienen en su molcula diferentes tipos de lpidos, entre ellos los
fofolpidos, el colesterol, las grasas neutras, en este grupo tambin se encuentran el alfa y la beta liprotenas.
Las fosfoprotenas en su constitucin presentan molculas de cido fosfrico, unidos a algunos restos de
aminocidos.
Las metaloprotenas son las protenas que tienen metales unidos a la protena por ejemplo el Fe, Cu, Zn etc.
Las nucleoprotenas que resultan de la unin de cidos nucleicos y protenas, abundan mucho en los
ncleos de las clulas.
Precisamente hasta aqu se han estudiado los lpidos, los carbohidratos y las protenas. En otros cursos de
Qumica se han estudiado los metales y el cido fosfrico, esto posibilita la comprensin de la estructura de
las biomolculas anteriores excepto las nucleoprotenas, por lo que a continuacin se dedicar un espacio al
estudio de la estructura e importancia de los cidos nucleicos, precursores de la vida tanto animal como
vegetal.

Bibliografa