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Fundamentos de Gentica. Grado de Bioqumica.

Curso 2010-11
Resmenes de apoyo de la asignatura
1er. MDULO: FUNDAMENTOS DE GENTICA MOLECULAR

Unidad 1. Base cromosmica de la herencia


1.1. Identificacin del material hereditario. El ADN como base fsica de la herencia.
En la primera mitad del siglo XX se saba que la informacin gentica resida en los cromosomas,
constituidos por protenas y un cido nucleico llamado ADN, pero se desconoca cual de ellos era la
molcula portadora de la informacin gentica. Mientras que las protenas se encuentran en toda la
clula, los cidos nucleicos deben su nombre a encontrarse mayoritariamente en un orgnulo celular
llamado ncleo. Varios experimentos realizados a mediados del siglo XX demostraron que la base
fsica de la herencia es el ADN. Avery, MacLeod y McCarty demostraron en 1944 que el ADN, y no las
protenas, es responsable de la capacidad infectiva de ciertas bacterias, y Hershey y Chase demostraron
en 1952 lo mismo para un cierto de virus. En 1957 se demostr que en algunos virus la molcula
portadora de la informacin gentica es una variante del ADN, el ARN. La identificacin del ADN como
material hereditario facilit el desarrollo de la gentica molecular.

1.2. Estructura del ADN


Los anlisis qumicos previos y los datos de difraccin por rayos X permitieron a Watson y Crick dilucidar
la estructura del ADN en 1953. Est consiste en dos cadenas de fosfatos y desoxirribosas unidas por
enlaces fosfodister, estando unida a cada desoxirribosa una base nitrogenada. stas pueden ser la
adenina, la guanina (bases pricas), la citosina o la timina (bases pirimidnicas). Cada cadena de
ADN tiene direccionalidad: en un extremo cuelga un fosfato unido a la posicin 5 de la desoxirribosa
(extremo 5) y en el otro extremo se encuentra un OH libre en la posicin 3 del azcar (extremo 3). Una
variante del ADN es el ARN, ya mencionado, que posee ribosa en lugar de desoxirribosa, y uracilo en
lugar de timina (se tratar en ms detalle en la unidad 2).
Las dos cadenas se enrollan entre s de forma antiparalela (es decir, en direcciones 5-3 opuestas)
formando una doble hlice, en la que las bases de cada cadena se enfrentan en el interior
interaccionando mediante puentes de H. Las interacciones son muy especficas, de tal forma que frente
a una citosina solo se puede ubicar una guanina en la hlice antiparalela (par G:C), y viceversa (par
C:G), mientras que frente a una adenina solo se puede situar una timina (par A:T) y viceversa (par T:A).
La secuencia de bases de una cadena determina por tanto la secuencia de la cadena contraria. La
informacin gentica reside en dicha secuencia de bases, de la misma forma que la informacin de este
texto reside en su secuencia de letras del alfabeto.

1.3. Implicaciones biolgicas de la estructura del ADN. Propiedades fsico-qumicas.


Las peculiares caractersticas de la molcula de ADN le confieren interesantes propiedades fsicoqumicas. Si sus extremos estn fijos, la molcula de ADN puede torsionarse en direccin del sentido de
giro (superenrrollamiento positivo) o en sentido contrario (superenrrollamiento negativo). La densidad
del ADN cambia en funcin del contenido G+C, lo que permite la separacin de distintas fracciones en
experimentos de gradientes de densidad. El ADN absorbe radiacin UV (260 nm), lo que permite calcular
fcilmente su concentracin en solucin. Las dos cadenas del ADN se disocian al subir la temperatura y
el ADN unicatenario absorbe ms a 260 nm que el ADN bicatenario (efecto hipercrmico), lo que
permite saber a qu temperatura se produce la disociacin. Como dicha temperatura depende del
contenido G+C, los experimentos de disociacin permiten averiguar el contenido G+C de una muestra
desconocida de ADN. SI se enfra, el ADN disociado tiende a reasociarse, lo cual har con ms rapidez
cuanto ms fcil sea que se encuentren las cadenas complementarias (es decir, cuento menos compleja
sea la secuencia de bases de la molcula de ADN disociada).

1.4. Replicacin del ADN. Replicacin semiconservativa.


La estructura propuesta por Watson y Crick para el ADN sugiere de inmediato un mecanismo de
replicacin en el que cada cadena sirve de molde para la sntesis de la cadena complementaria
(replicacin semiconservativa). Diversas pruebas experimentales apoyan este mecanismo, tanto en

bacterias como en eucariontes. El experimento decisivo lo realizaron Meselson y Stahl en 1958,


utilizando ADN marcado radiactivamente, distinguible por su densidad del ADN no marcado (ADN ligero),
y demostrando que en un primer ciclo de replicacin se produce ADN semipesado.
La replicacin de ADN la realiza una enzima llamada polimerasa de ADN, que sintetiza siempre en
direccin 5->3. Como consecuencia, en una cadena ocurre en la direccin en la que el ADN se va
abriendo, mientras que en la cadena contraria va a contracorriente, por lo cual se sintetiza
forzosamente a trozos, de forma discontinua. Los fragmentos discontnuos, llamados fragmentos de
Okazaki, son unidos por una enzima llamada ligasa. Los eucariontes poseen varias polimerasas de
ADN con propiedades distintas. Una de las propiedades mas interesante es la de correccin de errores,
que le permite comprobar si las bases colocadas son correctas, y eliminar las colocadas
incorrectamente, aumentando as la fidelidad de la replicacin.

1.5. Organizacin del material gentico en virus y bacterias.


El material gentico de los virus est habitualmente formado por una sola molcula de cido nucleico,
que puede ser tanto ADN como ARN, bicatenario o monocatenario, circular o lineal. Por el contrario,
el material gentico de las bacterias es siempre ADN, habitualmente una sola molcula bicatenaria
circular. A veces, las bacterias poseen molculas de ADN circular de mucho menor tamao que la
molcula principal, denominadas plsmidos. Los plsmidos son prescindibles (no estn siempre
presentes), aunque suelen conferir alguna caracterstica ventajosa a la bacteria que lo contiene (por
ejemplo, resistencia a antibiticos). Las clulas eucariotas poseen orgnulos celulares, como las
mitocondrias y cloroplastos (stos ltimos solo en organismos fotosintticos) que poseen numerosas
copias de una pequea molcula circular de ADN. En la Unidad 5 se hace mencin a su funcin y en la
unidad 9 a su posible origen procariota.

1.6. Replicacin en bacterias.


La replicacin suele tener lugar de forma bidireccional a partir de ciertos lugares en el ADN,
denominados orgenes de replicacin. Los cromosomas circulares bacterianos suelen poseer un nico
origen de replicacin, a partir del cual se duplica la molcula en ambas direcciones, generando a mitad
del proceso una estructura conocida como (zeta). Tambin se replican de esta forma los plsmidos,
que poseen su propio origen de replicacin. En la replicacin participan numerosas protenas auxiliares,
adems de la polimerasa de ADN, estudiadas en gran detalle en modelos como la bacteria E. coli. Entre
ellas figuran la primasa, que sintetiza los cebadores de ARN, la ligasa, ya mencionada en el apartado
1.4, la helicasa, que va separando las dos cadenas, o una topoisomerasa, que va liberando la torsin
del ADN superenrrollado. Algunos plsmidos, como el plsmido F, utilizan una variante de este
mecanismo, conocido como replicacin en circulo rodante. En este caso, la molcula circular de ADN
sufre un corte en una de las cadenas, y arranca una replicacin unidireccional, que va liberando una
molcula lineal.

1.7. Organizacin del ADN en eucariontes. Nucleosomas y cromatina.


El ADN eucariota posee una longitud varios ordenes de magnitud mayor que el ncleo que los alberga,
por lo cual es necesaria la existencia de mecanismos que hagan posible su empaquetamiento. Esto se
consigue mediante su interaccin con ciertas protenas llamadas histonas. Varios tipos de histonas
forman un complejo sobre el cual se enrolla un segmento de la molcula de ADN, formando el
nucleosoma. En el ncleo el ADN est organizado como una cadena de nucleosomas, formando un
material nucleoproteico que se denomina cromatina. Las cadenas de nucleosomas pueden estar en una
configuracin relajada, accesibles a otras protenas que puedan ocuparse de otras funciones del ADN.
En ese caso la cromatina se denomina eucromatina. Alternativamente, los nucleosomas pueden
interaccionar y agregarse entre s formando un material ms compacto, dando lugar a la
heterocromatina. La clula controla qu regiones del ADN deben estar en forma de eucromatina y
cuales en forma de heterocromatina. La existencia de ambos tipos de cromatina se visualiza en las
fotografas de los ncleos eucariticos al microscopio electrnico como masas de diferente densidad y
aspecto.

1.8. Estructura del cromosoma eucariota. Centrmeros y telmeros.


Los genomios eucariotas estn formados por molculas lineales de ADN, llamados cromosomas. Con
frecuencia, el trmino cromosoma se aplica a la estructura compacta que forma cada molcula de ADN
durante el proceso de divisin celular, distinguible al microscopio ptico mediante mtodos adecuados
de tincin. Molecularmente, est formado por heterocromatina con un alto grado de compactacin. En la
divisin celular, los cromosomas permanecen unidos a fibras de microtbulos a una regin concreta,
llamada centrmero, que se aprecia como una constriccin. Cada cromosoma posee el centrmero en
un lugar diferente, pudiendo estar en el centro (cromosoma mtacentrico), desviado del centro

(submetacntrico) o prximo a un extremo (telocentrico). Los extremos del cromosoma, que contienen
el extremo de la molcula lineal, se denominan telmeros, y contienen protenas diferentes a las del
resto del cromosoma, asegurando su proteccin y estabilidad. Existen tcnicas de tincin que dan lugar
a la formacin de bandas de distinta intensidad, lo cual facilita la distincin de los diferentes
cromosomas. La representacin ordenada del juego de cromosomas, con frecuencia en orden de
tamao, se denomina cariotipo.

1.9. Replicones eucariticos. Funcin del telmero en la replicacin.


En los cromosomas eucariotas la replicacin empieza desde numerosos puntos a la vez. Tienen, por
tanto, numerosos orgenes de replicacin, visibles como bucles en el ADN en experimentos de marcaje
radiactivo. Debido a la replicacin asimtrica de las dos cadenas de ADN y a la necesidad del uso de un
cebador para el inicio de la sntesis, el extremo de la cadena que se sintetiza de forma discontnua no se
replica en su totalidad, lo cual da lugar a una prdida paulatina de ADN en cada divisin celular. Para
compensar esta prdida, las clulas eucariotas han desarrollado un mecanismo de elongacin de la
secuencia de los telmeros, basado en la sntesis de una corta secuencia de ADN por una enzima
llamada telomerasa, que acta de forma independiente a la maquinaria de replicacin. Por este motivo,
los telmeros estn constituidos por repeticiones de dicha secuencia, con frecuencia (TTAGGG)n, que
cumple por tanto una importante funcin en la replicacin.

1.10. Cromosomas sexuales y determinacin del sexo.


Como organismos diploides (unidad 4), los eucariontes superiores poseen dos copias de cada
cromosoma. En la mayora de los animales superiores (y en muchas plantas dioicas), los pares de
cromosomas son iguales en los individuos de los dos sexos con la excepcin de uno de los pares de
cromosomas (cromosomas sexuales), para el cual uno de los dos sexos posee una versin diferente
de uno de los dos cromosomas. Cuando es el macho, se denominan cromosomas X e Y, mientras que
la hembra posee dos copias del cromosoma X. En ciertas especies, los cromosomas diferentes se
encuentran en la hembra, en cuyo caso se denominan W y Z (macho: WW, hembra: WZ, ver unidad 4).

1.11. Heterocromatinizacin del cromosoma X.


En los mamferos (y otros grupos taxonmicos), el cromosoma X posee mucha ms informacin gentica
que el cromosoma Y, que suele ser ms pequeo. Para compensar la diferencia en el contenido de
informacin gentica entre ambos sexos, las clulas de la hembra inactivan (heterocromatinizan) al azar
uno de los dos cromosomas X en una fase temprana del desarrollo del embrin. El agregado
heterocromatnico que se observa en las clulas hembra al microscopio como resultado de la
compactacin de un cromosoma X se denomina corpsculo de Barr.

Unidad 2. Expresin gnica


2.1. El gen como unidad de expresin. Hiptesis un gen-una enzima.
Diversas pruebas experimentales demuestran que el ADN determina las protenas presentes en la
clula. Normalmente se basa en el estudio de los efectos de alteraciones genticas o mutaciones, cuyo
fundamento qumico se tratar en la unidad 3. A principios del siglo XX se relacionaron por primera vez
alteraciones heredables del metabolismo con la ausencia de actividades enzimticas concretas. El
primer ejemplo fue la alcaptonuria, pero posteriormente la medicina ha proporcionado numerosos
ejemplos de alteraciones metablicas atribuibles a la prdida de la mutacin del gen para una protena
de funcin conocida. La hiptesis un gen-una enzima indica que el ADN est organizado en unidades
funcionales, llamadas genes, cuya funcin es determinar la secuencia de una protena concreta.
El concepto de gen ha evolucionado de acuerdo con el progreso de la gentica. Desde el punto de
vista molecular, el gen se puede definir como una secuencia de ncleotidos en el ADN que se transcribe
en una molcula de ARN con una actividad biolgica propia. En algunos casos, esta funcin puede
corresponder al propio ARN (por ej. ARNr o ARNt), pero en la mayora de los casos su funcin es hacer
de intermediario en la sntesis una protena, cuya secuencia de aminocidos determina la propia
secuencia del ARN.

2.2. Transcripcin: ARN polimerasa, promotor y ARN mensajero.


El primer paso en el proceso de expresin gnica del ADN es la transcripcin. Consiste en la sntesis
de molculas de ARN usando como molde segmentos discretos de una de las cadenas del ADN. Las
molculas de ARN son por tanto transcripciones de la secuencia exacta de nucletidos de ciertos

segmentos del ADN, y reciben el nombre de mensajeros o ARNm. La sntesis usa los mismo
nucletidos que la del ADN, excepto que utiliza cido uridlico (uracilo) en lugar de cido timidlico
(timina). No todos los ARN transcritos cumplen la funcin de mensajeros de la sntesis de una protena,
sino que algunos tendrn una funcin estructural propia, como los ARN transferentes y los ARN
ribosmicos (seccin 2.6 en esta unidad). La transcripcin es llevada a cabo por complejos enzimticos
llamados polimerasas de ARN en un proceso que tiene tres fases, iniciacin, elongacin y
terminacin. Existen en el ADN secuencias que actan como seales que indican a las polimerasas de
ARN donde deben empezar la transcripcin. Dichas secuencias se denominan promotores. Al contrario
que la replicacin, la polimerasa de ARN no necesita arrancar desde un cebador, y carece de actividad
correctora.

2.3. Transcripcin en procariontes. Factor sigma.


Las polimerasas de ARN no son autosuficientes para el reconocimiento de los promotores, sino que
necesitan de la ayuda de protenas auxiliares, entre las que destaca una protena de obligada presencia,
llamada factor sigma. La existencia de ms de un factor sigma permite a la bacteria discriminar entre
diferentes promotores. Con frecuencia, las bacterias transcriben varios genes juntos a partir de un solo
promotor. Los ARNm de este tipo se llaman policistrnicos y el grupos de genes transcritos desde un
mismo promotor se denomina opern. La transcripcin termina cuando la polimerasa transcribe una
secuencia, llamada terminador, que forma una estructura de ARN bicatenario por apareamiento interno.
En muchos casos, hace falta la colaboracin de una protena auxiliar, llamada rho. En general, los
procariontes poseen una nica polimerasa de ARN que se encarga de la sntesis de todos los ARN de la
clula. Las bacterias tienen diferentes protenas Sigma con diferentes funciones.

2.4. Transcripcin en eucariontes. Factores de transcripcin.


En eucariontes existen tres polimerasa de ARN diferentes, llamadas I, II y III. La ARN polimerasa II es
la responsable de la sntesis de ARNm, mientras que las otras se ocupan de la transcripcin de otras
molculas de ARN que jugarn un papel por s mismas (por ej. ARN ribosmico y ARN transferente, de
los que se habla en las secciones siguientes). La eficacia del reconocimiento de los promotores depende
de la intervencin de protenas auxiliares llamadas factores de transcripcin. El inicio de la
transcripcin en eucariontes requiere la unin secuencial de diferentes protenas para formar un
complejo, al cual se une finalmente la ARN polimerasa. Para ello hay secuencias reguladoras
generales, necesarias para la formacin del complejo de iniciacin en todos los promotores, y
secuencias reguladoras especficas, que determinarn la eficacia real de la transcripcin (regulacin,
seccin 2.11).

2.5. Maduracin del ARN en eucariontes. Intrones y exones.


En los eucariontes, los ARN se sintetizan en el ncleo, de donde tienen que pasar al citoplasma para
cumplir su funcin. Antes de salir, deben sufrir una serie de modificaciones. El extremo 5, (inicio del
ARNm) es modificado qumicamente y al extremo 3 se le aade una secuencia de ms de un centenar
de adeninas (poliadenilacin). La secuencia codificante de los genes (la que va a ser traducida en
secuencia de protena) suele estar interrumpida por secuencias no codificantes, llamados intrones. Los
segmentos codificantes discontinuos se denominan exones. La eliminacin precisa de los intrones y el
empalme correcto de los exones es un proceso crtico en la expresin gnica en eucariontes, ya que de
dicha precisin depende la fidelidad de la secuencia del polipptido sintetizado. Este proceso es
catalizado en varios pasos por un conjunto de ribonucleoprotenas llamado en ingls spliceosome
(con frecuencia traducido como madurosoma). En algunos casos existen exones que pueden ser
eliminados con los intrones circundantes. Esta opcin, conocida como maduracin alternativa, permite
que a partir de un mismo gen se pueda sintetizar ms de una protena diferente.
En algunas especies se han encontrado intrones que son capaces de autoescindirse del ADN. Esta
propiedad, llamada autocatlisis, se debe a la formacin de una estructura por apareamientos internos,
capaz capaz de llevar a cabo los pasos enzimticos realizados por el madurosoma.

2.6. Traduccin del ARNm. Ribosomas y ARN transferente.


La traduccin del ARNm consiste en la sntesis de una protena al dictado de la secuencia de bases de
dicho ARNm. El proceso de traduccin es mediado por el ribosoma, una estructura formada por
protenas y ARN ribosmico. En este proceso, fundamental en el funcionamiento de los seres vivos, el
ribosoma ejerce la funcin de facilitar el acoplamiento secuencial de molculas de ARNt cargadas con
un aminocido. El acoplamiento se lleva a cabo mediante el reconocimiento de 3 bases del ARNm
(codn) por apareamiento con 3 bases complementarias del ARNt (anticodn). La formacin de las
formas maduras de los ARN de funcin propia, como los ARNr y los ARNt, incluyen tambin pasos de
eliminacin de secuencias de ARN sobrantes y, en algunos casos, modificaciones qumicas.

La traduccin tiene tres fases: iniciacin (reconocimiento del codn donde empieza la sntesis del
polipptido), elongacin (lectura consecutiva de los codones restantes y adicin sucesiva de los
consiguientes aminocidos al polipptido en formacin) y terminacin (finalizacin de la sntesis de la
protena por reconocimiento de un codn de fin de lectura). Un mismo ARNm puede ser traducido a la
vez por ms de un ribosoma, formando los llamados polisomas.

2.7. Clave gentica. Degeneracin de la clave y tambaleo.


La correspondencia entre codones y aminocidos en el proceso de traduccin se denomina clave
gentica (o cdigo gentico). La clave se descifr en los aos 60 mediante elegantes experimentos,
basados inicialmente en la traduccin in vitro de polmeros de ARN de composicin controlada,
sintetizados por la fosforilasa de polinucletidos descubierta anteriormente por el espaol Severo Ochoa
(1955). El cdigo no es ambiguo, es decir, cada codn solo significa un aminocido. Uno de los
codones, que codifica metionina, se emplea para el inicio de la traduccin. Tres de los 64 codones
posibles no determinan ningn aminocido, y deciden el lugar de terminacin de la traduccin. Los 61
codones restantes determinan diferentes aminocidos. Como hay ms codones que aminocidos, a la
mayora de stos les corresponde ms de un codn. Se dice, en consecuencia, que la clave es
degenerada. La clave gentica es la misma en todos los seres vivos (se dice que es universal), con la
excepcin de pequeas diferencias en mitocondrias y en algunos protozoos.
Por la estructura curvada del anticodn en el ARNt, la base que aparea con la tercera base del codn
est ms alejada, lo que permite que dos de las bases puedan aparear con la purina o pirimidina que no
le corresponde. Esta situacin se conoce como tambaleo de la tercera posicin, y da lugar a una cierta
ambigedad en el mecanismo de reconocimiento de los ARNt, que tiene su reflejo en la distribucin de
codones en la clave gentica.

2.8. Determinacin de la clave: carga de los ARNt. Aminoacil ARNt sintetasas.


La clave gentica, como correspondencia entre codones en el ARNm y aminocidos, la determina la
asociacin del aminocido correcto al ARNt con el anticodn apropiado. Esta funcin la cumple un grupo
de enzimas llamadas aminoacil ARNt sintetasas. Cada una de estas enzimas carga un cierto
aminocido con los diferentes ARNt cuyo anticodn aparea con el codn correspondiente. En algunos
casos (por ejemplo, tirosina y fenilalanina), los aminocidos poseen un elevado parecido estructural, lo
que exige un enorme grado de precisin de los sistemas de reconocimiento de estas enzimas,
responsables en primera instancia del cdigo gentico.

2.9. Regulacin de la expresin gnica. Genes constitutivos y genes regulados.


Un aspecto crtico del funcionamiento de la clula es el control de la cantidad de protena de cada tipo
que debe estar disponible en funcin de sus necesidades. Dicho control se lleva a cabo mediante la
regulacin de la expresin gnica, cuyo punto de control inicial es la disponibilidad de ARNm. Esta
depende de la estabilidad del ARNm (vida media) y, sobre todo, de su tasa de transcripcin. Algunas
protenas son siempre necesarias, y las tasas de transcripcin de sus genes son constantes. Estos son
los genes constitutivos. Otras protenas solo hacen falta en funcin de las circunstancias particulares
en las que se encuentre la clula. Para ahorrar el gasto energtico innecesario de transcribir un gen y
traducir su ARNm cuando la protena no es necesaria, la transcripcin de muchos genes est regulada.
La regulacin de la transcripcin es mediada por los llamados factores de transcripcin, protenas
capaces de unirse a secuencias promotoras en el ADN e influir positiva o negativamente sobre la
transcripcin de los genes correspondientes. La existencia de varios dominios proteicos bien
establecidos capaces de unirse a ADN, como los dedos de zinc o los hlice-giro-hlice, facilitan la
identificacin experimental de estas protenas.

2.10. Regulacin en virus y bacterias. Operones. El opern lac.


Cuando los virus infectan una clula, utilizan la maquinaria celular para expresar su informacin
gentica. En los virus bacterianos los genes se expresan por oleadas. Los primeros genes vricos
expresados por la bacteria (genes tempranos) permiten la expresin de genes ms tardos, que suelen
incluir las protenas de las cpsidas de los fagos. Algunos virus poseen la opcin de integrar su ADN en
el cromosoma bacteriano (lisogenia), por lo cual la bacteria lo replica en cada ciclo celular. Estos virus
integrados pueden saltar posteriormente e iniciar el ciclo ltico.
En las bacterias los genes suelen transcribirse por grupos llamados operones. Cada opern tiene un
solo promotor, que da lugar a un ARNm que codifica varias protenas relacionadas en su funcin. Los
operones suelen estar regulados en respuesta de una cierta seal, lo que permite que se exprese de
acuerdo con las necesidades de la clula. Pueden ser reprimibles o inducibles (segn la presencia de
la seal active o reprima la transcripcin) y pueden ser de control positivo o negativo, en funcin de si
el control lo ejerce una protena activadora (el opern solo se transcribe si la protena activadora lo

permite) o represora (hay transcripcin a menos que una protena represora lo impida). Un ejemplo
paradigmtico de regulacin es el opern lac de E. coli, que codifica tres protenas asociadas a la
utilizacin de lactosa como fuente de carbono. La transcripcin de este opern es impedida por una
protena represora (LacI), que se inactiva en presencia de la seal (la lactosa) en el medio de cultivo.
Adems, la transcripcion del opern es estimulada por otra protena (llamada CAP), que se activa en
ausencia de glucosa en el medio de cultivo.
Otro ejemplo representativo es el opern del triptfano, dedicado a la sntesis de este aminocido.
El opern se induce en ausencia de triptfano. Cuando este aminocido est presente en cantidad
suficiente, se une a un represor permitiendo que este bloquee la transcripcion del opern. Se trata por
tanto de un opern reprimible (la seal reprime la transcripcin) y de control negativo (el control est
mediado por una protena represora). Existen adems redes de regulacin global, que controlan la
expresin de muchos genes en respuesta a seales acopladas a la deteccin de factores importantes
para la supervivencia de la clula.

2.11. Regulacin en eucariontes. Elementos reguladores. Potenciadores y silenciadores.


En los eucariontes, cada gen se expresa de forma independiente a partir de su propio promotor. Para
que tenga lugar la transcripcin, se debe ensamblar previamente el complejo de transcripcin (seccin
2.4), formado por la polimerasa del ARN y diferentes protenas auxiliares, proceso influido por la unin
de diferentes protenas reguladoras y factores de transcripcin en el entorno del promotor. Las
secuencias reconocidas por estas protenas se denominan elementos reguladores o elementos de
respuesta. Algunos elementos reguladores (o conjuntos de estos elementos), llamados potenciadores
(enhancers), actan a considerable distancia de los promotores, pudiendo estar localizados tanto por
delante como por detrs de los genes. Si el efecto de estos elementos es disminuir la transcripcin, se
denominan silenciadores. En los eucariontes superiores, los promotores suelen contener una gran
diversidad de elementos reguladores, siendo el nivel de transcripcin final el resultado de la modulacin
o integracin de numerosas seales, con frecuencia con resultado diferente en distintos tejidos o tipos
celulares.

2.12. Regulacin postranscripcional.


La transcripcin, si bien el ms importante, no es el nico proceso mediante el cual una clula puede
controlar la disponibilidad de una cierta protena. Diferentes ARNm poseen diferentes grados de
estabilidad. As, un gen cuyo ARNm tenga una vida media ms larga necesita un nivel de transcripcin
menor para mantener la misma cantidad de ARNm. La clula puede controlar tambin el grado de
traduccin del ARNm, la actividad de una protena o su degradacin. Todos estos mecanismos de
control de la cantidad de protena funcional se conocen como regulacin postranscripcional. En la
regulacin pueden intervenir pequeas molculas de ARN, sintetizadas para esa finalidad, que actan
unindose a segmentos concretos de los ARNm, facilitando o impidiendo su traduccin, o alterando su
vida media. Estas pequeas molculas de ARN reciben distintos nombres (silencing RNA o sRNA,
small interfering RNA or siRNA, entro otros) y cada vez se da ms importancia al papel que
desempean en la regulacin gentica de los eucariontes.

2.13. Regulacin epigentica.


La regulacin epigentica alude a los mecanismos de cambio funcional en el genoma que no implican
cambio en la secuencia del ADN. Habitualmente se refiere a modificaciones qumicas reversibles en el
propio ADN o en protenas con las que interacciona, de forma que se alteran los mecanismos de
expresin sin cambiar su secuencia de bases. La modificacin ms habitual es la metilacin de
citosinas. En eucariontes superiores, las citosinas metiladas son siempre antecedidas por una guanina,
de forma que la diana de metilacin es una secuencia GpC. La metilacin en regiones promotoras de los
genes reduce su expresin. El estado de metilacin del ADN est relacionado tambin con su estado de
empaquetamiento (eucromatina o heterocromatina, ver unidad 1), y por tanto de disponibilidad para
expresin genica. El estado de empaquetamiento se controla tambin por modificaciones qumicas en
las histonas, entre las que juegan tambin un papel destacado las acetilaciones y metilaciones. Las
enzimas que metilan o acetilan histonas, as como las que desmetilan y desacetilan, constituyen una
maquinaria regulatoria de gran importancia que acta sobre todo al nivel de organizacin y
empaquetamiento de la cromatina.

2.14. Programas de regulacin. Desarrollo y diferenciacin.


En los organismos ms complejos, plantas y animales superiores, la formacin del individuo adulto a
partir de un cigoto implica un complejo programa de regulacin gentica, en la que a medida que las
clulas se van multiplicando, se suceden cambios en los patrones de expresin de numerosos genes,
que decidirn el destino y la diferenciacin (cambio de morfologa) de las clulas que conformarn los

diferentes tejidos. La decisin de un futuro estado de diferenciacin se denomina determinacin. Esta


se produce como consecuencia de la ubicacin de la clula y sus interrelaciones con clulas vecinas, de
las seales que recibe y de mecanismos de regulacin interna en cascada de la anteceden. Muchos de
los genes necesarios para el desarrollo solo hacen falta en esta etapa de formacin del individuo, y no se
utilizan en su etapa adulta. El estudio de estos genes y sus mecanismos de regulacin dan lugar a una
subdisciplina de la gentica, conocida como gentica del desarrollo. Esta disciplina ha concentrado su
atencin en algunos modelos especialmente apropiados, como la mosca Drosophila, el nematodo
Caenorhabditis, el ratn, o la planta Arabidopsis, por citar algunos de los ms destacados.

Unidad 3. Estructura e integridad gnica


3.1. Concepto de mutacin. Tipos de mutacin.
Las mutaciones son cambios en el nmero o en la secuencia de bases en el ADN. Si el cambio afecta a
una o pocas bases, se dice que la mutacin es puntual. Los cambios de una base se denominan
transiciones (cambio de una purina por otra, o cambios de una pirimidina por otra) o transversiones
(purina por pirimidina o viceversa). Las mutaciones puntuales en el nmero de bases se denominan
inserciones (ganancia de bases) o deleciones (prdida de bases). Las clulas u organismos portadores
de una mutacin se denominan mutantes.
Cuando las mutaciones afectan a segmentos grandes de ADN, detectables en los cromosomas al
microscopio, se habla de alteraciones estructurales; por sus efectos en el mendelismo, estas
alteraciones se tratan en el 2 mdulo (unidad 6).

3.2. Causas moleculares de la mutacin. Mutacin espontnea.


Con un elegante experimento, conocido como prueba de fluctuacin, Luria y Delbrck demostraron en
1943 que las mutaciones se producen con independencia de las consecuencias que puedan producir.
Las mutaciones se generan espontneamente con muy baja frecuencia como consecuencia de los
mecanismos moleculares de mantenimiento y expresin de la informacin gentica. Las polimerasas de
ADN cometen errores en la replicacin con frecuencias extremadamente bajas. Una de las causas es
que las bases en el ADN tienen conformaciones isomricas alternativas, llamadas tautmeros, que
alteran sus propiedades de apareamiento. Si en el momento en que la polimerasa de ADN est
replicando una base, sta adopta su forma tautomrica alternativa, puede ser apareada con una base
errnea. Las bases pueden sufrir alteraciones qumicas por su interaccin con molculas reactivas en
la clula, como por ejemplo especies reactivas de oxgeno generadas por el metabolismo respiratorio.
Estas alteraciones son otra causa de la generacin de mutaciones espontneas.

3.3. Mutagnesis. Mutgenos.


Ciertos agentes fsicos (rayos X, radiacin UV) y qumicos (agentes alquilantes, agentes
intercalantes, anlogos de bases, etc) producen alteraciones qumicas que pueden dar lugar a
mutaciones. El dao ms frecuente producido por la radiacin UV son los dmeros de timina,
consistente en la formacin de enlaces covalentes entre dos timinas consecutivas en una cadena. Los
agentes alquilantes producen modificaciones qumicas en las bases que alteran sus propiedades de
apareamiento. Un efecto similar es producido por la presencia de anlogos de bases, que pueden ser
incorporados por la polimerasa en el ADN. Los agentes intercalantes producen inserciones o
deleciones en el ADN. Los tratamientos de clulas con estos agentes mutagnicos (mutagnesis), dan
lugar a tasas de mutaciones mucho ms elevadas que las tasas espontneas, y constituyen una potente
herramienta de investigacin para la obtencin de mutantes.

3.4. Mecanismos de reparacin.


La clula posee mecanismos de vigilancia de la integridad del ADN y reparacin de los daos
detectados. Las modificaciones qumicas en las bases del ADN pueden producir alteraciones en los
apareamientos de las bases (emparejamiento errneos). Si stos no son corregidos, con alta
probabilidad pueden producir mutaciones, que no son ya identificables por las maquinarias de
reparacin. Los dmeros de pirimidina son reparados por una enzima que utiliza la luz como energa, en
un proceso conocido como fotoreactivacin. Otras enzimas reparan otros daos especficos, como las
alquil transferasas, que reparan los grupos alquilo. Un proceso ms general es la reparacin por
escisin, mediado por varias enzimas, en el que se produce la degradacin y nueva sntesis del
segmento de cadena que incluye el dao. La reparacin se puede apoyar en la identificacin de la
secuencia legtima por recombinacin con ADN homlogo, o por reconocimiento de la presencia de
metilacin, que delata la cadena ms antigua en la replicacin. Cuando la clula detecta la acumulacin

de gran cantidad de mutaciones, se ponen en marcha mecanismos generales de reparacin conocidos


como SOS, cuya misin es tratar de atender una demanda anormal de reparacin de daos.
Algunas enfermedades humanas, como la xeroderma pigmentosum, estn asociadas a defectos en
sistemas de reparacin.

3.5. Mutacin y clave gentica. Mutaciones de sentido y de pauta de lectura


Las mutaciones que se producen en las secuencias codificantes de los genes pueden alterar la
secuencia de las protenas. Una mutacin puntual es silenciosa o neutra si no altera la secuencia de
aminocidos, o es de cambio de sentido cuando altera el significado (sentido) del correspondiente
codn en el ARNm. Un cambio de sentido especialmente drstico es la generacin de un codn de fin de
mensaje a partir de un codn con sentido, en cuyo caso se produce un polipptido truncado. Las
inserciones o deleciones que no son mltiplo de 3 tienen consecuencias drsticas en el mensaje de los
genes, ya que producen cambios en la pauta de lectura. Este tipo de mutacin produce la sntesis de
una secuencia aleatoria de protena a partir del punto de mutacin, hasta la aparicin accidental de un
codn de fin de mensaje.

3.6. Consecuencias genticas de la mutacin. Concepto de alelo. Dominancia y recesividad.


Las mutaciones producen variantes de los genes o alelos. Las mutaciones que alteran las secuencias
de las protenas pueden cambiar su actividad o sus propiedades funcionales. Las mutaciones pueden
ser de prdida de funcin, cuando la protena deja de ser operativa, o rezumantes, cuando la protena
ha perdido su actividad solo parcialmente. Excepcionalmente, la mutacin puede conferir una propiedad
o una capacidad que no tena la protena nativa. Se habla en este caso de mutaciones de ganancia de
funcin. Si el nuevo fenotipo se manifiesta solo en ausencia de una copia silvestre del gen afectado, la
mutacin es recesiva. Si el fenotipo mutante se manifiesta independientemente de la presencia o no de
una copia silvestre del gen, la mutacin es dominante. Las mutaciones de prdida de funcin de una
protena suelen dar lugar a fenotipos recesivos, mientras que las mutaciones de ganancia de funcin
suelen ser dominantes.
En los casos de los organismos multicelulares, las mutaciones pueden ser somticas, en cuyo caso
solo afectarn a clulas descendientes en el propio individuo, o afectar a la lnea germinal, en cuyo
caso podrn ser transmitidas a la generacin siguiente.

3.7. Alteracin mutacional de la regulacin gnica; ejemplo del opern lac.


Algunas mutaciones pueden alterar la regulacin de la expresin gnica. Esta situacin se produce
cuando la mutacin afecta a un gen de una protena que controla la expresin gnica de otros genes, o
cuando afecta a una secuencia del ADN que ser reconocida por una protena reguladora. Un ejemplo
muy conocido es el de las mutaciones que modifican la regulacin del opern lac en E. coli. Hay
mutaciones que producen expresin constitutiva del opern (mutacin en el gen del represor LacI, o en
el sitio de unin en el ADN, el operador) o su represin permanente (mutacin que altera el sitio de
reconocimiento de la seal en la protena LacI, sin alterar su capacidad de unin al operador). Algunas
de estas mutaciones actan solo en cis (solo afectan a la transcripcin del opern en la misma cadena
de ADN) mientras que otras actan tambin en trans. Algunas mutaciones reguladoras son dominantes.
Es decir, ejercen su efecto con independencia de la presencia de una secuencia silvestre del gen
afectado.
En los operones, se observan a veces el fenmeno de las mutaciones polares. Una mutacin polar
se produce cuando se genera una mutacin de fin de mensaje prematuro en un gen de un opern, de
forma que los ribosomas se detienen antes de tiempo. A veces esto da lugar a la formacin de
estructuras terminadoras en el ARNm, que producen la detencin prematura de la transcripcin. La
polaridad de la mutacin obedece a su efecto negativo sobre la expresin de genes que se encuentran
corriente abajo del gen mutado.

3.8. Reversin y supresin.


Un mutante pude sufrir una segunda mutacin que le permita recuperar el fenotipo silvestre. La nueva
mutacin se denomina reversin cuando ha restaurado la secuencia silvestre original, o supresin
cuando se ha producido en otro lugar del ADN y ha compensado la mutacin anterior. Si la mutacin
compensatoria ha ocurrido en el mismo gen se denomina supresin intragnica, y si ha ocurrido en
otro gen supresin intergnica. Una clase especial de supresin intragnica es la compensacin de
una mutacin de desfase en la lectura. El desfase producido por una ganancia o prdida de bases
puede ser compensado por una nueva ganancia o prdida en un punto prximo del gen que permita
recuperar la fase de lectura correcta. Algunas mutaciones supresoras intergnicas afectan a la
capacidad de reconocimiento de codones en el cdigo gentico, llamando especialmente la atencin las
que cambian la secuencia del anticodn del ARNt.

3.9. Anlisis de reversin. Ensayo de Ames.


En funcin de su mecanismo de accin, los mutgenos producen ciertos tipos de mutaciones. Como
ejemplo, los anlogos de bases o los agentes alquilantes producen bsicamente solo transiciones, y los
agentes intercalantes producen inserciones o deleciones, que dan lugar a desfases en la lectura. Se
puede obtener informacin sobre el tipo de accin de un mutgeno mediante su anlisis de reversin,
es decir ensayando su capacidad para revertir mutaciones producidas por otros mutgenos. Como
ejemplo representativo, los agentes intercalantes no revierten las transiciones o las transversiones y los
anlogos de bases no revierten las deleciones o inserciones.
Existen mtodos de anlisis de reversin que se emplean para evaluar la actividad mutagnica de
los compuestos qumicos. El ensayo de Ames evala dicha actividad cuantificando la capacidad de
generar revertientes de una mutacin anterior, por ej. una auxotrofa.

3.10. Anlisis mutacional del gen. Colinealidad entre gen y protena.


Como ya se indic en el inicio de la Unidad 2, a principios del siglo XX se relacionaron por primera vez
alteraciones heredables del metabolismo, como la alcaptonuria, con la ausencia de actividades
enzimticas identificables. Posteriormente se investigaron mutaciones similares (auxotrofas) en
microorganismos, como el hongo Neurospora crassa. Los ensayos de crecimiento de mutantes con un
mismo requerimiento nutricional en medios de cultivo con distintos sustratos qumicos permiti deducir el
orden de actuacin de diferentes enzimas en una misma ruta metablica.
El anlisis simultneo de mutaciones en los genes y de las alteraciones proteicas resultantes
proporcion las primeras pruebas experimntales de que el orden de las bases en el ADN se
corresponde con el orden de los aminocidos en las protenas, hiptesis conocida como colinealidad. El
avance de las tcnicas bioqumicas permiti asociar diferentes mutaciones del gen de la hemoglobina
con distintas regiones del polipptido. El anlisis ms detallado de relacin entre gen y protena lo realiz
Yanofsky, que aisl numerosos mutantes del gen trpA (sintetasa de triptfano) de E. coli y determin el
sitio fsico de las mutaciones mediante transduccin, un mecanismo de mapeo de mutaciones que se
describe en la unidad 6. En paralelo, purific la enzima de los mutantes y determin el aminocido
alterado en la protena de cada mutante. Como consecuencia demostr la existencia de la colineaelidad.

3.11. Anlisis gentico en virus. Modelo gentico del fago T4.


El uso de virus como modelo gentico permite el anlisis de nmeros muy elevados de individuos de
forma experimentalmente muy asequible. Un ejemplo lo proporcional los virus bacterianos o fagos. El
fago T4 fue utilizado por Benzer para el primer anlisis molecular de un gen a muy alta resolucin. El
fenotipo producido por el fago es el halo de lisis (calva) en un cultivo bacteriano en csped. Cada halo
de lisis es producido por la infeccin de una bacteria por un fago, y la infeccin de bacterias vecinas a
partir de los fagos producidos por la infeccin de la primera. Benzer estudi un locus del fago, llamado
rII, cuya mutacin produce halos de lisis ms grandes que los fagos silvestres. La fcil deteccin del
fenotipo permite el aislamiento de gran cantidad de mutantes de dicho locus.

3.12. Complementacin. Concepto de cistrn.


Cuando se renen en una misma clula los genomios de dos mutantes de igual fenotipo, si se restaura
el fenotipo silvestre se dice que las dos mutaciones complementan. En la inmensa mayora de los
casos, la complementacin se produce porque las dos mutaciones han ocurrido en genes distintos. En
raras ocasiones se detecta complementacin intragnica, en la que las dos mutaciones han ocurrido
en un mismo gen. La presencia de dos genomios con mutaciones diferentes en una misma clula
eucariota puede ocurrir en un diploide (dos genomios en un mismo ncleo) o en un heterocarionte (dos
ncleos distintos en una misma clula).
En el caso de los virus se consigue por infeccin mixta. Cuando se dispone de varios mutantes rII
del fago T4, se puede hacer una sencilla prueba de complementacin aadiendo a las bacterias un
nmero de fagos suficientes para que cada bacteria sea infectada por ms de un fago a la vez, y
comprobar si dos fagos mutantes complementan. Si las mutaciones ocurren en un mismo gen, se dice
que estn en cis, y si se encuentran en genes distintos, se dice que estn en trans. A partir de las
palabras cis/trans, Benzer acu el trmino cistrn, que en la prctica es una redefinicin del concepto
de gen. Los anlisis de complementacin de los mutantes rII del fago T4 permitieron distinguir dos
genes, rIIA y rIIB.

3.13. Estructura fina de un gen por recombinacin.


En sus experimentos con el fago T4, Benzer se propuso averiguar el tamao y el nmero de sitios que
pueden sufrir mutacin en el locus rII. Aprovechando la fcil deteccin de los mutantes, analiz un

nmero muy elevado de mutantes rII por parejas en experimentos de infeccin mixta. Al infectar la
bacteria con dos mutantes rII distintos no complementantes, la mayora de las calvas son grandes, pero
de vez en cuando aparece alguna calva pequea, que demuestra que se ha formado un fago silvestre
por recombinacin. Con ello, Benzer demostr que los genes son divisibles, y que se pueden combinar
segmentos sanos de un gen para dar lugar a un gen silvestre. La frecuencia de recombinacin
cambia entre distintas parejas de mutantes, dependiendo de la distancia entre las dos mutaciones, lo
cual le permiti hacer un mapa lineal de las mutaciones. Observ que la frecuencia de recombinacin
tena un valor mnimo del cual no se poda bajar y dedujo que hay una unidad mnima recombinable, que
llam recn. La recombinacin puede ocurrir entre recones, pero no dentro de un recn. Ms adelante
se asoci el recn al par de bases, y el trmino recn desapareci del vocabulario. El anlisis de los
mutantes permite identificar las mutaciones consistentes en una delecin. El uso de deleciones
ordenadas facilit la ubicacin de las mutaciones en subsegmentos del gen. El mapa completo de
mutaciones demuestra que existen algunos puntos calientes de mutacin.

3.14. Mecanismo molecular de la recombinacin.


La recombinacin observada por Benzer implica el corte y reunin de las dos cadenas de ambas
molculas de ADN. A nivel molecular, se produce primero la rotura de una de las cadenas en ambas
molculas en puntos con homologa de secuencia. Como consecuencia se genera una estructura en
forma cruciforme, conocida como intermediario de Holliday. El ncleo del cruciforme puede deslizarse
en el ADN, creandose segmentos de ADN heteroduplex, es decir apareando una cadena de una de las
molculas con la cadena complementaria de la otra molcula. Si las dos molculas de ADN no eran
idnticas (por ejemplo, una de ellas tiene una mutacin) se producen errores de apareamiento en el
heteroduplex, que debern ser corregidos por la maquinaria de reparacin. Finalmente el estructura de
Holliday se resuelve con dos nuevos cortes y empalmes, que restituyen el estado de dos molculas de
ADN separadas.
Las enzimas implicadas en el proceso de la recombinacin se han estudiado en especial detalle en la
bacteria E. coli. Una de ellas es la protena RecA, que facilita el reemplazamiento de un segmento de
ADN unicatenario por su segmento homlogo en una secuencia bicatenaria.

3.15. Recombinacin especfica de sitio. Transposicin.


La recombinacin normalmente se puede producir en cualquier punto entre dos molculas de ADN
homlogas. Sin embargo, existen mecanismos de recombinacin especficos de sitio. Por ejemplo,
ciertos fagos (por ej. el fago lambda) se integran siempre en el mismo lugar en el genomio bacteriano por
recombinacin a travs de una secuencia concreta, reconocida por enzimas codificadas en el genomio
del propio fago.
Algunos segmentos de ADN estn delimitadas a ambos lados por una secuencia reconocida por una
maquinaria de recombinacin especfica, codificada por uno o ms genes contenidos en dicho
segmento. Tales segmentos de ADN, que tienen la propiedad de saltar por recombinacin reconociendo
sus propias secuencias de sus extremos, se denominan transposones o elementos transponibles. A
veces, stos tienen genes adicionales que les confieren alguna ventaja a la clulas que los porta, como
por ej. genes de resistencia a antibiticos. El mecanismo de transposicin puede ser replicativo, en
cuyo caso el transposn al saltar deja una copia en el lugar original donde se encuentra, o no
replicativo, en cuyo caso el transposn se limita a cambia de sitio. La presencia de transposones en los
genomios tienen importantes consecuencias genticas, ya que su actividad saltatoria genera mutaciones
y ADN repetitivo, con importantes consecuencias evolutivas (unidad 9). El genoma humano posee gran
cantidad de elementos transponibles arcaicos, en su gran mayora no activos.