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Flujo de la

Informacin Gentica

Dr. Marcelo Baeza Cancino

Dogma de la Biologa Molecular

Descifrando
el Cdigo
Gentico

Dr. Marcelo Baeza Cancino

Flujo informacin genetica 50s-60`s


Antecedentes

Material Gentico

Compuesto solo por 4


bases distintas

Compuestas por 20 aa
distintos

DNA

Procarionte

ig

en

t
ico

Eucarionte

Qu hay que saber para descifrar un codigo?

... .. . -- .--. .-. . -- . --.- ..- . .--- . .--. --- .-. --.- ..- . -. --- . -. .. .- --.. .- .--. .- - --- ... .... .- ... - .- --.- ..- . -.-. --- -.
--- -.-. .. .- .- .-.. --. ..- .. . -. --.- ..- . -. --- - .
-. .. .- .--. .. . ...

Siempre me quej porque no tena


zapatos hasta que conoc a alguien que
no tena pies.

Preguntas Iniciales Acerca de la Naturaleza del Cdigo Gentico

Preguntas Iniciales Acerca de la Naturaleza del Cdigo Gentico


Es la informacin en un mRNA, colineal con la secuencia primaria de
la protena que codifica?
Existen pausas?
Partida

Preguntas Iniciales Acerca de la Naturaleza del Cdigo Gentico

(60s Sydney Brenner)

Cuantas bases son requeridas para codificar un aa?

Razonamiento matematico Nx
Hay 4 tipos de nucletidos en el DNA y las protenas estn compuestas de 20 aa.

1 nucletido puede codificar 41 = 4 aa

2 nucletidos pueden codificar 42 = 16 aa

3 nucletidos pueden codificar 43 = 64 aa

Por lo tanto, al menos 3 nucletidos por codn para codificar los 20 aa comunes.

Preguntas Iniciales Acerca de la Naturaleza del Cdigo Gentico

Se sobreponen la unidades (codones) que


codifican cada aa?

10

Preguntas Iniciales Acerca de la Naturaleza del Cdigo Gentico


Un aa es codificado por uno o mas codones?
No Degenerado

Cod

Degenerado

aa

Cod

aa

Cada aa puede ser


codificado por mas de un
codn

Cada aa es codificado por


solo un codn

D e g e n e r a c i n y
A m b i g e d a d
del Cdigo

Ambiguo

Cod

aa

Un codn codifica para mas


de un aa.

No Ambiguo

Cod

aa

Un codn codifica solo


para un aa

11

Charles Yanofsky realiz una de las mas importantes


observaciones en relacin al cdigo gentico.
Su experimento:
! Primero identific un gran nmero de mutaciones que afectan el gen trpA
(triptfano sintetasa) en E. coli.
! Entonces construy un mapa de recombinacin extremadamente detallado de
estas mutaciones.
! Tambin purific y secuenci las protenas trpA producidas por muchos alelos
mutantes.

12

Mapa de Recombinacin
(16 mutantes)

Primera observacin: la informacin nucleotdica es colineal con la


secuencia primaria de la protena que codifica.

Los experimentos de Yanofsky ademas


El observ que cada mutacin condujo nicamente a:

Una sustitucin de
un aa por otro

No hay sobreposicin en el
cdigo (cambio de una base
cambia solo un aa).

Una protena trunca que pierde una


regin especfica de su extremo
carboxilo.

El cdigo contiene codones que


producen el fin de la cadena
polipeptdica, codones de trmino
(cambio de una base protena

Las protenas probablemente son sintetizadas


comenzando desde su extremo N-terminal.

Cuantas bases conforman un codn?


Francis Crick y Sydney Brenner (1961)
Aislaron un gran nmero de mutaciones
inducidas por proflavina en el gen rIIB del
bacterifago T4.

Control

Agentes mutagnicos que


producen cambios
puntuales

Mutagnesis
Tratamiento con
proflavina

Proflavina se intercala en la molcula de DNA y provoca la


insercin o escisin de una o varias pares de bases durante la
replicacin.
Brenner y Crick usaron estas mutaciones de CAMBIO DEL
MARCO DE LECTURA para determinar que el cdigo gentico
es ledo en tripletes.

Marcos de Lectura y Cambios


LKAHBSGLBGLAHTAHIVANLOSDELSURPORMARSINMASQUESUSDOSMILDOSSSDDATGDJKYKJHLKJ
Este grupo de letras forma palabras con significado solo partiendo del punto correcto y agrupadas
apropiadamente(de a 3).

AHI VAN LOS DEL SUR POR MAR SIN MAS QUE SUS DOS MIL DOS ...
A
AHI VAA NLO SDE LSU RPO RMA RSI NMA SQU ESU SDO SMI LDO S
La insercin de una letra cambia el marco de lectura

AHI VAA NLO DEL SUR POR MAR SIN MAS QUE SUS DOS MIL DOS
La eliminacin de una letra subsiguiente restaura el marco de lectura original de modo que el
resto de la sentencia vuelve a tener sentido.

17

El primer paso fue clasificar las mutaciones en insercin (+) o escisin (-) de solo una base.
Despus Brenner y Crick recopilaron varias combinaciones de mutaciones + y , y
observaron la funcin del gen.

Mutaciones inducidas por proflavina

Fenotipo

-+

Mutante

--++

Mutante

---------

Mutante

-+

Silvestre

---------+++
++++++

Silvestre

Estos resultados indican que el cdigo es ledo en tripletes.

La racional detrs de la conclusin


Brenner y Crick.

Adems permite
concluir que..

NO existen pausas en el cdigo.

Descifrando el Cdigo Gentico


1)

Los experimentos de Yanofsky, Brenner y Crick indicaron que el cdigo gentico


consiste de codones tripletes no sobrepuestos.

2)

No obstante, estos experimentos no indican cmo se descifra el cdigo


gentico.

Ello requiri el desarrollo de


extractos celulares (llamados
sistemas de traduccin in
vitro) capaces de sintetizar
protenas bajo la direccin
de mRNAs sintticos.

20

Identificacin del Primer Codn (1961)

Marshall Nirenberg y Heinrich Matthaei adicionaron un polmero de uridina (5UUUUUUUU...) a 20 tubos, cada uno conteniendo el sistema de traduccin y un aa*.
En cual de los tubos el aa* fue incorporado en el polipptido?

21

Identificacin del Primer Codn

Produccin de polmeros largos de fenilalanina


Identificacin del primer codn UUU
22

Se utilizaron experimentos similares para identificar los dems codones:


1.

AAA codifica lisina (Lys)

2.

GGG codifica glicina (Gly)

3.

CCC codifica prolina (Pro)

23

H. Gobind Khorana program la traduccin in vitro con RNAs


repetitivos ms complejos, permitiendo adicionar los dems codones

5-UCUCUCUC

Ser-Leu-Ser-Leu...

5-AGAGAGAG

Arg-Glu-Arg-Glu...

5-UGUGUGUG

Cys-Val-Cys-Val...

5-ACACACAC

Thr-His-Thr-His...

Sin embargo, no fue obvio qu codn corresponde a cual aa.


El resto del cdigo gentico fue descifrado en estudios de interaccin de
molculas de tRNA con ribosomas

24

Prueba de Unin al Triplete

Molculas de tRNA son los adaptadores


que ayudan a traducir los codones de
RNA en aa.
Cada uno posee un anticodon que es
complementario a un codon especfico en
el mRNA.

Cuando a un ribosoma se le presenta una


secuencia corta de hasta 3 ribonucletidos, se
unen a dicha secuencia y atraen al tRNA
cargado correspondiente.

25

Experimento de Nierenberg y Leder (1964).

RNA sinttico
con un codn

tRNAs con
aminocidos

Ribosoma
tRNAs
no unidos

Rx

Ribosoma con mRNA y


tRNA especfico para el codn

Filtrar solucin

tRNAs
no unidos

Ribosoma con mRNA y


tRNA especfico para el codn

Filtro

Conclusin: codn GUU


codifica para valina
26

Tabla del cdigo gentico estndar

Segunda base

Codones de trmino
(sin sentido):

Leu

Leu

AUU
Ile
AUC
AUA
AUG Met/ini
GUU
GUC
Val
GUA
GUG

UAA = Ocre

CCU
CCC
CCA
CCG
ACU
ACC
ACA
ACG
GCU
GCC
GCA
GCG

Ser

Pro

Thr

Ala

UAU
UAC

Tyr

UGU
UGC

Cys

UAA
UAG

Stop

UGA

Stop

UGG
CGU
CGC
CGA
CGG

Trp

CAU
CAC
CAA
CAG
AAU
AAC
AAA
AAG
GAU
GAC
GAA
GAG

His
Gln
Asn
Lys
Asp
Glu

AGU
AGC
AGA
AGG
GGU
GGC
GGA
GGG

Arg

Ser
Arg

Gly

UC AG

UCU
UCC
UCA
UCG

UC AG

UUA
UUG
CUU
CUC
CUA
CUG

Phe

Tercera base

Primera base

UUU
UUC

UC AG

N de
codones

UC AG

UAG =mbar
UGA =palo

27

DNA
Eucarionte

Procarionte

28

Eucarionte
Procarionte

29

Donde se comienza a leer la informacin?


Donde se termina de leer?
Qu zona es la que verdaderamente codifica para
la protena?

30

Flujo de la Informacin Gentica

II. Transcripcin
y
Procesamiento de RNA

Dr. Marcelo Baeza Cancino

Transcripcin del DNA

31

(Sntesis de RNA)

Se denomina transcripcin al proceso de traspaso de informacin, contenida en el DNA, a una


molcula de RNA. Constituye el primer paso en la expresin de los genes y mediante esta ruta
se sintetizan todos los tipos de RNA que existen en las clulas.

Varias clases de RNA

RNA mensajero
(mRNA)

RNA de transferencia
(tRNA)
RNA ribosmico
(rRNA)

32

RNA

U en lugar de T
Mucho mas reactivo que DNA
Hebra simple
Estructura secundaria de muchos tipos
Menos estable que DNA

Plegamiento

(funcin)

33

Transcripcin del DNA - Caractersticas


Selectivo. Se limita a una porcin del DNA.
Reiterativo. Se repite muchas veces durante la vida celular. Existe una gran
variabilidad en cuanto a la frecuencia de transcripcin de distintas
regiones del DNA.
Conservador. No afecta a la estructura final del DNA.

DNA

RNA

34

Enzima RNA Polimerasa (RNAp).


Mltiples funciones:
- Busca en el DNA los puntos de inicio.
- Desenrolla y enrolla el DNA.
- Selecciona el ribonucletido correcto y cataliza la
formacin del enlace fosfodister.
- Detecta las seales de termino.
- Interacciona con las protenas reguladoras.

Procariontes: una RNAp sintetiza la mayora de los RNAs

Eucariontes: en RNAp sintetizan los tipos de RNAs:


1) RNAp I: RNA ribosmico (rRNA)
2) RNAp II: RNA mensajeros (mRNA)
3) RNAp III: RNA transferencia (tRNA)

35

Requerimientos para la transcripcin -

Molde de DNA de hebra-simple (ss).

Codificante
Molde
RNA

36

Transcripcin
en
Procariontes

37

Unidad de Transcripcin Procarionte

Sitio Inicio
Transcripcin

Regin 3
no Traducida

Regin 5
no Traducida

Regin Codificante

Transcrito de RNA
Promotor/
Regin Reguladora

Secuencia
de Trmino

38

RNAp de E. coli

Factor sigma

Ncleo enzimtico

Holoenzima

39

RNAp de E. coli
, unin a DNA; , unin de
NTPs y polimerizacin

Ensamblaje de la
holoenzima

NTD

-NTD
NTD

CTD
-CTD
CTD

-50

Interaccin con el DNA (secuencias ricas en


AT); interaccin con protenas reguladoras.

+1

+20

Reconocimiento del promotor


(regiones -10 y -35)

40

Factor sigma ()

El principal factor en E. coli es 70, y en B. subtilis es A.


Dirigen la transcripcin de genes de mantencin de las funciones vitales
durante el desarrollo celular (Housekeeping).
Factores alternativos: implicados en respuestas a estrs o en el desarrollo
bacteriano. Reconocen a promotores con regiones -10 y -35 que difieren de
las reconocidas por el factor principal.

41

Factor sigma () diferenciacin de promotores

RNAp
70

P1

Gen Fase Estacion.

P2 Gene Constitutivo

42

Factor sigma () diferenciacin de promotores

RNAp
70

P1

Gen Fase Estacion.

P2 Gene Constitutivo

43

Factor sigma () diferenciacin de promotores

RNAp
S

P1

Gen Fase Estacion.

P2 Gene Constitutivo

44

Factor sigma () diferenciacin de promotores

RNAp
S

P1

Gen Fase Estacion.

P2 Gene Constitutivo

45

Factores sigma- Promotor Consenso - Fuerza del Promotor

70

Uso
general

-35

-10

TTGACA

TATAAT

32

estrs trmico

CCCTTGAA

CCCGATNT

24

estrs trmico

NN

NN

54

nitrgeno

CTGGNA

TTGCA

28

flagelar

CTAAA

GCCGATAA

46

Promotor Procaritico Tipo (Consenso)

Hebra no
codificante

Promotor

Secuencia
Consenso

Secuencia
Consenso

Sitio de inicio
de la transcripcin

Hebra
molde

Transcrito de RNA

1. Comienzo unidad transcripcional.


2. Recluta RNAp e interacciona con protenas reguladoras.
3. Determina la frecuencia de inicio y la direccin de la transcripcin.

47

Polaridad de transcripcin lectura del gen

DNA
hebra (+)
Hebra (-)

Genes a y c se transcriben desde la hebra (+). Gen b, desde la hebra (-).

48

Promotor separacin de cajas Fuerza

49

DNA procarionte

50

Inicio de la transcripcin en procariontes

Paso 1: Unin de RNAp a la


regin del promotor (
s e l e c t i v i d a d ) . Fo r m a c i n
complejo del promotor cerrado

Paso 2: Separacin de las hebras del DNA


(melting). Reaccin dependiente de
temperatura, ambas hebras permanecen
unidas a la RNAp formando el complejo
abierto .
Las hebras son separadas desde 10 a aprox.
+17 dejando una sola hebra de DNA en el
sitio activo de la RNAp.

+17

51

Inicio de la transcripcin en procariontes

Paso 3: una vez que se forma el complejo


abierto, la RNA-pol cataliza la insercin de
los primeros 5-rib onucleotidos
complementarios al sitio de inicio del DNA
molde.
No se requiere partidor.
Complementos subsecuentes son adicionados
y unidos entre si por enlaces fosfodiester.

Despus que se han adicionado varios


ribonucletidos, se disocia y procede el
paso de elongacin.

52

Elongacin

Burbuja de transcripcin

Ncleo RNAp adiciona


nucletidos para formar la
hebra de RNA
complementaria
(transcrito).

Burbuja de transcripcin

Hebra codificante

RNAp

Enrollamiento
Desenrollamiento

DNA

Hebra molde
5`

Hbrido
DNA/RNA (8 pb)

E. coli, 40-50 nt/s a 37


C
RNAp muy procesiva y
solo para la polimerizacin
en respuesta a seales de
termino.

Sitio activo

Direccin de transcripcin

Ncleo enzimtico:
2
53

Termino de la transcripcin en procariontes

Independiente de Rho

Dependiente de Rho

54

Trmino de la Transcripcin Independiente de Rho ().

Transcrito RNA

55

Trmino de la Transcripcin Independiente de Rho ().

Transcrito RNA

56

Trmino de la Transcripcin Independiente de Rho ().

Horquilla

57

Trmino de la Transcripcin Dependiente de Rho ().

Rho se une a una regin no estructurada


del RNA y se mueve hacia el extremo 3,
siguiendo a la RNAp.

o
no ad
A ctur
RN tru
es

Cuando la RNAp encuentra un una


secuencia de pausa de la transcripcin, sta,
disminuye su velocidad y Rho la alcanza.

Usando su actividad helicaza Rho


desenrolla el hibrido DNA-RNA, e induce
el termino de la transcripcin.

58

Transcripcin
en
Eucariontes

59

Unidad de Transcripcin Eucarionte

Sitio Inicio
Transcripcin

Regin 3
no Traducida

Regin 5
no Traducida

Regin Codificante

Promotor/
Regin Reguladora
Regin 5

Secuencia
de Trmino
Transcrito de RNA primario
E1 I1 E2 I2 E3 I3 E4 I4

En In

Regin 3

60

RNAp II : mRNA nucleares snRNA scRNA

Elemento de
reconocimiento
de TFIIB

regulador

Caja TATA

Elemento de
iniciador

regulador

Sitio de inicio

61

DNA eucarionte

62

RNAp II: Inicio de la Transcripcin


TBP
11 TAFs

63

Procesamiento
Del RNA

64

Formacin del Casquete 5


Nucletido
Fosfato
mRNA

Remocin de
fosfato

Metilacin

Metilacin

65

Adicin de la Cola de Poli(A)

DNA

Transcripcin
secuencia
consenso

11 30
nucletidos

pre-mRNA
Corte

Poliadenilacin

1.000 nt

50-250

Cola poli(A)

mRNA

66

Procesamiento de mRNA Eucaritico

Sitio procesamiento 5`

Secuencia
consenso 5`

Sitio procesamiento 3`

Punto de
ramificacin

Secuencia
consenso 3`

67

Procesamiento de intrones
Grupo I
Grupo III

Grupo II

68

Procesamiento de tRNAs en Procariontes y Eucariontes.

69

Procesamiento de tRNAs en Procariontes y Eucariontes.

70

Intrones - exones DNA procarionte

71

Intrones - exones DNA eucarionte

72

Intrones - exones DNA eucarionte

73

Intrones - exones DNA eucarionte

74

75

Flujo de la Informacin Gentica

III. Traduccin

Dr. Marcelo Baeza Cancino

76

Traduccin: mRNA dirige la sntesis proteca

Procariotas: traduccin comienza antes


que la sntesis del mRNA se
complete.

1. Carga de tRNAs
Etapas

Eukariotas: transcripcin ocurre en el


ncleo y la traduccin en el
citoplasma.

2. Inicio
3. Elongacin
4. Termino

77

tRNA - El Adaptador (traductor)

tRNA portando el aa
Cadena aminoacdica

78

Carga de los tRNAs

adicin del aa respectivo

aminocido
especfico (AA)
pirofosfato

Sitio-aminocido
Sitio-ATP
aminocido
activado

Sitio-tRNA

Aminoacil tRNA Sintetasa


tRNA
especfico
tRNA
cargado

79

Inicio de la Traduccin en Procariontes

80

DNA procarionte

81

DNA procarionte

82

83

Inicio de la Traduccin en Procariontes

Factor Funcin
IF-1

Evita la unin prematura de


tRNAs al sitio A

IF-2

Facilita la unin de fMettRNAfMet a la subunidad 30S

IF-3

- Une a la subunidad 30S.


- Evita la asociacin
prematura de la subunidad
50S.
- Aumenta la especificidad
del sitio P por fMet-tRNAfMet

84

Inicio de la Traduccin en Procariontes

Factor

Funcin

IF-1

Evita la unin prematura de


tRNAs al sitio A

IF-2

Facilita la unin de fMettRNAfMet a la subunidad


30S

IF-3

- Une a la subunidad 30S.


- Evita la asociacin
prematura de la subunidad
50S.
- Aumenta la especificidad
del sitio P por
fMettRNAfMet

85

Inicio de la Traduccin en Eucariontes

Disociacin
ribosoma

Unin MettRNAfMet
a 40S

Complejo
ternario

Unin Cap
RNA helicasa
Unin 40S.

Complejo
preinicio 43S

Une eIF4E y PAB

Rastreo del AUG.

86

Inicio de la Traduccin en Eucariontes

Complejo
Iniciacin 48S

disociacin factores

Complejo
iniciacin 80S

87

Elongacin de la Traduccin

88

Termino de la traduccin

Factor Reconoce
RF-1
UAG y UAA
RF-2
UGA y UAA

89

Polisoma
En un polisoma, varios ribosomas se mueven (traducen) a la vez a lo largo del mRNA.

90

mRNA en Procariontes a Menudo es Policistrnico

Un opern bacteriano es transcrito en


una sola molcula de mRNA
policistrnica. Cada segmento del
mRNA tiene su propio sitio de unin
a ribosoma, de inicio (AUG) y de
trmino (UGA). La subunidad 30S y
50S puede unir a cada sitio de inicio y
comenzar a traducir los diferentes
pptidos.

91

Eucarionte

Procarionte

92

93

94

Flujo de la
Informacin Gentica

Dr. Marcelo Baeza Cancino

95