APRESENTAO DAS PROTEINAS

Em 1839 o qumico holands Gerardus Mulder determinou a frmula qumica

C40H62O12N10 como
sendo comum a todas as substncias albuminosas. Ele props que todas estas
substncias se formavam
a partir de molculas com esta composio, e chamou a este grupo protena.
A palavra protena deriva da palavra grega protos, significando primeiro ou mais
importante.
Apesar de mais tarde se descobrir que a hiptese de Mulder no era correcta, o nome
persistiu e de
certa forma apropriado, pois apesar de constiturem apenas cerca de 20% da massa
orgnica nos seres
vivos (15), so a mais verstil classe de compostos orgnicos. Os papis que
desempenham nos sistemas
biolgicos so muito diversos; catlise de reaces, transporte, suporte e movimento,
resposta
imunitria, entre outros (33).(ppt imagem)

A maior parte das protenas enovela-se em estruturas tridimensionais distintas. A forma

para a qual uma protena se enovela naturalmente denominada conformao nativa. Embora
haja muitas protenas capazes de se enovelar sem assistncia, meramente atravs das
propriedades qumicas dos seus aminocidos, h outras que necessitam do auxlio de
chaperonas moleculares de modo a se poderem enovelar para a sua conformao nativa. As
protenas podem ter 4 tipos de estruturas dependendo do tipo de aminocidos, do tamanho da
cadeia e da configurao espacial da cadeia polipeptdica: estrutura primria, secundria,
terciria e quaternria.

As protenas no so molculas completamente rgidas. Para alm destes nveis

estruturais, as protenas podem alternar entre vrias estruturas enquanto desempenham as
suas funes. No contexto destas alteraes funcionais, estas estruturas tercirias ou
quaternrias so muitas vezes denominadas "conformaes", e as transies entre cada uma
delas so denominadas "alteraes conformacionais". Estas alteraes so frequentemente
induzidas pela ligao de uma molcula substrato ao stio ativo de uma enzima a regio fsica
da protena que participa na catlise qumica.53

As protenas podem ser divididas informalmente em trs classes principais, de acordo

com as estruturas tercirias mais comuns: protenas globulares, protenas fibrilares e protenas
membranares. Praticamente todas as protenas globulares so solveis e grande parte so
enzimas. As protenas fibrilares so muitas vezes estruturais, como o caso do colagnio, o
principal componente do tecido conjuntivo, ou a queratina, a protena constituinte do cabelo e
das unhas. As protenas membranares atuam muitas vezes como recetores ou proporcionam
canais para que as molculas possam atravessar a membrana celular.
As protenas so longas sequncias formado de 20 diferentes resduos de aminocidos que em
condies fisiolgicas adotam uma estrutura nica 3 D.
a hiptese de "fechadura e chave" diz que a protena pode alcanar a sua funo biolgica
apenas por dobragem a um original, estruturado determinado estados pela sua sequncia de
aminocidos
Actualmente tem-se reconhecido que nem todas as funes de protena esto associadas a um
estado dobrado
Em alguns casos, as protenas devem ser desdobrada ou desordenada para desempenhar
suas funes. Estas protenas so chamadas protenas intrinsecamente desordenados (IDP) e
representam cerca de 30% das sequncias de protenas.
Apesar da presena de protenas de IDP um aspecto importante de compreender e interpretar
a funo de uma dada protena envolve a caracterizao de interaes moleculares. Estas

interaes podem ser intramoleculares (ligaes inicas, ligaes covalentes, ligaes

metlicas, etc.) ou intermoleculares (pontes de hidrognio e outras ligaes covalentes notais como as foras de van der Waals). O conhecimento da estrutura 3-D de polipptidos d
aos investigadores informao muito importante para inferir a funo da protena nas: funes
estruturais; catlise de reaces qumicas; transporte e armazenamento; funes de regulao;
o controlo da transcrio do gene; funes de reconhecimento.
Na natureza existem 20 aminocidos proteinogenic distintas, cada uma com suas propriedades
qumicas prpria (incluindo tamanho, carga, dade polaridade, hidrofobia, ou seja, a tendncia
de evitar a embalagem de gua) (Lodish et al, 1990;.. Lehninger et al, 2005). Dependendo da
polaridade da cadeia lateral, aminocidos variam no seu carcter hidrfilo ou hidrfobo. A
importncia das relaes fsicas propriedades das cadeias laterais vem da influncia que
exercem sobre as interaces de resduos de aminocidos na estrutura 3-D. A distribuio dos
aminocidos hidroflicos e hidrofbicos so importantes para determinar a estrutura terciria do
polipeptdeo.

AB INITIO

Ab initio modelagem protena

Energia e mtodos de fragmentos de base

Ab initio ou mtodos de modelagem de protenas Novo de procurar construir trs
modelos tridimensionais de protenas "do zero", ou seja, com base em princpios fsicos
e no em estruturas previamente resolvidos. baseado apenas em princpios fsicos,
sem a influncia de estruturas proteicas homlogas ou correlatas, sendo sua principal
vantagem Existem muitos procedimentos possveis que qualquer tentativa de imitar o
dobramento de protenas ou aplicar algum mtodo estocstico para pesquisar
possveis solues. Esses procedimentos tendem a exigir vastos recursos
computacionais, e foram, assim, a ser realizado apenas para as protenas pequenas.
Para prever protena estrutura de novo para protenas maiores exigir melhores
algoritmos e recursos computacionais maiores, como as oferecidas por qualquer
supercomputadores poderosos ou computao distribuda. Embora essas barreiras
computacionais so vastas, os benefcios potenciais da genmica estrutural fazer
previso de estrutura ab initio um campo de pesquisa ativa.
Desvantagem: Por outro lado, a principal desvantagem que essa tcnica requer grande
aporte computacional e dessa forma utilizada, quase que exclusivamente, para a
determinao de
estruturas de protenas menores
A partir de 2009, uma protena 50 resduo poderia ser simulado tomo por tomo em
um
supercomputador para 1 milissegundo. A partir de 2012, a amostragem estado

Mtodos Ab initio (primeira mtodo principal sem informaes de banco de dados) pode obter novas e desconhecidas protenas
dobras. No entanto, a complexidade e o elevado
dimensionalidade do espao de busca (Ngo et al., 1997) mesmo para uma pequena
molcula de protena faz com que o problema intratvel (Levinthal, 1968).
A simulao direta de dobramento de protenas em detalhes atmicos, como usado
em Dinmica Molecular (MD)5, No tratvel (van Gunsteren e
Berendsen, 1990) (Para grandes protenas de mdicos e cient fi c interest) devido ao alto custo computacional, apesar dos esforos para
o desenvolvimento de plataformas de computao distribuda. No outro
lado, a modelagem de homologia no leva a tais problemas; comonunca, s podemos prever estruturas de sequncias de protenas que so
semelhantes ou quase idnticas s outras sequncias de estruturas conhecidas.
Dobrar o reconhecimento atravs de enfiamento, por sua vez, est limitado biblioteca dobra
derivado de Protein Data Bank (PDB) estruturas (Berman et al.,
2000). A fim de enfrentar a complexidade computacional do 3-D PSP
problema, em 3-D mtodos de previso da estrutura de protenas atuais tornam
de usar uma grande variedade de algoritmos de optimizao (Klepeis et al.,
2003). Meta-heursticas so usados para fornecer solues ptimas prximos.
Alm disso, considerando as limitaes das quatro classes de protenas
estrutura mtodos de previso, os pesquisadores desenvolveram recentemente
mtodos hbridos que combinam princpios das quatro classes, como
pode ser observada em ltimas edies CASP (Moult et al., 2014, 2011). Para
exemplo, o nmero de acertos apresentados por mtodos de modelao de homologia
combinada com a capacidade de Ab initio mtodos na previso
comparvel estvel poderia ser feito em uma rea de trabalho padro com uma nova placa
grfica e algoritmos mais sofisticados. A fim de enfrentar a complexidade computacional do 3D PSP problema, em 3-D mtodos de previso da estrutura de protenas atuais tornam de usar
uma grande variedade de algoritmos de optimizao (Klepeis et al.,2003). Meta-heursticas so
usados para fornecer solues ptimas prximos.
Alm disso, considerando as limitaes das quatro classes de protenas
estrutura mtodos de previso, os pesquisadores desenvolveram recentemente
mtodos hbridos que combinam princpios das quatro classes, como
pode ser observada em ltimas edies CASP (Moult et al., 2014, 2011). Para
exemplo, o nmero de acertos apresentados por mtodos de modelao de homologia
combinada com a capacidade de Ab initio mtodos na previso
novas dobras (Dhingra e Jayaram, 2013; Dorn et al., 2008; Ventilador
e Mark, 2004). A fim de reduzir a complexidade e o elevado

dimensionalidade do espao de busca conformacional inerente aos Ab

initio mtodos, informaes sobre motivos estruturais encontrados no conhecido
estruturas de protena pode ser utilizada para construir conformi- aproximado
mations. Estas conformaes aproximados se espera que sejam
suf fi ciente para permitir que mais tarde re fi namento por meio de cnica Molecular
ics (MM), como a simulao MD (van Gunsteren e Berendsen,
1990). Em uma etapa fi namento re, interaces globais entre todos os tomos
na molcula (incluindo interaes por exemplo, no obrigaes) so avaated e desvios no polipeptdeo principal de cadeia e cadeia lateral
ngulos de toro pode ser corrigido (Fan e Mark, 2004). Estes, por sua vez, reduzir o tempo
total gasto pelos Ab initio Mtodos - que geralmente
comear a partir de uma conformao completamente estendido de um polipptido - dobrar um
seqncia de estrutura desconhecida (Breda et al., 2007). O fiprimeiro pio
mtodos CIPLE que fazem uso de informaes de banco de dados cobrir este
classe. Tais mtodos utilizam informao estrutural de protena anterior
a partir de bases de dados existentes, a fim de construir ponto de partida 3-D
estruturas de protenas. Tcnicas de minerao de aprendizado de mquina e de dados
tambm so aplicadas, a fim de extrair informao til a partir da conhecida
protena estruturas 3-D.