SEMANA N 15

SEMINARIO N II-6: AMINOCIDOS Y PROTENAS. NIVELES ESTRUCTURALES EN

PROTENAS
LECTURA RECOMENDADA
Las amiloidosis humanas: cuando las protenas muestran su lado oscuro.
Protenas, redefiniendo algunos conceptos.
El caos ordenado de las protenas
TRABAJO EN EQUIPO
Investigue y responda las siguientes preguntas:
1. Respecto a los aminocidos:
a. Cuntos aminocidos presentes en la naturaleza se han reportado hasta el momento?
Hay 22 aminocidos conocidos que se clasifican del siguiente modo.
Aminocidos esenciales: son 9 y se llaman as porque no pueden ser fabricados por nuestro
cuerpo (el resto si) y deben obtenerse a travs de la alimentacin. Los aminocidos esenciales son
la Leucina, Isoleucina, Valina, Triptfano, Fenilalanina, Metionina, Treonina, Lisina e Histidina.
Aminocidos no esenciales: son as mismos importantes pero si no se encuentran en las
cantidades adecuadas, pueden sintetizarse a partir de los aminocidos esenciales o directamente
por el propio organismo. Estos aminocidos son cido Glutmico, Alanina, Aspartato y Glutamina.
Aminocidos condicionalmente esenciales: seran esenciales slo en ciertos estados clnicos. As
la Taurina, Cistena y la Tirosina suelen ser esenciales en prematuros. La Arginina puede ser
tambin esencial en casos de desnutricin o en la recuperacin de lesiones o ciruga. La Prolina, la
Serina y la Glicina tambin seran, puntualmente, esenciales.
Por ltimo tenemos a la Carnitina que muchos autores tambin incluyen como aminocido aunque
es una sustancia sintetizada en nuestro cuerpo a partir de otros aminocidos.
b. Cuntos y cules aminocidos formanparte de las protenas?, qu caractersticas
tienen en comn?

Cada aminocido contiene un grupo "amino" (NH3) y un "grupo carboxilo" (COOH) . Los
aminocidos varian en sus cadenas laterales.
c. Cmo se clasifican los aminocidos segn:
el tipo de cadena latera
Aminocidos alifticos: En este grupo se encuadran los aminocidos cuya cadena lateral es
aliftica, es decir una cadena hidrocarbonada.
Aminocidos aromticos: En este grupo se encuadran los aminocidos cuya cadena lateral posee
un anillo aromtico
Aminocidos azufrados: Hay dos aminocidos cuyas cadenas laterales poseen tomos de azufre,
son la cistena, que posee un grupo sulfhidrilo, y la metionina, que posee un enlace tioster.
Aminocidos hidroxilados: Otros dos aminocidos tienen cadenas alifticas hodroxiladas, la serina
y la treonina. El grupo hidroxilo hace de estos aminocidos mucha ms hidroflicos y reactivos.
Las propiedades de la cadena lateral
Neutros polares, polares o hidrfilos : serina (Ser, S), treonina (Thr, T), cistena (Cys, C), glutamina
(Gln, Q), asparagina (Asn, N) , tirosina (Tyr, Y) y glicina (Gly, G).

Neutros no polares, apolares o hidrfobos: alanina (Ala, A), valina (Val, V), leucina (Leu, L),
isoleucina (Ile, I), metionina (Met, M), prolina (Pro, P), fenilalanina (Phe, F) y triptfano (Trp, W).
Con carga negativa o cidos: cido asprtico (Asp, D) y cido glutmico (Glu, E).
Con carga positiva o bsicos: lisina (Lys, K), arginina (Arg, R) e histidina (His, H).
Aromticos: fenilalanina (Phe, F), tirosina (Tyr, Y) y triptfano (Trp, W) (ya incluidos en los grupos
neutros polares y neutros no polares).
la capacidad de sntesis del organismo
Esenciales; la carencia de estos aminocidos en la dieta limita el desarrollo del organismo, ya que
no es posible reponer las clulas de los tejidos que mueren o crear tejidos nuevos, en el caso del
crecimiento.
No esenciales:A los aminocidos que pueden sintetizarse en el propio organismo se los conoce
como no esenciales
2. Respecto a niveles de organizacin de las protenas:
a. Qu estructuras puede presentar una protena? Explique cada una de ellas.
Las protenas puedes presentar 4 tipos de estructura:
Estructura primaria: La estructura primaria es la secuencia de aminocidos de la protena. Nos
indica qu aminocidos componen la cadena polipeptdica y el orden en que dichos aminocidos
se encuentran. La funcin de una protena depende de su secuencia y de la forma que sta
adopte.
Estructura secundaria: La estructura secundaria es la disposicin de la secuencia de aminocidos
en el espacio. Los aminocidos, a medida que van siendo enlazados durante la sntesis de
protenas y gracias a la capacidad de giro de sus enlaces, adquieren una disposicin espacial
estable, la estructura secundaria. Existen dos tipos de estructura secundaria:
1. La a(alfa)-hlice Esta estructura se forma al enrollarse helicoidalmente sobre s misma la
estructura primaria. Se debe a la formacin de enlaces de hidrgeno entre el -C=O de un
aminocido y el -NH- del cuarto aminocido que le sigue.
2. La conformacin beta En esta disposicin los aminocidos no forman una hlice sino una
cadena en forma de zigzag, denominada disposicin en lmina plegada. Presentan esta estructura
secundaria la queratina de la seda o fibrona.
Estructura terciaria: La estructura terciaria informa sobre la disposicin de la estructura secundaria
de un polipptido al plegarse sobre s misma originando una conformacin globular. En definitiva,
es la estructura primaria la que determina cul ser la secundaria y por tanto la terciaria. Esta
conformacin globular facilita la solubilidad en agua y as realizar funciones de transporte,
enzimticas, hormonales, etc.
Estructura cuaternaria: Esta estructura informa de la unin, mediante enlaces dbiles (no
covalentes) de varias cadenas polipeptdicas con estructura terciaria, para formar un complejo
proteico. Cada una de estas cadenas polipeptdicas recibe el nombre de protmero.
b. Qu fuerzas estabilizan la estructura tridimensional de una protena?
La estructura de las protenas est estabilizada por diferentes tipos de enlaces, como enlaces
covalentes (enlace peptdico, enlace por puentes disulfuro), enlaces por puentes de hidrgeno
(interacciones dipolo-dipolo), interacciones hidrofbicas, enlaces salinos (interacciones
electrostticas) o las fuerzas de los contactos de Van der Waals. Todos estos tipos de enlaces
juegan un importante papel en la estabilizacin de la estructura tridimensional de las protenas.
3. Qu condiciones afectan el plegamiento correcto de las protenas?

4. Cmo est formado el sistema de control de plegamiento en los organismos?

5. Qu es la amiloidosis?

Amiloidosis es un trmino genrico, utilizado para hacer referencia a un grupo de enfermedades de

etiologa diversa y pronstico y tratamiento variables, con una caracterstica comn: todas ellas
estn causadas por el Depsito extracelular de un material, denominado material amiloide. Este
material, de naturaleza proteica, insoluble y resistente a la protelisis, fue bautizado por Virchow
debido a su afinidad por colorantes yodados, similar a la del almidn.

6. A qu se denomina precursor amiloide?

7. Cules son las caractersticas generales de los amiloides?

Es un nombre genrico para designar diversas sustancias que tienen en comn estar contituidas
por protena fibrilar b-plegada. Este tipo de estructura no ocurre normalmente en las protenas de
los mamferos. En nombre de amiloide, dado por Virchow, se debe a la similitud con el almidn en
cuanto a la afinidad tintorial con el yodo.
El amiloide es una sustancia: amorfa, hialina y eosinfila.
Se tie con cristal violeta o violeta de metilo y adquiere una coloracin violeta a rosa.
Produce una fluorescencia secundaria con luz ultravioleta cuando se tie con las tioflavinas T o S.
Se tie con rojo congo. Bajo luz normal aparece teido de color rosado a rojo. Bajo luz polarizada
presenta una birrefringencia verde (se debe a la configuracin en hoja plegada de las fibrillas).
Se observan largas fibrillas no ramificadas de longitud indefinida y con dimetro variable entre 7.5 y
10 nm.
Son protenas muy heterogneas y se depositan en cuadros clnicos distintos, 95% protenas
fibrilares y 5% componente amiloide-P del suero.

7. Cules son las caractersticas generales de los amiloides?

El material amiloide es de origen proteico, insoluble y resistente a la protelisis.El material amiloide est formado en un
95% por fibrillas de amiloide.El otro 5% del material amiloide corresponde a factores que, probablemente, contribuyena
la estabilizacin de las fibrillas, de los cuales los ms importantes son el componentesrico P (una molcula de la
familia de las pentraxinas, muy similar a la protena Creactiva) y proteoglucanos y glicosaminglicanos, procedentes de
la matriz extracelular deltejido de depsito
8. Mencione las estructuras proteicas involucradas en las amiloidosis humanasconocidas?

Amiloidosis es el estado de una protena que se encuentra en condiciones

de estrsfsico, qumico y funcional que enfrentan tanto en el interior como en el
exterior dela clula.


Se ha demostrado que numerosas enfermedades humanas y de los animales,reunidas
bajo el trmino de amiloidosis, estn asociadas a alteraciones delplegamiento de un
grupo particular de protenas que se depositan en el espacioextracelular en
forma de agregados fibrilares insolubles
; siendo estos losformadores de los amiloides.

En ciertas circunstancias, las protenas pueden formar agregados que son

muydiversos, tanto por su morfologa al microscopio electrnico como por su
ordeninterno. Estas diferencias se reflejan en sus propiedades bioqumicas y en
sucapacidad para interactuar, con muy diversas consecuencias, con
diferentesestructuras y componentes celulares

9. Qu modelos se postulan para el posible mecanismo de conversin del estado nativoal estado fibrilar de una
protena amiloidea?

HIPOTESIS SOBRE EL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS (I)

Paradoja de Levinthal
Debido a los grados de libertad de una cadena polipeptdica, encontrar el estado nativo
de una protena mediante bsqueda aleatoria entre todas las configuraciones posibles
llevara muchsimo tiempo, mientras que las protenas se pliegan en nanosegundos.
Ejemplo
Polipptido de 100
Si cada pudiera adoptar 2 conformaciones (rotacion de los angulos y ), sin ten
erencuenta las conformaciones de las cadenas laterales:
2100 1030 conformaciones
Si la interconversin entre dos conformaciones durase 10-12s:Tiempo para que ocurra el plegamiento: 1030 * 1012 = 1018s 1010 aos

HIPTESIS SOBRE EL PLEGAMIENTO DE PROTENAS (II)

Consecuencia:
El plegamiento de protenas no puede tener lugar por un proceso de prueba y error (trial& error).
Solucin a la Paradoja de Levinthal
El plegamiento de protenas est guiado por la formacin de interacciones locales entreaminocidos que actan como
ncleos de plegamiento. Prueba a favor de esta hiptesis.Se han encontrado estados intermedios en el plegamiento
de una protena.

HIPTESIS TERMODINMICA: DOGMA DE AFISEN.Autoensamblamiento

La estructura nativa de una protena viene determinada por su secuencia de aminocidos,es nica, estable y se
corresponde con un mnimo de energa libre.Hiptesis vlida para protenas globulares.Ejemplo
La ribonucleasa pancretica presenta 4 puentes disulfuro (Cys26 -Cys84, Cys58 -Cys110, Cys40 - Cys95 & Cys65Cys72).
Desnaturalizacin con urea y

mercaptoEtOH: se reducen los enlaces disulfuro.Renaturalizacin progresiva: se forman los enlaces disulfuro
correctos. La RNasapancretica se renaturaliza espontneamente.