ESA Online Revistas - ANÁLISE Canônica de Coordenadas Principais - Um Método Útil de CONSTRAINED ORDENAÇÃO DE ECOLOGIA

25/05/2015
ESA online Revistas - ANLISE cannica de coordenadas principais: um mtodo til de CONSTRAINED ORDENAO DE ECOLOGIA
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Permisses
Tabelas
Marti J. Anderson e Trevor J. Willis 2003. CANNICA ANLISE DA coordenadas principais: um mtodo til de CONSTRAINED
ORDENAO DE ECOLOGIA. Ecology 84: 511-525. http://dx.doi.org/10.1890/0012-9658(2003)084[0511:CAOPCA]2.0.CO;2
Regular artigo
ANLISE cannica de coordenadas principais: um mtodo til de ORDENAO restrita para

ECOLOGIA
Edio atual
Edies Disponvel
Preprints
Marti J. Anderson 1, 3 e Trevor J. Willis 1, 2

1
Departamento de Estatstica da Universidade de Auckland, Private Bag 92019, Auckland, Nova Zelndia
Departamento de Estatstica da Universidade de Auckland, Private Bag 92019, Auckland, Nova Zelndia
Leigh Marine Laboratory, da Universidade de Auckland, PO Box 349, Warkworth, Nova Zelndia
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Resumo
Informaes Journal
ISSN: 0012-9658 Freqncia:
Mensal
Misso e mbito
Tipos de contribuies
Conselho Editorial
Pessoal
Instrues aos Autores
Diretrizes para Avaliao
Permisses
ndice
Um mtodo flexvel necessria para a ordenao restrita na base de qualquer medida de distncia ou dissemelhana, o qual ir
exibir uma nuvem de pontos multivariados por referncia a uma uma hiptese a priori especfico. Sugerimos o uso da anlise de
coordenadas principais (PCO, MDS mtrica), seguido por uma anlise cannica discriminante (CDA, quando a hiptese diz respeito
grupos) ou uma anlise de correlao cannica (CCorA, quando a hiptese diz respeito as relaes com variveis ambientais ou
outros) , para fornecer uma ordenao constrangido flexvel e significativa de dados de abundncia de espcies ecolgicas. Chamado
de "PAC" para "Canonical Anlise de coordenadas principais," este mtodo permitir uma ordenao constrangido a ser feito com
base em qualquer medida de distncia ou de dissimilaridade. Ns descrevemos PAC em detalhes, incluindo como ele pode descobrir
padres que so mascarados em uma ordenao MDS irrestrita. Cannicos, usando testes de permutaes tambm so dadas, e
mostra-se como o mtodo pode ser usado (1) para posicionar uma nova observao para dentro do espao cannica, utilizando
apenas diferenas entre pontos, (2) para classificar observaes e obter erros de classificao ou residuais, e (3 ) para correlacionar
as variveis originais com padres em parcelas cannicos. Erro erros de classificao ou de erro residual usada para obter uma
deciso no arbitrria relativa a dimensionalidade apropriado da nuvem de dados de resposta (nmero de eixos PCO) para a anlise
cannica que se seguiu. Sugerimos que uma ordenao PAC e uma ordenao sem restries, tais como MDS, juntos ir fornecer
informaes importantes para as anlises multivariadas significativas de dados ecolgicos em funo explcitas hipteses
estabelecidas a priori.
Correspondente editor: AM Ellison
Palavras-chave: ordenao cannica , classificao , estrutura da comunidade , de matriz distncia , MDS , anlise
multivariada , anlise de coordenadas principais , abundncia das espcies , mtodos estatsticos
Recebido: 19 de junho de 2002; Aceito: 21 de junho de 2002; Verso final recebida: 22 de julho de 2002
Resumo
Introduo
Constrangido vs. Critrios
Unconstrained para
Ordenao
Descrio da Canonical
Anlise de Coordenadas
Principais (CAP)
Exemplo Ecolgica
Comparaes com
Alternativas
Discusso
Agradecimentos
Literatura Citada
ANEXO
Artigos Relacionados
E-mail: mja@stat.auckland.ac.nz
Introduo
Muitos estudos ecolgicos envolvem a investigao simultnea da resposta de vrias espcies por referncia a um especificado
hiptese. Por exemplo, pode-se supor que um conjunto de espcies (uma assemblia ou comunidade) vai mudar em resposta a
alguns tratamentos experimentais, atravs do tempo ou espao, ou em resposta a algumas mudanas em variveis de previso
ambientais ou outros. Nestas situaes, mtodos de ordenao multivariados so necessrios para reduzir dimensionalidade e para
visualizar os padres em dados multivariados.
Procedimentos de coordenao pode ser classificada como restrita ou irrestrita. Mtodos sem restries incluem a anlise de
componentes principais (PCA), anlise de correspondncia (CA), escalonamento multidimensional mtrica (tambm chamado de
coordenadas principais anlise ou PCO; Torgerson 1958 , Gower 1966 um ), e escalonamento multidimensional no mtrico (MDS;
Shepard 1962 , Kruskal 1964 , Kruskal Desejo e 1978 ). Um procedimento de ordenao irrestrita no usa hipteses estabelecidas a
priori, de qualquer maneira, mas reduz dimenses com base em algum critrio geral, como minimizar varincia residual (como no
PCA; Rao 1964 ) ou minimizar uma funo de estresse (como em no mtrico MDS; Meulman 1986 , 1992 ). A Tabela 1 resume os
procedimentos mais usados sem restrio.
Ordenaes sem restries so geralmente extremamente til para a visualizao de padres gerais em toda a nuvem de dados. Alm
http://www.esajournals.org/doi/full/10.1890/0012-9658%282003%29084%5B0511%3ACAOPCA%5D2.0.CO%3B2
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ordenao cannica
classificao
Estrutura da comunidade
matriz de distncia
MDS
anlise multivariada
diretor de anlise de coordenadas
abundncias das espcies
mtodos estatsticos
Por autor
Marti J. Anderson
Trevor J. Willis
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disso, para os casos em que os dados so classificados em grupos a priori, se pode visualizar os padres potenciais de diferenas na
localizao ou disperso relativa entre os grupos. Metric e no mtrico MDS pode ser baseada em qualquer medida de distncia ou
dissimilaridade de escolha, incluindo medidas ecologicamente significativos, tais como a medida Bray-Curtis ( Bray Curtis e 1957 ), a
medida Kulczynski ( F et al., 1987 ), ou a medida CY ( Cao et al., 1997 ), tornando-os muito flexvel. No mtrico MDS tem sido
demonstrada como um procedimento de ordenao irrestrita particularmente robusto e til para a ecologia ( Field et al. 1982 , Kenkel e
Orlci 1986 , Minchin 1987 ). importante salientar, no entanto, certos padres de disperso global pode, por vezes mascarar padres
reais de diferenas na localizao multivariada entre grupos em uma ordenao sem restries.
Ordenaes restrita, por outro lado, utilizar uma uma hiptese a priori de alguma maneira para produzir o lote. Isto , eles podem ser
usados para relacionar uma matriz de variveis de resposta, Y (variveis abundncia espcies) com algumas variveis de previso, X
(tais como ambientais variveis quantitativas ou variveis binrias que identificam factores ANOVA ou grupos). Os mtodos de
ordenao constrangidos mais comumente usados so resumidos na Tabela 2 . ordenaes restrita incluem a anlise discriminante
cannica (CDA), em que eixos de ordenao so desenhadas de modo a maximizar as diferenas entre os grupos (por exemplo,
James Wilkinson e 1971 , Mardia et al., 1979 ) e anlise de correlao cannica (CCorA), em que os eixos so desenhados de modo a
maximizar a sua correlao com combinaes lineares de algumas variveis de previso quantitativa (por exemplo, Gittins 1985 ). Ter
Braak (1995) refere-se a mtodos de coordenao restritos e irrestritos como "direct "e" indireta anlise "gradiente, respectivamente.
Notamos que a CDA tambm tem sido descrita por Legendre e Legendre (1998: 617) como uma regresso mltipla da estrutura do
grupo (como codificado na matriz X, por exemplo) sobre as espcies de dados ( Y ), revertendo os papis de "previso" e "resposta".
No entanto, CDA equivalente a CCorA quando os X cdigos de matriz para a estrutura do grupo, ao invs de conter outro conjunto
de variveis quantitativas ( Tabela 2 ). Assim, para CDA, como por CCorA, X e Y so tratados de forma simtrica, ento na verdade
pode-se visualizar ou matriz como a "resposta". Aqui, vamos continuar a referir-se a Y (dados espcies) como a matriz de resposta e X
(matriz de projeto ou dados ambientais) como matriz preditor, respectivamente.
Tcnicas existentes coordenao constrangidos se limitam a ser baseado implicitamente em algum particular (mtrica) medida de
distncia. Por exemplo, RDA preserva distncias euclidianas, CDA preserva distncias de Mahalanobis ( Gower 1966 b , Meulman
1992 ) e anlise de correspondncia cannica (CCA) preserva distncias qui-quadrado ( ter Braak 1986 a , b ). Embora a distncia do
qui-quadrado, geralmente mais significativo do que a distncia euclidiana para muitas aplicaes ecolgicos (por exemplo, Palmer
1993 ), experimentadores pode muito bem querer ter a flexibilidade de escolher alguma outra medida de distncia. Portanto, o que
necessrio um processo de ordenao restrita que pode ser usado para investigar hipteses visualmente em dimenso reduzida,
mas com a flexibilidade necessria para permitir que qualquer medida de distncia ou dissemelhana para ser usado como a base
para a anlise.
Algumas tcnicas de escalonamento multidimensional que envolvem constrangimentos externos (no constantes do quadro 2 ) tm
sido desenvolvidos ( Borg e Lingoes 1980 , Digby e Gower 1981 , Heiser e Meulman 1983 , Meulman 1986 , 1988 , 1992 ter Braak , e
Borg Groenen 1997 , Legendre e Anderson 1999 , McArdle e Anderson 2001 ). No entanto, estes mtodos no levam em conta a
estrutura de correlao entre as variveis na resposta (espcies) nuvem de dados. Isto contrasta com os mtodos tradicionais de CDA
e CCorA que fazer. Notamos que Legendre e Legendre (1998) referem-se a todos os mtodos listados na Tabela 2 como "cannico."
Neste artigo, vamos referir-se apenas aos mtodos de CDA e CCorA como "cannico", uma vez que estes so os nicos mtodos que
explicitamente representam estrutura de correlao entre as variveis de resposta, ao passo que nos referimos classe geral de
mtodos como tcnicas de coordenao "constrangidos".
Legendre e Legendre (1998: 634-635) deu a entender que CDA poderia ser feito em termos de eixos obtidos a partir de uma anlise
de coordenadas principais, mas no forneceu quaisquer exemplos dessa abordagem, nem eles discutir eventuais vantagens em
relao aos mtodos existentes. Aqui, propomos que esta abordagem geral, que nos referiremos como a anlise cannica de
coordenadas principais (PAC), um procedimento ordenao flexvel e particularmente til restrita para a ecologia. Tem a vantagem
de permitir que qualquer medida de distncia ou dissemelhana para ser usado, mas tambm tem em conta a estrutura de correlao
entre as variveis na nuvem de dados de resposta. Assim, como os mtodos tradicionais cannicos, pode revelar padres importantes
nos dados multivariados por referncia s hipteses relevantes.
PAC pode ser usado onde a hiptese de a priori diz respeito diferenas entre os grupos, como na anlise de varincia; ou seja, o X
matriz contm variveis ortogonais que codificam para os critrios de classificao para o factor considerado (por exemplo, Neter et
al., 1996 , Legendre e Anderson 1999 ). Neste caso, CAP uma anlise discriminante cannica de coordenadas principais, chamado
de "anlise discriminante generalizada com base em distncias" por Anderson e Robinson ( no prelo ). A anlise tambm pode ser
feito para as hipteses que envolvem uma ou mais variveis explicativas quantitativas, caso em que a PAC uma anlise de
correlao cannica de coordenadas principais.
Primeiro, demonstramos como ecologicamente importantes padres podem ser mascarados em procedimentos de coordenao sem
restries, como a PCA ou MDS. Ns, ento, fornecer uma descrio do PAC para a ordenao, incluindo as extenses, tais como a
colocao de uma nova observao para a ordenao cannica eo clculo de erro de erro de classificao (e erro residual) usando o
procedimento "leave-one-out" (por exemplo, e Lachenbruch Mickey 1968 ). Os testes de hipteses so alcanados atravs de
procedimentos de permutao sobre estatsticas de teste cannicos. Alm disso utilizao do mtodo de clculo inclui uma
correlaes posteriori para avaliar as relaes das variveis espcies originais com eixos cannicas para caracterizar efeitos
multivariados. Ns tambm dar um exemplo ecolgico utilizando PAC e compar-lo com abordagens alternativas. As propriedades
assintticas de estatsticas de teste obtida usando CAP, incluindo simulaes comparando-os com outros testes de permutao
projetados para detectar diferenas entre os grupos (por exemplo, McArdle e Anderson 2001 ), so descritos noutro local ( Anderson e
Robinson, no prelo ).
Constrangido vs. Critrios Unconstrained para Ordenao

Comeamos com um exemplo simples, no espao euclidiano, para demonstrar como os mtodos restritos e irrestritos diferem em
termos de o critrio utilizado para desenhar eixos de ordenao. Considere-se um conjunto de dados simples com duas variveis de
resposta medidos para cada um dos pontos de observao 100 em cada um dos dois grupos, como se mostra na fig. 1 . Imagine que
ns somos incapazes de ver duas dimenses e pode, infelizmente, s vejo um. Assim, necessrio obter uma ordenao
unidimensional da nuvem bidimensional de pontos de modo a visualizar os padres.
Os primeiros componentes principais eixo (PC1) para uma ordenao sem restries (utilizando APC) uma combinao linear das
variveis originais que minimiza a soma dos desvios quadrados de pontos para o novo eixo (isto , o PC1 traada na direco de
variao mxima atravs a nuvem; A Fig. 1a ). No h nenhuma indicao, no entanto, de qualquer diferena entre os dois grupos ao
longo de todo o PC1. Em contraste, a primeira varivel cannica (CV1) para uma ordenao restrita (usando CDA) um eixo
desenhado atravs da nuvem de pontos que melhor separa os grupos ( Fig. 1b ). Isto equivalente a encontrar uma combinao
linear das variveis originais que maximiza o entre- a variao dentro do grupo. CV1 mostra claramente a separao dos grupos, um
teste padro real que era evidente na trama bidimensional mais elevada ( Fig. 1b ).
Assim, diferentes critrios utilizados para se obter uma ordenao dimensional inferior pode afetar radicalmente nossa viso de
padres multivariados. Note-se que a nuvem de pontos exatamente o mesmo em ambos os casos, mas a nossa "viso" dos dados
foi alterado pela nossa escolha do procedimento de ordenao. Neste caso, a direco de maior variao total foi completamente
diferente da direco das diferenas entre os grupos no espao multivariada. Uma ordenao sem restries pode ser til para
visualizar padres globais de disperso, mas este simples exemplo tambm demonstra como diferenas reais na localizao, que
estavam mascarados no APC, foram descobertos pela abordagem cannica.
Descrio da Canonical Anlise de Coordenadas Principais (CAP)

O exemplo anterior foi feito no espao euclidiano com os mtodos tradicionais para apresentar e esclarecer conceitos. No entanto,
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gostaramos de obter uma ordenao constrangido com base em qualquer medida de distncia ou de dissimilaridade. Todos os
detalhes da anlise, com uma descrio matemtica, so dadas no apndice (ver tambm Anderson e Robinson, no prelo ).
Um breve resumo da abordagem PAC para uma ordenao constrangido generalizada sobre a base de qualquer medida de
dissimilaridade a seguinte:
1) No coordenar a principal anlise (PCO, MDS mtrica, ou dimensionamento clssico) na matriz de dados Y ( N observaes p
variveis), usando uma medida de dissimilaridade de escolha, produzindo orthonormal eixos Q . Nenhuma escala destes eixos
necessrio.
2) Escolha um nmero adequado de eixos m como um subconjunto de Q (matriz Q m ) a ser usado para a anlise cannica que se
seguiu. A escolha pode ser feita em uma base no-arbitrria como o nmero de eixos, resultando em erro mnimo erro de classificao
ou a soma residual dos quadrados mnimos, como vamos descrever.
3) Faa uma anlise cannica tradicional (CDA se X contm variveis dummy correspondentes s especificaes de grupo, ou se
CCorA X contm variveis quantitativas) sobre os primeiros m eixos de Q .
Estas trs etapas so suficientes para produzir uma ordenao. Como outra opo, pode-se testar a hiptese de qualquer um (1) no
h diferenas significativas na localizao multivariada entre grupos (CDA), ou (2) nenhuma relao significativa com quantitativos
variveis ambientais ou outros (CCorA). Isso feito usando a estatstica do trao (soma dos valores prprios cannicos = soma das
correlaes cannicas quadrados; ver o apndice) ea obteno de um P valor por permutao (por exemplo, Anderson 2001 b ).
Classificando uma nova observao
Na anlise discriminante cannica tradicional, pode-se utilizar regra discriminante de Fisher ( Fisher 1936 , Mardia et al., 1979 , Seber
1984 ) para classificar uma nova observao em um dos grupos. Isto funciona porque, para a anlise tradicional, em que o resultado
obtido em espao euclidiano, os eixos cannicas so combinaes lineares das variveis originais. No entanto, quando a anlise
baseada em uma matriz de dissimilaridade, como no CAP, os eixos cannicas no tem essa relao linear agradvel com as variveis
originais. No entanto, os eixos cannicas so combinaes lineares de a principal orthonormal eixos de coordenadas. Assim, pode-se
colocar uma nova observao para dentro do espao cannica, desde que se pode colocar uma nova observao para dentro do
espao de coordenadas principais, que podem ser feitas utilizando apenas as distncias entre pontos da nova observao com todas
as observaes anteriores. Uma descrio completa deste dado no apndice, na sequncia de Gower (1968) , Cuadras et al. (1997)
, e Anderson e Robinson ( no prelo ). Uma vez que a nova observao foi colocado no espao cannica, que pode, em seguida,
classific-lo em um dos grupos, observando que o grupo centride o mais prximo de que no espao cannica (por exemplo, Seber
1984 ).
Qualidade de ajuste
Os tamanhos relativos das correlaes cannicas proporcionar uma medida da relao entre os dados de resposta representadas
pelos eixos PCO e o X matriz. Se o X matriz contm identificadores de grupo, podemos querer saber como os grupos so distintos no
espao multivariada. Um mtodo que ir fornecer uma estimativa estatstica de erro erro de classificao a abordagem "deixar-oneout" de Lachenbruch e Mickey (1968) . Aqui, vamos dar uma nica observao e fazer a anlise PAC nas observaes restantes sem
ele. Em seguida, usamos o mtodo que acabamos de descrever para classificar "deixados de fora" a observao no espao cannico
determinado pelo resto das observaes. Sabemos a priori que o grupo de observao esquerda-out realmente veio. A classificao
foi bem sucedido? Ns podemos fazer isso para cada observao individual no conjunto de dados e ento podemos calcular a
proporo de observaes que foram classificados incorretamente. Este o erro erro de classificao, o que equivale a um menos a
proporo de classificaes corretas. Esta abordagem , por vezes, erradamente referido como "classificao de canivete," mas
mais apropriadamente chamado mtodo "leave-one-out" (por exemplo, Seber 1984 ). Embora ele ir fornecer uma estimativa do erro
de erros de classificao, com maior variao do que algumas alternativas, tais como o programa de inicializao ( Efron 1979 ), ele,
no entanto, d-nos uma medida razovel e quase imparcial de como os grupos so distintos no espao multivariada (por mais
detalhes, consulte Seber [1984]: 288-293) .
O erro erro de classificao pode fornecer uma medida de bondade de ajuste quando X contm variveis dummy correspondentes a
estrutura do grupo. Mais geralmente, a qualidade do ajuste da relao entre a nuvem de dados de resposta e qualquer conjunto de
variveis (por exemplo, ambientais) variveis contidos em X podem ser proporcionados pela soma das distncias ao quadrado a partir
de cada ponto individual na nuvem multivariada para a sua posio prevista no eixo cannica equipada (ou eixos), obtido usando o
resto das observaes, como um "leave-one-out" soma residual dos quadrados. Os detalhes do clculo do erro residual so dadas no
apndice.
Como devem os eixos (m) ser escolhido o nmero de PCO?
Um ponto muito importante determinar quantas PCO eixos deve ser mantida; ou seja, o que deve ser a escolha para m ? Um pode
ser causa de que o mtodo poderia sofrer de uma m escolha para m. Se m demasiado pequeno, ento pode haver alguma
informao ecologicamente importante nos dados que no sero includos na anlise cannica. Por outro lado, se m muito grande
em relao a N, em seguida, uma trama cannica enganosa pode resultar. Por exemplo, no podemos definir m = N - 1, para, em
seguida, as correlaes cannicas quadrados tudo seria igual a 1,0, porque temos N pontos! Ou seja, podemos, naturalmente,
conseguir um ajuste perfeito de nossa hiptese para os N pontos, se usarmos toda a diferente de zero N - 1 eixos de coordenadas.
Embora este foi sugerido como uma tcnica de ordenao constrangido por ter Braak (1992) e McArdle e Anderson (2001) , no caso
de ANOVA de uma via que produz pontos num espao cannica que tm uma variabilidade dentro do grupo de zero. Isto , todos os
pontos de observao dentro de um nico grupo so sobrepostos um sobre o outro num nico ponto, de modo que a trama cannica
de, digamos, trs grupos, mostra trs pontos. Isto simplesmente replicar a prpria hiptese de, em vez de mostrar a relao
potencial dos dados multivariados para ele. Na verdade, m no pode aproximar-se do valor de N ou os padres sobre a trama
cannica forte ir sugerir separao de grupos que no podem, na verdade, estar presentes no espao multivariada.
Se N > p e todos os valores prprios da PCO positivo, isto , uma medida mtrica de distncia tenha sido escolhido que no produz
quaisquer problemas de "no-Euclideanarity" (por exemplo, Legendre e Legendre 1998: 432-433) , em seguida, a PCO ir produzir um
mximo de p valores prprios positivos e todos os eixos correspondentes podem ser utilizados para a anlise cannica, (isto , podese optar por utilizar m = p ). Alm disso, no caso em que N > p e se deseja basear a anlise relativa a determinadas medidas de
distncia (incluindo distncia do qui-quadrado, qui-quadrado mtrica, distncia acorde de Orlci, distncia entre perfis de espcies, ou
Hellinger distncia), ento pode-se simplesmente transformar os dados da forma particular descrita para cada uma destas medidas de
distncia de Legendre e Gallagher (2001) e prosseguir com a CDA (ou o CCorA) sobre os dados transformados. Esta abordagem tem
a vantagem de reduzir a necessidade para a PCO completamente. Alm disso, os novos eixos da ordenao constrangido seria
combinaes lineares das variveis transformadas, de modo a determinar a importncia relativa das variveis originais transformadas
de resposta e a produo de biplots tambm seria simples. Se P se aproxima de N, no entanto, ser necessrio algum mtodo para a
reduo de dimenses para evitar a produo de uma trama cannica enganosa.
Em muitas situaes, a medida de dissimilaridade escolhido no-euclideana (tais como Bray-Curtis, CY dissimilaridade, etc.) ou p
N , caso em que um subconjunto dos eixos PCO ter que ser escolhido. Na escolha m, vamos querer incluir todos os padres mais
salientes e informaes ecologicamente importante no conjunto de dados original, sem incluir a variao aleatria estranho. Isto pode
ser feito aumentando sequencialmente o valor da m para a anlise PAC e, de cada vez, o clculo do erro residual e (no caso em que X
especifica grupos) o erro de erro de classificao. Vamos escolher m onde o erro residual (ou o erro de classificao incorreta) est
em seu mnimo.
Mesmo nos casos em que p < N e a medida escolhida tem propriedades Euclidiana, uma fora importante da abordagem PAC que o
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PCO pode ser usado para reduzir o nmero de dimenses do problema. O problema da escolha de um subconjunto adequado de
variveis para anlise discriminante tradicional quando p muito grande bem conhecida (por exemplo, Williams 1983 , Seber 1984 ,
Williams e Tito 1988 , ter Braak 1995 , Legendre e Legendre 1998 ). Como foi assinalado por Legendre e Legendre (1998) , Williams e
Titus (1988) sugeriu CDA para que o nmero de observaes por grupo deve ter pelo menos trs vezes o nmero de variveis. O
problema fundamental que, se o nmero de variveis ( p ou m ) mesmo comea a aproximar-se N, ento quaisquer padres
observados na anlise cannico pode ser simplesmente "fortuita", e alguns verificao contra a arbitrariedade dos resultados
necessrio cannicos (por exemplo, , Williams 1983 ). Minimizao do erro de erros de classificao ou da soma dos quadrados dos
resduos utilizando o procedimento leave-one-out, como ns sugerimos aqui, fornece uma verificao de que tal necessrio. Em
CDA tradicional, o problema da seleo de variveis tem todos os problemas associados com a escolha de subconjuntos apropriados
de variveis na regresso mltipla (ou seja, as questes da multicolinearidade na busca do "melhor" possvel subconjunto). Em
contraste, o procedimento de PAC utiliza PCO como um primeiro passo, do que resulta uma srie de ordenadas, eixos ortogonais que
explicam propores cada vez menores de varincia original nos dados espcies, e, assim, podem ser simplesmente adicionados
sequencialmente at que um erro mnimo alcanado .
Como um adicional, consideramos que h tambm um limite superior lgica para a escolha de m : ele no deve incluir PCO eixos de
tal modo que a sua soma total dos quadrados exceder a soma total dos quadrados na matriz de dissimilaridade originais. Isto pode
ocorrer no caso em que a PCO produz valores prprios negativos.
Assim, o PCO, juntamente com o clculo de erro de erro de classificao (ou erro residual) para aumentar os valores de m, como
sugerido aqui para o procedimento PAC, no s ir nos fornecer um mtodo no-arbitrria de escolher um valor apropriado para m,
mas tambm ir nos fornecer um controlo sobre a arbitrariedade da prpria anlise cannica para um maior nmero de dimenses.
Sugerimos que este (ou um semelhante) de verificao deve ser utilizado mesmo se P < N e o mtodo de transformar os dados
utilizando o mtodo sugerido por Legendre e Gallagher (2001) possvel.
Como uma regra geral, ns tambm sugerem que a escolha de m deve ser feita de tal modo que a percentagem da variao total na
matriz de dissimilaridade explicada pelas primeiras m eixos PCO deve ser superior a 60%, mas no deve ser superior a 100%. Isto
impede m de ser to pequena quanto a no abranger a maior parte da informao na matriz de dissimilaridade. Dentro destes limites,
m deve ser escolhida para minimizar o erro, quer o erro de classificao (no caso de ACD) ou a soma dos quadrados dos resduos (no
caso de CCorA).
Quais so as espcies so responsveis por padres multivariados?
A continuao da utilizao da anlise cannica proposto o seu potencial para a identificao das espcies (ou variveis originais)
responsveis por padres multivariados. Em particular, pode-se simplesmente calcular o coeficiente de correlao produto-momento
para cada espcie individual com cada um dos eixos cannicas. Para o caso em que X especifica identificadores de grupo, as
espcies com grandes correlaes absolutos (positivos ou negativos), provavelmente ter uma histria importante para contar no que
diz respeito natureza das diferenas entre os grupos. Se X contm variveis quantitativas, em seguida, essas correlaes ir indicar
quais as espcies podem mostrar relaes importantes com essas variveis. Em ambos os casos, as correlaes de espcies com
eixos cannicos ir fornecer uma boa indicao de que espcies devem ser investigados em mais detalhe com anlise univariada.
Note-se que a transformao original ou padronizao utilizado nas variveis de resposta antes de calcular diferenas tambm deve
ser feito antes de calcular tais correlaes com os eixos cannicos. Note tambm que, de acordo com a filosofia de que as espcies
podem ter relaes no-lineares com eixos cannicos, uma correlao de classificao ou alguma outra medida de modelagem de
escolha pode ser usado aqui, ao invs de correlao simples de Pearson, se desejado.
Claramente, este uso de correlaes com machados cannicos uma forma indireta "post hoc" de identificar possveis contribuies
de espcies individuais para diferenas entre os grupos. No entanto, as correlaes com machados cannicos ir fornecer uma
abordagem quantitativa e objectiva para utilmente dirigir anlises univariadas subsequentes, permitindo efeitos multivariados a ser
significativamente caracterizada em termos das variveis originais. Outras abordagens que podem ser utilizados com vantagem aqui
incluem o mtodo IndVal ( Dufrne Legendre e 1997 ) ou o mtodo SIMPER ( Clarke 1993 ).
Exemplo Ecolgica
Assemblias de peixes das ilhas Poor Knights em trs momentos diferentes
Estes dados vm de um estudo por Willis e Denny (2000) sobre os efeitos de uma reserva marinha em assemblias de peixes nas
Poor Knights Islands, Nova Zelndia. Apenas uma pequena parte de um estudo muito maior discutido aqui. Os dados consistiu de
acusaes de abundncias das espcies de censos visuais subaquticos tomadas ao longo de transectos medindo 25 x 5 m, a uma
profundidade de 8-20 m. Contagens de nove desses transectos feitos em um nico local foram reunidas para fornecer um nico vetor
linha de observao. Os censos foram feitos em cada um dos g = 3 vezes diferentes, Setembro de 1998 ( n 1 = 15), Maro de 1999 ( n
2 = 21), e Setembro de 1999 ( n 3 = 20), com o primeiro censo ocorrendo antes dos Pobres Cavaleiros Reserva Marinha foi criado em
1 de Outubro de 1998. Havia 47 espcies de peixes registradas (ou seja, 47 variveis) e N = 56. Os dados dos trs tempos do censo
foram consideradas independentes uma da outra, porque os peixes so altamente mveis e os locais exatos transectos no foram
repetidos em diferentes inquritos. Assim, sob a hiptese nula de nenhuma diferena em assemblias de peixes entre os trs tempos,
os vetores linha de observao eram permutveis.
Para a anlise multivariada, os dados foram transformados para y '= ln ( y + 1) para remover grandes diferenas de escala entre as
variveis originais. Ento dessemelhanas Bray-Curtis foram calculados entre cada par de observaes, e uma ordenao irrestrita foi
feito usando PCO (MDS mtrico) na matriz de dissimilaridade. Os dois primeiros eixos PCO explicado 20,72% e 12,37% da
variabilidade na matriz original de dissimilaridade. A disperso de pontos para os trs grupos desta ordenao sugeriram que no
havia diferenas significativas entre os grupos ( Fig. 2a ). Um padro similar foi obtido utilizando no mtrico MDS (no ordenao das
mostrado). No entanto, uma anlise multivariada no paramtrica de varincia (NPMANOVA; Anderson 2001 um ) indicou que houve
diferenas significativas entre os grupos ( F 2,53 = 2,81, P = 0,0004, com 4999 permutaes). Este resultado parecia desconcertante.
Como poderiam os grupos ser significativamente diferente quando a disperso dos pontos na trama MDS sugeriu uma grande
quantidade de sobreposio entre os grupos?
A ordenao constrangido forneceu informaes importantes. O primeiro passo foi escolher o nmero de PCO eixos ( m ) para incluir
na anlise PAC. Isto foi feito atravs da representao grfica da proporo de atribuies correctas obtidos com aumentos no nmero
de eixos includos na anlise ( Fig. 3a ). Optamos por utilizar m = 7, que alcanou a proporo mxima de alocaes corretas (71,43%)
de qualquer escolha de m (ou seja, erro mnimo erro de classificao = 28,57%). Qualquer valor de m maior do que isso iria aumentar
a variabilidade dentro do grupo mais do que a variabilidade entre os grupos e, portanto, seria de nenhuma utilidade para a
discriminao entre os grupos. Os primeiros sete eixos PCO explicou 71,38% da variabilidade na matriz original de dissimilaridade.
A anlise cannica (PAC) produziu dois eixos cannicos (como min ( g - 1, m ) = 2, neste caso), com correlaes cannicas quadrados
de 2 1 = 0,610 e 2 2 = 0,478. Os dois testes estatsticos cannicos foram altamente significativas ( P = 0,0001 para ambos os
testes, utilizando-se 9,999 permutaes), o que consistente com o resultado obtido utilizando NPMANOVA.
importante ressaltar que uma parcela dos dois primeiros eixos cannicos mostra um padro de diferenas entre os grupos; ou seja,
as observaes do mesmo grupo so agrupados no grfico ( Fig. 2b ). Este um bom exemplo de uma situao em que as diferenas
de grupo verdadeira no espao multivariada no eram aparentes na ordenao irrestrita, mas foram descobertos e exibido pela anlise
PAC. A reduo das dimenses de p = 47 at m = 7, escolhido pelo controlo do erro de erro de classificao ( Fig. 3a ), assegurou que
os padres observados no terreno no seria superparametrizado e enganosa. Assim, claro que houve mudanas significativas nas
assemblias de peixes multivariados atravs do tempo aps a criao da reserva marinha nas Pobres Cavaleiros.
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Considerou-se prximo das correlaes de espcies individuais (aps transformao cannica) com eixo 1 para caracterizar o efeito
multivariada ( Tabela 3 ). Alm disso, as correlaes de espcies com dois eixos PAC esto apresentados graficamente na Fig. 4, a
qual , quando sobreposta na fig. 2b, produz um biplot. Ns no incluiu na Tabela 3 qualquer espcie com uma correlao absoluta de
<0,20 ou que ocorreram em menos de seis observaes. Note-se que uma correlao positiva para uma espcie com eixo 1 indica um
nmero crescente aps a criao da reserva marinha em outubro de 1998, enquanto que uma correlao negativa com o eixo 1 indica
diminuio do nmero aps este tempo ( Fig. 2b ).
Embora nenhum anlises estatsticas univariadas so dadas aqui, observamos vrios padres em funo da magnitude da correlao
e as abundncias mdias de peixe em cada uma das trs pocas de amostragem. Em primeiro lugar, claro que a cessao da pesca
dentro da reserva foi correlacionada com um aumento do nmero de espcies de peixes comercialmente direcionados, como pargo (
Pagrus auratus ) e peixe-rei ( Seriola lalandi ). Alm disso, outros peixes que podem estar propensos a aumento da mortalidade por
pesca tm altas correlaes com o eixo cannico, por exemplo, anchova ( Girella cyanea ) e porae ( Nemadactylus douglasii ). Da
mesma forma, wrasse laranja ( Pseudolabrus luculentus ) e wrasse de Sandager ( Coris sandageri ) tambm aumentou em densidade
aps a cessao da pesca, embora este foi mais provavelmente devido a eventos de recrutamento fortes anteriores ao inqurito de
Maro e no a qualquer mudana na mortalidade por pesca (TJ Willis, observao pessoal ). Algumas das espcies que apresentaram
correlao com o eixo cannico pode ter mudado em abundncia ao longo do tempo por causa de diferenas sazonais entre setembro
(relativamente frio) e maro (quente). Esse padro foi mostrado pelas duas espcies de arraia ( thetidis Dasyatis e D. brevicaudata ),
que tendem a mover-se para guas mais rasas em estaes mais quentes, e pelo coralfish Lord Howe ( Amphichaetodon howensis ),
que pode ser observada em reas temperadas do sul em estaes quentes.
Houve mais espcies que mostraram correlaes positivas do que correlaes negativas com o eixo cannico, o que sugere que a
abundncia e diversidade de peixes global aumentou ao longo do tempo nas ilhas Poor Knights aps a criao da reserva marinha.
Algumas espcies de peixes, no entanto, fez diminuir em abundncia: Wrasse unido ( Notolabrus fucicola ), butterfish ( Odax pullus ), e
leatherjacket ( Parika scaber ). Isso pode ter sido devido presso concorrencial de aumentos de outras espcies ou mudanas em
grande escala no clima ocenico. Estas questes e anlises uni mais especficos sero abordados em um artigo futuro.
Comparaes com Alternativas

Existem essencialmente dois pontos fortes importantes da abordagem PAC em relao aos mtodos existentes. Em primeiro lugar, a
abordagem PAC permite que qualquer medida de dissimilaridade ou distncia escolhida para ser usada como a base da anlise. Esta
flexibilidade importante. Medidas de dissimilaridade diferentes enfatizam diferentes aspectos do conjunto de dados multivariada.
Assim, pode-se investigar a forma como os dados se ajustam uma hiptese, a priori, quando diferentes aspectos dos dados
multivariados so considerados atravs da utilizao de diferentes medidas de distncia. Por exemplo, distncias qui-quadrado
enfatizar as diferenas na composio das assemblias, enquanto que diferenas Bray-Curtis tendem a enfatizar diferenas na
abundncia relativa (que uma das razes que uma transformao geralmente recomendado antes de aplicar Bray-Curtis se as
variveis esto em diferentes escalas; Clarke 1993 ). Alm disso, no contexto de modelagem, algumas medidas de dissimilaridade
pode ser melhor do que os outros para proporcionar discriminao entre os grupos a priori.
Em segundo lugar, a utilizao de uma anlise de coordenadas principais, como parte do procedimento de PAC permite que a
dimensionalidade do sistema a ser reduzida para m ortonormal eixos antes da anlise cannica. Esta reduo conseguida com um
cheque importante sobre a arbitrariedade dos resultados cannicos e, como conseqncia, produz um procedimento muito confivel
para a ordenao cannica.
Para ilustrar estes pontos foram considerados vrios outros ordenaes de dados de peixe ( Fig. 5 ). Em primeiro lugar, considerou-se
a anlise de correspondncia ( Fig. 5a ). Os dois primeiros eixos CA juntos explicou 32,5% da variabilidade nos dados de espcies
originais e, como o enredo irrestrita MDS ( Fig. 2a ), sugeriu h diferenas aparentes nas assemblias de peixes entre os trs tempos
de amostragem. Duas ordenaes constrangidos tradicionais foram ento feito: CCA ( Fig 5b. ) e RDA em dados transformados, como
sugerido por Legendre e Gallagher (2001) , a Y * = ( y * ij ):
onde t a soma de todos os valores na tabela de dados; R i a soma dos valores na linha i; e C j a soma de valores na coluna j (
Fig. 5c ). Distncias euclidianas entre linhas de observao em Y * so equivalentes a distncias qui-quadrado. Os dois primeiros
eixos da CCA foi responsvel por 6,6% dos dados das espcies originais, com correlaes cannicas de 0,666 e 0,590. Os dois
primeiros eixos RDA em dados transformados representaram 6,2% dos dados das espcies originais, com correlaes cannicas de
0,775 e 0,630. Os testes de permutao indicados, em cada caso, que houve diferenas significativas em assemblias de peixes entre
os trs tempos de amostragem ( F CCA 3,53 = 1,875, P = 0,0074; e F RDA 3,53 = 1,749, P = 0,0060, cada um com 4999 permutaes).
Os padres destes dois lotes so semelhantes, e diferem apenas por causa dos pesos utilizados em CCA, como discutido em detalhe
por Legendre e Gallagher (2001) .
Uma anlise cannica tradicional (CDA) tambm foi feito nas variveis transformadas, Y * ( Fig. 5d ). Isso equivalente a uma anlise
da PAC com base nas distncias de qui-quadrado, mas usando todos os principais eixos correspondentes a autovalores diferentes de
zero de coordenadas. Por estes dados, com 100% da variabilidade na matriz de distncias foi explicado por m = eixos 46 PCO. As
correlaes cannicas eram muito elevados ( 1 = 0,980, 2 = 0,925) e o padro sobre a trama sugere que os grupos so muito
distintos. tentador para saltar para a concluso de que o mtodo produziu uma ordenao muito melhor do que o das outras
abordagens. No entanto, isso perigoso, pois devemos considerar o quanto desse padro aparentemente "clear" "fortuita", isto ,
devido ao simples fato de que o nmero de eixos utilizados muito grande e est se aproximando do nmero total de observaes.
Ou seja, embora os grupos parecem distintos na trama, esta ordenao enganosa, causada por overparameterization ( m est muito
perto de N ) e no reflete padres verdadeiros, dada a variabilidade dentro do grupo nos dados. Uma verificao sobre a
arbitrariedade de a dimensionalidade fornecido pelo clculo do erro de classificao errada leave-one-out para o aumento dos
valores de m. Isto indica que a melhor escolha para a anlise de PAC em funo da distncia do qui-quadrado m = 11 , o que d
51.79% atribuies correctas ( Fig. 3b ). Em contraste com a anlise utilizando m = 46, o que resultou em apenas 32,14% alocaes
de correco de erro (um erro de classificao muito maior de 67,86%), apesar de a aparente distino de grupos de trama ( Fig. 5d ).
A ordenao CAP usando m = 11 mostra um padro semelhante ao da trama de RDA, com 1 = 0,750, e 2 = 0,514 ( P = 0,0525,
com 9999 permutaes). Estes resultados de PAC com base nas distncias de qui-quadrado podem ser comparados com os
resultados da ordenao PAC com base nas diferenas Bray-Curtis ( Fig. 2B ), com 1 = 0,784, e 2 = 0,714 ( P = 0,0001, com 9999
permutaes).
Assim, o mtodo CAP no vai necessariamente fazer um desenho "melhor" dos dados em comparao com outras tcnicas de
coordenao restritos; no ser necessariamente a clareza da hiptese de os dados, onde outros mtodos iro ou no falhar. Em vez
disso, a sua vantagem o fornecimento de o experimentador com a flexibilidade de escolher qualquer medida de dissimilaridade,
como base da anlise e no fornecimento de uma forma no arbitrria de reduzir a dimensionalidade do problema e,
concomitantemente, qualquer arbitrariedade potencial nos resultados cannicas .
Alm do Bray-Curtis e medidas de distncia de qui-quadrado, a anlise de PAC foi feito com os dados, estabelecidos utilizando um
conjunto de vrias medidas diferentes de dissimilaridade, com resultados mostrados na Tabela 4 . Para estes dados, trs medidas
parecia proporcionar o melhor ajuste para a hiptese de trs grupos distintos, nos trs momentos distintos: Bray-Curtis, Hellinger, ea
medida CY. A medida CY foi desenvolvido para fornecer uma medida sensvel que daria igual ponderao a diferentes tipos de
variao multivariada na abundncia das espcies entre as amostras ( Cao et al., 1997 ). , essencialmente, uma mdia da variao
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proporcional (multiplicativo) em cada espcie (isto , alteraes na escala de log); ver Cao et al. (1997) para mais detalhes. A distncia
Hellinger usa diferenas na raiz quadrada de valores de abundncia proporcionada-fila. Embora Bray-Curtis conhecido por ser
extremamente sensvel s diferenas na abundncias absolutas, com a transformao, neste caso, para y '= ln ( y + 1), este efeito
largamente reduzida ( Clarke 1993 , Cao et al., 1997 ) e tambm coloca observaes sobre a escala (multiplicativo) logartmica. O que
esses trs tcnicas tm em comum sugere que as mudanas multiplicativos ou mudanas nas abundncias proporcionais de espcies
presentes nas Pobres Cavaleiros pode ter contribudo mais para as mudanas ao longo do tempo do que diferenas na abundncia ou
na composio das assemblias absolutos, embora, obviamente, mais estudo seria necessrios para investigar essa idia.
Ns no sugerem a partir do estudo de este conjunto de dados que um ou o outro destes medidas de distncia "melhor" para
qualquer dada situao. Pelo contrrio, evidente que as medidas diferentes ir mostrar imagens diferentes (ou seja, ir enfatizar
diferentes aspectos da) os dados multivariados. Uma vantagem da abordagem de PAC que ele permite que qualquer medida a ser
escolhido para a anlise.
Por ter a flexibilidade de escolher qualquer medida, o pesquisador tambm livre para desenvolver qualquer modelo de escolha sobre
a relao entre as variveis originais e os eixos cannicos. No h nenhuma restrio que este deve necessariamente ser unimodal ou
linear, como o caso com CCA ou RDA, respectivamente (ver Tabela 2 ). Embora o PCO mtrica prev uma relao linear entre as
diferenas entre as observaes originais e as suas respectivas distncias entre pontos no espao euclidiano PCO, este no de
qualquer forma limitar a relao dos eixos PCO (ou os eixos cannicos) com as variveis originais para ser linear.
Alm disso, os sem escala eixos PCO ortonormais j so padronizados para varincia unitria, pronto para a anlise cannica que se
seguiu. Note-se que, em geral, se matriz Y padronizado pela sua matriz de varincia-covarincia (isto , para Y s = Y C ( Y ' c Y c )
-1/2
, em que Y C = Y - j ', com j estar um N 1 coluna de 1 e ser um p 1 coluna de meio, Tabela 2 ), ento RDA de Y s vs X
equivalente a CCorA de Y com X (por exemplo, ter Braak 1995 , Berry e Mielke 1999 ) . Assim, uma diferena importante entre RDA e
CCorA que o primeiro no (geralmente) ter em conta varincia-covarincia (ou correlao) entre as variveis estrutura na nuvem de
dados de resposta ( Tabela 2 ). Note-se que, se os eixos de CPO ( Q ) foram dimensionadas de acordo com os seus valores prprios
(como geralmente feito de chamar a ordenao PCO; Gower 1966 um ), em seguida, o primeiro passo para a anlise cannica seria
rescale estes eixos de volta para varincia unitria. Anderson e Robinson ( na imprensa ) descobriram que PAC mais poderoso do
que RDA em todo o conjunto de eixos PCO (escalados para seus respectivos valores prprios, como descrito por Legendre e
Anderson [1999] e McArdle e Anderson [2001] ), quando h diversas variveis altamente correlacionadas entre si e relativamente
grandes variaes que no esto relacionados a estrutura do grupo. Isto consistente com os resultados de Mielke e Berry (1999) ,
que descobriram que o poder relativo dos testes de permutao multi-resposta (por exemplo, Mielke et al. 1976 ), que no levam em
conta a estrutura de correlao, vs. testes cannicos tradicionais , o que faz, depende da direco de diferenas entre os grupos em
funo da estrutura de correlao entre as variveis.
Se desejado, como uma variao da abordagem PAC, pode-se considerar a utilizao dos eixos de um MDS no mtrico como
entrada para uma anlise cannica tradicional. H trs potenciais desvantagens para essa abordagem. Primeiro, o algoritmo de MDS
no mtrico requer a dimensionalidade ser escolhido a priori. Normalmente no ser clara antes do tempo o que uma
dimensionalidade apropriada deve ser para qualquer problema particular na mo. Em segundo lugar, os eixos sequenciais em uma
soluo MDS no mtrico no so necessariamente ortogonais umas s outras, elas so como no caso de PCO. Assim, mesmo que
uma dimensionalidade apropriado poderia de alguma forma ser determinado por alguma adio sequencial de eixos para um MDS no
mtrico, um passo extra seria necessrio para padronizar os eixos de acordo com a sua estrutura de varincia-covarincia para a
anlise cannica. Em terceiro lugar, no est claro como seria colocar um novo ponto de observao em um enredo MDS no mtrico
existente; todo o algoritmo MDS deve comear novamente do zero quando uma nova observao introduzido. Isso tornaria
impossvel colocar novas observaes na trama cannica, impossvel calcular o erro de classificao leave-one-out ou erros residuais,
e, portanto, impossvel avaliar a arbitrariedade potencial da ordenao cannica resultante. Dado que as solues de mtricas e no
mtricas so frequentemente muito semelhante para um nmero razovel de dimenses, o problema introduzido pela tentativa de usar
um MDS no mtrico no parecem proporcionar qualquer vantagem neste contexto.
Depois de considerar a abordagem PAC, poderamos ser tentados a fazer a pergunta: por que a ordenao sem restries em tudo?
No deveria a anlise CAP ser usado preferencialmente para MDS no mtricas ou mtricas quando se tem uma hiptese
multivariada explcita a priori? importante no cair na armadilha de acreditar que no h uma nica ordenao que ir "fazer tudo!" A
ordenao constrangido como PAC bom para observar os potenciais padres em nossos dados com relao a uma hiptese a priori
(por exemplo, , examinando as diferenas entre os grupos de localizao), mas vai nos fornecer nenhuma informao relativa ao
padro global de disperso de pontos na nuvem multivariada, ou potenciais diferenas na variabilidade multivariada, ou disperso
entre os grupos. Em outras palavras, a anlise cannica pode acrescentar algo para a nossa compreenso de padres no espao
multivariada e sobre o que pode ser visto em um enredo MDS, mas isso no acontece de forma alguma "substituir" o MDS em termos
de algumas das informaes importantes que til, em geral, para a anlise multivariada.
Discusso
Sugerimos que um cientista seria idealmente deseja ver quatro itens na anlise de dados ecolgico multivariada: (1) uma ordenao
sem restries robusto (como um lote no mtrico MDS); (2) uma anlise adequada restrito (como uma trama PAC) por referncia a
uma hiptese especfica; (3) um teste estatstico rigoroso da hiptese; e (4) Caracterizao da espcie responsvel para os padres
de anlise multivariada ou efeitos. Tanto o constrangidos e no restringidas ordenaes deve ser feito na base de uma mesma
distncia medida e a mesma transformao ou normalizao antes da anlise, a fim de que a sua informao comum para ser
interpretvel.
Procedimentos de coordenao irrestritas e restritas so teis para obter uma compreenso mais completa de padres em dados
multivariados. Cada um tem uma finalidade especfica, so desenhados com base em critrios diferentes e, assim, demonstrar dois
aspectos muito diferentes, mas importantes da nuvem de dados multivariados. Uma ordenao sem restries permitir que os
padres gerais em toda a nuvem de dados a ser examinado, bem como quaisquer diferenas na variabilidade ou propagao no
interior do grupo. Nas palavras de Clarke (1993) e Clarke e Ainsworth (1993) , a trama MDS irrestrita "permite que os dados falam por
si." Apesar de diferenas entre os grupos pode ser visto em uma ordenao sem restries, eles tambm podem ser mascarados pela
alta variabilidade e de alta estrutura de correlao entre as variveis independentes de diferenas entre os grupos. A ordenao
constrangido, por outro lado, no permite qualquer avaliao de total ou relativa variabilidade dentro do grupo, mas permite a
localizao diferenas entre os grupos a ser visto, se de fato houver a todos so perceptveis no espao multivariada. Se a direco (s)
de diferena (s) entre grupos (so) tambm geralmente a direco (s) de maior variabilidade total da nuvem de dados, ento
provvel que as diferenas de grupo ser evidente na ordenao sem restries.
Mtodos anteriormente propostos de ordenao restrita pode ser problemtico porque (1) eles tm pressupostos irrealistas sobre a
distribuio das variveis de resposta (por exemplo, a normalidade multivariada para anlise discriminante); (2) eles exigem uma
relao fixa entre as variveis de resposta e variveis explicativas (por exemplo, unimodal para CCA, linear para CDA, CCorA, ou
RDA, mas ver Makarenkov e Legendre [2002] ); ou (3) que eles no levam em conta a estrutura de correlao na nuvem de dados de
resposta (RDA, CCA, ou MDS com restries). possvel ter em conta a estrutura de correlao no incio, com a padronizao das
variveis originais por sua matriz de varincia-covarincia (por exemplo, ver Mielke e Berry 1999 ). No entanto, uma tal padronizao
no possvel se o nmero de variveis excede o nmero de observaes, o que bastante comum em conjuntos de dados
ecolgicos. Tambm no lgica para fazer isto antes do clculo de diferenas no-Euclidiana (tais como diferenas Bray-Curtis)
entre observaes.
O que ns sugerimos aqui uma anlise cannica de coordenadas principais (PAC) como um procedimento til para a ordenao
restrita. Ele permite que o experimentador para produzir uma ordenao constrangido significativo sobre a base de qualquer matriz de
dissimilaridade. Esta abordagem foi sugerida pela primeira vez em por Legendre e Legendre (1998) , mais plenamente desenvolvido
por Anderson e Robinson ( no prelo ), e realmente apenas vinho novo em odres velhos. um processo de duas etapas que combina
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duas tcnicas de anlise multivariada existentes: escalonamento multidimensional clssica (PCO), seguido por uma anlise cannica
clssica (ou CDA ou CCorA) em eixos sem escala orthonormal PCO. Uma fora adicional desta abordagem derivado a partir do seu
uso na colocao de novas observaes em ordenaes cannicos e, alm disso, a partir da utilizao de erros de classificao (ou
erro residual) para obter uma deciso no arbitrria relativamente ao nmero adequado de dimenses a serem includas na anlise
cannica.
A abordagem PAC no substitui os mtodos de coordenao sem restries robusto existente, mas adiciona algo extremamente til
para estes, nos sentimos, para a anlise de dados multivariados em ecologia por referncia a hipteses estabelecidas a priori.
Agradecimentos
A abordagem PAC dedicado a Caplan James Anderson, que sempre tem uma maneira original de olhar o mundo. Queremos
agradecer a J. Robinson para seu trabalho inovador no desenvolvimento deste mtodo. Tambm somos gratos a KR Clarke e BH
McArdle para discusses teis, especialmente em relao as diferenas entre os procedimentos de coordenao. Comentrios teis
sobre um esboo anterior do manuscrito foram fornecidos por J. Oksanen, P. Legendre, e um revisor annimo.
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Nova Zelndia.
ANEXO
Uma descrio estatstica detalhada da anlise cannica de coordenadas principais (PAC) est disponvel on-line no Arquivo
Eletrnico de Dados da ESA: Arquivos Ecolgicos E084-011-A1 .
SUPLEMENTO
Um programa de computador para realizar o mtodo CAP, incluindo todos os diagnsticos necessrios para a escolha de um valor
apropriado para m, est disponvel on-line no Arquivo Eletrnico de Dados da ESA: Arquivos Ecolgicos E084-011-S1 .
FIG . 1.
A comparao visual do mtodo utilizado para reduzir as dimenses em (a) uma irrestrita e (b) um
procedimento de ordenao constrangido. Os dados foram simulados a partir de uma distribuio
normal multivariada com os dois grupos com diferentes centroides (6, 9) e (9, 7), mas ambas as
variveis teve um desvio padro de 2, e a correlao entre as duas variveis foi de 0,9. Note-se a
diferena de escala entre o primeiro eixo cannico (CV1) e do primeiro componente principal (PC1)
Ver verso maior
(59K)
FIG . 2.
(a) ordenaes Unconstrained e (b) constrangidos de dados assemblia de peixes das ilhas Poor
Knights, Nova Zelndia, em trs diferentes tempos de amostragem
Ver verso maior
(35K)
FIG . 3.
A parcela de a proporo de alocaes corretas de observaes para grupos (= 1 menos o erro erro de
classificao), com aumentos no nmero de coordenadas principais eixos ( m ) usado para o
procedimento PAC em dados provenientes das ilhas Poor Knights em trs momentos diferentes em a
base de (um) a medida de dissimilaridade Bray-Curtis em dados transformados para y '= ln ( y + 1), e (b)
a medida de distncia do qui-quadrado
Ver verso
maior (26K)
FIG . 4.
Correlaes de vrias variveis espcie original com os dois eixos da PAC de Fig. 2b .
Ver verso maior

(49K)
FIG . 5.
Comparao dos padres obtidos utilizando cinco procedimentos de coordenao diferentes sobre os
dados assemblia de peixes das ilhas Poor Knights em trs momentos diferentes de amostragem
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Ver verso
maior (30K)
TABELA 1.
Mtodos de ordenao irrestrita de um conjunto de dados multivariados, Y
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(46K)
TABELA 2.
Mtodos de ordenao constrangido relativas variveis de resposta, Y (variveis abundncia das
espcies) com variveis de previso, X (como variveis ambientais quantitativas ou qualitativas
variveis que identificam fatores ou grupos como na anlise de varincia)
Ver verso maior
(89K)
TABELA 2.
Extenso
Ver verso maior
(41K)
Ver verso maior

(28K)
TABELA 3.
Espcies individuais peixe mostrando correlaes absolutas de | r | 0,20 com um eixo cannico
que separava os trs tempos diferentes de amostragem (ver Fig 2b.), juntamente com a sua
abundncia mdia de cada vez
TABELA 4.
Anlise da PAC de dados multivariados espcies de peixes em trs vezes diferentes das ilhas
Poor Knights, Nova Zelndia, feito utilizando vrias medidas diferentes de distncia ou de
dissimilaridade
Ver verso maior
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