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Pourquoi R dans QGIS ?

QGIS, un soft plutt


pythonesque
Python 2.7 inclus !
Numpy, une bibliothque pour le
calcul matriciel
exemple : calculatrice raster

PyQGIS, une bibliothque pour


interagir avec linterface de QGIS

Mais lintgration de R offre des


possibilits supplmentaires
Pour les habitus de R !
Intgration doutils trs
spcialiss et bass sur des
packages R comme adehabitatHR
(domaines vitaux ou home range)

exemple : crer des plugins

Intgration de scripts R dans QGIS


Bote outils de traitements de QGIS 2.6
lorigine un plugin (Sextante), plus tard intgr
dans QGIS

But : appeler des outils Grass, SAGA, R,


OrfeoToolbox depuis QGIS

Un certain nombre doutils R sont dj


prsents dans QGIS par dfaut comment les
faire fonctionner ?

Installation et configuration
Installer R si ce nest pas dj fait !
Activer R + Configurer le chemin daccs de R et des scripts .rsx dans QGIS
Menu Traitement / Options

Installer les packages R ncessaires au fonctionnement des scripts


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Packages obligatoires
Ces 3 packages sont obligatoires pour la lecture / criture des donnes SIG

sp
Classes pour les
donnes spatiales

rgdal
Utilis pour charger des vecteurs

raster
Utilis pour charger des rasters

Ils seront systmatiquement chargs chaque excution dun outil R dans QGIS

Quelques packages recommands


adehabitatHR

Outils Home Range analysis

spatstat

Outils Point pattern analysis

rgeos,
rasterVis,
maptools

Susceptibles dtre utilis


par dautres outils

Clic-droit + Editer script pour voir


quel package il utilise

Quel diffrence entre un script .R classique


et un script .rsx dans QGIS ?
Le script .rsx intgre une liste des paramtres prcds par des ##
Couches vecteur ou raster en entre
Choix dun champ dans la table dun vecteur
Paramtres numriques en entre
Couches vecteur ou raster en sortie

Source :
https://conservationecology.wordpress.com/2013/08/14/portyour-r-scripts-to-qgis-using-sextante/

Interface des outils R dans QGIS


Linterface est automatiquement gnre daprs les paramtres du
fichier .rsx !
Dans cet exemple de script, le calcul de polygone convexe partir dune couche de points
ne reprsente quune seule ligne de code (appel de la fonction mcp {adehabitatHR} )

Outils R pour afficher des graphiques


Possibilit dappeler la fonction plot dans un script .rsx
Exemple : outil Raster Histogram
Gnre un fichier PNG (inclus dans un HTML)

Outils R pour gnrer des vecteurs / raster


Une bonne connaissance des
packages sp, raster et rgdal est
requise pour crire vos propres
scripts
Exemple : gnrer le trajet dun
animal (relier des points
ordonnes)
La lecture et lcriture de donnes font
appel aux classes de donnes spatiales
du package sp
Code concis mais complexe

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