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Chapitre 4 :
Evaluation des mthodes danalyse applique
aux sciences de la vie et de la sant
Pr. Philippe CINQUIN
Anne universitaire 2014/2015
Universit Joseph Fourier (UJF) Grenoble I - Tous droits rservs
Un modle mathmatique est une reprsentation, voire dans certains cas une
explication, dune partie de la ralit par des objets mathmatiques.
Dans les quations dont vous avez lhabitude, linconnue, cest un rel, ou un
vecteur :
b2 4ac
b
2a
ed bf
x
ax by e
ad bc
Solutions de
, si ad bc 0 ?
cx dy f
fa ce
y
ad bc
En biologie et en mdecine, les inconnues reprsenter sont souvent des
que lon pourra crire f(x) = 0, o x est le vecteur (de dimension n) de toutes les
variables tudies, et f une fonction de Rn dans R
Nous avons dj vu par exemple que la forme de la surface de la Terre peut tre
reprsente par une fonction z=f(x,y), o x et y reprsentent respectivement la latitude et la
longitude, et z laltitude.
La fonction f pourra tre dcrite sous forme de carte : des instruments de mesure
appropris permettront de mesurer en un nombre de points aussi grand que possible
la valeur de f :
Cest la seule solution pour beaucoup de situations relles par exemple pour connatre la
surface de la Terre !
Dans certains cas, les cartes ne suffisent pas par exemple parce quelles ne sont
pas assez prcises. Dans ce cas, on pourra interpoler , cest--dire approximer la
fonction inconnue par une fonction plus simple (par exemple une portion de plan !)
se raccordant aussi bien que possible aux donnes disponibles.
On construit donc une relation mathmatique entre les variables laide dune
expression mathmatique (cf. par exemple lutilisation de lapplication linaire
tangente au chapitre 2).
Bien sr, la relation entre les variables peut tre plus labore quun plan :
Lorsquon a lintuition que des fonctions plus labores permettraient de mieux reprsenter
la ralit
Cest ce qua fait Ptolme, en construisant un modle remarquable pour rendre compte des
mouvements des plantes.
Cest aussi ce qua fait Kepler, avec ses 3 lois, qui dcrivent prcisment la forme de
trajectoires telles que celles des plantes autour du soleil
Dans des modles tels que celui de Kepler, les expressions mathmatiques sont
utilises pour dcrire aussi bien que possible la ralit. On parlera de modle
descriptif .
Dans certains cas, le modle permet dexpliquer les phnomnes observs, sous
certaines hypothses. Cest le cas de la loi de Newton pour la gravitation.
Un modle, quil soit descriptif ou explicatif, peut toujours se mettre sous la forme
fp(x)=0, o x est la variable dont on cherche dcrire la forme (notez que le
comportement de x dans le temps - son volution, voir plus loin lintroduction aux
systmes dynamiques- peut aussi sinterprter comme une forme , il suffit
dajouter le temps comme une dimension supplmentaire de la variable tudie).
Ces paramtres permettent au modle de rendre compte dune grande varit de cas rels.
Nous verrons par exemple que le mme modle permet de rendre compte de certaines phases de la
croissance dune population de bactries, de la croissance dune tumeur ou de la vitesse dapparition dans
le liquide extra-cellulaire dun mdicament inject dans le sang. Seul le paramtre caractristique du
modle aura chang.
Notez que la frontire est parfois floue entre la variable dont le modle tente
dexpliquer ou de dcrire la forme (ou le comportement) et les paramtres.
Par exemple, la loi de Newton donnant la force dattraction entre deux corps de masses ma
et mb spars dune distance d peut scrire f g
ma mb
d2
Si lon veut utiliser cette loi pour retrouver les quations de Kepler et connatre le
mouvement relatif de ces deux corps, on peut tre tent de considrer comme inconnues
uniquement le vecteur (de dimension 6) x=(xa, xb) o xa et xb sont les 3 coordonnes
spatiales des deux corps. maet mb seraient alors interprts comme des paramtres.
Parce que sil ltait, les donnes ne le sont pas, ne serait-ce que du fait de la performance limite des
instruments de mesure.
NB la dimension est bien n.m, car chaque xi est lui-mme un vecteur de dimension n.
On forme alors
E f (xi )2
i1
Le modle affine entre deux variables x et y est lun des plus simples qui soit.
Dans ce modle, la variable dintrt est de dimension 2, cest le vecteur (x, y). a et b
sont les paramtres (a est la pente de la droite, b est lordonne lorigine).
i1
i1
Les modles sont aussi un instrument de prdiction. La validation dun modle (en
particulier par des outils statistiques qui seront abords plus loin) permet de lutiliser
pour prdire ce qui se passera dans des situations qui nont pas encore t
observes.
Les modles explicatifs peuvent aussi tre utiliss pour prdire lexistence de
certains objets, et pour proposer des expriences permettant de les mettre en
vidence. La dmonstration de lexistence du boson de Higgs est larchtype de
cette situation.
P ( t t ) P ( t )
P( t ) r P( t )
t
Equations diffrentielles et
modles mathmatiques
Dans lquation P( t ) r P( t )
linconnue nest plus un rel, ni mme un vecteur, mais une fonction, la fonction
qui associe au temps P(t) (ici le nombre de levures dans lexprience).
Une quation faisant intervenir comme inconnue une fonction et ses drives est
appele quation diffrentielle .
Une quation diffrentielle du premier ordre peut scrire sous la forme gnrale
g(f, f )=0, o g exprime un lien entre la fonction inconnue f et sa drive.
Attention toutefois, la solution gnrale de y=y est : bex, o b est un rel quelconque
La valeur de b pourra tre dtermine si lon fixe les conditions initiales , par exemple si lon fixe la
valeur de y au temps 0, note y0.
Do b = y0
Or,
y
ln y
y
Donc :
ln y k
y0 ek0b eb
b ln(y0 )
Ou encore :
y y0 ekx
ln y kx b
y ekxb
Croissance malthusienne
Ce modle peut convenir dans les phases initiales dun phnomne (dbut dune
culture cellulaire, dbut dune tumeur, etc).
Bien sr, il se heurte trs vite la ralit : le milieu ne peut offrir sur le long terme les
ressources ncessaires une croissance illimite.
Dans ces conditions, le modle de Verhulst est trs proche de celui de Malthus, car
P( t )
P( t ) r P( t ) 1
r P( t )
K
lim t P(t) K
Le modle logistique,
un exemple de fonction sigmode
Dbut convexe
Point dinflexion
Concavit
Reprsentation du modle logistique pour r=1,5 et K = 4, selon diverses conditions initiales (source : Wikipedia)
il suffit pour cela de prendre une constante k ngative dans lquation diffrentielle
y=ky
Si vous souponnez dans des donnes la prsence dun modle exponentiel, utilisez
une transforme logarithmique.
Transforme logarithmique
Les mthodes de rgression linaire (cours de Jos Labarre) permettront didentifier les
constantes k et Ln(b)
12
2,5
10
1,5
1
0,5
4
0
0
10
15
20
25
-0,5
0
0
10
15
20
25
30
-1
35
La transformation logarithmique permet de passer des donnes initiales ( gauche) une droite,
dont lordonne lorigine est Ln(b) = 2,3 (do b = 10), et la pente k= - 0,1. Les donnes initiales
suivent donc le modle x(t)=10e-0,1t
30
Systme dynamique
Un tre vivant
Une population de proies et une population de prdateurs vivant sur le mme territoire
Ltat dun systme dpend le plus souvent dun grand nombre n de variables,
dont la plupart restent inconnues.
Nous nous limiterons ici au cas o ces n variables sont relles. Par exemple :
Poids,
Taille,
Frquence cardiaque,
Saturation en oxygne,
Systme dynamique
Lespace des phases reprsente lensemble de toutes les valeurs possibles des
n variables. En pratique pour nous, ce sera un sous-ensemble de Rn. A tout moment,
ltat du systme est donc connu sous la forme dun vecteur x de Rn.
Un systme dynamique sera pour nous un systme dont lespace des phases est
un sous-ensemble de Rn, et o lvolution de ces n variables au cours du temps :
est dterministe ( un ensemble de conditions initiales , connues par exemple au temps t=0, ne peut
correspondre tout instant ultrieur quun et un seul tat futur possible)
En pratique, ces hypothses peuvent tre remplies, ce qui ne signifie pas quon sera
capable, tant donn les conditions initiales de prdire parfaitement le futur
Par exemple, il est raisonnable dadmettre que le mouvement des plantes autour du soleil remplit ces
conditions
Mais nous ne pouvons pas raisonnablement esprer connatre suffisamment parfaitement toutes les
variables pertinentes pour prdire leur position dans un futur trs loign (mme en supposant que les lois
de la mcanique connues dcrivent parfaitement les interactions des objets clestes)
Supposons connue une surface sous la forme z = h(x, y), o h est une fonction
drivable.
Cette bille peut tre considre comme un systme dynamique, dont le vecteur
dtat correspond ses coordonnes (x, y). En effet :
f m
Sans rentrer dans un cours de physique, la bille va donc suivre une trajectoire parfaitement prvisible si lon
connat la carte du terrain (et comme nous lavons dj suggr, elle aura tendance rester dans
les zones elliptiques convexes et ne pas retraverser les cols quelle aura franchis).
o (fx(t), fy(t)) est le vecteur projection du poids de la bille sur le plan tangent la surface au point de
coordonnes (x(t), y(t)) et daltitude z(t)=h(x(t), y(t)),
Il sagit dune quation diffrentielle du second ordre (parce quelle fait intervenir des
drives secondes).
Bien sr, lquation diffrentielle caractrisant le systme dynamique peut tre plus
complexe, voire inconnue.
Lorsque le systme dynamique est dfini par une quation diffrentielle, les trajectoires peuvent parfois tre
dtermines analytiquement (cest--dire quune quation des dcrivant peut tre connue).
Dans certains cas, on ne connat le systme quen lobservant, et en notant son tat plusieurs instants ti.
NB1 pour quun portrait de phase soit exploitable il faut viter que les trajectoires se croisent et quil y en
ait trop. Il est donc prfrable de reprsenter des systmes dynamiques dordre 1, car alors x ne dpend que de
x. On peut donc reprsenter une carte de x en fonction de x, ce qui permet de construire les trajectoires (voir
diapositive suivante).
NB2 cest pour cela que le systme dynamique de la bille soumise la gravit, bien quintressant car intuitif et
proche dexpriences que vous connaissez, nest pas si simple Cest en effet un systme dordre 2, o les
trajectoires peuvent sentrecroiser
Les points dun systme dynamique tels que x(t) = 0 seront appels points fixes .
Il existe une grande varit de formes de points fixes , dont voici quelques uns,
reprsents par leur portrait de phase dans le cas dun systme de dimension 2 :
Foyer attractif
Foyer rpulsif
Pour nous :
Un point fixe F sera dit stable si les trajectoires issues de tout point voisin de F conduisent nouveau
F (foyer attractif, par exemple) ou restent proximit de F (point fixe elliptique, par exemple).
Un point fixe F sera dit instable sil existe des points voisins de F tels que les trajectoires issues de ces
points voisins scartent de F et ny reviennent plus (foyer rpulsif, par exemple, mais aussi point fixe
hyperbolique, car seuls les points issus de la ligne rouge restent proximit de F).
Foyer attractif
(stable)
Foyer rpulsif
(instable)
Reprer dans un portrait de phase les points fixes et comprendre leur stabilit
permet de comprendre qualitativement le comportement dun systme dynamique, et
en particulier de dterminer la prsence dattracteurs et de bassins dattraction .
Nous dfinirons ici (voir exemples dans les diapositives suivantes) :
un attracteur comme une trajectoire telle que la trajectoire issue de tout point dun certain voisinage de
lattracteur converge vers ce dernier.
un bassin dattraction comme le plus grand voisinage dun attracteur tel que la trajectoire de tout point issu
du bassin dattraction converge vers lattracteur.
NB2 le cycle limite figurant 3 diapositives plus haut (reprsentant loscillateur de van der Pol) peut donc
tre considr comme un attracteur, son bassin serait tout lespace reprsent dans le portrait de phase.
On rpte un trs grand nombre de fois lexprience qui consiste mettre dans un
volume fixe de ce milieu nutritif, dans des conditions exprimentales parfaitement
contrles et identiques pour chaque exprience, un nombre a de bactries du type
A, et un nombre b de bactries du type B.
Pour chaque exprience, on suit au cours du temps les quantits respectives a(t) et
b(t) de bactries.
Si lon suppose que sur la priode dobservation les bactries nont pas le temps
dvoluer gntiquement (pas de mutation qui leur permettrait dutiliser mieux ou
moins bien le milieu nutritif ou dinteragir plus ou moins favorablement avec les
bactries de lautre type), on est bien a priori dans la situation dun systme
dynamique causal et dterministe (en effet, des conditions initiales identiques
doivent conduire la mme trajectoire).
b B
b
C
D
O
b B
convergent vers B.
D
O
b B
b B
convergent vers A.
va va dcrotre.
b B
Pour lexpliquer, il faudrait en connatre plus sur les relations entre les bactries de
type A et celles de type B.
Supposons que, lorsquelles sont seules, la croissance des bactries de type A suive
un modle logistique de constante daccueil 3.106, et de taux de croissance 3, soit
da
a
3 a 1
6
310
dt
Supposons que, lorsquelles sont seules, la croissance des bactries de type B suive
un modle logistique de constante daccueil 2.106, et de taux de croissance 2, soit
db
b
2 b 1
6
2 10
dt
Il nous faut maintenant tenir compte des interactions entre les 2 bactries : les
ressources disponibles pour un type de bactrie doivent tre diminues du fait de la
prsence du deuxime type de bactrie. Le facteur correctif de Verhulst doit donc
faire intervenir la deuxime sorte de bactrie.
a 2b
da
3 a 1
6
310
dt
db
a b
2 b 1
6
2 10
dt
da
0
dt
db
0
dt
db
a b
2 b 1
0
6
2 10
dt
Sont :
(a,b) = (0, 0)
(a,b) = (3.106,0)
ainsi
que
le
point
2.106
(106, 106).
Seuls les points o chaque type
de bactrie a limin lautre en
atteignant sa constante daccueil
sont stables.
106
106
2.106
3.106
Les modles mathmatiques et les systmes dynamiques sont un outil trs puissant
de description et parfois dexplication du rel, en particulier du vivant :
le mme type de modle peut dcrire un rseau de rgulation de gnes dans une
tumeur et un cosystme complexe de proies, de prdateurs et de ressources
alimentaires dans une rgion de la Terre.
Par leur capacit reprsenter des formes complexes et susceptibles dvoluer dans le
temps.
La capacit dun tre vivant se maintenir dans un certain tat (en bonne sant ),
ou encore la notion dhomostasie, peuvent sinterprter comme la capacit pour un
systme dynamique rester dans un certain bassin dattraction.
Le franchissement dun col (point fixe hyperbolique) peut tre positif pour un systme
dynamique :
On peut considrer que lvolution gntique conduit un organisme passer de lattracteur qui reprsentait
sa forme initiale un nouvel attracteur qui reprsente la forme volue. Il faut pour cela que le systme
franchisse un col sous leffet dun vnement qui est ici la mutation gntique.
Une autre manire de voir lvolution consiste considrer que la mutation permet
un organisme de faire voluer son systme dynamique, pour sadapter mieux son
environnement :
mais dans certains cas le paysage va changer : par exemple, un point fixe instable va
progressivement devenir de moins en moins instable, et finir par devenir stable, conduisant lorganisme
rester de manire stable dans une rgion du systme dynamique initialement anormale pour lui.
On qualifie ces changements qualitatifs de bifurcation . Cette notion permet par exemple de rendre
compte de lapparition de nouvelles espces.
un tudiant en PACES qui suit attentivement un cours de Maths ne fait-il pas voluer son systme
dynamique personnel pour voir le monde dune manire diffrente ?
Jespre par exemple avoir fait voluer votre vision des Maths : les inconnues les plus intressantes, ce ne
sont pas des nombres rels (ni mme imaginaires) mais les tres vivants eux-mmes.
Les Maths sont un outil puissant pour comprendre le vivant et agir sur la Sant !
www.medatice-grenoble.fr
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