Tcnicasgenticasaplicadas

alascienciasforenses

VctorAcuaAlonzo
LicenciaturadeAntropologaFsica
EscuelaNacionaldeAntropologaeHistoria

every contact leaves a trace

Edmond
Locard

Conceptos
Identificacinindividualyparentesco
Caractersticasde?
Basesdedatospoblacionales
Ejemplos

Conceptos

ElADNcomoevidencia

Pruebaderutinaparaidentificacinhumanaydisputas
depaternidad

PCRdealtasensibilidadobtencindeevidenciaa
partirdeescasomaterialbiolgico

Basesdedatosdeperfilesgenticos
bsquedagildecoincidenciadeperfilesgenticos
(totaloparcial)
posibilidadderesolvercasosnoresueltos(coldcases)
asignacindeunvalorestadsticoalaidentificacin

JoblingMAyGillP.2004.Encodedevidence:DNAinforensicanalysis.NatureReviewsGenetics.5:739752.

Conceptos

ElADNcomoevidencia

Laevidenciagenticadebeconsiderarseenel
marcodeotrosdatos,elpapeldelgenetistano
eshacerpresuncionesdeinocenciao
culpabilidad,sinoproveerinformacinobjetiva
aljuezojurado

JoblingMAyGillP.2004.Encodedevidence:DNAinforensicanalysis.NatureReviewsGenetics.5:739752.

Conceptos

EnlaactualidadseusanPCRmultiplexparamicrosatlites
autosmicos(amplificacinsimultneadevariosloci)

Otrosmarcadoresparausosespecficos:
SNPsautosmicos
MarcadoresdelcromosomaY(crY)
MarcadoresdelADNmitocondrial(mtDNA)

Ademsdeladeterminacindeperfilesgenticospara
identificacinydisputasdepaternidad,otrasposibles
aplicacionesdelagenticason:
Deduccindelorigen(ancestra)
Informacinfenotpica
Anlisisdeotrasespecies

JoblingMAyGillP.2004.Encodedevidence:DNAinforensicanalysis.NatureReviewsGenetics.5:739752.

Conceptos

Genomahumano

BrownTA.2002.Genomes.GarlandScience.

23ParesdeCromosomas+mtDNA
Conceptos

Ncleodelaclula
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/

Autosomas

2copias
por
clula

mtDNA

123456789101112

13141516171819202122XY
ADNnuclear

Mitocondria
(mltiplescopias)

3,200millonesbp

Cromosomas
sexuales

ButlerJM.2005.ForensicDNATyping,2ndEdition.ElsevierAcademicPress

16,569bp

ADN
mitocondrial
Variascopias
porclula

STRsautosmicos(microsatlites)
Conceptos

Fuentedevariacin:
Herenciaindependiente,recombinacinymutacin
Ventajas:
Poderdediscriminacinextremadamentealto
Desventajas:
Difcildetipificarenmuestrasdegradadas
>20milSTRs

SNPsautosmicos
Conceptos

Fuentedevariacin:
Herenciaindependiente,recombinacinymutacin
Ventajas:
Sepuedentipificarenmuestrasdegradadas
Desventajas:
Poderdediscriminacinrelativamentebajo(biallicos)
>3millonesdeSNPs

FrazerKA,etal2009.Humangeneticvariationanditscontributiontocomplextraits.NatureReviewsGenetics10,241251

STRscrY
Conceptos

Fuentedevariacin:
Slomutacin
Ventajas:
Especficodevarones,tilenmezclademuestrasdemujeryvarn
Distribucinfilogeogrficabiendefinida
Desventajas:
Poderdediscriminacinrelativamentebajo,secomparteporva
paterna,posiblesproblemasdeestructuradepoblaciones

SNPsdelADNmitocondrial
Conceptos

Fuentedevariacin:
Slomutacin
Ventajas:
Mayoresprobabilidadesintegridad
Distribucinfilogeogrficabiendefinida
Desventajas:
Heteroplasmia,Poderdediscriminacinrelativamentebajo,se
comparteporvamaterna,posiblesproblemasdeestructurade
poblaciones

Regin

Haplogrupos

frica

L0,L1,L2,L3.

Europa

H,I,J,N1b,T,U,V,W,X

Asia

A,B,C,D,G,Y,Z

Amrica

A,B,C,D,X

Variacinenelgenomahumano
Conceptos

Nuestrassecuenciassonidnticasenun99.9%(especiejoven).
Enelgenomahumanohaymsde10millonesdeSNPsy
decenasdemilesdeSTRsentreotrospolimorfismos
Estavariacinseestructuraenbloquescromosmicos(haplotipos)
de5a200Kbp
85a90%delavariacingenticaneutralseatribuyeadiferencias
entreindividuosdentrodelaspoblaciones
Elrestante10a15%sedistribuyeentregrupos
Estavariacinesmodestaperoinfluencialasdiferenciasque
existenentrelaspoblacionesrespectoacaractersticasfenotpicas

PCR

Conceptos

1920s1950sotros
polimorfismosde
grupossanguneos
yprotenas(MNSs,
Rhesus,Lewis,Kell,
haptoglobinas...)

1900

1920

Primer
polimorfismo
gentico,ABO
(Landsteiner)

Pm

Primerkit
forense
comercial
HLADQA1

1984

UsodemtDNA
yYSTRsen
UKNational
casosforenses DNADatabase

1988 1991 1992 1993 1995 1997

MultilocusDNA
fingerprint,
minisatlites
(Jeffreys)

Primeros
STRspara
identificacin
humana

Primercaso
dedesastre
masivo
(WacoTexas)

Determinacin
deperfiles
genticosa
partirdel
contactocon
objetos

<1013

0.010.001
pocosloci
pocopolimrficos
altaprobabilidaddecoincidencia

Primerkit
comercialde
STRsforenses

muchosloci
muypolimrficos
muybajaprobabilidad
decoincidencia

JoblingMAyGillP.2004.Encodedevidence:DNAinforensicanalysis.NatureReviewsGenetics.5:739752.

Conceptos
Identificacinindividualyparentesco
CaractersticasdeX
Basesdedatospoblacionales
Ejemplos

Sistemadeidentificacinmsusado:

Identificaci

CombinedDNAIndexSystem

STRbasehttp://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/

Identificaci

THO1

Multiplexde2individuos

Identificaci

STRbasehttp://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/

CaractersticasdelosSTRsseleccionadosparaid
Identificaci

Altatasademutacin
Grannmerodealelosencada
poblacin
Altaheterocigosidad
Herenciaindependiente(noligados)
Buenosmarcadoresindividuales,no
suelensermarcadoresdeancestra
Neutralesensumayora
Tetranucletidos,fcilesdeamplificar
Altopoderdediscriminacin
Probabilidadmuybajadecoincidencia
aleatoria(match)
Muchasbasesdedatos!

STRbasehttp://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/

Identificaci

Fuentesdeevidencia

Sangre
Semen
Saliva
Orina
Cabello
Diente
Hueso
Tejido
Uas
Objetosxcontacto

J.M.Butler.2005.ForensicDNATyping,2ndEdition.ElsevierAcademicPress

Pruebadeidentificacin
Identificaci

Muestradeescenadel
delitooinvestigacinde
paternidad(dubitada)

Extraccin
ADN

Biologa

Cuantificacindel
ADN

Amplificacindemltiples
marcadores

Tecnologa

Separacinydeteccindelos
productosdePCR

Determinacindelos
genotiposdelamuestra

Gentica
Comparacindelperfil
genticoconotros
resultados(muestrasde
referencia,indubitadas)

Generacindeunreportede
casoconlaprobabilidadde
coincidenciaalazar(match)
Sisedaunacoincidencia,
comparacinconbasesdedatos
poblacionales

J.M.Butler.2005.ForensicDNATyping,2ndEdition.ElsevierAcademicPress

 MatchLosperfilesgenticoscoinciden.Sereportala
significanciaestadstica.

Identificaci

Resultadosposiblesdelaprueba

Exclusin(Nonmatch)Lacomparacindegenotipos
muestrandiferenciasenelperfilgentico.
NoconcluyenteLosdatosnopermitenllegarauna
conclusin(desacuerdoentrelosexpertos,faltadedatos,etc).

J.M.Butler.2005.ForensicDNATyping,2ndEdition.ElsevierAcademicPress

 Laprobabilidaddequedosindividuosnorelacionados
compartanunperfildeDNA
Secalculaconlaregladelproductoparalaprobabilidad
conjuntadequeocurraunperfilgenticodeterminadoenuna
poblacindeterminada
Puedeaumentarenlossiguientescasos:
PerfildeADNparcialpordegradacinyreduccindel
nmerodelociinformativos
Sielsospechosoyelculpablerealtienenparentescoosi
seoriginandelamismasubpoblacin

Identificaci

Probabilidaddematch(Pm)

ParaunacorrectavaloracinestadsticadelapruebadeADNes
necesariodisponerdeunabasededatoslomsextensa
posible(N>200)quesearepresentativadelapoblacinala
quepertenecenlosindividuosquesehananalizado.

Identificaci

Basesdedatospoblacionales

Enelcasodequeexistansubgruposdepoblacinclaramente
diferenciadosesimportantequeestnincluidosenlabasede
datos

Generardatosdelapoblacinolaspoblaciones
deseadas(encasodepoblacionesmultitnicas)N>100

Determinarlasfrecuenciasallicasparacadalocus

Identificaci

Usarlafrecuenciaallicaparaestimarlararezadeun
perfilgenticoparticular
Homocigotos(p2),Heterocigotos(2pq)

Usarlaregladelproductocombinadaenvariosloci

J.M.Butler.2005.ForensicDNATyping,2ndEdition.ElsevierAcademicPress

Tablasdefrecuenciasallicas
Butleretal.(2003)
JFS48(4):908911

D3S1358

Caucasian

Allele
11

African
American

Caucasian

N=7,636

African
American

N=258

N=7,602

0.0003*

0.0017*

0.0009

Allele
11

12

0.0017*

0.0007

12

0.0045

13

0.0031

13

0.0019*

0.0077

14

0.1027

0.1240

14

0.0892

0.0905

15

0.2616

0.2690

15

0.3023

0.2920

15.2

0.0019*

0.0010

16

0.2533

0.2430

16

0.3353

0.3300

17

0.2152

0.2000

17

0.2054

0.2070

18

0.15232

0.1460

18

0.0601

0.0630

19

0.01160

0.0125

19

0.0039*

0.0048

20

0.0017*

0.0001*

15.2

N=302

Einumetal.(2004)
JFS49(6)

20

ButlerJ.M.2005.ForensicDNATyping,2ndEdition2005ElsevierAcademicPress

Frecuenciadelperfilgenticoconlos13lociSTRCODIS
AmpFlSTRIdentifiler
(AppliedBiosystems)

Perfil
16,17
17,18
21,22
12,14
28,30
14,16
12,13
11,14
9,9
9,11
6,6
8,8
10,10

TH01
D19 D3 D8
AMEL
D5

Locus
D3S1358

allele
16

VWA

D21

value
0.2533

TPOX
D13

D7

D16

FGA

allele
17

CSF
D18

value
0.2152

1in
9.17

VWA

17

0.2815

18

0.2003

8.87

FGA

21

0.1854

22

0.2185

12.35

D8S1179

12

0.1854

14

0.1656

16.29

D21S11
D18S51
D5S818
D13S317
D7S820
D16S539
THO1
TPOX
CSF1PO

28
14
12
11
9
9
6
8
10

0.1589
0.1374
0.3841
0.3394
0.1772
0.1126
0.2318
0.5348
0.2169

30
16
13
14

0.2782
0.1391
0.1407
0.0480

11

0.3212

11.31
26.18
9.25
30.69
31.85
13.8
18.62
3.50
21.28

D2

Combined
9.17 P

81 R

O
D
16,364 U
185,073 C
4,845,217 T
1005

44,818,259
1.38x109
4.38x1010
6.05x1011
1.13x1013
3.94x1013
8.37x1014

Probabilidaddecoincidenciaalazarparaesteperfilenlapoblacin
eurodescendienteeEUA:1en837trillones

R
U
L
E

Aplicacionesdelgenotipadoparaidentificacin

Identificaci

oCasosforenses
oBasesdedatosdeADN
oDesastresmasivos
oDesaparecidos
oPruebasdeparentesco
oGenealogasycasoshistricos
oIdentidaddelneascelulareshumanas
oDeteccindequimerasgenticas
oMonitoreodetrasplantes
oDeteccindetumores
oMapeodeenfermedades
oEstudiodeladiversidadhumana
Otros
Identificacindeespecies(conservacin)
Identificacindeanimalesdomsticos

STRbasehttp://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/

oCantidadeintegridaddelmaterialgentico
oContaminacin(mezcladeperfilesgenticos,inhibicinPCR)
oBasesdedatosdereferencia(estimacinprobabilstica)
oMuestrasdereferenciaparaelcaso(familiares,sospechosos...)
o$

Identificaci

Lmitesdelastcnicasgenticas

Aspectosbsicos
oTomademuestraadecuada
oCadenadecustodia
oExtraccinexitosadelmaterialgentico
oControldecalidaddetodoslosprocesosdellaboratorio
Laboratorioscertificados

Conceptos
Identificacinindividualyparentesco
Caractersticasde?
Basesdedatospoblacionales
Ejemplos

 Cuandoelperfilgenticodeunaescenadelcrimennocoincide
conningnperfildelasbasesdedatos,cualquierinformacin
quesepuedaobtenersertil:
sticas

Caracter

Caractersticas

Deduccindelorigen(ancestra)
STRsdeusoforensenosonmarcadoresdeancestraindividual
Porelcontrario,mtDNAycrYhansidoexcelentesmarcadores
defilogeografa,sinembargosuusoseraproblemticoen
poblacionesmestizas

Informacinfenotpica
STRsdeusoforensenoaportanningunainformacin
fenotpica.
USAROTRASVARIABLESGENTICAS?

Marcadoresparaestimarancestra

Caracter

AncestryInformativeMarkers
sticas

LosAIMsseseleccionanparamaximizarlasdiferencias
absolutasenlasfrecuenciasallicasentredospoblaciones
ancestrales.ElAIMidealestfijadoenunapoblacinyes
muyabundanteenotra(>60%).
Permitenrealizarestimacionesdeancestraindividual
Sloel2%delosSNPsautosmicostienevalores>60%
entrelas3grandesagrupacionescontinentales.

VLMartinezMarignac,etal2007.AdmixtureinMexicoCity:implicationsforadmixture
mappingoftype2diabetesgeneticriskfactors.HumGenet,120(6):80719.

ElcasoexcepcionaldeD9S11209ARenamerindios

WangS,etal.2007.GeneticVariationandPopulationStructureinNativeAmericans.PLoSGenet3(11):e185.

sticas

Caracter

sticas

Caracter

Marcadoresasociadosavariaciones
fenotpicas
Nosehabandescritopolimorfismosinequvocamente
asociadosparalagranmayoradelascaractersticas
fenotpicasquepodranserdeintersparadescribiral
culpabledeuncrimen(estatura,colordepiel...)

Recientementesehanidentificadoalelosasociadosa
fenotiposqueeventualmentepodranserusadosestimar
algunascaractersticas.

www.hapmap.org

Conceptos
Identificacinindividualyparentesco
CaractersticasdeX
Basesdedatospoblacionales
Ejemplos

JoblingMAyGillP.2004.Encodedevidence:DNAinforensicanalysis.NatureReviewsGenetics.5:739752.

Basesdedatos

Basesdedatospoblacionales
ENFSIDNAWGPopulationDatabase

EuropeanNetworkofForensicScienceInstitutes

http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/

STRBase
ShortTandemRepeatDNAInternetDataBase
CreatedbyJohnM.ButlerandDennisJ.Reeder
(NISTBiochemicalScienceDivision)

http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/
Revistasespecializadas:

ForensicScienceInternationalGenetics
JournalofForensicSciences

TsarNicholasIIprofile

Basesdedatos

Basesdedatos

Basesdedatos

AutosomalSNPs
70Loci(Valloneetal.2005ForensicSci.Int.149:279286.)
U.S.Caucasian(N=74)
AfricanAmerican(N=71)
U.S.Hispanic(N=44)

ASTMandAmericanAcademy
ofForensicSciences

ElsevierScience

SpringerVerlag

ElsevierScience

J.M.Butler.2005.ForensicDNATyping,2ndEdition2005ElsevierAcademicPress

Conceptos
Identificacinindividualyparentesco
CaractersticasdeX
Basesdedatospoblacionales
Ejemplos

Ejemplos

http://www.innocenceproject.org/

QudatosestndisponiblesenMxico?

Ejemplos

AmericanJournalofHumanBiology
Volume20,Issue5,Date:September/October2008,Pages:605613

IntheearlymorninghoursofJuly17,1918theroyalfamilyand
theirstaffwereledtothecellaroftheIpatievHousewherethey
werebeingheldandexecuted.
Inthelate1970s,alocalgeologist,Dr.AlexanderAvdoninwas
abletolocatethemassgravecontainingtheremainsoffiveof
thesevenmembersoftheroyalfamilyandtheirfourservants.
Inthesummerof2007,agroupofamateurarcheologists
discoveredafewbonefragmentsapproximately70metersfrom
thefirstgrave.Followinganofficialarcheologicalexcavation
conductedbyDr.SergeiPogorelov,DeputyDirectorofthe
SverdlovskRegion'sArchaeologicalInstitute,asetof44bone
fragmentsandteethwerecarefullyrecoveredfromthesite.

(..)theLRofthehypothesis(H1)thatsamples146.1and147arethe
childrenofTsarNicholasIIandTsarinaAlexandra(andsiblingsof
thethreeprincessesfromgraveone)comparedtothealternative
hypothesisthatthesesamplesareindividualscompletelyunrelated
totheRomanovfamily(H2),wefoundthattheDNAevidenceis4.36
trilliontimesmorelikelyifsample147isadaughterofTsar
NicholasIIandTsarinaAlexandra,andover80trilliontimes
morelikelyifsample146.1isasonofTsarNicholasIIand
TsarinaAlexandrathanifthesesampleswerefromtwo
unrelatedindividuals.

the little things are infinitely the most

important

Sherlock Holmes