Leccin 3

Naturaleza y estructura del material

gentico
Demostracin de la naturaleza del material gentico
en bacterias y virus.
El ARN puede ser el material gentico de algunos
virus.
Los priones.
La estructura del material gentico.
Conformaciones alternativas y triple hlice.
Secuencias de ADN en los genomas de procariotas
y eucariotas
M. A. Fernndez Peralta
J.J. Gonzlez Aguilera

Naturaleza del material

gentico

Streptococcus pneumoniae

El ADN es el material gentico en bacterias

Experimentos de Griffith (1928)
S - strain
Cpsula de polisacridos

S, virulentas

Streptococcus pneumoniae

R - strain

Ausencia de
cpsula de polisacridos

R, no virulentas

Experimentos de Griffith (1928)

Experimentos de Griffith
Descubrimiento de la transformacin bacteriana
IIR

(Tipo serolgico II)

Transformacin

IIIS
(Tipo serolgico III)

IIIS
vivas

principio transformante en el extracto de las S muertas

Experimentos de Grifftith et al. :

demostracin de la naturaleza del material gentico en bacterias

Cepa S

Cepa R

D
R-II

+
S-III

S-III

principio
transformante en el S-III
extracto de las S
muertas

Identificacin del principio transformante

1944: Oswald Avery, C. MacLeod, M. McCarty

1944: Oswald Avery, C. MacLeod, M. McCarty

Identificacin del principio transformante
cepa S
Aislamiento de los componentes mayoritarios del extracto de las bacterias S muertas
Protenas

Polisacridos

Lpidos

ARN

ADN

Clulas R vivas

Se liga la informacin gentica virulencia al ADN

Descubrimiento del ciclo biolgico de los virus (Luria & Delbruck)

Demostracin de la naturaleza de su material gentico (Hershey y Chase)
Antecedentes: Delbruck, Luria etc y
la biologa de los bacterifagos

Chase & Hershey (1952)

1952

El ADN es el material gentico en virus

1952: Experimentos de Alfred Hershey y Martha Chase

Elementos bacterifagos T par (T2, T4..)

Vista del fago T4 al microscopio electrnico

Demostracin de la naturaleza del material gentico en virus bacterifagos.

+
1.
2.
3.

Ciclo de vida los bacterifagos

Se adsorben especficamente a las paredes de las bacterias receptoras a
travs de sus fibras
introducen alguno de sus elementos constitutivos (DNA o protenas)
al cabo de unos minutos se pueden recoger nuevas progenies de
bacterifagos despus de la lisis bacteriana.

Por tanto, lo que entrase dentro de la bacteria receptora

tendra que ser el material gentico

Demostracin de la naturaleza del material gentico en virus bacterifagos.

35S

Radiactividad
fuera de la
bacteria

32P

Radiactividad
dentro de la
bacteria

lo que entra dentro de la bacteria receptora es el ADN del fago

El ARN puede ser tambin el material gentico en algunos

virus (TMV, retrovirus, reovirus etc.)

TMV

1955:Fraenkel-Conrat y Williams: reconstitucin

in vitro de TMV previa separacin de sus
componentes (cpside y ARN)
1956: A Gierer y G. Schramm: inoculan plantas
de tabaco con ARN del TMV y recuperan virus
completos
1957: H. Fraenkel-Conrat & B. Singer: virus
hbridos herencia en los virus reconstituidos
depende del tipo de RNA

El ARN puede ser tambin el material gentico en algunos

virus (TMV, retrovirus, reovirus etc.)
1955:
H.
Fraenkel-Conrat
y
Williams: reconstitucin in vitro de
TMV, previa separacin de sus
componentes: la cpside y el ARN
El TMV tiene una cpside cilndrica formada
por 2.130 capsmeros, siendo todos los
capsomros idnticos y estando constituidos
cada uno de ellos por un polipptido de 158
aminocidos de longitud.
Dichos
capsmeros
estn
dispuestos
helicoidalmente dejando en el centro de la
cpside un hueco donde se aloja el ARN de una
sola hlice y 6.400 ribonucletidos de longitud.

El ARN material gentico en algunos virus (TMV, .)

1957: H. Fraenkel-Conrat & B. Singer: reconstitucin de virus hbridos

El ARN material gentico en algunos virus (TMV, .)

1957: H. Fraenkel-Conrat & B. Singer: reconstitucin de virus hbridos
la herencia en los virus reconstituidos depende del tipo de RNA

El ARN material gentico en algunos virus (TMV, .) ..

1956: A Gierer y G. Schramm: inoculan plantas de tabaco con ARN del
TMV, producindose la infeccin, y recuperan virus completos

Y los priones?
El material gentico es siempre ADN o ARN pero hay protenas infectivas
responsables de la transmisin de algunas enfermedades infecciosas.: Las
partculas proteicas infectivas, (PiP o priones) son la versin mutada de
una protena normal del individuo.

Una protena externa modificada es el

agente transmisible responsable de las
encefalopatas espongiformes (TSEs)
Los priones son unas protenas que
desencadenan una serie de plegamientos
errneos en otras protenas.

Y los priones?
Encefalopatas spongiformes transmisibles (TSE):
Scrapie (tembladera) de las ovejas y las cabras. Los animales afectados por la
enfermedad sufren temblores y fuertes pruritos. El anlisis post-mortem del cerebro muestra
espongiosis (vacuolas pticamente vacias en el tejido nervioso).
BSE (mal de las vacas locas). Enfermedad degenerativa cerebral de las vacas que se
presenta en animales de 4 y 5 aos de edad, en forma de incoordinacin motora, ataxia
(inestabilidad), y apata en el animal, produciendo la muerte antes de 6 meses.
Enfermedad de Creutzfeldt-Jakob (CJD): demencia presenil descrita a principios del siglo
XX. Clasificada como enfermedad degenerativa del sistema nervioso, tambin result ser de
carcter transmisible (1968).
Kuru (escalofrio): enfermedad fatal del SN que afecta de modo epidmico a la tribu de los
Fore (Nueva Guinea)(C.Gajdusek, aos 20)
Enfermedad de Gerstmann-Straussler-Scheinker (GSS), Insomnio Fatal Familiar (FFI),
sndrome de Alpers,.

Enfermedades vricas lentas???

Encefalopatas spongiformes transmisibles (TSE)
Las TSE causaron gran desconcierto entre la comunidad mdica, por su
heterogeneidad de comportamiento y distribucin muy diferentes 90% de
los casos de CJD son espordicos, el kuru es infeccioso y GSS es una
enfermedad gentica. En cuanto a la distribucin, el kuru es endmico de
varias aldeas (la tribu de los Fore) de Nueva Guinea (principalmente de
mujeres y nios), mientras que scrapie presenta una amplia distribucin..

El Kuru: Enfermedad gentica, infeccin por virus lentos,?

Los primeros investigadores creyeron, errneamente, que se trataba de un desorden gentico
hereditario (mutacin que pasaba a la descendencia) tena tendencia a ocurrir en miembros
de una misma familia (Lindenbaum, 1979). El kuru era demasiado comn y demasiado fatal
por lo que se descart la posibilidad de enfermedad gentica, pues reducira drsticamente la
eficacia biolgica y tarde o temprano desaparecera del pool gnico. Simplemente, las vctimas
no tenan tiempo de reproducirse para transmitir el gen patolgico a la descendencia. Se
buscaron, entonces, otras explicaciones para el origen de la enfermedad (Enfermedad
infecciosa rara VIRUS LENTOS).

Los estudios de Gadjusek (1966) con

chimpancs inyectados con materia cerebral
de una vctima indujeron a creer que el
agente causal era un Virus lento (los
chimpancs desarrollaban una enfermedad
similar al kuru despus de un perodo de
incubacin largo). Este autor defini un
virus lento como el causante de una
enfermedad viral con un perodo de
incubacin anormalmente largo (Gadjusek et
al., 1966). En los Fore, el kuru tena un
perodo de incubacin mnimo de dos aos y
mximo de 23 aos (Lindenbaum, 1979).

Encefalopatas spongiformes transmisibles (TSE)

Descubierto el carcter infeccioso de muchas de estas enfermedades,
los investigadores se lanzaron a la bsqueda del agente infeccioso.

Encefalopatas Subagudas Espongiformes que se atribuan a

Infecciones Vricas Lentas

En humanos:
Kuru
CJD espordico y familiar
Alzheimer familiar, sndrome GSS,

En Animales:
Scrapie en ovejas y cabras
TME (encefalopata espongiforme del visn), etc.

Debido a sus manifestaciones histolgicas, las enfermedades atribudas a

virus lentos se clasificaron como encefalopatas vricas subagudas
espongiformes( TSE) .
Caractersticas:
La lesin neurohistolgica bsica en todas es una progresiva formacin
de vacuolas en dentritas, axones y cuerpos de neuronas.
Ausencia de respuesta inflamatoria en el cerebro No hay respuesta
inmune alguna frente a los atpicos agentes infecciosos.
Imposibidad de reconocer las estructuras vricas en secciones de
cerebro observadas al microscopio electrnico.

Los virus lentos o virus scrapie

Algunas Propiedades Fsicas y
Qumicas de los Agentes
Infecciosos
no Convencionales

Propiedades Biolgicas

Resistencia a:
- Formaldehido
- EDTA
- Proteasas (Tripsina, pepsina)
- Nucleasas (Ribonucleasas A y III, Desoxiribonucleasa I)
- Calor (80C)
- Radiacin ultravioleta (2540)
Invisibles al microscopio electrnico

Larga incubacin (meses, aos, decadas)

No producen respuesta inflamatoria
Patologa crnica progresiva
Fatal en todos los casos
Carecen de estructuras visibles al
microscopio electrnico
No antignicos
Carecen de cuerpos de inclusin
Presencia de cido nucleico no
demostrada.

El desconcierto aument a medida que se descubran las peculiares

propiedades del nuevo agente infeccioso. A nivel bioqumico, se observ una
inslita resistencia a diversos agentes desnaturalizantes de cidos
nucleicos. Para mayor sorpresa, adems, en el organismo hospedador no se
descubrieron los signos inflamatorios ni la respuesta inmune que
generalmente se producen en enfermedades infecciosas.

Los priones
En 1982, Standley Prusiner descubri y aisl las partculas
proteicas infecciosas responsables de las TSE y les asign el
nombre de PRION (PrP) (Proteinaceous infectious particle) .
Y en los 90 llegaron
las vacas locas

BSE

.y la posible transmision al hombre

de la BSE como una vCJD..
Variant Creutzfeldt-JaKob Disease (vCJD)
Es una enfermedad humana neurodegenerativa rara y fatal. Es una Encefalopata Espongiforme
Transmisible (TSE) debido a la degeneracin esponjosa caracterstica del cerebro y su capacidad para ser
transmitida.
La vCJD es una nueva enfermedad descrita en marzo de 1996: En contraste con las formas
tradicionales de CJD, la vCJD tiene diferentes caractersticas (edad pacientes, duracin enfermedad, etc..) y
se relaciona con la exposicin (por alimento) a una TSE del ganado llamada Encefalopata Espongiforme
Bovina (BSE).

Variant Creutzfeldt-JaKob Disease (vCJD)

Antes de la identificacin de la variante de CJD, la CJD exista en slo tres formas:
Casos espordicos ( 85-90 %), de causa desconocida, ocurren en todo el mundo a razn de
aproximadamente uno por milln de personas.
Casos familiares mutacin en el gen responsable (5-10 % de todos los casos de CJD).
Casos iatrognicos (menos del 5 %): transmisin casual del agente causativo va equipo quirrgico
contaminado o a consecuencia de transplantes de crnea o de duramadre o la administracin de
hormonas de crecimiento derivadas de glndula pituitaria.
Incidencia de la vCJD
Desde octubre de 1996 se han referido ms de 200 casos (principalmente en Reino
Unido). Los cientficos no pueden hacer muchas predicciones sobre el nmero futuro de
casos de vCJD, pues se desconocen an datos tan necesarios como modo y cantidad de
exposicin al patgeno, ruta de transmisin y perodo de incubacin. Las medidas tomadas
para eliminar las fuentes potenciales de exposicin al agente de la enfermedad han ayudado a
minimizar la futura exposicin potencial al agente y limitar la futura incidencia casos de vCJD.
Transmisin
El agente causal de la Encefalopata Espongiforme Bovina causa la vCJD en humanos,
que se desarrolla a consecuencia del consumo de productos contaminados con tejido
procedente del sistema nervioso central del ganado infectado por BSE (adems de cierta
predisposicin gentica).
Aunque actualmente es imposible evaluar la amplitud de dicha epidemia, slo en el Reino Unido la cifra de
afectados podra llegar a 80.000 casos. Las estadsticas cifran en casi 900.000 el nmero de bovinos en fase
de incubacin de BSE que pasaron a la alimentacin humana, en el Reino Unido, antes de marzo de 1996.

Los priones

PrPc
PrPc

PrPsc
PrPsc

Conformaciones alternativas de una protena prin (partcula protica

infectiva): la conformacin sc es la proteina Scrapie responsable de
causar el prurito lumbar en ovejas y cabras. En rojo, las sustituciones de aa
que pueden provocar el cambio conformacional.

Los priones
A mediados de los aos 80 se observ que PrP es
una protena del hospedador.
Poco despus se descubri la existencia de dos tipos
de protenas PrP distintas, y una de ellas (la PrPsc)
es la causante de las TSE.
La comprobacin de que ambas protenas poseen
igual
secuencia
pero
distinta
conformacion
tridimensional caus gran desconcierto entre la
comunidad cientfica.
Adems, las PrP anormales (PrPsc) parecen capaces
de inducir el replegamiento anmalo de las PrP
normales existentes en los organismos sanos.
Ambos resultados estn en contradiccin con el
Dogma Central de la Biologa.

Los priones

Dogma Central de la Biologa, J.Monod (1970)

La secuencia de amino cidos o estructura primaria de la protena
determina de manera unvoca el plegamiento de la protena para
adoptar su estructura terciaria. Es decir, entre las miles de
configuraciones tridimensionales en principio posibles, slo se adopta
una.
Todas las formas de vida, desde los virus hasta las plantas y los
animales superiores, transmiten sus caracteres a las siguientes
generaciones a travs del DNA (excepcionalmente RNA).
Es decir, el flujo de informacin es en todos los casos: DNA mRNA
Secuencia Aminoacidos Estructura Tridimensional Protenas.

La teora de los priones de Prusiner supone la existencia de dos

plegamientos para una nica secuencia de aminocidos.
El replegamiento de la PrP normal por accin de la PrP
patolgica, implica un flujo de informacin de una
protena a otra a nivel de estructura terciaria.

Origen de PrPsc

Tanto PrPc como PrPsc son codificadas por el gen PRP (y no por un
hipottico cido nucleico de la partcula infecciosa, como se esperaba).

El producto del gen PRP es una protena celular proteasea-sensible de

33-35 kD. La protena PrP est muy conservada en diversas especies,
incluyendo humanos, ovejas, ratones, hamsters, Drosophila y bvidos.
Los residuos 113 hasta 128 son los ms conservados.

Es posible distinguir entre dos formas de la

protena PrP, una presente en organismos
sanos y otra presente en organismos
enfermos. Estas formas proteasa-sensible y
proteasa-resistente de la protena PrP se
denominaron PrPsen (o PrPc celular) y
PrPres (o PrPsc scrapie), respectivamente.
(Hay alelos de PRP que producen protenas
PrPc ms susceptibles o ms resistentes a la
modificacin mediada por la infeccin con
PrPsc?) .

Origen de PrPsc
Se da por supuesto que PrPsc es un derivado
post-traduccional de PrPc. (Un splicing
alternativo es improbable por estar la secuencia PrPc
codificadora de PrPc (ORF) contenida en un
nico exn en la mayoria de las especies
examinadas).
El mecanismo de transformacin infectiva de
PrPc en PrPsc sigue constituyendo una
incgnita.

PrPsc

No olvidar que adems de las formas transmisibles infecciosas estas

enfermedades puede tener contrapartidas hereditarias, cuando se
hereda el gen mutado (que produce directamente PrPsc) y espordicas
(las formas ms frecuentes), de etiologa desconocida en su mayora,
aunque en un pequeo porcentaje estn originadas por mutacin
somtica

Conversin de PrPc en PrPsc

Se han propuesto diversas hiptesis:
1. Segn Prusiner, por interaccin directa entre una
molcula de PrPc y una de PrPsc. PrPsc inducira la
conversin de PrPc en una segunda molcula de PrPsc,
copia idntica de la primera. Los heterodmeros actuaran
como intermediarios de replicacin en la sntesis de PrPsc.
Sin embargo, an no se han detectado agregados de
PrPc-PrPsc.
2. La modificacin estructural podra ser el resultado de un
proceso de polimerizacin en cadena, iniciado por la
PrPsc inoculada que actuara como cristal iniciador. El
modelo de semilla o ncleo consta generalmente de 6
unidades de PrP.
3. Una modificacin qumica post-traduccional.
4. Existencia de otros elementos ajenos a la protena PrP
que, en presencia de PrPsc, interferiran con PrPc
induciendo su cambio conformacional.

Mecanismo infectivo de los priones

REACCIN EN CADENA

Modelo de Prusiner

no se han detectado

Mecanismo infectivo de los priones

no se han detectado

Conversin de PrPc en PrPsc

RNA
molecules
stimulate
prion
protein
conversion
N.R.
DELEAULT,
A.W. LUCASSEN & S.
SUPATTAPONE.
Nature

425:717-720 (2003):
Se requiere un RNA
como armazn para la
amplificacin in vitro
del PrPsc??

Varias lneas de evidencias apoyan modelo de infeccin

slo de protena:
1.Para la infectividad no es necesario ningn cido
nuclico: El material infeccioso scrapie no es susceptible a la radiacin
ultravioleta y a la ionizante:

Resistencia de la infectividad a agentes que modifican o daan cidos nucleicos,

pero la infectividad es susceptible (parcialmente) a reactivos que destruyen
protenas.
Fracaso en identificar un cido nucleico especfico scrapie en preparaciones de
priones o de tejidos infectados usando una amplia variedad de tcnicas sofisticadas.

2. La protena PrPsc se asocia con la infectividad

scrapie:
La purificacin de extractos infectivos scrapie originan preparaciones muy
enriquecidas en PrPsc
la purificacin de PrPsc causa el enriquecimiento de la actividad scrapie

3. La susceptibilidad del huesped a la infeccin por prin

es co-determinada por el inculo de prin y el gen PrP:
El tiempo de incubacin de la enfermedad vara entre lneas de ratn: Gen PrP
algunas formas de PrPc se convierten ms fcilmente en PrPsc que otras.
Entre especies los priones se transmiten mal la enfermedad se desarrolla tras un
perodo de incubacin muy largo o mltiples inculos.

Esta barrera interespecfica

puede vencerse introduciendo
un PrP transgen del donante de
priones. As, PrPc de hmster,
pero no PrPc murino, es un
buen
sustrato
para
la
conversin a PrPsc de hmster
por los priones del hamster y
viceversa:

4. El gen mutado puede causar susceptibilidad a la

enfermedad sin infeccin aparente:
La homocigosidad en la posicin aminoacdica polimrfica 129 de la protena PrP
predispone a un individuo a una CJD adquirida y espordica.
Dos familias diferentes GSS tenan la misma doble mutacin 178 D-N; 200 E-K.
La enfermedad est estrechamente ligada a una mutacin P-L en posicin 102 en
algunos casos GSS familiares. 100 controles no tuvieron esta mutacin, ni tampoco
15 victimas of CJD espordica.
Otros casos familiares han mostrado que llevan la mutacin anterior u otras
mutaciones del gen, y por tanto de su protena: p.ej. 117-A-V; 198 F-S; N178; V129
= CJD; N178 M129 = FFI
Una explicacin gentica consiste en que estas mutaciones potencian la
tasa de conversin espontnea de PrPc a PrPsc, lo que permite la
manifestacin de la enfermedad dentro del periodo de vida de un individuo
= Algunos casos espordicos pueden ser explicados por mutacin
somtica del gen PrP.
Otra explicacin alternativa consiste en que estas mutaciones confieren
mayor susceptibilidad a una posterior infeccin

Tratamiento y prevencin de las encefalopatas

espongiformes transmisibles (TSE)

Origen, tratamiento y prevencin de las encefalopatas

espongiformes transmisibles (TSE)
El el 90% de los casos de CJD son espordicos (etiologa desconocida o
mutacin somtica en el gen PRP), el kuru es de naturaleza infecciosa (por
canibalismo) y GSS presenta un comportamiento gentico clsico (herencia
de una mutacin en el gen PRP en familias). Una vez que comienza
clnicamente una TSE no existe tratamiento. nicamente se ha erradicado
(casi) el kuru endmico de los Fore (Nueva Guinea), al suprimirse las
prcticas canbales..

La estructura del
material gentico

Al hidrolizar el ADN se descompone en tres partes:

BASE NITROGENADA + AZUCAR (PENTOSA) + GRUPO FOSFATO
Bases

Nuclesidos (base +

Nucletidos (nuclesido + fosfato)

azcar)

Ribosa/Desoxiribosa

Monofosfato

Difosfato

Trifosfato

Adenina

Adenosina/
Desoxiadenosina

AMP /dAMP
(cido adenlico)

ADP/dADP

ATP/dATP

Guanina

Guanosina/
Desoxiguanosina

GMP/dGMP
(cido guanlico)

GDP/dGDP

GTP/dGTP

Citosina

Citidina/ Desoxicitidina

CMP/dCMP
(cido citidlico)

CDP/dCDP

CTP/dCTP

Timina

Timidina/ Desoxitimidina

TMP/dTMP
(cido timidlico)

TDP/dTDP

TTP/dTTP

Uracilo

Uridina/ Desoxiuridina

UMP/dUMP
(cido uridlico)

UDP/dUDP

UTP/dUTP

Purinas

Pirimidinas

Bases raras:
RNA transferente : dihidrouridina, pseudouridina, ribotimidina, cido 7-metilguanlico,
cido 2-O-metilguanlico y cido 2-O-metilcitidlico
Bacteriofagos: 5-hidroxi-metil-citosina
Modificaciones epigenticas: 5-metil-citosina

Las bases nitrogenadas de los cidos nucleicos

Anillo Pirimidnico
+
imidazol

Anillo pirimidnico

Azcares, nuclesidos y nucletidos.

5

Ribosa

HOCH2

NH2
OH

4 C

C 1
H

H
3 C

C 2

OH

4 C

5
OH
O

4 C

C 1

C
O

C 1
H

H
H

3 C

C 2

OH

OH

H
H

OH

3
2

H
O

CH2

OH
O

3 C

C 6

5
O-

HOCH2

C 2
H

Nuclesido (citidina)
Nucletido (cido citidlico)

2-desoxirribosa

Elementos bsicos del ADN: nucleosidos y nucletidos

DINUCLETIDOS

POLINUCLETIDOS

Cadena polinucleotdica: polaridad

O
O-

P
O

Timina

CH2

4 C

O
C 1

C 2

H
O
O-

P
O

5
OH
CH2

Adenina
O

4 C
H
O

C 1

C 2

Guanina

OH

O-

P
O

CH2
4 C

O
H

3 C
OH

H
C 2
OH

C 1
H

Estructura del material gentico: 1952: Modelo de la doble hlice

James D. Watson

Francis Crick

LA DOBLE HLICE DE ADN

ANTECEDENTES

Erwin Chargaff demostr la existencia de una correspondencia

1:1 entre purinas y pirimidinas (equimolaridad)

Composicin de algunos ADN en % de bases

Leyes de Chargaff
[Purinas]=[Pirimidinas]
[T]=[A] ; [G]=[C]
[T + A] / [G + C] 1

ANTECEDENTES

LA DOBLE HLICE DE ADN

Cristalgrafos rayos X

Maurice H.F. Wilkins

Rosalind Franklin

Patrn de difraccin de un haz de

rayos X pasado a travs de un
cristalino

LA DOBLE HLICE DE ADN

El modelo de la doble hlice:
dos cadenas antiparalelas 5 3 / 3 5(5P3OH y la otra 3OH-5P )

doble hlice dextrgira (agujas reloj)

complementariedad A=T; GC
James J. Watson (1928 -)

enrollamiento plectonmico (como los cabos de una

cuerda)

1. Encaja con dimensiones

estructura helicoidal

cristalogrficas:

2. Puentes de H termodinmicamente estables

explicando Ley de Chargaff
3. Explica cambios fisico-qumicos (P. de H. =
despus desnaturalizacin etc.)
Francis Crick (1916 -2004)

4. Rene los requisitos para ser el material

hereditario (en ncleo, replicacin etc.)

LA DOBLE HLICE DE ADN

http://ciber-genetica.blogspot.com/2010/09/james-watsonnarra-como-descubrio-la.html
LAS PUBLICACIONES ORIGINALES

La doble hlice
3OH
T

O
O

C
G
O

O
C

O
5C

3OH

10 nucletidos
por vuelta de
hlice

O
G

Surco
menor

5C

Surco
mayor

complementariedad A:T; G:C

La doble hlice
lleva implcito un
modelo de
replicacin
semiconservativo

hlice dextrgira
enrollamiento plectonmico

dos cadenas antiparalelas

5 3 / 3 5

CONFORMACIONES ALTERNATIVAS
B

11 nucl/vuelta

3.4 A

2.7 A

EL

levgira

DNA A: alta salinidad y

deshidratacin: RNA doble e
hbridos DNA/RNA (11 nucl / vuelta)
El DNA Z:
1.- 12 nucl / vuelta
2.- levgira
3.- armazn azucar fosfato en zig-zag
4.-.-Alternancia purinas -pirimidinas
5.- Metilacin CpG
6.-Relacionado con la expresion gnica
Zhao, 2001: parte de la secuencia reguladora de
un gen del sistema inmune se pliega en
estructura Z antes de que el gen sea
activado.

Otras formas dextrgiras: ADN-C, -D y -E.

El ADN-P (estirado artificialmente)

Alternancia DNA B-Z mecanismo de control

de la expresin gentica, al impedir la
interaccin con factores de regulacin que slo
reconocen la configuracin B, o por la unin de
protenas especficas al DNA-Z metilado
En la configuracin Z las posiciones N7 y O8
de la guanina quedan expuestas con mayor
facilidad al ataque de compuestos qumicos
mutagnicos capaces de alquilar alguna de esas
posiciones (nitrosaminas, nitrosourea etc.).

Las uniones entre ADN-B y ADN-Z

(Richard R. Sinden, Nature Vol 237, Octubre 2005)

BACTERIFAGOS X174 y M13

MONOCATENARIOS

Hlice triple de DNA

ADN-H
Artificial
(Rich, Davies & Felsenfeld)
pero tambin natural?
T-A-T; C-G-C
. Regin control DNAmt
.Telmeros? Cuadruplexo?
.Localizacin de secuencias
Interferencia por RNA?
. Etc.

Organizacin de las
secuencias de ADN en
los cromosomas

Desnaturalizacin del ADN

a
DOcadena sencilla

DO260
DOcadena doble

Tm
La estructura bicatenaria del ADN pasa a dos cadenas ADNss mediante su desnaturalizacin
(fusin o melting) por calor, pHs extremos, bajando constante dielctrica del medio, etc.
Consecuencias de la desnaturalizacin: -disminucin de viscosidad, -aumento de densidad de
flotacin (el DNAss es ms pesado), y -aumento de absorbancia lumnica a 260 nm (efecto
hipercrmico), DNAds se retiene en columnas de hidroxiapatita que dejan pasar DNAss.

Cinticas de desnaturalizacin del DNAds de diferentes organismos permite

determinar el punto medio de la reaccin (Tm o temperatura de melting), y
sacar conclusiones a cerca del mayor contenido de las muestras en pares GC
(Tm ms elevada) o en pares AT
(Tm inferiores), o comparar entre
organismos utilizando como
patrn E. coli

Renaturalizacin del ADN

Si se invierten las condiciones del tratamiento del ADNss se puede restaurar la
mayora del DNA bicatenario RENATURALIZACIN DEL ADN.

Renaturalizacin
Bajar T

La renaturalizacin se ajusta a una cintica de

segundo orden definida por la ecuacin
C/Co = 1/ (1+ kCot),
donde C (moles de nucletidos/litro) es la
concentracin de ADNss en el tiempo t
(segundos), Co es la concentracin inicial en el
tiempo 0 (to), y k es la constante de segundo
orden que se deduce empricamente.
Cot1/2

b
1

C/Co = 1/ (1+ kCot),

Los valores Cot oscilan entre 10-4 y
104, y se representan en escala
logartmica.

C/C0
0.5

0
10-4

10-3

10-2

10-1

100

101

102

Cot (mol . s . L-1)

Cintica de renaturalizacin del ADN.

El tiempo necesario para que reasocie
la mitad del DNA (Cot 1/2) debera ser
proporcional al tamao del genoma
El Cot1/2 de cada reaccin indica la longitud
de las secuencias que estn presentes

Los
genomas
ms
pequeos
tendran
tasas
medias
de
renaturalizacin ms pequeas y las
cinticas de renaturalizacin tendran
grficas de una sola pendiente.

Cinticas de renaturalizacin del ADN

Las cinticas de renaturalizacin de los genomas eucariticos son mucho ms
complejas al tener secuencias repetidas de DNA, y su representacin grfica
puede llegar a tener tres pendientes (cada una en un intervalo de 102 de Cot).
Altamente

El Cot1/2 de una reaccin puede indicar c

la longitud de las secuencias que estn
presentes: para que los datos de
1
comparaciones (intragenmicas e
intergenmicas) sean realmente
comparables hay que homogeneizar el C/C
0
0.5
tamao de los fragmentos (250-450pb)
y renaturalizar cantidades definidas de
ADN (pg)

repetidas

Moderadamente

No repetidas

repetidas

COMPLEJIDAD DEL
GENOMA (bp) y comparativa
de complejidades genmicas

10-4

10-3

10-2

10-1

100

101

102

103

104

Cot (mol . s . L-1)

Cinticas de renaturalizacin del ADN

Especie con 7 secuencias
nicas diferentes

Especie con 1 secuencia

repetida 7 veces

Igualdad de tamaos
genmicos

Cada secuencia nica tarda ms tiempo

en encontrar a su complementaria .
Velocidad de renaturalizacin baja.
Valor de Cot alto.

La secuencia repetida tarda poco tiempo

en encontrar a su complementaria .
Velocidad de renaturalizacin alta.
Valor de Cot bajo.

Cintica de reasociacin
Las curvas Cot de
organismos
eucariontes con
diferentes tipos de
secuencias, poseen
varios puntos de
inflexin. Cada uno de
ellos correspondiente
a un tipo de
secuencias (nicas,
moderadamente
repetidas, y altamente
repetidas).

No repetido
Secuencia nica

Moderadamente
repetido
Altamente
repetido

Palindrmico

COMPLEJIDAD DEL
GENOMA (bp)

Sequence content of the human genome

Class

copy
number

"Single copy
sequence"

distribution
Throughout the euchromatin

50%
10%

25%

Low copy
number
repeat

2 - 20

Throughout the euchromatin (perhaps

the Y chromosome has more than its
fair share?)

Moderately
repeated
DNA

approx.
500

Scattered in single copies throughout

the entire genome

Highly
repeated
DNA

percentage of
the human
genome

Clustered in heterochromatin, as
10,000 - satellite DNA but also interspersed
500,000 throughout the genome for instance as
Alu repeats.

15%

GENOMA HUMANO
Science Feb. 16, 2001
(Celera Genomics)

Nature Feb. 15, 2001

(Human Genome Project)

Tipos de secuencias
de ADN en el genoma
humano

Genoma Humano
Mitocondrial 16,6 Kb

Nuclear 3000 Mb

Secuencias poco o nada repetidas

Secuencias moderada o altamente repetidas

70 %

30 %

Secuencias
gnicas

Secuencias
extragnicas

10 %

90 %

Secuencias
codificantes

Secuencias
gnicas nocodificantes

Secuencias
de ADN
espaciador

Secuencias
gnicas

Familias
multignicas

Secuencias
extragnicas
Repeticiones en
heterocromatina
centromrica
Transposones

Pseudogenes

Fragmentos
gnicos

Intrones,
UTRs etc.

Secuencias
repetidas en
tndem

GENOMA HUMANO
30.000 genes (aprox)
gen: secuencia de ADN con informacin
para la sntesis de una protena

Secuencia nica

GENOMA HUMANO
Diferentes tipos de secuencias

Tipos de secuencias
de ADN en el genoma
humano

Genoma Humano

Nuclear 3000 Mb

Mitocondrial 16,6 Kb

Secuencias poco o nada repetidas

Secuencias moderada o altamente repetidas

70 %

30 %

Secuencias
gnicas

Secuencias
gnicas

Secuencias
extragnicas

10 %

90 %

Secuencias
codificantes

Secuencias
gnicas nocodificantes

Secuencias
de ADN
espaciador

Familias
multignicas

Secuencias
extragnicas
Repeticiones en
heterocromatina
centromrica
Transposones

Tipos de secuencias
de ADN en el genoma
humano

Genoma Humano

Nuclear 3000 Mb

Mitocondrial 16,6 Kb

Secuencias poco o nada repetidas

Secuencias moderada o altamente repetidas

70 %

30 %

Secuencias
gnicas

Secuencias
extragnicas

10 %

90 %

Secuencias
codificantes

Secuencias
gnicas nocodificantes

Secuencias
repetidas en
tndem

Intrones,
UTRs etc.

Fragmentos
gnicos

Pseudogenes

Secuencias
de ADN
espaciador

Secuencias
gnicas

Familias
multignicas

Secuencias
extragnicas
Repeticiones en
heterocromatina
centromrica
Transposones

Pseudogenes

Fragmentos
gnicos

Intrones,
UTRs etc.

Secuencias
repetidas en
tndem

GENOMA HUMANO
Genoma Humano
Nuclear 3000 Mb

Mitocondrial 16,6 Kb

Secuencias poco o nada repetidas

Secuencias
gnicas

90 %

Secuencias
gnicas nocodificantes

Secuencias
de ADN
espaciador

Familias
multignicas

Secuencias
extragnicas
Repeticiones en
heterocromatina
centromrica
Transposones
Secuencias
repetidas en
tndem

Intrones,
UTRs etc.

Fragmentos
gnicos

Pseudogenes

Secuencias
gnicas

Secuencias 70 %
extragnicas

30 %

10 %
Secuencias
codificantes

Secuencias moderada o altamente repetidas

Familias
multignicas de
genes dispersos
- actina (5-30)
- keratina: > 20
- Histonas: 100-1000
- globinas
- PSEUDOGENES

GENOMA HUMANO
Genoma Humano
Nuclear 3000 Mb

Mitocondrial 16,6 Kb

Secuencias poco o nada repetidas

30 %

Secuencias
gnicas

10 %
Secuencias
codificantes

Pseudogenes

Secuencias moderada o altamente repetidas

Secuencias 70 %
extragnicas
90 %

Secuencias
gnicas nocodificantes

Fragmentos
gnicos

Familias de genes en
tandem:
- NOR (250)
- tRNA (10-100)
- histonas

Secuencias
de ADN
espaciador

Secuencias
gnicas

Familias
multignicas

Secuencias
extragnicas
Repeticiones en
heterocromatina
centromrica
Transposones

Intrones,
UTRs etc.

Secuencias
repetidas en
tndem

Tipos de secuencias
de ADN en el genoma
humano

Genoma Humano

Nuclear 3000 Mb

Mitocondrial 16,6 Kb

Secuencias poco o nada repetidas

Secuencias moderada o altamente repetidas

70 %

30 %

Secuencias
gnicas

Secuencias
gnicas

Secuencias
extragnicas

10 %

90 %

Secuencias
codificantes

Secuencias
gnicas nocodificantes

Secuencias
de ADN
espaciador

Familias
multignicas

Secuencias
extragnicas
Repeticiones en
heterocromatina
centromrica
Transposones

Tipos de secuencias
de ADN en el genoma
humano

Genoma Humano

Nuclear 3000 Mb

Mitocondrial 16,6 Kb

Secuencias poco o nada repetidas

70 %

30 %

Secuencias
gnicas
10 %

Secuencias
codificantes

Secuencias
extragnicas
90 %

Secuencias
repetidas en
tndem

Intrones,
UTRs etc.

Fragmentos
gnicos

Pseudogenes

Secuencias moderada o altamente repetidas

Secuencias
gnicas

Retrotransposones

Secuencias
Copia
en Drosophila Familias
(5 Kb)
Secuencias
de ADN
en levaduras multignicas
gnicas no- Tyespaciador
codificantes LINEs
1-5 kb
20000-40000 copias)

SINEs
Pseudogenes

Fragmentos
gnicos

Alu
(200 nuc, 5% genoma)
Intrones,
UTRs etc.

Secuencias
extragnicas
Repeticiones en
heterocromatina
centromrica
Transposones
Secuencias
repetidas en
tndem

Tipos de secuencias
de ADN en el genoma
humano

Genoma Humano

Nuclear 3000 Mb

Mitocondrial 16,6 Kb

Secuencias poco o nada repetidas

30 %

Secuencias
gnicas

Secuencias moderada o altamente repetidas

ACTGGCCGCTACACACACACTCG
70 %
Secuencias
ACTGGCCGCTACACACACACACACACACTCG
Secuencias

extragnicas

10 %

90 %

Secuencias
codificantes

Secuencias
gnicas nocodificantes

Secuencias
de ADN
espaciador

gnicas

Familias
multignicas

Secuencias
extragnicas
Repeticiones en
heterocromatina
centromrica
Transposones

Pseudogenes

Fragmentos
gnicos

Intrones,
UTRs etc.

Secuencias
repetidas en
tndem

Patrn allico de VNTR (D1S80) en 6 individuos.

GENOMA HUMANO
Diferentes tipos de secuencias

GENOMA HUMANO
Diferentes tipos de secuencias