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Estructura de Macromolculas
Vibraciones de tensin
Asimtrica
Simtrica
Vibraciones de flexin
Balanceo en el plano
Tijereteo en el plano
173
Estructura de Macromolculas
174
Estructura de Macromolculas
F = k x
mA
mB
-x
+x
Figura
1 k
[II.3.1-2]
2
La molcula oscila peridicamente desde x=-A hasta x=+A, con una frecuencia
determinada por la constante de fuerza y la masa reducida.
La energa potencial en funcin de la posicin se obtiene integrando la ecuacin II.3.11, resultando:
1
1
[II.3.1.3]
W = k .x 2 = k A 2 sen 2 (2 0 t )
2
2
Esta energa potencial ser mxima en x = A y mnima en x = 0 .
0 =
1
La energa cintica es: T =
2
Y la energa total ser:
1
dx
2
2
= k A cos (2 0 t ) .
dt
2
E =W +T =
1
k A2
2
[II.3.1.4]
es decir, la energa total (en ausencia de procesos disipativos) es una constante determinada
por la constante de fuerza del enlace y la amplitud de la oscilacin.
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Estructura de Macromolculas
[II.3.1.5]
La figura II.3.5 muestra la curva, en color azul, de la energa potencial del estado fundamental de la molcula H2 segn el modelo de oscilador armnico. Re para H2 es 07412 .
Este modelo no es aceptable para distancias internucleares alejadas del valor Re.
Cuando R<<Re la fuerza repulsiva se superpone a la de recuperacin y la curva de energa
potencial debe aumentar de forma mas pronunciada con la distancia de lo que predice el
oscilador armnico. Para R>>Re la ley de Hooke no se cumple, la fuerza recuperadora se
debilita y a cierto valor umbral de energa se produce la disociacin de la molcula, que tiene
lugar a 4748 eV ( 1eV = 806548 eV) para la molcula H2. La curva de color rojo en la figura
II.3.5 corresponde a un modelo no armnico ms realista como es la energa potencial de
Morse que vamos a revisar mas adelante.
Obviamente los modelos mecanoclsicos del oscilador no predicen el carcter discreto
de los niveles de energa vibracionales que solo el enfoque mecanocuntico explica.
Figura II.3.5. Curva de energa potencial del oscilador armnico (azul) y curva de
energa potencial de Morse para la molcula H2
II.3.1.2.2. Descripcin cuntica de la vibracin de una molcula diatmica.
Una descripcin mecanocuntica detallada del oscilador armnico unidimensional
podemos encontrarla en el capitulo 4 del libro Qumica Cuntica de Ira N. Levine; Ed.
Prentice Hall, 5 edicin. Aqu solo vamos a destacar el resultado final de este tratamiento y
su comparacin con el tratamiento mecanoclsico.
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Estructura de Macromolculas
+ k x 2 = E
2
2 dx
2
donde es la funcin de onda vibracional, es el nmero cuntico vibracional, que puede
tomar valores enteros positivos 0,1,2,3, etc (no confundir con la frecuencia ). Las otras
variables y parmetros son los mismos que ya se han especificado en la descripcin clsica
anterior.
La solucin de la ecuacin de Schrdinger anterior nos da como resultado unos
valores propios del operardor Hamiltoniano que responden a la expresin general
1 h
E = +
2 2
= + h 0
2
k
[II.3.1.7]
Figura II.3.6. Curva de energa potencial del oscilador armnico y niveles de energa
vibracional (lneas horizontales de trazo continuo) que se obtienen cuando el concepto de
oscilador armnico se usa en la mecnica cuntica para deducir las funciones de onda de la
molcula diatmica. Las lneas de puntos representan los niveles de energa vibracional
observadas experimentalmente.
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Estructura de Macromolculas
V ( R ) = De (1 e ( R Re ) )
[II.3.1.8]
1
1
1
E == + h 0 X e + h 0 + Ye + +
2
2
2
[II.3.1.9]
Figura II.3.7. Curva de energa potencial de Morse con un mnimo de energa de valor De.
Niveles de energa vibracional calculados con la ecuacin 2.4.9 usando solo el primer
trmino de anarmonicidad. D0 representa la energa de disociacin de la molcula.
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Estructura de Macromolculas
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Estructura de Macromolculas
Aqu solo vamos a describir el espectrmetro FTIR, y puesto que stos se basan en el
interfermetro de Michelson, vamos a describir este dispositivo a continuacin.
II.3.1.3.1 El interfermetro de Michelson.
El interfermetro de Michelson es un dispositivo que divide un haz de radiacin en
dos haces de casi igual potencia y, a continuacin, los recombina de tal forma que las
variaciones de intensidad del haz recombinado pueden medirse en funcin de las diferencias
de longitud de las trayectorias de las dos mitades. La Figura II.3.8 representa un esquema de
dicho dispositivo cuando se usa para la espectroscopia ptica de transformada de Fourier.
Como se indica en la figura, el haz de radiacin de la fuente se colima e incide en un
espejo semitransparente divisor de haz, el cual transmite alrededor de la mitad de la radiacin
y refleja la otra mitad. Los haces gemelos resultantes se reflejan en espejos, uno de los cuales
es fijo y el otro mvil. A continuacin, los haces se vuelven a encontrar en el divisor, con una
mitad de cada uno dirigindose hacia la muestra y el detector, y las otras dos mitades
regresando hacia la fuente. Para fines analticos slo se emplean las dos mitades que
atraviesan la muestra hacia el detector, aunque las otras dos mitades tambin contienen la
misma informacin acerca de la fuente.
El movimiento horizontal del espejo mvil har fluctuar de manera predecible la
potencia de la radiacin que llega al detector. Cuando los dos espejos equidistan del divisor
(posicin O de la Figura II.3.8), las dos partes del haz recombinado estarn totalmente en fase
y la potencia ser mxima.
I ( )
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Estructura de Macromolculas
VM =
2
La frecuencia f de la seal en el detector es simplemente la inversa de :
1 V
2V
f = = M = M = 2VM v
2
[II.3.1.11]
I T ( ) = I ( )1 + cos 2
2
I T ( ) =
1
I ( ) +
2
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I ( ) cos 2
[II.3.1.12]
Estructura de Macromolculas
[II.3.1.13]
I ( ) = I ( ) cos 2 = I ( ) cos (2 )
2
2
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Estructura de Macromolculas
I ( ) = B( i ) cos (2 i )
1
[II.3.1.15]
I ( ) = B( ) cos (2 ) d
[II.3.1.16]
Esta ecuacin es una de las dos ecuaciones del par Transformada de Fourier, siendo la
transformada inversa:
B( ) = I ( ) cos (2 ) d
[II.3.1.17]
B( ) = 2 I ( ) cos (2 ) d
0
[II.3.1.18]
max
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Estructura de Macromolculas
FT
FT
FT
FT
Numero de onda (cm-1)
RETARDO
Figura II.3.10. Diferentes casos de fuentes de radiacin infrarroja, con los correspondientes
espectros a la izquierda y los interferogramas correspondientes. A, dos radiaciones
infrarrojas, 1 y 2, iguales en amplitud. El interferograma correspondiente (a la derecha)
consiste en una onda modulada en amplitud que se anula en aquellos valores del retardo
para el que la interferencia es completamente destructiva. B, dos radiaciones infrarrojas, 1 y
2, diferentes en amplitud. El interferograma correspondiente es anlogo al del caso anterior
pero debido a la diferencia de amplitudes no llega a anularse en los retardos de mxima
interferencia destructiva. C, Una banda Lorentziana centrada en la mitad de las lineas
espectrales de los casos A y B. Puesto que la Transformada de Fourier de una Lorentziana es
una funcin exponencial decreciente, cuyo tiempo de relajacin es proporcional al inverso de
la anchura de la Lorentziana, el interferograma es una seal oscilante atenuada
exponencialmente. D, Una banda Lorentziana centrada en el mismo nmero de onda del
caso anterior pero de anchura doble. El interferograma correspondiente es anlogo al caso
anterior pero con una atenuacin ms abrupta con un tiempo de relajacin mitad del
anterior. Las dobles flechas etiquetadas con FT representan el par de transformaciones
integrales de Fourier para pasar del dominio de la frecuencia o nmero de onda al dominio
del retardo y viceversa.
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Estructura de Macromolculas
ESPECTRO
B0 (
FONDO
B0 (
MUESTRA
ESPECTRO DE
DOBLE HAZ
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Estructura de Macromolculas
%T =
B( )
B0 ( )
bandas
del
grupo
186
O
Amida I
C
N
Amida II
H
Figura II.3.13. Vibraciones fundamentales del
grupo peptdico. Bandas Amida I y II.
Estructura de Macromolculas
La banda Amida II est relacionada con la vibracin de flexin del enlace N-H (4060% de la energa potencial) y con la vibracin de tensin de los enlaces C-N (18-40%) y del
C-C (10%). Esta banda tambin es sensible a la conformacin de la cadena.
La banda Amida A, sobre 3500 cm-1 y la banda amida B, sobre 3100 cm-1, se
originan por resonancia Fermi entre el primer armnico o sobretodo de la banda Amida II y la
vibracin de tensin del enlace N-H. Este modo de vibracin no es dependiente de la
conformacin pero es muy sensible a la fuerza del enlace de H; as la banda A cae entre 3225
y 3280 cm-1 para longitudes de enlace de H entre 2.69 y 2.85 .
Amida III y IV son bandas muy complejas que tienen su origen en una mezcla de
desplazamientos de coordenadas. Las bandas amida V, VI y VIII estn asociadas a
movimientos fuera del plano peptdico. Estas bandas son de menos utilidad.
En la Figura II.3.14 se muestra un espectro con las bandas fundamentales del grupo
peptdico.
Antes de continuar es necesario considerar el problema de la interferencia del agua.
Como podemos ver en la Figura II.3.15 el agua absorbe fuertemente en la regin donde caen
importantes grupos, incluyendo las bandas Amida I y Amida II, lo que hace prcticamente
imposible estudiar los espectros de protenas en su presencia. En esa misma figura podemos
observar que el D2O es un disolvente que absorbe mucho menos en esa regin (notar que la
escala de absorbancia es logartmica) por lo que usualmente los espectros de protenas se
hacen usando D2O como disolvente.
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Estructura de Macromolculas
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Estructura de Macromolculas
Hlices
Para el elemento de estructura secundaria hlices la frecuencia media de la banda
Amida I es de 1652 cm-1 y para la banda Amida II de 1.548 cm-1 (3). La anchura
caracterstica de la banda (anchura a la mitad de la altura) depende de la estabilidad de la
hlice. Para las hlices ms estables la anchura es de unos 15 cm-1, que corresponde con una
energa libre de transicin hlice-ovillo al azar de ms de 300 cal/mol. Otras hlices muestran
anchuras mitad de 38 cm-1 con una energa libre de transicin 90 cal/mol.
Giros
Las bandas de los tres tipos de giros (tipo I,II y III) aparecen fuertemente solapadas.
Una banda de absorcin de aproximadamente 1680 cm-1 se asigna a estos giros (2).
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Estructura de Macromolculas
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Estructura de Macromolculas
Los datos revelan que la banda Amida I para todas las protenas se descomponen en 6
o 7 componentes principales que se encuentran en todos los espectros. El contenido en hlice
alfa que se resulta del anlisis de la banda Amida I para la Lisozima, la Lactato
deshidrogenasa y la citratosintasa concuerda con los datos de la estructura determinada por
difraccin de rayos X. Sin embargo el contenido de hlice en el fragmento FAB es demasiado
bajo y el contenido de lmina demasiado alto. La forma de la envolvente de la banda Amida
I para esta protena en el estado nativo difiere ampliamente de la que presenta en el estado
desnaturalizado; para el estado nativo la banda es claramente asimtrica tiene un pico mximo
a 1650 cm-1 que corresponde a estructura hlice . En contraste la protena desnaturalizada
muestra un mximo entre 1620 y 1640 cm-1, indicando el predominio de lmina y de
estructura desordenada.
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Estructura de Macromolculas
LDH
FAB
CSC
Rayos X
FTI
R
Rayos X
FTI
R
Rayos X
FTI
R
Rayos X
FTI
R
Hlice
45
42
43
49
49
19
64
64
Lmina
19
16
19
21
14
39
12
15
Giros
23
36
30
27
28
33
23
19
Al azar
13
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Estructura de Macromolculas
Figura II.3.18. Efecto del apareamiento de las bases sobre los espectros IR. (a) Espectro de
la doble hlice de poli rA.rU (espectro de trazo continuo) y la suma de los espectros de los
homopolinucletidos poli rA y poli rU separados (espectro de trazo discontinuo). (b)
Espectro de la doble hlice de poli rG.rC (espectro de trazo continuo) y la suma de los
espectros de los homopolinucletidos poli rG y poli rC separados (espectro de trazo
discontinuo). Los espectros se han obtenido en D2O a pH 7.
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Estructura de Macromolculas
APENDICES
A1. Ventaja Fellgett
Supongamos que medimos N veces una magnitud en presencia de un ruido aleatorio y
acumulamos el valor de la medida:
N
Acumulacin de la seal: X = xi = N xi
i
X
N
N
R
N
Donde 1 y 2 son los lmites de la regin del espectro que se estudia y es la resolucin.
La mejora en la relacin seal/ruido ser
N.
Estructura de Macromolculas
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Estructura de Macromolculas
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Estructura de Macromolculas
Fuentes.
Las fuentes de infrarrojo consisten en un slido inerte que se calienta elctricamente a
una temperatura comprendida entre 1500 y 2200 K. Como resultado se obtiene una radiacin
continua que se aproxima a la del cuerpo negro. A estas temperaturas la mxima intensidad
radiante se produce entre 5000 y 5900 cm-1 (de 2 a 17 m). A longitudes de onda mayores, la
intensidad decrece suavemente hasta llegar a ser el 1% del mximo a 670 cm-1 (15 m). A
menores longitudes de onda, la disminucin es mucho ms rpida, y una reduccin de
intensidad anloga se produce a los 10000 cm-1 (1 m).
Algunas de las fuentes de IR ms usadas son:
El emisor de Nernst. Est constituido por xidos de tierras raras, y tiene forma
cilndrica con un dimetro de 1 a 2 mm y una longitud de unos 20 mm. Los extremos
del cilindro estn unidos a unos conductores de platino que permiten el paso de la
electricidad lo que permite alcanzar temperaturas comprendidas entre 1200 y 2200 K.
La lmpara de Nernst tiene un coeficiente de resistencia elctrica respecto a la
temperatura muy negativo, y debe calentarse externamente hasta el rojo oscuro para
que la corriente sea suficiente como para mantener la temperatura deseada. Debido a
que la resistencia disminuye con el aumento de temperatura, el circuito de la fuente se
ha de disear para limitar la corriente; si no fuera as, la lmpara se calentara tanto
que se destruira.
La fuenteGlobar. Un Globar es una varilla de carburo de silicio, que por lo
general tiene unos 50 mm de longitud y 5 mm de dimetro. Se calienta tambin
elctricamente (1300 a 1500 K) y tiene la ventaja de poseer un coeficiente de
resistencia positivo. Por otra parte, es necesario enfriar los contactos elctricos con
agua para evitar la formacin de un arco. Las energas espectrales del Globar y del
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Estructura de Macromolculas
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Estructura de Macromolculas
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