Hay que tener presente que slo se conocen los siRNA, miRNA, piRNA

desde hace cerca de 10, aos y es probable que falte por detectar
otros tipos de pequeos ncRNA. Tambin se han identificado varios
ncRNA largos (p. ej., XIST y AIRE, cuyas funciones se explican en
captulos ulteriores) y es probable que stos sean la punta del
iceberg. Incluso es posible que la mayor parte del producto de la
transcripcin del genoma de los mamferos contenga la clave para
explicar por qu los seres humanos tienen un nmero parecido de
genes que los organismos considerados como mucho menos
complejos (fig. 10-27). Sin importar la explicacin real, hay un punto
claro: todava es mucho lo que se desconoce sobre las mltiples
funciones de los RNA en las clulas eucariotas.

REVISIN
1. Qu son los siRNA, miRNA y piRNA? Cmo se forma cada uno
de ellos en la clula? Cules son sus funciones propuestas?
CODIFICACIN DE LA INFORMACIN GENTICA.
Una vez que la estructura del DNA se revel en 1953, result evidente
que la secuencia de nucletidos en el DNA de un gen especificaba la
secuencia aminoacdica en un polipptido. Pareca improbable que el
DNA sirviera como un plantilla fsica directa para el ensamble de una
protena. De hecho, se asumi que la informacin almacenada en la
secuencia nucleotdica estaba presente en algn tipo de cdigo
gentico. Con el descubrimiento del mRNA como intermediario en el
flujo de informacin del DNA a una protena, la atencin se enfoc en
la manera en la cual una secuencia escrita en alfabeto de
ribonucletidos poda codificar a una secuencia en un alfabeto
integrado por aminocidos.
Propiedades del cdigo gentico
El fsico George Gamow present uno de los primeros modelos del
cdigo gentico al proponer que tres nucletidos secuenciales
codificaban cada aminocido en un polipptido. En otras palabras, las
palabras del cdigo, o codones, para los aminocidos eran tripletes de
nucletidos. Gamow lleg a esta conclusin con un poco de lgica. El
razon que al menos se requeran tres nucletidos para cada codn
nico. Considrese el nmero de palabras que puede articularse con
un alfabeto que contiene cuatro letras correspondientes a las cuatro
bases posibles que pueden estar presentes en un sitio en particular
en el DNA (o mRNA). Hay cuatro posibles palabras de una letra, 16
(42) posibles palabras de dos letras y 64 (4 3) palabras posibles de tres

letras. Como existen 20 diferentes aminocidos (palabras) que deben

codificarse, los codones deben contener al menos tres nucletidos
sucesivos (letras). Francis Crick, Sydney Brenner et al. de la
Cambridge University verificaron con rapidez la naturaleza de los
tripletes del cdigo en diferentes experimentos genticos.6
Adems de proponer que el cdigo era un triplete, Gamow sugiri que
estaba superpuesto. Aunque esta suposicin era incorrecta, propici
una importante pregunta concerniente al cdigo gentico.
Considrese la siguiente secuencia de nucletidos:
AGCAUCGCAUCGA
Si el cdigo estuviera superpuesto, entonces el ribosoma debera
mover a lo largo del mRNA un nucletido a la vez y reconocer un
nuevo codn con cada movimiento. En la secuencia precedente, AGC
debe codificar un aminocido, GCA el prximo aminocido, CAU el
prximo y as en adelante. En cambio, si el cdigo no estuviera
superpuesto, cada nucletido a lo largo del mRNA debera ser parte
de un codn, y slo de uno. En la secuencia precedente, AGC, AUC y
GCA deberan codificar a aminocidos sucesivos.
Una conclusin de la naturaleza superpuesta o no del cdigo gentico
se infiri a partir de estudios de protenas mutantes, como la
hemoglobina mutante causante de la drepanocitosis. En esta
anormalidad, como en otros casos estudiados, se encontr que la
protena mutante contena una sustitucin de un solo aminocido. Si
el cdigo est superpuesto, un cambio de un par de bases en el DNA
debera afectar a tres codones consecutivos y, de esta forma, tres
aminocidos consecutivos en el polipptido correspondiente. Sin
embargo, si el cdigo no est superpuesto y cada nucletido es parte
slo de un codn, sera de esperarse el reemplazo de un solo
aminocido. Este y otros datos indicaron que el cdigo no est
superpuesto.
Debido a que un cdigo basado en tripletes puede codificar a 64
diferentes aminocidos, y a que en realidad existen slo 20
aminocidos para codificarse, surgi la pregunta sobre la funcin de
los 44 tripletes adicionales. Si cualquiera o todos los otros 44 tripletes
codifican aminocidos, entonces ms de un codn codifica a algunos
de los aminocidos. Un cdigo de este tipo se dice que es
degenevado. Como se descubri, el cdigo se encuentra con
degeneracin, en casi todos los 64 codones posibles que codifican a
aminocidos. Se trata de los que no tienen una funcin especial de

puntuacin (tres de los 64), se reconocen por el ribosoma como

codones de terminacin y detienen la lectura del mensaje.
Francis Crick predijo de manera original la degeneracin del cdigo en
una teora al considerar el gran espectro de la composicin de bases
entre DNA de varias bacterias. Por ejemplo, se encontr que el
contenido de G + C puede tener los lmites de 20 a 74% del genoma,
aunque la composicin de aminocidos de las protenas de estos
organismos mostro poca variacin. Esto sugiere que los mismos
aminocidos los codificaron diferentes secuencias de bases, lo cual
llev a suponer que el cdigo se haba degenerado.
La identificacin de los codones En 1961 ya se conocan las
propiedades generales del cdigo, pero an no se descubra alguna
codificacin especfica asignada a los tripletes. En ese momento, casi
todos los genetistas pensaban que deban transcurrir cinco a 10 aos
antes de descifrar todo el cdigo. Pero Marshall Nirenberg y Heinrich
Matthaei desarrollaron una tcnica para sintetizar sus propios
mensajes genticos artificiales y luego determinar qu tipo de
protena codificaban. El primer mensaje sometido a prueba fue un
polirribonucletido compuesto exclusivamente de uridina; el mensaje
se denominpoly(U). Cuando se aadi poly(U) al tubo de ensayo que
contena un extracto bacteriano con los 20 aminocidos y los
materiales necesarios para las sntesis de protenas (ribosomas y
varios factores solubles), el sistema sigui las instrucciones del
mensajero artificial y elabor un polipptido. Al analizar el polipptido
ensamblado se observ que era una polifenilalanina, un polmero del
aminocido fenilalanina. As Nirenberg y Matthaei haban demostrado
que el codn UUU codificaba a la fenilalanina.
En los siguientes cuatro aos, varios laboratorios se unieron en la
bsqueda y se elaboraron mRNA sintticos para probar las
codificaciones de aminocidos de los 64 codones posibles.
El resultado fue la carta decodificadora universal para el cdigo
gentico. La carta enlista la secuencia nucleotdica para cada uno de
los 64 posibles codones en un mRNA. Las instrucciones para leer la
carta se encuentran en el pie de la figura.
Las asignaciones de los codones suministradas son en esencia
universales, esto es, estn presentes en todos los organismos vivos.
Las primeras excepciones a la universalidad del cdigo gentico se
identificaron en los codones de los mRNA mitocondriales. Por ejemplo,
en la mitocondria humana, UGA se lee como triptfano ms que
codn de detencin, AUA como metionina ms que isoleucina y AGA y

AGG como codones de detencin ms que arginina. En fecha reciente

se han hallado excepciones en los codones del DNA nuclear de los
protistas y hongos. Con tales discrepancias, las similitudes entre los
cdigos genticos son ms importantes que sus diferencias y es
evidente que las derivaciones menores han evolucionado como
cambios secundarios del cdigo gentico estndar. En otras palabras,
todos los organismos presentes en la Tierra muestran hoy da un origen evolutivo comn.
El examen de la carta de codones de la figura indica que la asignacin
de los aminocidos no es aleatoria. Si se revisan las cajas de codones
para un aminocido especfico se advierte que tienden a agruparse
dentro una porcin particular de la carta. La formacin de grupos
refleja la similitud en los codones que codifican al mismo aminocido.
Como resultado de esta similitud en la secuencia de codones, las
mutaciones espontneas que causan cambios de una sola base en un
gen a menudo no generan un cambio en la secuencia aminoacdica
de la protena correspondiente. Un cambio en la secuencia de
nucletidos que no afecta la secuencia de aminocidos se denomina
sinnimo, mientras que un cambio que causa una sustitucin de
aminocidos es no sinnimo. En virtud de que los cambios sinnimos
no suelen alterar el fenotipo de un organismo, no sufren seleccin
natural positiva ni negativa. ste no es el caso para los cambios no
sinnimos, que es probable que alteren el fenotipo de un organismo y
estn sujetos a seleccin natural. Ahora que se han secuenciado los
genomas de organismos relacionados, como chimpanc y ser
humano, es posible observar directamente las secuencias de genes
homlogos y ver cuntos cambios son sinnimos o no sinnimos. Tal
vez los genes que poseen un exceso de sustituciones no sinnimas en
sus regiones codificadoras hayan sido influidos por seleccin natural
El aspecto de margen de seguridad del cdigo va ms all de su
degeneracin. Las asignaciones de codones son tales que los
aminocidos similares tienden a ser especificados por codones
semejantes. Por ejemplo, los codones de diferentes aminocidos
hidrfobos se agrupan en las primeras dos columnas de la carta. Por
consecuencia, una mutacin que resulte en una sustitucin de base
en uno de estos codones sustituye casi siempre un residuo
hidrofbico por otro. Adems, las semejanzas principales entre
aminocidos y codones elacionados aparecen en los primeros dos
nucletidos del triplete, en tanto que la mayor variabilidad ocurre en
el tercer nucletido. Por ejemplo, a la glicina la codifican cuatro
codones, todos los cuales comienzan con los nucletidos GG. Una

explicacin de este fenmeno se analiza en la siguiente seccin en la

que se describe la funcin de los RNA de transferencia.

REVISIN
Explique qu significa la expresin el cdigo gentico
consiste en tripletes y no estn superpuestos, qu sugiere
el dato de que la composicin de bases del DNA vara en
gran medida entre diferentes organismos en relacin con el
cdigo gentico?, cmo se estableci la identidad del
codn UUU?
Diferencie los efectos de una sustitucin de base en el DNA
en un cdigo no superpuesto y uno superpuesto. Distinga
entre un cambio de base sinnimo y otro no sinnimo.
PECODIFICACIN DE LOS COPONES: LA FUNCIN DE
LOS RNA DE TRANSFERENCIA
Los cidos nucleicos y las protenas son semejantes a dos
lenguajes escritos con diferentes tipos de letra. Esta es la
razn por la cual la sntesis de protena se refiere como
traduccin. La traduccin requiere que la informacin
codificada en la secuencia nucleotrdica de un mRNA se
decodifique y utilice para dirigir el ensaible secuencial de
aminocidos en una cadena polipeptdica. Los RNA de
transferencia, que actan como adaptadores, llevan a cabo
la decodificacin de la informacin de un mRNA. Por un
lado, cada tRNA se une a un aminocido especfico (como
un aa-tRNA) y, por otro, el mismo tRNA puede reconocer un
codn en particular en el mRNA. La interaccin entre
codones sucesivos en el mRNA y el aa-tRNA especfico lleva
a la sntesis de un polipptido con una secuencia ordenada
de aminocidos. Para entender cmo sucede esto, primero
se considera la estructura del tRNA.
La estructura de los tRNA
En 1965, luego de siete aos de trabajo, Robert Holley de la
Cornell University public la primera secuencia de bases de
una molcula de RNA, la del RNA de transferencia de la

levadura que porta al aminocido alanina Este tRNA se

compone de 77 nucletidos, 10 de los cuales son
modificaciones de cuatro nucletidos estndar de RNA (A,
G, C, U).
En los aos siguientes se purificaron y secuenciaron otras
especies de tRNA y se observaron similitudes en los
diferentes tRNA. Todas estas molculas constan del mismo
nmero de nucletidos, entre 73 y 93, y tienen un
porcentaje significativo de bases raras que al parecer son
resultado de modificaciones enzimticas de una de las
cuatro bases estndar despus de incorporarse a la
cadena de RNA de una manera postranscripcional.
Adems, todos los tRNA poseen secuencias de nucletidos
en un segmento de la molcula que son complementarias
con secuencias localizadas en otras partes de la molcula.
A causa de estas secuencias complementarias, todos los
tRNA tienen la posibilidad de plegarse de manera parecida
para formar una estructura que semeja una hoja de trbol.
Las bases raras, que se encuentran en las asas, actan para
interrumpir la formacin de puentes de hidrgeno en estas
regiones y tambin sirven como sitios de reconocimiento
para diferentes protenas. Todos los tRNA maduros tienen la
secuencia de tripletas CCA en su extremo 3'. Estos tres nucletidos pueden ser codificados en el gen de tRNA (en
muchos procariotas) o agregarse en forma enzimtica (en
eucariotas). En el segundo caso, una enzima con una sola
funcin agrega los tres nucletidos en el orden apropiado
sin el beneficio de una plantilla de DNA o RNA.
Hasta este punto slo se ha considerado la estructura secundaria o bidimensional de estas molculas adaptadoras.
Los RNA de transferencia pueden plegarse para formar una
estructura terciaria nica y definida. El anlisis de difraccin
de rayos X muestra que los tRNA se integran con dos
hlices dobles dispuestas en forma de L. Las bases
observadas en los sitios comparables en toda molcula de
tRNA, tienen importancia particular para formar la

estructura terciaria comn en forma de L. La forma comn

de los tRNA refleja el hecho de que todos deben tomar
parte en la misma serie de reacciones entre la sntesis de
protena. Sin embargo, cada tRNA posee caractersticas
nicas que lo distingue de otros tRNA. Como se menciona
en la siguiente seccin, son estas propiedades las que
hacen posible que un aminocido se fije de manera
enzimtica al tRNA apropiado (conocido).
Los RNA de transferencia traducen una secuencia de
codones de mRNA en una secuencia de residuos
aminoacdicos. La informacin contenida en el mRNA se
decodifica a travs de la formacin de pares de bases entre
secuencias complementarias en los RNA de transferencia y
mensajero (. As, como en otros procesos en que
intervienen cidos nucleicos, la complementariedad entre
pares de bases es el fundamento del proceso de traduccin.
La parte del tRNA que participa en esta interaccin
especfica con el codn del mRNA es un tramo de tres
nucletidos secuenciales, denominado anticodn, que se
localiza en el asa media de la molcula de tRNA. Dicha asa
se compone de manera invariable de siete nucletidos y los
tres mediales forman un anticodn. El anticodn se sita en
un extremo de la molcula de tRNA en forma de L opuesto
al extremo al cual se une el aminocido
Puesto que son 61 codones diferentes los que pueden especificar a un aminocido, sera de esperar que una clula
tuviera cuando menos 61 distintos tRNA, cada uno con un
anticodn diferente complementario de uno de los codones.
Pero hay que recordar que las similitudes ms notorias
entre codones que codifican el mismo aminocido ocurren
en los primeros dos nucletidos del triplete, en tanto que la
mayor variabilidad de estos mismos codones se observa en
el tercer nucletido del triplete. Considrense los 16
codones que terminan en U. En cada caso, si la U cambia a
C, se codifica el mismo aminocido. De manera similar, en

la mayor parte de los casos, un cambio entre una A y una G

en el tercer sitio tampoco tiene efecto en la determinacin
del aminocido. La posibilidad de intercambiar la base de la
tercera posicin llev a Francis Crick a proponer que el
mismo RNA de transferencia poda reconocer ms de un
codn. Su propuesta, llamada hiptesis del bamboleo,
sugera que el requerimiento estrico entre el anticodn del
tRNA y el codn del mRNA poda ser muy estricto para las
primeras dos posiciones y quiz ms flexible en la tercera
posicin; esto permita a dos codones que codifican el
mismo aminocido, y que slo difieren en la tercera
posicin, emplear el mismo tRNA en la sntesis de protenas.
Una vez ms, la hiptesis de Crick result correcta.
Las reglas que gobiernan la inestabilidad en la tercera posicin del codn son las siguientes: la U del anticodn puede
formar par con A o G del mRNA; la G del anticodn puede
formar par con U o C del mRNA; y la I (inosina, derivada de
la guanina en la molcula del tRNA original) del anticodn
puede formar par con U, C o A del mRNA. Como resultado
del bamboleo, los seis codones para leucina, por ejemplo,
slo requieren tres tRNA.
Activacin de aminocidos Durante la sntesis de
polipptidos es muy importante que cada molcula de RNA
de transrerencia se una al aminocido correcto (conocido).
Los amina cidos se unen mediante enlaces covalentes a
los extremos de su tRNA conocido por accin de una enzima
llamada aminoacil-tRNA sintetasa (aaRS). Aunque existen
muchas excepciones, los organismos tpicamente contienen
20 iminoacil-tRNA sintetasas, una para cada uno de los 20
aminocidos que se incorporan a las protenas. Cada una de
las sintetasas es capaz de cargar todos los tRNA apropiados
para ese aminocido (es decir, cualquier tRNA cuyos
anticodones reconozcan los diferentes codones especficos
para ese aminocido. Las aminoacil-tRNA sintetasas sin un
excelente ejemplo de la especificidad de las interacciones
protena-cido nucleico. Deben existir ciertas caractersticas

comunes entre todas las especies de tRNA que codifican a

un aminocido determinado para permitir a una aminoacil
tRNA sintetasa reconocer todos estos tRNA y -al mismo
tiempo discriminar todos los tRNA para otros aminocidos.
La
informacin
relacionada
con
las
propiedades
estructurales de los tRNA, gracias a la cual stos pueden
seleccionarse o rechazarse como sustratos, proviene de
manera primaria de las siguientes dos fuentes:
2. Determinacin de la estructura tridimensional de estas
enzimas por medio de cristalografa de rayos X, lo que
posibilita a los investigadores la identificacin de los
sitios en el tRNA cue hacen contacto directo con la
protena. los dos extremos del tRNA (el brazo aceptor v
e. ancodn), son importantes para el reconocimiento
de la mayor parre de estas enzimas.
3. La determinacin de los cambios en un tRNA que
causan que una molcula sea aminoacilada por una
sintetasa no afn. Por ejemplo, se ha encontrado que
un par de bases especfico en el tRNA*^ (el par de
bases G-U incluye al tercer G del extremo 5 de la
molcula en la es el que determina, de manera
primaria, su interaccin con la alanil tRNA sintetasa. La
insercin de este par de bases especfico en el tallo
aceptor de un tRNAPhc o un tRNAc>'s es suficiente para
hacer que la alanil tRNA sintetasa reconozca a estos
tRNA y se aminoacilen con alanina.,
Las aminoacil-tRNA sintetasas llevan a cabo las siguientes
reacciones en dos pasos:
Primer paso: ATP + aminocido -> aminoacil-AMP + PP.
Segundo paso: aminoacil-AMP + tRNA
aminoacil-tRNA + AMP
En el primer paso, la energa del ATP activa al aminocido
por la formacin de un aminocido adenilado, el cual se une
a la enzima. Este es el paso primario del requerimiento de
energa de la reaccin qumica que lleva a la sntesis del

polipptido. Los acontecimientos subsecuentes, como la

transferencia de aminocido a la molcula de tRNA (paso 2,
vase antes) y al final el crecimiento de la cadena del
polipptido, son favorables desde ti punto de vista
termodinmico. El PP. producido en la primera reaccin se
hidroliza a continuacin para formar P., lo que fuerza aun
ms la reaccin total hacia la formacin de productos Como
se observa ms adelante, la energa se expande durante la
sntesis de protena, pero no se utiliza en la formacin de
enlaces peptdicos. En el segundo paso, la enzima transfiere
su aminocido unido al extremo 3' de un tRNA conocido.
;Qu pasara si la sintetasa coloca un aminocido
inapropiado en un tRNA, se activa un mecanismo de lectura
y correccin de la enzima y se elimina la unin entre el
aminocido y el tRNA?7
Se han desarrollado varios mtodos que permiten a los investigadores sintetizar protenas, ya sea en un tubo de
ensayo o dentro de las clulas, que contienen aminocidos
no naturales; o sea, aminocidos distintos a los 20 que se
incorporan con la maquinaria de traduccin. Estos
aminocidos no naturales no se generan por modificacin
de los aminocidos normales despus de su incorporacin
al polipptido, sino que se codifican de manera directa
dentro del mRNA. Esta expansin del cdigo gentico casi
siempre implica el uso de tRNA modificado en forma
experimental que reconoce uno de los codones de
detencin y una aminoacil tRNA sintetasa afn que reconoce
de manera especfica al aminocido no natural. Luego, el
aminocido no natural se incorpora en la cadena
polipeptdica dondequiera que se encuentre un codn de
detencin (de stop) particular en un mRNA. Con estos
mtodos, los investigadores pueden sintetizar una protena
que contenga grupos qumicos capaces de informar sobre
las actividades de la protena, o pueden disear protenas
con estructuras nuevas para usarlas como frmacos
potenciales o en otras aplicaciones comerciales.