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Biochimie Structurale

-Chapitre prliminaire
-Structure des Glucides

Chapitre prliminaire : Composition lmentaire de


lorganisme

La cellule est la plus petite unit vivante constitutive


de lorganisme, elle est constitue de diffrente
molcules (phospholipides, protines, glucides).

Ces molcules sont formes datomes. En se rfrant


cette unit chimique (latome) la composition de
lorganisme humain est comme suit :

Elments chimiques

Carbone

Pourcentage de la masse
totale de lorganisme
19,4

Hydrogne

5,6

Oxygne

62,8

Azote

9,3

Calcium

1,38

Phosphore

0,63

Potassium

0,22

Soufre

0,64

Chlorure

0,2

Sodium

0,26

Magnsium

0,1

Fer
Silicium
Aluminium
Zinc
Iode
Brome
Fluor
Cuivre
Cobalt
Molybdne
Vanadium
Stannum (Etain)
Manganse

Trace
Trace
Trace
Trace
Trace
Trace
Trace
Trace
Trace
Trace
Trace
Trace
Trace

-C, H, O, N sont les plus dominants, ils reprsentent 98%


des constituants
-Ca, P, K, S, CL, Na, Mg, sont rares
-Fe, Si, Al, Zn, I, Br, F, Cu, Co, Mo, Va, Sn, Mn sont
ltat de trace, ce sont les oligolments, ils ont un rle
fonctionnel particulirement important :
+Fe, rentre dans la structure de lhmoglobine
(htroprotine transporteuse doxygne)
+Zn, rentre dans la structure de certaines enzymes
(stabilisateur)
+I, constituant essentiel des hormones thyrodiennes
+Cu, rentre dans la structure des cytochromes
+Co, constituant de la vitamine B12

Les atomes sorganisent en difices molculaires plus


labors, on y distingue des entits de nature minrale,
ionique et dautre de nature organique

I-les constituants minraux de lorganisme


1-Hydroxyapatite
(PO4)6 Ca10 (OH)2 , cest le constituant principal du squelette et
des dents
LHydroxyapatite est sensible laction des acides organiques
(PO4)6 Ca10 (OH)2

6 PO4 + 10 Ca + 2 OH

R-COOH

2-Fluoroapatite
(PO4)6 Ca10 F2

Le remplacement de (OH)2 de lhydroxyapatite par F2


dans la fluoroapatite rend cette dernire plus rsistante
laction des acides organiques produits par les bactries au

niveau buccale partir des rsidus alimentaires, do


limportance de se brosser les dents aprs chaque repas.

3-les ions
Na+, Ca++, Cl-, sont plus extracellulaires
K+, Mg++, H3PO4-- sont plus intracellulaires
NO3-, SO4--, HCO3-

Les ions assurent

lquilibre hydrolectrolytique, ils jouent

aussi un rle fonctionnel trs important, exemple le Na+ et Le


K+ sont fondamentaux pour la conduction de linflux nerveux,
le Ca++ assure lexcitabilit neuromusculaire et la contractilit.

Le Mg++ est ncessaire dans le fonctionnement de certaines


enzymes

II-les constituant organiques


-les Glucides
-les Lipides
-les Protines
-les Acides nucliques
Ces constituants organiques reprsentent

environ 35% du poids total de lorganisme


dun adulte.

III-lEau
Cest le constituant majoritaire de lorganisme, sa
proportion varie avec lge :
-60 65% chez ladulte
-70% chez le nouveau n
-95% chez lembryon
Leau est le solvant des autres molcules non lipidiques,
un

milieu

de

dispersionet

un

stabilisateur

de

macromolcule par des liaisons hydrognes.


La proportion de leau dans lorganisme doit tre
maintenue constante avec une variation tolre de 10%

Lorsque cette proportion de variation tolre dpasse

ce taux, on assiste une perturbation de ltat de sant :


-sil y a un plus de 10% on parle ddmes dont
lintensit varie avec

la quantit deau en surplus,

lorganisme garde plus deau quil ne la fallait, ce qui


donne des perturbations au niveau de diffrent milieux
-sil y a moins de 10% cest une dshydratation,
lorganisme est en perte deau quil plus ne le fallait ou
quil ne peut tolr, do aussi un troubles au niveau

des diffrents milieux.

-1/3 de la quantit deau est extracellulaire


-2/3 de la quantit deau est intracellulaire
Entre ces deux milieux intra et extracellulaire, il y a un

change permanent travers des membranes semi permables


et qui est assur par des mcanismes physicochimiques bien
tablis..
-les besoins en eau sont de lordre de 2,4 l par jour, ils sont
assurs par :
*Apport exogne denviron 2 l/j
*Apport endogne denviron 0,4 l/j

-Llimination est assure au niveau:


* Rnale : 0,8 1,2 l/j cest la voie essentielle
*Fcale : 0,1 l/j

*Pulmonaire : 0,4 0,5 l/j


*Cutane : 0,4 0,7 l/j
Lquilibre de leau est assur par les apports
et

les

liminations,

il

est

assur

principalement par le systme RnineAngiotensine- Aldostrone et le Rein.

Pour rcapituler :
Lorganisme de ladulte est constitu de :
-Eau : environ 60%
-Constituants minraux : environ 5%
-Constituants organiques : environ 35% :

*Protines : environ 17,4%


*Lipides : environ 15,3%
*Acides nucliques : environ 2%
*Glucides : environ 1%

Biochimie Structurale
Introduction
Biochimie structurale, cest une discipline qui sintresse
ltude des structures des composs biologiques.

Intrt :
La structure dune molcule nous renseigne sur ce quil

serait son comportement dans un milieu, avec quelles


autres molcules elle peut ragir, et quelles seront les
consquences de cette interaction sur elle, sur le milieu et

sur les autres molcules.

Connaissons les structures des molcules biologiques, on peut


alors deviner

les interactions quelles peuvent engendrer

entre elles et avec le milieu. Cette connaissance permet de


comprendre les phnomnes physiologiques et pathologiques
et ainsi de les maitriser davantage. Donc on peut rien que par
analyse thorique suspecter limplication de composs donns
( travers leurs interactions avec dautres) dans un mcanisme
physiologique ou pathologique qui sera par la suite confirm

par des recherches pratiques

Exemple : connaissons la structure du glucose avec sa fonction


pseudoaldhydique et celle des protines avec leurs fonctions
amines, il a t dduit que le glucose peut ragir avec les
protines pour donner des protines glyques. Ctait une

dduction thorique rien que sur la base des structures et les


interactions possibles entre diffrentes structures. Cette donne
thorique a t vrifie aprs dans la pratique. Ce qui a permis

de comprendre, comment le glucose qui reste en excs dans le


milieu

extracellulaire

longtemps

chez

les

diabtiques

endommage les structures faites essentiellement de protines.

Nous allons tudier les structures de quatre grandes


classes de composs biologiques organiques :

-Structure des Glucides


-Structure des Lipides
-Structures des Protines
-Structure des Acides Nucliques

Structure des Glucides


I) Introduction
-Ce sont des molcules polyhydroxyles qui porte en plus
un groupement carbonyle : aldhyde ou ctone,

-Rles divers :
*Production de lnergie : les glucides sont la
principale source dnergie
*Structural : Glycoprotines membranaires
*Fonctionnel : lments de reconnaissance cellulaire

Les Glucides peuvent tre simple, ce sont les oses comme ils peuvent
tre complexes, ce sont les osides
-Ose : sucre simple constitu dune seule molcule irrductible

-Osides : sont constitus de deux ou plusieurs molcules doses


*Holosides : constitus uniquement de molcules doses
+Diholosides, triholosides
+Oligosides : constitus de deux dix molcules doses
+Polyosides : constitus de plus de 10 molcules doses

*Htrosides : sont constitus de deux types de molcules, des


molcule de nature glucidique et dautre de nature non glucidique
appeles aglycone ou gnine

II) Les Oses


A-Donnes gnrales
1-Dfinition
Ce sont des molcules hydrocarbones possdant deux types de

fonction :
- Fonction de type carbonyle : aldhyde ou ctone
-Fonction de type alcool
Si la fonction carbonyle est aldhyde, lose est un Aldose
Si la fonction carbonyle est ctone, lose est un Ctose

2-Classification
Se fait selon la nature de la fonction carbonyle et le nombre
datome de carbone

Aldoses
Ctoses

3 C= Triose 4 C=
5 C=
Tetrose
Pentose
Aldotriose Aldotetrose Aldopentos
e
Ctotriose Ctotetrose Ctopentose

6 C=
Hexose
Aldohexose
Ctohexose

3-Quelques notions disomrie des oses

a- Isomrie optique
Chaque ose possde au moins un carbone asymtrique
(sauf la dihydroxyactone), donc il possde des
isomres optiques dit aussi nantiomres. Lisomre
optique dune molcule, cest son image dans un
miroir.

b-Notion de srie
Selon la position de OH secondaire port par le carbone
asymtrique le plus loign de la fonction carbonyle on peut
distinguer des oses dits de la srie D des oses de la srie L:
*Si ce OH est situ droite de laxe de la molcule dans la

reprsentation de Fisher alors lose appartient la srie D


*Si le OH est situ gauche laxe de la molcule dans la
reprsentation de Fisher alors lose appartient la srie L
D et L sont limage lune lautre dans un miroir, ce sont des
isomres optiques

Pouvoir rotatoire

Une molcule qui possde au moins un carbone asymtrique est


optiquement active (elle a une activit optique, elle agit sur la
lumire). En solution, elle dvie le plan de la lumire polarise :

*Si cette dviation est faite droite, la molcule est dite

dextrogyre et not (d) ou (+)


*Si cette dviation est faite gauche, la molcule est
dite lvogyre et est note (l) ou (-)
Lintensit de cette dviation est note en degr (angle), cest le
pouvoir rotatoire de la substance en question et qui lui est
caractristique.
Les isomres optiques ont les mmes proprits physicochimiques,
leurs pouvoirs rotatoires sont gaux en valeurs absolues mais sont de
signes contraires.

Deux oses sont dits pimres lorsque leurs structures ne diffrent


que par la position dun seul OH sur un des carbones

B-les Aldoses
Ce sont des oses qui possdent une fonction aldhyde comme
fonction carbonyle, le plus simple et qui est aussi le prcurseur
des autres est le glycraldhyde

Les autres aldoses plus long drivent du glycraldhyde selon


la filiation de Kiliani-Fisher qui allonge le glycraldhyde
dun carbone chaque tape:
Il y a cration dun carbone asymtrique supplmentaire, ce

nouveau carbone est porteur dun OH, ce OH peut se situer


droite de laxe de la molcule comme il peut se situer
gauche, donc on aura cration de deux isomres chaque

tape (voir schma dessous)

Toujours chaque carbone asymtrique cre est porteur dun

OH qui peut se situer droite ou gauche de la molcule


do deux possibilits et donc chaque longation dune
molcule on a production de deux qui ne diffrent que par

la position de OH sur le carbone cr.


Llongation continue sur chacune des molcules produites
ainsi, on aura cration de deux pentoses partir du DErythrose et deux autres pentoses partir du D-Throse,
donc 4 pentoses. Chacun des quatre pentoses va lui aussi

subir une longation dun carbone pour donner deux


hexoses, pour enfin avoir 8 Hexoses