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Instituto Tecnolgico de Celaya

Ingeniera Bioqumica

BIOQUMICA DEL NITRGENO Y

REGULACIN GENTICA
Tarea

Dr. Ramn Gerardo Guevara Gonzlez

Alumna:
Rosillo Huaracha Elena Stacy

29.10.14

Regulacin del opern de arabinosa

El opern arabinosa (ara) de Escherichia coli es un sistema ms complejo que el de la
lactosa. La arabinosa, una pentosa, puede ser usada como sustrato metablico a travs
de la va de las pentosas-fosfato; las enzimas necesarias para su metabolizacin son:
arabinosa isomerasa, ribulosa quinasa y ribulosa-5-fosfato epimerasa que estn
codificadas por los genes estructurales araA, araB y araD. El opern ara incluye
adems de los tres genes estructurales:
a) Una regin reguladora que a su vez tiene dos operadores araO 1 y araO2
b) Un sitio de unin para la protena reguladora (araC) denominado araI (I =
indicador)
c) Un promotor adyacente a araI y en la proximidad del promotor se encuentra
d) Un ditio de unin de la CAP-AMPc.

La protena araC esta codificada por un gen araC prximo que se transcribe desde su
propio promotor (prximo araO1) en direccin opuesta a los genes estructurales. El
papel de la protena es complejo, ya que es capaz de regular su propia sntesis
unindose a araO1 y cuando su concentracin supera las cuarenta copias por clula
reprime sus sntesis. Respecto a los genes estructurales, acta tambin como un
regulador positivo y negativo, unindose al araO 2 y a araI, los cual permite una accin
distinta dependiendo de las siguientes condiciones metablicas.

a) Si la glucosa es abundante y la arabinosa es escasa: la protena reguladora araC

se une en dos puntos, a araO2 y araI formndose un laso de ADN que no
permite la transcripcin de los genes estructurales.
b) Si la glucosa es escasa y la arabinosa es abundante: el complejo CAP-AMPc es
abundante y se une en su sitio de ADN, adyacente a araI. La arabinosa funciona
como un activador, al unirse a la protena araC altera su conformacin, y al
unirse sta a araI se combina con CAP-AMPc y aumenta la transcripcin.
c) Si ambos son escasos o ambos abundantes, el sistema de regulacin no est
claro aunque se sabe que hay represin.

Opern triptfano (atenuacin)

En Escherichia coli existe un acoplamiento entre transcripcin y traduccin, de tal
manera que cuando el extremo 5 del ARNm est disponible, comienza a ser traducido
sin esperar a que finalice la sntesis integra del ARNm. Este acoplamiento permite el
desarrollo de un mecanismo de regulacin conocido como atenuacin, y cuyo ejemplo
ms caracterstico es el opern trp u opern triptfano.
La sntesis proteica necesita como sustrato aminocidos, y Escherichia coli posee las
enzimas para la sntesis de todos los aminocidos. Los genes que codifican las enzimas
implicadas en la ruta sinttica de cada aminocido se encuentran agrupados en una
unidad de operacin u opern.
El opern triptfano (trp) agrupa cinco genes estructurales que codifican las enzimas
necesarias para sintetizar triptfano a partir de su precursor. El ARNm polignico de
este opern tiene una vida media corta de unos 3 minutos permitiendo a la clula
respuestas muy rpidas frente a las necesidades de este aminocido. El represor trp es
una protena dimrica; cuando el triptfano es abundante, el aminocido se une al
represor, provocando en este un cambio conformacional que le capacita para unirse al
operador. Al estar prcticamente solapados operador y promotor de la unin del
represor impide la incorporacin del ARN polimerasa y la formacin de las enzimas.
Hasta aqu sera un sencillo sistema de regulacin negativo por represor, sin embargo,
cuando se modifica la concentracin del triptfano el sistema es capaz de graduar su
respuesta permitiendo que la velocidad de sntesis de la enzima pueda variar en un
margen estimado de unas 700 veces. La velocidad de transcripcin se ajusta mediante
un sistema de regulacin denominad atenuacin de la transcripcin. Este trmino
significa que la transcripcin se inicia pero no se completa, y esta denotacin depende
la concentracin disponible de triptfano. La explicacin de este sistema incluye no
solo el mecanismo de transcripcin, sino tambin la traduccin, ya que para poder

desarrollarse se requiere que ambos procesos sean consecutivos e inmediatos. Segn

se va produciendo la transcripcin, el ARNm va siendo traducido por un ribosoma.
El ARNm 5 tiene cuatro secuencias localizadas en una regin denominada gua,
situada antes de los codones de los genes estructurales. Las secuencias 4 y 3 de la
regin gua forman la secuencia atenuadora, debido a que el contenido de bases que
presentan da lugar a la formacin de una horquilla que impide la continuacin de la
traduccin.

La accin de la secuencia atenuadora vine marcada por la presencia o no de triptfano

en el medio. Si la concentracin del triptfano es alta, el pptido gua se sintetiza en su
totalidad y mientras el ribosoma va traduciendo la secuencia 2, se transcribe la
secuencia atenuadora y se forma la horquilla entre las secuencias 3 t 4, esta horquilla
impide la accin de la ARN polimerasa, interrumpiendo el proceso de transcripcin y
deteniendo la expresin de las enzimas sintticas de un aminocido que se encuentra
en exceso.
Si la concentracin es baja el pptido gua (codificado por la secuencia 1 de la regin
gua) no puede formarse porque dos de sus aminocidos constituyentes son
triptfano, por lo tanto el ribosoma el llegar a estos codones se detiene, dejando la
secuencia 2 libre el tiempo suficiente para que se transcriba la secuencia 3 y entre
ambos formen una horquilla que a diferencia de la formada por la secuencia 3 y 4 no
impide la unin de la ARN polimerasa permitiendo la expresin de los genes
estructurales.

La mayor parte de los aminocidos tienen operones para su biosntesis que utilizan un
sistema de regulacin por atenuacin muy parecido al comentado, con el objeto de
sintetizar nicamente aquellos aminocidos que son necesarios. Los pptidos guas
son molculas de pequeo tamao; el del triptfano tiene 14 aminocidos siendo dos
de ellos triptfano; o el de la fenilalanina que tiene 15 aminocidos de los que siete
son fenilalanina. As, sin necesidad de consumir una gran cantidad de energa, el
pptido gua acta como un sensible medidor e la concentracin del aminocido.

Mtodos para medir la curvatura del DNA

Actualmente se cuenta con programas de cmputo para evaluar la curvatura esttica
del DNA basados en el algoritmo de Goodsell y Dickerson que considera al modelo de
los vecinos-cercanos, que propone que las regiones curvas del DNA son el producto de
la acumulacin de muchas pequeas deformaciones locales en la molcula de DNA que
dependen directamente de la secuencia que la constituyen. Se han calculado
diferentes matrices que expresan los desplazamientos angulares y lineales de la
molcula de DNA para cada uno de los 16 pares de dinucletidos. Entre las diferentes
matrices se ha escoogido la del Modelo de Nucleosomas por que ha demostrado que
es precisa par evaluar diferentes modelos de DNA curvo.
El programa lee una secuencia nucleotdica, evala el vector normal de cada par de
bases (pb) y promedia estos valores sobre un intervalo de 10 pb. La curvatura es
entonces calculada como ngulo entre los vectores separados entre s por 31 pb.

Bibliografa
Merino-Prez, Noriega-Borge, Regulacin de la Expresin Gentica,
Universidad de Cantabria, pgs. 6,7,8.
Identificacin de Seales de Regulacin Mediante Genmica Comparativa,
UNAM.
http://www.ibt.unam.mx/biocomputo/lineasinvestigacion.htm