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Biochimie mtabolique 2014-2015

Guide des tudes

Biochimie mtabolique: premier


semestre, 7 crdits

Bibliographie recommande:
Biochimie - Lubert Stryer, 7me
dition, W. H. Freeman, 2010
Lippincott's Illustrated Reviews:
Biochemistry - Denise R. Ferrier,
Lippincott Williams Wilkins, 2013
Biochimie Mtabolique - Cristina
Drugan, Ileana Olteanu, Ed. Iuliu
Haieganu, 2014

Objectif: acquisition des notions


essentielles sur le mtabolisme
(nergtique et des nutriments).

Examen de biochimie

Conditions prliminaires:
Prsence aux travaux pratiques (100%) ou rattrapage ( payement) de
maximum 4 absences

Examen: 2 questionnaires choix multiples (thorique et pratique)

Calcul de la note finale:


Examen thorique: 70% - liminatoire
Examen pratique: 20% - liminatoire

Moyenne des sminaires: 10%.

A rviser...

Examen thorique
Dfinition, rle, conditions dactivation, objectifs, particularits, rgulation,
action des enzymes-cl, bilan nergtique, anomalies des voies mtaboliques
Applications mdicales: maladies mtaboliques, principes du traitement

Examen pratique
Dfinition et principe des techniques, intervalles de rfrence des paramtres
biologiques
Applications: interprtation des rsultats des analyses de laboratoire.

Introduction la Biochimie Mtabolique

Metabolos (grec) =
changement

Biochimie mtabolique

Mtabolisme: ensemble des ractions chimiques ayant lieu


dans le vivant

Biochimie mtabolique: ractions chimiques survie et


reproduction des organismes.

Particularits de la vie

Diversit biologique: bactries,


insectes, arbres, oiseaux, humains

Unit fondamentale: mmes lois


physiques et chimiques

Ncessits:
nergie (recueil, transformation, utilisation)
Biomolcules (conversion, polymrisation,
dgradation)
Ractions chimiques (synthse, dgradation,
rplication).

Mtabolisme nergtique

ENERGIE solaire
ou chimique

ENERGIE disponible

Mtabolisme nergtique: recueil et transformation de lnergie du


milieu en nergie chimique
Taux mtabolique basal maintien des fonctions vitales et de lhomostasie
interne.

Importance du mtabolisme

Ractions du mtabolisme
fonctions biologiques:
Recueil de lnergie du milieu
Thermogense
Renouvellement des
biomolcules
Gnration des signaux

Neutralisation et limination des


produits toxiques /inutiles.

Anabolisme et catabolisme

Anabolisme: ractions de synthse dpense dnergie

Catabolisme: ractions de dgradation nergie chimique,


chaleur.

Carburants et rserves nergtiques

Nutriments utiliss comme carburants


Glucides: amidon, saccharose, lactose, fructose, glucose, cellulose
(4,5 kcal/g)
Protines (4,5 kcal/g)
Lipides: triglycrides, phospholipides, acides gras, cholestrol (9
kcal/g)
Alcool (7 kcal/g)

Rserves nergtiques nergie pendant les priodes de


jene
Glycogne (polymre de glucose)
Triglycrides: les plus importantes rserves nergtiques
Protines: utilises en cas de jene prolong.

Nutrition quilibre

55% de lnergie des aliments doit provenir des glucides, 30% des lipides
et 15% doit driver des protines.

Indice de masse corporelle

Alimentation ncessits poids normal


IMC = poids (kg)/taille (m2)
Valeurs normales: 20-25; surpoids: 25-30; obsit: > 30.

Etapes du catabolisme des nutriments

Etape
intestinale

Mtabolisme
intermdiaire

Etape
mitochondriale

Equilibre nutritionnel et contrle mtabolique

Priodes alimentaires
Digestion et absorption des nutriments
Synthse des biomolcules
Synthse des rserves

[insuline] / [glucagon]

Priodes de jene
Dgradation des rserves
Synthse des carburants
[insuline] / [glucagon]

Insuline et glucagon: principales hormones rgulatrices du mtabolisme.

Action de linsuline et du glucagon

Insuline (priodes alimentaires)


Hormone hypoglycmiante
Rgulateur du mtabolisme lipidique
Rgulateur du mtabolisme des acides amins

Glucagon (priodes de jene)


Hormone hyperglycmiante
Activateur de la ctogense.

Particularits tissulaires

Foie
Dgradation des glucides, synthse du glucose et du glycogne
Synthse des pentoses-phosphates et des corps ctoniques

Synthse des lipides, des acides biliaires, des nuclotides


Urogense

Muscle
Mtabolisme arobie (repos ou contraction de courte dure); mtabolisme anarobie
(effort prolong)
Muscle squelettique: stockage des protines de rserve
Myocarde: utilisation prfrentielle des corps ctoniques

Rein: limination des produits toxiques, synthse du glucose

Tissu adipeux: mtabolisme des triglycrides, synthse des hormones

Hmaties: dgradation anarobie du glucose

Cerveau: jene prolong utilisation des corps ctoniques.

Voies et carrefours mtaboliques

Voie mtabolique: unit de synthse ou de dgradation dun compos


Srie de ractions catalyses par des enzymes diverses

Carrefour mtabolique: intermdiaires voies diffrentes


Substrat initial: carrefour mtabolique ou nutriment
Produit final: carrefour mtabolique ou produit scrt.

Enzymes-cl

Enzymes-cl rgulation des voies mtaboliques

Proprits:
Premires enzymes des voies mtaboliques
Catalyse des ractions les plus lentes, irrversibles
Enzymes allostriques contrles par de nombreux effecteurs.

Rgulation des enzymes-cl

Rgulation neuroendocrine:
Contrle de lexpression du gne
Rgulation allostrique
Modification covalente

Interaction avec les protines rgulatrices.

Principes de la rgulation mtabolique

Intervention des hormones et de leurs messagers


intracellulaires:
Rgulation des tapes dengagement des substrats

Les voies de synthse sont contrles par rtro-inhibition (feed-back)


Les voies de dtoxication sont actives par les substrats (feedforward)

Les voies de production dnergie sont contrles par les ncessits


tissulaires

Isoenzymes rgulation spcifique

Compartimentation contrle de laccs des substrats et


des signaux aux enzymes rgulatrices.

Energie dactivation

Energie dactivation passage ltat de transition

Enzymes: diminution de lnergie dactivation

Chaleur libre dans le milieu: nergie dactivation plus la


chaleur de la raction.

Ractions couples

Raction exergonique: libration dnergie dans le milieu

Raction endergonique: consommation dnergie

Une mme enzyme peut catalyser les deux ractions:

A + B Y + Z + E.

Ractions couples
Raction endergonique

Raction exergonique

Exemple de raction couple

Liaisons riches en nergie

Hydrolyse des molcules riches en nergie: raction exergonique

Exemples
Nuclotides ATP, GTP, UTP, CTP
Coenzyme A et drivs

Phospho-cratine
Phospho-enolpyruvate

Liaisons riches en nergie: lhydrolyse libre > 31 kJ/mol (~)

Exemples: liaisons phospho-anhydrides, anhydrides mixtes, liaisons


phosphoamides, phosphonol, thioester.

Molcules riches en nergie

Cycle ATP ADP

Cycle ATP-ADP: rgnration de lATP, paralllement son


utilisation (ATP ADP + Pi)

Rgnration de lATP (ADP + P ATP)


1.

Phosphorylation oxydante mitochondriale

2.

Phosphorylation au niveau du substrat.

Hydrolyse de lATP

Hydrolyse de la liaison entre le 2me et le 3me phosphate 31 kJ/mol

Hydrolyse de la liaison entre le 1er et le 2me phosphate 42 kJ/mol.

Utilisation de lATP

Donneur dnergie:
nergie mcanique contraction musculaire, mouvement
molculaire
nergie osmotique changes Na+/K+ transmembranaires

nergie chimique synthses (ADN, protines, triglycrides,


glycogne)
nergie calorique temprature constante

nergie lectrique influx nerveux

Donneur dlments structurels:


Donneur de phosphate phosphorylation

Donneur de pyrophosphate activation de la vitamine B1


Donneur dAMP activation des acides gras, des acides amins
Donneur dadnosine coenzymes adnosyl-cobalamine, SAM.

Hydrolyse du GTP

Hydrolyse du GTP: mme quantit dnergie que celle issue de lATP


GTP GDP + Pi
GTP GMP + PP

Donneur dlments structurels: phosphate (synthse du glucose), GMP


(mtabolisme des glucides), GDP (activation des acides gras).

Anomalies mtaboliques
1.

Erreurs innes du mtabolisme: blocage dune voie mtabolique

Arrt total de la voie mtabolique

Accumulation du substrat

Absence du produit final

Activation des voies mtaboliques secondaires

Signes cliniques multi-systmiques

2.

Maladies mtaboliques multifactorielles: interaction entre les facteurs de


lenvironnement et les prdispositions innes

3.

Maladies mtaboliques secondaires: dues lhypoxie, les intoxications,


les maladies hpatiques, rnales, pancratiques

4.

Syndromes mtaboliques: anomalies qui peuvent avoir plusieurs causes.