UE Pharmacie : Microbiologie

Le monde Microbien : Partie 1 :

Microbes et Microbiologie
Professeur Emmanuel DROUET
Anne universitaire 2010/2011
Universit Joseph Fourier de Grenoble - Tous droits rservs.

Chapitre 1 : Microbes et Microbiologie

Quest-ce que la microbiologie?
Que sont les microbes?
La forme dominante de la vie sur terre
Microbes et maladies?
Les microbes et la science

Le diffrents types de microbes

Quest-ce que la microbiologie?

La microbiologie est une sous-discipline de la biologie base sur l'tude

des micro-organismes et des relations avec leur environnement.
Les microorganismes ( microbes , germes ) constituent un groupe
extrmement diversifi d organismes microscopiques, unicellulaires et
rpartis dans les trois domaines du vivant (bactrie, arches et eucaryote).
Ils se distinguent les uns des autres par leur forme, leur taille et leur mode
de vie.
Les virus, incapables de se reproduire sans dtourner la machinerie
cellulaire d'un autre organisme, ne sont pas considrs par tous les
spcialistes comme vivants. La microbiologie tudie parfois leurs actions
sur les micro-organismes mais n'a pas pour but de les tudier en tant
qu'entits. Cette tude est ralise dans une autre discipline de la biologie :
la virologie.
On parle aussi maintenant de microbiologie molculaire , dans le
domaine des biotechnologies notamment.

Dernires nouvelles de lvolution!

Monde cellule

Monde virus

Cellules
eucaryotes

Virus ADN
Complexes

Virus ARN, Double brin

Simple brin, (+ et -)

1,5 milliards dannes

Rtrovirus

Cellules
procaryotes

Bactriophages

ADN

Phages ARN, Double brin

Brin positif

Phages
rtrodes

Monde ADN

3 milliards dannes

Oprons ADN
ADN polymrase

Virus ADN
Virus ARN
Virus rtrodes

Monde ARN/ADN

Proto-oprons
Rverse transcriptase

Virus ARN

Rtro-monde
Virus rtrodes

Monde originel

Protines/ARN

Rplicons ARN
ARN polymrase

Virus ARN

Que sont les microbes ou

microorganismes?
La forme dominante de la vie sur terre
Les microbes ont domin la terre pendant
plus de 3 milliards dannes et sont la source
de toutes les autres formes de vie
Les microbes reprsentent plus de 60% de
toute la matire organique sur terre!

 Les bactries sont les premires

formes de vie; elles ont une capacit
dadaptation norme et lon en trouve
plusieurs millions despces sur terre
(seuls quelques milliers dentre elles
seulement donnent des maladies).
La majorit dentre eux vivent en
milieu aquatique ou terrestre, o ils
assurent principalement la
dcomposition des substances
organiques mortes.
La plupart des microbes sont sans
danger et beaucoup sont bnfiques,
voire indispensables ( flore
microbienne).

Les micro-organismes:
un jardin invisible qui nous environne

Que sont les microbes ou

microorganismes?
Microbes et maladies?
Vu du microorganisme: tactique particulire dans
un habitat particulier (augmentation de la
biomasse et transmission dautres individus!)
Vu de lhte: Maladie = raction exagre des
dfenses de lhte (immunit) vis--vis de
linfection (virus, bactries, parasites)
9 cellules sur 10 dans notre corps sont des
microbes (laboration de protines, vitamines
par les bactries intestinales, ducation de notre
systme immunitaire)

Historique

Louis Pasteur dmontre que des maladies sont

la consquence de la prsence de ces microorganismes.
Premires recherches systmatiques sur
l'origine de certaines maladies, ainsi que la
vaccination (connue depuis Edward Jenner pour
la variole - maladie virale).
Postulats de Koch: 1 microbe = 1 maladie

Les postulats de Koch

Les microbes et la Science

Les microbes (bactries) comme modles
dtude
Les microbes (bactries et virus) comme
vecteurs de gnes (Recherche,
Thrapeutique)
Les microbes (bactries, algues,
moisissures, levures) comme usine de
production

Les diffrents types de microbes

Historique
Dcouverte du microscope
Pasteur et la gnration spontane

Antonie Van Leeuwenhoeke

(1632-1723)

Pasteur et la gnration spontane

Les diffrents types de microbes

Historique

Antonie Van Leeuwenhoeke

(1632-1723)

Essor de la bactriologie moderne

(Koch, Gram,)
Essor de la virologie
VMT (Virus de la mosaque du tabac)
Virus de la fivre aphteuse
Bactriophages
Le microscope lectronique et le
VMT
La diffraction des rayons X
Les cultures cellulaires

Quelques ordres de dimension

Relative size of viruses
Poxvirus
Animal
Bacteria
cells
10 -2
(1 cm)

10 -3
(1 mm)

10 -4

10-5

10 -6
(1 m)

Viruses
10 -7

Proteins

10-8

10-9
(1 nm)

Light microscope
Electron microscope
X-ray
NMR

Atoms

10-10
(1 )

Procaryotes et Eucaryotes

Organismes vivants

Trois grands domaines

Six rgnes

Les six rgnes

2

5
6

The inherent fuzzy virus community provides the information and

process of host colonisation

L.P.Villarreal,G.Witzany/ Journal of Theoretical Biology 262 (2010) 698710

Raoult&ForterreNatureReviewsMicrobiology2008
Acanthamoebapolyphaga mimivirus

Procaryotes et Eucaryotes

Proprits

EUCARYOTES

PROCARYOTES

Prsence de chromosomes

PLUSIEURS

UN

Paroi Cellulaire

Simple sans peptidoglycane Complexe avec peptidoglycane

Diffrenciation

Tissus et organes

rudimentaire

Nuclole

PRESENT

ABSENT

Appareil de Golgi

PRESENT

ABSENT

Lysosomes

PRESENTS

ABSENTS

GENRE .ESPECE
Escherichia
Giardia

coli
intestinalis

Chapitre 2 : Les deux types de procaryotes

Quelques bases sur la structure des
bactries
Chromosome

Pilus ou Fimbrie
Capsule

Corpuscule
basal

Paroi
Membrane
Inclusion
Plasmide

Flagelle
Msosome

#1 Classification des bactries

(Relation avec loxygne)
1-Bactries arobies (Pseudomonas, Neisseria)
2-Bactries microarophiles (Campylobacter, Mycobacterium)
3-Bactries aro-anarobies (E. coli, Salmonelles, Streptocoques, Staphylocoques)
4-Bactries anarobies strictes (Bacteroides, Fusobacterium, Clostridium)

#2 Classification des bactries

Morphologie
Formes arrondies ou sphriques coques
Amas, grappe (Staphylocoques)
Chanette (Streptocoques)
Diplocoque (Pneumocoque)

Formes intermdiaires coccobacilles (Haemophilus influenzae)

Formes allonges en forme de btonnet bacilles
Extrmits carres (Bacillus anthracis)
Extrmits ffiles (Fusobacterium)
Pliomorphes (Corynebacterium diphtheriae)
Incurves : vibrions (Vibrio cholerae)

Formes spirales
Flexibles : Spirochtes (Treponema palidum)
Rigide (Spirilles)

Identification
Rgne
Embranchement
(phylum)
Classe
Famille
Genre
Espce

Procaryotes (ou
procaryotae)
Gracilicutes
Scotobacteria
Enterobacteriaceae
Escherichia
Escherichia coli

Procaryotes

Les procaryotes Prokaryota ou Prokarya), du grec pro (avant) et caryon (noyau), sont
des organismes dont la cellule ne possde pas de noyau cellulaire ni d'autres
organites, ils appartiennent au moins deux taxons distincts :

Les archobactries ou arches sont un groupe particulier, car il ne comprend essentiellement que des
espces anarobies vivant frquemment dans des environnements extrmes : on parle d'organisme
extrmophiles.
Les eubactries sont des bactries plus communes (dans notre quotidien, sol, nourriture...)

Les archbactries (Arches)

les arches sont aussi diffrentes des Bactries que celles-ci le sont
des Eucaryotes
Les arches utilisent une plus grande varit de sources dnergie
que les eucaryotes : compos organique comme les sucres,
lammoniac, les ions mtalliques et mme lhydrogne gazeux
comme nutriments.
Les bactries mthanognes
Les bactries halophiles
Les bactries thermoacidophiles

Chapitre 3 : Les trois eucaryotes

Les protozoaires
Les algues
Les champignons

Eucaryotes

Domaine EUCARYA
4 rgnes :
les protistes,
les plantes,
les champignons,
les animaux .

Rgne des protistes ou Protista

- Regroupe la plupart des organismes unicellulaires.
- Ont volu partir des procaryotes.
-Trs htrogne : sorte de fourre-tout volutif dans lequel sont placs
tous les Eucaryotes unicellulaires qui ne sont ni des animaux, ni des plantes,
ni des champignons

Les protistes
Certains Protistes, autrefois considrs comme
des Animaux, sont encore appels Protozoaires
(ex: amibe = Entamoeba).
Ce terme ne sera dsormais utilis, pour des
raisons pratiques, que pour des Protistes qui
ingrent leurs aliments par endocytose.
Mais stricto sensu, les Protozoaires ne peuvent
plus tre considrs comme des Animaux .

Exemple type de Protozoaire : Entamoeba histolytica , amibe pathogne pour

lhomme, sous forme vgtative.

Exemple type de Protozoaire

Vacuoles digestives

noyau

Membrane plasmique

Rgne des Champignons

ou Fungi
- Mousses,
- champignons,
- levures, moisissures
- Pas de photosynthse, donc tous sont
htrotrophes : ont besoin dun apport de molcules
riches en nergie, synthtise par dautres
organismes
- Ce sont des recycleurs : dcomposent les corps
morts dautres organismes et recycle le C et dautres
lments dans la nature.

Rgne des Champignons

ou Fungi

Champignons filamenteux
Les Aspergillus sont des champignons filamenteux, de
type moisissure
Myclium cloisonn portant de nombreux conidiophores
dresss, termins en vsicule.
Rpartition mondiale.
Se dveloppent sur la matire organique en
dcomposition, dans le sol, le compost, les denres
alimentaires, les crales.
Prsents dans l'environnement humain, notamment
dans les plantes, les fruits, la poussire, l'air. On trouve
de 1 20 spores par mtre cube. Nous en inhalons
entre 10 30 spores par jour!

Aspergillus
Les Aspergillus sont trs utiliss
dans l'industrie agroalimentaire
dans l'industrie des biotechnologies,
Fermentation, la production denzymes,
Production d'acides organiques,
Production dantimicrobiens.

Les champignons levuriformes

Candida est un genre de levures (dont lespce
la plus importante est Candida albicans
Commensal parfaitement tolr par l'homme
sain dans la bouche, sur la peau, dans le systme
digestif et dans la flore vaginale.
Il devient pathogne et provoque parfois des
mycoses (candidose) chez les humains et
d'autres animaux quand l'organisme est affaibli.

Chapitre 4 : Virus et prions sont-ils des

organismes vivants?
Les virus : pirates professionnels
Les prions, les cannibales et la vache
folle

Les virus
Les virus sont des acaryotes, ce ne sont pas des
cellules. Ils ont une structure beaucoup plus simple que
la cellule eucaryote ou procaryote
Les virus sont dans lchelle de lvolution, la limite
entre le non vivant et le vivant
Les virus ne peuvent se multiplier qu lintrieur des
cellules quils infectent, en dtournant leur profit, grce
linformation gntique porte par leur gnome, les
systmes cellulaires

Deux virus ADN,

ladnovirus et le papillomavirus

Classification des virus

Selon les cellules
infectes
Selon leur structure
Selon leur mode de
reproduction (rplication)
Selon leur matriel
gntique
Selon les maladies
associes ou leur mode
de transmission

Animaux, plantes, insectes,

champignons, bactries
Virus nus ou envelopps
Rplication cytoplasmique
ou nuclaire, Retrovirus
ARN ou ADN
Virus des hpatites, virus
transmis par les arthropodes
(Arbovirus = Arthropod
Borne Virus)

Organisation des virus

Selon LWOFF (1953-1959), les critres actuels qui dcrivent

lorganisation des virus sont les suivants :
Un virus ne contient quun seul acide nuclique soit de lADN
soit de lARN, mais jamais les deux la fois.
Lacide nuclique est entour dune coque protique: la capside
Lensemble capside et nuclode constitue la nuclocapside
La nuclocapside peut constituer elle seule un virus complet,
dans ce cas elle est nue. Si elle est recouverte dune enveloppe
externe, on dit que le virus est envelopp.

La capside virale et .
lordre dans la nature
Les capsides (du latin capsa bote) sont
des structures protiques organises,
constitues dun grand nombre de
copies de sous units protiques, les
protomres

La capside icosadrique

Un ICOSAHEDRE est un polydre compos de 20 facettes,

chacune en forme de triangle equilatral et de 12 sommets Une structure possde des axes de rotation correspondants
des axes de symtrie: symtrie 5:3:2

Poliovirus : 20 trimres
(VP1-VP2-VP3)
6 axesde symtrie dordre 5 passant par les sommets (ils passent par les sommets opposs),10
axes de symtrie dordre 3 passant travers de chaque face (ils joignent les centres de deux
faces opposes), 15 axes de symtrie dordre 2 passant par chaque arte (ils joignent les milieux
de deux artes opposes)

La taille des virus est de lordre du nanomtre schelonnant selon

un large ventail allant de 2025 nm pour les plus petits comme
lrythrovirus B19 300 nm pour les plus gros comme les Poxvirus
(virus de la variole).

Exemples de virus icosadriques en Cryo EM (1)

1Angstrm = 10-10m

La symtrie dans la nature

La capside hlicoidale
Une grande partie des virus des plantes
comme le virus de la mosaque du tabac
(VMT) et les bactriophages (M13,
coliphage fd), sont nus

La capside hlicoidale

Le virus de la grippe (virus ARN segment)

Les capsides complexes

Certains virus des bactries ont une

symtrie binaire combinant une tte
symtrie icosadrique et une queue
en hlice.

Schma dinfection dune bactrie par

un bactriophage (phage ADN)

Arrive

Fixation

Contraction
de la queue

Pntration
et percement

Ladsorption du phage T4 sur la paroi bactrienne

et injection de lADN

Injection
de lADN

Do viennent les virus?

Monde cellule

Monde virus

Cellules
eucaryotes

Virus ADN
Complexes

Virus ARN, Double brin

Simple brin, (+ et -)

1,5 milliards dannes

Rtrovirus

Cellules
procaryotes

Bactriophages

ADN

Phages ARN, Double brin

Brin positif

Phages
rtrodes

Monde ADN

3 milliards dannes

Oprons ADN
ADN polymrase

Virus ADN
Virus ARN
Virus rtrodes

Monde ARN/ADN

Proto-oprons
Rverse transcriptase

Virus ARN

Rtro-monde
Virus rtrodes

Monde originel

Protines/ARN

Rplicons ARN
ARN polymrase

Virus ARN

Les maladies virales

1re maladie relie un virus: la fivre jaune
Causent plus de 400 affections chez lhomme
(du SIDA, certains cancers, hpatites,
pneumonie, herps, verrues, rhume,
diarrhes,)
Beaucoup peuvent tre contrles par la
vaccination.

Le cycle de vie dun virus

(Cycle complet)

(i) Virus ADN: Les gnomes viraux sont prsents et se

rpliquent dans le noyau de la cellule-hte (sauf les poxvirus)
(ii) La plupart des virus ARN se rpliquent dans le
cytoplasme (sauf virus de la grippe)

Effet des virus sur les cellules

Produisent des protines virales (effet toxique sur la cellule infecte)

Interfrent avec la machinerie cellulaire
Crent de nouvelles structures pour dtruire la cellule
Modifient les surfaces cellulaires, pour quelles puissent tre attaques par le
systme immunitaire
Modifient le cycle cellulaire (transformation)

Effet cytopathique ou cytopathogne (ECP)

Exemples de particules virales

le VIH

Le Virus de lHpatite B

Ladnovirus humain

Les prions, les cannibales

et la vache folle

Nov 1986: apparition de l ESB au Royaume-Uni.

1991
Une maladie
ancienne: le Kuru

1986

1988

Cette maladie, appele aussi maladie de la vache folle , est souponne

de transmettre l'homme une variante de la maladie de Creutzfeld-Jakob.

Notion de prions
(ATNC: agents transmissibles non conventionnels)
Responsabilit dune protine anormale (1991): le prion,
rsistante aux protases (PrPsc, rsultant dune modification
de la conformation des molcules protiques cellulaires
normales, PrPc, anormalement accumules

1991 : dcouverte du premier cas de vache folle en France, o le

gouvernement ordonne d'abattre tout le troupeau si un animal est
atteint. Les chercheurs dcouvrent la possibilit de transmission
de l'ESB d'autres espces.

1991
Stanley Prusiner

1997

Mentions lgales
L'ensemble de ce document relve des lgislations franaise et internationale sur le droit d'auteur
et la proprit intellectuelle. Tous les droits de reproduction de tout ou partie sont rservs pour les
textes ainsi que pour l'ensemble des documents iconographiques, photographiques, vidos et
sonores.
Ce document est interdit la vente ou la location. Sa diffusion, duplication, mise disposition du
public (sous quelque forme ou support que ce soit), mise en rseau, partielles ou totales, sont
strictement rserves luniversit Joseph Fourier de Grenoble.
Lutilisation de ce document est strictement rserve lusage priv des tudiants inscrits en 1re
anne de Mdecine ou de Pharmacie de lUniversit Joseph Fourier de Grenoble, et non destine
une utilisation collective, gratuite ou payante.
Ce document a t ralis par la Cellule TICE de la Facult de Mdecine et de Pharmacie de Grenoble
(Universit Joseph Fourier Grenoble 1)