Enquanto Joo Paulo II encontra-se h 20 anos assentado no chamado trono de
So Pedro, os cinco papas que governaram a Igreja durante os 18 anos do Conclio de Trento (1545-1563) tiveram pontificados de pequena durao. Paulo III foi eleito papa aos 66 anos e morreu 15 anos depois. Jlio III foi eleito aos 63 e morreu cinco anos depois. Marcelo II foi eleito aos 54 (a 10 de abril de 1555) e morreu 22 dias depois (1o. de maio), Paulo IV foi eleito aos 79 e morreu quatro anos depois. E Pio IV foi eleito aos 60 e morreu sete anos depois. Com exceo do piedoso Marcelo II, todos os outros mancharam seus pontificados com a prtica do nepotismo. Paulo IV, por exemplo, fez de seu sobrinho Carlos Carafa Cardeal Secretrio de Estado. Esse homem era imoral e destitudo de conscincia e abusou de seu ofcio para cometer extorses vergonhosas. O 19 Conclio Ecumnico da Igreja, mais conhecido como o Conclio de Trento, por ter se reunido em sua grande parte na cidade de Trento, ao norte da Itlia, realizou 25 sesses plenrias em trs perodos distintos, de 1545 a 1563. O primeiro perodo foi de 1545 a 1547. O segundo comeou quatro anos depois, em 1551 e terminou no ano seguinte. O ltimo perodo comeou dez anos mais tarde, em 1562, e terminou no ano seguinte. A essa altura, a Reforma Protestante j tinha se espalhado por todos os pases da Europa Ocidental e da Europa Setentrional. A abertura do Conclio de Trento deuse 28 anos depois do rompimento de Martin Lutero com Roma (outubro de 1517) e nove anos depois da primeira edio das Institutas da religio crist, de Joo Calvino, em 1536 (um livro de formato pequeno, com 516 pginas). Outras edies em latim e francs j tinham sido publicadas. Por ocasio da abertura do Conclio (13 de dezembro de 1545), todos os reformadores, exceto Ulrico Zunglio, ainda estavam vivos: Martin Lutero com 62 anos, Guilherme Farel com 56, Filipe Melanchton com 48, Joo Calvino com 36 e Joo Knox com 31. Lutero morreria no ano seguinte (1546). O propsito do Conclio de Trento era fazer frente Reforma Protestante, reafirmando as doutrinas tradicionais e arrumando a prpria casa. Portanto houve duas reaes distintas, uma na rea teolgica e outra na rea vivencial. Um dos papas teria confessado que Deus permitiu a revolta protestante por causa dos pecados dos homens, "especialmente dos sacerdotes e prelados". No que diz respeito melhoria da conduta do clero, o Conclio foi muito positivo. Formulou-se uma legislao com o objetivo de eliminar os abusos. Os sacerdotes deveriam residir junto s parquias, os bispos, na sede episcopal, monges e freiras em seus mosteiros e conventos. A Igreja deveria fundar seminrios para preparar melhor seus sacerdotes. Mas, no que diz respeito s doutrinas postas em dvida pela Reforma Protestante, o Conclio de Trento nada fez seno confirmar o ensino tradicional catlico. Enquanto os protestantes afirmavam que a Escritura Sagrada a nica regra de f e prtica dos cristos, o Conclio colocava a tradio e os dogmas papais no mesmo p de igualdade com a Bblia. O Conclio declarou que a traduo latina da Bblia, a Vulgata, era suficiente para qualquer discusso dogmtica e s a Igreja tem o direito de interpretar as Escrituras. Tambm reafirmou a doutrina da transubstanciao, defendeu a concesso de indulgncias, aprovou as preces dirigidas aos santos, definiu o sacrifcio da missa, insistiu na existncia do purgatrio e ensinou que a justificao o resultado da colaborao entre a graa de Deus e as obras meritrias do crente. Outra resoluo do Conclio de Trento que acentua a diferena entre catlicos e protestantes foi a incluso de livros duteros cannicos no cnon bblico.
Depois do Conclio de Trento, a cristantade ficou definitivamente dividida entre a
Igreja Catlica Romana e a Igreja Protestante, por meio de suas diferentes denominaes: valdenses, anabatistas, luteranos, presbiterianos (calvinistas) e outras. Como j havia uma diviso anterior, ocorrida em 1054, deve-se acrescentar o terceiro brao da Igreja Crist: a Igreja Ortodoxa Grega. A ltima sesso do Conclio de Trento aconteceu no dia 4 de dezembro de 1563. Nesse dia foram lidas todas as decises tridentinas - todo o texto ou apenas seus comeos - e encaminhadas ao Papa Pio IV para aprovao final, o que ocorreu menos de dois meses depois, em 26 de janeiro de 1564. Durante o Conclio de Trento, os protestantes redigiram pelo menos trs clssicas confisses de f: a Confisso Escocesa (1560), o Catecismo de Heidelberg (1562) e a Segunda Confisso Helvtica (1562). Os pontos doutrinrios a expostos no se afinam com as declaraes tridentinas. As diferenas entre um credo e outro permanecem at hoje, embora a convivncia entre um grupo e outro seja muito melhor neste final do sculo XX do que na primeira metade do sculo XVI. Este Concilio teve especial importancia para os pesquisadores de genealogia devido a uma de suas resolues, esta determinava que toda criana, para ser batizada na igreja catolica deveria possuir um nome cristo e um sobrenome de familia, desta forma, as familias que ainda no o possuiam foram obrigadas a assumir o termo que os identifica-se, o uso de sobrenomes familiares foi ento implantado definitivamente.