PROTEINAS QUE PARTICIPAN EN LA TRANSCRIPCION

DE LOS SERES VIVOS

http://www.ucl.ac.uk/smb/werner/Research

TRANSCRIPCION

www.chemguide.co.uk

TRANSCRIPCION

5- U U A A G A A C A G C U U A C C C G G G U C G A A G C U U U C A U 3

LOS FACTORES SIGMA () QUE SE UNEN A LA ARNPOLIMERASA PARA FORMAR LA HOLOENZIMA

Fac.

Gen

Masa
(kDa)

Uso

Secuencia -35

Separacin

Secuencia -10

70

rpoD

70

general

TTGACA

16-18 pb

TATAAT

32

rpoH

32

choque trmico

CCCTTGAA

13-15 pb

CCCGATNT

24

rpoE

24

choque trmico

Se desconoce

Se desconoce

Se desconoce

54

rpoN

54

nitrgeno

CTGGNA

6 pb

TTGCA

28

fliA

28

flagelar

CTAAA

15 pb

GCCGATAA

http://fbio.uh.cu/sites/genmol/confs/conf2/p02.htm

ARN-POLIMERASA DE E. coli

http://rnametabolism.files.wordpress.com/2012/04/picture1.jpg?w=1024

SUBUNIDADES DE LA
ARN POLIMERASA DE E. coli
Subunidad

Size (kd)

Funcin

Alpha ()

36

Requerida para el ensamblaje de la enzima; es una

protena reguladora para el inicio de la transcripcin.

Beta ()

150

Une los NTP a la cadena que se est sintetizando.

Funciona en la iniciacin y la elongacin.

Beta ()

155

Se encarga de la unin a la hebra molde de ADN.

Omega ()

10

Restaura in vitro la funcin de la ARN polimerasa para

que de esta manera sea completamente funcional.

Sigma ()

70

Direcciona u orienta la enzima hacia la zona promotora.

http://rnametabolism.wordpress.com/category/26-1-dna-dependent-synthesis-of-rna/

SECUENCIAS PROMOTORAS
EN PROCARIOTAS
Promoter
trp operon

-35 Region

Spacer

-10 Region

Spacer

RNA start

TTGACA

N17

TTAACT

N7

TTACA

N16

TATGAT

N7

lP2

TTGACA

N17

GATACT

N6

lac operon

TTTACA

N17

TATGTT

N6

rec A

TTGATA

N16

TATAAT

N7

lex A

TTCCAA

N17

TATACT

N6

T7A3

TTGACA

N17

TACGAT

N7

consensus

TTGACA

tRNAtyr

TATAAT

http://biowiki.ucdavis.edu/Biochemistry/Binding/Binding_and_Control_of_Gene_Transcription/Specific_DNA_Binding_Sites

TRANSCRIPCION
EN PROCARIOTAS

www7.uc.cl

AUG
GUG
UUG

UAG
UGA
UAA

Modificado de

www7.uc.cl

PROCESO DE TRANSCRIPCION

www7.uc.cl

A) ESTRUCTURAS DE BUCLES Y TALLOS, y

B) POR FACTOR RHO
B)

A)

www.guokr.com

http://fbio.uh.cu/sites/genmol/confs/conf2/p02.htm

Transcripcin de un gen

http://unlockinglifescode.org/media/images/444

ARN POLIMERASAS DE EUCARIOTAS

Enzima

RNA Pol I

RNA Pol II

Localizacin

Nuclolo

Nucleoplasma

RNA Pol III Nucleoplasma

Copias/cl

Producto

40,000

pre-rRNA
(35-47s)

40,000

20,000

hnRNA
snRNA
(U1,U2,U4,U5)

rRNA 5S
tRNA
snRNA U6
RNA 7S
Otros RNA
de < 300 pb

Actividad
polimersica

Sensibilidad
a la
-amanitina

50-70%

Ninguna

20-40%

Alta

~10%

Especfica de
especie

http://fbio.uh.cu/sites/genmol/confs/conf2/p03.htm

ARN POLIMERASAS DE EUCARIOTAS

www.siumed.edu

Transcripcin de un gen

http://unlockinglifescode.org/media/images/444

TRANSCRIPCION
EUCARIOTA

recursostic.educacion.es

Estructura CAP y Metilacin del

extremo 5-

http://www.intechopen.com/books/current-issues-in-molecular-virology-viral-genetics-and-biotechnological-applications/rna-5-end-maturation-a-crucial-step-in-thereplication-of-viral-genomes

Estructura CAP y Metilacin del

extremo 5-

ARN trifosfatasa,
guanililtransferasa
y metiltransferasa
http://www.intechopen.com/books/current-issues-in-molecular-virology-viral-genetics-and-biotechnological-applications/rna-5-end-maturation-a-crucial-step-in-thereplication-of-viral-genomes

Poliadenilacin del mARN

http://oregonstate.edu/instruct/bb451/spring14/stryer7/CH29/figure_29_31.jpg

PROCESAMIENTO DE LOS rARN RIBOSOMALES

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21729/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21729/figure/A2985/?rep
ort=objectonly

PROCESAMIENTO DE LOS tARN

TERMINACION DE LA TRANSCRIPCION EN EUCARIOTAS

La ARN polimerasa II (que transcribe los mARN) puede terminar la

transcripcin en diferentes sitios que se encuentran localizados a una
distancia de 0.52 kb corriente abajo de la cola poly(A) del mARN.

La ARN polimerasa I (que transcribe los rARN) termina la

transcripcin de estos genes mediante la unin de una protena de
terminacin que se une al ADN en una secuencia que se localiza
corriente abajo del gen. Este proceso es semejante al que ocurre en
bacterias con el factor rho. La diferencia es que rho se une al ARN y
esta protena se une al ADN.
La ARN polimerasa III (que transcribe los tARN) termina el proceso de
transcripcin despus de sintetizar una secuencia de poly(U). A
diferencia de lo que ocurre en bacterias con la formacin de tallos y
bucles, aqu no hay ninguna formacin de estructuras secundarias
pero la presencia de esta secuencia induce la separacin del
complejo enzima- ADN-ARN.

https://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A Video

Biognesis de los small interfering RNA (siRNA) :

Los transcritos que son capaces de formar ARN de doble hebra

(dsRNA) o que pueden formar estructuras de bucles con tallos largos
sirven como precursores de siRNA endgenos.

Los pseudogenes que han sido transcritos en una orientacin

antisentido producen ARN que se aparean con el mARN que se
obtuvo del gen en la orientacin correcta, as como tambin se
pueden aparear con transcritos que se han derivado de secuencias
repetidas de carcter intergnico, que incluyen a los transposones.

El procesamiento de los endo-siRNA require la participacin de las

protenas Dicer, mientras que el papel que juegan las protenas que
se asocian a Dicer, como las Dicer-binding proteins (por ej., la TAR
RNA-binding protein TRBP- tambin conocida como la TARBP2 y
PACT- tambin conocida como PRKRA) permanece desconocido.

Despus de la maduracin, los endo-siRNAs (de ~21 nucletidos de

longitud son cargados en la protena Argonauta 2 (AGO2). Adems
no se ha establecido si los endo-siRNAs son cargados en algn otro

de los miembros de la familia AGO, como AGO1, AGO3 y AGO4.

Los siRNAs exgenos (exo-siRNAs) se derivan de dsRNAs exgenos

por accin de la protena DicerTRBP (or DicerPACT). Los exosiRNAs son cargados en AGO1, AGO2, AGO3 y AGO4. Sin embargo
slo el complejo AGO2siRNA funciona como RNA de interferencia
debido a que los otros miembros de la familia AGO han perdido
actividad de Slicer o de corte.

Las protenas de la familia Argonauta (AGO) se asocian al smallRNA (ARN pequeo) y

forman complejos ARN-protena llamados RISC (RNA-Induced Silencing Complexes:
complejos de silenciamiento inducidos por ARN).

Los complejos RISC usan los siRNAs como gua para silenciar de forma especfica los ARN
mensajeros que contienen una secuencia complementaria a la del ARN gua. Los complejos
RISC inducen la degradacin de los mensajeros o reprimen su traduccin.

En bacterias la molcula gua es ADN mientras que en humanos es el ARN (smallRNA). Las
secuencias de las protenas AGO estn bastante conservadas entre procariotas y
eucariotas.

Dicer es una ribonucleasa miembro de la familia de las ARNasa III. Es una

protena que se localiza en el citoplasma celular. Dicer corta el ARN de doble
hebra en fragmentos de iARN de 20-25 n, con dos bases libres en los extremos 3OH y un extremo 5- P .

https://es.wikipedia.org/wiki/Dicer#/media/File:SiRNA_structure2.jpg

http://medmol.es/moleculas/38/

Biognesis de los MicroARN (miARN) :

Los transcritos primarios de los miARN (pri-miARNs)

son sintetizados por la ARN pol II a partir de genes
que codifican para miARN.
Los pri-miARN forman unas estructuras con bucles
que luego son procesadas hasta miARN precursores
(pre-miARN) de ~60-70 n, por el complejo
microprocesador Drosha-DGCR8 (DiGeorge
syndrome critical region 8). Esto ocurre en el ncleo.
Despus de ser exportados por la exportina 5 y el
complejo Ran-GTP, el pre-miARN es procesado hasta
la obtencin de dos cadenas de miARN de ~22 n

(miARN-miARN duplex).
Uno de los miARN, el denominado miARN pasajero,
es degradado por el complejo Dicer-TRBP. El miARN
maduro es cargado entonces en los AGO1, AGO2,
AGO3 y AGO4.

"MiRNA" by Kelvinsong - Own work. Licensed under CC BY 3.0 via Commons https://commons.wikimedia.org/wiki/File:MiRNA.svg#/media/File:MiRNA.svg

 El micro ARN, miARN, posee ~22nucletidos.

Se encuentran en plantas, animales, y algunos virus.
Los miARN son obtenidos de sus propios genes o a partir
de intrones.
Su funcin consiste en el silenciamiento del ARN y en la
regulacin de la expresin gnica de eucariotas.
Los mARN son silenciados por alguno de los siguientes
mecanismos:
1) Rompimiento de la cadena de mARN en dos
fragmentos de longitudes diferentes.
2) Desestabilizacin del mARN debido al acortamiento
de la cola de poli A.
3) Disminucin en la eficiencia del proceso de
traduccin del mARN a protenas en el ribosoma.
"MiRNA" by Kelvinsong - Own work. Licensed under CC BY 3.0 via Commons https://commons.wikimedia.org/wiki/File:MiRNA.svg#/media/File:MiRNA.svg

 DROSHA es un miembro de la superfamilia de la ribonucleasa III.

Participa en la maduracin de diversos tipos de ARN y en algunos procesos de
degradacin de ARN en eucariotas y procariotas.
La ARNasa III Drosha es la principal nucleasa que inicia el procesamiento de
los miRNA en el ncleo.

Biognesis de los PIWI*-interacting RNA (piRNA):

*P-element induced wimpy testis

Los piRNAs (que tienen entre 2432 n de largo) son procesados a partir de
precursores de ARN de una sla hebra que han sido transcritos de manera
continua a partir de un elemento repetitivo intergnico conocido como cluster de
piRNA.

A diferencia de los miRNAs y los siRNAs, piRNAs no requiren de la protena

Dicer para su procesamiento.

No se ha podido establecer si requieren de la protena Drosha para su

maduracin.

Al inicio los piRNA primarios son producidos a travs de una va de

procesamiento primario y luego son amplificados a travs de la va ping-pong,
la cual requiere la participacin de la protena Slicer.

El procesamiento de los piRNA primarios y el montaje en las protenas PIWI de

ratn puede ocurrir en el citoplasma.

MIWI2 (conocida tambin como protena semejante a PIWI 4) se asocia

especificamente con los piRNAs secundarios que han sido procesados a travs
del bucle de amplificacin y se localiza en el ncleo en donde cumple su
funcin de silenciamiento.

Alwin Khler & Ed Hurt. 2007. Exporting RNA from the nucleus to the cytoplasm. Nature Reviews Molecular Cell Biology 8, 761-773. doi:10.1038/nrm2255

 La exportina t es una protena que une los tARN

completamente procesados a la protena transductora
Ran, dependiente de GTP. El complejo atraviesa el poro
nuclear (CPN) y se disocia a nivel de los filamentos del
CPN, liberando los tARN en el citosol.
Ran es una protena G pequea que es esencial para la
translocacin del ARN y algunas protenas a travs del
poro nuclear.
La exportina 5 es una protena que une los dsARN
completamente procesados a la protena transductora
Ran, dependiente de GTP. El complejo atraviesa el poro
nuclear (CPN) y se disocia a nivel de los filamentos del
CPN, liberando los dsARN en el citosol.
CBC: cap-binding complex
Alwin Khler & Ed Hurt. 2007. Exporting RNA from the nucleus to the cytoplasm. Nature Reviews Molecular Cell Biology 8, 761-773. doi:10.1038/nrm2255

FACTORES REGULADORES DE LA TRANSCRIPCION EUCARIOTA

http://www.biochem.umd.edu/biochem/kahn/molmachines/newpolII/home.html

PROMOTORES Y REGULADORES DE LA TRANSCRIPCION EN EUCARIOTAS

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.

UAS: UPSTREAM ACTIVATING SEQUENCE

RE: BINDING RESPONSE ELEMENT (tambin se conoce como BRE)
TATA BOX: CAJA TATA (ZONA CONSENSO DEL PROMOTOR EUCARIOTA AL QUE SE UNE LA PROTEINA TBP)
INR: INITIATOR REGION (ZONA INICIADORA)
DPE: DOWNSTREAM PROMOTER ELEMENT (ELEMENTO DEL PROMOTOR LOCALIZADO CORRIENTE ABAJO)
ENHANCER: POTENCIADOR
SILENCER: SILENCIADORES (INHIBIDORES)
INSULATOR: AISLANTE (BLOQUEAN LA INTERACCIN ENTRE LOS ENHANCERS Y EL PROMOTOR)
http://biowiki.ucdavis.edu/Biochemistry/Binding/Binding_and_Control_of_Gene_Transcription/Specific_DNA_Binding_Sites

TIPOS DE ENSAMBLAJE EN LA TRANSCRIPCION DE GENES EUCARIOTAS

http://employees.csbsju.edu/hjakubowski/classes/ch331/bind/multisubunittxnapp.htm

REGULADORES DE LA TRANSCRIPCION EN EUCARIOTAS

http://biology.kenyon.edu/courses/biol114/quiz_S01/Biol114_Test3_practiceKey.htm

ELEMENTOS DE RESPUESTA EN EUCARIOTAS

(RE)s
Regulatory agent

Module

Consensus

DNA bound

Size
(daltons)

Factor

Heat Shock

HSE

CNNGAANNTCCNNG

27 bp

HSTF

93,000

Glucocorticoid

GRE

TGGTACAAATGTTCT

20 bp

Receptor

94,000

Cadmium

MRE

CGNCCCGGNCNC

Phorbol Ester

TRE

TGACTCA

22 bp

AP1

39,000

Serum

SRE

CCATATTAGG

20 bp

SRF

52,000

Antioxidant

ARE

GTGACTCAGC

Pheromone (fungus)

ACAAAGGGA

Hypoxia

HRE

CCACAGTGCATACGT
GGGCTCCAACAGGTC
CTCTCCCTCCCATGCA

Hypoxia
Factor

Peroxisome Proliferator
Activated Receptor
(PPAR)

PPRE

aGG_CAAAGGT(CG)A

PPAR

Steroid (general)
(progesterone,
androgen,
mineralcorticoids,
glucocorticoids)

Inducible 826 aa

59,000

AGAACAxxxACAAGA
(inverted repeat)

http://biowiki.ucdavis.edu/Biochemistry/Binding/Binding_and_Control_of_Gene_Transcription/Specific_DNA_Binding_Sites

http://www.drugdevelopment-technology.com/projects/truvada-prevention-hiv/truvada-prevention-hiv2.html

http://global.britannica.com/science/reverse-transcriptase

http://global.britannica.com/media/full/500460/124682

Transcriptasa Reversa

https://en.wikipedia.org/wiki/Reverse_transcriptase

Transcriptasa Reversa
Funciones de la transcriptasa reversa o revertasa:

(a) ARN-dependiente ADN polimerasa: para la sntesis

de una hebra de ADN complementaria al molde de ARN. Esta
molcula de ADN se denomina cADN.

(b) Ribonucleasa H: para degradar la molcula de ARN en el

hbrido ARN-ADN.

(c) ADN-dependiente ADNA polimerasa: para sintetizar

la molcula de ADN complementaria a la hebra de cADN.

https://en.wikipedia.org/wiki/Reverse_transcriptase

Anexos

https://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA

http://www.nature.com/nature/journal/v469/n7330/fig_tab/nature09783_F1.html
Eric M. Small & Eric N. Olson. 2011. Pervasive roles of microRNAs in cardiovascular biology. Nature 469, 336342. doi:10.1038/nature09783