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E + S ESEP E + P
E
La Ea de la hidrlisis de la urea
baja de 30 a 11 kcal/mol con la
accin de las enzimas, acelerando
la reaccin 1014 x
E+S
E+P
Tiempo de la reaccin
El aumento de temperatura
necesario para producir la reaccin
no catalizada seria de 529C
Enzima - Catalizador
Enzima
Sustrato
Sitio activo
Complementariedad geomtrica
Complementariedad
inicas
Modelos:
de
Encaje inducido
Llave cerradura.
Estado de transicin
cargas,
uniones
Clasificacin y
nomenclatura de enzimas
Clasificacin y nomenclatura
Nombre sistemtico:
Grupo transferido
Aceptor
EC 2.7.1.1
Grupo
Enzimas
Subgrupo
Clasificacin y nomenclatura
Clasificacin de enzimas por Grupos
EC 1.x Oxidorreductasas
EC 2.x Transferasas
EC 3.x Hidrolasas
EC 4.x Liasas
EC 5.x Isomerasas
EC 6.x Ligasas
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreduccin, en que tomos de
oxigeno hidrogeno son trasladados entre molculas:
Ared + Box
Aox + Bred
AH2 + B
A + BH2
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Nombre: Dador:Aceptor oxidorreductasa
b-D-Glucosa : O2 1-oxidorreductasa
Dador
EC 1.1.3.4
Aceptor
Nombre comn:
Glucosa oxidasa
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Nomenclatura del subgrupo en oxidorreductasas:
EC 1.1.x EC 1.2.x EC 1.3.x EC 1.4.x EC 1.5.x EC 1.6.x etc.
Deshidrogenasas
Oxidasas
Peroxidasas
Oxigenasas
Hidroxilasas
Reductasas
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 2: Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de tomos
grupo de tomos entre molculas:
A-X + B
A + B-X
EC 2.7.1.1
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 2: Transferasas
Clasificacin de subgrupo de las transferasas:
EC 2.1.x
EC 2.2.x
EC 2.3.x
EC 2.4.x
EC 2.5.x
EC 2.6.x
EC 2.7.x
EC 2.8.x
EC 2.9.x
Grupos monocarbonados
Grupos aldehido o ceto
Aciltransferasas
Glicosiltransferasas
Alquil- o Ariltransferasas
Grupos nitrogenados
Grupos fosfato
Grupos sulfato
Grupos selenio
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 3: Hidrolasas
Catalizan reacciones de hidrlisis y tambin su reverso. Son
las ms comunes en el dominio de la tecnologa enzimtica:
A-B + H2O
A-OH + H-B
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 3: Hidrolasas
Clasificacin de las hidrolasas:
3.1.-.3.2.-.3.3.-.3.4.-.3.5.-.etc.
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 3: Hidrolasas
Caso particular Pptido hidrolasas: clasificacin comn (no
sistemtica)
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 4: Liasas
Catalizan reacciones reversibles de remocin de grupo de
tomos del sustrato (este grupo no incluye las hidrolasas):
A-B
Ejemplo
Nombre sistemtico:
Histidina amonio-liasa (EC 4.3.1.3)
Nombre comn:
Histidasa
A+B
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 4: Liasas
Clasificacin de las liasas:
4.1.x - Actan sobre enlaces C-C
4.2.x - Actan sobre enlaces C-O
4.3.x - Actan sobre enlaces C-N
4.4.x - Actan sobre enlaces C-S
4.5.x - Actan sobre enlaces C-Haluro (S-, Cl-, Br-, I- At-)
4.6.x - Actan sobre enlaces P-O
4.99.x - Otras liases
Aplicaciones: Pectato liasa Remueve los compuestos indeseables (ceras,
pectinas, protenas) en fibras en la industria textil bioscouring
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 5: Isomerasas
Catalizan reacciones de isomerizacin moleculares
A
Ejemplo:
Glucosa isomerasa (EC 5.3.1.5)
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 5: Isomerasas
Clasificacin de las isomerasas:
5.1.x - Rasemasas y Epimerasas
5.2.x - cis-Trans-Isomerasas
5.3.x - Oxidoreductasas Intramolecular
5.4.x - Transferasas Intramoleculares (mutases)
5.5.x - Liasas Intramoleculares
5.99.x - Otras Isomerasas
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 6: Ligasas
Catalizan la unin de dos grupos qumicos a expensas
de la hidrlisis de un nucletido trifosfato (ATP, GTP, etc.).
A + B + ATP
A-B + ADP + Pi
Clasificacin y nomenclatura
Grupo 6: Ligasas
Clasificacin de las ligasas:
6.1.x
6.2.x
6.3.x
6.4.x
6.5.x
6.6.x
Cintica Enzimtica
Cintica Enzimtica
La cintica enzimtica es el anlisis cuantitativo del efecto
de cada uno de los factores que intervienen en la actividad
enzimtica, que se evala a travs de la velocidad de la
reaccin catalizada.
pH
Temperatura
Se tendr:
dp
ds
v
dt
dt
Baja
concentracin
de sustrato
ALTA
concentracin
de sustrato
SATURACION
.
.
.
.
.
.
[s]
[ ]
d[P]
v = dt , t
s
t
E+S
k+1
k-1
ES
k+2
E+P
E+S
k+1
ES
k+2
k-1
Sistema No admite solucin analtica.
- Simulaciones numricas
- Hiptesis que lo simplifiquen
E+P
E+S
k+1
ES
k+2
E+P
k-1
- La primera parte del mecanismo,
k+1
E+S
ES
k-1
ES
k+2
E+P
Hiptesis de
Michaelis-Menten
Equilibrio rpido
e0 s
x
Km s
v k2 x
k 2 e0 s
v
Km s
k2e0 Vmax
E S es e0 xs
Km
ES x
x
Vmax s
v
Km s
dx
0 k 1es k 1 k 2 x
dt
k1es k1 e0 xs k1 k2 x
e0 s
e0 s
x
k 1 k 2
Km s
s
k 1
v k2 x
k2e0 Vmax
Vmax s
v
Km s
Hiptesis de
estado estacionario
v=
Vmax * s
Km + s
Significado de la constante Km
1. Constante de equilibrio de disociacin del complejo ES
(en condiciones de equilibrio rpido)
2. Medida inversa de la afinidad de la enzima por el substrato
(en condiciones de equilibrio rpido)
Vmax
Vmax/2
Km
La Km es la concentracin de sustrato
donde se obtiene la mitad de la Vmax
Vmax
Vmax/2
Km
Representacin directa
Vmax
100
80
60
v
40
Vmx s
Km s
20
s
0
0
20
Km
40
60
80
100
Representacin Lineweaver-Burke
0.04
1/v
0.03
1/Vmax
-1/Km
0.02
1 Km 1 1
v Vmx s Vmx
0.01
0.00
-0.4
-0.2
0.0
0.2
0.4
0.6
1/s
Representacin s -s/v
(Eadie - Hofstee)
Representacin Hanes
1.2
s/v
1.0
0.8
0.6
s
1
Km
s
v Vmx
Vmx
0.4
-Km
0.2
0.0
-20
20
40
60
80
100
120
Representacin
de Eadie-Hofstee
Representacin v/s - v
(Wong - Hanes)
Vmax
100
v
v Km Vmx
s
80
60
40
20
v/s
0
0
10
12
14
16
Eje Y
Eje X
Intercepto
Eje Y
Intercepto
Eje x
Pendiente
LineweaverBurke
1/v
1/s
1/V
-1/K
K/V
Hanes
s/v
K/V
-K
1/V
EadieHofstee
v/s
V/K
-K
a vt 0
dp
ds
dt t 0
dt t 0
Efecto del pH
15
Desnaturacin
por calor
40
75
Temperatura
ORGANISMOS TERMFILOS
Coenzimas
Sustrato
oxidado
Isoenzimas o Isozimas
Inhibicin enzimtica
Inhibidor:
Efector que hace disminuir la actividad enzimtica, a travs de
interacciones con el centro activo u otros centros especficos
(alostricos).
Esta definicin excluye todos aquellos agentes que inactivan a
la enzima a travs de desnaturalizacin de la molcula enzimtica
De esta forma, habr dos tipos de inhibidores:
I. Isostricos: ejercen su accin sobre el centro activo
II. Alostricos: ejercen su accin sobre otra parte de la
molcula, causando un cambio conformacional con
repercusin negativa en la actividad enzimtica.
Inhibicin enzimtica
isostrica
EI
ES + I
ESI
Inhibicin reversible
(a) El inhibidor se fija al centro activo de la enzima libre,
impidiendo la fijacin del substrato: Inhibicin Competitiva
(b) El inhibidor se fija a la enzima independientemente de que lo
haga o no el substrato; el inhibidor, por tanto, no impide la
fijacin del substrato a la enzima, pero s impide la accin
cataltica: Inhibicin No Competitiva
Inhibicin Competitiva
Inhibidores Competitivos
Inhibicin competitiva
Al aumentar la cantidad
de
SUSTRATO
el
inhibidor competitivo es
desplazado y se forma
producto
S
E
ES
E+P
EI
[E] [I]
Ki =
[EI]
Caractersticas:
- Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas
- A muy altas concentraciones de substrato desaparece la inhibicin
- Por lo general, el inhibidor competitivo es un anlogo qumico del
substrato.
- El inhibidor es tan especfico como el substrato
(e0 x y) s
Km
x
(e0 x y )i
Ki
y
Que resuelto para x nos da
e0 s
x
i
Km 1 s
Ki
De donde
Vmx s
v
i
Km 1 s
Ki
Sin inhibidor
Con inhibidor
El inhibidor competitivo
aumenta la Km
Km
Km
Sin
con
inhibidor inhibidor
0.07
1/v
0.06
0.05
0.04
1/Vmax
0.03
0.02
-1/Km
0.01
1/s
0.00
-0.3
-0.2
-0.1
0.0
0.1
0.2
0.3
-1/(Km(1 + i/Ki))
0.4
0.5
0.6
Metotrexato y Dihidrofolato
Inhibidor competitivo
su estructura es similar a la del sustrato
No se forma producto
Inhibicin No Competitiva
Inhibidor No Competitivo
Inhibicin NO competitiva
Inhibidor NO competitivo
El inhibidor NO competitivo se une a la enzima en un
sitio diferente del sitio activo
S
E
ES
Inhibicin
No Competitiva
S
EI
E+P
ESI
Inhibicin Anticompetitiva
o Incompetitiva
Inhibidor Incompetitivo
En este tipo de inhibicin el inhibidor se enlaza al centro
activo pero solo despus de que el sustrato lo haya hecho y,
por tanto, inhibidor y sustrato no compiten. De esta manera,
aunque todo el sustrato est saturando la enzima y toda la
enzima est como complejo ES, el inhibidor puede
enlazarse produciendo un complejo inactivo ESI.
Como I solo se une a ES estimula la formacin de ES y, por
tanto, incrementa la unin del sustrato a la enzima,
disminuyendo Km . Sin embargo, el complejo ESI no
conduce a productos y Vm disminuye.
Inhibidor Incompetitivo
S
E
ES
E+P
I
ESI
Inhibicin
Anticompetitiva
Kap
Vap
Km(1+i/Ki)
Vm
Km
Vm/(1+i/Ki)
Km/(1+i/Ki)
Vm/(1+i/Ki)
Inhibicin Irreversible
- Los inhibidores irreversibles reaccionan con un grupo
qumico de la enzima, modificndola covalentemente
- Su accin no se describe por una constante de equilibrio Ki,
sino por una constante de velocidad ki:
E+I
Inhibidores Irreversibles
2. Organofosfricos
3. Ligandos de metales
4. Metales pesados
Inhibicin enzimtica
alosterica
Enzimas Alostricas
Enzimas alostricas
Concepto de Cooperatividad
Moduladores Alostricos
Aspartato Transcarbamilasa
RESUMEN
RESUMEN