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menos, pero muy significativas), las cuales llegan hasta el extremo 3 de la secu
encia. Este ltimo aspecto se debe a que dicho extremo es el ms sensible, y debera s
er el que mejor se ajustara con la secuencia diana de un experimento de PCR, par
a que la Taq-polimerasa comenzara a alargar dicha secuencia y diera lugar a un p
roducto de amplificacin.
En el caso del primer SK38 (28 nucletidos), las principales similitudes han sido
las siguientes:
ref|NM_001035521.1| Homo sapiens general transcription factor IIIC, polypeptide
2, beta 110kDa (GTF3C2), transcript variant 2, mRNA
Similitudes = 12/13 (92%), Espacios intermedios = 0/13 (0%)
VIH 14 CCCAGTAGGAGAA 26
Humano 1336 CCCAGGAGGAGAA 1348
ref|NM_000912.3| Homo sapiens opioid receptor, kappa 1 (OPRK1), mRNA
Similitudes = 10/10 (100%), Espacios intermedios = 0/10 (0%)
VIH 19 TAGGAGAAAT 28
Humano 3061 TAGGAGAAAT 3052
ref|NM_006243.2| Homo sapiens protein phosphatase 2, regulatory subunit B (B56),
alpha isoform (PPP2R5A), mRNA
Similitudes = 10/10 (100%), Espacios intermedios = 0/10 (0%)
VIH 19 TAGGAGAAAT 28
Humano 1563 TAGGAGAAAT 1572
ref|NM_002733.3| Homo sapiens protein kinase, AMP-activated, gamma 1 non-catalyt
ic subunit (PRKAG1), transcript variant 1, mRNA
Similitudes = 10/10 (100%), Espacios intermedios = 0/10 (0%)
VIH 19 TAGGAGAAAT 28
Humano 472 TAGGAGAAAT 463
ref|NM_001415.3| Homo sapiens eukaryotic translation initiation factor 2, subuni
t 3 gamma, 52kDa (EIF2S3), mRNA
Similitudes = 10/10 (100%), Espacios intermedios = 0/10 (0%)
VIH 18 GTAGGAGAAA 27
Humano 1330 GTAGGAGAAA 1339
Para el primer SK39 (28 nucletidos), las similitudes ms destacadas son:
ref|NM_052941.2| Homo sapiens guanylate binding protein 4 (GBP4), mRNA
Similitudes = 17/17 (100%), Espacios intermedios = 0/17 (0%)
VIH 11 GTCTTATGTCCAGAATG 27
Humano 3738 GTCTTATGTCCAGAATG 3754
ref|NT_022135.15|Hs2_22291 Homo sapiens chromosome 2 genomic contig, reference a
ssembly.
Podra coincidir con la hypothetical protein LOC84910
Similitudes = 17/18 (94%), Espacios intermedios = 0/18 (0%)
VIH 10 TGTCTTATGTCCAGAATG 27
Humano 1535749 TGTCCTATGTCCAGAATG 1535766
Tambin podra coincidir con otra hypothetical protein y una methyl-CpG binding doma
in protein 5
Similitudes = 17/18 (94%), Espacios intermedios = 0/18 (0%)
VIH 9 TTGTCTTATGTCCAGAAT 26
Humano 37809170 TTGTCTTATATCCAGAAT 37809153