Tema 8.

Evolución de secuencias de DNA
1. Tasa de mutación espontánea
2. Estimación de las tasas de sustitución de nucleótidos.

Evolucion Molecular
http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/

Universidad de Granada

José L. Oliver
http://www.ugr.es/~oliver/

4 transiciones (α)
8 transversiones (β)

Proporción esperada Transiciones/Transversiones = 1/2

DESDE

ATCTAGATCTAGTGCATAGCATGCA
|*|||*||*|||||*|||*|||*||

HASTA

ACCTAAATTTAGTGAATATCATCCA

Desde/Hasta

A

T

C

G

A

--

A→T

A→C

A→G

T

T→A

--

T→C

T→G

C

C→A

C→T

--

C→G

G

G→A

G→T

G→C

--

Evolucion Molecular
http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/

Universidad de Granada

José L. Oliver
http://www.ugr.es/~oliver/

Evolucion Molecular http://bioinfo2. Oliver http://www.es/EvolMol/ A G G G A (en 1) G T T T G (en 1) A G A Se excluye A G T Se excluye A G C Se excluye Universidad de Granada José L.ugr.ugr.es/~oliver/ .

ugr. Oliver http://www. frente al 33% (4/12) esperado • C y G son los nucleótidos más mutables (la mutacion C  G es la más frecuente.ugr.es/~oliver/ .3%. salvo en las islas CpG) • La mayoría de las mutaciones son hacia A o T Mutación de base en el genoma: aumento de A+T Pero los genes son ricos en G+C !! Evolucion Molecular http://bioinfo2.• Las transiciones suponen el 59.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.

7 !! Genes funcionales: Gen 1 Consenso Gen 2 Gen 3 … Evolucion Molecular http://bioinfo2. Oliver http://www.es/~oliver/ .ugr.Transition/Transversion ratio = 15.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr.

es/~oliver/ . Oliver http://www.ugr.es/EvolMol/ nd número de posiciones con nucleótidos diferentes A T C G probabilidad = 1/3 Universidad de Granada No vale Poisson José L.ATCTAGATCTAGTGCATAGCATGCA |*|||*||*|||||*|||*|||*|| ACCTAAATTTAGTGAATATCATCCA p = nd / n Evolucion Molecular http://bioinfo2.ugr.

K es una buena estima de la divergencia.ugr.4/3 p) siendo p = nd / n Si la distancia entre ambas secuencias es baja. Oliver http://www.ugr. K sigue subestimando la divergencia Evolucion Molecular http://bioinfo2. Pero para distancias mayores.Método de Jukes y Cantor ∑=1 ∑=1 ∑=1 ∑=1 K = -3/4 ln(1 .es/~oliver/ .es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.

ugr.½ ln [(1 – 2P – Q) √ 1 – 2Q] Evolucion Molecular http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.Método de Kimura con 2 parámetros (K2P) ∑=1 ∑=1 ∑=1 ∑=1 R+P+Q=1 K = .es/~oliver/ . Oliver http://www.

es/~oliver/ .Evolucion Molecular http://bioinfo2.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr. Oliver http://www.ugr.

ugr.5 Método de Tamura y Nei Toma en cuenta tanto el sesgo en G+C como en la proporción de transiciones / transversiones Evolucion Molecular http://bioinfo2.es/~oliver/ .Método de Tamura El contenido en G+C (θ) de las secuencias puede ser ≠ 0. Oliver http://www.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr.

es/~oliver/ .ugr.Modelo general de sustitución de nucleótidos (12 parámetros) PERO no da estimas mejores que los de 6 parámetros Evolucion Molecular http://bioinfo2.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr. Oliver http://www.

42 0.ugr. se podría pensar que los métodos con más parámetros serán mejores..64 0.es/~oliver/ .52 III III 0. etc.64 0.es/EvolMol/ K2P GIN (6 parámetros) Divergencia II Universidad de Granada José L.68 I II 0.ugr. ya que son más realistas • Pero en la práctica no es así debido a que hay que estimar más parámetros  menos estadística  más errores de muestreo (las secuencias son finitas.92 Inaplicable Evolucion Molecular http://bioinfo2.42 0.) Ejemplo: estimas de K entre la α-globina de conejo y ratón Posición del codón JC I 0.Comparación de los diferentes métodos • En principio..) • Otro problema es que la fórmula de los métodos con más parámetros a menudo es inaplicable (logaritmos con argumento negativo. Oliver http://www.88 0.

9) José L.es/~oliver/ .8  87. Oliver http://www.Divergencia II I III II: Valores bajos  Corrección poco importante (8.es/EvolMol/ “ muy “ Universidad de Granada (36.5  9.ugr.3) III:  “ altos Evolucion Molecular http://bioinfo2.ugr.

Oliver http://www.n veces Alineamientos K Evolucion Molecular http://bioinfo2.es/EvolMol/ K Universidad de Granada K K José L.ugr.Secuencia ‘ancestral’ Simulación mutaciones ...es/~oliver/ .ugr.

Simulación Evolucion Molecular http://bioinfo2.ugr. Oliver http://www.ugr.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.es/~oliver/ .

Las distancias más sofisticadas (con más parámetros) son imprescindibles para estimar correctamente la longitud de las ramas en una filogenia. pero importan menos para estimar la topologia (orden de ramificación) correcta Evolucion Molecular http://bioinfo2.ugr. Oliver http://www.es/~oliver/ .es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr.

es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr.es/~oliver/ .Tasa de sustitución K Tasa de sustitución de nucleótidos: r = K / 2T Evolucion Molecular http://bioinfo2. Oliver http://www.ugr.

es/~oliver/ . Oliver http://www.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.β-globina • SS > NS • Mayor dispersión en SS The amount of nucleotide divergence at synonymous and nonsynonymous sites of the β-globin gene as a function of time since divergence.ugr.ugr. Evolucion Molecular http://bioinfo2.

Oliver http://www.es/~oliver/ .ugr.Histona H4 Gen: • 55 sustituciones • SS > NS Proteína: • 2 sustituciones Evolucion Molecular http://bioinfo2.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr.

es/~oliver/ . Oliver http://www. roedores (ratón o rata) Evolucion Molecular http://bioinfo2.Humanos vs.ugr.ugr.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.

ugr.Humanos vs.es/~oliver/ . roedores (ratón o rata) Evolucion Molecular http://bioinfo2. Oliver http://www.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr.

es/~oliver/ .ugr.Variación en distintas regiones de los genes Evolucion Molecular http://bioinfo2. Oliver http://www.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr.

es/EvolMol/ Universidad de Granada José L. Oliver http://www.es/~oliver/ .ugr.ugr.Divergencia en exones vs. intrones Evolucion Molecular http://bioinfo2.

Variación de NS en el gen de la insulina NS Evolucion Molecular http://bioinfo2. Oliver http://www.es/~oliver/ .es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr.ugr.

etc.ugr.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L. Oliver http://www.es/~oliver/ .Tasa evolutiva en el genoma mitocondrial de mamíferos • Tasa de sustitución de nucleótidos muy alta: SS diez veces mayor que en el núcleo • Causas: • Alta concentración de radicales superóxido O2• Replicación poco fiel • Saturación rápida: linealidad hasta sólo 10 MA  Reloj rápido Filogenias entre especies próximas: primates. Evolucion Molecular http://bioinfo2.ugr.

Oliver http://www.ugr.es/~oliver/ .Tasa evolutiva en orgánulos de plantas Evolucion Molecular http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.

ugr.ugr.es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.Tasa evolutiva en virus Evolucion Molecular http://bioinfo2. Oliver http://www.es/~oliver/ .

Oliver http://www.es/~oliver/ .es/EvolMol/ Universidad de Granada José L.ugr.ugr.Tasa evolutiva en el virus de la gripe Evolucion Molecular http://bioinfo2.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful