FOUDHAILI SARRA

TANANI ALAA

Compte rendu TP EMNO

Introduction
Lobjectif de ce TP est de se familiariser avec le logiciel chem3D qui permet de modliser des
molcules et les visualiser en 3D , ainsi de calculer certaines paramtres et priorits
physiques telles que la longueur de la molcule , la valeur du diple et les niveaux dnergies
LUMO-HUMO .

Prsentation du logiciel
Fonctions ddition 2D et 3D, simultanment ! Dessin de structures au travers dune fentre
ChemDraw intgre lapplication Chem3D. Cette fonction trs utile rajoute une vue en 2D
qui est synchronise de faon permanente avec celle en 3D.
Affiche automatiquement les liaisons dhydrogne dans une vue 3D ! Gnre et affiche des
surfaces partielles pour les sites actifs des protines. Un des meilleurs outils existants dans
ce domaine.
Affiche les mesures de distance et dangle graphiquement dans la vue 3D lie la table de
mesures Chem3D. Indique la plage moyenne et la dviation standard des mesures aprs
lexcution dune dynamique des molcules.
Incorpore les modles Chem3D dans des fichiers PowerPoint. Vous permet de faire pivoter
et dagrandir laffichage avec zoom des modles Chem3D lors de vos prsentations.
Calcul des proprits lectroniques bas sur MOPAC, GAMESS, Gaussian, et Jaguar.

Linterface MOPAC
MOPAC est un semi-empirique usage gnral pour l'tude des proprits chimiques et
ractions en gaz, en solution ou l'tat solide. Cette application de calcul molculaire
dispose d'un certain nombre de mthodes semi-empiriques largement utiliss et vous
permet de calculer les proprits et effectuer des minimisations d'nergie, d'optimiser la
transition tats, et calculer les proprits. Il soutient MOPAC scintille, dispose d'une
interface utilisateur amliore, et fournit des calculs plus rapides.

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TANANI ALAA

Application n1
Dans cette application nous allons calculer la longueur de molcules dalkylthiols, avec n=6,
8, 10, 12, 14, 16,18 et tracer lvolution de la longueur de la molcule en fonction de n.
Pour un premier temps nous allons dessiner les 7 molcules dalkythiols de diffrentes
longueurs, puis optimiser sa gomtrie laide de linterface MOPAC.

Figure n1 Mesure de longueur de la molcule N=6

Figure n2 Mesure de la longueur de la molcule N=8

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TANANI ALAA
Nous allons tracer la courbe longueur de la molcule en Angstrom en fonction du nombre
datome de carbone (n).
Nombre de molcule
6
8
10
12
14
16
18

Longueur de la molcule
10,87
12,26
15,05
17,2
19,78
21,93
24,58

Longeur de la molecule (Aangstrom)

Tableau de valeur n1 Nombre de molcule et Longueur de la molcule

30
25
20
15

longueur de la
molecule

10

Linaire (longueur de
la molecule)

5
0
0

10

15

20

Nombre des atomes de carbone (n)

Courbe n1 Evolution de la longueur de la molcule en fonction du nombre des

atomes de carbone

On obtient une courbe linaire dquation I(n)=a*n.

Application n2
En lectronique molculaire les bandes de conduction et de valences sont appeles
HOMO et LUMO.

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TANANI ALAA

Nous allons dterminer la valeur du gap HOMO et LUMO en eV des molcules.

Pour n=2
HOMO= 11.060 eV
LUMO= 0.127 eV
Pour n=3
HOMO= 10.714 eV
LUMO= 0.799 eV
Pour n=4
HOMO= 9.940 eV
LUMO= 1.467 eV
Le Gap est la diffrence entre la bande de valence et la bande de conduction et en
lectronique molculaire cest la diffrence entre HOMO et LUMO.
Pour n=2
HOMO-LUMO = 10.933 eV
Pour n=3
HOMO-LUMO= 9.915 eV
Pour n=4
HOMO-LUMO= 8.473 eV
Reprsentation graphique du gap HOMO-LUMO= f(1/n)

1/n
HOMO-LUMO (eV)
1/2
10.933
1/3
9.915
1/4
8.473
Tableau de valeur n2 (1/n) et le Gap

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TANANI ALAA

HOMO-LUMO Gap (eV)

HOMO-LUMO
12
10
8
6
4

HOMO-LUMO

2
0
1

1/n

Courbe n2 volution du Gap en fonction de 1/n

On obtient une droite linaire dquation HOMO-LUMO= (1/n)*X
En comparant les rsultats thoriques de la courbe pratique on peut remarquer quon a
obtenu la mme allure (une droite linaire).

Application n3
Explication de la technique de monocouches auto assembles (ou SAM)
Couche d'une seule paisseur de molcules sur un substrat.
Un substrat est plong dans une solution de molcules comportant un groupement ractif
vis--vis du substrat. Les molcules s'adsorbent chimiquement sur la surface du substrat. On
peut obtenir ainsi une couche mono molculaire ordonne (cas typique : molcules
d'alcane-thiol sur substrat d'or, le soufre ayant une grande affinit pour l'or).
Les SAM sont des agrgats bidimensionnels forms de molcules arranges rgulirement,
lies par des forces non-covalentes. De telles couches peuvent tre obtenues par la
technique de Langmuir-Blodgett.
Les couches mono molculaires auto-assembles sont une solution alternative aux
techniques traditionnelles comme le dpt chimique en phase vapeur ou l'pitaxie jets
molculaire pour fabriquer des films minces. Le logiciel Chem3D nous permet de calculer le
diple de la molcule avec linterface MOPAC.

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TANANI ALAA

Figure n3 Mesure du diple de TAATS

Figure n3 Mesure du diple de PETS

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TANANI ALAA

Conclusion
Le logiciel Chem3D nous permet dtudier les molcules, ces caractristiques et ces
proprits chimiques et lectriques et cest parce llectronique molculaire est en volution
(transistors organiques, diodes lectro luminescentes OLEDs )