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Par M. Y. Goudjal
2005 / 2006
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MICROBIOLOGIE INDUSTRIELLE.
Gnralits.
Les microorganismes au service de l'homme : Des ouvriers qualifis mis en
uvre selon des processus gnimicrobiologiques, en lchelle industrielle, afin
dassurer une biosynthse et/ou une bioconversion.
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1 Croissance microbienne.
1.1 Modlisation de la croissance.
> croissance des populations microbiennes = augmentation de la population
microbienne.
> Accroissement du nombre de cellules selon une progression gomtrique
d'ordre 2
X = biomasse
G = temps de gnration moyen d'une population.
n = nombre de gnration
t= temps de culture
- Expression mathmatique de la croissance microbienne
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= 1/X
dX/dt
correspond donc la vitesse de croissance rapporte l'unit de
biomasse soit = rxt/Xt
rxt = vitesse de croissance au temps t. [unit de biomasse h-1 unit de
biomasse -1]
(h-1) est un paramtre de la culture, il est fonction de la souche
bactrienne et des conditions de culture.
En dehors de la phase exponentielle, la vitesse spcifique de croissance
varie, traduisant des tats physiologiques diffrents. Le phnomne de
croissance cellulaire comporte en effet plusieurs phases.
1.2 La courbe de croissance microbienne
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2 Besoins nutritifs.
2.1 Elments de constitution.
C, O, H, N, P et S lments majeurs
lments de constitution des molcules biologiques (protines, glucides,
acides nucliques, ) lis entre eux par des liaisons covalentes.
formule chimique de la biomasse bactrienne :
C5H7O2 NP0,03
ou encore (C5H7O2N0,75P0,05S0,025)
Besoins nutritifs essentiels en C, N et P = 3 lments essentiels et
ncessaire en grande quantit pour les cellules afin dassurer la formation de
nouvelles structures cellulaires
- Formes assimilables des lments majeurs : C, N, P, S
( Les besoins en O et H sont satisfaits en gnral avec la source de carbone
(ex : glucose = C6H12O6 ), par l eau ou la source d azote).
Carbone :
Le carbone = besoin fondamental, constituant de base de toute structure
organique
Environ 50% de la masse cellulaire sche = carbone.
Organismes htrotrophes: besoin en carbone organique : Glucose, Acides
amins, actate, fructose, lipides, protines, polysaccharides, glycrol,
(autotrophes: carbone inorganique : CO2, HCO3-)
Azote : Principalement incorpor sous trois formes:
NH4+ (ammonium) : Forme principale d assimilation de l azote. Peut aussi
ltre sous forme d acides amins. Toutes les bactries sont en principe
capables d assimiler lazote sous cette forme. Mais attention aux effets
rpresseurs des formes facilement assimilables sur la synthse
dantibiotiques, denzymes
NO3-, NO2- (nitrate, nitrite) : Concerne un nombre plus restreint de
microorganismes. Forme + oxyde donc plus coteuse assimiler ( ncessite
une dpense d lectrons pour rduire cette forme en ammonium). Toxicit
des nitrites.
NO3- + 8e- > NH4+
N2 (azote molculaire) : Assimilation exclusivement connue chez les
bactries. Source inpuisable d azote mais trs coteuse en nergie.
Concerne des groupes trs spcifiques de micro-organismes ( Rhizobium,).
1/2N2 + 4e- > NH4+
Demande une nergie d activation trs leve.
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Mtabolisme
cerevisiae)
anarobie
(ex :
fermentation
alcoolique
Saccharomyces.
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- Mtabolisme arobie.
- Respirations et fermentations
Rendement ATP: fermentations << respirations
A production gale dATP, plus de substrat est mtabolis lors des
fermentations que lors de la respiration.
Selon les conditions environnementales la respiration ou la fermentation est
emprunte.
Levures, E. coli,possdent les deux voies
Bacillus, uniquement fermentation
Pseudomonas : uniquement respiration
(NB : respiration peut tre arobie ou anarobie, ex. respiration des
nitrates)
2.3. Milieux de culture industriels
La bonne formulation du milieu repose sur le choix de la source de carbone,
d'azote, de vitamines ou d'oligolments, mais surtout leur quilibre.
L'accumulation des produits spcifiques de nombreuses fermentations est
contrle par des paramtres nutritifs : concentration en vitamines, la
disponibilit en nutriments azots ou carbons ou encore par l'tat de
croissance de la culture, ce qui impose donc une connaissance parfaite de ces
interactions pour optimiser le procd.
Contraintes lgales (interdiction dutiliser des produits animaux par principe
de prcaution, flux doxygne limits,)
La matire brute du milieu de culture, par son cot, influence la
comptitivit conomique du procd.
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grains de crales
dchets agricoles,
Sources d'azote
farine de soja
dchets d'abattoir
vinasses
ammoniaque et sels d'ammoniaque,
Vitamines
prparations brutes de produits vgtaux et animaux,
Fer et oligolments
drivs chimiques inorganiques bruts,
Antimousses
alcools suprieurs
silicones
esters naturels
saindoux et huiles vgtales,
Tampons de pH
craie, carbonates bruts
phosphates pour engrais
2.4. Environnement physique
Contrle prcis :
de l'agitation
de l'oxygnation
critique en culture arobie, tenir compte des coefficients de transferts
gaz, liquide, de la viscosit du milieu (milieu visqueux souvent observ en
croissance myclienne,)
croissance floconneuse des myctes qui modifie l'efficacit du transfert
de la temprature
du pH
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3.1.4.Divers
Acides organiques : ac. Acetiques (anaerobie, Clostridium thermoaceticum:
35 g/L, fed-batch), ac. Citrique ( Aspergillus niger,), ac. Lactique, ac.
Gluconique,
Alcools et solvants : actone (
dihydroxyactone, polyols, butanol, thanol,
Clostridium
acetobutylicum),
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Contraintes:
- Extraction/Scrtion : les protines se trouvent gnralement sous forme
de corps dinclusion (agrgat de protines). Forcer la scrtion en greffant
une squence signale spcifique de protine extracellulaire.
- Protolyse : greffer une squence protique reconnue par la cellule pour
viter la protolyse par le systme de reconnaissance de la cellule.
- Purification
- Pas de modification post-traductionnelles (pas de maturation de l'ARNm),
- Solubilisation, renaturation.
La production dune grande quantit de protines est possible. Mais elle est
gnralement associe une faible croissance, le stress provoqu conduit
trs rapidement un arrt de la croissance
Une croissance sous forme filamenteuse des cellules peut alors se produire,
traduisant une inhibition de la segmentation. Cette absence de segmentation
est lie une sous-expression des gnes impliqus dans la division cellulaire.
Exemple : E. coli transforme pour produire lIGF-I (insuline like)
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A l'quilibre, quel est l'effet d'une augmentation du dbit (Q) sur et sur la
biomasse [X] ?
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